Université Bordeaux 1 ENSEIRB MATHMECA - Université

Transcription

LaBRI
Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
UMR 5800 du CNRS - Université Bordeaux 1
ENSEIRB MATHMECA - Université Bordeaux 2
Laboratoire associé à l’INRIA
BILAN
2005-2009
351, Cours de la Libération, 33405 Talence - France
[email protected] – http://www.labri.fr
Table des matières
1 Bilan de l’unité
1.1 Présentation générale du laboratoire . . .
1.1.1 Aperçu du laboratoire . . . . . . .
1.1.2 Structuration de la recherche . . .
1.1.3 Faits marquants . . . . . . . . . .
1.1.4 Partenariats . . . . . . . . . . . . .
1.1.5 Situation par rapport aux objectifs
1.1.6 Ressources humaines . . . . . . . .
1.1.7 Formation . . . . . . . . . . . . . .
1.1.8 Production scientifique . . . . . . .
1.1.9 Relations industrielles . . . . . . .
1.1.10 Gouvernance . . . . . . . . . . . .
1.1.11 Ressources financières . . . . . . .
1.1.12 Equipe systèmes et réseaux . . . .
1.1.13 Hygiène et Sécurité . . . . . . . . .
1.2 Bilan des publications . . . . . . . . . . .
1.2.1 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . .
1.2.2 Co-publications extérieures . . . .
1.2.3 Synthèse inter-équipe . . . . . . .
1.2.4 Publications inter-équipe . . . . .
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du présent quadriennal
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2 Équipe combalgo
2.1 Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1.1 Permanents . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1.2 Non permanents . . . . . . . . . . . . . .
2.1.3 Personnel sur contrat industriel . . . . . .
2.2 Présentation du bilan . . . . . . . . . . . . . . .
2.2.1 Algorithmique distribuée . . . . . . . . .
2.2.2 Combinatoire énumérative et algébrique .
2.2.3 Graphes et applications . . . . . . . . . .
2.2.4 EPI CEPAGE . . . . . . . . . . . . . . .
2.3 Faits marquants . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.4 Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.5 Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.6 Coopérations, contrats et valorisation . . . . . .
2.7 Thèses et HDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.8 Publications de l’équipe combalgo . . . . . . .
2.8.1 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.8.2 Revues [ACL] . . . . . . . . . . . . . . . .
2.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN] . . . . . . .
2.8.4 Ouvrages [OS, OV] . . . . . . . . . . . . . .
2.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF,
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66
66
TABLE DES MATIÈRES
2.9
2.10
2.11
2.12
2.13
Annexe A : Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités . . . .
2.9.2 Comité de programme . . . . . . . . . . . .
2.9.3 Organisation de conférences, écoles, ateliers,
2.9.4 Evaluation, expertise . . . . . . . . . . . . .
2.9.5 Rapporteur d’HDR ou de thèse étrangères .
Annexe B : Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.10.1 Habilitations (hors LaBRI) . . . . . . . . .
2.10.2 Thèses (hors LaBRI) . . . . . . . . . . . . .
Annexe C : Coopérations . . . . . . . . . . . . . .
2.11.1 Officialisées ou internationales . . . . . . . .
2.11.2 Attestées . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.11.3 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.11.4 Invités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.11.5 Invitations . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Annexe D : Contrats et valorisation . . . . . . . .
2.12.1 Contrats institutionnels . . . . . . . . . . .
2.12.2 Contrats industriels . . . . . . . . . . . . .
Annexe E : Thèses et HDR de l’équipe . . . . . . .
2.13.1 Habilitations . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.13.2 Thèses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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3 Équipe is
3.1 Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.1 Permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.2 Non permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.3 Personnel sur contrat industriel . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Présentation du bilan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.1 Thème AIV : Analyse et Indexation Vidéo . . . . . . . . .
3.2.2 Thème MVI3D :Modélisation, Visualisation et Interaction
3.2.3 Thème MSM : Modélisation du Son et de la Musique . . .
3.2.4 Thème SAI : Structuration et analyse d’images . . . . . .
3.3 Faits marquants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.4 Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.5 Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.6 Coopérations, contrats et valorisation . . . . . . . . . . . . . . .
3.7 Thèses et HDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.8 Publications de l’équipe is . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.8.1 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.8.2 Revues [ACL] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN] . . . . . . . . . . . . . . . .
3.8.4 Ouvrages [OS, OV] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP] . . . .
3.9 Annexe A : Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités . . . . . . . . . . . .
3.9.2 Comité de pilotage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.9.3 Comité de programme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.9.4 Organisation de conférences, écoles, ateliers, ... . . . . . .
3.9.5 Evaluation, expertise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.10 Annexe B : Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.10.1 Habilitations (hors LaBRI) . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.10.2 Thèses (hors LaBRI) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.10.3 Concours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.11 Annexe C : Coopérations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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112
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112
114
114
TABLE DES MATIÈRES
3.11.1 Officialisées ou internationales . . . . . . . .
3.11.2 Attestées . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.11.3 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.11.4 Invités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.11.5 Invitations . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.12 Annexe D : Contrats et valorisation . . . . . . . .
3.12.1 Contrats institutionnels . . . . . . . . . . .
3.12.2 Contrats industriels . . . . . . . . . . . . .
3.12.3 Brevets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.13 Annexe E : Thèses et HDR de l’équipe . . . . . . .
3.13.1 Habilitations . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.13.2 Thèses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.13.3 Thèses en co-tutelles . . . . . . . . . . . . .
3.14 Annexe F : Responsabilité à caractère scientifique .
3.14.1 Nationales . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.14.2 Conseil scientifique . . . . . . . . . . . . . .
3.14.3 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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4 Équipe lsr
4.1 Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1.1 Permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1.2 Non permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1.3 Personnel sur contrat industriel . . . . . . . . . . .
4.2 Présentation du bilan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.3 Faits marquants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.4 Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.5 Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.6 Coopérations, contrats et valorisation . . . . . . . . . . .
4.7 Thèses et HDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8 Publications de l’équipe lsr . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.1 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.2 Revues [ACL] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN] . . . . . . . . . . . .
4.8.4 Ouvrages [OS, OV] . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP]
4.9 Annexe A : Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités . . . . . . . .
4.9.2 Comité de pilotage . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.9.3 Comité de programme . . . . . . . . . . . . . . . .
4.9.4 Organisation de conférences, écoles, ateliers, ... . .
4.9.5 Evaluation, expertise . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.9.6 Rapporteur d’HDR ou de thèse étrangères . . . . .
4.10 Annexe B : Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.10.1 Habilitations (hors LaBRI) . . . . . . . . . . . . .
4.10.2 Thèses (hors LaBRI) . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.10.3 Prix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.11 Annexe C : Coopérations . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.11.1 Officialisées ou internationales . . . . . . . . . . . .
4.11.2 Attestées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.11.3 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.11.4 Invités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.11.5 Invitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.12 Annexe D : Contrats et valorisation . . . . . . . . . . . .
4.12.1 Contrats institutionnels . . . . . . . . . . . . . . .
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152
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153
153
153
TABLE DES MATIÈRES
4.12.2 Contrats industriels . . . . . .
4.12.3 Brevets . . . . . . . . . . . . .
4.12.4 Autres logiciels . . . . . . . . .
4.13 Annexe E : Thèses et HDR de l’équipe
4.13.1 Habilitations . . . . . . . . . .
4.13.2 Thèses . . . . . . . . . . . . . .
4.13.3 Thèses en co-tutelles . . . . . .
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5 Équipe mabiovis
5.1 Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.1.1 Permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.1.2 Non permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2.1 Objectifs scientifiques . . . . . . . . . . . . . . . .
5.2.2 Résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3 Faits marquants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3.1 CBMI 2007 Best Student Paper Award . . . . . . .
5.3.2 Génolevures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3.3 ProteomeBinders . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.3.4 Tulip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.4 Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.5 Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.7 Thèses et HDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.8 Publications de l’équipe mabiovis . . . . . . . . . . . . .
5.8.1 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.8.2 Revues [ACL] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.8.4 Ouvrages [OS, OV] . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.10 Annexe B : Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.10.3 Prix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.11.2 Attestées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.11.3 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.11.4 Invités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.11.5 Invitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.12.2 Contrats industriels . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.12.3 Autres logiciels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
5.13 Annexe E : Thèses et HDR de l’équipe . . . . . . . . . . .
5.13.1 Thèses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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185
185
185
186
186
186
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188
188
TABLE DES MATIÈRES
5.13.2 Thèses en co-tutelles
5.14 Annexe F : Responsabilité à
5.14.1 Nationales . . . . . .
5.14.2 Autres . . . . . . . .
7
. . . . . . . . . . . . .
caractère scientifique .
. . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . .
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6 Équipe mf
6.1 Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.1 Permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.1.2 Non permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.3 Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.4 Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.6 Thèses et HDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7 Publications de l’équipe mf . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7.1 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7.2 Revues [ACL] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.7.4 Ouvrages [OS, OV] . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9 Annexe B : Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.3 Prix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.9.4 Concours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.10.2 Attestées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.10.3 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.10.4 Invités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.10.5 Invitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.11.2 Contrats industriels . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.12 Annexe E : Thèses et HDR de l’équipe . . . . . . . . . . .
6.12.1 Habilitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.12.2 Thèses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.12.3 Thèses en co-tutelles . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.13 Annexe F : Responsabilité à caractère scientifique . . . . .
6.13.1 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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TABLE DES MATIÈRES
8
7 Équipe satanas
7.1 Composition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.1.1 Permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.1.2 Non permanents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.1.3 Personnel sur contrat industriel . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.2 Présentation du bilan . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.2.1 Supports exécutifs hautes performances (RUNTIME) . . . . . . .
7.2.2 Algorithmique et applications hautes performances (ScAlApplix)
7.3 Faits marquants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.4 Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.5 Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.6 Coopérations, contrats et valorisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.7 Thèses et HDR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.8 Publications de l’équipe satanas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.8.1 Synthèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.8.2 Revues [ACL] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.8.3 Conférences [INV, ACTI, ACTN] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.8.4 Ouvrages [OS, OV] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.8.5 Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP] . . . . . . . .
7.9 Annexe A : Visibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.9.1 Comité de rédaction, éditeur invités . . . . . . . . . . . . . . . .
7.9.2 Comité de programme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.9.3 Organisation de conférences, écoles, ateliers, ... . . . . . . . . . .
7.9.4 Evaluation, expertise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.10 Annexe B : Jurys . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.10.1 Habilitations (hors LaBRI) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.10.2 Thèses (hors LaBRI) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.10.3 Concours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.11 Annexe C : Coopérations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.11.1 Officialisées ou internationales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.11.2 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.11.3 Invités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.11.4 Invitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.12 Annexe D : Contrats et valorisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.12.1 Contrats institutionnels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.12.2 Contrats industriels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.12.3 Logiciels déposés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.12.4 Autres logiciels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.13 Annexe E : Thèses et HDR de l’équipe . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.13.1 Thèses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7.14 Annexe F : Responsabilité à caractère scientifique . . . . . . . . . . . . .
7.14.1 Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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8 Projet transversal
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8.1 Bilan du projet ViSiDiA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249
8.2 Faits marquants, contrats, coopérations ... . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251
9 Recherches pluridisciplinaires
9.1 Le SCRIME . . . . . . . . . .
9.1.1 Objectifs . . . . . . .
9.1.2 Fonctionnement . . . .
9.1.3 Bilan . . . . . . . . . .
9.2 Le CBiB . . . . . . . . . . . .
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TABLE DES MATIÈRES
10 Annexes
10.1 Hygiène et sécurité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.1.1 Bilan des accidents et incidents survenus dans l’unité et mesures prises
10.1.2 Identification des risques de l’unité et dispositions mises en oeuvre . .
10.1.3 Structures d’Hygiène et de Sécurité propres à l’unité . . . . . . . . . .
10.1.4 Formation des personnels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.1.5 Problèmes de sécurité subsistant . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.2 Formation du personnel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
10.3 Formation doctorale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
9
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10
11
Editorial
Ce rapport présente l’activité scientifique du LaBRI, le Laboratoire Bordelais de Recherche
en Informatique, unité mixte de recherche (UMR 5800) associée au CNRS et à l’Université de
Bordeaux (Université Bordeaux 1, Institut Polytechnique de Bordeaux et Université Bordeaux 2)
durant la période allant du 1er janvier 2005 au 31 août 2009. Créé il y a plus de 20 ans, le laboratoire
accueille plus de 280 personnes dont une centaine de doctorants. Il est structuré en six équipes et
partage 9 projets avec l’unité INRIA Bordeaux-Sud-Ouest. Le LaBRI est un des acteurs, avec le
Laboratoire Intégration du Matériau au Système et l’Institut de Mathématiques de Bordeaux du
Pôle Technologies de l’Information mis en avant lors de la labellisation de l’opération Campus.
Enfin, le LaBRI fait partie des pôles de compétitivité Aerospace Valley et Route des Lasers, et il
est membre fondateur de l’Institut Carnot Matériaux et Systèmes de Bordeaux (MIB).
Les thèmes de recherche du laboratoire couvrent un large spectre de l’informatique et incluent
à la fois des aspects fondamentaux et des aspects appliqués. Cette diversité est l’une des forces
du laboratoire car elle favorise les recherches aux frontières et les interactions entre thématiques
au sein de la discipline informatique. Elle est aussi un atout pour attirer les chercheurs et les
enseignants-chercheurs, comme le prouvent les recrutements du laboratoire. Elle permet enfin
l’émergence de nouveaux projets et de thématiques portées par de jeunes chercheurs.
Le laboratoire accueille la quasi-totalité des chercheurs et enseignant-chercheurs en informatique du site bordelais. Ses personnels assurent ainsi l’enseignement de l’informatique auprès d’environ 1900 étudiants. Nos étudiants ne connaissent pas de problèmes d’accès à l’emploi et nous
en sommes fiers. Certains de ceux que nous avons formés décident de s’engager dans les métiers
de la recherche, qu’ils soient ingénieurs ou doctorants, parce que notre laboratoire est présenté
par les enseignants aux étudiants. Nous sommes persuadés que l’unité et la visibilité du LaBRI
passent aussi par cet engagement, et que le travail de tous ceux qui, au quotidien, permettent à ces
étudiants de recevoir le meilleur enseignement possible, en particulier les nombreux responsables
de filières, est un atout pour tout le laboratoire.
Le LaBRI est également impliqué dans l’administration des établissements bordelais à tous les
niveaux. Nous avons parmi nos membres deux vice-présidents d’université, un directeur adjoint de
l’Institut Polytechnique de Bordeaux et un directeur d’IUT.
Notre laboratoire enfin, faiblement doté en personnels administratifs et techniques, se construit
jour après jour grâce à l’investissement constant de ces personnels dans la bonne marche du
laboratoire. Nous tenons ici à témoigner de leur efficacité et de leur professionnalisme.
Le LaBRI, avec le soutien des établissements du PRES Université de Bordeaux, du CNRS et
du Conseil Régional d’Aquitaine, a toujours eu la volonté et l’ambition de rassembler la recherche
informatique bordelaise. La montée en puissance du nouveau partenaire qu’est l’INRIA contribue à
ce développement par un apport conséquent de chercheurs au travers des projets communs LaBRIINRIA. Nous devrons dans les années à venir, en constante concertation avec tous les acteurs,
continuer à unir les forces en présence pour donner une visibilité et une attractivité encore plus
grande au site bordelais.
Les pages qui suivent vont décliner le bilan, puis le projet du laboratoire, globalement et au
niveau de chaque équipe. Nous espérons que leurs lecteurs percevront à travers elles la dynamique
qui anime le LaBRI et l’engagement très fort de ses membres pour que se développent de façon
harmonieuse une discipline et une communauté.
Nous ne pouvons terminer cet éditorial sans donner notre sentiment sur deux points importants.
D’abord, la surcharge de travail occasionnée par les évaluations. Certains de nos collègues cette
année vivront de nombreuses évaluations : LaBRI, INRIA Bordeaux Sud-Ouest, INRIA secteur
thématique, contrat ANR mi ou fin de parcours 1 . Chaque évaluation demande bien sûr un format
différent. On arrive ainsi à une situation où des chercheurs consacrent plus de temps à être évalué et
justifier les actions réalisées qu’à effectuer le travail de recherche et d’encadrement qui est le cœur de
leur mission. Ne serait-il pas plus simple et moins chronophage d’augmenter les crédits récurrents
1. À ces évaluations a posteriori s’ajoutent encore et de plus en plus les évaluations a priori que constituent les
demandes de projet (ANR, Europe, Région, Fondations diverses, etc).
12
afin de diminuer les évaluations de projets ? 2 de grouper les évaluations multi-organismes afin
de gagner en efficacité ? Nous sommes très loin de nous opposer au principe de l’évaluation :
nous travaillons pour et grâce à la puissance publique et il est légitime de rendre compte de nos
activités aux citoyens. Il faut cependant avoir conscience que le système actuel de multiplication des
évaluations surprend beaucoup les cadres des entreprises françaises (qui sont aussi des citoyens. . .)
et nos collègues étrangers.
Par ailleurs, nous somme convaincus que l’évaluation de l’activité scientifique ne se résume pas
au nombres d’articles publiés, ni même à une mesure de la notoriété des journaux et conférences
dans lesquels ils paraissent. L’activité scientifique se mesure sur une longue durée et plusieurs
dizaines d’années seront nécessaires pour savoir exactement quels résultats auront marqué notre
discipline. C’est en pensant à nos collègues évaluateurs et pour simplifier leur tâche que nous avons
effectué les décomptes, aussi scrupuleux que possible, qui sont présents dans ce rapport.
Maylis Delest
Directrice du LaBRI
2. c’est-à-dire favoriser l’évaluation a posteriori.
Bilan de l’unité
1.1
1.1.1
Présentation générale du laboratoire
Aperçu du laboratoire
Le LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique) est une Unité Mixte de Recherche (UMR 5800) associée au CNRS, à l’Université Bordeaux 1 Sciences et Technologies, à
l’Institut Polytechnique de Bordeaux (École Nationale Supérieure d’Electronique, Informatique et
Radiocommunications de Bordeaux) et à l’Université de Bordeaux 2 Victor Segalen. Le LaBRI
regroupe la quasi-totalité des informaticiens des établissements et organismes du site bordelais :
chercheurs CNRS, chercheurs INRIA, enseignants chercheurs des établissements tutelles ainsi que
ceux de l’Université Montesquieu Bordeaux 4 (Droit, sciences sociales et politique, sciences économiques et de gestion) soit 135 chercheurs permanents. Créé officiellement en 1986, il est actuellement rattaché à l’Institut des Sciences et Technologies de l’Information et de l’Ingénierie (ST2I)
du CNRS et en secondaire à l’Institut des sciences mathématiques et de leurs interactions(INSMI).
En ce qui concerne le comité national, le rattachement principal est en section 7 et en secondaire
en sections 1, 22 et 34.
Du fait de la diversité de ses thèmes de recherche, le LaBRI au cours du quadriennal était
rattaché secondairement au département MPPU (Mathématiques, physique, planète et univers)
ainsi qu’aux groupes de disciplines « Biologie cellulaire et moléculaire » et « Sciences de l’Homme
et de la Société ». En 2002, le LaBRI est devenu partenaire de l’Unité INRIA Futurs et depuis sa
création en 2007 de l’Unité INRIA Bordeaux Sud-Ouest avec qui le laboratoire partage 9 équipesprojet communes (dont 2 communes avec l’IMB). Le LaBRI est l’un des fondateurs de l’institut
Carnot « MIB » qui a été labellisé en 2007 par l’ANR. Il est membre des pôles de compétitivité
« Aerospace Valley » et « Route des Lasers » ainsi que du GIS Matériaux.
1.1.2
Structuration de la recherche
Au début de ce contrat, le LaBRI est passé de 5 à 6 équipes qui fondent le laboratoire et
couvrent très largement les domaines de recherche en Informatique. La liste des équipes est la
suivante :
– Combinatoire et Algorithmique (CA)
– Image et Son (IS)
– Langages, Systèmes et Réseaux (LSR)
– Méthodes Formelles (MF)
– Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d’informations (MABioVis)
– Supports et AlgoriThmes pour les Applications Numériques hAutes performanceS.(SATANAS).
Cette structuration s’accompagne de nombreuses collaborations entre équipes et donne lieu
régulièrement à l’émergence de projets transversaux. Un programme de groupe de travail très
fourni nourrit ces collaborations : on en compte une douzaine, plus un séminaire général et un
séminaire de doctorants. Les collaborations les plus fructueuses ont donné naissance à de nouvelles
thématiques. La Bioinformatique et la Visualisation qui composent l’équipe MABioVis créée pour
ce quadriennal sont le résultat de ce type d’essaimage. Deux projets transversaux sont actuellement
identifiés :
– projet Visidia : modélisation, visualisation en algorithmique distribuée qui concerne « Combinatoire et Algorithmique » et « Méthodes Formelles »,
– projet Simbals : algorithmique du texte et modélisation du son qui concerne «Image et Son
» et «Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d’informations ».
CHAPITRE 1. BILAN DE L’UNITÉ
14
Au sein de chaque équipe, se développent des projets communs avec l’INRIA. Le contour des
équipes INRIA ne correspond pas toujours exactement à celui des thèmes des équipes. Les raisons
en sont de deux ordres : certains chercheurs souhaitent travailler sur des thèmes plus larges que
l’équipe projet INRIA, des chercheurs publiants sont dans une thématique proche mais distincte
de l’équipe projet. Les équipes INRIA sont actuellement au nombre de neuf.
– Cepage : Chercher et Essaimer dans les Plates-formes A Grande Echelle (CA)
– Gravite : Visualisation et exploration interactive de graphes (MABioVis)
– Iparla : Visualisation et manipulation d’objets complexes sur terminaux mobiles communicants (IS)
– Magnome : Modèles et Algorithmes pour le génome (MABioVis)
– Phoenix : Conception de programmes et systèmes adaptatifs (LSR)
– RealOpt (commun avec l’IMB) : Reformulations et algorithmes pour l’Optimisation combinatoire (CA)
– Runtime : Supports exécutifs performants pour architectures parallèles (SATANAS)
– Scalapplix (commun avec l’IMB) : Deux équipes projets communes avec l’INRIA sont en
cours de création issues de ce projet : BACCHUS (Outils de calcul intensif pour l’algorithmique numérique et la résolution de problèmes hyperboliques) et HiePACS (Algorithmes
hautement parallèles pour les simulations numériques frontières)
– Signes (incluant des enseignants chercheurs de l’Université Montaigne non rattachés au LaBRI) : Signes linguistiques, grammaire et sens : algorithmique logique de la langue (MF)
Le projet transversal Simbals ayant pour thème l’analyse de la musique se propose d’engager
des discussions avec l’INRIA. Le LaBRI est partenaire du SCRIME (Studio de Création et de
Recherche en Informatique et Musique Électroacoustique) et du CBIB (Centre de Bioinformatique
de Bordeaux). On trouvera une description de ces deux structures en annexe.
1.1.3
Faits marquants
Dans ce paragraphe nous listons quelques faits marquants du laboratoire durant ce quadriennal. Tout d’abord, un certain nombre de nominations et de distinctions sont intervenues. Deux
professeurs ont reçu le titre de Docteur Honoris Causa de l’Université Bordeaux 1 à l’initiative du
LaBRI : D.E. Knuth (Stanford University) en 2007 et J. Nešetřil (Charles University, Prague) en
2009. B. Courcelle et A. Muscholl sont devenus membres de l’Institut Universitaire de France. Y.
Métivier a vu son idée de doctorant-conseil en entreprise du précédent quadriennal concrétisée et
développée par le Ministère. M. Bousquet-Mélou a reçu le Prix Charles-Louis de Saulses de Freycinet 2009 de l’Académie des Sciences. M. Kanté a reçu le prix de thèse de l’Université de Bordeaux.
Un corpus expérimental de 23 vidéos annotées a fait l’objet d’un accord international d’utilisation
avec l’University of North Carolina at Chapel Hill. Un groupe de doctorants des thèmes image et
visualisation ont été primés lors du concours IEEE VAST’2009. Certains collègues ont été invités
à parler dans des conférences de premier rang, on peut citer : STACS, FPSAC, EUROCOMB,
PDCS, ICALP. Plusieurs prix du meilleur papier ont été obtenus (CBMI’07, Eurographics, 3D
Symposium on User interfaces, STOC par exemple).
Dans le domaine du transfert, une PME est née des travaux du LaBRI avec le support de
l’INRIA : Sidérion technologies développe des solutions de téléphonie applicative. En 2009, O.
Ly a été lauréat du concours Oseo-Anvar en catégorie émergence autour du projet de robotique
Rhoban.
On peut noter trois faits majeurs pour la formation doctorale du LaBRI :
– En 2005, Daniel Gonçalves a résolu une conjecture de longue date (Chartrand, Geller et
Hedetnimi 1971) stipulant que tout graphe planaire est arête-partitionnable en deux graphes
planaires extérieurs,
– en 2007, 4 doctorants du LaBRI ont intégré le CNRS en tant que chargé de recherche sur
25 postes à pourvoir en section 7,
– Trois doctorants du laboratoire (J. Chalopin, D. Goncalves et P. Ochem) ont résolu un
problème difficile : accepté à SODA 2007
15
Dans le domaine de l’édition, deux livres ont remporté un succès certain. L’un de A. Zvonkine,
Mathématiques pour les tout petits, a été sélectionné à la short-list de prix du meilleur livre éducatif
et de vulgarisation scientifique à Moscou. L’autre est l’ouvrage consacré au langage COQ Interactive Theorem Proving and Program Development de P. Castéran et Y. Bertot qui a été traduit
en chinois. Le dynamisme des membres du LaBRI a permis d’attirer des conférences majeures.
Nous avons ainsi accueilli 5 conférences nationales, 2 écoles et des conférences internationales de
renom : CBMI’07, DAFX’07, DISC’08, STACS’08, VRST’08, ESSLLI’09, EUROCOMB’09. Au total ce sont 2300 conférenciers accueillis sur deux ans et demi. En 2010, deux conférences majeures
seront organisées : ICALP et EuroVis.
1.1.4
Partenariats
Les directions successives du LaBRI ont construit le Laboratoire d’informatique de Bordeaux
appuyé par l’Université Bordeaux 1, l’ENSEIRB et le CNRS. Ceci a permis de maintenir un
dynamisme dans le recrutement et dans la facilité à faire émerger de nouveaux thèmes puisque
les nouvelles filières créées par les membres du laboratoire ont en retour permis d’obtenir des
postes d’enseignant chercheur et d’acquérir une visibilité régionale. De ce dynamisme découlent
des opérations de recherche nombreuses et variées tant au sein de l’Université qu’avec d’autres
partenaires. Nous décrivons ci-dessous les actions menées.
Partenariat avec les laboratoires de l’Université de Bordeaux
Historiquement, les premiers partenariats se sont construits avec la composante « Mathématiques Appliquées » de l’IMB autour du calcul intensif. Lors du quadriennal actuel, des projets
sont nés avec d’autres laboratoires et notamment avec l’Institut des Matériaux et Systèmes (un
des trois laboratoires du pôle « Technologie de l’Information ») : systèmes embarqués et objets
communicants (LSR), Vidéo-surveillance (IS). Dans ce dernier projet, le centre de recherche «
Épidémiologie, Santé Publique, Développement » (Unité INSERM U897) expérimente les caméras
embarquées pour l’aide au maintien à domicile des personnes atteintes de la maladie d’Alzheimer.
D’autres projets sont en cours avec des laboratoires Bordelais autour du traitement d’image :
– Mise en correspondance d’arbres bronchiques avec le centre de recherche Physiopathologie
de la Réactivité Bronchique et Vasculaire (Unité INSERM U885),
– Modélisation du mouvement dans les séquences IRM avec le laboratoire Imagerie Moléculaire
et Fonctionnelle (Unité CNRS UMR 5231)
– Imagerie Térahertz menée avec le Centre de Physique Moleculaire Optique et Hertzienne
(Unité CNRS UMR 5798).
Partenariat avec l’INRIA
On peut penser que la visibilité du LaBRI et notamment sa capacité à se recomposer ont
été déterminants dans la décision d’implanter l’INRIA à Bordeaux. Un protocole d’accord entre
l’INRIA et le PRES de Bordeaux est signé et porte sur la période janvier 2008 à décembre 2010.
Ce protocole définit les modes de collaborations entre les organismes et fournit un cadre pour la
mise en place de projets communs. Suite à cet accord, le LaBRI est dit « laboratoire associé à
l’INRIA ». Cette association porte sur le fait qu’une part significative du laboratoire est impliquée
dans des projets communs. Un comité de concertation est adossé à ce protocole. Il est constitué du
président-directeur général de l’INRIA, du président du PRES de Bordeaux qui peuvent s’entourer
des experts qu’ils souhaitent. Il s’est réuni pour la première fois le 14 mai 2009. Afin de suivre
au plus près les évolutions, un comité local à l’Université de Bordeaux se réunit mensuellement
depuis septembre 2008. Il est constitué des représentants de l’INRIA Bordeaux-Sud-Ouest, des
représentants des universités et des écoles ainsi que des directions des laboratoires. Depuis 2006,
trois projets communs ont été officialisés. Il est à noter que sur la période 6 projets communs sur 9
ont été dirigés par des professeurs du LaBRI. Les dernières équipes créées comme les précédentes
sont nées d’activités de recherche menées au sein du LaBRI puis labellisées par l’INRIA. Le
16
40
35
ETP Chercheur
30
25
20
15
10
5
0
2005
2006
U. Bordeaux
2007
CNRS
2008
2009
INRIA
Figure 1.1 – Effectif des équipes communes LaBRI/INRIA Bordeaux-Sud-Ouest
LaBRI a fortement soutenu ces projets communs notamment par l’affectation, depuis 2005, de
deux ingénieurs de recherche permanents et 12 postes d’enseignants chercheurs (pour 30 pourvus).
Actuellement, 31% des ETP chercheurs du laboratoire hors INRIA sont engagés dans des projets
communs. La figure 1.1 montre le nombre équivalent temps plein chercheur investi sur les projets
communs depuis 2005 en comptant pour les projets les plus récents la période de gestation. Dans
ces effectifs, nous n’avons pas décompté les membres associés aux équipes qui sont plus difficilement
identifiables.
Partenariat internationaux
La LaBRI a accueilli 86 chercheurs étrangers au cours de ce contrat. On trouve figure 1.2, 1.3
un apercu de la couverture géographique des relations du LaBRI. Douze membres du LaBRI ont
effectué des séjours de plus de deux mois à l’étranger.
Participation aux pôles de compétitivité
Les équipes du LaBRI sont impliquées dans plusieurs projets au sein de deux pôles de compétitivité. Le pôle mondial Aerospace Vallée concerne l’aéronautique, l’espace et les systèmes embarqués.
Le LaBRI en partenariat avec l’INRIA Bordeaux-Sud-Ouest participe aux projets SOUL, MACAO
et SOLSTICE qui ont été labélisés par le pôle Aérospace Vallée. Tout récemment en juillet 2009,
le projet SYMM concernant le développement de drones vient de recevoir la labellisation du pôle.
Ce projet implique la société régionale Fly’n’sens ainsi que les laboratoires IMS et LaBRI, il est
une véritable illustration du pôle TI de l’Université de Bordeaux.
Le pôle de compétitivité « Route des lasers » concerne l’optique et ses applications. Deux
projets impliquant le LaBRI ont reçu la labellisation de ce pôle. Il s’agit du projet TeraBook
menés en collaboration avec la société I2S et le laboratoire du CPMOH qui concerne l’étude
des technologies TeraHertz pour la numérisation de documents. Et le projet Polinum qui a pour
vocation le développement d’une usine/laboratoire pour la numérisation de documents anciens.
Ce dernier projet est en cours d’instruction pour l’obtention d’un financement FEDER.
Figure 1.2 – Relations internationales
17
Figure 1.3 – Relations Européennes
18
19
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2004
2005
2006
2007
2008
6
7
11
12
11
1
1
2
3
3
1
2
1
2
2
2
2
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1
-
2
2
1
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1
2
1
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2
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2
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1
1
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1
1
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3
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-
1
1
1
21
25
25
27
40
Figure 1.4 – Supports des doctorants du LaBRI.
Participation aux actions nationales
Les chercheurs du LaBRI participent également aux réseaux thématiques nationaux : GDR
ALP(CS), Génolevures, IM, ISIS (CS), Jeux, STIC SANTE, , IM, GPL, jeux, GDR . La plateforme Génolevure, hébergée au LaBRI, est devenue une ressource mondialement accédée. Elle est
soutenue pae le CNRS département SDV. Deux académiciens français et un académicien belge
membres du GDR soutiennent activement son développement.
1.1.5
Situation par rapport aux objectifs du présent quadriennal
La situation par rapport aux objectifs scientifiques est discutée dans les chapitres consacrés aux
équipes. Nous ne présentons ici que la réalisation des objectifs communs du laboratoire. Un point
mis en avant était le développement des relations industrielles. Nous avons organisé des rencontres
industrielles proposant un panorama du savoir-faire des équipes. Par ailleurs, le partenariat avec
l’entreprise Thales a été renforcé, en appui sur les équipes MF et LSR, et débouchera en 2010
sur la création d’un laboratoire commun Thales-Université Bordeaux 1. Enfin des contrats ont été
signés avec des PME locales. En 2010, une opération associant le LaBRI et la société I2S démarrera
autour de la chaîne de traitement de l’image numérique. Un investissement important a été réalisé
pour rendre visibles les développements logiciels du LaBRI, qui sont une part conséquente de
l’investissement des équipes de recherche. Deux actions ont été menées : attributions de moyens
ingénieurs via le Carnot ou des ingénieurs permanents, dépôt des logiciels à l’APP, 9 dépôts en
cours. Parmi ces logiciels on peut citer :
– Alta-Rica : logiciel de vérification qui devient de fait un standard de vérification en aéronautique avec notamment son insertion dans le logiciel OCAS développé par Dassault,
– NEKO 3D : extraction 3D de l’arbre bronchique à partir d’images scanner à rayons X de
poumons.
– Tulip : un des logiciels majeurs en manipulation de grands graphes qui est inclus dans la
distribution Debian et tourne également sous Windows et Mac,
Au niveau matériel, un enjeu important était le déploiement du nœud GRID 5000. La mise en
route s’est faite avec la création de deux nouvelles salles de machines au LaBRI en 2006 et 2007 sur
des fonds nationaux, régionaux, INRIA et CNRS. Une nouvelle activité est née autour de ce nœud
concernant les réseaux pair-à-pair. Cette activité a fait l’objet du projet commun LaBRI-INRIA
CEPAGE. Il est à noter que la création de ces salles a permis en retour d’anticiper les opérations
matérielles concernant le traitement d’image numérique et l’indexation vidéo.
Pour la formation doctorale, il était prévu un élargissement des modes de financement avec
notamment un arrêt complet des doctorats sans financement. La figure 1.4 montre la répartition
des sources de financement des doctorants ayant commencé leur thèse postérieurement à 2004. Par
ailleurs l’AFoDIB (Association de la Formation doctorale d’Informatique de Bordeaux) a continué
à organiser régulièrement les rencontres doctorants-entreprises qui sont maintenant élargies au
PRES avec le forum AquiDoc.
20
ITA/IATOS
EC et C
+ 65 ans
60−64 ans
55−59 ans
50−54 ans
45−49 ans
40−44 ans
35−39 ans
30−34 ans
30
25
20
15
10
5
0
− 30 ans
Figure 1.5 – Pyramide des âges
En ce qui concerne le développement de l’INTRANET prévu au projet, celui-ci sans être fini
est avancé : gestionnaire d’évènements, réservation de salles, réservation de voyages, archivage de
contrats. L’ensemble des publications a été migré du logiciel Basilic vers HAL comme en témoigne
ce rapport d’activité. Suite à des mouvements de personnels au sein de l’équipe système, le développement de l’Intranet a été mis entre parenthèses en Septembre 2007 et devrait reprendre
en Octobre 2009. Le potentiel administratif et technique reste un motif d’inquiétude. Il est très
en dessous de la croissance du laboratoire, même si le poste de gestionnaire d’unité demandé au
précédent quadriennal a été affecté par l’Université Bordeaux 1.
1.1.6
Ressources humaines
Au 31 août 2009, le LaBRI réunit 105 enseignants-chercheur, 30 chercheurs (17 CNRS et
13 INRIA), 12 personnels techniques (7 CNRS, 4 Université Bordeaux 1 et 1 ENSEIRB) et 7,5
personnels administratifs (3 CNRS, 3 Université Bordeaux 1 et 1,5 INRIA). Au cours du précédent
quadriennal comme de l’actuel, la croissance du laboratoire en personnel enseignants- chercheur et
chercheur est de 30%. On trouve figure 1.5 une répartition des âges des membres du laboratoire.
On constate que les membres du laboratoire sont plutôt jeunes et qu’il y a lieu de s’inquiéter du
taux d’encadrement.
21
Personnel enseignant-chercheur et chercheur
Le LaBRI a toujours pratiqué une politique de recrutement ouverte à l’extérieur. Au cours de
la période, sur 42 postes, 32 ont été pourvus par des candidats extérieurs au laboratoire. En ce
qui concerne les enseignants-chercheurs, le recrutement extérieur a été le suivant :
– 6 candidats recrutés pour 7 postes de professeurs mis au concours,
– 14 candidats recrutés sur les 20 postes de maîtres de conférence mis au concours.
Cette politique permet au LaBRI d’être attractif auprès des meilleurs candidats, de se renouveler
en apportant de nouvelles compétences aux équipes. Ceci se fait en tenant compte d’un équilibre
entre les équipes. Ainsi, le profilage des postes imposé fréquemment par les tutelles s’effectue en
associant largement deux voire plusieurs équipes du LaBRI permettant ainsi d’être attractif pour
beaucoup de candidats. La nouvelle organisation de la recherche autour de 6 équipes a permis de
mieux accompagner les thématiques d’effectif faible dans le précédent quadriennal. C’est ainsi que
sans nuire aux équipes « historiques » et grâce aux recrutements INRIA et CNRS, les nouvelles
équipes ont vu leurs effectifs augmenter.
Personnel administratif et technique
La politique menée en matière de recrutement est aussi largement ouverte vers l’extérieur. Tous
les emplois contractuels ont été pourvus après un appel à candidature notamment au niveau de
l’ANPE ou de l’APEC. Un jury associant des membres extérieurs au LaBRI a été constitué pour
chaque poste. Les postes réellement nouveaux attribués au LaBRI se résument à :
– IGE gestionnaire d’unité pourvu en 2006 (Université Bordeaux 1),
– ADT gestion comptable en 2007 (CNRS, concours non affecté, la lauréate était déjà adjointetechnique contractuelle ENSEIRB).
Les autres postes de permanents attribués sont durant ce quadriennal
– ADT gestion comptable pourvu en 2008 (Université Bordeaux 1) : ce poste existait au LaBRI
en 2005 et avait disparu à la faveur d’une mutation interne,
– ASI gestion comptable à pourvoir en 2009 (Université Bordeaux 1) : ce poste vient en anticipation d’un départ à la retraite d’un ASU.
