Rapport Contrôle Qualité CClin Est 2013

Compte-Rendu du Contrôle de Qualité « Bactéries MultiRésistantes »
organisé par les CClins Ouest et Est – juillet 2013
Dr Loïc SIMON
Pharmacien Biologiste Hygiéniste, PH Coordonnateur
Responsable-adjoint CCLIN Est
I – CONTEXTE ET OBJECTIFS
ère
En 2013, un contrôle qualité (CQ) a été proposé pour la 1 fois par le CClin Est aux établissements
de santé participant au réseau de surveillance RAISIN des bactéries multirésistantes aux antibiotiques
(BMR). Ce CQ a été réalisé par le laboratoire de microbiologie qui participe à la surveillance des BMR
pour les établissements inscrits à ce réseau. Ce CQ est à la fois gratuit et facultatif pour les
établissements de santé et les laboratoires qui ont souhaité y participer. Les dépenses ont été à la
charge du CClin Est.
L’objectif principal a été d’évaluer la qualité de détection des résistances bactériennes par les
laboratoires participants.
II – METHODE
II.1. Sélection et envoi des souches
Des souches bactériennes test ont été sélectionnées par un groupe d’experts du réseau des
microbiologistes du CCLIN Ouest et Est.
Elles ont été préparées, conditionnées et adressées par un prestataire spécialisé, la société Elitech.
II.2. Caractéristiques des souches adressées
Les souches bactériennes adressées ont été préalablement vérifiées et validées par nos deux
laboratoires experts de l’inter-région Est :
- laboratoire d’hygiène hospitalière, CHU de Besançon (Pr. X. Bertrand)
- laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, CHU de Reims (Pr. C. De Champs)
III. RESULTATS
A. Participation (voir liste en annexe)
- nombre de laboratoires inscrits dans l’inter- région Est : 62
- nombre de laboratoires ayant répondu : 58
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B. Souche n°1 : Staphylococcus aureus
1) Résultats attendus
Réponse
attendue
Nb de
réponses
Nb de
réponses
strictement
conformes
% réponses
strictement
conformes
Oxacilline
R
56
55
98%
Céfoxitine
R
46
45
98%
Kanamycine
R
57
56
98%
Tobramycine
R
56
56
100%
Gentamicine
S
57
57
100%
Erythromycine
R
58
58
100%
Lincomycine
S
56
48
86%
Pristinamycine
S
57
57
100%
Fosfomycine
S
58
58
100%
Acide fusidique
R
58
54
93%
Fluoroquinolones
S
57
57
100%
Cotrimoxazole
S
57
57
100%
Rifampicine
S
58
56
97%
Teicoplanine
S
58
58
100%
Vancomycine
S
58
58
100%
Antibiotiques
% de
réponses
autres
R=9
I=5
I=1,7
S=5,2
Il s’agissait d’une souche de Staphylococcus aureus résistante à la méticilline (SARM), appartenant
au Clone ST5 producteur de la toxine du choc staphylococcique (TSST-1), aussi nommé par le CNR
des Staphylocoques « clone Géraldine ». Outre la résistance à la méticilline, cet isolat se caractérisait
par une sensibilité aux fluoroquinolones, une résistance aux aminosides de type KT (kanamycinetobramycine) par production d’une nucléotidyl-transférase, une résistance aux macrolides de type
MLSb inductible (résistance à l’érythromycine et sensibilité à la lincomycine, la clindamycine et la
spiramycine) et une résistance à l’acide fusidique.
Ce phénotype, très stable, ne doit pas être confondu avec le phénotype caractéristique du clone
communautaire ST80 producteur de leucocidine de Panton-Valentine (LPV). Ce dernier comporte une
résistance aux aminosides de type K (kanamycine et néomycine) par production d’une
phosphotransférase. Si le clone ST80 est un clone communautaire quasi exclusif, en général isolé
d’infections cutanées ou sous-cutanées et pour lequel un lien épidémiologique avec un pays du
Maghreb est souvent retrouvé, le clone ST5, lui, est isolé autant d’infections communautaires que
d’infections associées aux soins (http://jcm.asm.org/content/46/10/3454.full.pdf+html). Il est retrouvé
en général comme responsable d’infections suppurées, celles-ci n’étant que rarement accompagnées
de chocs staphylococciques.
