Recherche bibliographique SEMGREN

Projet SEMGREN
Analyse bibliographique
Mars 2011
Sommaire
Introduction
Objectifs, méthode
1- Les maladies sur semences et plantules ; les différentes méthodes de lutte
1.1- Recensement des maladies sur semences et plantules
1.2- Recensement des modes de traitements des semences
1. 3 Effet des techniques culturales et successions de cultures
2- Types de recherches recensées sur les pathogènes transmissibles par les semences ou
présents dans le lit de semences
3- Impact des traitements de semences et du lit de semences sur la biodiversité
Liste thématique des références
Introduction
Le but de cette analyse bibliographique était de faire un état des lieux des différents thèmes de
recherche sur les différents pathogènes des cultures étudiées dans ce projet. La restitution de cette
analyse bibliographique vise à indiquer les ressources existantes plutôt que de faire une synthèse de
leur contenu. Elle doit permettre d’aller rechercher cette bibliographie en cas de besoin pour une étude
plus précise.
Plusieurs axes de recherche dans la base de données bibliographiques CAB Abstracts ont été retenus :
- les traitements de semences en général : revues sur le sujet, moyens et molécules utilisées,
évolution ;
- les recherches effectuées sur les pathogènes transmissibles par les semences ou présents dans
leur environnement ;
- l’évaluation de l’impact des traitements de semences et du lit de semences sur la biodiversité.
Le tableau établi dans le cadre de la tache 1 de SEMGREN, redonné ci-après (tableau 1), recensant les
pathogènes susceptibles de se développer selon les cultures, transmis par les semences et
l’environnement, a été en partie établi sur la base de cette première recherche bibliographique, et il a
été ensuite aussi utilisé pour cibler notre étude.
Après différents essais nous avons dû cibler l’analyse décrite ci-dessous. En effet des recherches trop
génériques amenaient un nombre de références énorme non analysable. Nous avons donc restreint
l’analyse de la manière suivante. Dans une première approche, l’analyse a porté sur cinq pathogènes
(toutes cultures confondues) : anthracnose, pythium, phoma, fusariose et sclerotinia. Ils ont été choisis
pour leur fréquence et l’importance de leurs dégâts pour plusieurs des cultures étudiées dans le projet
(cf tableau 1). Les références de la base de données explorée couvrent uniquement la période 1973début 2009.
Mots clés utilisés pour la recherche dans la base de données CAB abstracts :
Nom latin du pathogène AND seed* dans le titre et english pour la langue
Nombre de
références
Anthracnose
Pythium
Phoma
Fusariose
Sclérotiniose
Total
72
240
83
677
52
1124
Dans un second temps, l’analyse a été reprise pour cinq cultures : céréales à pailles, maïs, betterave,
colza et tournesol, et sur les pathogènes les plus importants mis en évidence pour ces cultures (cf
tableau 1).
Mots clés utilisés pour la recherche dans la base de données CAB abstracts :
Nom latin du pathogène AND seed* dans le titre, AND nom de la culture dans le sujet et
english pour la langue
C’est à partir de ces informations que nous avons réalisé la synthèse qui suit. A titre d’exemple, il faut
retenir que lorsque les éléments bibliographiques sont présentés pour les traitements alternatifs de
semences, les informations sont relatives à ce qui est dans la base des CAB abstracts, pour les
pathogènes et les cultures analysés. Enfin, seuls les pathogènes ont été étudiés, les autres ravageurs et
les problèmes liés aux adventices n’ont pas été analysés dans cette étude bibliographique.
Tableau 1 : Pathogènes transmissibles par les semences et présents dans le lit de semences selon leurs sources d’inoculum et leurs conséquences sur la
plante pour les différentes cultures étudiées.
Légende : en noir = champignons et assimilés ; en gras = bactéries ou virus
Sources d'inoculum des différents pathogènes et leurs conséquences
semence et environnement (sol, adventices, résidus de culture, air, …)
Cultures
Conséquences
semence uniquement
fontes de semis
Céréales à
paille
Ustilago nuda (orge), tritici (blé)
et hordei (orge) : pertes d’épis
Helminthosporium gramineum
(orge) : symptômes sur feuilles
Maïs
Phoma betae
Betterave
Tournesol
Pois
protéagineux
Féverole
Carotte
Luzerne
Fusarium sp,
Microdochium nivale,
Septoria nodorum
Sphacelotheca reiliana
Colletotrichum graminicola
Cercospora beticola
Fusarium roseum et
monoliforme
Peronospora farinosa,
Colletotrichum dematium,
Stemphylium botryosum,
Cladosporium variable,
Verticillium dahlia,
Pseudomonas syringae et virus
Epinard
Neotyphodium : toxicité de
certaines souches
fontes de semis et
symptômes en végétation
Tilletia sp. (blé),
Claviceps purpura,
Rhynchosporium secalis (orge)
Alternaria brassicicola et brassicae,
Cylindrosporium concentricum,
Sclerotinia sclerotiorum,
Mycosphaerella
(Sclerotinia sclerotiorum) Plasmopora halstedii
Sclerotinia sclerotiorum,
Phomopsis helianthi,
Macrophomonia phaseoli
Peronospora pisi
Pseudomonas syringae var pisi
(Sclerotinia sclerotiorum)
Peronospora pisi
(Botrytis fabae)
Cercospora carotae,
Xanthomonas hostorum pv. carotae
Colza
Ray-grass
anglais
symptômes en végétation
sol
Conséquences
Fontes de semis
Symptômes en
végétation
Gaeumannomyces
gramini
Fusarium sp.
Pythium sp.
Pythium sp.
Rhizoctonia solani
Aphanomyces
cochlioides
Phoma lingam
Phoma macdonaldii,
Botrytis cinerea,
Mycosphaerella pinodes
Botrytis cinerea
(Pythium sp.)
Ascochyta fabae
Fusarium sp.