Le soutien apporté par l’ENSEIRB a pris la forme de la reconduction du poste d’adjoint-technique
en poste de technicien contractuel. avec un poste de technicien contractuel. Ce poste est affecté
à mi-temps à l’organisation des conférences au LaBRI et permet d’appuyer les chercheurs dans
la réalisation des budgets, les inscriptions et le suivi. Afin de permettre un fonctionnement raisonnable, la direction a procédé au recrutement de 3,5 CAE payés sur fonds propres afin que la
cellule administrative puisse faire face au volume des opérations ainsi qu’à l’accueil. En ce qui
concerne les personnels techniques, un poste d’ingénieur d’étude avait été pourvu en Noemi en
2006. En 2007, le responsable de l’équipe systèmes et réseaux a souhaité être détaché à l’INRIA.
Suite à diverses mobilités, l’équipe se trouve avec le même effectif qu’en 2006. En ce qui concerne
les ingénieurs de recherche en soutien aux équipes, un poste en contrat longue durée de 3 ans a été
attribué par le CNRS en 2009. Ce poste est actuellement affecté en priorité au projet Visidia et à
partir de 2010 à mi-temps en image numérique. A travers ces quelques lignes, on peut constater
que depuis une dizaine d’années, l’effectif des personnels permanent administratifs et techniques
est quasi constant. Cette situation rend le fonctionnement du laboratoire de plus en plus problématique. Afin, de prévenir une situation qui peut devenir chaotique, le laboratoire a dégagé sur
fonds propres, 2 postes d’assistantes d’équipes contractuelles sur budget propre à partir d’octobre
2009 en faisant le pari qu’une amélioration doit intervenir de la part de nos tutelles.
Formation du personnel
Durant la période de 2005 à fin juin 2009, le volume des formations suivies par l’ensemble du
personnel du laboratoire est de 3436 heures, en très forte augmentation depuis 2007. Ceci reflète
la volonté de la direction du laboratoire ainsi que de nos établissements de tutelles de permettre
l’accès d’un large public à toute une palette de formations. Le fait que le service administratif
comprenne une proportion considérable de contractuels (5 pour 11 permanents) nécessite la mise
22
en place de plans de formation individuels. Cela explique aussi l’augmentation du nombre d’heures
de formation suivies par ces agents depuis 2007. Les formations les plus suivies sont celles des catégories langues vivantes, métier et hygiène et sécurité. On trouvera en annexe 10.2 des informations
détaillées.
1.1.7
Formation
Formation initiale
Le LaBRI rassemble les enseignants-chercheurs qui interviennent à l’université dans les licences
et master et à l’ENSEIRB dans les filières informatiques et télécom. Le nombre d’étudiants se
décompose en 300 étudiants IUT, 450 élèves ingénieurs, 800 étudiants de licence, 140 étudiants de
MiAGe. Les masters accueillent 230 étudiants sur des thématiques du laboratoire :
– Algorithmes et Méthodes Formelles
– Génie Logiciel
– Image, Son, Multimédia
– Systèmes et Réseaux
– Cryptologie et Sécurité Informatique (commun avec l’Institut de Mathématiques de Bordeaux)
– Bioinformatique
L’unicité du laboratoire permet de mutualiser des enseignements notamment entre les masters et
l’école d’ingénieur. Ceci permet souvent une économie d’échelle mais également à des étudiants
qui au départ ont eu un parcours très différent de pouvoir interagir.
Cette activité génère de nombreuses tâches administratives assumées par les enseignants chercheurs
du laboratoire. Citons par exemple : la mise en place de plan de lutte contre l’échec (depuis 2006
à l’Université Bordeaux 1), les nouvelles filières à créer (licences professionnelles par exemple), les
échanges internationaux . . .
Au cours de ce quadriennal, le principal problème rencontré par le laboratoire a été l’accueil
des stagiaires de tous niveaux. En effet, les locaux bien que récents sont devenus exigus et il est
difficile de satisfaire l’ensemble des demandes sans nuire à la sécurité du laboratoire. Le laboratoire
a soutenu l’idée d’une Maison des Masters qui pourrait voir le jour, à l’occasion de l’opération
campus, avec un bâtiment à proximité du laboratoire.
Formation doctorale
La taille du laboratoire, les diverses sources de financements et les réformes du LMD ont conduit
le laboratoire à mettre en place une politique de formation doctorale, depuis le recueil des sujets
jusqu’au recrutement, à l’installation et au suivi des doctorants. Nous en donnons ci-dessous les
grandes lignes. On trouvera une description plus détaillée en annexe 10.3. La formation doctorale
centralise l’ensemble des sujets de thèse, qui sont validés et classés par le Conseil Scientifique du
laboratoire, et utilise cette liste pour les divers guichets de financement (allocations ministérielles,
BDI, etc). Ceci permet au laboratoire d’être plus performant sur deux critères : le nombre d’allocations et l’attractivité du laboratoire par un affichage à destination des candidats dès le mois
de décembre. Afin de préserver l’excellence de la qualité de sa formation doctorale, le laboratoire
a mis en place un dispositif qui valide toute candidature en thèse avant l’inscription administrative. Sur les financements Ministère et Région, le laboratoire s’appuie sur le Conseil Scientifique
pour valider les candidats. Chaque doctorant dispose d’un poste de travail personnalisé, souvent
préparé avant son installation au LaBRI. A l’exception, des équipes hébergées par l’unité INRIA,
les bureaux des doctorants sont répartis dans plusieurs endroits du bâtiment pour permettre une
intégration totale des doctorants. Une journée de rentrée des doctorants a lieu courant octobre.
Le laboratoire encourage les doctorants à participer activement aux groupes de travail des équipes
ainsi qu’au séminaire du laboratoire. De plus, il existe un séminaire géré par les doctorants et
pour eux. Depuis 2006, le laboratoire a mis en place, avec l’école doctorale maths-info, le rapport
d’étape du doctorant. Un suivi des anciens doctorants est effectué malgré des ressources de secrétariat très réduites. Sur 86 doctorants, 6 sont chercheurs, 20 sont maîtres de conférence, 27 sont
23
en post-doc (dont 19 à l’étranger). Le suivi de la formation doctorale est un des points sensibles
qui nous amène à demander un renforcement à court terme du secrétariat puisque le laboratoire
héberge en moyenne 130 doctorants. Enfin, le laboratoire soutien l’AFoDIB (Association de la
Formation doctorale d’Informatique de Bordeaux) en leur donnant un bureau et en les épaulant
financièrement et administrativement lors des manifestations qu’elle organise.
1.1.8
Production scientifique
Sur la période 2005 à 2009, le bilan quantitatif des publications des membres du LaBRI est
représenté dans le tableau 1.2.1 et la liste de ces publications est donnée dans le bilan de chaque
équipe (avec un rappel des publications inter-équipes).
Nous rappelons ici le récent rapport de l’Académie des Sciences (juillet 2009) sur l’évaluation
des chercheurs et enseignants-chercheurs, selon lequel l’usage de la bibliométrie est nécessaire mais
doit rester un simple appui à l’évaluation qualitative. Nous observerons également ici que le nombre
global de publications par ETPC n’est pas, de notre point de vue, un indicateur très éclairant. Il
pénalise dans un laboratoire les équipes les plus anciennes, qui ont mécaniquement un effectif plus
important de chercheurs moins actifs. S’il doit être calculé, le nombre moyen de publications par
ETPC est de 16,9.
Sélection et publications de rang A Il est important de rappeler ici la définition d’une
publication de rang A selon l’AERES : il peut s’agir
– d’une revue internationale avec comité de sélection ; ou
– d’un chapitre d’ouvrage ou un ouvrage de recherche reconnu internationalement ; ou
– d’un brevet déposé à l’international ; ou
– de la constitution de bases de données accessibles ou de corpus de référence ; ou
– d’un article long dans un congrès international à comité de sélection considéré comme sélectif
par la communauté.
Selon cette définition, l’immense majorité des publications répertoriées dans les catégories Revues et Conférences et Ouvrages sont de rang A, il ne faudrait en exclure que certaines conférences
d’audience plus restreinte. Notre classification en Revues, respectivement Conférences et Ouvrages
répond en revanche aux distinctions ACL, respectivement INV,ACTI,ACTN et OS,OV.
Par ailleurs, nous avons demandé à chaque équipe de définir, selon les critères propres à son
domaine, une sélection de revues et de conférences. Nous espérons ainsi aider les évaluateurs à se
faire une image plus claire de l’activité de chaque équipe. Cette sélection ne doit naturellement
pas être interprétée comme une distinction entre publications de rang A et autres publications :
il s’agit dans les deux cas de publications de rang A et les experts pourront d’ailleurs s’en rendre
compte en consultant la liste des revues et des conférences sélectionnées par chaque équipe.
Par rapport au précédent quadriennal le nombre de publications a cru de façon très forte :
alors que le laboratoire passait de 112 à 135 permanents, le nombre de publications en revues est
passé de 172 à 460 (216 dans les seules sélections des équipes). Le nombre de conférences invitées
est passé de 49 à 66 et le nombre des ouvrages de 38 à 49. Compte-tenu de l’augmentation plus
modérée de l’effectif du laboratoire, ce saut quantitatif nous paraît important à signaler.
Cohésion et insertion D’autres chiffres montrent la cohésion du laboratoire et l’ampleur de
son insertion dans la communauté scientifique nationale et internationale. Le tableau 1.2.3 montre
l’importance de la co-publication entre équipes au sein de notre laboratoire : 90 publications sont
inter-équipes. Ce chiffre, très positif, montre la dynamique du LaBRI et le résultat d’une politique
menée depuis longtemps pour favoriser les collaborations internes et l’émergence de nouvelles thématiques. On y voit notamment la marque des projets Visidia (CA/MF), les collaborations entre
la bioinfomatique et le son d’une part et la visualisation et l’image d’autre part (IS/MABioVis),
les collaborations autour de la sécurité des logiciels embarqués (LSR/MF). L’équipe SATANAS à
24
également une activité de co-publication, davantage tournée vers l’IMB avec qui elle partage des
EPI, qui n’apparaît donc pas dans ce tableau.
Le tableau 1.2.2 montre quant à lui l’importance des publications du LaBRI faisant intervenir
au moins un co-auteur extérieur au laboratoire. Elles sont très nombreuses dans toutes les équipes,
et représentent 60% du total des publications du laboratoire. Ces chiffres démontrent l’insertion
du laboratoire dans la communauté nationale et internationale, et portent la trace des projets
nationaux (ANR, EPI communes avec d’autres laboratoires bordelais dans les équipes SATANAS,
MABioVis, CA, MF) et internationaux.
1.1.9
Relations industrielles
Depuis 2000, le LaBRI possède une cellule de valorisation appelée LaBRI-Transfert. Cette
cellule a contribué largement au développement des relations industrielles du LaBRI. En aidant et
en facilitant le montage des projets ANR ou industriels, en ayant une démarche active auprès des
industriels, en organisant les rencontres recherche/industries, en participant à différents salons et
en réalisant des supports de communications. Enfin, il est a noter son action dans le cadre de la
sensibilisation des chercheurs du LaBRI au dépôt de logiciel.
Les activités du LaBRI en matière de relations industrielles vont de la TPE (1 à 2) personnes
jusqu’à des grands groupes comme Thales, Peugeot, Orange, etc. Si le périmètre des relations
industrielles est large, il est à remarquer que la nature contractuelle des relations est elle aussi très
diverse. Elle va de l’implication d’industriels dans des appels à projet national (ANR) ou européen
(IP) ou des projets labélisés par les pôles de compétitivité jusqu’à des contrats bilatéraux de
recherche LaBRI/Industriel en passant par des projets de transfert industriel soutenus par la
région Aquitaine.
En ne tenant pas compte des financements ANR, en moyenne, sur les 4 dernières années,
l’activité contractuelle du LaBRI avec des industriels est de l’ordre de 300 Ke/an pour un nombre
de 25 dossiers au total (contrats de R&D, formation, prestation d’expertises). On peut remarquer
que ce chiffre a connu une réelle augmentation en 2007, puisqu’il a quasi doublé. Néanmoins, ce
chiffre qui peut paraître faible pour un laboratoire de la taille du LaBRI a plusieurs explications.
Une première explication est liée aux appels d’offre d’ANR. Une partie importante des ressources humaines du LaBRI a migré vers les projets ANR. En effet, les ressources liées aux projets
ANR est passé de 480 Ke à 1280 Ke en 3 ans. Cependant il faut rappeler que pour le LaBRI
en moyenne un projet ANR sur 4,5 implique un ou des industriels. Ces éléments indiquent que
l’activité de transfert et de collaborations industrielles ont augmenté.
Une deuxième explication est liée à la faible implication du LaBRI dans des projets à moyen
terme avec des grands groupes. A l’heure actuelle le LaBRI n’est pas impliqué dans des laboratoires
communs avec des grands groupes. Cependant dans le cadre du pôle TI de l’Université Bordeaux
1, depuis juin 2008, la création d’un laboratoire commun Université Bordeaux 1/ Thalès est en
cours. Dès 2010, deux équipes du LaBRI (LSR et MF) seront impliquées dans ce laboratoire. A
terme, d’autres équipes du LaBRI devraient participer à ce laboratoire.
Enfin, le LaBRI a de nombreux contrats de collaboration avec des entreprises régionales. Ces
contrats financés principalement par la Région Aquitaine ne prennent pas en compte les salaires
des permanents ce qui explique la faiblesse de leurs montants. Par contre, les clauses de propriété
intellectuelle permettront au LaBRI d’obtenir des ressources financières importantes dans le cas
de réussite de ces entreprises. Cette collaboration auprès des entreprises d’Aquitaine a toujours
été une volonté du LaBRI, qui est perçu par la Région Aquitaine comme un acteur important du
tissu économique local dans le domaine des TI. Il faut rappeler que le soutien moyen annuel du
Conseil Régional est de l’ordre de 300 Ke. A titre d’exemple, le LaBRI est un partenaire actif
de l’association TOPOS qui regroupe les acteurs régionaux gravitant autour de la problématique
Galiléo et plus généralement celle de la géo-localisation. Cette implication a permis d’établir des
collaborations avec des sociétés régionales (GéoLoc system, Fly-n-Sens).
Un élément important d’appréciation des relations industrielles du LaBRI est la croissance du
nombre de thèses CIFRE. Celles-ci sont en réelle augmentation passant de 3 thèses signées en 2005
pour atteindre en 2008, neuf thèses signées. Durant la période 2005-2008, 19 thèses CIFRE ont
25
été signées pour un montant contractuel de 400 Ke pour l’accompagnement scientifique. Outre
le supplément financier, cette politique de développement des thèses CIFRE permet d’entamer
des collaborations avec des entreprises qui souvent sont relayées par des contrats de plus grande
ampleur.
Dans un souci de collaboration avec les industriels locaux, le LaBRI a organisé trois rencontres
recherche/industrie autour des thématiques de la Géolocalisation, de la Sécurité et de l’imagerie
3D pour mettre en avant les compétences du LaBRI dans ces domaines.
1.1.10
Gouvernance
La direction est constituée de 4 directeurs adjoints ce qui permet de couvrir l’ensemble des
réunions auxquelles nous sommes invités par nos tutelles ou certains organismes (MIB Carnot,
GIS matériaux, Conseil régional, Pôles de compétitivité, . . .). L’un des directeurs-adjoints a été
en début de mandat le directeur du précédent contrat et en 2010, l’un des directeurs-adjoints
sera le prochain directeur du laboratoire. Ce mode de fonctionnement permet de garder une «
mémoire » des procédures et des opérations en cours. Trois chargés de mission ont été désignés :
communication, moyens informatiques, relations internationales. Pour gérer au plus près le LaBRI,
nous avons mis en place un Conseil Scientifique qui discute des grandes orientations en amont
du Conseil de Laboratoire. Il se réunit tous les mois. Ce conseil scientifique restreint aux chefs
d’équipe effectue le classement des priorités du laboratoire (thèses, BQR, demandes de moyens).
Analogue au Conseil scientifique, le Conseil Administratif et Technique réunit les personnels autour
de l’organisation des services et de leurs besoins propres. Sa fréquence a été d’une fois par an.
L’ensemble des réunions fait l’objet de comptes-rendus mis à la disposition des membres du LaBRI
sur l’intranet.
1.1.11
Ressources financières
Conformément au contrat quadriennal 2007-2011, les finances du LaBRI sont réparties sur
plusieurs établissements, employeurs de ses membres. Les dotations des contrats quadriennaux
des Universités Bordeaux 1 et Bordeaux 2 sont gérées à l’Université Bordeaux 1. De plus, les
contrats industriels, projets européens ou projets ANR se répartissent entre tous les établissements
(y compris l’INRIA) mais majoritairement sur l’Université Bordeaux 1. Enfin, certains contrats
industriels sont gérés par le SAIC de l’Université Bordeaux 1 et par l’ADERA.
La politique du laboratoire en ce qui concerne les crédits est volontariste. Tout d’abord, nous
avons investi afin d’anticiper les besoins des collègues tant au niveau des salles machines que des
équipements eux-mêmes. En effet, trop souvent, il est nécessaire d’attendre plusieurs réponses
pour effectuer des achats importants. Nous pensons que c’est le rôle d’un laboratoire d’anticiper
les dépenses, quitte à prendre le « risque » de ne pas obtenir un financement si l’équipement est
nécessaire à la visibilité et aux travaux de nos collègues. Les équipements suivants ont ainsi été
anticipés :
– Remplacement de la climatisation dans la salle machine historique,
– Machine multi-cœur (équipe SATANAS),
– Imprimante 3D (équipe Image et Son),
– Cœur de réseau du laboratoire.
Par ailleurs, suite à une intervention du Conseil de Laboratoire, nous avons augmenté la part de
financement des missions attribuées aux membres du laboratoire sur demande auprès du président
du Conseil Scientifique. Enfin nous avons financé des emplois dans la cellule administrative (CAE
et à partir d’octobre 2009, contractuel technicien) et dans certains secteurs jugés importants :
web et Hal (emplois étudiants). Il nous a également paru important d’améliorer le cadre de vie
par une première tranche de réfection des locaux et de remplacement de mobilier. En 2010, nous
doterons notre bâtiment, avec l’aide de l’Université Bordeaux 1, d’une salle de documentation et
de détente. L’ensemble de ces mesures ont pu être financées grâce au prélèvement systématique à
partir de 2008 des frais généraux de 4% admis par l’ANR. Nous n’effectuons pour l’instant aucune
ponction sur les contrats industriels, comme décidé par la précédente direction. Les graphiques
26
600
48
30
500
210
48
48
186
400
152
140
300
200
314
314
2007
INRIA
2008
251
251
100
0
2005
2006
Ministère
CNRS
Figure 1.6 – Crédits récurents
présentent les ressources financières du LaBRI sur la période 2005-2008. Le graphique 1.6 montre
la répartition des ressources selon les tutelles et les partenaires. On perçoit une augmentation
régulière des ressources en provenance du CNRS mais également une forte diminution des aides
attribuées par l’INRIA depuis l’installation de l’unité INRIA Bordeaux-Sud-Ouest.
Le graphique 1.7 montre la part des ressources récurrentes par rapport aux ressources contractuelles. La répartition de ces dernières selon les différents types de ressources est visualisée sur le
graphique 1.8. On y constate une nette augmentation des contrats ANR et industriels au détriment des contrats européens difficiles à finaliser et donc ayant des chances de succès moindres. On
constate également une augmentation importante des contrats industriels. Le soutien de la Région
Aquitaine est toujours aussi présent. Ses contributions plus élevées en 2005 et 2006 correspondent
aux tranches d’investissement sur Hemicyclia et GRID. Il est clair que cet apport est essentiel
pour les équipements du LaBRI.
Le graphique 1.9 montre la répartition des dépenses selon neuf rubriques sur la période 20062008 : missions, colloques et réception, téléphone-affranchissement, prestations (LaBRI-transfert
en particulier), salaires des administratifs, investissements, documentation (Bibliothèque MathsInfo), entretien et réparations, fournitures.
On constate clairement la prédominance des dépenses en investissement (GRID 5000, Hémicyclia, Vidéo HD, Studio son et imprimante 3D) par rapport aux autres rubriques. Celles-ci sont
co-financées en grande partie par la Région Aquitaine et par le CNRS. Par ailleurs, le déploiement
de l’opération GRID a reçu un soutien important de l’INRIA. Les pics d’investissement ont eu
lieu en 2007 : rééquipement d’Hémicyclia (salle de réalité virtuelle) à la suite d’un vol important,
aménagement de la salle GRID et du plateau technologique. Les dépenses en prestations sont dues
à la restructuration de la salle informatique historique et de certains bureaux de l’ancienne partie
du bâtiment du LaBRI ainsi qu’au financement de LaBRI-Transfert.
1.1.12
Equipe systèmes et réseaux
L’équipe systèmes et réseaux du LaBRI est composée, au 1er juillet 2009, de 5 agents titulaires
(1 IR, 2 IGE, 2 ASI). Cette équipe, qui a reçu le label CATI (Centre Automatisé de Traitement
de l’Information) par le CNRS, offre une assistance personnalisée aux usagers et prend en charge
le fonctionnement et l’évolution des systèmes et matériels du laboratoire. Elle intervient en tant
que conseil et hébergeur pour des matériels de recherche allant du petit matériel aux plate-formes
27
3000
2500
2000
1964
1500
2019
1740
1541
1000
500
403
439
2005
2006
récurents
548
554
2007
2008
0
contrats
Figure 1.7 – Crédits récurents Versus crédits contractuels
30,3
2000
89,3
196
178,7
176,1
162,2
1500
0
283,6
336,2
484
511
304,2
1000
303,3
425
156
500
1280,7
1108,3
124
634,4
481
0
2005
ANR, ACI
2006
Industriel
Européen
2007
Région
2008
Divers
Figure 1.8 – Provenance des contrats
28
Prestations 15%
téléphone, affranchissement 5%
Colloques,réceptions 2%
salaire 6%
missions 13%
investissements 32%
Fournitures,repro 14%
entretien,réparation 8%
documentation 5%
Figure 1.9 – Ventilation des dépenses.
technologiques complexes. Travaillant en collaboration étroite avec d’autres équipes d’ingénieurs
sur des projets communs, elle assure l’hébergement des sites web dont le nombre, et pour certains
la renommée (par exemple Génolevures), en font un service de plus en plus critique. C’est donc sur
cette équipe que repose crucialement le fonctionnement informatique de notre laboratoire. Deux
points difficiles doivent être évoqués. Tout d’abord, en quatre ans, les mouvements de personnels
ont été trop nombreux :
– le responsable de l’équipe a souhaité rejoindre l’unité INRIA,
– un ingénieur en provenance de l’INRIA et recruté sur un poste NOEMI est reparti à l’INRIA
– trois contractuels se sont succédés sans qu’aucune possibilité puisse être trouvée pour les
stabiliser.
Ce roulement de personnel se fait au détriment du travail de fond puisqu’il faut former à l’environnement tout personnel recruté. Il est donc important de pouvoir rapidement augmenter le
potentiel de cette équipe avec des personnels permanents.
Par ailleurs, la labellisation CATI par le CNRS a amené l’attribution de PFI (Primes de
Fonction Informatique) aux personnels CNRS. Les personnels Bordeaux 1 ne la perçoivent pas. On
a donc des personnels ayant la même fonction et effectuant le même travail avec des reconnaissances
qui ne sont pas de même niveau.
Les principales opérations de ce quadriennal ont été :
– Réhabilitation des locaux serveurs et création de nouveaux locaux,
– Refonte du réseau du LaBRI,
– Réalisation du suivi du parc informatique avec remontée d’alertes en cas d’échéance de
garantie,
– Redondance des services critiques et procédures de reprise sur incident,
– Virtualisation des serveurs
– Elaboration de la PSSI du laboratoire.
1.1.13
29
Hygiène et Sécurité
Le bâtiment et les activités menées au LaBRI n’entrainent pas un risque élevé pour le personnel.
Néanmoins la Direction met tout en œuvre pour respecter les obligations réglementaires prévues
par le Code du Travail ; en particulier en ce qui concerne le principal risque qu’est l’incendie du
bâtiment. Le poste d’ACMO est occupé par G. Point (IR CNRS). Il assiste et conseille la Directrice
d’Unité, il informe et sensibilise les personnels travaillant dans l’Unité pour la mise en œuvre des
consignes d’Hygiène et Sécurité. Le LaBRI a constitué une équipe de 12 chargés d’évacuation, de 3
gestionnaires de centrale incendie et de 8 secouristes formés PSC1 (Protection et Secours Civiques
Niv. 1). Les risques auxquels sont exposés les personnels du laboratoire étant faibles, les questions
d’Hygiène et Sécurité sont abordées en Conseil de Laboratoire. On trouvera en annexe 10.1 un
rapport plus détaillé.
BIBLIOGRAPHIE
1.2
1.2.1
30
Bilan des publications
Synthèse
combalgo
is
lsr
mabiovis
mf
satanas
LaBRI
Revues
189
72
33
75
87
16
Conférences
217
226
165
110
174
79
Ouvrages
8
13
8
7
10
2
Autres
106
73
57
46
71
42
Total
520
384
263
238
342
139
459
910
47
386
1793
La différence entre la somme des publications des équipes et celle du LaBRI s’explique par les
publications inter-équipes.
1.2.2
Co-publications extérieures
Le tableau ci-dessous indique le pourcentage de publications comprenant au moins un coauteur qui n’est pas un “auteur du LaBRI” 1 . Pour les conférences, ne sont pas comptabilisées les
conférences invitées (Ci).
combalgo
is
lsr
mabiovis
mf
satanas
LaBRI
Revues
61%
72%
75%
74%
59%
56%
Conférences
58%
62%
57%
55%
46%
31%
Total
60%
64%
60%
63%
51%
35%
66%
56%
60%
Les publications inter-équipe expliquent que la ligne LaBRI n’est pas la moyenne, même pondérée par la taille des équipes, de chaque colonne.
1.2.3
Synthèse inter-équipe
o
lg
a
mb
co
combalgo
is
lsr
mabiovis
mf
satanas
1.2.4
520
4
29
1
is
384
33
3
-
is
ov
r
mf
ls
m
4
29
33
3
263
7
14
7
238
9
14
9
342
i
ab
n
ta
sa
as
1
139
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[hal-00307595]
[hal-00306291]
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[hal-00307872]
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[hal-00306242]
[hal-00306292]
[hal-00306617]
[hal-00308225]
[hal-00285560]
[hal-00345346]
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[hal-00307452]
[hal-00307132]
[hal-00341762]
[hal-00341763]
[hal-00341759]
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[hal-00307010]
BIBLIOGRAPHIE
36
Équipe
Combinatoire et Algorithmique
(combalgo)
Responsable: M. Bousquet-Mélou
Activités scientifiques:
• Thème Algorithmique Distribuée
Responsable: Y. Métivier
Mots-clés: calculs locaux, élection, détection de terminaison, reconnaissance, fibration, revêtement, algorithme probabiliste, systèmes agents mobiles, tolérance aux fautes, autostabilisation, réseaux pair-à-pair, circulation de jeton, modèle de communication, dynamicité
dans les réseaux
• Thème Combinatoire Énumérative et Algébrique
Responsable: J.-C. Aval
Mots-clés: énumération, lois limites, génération aléatoire et exhaustive, arbres, cartes, chemins, partitions planes, permutations, invariants et coinvariants polynomiaux
• Thème Graphes et Applications
Responsable: E. Sopena
Mots-clés: codage, coloration, coloration par listes, étiquetage, homomorphisme, optimisation
combinatoire, polytopes, propriétés structurelles, routage dans les réseaux, structures de
données compactes
• Équipe-projet Cépage
Responsable: O. Beaumont
Mots-clés: calcul à grande échelle, exploration de graphes, détection de pannes, modélisation,
approximation topologique des distances, réseaux pair-à-pair, dynamicité dans les réseaux,
ordonnancement, décomposition de graphes
CHAPITRE 2. ÉQUIPE COMBALGO
2.1
38
Composition
(au 31 août 2009)
T1 :
T2 :
T3 :
E4 :
2.1.1
Thème Algorithmique Distribuée
Thème Combinatoire Énumérative et Algébrique
Thème Graphes et Applications
Équipe-projet Cépage
Permanents
Nom
Fonction
Thèmes
Charges administratives 1
T1 T2 T3 E 4
Beaumont, O.
Bousquet-Mélou, M.
Cori, R.
Johnen, C.
Gavoille, C.
Métivier, Y.
Raspaud, A.
Robson, J.-M.
Penaud, J.-G.
Sopena, E.
Viennot, X.
Zvonkine, A.
Aval, J.-C.
Baudon, O.
Bétrema, J.
Bianchi, G.
Bonichon, N.
Delmas, O.
Duchon, P.
Eyraud-Dubois, L.
Guibert, O.
Hanusse, N.
Ilcinkas, D.
Klasing, R.
Lalanne, J.-C.
Le Borgne, Y.
Marckert, J.-F.
Montassier, M.
Narbel, P.
Pêcher, A.
Saheb-Djahromi, N.
Zemmari, A.
Total ETPC 2 : 20,5
DR
DR
PR
PR
PR
PR
PR
PR
PR ém.
PR
DR
PR
CR
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
CR
MCF
CR
CR
CR
MCF
CR
CR
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
INRIA
CNRS
U. Bordeaux 1
IUT Bordeaux
U. Bordeaux 1
ENSEIRB
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
IUT Bordeaux
CNRS
U. Bordeaux 1
CNRS
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
ENSEIRB
INRIA
IUT Bordeaux
CNRS
CNRS
CNRS
U. Bordeaux 1
CNRS
CNRS
IUT Bordeaux
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 4
×
×
×
×
1 ×
×
×
× × Dir. adjoint LaBRI
×
Dir. scientifique ENSEIRB
Pr. conseil scientifique LaBRI
×
Dir. école doctorale d’informatique
××
×
1
×
×
×
×
Resp. Master Informatique
×
×
×××
×
××
×
×
1
×
× ××
× ××
× × × Relations internationales LaBRI
×
×
×
1
×
×
×
×
×
( PR: 8 DR: 3 MCF: 13 CR: 7 )
1. Limitées aux (vice-)présidents et (co-)directeurs, d’écoles, de laboratoire, de département ou de filière, des
relations internationales.
2. Equivalent Temps Plein Chercheur.
2.1.2
39
Non permanents
Nom
Nom
Arrivée-Départ
Auillans, P.
Bacher, A.
Bernardi, O.
Bazzaro, F.
Chalopin, J.
Chen, M.
Coulonges, S.
Dieng, Y.
Diot, E.
El Hibaoui, A.
Esperet, L.
Goncalves, D.
Guignard, A.
Haddar, A.
Hosseini Dolama, M.
Labourel, A.
Larchevêque, H.
Le Gac, F.
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
-2005
2008-
-2006
-2006
-2005
2008-2007
2005-2009
2008-2006
2005-2008
-2006
20072007-2005
-2007
20072007-
Montassier, M.
Ochem, P.
Ossamy, R.
Pinlou, A.
Poneti, M.
Rejeb, H.
Roussel, N.
Tofan, R.
Hocquard, H.
Montassier, M.
Ochem, P.
Barriot, R.
Berrada, I.
Pinlou, A.
Kosowski, A.
Thraves-Caro, C.
Wu, J.-J.
Total1 ETPC: 10,1
2.1.3
Personnel sur contrat industriel
Nom
Majorczyck, F.
Arrivée-Départ
IGR
2009-
Total1 ETPC: 0
1. Au prorata temporis.
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
ATER
ATER
ATER
ATER
ATER
ATER
Post-doc
Post-doc
Post-doc
-2005
-2005
-2005
-2006
-2006
20072006200720082005-2006
-2005
2005-2006
2005-2006
2006-2007
2008-2009
2008-2009
2008-
2.2
40
Présentation du bilan
L’informatique définit, étudie et manipule des structures finies ou discrètes au travers d’algorithmes. Un cadre naturel et important pour abriter cette activité est la combinatoire. Les
algorithmes utilisent des objets, des constructions et des analyses combinatoires ; en retour, ces
algorithmes sont à l’origine de problèmes combinatoires nouveaux. Parmi les objets ou structures
les plus couramment rencontrés, on peut citer les mots, les arbres et plus généralement les graphes,
les cartes, mais aussi des structures plus algébriques (permutations...).
La recherche conduite au sein de cette équipe couvre donc un continuum qui s’étend de la
combinatoire à l’algorithmique. À la base de nos travaux se trouvent des préoccupations combinatoires : comprendre la structure des objets, les dénombrer, déterminer leurs propriétés, qu’elles
soient intrinsèques (par exemple des propriétés de colorabilité en théorie des graphes) ou statistique (étude de la distribution asymptotique de paramètres dans une classe d’objets aléatoires
de grande taille). Ces propriétés viennent ensuite nourrir la conception d’algorithmes efficaces et
l’analyse de leur complexité. L’accent est mis sur les algorithmes distribués et/ou probabilistes, la
génération aléatoire, la recherche de structures de données et de codages compacts (souvent par
le biais de bijections combinatoires), le calcul explicite sur les objets.
L’équipe est structurée en trois thèmes (Algorithmique distribuée, Combinatoire énumérative
et algébrique, Graphes et applications), entretissés avec deux équipes-projets INRIA (CEPAGE et
RealOpt). Environ un quart des membres participent à plusieurs thèmes. Si les membres du projet
CEPAGE, consacré aux algorithmes et structures de données pour des plates-formes dynamiques à
grande échelle, forment un sous-ensemble de l’équipe, il en va différemment du projet RealOpt, qui
ne comporte qu’un membre de l’équipe - les autres étant issus de l’institut de mathématiques de
Bordeaux (IMB). Cette différence explique la présentation retenue ci-dessous pour nos activités :
les trois thèmes (RealOpt étant inclus dans le thème Graphes et applications), suivis du projet
CEPAGE.
Avant de rentrer dans cette description, soulignons ce qui nous paraît faire partie des points forts
de cette équipe : son niveau de publications tout d’abord ; une solide reconnaissance internationale
(qui se manifeste notamment par notre implication dans l’organisation de conférences, l’édition de
journaux, et par de nombreuses collaborations, y compris au sein de projets financés) ; la faculté
à faire naître de nouveaux sujets de recherche (les deux anciens projets "Bioinformatique" et
"Visualisation" volent désormais de leurs propres ailes au sein de la nouvelle équipe Mabiovis),
et à en accueillir (arrivée de CEPAGE, développement des aspects probabilistes, liens avec la
physique statistique etc.) ; enfin, le très bon "essaimage" de nos doctorants (par exemple, sept de
nos docteurs récents ont été recrutés comme CR au CNRS, l’un d’eux comme professeur au MIT).
Nous renvoyons à la rubrique "Faits marquants" et aux différents tableaux pour plus de détails.
2.2.1
Algorithmique distribuée
Le thème Algorithmique distribuée se propose de fournir des outils permettant de coder, d’étudier et d’enseigner différents aspects de l’algorithmique distribuée.
Un système distribué est un ensemble d’entités autonomes et communicantes. Chaque entité
(aussi appelée nœud, processus, processeur, machine etc.) a son propre code, ses propres objectifs,
sa vitesse d’exécution, etc. Dans un système distribué, les communications sont codées par un
graphe : les différents processus ne peuvent communiquer directement qu’avec un nombre limité
d’autres processus : leurs “voisins”. L’algorithmique distribuée a pour but de déterminer les tâches
globales qui peuvent être réalisées dans un tel système et sous quelles conditions. La problématique
principale est de produire des comportements globaux dans des systèmes où les actions d’un
processus n’ont qu’un impact local.
De nombreux domaines utilisent l’algorithmique distribuée : les télécommunications, les réseaux
ad-hoc, les réseaux de capteurs, les systèmes Pair à Pair, ou encore les bases de données réparties.
Un axe important développé dans l’équipe est l’étude de la frontière entre l’existence et la nonexistence d’algorithmes distribués permettant de résoudre certains problèmes comme : l’élection,
41
le nommage, le calcul d’un arbre recouvrant, la détection de la terminaison, la synchronisation,
ou bien la reconnaissance de certaines propriétés du réseau. Ces études sont faites d’une part en
fonction du type d’interaction : calculs locaux, communication par messages ou communication
par mémoires partagées et d’autre part en fonction de l’initialisation ou de la connaissance du
réseau. On étudie leurs puissances respectives et les liens de ces modèles avec les systèmes à agents
mobiles. Cet axe est naturellement associé à la proposition et à l’analyse d’algorithmes distribués
probabilistes.
Un deuxième axe est la conception d’algorithmes distribués fiables ou sûrs même en présence de
perturbations, avec un intérêt marqué pour la conception d’algorithmes auto-stabilisants. Ce type
d’algorithmes permet de tolérer une rafale de perturbations sur un laps de temps fini ou bien ne
nécessite pas une initialisation précise du réseau. Après les perturbations, le système s’auto-corrige
pour reprendre un fonctionnement correct. Les algorithmes auto-stabilisants sont naturellement
tolérants à la mobilité des processus, aux pannes franches, aux modifications de la topologie du
réseau etc.
Principaux résultats de recherche
– Établissement d’une équivalence entre les systèmes d’agents mobiles et les systèmes distribués
[Ca28].
– Formalisation des différentes formes de terminaison d’un algorithme distribué. Mise en évidence de conditions nécessaires et suffisantes pour obtenir l’une de ces formes [Ca29, Cs22].
– Un algorithme d’élection dans les réseaux asynchrones avec communication par messages
en mode asynchrone utilisant une nombre polynomial de messages de taille polynomiale
améliorant ainsi les algorithmes connus qui utilisent des messages de taille exponentielle
[Ra33].
– Un algorithme probabiliste d’élection dans les arbres donnant la même chance à tous les
sommets d’être élus [Rs67].
– Un algorithme probabiliste optimal pour calculer un ensemble maximal de sommets indépendants utilisant sur chaque canal de communication un nombre de bits en O(log n) pour
un graphe de taille n, cet algorithme est optimal [Ca97].
– Un algorithme probabiliste pour colorier les sommets d’un graphe utilisant sur chaque canal
de communication un nombre de bits en O(log n) pour un graphe de taille n ; cet algorithme
est optimal.
2.2.2
Combinatoire énumérative et algébrique
L’une des principales activités de ce thème est la solution de problèmes purement énumératifs,
souvent motivés par des questions issues d’autres disciplines, comme la physique statistique ou
l’analyse d’algorithmes.
Imaginons une famille d’objets discrets, surgie de l’informatique, des mathématiques, d’un
modèle de physique ou de biologie, ou de tout autre domaine. Chercher à énumérer ses éléments
oblige à élucider au mieux la structure de ces objets. Pour prendre un exemple précis, une relation
de récurrence sur le nombre an d’objets de taille n traduit en général l’existence d’une certaine
description récursive des objets : c’est cette description qui nous éclaire sur leur structure. Au
terme du travail, on obtient, bien entendu, une information quantitative sur les objets. Dans la
forme du résultat transparaissent encore souvent certaines propriétés structurelles. Des estimations
asymptotiques des nombres an permettent également de comparer différentes familles d’objets
dans une même échelle. Enfin, l’énumération selon plusieurs paramètres simultanément, combinée
à l’étude asymptotique du résultat, fournit des informations sur la forme générale des objets (un
arbre planaire à n sommets a, en moyenne, n/4 feuilles). Dans les cas les plus favorables, on parvient
à dégager des lois limites (la distribution du nombre de feuilles de ces arbres, convenablement
normalisée, converge vers une loi gaussienne), et à établir un pont avec des processus aléatoires
continus.