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2) Résultats rendus par les participants
Cinquante-cinq des 56 laboratoires répondants ont identifié la résistance à la méticilline. La détection
de la résistance à l’acide fusidique n’a pas été vue pour 4 laboratoires sur 58. A noter que 12
laboratoires sur 58 n’ont pas déterminé la résistance à la cefoxitine.
3) Commentaires
Une enquête menée en 2008 par l’ONERBA dans 104 laboratoires français sur les souches de
Staphylococcus aureus résistantes à la méthicilline et à l’acide fusidique et sensible aux
fluoroquinolones et à la gentamicine a montré trois phénotypes de résistance différents. Les souches
résistantes à la kanamycine étaient associées au clone européen ST80, producteur de toxine de
Panton-Valentine. Les souches résistantes à la kanamycine et la tobramycine étaient associées au
clone ST5, producteur de la toxine du choc toxique staphylococcique (TSST1). Les souches sensibles
aux aminosides n’étaient pas liées à ces clones mais possédaient pour 73% d’entre elles le gène de
la toxine TSST1. (J. Robert et al. AAC 2011 ; 55 : 1734-9)
C. Souche n° 2 : Klebsiella pneumoniae
1) Résultats attendus
Antibiotiques
Réponse
attendue
Nb de
réponses
Nb de
réponses
strictement
conformes
% réponses
strictement
conformes
Amoxicilline
R
55
55
100%
Amoxicilline + acide
clavulanique
R
57
57
100%
Pipéracilline/tazobactam
R
55
55
100%
Céfoxitine
S
55
51
93%
Céfotaxime
S
55
54
98%
Imipénème
I
54
13
24%
Ertapénème
R
52
46
88%
Tobramycine
S
50
49
98%
Gentamicine
S
56
55
98%
Amikacine
S
57
56
98%
Acide nalidixique
S/I
53
19
36%
Fluoroquinolones
R
57
43
75%
Cotrimoxazole
R
56
54
96%
% de
réponses
autres
R=33
S=43
I=6
S=6
R=64
Souche productrice de carbapénèmase mais dépourvue de BLSE. Il s’agit en fait d’une souche OXA48 isolée en Basse-Normandie chez un patient provenant du Maghreb.
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Tandis que la résistance à l’ertapénème était évidente, la souche apparaissait intermédiaire à
l’imipénème par la méthode des disques (CMI à faire) mais sensible par méthode automatisée (ex.
Vitek). Il y avait une forte suspicion de la présence d’une carbapénèmase devant l’absence de
production de BLSE/céphalosporinase (sensibilité aux C3G) et d’imperméabilité (sensibilité à la
céfoxitine). Même si la présence d’une carbapénèmase est souvent associée à celle d’une BLSE,
certaines souches (notamment OXA-48) ne produisent pas de BLSE. Ceci peut avoir une
conséquence dans le dépistage de souches d’EPC avec les milieux de recherche « BLSE » contenant
des C3G, ces souches y étant parfaitement sensibles (comme c’est le cas ici). Il est donc préférable
d’utiliser des milieux de dépistage « Carbapénèmases » qui contiennent de l’imipénème. A noter que
les principales carbapénèmases actuellement retrouvées chez les entérobactéries sont : KPC (classe
A ; Israël et Etats-Unis), NDM-1 (classe B ; Inde et Royaume-Uni) et OXA-48 (classe D ; Maghreb et
Turquie). Devant la suspicion d’une EPC, une recherche de carbapénèmase peut être réalisée par un
test chromogénique rapide (ex. Carba NP test), le test de Hodge ou la méthode des disques avec
inhibiteurs (acide boronique pour classe A ; EDTA pour classe B ; pas d’inhibiteur pour classe D).
Dans le cas présent, la souche présentait un Carba NP test et un test de Hodge positifs tandis qu’il n’y
avait pas d’inhibition visible par la méthode des disques avec inhibiteurs. Dans tous les cas, une
confirmation par PCR spécifique doit être effectuée (CHU ou CNR). Enfin, la souche était sensible aux
aminosides et résistante aux fluoroquinolones et au cotrimoxazole.
2) Résultats rendus par les participants
Quarante et un des 54 laboratoires n’ont pas déterminé le caractère intermédiaire de cette souche à
l’imipénème. Les laboratoires ont surtout rendu un résultat sensible à l’imipénème du fait de
l’utilisation d’automate. A noter quand même qu’un tiers d’entre eux ont vu une résistance à
l’imipénème.
Près de deux tiers des laboratoires ont considéré à tort que cette souche était résistante à l’acide
nalidixique.