Alternaria dauci,
Alternaria radicina,
Pythium sp.,
Fusarium sp.,
Rhizoctonia solani
Pythium sp
Aphanomyces
euteiches
Correspondance entre noms latins et noms communs en français et en anglais des pathogènes
transmissibles par les semences étudiés
Cultures
Céréales à
paille
Maïs
Betterave
Colza
Tournesol
Pois
protéagineux
Féverole
Carotte
Épinard
Nom latin
Nom commun français
Nom commun anglais
Claviceps purpura
Fusarium sp
Gaeumannomyces graminis
Helminthosporium gramineum
Microdochium nivale
Rhynchosporium secalis
Septoria nodorum
Tilletia sp.
Ustilago nuda
Ustilago tritici
Ustilago hordei
Colletotrichum graminicola
Fusarium roseum
Fusarium monoliforme
Fusarium sp., Pythium sp.
Sphacelotheca reiliana
Rhizoctonia solani
Aphanomyces cochlioides
Cercospora beticola
Phoma betae
Pythium sativum
Alternaria brassicicola et brassicae
Cylindrosporium concentricum
Mycosphaerella
Phoma lingam
Sclerotinia sclerotiorum
Botrytis cinerea
Macrophomonia phaseoli
Phomopsis helianthi
Phoma macdonaldii
Plasmopora halstedii
Sclerotinia sclerotiorum
Aphanomyces euteiches
Botrytis cinerea
Mycosphaerella pinodes
Peronospora pisi
Pseudomonas syringae var pisi
Ascochyta fabae
Botrytis fabae
Fusarium sp.
Peronospora pisi
Alternaria dauci
Alternaria radicina
Cercospora carotae
Pythium sp., Fusarium sp.,
Rhizoconia solani
Xanthomonas hostorum pv. carotae
Cladosporium variable
Colletotrichum dematium
Peronospora farinosa
Pseudomonas syringae
Pythium sp.
Stemphylium botryosum
Verticillium dahlia
Ergot
Fusariose
Piétin échaudage
Helminthosporiose de l’orge
Fusariose
Rhynchosporiose de l’orge
Septoriose de l’épi
Carie
Charbon nu de l’orge
Charbon nu du blé
Charbon couvert de l’orge
Anthracnose
Fusariose
Fusariose
Fontes de semis
Charbon des inflorescences
Fontes de semis
Aphanomyces
Cercosporiose
Phoma
Fontes de semis
Alternariose
Cylindrosporiose
Mycosphaerella
Phoma
Sclérotiniose
Botrytis
Macrophomonia
Phomopsis
Phoma
Mildiou
Sclérotiniose
Aphanomyces
Pourriture grise
Anthracnose
Mildiou
Bactériose
Anthracnose
Pourriture grise
Fontes de semis
Mildiou
Alternariose
Maladie des taches brunes
Cercosporiose
Fontes de semis
Ergot
Fusarium head blight, root rot
Take-all
Barley stripe
Fusarium head blight, brown foot rot
Barley scald
Seedling blight
Bunt
Loose smut
Loose smut
Covered smut
Anthracnose
Damping-off
Head smut
Damping-off
Black root
Leaf spot
Black leg
Damping-off
Dark leaf spot
Light leaf spot
White leaf spot
Black leg, canker
White mould
Grey mould
Sunflower charcoal rot
Phomopsis stem canker
Sunflower black stem
Downy mildew
White mould
Root rot
Grey mould
Leaf and pod spot
Downy mildew
Bacterial blight
Leaf spot
Chocolate spot disease
Damoing-off
Downy mildew
Alternaria leaf blight
Black rot
Cercospora leaf blight
Damping-off
Bactériose de la carotte
Cladosporiose
Anthracnose
Mildiou
/
Fontes de semis
Stemphyliose
Verticilliose
Bacterial leaf blight
Cladosporium leaf spot
Anthracnose
Downy mildew, blue mold
Bacterial leaf spot
Damping-off
Stemphylium leaf spot
Verticillium wilt
1- Les maladies sur semences et plantules ; les différentes méthodes de lutte
1.1- Recensement des maladies sur semences et plantules
Une synthèse (Champion, 1997) rassemble les informations sur les champignons transmis par les
semences. Différents documents techniques récents recensent culture par culture les maladies des
semences et plantules. Un site web très complet décrit pour l’Europe les principales maladies à partir
d’entrées variées : nom de la culture, nom de la maladie (commun et latin). On trouve aussi dans cette
base de données les moyens de lutte agronomique utilisables ou les conditions favorables au
développement de ces maladies.
1.2- Recensement des modes de traitements des semences
Plusieurs documents synthétiques datant des années 1990 à nos jours donnent un recensement des
techniques utilisables, physiques, chimiques et biologiques. Une synthèse américaine récente
(Munkvold, 2009) indique les évolutions récentes en matière d’utilisations de produits fongicides et
insecticides. La FNAMS a aussi réalisé une analyse bibliographique sur les différentes méthodes de
traitements de semences possibles (Mériaux, 2003 ; document interne).
Les traitements autres que phytochimiques sont classés selon 3 grandes catégories :
- traitements physiques ;
- application d’extraits de plantes ou d’autres produits (dans quelques cas la molécule en cause, ou
le processus est recherché) ;
- contrôle par modification de l’équilibre biologique entre micro-organismes.
Les tableaux ci-dessous recensent les possibilités de traitements trouvées dans la base bibliographique,
sur la base des mots-clés que nous avons indiqués dans le paragraphe ci-dessous. Il existe d’autres
pathogènes et cultures pour lesquelles des références peuvent exister, et même d’autres modes de
traitement. Ces tableaux établis sur la base des informations obtenues par cette première recherche
peuvent servir à orienter et approfondir la recherche d’autres références.
1.2.1 Moyens physiques
La plupart de ces moyens physiques reposent sur une augmentation de température contrôlée de façon
à détruire les micro-organismes sans altérer la possibilité de germer et donner une plantule normale.