42
Au delà de ces motivations générales, certains problèmes d’énumération ont des justifications
naturelles plus précises, provenant notamment de deux domaines qui intéressent particulièrement
ce thème : l’analyse d’algorithmes et la physique statistique.
D’autres familles d’objets discrets sont équipées de surcroît d’une structure algébrique (groupe,
anneau, algèbre) qui peut être étudiée pour elle-même. C’est là le sujet d’une recherche très vivante
au niveau international, à laquelle participe également notre thème. On peut illustrer cette branche
de nos activités par un exemple : l’ensemble des permutations sur n lettres. Cet ensemble est un
groupe, dont la théorie des représentations (tableaux de Young) et son incarnation polynomiale
(anneau des fonctions symétriques) nourrit une recherche en combinatoire riche et foisonnante.
Une partie de nos travaux s’est déroulée au sein de projets soutenus par l’ANR :
– le projet SADA (Structures aléatoires discrètes et algorithmes [2006-2009]), dont l’objectif
est d’étudier de manière très précise les "profils" d’objets aléatoires apparaissant dans diverses applications informatiques (mots, arbres, graphes etc.). Ce projet fédère plus de trente
chercheurs français, dont six membres du thème. Nous avons par exemple déterminé le profil
des arbres étiquetés codant des cartes planaires et appliqué ces résultats à la mesure aléatoire ISE (integrated superbrownian excursion) [Rs13, Ra16]. Nous avons aussi obtenu une
description asymptotique du profil d’une famille de cartes planaires sous plusieurs distributions [Ra1]. Toujours en lien avec les cartes, deux bijections remarquables ont été établies,
apportant les premières preuves combinatoires de deux résultats énumératifs des années 60
[Ra10, Rs7]. On peut aussi mentionner une nouvelle description du polynôme de Tutte (un
invariant bivarié des graphes) qui permet d’unifier les preuves de nombreux résultats, selon
lesquels certaines spécialisations de ce polynôme comptent des structures (arbres, orientations etc.) tracées sur les graphes [Ra11, Ra14].
– le projet MARS (Matrices à signes alternants et conjecture de Razumov-Stroganov [20062009]), dont l’objectif est de mieux comprendre la structure d’objets appelés matrices à
signes alternants (MSA). Ces objets polymorphes apparaissent dans des domaines variés, en
particulier dans de difficiles problèmes de physique statistique. Cinq membres du thème participent à ce projet. Du côté de l’énumération, deux résultats marquants sont l’énumération
des MSA de taille 4n + 2 invariantes par quart-de-tour [Cs2] et la preuve de la symétrie de la
fonction de partition du modèle de la glace sur réseau carré, dont les configurations sont en
bijection avec les MSA [Ra4]. Un autre pan de nos travaux porte sur la génération aléatoire
de classes de symétrie de MSA.
– le projet A3 (Arbres aléatoires continus et applications [2009-2012]), à mi-chemin entre combinatoire et probabilités, a pour but d’étudier les processus de fragmentation, de percolation,
les arbres discrets et les cartes combinatoires ainsi que leur convergence vers des arbres ou des
cartes continues. Il fédère une vingtaine de membres, répartis sur six sites en France. Quatre
membres dans notre thème font partie de ce projet naissant, et ont obtenu ces dernières
années de nombreux résultats dans ces domaines [Rs65, Ra1, Rs66, Rs65, Rs13, Au82].
Au delà des travaux effectués dans le cadre des projets ANR, certains objets classiques en
combinatoire, comme les permutations, sont toujours l’objet d’une grande activité : citons l’étude
de classes de permutations à motifs interdits via des arbres de génération [Ci14], la découverte
d’une bijection entre les permutations de Baxter et les orientations de cartes planaires [Ca21] ou
encore l’étude des permutations indécomposables, en lien avec des hypercartes [Ra35].
L’algèbre intervient comme un outil important dans plusieurs des travaux cités précédemment.
Mais certains objets algébriques sont aussi étudiés en tant que tels (groupes de permutations,
idéaux de polynômes, algèbres définies sur des arbres etc.) : parmi nos résultats, mentionnons
une description explicite des idéaux de polynômes diagonalement quasi-symétriques [Ra5] et Bquasi-symétriques [Ra2] et le calcul du produit dans l’algèbre des arbres binaires de Loday-Ronco,
l’obtention de la clé d’un tableau de Young par un calcul matriciel élémentaire, les “dessins d’enfants” , ou encore un contre-exemple à une conjecture concernant le problème des moments pour
les polynômes de Laurent [Au103].
2.2.3
43
Graphes et applications
La théorie des graphes est un outil puissant d’investigation des structures combinatoires complexes. La recherche de ce thème porte sur le développement de cette théorie et sur ses applications,
notamment dans le domaine des communications dans les réseaux.
Les problèmes que nous abordons en théorie des graphes sont des problèmes classiques, dans
leurs développements les plus récents, ou des problèmes issus de nouveaux axes de recherche.
Mentionnons à titre d’illustration les problèmes liés à l’hamiltonisme, aux colorations, ou au calcul
d’invariants. La notion de coloration orientée, par exemple, a été introduite et développée au LaBRI
et se trouve actuellement largement étudiée dans la communauté internationale. Le travail de ce
thème porte aussi sur l’analyse de paramètres de graphes généraux et de graphes plus fortement
structurés (planaires, de largeur arborescente bornée etc.), le calcul de tables de routage compactes,
d’étiquetage de distance, les algorithmes pour les communications, le codage des graphes, ou encore
les jeux combinatoires sur les graphes.
Les membres de ce thème sont très impliqués dans de nombreux projets dont des projets ANR
(ALADDIN, IDEA, GRATOS etc.) et ont établi des partenariats internationaux forts (Angleterre,
Chine, Israël, Pologne, République Tchèque, Slovaquie, Taiwan etc.).
Pour illustrer l’impact et la diversité des activités qui ont été menées, voici quelques faits
marquants :
– la preuve par Daniel Gonçalves d’une conjecture de longue date (Chartrand, Geller et Hedetnimi 1971) stipulant que tout graphe planaire est arête-partitionnable en deux graphes
planaires extérieurs (prix du meilleur papier étudiant à STOC 2005 [Cs43])
– l’obtention en 2009 d’un contrat industriel avec ALCATEL sur des compétences avérées de
l’équipe ("Dynamic Compact Routing Scheme"), d’un montant de 130ke
– les recherches menées sur la thématique des graphes "petit-monde" (réseaux sociaux, etc.),
récompensées du prix du meilleur article (délivré par l’ACM) à la conférence SPAA 2006
[Ca58]
Voici une liste non-exhaustive des principaux résultats obtenus ces quatre dernières années, en
complément de ceux déjà cités :
– Colorations de graphes, décompositions, propriétés structurelles :
– étude de nombreux invariants de graphes (nombre chromatique, nombre circulairechromatique, nombre chromatique de liste, nombre chromatique adaptable, nombre chromatique étoilé, nombre chromatique orienté, nombre chromatique linéaire, nombre chromatique acyclique, nombre chromatique d’incidences, homomorphismes de graphes mixtes,
graphes (arbitrairement)-récursivement décomposables etc.) [Rs16, Ra50, Ci22, Ra87,
Ra96, Ra100, Rs79, Ra101, Rs56, Ra94, Au85, Ca9, Rs57, Rs69, Rs3, Rs72, Rs36, Rs71,
Rs70, Ra91, Rs68, Ra88, Ra89, Ra90],
– étude de jeux de coloration combinatoires : caractérisation des configurations gagnantes
pour différents types de sommes de jeux [Rs53],
– établissement de la k-séparabilité des graphes sans mineurs [Ca8],
– étude des propriétés algorithmiques et structurelles des généralisations des graphes parfaits
[Rs22, Ca105].
– Routage et codages :
– obtention du meilleur codage connu pour les graphes planaires non-étiquetés [Ca68],
– obtention des premiers algorithmes déterministes et locaux pour le calcul de "spanners"
optimaux [Cs17].
– Graphes et polyèdres :
– étude des facettes du polytope des stables des graphes sans griffe [Ra97, Rs76],
– établissement de bornes optimales pour le ratio d’imperfection [Ra36].
Les activités de ce thème contribuent également à RealOpt, une équipe-projet INRIA très jeune
(création officielle en 2009) dirigée par F. Vanderbeck (Institut de Mathématiques de Bordeaux),
44
dont l’objectif est de travailler sur la qualité des formulations de problèmes d’optimisation combinatoire. L’approche privilégiée consiste à combiner des techniques avancées telles que l’approche
polyédrale, l’approche de décomposition Lagrangienne, et les techniques venant de l’optimisation
non-linéaire et de la théorie des graphes. Quatre participants du thème (M. Montassier, A. Pêcher,
A. Raspaud et E. Sopena) sont membres de cette équipe INRIA.
2.2.4
EPI CEPAGE
L’équipe-projet CEPAGE est une jeune équipe-projet INRIA dirigée par O. Beaumont (création officielle en 2009). Cette équipe s’intéresse à la conception d’algorithmes et de structures de
données et à leur déploiement sur des plates-formes dynamiques à grande échelle. Ces plates-formes
sont caractérisées par leur hétérogénéité (ressources de calcul et de communication) et leur dynamicité (variations des performances et des ressources). Son objectif est de concevoir des algorithmes
dont on puisse garantir les performances pour des problèmes classiques (diffusion de contenus, distributions de tâches de calculs) en s’inspirant des solutions apportées par l’algorithmique parallèle
et par les systèmes Pair-à-Pair.
Un premier axe porte sur la conception de (primitives de) services de haut niveau pour la
programmation des réseaux à grande échelle comme les plates-formes de calcul volontaire, dont
l’usage est pour l’instant limité à des applications de type clients-serveur. L’objectif est d’enrichir
ce modèle en proposant des services distribués à performances garanties pour la localisation de
données, d’unités de traitement, la construction de sous-groupes, etc, et de valider les solutions
proposées sur des applications précises (pilotage de code de dynamique moléculaire, intégration
continue) et des plates-formes à grande échelle comme PlanetLab ou GRID’5000.
Un deuxième axe s’intéresse à l’algorithmique des agents mobiles dans les réseaux. Des agents
mobiles (robots ou agents logiciels) ont pour but d’effectuer une tâche complexe dans un réseau
qu’elles ne connaissent pas a priori : exploration, cartographie, recherche d’un intrus mobile ou
d’un nœud spécifique, rendez-vous, etc. L’accent est mis sur la quantité de mémoire qu’utilisent
les agents mobiles.
– Construction de réseaux logiques pour la gestion de requêtes complexes assurant un routage
poly-logarithmique pour pour différentes familles de graphes [Ca48, Rs30]
– Algorithme distribué de bin-covering (avec contrainte de distance) offrant une garantie de
performance [Ca13, Ca12]
– Résultats d’ordonnancement en régime permanent de tâches indépendantes [Rs4], de communications collectives [Ra9] et de tâches divisibles [Cs5]
– Dérandomisation efficace de marches aléatoires dans desgraphes non orientés en utilisant
des stratégies locales d’exploration [Cs25] et parcours périodique de graphes non orientés
anonymes [Ra61]
– Algorithme efficace pour le rattachement dans des réseaux dynamiques et distribués [Rs25].
– Démonstration d’une équivalence entre le modèle des tableaux blancs et le modèle des
cailloux pour le problème de recherche de noeuds malicieux dans un réseau par des agents
mobiles [Cs34].
– Algorithme distribué déterministe en k rondes pour le calcul de sous-graphes couvrant de
taille O(kn1+1/k ) approchant les distances à un facteur 2k − 1 près [Cs17].
– Algorithme de routage de presque plus courts chemin (étirement 1 + ) avec des taille polylogarithmique pour les graphes excluant un mineur fixé (planaire, surface de genre borné
etc.) [Cs3] et algorithme de routage universel (c’est-à-dire pour un graphe valué quelconque)
utilisant des tables locales de routage de taille en n1/k pour un étirement de O(k) respectant
l’indépendance de noms [Ca6].
– Un nouvel algorithme glouton, fondé sur une augmentation et une semi-métrique de distortion O(log n), définit pour tout graphe et permettant un routage en un nombre poly-
45
logarithmique d’étapes [Ca66].
2.3
Faits marquants
– Thèmes de recherche : on peut souligner notre activité autour de l’effet "petit-monde"
(réseaux sociaux, etc.). Ces travaux bordelais ont été repris par J. Kleinberg lors de sa
conférence au congrès international des mathématiciens à Madrid en 2006, où il recevait le
prix Nevanlinna. Cette activité (largement inter-thèmes, voire inter-équipes) a fait l’objet
d’un prix de l’ACM à la conférence SPAA (Symposium on Parallelism in Algorithms and
Architectures) en 2007.
– Doctorants :
– notre équipe attire et forme de très bons jeunes chercheurs : par exemple, 5 de nos docteurs
récents ont été recrutés comme CR au CNRS
– l’expérimentation nationale des “doctorants-conseils”, initiée par Yves Métivier (LaBRI),
a été lancée officiellement par Valérie Pécresse, en septembre 2007, à Bordeaux
– Distinctions :
– Prix (annuel) "Outstanding Simulation Publication Award" de l’INFORMS Simulation
Society, attribué en 2007 à l’article de P. Duchon (LaBRI), P. Flajolet, G. Louchard
et G. Schaeffer intitulé “Boltzmann Samplers for Random Generation of Combinatorial
Structures”, paru dans Combinatorics, Probability and Computing en 2004.
– Prix Charles-Louis de Saulses de Freycinet (prix biennal de l’Académie des Sciences créé
en 1925, destiné à encourager des recherches en mathématiques) décerné à M. BousquetMélou (LaBRI)
– Contrats : en plus de nombreux contrats institutionnels, soulignons l’existence d’un contrat
industriel ALCATEL (130 KE) sur des compétences avérées de notre équipe.
2.4
Visibilité
total
Conférence:
Président de comité de programme
Comité de programme
Organisation (conf, écoles, ...)
Comités de rédaction
Evaluation (laboratoires, projets, ...):
Présidence
Membre expert national
Expertise internationale
Rapporteur d’HDR ou thèse étrangère
2.5
4
42
14
9
dont 3 int’l
dont 34 int’l
dont 5 int’l
dont 7 int’l
1
4
11
11
Jurys
Habilitation (hors LaBRI)
Thèse (hors LaBRI)
Concours
Jury de prix
total
6
24
-
dont 1 fois rapporteur
2.6
46
Coopérations, contrats et valorisation
Officialisées
Attestées
Autres
Invités
Invitation
total
2
25
2
37
33
Contrats institutionnels
Contrats indistriels
Logiciels déposés
total
8
1
-
Pour la carte mondiale, voir la figure 1.2.
2.7
Thèses et HDR
HDR LaBRI
Thèse LaBRI
Thèse co-tutelle
total
3
20
-
BIBLIOGRAPHIE – COMBALGO
2.8
2.8.1
47
Publications de l’équipe combalgo
Synthèse
Équipe combalgo
Revues
Conférences
Ouvrages
Autres publications
sélection
81
52
invités
57
autres
108
108
total
189
217
8
106
520
Rappelons que toutes les publications répertoriées ici sous la catégorie Revues et l’immense majorité
de celles répertoriées sous les catégories Conférences et Ouvrages (et beaucoup de celles répertoriées dans
la catégorie Autres) sont des publications de rang A selon la définition de l’AERES. C’est l’équipe qui
a choisi les revues et les conférences mises en avant sous l’étiquette de Sélection afin de mettre l’accent
sur certains supports de publication et il ne s’agit en aucun cas de déclarer le complémentaire de cette
sélection comme étant de moindre qualité.
2.8.2
Revues [ACL]
(revues avec comité de lecture répertoriées par l’AERES ou dans les bases de données internationales)
Sélection
( SIAM J. on Discrete Mathematics, IEEE Trans. on Parallel and Distributed
Systems, Distributed Computing, J.of Algebraic Combinatorics, JTC-A, JCTB, Algorithmica, Mathematical Programming Series A and B, The Annals of
Applied Probability, The Annals of Probability, TCS, Theory of Computing
Systems. )
[Rs1] J.-C. Aval, Multivariate fuss-catalan numbers, Discrete Mathematics, 308 (2008), pp. 4660–4669.
[Rs2] F. Bazzaro and C. Gavoille, Localized and compact data-structure for comparability graphs,
Discrete Mathematics, 309 (2009), pp. 3465–3484.
[Rs3] F. Bazzaro, M. Montassier, and A. Raspaud, (d,1)-total labeling of planar graphs with large
girth and high maximum degree., Discrete Mathematics, 307 (2007), pp. 2141–2151.
[Rs4] O. Beaumont, L. Carter, J. Ferrante, A. Legrand, L. Marchal, and Y. Robert, Centralized versus distributed schedulers for bag-of-tasks applications, IEEE Transactions on Parallel
and Distributed Systems, (2008).
[Rs5] O. Beaumont, H. Casanova, Y. Yang, and Y. Robert, Scheduling divisible loads on star and
tree networks : results and open problems, IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems,
(2005).
[Rs6] O. Beaumont, A. Legrand, L. Marchal, and Y. Robert, Pipelining broadcasts on heterogeneous platforms., IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, (2005).
[Rs7] O. Bernardi, Bijective counting of kreweras walks and loopless triangulations, Journal of Combinatorial Theory Series A, 114 (2007), pp. 931–956.
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Combinatorial Theory Series A, 116 (2009), pp. 55–75.
[Rs9] N. Bonichon, A bijection between realizers of maximal plane graphs and pairs of non-crossing
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[hal-00185537]
[hal-00368040]
[hal-00293465]
[inria-00336197]
[inria-00358949]
[inria-00358950]
[hal-00068433]
[hal-00143870]
[hal-00307593]
[hal-00306291]
[hal-00001009]
[hal-00276681]
48
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[hal-00307018]
[hal-00349110]
[hal-00307587]
[hal-00401710]
[hal-00411739]
[hal-00369723]
[hal-00293528]
[hal-00308145]
[hal-00342668]
[hal-00341573]
[hal-00342860]
[hal-00404593]
[hal-00351045]
[hal-00412868]
[hal-00414504]
[hal-00307150]
[hal-00307147]
[hal-00369676]
[hal-00307800]
[hal-00411723]
[hal-00368277]
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49
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[hal-00300737]
[hal-00307021]
[hal-00341600]
[hal-00341624]
[hal-00341531]
[hal-00307594]
[hal-00368037]
[hal-00307383]
[hal-00366618]
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[hal-00112181]
[hal-00017872]
[hal-00084603]
[hal-00307499]
[hal-00180005]
[hal-00307501]
[hal-00410386]
[lirmm-00184811]
[hal-00307137]
[hal-00307139]
[hal-00307141]
[hal-00307135]
[hal-00322868]
[insu-00411153]
[hal-00306979]
[hal-00411757]
[lirmm-00195956]
[hal-00307763]
[hal-00333677]
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[hal-00411759]
[hal-00353648]
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cellular edge local computations, Fundamenta Informaticae, 74 (2006), pp. 85–114.
2.8.3
[hal-00160439]
Conférences [INV, ACTI, ACTN]
(conférences invitées, conférences internationales ou nationales avec actes)
Sélection
( STOC, SODA, ICALP, PODC, IPDPS, FPSAC, STACS )
[Cs1] J.-C. Aval, Multivariate fuss-catalan numbers and b-quasisymmetric polynomials., in FPSAC’06.,
2006.
[Cs2] J.-C. Aval and P. Duchon, Enumeration of alternating sign matrices of even size (quasi)invariant under a quarter-turn rotation, in FPSAC’09, DMTCS proceedings, 2009.
[Cs3] I. Abraham and C. Gavoille, Object location using path separators, in 25th Annual ACM
Symposium on Principles of Distributed Computing (PODC), Denver, Colorado, USA, juillet 2006,
ACM Press, 2006, pp. 188–197.
[Cs4] I. Abraham, C. Gavoille, and D. Malkhi, Compact routing for graphs excluding a fixed minor,
in 19th International Symposium on Distributed Computing (DISC), Cracovie, Pologne, septembre
2005, vol. 3724 of Lecture Notes in Computer Science, Springer, 2005, pp. 442–456.
[Cs5] O. Beaumont, N. Bonichon, and L. Eyraud-Dubois, Scheduling divisibleworkloads on heterogeneous platforms under bounded multi-port model, in Heterogeneity in Computing Workshop, in
IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing, 2008. IPDPS 2008., 2008.
[Cs6] O. Beaumont, L. Carter, J. Ferrante, A. Legrand, L. Marchal, and Y. Robert, Centralized versus distributed schedulers for multiple bag-of-task applications, in Parallel and Distributed
Processing Symposium, 2006. IPDPS 2006. 20th International, 2006.
[Cs7] O. Beaumont, P. Duchon, and M. Korzeniowski, Heterogenous dating service with application to rumor spreading, in IEEE International Symposium on Parallel and Distributed Processing,
2008. IPDPS 2008., IEEE, 2008.
[Cs8] O. Beaumont, A.-M. Kermarrec, L. Marchal, and E. Rivière, Voronet : A scalable object network based on voronoi tessellations., in International Parallel and Distributed Processing
Symposium – IPDPS 2007, IEEE, 2007.
[Cs9] O. Beaumont, L. Marchal, V. Rehn, and Y. Robert, Fifo scheduling of divisible loads with
return messages under the one-port model, in Parallel and Distributed Processing Symposium,
2006. IPDPS 2006. 20th International, 2006.
[Cs10] O. Beaumont, L. Marchal, and Y. Robert, Broadcast trees for heterogeneous platforms, in
Parallel and Distributed Processing Symposium, IPDPS 2005. Proceedings. 19th IEEE International, IEEE, 2005.
[Cs11] O. Beaumont, L. Marchal, and Y. Robert, Scheduling divisible loads with return messages on
heterogeneous master-worker platforms, in High Performance Computing – HiPC 2005, Springer,
2005.
[hal-00353525]
[hal-00396501]
[hal-00378415]
[hal-00378466]
[inria-00336189]
[inria-00407392]
[inria-00142778]
[inria-00358953]
[inria-00407383]
[inria-00407396]
[inria-00407398]
56
[Cs12] O. Bernardi and N. Bonichon, Catalans intervals and realizers of triangulations (extended
abstract), in FPSAC07, 2007.
[Cs13] M. Bousquet-Mélou, Families of prudent self-avoiding walks, in FPSAC (Formal Power Series
and Algebraic Combinatorics), DMTCS Proceedings, 2008.
[Cs14] M. Bousquet-Mélou, A. Claesson, and M. Dukes, Unlabeled (2+2)-free posets, ascent sequences and pattern avoiding permutations, in Formal Power Series and Algebraic Combinatorics,
2009, p. 12 pages.
[Cs15] M. Bousquet-Mélou, T. Guttmann, and I. Jensen, Self-avoiding walks crossing a square, in
Formal power series and algebraic combinatorics, 2005, pp. 9159–9181.
[Cs16] M. Bousquet-Mélou and E. Steingrimsson, Decreasing subsequences in permutations and
wilf equivalence for involutions, in FPSAC (Formal Power series and Algebraic Combinatorics),
2005.
[Cs17] E. Bampas, L. Gasieniec, N. Hanusse, D. Ilcinkas, R. Klasing, and A. Kosowski, Euler tour lock-in problem in the rotor-router model, in DISC 2009, vol. 5805 of Lecture Notes in
Computer Science, Springer Berlin / Heidelberg, 2009, pp. 421–433.
[Cs18] J. Beauquier, C. Johnen, and S. Messika, Brief announcement : Computing automatically
the stabilization time against the worst and the best schedules, in 20th International Symposium of
Distributed Computing, DISC 2006, S. Dolev, ed., vol. 4167 of LNCS, Springer, 2006, pp. 543–547.
[Cs19] J. Chalopin, S. Das, and N. Santoro, Groupings and pairings in anonymous networks, in
DISC 2006, vol. 4167, Shlomi Dolev, 2006, pp. 105–119.
[Cs20] J. Chalopin, S. Das, and N. Santoro, Rendez vous of mobile agents in unknown graphs with
faulty links, in DISC 2007, vol. 4731, Andrzej Pelc, 2007, pp. 108–122.
[Cs21] J. Chalopin, D. Gonçalves, and P. Ochem, Planar graphs are in 1-string, in SODA 2007,
2007, pp. 609–617.
[Cs22] J. Chalopin, E. Godard, and Y. Métivier, Local terminations and distributed computability
in anonymous networks, in International symposium on distributed computing (DISC), vol. 4218
of Lecture notes in computer science, Springer, 2008, pp. 47–62.
[Cs23] R. Cori, Indecomposable permutations with a given number of cycles, in Formal Power Series and
Algebraic Combinatorics, 2009.
[Cs24] R. Cohen, P. Fraigniaud, D. Ilcinkas, A. Korman, and D. Peleg, Label-guided graph
exploration by a finite automaton, in ICALP 2005, L. M. C. P. M. Y. L. Caires, G. Italiano, ed.,
vol. 3580 of Lecture Notes in Computer Science, Springer Berlin / Heidelberg, 2005, pp. 335–346.
[Cs25] C. Cooper, D. Ilcinkas, R. Klasing, and A. Kosowski, Derandomizing random walks in
undirected graphs using locally fair exploration strategies, in ICALP 2009, vol. 5556 of Lecture
Notes in Computer Science, Springer Berlin / Heidelberg, 2009, pp. 411–422.
[Cs26] B. Derbel, C. Gavoille, D. Peleg, and L. Viennot, Local computation of nearly additive
[Cs27] B. Derbel, M. Mosbah, and A. Zemmari, Fast distributed graph partition and application
(extended abstract), in 20th IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium
(IPDPS), 2006.
[Cs28] P. Duchon, On the link pattern distribution of quarter-turn symmetric fpl configurations, in 20th
Annual International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC
2008), 2008, p. 12 pages.
[Cs29] P. Duchon, N. Eggemann, and N. Hanusse, Non-searchability of random scale-free graphs, in
PODC’2007, 2007, pp. 380–381.
[Cs30] P. Duchon, N. Hanusse, E. Lebhar, and N. Schabanel, Could any graph be turned into a
small world ?, in International Symposium on Distributed Computing (DISC), vol. 3724, Pierre
Fraigniaud, 2005, pp. 511–513.
[Cs31] A. El Hibaoui, N. Saheb-Djahromi, and A. Zemmari, Polyominoids and uniform election.,
in FPSAC : 17th International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics,
2005.
[Cs32] L. Eyraud-Dubois, G. Mounié, and D. Trystram, Analysis of scheduling algorithms with
reservations, in IPDPS 2007, IEEE, 2007, pp. 1–8.
[hal-00307858]
[hal-00355753]
[hal-00396372]
[hal-00307837]
[hal-00355757]
[hal-00402749]
[hal-00355509]
[hal-00308128]
[hal-00308123]
[hal-00308130]
[hal-00332759]
[hal-00392926]
[hal-00339772]
[hal-00374071]
[hal-00408725]
[hal-00307546]
[hal-00414724]
[hal-00341490]
[hal-00307531]
[hal-00307795]
[hal-00186786]
57
[Cs33] L. Eyraud-Dubois and M. Quinson, Assessing the quality of automatically built network representations, in Workshop on Programming Models for Grid Computing - organized at IEEE/ACM
International Symposium on Cluster Computing and the Grid - CCGrid 2007, D. T. R. C. Alfredo Goldman, Arnaud Legrand, ed., IEEE Computer Society, 2007, pp. 795 – 800.
[Cs34] P. Flocchini, D. Ilcinkas, and N. Santoro, Ping pong in dangerous graphs : Optimal black
hole search with pure tokens, in DISC 2008, G. Taubenfeld, ed., vol. 5218 of Lecture Notes in
[Cs35] P. Fraigniaud, C. Gavoille, D. Ilcinkas, and A. Pelc, Distributed computing with advice :
Information sensitivity of graph coloring, in ICALP 2007, T. J. A. T. Lars Arge, Christian Cachin,
ed., vol. 4596 of Lecture Notes in Computer Science, Springer Berlin / Heidelberg, 2007, pp. 231–
242.
[Cs36] P. Fraigniaud, D. Ilcinkas, and A. Pelc, Oracle size : a new measure of difficulty for communication tasks, in PODC 2006, ACM New York, NY, USA, 2006, pp. 179–187.
[Cs37] C. Gavoille, Localized data structures (keynote talk), in 2nd Workshop on Locality Preserving
Distributed Computing Methods (LOCALITY), PODC, Portland, Oregon, Etats-Unis, août 2007,
2007.
[Cs38] C. Gavoille, B. Derbel, and D. Peleg, Deterministic distributed construction of linear stretch
spanners in polygarithmic time, in 21rst International Symposium on Distributed Computing
(DISC), Lemesos, Chypre, 2007, vol. 4731 of Lecture Notes in Computer Science, Springer, 2007,
pp. 179–192.
[Cs39] C. Gavoille, B. Derbel, D. Peleg, and L. Viennot, On the locality of distributed sparse
(PODC), A. Press, ed., 2008, pp. 273–282.
[Cs40] C. Gavoille, R. Klasing, A. Kosowski, and A. Navarra, Brief announcement : On the
complexity of distributed greedy coloring, in 21rst International Symposium on Distributed Computing (DISC), septembre 2007, Lemesos, Chypre, vol. 4731 of Lecture Notes in Computer Science,
Springer, 2007, pp. 482–484.
[Cs41] C. Gavoille, A. Kosowski, and M. Markiewicz, What can be observed locally ? Round-based
models for quantum distributed computing, in DISC, vol. 5805 of Lecture Notes in Computer
Science, Springer, 2009, pp. 243–257.
[Cs42] C. Gavoille and A. Labourel, Brief announcement : On local representation of distances in
trees, in 26th Annual ACM Symposium on Principles of Distributed Computing (PODC), août
2007, Portland, WA, Etats-Unis, ACM Press, 2007, pp. 246–247.
[Cs43] D. Gonçalves, Edge partition of planar graphs into two outerplanar graphs, in Proceedings of
STOC ’05, 2005, pp. 504 – 512.
[Cs44] D. Gonçalves and J. Chalopin, Every planar graph is the intersection graph of segments in the
plane : Extended abstract, in STOC ’09 : 41st ACM Symposium on Theory of Computing, 2009,
pp. 631–638.
[Cs45] N. Hanusse, S. Maabout, and R. Tofan, A view selection algorithm with performance guarantee, in International Conference on Extending Database Technology, 2009.
[Cs46] C. Johnen and L. Higham, Fault-tolerant implementations of the atomic-state communication
model in weaker networks, in 21st International Symposium on Distributed Computing, DISC
2007, vol. 4731 of LNCS, Springer-Verlag, 2007, pp. 485–487.
[Cs47] C. Johnen and L. Higham, Fault-tolerant implementations of atomic registers by safe registers
in networks, in ACM Symposium on Principles of Distributed Computing, PODC 2008, R. A.
Bazzi and B. Patt-Shamir, eds., ACM press, 2008, p. 449.
[Cs48] Y. Le Borgne, Counting upper interactions in dyck paths, in FPSAC 05, 2005.
[Cs49] Y. Le Borgne, An algorithm to describe bijections involving dyck paths, in FPSAC 06 : 18th
International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics, 2006.
[Cs50] J.-F. Marckert, N. Saheb-Djahromi, and A. Zemmari, Election algorithms with random
delays in trees, in In 21st International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2009), Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, 2009.
[Cs51] X. G. Viennot, Canopy of binary trees, catalan tableaux and the asymmetric exclusion process,
in FPSAC 2007, Formal Power Series and Algebraic Combinatorics, C. Nankai University, Tianjin,
ed., 2007.
[inria-00188408]
[hal-00341523]
[hal-00339878]
[hal-00339854]
[hal-00371154]
[hal-00371381]
[hal-00343001]
[hal-00369655]
[hal-00408727]
[hal-00369644]
[hal-00307781]
[lirmm-00395364]
[hal-00341475]
[hal-00334323]
[hal-00334322]
[hal-00308112]
[hal-00308114]
[hal-00365463]
[hal-00385437]
58
[Cs52] H. Watanabe, H. Nakazato, A. Ghatpande, and O. Beaumont, Divisible load scheduling
with result collection on heterogeneous systems, in IEEE International Symposium on Parallel and
Distributed Processing, 2008. IPDPS 2008., 2008.
[inria-00336186]
Invitées
(conférences invitées internationales ou nationales)
[Ci1] J.-C. Aval, Diagonal temperley-lieb invariants and coinvariants., in FPSAC’05, 2005.
[Ci2] J.-C. Aval, Enumeration of quarter-turm symmetric alternating sign matrices., in Second congrès
Canada-France des Sciences Mathématiques., 2008.
[Ci3] M. Bousquet-Mélou, Algebraic generating functions in enumerative combinatorics and contextfree languages, in STACS (Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science), vol. 3404 of
Lect. Notes Comput. Sci., 2005, pp. 18–35.
[Ci4] M. Bousquet-Mélou, Are algebraic generating functions ordinary ?, in 24th Nordic and 1st
Franco-Nordic Congress of Mathematicians, 2005.
[Ci5] M. Bousquet-Mélou, Embedded trees, in Quantum Field Theory, Then and Now : A tribute to
Claude Itzykson, 2005.
[Ci6] M. Bousquet-Mélou, The ising and hard-particle models on planar maps, in 2nd Workshop on
Tutte polynomials and applications, 2005.
[Ci7] M. Bousquet-Mélou, On the shape of binary trees, in EUROCOMB, 2005.
[Ci8] M. Bousquet-Mélou, Rational and algebraic series in combinatorial enumeration, in International Congress of Mathematicians, Madrid, vol. Invited Lectures III, European Mathematical Society,
2006, pp. 789–826.
[Ci9] M. Bousquet-Mélou, Asymptotic enumeration and large random objects, in Ecole d’hiver "Statistical Mechanics and Combinatorics", 2007.
[Ci10] M. Bousquet-Mélou, Families of prudent self-avoiding walks, in Workshop on quantum random
walks, 2007.
[Ci11] M. Bousquet-Mélou, On the shape of binary trees, in Analysis of Algorithms, 2007.
[Ci12] M. Bousquet-Mélou, The shape of binary trees, and applications to the integrated superbrownian
excursion, in Northeast Probability Seminar, 2007.
[Ci13] M. Bousquet-Mélou, Counting coloured planar maps, in TGGT (Topological and Geometric
Graph Theory), vol. 31 of Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2008, pp. 57–62.
[Ci14] M. Bousquet-Mélou, Counting permutations via generating trees, in 6th Conference of permutation patterns, 2008.
[Ci15] M. Bousquet-Mélou, Prudent self-avoiding walks, in Meeting of the American Math Society,
2008.
[Ci16] M. Bousquet-Mélou, Prudent self-avoiding walks, in Biannual Meeting of Fachgruppe Diskrete
Mathematik of Deutsche Mathematiker Vereinigung, 2008.
[Ci17] O. Bournez, J. Chalopin, and J. Cohen, Playing with population protocols, in International
Workshop on The Complexity of Simple Programs, 2008.
[hal-00353506]
[hal-00353510]
[hal-00307838]
[hal-00307847]
[hal-00307843]
[hal-00307842]
[hal-00307827]
[hal-00277255]
[hal-00355747]
[hal-00355745]
[hal-00355749]
[hal-00355744]
[hal-00355740]
[hal-00355739]
[hal-00355738]
[hal-00355742]
[inria-00330344]
[Ci18] M. Montassier, Adaptive choosability of planar graphs, in Seminar Colorings ’08, 2008.
[hal-00401707]
[Ci19] M. Montassier, The 3-color problem, in 2009 Workshop on Graph Theory, 2009.
[hal-00401708]
[Ci20] A. Pêcher, Stable set polytope of claw-free graphs, in Graph coloring workshop, 2008.
[hal-00307775]
[Ci21] A. Pêcher, Circular-clique polytopes and circular-perfect graphs, in 2009 Workshop on Graph
Theory, 2009.
[Ci22] E. Sopena, Colourings of oriented graphs, in Colourings, Independence and Domination - CID’07,
2007.
[Ci23] X. G. Viennot, Combinatorics for 2d lorentzian quantum gravity, in Institut Mittag-Leffler, Algebraic combinatorics Seminar, 2005.
[Ci24] X. G. Viennot, A walk in the garden of bijections, in 54ème édition du Séminaire Lotharingien
de Combinatoire, The Viennot Festschrift, 2005.
[hal-00336143]
[hal-00346153]
[hal-00308072]
[hal-00308095]
59
[Ci25] X. G. Viennot, Catalan tableaux and asymmetric exclusion process, in 57ième Séminaire Lotharingien de Combinatoire, 2006.
[Ci26] X. G. Viennot, La combinatoire plurielle aujourdhui : énumérative, algébrique, bijective, expérimentale, quantique et ... magique, in Colloque Service Physique Théorique, CEA Saclay, 2006.
[Ci27] X. G. Viennot, Processus d’exclusion asymétrique et tableaux de catalan, in Journées Pierre
Leroux, UQAM, 2006.
[Ci28] X. G. Viennot, Arbres, triangulations, molécules d’arn : quelles mathématiques, quelle informatique ?, in Journées Maths-Info en fête, Université Bordeaux 1, 2007.
[Ci29] X. G. Viennot, Basic enumerative combinatorics, in Physics and Theoretical Computer Science
- From Numbers and Languages to (Quantum) Cryptography, B. R. J.P. Gazeau, J. Nesetril, ed.,
NATO Security through Science Series - D : Information and Communication Security, IOS Press,
2007, pp. 211–229.
[Ci30] X. G. Viennot, Canopy of binary trees and asymmetric exclusion process, in Problèmes combinatoires soulevés par la mécanique statistique, 2007.
[Ci31] X. G. Viennot, Combinatoire expérimentale, in Université d’été, Expérimentation et démarches
d’investigation en mathématiques, 2007.
[Ci32] X. G. Viennot, A combinatorial approach to differential equations and nonlinear functional expansions with enriched rooted trees and weighted paths, in Conference on Combinatorics and Physics,
Max Planck Institute für Mathematik, 2007.
[Ci33] X. G. Viennot, De leonhard euler (1707-1783) aux mathématiques combinatoires et à la physique
d’aujourd’hui, in Les Rendez-vous du Lundi, Université de Bordeaux, 2007.
[Ci34] X. G. Viennot, Enumerative combinatorics and physics, in Ecole jeunes chercheurs : mécanique
statistique et combinatoire, 2007.
[Ci35] X. G. Viennot, Euler, strahler and knuth, in journées en l’honneur de Donald E. Knuth, 2007.
[Ci36] X. G. Viennot, Leonhard euler (1707-1783), père de la combinatoire contemporaine, in 59ème
Séminaire Lotharingien de Combinatoire, 2007.
[Ci37] X. G. Viennot, Leonhard euler, père de la combinatoire contemporaine, in Journée IHES "Leonhard Euler, mathématicien universel, tricentaire de sa naissance", 2007.
[Ci38] X. G. Viennot, Leonhard euler, précurseur de la combinatoire contemporaine, in Journée "Leonhard Euler 1707-1783, La passion de la raison", 2007.
[Ci39] X. G. Viennot, Leonhard euler, précurseur de la combinatoire contemporaine, in 187ème Congrès
annuel SCNAT, Académie Suisse, 2007.