3) Commentaires
Les souches d’entérobactéries productrices d’OXA-48 ont donné plusieurs épidémies en France. Ces
épidémies sont en général dues à des souches qui produisent également une BLSE (SHV-2a chez K.
pneumoniae (Poirel 2004) par exemple) et peuvent être associées à une imperméabilité due à une
perte de porine (Poirel 2004). Les gènes qui les codent sont plasmidiques et associés à d’autres qui
rendent la bactérie multirésistante. Ce n’est pas le cas de la souche introduite dans ce contrôle de
qualité.
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D. Souche n° 3 : Acinetobacter baumannii
1) Résultats attendus
Réponse
attendue
Nb de
réponses
Nb de
réponses
strictement
conformes
% réponses
strictement
conformes
Ticarcilline
R
56
55
98%
Ticarcilline + acide
clavulanique
R
56
56
100%
Pipéracilline
R
54
54
100%
Pipéracilline/tazobactam
R
54
54
100%
Ceftazidime
R
57
57
100%
Imipénème
R
57
57
100%
Gentamicine
R
57
40
70%
S= 30
Tobramycine
R
55
40
73%
S= 26
Amikacine
R
37
37
100%
Ciprofloxacine
R
56
56
100%
Antibiotiques
% de
réponses
autres
Souche multi-résistante aux antibiotiques, incluant l’ensemble des β-lactamines (y compris les
carbapénèmes) et des aminosides. Il s’agit d’une souche, co-produisant OXA-23 et ArmA, isolée chez
un patient hospitalisé en Roumanie et rapatrié au CHU de Caen. La détection de la résistance aux
carbapénèmes était très aisée avec l’observation d’une résistance de haut niveau à l’imipénème, que
ce soit en diffusion ou par méthode automatisée. La résistance aux carbapénèmes chez A. baumannii
est principalement due aux carbapénèmases de type OXA : OXA-23 (comme c’est le cas ici), OXA-24
et OXA-58. Par hyperproduction, l’OXA-51 naturelle d’A. baumannii peut aussi conférer une résistance
de haut niveau aux carbapénèmes. A noter que dans le cas présent les trois tests utilisés pour les
EPC (Carba NP test, test de Hodge et méthode des disques avec inhibiteurs) étaient négatifs. Une
confirmation par PCR spécifique doit être effectuée pour identifier le gène de résistance (CHU ou
CNR). La souche était également résistante à toutes les autres β-lactamines testées, suggérant la
présence d’autres mécanismes de résistance (notamment hyperproduction de céphalosporinase). La
souche présentait également une résistance de haut niveau à tous les aminosides utilisables en
clinique. Ce phénotype était dû à la production de l’ARN méthylase plasmidique ArmA, qui donne
classiquement ces images de résistance hétérogène. Enfin, la souche était résistante à haut niveau
aux fluoroquinolones et seule la colistine et la rifampicine restaient actives (ces antibiotiques avaient
d’ailleurs été utilisés pour traiter le patient.
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2) Résultats rendus par les participants
Les laboratoires ont bien identifié les résistances aux β-lactamines y compris les carbapénèmes. Par
contre, l’identification de la résistance aux aminosides est moins bonne car 30% et 27% des
laboratoires ont rendu sensible au lieu de résistant, respectivement à la gentamicine et à la
tobramycine : une double zone en diffusion autour des aminosides est peut-être responsable de cette
difficulté même si c’était attendu car spécifique de l’enzyme ArmA.
3) Commentaires
Comme beaucoup de souches d’Acinetobacter baumannii productrices de BLSE, celles d’A.
baumannii productrices de carbapénémase ont été en cause dans des épidémies dans le monde.
OXA-23 confère par son activité une résistance à la ticarcilline et aux carbapénèmes mais hydrolyse
faiblement la ceftazidime. (Héritier et al 2005). La résistance à cette molécule observée dans la
souche du CQ est donc liée à un autre mécanisme de résistance, notamment la céphalosporinase
chromosomique comme le montrait l’augmentation du diamètre autour du disque de ceftazidime sur
milieu à la cloxacilline 1000 mg/L.
IV – CONCLUSIONS
Les souches proposées ici avaient pour but de sensibiliser les laboratoires aux antibiotypes
fréquemment rencontrés chez les souches de S. aureus productrices de toxines. En ce qui
concerne la souche de S. aureus, les erreurs majeures sont celles qui font rendre sensible une
souche résistante, et plus particulièrement lorsque cela concerne la méticillino résistance.