Traitement
Thermothérapie
Eau chaude
Vapeur
Chaleur
Micro-ondes
Electron beam
Ozone
Cible
Phoma
Phoma
F. graminearum
Phoma
Carie
Fusarioses
charbon
Phoma
champignons
carie
Fusariose
Article général ou
culture ciblée
général, colza
général
céréales
colza
blé
général, céréales
orge
général
soja
blé
général
Recherche complémentaire sur microwaves (346 papiers) and electron beam (21 papiers)
Testé à différentes doses, les effets sont liés à l’augmentation de température différentielle selon la
nature des tissus ; d’autres effets possibles sont évoqués (orientation des organites cellulaires,
modifications nucléaires). Ces moyens ont été utilisés en conservation des produits alimentaires, et
testés sur semences avec des effets variables selon les doses, les micro-organismes et les semences
(essais sur légumineuses, céréales, fourragères, légumes).
1.2.2 Moyens Biologiques
Ces travaux sont liés aux recherches d’interactions avec des micro-organismes antagonistes,
champignons ou bactéries, via la production de différentes molécules naturelles ou par d’autres
mécanismes (développement de populations utilisant une partie des substrats nécessaires à la
multiplication des colonies). Il s’agit aussi du test d’extraits de différentes plantes. Les molécules en
cause ou les mécanismes d’action ne sont pas toujours élucidés ou même recherchés.
Utilisation de micro-organismes
Micro-organisme
Trichoderme
dont 6-pentyl-alpha-pyrone
(molécule produite par
trichoderme)
Trichoderma harzianum
Laetisaria arvalis
Enterobacter cloacae
Cylindrocarpum olidum
Clonostachys rosea
Coniothyrium minitens
Pythium oligandrum
Microorgonanismes rhizosphère
Pseudomonas
Bacillus
dont
Bacillus subtilis 93
Bacillus mojavensis
Rhizobacteria
Bactéries
fusariose
pythium
fusariose
Article général
ou culture
ciblée
général, maïs
général
maïs
sclérotiniose
pythium
pythium
carie
antrachnose
sclérotiniose
pythium
F. gramineum
fusariose
pythium
carie
phoma
pythium
phoma
F. gramineum
pythium
M. nivale
général
betterave
général
blé
pois
général
betterave
céréales
général
betterave
blé
colza
betterave
général
céréales
betterave
céréales
Cible
Utilisation de différents composés issus de produits organiques et de plantes
Article
Composés
Cible
général ou
culture ciblée
Compost
pythium
général
Poudre de paille
pythium
betterave
Lisier
carie
blé
Poudre de lait
carie
blé
Farine
carie
blé
Huiles essentielles
fusariose
général
Huile de thym
Ascochyta spp
pois
phoma
général
Extraits de plantes
fusariose
maïs
Extraits de cannabis, eucalyptus carie
blé
Menthol
1. 3 Mesures agronomiques : Effet des techniques culturales et successions de cultures
Technique
Succession de cultures
Précédent
Travail du sol l’alternance
labour/non labour
Gestion des matières
organiques et des résidus
(localisation, enfouissement)
Brûlage des résidus
Apports d’azote
Septoria nodorum
Article général
ou espéce
ciblée
céréales
F. roseum et monoliforme
maïs
Sclérotiniose
général
Septoria nodorum
céréales
Maladie
Très peu de références bibliographiques sont sorties sur ce thème avec les mots-clés employés. La
recherche était focalisée sur la thématique semences (le mot-clé seed a limité la recherche). Il y aurait
beaucoup plus de références en cherchant des mesures agronomiques concernant ces maladies de
façon plus générale, sur leur maitrise en grandes cultures. Ce travail n’a pas été fait.
2- Types de recherches recensées sur les pathogènes transmissibles par les
semences ou présents dans le lit de semences
Comme cela a été précisé en introduction, dans une première approche l’analyse a porté sur cinq
pathogènes (toutes cultures confondues) : anthracnose, pythium, phoma, fusariose et sclerotinia. Ils ont
été choisis pour leur fréquence et l’importance de leurs dégâts pour plusieurs des cultures étudiées
dans le projet (cf tableau 1).
Les références de la base de données explorée couvrent uniquement la période 1973- début 2009.
Mots clés utilisés pour la recherche dans la base de données CAB abstracts :
Nom latin du pathogène AND seed* dans le titre et english pour la langue
Anthracnose
Pythium
Phoma
Fusariose
Sclérotiniose
Total
72
240
83
677
52
1124
Nombre de
références
Dans un second temps, l’analyse a été reprise pour cinq cultures : céréales à pailles, maïs, betterave,
colza et tournesol, et sur les pathogènes les plus importants mis en évidence pour ces cultures (cf
tableau précédent).
Mots clés utilisés pour la recherche dans la base de données CAB abstracts :
Nom latin du pathogène AND seed* dans le titre, AND nom de la culture dans le sujet et
english pour la langue
Céréales à paille
Septoria nodorum
F. gramineum
M. nivale
Carie
53
32
13
33
18
Nombre de
références
Nombre de
références
Maïs
Piétin
échaudage
Phoma
Betterave
Cercosporiose
Pythium
Phoma
colza
Alternariose
24
2
26
3
21
Fusarioses
74
Tournesol
Phoma
Phomopsis
3
2
La base de références ainsi obtenue et analysée porte sur un peu plus de 1000 articles, répartis de
façon hétérogène entre les différentes maladies, les fusarioses étant les plus étudiées ainsi que le
pythium. Après analyse des références extraites, plusieurs thèmes de recherche ont été discernés
permettant de classer ces références :
-
-
-
description de la maladie :
• effet des conditions environnementales sur le développement de la maladie ;
• effet des conditions de stockage des semences.
mise au point de méthodes de détection du pathogène ;
recherche de moyens de contrôle :
• chimiques, physiques, biologiques ;
• systèmes de cultures, techniques culturales.
étude du mode de transmission/contamination :
• interaction hôte/pathogène
recherche de résistance génétique.
Le tableau obtenu permet de constater que pour toutes les maladies une part importante des travaux
publiés est consacrée à la description de la maladie et de son mode de transmission. Ces travaux
décrivent souvent la maladie sur les différentes espèces pour lesquelles on a constaté son apparition,
dans différents pays et contextes culturaux (pays, régions où la maladie apparaît). Puis, une part
importante des travaux porte la mise au point de méthodes de détection et la possibilité du contrôle par
différents moyens chimiques de ces maladies.