[Ci40] X. G. Viennot, Métamorphoses algorithmiques et merveilleuses coïncidences mathématiques, in
Journées Maths-Info en fête, Université Bordeaux 1, 2007.
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Ouvrages [OS, OV]
(chapitre ou ouvrage scientifique, de vulgarisation)
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[inria-00344035]
[hal-00341655]
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Autres publications [ACLN, ASCL, COM, AFF, DO, AP]
(articles sans comité de lecture ou non répertoriés, communication sans actes, affiche, édition/direction
d’ouvrage ou de revues, logiciels enregistrés, traductions, guides et rapports techniques, rapports intermédiaires de grands projets)
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schémas d’augmentation universels pour la navigation dans les réseaux, in 9ème Rencontres Francophones sur les Aspects Algorithmiques des Télécommunications, 2007, pp. 23–26.
[Au65] P. Fraigniaud, D. Ilcinkas, and A. Pelc, Exploration d’arbres avec oracle, in AlgoTel 2006,
2006, pp. 25–28.
[Au66] C. Gavoille, Etiquetage des graphes, in Ecole Jeunes Chercheurs en Algorithmique et Calcul
Formel, Ecole thématique CNRS 05 13 051, Montpellier, avril 2005, 2005.
[Au67] C. Gavoille, N. Bonichon, and A. Labourel, Schéma d’étiquetage d’adjacence pour les
arbres de degrés borné, in 8èmes Journées Graphes et Algorithmes, Orléans, novembre 2006,
2006.
[Au68] C. Gavoille, B. Derbel, D. Peleg, and L. Viennot, Construction locale de sous-graphes
couvrants peu denses, in 10ièmes Rencontres francophones sur les aspects algorithmiques des
télécommunications (AlgoTel), Saint-Malo, France, 2008, 2008, pp. 105–108.
[Au69] C. Gavoille and Y. Dieng, La structure des graphes sans mineur k 2,4, in 10ièmes Journées
Graphes et Algorithmes, INRIA Sophia Antipolis, Nice, novembre 2008, 2008.
[Au70] C. Gavoille and Y. Dieng, Routage dans les réseaux cellulaires, in 10ièmes Journées Doctorales
en Informatique et Réseaux, Belfort, UTMB, France, février 2009, 2009, pp. 7–12.
[Au71] C. Gavoille, R. Klasing, A. Kosowski, u. Kuszner, and A. Navarra, On the complexity
of distributed graph coloring with local minimality constraints, tech. rep., 2005.
[Au72] C. Gavoille, A. Kosowski, and M. Markiewicz, What can be observed locally ? round-based
models for quantum distributed computing. Rapport de recherche, 2009.
[Au73] C. Gavoille and A. Labourel, Schéma relationnel distribué pour les arbres, in 9èmes Journées
Graphes et Algorithmes, Paris, novembre 2007, 2007, p. 19.
[Au74] N. Hanusse, S. Maabout, and R. Tofan, Algorithmes pour la sélection de vues à matérialiser
avec garantie de performance, in 5ème journées francophones sur les entrepôts de données et
l’analyse en ligne (EDA’09), 2009, pp. 1–15.
[Au75] H. Hocquard and M. Montassier, Acyclic coloring of graph with maximum degree five. Rapport de recherche RR-1450-08 LaBRI, 2008.
[Au76] D. Ilcinkas, Complexité en espace de l’exploration de graphes, PhD thesis, Institut Fourier,
Grenoble, 2006.
[Au77] D. Ilcinkas, N. Nisse, and D. Soguet, Le coût de la monotonie dans les stratégies d’encerclement réparti, in 10ème Rencontres Francophones sur les Aspects Algorithmiques des Télécommunications (AlgoTel’08), D. Simplot-Ryl and S. Tixeuil, eds., 2008, pp. 33–36.
[Au78] R. Klasing, J. Hromkovic, A. Pelc, P. Ruzicka, and W. Unger, Dissemination of Information in Communication Networks : Broadcasting, Gossiping, Leader Election, and FaultTolerance, Springer-Verlag, 2005.
[Au79] R. Klasing, C. Laforest, J. Peters, and N. Thibault, Constructing incremental sequences
in graphs, tech. rep., 2005.
[Au80] R. Klasing, E. Markou, T. Radzik, and F. Saracco, Hardness and approximation results
for black hole search in arbitrary networks, tech. rep., 2005.
[hal-00307532]
[hal-00401711]
[inria-00130734]
[inria-00176961]
[inria-00374463]
[inria-00176942]
[hal-00412086]
[hal-00379263]
[hal-00378390]
[hal-00368035]
[hal-00368036]
[hal-00366615]
[inria-00200127]
[hal-00393801]
[hal-00369624]
[hal-00375595]
[hal-00375166]
[tel-00412139]
[inria-00374451]
[hal-00307029]
[inria-00070361]
[inria-00070349]
70
[Au81] R. Klasing, E. Markou, T. Radzik, and F. Sarracco, Approximation bounds for black
hole search problems, tech. rep., 2005.
[Au82] J.-F. Marckert and G. Miermont, The crt is the scaling limit of unordered binary trees.
2005.
[Au83] M. Montassier, Acyclic choosability of graphs : A survey, in CS06, Sixth Czech-Slovak International Symposium on Combinatorics, 2006.
[Au84] M. Montassier, A. Pêcher, A. Raspaud, and X. Zhu, Edge-partitions of sparse graphs and
their applications to game coloring. Rapport de recherche RR-1453-09 LaBRI, 2009.
[Au85] A. Montejano, P. Ochem, A. Pinlou, A. Raspaud, and E. Sopena, Homomorphisms of
2-edge-colored graphs, tech. rep., 2008.
[Au86] P. Ochem and A. Pinlou, Oriented colorings of partial 2-trees, tech. rep., 2007.
[Au87] A. Pêcher, Circular-clique polytopes and circular-perfect graphs, in KolKom08 - Kolloquium
über Kombinatorik, 2008.
[Au88] A. Pêcher, Des multiples facettes des graphes circulants, thèse d’habilitation, Université Sciences
et Technologies - Bordeaux I, 2008.
[Au89] A. Pêcher, Polytope des cliques circulaires et calcul du nombre d’indépendance des graphes
quasi-adjoints, in JPOC5 Journées Polyèdres et Optimisation Combinatoire, 2008.
[Au90] A. Pêcher, Sur le polytope des cliques circulaires, in Journée H. Thuillier, 2008.
[Au91] A. Pêcher, P. Pesneau, and A. Wagler, Générer des facettes pour le polytope des stables
dans un graphe sans griffes par la programmation entière, in FRANCORO V / ROADEF, 2007.
[Au92] A. Pinlou, An oriented coloring of graphs with maximum average degree less that 10/3, tech.
rep., 2007.
[inria-00145157]
[hal-00364487]
[hal-00353650]
[hal-00368828]
[lirmm-00266540]
[lirmm-00190875]
[hal-00333063]
[tel-00332976]
[hal-00286418]
[hal-00292026]
[inria-00281949]
[lirmm-00186693]
[Au93] J. M. Robson, Spanning trees of bounded degree graphs. 2005.
[hal-00360110]
[Au94] E. Sopena and J. Wu, Coloring the square of the cartesian product of two cycles. 2005.
[hal-00392145]
[Au95] E. Sopena and J. Wu, Incidence coloring of the cartesian product of two cycles. 2005.
[hal-00406409]
[Au96] X. G. Viennot, Heaps of segments, 2d lorentzian triangulations and curvature of the space-time,
in 27th Nordic and 1st Franco-Nordic Congress of Mathematicians, 2005.
[Au97] X. G. Viennot, Kepler towers, catalan numbers and strahler distribution, in FPSAC05 (Formal
Power Series and Algebraic Combinatorics), session spéciale dédiée à Adriano Garsia, 2005.
[Au98] X. G. Viennot, Catalan numbers, permutation tableaux and asymmetric exclusion process, in
GASCOM 2006, 2006.
[Au99] X. G. Viennot, Énumérons ! (de la combinatoire énumérative classique aux nouvelles combinatoires : bijectives, algébriques, expérimentales, quantiques et ... magiques), Editions scientifiques
Cassini, 2007.
[Au100] X. G. Viennot, Lettre de leonhard euler à christian goldbach de 1751. Emission France Culture,
2007.
[Au101] A. Wagler, A. Pêcher, and S. Coulonges, Polytope des stables des graphes fortement
circulaires-parfaits, in JPOC2 - Deuxièmes Journées Polyèdres et Optimisation Combinatoire,
2005, pp. 728–738.
[Au102] A. Zvonkine, Fonctions de belyi : exemples, constructions, applications, in Journée "Tripode",
2008.
[Au103] A. Zvonkine, On some questions related to composition of coverings, in The GrothendieckTeichmüller Theory of Dessins d’Enfants, 2008.
[Au104] A. Zvonkine, Dessiner les fonctions rationnelles (et méromorphes), in Journées Combinatoires
de Bordeaux ’09, 2009.
[Au105] A. Zvonkine and S. Lando, Graphes sur les surfaces et leurs applications, Centre d’éducation
continue en mathématiques de Moscou, 2009.
[Au106] A. Zvonkine, S. Lando, and A. Semenov, Algorithmica. Informatica, "Prosveshchenie" editions, 2006.
[hal-00308073]
[hal-00308069]
[hal-00308099]
[hal-00308071]
[hal-00308108]
[hal-00308151]
[hal-00347418]
[hal-00347416]
[hal-00403520]
[hal-00403491]
[hal-00347393]
ANNEXE – COMBALGO
2.9
2.9.1
71
Annexe A: Visibilité
Comité de rédaction, éditeur invités
– Journal of Combinatorial Theory, Series A, M. Bousquet-Mélou (éditrice depuis 2001,
membre de l’"Advisory board" de 2001 à 2007)
– Advances in Applied Mathematics, M. Bousquet-Mélou (éditrice depuis 2000)
– Theoretical Informatics and applications, Y. Métivier (editorial board depuis 2002)
– Special issue of Theory of Computing Systems (TOCS) devoted to SPAA’07 - Symposium
on Parallelism in Algorithms and Architectures (co-éditeur : C. Gavoille)
– Special issue of Electronic Notes in Discrete Mathematics devoted to ICGT’05 - 7th International Colloquium on Graph Theory (éditeurs : O. Delmas, A. Raspaud)
– Special issue of International Journal of High Performance Computing Applications following
HeteroPar’07 (éditeur invité : O. Beaumont)
– Kyungpook Mathematical Journal, Associate editor, A. Zvonkine (depuis 2008)
– Séminaire Lotharingien de Combinatoire, M. Bousquet-Mélou (éditrice depuis 2007)
– Special issue of TSI following Renpar (éditeur invité : O. Beaumont)
2.9.2
– ISCIS 08, International Symposium on Computer and Information Sciences (co-chair) Parallel Distributed and Grid Systems Symposium), Istambul, Turquie (O. Beaumont)
– HeteroPar 07 (chair), International Workshop on Algorithms, models, and tools for parallel
computing on heterogeneous networks, Austin, 2007 (O. Beaumont)
– LOCALITY ’05 (PC co-chair, workshop co-located with DISC ’05, sep. 26, Cracow, Poland),
Locality Preserving Distributed Computing Methods (C. Gavoille)
– RenPar 06 (co-chair) Rencontre du Parallélisme, Perpignan, 2006 (O. Beaumont)
– ENC ’06, Mexican International Conference on Computer Science (E. Sopena)
– FPSAC ’08 (Formal Power Series and Algebraic Combinatorics), Chili, juin (JC Aval)
– FPSAC ’07, Nankai, Chine, juillet 2007 (Formal power series and algebraic combinatorics)
(M. Bousquet-Mélou)
– SIROCCO ’09 (16th International Colloquium on Structural Information and Communication Complexity), Piran, Slovenie, mai (D. Ilcinkas)
– SIROCCO ’07 (Y. Métivier)
– DISC ’08 (Sep. 22-24, Arcachon, France), International Symposium on Distributed Computing (C. Gavoille)
– DISC ’07 (Sep. 24-26, Lemesos, Cyprus), International Symposium on Distributed Computing (C. Gavoille)
– OPODIS ’09 (Dec., Corsica, France), International Conference on Principles of Distributed
Systems (C. Gavoille)
– OPODIS ’07 (Y. Métivier)
– PODC ’08 (August 18-21, Toronto, Canada), Annual ACM Symposium on Principles of
Distributed Computing (C. Gavoille)
– PODC ’06 (July 23-26, Denver, Colorado, USA), Annual ACM Symposium on Principles of
Distributed Computing (C. Gavoille)
– PODC ’05 (Jul. 17-20, Las Vegas, Nevada, USA), Annual ACM Symposium on Principles
of Distributed Computing (C. Gavoille)
– SPAA ’07 (June 9-11, San Diego, Californie, USA), Symposium on Parallelism in Algorithms
and Architectures (C. Gavoille)
– PDCN ’07 (Feb. 13-15, Innsbruck, Austria), Parallel and Distributed Computing and Networks (C. Gavoille)
– PDCN ’06 (Feb. 14-16, Innsbruck, Austria), Parallel and Distributed Computing and Networks (C. Gavoille)
– PDCN ’05 (Feb. 15-17, Innsbruck, Austria), Parallel and Distributed Computing and Net-
ANNEXE – COMBALGO
72
works (C. Gavoille)
– HiPC ’05 (Dec. 18-21, Goa, India), International Conference On High Performance Computing (C. Gavoille)
– IWDC ’05 (Dec. 27-30, Kharagpur, India), International Workshop on Distributed Computing (C. Gavoille)
– ISCIS ’09 Northern Cyprus, septembre (O. Beaumont)
– ISPDC ’09, 8th International Symposium on Parallel and Distributed Computing, Lisbon,
Portugal (O. Beaumont)
– HeteroPar ’09, International Workshop on Algorithms, models, and tools for parallel computing on heterogeneous networks, August ’09, Delft, The Netherlands (O. Beaumont)
– IPDPS ’09, IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium, Rome, Italie
(O. Beaumont)
– IPDPS ’07, IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium, Long Beach,
USA (O. Beaumont)
– IPDPS ’06, IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium, Rhodes
Island, Greece (O. Beaumont)
– ICPADS ’08, IEEE International Conference on Parallel and Distributed Systems, Melbourne, Victoria, AUSTRALIA (O. Beaumont)
– PMAA ’08, International Workshop on Parallel Matrix Algorithms and Applications, Neuchâtel, Switzerland (O. Beaumont)
– EuroPar ’07 (Local Chair, Scheduling and Load Balancing), Rennes, France (O. Beaumont)
– EuroComb ’09, Bordeaux, septembre (R. Cori, A. Raspaud, E. Sopena)
– PMGC ’07 Workshop on Programming Models for Grid Computing, Rio de Janeiro, Brazil
(O. Beaumont)
– ICPADS ’06 International Conference on Parallel and Distributed Systems (Minneapolis,
USA) (O. Beaumont)
– HeteroPar ’06 International Workshop on Algorithms, models, and tools for parallel computing on heterogeneous networks (Barcelona, Spain) (O. Beaumont)
– PMAA ’06 International Workshop on Parallel Matrix Algorithms and Applications, Rennes,
France (O. Beaumont)
– STACS ’06 (A. Zvonkine)
– 4th Colloquium on Mathematics and Computer Science : Algorithms, Trees, Combinatorics
and Probabilities, septembre ’06, Nancy, France. (M. Bousquet-Mélou)
– AlgoTel ’08 (10èmes Rencontres Francophones sur les Aspects Algorithmiques de Télécommunications), Saint Malo, France, mai (P. Duchon)
– AlgoTel ’08 (11èmes Rencontres Francophones sur les Aspects Algorithmiques de Télécommunications), Carry-Le-Rouet, France, juin (D. Ilcinkas)
– AlgoTel ’08 (May 13-16, Saint-Malo, France), Rencontres Francophones sur les aspects Algorithmiques des Télécommunications (C. Gavoille)
– AlgoTel ’07 (May 29 - Jun 1, Ile d’Oléron, France), Rencontres Francophones sur les aspects
Algorithmiques des Télécommunications (C. Gavoille)
– RenPar 09, Rencontre du Parallélisme, Toulouse, France (O. Beaumont)
– RenPar ’08, Rencontre du Parallélisme, Fribourg, Switzerland (O. Beaumont)
– JDIR ’09 (Feb. 2-4, Belfort, UTBM, France), Journées Doctorales en Informatiques et Réseaux (C. Gavoille)
– JDIR ’08 (Jan. 16-18, Villeneuve d’Ascq, France), Journées Doctorales en Informatiques et
Réseaux (C. Gavoille)
2.9.3
Organisation de conférences, écoles, ateliers, ...
– Semestre "Combinatorics and Statistical Physics", à l’institut E. Schrödinger de Vienne
(février-juillet 2008). Ce programme incluait notamment un atelier de deux semaines (mai),
et s’est terminé par une école d’été (juillet) sur les mêmes thèmes. (M. Bousquet-Mélou)
– DISC 2008 (22nd International Symposium on Distributed Computing) et workshops colo-
ANNEXE – COMBALGO
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
73
calisés (en tout, 140 participants) septembre 2008 (C. Gavoille, N. Hanusse, D. Ilcinkas, R.
Klasing, M. Montassier)
Journées en l’honneur de Donald Knuth, Bordeaux (2007), Y. Le Borgne.
Eurocomb 2009 (A. Pêcher, A. Raspaud, M. Montassier)
LOCALITY ’05 (co-chair with Dahlia Malkhi, sep. 26, Cracow, Poland), Locality Preserving
Distributed Computing Methods (C. Gavoille)
Trimestre thématique à l’institut Henri Poincaré (Paris) sur les thèmes "Physique statistique,
combinatoire et probabilités" : approche du continu par le discret, (avec J. Bouttier, G.
Miermont et G. Schaeffer). Automne 2009. (M. BOUSQUET-MÉLOU)
Organisation des "Rencontres Aléa 2008" (70 participants), CIRM, 2008 (P. Duchon, JF
Marckert).
AlgoTel ’07 (C. Gavoille)
54e Séminaire lotharingien de Combinatoire, tenu en l’honneur des 60 ans de Xavier Viennot
(75 participants), Lucelle, Alsace, avril 2005. (M. Bousquet-Mélou)
Journées Graphes 2005 (A. Pêcher, A. Raspaud)
Ecole Jeunes Chercheurs en Calcul Formel 2006 (A. Pêcher)
Congrès SPECIF (Société des Personnels Enseignants et Chercheurs de France) 2007, (O
Baudon)
Journées en l’honneur de Robert Cori, Bordeaux, 2009 (Y. Le Borgne)
Journées de Combinatoires de Bordeaux, Bordeaux, 2009 (JC Aval, JF Marckert)
2.9.4
Evaluation, expertise
– Président du comité d’évaluation CNRS du LaRIA (Amiens) 2005 (Y. Métivier)
– Expert pour le recrutement d’un "Senior Lecturer in Applied Mathematics", à l’université
de Linköping, Suède, 2006 (M. Bousquet-Mélou)
– Expert pour le recrutement à une promotion de "Full Professor" in Computer Science, à
l’université de Tufts, USA, 2008 (C. Gavoille)
– Expert pour 5 propositions de "grant" (Canada - 2, USA, Nouvelle Zélande, Grande Bretagne) - (A. Zvonkine)
– Expert pour 4 propositions de "grant" (Israël - 3, Suisse - 1) - (C. Gavoille)
– Expertise projet ECOS-Sud, 2007 (E. Sopena)
– Expertise pour l’AERES (écoles doctorales), 2009 (E. Sopena)
– Expert pour le programme ARPEGE de l’ANR 2009 (O. Beaumont)
– Expert pour le programme BLANC, Jeune-Chercheur, Binationaux de l’ANR 2009 (C. Gavoille)
2.9.5
Rapporteur d’HDR ou de thèse étrangères
– William James (Université de Melbourne ; dir. Anthony Guttmann et Xavier Viennot ; 2006,
rapporteur) (M. Bousquet-Mélou)
– Amanda Montejano Cantoral (UPC Barcelone ; dir. Oriol Serra ; 2009, rapporteur) (E. Sopena)
– Javier Barajas (UPC Barcelone ; dir. Oriol Serra ; 2007, rapporteur) (E. Sopena)
– Ittai Ibraham (Hebrew University of Jerusalem, 2009, rapporteur) (C. Gavoille)
– Morgan Seston, 12/2008, Université de la Méditerranée, Luminy, rapporteur (C. Gavoille)
– Swagata Mandal, 2007, Vidyasagar University, Midnapore, India, rapporteur (C. Gavoille)
– Donglin Xia, 04/2007, Arizona State Univeristy, USA, rapporteur (C. Gavoille)
– Andrew Twigg, 10/2006, Computer Laboratory, Cambridge University, UK, rapporteur (C.
Gavoille)
– Feng Feng, 7/2006, School of Civil & Environmental Engineering Nanyang Technological
Univeristy, Singapour, rapporteur (C. Gavoille)
– Domenico Mango, 01/2006, Université de L’Aquila, Italie, rapporteur (C. Gavoille)
– Amel Kaouche (rapporteur, thèse, Université du Québec à Montréal, Avril 09) (X. Viennot)
ANNEXE – COMBALGO
2.10
2.10.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Annexe B: Jurys
Habilitations (hors LaBRI)
Franck Butelle (Paris 13, 2007) (Y. Métivier rapporteur)
Nicolas Thiéry (Mathématiques, Paris 11, 2008) (M. Bousquet-Mélou)
Jean Mairesse (LIAFA, Université Paris 7, 2006) (M. Bousquet-Mélou)
Frédérique Bassino (Marne-la-Vallée, 2005) (M. Bousquet-Mélou)
Gilles Schaeffer (Bordeaux, 2005) (M. Bousquet-Mélou)
Ioan Todinca (Université d’Orléan, 2006) (C. Gavoille)
2.10.2
–
–
–
–
–
–
–
74
Thèses (hors LaBRI)
Nicolas Baudru (Amiens, 2005) (Y. Métivier, rapporteur)
Laurence Pilard (Orsay, 2005) (Y. Métivier, raporteur)
Stéphane Devismes (Amiens, 2006) (Y. Métivier, rapporteur)
Christian Boulinier (Amiens, 2007) (Y. Métivier, rapporteur)
Antoine Gaillard (Palaiseau, 2009) (Y. Métivier, rapporteur)
Luca Alieardi Castelli, 12/2006, Ecole Polytechnique, LIX, rapporteur (C. Gavoille)
Patricio Reyes, 08/2008, Université Nice Sophia-Antipolis, rapporteur-président (C. Gavoille)
Eric Fusy (école Polytechnique ; dir. Gilles Schaeffer, 2007 ; rapporteur) (M. Bousquet-Mélou)
Eric Duchêne (Université Joseph Fourier ; dir. Sylvain Gravier ; 2006, rapporteur) (E. Sopena)
Olivier Mallet (LIAFA, Université Paris 7 ; dir. Jeremy Lovejoy, 2008 ; rapporteur) (M.
Bousquet-Mélou)
Jean-François Culus (Université Toulouse - le Mirail ; dir. Louis Ferré et Bertrand Jouve ;
2005, rapporteur) (E. Sopena)
Léa Cartier (Université Joseph Fourier ; dir. Denise Grenier et Charles Payan ; 2008, rapporteur) (E. Sopena)
Julien Fayolle (Université Paris 6, LIP6, 2006 ; rapporteur) JF Marckert
Paul Zinn-Justin (rapporteur, Habilitation en Physique Théorique, Univ. Paris 6, Déc 08)
(X. Viennot)
Anisse Kasraoui (rapporteur, thèse, Univ. Lyon, 2009) (X. Viennot)
Eric Fekete (Université de Versailles 2007) JF Marckert
Jean-Maxime Labarbe (Université de Versailles 2008) JF Marckert
Elahe Zohoorian-Azad (IECN, université Nancy 1, 2007) JF Marckert
Joyce El Haddad (dir. Serge Haddad ; Université Paris-Dauphine ; 2005) (C. Johnen)
Jean Creignou (Université Bordeaux 1, mathématiques ; dir. Christine Bachoc, 2008) (M.
Bousquet-Mélou)
Gabriel Antoine Louis Paillard (Université Paris-Nord ; dir. Christian Lavault, 2005) (C.
Johnen)
Tchimou N’Takpé (LORIA, Université de Nancy 1 ; dir. Jens Gustedt et Emmanuel Jeannot ;
2008) (O. Beaumont)
Daouda Traore (LIG, ENSIMAG ; dir. Jean-Louis Roch et Denis Trystram ; 2008) (O. Beaumont)
Frédéric Ferchaud, 12/2006, Brétigny/Orge, Eurocontrol (C. Gavoille)
2.11
2.11.1
Annexe C: Coopérations
Officialisées ou internationales
– PICS 3184 ; Université du Québec à Montréal (Canada) ; 2005-2007
– Multicomputing ; Programme “FitScience” (France-Israël) ; 2008-2010
ANNEXE – COMBALGO
2.11.2
75
Attestées
– I. Abraham, D. Malhki, N. Nisan, A. Goldberg ; Microsoft (Silicon Valley, USA) ; copublication
– D. Andrew ; Cambridge University (UK) ; co-publication
– N. Bergeron ; York University (Canada) ; co-publication
– L. Carter, J. Ferrante ; University of California at San Diego (Etats-Unis) ; co-publication
– H. Casanova ; University of Hawai at Manoa (Etats-Unis) ; co-publication
– F. Dragan ; Kent University (USA) ; co-publication
– L. Higham ; University of Calgary (Canada) ; co-publication
– G. Jones ; Université de Southampton (Grande Bretagne) ; co-publication
– H. Kacem, M. Jmaiel ; Ecole nationale d’ingénieurs de Sfax (Tunisie) ; co-publication
– A. Kosowski, L. Kuszner ; Gdansk University of Technology (Pologne) ; co-publication
– Z. Lotker ; Ben Gurion University (Israël) ; co-publication
– E. Macajova, M. Skoviera ; Comenius University (Slovaquie) ; co-publication
– M. Markiewicz ; University of Gdansk (Pologne) ; co-publication
– A. Mazurkiewicz ; Institute of computer science of PAS (Pologne) ; co-publication
– M. Mishna ; Simon Fraser University(Canada) ; co-publication
– M. Nehez ; Slovak University of Technology (Slovakia) ; co-publication
– J. Nesetril ; Charles University( République Tchèque) ; co-publication
– A. Pelc ; Quebec University en Outoauais (Canada) ; co-publication
– D. Peleg ; Weizmann Institute (Israël) ; co-publication
– N. Santoro ; Carleton university (Canada) ; co-publication
– G. Shabat ; Université de Moscou (Russie) ; co-publication
– M. Thorup ; AT&T Labs - Research ; co-publication
– G. Tel ; Université Utrecht (Pays-Bas) ; co-publication
– W. Wang ; Zhejiang Normal University (Chine) ; co-publication
– X. Zhu ; Yat-sen University (Taiwan) ; co-publication
2.11.3
Autres
– R. Weismantel ; Magdeburg University (Allemagne)
– J.H. Kwak ; Université de Pohang (Corée du Sud)
2.11.4
Invités
– M. Albert ; Otago University (New-Zealand) ; 2008 (1 mois)
– N. Bergeron ; York University (Canada) ; 2009 (1 mois)
– O.V. Borodin ; Institute of Mathematics and Novosibirsk State University (Russie) ; 2009 (6
mois)
– C. Cooper ; King’s College London (Royaume-Uni) ; 2005 (1mois), 2006 (1 mois), 2007 (1
mois),2008 (1 mois),2009 (1 mois)
– J. Czyzowicz ; Université de Québec à Hull (Canada) ; 2007 (1 mois)
– S. Das ; ETH Zurich (Suisse) ; 2008 (1 mois)
– N. Eggemann ; Université Brunel (Royaume-Uni) ; 2006 (1mois)
– M. Elkin ; Université Ben-Gurion (Israël) ; 2008 (1 mois)
– R. Elsaesser ; Université de Paderborn (Allemagne) ; 2007 (1 mois)
– L. Gasieniec ; Université de Liverpool(Royaume-Uni) 2006 (2 mois), 2007 (1 mois),2009 (1
mois)
– G. Hahn ; Université de Montréal (Canada) ; 2005 (1 mois), 2007 (1 mois), 2008 (1 mois)
– C. Hanusa ; New-York University (Etats-Unis) ; 2006 (1mois)
– M. Jmaiel ; Ecole nationale d’ingénieurs de Sfax (Tunisie) 2008 (1 mois)
– H. Kacem ; Ecole nationale d’ingénieurs de Sfax (Tunisie) 2008 (1 mois)
– T. Kaiser ; University of West Bohemia (République Tchéque) ; 2006 (Postdoc 1 an)
ANNEXE – COMBALGO
76
– M. Korzeniowski ; Wroclaw University of Technology (Pologne) ; 2006 (1 mois), 2007 (1
mois),20098 (1 mois)
– A. Kosowski ; Gdansk University of Technology (Pologne) ; 2008 (Postdoc 1 an)
– M. Loebl ; Charles university (République tchèque) ; 2007 (1 mois)
– E. Macojova ; Université Commenius Bratislava (Slovaquie) ; 2005 (1 mois), 2008 (1 mois)
– E. Markou ; National and Kapodistrian University of Athens (Gréce) ; 2006 (Postdoc 1 an)
– D. Mayhew ; Université d’Oxford (Royaume-Uni) ; 2005 (Postdoc 1 an)
– A. Mazurkiewicz ; Institute of computer science of PAS (Pologne) ; 2005 (1 mois)
– T. Mömke ; ETH Zurich (Suisse) ; 2008 (1 mois)
– A. Montejano ; Universidad Politècnica de Catalunya (Espagne) ; 2007 (1 mois)
– N. Morales ; INRIA Sophia Antipolis ; 2006 (1mois)
– A. Navarra ; Université de L’Aquila (Italie) ; 2006 (Postdoc 1an)
– A. Pelc ; Université du Québec (Canada) ; 2006 (1 mois)
– J.G. Peters ; Simon Fraser University (Canada) ; 2006 (1mois)
– T. Radzik ; King’s College London (Royaume-Uni) ; 2005 (1 mois), 2006 (1 mois),2007 (1
mois),2008 (1 mois)
– M. Skoviera ; Université Commenius Bratislava (Slovaquie) ; 2005 (1 mois), 2008 (1 mois)
– L.D. Tong ; Université de Kaohsiung (Taïwan) ; 2007 (1 mois)
– W. Unger ; RWTH Aachen (Allemagne) ; 2006 (1mois)
– A. Wagler ; Discrete Optimization Group (Allemagne) ; 2006 (1 mois)
– J. West ; Malaspina College (Canada) ; 2008 (1 mois)
– L. Williams ; Havard University (Etats-Unis) ; 2006 (1mois)
– M. Wozniak ; AGH University of Science and Technology(Pologne) ; 2008 (1 mois)
– X. Zhu ; Sun Yat-sen University Kaohsiung (Taiwan) ; 2006 (1 mois)
2.11.5
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Invitations
Mireille Bousquet-Mélou : Institut Mittag-Leffler (Suède) ; 2005 (3 mois)
“ : MIT (Etats-Unis) ; 2007 (1 semaine)
“ : Centre de Recerca Matemàtica (Barcelone) ; 2007 (2 mois)
“ : Simon Fraser University (Canada) ; 2008 (2 semaines)
Cyril Gavoille : Hebrew University of Jerusalem (Israël) ; 2006 (2 semaines)
“ : Weizmann Institute (Israël) ; 2005 (1 semaine), 2008 (1 semaines), 2009 (1 semaine)
David Ilcinkas : University of Liverpool (Royaume-Uni) ; 2008 (1 semaine)
“ : Université du Québec en Outaouais (Canada) ; 2009 (1 semaine)
“ : Université d’Ottawa et Carleton University (Canada) ; 2009 (1 semaine)
Colette Johnen : University of Calgary (Canada) ; 2006 (1mois)
“ : University of Calgary (Canada) ; 2007 (1mois)
Yvan Le Borgne : International Institut for Mathematical Physics (Autriche) ; 2008 ( 2
semaines)
“ : Université d’Erlangen (Allemagne) ; 2005 (5 mois et demi)
Jean François Marckert : Centre de Recerca Matematica (Espagne) ; 2007 (3 mois)
“ : ESI (Autriche) ; 2008 (2 semaine)
M. Montassier : Comenius University (Slovaquie) ; 2005 (1 mois)
“ : Sun Yat-sen University (Taiwan) ; 2008 (2 semaines), 2009 (2 semaines)
“ : University of Ilmenau (Allemagne) ; 2008 (1 mois)
Arnaud Pêcher : Magdeburg University (Allemagne) ; 2005 (1 mois)
“ : Sun Yat-sen University (Taiwan) ; 2007 (2 semaines), 2008 (2 semaines), 2009 (2 semaines)
André Raspaud : Sun Yat-sen University (Taiwan) ; 2006 (3 semaines), 2007 (3 semaines),
2008 (2 semaines)
Xavier Viennot : Université de Reykjavik (Islande) ; 2005 (1 mois)
“ : Institut Mittag-Leffler (Suède) ; 2005 (1 mois)
“ : Université du Québec à Montréal (Canada) ; 2006 (1 mois),2007 (1 mois),2008 (1 mois)
“ : Max Planck Institute(Allemagne) ; 2007 (1 mois)
ANNEXE – COMBALGO
–
–
–
–
–
–
–
–
“ : Académie Suisse á Bâle (Suisse) ; 2007 (1 mois)
“ : Isaac Newton Institute Cambridge (Royaume-Uni) ; 2008 (1 mois)
“ : Erwin Schrödinger Institute for Mathematical Physics (Autriche) ; 2008 (1 mois)
“ : Universités de Porto et de Coimbra (Portugal) ; 2008 (1 mois)
“ : Universités de Porto et de Lisbonne (Portugal) ; 2008 (1 mois)
Alexandre Zvonkine : Université Indépendante de Moscou (Russie) ; 2006 (2 semaines)
“ : Hebrew University of Jerusalem (Israël) ; 2007 (3 semaines)
“ : Université du Québec à Montréal (Canada) ; 2007 (2 semaines)
2.12
2.12.1
–
–
–
–
–
–
–
–
77
Annexe D: Contrats et valorisation
A3 ; ANR Blanc ; 2009-2012
ALADDIN ; ANR Blanc ; 2008-2011
ALPAGE ; ANR Masses de données ; 2005-2008
GéoComp ; ACI Masses de données ; 2005-2007
IDEA ; ANR Blanc ; 2009-2011
MARS ; ANR Blanc ; 2007-2009
SADA ; ANR Blanc ; 2005-2008
USS-SIMGRID ; ANR Calcul intensif ; 2008-2011
2.12.2
Contrats industriels
– Alcatel-Lucent-Bell ; Compact Routing Scheme in Dynamic Networks ; 2009-2010
2.13
2.13.1
Annexe E: Thèses et HDR de l’équipe
Habilitations
– P. Duchon, HDR, Université Bordeaux 1, Combinatoire des configurations de boucles compactes, novembre 2008
– C. Johnen, HDR, Université Paris-Sud, Quelques contributions à l’auto-stabilisation, novembre 2007
– A. Pêcher (dir : A. Raspaud), HDR, Université Bordeaux 1, Des multiples facettes des
graphes circulants, octobre 2008
2.13.2
Thèses
– A. El Hibaoui (dir : N. Saheb), Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1, Analyse de
quelques Algorithmes Probabilistes à Délais Aléatoires, Décembre 2006.
– S. Abbas (co-dir : A. Zemmari), Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1, Distributed
Calculations using Mobile Agents, Décembre 2006.
– P. Auillans, Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1, Modélisation de réseaux sémantiques par des hypergraphes et applications, février 2005.
– O. Bernardi (dir : M. Bousquet-Mélou), Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1,
Combinatorics of maps and the Tutte polynomial, septembre 2006.
– J. Chalopin (dir : Y. Métivier), Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1, Algorithmique distribuée, calculs locaux dans les graphes et homomorphismes de graphes, novembre
2006
– S. Coulonges (dir : A. Raspaud), Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1, Graphes
circulaires-parfaits, décembre 2007.
– B. Derbel (co-dir : Y. Métivier), Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1, local
aspects in distributed computing, décembre 2006.
– B. Hamid, (co-dir : Y. Métivier), Doctorat d’Informatique, université Bordeaux 1, Distributed fault-tolerance techniques for local computations, juin 2007.
– M. Hosseini Dolama (dir : E. Sopena), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1,
Contribution à l’étude de quelques problèmes de colorations de graphes, février 2005.
– M. Montassier (dir : A. Raspaud), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1, Colorations de graphes sous contraintes et Conception de réseaux embarqués tolérants aux pannes,
novembre 2005.
– P. Ochem (dir : E. Sopena), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1, Graph colorings
and combinatorics on words, novembre 2005.
– R. Ossamy (dir. Y. Métivier), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1, An algorithmic and computational approach to local computations, décembre 2005.
– A. Pinlou (dir : E. Sopena), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1, Arc-coloration
et sommet-coloration orientées, octobre 2006.
– L. Esperet (dir : A. Raspaud), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1, Distance-two
colorings of graphs, mai 2008.
– A. Labourel (dir : C. Gavoille), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1, Partition
d’arêtes et représentation implicite de graphes, décembre 2007.
– A. Don (co-dir : N. Hanusse), Doctorat d’Informatique, Université Bordeaux 1, Indexation
et navigation dans les contenus visuels : approches basées sur les graphes, juin 2006.
– D. Goncalves (dir : A. Raspaud), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux 1,Etude de
différents problèmes de partition de graphes, novembre 2006.
– F. Ferchaud (dir : C. Gavoille, M. Mosbah), Doctorat d’informatique, Université Bordeaux
1, Etude des zones d’absorption dans la gestion de flux du trafic aérien, décembre 2006.
– M. Albenque (dir : JF Marckert et J. Mairesse (LIAFA)) Tresses, Animaux, Cartes : A
l’interaction entre combinatoire et probabilités, décembre 2008
– L. Marchal (dir : O. Beaumont et Y. Robert (LIP)), École Normale Supérieure de Lyon,
Communications collectives et ordonnancement en régime permanent sur plates-formes hétérogènes, octobre 2006.
Équipe
Image et Son
(is)
Responsable: H. Nicolas
• Thème Structuration et Analyse d’Images
Responsable: A. Braquelaire
Mots-clés: Segmentation et analyse d’image, modèles géométriques et topologiques d’images,
représentation, mesure et transformation d’objets discrets, imagerie médicale, reconstruction
de surfaces
• Thème Modélisation, Visualisation et Interaction 3D
Responsable: P. Guitton
Mots-clés: Modélisation géométrique, Acquisition, Synthèse d’images, Interaction 3D, Réalité
virtuelle, Rendu
• Thème Analyse et Indexation Vidéo
Responsable: J. Benois-Pineau
Mots-clés: Idexation video, Segmentation spatio-temporelle, Objets vidéo, Analyse, Videosurveillance, Trajectoires, Scalabilité, Flux compressés
• Thème Modélisation du Son et de la Musique
Responsable: M. De Sainte-Catherine
Mots-clés: Analyse, Représentation, Structuration, Informations sonores, Informations musicales, Analyse et synthèse de scènes auditives, Estimation de la similarité musicale, Interaction sonore/musicale/visuelle, Partitions interactives
• Équipe-projet IPARLA
Responsable: P. Guitton
Mots-clés: Modélisation géométrique, Acquisition, Synthèse d’images, Interaction 3D, Réalité
virtuelle, Rendu
CHAPITRE 3. ÉQUIPE IS
3.1
80
Composition
(au 31 août 2009)
T1 :
T2 :
T3 :
T4 :
E5 :
3.1.1
Thème Structuration et Analyse d’Images
Thème Modélisation, Visualisation et Interaction 3D
Thème Analyse et Indexation Vidéo
Thème Modélisation du Son et de la Musique
Équipe-projet IPARLA
Permanents
Nom
Fonction
Benois-Pineau, J.