La détection de la production de carbapénémase est parfois difficile chez les entérobactéries.
Si on veut enrayer la diffusion des souches productrices d’OXA-48 l’idéal serait de toutes les
détecter. Les épidémies sont généralement dûes à des souches multirésistantes et les
laboratoires devront observer tout particulièrement la sensibilité aux carbapénèmes sur ces
souches multirésistantes (voir chapitre ci-dessus). Dans un contexte épidémique on peut
recommander que cette vigilance soit appliquer aux souches plus sensibles comme celle
proposée ici.
En ce qui concerne Acinetobacter baumannii il faut garder à l’esprit que les souches
multirésistantes peuvent être à l’origine d’épidémies très difficiles à maîtriser et qu’elles
doivent également faire l’objet d’une alerte aux services cliniques
Remerciements : Dr H. Sénéchal (CClin Ouest), Pr Ch. De Champs (CHU Reims), Pr X Bertrand
(CHU Besançon)
Références :
Laurent Poirel et al. Emergence of Oxacillinase-Mediated Resistance to Imipenem in Klebsiella
pneumoniae ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, Jan. 2004, p. 15–22 Vol. 48,
Claire Héritier et al. Contribution of Acquired Carbapenem-Hydrolyzing Oxacillinases to Carbapenem
Resistance in Acinetobacter baumannii. ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, Aug.
2005, p. 3198–3202 Vol. 49
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ANNEXE : LISTE DES ETABLISSEMENTS PARTICIPANTS
Les laboratoires qui ont participé à ce CQ peuvent travailler pour plusieurs structures de santé
mais seuls les établissements de santé inscrits à la surveillance BMR 2012 apparaissent sur
cette liste.
ALSACE
Laboratoire de Bactériologie Plateau Technique de
Microbiologie (Strasbourg)
BIO 67 – Schuh (Strasbourg)
Laboratoire du CH de la Lauter
(Wissembourg)
Centre Hospitalier – Laboratoire
(Haguenau)
Centre Hospitalier - Laboratoire
de microbiologie (Saverne)
Laboratoire BIOLIA (Saverne)
Laboratoire du Diaconat
(Mulhouse)
CHRU - Strasbourg
Clinique de l'Orangerie - Strasbourg
CLCC Paul Strauss à Strasbourg
Clinique Adassa à Strasbourg
Clinique des Diaconesses à Strasbourg
Clinique Sainte Odile à Strasbourg
Groupe Hospitalier Saint-Vincent à Strasbourg
CH de la Lauter - Wissembourg
CH - Haguenau
CH - Saverne
Hôpital du Neuenberg - Ingwiller
Fondation de la Maison du Diaconat - Mulhouse
SSR Saint-Jean à Sentheim
Centre Hospitalier - Laboratoire
de Microbiologie (Mulhouse)
CH - Mulhouse
Clinique Saint-Damien de Mulhouse
Laboratoire des Menetriers
(Ribeauvillé)
HL - Ribeauvillé
Laboratoire BIOPOLE21 (Dijon)
BOURGOGNE
Clinique Ste Marthe - Dijon
Clinique Bénigne Joly à Talant
Laboratoire Régional de Biologie
Medicale groupe Novescia
Bourgogne (Dijon)
Clinique de Fontaine-les-Dijon
Clinique de Convalescence Gériatrique de Fontaine-les-Dijon
Laboratoire NOVELAB Macon
Nord
Laboratoire du CH Mâcon
Centre Hospitalier – Laboratoire
(Montceau les Mines)
Clinique La Roseraie à Hurigny
CH - Mâcon
CH - Montceau les Mines
CH Le Creusot
Centre Hospitalier - Service de
Biologie (Chalon-sur-Saône)
Laboratoire Varlot (Louhans)
Laboratoire Jorion
Laboratoire PLEUX SIMART
(Auxerre)
Centre Hospitalier – Laboratoire
(Auxerre)
Laboratoire BIO+ (Sens)
CH - Chalon-sur-Saône
Hôpital Local - Louhans
HL "Les Marronniers" - Toulon sur Arroux
CH de Paray-le-Monial
Polyclinique Ste Marguerite - Auxerre
CH - Auxerre
Centre de Convalescence Ste Colombe - St Denis les Sens