Une part non négligeable des travaux porte aussi sur la recherche de résistance génétique pour chacune
des maladies examinées ainsi que sur l’étude du mode d’interaction entre le pathogène et son hôte,
souvent au niveau moléculaire mais aussi au niveau anatomique. De la même façon, une partie des
publications porte sur les possibilités de contrôle par différents moyens de lutte physique, et aussi
souvent biologique pour toutes ces maladies. Les méthodes biologiques consistent souvent à
rechercher un micro-organisme non pathogène contrecarrant le développement du pathogène. Enfin, il
existe des publications sur l’effet des conditions environnementales, au moment du stockage ou lors
du semis, sur le développement de la contamination.
Au bilan, si certains thèmes des publications étaient assez prévisibles, leur part respective et certains
d’entre eux (moyens de lutte autres que chimique, résistance génétique, dialogue hôte-pathogène,
effets environnementaux) étaient moins évidents a priori. Une analyse plus poussée du contenu dans
chacun de ces thèmes serait à mener si on s’intéressait plus particulièrement à un type de maladie ou
encore à différentes voies de recherche possibles afin de déterminer exactement ce qui a déjà été fait et
en tirer au mieux parti.
Quelques points très synthétiques ont été listés pour chacune des cinq maladies retenues.
Nombre total de publications
Toutes cultures
Description maladie
effet des conditions environnementales
effet des conditions de stockage
Mise au point de méthodes de détection
Recherche de moyens de contrôle
contrôle chimique
contrôle physique
contrôle biologique
techniques culturales
Étude du mode de transmission/contamination
interaction hôte/pathogène
Recherche de résistance génétique
Anthracnose
Pythium
Phoma
Fusariose
Sclérotiniose
72
%
240
%
83
%
677
%
52
%
24
2
3
7
33
3
4
10
63
16
26
7
20
24
15
4
12
14
31
2
1
5
8
9
210
11
4
36
2
4
20
3
28
4
14
6
5
13
4
17
20
105
11
86
19
30
86
21
2
12
4
21
2
7
16
5
6
16
2
13
3
4
13
9
11
1
6
2
11
1
5
9
4
29
2
4
8
7
12
5
4
9
3
22
10
70
5
9
18
8
15
62
Fusariose
Biblio abondante ; beaucoup de biblio sur contrôle biologique après 2000. 245 références après 2000 ;
plusieurs références sur les mycotoxines (13 références).
De nombreuses espèces de Fusarium
Cultures concernées recensées nombreuses pour ce pathogène :
Arbres fruitiers et
Grandes cultures
Potagères
Autres
arbres
Blé, maïs, soja, haricot, Tomate, oignon,
Abricotier, manguier,
Poivre, ginseng,
tabac, riz, tournesol,
concombre, épinard,
dattier, pécher
plantes médicinales,
orge, sorgho, trèfles,
asperge, laitue, melon, Acacia, érable,
noix de cajou, cumin,
triticale, fétuque
roquette
mimosa, pin, peuplier, myrte, sésame,
élevée, lupin, brome,
palmier, prunus
muscade
luzerne, lin, pois,
pomme de terre, pois
chiche, lentille, coton,
vigne
Articles sur les effets des techniques culturales (19 refs), en particulier l’azote (forme de l’azote
apporté NH4 plus favorable au développement de la maladie Rowaished, A. K. 1981)
Discussion sur le lien entre résistance évaluée au stade plantule et résistance au stade adulte.
Types de traitement testés autres que chimiques : physiques (micro-ondes), ozone, biologiques
(trichoderme, pseudomonas, rhizobium, huiles essentielles)
Pythium
Beaucoup de références ; beaucoup de références sur le mode contrôle biologique surtout depuis 2000
(mais aussi des recherches avant).
De nombreuses cultures concernées par le pathogène ; de nombreuses espèces de pythium existantes.
Grandes cultures
Potagères, florales
Arbres fruitiers et
Autres
arbres
Riz, coton, pois,
Oignon, tomate,
Pin, sapin, hévéa
Tabac
lentille, mais, soja,
concombre, piment,
Arbres tropicaux
Trèfle, luzerne, RG
betterave, colza, blé,
squash, choux, cresson,
Canne à sucre, quinoa,
orge, pois chiche,
melon, poivre noir,
arachide
ginseng, haricot, radis,
chou-fleur, épinard,
chou, chinesekale
Orchidée, géranium
+ supports de cultures
Plusieurs articles sur les relations hôtes/pathogènes et épidémiologie. Interaction avec les conditions
du milieu (12 ; conditions froides limitent développement de la maladie), techniques culturales (4 ;1
effet culture mixte), caractéristiques des semences.
Quelques articles sur les effets des différentes technologies (7 priming, 3 pelliculage) sur semences.
Priming limite dégâts pythium.
Quelques articles sur la résistance génétique.
Types de traitement testés autres que chimiques : biologiques (trichoderme, pseudomonas,
enterobacter cloacae, compost)
Une équipe française dans les années 90 à Dijon, INRA et Université de Bourgogne
Phoma
Surtout description et mode de transmission de la maladie, en particulier parmi les références les plus
anciennes.
De nombreuses cultures concernées :
Grandes cultures
Potagères, florales
Arbres fruitiers et Autres
arbres
colza,
betterave, laitue, betterave rouge, frêne, pin, caféier
pommes de terre (les 3 chou
les plus étudiées), chrysanthème,
tournesol, lin, soja, riz, cyclamen,
sorgho, pois, luzerne
philodendron, lilas
Des références sur les méthodes de détection et les traitements non chimiques parmi les plus récentes
(4 biologiques : bacillus subtilis, huile de thym; 5 physiques : eau chaude, vapeur, electrons Schmitt et
al, 2009) . Beaucoup de références sur les traitements chimiques.