Braquelaire, A.
Desainte-Catherine, M.
Domenger, J.-P.
Guitton, P.
Nicolas, H.
Strandh, R.
Schlick, C.
Barla, P.
Beurton-Aimar, M.
Blanc, C.
Couture, N.
Desbarats, P.
Franco, J.-S.
Gonzato, J.-C.
Guennebaud, G.
Gueorguieva, S.
Granier, X.
Hachet, M.
Hanna, P.
Journet, N.
Marchand, S.
Reuter, P.
Vialard, A.
Mansencal, B.
Total ETPC 2 : 15
PR
PR
PR
PR
PR
PR
PR
PR
CR
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
CR
MCF
CR
CR
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
IGR
( PR: 8
Thèmes
T1 T2 T3 T4 E5
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 1
×
ENSEIRB
×
× ×
U. Bordeaux 1
U. Bordeaux 1
×
×
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 2
×
×
INRIA
×
×
U. Bordeaux 2
×
U. Bordeaux 1
×
×
ESTIA
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 1
×
×
IUT Bordeaux 1
×
×
INRIA
×
×
U. Bordeaux 1
×
INRIA
×
×
INRIA
×
×
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 2
×
×
U. Bordeaux 1
×
ENSEIRB
× ××
Vice-Pr. CEVU Bordeaux 1
Dir. adjoint LaBRI
Dir. adjoint LaBRI
Dir. adjoint LaBRI (2005-2006)
Dir. MIAGE
Dir. départ. informatique
Resp. Licence Informatique
MCF: 12 CR: 4 IGR: 1)
3.1.2
81
Non permanents
Nom
Nom
Arrivée-Départ
Aguerre, C.
Allombert, A.
Baldacci, F.
Baranes, A.
Berthaut, F.
Boubekeur, T.
Boujut, H.
Carminati, L.
Chen, J.
Decle, F.
De La Rivière, J.-B.
Denis De Senneville, B.
Garreau, L.
Hadim, J.
Hugues, O.
Kaes, C.
Karaman, S.
Knoedel, S.
Koubaa, M.
Kraemer, P.
Lalague, E.
Lales, C.
Levet, F.
Louis, N.
Maclair, G.
Manerba, F.
Meurisse, G.
Morand, C.
Mouba, J.
Moussa, R.
Pacanowski, R.
Pouderoux, J.
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
-2006
20052006200820072004-2007
2009-2006
20092006-2005
-2005
-2005
200520092007200820062006-2007
2007-2007
-2007
-2006
2005-2008
-2005
2005200620082005-2007
Arrivée-Départ
Raspaud, M.
Recur, B.
Robine, M.
Rocher, T.
Rouanet, P.
Roujol, S.
Savoye, Y.
Synave, R.
Szolgay, D.
Vallée, F.
Vergne, R.
Vieux, R.
Zhou, Y.
Lales, C.
Parisey, N.
Frechot, J.
Denis De Senneville, B.
Aguerre, C.
Robine, M.
Aguerre, C.
Amyra, M.
Boujut, H.
Bossavit, B.
Charton, J.
Collot, F.
Marczak, R.
Pouderoux, J.
Raynaud, M.
Lebret-Soler, V.
Vallée, F.
Vercellin, L.
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
ATER
ATER
ATER
ATER
Post-doct
Post-doct
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
Total1 ETPC: 25,7
3.1.3
Nom
Balacey, H.
Baril, J.
Brulin, M.
De Vieilleville, F.
Kabongo, L.
Nesvabda, J.
Peretie, G.
Nom
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
200920052008-2006
-2007
-2007
-2007
Sicre, R.
Skowronski, R.
Boujut, H.
Aguerre, C.
Charton, J.
Marczak, R.
Vercellin, L.
Total1 ETPC: 4,5
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
IGR
IGR
IGR
IGR
2008200820092006-2007
200820082008-
-2007
2007-2006
20082008200820082006200720082007200620072007-2009
2006-2007
2005-2006
2007-2009
2007-2009
20092007-2009
2008-2009
200820082008-2008
20082007-2009
2005-2009
2007-2009
20082008-
3.2
82
L’objectif général de l’équipe Image et Son consiste à développer des méthodes pour mieux
acquérir, analyser, modéliser, synthétiser ou interagir avec des données que l’on pourrait regrouper
sous le terme générique de données multimédia. Les données manipulées par l’équipe représentent
un spectre très large allant du son à l’imagerie 2-D ou 3-D en passant par la vidéo. Pour mener à
bien ces travaux, l’équipe est structurée en quatre thèmes. De manière schématique, on peut considérer que chacun de ces thèmes s’intéresse plus particulièrement aux types de données suivants :
le son, l’imagerie 2-D/3-D, la vidéo et les données 3D pour la réalité virtuelle. Néanmoins, cette
répartition n’est pas cloisonnée et des collaborations concrètes entre les thèmes sont régulièrement
menées. Les problématiques scientifiques rencontrées varient en fonction de la nature des données
et des applications visées, néanmoins, elles présentent des similarités fondamentales, particulièrement dans les domaines de la modélisation, de la synthèse ou du rendu et de l’indexation qui sont
parmi les mots clés essentiels pour la majeure partie des axes de recherche de l’équipe.
D’une manière générale, la modélisation des données consiste à en obtenir un modèle fiable
en utilisant d’une part les contraintes applicatives et/ou d’acquisition, et d’autre part leurs caractéristiques intrinsèques. Par exemple, dans le domaine de l’analyse d’une partition de musique,
la modélisation du signal audio repose sur des critères de type musicaux comme la mélodie ou
le rythme, et permet de resynthétiser le son tout en se donnant la possibilité d’interagir avec ce
signal. Dans le domaine de la vidéo, on cherche à segmenter les objets en mouvement et à analyser leurs comportements, partitionner et résumer le contenu et ceci à différentes résolutions du
flux pour déduire des informations de nature sémantique sur le contenu de la vidéo ou à des fins
d’indexation. En imagerie 3-D, l’extension de modèles bidimensionnels et la prise en compte des
conditions d’acquisition (tomographie, imagerie médicale) permettent la segmentation d’images
en 3-D. La modélisation et la visualisation à partir de données telles que des nuages de points
issus de numérisation 3D ou de flux vidéo (reconstruction de formes) permet d’en extraire une
représentation numérique adaptée à l’application visée à l’aide de modèles 3-D souvent complexes.
Sur le plan quantitatif, quelques chiffres permettent d’évaluer le travail réalisé par l’équipe
durant les années 2005-2008. Notons tout d’abord que l’équipe se composent actuellement de 24
chercheurs ou enseignant-chercheurs permanents, ainsi que d’une vingtaine de non-permanents. Un
objectif fort de l’équipe consiste à développer ses travaux de recherche dans le cadre de partenariats
académiques ou avec des entreprises. Cela s’est concrétisé par une quinzaine de projets de type
ANR, une quinzaine de partenariats avec des entreprises menés notamment dans un contexte de
thèse CIFRE, ou encore, sur le plan international, par la participation à des réseaux, des projets
européens, des encadrements de thèses en co-tutelle, de nombreux séjours dans des laboratoires
étrangers, ou à l’inverse par l’accueil de visiteurs étrangers. Enfin, l’équipe participe activement à
des comités éditoriaux de revues ainsi qu’à l’organisation ou au pilotage de diverses conférences.
Des brevets ont également été déposés en collaboration avec trois industriels. Enfin 23 thèses et 3
HDR ont été soutenues, souvent dans le cadre d’un partenariat. Les sections suivantes décrivent
plus en détails les avancées scientifiques réalisées par chacun des quatre thèmes de l’équipe Image
et Son.
3.2.1
Thème AIV : Analyse et Indexation Vidéo
Mots-clés : Extraction spatio-temporelle des indices des flux vidéo : objet, mouvement, événements, partitionnement et indexation scalable dans le domaine compressé, classification et apprentissage, suivi et trajectographie, surveillance vidéo.
Contexte scientifique
Avec la banalisation des dispositifs d’acquisition de la vidéo : caméras-boutons, téléphones portables, web-cams, cameras en haute définition, augmentation de la bande passante des réseaux et
la croissance des capacités de stockage, la vidéo numérique représente à ce jour des masses de données nécessitant l’accès intelligent, la structuration et la recherche par le contenu. Dans ce contexte
83
les deux aspects sont à développer : l’analyse et l’indexation. L’analyse consiste en l’extraction des
indices dits de bas-niveau, tels que le mouvement local/global, les zones en mouvement propre,
les points caractéristiques. L’indexation quant à elle utilise des éléments d’analyse pour repérer
dans des flux vidéo des objets et des événements significatifs, pour rechercher des segments vidéo
similaires dans le but de transformer (résumer) un document ou pour rechercher des documents
vidéo similaires dans une base de données. Durant les quatre dernières années le thème AIV a
poursuivi sa recherche selon deux axes : paradigme d’indexation primaire et analyse de la vidéo
pour les applications de la surveillance et imagerie médicale.
Paradigme d’indexation primaire : Analyse/indexation de vidéos compressées
De nombreuses vidéos n’étant stockées et disponibles qu’aux formats compressés, il s’agit ici de
proposer les méthodes utilisant des indices primaires - champs de déplacement et coefficients des
transformées utilisés par les standards de la compression. Nous avons développé un ensemble d’outils répondant aux tâches fondamentales de l’indexation vidéo : tels que caractérisation du mouvement de la caméra, détection des plans de montage, extraction des visages. Ces outils s’appuient
sur les méthodes d’analyse du mouvement, apprentissage statistique supervisé et non-supervisé. Ils
ont été déployés dans le cadre du projet ARGOS-TECHNOVISION 2005 - 2007 et dans le cadre de
la campagne internationale TREC Vidéo 2005 - 2008. Cette recherche a été coordonnée au niveau
européen par notre participation à l’action européenne COST292 2005 - 2008. Nous avons animé
l’action Indexation et Recherche d’Informations Multimédia au GDR CNRS ISIS ( 2007 - 2009)
et avons constitué un consortium français IRIM pour répondre aux tâches de la campagne TREC
Vidéo 2008, 2009. Les standards de la nouvelle génération tels H264 et JPEG2000 sont scalables.
Ils proposent différentes résolutions d’un même contenu vidéo dans le même flux compressé. Dans
le cadre du projet ANR MDCA ICOS-HD 2007 - 2011 nous avons développé des outils d’analyse
et d’indexation scalables adaptant la segmentation de la vidéo en objets et caractérisation du
mouvement à la résolution. Une estimation des trajectoires des objets en mouvement dans le flux
H.264 a été réalisée en utilisant uniquement les vecteurs de mouvement présents dans le flux. Des
trajectoires pseudo 3-D globalement très fiables sur des vidéos de nature très différentes ont été
obtenues. Le standard JPEG2000 ne comporte pas d’indices primaires liés au mouvement, nous
avons donc développé un estimateur du mouvement directement sur des pyramides des ondelettes
et avons proposé une segmentation hiérarchique fine avec l’ajustement markovien. Un descripteur
statistique par objet a été proposé. Un corpus vidéo HD a été produit et annoté pour les tests des
méthodes 3 . Ce corpus a été déposé à InterDeposit/APP et sera bientôt disponible sur le site du
projet OpenVideo.org piloté par l’Université de Caroline du Nord (Etats-Unis). Les méthodes par
apprentissage pour la recherche et indexation des images sont dévéloppées en collaboration avec
le thème SAI dans le cadre du projet Européen PI Xmédia - 2006 -2010.
Analyse de séquences de vidéosurveillance et de monitoring :
Il s’agit ici de la détection et de l’analyse d’événements anormaux dans le cadre du trafic routier,
d’analyse du comportement de clients, du suivi des objets dans un environnement multi-caméras
et d’extraction des objets dans des vidéos en provenance des caméras portées par des patients pour
le monitoring des démences. Nous avons développé une méthodologie de suivi à multi-resolution
par filtrage à particules en utilisant des flux multi-caméras, une méthodologie permettant soit
l’interprétation du comportement des objets en mouvement dans les environnements avec des
caméras statiques soit l’extraction des objets lorsque les caméras sont portées et subissent des
mouvements forts et que les images sont de basse qualité. Ces études sont menées dans le cadre
de deux bourses CIFRE, une bourse de MENRT, un projet PEPS qui a donné suite à un projet
ANR (IMMED), bourse en co-tutelle avec PKKU (Budapest) et une bourse BDI .
3. http ://icos-hd.irisa.fr/site_labri_sp4_corpus/index.php
84
Analyse du mouvement dans des images bio-médicales.
En collaboration avec l’IMF nous avons mis au point une méthode de modélisation du mouvement dans des séquences IRM par l’analyse en composantes principales. Elle a été utilisée pour
le recalage des cartes de température en temps réel. Une nouvelle thèse a démarré en 2008 en
collaboration avec l’IMF portant sur l’estimation fiable du mouvement cardiaque.
3.2.2
Thème MVI3D :Modélisation, Visualisation et Interaction 3D
Mots-clés : Acquisition, Modélisation, Rendu, Interaction, Réalité virtuelle, Réalité augmentée
Contexte scientifique
Depuis sa naissance, l’informatique a connu de nombreuses évolutions mais l’opérateur humain
est toujours resté immobile devant son poste de travail. Depuis peu, une révolution est en route avec
l’apparition d’ordinateurs légers et autonomes (téléphones, PDA, consoles de jeux, UMPC) qui
rendent les utilisateurs mobiles. C’est à cette nouvelle famille d’utilisateurs (professionnels, grand
public) que nous nous intéressons afin d’accompagner les évolutions technologiques et de créer
de nouveaux usages utilisant des images 3D. Il ne s’agit pas de développer des solutions ad’hoc
adaptées à tel ou tel type de matériel mobile mais plutôt de réfléchir à des approches globales
autorisant un usage homogène sur l’ensemble des équipements, par exemple un ingénieur alternant
travail dans son bureau avec son PC, dans une salle de réalité virtuelle avec une grappe ou dans
un salon d’aéroport avec son UMPC. Ou bien, la gestion d’un sinistre impliquant des personnes
sur le terrain avec un équipement mobile, un poste de coordination dans un fourgon à proximité
du sinistre et un poste de commandement central dans une salle de contrôle distante. Pour arriver
à homogénéiser les usages dans ces différents contextes, il est indispensable d’aborder toutes les
étapes de la chaîne de traitement : Acquisition/Modélisation, Modélisation/Rendu, Interaction
3D. La suite du texte présente quelques unes des activités marquantes réalisées dans chacun de
ces domaines, à la fois dans des recherches fondamentales plutôt en amont pour concevoir des
méthodes et des structures de données adaptées, mais aussi dans des recherches plus appliquées
pour valider ces résultats dans des démonstrateurs significatifs.
Acquisition / Modélisation
Modèle Numérique de terrain : pour créer des MNT enrichis, nous avons mis au point une
méthode permettant de reconstruire un relief à partir des lignes de niveaux extraites d’une carte
topographique. Ces résultats sont implémentés dans une plate forme logicielle disponible librement
(AutoDEM).
Modélisation à base de sketching : il s’agit d’interpréter des tracés 2D pour créer/éditer
des volumes 3D. Nous avons proposé des améliorations dans la création des formes (extraction de
squelette, utilisation de surfaces implicites) et dans leur édition.
Acquisition à partir de flux vidéos : nous avons amélioré des algorithmes issus du projet
Grimage (Grenoble) et conçu de nouveaux pour extraire en temps réel des informations et modèles
3D à partir de silhouettes de flux vidéos. Cette activité se déroule notamment dans le cadre du
projet ANR Dalia où nous visons à développer une grille d’interactions hétérogènes et aussi dans
une thèse CIFRE pour concevoir une méthode de reconstruction de bâtiments à partir de vidéos
issus d’un drone.
Modélisation à base topologique : en relation avec le thème SAI, nous avons développé
une chaîne allant de l’acquisition par scanner 3D jusqu’à l’impression 3D en passant par le recalage
et l’intégration des vues nécessaires. Ces travaux visent à maîtriser de bout en bout l’erreur en
s’appuyant sur la déclinaison de la géométrie euclidienne à des objets discrets obtenus à partir
d’objets réels.
Modélisation : beaucoup de nos efforts se sont concentrés sur la gestion de très gros modèles
3D, souvent sans aucune structure comme des nuages de points issus de capture 3D. Parmi nos
85
résultats, citons : les VS-tree, une structure de données optimale combinant les avantages des
décomposition 3D (niveau grossier) et 2D (niveau précis), un algorithme de texturation interactive
hors-mémoire, une méthode d’approximation efficace de surfaces de subdivision, des outils d’édition
d’apparence basés sur les déformations libres, ainsi que des techniques pour raffiner à la volée des
maillages de topologie quelconque sur GPU.
Modélisation / Rendu
En réponse à l’objectif d’homogénéité des usages, nous proposons une architecture logicielle
de type client - serveur baptisée Elkano, intégrant un grand nombre de nos résultats théoriques.
Exécutable sur un téléphone, une station de travail ou une grappe, Elkano met en œuvre des
schémas de rendu progressif et adaptatif en fonction de la puissance disponible qui est à base de
streaming (géométrie, texture, apparence).
Rendu réaliste : afin de rendre exploitables par des non informaticiens (comme des artistes)
les algorithmes de rendu photo-réalistes, nous avons développé une série de techniques en développant un nouveau modèle de BRDF et en utilisant le sketching. Nous avons également produit de
nouveaux schémas de compression de BTF particulièrement adaptés pour les GPU, une représentation volumique pour saisir et éditer des éclairements indirects, ainsi que des algorithmes pour le
rendu des ombres douces en temps réel.
Rendu expressif : dans des contextes variés (ARC INRIA MIRO, ANR Animare, société
japonaise OLM), de nombreux résultats sont à signaler : une méthode de rendu à base de traits
pour des scènes urbaines, un nouveau descripteur de forme (relief apparent) pour représenter
efficacement des formes à l’aide d’ombrages, les courbes de diffusion pour créer facilement des
dégradés complexes.
Interaction
En réponse à l’objectif d’homogénéité des usages, nous proposons une méthode de positionnement de caméra baptisée Navidget. Sur un téléphone avec un stylet, devant un grand écran
avec un geste ou sur un écran tactile avec un doigt, Navidget permet à l’utilisateur de finement
et facilement définir son point de vue à l’aide de contrôles 2D. Avec des collègues de l’ESTIA,
nous avons travaillé pour mettre au point des techniques d’assemblage de composants à l’aide
d’interfaces tangibles dans des contextes Géologie (GeoTUI) et Archéologie (ArcheoTUI, puzzle
3D de fragments). Enfin, nous travaillons également pour augmenter les capacités d’interaction
sur des surfaces tactiles, popularisées par le succès de l’IPhone et aujourd’hui souvent monopoint
et 2D. Nous développons de nouvelles techniques pour éditer, déformer, déplacer des objets 3D
notamment au sein du projet SOUL (Pôle de compétitivité mondial AESE).
Environnements immersifs : un travail débuté un peu avant la période évaluée s’est poursuivi : le CAT, un périphérique à 6 ddl pour la navigation et le contrôle 3D. Signalons encore
une interface pour le travail collaboratif autour de l’Illusion Hole, ainsi que le travail réalisé en
commun avec le thème MSM pour concevoir des interactions 3D pour contrôler le jeu de pièces
musicales.
Environnements mobiles : Nos résultats ont été obtenus, soit avec des périphériques existants : pour visualiser des panoramas, accéder rapidement à un point de l’espace, soit en proposant
de nouvelles fonctionnalités : navigation et manipulation 3D à l’aide de caméra, contrôle élastique
du stylet, réalisation d’un joystick à 3 ddl pour téléphone portable.
3.2.3
Thème MSM : Modélisation du Son et de la Musique
Mots-clés
Mots-clés : Topologie discrète, Géométrie, Segmentation, Reconstruction, Lissage, Extraction
de caractéristiques.
86
L’objectif principal des recherches du thème Modélisation du Son et de la Musique de l’équipe
Image et Son du LaBRI est de développer des modèles de sons, de musique et de partitions permettant diverses interactions en temps réel ou différé. Ces modèles pourraient donner lieu à de
nouveaux instruments permettant l’interaction avec des pièces musicales sur support, ces interactions pouvant aller de la spatialisation des sources sonores du morceau jusqu’à l’interprétation de
pièces écrites. Les applications de ces recherches se développent en collaboration étroite avec le
SCRIME et sont orientées principalement vers la création et la pédagogie musicales.
D’une manière générale, la recherche en informatique musicale est divisée en deux domaines
assez disjoints : un domaine symbolique qui est lié à la modélisation de pièces musicales, de règles
musicales dans le but d’une aide à l’analyse et à la composition ; et un domaine physique qui est
lié à l’analyse, le traitement et la synthèse de sons.
Nos sujets d’intérêt vont des représentations sonores proches de la perception aux représentations musicales liées à l’écriture, en passant par l’extraction d’informations musicales.
Au niveau de la modélisation sonore, nous nous intéressons plus particulièrement aux sons
musicaux. De plus, nous souhaitons que les modèles soient proches de la perception. Il s’agit donc
de modéliser les sons au niveau du récepteur (de l’auditeur), et non pas au niveau de la source
émettrice (comme c’est le cas pour les modèles physiques par exemple). Ce choix nous amène
à travailler en collaboration avec les psychoacousticiens, et en représentation spectrale. En plus
du modèle, nous souhaitons une chaîne d’analyse / synthèse complète, contrairement à ce qui
se fait classiquement en indexation par exemple, où seul l’analyse compte et où la modification
des paramètres obtenus en vue d’une resynthèse d’un son transformé est a priori exclue. Nous
portons nos efforts sur les algorithmes et les structures de données. Même si des bases solides en
traitement du signal ou probabilités sont essentielles, nous pensons arriver à des problèmes plus
algorithmiques et combinatoires.
À partir du signal sonore, nous déterminons précisément les paramètres des composantes fréquentielles du spectre et nous reconstruisons leurs évolutions temporelles grâce notamment à un
mécanisme de suivi avec prédiction.
Cela nous permet de resynthétiser efficacement le son musical tout en interagissant avec lui,
c’est-à-dire en modifiant en temps réel durant l’écoute les paramètres perceptifs comme la hauteur,
l’intensité, le timbre, la durée ou la localisation dans l’espace des entités sonores présentes dans le
mélange musical.
A partir d’un signal audio, nous nous intéressons également à l’analyse des informations musicales. Un nouveau groupe de travail au sein du LaBRI se propose de développer des systèmes
d’estimation de la similarité musicale en se basant sur de nombreux critères, essentiellement musicaux, comme la mélodie, l’harmonie, la tonalité, le rythme, etc. Ce groupe de recherche, transdisciplinaire, concerne aussi bien des membres de l’équipe Image et Son (thème Modélisation du Son
et de la Musique) que des membres de l’équipe Modèles et Algorithmes pour la Bioinformatique et
la Visualisation d’Informations. Les premiers résultats de ce projet émergent concernent principalement la similarité mélodique à partir de représentation symbolique de la musique. L’alignement
local permet de comparer des séquences en mettant en évidence des similarités approximatives,
même sur des parties de musique. L’adaptation de ce type d’algorithme a permis le développement
d’un système d’estimation de la similarité mélodique évalué parmi les plus précis lors du Music Information Retrieval Evaluation eXchange (MIREX). Une amélioration algorithmique permettant
de prendre en compte d’éventuelles transpositions locales a également été proposée. L’extension à
la polyphonie a posé le problème de la représentation de pièces musicales pour lesquelles plusieurs
notes peuvent être jouées en même temps, mais aussi des adaptations algorithmiques nécessaires.
La possibilité d’effectuer une réduction monophonique, basée sur une analyse des informations
tonales, a été étudiée et permet de traiter la musique polyphonique. La prise en compte de toute
l’information tonale doit permettre d’améliorer la précision des systèmes d’estimation de similarité musicale, mais impose une représentation des informations musicales sous la forme d’arbre, et
donc des algorithmes d’alignement de structures arborescentes. Une première étude montre l’intérêt d’une telle approche. Plusieurs applications musicales ont déjà été développées et évaluées :
la recherche par fredonnement, la recherche rythmique, la visualisation de structures musicales ou
encore la recherche automatique de plagiats.
87
Au niveau symbolique, nos recherches portent sur l’écriture de pièces musicales et se déclinent
en deux points :
– Développement d’un éditeur de partition interactif, performant et de grande qualité graphique, avec affichage de notation spécifique pour la micro-tonalité.
– Définition d’un modèle de partitions interactives permettant la prise en compte du temps
réel au moment de la composition musicale, notamment l’écriture de l’interprétation de la
pièce [Ra14, Ca3]. L’interprétation d’une pièce musicale est modélisée comme un problème
d’optimisation dans l’espace des possibilités d’interprétations limité par les contraintes imposées par le compositeur [Ca6]. Le modèle des partitions interactives pour l’interprétation
est basé sur un réseau de Petri [Ca4, Ca3] augmenté d’un mécanisme de perturbation de
contraintes au moment de l’exécution.
3.2.4
Thème SAI : Structuration et analyse d’images
Mots-clés : Topologie discrète, géométrie, segmentation, reconstruction, lissage, extraction de
caractéristiques.
Modèles discrets pour l’image numérique. Les travaux fondamentaux en matière de
structuration d’image 2D et les applications à la segmentation d’image ont abouti à la
diffusion sous licence LGPL de l’environnement logiciel GIRL 4 . Cet environnement, dédié à la
structuration et à la segmentation d’images bidimensionnelles, a permis au thème SAI d’aborder
des problématiques de recherche finalisée. La contribution du thème au projet européen XMedia
repose en partie sur cet environnement. Il est également à la base de collaborations industrielles
avec les sociétés I2S, SFRI et Cosderma.
Durant ces quatre dernières années, de manière concomitante au développement de GIRL,
nous avons travaillé à l’extension du modèle de structuration aux images tridimensionnelle. Ce
modèle a comme objectif la segmentation d’images 3D issues d’acquisitions physiques. Elle allie des
méthodes basées volumes et des méthodes basées surfaces. Aujourd’hui, un tel modèle est un
enjeu technologique important car l’analyse quantitative des images 3D (mesures géométriques,
données calculées e.g. flux, température, etc.) est un enjeu aussi bien en tomographie qu’en imagerie
médicale. En effet, les modèles et outils disponibles à ce jour ne permettent pas d’y répondre de
manière satisfaisante sur des problèmes réels.
Dans le domaine de la géométrie discrète, nous avons approfondi l’étude des parties linéaires des
objets discrets en dimension 2. Ce travail fondamental a permis, entre autres, de définir un nouvel
estimateur de tangente discrète 2D précis et asymptotiquement convergent. De façon générale, les
caractéristiques géométriques des objets discrets sont directement utilisées en segmentation
et en analyse d’image (paramétrage et conditionnement des modèles déformables, classification).
De l’acquisition à l’utilisation. Les résultats obtenus ont permis au thème SAI de fédérer
ses activités sur le projet ambitieux qu’est la maîtrise, basée sur une approche discrète, de la chaîne
de traitement allant de l’acquisition à la reconstruction. Un des objectifs est d’obtenir à chaque
étape de la chaîne de traitement une mesure fiable de l’erreur produite. Dans ce cadre, nous nous
sommes intéressés à des techniques discrètes de reconstruction tomographique. Une collaboration
portant sur l’imagerie Térahertz (acquisition présentant un réel intérêt applicatif car faiblement
ionisante) menée avec le CPMOH (UMR 5798) et la société I2S a été labellisée dans le cadre du
pôle technologique « route des lasers » et a permis le dépôt d’un brevet. En utilisant les
premiers résultats en segmentation 3D nous pouvons extraire des zones volumiques d’intérêt.
Sur ces volumes d’intérêts, nos résultats de géométrie discrète fournissent des descripteurs géométriques pertinents permettant d’analyser ces zones. Dans le même temps, nous avons développé des
techniques de reconstruction surfacique de la frontière d’un volume. Ces techniques permettent
de meilleures mesures sur la surface de l’objet que les techniques classiques (comme l’algorithme
des Marching Cubes par exemple). Afin de confronter expérimentalement nos résultats théoriques
à la réalité physique, nous reconstruisons nos objets au moyen d’une imprimante 3D. La précision
de l’imprimante nous permet de mesurer l’erreur entre le modèle physique et celui produit par la
4. General Image Representation Library disponible à l’adresse http ://girl.labri.fr
88
chaîne d’acquisition/traitement/reconstruction. L’achat de cette imprimante a été réalisé avec le
soutien de la région Aquitaine, du CNRS et de l’université Bordeaux 1.
Les résultats obtenus sur les divers maillons s’inscrivent dans le cadre général de l’imagerie
physique. Ils ont permis d’établir des collaborations inter-disciplinaires dans le cadre de l’imagerie
médicale (Unité INSERM U885, CHU de Bordeaux, société Med-Imaps, le département médical
de Siemens et celui de Philips) et dans le cadre de la paléontologie numérique avec l’équipe LAPP
du laboratoire PACEA (UMR 5199).
3.3
–
–
–
–
3.4
Faits marquants
2006 ;
2006 ;
2008 ;
2009 ;
Eurographics ; Best paper
Eurographics ; Best student paper
3D Symposium on User interfaces ; Best paper
Dépôt de Corpus Vidéo HD produit par le LABRI à l’InterDéposit (APP)
Visibilité
total
Conférence:
Comité de pilotage
3.5
3
45
9
19
6
dont 38 int’l
dont 6 int’l
dont 13 int’l
dont 4 int’l
7
5
-
Jurys
Thèse (hors LaBRI)
Concours
Jury de prix
total
12
79
5
-
3.6
89
Officialisées
Attestées
Autres
Invités
Invitation
total
3
15
8
13
20
Brevets
Logiciels déposés
total
29
16
3
-
3.7
Thèses et HDR
HDR LaBRI
Thèse LaBRI
Thèse co-tutelle
total
4
30
5
BIBLIOGRAPHIE – IS
3.8
3.8.1
90
Publications de l’équipe is
Synthèse
Équipe is
Revues
Conférences
Ouvrages
Autres publications
sélection
24
40
invités
2
autres
48
184
total
72
226
13
73
384
3.8.2
Revues [ACL]
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[hal-00307884]
[hal-00353803]
[hal-00308210]
[hal-00308191]
[hal-00345425]
[hal-00308023]
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[inria-00354979]
[hal-00308053]
[hal-00353057]
[hal-00353793]
[hal-00353798]
[hal-00411246]
[hal-00410962]
[hal-00307994]
[hal-00307993]
[hal-00308159]
[hal-00307986]
[hal-00408046]
[hal-00391121]
[hal-00339610]
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[hal-00308325]
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[hal-00307904]
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[inria-00349083]
[inria-00355020]
[hal-00348980]
[inria-00349114]
[hal-00308249]
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[hal-00308026]
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[inria-00355359]
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[Au23] F. Decle, M. Hachet, and P. Guitton, Z-goto : pour une navigation efficace dans des environnements 3d sur terminaux mobiles, in Actes des 1eres Journées de lAFRV, 2006, pp. 75–82.
[Au24] B. Denis De Senneville, C. Mougenot, and C. Moonen, Hifu treatement of mobile organs
under mr control, in ISTU, 5th annual meeting, 2005.
[Au25] P. Desbarats, S. Gueorguieva, R. Synave, H. Coqueugniot, and B. Dutailly, Strasbourg
juvenile collection : Computer assisted anthropology for the anterior fontanelle reconstruction and
size evaluation. Rapport de recherche RR-1454-09 LaBRI, 2009.
[Au26] A. Don, L. Carminati, and J. Benois-Pineau, Detection of visual dialog scenes in video content
based on structural and semantic features, Moncef Gabbouj, 2005.
[Au27] B. Dutailly, H. Coqueugniot, P. Desbarats, S. Gueorguieva, and R. Synave, From
virtuality to reality : contributions of 3d printing, in 37th Annual CAA Conference : "Making
History Interactive", 2009.
[Au28] J.-S. Franco, Modélisation tridimensionnelle à partir de silhouettes, PhD thesis, Université
Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2005.
[Au29] J.-S. Franco and E. Boyer, Fusion of multi-view silhouette cues using a space occupancy grid,
tech. rep., 2005.
[Au30] J.-S. Franco and E. Boyer, Fusion multi-vue d’informations de silhouettes à l’aide d’une
grille d’occupation 3d, in 15e congrès francophone AFRIF-AFIA Reconnaissance des Formes et
Intelligence Artificielle, vol. 2, 2006, pp. 1747–1753.
[Au31] X. Granier, M. Goesele, W. Heidrich, and H.-P. Seidel, Optical filtering for near field
photometry with high order basis, tech. rep., 2005.
[Au32] P.
Guitton, Les ordinateurs produisent des images virtuelles.
Interstices
http ://interstices.info/jcms/c_37637/les-ordinateurs-produisent-des-images-virtuelles, 2008.
[Au33] P. Guitton, Nom de code : Binaire. Revue DocSciences, no 5, pp 10-15 & Interstices
http ://interstices.info/jcms/c_41905/nom-de-code-binaire, 2008.
[Au34] P. Guitton, Synthèse d’images. Interstices http ://interstices.info/jcms/c_40012/synthese-dimages, 2008.
[Au35] P. Guitton and T. Viéville, Inutile d’enseigner l’informatique au lycée.
Interstices
http ://interstices.info/jcms/c_39304/inutile-d-enseigner-l-informatique-au-lycee, 2008.
[Au36] M. Hachet, Le traité de la réalité virtuelle - 3e édition, Presses de l’Ecole des Mines., 2005.
[Au37] J. Hadim, T. Boubekeur, X. Granier, and C. Schlick, Quantification à la volée de l’apparence sur gpu, in 19ièmes Journées de l’Association Française d’Informatique Graphique (AFIG),
2006.
[Au38] N. Journet, R. Mullot, V. Eglin, and J.-Y. Ramel, Analyse d’images de documents anciens : Catégorisation de contenus par approche texture, in Actes du 9ème Colloque International
Francophone sur l’Ecrit et le Document, L. Likforman-Sulem, ed., SDN06, 2006, pp. 247–252.
[hal-00176608]
[hal-00176601]
[hal-00176597]
[hal-00408173]
[hal-00307874]
[hal-00358707]
[hal-00307887]
[hal-00308333]
[hal-00376092]
[hal-00307539]
[hal-00358704]
[tel-00349090]
[inria-00070456]
[inria-00349093]
[inria-00107463]
[hal-00366498]
[hal-00366495]
[hal-00366493]
[hal-00366497]
[hal-00308244]
[inria-00260949]
[hal-00120002]
108
[Au39] P. Joyot, J. Trunzler, F. Chinesta, and P. Reuter, Enriched reproducing kernel particle
approximation for simulating problems involving moving interfaces : Application to solidification
problems, in Proceedings of the 8th international ESAFORM conference, 2005.
[Au40] S. Knoedel, M. Hachet, and P. Guitton, Sketch-based route planning with mobile devices in
immersive virtual environments, in 2èmes journées de l’AFRV, 2007.
[Au41] B. Kerautret and A. Braquelaire, A statistical approach for geometric smoothing of discrete surfaces, in International Conference on Discrete Geometry for Computer Imagery, P. L.
Eric Andres, Guillaume Damiand, ed., vol. 3429, springer, 2005, pp. 405–414.
[Au42] G. Kurtag, M. Desainte-Catherine, J.-L. Di Santo, and P. Guillem, Pédagogie de l’électroacoustique, du geste musical à la composition assistée par ordinateur, in Proceedings of the
Journées d’Informatique Musicale (JIM07), 2007.
[Au43] C. Lales, Simulation of mitochondrial metabolism using multi-agents system, in 4th International
Conf. on Autonomous Agents and Multiagent Systems, W. MAS*BIOMED, 2005, p. 31.
[Au44] A. Legeai and G. Thomas, Evaluation et sélection des traits caractéristiques de surfaces, in
Actes des 18èmes Journées de lAFIG, 2005.
[Au45] M. Lepetit-Coiffé, O. Séror, B. Denis De Senneville, B. Lebail, C. Moonen,
H. Trillaud, and B. Quesson, Faisabilité et précision in vivo du monitorage irm temps réel à
1,5t par carte de dose thermique des thermo-ablations rf hépatique : corrélation anatomopathologique sur foie de porc, in Société Française de Radiologie, 2005.
[Au46] M. Lepetit-Coiffé, O. Séror, B. Denis De Senneville, B. Lebail, C. Moonen,
H. Trillaud, and B. Quesson, Feasibility and accuracy of real time monitoring with motion
corrected quantitative mr thermal dose mapping for in vivo radiofrequency ablation in pig liver, in
ESGAR, 2005.
[Au47] S. Marchand, Respect : A free software library for spectral sound synthesis, in Proceedings of
the Journées d’Informatique Musicale (JIM07), 2007, pp. 33–43.
[Au48] C. Morand, J. Benois-Pineau, and J.-P. Domenger, Scalable object-based indexing of hd
videos : A jpeg2000- oriented solution. 2005.
[Au49] C. Morand, J. Benois-Pineau, and J.-P. Domenger, Extraction spatio-temporelle d’objets
dans la vidéo hd compressée par des ondelettes sous paradigme d’indexation primaire, in CORESA’2007, 2007.
[Au50] R. Moussa, M. Beurton-Aimar, and P. Desbarats, On the use of social agents for image
segmentation, in International Conference on complex systems and applications (iccsa 2009), 2009.
[Au51] R. Moussa, M. Beurton-Aimar, G. Savin, and P. Desbarats, Image segmentation using
socials agents. 2005.
[Au52] A. Manoury, J. Benois-Pineau, and H. Nicolas, Transmodage de vidéos sportives : Réalisation d’un outil méthodologique pour le calcul des coordonnées d’un joueur sur le terrain. Rapport
de recherche, 2005.
[Au53] J.-P. Mazat, S. Pérès, and M. Beurton-Aimar, Classification of elementary flux modes in
mitochondrial metabolism, in Workshop "Metabolic Pathway Analysis", 2005.
[Au54] C. Ménier, J.-S. Franco, E. Boyer, and B. Raffin, Modélisation tri-dimensionnelle tempsréel et distribuée, in Orasis’05, 2005.
[Au55] R. Pacanowski, X. Granier, and C. Schlick, Nouvelle représentation directionnelle pour
l’éclairage global, in 18ièmes Journées de l’Association Française d’Informatique Graphique
(AFIG), 2005.
[Au56] R. Pacanowski, X. Granier, and C. Schlick, Managing geometry complexity for illumination
computation of cultural heritage scenes, in Virtual Retrospect 2007, R. Vergnieux, ed., vol. 3,
Ausonius edition, 2007, pp. 109–113.
[Au57] R. Pacanowski, X. Granier, C. Schlick, and P. Poulin, Volumetric vector-based representation for indirect illumination caching, tech. rep., 2005.