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Clinique Paul Picquet - Sens
CHAMPAGNE-ARDENNE
Centre Hospitalier – Laboratoire
(Troyes)
Laboratoire d'analyse médicale
Préau (Romilly sur Seine)
CH - Troyes
CRRF Pasteur de Troyes
Clinique du Pays de la Seine - Romilly sur Seine
CHU - Laboratoire de
Bactériologie-Virologie – Hygiène CHU - Reims
(Reims)
Institut Jean Godinot - Reims
Centre Hospitalier Auban Moët –
CH Auban Moët - Epernay
Laboratoire (Epernay)
Centre Hospitalier - Service de
CH - Chaumont
Biologie Médicale (Chaumont)
Centre Hospitalier – Laboratoire
CH - Saint-Dizier
(Saint-Dizier)
HL - Montier
Laboratoire du Centre Hospitalier
CH - Langres
(Langres)
BIOARD'AISNE (Charleville
Clinique du Dr L'Hoste - Villers Semeuse
Mézières)
Centre Hospitalier - Laboratoire
de Biologie Clinique (Charleville
CH - Charleville Mézières
Mézières)
CH - Sedan
Bio Ard'Aisne (Rethel)
Groupe Hospitalier Sud-Ardenne - Rethel
CBM25 (Besançon)
CHU de Besançon - Laboratoire
d'Hygiène Hospitalière
FRANCHE COMTE
CRF - Quingey
Polyclinique de Franche-Comté - Besançon
CH de Salins-les-Bains
Clinique Saint Vincent - Besançon
CHU - Besançon
CRF de Brégilles - Besançon
Centre de soins Tilleroyes - Besançon
Laboratoire de Microbiologie
(Montbeliard)
CH de Pontarlier - Laboratoire de
Biologie Médicale
BIOHD (Morteau)
Centre de Biologie médicale
(Lons le Saunier)
CH - Montbeliard
CH - Pontarlier
HL Paul Nappez - Morteau
HL - Arbois
Clinique du Jura - Lons le Saunier
Laboratoire Piedimonte Veyrat
(Lons le Saunier)
CHI de Haute Saône –
laboratoire (Vesoul)
CH - Poligny
CHI Haute Saône - Vesoul
CRF de Navenne à Vesoul
Laboratoire de Microbiologie
(Belfort)
CH - Belfort
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LORRAINE
Maternité Régionale Universitaire
Maternité Régionale - Nancy
– Laboratoire (Nancy)
Laboratoire du SINCAL Centre
Sincal - Nancy
Chirurgical Emile Gallé (Nancy)
Laboratoire ATOUBIO Plateau
IRR - Nancy
microbiologie (Nancy)
Clinique Louis Pasteur - Essey les Nancy
CHI de Pompey-Lay-Saint-Christophe
SSR Les Elieux à Seichamps
Laboratoire de Biologie médicale
CH - Briey
CH Briey
Laboratoire Thouvenin Gonthier
CH - Toul
(Toul)
Laboratoire Saint-Rémy
CH - Lunéville
(Lunéville)
Clinique Jeanne d'Arc - Lunéville
Maison Hospitalière de Baccarat
Maison de Repos et de Convalescence - Baccarat
Centre Hospitalier Saint-Nicolas Laboratoire de Bactériologie
CH - Verdun
(Verdun)
SEARL SYNDIBIO Laboratoire
CH - Commercy
XAILLE-KLEIN (Commercy)
Laboratoire EspaceBio (Metz)
EPDS de Gorze
Centre de Moyen Séjour - Charleville Sous Bois
Laboratoire - Hôpital Robert
Hôpital Robert Schuman - Metz-Vantoux
Schuman (Metz)
EVOLAB (Thionville)
Clinique Ambrose Paré de Thionville
Laboratoire Fohlen –
Hôpital Saint-François de Marange-Silvange
Bioconcorde (Fameck)
Association Hospitalière de la Vallée de l’Orne (AHVO) de
Moyeuvre-Grande
Centre Hospitalier Saint-Nicolas
Centre de Réadaptation Saint-Luc à Abreschviller
(Sarrebourg)
Laboratoire de l'Hôpital de
CH - Freyming Merlebach
Freyming-Merlebach
Laboratoire ANALYSIS/CULARD
Hôpital de l'Avison - Bruyères
(Epinal)
SOGECLER à Epinal
Centre Hospitalier - Laboratoire
CH - Epinal
de Microbiologie (Epinal)
Centre Hospitalier – Laboratoire
CH - Saint-Dié
(St Dié)
Centre Hospitalier - LABM de
CH - Neufchâteau
Neufchateau
HIA Legouest (Metz)
HIA Legouest - Metz
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