Equipe INRA-ENSAT Toulouse
Sclerotinia
Biblio peu récente (très peu de choses après 2000), peu abondante.
Beaucoup d’articles sur transmission par les lots de semences pour différentes cultures (colza,
tournesol, luzerne, trèfle, sarrasin, soja, cacahuète, …)
Mode de contrôle chimique surtout, un peu sur contrôle biologique (Trichoderma harzianum,
Gliocladium virens, Coniothyrium minitans). 1 article sur mode de contrôle dans lit de semences. 1 sur
contrôle physique (brûlage des résidus).
Grandes cultures
Potagères, florales
Arbres
arbres
Colza, tournesol, soja, Melon, haricot, chou, chêne
sarrazin, pois
choufleur, aubergine
fruitiers
et Autres
Luzerne,
d’Alexandrie,
rouge
et
graminées
Arachide
Tabac,
Carthame
moutarde
trèfle
trèfles
blanc,
Anthracnose (Ascochyta)
Cultures concernées = légumineuses (pois, pois chiche, lentille)
Biblio très peu récente (très peu d’articles après 2000).
Quelques articles sur influence des conditions de conservation (effet de la température).
Quelques articles sur recherche génétique (grains ridés favorisent la transmission).
1 équipe française sur Pois Rennes et Grignon B. Tivoli et MH Jeuffroy
Grandes cultures
Potagères, florales
Arbres fruitiers et Autres
arbres
légumineuses
(pois,
Trèfle Alexandrie
pois chiche, lentille)
Graminées
féverole
quinoa
Derrière le terme anthracnose : plusieurs maladies (ex en pois : Mycosphaerella pinodes,
Ascochyta pisi, A. pinodella)… une interrogation sur Mycosphaerella apporterait sans doute des
compléments intéressants.
Analyse par couple culture/pathogène
Les références bibliographiques pour chaque espèce sont disponibles dans une base de données
Endnote.
Céréales à pailles
Mots-clés utilisés pour la recherche :
Dans titre fusarium graminearum and seed* et dans topic cereal* or wheat et langue anglais
Céréales à pailles
Nombre total des publications
Description de la maladie
effet des conditions environnementales
effet des conditions de stockage
Mise au point de méthode de détection
Recherche de moyens de contrôle
contrôle chimique
contrôle physique
contrôle biologique
techniques culturales
Étude du mode de transmission/contamination
Interaction hôte/pathogène
Recherche de résistance génétique
Septoria
nodorum
F.
graminearum
Piétin
échaudage
%
21
4
4
15
32
10
%
31
13
5
%
38
33
4
%
12
18
6
%
33
1
3
1
8
15
45
3
17
10
19
7
3
2
22
9
6
2
15
28
4
22
3
1
9
3
15
8
15
9
9
21
3
5
2
1
2
3
3
7
1
2
6
5
16
2
6
9
4
11
17
Nombre total des publications
Description de la maladie
Fusarioses
69
%
20
29
effet des conditions environnementales
2
3
effet des conditions de stockage
1
1
1
1
13
19
contrôle biologique
10
14
techniques culturales
1
1
2
3
8
12
13
19
Mise au point de méthode de détection
Recherche de moyens de contrôle
contrôle chimique
contrôle physique
Étude du mode de transmission/contamination
Recherche de résistance génétique
Carie
53
11
2
2
8
Maïs
interaction hôte/pathogène
M. nivale
Colza
Nombre total des publications
Description de la maladie
Recherche de moyens de contrôle
Phoma
%
3
Alternariose
%
21
2
contrôle chimique
13
62
2
10
contrôle physique
contrôle biologique
1
0
techniques culturales
1
5
2
10
Étude du mode de transmission/contamination
Recherche de résistance génétique
Tournesol
Nombre total des publications
Phomopsis
Phoma
2
3
1
1
1
2
Recherche de résistance génétique
Étude du mode de transmission/contamination
interaction hôte/pathogène
Betterave
Nombre total des publications
Description de la maladie
Mise au point de méthode de détection
Recherche de moyens de contrôle
Phoma
%
24
8
33
4
17
contrôle chimique
3
13
contrôle physique
2
8
contrôle biologique
6
25
Cercosporiose
%
2
1
Étude du mode de transmission/contamination
Interaction hôte/pathogène
Recherche de résistance génétique
1
4
17
Pythium
%
26
1
4
6
23
17
65
3- Impact des traitements de semences et du lit de semences sur la
biodiversité
Les références sont moins nombreuses et/ou difficiles à trouver. Une difficulté est que les articles
concernent l’impact des produits phytosanitaires en général sur la biodiversité, mais pas forcément
spécifiquement les traitements de semences ou dans le lit de semences. Toutefois, plusieurs articles ont
été trouvés concernent l’impact des traitements de semences sur les oiseaux ainsi que sur les abeilles.
Deux articles concernant l’impact des pesticides en général sur les vers de terre.
Il faudrait approfondir les recherches bibliographiques sur la base d’autres mots-clés à définir.
Liste thématique des références
L’ensemble des références bibliographiques extraites pour cette analyse sont disponibles dans une
base de données Endnote. Nous avons extrait quelques unes d’entre elles afin d’illustrer les
informations disponibles.
Partie 1. Références génériques
http://www.inra.fr/hyp3/index.html
Champion R. 1997. Identifier les champignons transmis par les semences Collection Techniques et
pratiques ed Quae. 400p.
Swanson, M. M., Fraser, G., Daniell, T. J., et al. 2009 Viruses in soils: morphological diversity and
abundance in the rhizosphere. Annals of Applied Biology 155, 51-60.
Munkvold GP 2009 Seed Pathology Progress in Academia and Industry Annual review of
phytopathology 47 285-311
Halmer P, 2008. Seed technology and seed enhancement. Acta horticulturae, 771, 17-26.
Cook, R. J. 1993 Making greater use of introduced microorganisms for biological control of plant
pathogens. Annual Review of Phytopathology, 31, 53-80.