[Au58] J. Pouderoux, Création semi-automatique de modèles numériques de terrains - Visualisation et
interaction sur terminaux mobiles communicants, PhD thesis, Université Sciences et Technologies
- Bordeaux I, 2007.
[hal-00307940]
[inria-00355218]
[inria-00000745]
[hal-00308204]
[hal-00308172]
[hal-00307943]
[hal-00308163]
[hal-00308164]
[hal-00308037]
[hal-00349165]
[hal-00345400]
[hal-00414490]
[hal-00359897]
[hal-00411210]
[hal-00308034]
[inria-00349096]
[inria-00000860]
[inria-00353612]
[inria-00402817]
[tel-00354701]
109
[Au59] B. Quesson, B. Denis De Senneville, G. Hérigault, P. Jaïs, and C. Moonen, Dynamic
cardiac mr temperature imaging with the proton resonance frequency technique : a study on the
feasibility and accuracy, in ISMRM, 2005, pp. 408–416.
[Au60] J.-C. Quillet, G. Thomas, and J.-E. Marvie, Client-server visualization of city models
through non photorealistic rendering, tech. rep., 2005.
[Au61] P. Reuter, N. Couture, and G. Riviere, Archeotui, in 20ème Conférence Francophone sur
[Au62] P. Reuter, F. Chinesta, J. Trunzler, and P. Joyot, Enriched reproducing kernel particle
approximation for simulating problems involving moving interfaces : Application to solidification
problems, in International Workshop on Meshfree Methods for Partial Differential Equations, 2005.
[Au63] P. Reuter, P. Joyot, J. Trunzler, T. Boubekeur, and C. Schlick, Surface reconstruction
with enriched reproducing kernel particle approximation, in Proceedings of the IEEE VGTC /Eurographics Symposium on Point-Based Graphics, E. Association, ed., ISBN 3-905673-20-7, 2005,
pp. 79–87.
[Au64] P. Reuter, G. Riviere, and N. Couture, Archeotui - a tangible user interface for the virtual reassembly of fractured archeological objects, in ODENT MEETING 2008 : Interdisciplinary
Workshop on 3D Paleo-Anthropology, Anatomy, Computer Science & Engineering, 2008.
[Au65] M. Robine, Analyse automatique du doigté au piano, in Journées d’Informatique Musicale
(JIM07), 2009, pp. 106–112.
[Au66] T. Rocher, M. Robine, and P. Hanna, Amélioration des méthodes d’estimation d’accords et
de tonalité depuis une représentation musicale symbolique, in Journées d’Informatique Musicale
(JIM), 2009.
[Au67] R. Strandh and I. Durand, Architecture de l’ordinateur, Dunod, 2005.
[Au68] R. Synave, S. Gueorguieva, and P. Desbarats, Calcul du chemin géodésique appliqué à
la morphométrie numérique, in AFIG Association Francaise d’Informatique Graphique, 2008,
pp. 181–189.
[Au69] D. Vanderhaeghe, Distributions cohérentes de primitives pour le rendu expressif de scènes animées et le rendu en demi-tons, PhD thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I,
2008.
[Au70] D. Vanderhaeghe, P. Barla, J. Thollot, and F. X. Sillion, Un système interactif et
controlable de peinture pour l’animation 3d, in AFIG, 2006.
[Au71] R. Vergne, A. Bousseau, J. Thollot, D. Vanderhaeghe, P. Barla, and X. Granier,
Utilisation du rendu expressif pour l’illustration et l’exploration de données archéologiques, in
Virtual Retrospect 2007, R. Vergnieux, ed., vol. 3, Ausonius edition, 2007, pp. 101–106.
[Au72] R. Vergne and X. Granier, Stylisation d’objets éclairés par des cartes d’environnement hdr,
in 20èmes Journées de l’Association Française d’Informatique Graphique (AFIG), 2007.
[Au73] I. Zendjebil, F.-E. Ababsa, J.-Y. Didier, J. Vairon, L. Frauciel, M. Hachet,
P. Guitton, and R. Delmont, Réalité augmentée en extérieur : Enjeux et etat de l’art, in
2èmes journées de l’Association Française de Réalité Virtuelle, 2007.
[hal-00307990]
[inria-00069867]
[hal-00341762]
[hal-00307941]
[hal-00195097]
[hal-00341763]
[hal-00307936]
[hal-00391131]
[hal-00338556]
[hal-00350677]
[tel-00345353]
[inria-00355622]
[inria-00353607]
[inria-00300472]
[hal-00339491]
ANNEXE – IS
3.9
110
3.9.1
– J. Benois-Pineau : Signal Processing : Image Communication, Elsevier, Editeur associé ;
depuis 2005
– Sylvain Marchand : Éditeur Associé des IEEE Transactions on Audio, Speech, and Language
Processing ; depuis 2007
– Christophe Schlick : Computer Graphics Forum, depuis 2005
– Signal Processing : Image Communication 22 (7-8), Editeur invité J. Benois-Pineau, 2007
– Myriam Desainte-Catherine : Codirection du numéro spécial de la revue : Document numérique, Vol 11, n3 ; "Documents musicaux", Éditions Lavoisier ; 2008
– Traitement automatique des langues (TAL) ; Vol 48, n3, Numéro Spécial « Langues des
signes » 2007, J. Benois-Pineau
3.9.2
Comité de pilotage
– Achille Braquelaire : DGCI (Discrete Geometry for Computer Imagery) ; depuis 2007
– Myriam Desainte-Catherine : DAFx (International Conference on Digital Audio Effects),
depuis 2007
– Myriam Desainte-Catherine : SMC (International Conference on Sound and Music Computing) ; depuis 2004
– Pierre Hanna : DAFx (International Conference on Digital Audio Effects) , depuis 2007
– Sylvain Marchand : DAFx (International Conference on Digital Audio Effects) ; depuis 2006
– Sylvain Marchand : MMEDIA (International Conference on Advances in Multimedia) ; en
2009
– Marie Beurton-Aimar : GDR STIC SANTE Thème A ; depuis 2008
– Myriam Desainte-Catherine : JIM (Journées d’Informatique Musicale) ; depuis 1994
– Jenny Benois-Pineau : CBMI ; Atelier IEEE (WorkShop) sur l’indexation multimédia par le
contenu ; 2009 et 2010
3.9.3
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Sylvain Marchand : General Chair de DAFx 2007
Pascal Guitton : The Virtual International Conference ; Laval ; 2008
Jenny Benois-Pineau : CBMI 2007 et 2008 ; co-présidente du comité de programme
Pascal Barla : NPAR (International Symposium on Non-Photorealistic Animation and Rendering) ;2008-2009
Jenny Benois-Pineau : AMR Adaptive Multimédia Retrieval ; 2003 - 2008
Jenny Benois-Pineau : ACM Multimedia ; 2008
Jenny Benois-Pineau : CBMI WorkShop soutenu par IEEE ; 2005 - 2009
Jenny Benois-Pineau : CVIR ACM Conference on Visual Information Retrieval ; 2009
Jenny Benois-Pineau : SAMT (Int. Conference on Semantic Media Technologies) ; 2006, 2007
et 2009
Marie Beurton-Aimar : Workshop on MAS in Biology at the Meso or Macroscopic Scale ;
2008-2009
N. Couture : VRIC 2008
Myriam Desainte-Catherine : CIM (Conference on Interdisciplinary Musicology) ; 2005 et
2009
Myriam Desainte-Catherine : DAFx (Digital Audio Effects), 2007-2009
Myriam Desainte-Catherine : ICMC (International Computer Music Conference) ; 2005 et
2007
Myriam Desainte-Catherine : ISMIR (International Conference on Music Information Retrieval) ; 2004, 2005 et 2006
ANNEXE – IS
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Myriam Desainte-Catherine : SMC (Sound and Music Computing) ;2005 - 2006
Gaël Guennebaud : IEEE/Eurographics Symposium on Point-Based Graphics ; 2007-2008
Xavier Granier : Eurographics Sketch-Based Interfaces and Modeling ; 2008
Xavier Granier : Graphics Interface ;2005, 2008 et 2009
Pascal Guitton : COLIBRI (COLloque d’Informatique : BRésil / INRIA, Coopérations,
Avancées et Défis) ; 2009
Pascal Guitton : IEEE CAD/Graphics ; 2009
Pascal Guitton : International Conference on Entertainment Computing ;2005
Pascal Guitton : Virtual concept ; 2005
Pascal Guitton : The Virtual International Conference - 3D Interaction 2008
Martin Hachet : IEEE 3D User interfaces Symposium ; 2007-2009
Martin Hachet : Eurographics ;2008- 2009
Martin Hachet : Eurographics Symposium on Virtual Environments ;2007
Martin Hachet : VRIC ; 2008
Martin Hachet : 3DUI 2010
Pierre Hanna : DAFx (Digital Audio Effects) ; 2007-2009
Jacques Olivier Lachaud : DGCI (Discrete Geometry for Computer Imagery) ; depuis 2007
Sylvain Marchand : DAFx (Digital Audio Effects) ; 2006-2009
Sylvain Marchand : ICMC (International Computer Music Conference) ; 2005 et 2007
Sylvain Marchand : EUSIPCO (EUropean SIgnal Processing COnference) ;2008 - 2009
Sylvain Marchand : MMEDIA (International Conference on Advances in Multimedia) ; 2009
Henri Nicolas : CBMI WorkShop soutenu par IEEE ; 2007
Christophe Schlick : IEEE International Conference on Shape Modeling and Applications ;
2008-2009
Christophe Schlick : IEEE/Eurographics Symposium on Point-Based Graphics ; 2007-2008
Christophe Schlick : Eurographics ;2008- 2009
Christophe Schlick : Shape Modeling International ; 2005- 2006
Jenny Benois-Pineau : WIAMIS, WS on Inmage Analysis for Multimedia Interactive Services ; 2007-2008 ;
Jenny Benois-Pineau : CORESA (COmpression et REprésentation des Signaux Audiovisuels) ; 2005-2008
Marie Beurton-Aimar : Ecole de printemps CNRS ; 2006
Myriam Desainte-Catherine : JIM (Journées d’Informatique Musicale) ; 1994-2009
Nadine Couture : ERGO’IO 2009, LUDOVIA 2007-2009, UBIMOB (journées Francophones
Mobilité et Ubiquité) ; 2006
Pascal Guitton : UBIMOB (journées Francophones Mobilité et Ubiquité) ; 2008-2009
Henri Nicolas : CORESA (COmpression et REprésentation des Signaux Audiovisuels) ; 20052008
Sylvain Marchand : CORESA (COmpression et REprésentation des Signaux Audiovisuels) ;
2005 et 2007 ; JIM (Journées d’Informatique Musicale) ; 2007-2009
3.9.4
–
–
–
–
–
–
–
–
–
111
Jenny Benois-Pineau : CBMI 2007 ; présidente du comité d’organisation
Martin Hachet : ACM VRST 2008 ; Bordeaux ; 2008
Sylvain Marchand : Chairman DAFx ; en 2006 ; 2007 et 2008
Sylvain Marchand : Responsable de thème pour International Computer Music Conference
(ICMC) ; en 2005 et 2009
Jenny Benois-Pinreau ; Henri Nicolas : CBMI ; 2007 ; LABRI, France
Jenny Benois-Pineau : CBMI ; 2009 ; Crete ; (chargée de publicité)
Sylvain Marchand ; Myriam Desainte-Catherine ; Pierre Hanna ; Robert Strandh : International Conference on Digital Audio Effects (DAFx) ; 2007
Robert Strandh : First European Lisp Symposium (ELS2008) ; mai 2008
Pascal Guitton : First Sino-French Workshop on Digital Images, Nanjing ; 2006 ;(en collabo-
ANNEXE – IS
112
ration avec S. Donikian, Rennes)
– M. Hachet et Pascal Guitton ACM VRST 2008 ;Bordeaux ; 2008
– Marie Beurton-Aimar : Ecole de printemps CNRS ; 2006
– Marie Beurton-Aimar : JOBIM, satellite Modèles dynamiques : réseaux métaboliques et
interactions hôte-pathogènes ; juillet 2006
– Marie Beurton-Aimar : Satellite Système Multi Agents de IPG ; Lyon ; 2006
– Jean-Christophe Gonzato : Journées de l’AFIG ; Bordeaux ; 2006
– Pascal Guitton : Journées de l’AFRV ; Bordeaux ; 2008
– Nadine Couture : Workshop ERGO’IA ; Paris ; 2009
3.9.5
– J. Benois-Pineau : Comité d’évaluation AERES de l’Institut Galilée ; 2008
– P. Guitton : Comité d’évaluation du LIRIS ; Lyon ; 2006
– P. Guitton : Comité d’évaluation de la Fédération de Recherche "Physique et image de la
ville ; CNRS, Ecole Centrale, Ecole des Mines, Ecole d’Architecture, LCPC, CSTB ; Nantes ;
2006
– C. Schlick : Comité d’évaluation du LSIIT ; Strasbourg ; 2008
– P. Guitton : Comité scientifique du projet Visitor, Action Marie Curie ; Grenoble ; 2008
– Jenny Benois-Pineau : Commission Multimédia SDTICE ; MEN expert -rapporteur ; 19982009
– Henri Nicolas : AERES 2008
– Jenny Benois-Pineau : programme franco-brésilien 2007
– Jenny Benois-Pineau : Commission Européenne (DG INFSO) ; 2005 - 2009
– Jenny Benois-Pineau : Commission Européenne (DG Culture Technical Advisory Group) ;
2007, 2008
– M. Desainte-Catherine : Comité des experts du Comitado di Indirizzo per la Valutazione
della Ricerca en Italie (CIVR ; Board of Experts in the data bank of the Italian Ministry of
Education ; University and Scientific Research (MIUR)) ; 2004-2009
– Pascal Guitton : Expertise ANR appel « Franco-chinois » 2009
3.10
3.10.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Ph. JOLY (IRIT, Toulouse) ; 1 decembre 2006 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
D. Coquin (LISTIC Univ. de Savoie) ; 6 décembre 2007 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
Anne Sedes (Université Paris 8) ; 25 mai 2007 ; rapporteur (M. Desainte Catherine)
P. Chevaillier ; (Brest, CERV) ; 12 décembre 2006 ; Rapporteur (P. Guitton)
D. Meneveaux ; (Poitiers, SIC) ; 27 mars 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
J. Thollot ; (Grenoble, LIG) ; 24 novembre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
G. Moreau ; (Nantes, ECN) ; 3 juillet 2009 ; Rapporteur (P. Guitton)
Laurent Girin (INPG ; Université Grenoble) ; 16 novembre 2005 (M. Desainte Catherine)
Gérard Assayag (Université Bordeaux 1) ; 5 juin 2009 (M. Desainte Catherine)
Nicolas Thiéry (Mathématiques, Paris 11, 2008) (mbm)
J.M. Hasenfratz ; (Grenoble, GRAVIR) ; 10 octobre 2005 (P. Guitton)
B. Raffin ; (Grenoble, LIG) ; 3 mars 2009 (P. Guitton)
3.10.2
–
–
–
–
Annexe B: Jurys
R. COUDRAY ; (L3I, La Rochelle) ; 24 novembre 2005 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
G. JAFFRE ; (IRIT, Toulouse) ; 17 novembre 2005 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
N. GRIRA (INRIA, Rocquencourt), 6 juin 2006 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
F. Gianni, (IRIT, Toulouse), décembre 2007 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
ANNEXE – IS
113
– Th. TOTOZAFINY (ESTIA -LIUPPA, Bayonne), 3 juillet 2007 ; Rapporteur (J. BenoisPineau)
– N. THOME (LIRIS, Lyon) 11 juillet 2007 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
– E. GALMAR (EURECOM, Sophia-Antipolis), 23 juin 2008 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
– H. GOE (GIPSA-LAB - INA), 25 mai 2009, Rapporteur (J. Benois-Pineau)
– M. DRUON, (XLIM-SIC, Poitiers), 11 février 2009, Rapporteur (J. Benois-Pineau)
– E. DUMONT, (EURECOM, Sophia-Antipolis), 4 février 2009 ; Rapporteur (J. BenoisPineau)
– F. EL BAF ( MIA, La Rochelle), juin 2009 ; Rapporteur (J. Benois-Pineau)
– A. Woodward, PhD, (The University of Auckland) ; juin 2009 Rapporteur (J. Benois-Pineau)
– J. Royan ; (Rennes, FT R&D) ; 27janvier 2005 ; Rapporteur (P. Guitton)
– J. Vedrigo ; (Grenoble, ID) ; 16 juin 2005 ; Rapporteur (P. Guitton)
– S. Madougou ; (Orléans, LIFO) ; 12 décembre 2005 ; Rapporteur (P. Guitton)
– R. Crespin ; (Lyon, LIRIS) ; 3 avril 2006 ; Rapporteur (P. Guitton)
– L. Pereira ; (Nancy, LORIA) ; 9 mai 2006 ; Rapporteur (P. Guitton)
– J.M. Souffez ; (Rennes, IRISA) ; 4 juillet 2006 ; Rapporteur (P. Guitton)
– P. Barla ; (Grenoble, GRAVIR) ; 12 novembre 2006 ; Rapporteur (P. Guitton)
– C. Cassagnabère ; (Calais, LIL) ; 29 janvier 2007 ; Rapporteur (P. Guitton)
– T. Di Giacomo ; (Genève (Suisse), MIRALab) ; 26 février 2007 ; Rapporteur (P. Guitton)
– C. Menier ; (Grenoble, LIG) ; 19 avril 2007 ; Rapporteur (P. Guitton)
– D. Weining ; (Nancy, LORIA) ; 4 mai 2007 ; Rapporteur (P. Guitton)
– S. Marchesin ; (Strasbourg, LSIIT) ; 12 juillet 2007 ; Rapporteur (P. Guitton)
– R. Cavagna ; (Rennes, IRISA) ; 20 décembre 2007 ; Rapporteur (P. Guitton)
– G. Sourimant ; (Rennes, IRISA) ; 20 décembre 2007 ; Rapporteur et Président (P. Guitton)
– C. Dehais ; (Toulouse, IRIT) ; 21 mai 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– S. Gerbaud ; (Rennes, IRISA) ; 1 octobre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– M. Dodo ; (Toulouse, IRIT) ; 6 novembre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– D. Van Der Haeghe ; (Grenoble, LIG) ; 24 novembre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– T. Jehaes ; (Hasselt (Belgique), EDM) ; 22 février 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– S. Horna ; (Poitiers, SIC) ; 27 novembre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– V. Vivanloc ; (Toulouse, IRIT) ; 18 décembre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– W. Abou Moussa ; (Toulouse, IRIT) ; 18 décembre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– P. Qing ; (Lille, LIFL) ; 19 décembre 2008 ; Rapporteur (P. Guitton)
– U. Zaldivar Colado ; (Versailles, LISV) ; 24 juin 2009 ; Rapporteur (P. Guitton)
– Florent Duguet ; (INRIA, Sophia-Antipolis) ; juin 2005 ; Rapporteur (Christophe Schlick)
– Ileana Anca Alexe ;(IRIT, Toulouse) ; décembre 2005 ; Rapporteur (Christophe Schlick)
– Basile Sauvage ;(LMC, Grenoble) ; décembre 2005, Rapporteur (Christophe Schlick)
– Marie Samozino ; (INRIA, Sophia-Antipolis) ; juillet 2007 ; Rapporteur (Christophe Schlick)
– Dominique Sobczyk ; (LIA, Paris) ; décembre 2007 ; Rapporteur (Christophe Schlick)
– Emmanuelle Darles ; (XLIM, Limoges) ; octobre 2008 ; Rapporteur (Christophe Schlick)
– F. Manerba ; (université de Brescia, Italie) ; 5 novembre 2005 (J. Benois-Pineau)
– Ch. MUGENOT ; (l’IMF) ; 12 décembre 2005 (J. Benois-Pineau)
– A. BUGEAU (INRIA, centre de Rennes) ; 20 décembre 2007 (J. Benois-Pineau)
– M. FONTMARTY, (UPS Toulouse, LAAS) 20 décembre 2008 (J. Benois-Pineau)
– V. GARCIA ( I3S, U. Nice, Sophia Antipolis)11 décembre 2008 ;Présidente (J. BenoisPineau)
– A. WOODWARD ( U. Auckland, Nouvelle Zélande) juin 2009 ;Rapporteur (J. BenoisPineau)
– Desmeulles Gireg ; Université Bretagne occidentale ; décembre 2006 (Marie Beurton-Aimar)
– Bassano Vincent ; Université d’Evry ; décembre 2006 (Marie Beurton-Aimar)
– Druelle Johan ; Université Lyon ; juin 2008 (Marie Beurton-Aimar)
– Glisse Jérôme ; Université Jussieu Paris 6 ; janvier 2009 (Marie Beurton-Aimar)
– K. Dahan (Université Paris 8) ; 20 juin 2005 ; rapporteur (M. Desainte Catherine)
– Miguel A. Alonso Arevalo (ENST Paris) ; 13 novembre 2006 (M. Desainte Catherine)
ANNEXE – IS
114
– Carlos Miguel Marques da Costa Caires (Université Paris 8) ; 12 décembre 2006 ; rapporteur
(M. Desainte Catherine)
– Mohammad Firouzmand (INPG ; Université Grenoble) ; 6 avril 2007 (M. Desainte Catherine)
– Jan Nesvadba (Université Bordeaux 1) ; novembre 2007 (M. Desainte Catherine)
– Aliaksandr Paradzinet (École Centrale de Lyon) ; 19 décembre 2007 ; présidence (M. Desainte
Catherine)
– Giordano Ribeiro Eulalio Cabral (Université Pierre et Marie Curie) ; 9 juillet 2008 ; rapporteur (M. Desainte Catherine)
– Grégoire Carpentier (IRCAM ; Université Pierre et Marie Curie) ; 16 décembre 2008
– Jérôme Lebossé (Universite de Caen) ; 7 mai 2009 ; rapporteur (M. Desainte Catherine)
– L. Garreau ; (Biarritz, LIPSI) ; 12 septembre 2005 (P. Guitton)
– F. Tyndiuk ; (Bordeaux, IdC) ; 02 décembre 2005 (P. Guitton)
– F. Vivodstev ; (Grenoble, GRAVIR) ; 05 décembre 2005 (P. Guitton)
– N. Zlatoff ; (Lyon, LIRIS) ; 17 juillet 2006 (P. Guitton)
– F. Lotte ; (Rennes, IRISA) ; 4 décembre 2008 ; (P. Guitton)
– Xavier Daragon ; (Université de Marne-la-Vallée) ; octobre 2005 ; (J.-O. Lachaud)
– Samuel Peltier ; (Université de Poitiers) ; juin 2006 ; (J.-O. Lachaud)
– E. Salvador ; (Ecole Polytechnique de Lausanne) ; déce2005 (H. Nicolas)
– S. Lefèvre ; (université de Tours) ; Novembre 2005 (H. Nicolas)
– N. Verbeke (université de Paris-Descartes) ; Décembre 2007 (H. Nicolas)
– J. Huart, (INPG de Grenoble) Février 2007 (H. Nicolas)
– Nikseresht (université de Nantes) Octobre 2008 (H. Nicolas)
– Gaël Guennebaud ; (IRIT, Toulouse) ; décembre 2005 (Christophe Schlick)
– Florence Tyndiuk ;(LSC, Bordeaux 2) ; décembre 2005 ; Directeur (Christophe Schlick)
– Julien Lacoste ; (LIUPPA, Pau) ; décembre 2008 (Christophe Schlick)
– Vincent Forest ; (IRIT, Toulouse) ; décembre 2008 (Christophe Schlick)
– Qizhi Yu ; (Grenoble, LIG) ; Novembre 2008 (J.C. Gonzato)
– Pau Estalella ; (Universitat Politècnica de Catalunya) ; 19 décembre 2008 (X. Granier)
3.10.3
–
–
–
–
–
Concours
Marie Beurton-Aimar : Jury IR CNRS ; 2007
X. Granier : Jury CR INRIA ; Lille ; 2007
Nadine Couture : Jury Enseignant-Chercheur ESTIA ; Biarritz ; 1999-2004
P. Guitton : Jury CR INRIA ; Rennes 2008, Bordeaux 2009
P. Guitton : Jury IR CNRS ; Bordeaux ; 2007
3.11
3.11.1
– accord Université Bordeaux 1-Université Nationale Autonome de Mexico ; prof. Garcia
Ugalde ; 2006 -2011
– Equipe associée INRIA Light ; University of British Columbia (Canada) ; 2004-2007
– Equipe associée INRIA Bird ; Zhejiang University ( Chine ) ; 2008-2011
3.11.2
–
–
–
–
–
–
Attestées
Gérard Assayag, IRCAM, équipe représentation musicale ;
Laurent Daudet, LAM, Institut Jean Le Rond D’Alembert, Paris
Olivier Derrien, Laboratoire de Mécanique et d’Acoustique, CNRS, Marseille
Laurent Girin, GIPSA-lab, INPG, Grenoble
LTCI, Télécom ParisTech, Paris ; Gaël Richard, Roland Badeau et Bertrand David
X. Ganier, P. Reuter, T Boubekeur Ausonius ; Université Bordeaux 3
ANNEXE – IS
115
– Pascal Desbarats, Laboratoire d’Anthropologie des Populations du Passé, Université Bordeaux 1
– P. Reuter, T Boubekeur , LIPSI ; ESTIA
– Philippe Depalle : CIRMMT / SPCL ; McGill University , Montréal, Québec, Canada ;depuis
2002
– Julius O. Smith III : CCRMA ; Stanford University ; Californie ; USA ;depuis 1998
– Jenny Benois-Pineau : Université de Vaxjo, Suède ; Conseil scientifique de l’ICMM (International Center of Mathematical Modelling) ;
– X. Ganier et C. Schlick Université de Montréal ; Canada : Thèse co-encadrée
– P. Guitton : Zhejiang University ; Chine : Thèse co-encadrée 2009-2011
– P. Guitton, X. Ganier, P. Reuter : Beijing Normal University ; Chine : Projet de recherche
sur la reconstruction 3D
– M. Hachet Bauhaus - Universitat Weimar ; Allemagne : co-rédaction d’article
3.11.3
–
–
–
–
–
–
–
–
Gérard Assayag ; IRCAM (Paris)
Laurent Daudet ; Institut Jean Le Rond D’Alembert (Paris)
Olivier Derrien ; Laboratoire de Mécanique et d’Acoustique (Marseille)
Laurent Girin ; GIPSA-lab (Grenoble)
Gaël Richard, Roland Badeau et Bertrand David ; LTCI (Paris)
Robert Vergnieux ; Ausonius (Université Bordeaux 3)
Philippe Depalle ; CIRMMT / SPCL, McGill University (Canada)
Julius O. Smith ; III : CCRMA, Stanford University (Etats-Unis)
3.11.4
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Autres
Invités
Philippe Depalle ; McGill University( Canada) ; 2005(3 mois)
Alberto Del Bimbo ; Université de Florence (Italie) ; 2008 (3 jours)
B. Froëlich ; Bauhaus Universität ( Allemagne) ; 2007 (1 semaine)
Francisco Garcia-Ugalde ; Université Nationale Autonome de Mexico (Mexique) ; 2006 ( 1
mois)
Ofer Hadar ; Université Ben Gurion ( Israel) ; 2006 (3 jours),2007 (3 jours)
John Hamer ; The University of Auckland ( New Zealand) ; 2009 (1 mois)
Y. Kitamura ; University of Osaka (Japon) ; 2005 (1 semaine)
Hans Meine ; Universiät Hamburg (Allemagne) 2008 (1 semaine)
Q. Peng ; Zhejiang University (Chine) ; 2006 (1 semaine ;)
P. Poulin ; Université de Montréal ( Canada) ; 2005 (1 semaine), 2009 (1 semaine)
Tamas Szyranyi ; PKKU (Hongrie) ; 2008(3 jours)
M. Van de Panne ; University of British Columbia,( Canada) ; 2005 (1 semaine)
H. Zhang ; Zhejiang University ( Chine) ; 2007 (3 semaines), 2009 (1 mois)
3.11.5
Invitations
– Jenny Benois-Pineau : Université Växjo ;Växjo (Suède) ; 2006 ( 1 semaine), 2007 (1 semaine),
2009 (3 jours)
– “ : Université de Caroline du Nord at Chapel Hill (Etats-Unis) ; 2009 (3 jours)
– Lionel Carminati : Université Queen Mary (Royaume-Uni) ; 2005 ( 1 semaine)
– Jean-Sébastien Franco : Zheijang University (Chine) ; 2008 (1 semaine)
– “ : Zheijang University (Chine) ; 2007 (2 semaines), 2008 (2 semaines)
– P. Guitton : Zheijang University (Chine) ; 2007 (1 semaine)
– “ : Beijing Normal University (Chine) ; 2008 (1 semaine)
– “ : North West University (Chine) ; 2008 (2 semaines)
– “ : Zheijang University (Chine) ; 2008 (1 semaine)
ANNEXE – IS
116
– Martin Hachet : Human Interfaces Engineering Lab and Cybermedia Center (Japon) ; 2005
(3 mois)
– “ : Bauhaus Universität ( Allemagne) ; 2006 (1 semaine)
– Petra Kraemer : Université Ben Gurion (Israël) ; 2005 (2 semaines)
– Sylvain Marchand : McGill University ( Canada) ; 2008 (3 mois)
– “ : Stanford University, (Etats-Unis) ; 2008 (3 mois)
– Henri Nicolas : Université de Sfax (Tunisie) ; 2007 (10 jours)
– Patrick Reuter : University of British Columbia (Canada) ; 2005 (2 mois)
– “ : Zheijang University (Chine) ; 2007 (1 semaine)
– “ : Centre d’Etudes Alexandrines (CNRS USR 3134) (Egypte) ; 2008 (1 semaine)
– Robert Strandh : University Auckland (New Zealand) ; 2005-2006(1 an)
– Daniel Szolgay : Université de Dublin (Irlande) ; 2008 (10 jours)
3.12
3.12.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Semantic Multi-Modal Analysis of Digital Media ; COST292 ; 2005-2009
XmediaIFP6 ; 2006-2009
ARGOS ; TECHNOVISION ; 2005-2007
Animare ; ANR ; 2009-2012
Dalia ; ARA Masse de données ; 2006-2009
Geodib ; ANR Blanche ; 2006-2010
Fogrimi ; ANR Masse de données ; 2006-2010
ICOS-HD ; ANR MDCA ; 2006-2010
Mitoscop ; ACI Biosys ; 2003-2006
Monitoriong Vidéo Embarqué ; PEPS CNRS ; 2007-2008
NatSim ; ACI Masse de données ; 2006-2008
Partge ; RNTL ; 2006-2009
RaxEnv ; RNTL ; 2006-2009
Show ; ACI Masse de données ; 2003-2005
Tomatoflux ; ANR Blanche ; 2006-2009
Cap Digital ; ANR Virage ; 2008-2010
SOUL ; Pôle de compétitivité AESE ; 2006-2009
Mitoscop ; ANR Franco/Britannique sysBio ; 2007-2010
Projet STIC-Asie Réalité virtuelle ; France-Chine-Corée-Japon-Singapour-Taiwan ; 20042006
Programme ICT France-Japon ; Projet JST-CNRS ; 2008-2010
COST292 ; « Semantic Multi-Modal Analysis of Digital Media » ; action européenne 2005 2009
Mitoscop ; ANR Franco/Britannique sysBio ; 2007-2010
Projet STIC- Asie Réalité virtuelle ; France, Chine, Corée, Japon, Singapour, Taiwan ; 2004
- 2006
Projet JST - CNRS ; 2008 - 2010
Réseau européen sur l’étude de la GRF (fonction de filtrage du rein) ; France/Royaume
Uni/Danemark ; depuis septembre 2003
UNAM (Université Nationale Autonome de Mexico) ; prof. Garcia Ugalde ; accord UBx1 UNAM ; 2006 -2011
University of British Columbia, Vancouver ; Canada ; Equipe associée INRIA Light ; laboratoire Imager ; 2004 - 2007
University of London ; Christophe Rhodes ; Goldsmiths ; depuis 2006 Xmedia ; PCR 6 ; depuis
2006 ;
Zhejiang University, Hangzhou ; Chine ; Equipe associée INRIA Bird ; laboratoire CAD &
ANNEXE – IS
117
CG ; 2008 - 2011
3.12.2
– Adacis ; Contrat Cifre ; 2009-2012
– Aérodrones ; Encadrement CIFRE ; 2008-2010
– Be tomorrow ; Outil méthodologique pour le calcul des coordonnées d’un joueur sur le terrain ; 2005-2006
– FT R&D ; Rendu non photo-réaliste d’environnements urbains ; 2004-2005 et 2006-2007
– FT R&D ; Encadrement CIFRE ; 2006-2008
– Immersion ; Diffusion du CAT ; 2005
– MaxSea ; Encadrement CIFRE ; 2009-2011
– Mirane Contrat ; Cifre ; 2008-2011
– MIRO ; ARC INRIA ; 2005-2006
– Medimaps ; Etude faisabilité et de qualité d’image ; mars 2006
– Terabook ; avec le CPMOH et la société I2S ; janvier 2006- aout 2008
– SC2X ; Doctorant conseil ; 2008-2009
– Société BlueYeti ; ANR Virage ; 2008-2010
– Société Jazzmutant ; ANR Virage ; 2008-2010
– Société Puce Muse ; ANR 2PIM ; 2007-2009
– Vitec ; CIFRE ; 2004-2007
3.12.3
Brevets
– Société iKlax Media ; Bidart ; co-publication, dépôt de brevet commun ; Procédé de gestion
de flux audionumériques, déposé en 2008, membres du laboratoire : S. Marchand, M. De
Sainte-Catherine
– GIPSA-lab Grenoble, dépôt de brevet commun ; Procédé de numérisation de livres en 3
dimensions par ondes terahertz, d’eposé en 2008, membres du laboratoire : C. Aguerre, P.
Desbarats
– I2S, CPMOH, LaBRI : dépôt de brevet commun ; Procédé de séparation de sources utilisant
une information de tatouage, déposé en 2009, membres du laboratoire : S. Marchand
3.13
3.13.1
Habilitations
– Jean-Philippe Domenger ; « Structuration d’images, visualisation d’informations et vidéo » ;
date 2006
– Xavier Granier ; Representations toward more User-friendly 3D Synthesis ; 2009
– Jacques Olivier Lachaud ; « Espaces non-euclidiens et analyse d’image : modèles déformables
riemanniens et discrets, topologie et géométrie discrète » ; 6 décembre 2006
– Sylvain Marchand ; "Avancées en modélisation spectrale du son musical" ; 5 décembre 2008 ;
3.13.2
Thèses
– Sylvie Alayrangues ; (directeur : Achille Braquelaire) ; « Modèles et invariants topologiques
en imagerie numérique » ; 8 juillet 2005
– Jean-Baptiste De La Rivière ; (directeur : Pascal Guitton) ; «Suivi vidéo de mouvements
pour l’interaction » ; 20 juin 2005
– Baudouin Denis de Senneville ; (directeur : Christophe Schlick et Pascal Desbarats) ; « Correction des mouvements pour la thermométrie temps réel guidée par IRM » ; 9 décembre
2005
ANNEXE – IS
118
– Ludovic Garreau ; (directeurs : Pascal Guitton et Nadine Couture, ESTIA) ; « Elaboration
d’une interface tangible pour l’assemblage en CAO » ; 12 septembre 2005
– Jan Nesvadba ; (directeur : Jenny Benois-Pineau) ; « Segmentation sémantique des Contenus
Audio-Visuels » ; 5 novembre 2005
– Francesca Manerba ; (directeurs : Riccardo Leonardi, Université de Brecia et J. BenoisPineau) ;« Object identification in image sequences for content indexing » ; 30 novembre
2005
– Sabine Pérès ; (directrice : Marie Beurton-Aimar) ; « Analyse structurelle des réseaux métaboliques et application au métabolisme énergétique mitochondrial » ; décembre 2005
– Cédric Aguerre ; (directeur : Achille Braquelaire) ; « Méthodes et outils pour l’analyse de
l’activation cérébrale en IRMf » ; 21 décembre 2006
– Lionel Carminati ; (directeur : Jenny Benois-Pineau) ; « Détection et suivi d’objets dans les
scènes animées :Application à la vidéo surveillance » ; 27 Juin 2006
– Florian Levet ; (directeurs : Christophe Schlick et Xavier Granier) ; « Modélisation et édition
d’objets 3D : du prototype au modèle final. » ; 11 décembre 2006
– Nicolas Louis ; (directeurs : Jenny Benois-Pineau et Myriam Desainte Catherine) ; « Indexation Cross-modale vidéo/son des contenus multimédia numériques » ; 6 juin 2006
– Matthias Robine ; (directeur : Robert Strandh) ; "Analyse de la performance musicale et
synthèse sonore rapide" ; 13 décembre 2006 ;
– Tamy Boubekeur ; (directeur : Christophe Schlick) ; «Hierarchical processing, editing and
rendering of acquired geometry. » ; 21 septembre 2007
– Luis Kabongo ; (directeur : Christophe Schlick et Pascal Desbarats) ; « Simulation et optimisation de trajectoires pour les ultrasons focalisés en thermothérapie » ; 07 décembre 2007
– Petra Kraemer ; (directeurs : Jenny Benois-Pineau, Jean-Philippe Domenger) ; « Construction des mosaïques de super-résolution à partir de la vidéo de basse résolution. Application
au résumé vidéo et la dissimulation des erreurs de transmission » ; 15 octobre 2007
– Jocelyn FRECHOT ; (directeurs : Bertrand Le Saec et Jean-Christophe Gonzato) ; «Simulation réaliste de surfaces océaniques. » ; 29 juin 2007
– Charles Lalès ; (directeurs : Robert Strandh et Marie Beurton-Aimar) ; « Modélisation gros
grain et simulation par SMA. Application à la membrane interne mitochondriale » ; 13
décembre 2007
– Nicolas Parisey ; (directeur : Marie Beurton-Aimar) ; « Modélisation d’objets biologiques
pour la simulation de processus métaboliques : système multi-agents et métabolisme énergétique mitochondria » ; Novembre 2007
– Guilhem Peretié ; (directeurs : Achille Braquelaire et Jean-Philippe Domenger) ; « Segmentation spatio-temporelle temps-réel de flux vidéo pour un encodage dépendant de son contenu
» ; 16 mars 2007
– Joachim Pouderoux ; (directeurs : Pascal Guitton et Jean-Christophe Gonzato) ; « Création
semi-automatique de modèles numériques de terrains. Visualisation interactive sur terminaux
mobiles communicants » 29 juin 2007
– Martin Raspaud ; (directeurs : Myriam Desainte-Catherine et Sylvain Marchand) ; "Modèle
spectral hiérarchique pour les sons et applications" ; 24 mai 2007
– François de Vieilleville ; (directeur : Braquelaire Achille) ; « Analyse des parties linéaires des
objets discrets et estimation de caractéristiques géométriques » ; juin 2007
– Gregory Maclair ; (directeurs : Jenny Benois-Pineau, Pascal Desbarats) ; « Développement
d’algorithmes temps réel de traitement de séquences d’images animées biomédicales pour la
thermothérapie guide par IRM » ; 5 décembre 2008
– Antoine Allombert ; (directeur : Myriam Desainte-Catherine) ; "Aspects temporels d’un système de partitions interactives" soutenance prévue fin juin 2009
– Jérôme Baril ; (directeur : Christophe Schlick) ; « Méthodes multi-échelles pour le codage
adaptatif de modèles 3D représentés par des nuages de points » ; 2009
– Julien Hadim ; (directeurs : Christophe Schlick et Xavier Granier) ; «Etude en vue de la
multirésolution de l’apparence.» ; lundi 11 Mai 2009
– Joan Mouba ; (directeur : Myriam Desainte Catherine et Sylvain Marchand) ; «Manipulations
ANNEXE – IS
119
spatiales de sons spectaux»
– Romain Pacanowski ; (directeurs : Christophe Schlick et Xavier Granier) ; « Modes de représentation pour l’éclairage en synthèse d’images » ; 2009
– Jérôme Baril ; (directeur : Christophe Schlick) ; « Modèles de représentation multi-résolution
pour le rendu photo-réaliste de matériaux complexes. » ; 2009
– Joan Mouba ; (directeur : Myriam Desainte Catherine et Sylvain Marchand) ; ;juin 2009
3.13.3
–
–
–
–
–
Thèses en co-tutelles
Thèse
Thèse
Thèse
Thèse
Thèse
3.14
3.14.1
en co-tutelle ; Université de Brescia (Italie) ; 2002-2005
en co-tutelle ; Université PKKU de Budapest ( Hongrie) ; 2006 -2010
en co-tutelle ; Université de Sfax ( Tunisie) ; 2005 -2010
co-encadrée ; Université de Montréal (Canada) ; 2006-2009
en co-tutelle avec l’université de Tsin-Hua ; Taiwan ; 2006-2009
Annexe F: Responsabilité à caractère scientifique
Nationales
– Jenny Benois-Pineau : GDR ISIS ; Coordinatrice de l’action IRIM du GDR ISIS ; 2007-2009
– P. Guitton : Chargé de mission Formation par la recherche de l’INRIA ; depuis 2006
– C. Schlick : Comité scientifique du GDR Algorithmique, Langages et Programmation ; depuis
2006
3.14.2
Conseil scientifique
– Conseil scientifique ACI GRID ; 2001-2006 (P. Guitton)
– Comité scientifique du projet Visitor, Action Marie Curie ; Grenoble ; 2008 (P. Guitton)
3.14.3
Autres
– Myriam Desainte-Catherine : Coprésidence de l’AFIM (Association Française d’Informatique
Musicale) ; 2002-2009
– J.C. Gonzato : Conseil d’administration de l’AFIG ; depuis 2007
– P. Guitton : Conseil d’administration de l’AFRV ; depuis 2005
– P. Guitton : Directeur adjoint LaBRI ; 2005-2006
– P. Guitton : Site de diffusion scientifique, Interstices, depuis 2007
– Achille Braquelaire : Vice-président CEVU ; depuis 2008
– Directrice adjointe LABRI ; Myriam Desainte Catherine ; depuis 2008
– Jean Philippe Domenger : Directeur adjoint LaBRI ; depuis 2007
– Robert Strandh : Directeur du département Informatique de l’UFR ; depuis 2006
– Henri Nicolas : Co-directeur du master Miage ; depuis 2006
– Marie Beurton-Aimar : Atelier épigénomique-génopole Evry-groupe SMAbio, depuis 2006
ANNEXE – IS
120
Équipe
Langages, Systèmes et Réseaux
(lsr)
Responsable:
2005–2009
2009–
: R. Castanet
: S. Chaumette
• Thème QoS et sécurité dans les Réseaux de Nouvelle Génération
(COMET : COntext-aware ManagEment & neTworking)
Responsable: F. Krief
Mots-clés: Nouvelles architectures de communication, convergence des réseaux et services,
négociation de niveau de service de bout en bout, qualité de service et sécurité des communications, transport adaptatif des flux multimédia, réseaux autonomes
• Thème Modélisation et Test de Systèmes Informatisés
Responsable: R. Castanet
Mots-clés: Modélisation formelle, tests de conformité, d’interopérabilité, de robustesse, génération automatique de tests, systèmes communicants et protocoles, systèmes critiques à
contraintes temporelles, systèmes embarqués, systèmes de sécurité, Web services
• Thème Systèmes et Objets Distribués
Responsable: S. Chaumette
Mots-clés: Systèmes mobiles communicants, nomadique, réseaux non filaires/delay et disruptive tolerant, dynamicité, sécurité, cartes à puce, middleware embarqués et distribués,
hétérogénéité, adaptation, algorithmique de la mobilité, modèles, validation
• Équipe-projet Phoenix
Responsable: C. Consel
Mots-clés: Conception et implémentation de langages de programmation, analyse et transformation de programmes, systèmes d’exploitation, réseaux, informatique ubiquitaire
CHAPITRE 4. ÉQUIPE LSR
4.1
122
Composition
(au 31 août 2009)
T1 : Thème QoS et sécurité dans les Réseaux de Nouvelle Génération
(COMET : COntext-aware ManagEment & neTworking)
T2 : Thème Modélisation et Test de Systèmes Informatisés
T3 : Thème Systèmes et Objets Distribués
E4 : Équipe-projet Phoenix
4.1.1
Permanents
Nom
Castanet, R.