Slusarenko, A. J., Anant Patel, Portz, D. 2008.Control of plant diseases by natural products: allicin
from garlic as a case study. European Journal of Plant Pathology, 121, 313-322.
Conference Title Seed treatment: challenges & opportunities. Proceedings of an international
Symposium, Wishaw, North Warwickshire, UK, 26-27 February 2001. Additional Title
Information BCPC Symposium Proceedings No. 76 ISBN 1-901396-76-2 Record Number
20023014761
Conference Seed health testing: progress towards the 21st century. Editors Hutchins, J. D.; Reeves, J.
C. Conference proceedings book Seed health testing: progress towards the 21st century. 1997 pp.
xvi + 263 pp. ISBN 0-85199-179-3 Record Number 19981002767
Scheel, C. 1997 Review on policy developments with regard to seed health testing and seed treatment
in the Nordic countries with special reference to Denmark. Conference Information: Seed health
testing: progress towards the 21st century. 107-114.
McGee, D. C 1995 Epidemiological approach to disease management through seed technology.
Annual Review of Phytopathology, 33, 445-466.
McGee, D. C 1995 Advances in seed treatment technology Paper presented at Asian seed 95 New
Delhi, India, 27-29 September 1995. Unedited (google)
Tuppen, R. J. 1977 The application to seeds of chemicals to control diseases and pests. Seed Science
and Technology, 5, 265-270.
Seaman WL, Wallen VR. 1966 effects of exposure to radio-frequency electric fields on seed-borne
pathogens. Canadian journal of Plant science, 47, 39-49.
Autres références utiles
Bartlett, D. H. Review of current and future seed treatment usage in oilseed rape. 1994. Conference
Information: Seed treatment: progress and prospects: Proceedings of a Symposium held at the
University of Kent, Canterbury, 5-7.
Doyle, P., Stypa, M., Schneidersmann, F., et al. 2001. New generation seed treatment products for
canola (Brassica napus, B. campestris) and mustard (Sinapis alba, Brassica juncea). Conference
Information: Seed treatment: challenges & opportunities. Proceedings of an international
Symposium, Wishaw, North Warwickshire, UK, 26-27 February 2001.
Paveley, N. D., Rennie, W. J., Reeves, J. C., et al 1997.Cereal seed health strategies in the UK. .
Conference Seed health testing: progress towards the 21st century. 95-106 .
Stephenson MM, Kushalappa AC, Raghavan GSV 1996. Effects of selected combination of
microwawe treatment factors on inactivation of ustilago nuda from barley seeds, 24, 557-570.
Bennett, M. A. 1998. The use of biologicals to enhance vegetable seed quality.
Conference Information: A symposium. Vegetable and flower seed quality, Boise, Idaho, USA,
June 1998. Seed Technology, 20, 198-208.
Groot, S. P. C., Birnbaum, Y., Kromphardt, C., et al. 2008. Effect of the activation of germination
processes on the sensitivity of seeds towards physical sanitation treatments. Seed Science and
Technology 36, 609-620.
Tinivella F, Hirata L, Celan M, et al. 2009. Control of seed-borne pathogens on legumes by microbial
and other alternative seed treatments. European Journal Plant Pathology, 2, 139-151.
Kikuchi, O. K., Todoriki, S., Saito, M., et al. 2003. Efficacy of soft-electron (low-energy electron
beam) for soybean decontamination in comparison with gamma-rays. Journal of Food Science 68,
649-652.
Références techniques par cultures
Betterave
Bador S. (2008). Maladies des betteraves porte-graine : les connaitre pour mieux les
combattre. Bulletin semences, n°201, pp. 32-35
Carotte
Mériaux B. (2009). Bactériose de la carotte, de l’identification du pathogène à la recherche de
moyens de lutte. Bulletin semences, n°209, pp. 27-28
Mériaux B., Delmond F. (2006). Le traitement des semences potagères à l’eau chaude.
Bulletin semences, n°188, pp. 46-47
Villeneuve F., Leteinturier J. (1992). La carotte : état des connaissances, tome 2. CTIFL,
227 p.
Céréales à paille
Caron D. (1993). Maladies des blés et des orges. ITCF, 87 p
Fougereux J.A. (2009). L’ergot des céréales en recrudescence. Bulletin semences, n°209, pp.
14-15
Haquin F. (2010). Traitements de semences de céréales : semences certifiées et protection
haut de gamme peuvent encore renforcer leurs synergies. Semences et progrès, n°146, pp.
6-17
Janson J.P. (2010). Ergot des céréales : il faut à nouveau s’en préoccuper ! Bulletin semences,
n°213, pp. 16-18
Lucas P. et al (2009). Piétin échaudage : associer les méthodes de lutte. Perspectives
agricoles, n°356, pp. 80-82
Robin N. (2009). Protection des semences de céréales à paille : le point sur la lutte fongicide
et insecticide. Perspectives agricoles, n°358, pp. 48-50
Seguin B. (2004). Le traitement des semences n’a jamais fait autant parler de lui !
Perspectives agricoles, n°303, pp. 36-44
Seguin B. (2009). Le traitement de semences de céréales, une approche incontournable pour
la protection des cultures. Bulletin semences, n°206, pp. 18-21
Colza
Hall R., Chigogora J.L., Phillips L.G. (1996). Role of seedborne inoculum of Leptosphaeria
maculans in development of blackleg on oilseed rape. Canadian journal of plant
pathology, 18, pp. 35-42
Penaud A. and al (2009). Évaluation d’un indicateur de risque en tant qu’outil d’aide à la
décision d’une protection contre la sclérotiniose du colza. In AFPP – 9e conférence
internaionales sur les maladies des plantes, Tours, 8 et 9 décembre
Épinard
Boucherie R. (2009). Anthracnose et tâches foliaires de l’épinard. Unilet infos, n°133, pp. 1415
Inaba T., Takahashi K., Morinaka T. (1983). Seed transmission of spinach downy mildew.
Plant diseases, 67, pp. 1139-1141
Serpeille A. (1999). Semences d’épinard, gare au mildiou ! Bulletin semences, n°146, pp. 3132
Pois protéagineux
Crosson P. (2010). Pois protéagineux : stratégies de lutte contre les maladies. Perspectives
agricoles, n°366, pp. 52-54
Crosson P. (2006). Maladies racinaires du pois : une nouvelle grille pour mieux gérer la
rotation. Bulletin semences, n°329, pp. 71-73
Crosson P. (2006). Maladies aériennes : rester vigilant sur pois d’hiver. Perspectives
agricoles, n°321, pp. 70-74
Fougereux J.A. (2005). Anthracnose du pois : détecter les symptômes en culture, adapter la
stratégie fongicide. Bulletin semences, n°182, pp 24-25
Fougereux J.A. (2004). La qualité sanitaire des semences de pois protéagineux : bilan de 20
années d’enquête. Bulletin semences, n°180, pp. 26-27
Lemarchand E., Marquet D., Tivoli B. (2000). Pois protéagineux : les maladies aériennes
présentes en France. Bulletin semences, n°153, pp. 18-19
Maufras J.Y. (1997). Maladies du pois protéagineux. UNIP-ITCF, 96 p.
Potagères
George R.A.T. (1999). Vegetable seed production, 2nd edition. CABI publishing, 328 p.
Koike S.T., Gladders P., Paulus A.O. (2007). Vegetable diseases, a colour handbook.
MANSON publishing, 448 p.
Ray-grass
Mériaux B. (2010). Traitements de semences de graminées : une solution contre les
champignons endophytes. Bulletin semences, n°214, pp. 29-30
Tournesol
Champion R. (1986). Les champignons parasites transmis par les semences de tournesol.
Bulletin semences, n°97, pp. 67-69
Fayret J., Quenin H., Perny A. (1996). Évolution de l’état sanitaire des semences de
tournesol : conséquences des attaques de capitules par Phomopsis helianthi et Phoma
macdonaldii. Phytoma, la défense des végétaux, n°487, pp. 37-40
Fabre B. (1988). Production de semences de tournesol : le contrôle de l’état sanitaire en
culture. Bulletin semences, n°103, pp. 59-62
Partie 2
Attention cette sélection d’articles a été plus particulièrement lue parce qu’ils donnaient une
information particulière ou importante mais il y a beaucoup d’autres articles disponibles dans la base
de références extraites.
Pythium
Martin FN, Loper JE 1999 Soilborne plant diseases caused by Pythium spp: Ecology, epidemiology,
and prospects for biological control Critical reviews in plant sciences 18 2 111-181
Tamm L., Thürig B., and al 2010. Soil type, management history, and soil amendments influence the
development of soil-borne (Rhizoctonia solani, Pythium ultimum) and air-borne (Phytophthora
infestans, Hyaloperonospora parasitica) diseases. European Journal of Plant Pathology 127:465481
McKellar M.E., and Nelson E.B. 2003. Compost-induced suppression of Pythium damping-off is
mediated by fatty-acid-metabolizing seed-colonizing microbial communities. Applied and
environmental microbiology 69:452-460
Scheuerell S.J., Sullivan D.M., and Mahaffee W.F. 2004. Suppression of seedling damping-off caused
by Pythium ultimum, P. irregulare, and Rhizoctonia solani in container media amended with a
diverse range of Pacific Northwest compost sources. Phytopathology 95:306-315
Chen M.H., and Nelson E.B. 2008. Seed-colinizing microbes from municipal biosolids compost
suppress Pythium ultimum damping-off on different plant species. Phytopathology 98:1012-1018
Van Dijk K., and Nelson E.B. 1998. Inactivation of seed exudates stimulants of Pythium ultimum
sporangium germination by biocontrol strains of Enterobacter cloacae and other seed-associated
bacteria. Soil Biology and Biochemestry 30:183-192
Kristek S., and al 2006. Influence of sugar beet seed treatment with Pseudomonas fluorescens and low
fungicide doses on infection with Pythium and plant yield and quality. J. Phytopathology 154:622625
Schmidt C.S., and al 2003. Influence of soil temperature and matric potential on sugar beet seedling
colonization and suppression of Pythium damping-off by the antagonist bacteria Pseudomonas
fluorescens and Bacillus subtilis. Phytopathology 94:351-363
Hawthorne, B. T. 1988 Pathogenicity of Pythium spp. to lucerne seedlings and relationships between
seed weight, seedling vigour, and infection by Pythium. New Zealand Journal of Agricultural
Research, 31 359-364
Stasz T.E., Harman G.E., and Marx G.A. 1980. Time and site of infection of resistant and susceptible
germinating pea seeds by Pythium ultimum. Phytopathology 70:730-733
Fukui R., Campbell G.S., and Cook R.J. 1994. Factors influencing the incidence of embryo infection
by Pythium spp. during germination of wheat seeds in soils. Phytopathology 84 :695-702
Saha S., and al 2008. Efficacy of different seed dressing agents in the control of damping-off disease
of chilli caused by Pythium aphanidermatum. J. Mycopathol. Res. 46:121-123
Fossdal C.G., and al. 2003. The putative gymnosperm plant defensin polypeptide (SPI1) accumulates
after seed germination, is not readily released, and the SPI1 levels are reduced in Pythium
dimorphum-infected spruce roots. Plant molecular biology 52:291-302
Davis R.M., Nunez J.J., and Subbarao K.V. 1997. Benefits of cotton seed treatments for the control of
seedling diseases in relation to inoculum densities of Pythium species and Rhizoctonia solani. Plant
disease 81:766-768
Sclerotinia
McQuilken M.P., Budge S.P., and Whipps J.M. 1997. Biological control of Sclerotinia sclerotiorum
by film-coating Coniothyrium minitans on to sunflower seed and sclerotia. Plant Pathology 46:919929
Buzi A., Chilosi G., De Sillo D., and Magro P. 2003. Induction of resistance in Melon to Didymella
bryoniae and Sclerotinia sclerotiorum by seed treatments with acibenzolar-S-methyl and methyl
jasmonate but not with salicylic acid. J. Phytopahology 152:34-42
Anthracnose (Ascochyta)
Kaiser W.J., and Hannan R.M. 1986. Incidence of seedborne Ascochyta lentis in lentil germ plasm.