Chaumette, S.
Consel, C.
Krief, F.
Magoni, D.
Ahmed, T.
Bromberg, D.
Delord, X.
Félix, P.
Negru, D.
Réveillére, L.
Rollet, A.
Rubi, F.
Total ETPC 2 : 6,5
Fonction
PR
PR
PR
PR
PR
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
Thèmes
T1 T2 T3 E4
ENSEIRB
×
U. Bordeaux 1
×
ENSEIRB
×
ENSEIRB
×
U. Bordeaux 1
×
ENSEIRB
×
U. Bordeaux 1
××
ENSEIRB
××
×
IUT Bordeaux 1
×
ENSEIRB
×
ENSEIRB
××
ENSEIRB
×
U. Bordeaux 1
×
( PR: 5
Dir. ENSEIRB 2005-2008
Dir. dépt. Télécom.
Resp. relations internationales dépt. Télécom.
Co-dir. dépt. RSI
Chargé de mission TIC U. Bordeaux 1
MCF: 8 )
4.1.2
123
Non permanents
Nom
Abbasi, U.
Aït Chellouche, S.
Albert, J.
Barrere, L.
Benmammar, B.
Berrada, I.
Burgy, L.
Cao, T-D.
Casteigts, A.
Chalouf, M-A.
Chauveau, E.
Djama, I.
Ferchaud, F.
Grange, P.
Jakob, H.
Jemili, I.
Nom
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
2008200820072005-2009
-2006
-2005
-2007
2008-2007
2006-2006
2005-2008
-2006
-2005
20082005-
Arrivée-Départ
Jouve, W.
Karray, A.
Laplace, R.
Latry, F.
Mbaye, M.
Mercadal, J.
Mushtaq, N.
Palix, N.
Saad Korchef, F.
Sagaspe, L.
Tabary, R.
Mackaya, M.
Mbarek, N.
Dubernet, D.
Ouaba, J.
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
ATER
ATER
IGR
IGR
2005-2009
2005-2008
2008-2007
200620062005-2008
-2008
-2006
-2008
20082005-2006
-2007
2008-2009
2008-2009
Total1 ETPC: 14,3
4.1.3
Nom
Abdallah, A.
Arnaud, J.
Aubry, W.
Ben Mbarka, M.
Bruneau, J.
Diouf, M.
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
20072008200820072008-2007
Nom
Drey, Z.
Javaid, U.
Lancia, J.
Lu, J.
Mackaya, M.
Total1 ETPC: 4,7
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
20062005-2008
2005-2008
2008-2005
4.2
124
Les travaux de l’équipe LSR concernent diverses problématiques lièes au réseau. Cette équipe
a été créée lors de la dernière évaluation, afin de regrouper de manière cohérente des thématiques
connexes et complémentaires. Ce regroupement est aussi une résultante de la création de la
nouvelle composante Comet, de l’évolution forte des composantes plus anciennes comme SOD, et
de la mise en place du nouveau projet Phoenix commun avec l’INRIA Bordeaux Sud-Ouest.
L’équipe développe quatre axes (qui seront décrits de manière détaillée dans la suite) :
Thème Comet. Les activités de recherche du thème COMET portent sur la gestion de la
qualité de service et de la sécurité dans les réseaux de nouvelle génération, ceux-ci devenant
multiservices, convergents et supportant des utilisateurs fixes, mobiles et sans-fil à travers des
infrastructures et des technologies d’accès hétérogènes. Ces activités peuvent se décliner en trois
principaux axes de recherche : la négociation et le déploiement automatique de services sécurisés
avec contraintes de qualité de service dans les réseaux mobiles de 4ème génération,l’autonomie dans
les réseaux d’opérateurs et de capteurs ad hoc, l’adaptation des flux multimédia aux ressources
réseaux disponibles. Dans ce cadre, de nouveaux mécanismes, algorithmes, modèles, protocoles et
architectures de communications ont été proposés.
Thème SOD. Les activités du thème Systèmes et Objets Distribués ont pour but de contribuer
à rendre possible, simple et le cas échéant efficace, l’utilisation et l’administration des équipements
de calcul ou fonctionnels connectés à un réseau fixe ou mobile. Ceci passe par la fourniture d’outils, d’environnements logiciels et d’intergiciels validés (offrant un niveau élevé d’abstraction tout
en permettant un niveau de contrôle relativement fin des couches sous-jacentes) ainsi que d’applications effectives. Cette activité de recherche portait initialement sur des systèmes distribués
connectés et à gros grains (grappes, grilles, etc.) et reposait sur la technologie des objets distribués
(d’où son nom SOD). La cible des travaux a évolué de façon naturelle vers les systèmes mobiles
communicants, eux aussi distribués par nature, mais qui portent des problématiques originales.
Le thème SOD s’appuie sur les compétences suivantes qu’il a développées en son sein : technologies objets et modèles associés ; intergiciels, machines virtuelles ; sécurité dans un cadre distribué
(PKIs, cartes à puce, . . .) ; technologies de la mobilité et modèles associés.
Thème Phoenix. Le thème Phoenix développe une approche de génie logiciel visant à produire
des programmes dont la fiabilité est garantie, par rapport aux propriétés critiques du domaine.
Cette approche repose sur la conception de langages de programmation métiers. Ces langages
de haut niveau, dédiés à un domaine applicatif, encadrent le processus de programmation pour
garantir la fiabilité et la performance du logiciel produit. Ce travail de recherche a été validé dans
des domaines comme les systèmes d’exploitation, le traitement de flux multimédia et la téléphonie.
Dernièrement, les efforts ont porté sur l’informatique ubiquitaire.
Thème MTSC. Ce thème de recherche couvre les aspects de modélisation, de vérification et de
test de systèmes informatisés, plus particulièrement les protocoles de communication, les systèmes
embarqués et les systèmes à base de composants et a des extensions vers la prise en compte de
systèmes de sécurité. L’activité de ce thème est centrée sur la problématique du test (de conformité, d’interopérabilité et de robustesse) et la génération automatique de séquences de tests. Cette
activité requiert de nouveaux modèles du fait de la complexité croissante des systèmes et des services. L’arrivée de services temps réel impliquent la nécessité de prendre en compte les contraintes
temps réel. Les travaux récents du thème au LaBRI concernent principalement la prise en compte
de système avec variables et de systèmes de sécurité, une formalisation du test de robustesse, la
définition de nouvelles méthodes pour le test de systèmes critiques, le test de nouveaux objets, tels
que les Web services. Une plateforme pour le test de systèmes complexes temporisés a été réalisée.
125
Thème Comet.
Mots clefs. Nouvelles architectures de communication, Négociation de niveau de service de bout
en bout, Transport adaptatif des flux multimédia, Réseaux autonomes
Présentation. Les activités de recherche du thème COMET portent sur la gestion de la qualité
de service et de la sécurité dans les réseaux de nouvelle génération, ceux-ci devenant multiservices,
convergents et supportant des utilisateurs fixes, mobiles et sans-fil à travers des infrastructures et
des technologies d’accès hétérogènes. Trois principaux axes de recherche ont été identifiés :
Axe 1 : Négociation et déploiement automatique de services sécurisés avec contraintes de qualité
de service dans les réseaux mobiles de 4ème génération ;
Nous nous somme intéressés à la négociation de niveaux de service dans des environnements
hétérogènes, au maintien de la qualité de service dans des environnements mobiles ainsi qu’à la
spécification d’une interface utilisateur pour terminaux 4G.
Principaux résultats :
– Spécification d’une architecture et des protocoles associés pour la négociation, le contrôle et
la configuration dynamique de services dans les réseaux IP de nouvelle génération ;
– Modélisation de la prédiction de la mobilité de l’utilisateur ;
– Spécification d’un environnement de signalisation permettant la réservation de ressources à
l’avance et minimisant la dégradation du service lors du handover ;
Axe 2 : Les réseaux autonomes
Nos recherches dans ce domaine portent sur l’auto-organisation et l’auto-optimisation des réseaux d’opérateurs et des réseaux de capteurs sans fil en vue, pour ces derniers, de répondre au
mieux au contexte applicatif tout en optimisant la consommation d’énergie.
– Spécification d’un plan de connaissance basé sur l’apprentissage distribué et collaboratif ;
– Protocole de négociation de niveau de service utilisant la technologie des services Web dans
une architecture de gestion autonome ;
– Proposition d’un protocole de routage géographique efficace en énergie avec angle de vue
adaptatif, basé sur le multi-chemin pour la transmission des flux multimédias dans les WSN.
Axe 3 : Adaptation des flux multimédia aux ressources réseaux disponibles
L’objectif est de pouvoir mettre en œuvre des services vidéo capables de s’adapter automatiquement aux ressources réseaux disponibles tout en tenant compte des caractéristiques du terminal
utilisé, du profil de l’utilisateur et des mécanismes de QoS offerts dans les réseaux sous-jacents
afin d’assurer une bonne QoS aux utilisateurs.
– Proposition de mécanismes d’adaptation du débit vidéo en fonction du débit disponible au
niveau de la couche physique 802.11.
– Proposition d’un mécanisme permettant l’adaptation de QoS du transport de flux vidéo sur
les réseaux P2P ;
– Proposition d’un mécanisme d’organisation des pairs sous forme de réseaux overlay pour
optimiser le transport de flux vidéo.
126
Thème SOD.
Mots clefs. Systèmes mobiles communicants, nomadique, réseaux non filaires/delay et disruptive tolerant, dynamicité, sécurité, cartes à puce, middleware embarqués et distribués, hétérogénéité, adaptation, algorithmique de la mobilité, modèles, validation.
Présentation Les activités de ce thème ont initialement porté sur les systèmes distribués à gros
grain puis se sont orientées vers le monde des équipements/objets mobiles communicants. L’objectif des ces activités est de contribuer à faciliter l’utilisation de ces équipements en proposant
des supports d’exécution, des outils d’administration, des outils de développement, et des applications effectives, sécurisés et formellement validés et répondant aux besoins des utilisateurs, des
programmeurs et des administrateurs. Les applications doivent donc être conçues pour fonctionner
dans ce cadre et les middleware associés doivent leur proposer des mécanismes appropriés. Les
problématiques de mobilité, d’ubiquité, d’hétérogénéité et de sécurité sont donc des
enjeux scientiques majeurs, et des obstacles à l’utilisation effective des possibilités liées à la
mobilité.
Résumé des Principaux résultats
– Calcul distribué : Dans ce domaine, nous avons conçu et proposé des outils logiciels formellement validés [Cs20]. Nous avons aussi contribué à montrer la pertinence de l’approche
objets distribués pour le calcul scientifique dans le cadre du projet ANR Calcul Intensif et
Grilles de Calcul DISCOGRID (DIStributed objects and Components for high performance
scientific computing on the GRID’5000 test-bed) avec l’INRIA Sophia, l’IRISA, l’IMAG et
EADS.
– L’algorithmique, les applications et les outils pour les flottes de terminaux mobiles communicants : Le fait que des équipements puissent apparaître ou disparaître du
réseau à tout moment pose le problème de la dynamicité du graphe sous-jacent. Alors que
jusqu’à présent on résonnait à graphe constant, i.e. statique, nous avons étendu [Cs14] les
approches à base de re-étiquetages de graphes existantes pour prendre en compte l’aspect
dynamique des environnements auxquels nous nous intéressons ([Cs3] et Milcom 2006 [Cs4]
et 2007 [Cs5], thèses DGA et projet ANR Sarah). Nous avons obtenu des résultats significatifs en termes de modélisation et de caractérisation (Sirocco 2009 [Cs15]) des algorithmes
et applications mobiles. Par ailleurs, nous avons déployé une plate-forme à base de terminaux mobiles communicants (téléphones, PDAs et PCs) équipés de connexions Wi-Fi et/ou
Bluetooth. Ce déploiementa été soutenu par le laboratoire, par des industriels, par la région
Aquitaine et par l’Université Bordeaux 1.
– La sécurisation des systèmes mobiles : Ces travaux s’appuient sur l’expérience du
thème dans le domaine des cartes à puce et sur une relation étroite avec l’équipe Méthodes
Formelles (MF, Olivier Ly)[Ca25], en particulier dans le cadre du projet ANR Cryscoe et
d’un co-encadrement de thèse. Nous avons réalisé des avancées significatives sur la gestion
de la confiance dans les systèmes dynamiques (non planifiés) mobiles [Ca7]. Nous avons
par ailleurs déployé une plate-forme à base de cartes à puce Java [Ci3] (award for the best
innovative technology à la conférence e-Smart 2005 [Ca8]) ; même si on ne peut en attendre
aucune efficacité, elle permet de valider les aspects fonctionnels et sécuritaires attendus
dans un environnement sensible [Rs5, Ca32]. Cette plate-forme permet aussi de simuler des
terminaux mobiles par arrachement et re-insertion de cartes.
Forts de ces résultats nous développons une approche dans laquelle chaque terminal mobile
est équipé d’une carte à puce [Ca7, Ca94]. Les cartes fournissent des services de sécurité
exploités en couche haute par les terminaux mobiles, le tout en contexte nomade. Ces travaux
se sont déroulés pour partie dans le projet ANR Sécurité, Systèmes embarqués et Intelligence
Ambiante SARAH (Services Asynchrones pour Réseaux Ad Hoc).
127
Thème Phoenix.
Mots-clés
Conception et implémentation de langages de programmation, analyse et transformation de programmes, systèmes d’exploitation, réseaux, télécommunications, informatique ubiquitaire.
Présentation
Les communications multimédia connaissent un flot incessant d’innovations technologiques qui
est amplifié par la convergence des télécommunications et des réseaux. Toutefois, l’accès à ces
innovations repose fondamentalement sur la création de nouveaux services de communication.
Cette situation a trois conséquences principales : (1) la création de services de communication
devient un domaine à logiciel prépondérant ; (2) l’acceptation de nouveaux services dépendant
de façon critique de leur robustesse ; (3) la dimension multimédia grandissante des services de
communication posent des défis de programmabilité et de performance dans les infrastructures
sous-jacentes.
Le thème Phoenix développe des principes, techniques et outils pour le développement de
services de communication. Pour faire face à la problématique de ce domaine, nos recherches se
concentrent sur les éléments clés des services de communication : l’infrastructure permettant la
mise en oeuvre des services de communication (e.g., plate-forme de signalisation, protocoles de
transport et description de session) ; l’architecture logicielle des services (e.g., le modèle clientserveur, les interfaces de programmation et la notion de logique de service) ; et les terminaux de
communication (e.g., fonctionnalités des terminaux et systèmes embarqués).
Résumé des principaux résultats
Nos travaux couvrent deux aspects clés du domaine des services de communication : (i) la définition de nouveaux langages dédiés, en utilisant la technologie des langages de programmation
pour permettre la spécification de services robustes ; (ii) l’étude des infrastructures de services de
communication afin d’améliorer leur flexibilité et leur performance. Ces recherches ont été validées
dans des domaines d’application concrets.
Langages dédiés aux services de communication. De nombreux langages dédiés sont
conçus, implémentés et utilisés avec succès, aussi bien dans la communauté académique que dans
le milieu industriel. Les domaines ciblés sont variés ; citons pour exemple les menus vocaux interactifs, les services Web et la conception de produits financiers. Ces succès démontrent que la
flexibilité peut cohabiter avec la robustesse et la performance [Ca51].
Notre recherche a pour objectif de permettre aux experts de concevoir et d’implémenter des
langages dédiés à un domaine donné [Cs21, Cs47]. Pour valider cette recherche, nous avons
principalement ciblé les domaines d’application suivants : les réseaux [Cs12], les télécommunications [Ca74, Ca103, Cs11] et l’informatique ubiquitaire [Ca88, Ca47]. Une partie de nos travaux
a conduit à la réalisation d’un environnement graphique de création de services de téléphonie. Un
brevet a été déposé [Au12] et un transfert technologique s’est effectué vers Siderion Technologies,
une émanation (spin-off) de notre équipe de recherche.
Les infrastructures. Cet axe de recherche concerne les couches systèmes et les intergiciels. Il
vise à les optimiser et à fournir du support de programmation de haut niveau.
La spécialisation automatique de piles protocolaires dans les systèmes d’exploitation constitue
un résultat de recherche important. Dans ce travail, nous proposons une stratégie d’optimisation
basée sur la spécialisation de programmes. Le code spécialisé est généré dynamiquement et chargé
dans le noyau afin d’être utilisé par l’application [Rs3].
Un autre résultat du groupe Phoenix est la conception et l’implémentation d’un environnement
intégré dédié aux applications d’informatique ubiquitaire. Cet environnement, appelé DiaStar, a
pour objectif de couvrir le cycle de vie de ce type d’applications, incluant la spécification [Ca62],
le développement [Ca24], la simulation [Cs10] et le déploiement [Ca63, Ca18].
128
Thème MTSC.
Mots clefs. Modélisation formelle, test de conformité, test de robustesse, test d’intéropérabilité,
systèmes temporisés et critiques, génération automatique de tests, services Web, systèmes à base
de composants, protocoles de communication.
Présentation. Ce thème de recherche couvre les aspects de modélisation, de vérification et de
test de systèmes informatisés, plus particulièrement les protocoles de communication, les systèmes
embarqués et les systèmes à base de composants et a des extensions vers la prise en compte de systèmes de sécurité. L’activité de ce thème est centrée sur la problématique du test (de conformité,
d’interopérabilité et de robustesse) et la génération automatique de séquences de tests. Cette activité requiert de nouveaux modèles du fait de la complexité croissante des systèmes et des services.
L’arrivée de services temps réel avec qualité de service et de réseaux haut débit implique la nécessité de prendre en compte les contraintes temps réel dans toutes les étapes du cycle d’ingénierie.
L’équipe s’intéresse aussi à de nouveaux services : les Web services. Ceux-ci ont des caractétistiques originales qui nécessitent de nouvelles méthodes de test. Un projet ANR est en cours sur
ce domaine.
Résumé des Principaux résultats
– Explosion combinatoire de génération de test : La génération automatique de test à
partir d’une spécification se heurte à un problème d’explosion combinatoire, notamment dans
le cas de systèmes temporisés. Pour tenir compte de ce problème, nous utilisons une technique
par objectifs de tests et/ou une technique de test symbolique, basée sur un type de produit
synchronisé entre l’objectif de test et la spécification formelle. Une définition des automates
d’états finis étendus temporisés est utilisée. Cette prise en compte des aspects temporels a été
étendue dans le cadre du projet Averroes, labellisé par le RNTL. La compétence de l’équipe
dans le domaine du test de systèmes à contraintes temporelles, a aussi permis de participer
au projet ANR Testec. Ce projet confronte les approches d’automaticiens et d’informaticiens
afin de trouver des solutions nouvelles de test de systèmes critiques. Récemment, l’équipe
s’est intéressée aux services Web pour y adapter ces approches (projet ANR Webmov).
– Test de robustesse : Le test de robustesse intéresse fortement le monde industriel. Une des
grandes difficultés théoriques est de définir ce qui relève de la conformité et ce qui relève de
la robustesse. Nous proposons d’élargir la définition de l’IEEE de robustesse à « la capacité
d’un système ou composant à fonctionner de manière acceptable en présence de fautes ou
de conditions environnementales stressantes ». Cette définition élargie prend en compte la
possibilité de dégradation du service, par exemple par passage en mode dégradé ou encore
un état dégradé de l’environnement. La thèse de Farès Saad Korcheff a porté sur le test de
robustesse.
– Test de conformité :Pour le test de conformité, la participation de l’équipe au projet
RNRT CALIFE et Averroes a permis de contribuer à la mise en œuvre d’une plate forme
pour la modélisation, la vérification, la preuve et la génération de tests. Des protocoles de
communication à contraintes temporelles ont servi d’exemples. Cette plate forme est basée
sur un bus logiciel permettant d’interconnecter les outils de modélisation, de vérification, de
preuve et de génération de test. Les interfaces sont de type XML.
– Test d’intéropérabilité : Pour le test d’interopérabilité, la plate forme de Calife a été
étendue et a donné lieu à une plate forme spécifique permettant des extensions au test
d’interopérabilité, TGSE, avec les travaux de deux doctorants (thèses soutenues) : I. Berrada
et P. Chamuczynski, dont la dernière en collaboration avec l’université de Goettingen en
Allemagne.
4.3
129
Faits marquants
– Création de la startup Siderion Technologies issue de Phoenix. Articles dans la presse (Les
Echos, 01 Informatique, Journal des Telecoms, la radio BFM, etc.). Lauréat du prix du
transfert technologique Innovaday décerné par le Président du Consel Régional d’Aquitaine.
– Création d’un espace intelligent contenant un ensemble varié de périphériques communicants
(multimédia, capteurs, actionneurs). Cette plate-forme est destinée à expérimenter des scénarios d’informatique ubiquitaire développés grâce à des approches et ateliers génie logiciel
issus de Phoenix.
– Phoenix récompensée par le "best student paper award" au cours de l’IPTComm 2008. A
SIP-based Programming Framework for Advanced Telephony Applications de Wilfried Jouve,
Nicolas Palix, Charles Consel & Patrice Kadionik a reçu le Best Student Paper Award lors
du dernier IPTComm (http ://iptcomm.org/) qui s’est déroulé à Heidelberg (Allemagne)
en juillet 2008. Cet article présente une solution rapide et robuste de programmation des
environnements hétérogènes et dynamiques caractéristiques de la téléphonie avancée.
– Création par COMET de plates-formes de diffusion de services audio-visuels pour terminaux
sans fil et mobiles
– Spécification et implémentation (COMET) d’un protocole de négociation de niveau de service
de bout en bout dans un environnement de gestion autonome
– Soumission d’une proposition par SOD (O. Ly) au NIST pour la fonction de hachage SHA-3,
acceptée pour le premier tour.
– Mise en place par SOD du Projet Européen ITEA2 Smart Urban Spaces (gemalto, Thalès,
etc.)
– SOD récompensée par le prix de la Best Inovative Technology à la conférence internationale
E-smart 2005 pour son architecture de type grille de cartes à puce (Smart Card Grid)
– Mise en place d’une plate-forme technique (SOD et COMET) sur un espace mis à disposition
par le laboratoire. Cet espace permet de déployer des matériels onéreux et/ou fragiles pour
mener des expérimentations significatives (capteurs, téléphones mobiles, cartes à puce, etc.)
– SOD a défini et met actuellement en oeuvre (rentrée 2009 une plate-forme de 100 terminaux
mobiles communicants (téléphones + cartes à puce + gps) pour la collecte sécurisée de
traces de mobilité en s’appuyant sue le laboratoire et sur la spécialité Systèmes et Réseaux
du Master Informatique de l’Université Bordeaux 1.
4.4
Visibilité
total
Conférence:
Comité de pilotage
Présidence
7
120
4
6
7
3
6
1
5
dont 5 int’l
dont 91 int’l
dont 4 int’l
dont 3 int’l
dont 5 int’l
4.5
130
Jurys
Thèse (hors LaBRI)
Concours
Jury de prix
4.6
total
10
40
2
Officialisées
Attestées
Autres
Invités
Invitation
total
4
21
6
11
14
Brevets
Logiciels déposés
total
11
11
3
3
4.7
Thèses et HDR
HDR LaBRI
Thèse LaBRI
Thèse co-tutelle
total
2
23
1
dont 1 étrangères
BIBLIOGRAPHIE – LSR
4.8
4.8.1
131
Publications de l’équipe lsr
Synthèse
Équipe lsr
Revues
Conférences
Ouvrages
Autres publications
sélection
12
48
invités
4
autres
21
113
total
33
165
8
57
263
4.8.2
Revues [ACL]
Sélection
(ACM Transactions on Programming Languages and Systems, Computer Communications Journal, Computer Networks, IEEE Transactions on Multimedia,
IEEE Journal on Selected Areas in Communications, Information Security Technical Report, International Journal of Internet Protocol Technology, International Journal of Network Management, International Journal of Control Engineering and Applied Informatics, Journal of Communications and Networks,
Journal Of Interconnection Networks )
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[Rs2] B. Benmammar, Z. Jrad, and F. Krief, Qos management in mobile ip networks using a
terminal assistant, International Journal of Network Management, 9999 (2008), pp. 101 – 112.
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[Rs4] E. Borcoci, G. Kormentzas, A. (hamid) Asgari, and T. Ahmed, Service invocation admission control algorithm for multi-domain ip environments, Computer Networks, Volume 51 (2007).
[Rs5] S. Chaumette and D. Sauveron, Smart cards and remote computing : Interaction or convergence ?, Information Security Technical Report, 14 (2009), pp. 101–110.
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[hal-00349891]
[hal-00306033]
[inria-00412500]
[hal-00349884]
[hal-00411403]
[hal-00353610]
[hal-00344485]
[inria-00405672]
[hal-00344482]
[hal-00306175]
132
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[Rs12] K. Shami, D. Magoni, and P. Lorenz, Autonomous, scalable, and resilient overlay infrastructure, Journal of Communications and Networks, 8 (2006), pp. 378–390.
[inria-00405634]
[hal-00344486]
Autres
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[inria-00216108]
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[hal-00344484]
[hal-00344481]
[hal-00306022]
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Sélection
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IEEE ICAS, IEEE ICC, IEEE ICSPC, IEEE ICT, IEEE ISCC, IEEE MATA,
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[inria-00353573]
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[hal-00405911]
[inria-00403421]
[inria-00196518]
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[hal-00406478]
[hal-00411562]
[hal-00406489]
[hal-00350045]
[inria-00106791]
[hal-00353614]
[hal-00084645]
[hal-00354617]
[inria-00405483]
[hal-00306168]
[hal-00361824]
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Invitées
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[hal-00354800]
[hal-00354821]
[hal-00354817]
[hal-00306037]
[hal-00410188]
[hal-00363115]
[hal-00361844]
[hal-00406169]
[hal-00354611]
[hal-00306019]
[inria-00111714]
[hal-00353899]
[hal-00406171]
[hal-00079022]
[inria-00402293]
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[hal-00349967]
[hal-00305994]
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[inria-00408344]
[hal-00305744]
[hal-00305746]
[hal-00351775]
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[hal-00406517]
[hal-00405425]
[hal-00406459]
[hal-00351798]
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d’un système d’informations d’entreprise(s) à un serveur. patent n◦ -1, 2005.
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[Au17] A. Casteigts and S. Chaumette, Exemple d’exploitation d’un modèle en couches pour la prise
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in Med-Hoc-Net 2005 : Mediterranean Ad Hoc Networking Workshop, 2005.
[hal-00361078]
[hal-00361079]
[hal-00408442]
[tel-00402492]
[tel-00359948]
[inria-00070459]
[inria-00350014]
[inria-00414682]
[hal-00350206]
[inria-00140964]
[hal-00356998]
[tel-00193181]
[hal-00406453]
[hal-00376701]
[hal-00306016]
[hal-00406456]
[hal-00406458]
[hal-00406484]
[inria-00070457]
[hal-00306370]
[tel-00353587]
[hal-00084641]
[hal-00084643]
144
[Au28] L. Dehni, F. Krief, and Y. Bennani, Power control and clustering in wireless sensor networks,
in Med-Hoc-Net 2005 : Mediterranean Ad Hoc Networking Workshop, 2005.
[Au29] U. Javaid, D.-E. Meddour, and T. Ahmed, Generic end to end environment-aware network
selection in the next generation wireless networks. patent n◦ 06 06275, 2006.
[Au30] U. Javaid, D.-E. Meddour, and T. Ahmed, Methods and apparatus for federating personal
networks and integrated routing in personal network and their federations. patent n◦ 06 07784,
2006.
[Au31] U. Javaid, D.-E. Meddour, and T. Ahmed, Point d’accès et nœuds pour contrôler le routage
dans un réseau hybride. patent n◦ FR2008/051364, 2008.
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[Au33] W. Jouve, C. Consel, J. Lancia, and N. Palix, Ontology-directed generation of frameworks
for pervasive service development, tech. rep., 2005.
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[Au37] B. Julien, B. Alexandre, N. Loriant, and C. Consel, A parametrized simulator for pervasive computing applications. Demonstration at ICPS’09, 2009.
[Au38] F. Krief, L’autonomie dans les réseaux. Tutorial dans le cadre des journées scientifiques DNAC
2005, 2005.
[Au39] F. Krief, Les réseaux autonomiques. Tutorial dans le cadre du colloque Gestion de Réseaux et
Services, 2006.
[Au40] F. Krief, Négociation dynamique et approvisionnement automatique de service dans les réseaux
ip. Tutorial dans le cadre des journées scientifiques DNAC 2006, 2006.
[Au41] F. Krief, La gestion de réseaux. Tutorial à l’école Supérieure de Communications, SupCom,
Tunis, Tunisie, 2007.
[Au42] F. Krief, Les systèmes embarqués communicants. Tutorial Journée technique Captronic, Lyon,
2009.
[Au43] F. Krief, Vers une gestion autonome. Tutorial, Sup’Com, Tunis, Tunisie, 2009.
[Au44] F. Krief, X. Delord, and M. A. Chalouf, Définition d’un sls de sécurité et de qos pour
la négociation du niveau de service, in Gestion de REseaux et de Services (GRES), Hammamet
(Tunisie), vol. 1, 2008.
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en Informatique et Réseau, 2007, pp. 121–130.
[Au46] J. Lancia, Infrastrucuture orientée service pour le développement d’applications ubiquitaires, PhD
[Au47] M. Mbaye and F. Krief, Apport de l’apprentissage dans les réseaux autonomiques, in Gestion
de REseaux et de Services (GRES), Hammamet (Tunisie), vol. 1, 2008.
[Au48] M. Mbaye and F. Krief, Un plan de connaissance dasé sur l’apprentissage pour les réseaux
autonomes, in 22ème congrès DNAC : De Nouvelles Architectures de Communications, 2008.
[Au49] M. Mbaye and F. Krief, Apprentissage distribué et collaboratif de stratégies pour les réseaux
autonomes. Poster présenté lors de la 9ème Conférence Internationale sur les NOuvelles TEchnologies de la REpartition (NOTERE 2009), 2009.
[Au50] M. Mushtaq, Transport Adaptatif et Contrôle de la Qualité des Services Vidéo sur les Réseaux
Pair-à-Pair, PhD thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2008.
[Au51] H. Moungla and F. Krief, Détection et résolution de conflits dans la gestion par politiques des
réseaux diffserv, in Journées Doctorales Informatiques et Réseaux, 2005.
[hal-00084644]
[hal-00361873]
[hal-00361872]
[hal-00361871]
[tel-00402605]
[inria-00111032]
[inria-00000834]
[inria-00153375]
[hal-00351806]
[inria-00412564]
[hal-00351813]
[hal-00351811]
[hal-00351812]
[hal-00351817]
[hal-00411029]
[hal-00411032]
[hal-00306017]
[hal-00306027]
[tel-00406237]
[hal-00306028]
[hal-00351796]
[hal-00411024]
[tel-00365818]
[hal-00351807]
145
[Au52] H. Moungla and F. Krief, Vers une auto-validation des règles de qos et de sécurité dans la
gestion autonome, in 20ème Congres DNAC : De Nouvelles Architectures de Communications,
2006.
[hal-00351802]
[Au53] P.-A. Muller, F. Fleurey, D. Vojtisek, Z. Drey, D. Pollet, F. Fondement, P. Studer,
and J.-M. Jézéquel, On executable meta-languages applied to model transformations, in Model
Transformations In Practice Workshop, 2005.
[inria-00000381]
[Au54] N. Palix, J. Lawall, and G. Muller, Herodotos : A tool to expose bugs’ lives, tech. rep., 2005.
[inria-00406306]
[Au55] G. Pavlou, T. Ahmed, and T. Dagiuklas, Management of Converged Multimedia Networks
and Services, Springer Berlin / Heidelberg, 2008.
[Au56] F. Saad Khorchef, Cadre Formel pour le Test de Robustesse des Protocoles de Communication,
[Au57] O. Samet and F. Krief, Apport des satellites et de l’architecture dtn dans les réseaux ad-hoc,
in 21ème congrès DNAC : De Nouvelles Architectures de Communications, 2007.
[hal-00349904]
[tel-00138202]
[hal-00351797]
ANNEXE – LSR
4.9
4.9.1
146
– Advanced Video Services Delivery over Heterogeneous Networks, IEEE Computer Society
(T. Ahmed, co-éditeur 2008)
– International Journal On Advances in Internet Technology (S. Chaumette, membre du comité
d’édition depuis 2009)
– International Journal On Advances in Networks and Services (S. Chaumette, membre du
comité d’édition depuis 2009)
– International Journal of Network Protocols and Algorithms (S. Chaumette, membre du comité d’édition depuis 2009)
– Communicating Embedded Systems, ISTE Ltd & John Wiley & Sons, (F. Krief, éditrice
2009)
– Traité IC2, Réseaux et Télécoms, Les systèmes embarqués communicants : mobilité, sécurité,
autonomie, Hermes Science (F. Krief, co-éditrice 2008)
– Traité IC2, Réseaux et Télécoms, L’autonomie dans ls résaux, Hermes Science (F. Krief,
éditrice 2006)
4.9.2
Comité de pilotage
– ICIW, International Conference on Internet and Web Applications and Services, 2009 :
Venise, Italie (S. Chaumette, depuis 2009)
– WISTP, 3rd Workshop in Information Security Theory and Practice, Bruxelles, Belgique (S.