Phytopathology 76:355-360
Septoriose Céréales à paille
Arseniuk E., Góral T., and Czembor H.J. 1993. Reaction of triticale, wheat and rye accessions to
graminaceous Fusarium spp. infection at the seedling and adult plant growth stages. Euphytica
70:175-183
Luke H.H., Pfahler P.L., and Barnett R.D. 1983. Control of Septoria nodorum on wheat with crop
rotation and seed treatment. Plant disease 67:949-951
Babadoost M., and Herbert T.T. 1984. Incidence of Septoria nodorum in wheat seed and its effects on
plant growth and grain yield. Plant disease 68:125-129
Shah D., Bergstrom G.C., and Ueng P.P. 1995. Initiation of Septoria nodorum blotch epidemics in
winter wheat by seedborne Stagonospora nodorum. Phytopathology 85:452-457
Fusarioses
Gilbert J., Tekauz A., and Woods S.M. 1997. Effect of storage on viability of Fusarium head blightaffected spring wheat seed. Plant disease 81:159-162
Bhaskara Reddy M.V., and al. 1998. Effect of microwave treatment on quality of wheat seeds infected
with Fusarium graminearum. J. agric. Engng Res. 71 :113-117
Hare M.C., Parry D.W., and Baker M.D. 1999. The relationship between wheat seed weight, infection
by Fusarium culmorum or Microdochium nivale, germination and seedling disease. European journal
of plant pathology 105:859-866
Dal Bello G.M., Mónaco C.I., and Simón M.R. 2002. Biological control of seedling blight of wheat
caused by Fusarium graminearum with beneficial rhizosphere microorganisms. World journal of
microbiology and biotechnology 18:627-636
Danielsen S., and Funck jensen D. 1998. Relationships between seed germination, fumonisin content,
and Fusarium verticillioides infection in selected maize sample from different regions of Costa Rica.
Plant pathology 47:609-614
Munkvold G.P., and Carlton W.M. 1997. Influence of inoculation method on systemic Fusarium
moniliforme infection of maize plants grown from infected seeds. Plant disease 81:211-216
Partie 3. Articles généraux et spécifiques
McLaughlin A., and Mineau P. 1995. The impact of agricultural practices on biodiversity. Agriculture,
ecosystems and environment 55:201-212
Becker J, Makus P, Schrader S (2001) Interactions between soil micro- and mesofauna
and plants in an ecofarming system Eur. J. Soil Biol. 37 245−249.
Oiseaux
Prosser P.J., and al. 2006. Estimating the rate of poisoning by insecticide-treated seeds in a bird
population. Ecotoxicology 15:657-664
Prosser P., and Hart A.D.M. 2005. Assessing potential exposure of birds to pesticide-treated seeds.
Ecotoxicology 14:679-691
Mason J.R., and Epple G. 1998. Evaluation of bird repellent additives to a simulated pesticide carrier
formation. Crop protection 17:657-659
Pascual, J. A and al. 1999. Agricultural methods to reduce risk to birds from cereal seed treatments on
fenlands in eastern England. I. Sowing depth manipulation. Agriculture, Ecosystems and
Environment 72:59-73
Pascual, J. A and al. 1999. Agricultural methods to reduce risk to birds from cereal seed treatments on
fenlands in eastern England. II. Rolling and harrowing as post-sowing cultivations. Agriculture,
Ecosystems and Environment 72:75-86
Pascual, J. A., Hart, A. D. M., Fryday, S. L1999. Incidence of lethal bird poisoning reduced by
regurgitation of pesticide-treated food. . Environmental Toxicology and Chemistry 18, 2, 247-253
Blus L.J., and al. 1984. Effects of heptachlor- and lindane-treated seed on Canada geese. Journal of
wildlife management 48:1097-1111
McKay H.V., and al. 1999. Do wood-pigeons avoid pesticide-treated cereal seed? Journal of applied
ecology 36:283-296
Arthropodes et vers de terre
Tremolada P., and al. 2010. Field trial for evaluating the effects on honeybees of corn sown using
Cruiser® and Celest xl® treated seeds. Bull Environ Contam Toxicol 85:229-234
Girolami, V. ; Mazzon, L. ; Squartini, A. ; Mori, N. ; Marzaro, M. ; Bernardo, A. di ; Greatti, M.;
Giorio, C. ; Tapparo, A. 2009 Translocation of neonicotinoid insecticides from coated seeds to
seedling guttation drops: a novel way of intoxication for bees. Journal of Economic Entomology
102 1808-1815
Greatti, M. ; Sabatini, A. G. ; Barbattini, R. ; Rossi, S. ; Stravisi, A. 2003 Risk of environmental
contamination by the active ingredient imidacloprid used for corn seed dressing. Preliminary
results. (Eds Porrini, C.; Bortolotti, L.) Bulletin of Insectology 56, 69-72
Rodriguez, E., Fernandez-Anero, F. J., Ruiz, P., et al. 2006 Soil arthropod abundance under
conventional and no tillage in a Mediterranean climate. Soil & Tillage Research 85, 229-233.
Brooks, D. R., Bohan, D. A., Champion, G. T., et al. 2003. Invertebrate responses to the management
of genetically modified herbicide-tolerant and conventional spring crops. I. Soil-surface-active
invertebrates. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological
Sciences, 358, 1847-1862.
Tarrant K.A., and al. 1997. Effects on earthworm populations of reducing pesticide use in arable crop
rotation. Soil biology and biochemistry 29:657-661
Rodríguez-Castellanos L., and Sanchez-Hernandez J.C. 2007. Earthworm biomarkers of pesticide
contamination: current status and perspectives. Journal of pesticide science 32:360-371
Biradar, A. P., Singh, P. K., Balikai, R. A. 2007 Studies on effect of pesticides to earthworms.
International Journal of Agricultural Sciences, 3: 116-119