Chaumette, 2009)
– GPCE, Seventh International Conference on Generative Programming and Component Engineering, Nashville, Tennessee (C. Consel, 2008)
– IWJPDC, International Workshop on Java for Parallel and Distributed Computing, devenu
International Workshop on Java and Components for Parallelism, Distribution and Concurrency en 2007 (S. Chaumette, co-créateur, depuis 1999)
4.9.3
– WISTP 2008, 2nd Workshop in Information Security Theory and Practice, Seville, Espagne
(S. Chaumette, co-président)
– MMN08, 11th IFIP/IEEE International Conference on Management of Multimedia and Mobile Networks and Services, Samos, Grèce (A. Toufik président)
– CFIP 2005, Colloque francophone sur l’Ingénierie des Protocoles, Bordeaux (R. Castanet
Président)
– GRES 2006, 7ème Colloque francophone de Gestion de Réseaux et de Services, Bordeaux,
France (F. Krief)
– Wise08 , 1st ACS/IEEE International Workshop on Wireless Internet Services, Doha, Qatar
(D. Negru)
– DSPD 2006, the 1st international workshop on Domain-Specific Program Development colocated with ECCOP, Nantes, France (L. Reveillère co-président)
– DSPD 2008, 2nd international workshop on Domain-Specific Program Development in association with GPCE & OOPSLA, Nashville, Etats-Unis (L. Reveillère co-président)
– AQTR 2008, IEEE-TTTC, International Conference on Automation, Quality and Testing,
Robotics, Cluj-Napoca, Roumanie (R. Castanet)
– TESTCOM’05 et 06, International Conference on Testing of Communicating Systems, 2005 :
Montréal, Canada ; 2006 : New York, Etats-Unis (R. Castanet)
– TESTCOM/FATES 2007, 2008 et 2009, International Conference on Testing of Communicating Systems, 2007 : Tallin, Estonie ; 2008 : Tokyo, Japon ; 2009 : Eindhoven, Netherlands
(R. Castanet)
ANNEXE – LSR
147
– N2S 2009, IFIP Network and Service Security Conference, Paris, France (S. Chaumette)
– ICC 2009, IEEE International Conference on Communications, Dresden, Allemagne (S.
Chaumette)
– SecTech 2009, International Conference on Security Technology Jeju Island, Jeju, Corée (S.
Chaumette)
– ICIW 2008 et 2009, International Conference on Internet and Web Applications and Services ;
2008 : Athens, Greece ; 2009 : Venise, Italie (S. Chaumette)
– 2ISA 2008 et 2009, International Conference on Information Security and Assurance, 2008 :
Busan, Corée ; 2009 : Seoul, Corée (S. Chaumette)
– MCO’08. Modelling, Computation and Optimization in Information Systems and Management Sciences, Metz, France and Luxembourg (S. Chaumette)
– ICAS 2008, International Conference on Autonomic and Autonomous Systems, Gosier,
France (S. Chaumette)
– SH’08 et 09, International Symposium on Smart Home, 2008 : Hainan Islan, Chine ; 2009 :
Toronto, Canada (S. Chaumette)
– FGCN’08, Second International Conference on Future Generation Communication and Networking Hainan Islan, China, December, 2008 (S. Chaumette)
– WISTP 2007. Workshop In Information Security Theory and Practices : Smart Cards, Mobile
and Ubiquitous Computing Systems, Heraklion, Grèce (S. Chaumette)
– IAS 2007 International Symposium on Information Assurance and Securit (S. Chaumette)
– WWAN 2006, Internation Workshop on Wireless Ad Hoc and Sensor Networks, New York,
Etats-Unis (S. Chaumette)
– SELF 2006 et 2007, International Workshop on Self-adaptability and Self-management of
Context-aware Systems, 2006 : San Francisco, Etats-Unis ; 2007 : Athens, Grèce (S. Chaumette)
– ICNS 2006 et 2007, International Conference on Networking and Services, 2006 : Santa Clara,
Etats-Unis ; 2007 : Athens, Grèce (S. Chaumette)
– NOTERE 2005, 2006 et 2007, Nouvelles technologies de la répartition, 2005 : Gatineau,
Canada ; 2006 : Toulouse ; 2007 : Marrakech, Maroc (R. Castanet)
– GRES 2007,Colloque francophone de Gestion de Réseaux et de Services, Tunis, Tunisie (R.
Castanet)
– OPODIS’07, International Conference On Principles Of Distributed Systems Bordeaux (R.
Castanet)
– CFIP’06, 08 et 09, Colloque francophone sur l’Ingénierie des Protocoles, 2006 : Tozeur,
Tunisie ; 2008 : Les Arcs, France ; 2009 : La Réunion, France (R. Castanet)
– CRIMES’09, Colloque Francophone Convergence ces Réseaux et de l’Informatique, (R. Castanet)
– GPCE’2007 et 2009,Generative Programming and Component Engineering, 2007 : Salzburg,
Austria ; 2009 : Denver, Colorado, USA (C. Consel)
– IPTComm’2009, Principles, Systems and Applications of IP Telecommunications, Georgia
Tech, Atlanta, Georgia, USA, 2009 (C. Consel)
– JFDLPA’2005, Journée Francophone sur le Développement de Logiciels Par Aspects, Lille,
France, 2005 (C. Consel)
– AOSD’2007, Annual Aspect-Oriented Software Development Conference, Vancouver, British
Columbia, Canada, 2007 (C. Consel)
– CC’2005, Compiler Construction, Edinburgh, Scotland, 2005 (C. Consel)
– TOOLS EUROPE’2006 et 2007, Zurich, Switzerland (C. Consel)
– GaMMa’2006, Global integrated Model Management, Shangai, China, 2006 (C. Consel)
– IDM’2006, Ingénierie Dirigée par les Modèles, Lille, France, 2006 (C. Consel)
– IPTComm’2007, Principles, Systems and Applications of IP Telecommunications, Columbia
University, New York, USA, 2007 (C. Consel)
– OOPSLA’2007 et 2008, Object-Oriented Programming, Systems, Languages and Applications, 2007 : Montréal, Canada ; 2008 : Nashville, Tennessee (C. Consel)
ANNEXE – LSR
148
– PADL’2008, Pratical Aspects of Declerative Languages, San Francisco, CA, USA, 2008 (C.
Consel)
– ICSE’2008, International Conference on Software Engineering, Leipzig, Germany, 2008 (C.
Consel)
– SLE’2008, Software Language Engineering, Toulouse, France, 2008 (C. Consel)
– ICMT’2008 et 2009, International Conference on Model Transformation, Zurich, Switzerland
(C. Consel)
– SARSSI 2009, Conférence sur la Sécurité des Architectures Réseaux et des Systèmes d’Information, Luchon, France. Juin 2009.(X. Delord)
– CFSE 2005, 2008 et 2009 Conférence française sur les systèmes d’exploitation, 2005 : Le
Croisic, France ; 2008 : Fribourg, Suisse ; 2009 : Toulouse, France(X. Delord)
– 6ème atelier sur les Objets, Composants et Modèles dans l’Ingénierie des Systèmes d’Information, Perros-Guirec, France, 2007 (X. Delord)
– CFIP 2005, Colloque Francophone sur l’Ingénierie des Protocoles, Bordeaux, France(X. Delord)
– CFSE’2005 Conférence Francophone en Systèmes d’Exploitation, Le Croisic, France (L. Réveillère)
– AQTR 2008. IEEE-TTTC International Conference on Automation, Quality and Testing,
Robotics.(A. Rollet)
– I2CS 2008. 8ème conférence IEEE International Conference on Innovative Internet Community Systems. (A. Rollet)
– ICC 2005, 2006, 2007, 2008 et 2009, IEEE International Conference on Communications,
2005 : Seoul, Corée ; 2006 : Istanbul, Turquie ; 2007 : Glasgow, Ecosse ; 2008 : Pekin, Chine ;
2009 : Dresden, Allemagne (T. Ahmed)
– Globecom 2007, 2008 et 2009, IEEE Global Communications Conference , 2007 : Washington, Etats-Unis ; 2008 : New Orleans, Etats-Unis ; 2009 : Honololu, Hawaii, Etats-Unis (T.
Ahmed)
– CAMAD 07, 08 et 09, IEEE International Workshop on Computer Aided Modeling and
Design of Communication Links and Networks, 2007 : Athens, Grèce ; 2008 : Pisa, Italie (T.
Ahmed)
– PIMRC 2007 et 2008, IEEE Conference on Personal, Indoor and Mobile Radio Communications, 2007 : Athens, Grèce ; 2008 : Cannes, France (T. Ahmed)
– ISCC’07, IEEE Symposium on Computers and Communications, Aveiro, Portugal (T. Ahmed)
– MACE’09, 4th IEEE International Workshop on Modelling Autonomic Communications
Environnements, Venice, Italy, 2009 (F. Krief)
– ISMW’09, International Symposium on Multimedia over Wireless, Leipzig, Germany, 2009
(F. Krief)
– RIVF’09, IEEE International Conference on Computing and Communication Technologies,
Da Nang City, Viet Nam, 2009 (F. Krief)
– GIIS’09, IEEE Global Information Infrastructure Symposium, Hammamet, Tunisia, 2009
(F. Krief)
– WTS’09, IEEE International Wireless Telecommunications Symposium, Prague, Czech Republic, 2009 (F. Krief)
– WMNC’09, Second Joint IFIP Wireless and Mobile Networking Conference, Gdansk, Poland,
2009 (F. Krief)
– ICT’09, 16th IEEE International Conference on Telecommunications, Marrakech, Morocco,
2009 (F. Krief)
– AQTR’08, IEEE-TTTC International Conference on Automation, Quality and Testing, Robotics, Cluj-Napoca, Romania, 2008 (F. Krief)
– SACC’08, 4th International Conference on Self-organization and Adaptation of Computing
and Communications, Glasgow, UK, 2008 (F. Krief)
– DNAC’05, 06, 07, 08 et 09, Congrès de Nouvelles Architectures pour les Communications,
Paris (F. Krief)
ANNEXE – LSR
149
– WISe’08, The 1st ACS/IEEE International Workshop on Wireless & Internet Services, Doha,
Qatar, 2008 (F. Krief)
– PWC’08, the 13th IFIP International Conference on Personal Wireless Communications,
Toulouse France, 2008 (F. Krief)
– ECUMN’07 et 08, European Conference on Universal Multiservice Networks, 2007 : Toulouse,
France ; 2008 : Sintra, Portugal (F. Krief)
– MMNS’08 et 09, IFIP/IEEE International Conference on Management of Multimedia and
Mobile Networks and Services, 2008 : Samos Island, Greece ; 2009 : Venice, Italy (F. Krief)
– Netcon’08, IFIP/IEEE Wireless Days 2008, Dubai, United Arab Emirates, 2008 (F. Krief)
– WiMOB’08, IEEE International Conference on Wireless and Mobile Computing, Networking
and Communications, Avignon, France, 2008 (F. Krief)
– NTMS’07, 08 et 09, International Conference on New Technologies, Mobility and Security,
2007 : Beirut, Lebanon ; 2008 : Tangier, Morocco ; 2009 : Cairo, Egypt (F. Krief)
– GRES’05, 06 et 07, Colloque Gestion de Réseaux et de Services, 2005 : Luchon, France ;
2006 : Bordeaux, France ; 2007 : Hammamet, Tunisie (F. Krief)
– CODS’07, International Conference on Complex Open Distributed Systems, Chengdu,
China, 2007 (F. Krief)
– ICLAN’06 et 07, International Conference On Late Advances in Networks, Paris, France (F.
Krief)
– Smartnet’06, Paris, France, 2006 (F. Krief)
– JDIR’04 et 05, Journées doctorales en informatique et réseaux, 2004 : Lannion, France ;
2005 : Troyes, France (F. Krief)
– MAN’05, IFIP Metropolitan Area Networks. Architecture, protocols, control, and management, Ho Chi Minh city, Viet Nam, 2005 (F. Krief)
– CNSR 2009. Communications Networks and Services Research Conference (CNSR), Moncton, Canada (D. Magoni)
– IEEE GLOBECOM 2009. IEEE Global Communications Conference, Honolulu, Hawaii,
Etats-Unis (D. Magoni)
– ALGOTEL 2009. Rencontres Francophones sur les Aspects Algorithmiques des Télécommunications, Carry Le Rouet, France (D. Magoni)
– ACM SAC 2010, ACM Symposium on Applied Computing, Sierre, Suisse (D. Magoni)
– AICCSA’08, The 6th ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications, Doha, Qatar, 2008 (D. Négru)
– WCNC’08, IEEE Wireless Communications & Networking Conference, Las Vegas, USA, 2008
(D. Négru)
– ICC’08, IEEE International Conference on Communications, Beijing, China, 2008 (D. Négru)
– Euroitv’08, European Interactive TV Conference, Salzburg, Austria, 2008 (D. Négru)
– TEMU’08, International Conference on Telecommunications & Multimedia, Ierapetra, Crete,
Greece, 2008 (D. Négru)
– IARIA ICNS’08, The Fourth International Conference on Networking and Services, Gosier,
Guadeloupe, 2008 (D. Négru)
– ACM MOBIMEDIA EUMOB 2009, 5th International Mobile Multimedia Communications
Conference, 3rd European Symposium on Mobile Media Delivery London, UK, 2009 (D.
Négru)
– IEEE GLOBECOM 2009, IEEE Global Communications Conference, Honolulu, Hawaii,
USA, 2009 (D. Négru)
– AQTR’08, IEEE International Conference on Automation, Quality and Testing, Robotics,
Cluj-Napoca, Romania, 2008 (D. Négru)
4.9.4
– OPODIS’06 (10th International Conference On Principles Of Distributed Systems), Bordeaux, France (A. Rollet, Organisateur local et Publicity Chair)
ANNEXE – LSR
150
– CFIP 2005, Colloque Francophone sur l’Ingénierie des Protocoles, Bordeaux, France (R.
Castanet)
– GRES 2006, 7ème Colloque francophone de Gestion de Réseaux et de Services, Bordeaux,
France (F. Krief)
– 1er Workshop WISe, Wireless Internet Services, 2008, Qatar(D. Négru)
– Session spéciale “Dynamic Graphs and Complex Systems” à ICCSA 2009, The 3rd International Conference on Complex Systems and Applications, Le Havre, France (S. Chaumette)
– Session spéciale “Réseaux, QoS et Sécurité” de la conférence AQTR 2008, Roumanie (D.
Négru)
4.9.5
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Président du comité d’évaluation CNRS du PRISM (Versailles) 2005 (R. Castanet)
Président du comité d’évaluation AERES du LORIA (Nancy) 2008 (R. Castanet)
Président du comité d’évaluation AERES du GRIMAG (Guadeloupe) 2009 (C. Chaumette)
Evaluation de demandes de subvention au CRSNG (Canada) depuis 2006 (F. Krief)
Membre de la commission d’évaluation du RNTL (Réseau National Technologies Logicielles
de 2001 à 2005 (R. Castanet)
Membre du comité d’évaluation de l’ANR Defis, 2008 (C. Consel)
Membre du comité d’é valuation de l’ANR ARPEGE, 2009 (C. Consel)
Membre du comité d’évaluation AERES du PRISM (Versailles) 2008 (R. Castanet)
Membre du comité d’évaluation AERES du MIPS (Mulhouse) 2008 (F. Krief)
Expert dans le cadre du Programme Interne aux Instituts Carnot (P2IC) 2007 (F. Krief)
4.9.6
–
–
–
–
Q. Zhang, University of London, 2007 (S. Chaumette, rapporteur)
L. Hogie University of Luxembourg, 2007 (S. Chaumette, rapporteur)
J. Midtgaard, University of Aarhus, 2007 (C. Consel, examinateur)
L. Maalej Frikha, Ecole Supérieure des Communications de Tunis, 2008 (F. Krief, rapporteuse)
– A. Ben Letaifa, Ecole Supérieure des Communications de Tunis, 2007 (F. Krief, rapporteuse)
4.10
4.10.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Annexe B: Jurys
L. Vu, Université Paris, 2007 (F. Krief, rapporteuse)
O. Dugeon, INPT Toulouse, 2008 (R. Castanet, examinateur)
D. Geniet, Université de Poitiers, 2005 (R. Castanet, examinateur)
I. Parissis, Université Joseph Fourier, Grenoble, 2007 (R. Castanet, examinateur)
P. de Saqui-Sannes, INPT Toulouse, 2005 (R. Castanet, examinateur)
P.E. Moreau, Institut National Polytechnique de Lorraine, 2008 (C. Consel, examinateur)
M. Sudholt, Université de Nantes, 2007 (C. Consel, examinateur)
S. Frenot, INSA Lyon, 2008, France (S. Chaumette, examinateur)
M. Dalmot, Université de Pau, 2008 (S. Chaumette, examinateur)
P. Roose, Université de Pau, 2008 (L. Reveillère, examinateur)
4.10.2
– G. Lestiennes, Université d’Orsay, 2005 (R. Castanet, examinateur)
– C. A. Pachon, Une approche basée sur les modèles pour le test de robustesse, Université
Joseph Fourier de Grenoble, 2005. (R. Castanet, examinateur)
ANNEXE – LSR
151
– F. Carcenac, Ecole Nationale Supérieure de l’Aéronautique et de l’Espace, Toulouse, 2005.
(R. Castanet, examinateur)
– C. Bonan, Université Rennes 1, 2006. (R. Castanet, examinateur)
– T. Sadani, INPT-Toulouse, 2007 (R. Castanet, examinateur)
– C. Grepet, INT EVRY, 2007 (R. Castanet, examinateur)
– E. Araujo Rodrigues Vieira, INT Evry, 2007 (R. Castanet, examinateur)
– V. Darmaillacq, Université Grenoble 1, 2007.(R. Castanet, examinateur)
– H. Thalmensy, Université Toulouse, 2007 (R. Castanet, examinateur)
– A. Desmoulin, Université Rennes 1, 2007 (R. Castanet, examinateur)
– C. Constant, Université Rennes 1, 2008 (R. Castanet, examinateur)
– F. Alberti, Université Paris 7, 2005 (C. Consel, examinateur)
– F. Jouault, Université de Nantes, 2006 (C. Consel, examinateur)
– N. Salatge, Institut National Polytechnique de Toulouse, 2006 (C. Consel, examinateur)
– G. Bobeff, Ecole des Mines de Nantes, 2006 (C. Consel, examinateur)
– D. Bromberg, Université de Versailles, 2006 (L. Reveillère, examinateur)
– A.E. Ozcan, Université de Grenoble, 2007 (C. Consel, examinateur)
– F. Baligand, Université de Nantes, 2008 (C. Consel, examinateur)
– C. Noguera, Université de Lille 1, 2008 (C. Consel, examinateur)
– K. Mazouzi, University de Franche-Comté, 2005 (S. Chaumette, rapporteur)
– Y. Pigné, University du Havre, 2008 (S. Chaumette, rapporteur)
– C. Teyssie, Université Paul Sabatier, 2005 (F. Krief, rapporteuse)
– E. Lavinal, Université Paul Sabatier, 2006 (F. Krief, rapporteuse)
– A. Millet, Université Paul Sabatier, 2006 (F. Krief, rapporteuse)
– D. Darche, Université Henri Poincaré, 2006 (F. Krief, rapporteuse)
– R. Chahine, ENST, 2006 (F. Krief, rapporteuse)
– W. Louati, ENST, 2007 (F. Krief, examinatrice)
– S. Ould Cheikh El Mehdi, Université Paris 13, 2007 (F. Krief, rapporteuse)
– R. Nassrallah, Université de Technologie de Troyes, 2007 ( F. Krief, Présidente)
– N. Marsit, Université Paul Sabatier, 2007 (F. Krief, examinatrice)
– N. Kettaf, Université de Haute Alsace, 2008 (F. Krief, rapporteuse)
– B. Mathieu, Université Pierre et Marie Curie, 2008 (F. Krief, rapporteuse)
– F. Shebli, Université de Valenciennes et du Hainaut Cambrésis, 2008 (F. Krief, rapporteuse)
– M. Salhani, Institut National Polytechnique de Toulouse, 2008 (F. Krief, rapporteuse)
– S. Fouladgar, Université Pierre et Marie Curie et Institut National des Télécommunications,
2008, (F. Krief, présidente du jury)
– D. Espes, Université Paul Sabatier, 2008 (F. Krief, rapporteuse)
– M. Nafaa, Université d’Evry val d’Essonne, 2009 (F. Krief, rapporteuse)
– N. Kobeissy, Université Pierre et Marie Curie et Institut National des Télécommunications,
2008, (F. Krief, rapporteuse)
– N. Tao, Ecole Nationale de l’Aviation Civile et Université Toulouse, 2009 (F. Krief, rapporteuse)
– F. Nivor, Université Paul Sabatier, 2007 (F. Krief, rapporteuse)
4.10.3
Prix
– Membre du jury du prix de thèse SPECIF 2005-2008 (C. Consel)
– Membre du jury du prix de thèse de l’Association ACM-SIGOPS de France (ASF) 2008 (C.
Consel, L. Reveillère)
ANNEXE – LSR
4.11
4.11.1
–
–
–
–
Attestées
Autres
O. Barais ; IRISA (Rennes)
N. Ibrahim ; INSA (Lyon)
F. Le Mouël ; INSA (Lyon)
A. Ksentini ; INRIA (Rennes)
P. Bellot ; Telecom Paristech & CNRS LTCI-UMR 5141 (Paris)
A. Wei ; IRIT (Toulouse)
4.11.4
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
R. Boutaba ; University Of Waterloo (Canada) ; publication
P. Cointe ; Université de Nantes (Nantes) ; publication, contrat
F. Guidec ; Valoria (Vannes) ; contrat
F. Guinand ; LITIS - Le Havre contrat, publication
A. Jamalipour ; Université de Sydney (Australie) ; publication
S. Jamin ; Ann Arbor University (Etats-Unis)) ; publication
A. Karmouch ; University of Ottawa (Canada) ; publications, accueil d’étudiant
J. Lawall ; University of Copenhague (Danemark) ; publication
A.F. Le Meur ; LIFL (Lille) ; publication
K. Meith ; University of London (Royaume-Uni) ; publication, accueil d’étudiant à Londres
J. Neuman De Souza ; Federal University of Cearà (Bresil) ; publication
C. Pu ; Georgia Institute of Technology (Etats-Unis) ; publication
D. Sauveron ; XLIM (Limoges) ; contrat, publication
S. Tabbane ; Sup’Com (Tunisie) ; co-tutelle de thèse
A. Nafaa ; Univ. College of Dublin (Irlande) ; publication
G. Kormentzas ; Demokritos (Grèce) ; publication
A. Mehaoua ; Université Paris 5 ; publication, cotutelle thèse
Qui ; Univ. Evry (Paris) ; co-tutelle de thèse
P. Lauren ; GRTC (Colmar) ; publication
H. Soldano ; LIPN (Paris) ; publication
G. Muller ; Ecole des Mines de Nantes & INRIA Regal ; publication
4.11.3
–
–
–
–
–
–
Amigo ; IP6 ; 2004-2007
ENTHRONE1 ; IST IP ; 2004-2006
ENTHRONE2 ; IST IP ; 2007-2009
TAROT ; Marie Curie (FP6-2002-Mobility-1) ; 2004-2008
4.11.2
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
152
Invités
B. Goldberg ; New York University, (Etats-Unis) ; 2007 (1 mois)
P. Hudak ; Yale University (Etats-Unis) ; 2007 (1 mois)
J. Lawall ; University of Copenhagen (Danemark) ; 2005 (4 mois)
G. Necula ; University of Berkeley, (Etats-Unis) ; 2005 (1 mois)
S. Bhatia ; Princeton University, (Etats-Unis) ; 2007 (1 mois)
J. Lawall ; DIKU, University of Copenhagen, (Danemark) ; 2007 (1 mois)
T. Ekman ; University of Oxford, (Royaume-Uni) ; 2008 (1 mois)
H. Jacob ; Technische Universität Darmstadt (Allemagne) ; 2008 (1 mois)
A.M. Sloane ; Macquarie University (Australie) ; 2008 (1 mois)
Y. Berbers ; Katholieke Universiteit Leuven (Belgique) ; 2009 (1 semaine)
ANNEXE – LSR
153
– R. Campbell ; University of Illinois at Urbana-Champaign, (Etats-Unis) ; 2009 (1 semaine)
4.11.5
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Jérémie Albert : University of Ottawa (Canada) ; 2009 (3 semaines)
David Bromberg : University of Copenhague (Danemark) ; 2009 (2 semaines)
Damien Cassou : University of Bern (Suisse) ; 2008 (1 mois)
Charles Consel : University of Freiburg (Allemagne) ; 2005 (1 semaine)
“ : Georgia Tech, Atlanta (Etats-Unis) ; 2005 (3 semaines)
“ : Columbia University (Etats-Unis) ; 2006 (1 mois )
“ : AT&T Labs Research, New Jersey, (Etats-Unis) ; 2006 (1 mois)
“ : Georgia Institute of Technology (Etats-Unis) ; 2006 (1 mois)
“ : Macquarie University (Australie) ; 2007 (1 mois)
“ : University of Princeton, (Etats-Unis) ; 2008 (1 mois)
“ : University of British Columbia, (Canada) ; 2008 (1 mois)
“ : University of Utah (Etats-Unis) ; 2008 (1 mois)
Zoë Drey : University of Aarhus (Danemark) ; 2009 (2 mois)
Laurent Réveillere : University of Copenhague (Danemark) ; 2009 (2 semaines)
4.12
4.12.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Invitations
Projet Services Robustes pour Réseaux Dynamiques ; Région Aquitaine ; 2003-2005
Averroes ; RNTL ; 2003-2005
COrSS ; ACI Securité ; 2003-2005
DIAFORUS ; ANR AF ; 2008-2011
DiscoGrid ; ANR CIGC ; 2006-2009
IP-SIG ; RNRT ; 2003-2005
Language Families for Systems Families ; ARC INRIA ; 2006-2009
Sarah ; ANR SSIA ; 2005-2008
SWAN ; RNRT ; 2003-2005
TESTEC ; ANR LG ; 2008-2010
WebMov ; ANR LG ; 2008-2010
4.12.2
– EUROCONTROL ; Optimisation du trafic aérien par utilisation de modèles de théorie des
graphes ; 2004-2006
– France telecom ; HomeSIP : development of a SIP-based middleware for home automation ;
2008-2010
– Thales ; Designing techniques and tools for developing domain-specific languages for Industrial, CIFRE ; 2005-2008
– Thales ; A Platform for the Development of Robust Multimedia Applications in Mobile
Terminals, CIFRE ; 2006-2009
– Thales ; Integrating non-functional properties in an Architecture Definition Language and
its execution environment, CIFRE ; 2008-2011
– Thomson ; Convergence of multiservices heterogeneous for home and extended-home networks ; 2008-2011
– Orange Labs (CRE) ; Etude et spécification d’architecture de réseaux autonomes. Application à la supervision de services multimédia sur réseau IP ; 2008-2011
– CNES ; Hybridation satellite avec des réseaux maillés de capteurs ; 2008-2008
– Thales Alenia Space ; Apport et complémentarité des satellites avec d’autres technologies
terrestres émergentes ; 2006-2007
ANNEXE – LSR
154
– Viotech Communications ; Etude et mise en place de plate-forme multiservice embarquée
pour la gestion de flux multimédia et de capteurs réseaux à différents niveaux logiciels et
matériels, vers la création d’un réseau domestique "Multi-Play" ; 2009-2011
– RATP ; Méthodologie de test de robustesse pour les transports urbains ; 2005
4.12.3
Brevets
– Routing device for an IP telephony system, déposé en 2008, membres du laboratoire : L.
Burgy, C. Consel, F. Latry, N. Palix, L. Réveillère
– Procédé de routage intégré dans une fédération de réseaux personnels, 2007, membres du
laboratoire : T. Ahmed
– Gestion d’une communication dans un réseau hétérogène, 2008, membres du laboratoire : T.
Ahmed
4.12.4
Autres logiciels
– Plate-forme Calife ; démarche de dépôt envisagée
Plate-forme pour le traitement des automates temporisés (ou p-automates), construite autour
d’un bus logiciel sur lequel sont connectés des prouvers, des vérificateurs, des générateurs de
test.
– TGSE ; démarche de dépôt envisagée
C’est un logiciel de simulation, d’émulation et de génération de test de systèmes à contraintes
temporelles. Issu des thèses d’Ismael Berrada et Patryk Chamuczynski. Utilisation restreinte
dans les universités Bordeaux 1, La Rochelle et Goettingen.
– Network manipulator (Nem) ; démarche de dépôt envisagée
Nem est un générateur, un analyseur et un convertisseur de topologies réseaux. Le générateur
est capable de créer des réseaux qui suivent les lois puissances qui gouvernent la topologie
de l’Internet.
– Network cartographer (Nec) ; démarche de dépôt envisagée
Nec est un outil de cartographie IP de l’Internet qui fait appel à des serveurs traceroute
distribués autour du globe afin d’avoir une vision non biaisée de l’Internet.
– Shaadhoc ; dossier de dépôt constitué auprès de l’Université
Shaadhoc permet de partager un document entre des utilisateurs équipés de terminaux mobiles communicants. Il fournit un système de verrous distribués assurant un fonctionnement
cohérent quoi qu’il advienne dans le réseau.
– JCATools ; dossier de dépôt constitué auprès de l’Université
JCATools est un émulateur Java Card-like. Il permet l’étude d’attaques logicielles, des contremesures associées, et le développement d’applications Java Card sûres.
– FSOnCard ; dossier de dépôt constitué auprès de l’Université
FSonCard est un système de fichiers virtualisé dans une carte à puce, permettant de stocker
de manière sécurisée des données sur des points de montage locaux ou distants.
– DiaGen ; démarche de dépôt envisagée
DiaGen est un générateur de framework de programmation qui utilise en entrée une description d’un système d’informatique ubiquitaire, écrite avec le langage dédié DiaSpec.
– Pantagruel ; démarche de dépôt envisagée
Pantagruel est un langage visuel de programmation d’applications d’informatique ubiquitaire. Il est composé d’un éditeur graphique et d’un compilateur vers la plate-forme DiaSpec.
– DiaSim ; démarche de dépôt envisagée
DiaSim est un simulateur d’applications ubiquitaires. Il est composé d’un éditeur et d’un
simulateur. L’éditeur permet une édition graphique des simulations.
ANNEXE – LSR
4.13
4.13.1
155
Habilitations
– T. Ahmed (dir : F. Krief), Transport adaptatif et contrôle de la qualité des services vidéo
sur les réseaux IP filaires, sans-fil et sur les architectures P2P, novembre 2008
4.13.2
Thèses
– E. Atallah (S. Chaumette) : Authentification et échanges sécurisés dans une flotte nomade
– L. Barrere (S. Chaumette) : Etude et proposition de services dans le cadre de réseaux mobiles
de type MANet
– B. Benmammar (F. Krief) : La gestion dynamique de la qualité de service dans les réseaux
IP mobiles
– I. Berrada (R. Castanet) : Contribution au test de systèmes communicants
– S. Bhatia (C. Consel) : Optimisation de compilateurs optimistes pour les systèmes réseaux
– L. Burgy (C. Consel) : Approche langage au développement du support protocolaire d’applications réseaux
– A. Casteigts (S. Chaumette) : Contribution à l’algorithmique distribuée dans les réseaux
mobiles ad hoc - Calculs locaux et réétiquetages de graphes dynamiques
– E. Chauveau (R. Castanet) : Contribution à l’ingénierie du risque logiciel
– M. Diouf (R. Castanet) : Spécification et mise en œuvre d’un formalisme de règles métier
– I. Djama (F. Krief, T. Ahmed) : Adaptations inter-couches pour la diffusion des services
vidéo sans fil
– F. Ferchaud (R. Castanet, C. Gavoille) : Optimisation de la gestion de flux aérien
– P. Grange (S. Chaumette) : Systèmes distribués : transparence, masquage et outils associés
– U. Javaid (F. Krief, T. Ahmed) : Routing and Mobility Management Strategies in Personal
Networking Environments
– I. Jemili (R. Castanet) : clusterisation et conservation d’énergie dans les réseaux ad hoc à
grande envergure
– W. Jouve (C. Consel) : Approche déclarative pour la génération de canevas logiciels dédiés
à l’informatique ubiquitaire
– A. Karray (S. Chaumette) : Conception, mise en oeuvre et validation d’un environnement
logiciel pour le calcul sécurisé sur une grille de cartes à puce
– J. Lancia (C. Consel) : Infrastructure orientée service pour le développement d’applications
ubiquitaires
– F. Latry (C. Consel) : Approche langage au développement logiciel : Application au domaine
des services de téléphonie sur IP
– M. Mackaya (R. Castanet) : Test des protocoles et services liés à la mobilité
– N. Mbarek (F. Krief) : Autonomie dans les réseaux : Négociation du niveau de service de
bout en bout dans un framework de gestion autonome
– M. Mushtaq (F. Krief) : QoS Provisioning for adaptive video streaming over P2P Networks
– N. Palix (C. Consel) : Langages dédiés au développement de services de communications
– F. Saad Korchef (R. Castanet) : Contribution au test de robustesse
4.13.3
– P. Chamuczynski, Université de Goettingen, 2006-2009 (R. Castanet et D. Hogrefe (Goettingen)) : Algorithms and data structures for parametric analysis of real time systems
ANNEXE – LSR
156
Équipe
Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et
la Visualisation d’informations
(mabiovis)
Responsable: G. Melançon
• Thème Algorithmique pour l’Analyse de Structures Biologiques
Responsable: P. Ferraro
Mots-clés: Graphes multi-échelles, Compression, Comparaison d’arborescences, Structure secondaire d’ARN, Organisation structurelle de plantes, Analyse fractale discrète
• Thème Génomique Comparative, Modélisation, Analyse de Données Biologiques
Responsable: D. Sherman
Mots-clés: Comparaison de génomes, Interaction protéine-protéine, Intégration de données
hétérogènes, Modélisation multi-échelle stochastique, Processus biologiques, Réseaux biologiques
• Thème Visualisation de Grandes Masses de Données
Responsable: D. Auber
Mots-clés: Visualisation d’information, Masse de données, Base de données, Algorithmes et
Dessins de Graphes, Manipulation interactive de graphes
• Équipe-projet Magnome
Responsable: D. Sherman
Mots-clés: Biologie intégrative, Génomique, Modélisation multi-échelle stochastique, Processus biologiques
• Équipe-projet Gravité
Responsable: G. Melançon
Mots-clés: Visualisation de graphes, Dessin de graphes, Fouille de données
CHAPITRE 5. ÉQUIPE MABIOVIS
5.1
158
Composition
(au 31 août 2009)
T1 :
T2 :
T3 :
E4 :
E5 :
5.1.1
Thème Algorithmique pour l’Analyse de Structures Biologiques
Thème Génomique Comparative, Modélisation, Analyse de Données Biologiques
Thème Visualisation de Grandes Masses de Données
Équipe-projet Magnome
Équipe-projet Gravité
Permanents
Nom
De Daruvar, A.
Delest, M.
Dulucq, S.
Melançon, G.
Allali, J.
Auber, D.
Bon, E.
Durrens, P.
Dutour, I.
Ferraro, P.
Maabout, S.
Nikolski, M.
Pinaud, B.
Sherman, D.
Thébault, P.
Martin, T.
Mary, P.
Total ETPC 2 : 10,5
Fonction
PR
PR
PR
PR
MCF
MCF
MCF
CR
MCF
MCF
MCF
CR
MCF
MCF
MCF
IGR
IGR
Thèmes
T1 T2 T3 E4 E5
U. Bordeaux 2
×
U. Bordeaux 1
× ×
IUT Bordeaux 1 ×
× ×
U. Bordeaux 1
ENSEIRB
×
U. Bordeaux 1
× ×
U. Bordeaux 2
×
CNRS
× ×
IUT Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 1
×
U. Bordeaux 4
×
CNRS
× ×
U. Bordeaux 1
× ×
ENSEIRB
× ×
U. Bordeaux 2
×
CNRS
× ×
U. Bordeaux 1
× ×
( PR: 4
Vice-Pr. CA Bordeaux 2
Dir. LaBRI
Dir. IUT Bordeaux 1
Dir. études IUT
MCF: 9 CR: 2 IGR: 2)
5.1.2
159
Non permanents
Nom
Assar, R.
Barriot, R.
Beyne, E.
Bourqui, R.
Chevalier, F.
Clay, A.
Don, A.
Gaillard, A.-L.
Gilbert, F.
Herrbach, C.
Iragne, F.
Lesur, I.
Loira, N.
Phan Quang, T.
Rivière, G.
Simonetto, P.
Soueidan, H.
Nom
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
2008-2005
-2008
2005-2008
-2007
2006-2006
20082008-2007
-2007
-2005
20072007200520072005-
Zaidi, F.
Don, A.
Jean, G.
Koenig, P-Y.
Ossamy, R.
Bourbeillon, J.
Goeffon, A.
Ouangraoua, A.
Bouklit, M.
Archambault, D.
Cayla, C.
Cabane, C.
Dubois, J.
Frey, S.
Genet, D.
Lambert, A.
Mathiaut, M.
Total1 ETPC: 12,3
5.1.3
Nom
Sallaberry, A.
Arrivée-Départ
Doct
2008-
Total1 ETPC: 0,2
Arrivée-Départ
Doct
ATER
ATER
ATER
ATER
Post-doct
Post-doct
Post-doct
Post-doct
Post-doct
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
IGR
20062006-2007
2005-2009
2008-2009
2005-2006
2007-2009
2007-2009
2008-2009
2006-2007
20082007-2008
200620082007-2008
200820082007-
5.2
160
L’équipe MABioVis (Modèles et algorithmes pour la bioinformatique et la visualisation), accueillie favorablement par le Comité d’Evaluation et par la section 07 du Comité National réunie
en mars 2006, est évaluée pour la première fois en 2009.
Cette équipe est actuellement composée de 15 chercheurs et enseignants-chercheurs : 4 professeurs, 9 Maîtres de conférences, 2 chargés de recherche CNRS (section 07 et 22). Un Professeur
(section 65 du CNU) et deux Maîtres de Conférences (sections 27 et 64/65 du CNU), en poste à
l’Université Victor Segalen Bordeaux 2 (Sciences de la Vie, de l’Homme, de la Santé), sont rattachés au LaBRI et participent aux activités de recherche de notre équipe. Deux ingénieurs titulaires
viennent compléter ses rangs.
La vision scientifique de l’équipe MABioVis s’inspire de la formidable collaboration qui se met
en place aujourd’hui entre les sciences de l’information et les sciences de la vie. La combinaison
de techniques expéimentales à haut-débit et des méthods computationelles avancées permet de
traiter des problèmes de taille sans précédente, et a donnée naissance au nouveau domaine de la
bioinformatique. Pour l’équipe MABioVis, les organismes vivants sont des systèmes complexes qui
peuvent être étudiés à travers le développement de techniques informatiques de représentation,
de manipulation et de modélisation multi-échelle de données complexes. Ainsi, les travaux de
l’équipe se déroulent pour une large part autour de questions émergeant de recherches en biologie ;
les résultats obtenus et les liens tissés avec les partenaires académiques du domaine du vivant
montrent que le pari a été tenu. Les membres de l’équipe contribuent au développement et à
l’étude de formalismes, de modèles et d’algorithmes apportant des résultats à la fois sur l’objet
biologique ou sur leur modélisation par la bio-informatique.
Des membres de l’équipe ont été à l’origine de la création du Centre de Bioinformatique de
Bordeaux (http ://cbi.labri.fr). Les activités de l’équipe amènent ses membres à travailler souvent
au plus près des biologistes et bio-informaticiens rattachés à différents établissements régionaux
(Universités et EPST). La biologie constitue pour l’équipe un champ d’application essentiel, mais
non exhaustif notamment pour les travaux de recherche dans le domaine de l’analyse de structures
linéaires (textes, séquences), de la visualisation de structures combinatoires et de la fouille visuelle
et interactive de données complexes.
Par nature, l’équipe s’investit résolument dans des actions pluri-disciplinaires et la majorité
de ses actions de recherche sont contractualisées au niveau national ou européen. Les membres de
MABioVis sont aussi pleinement tournés vers les actions de transfert technologique, en direction
de l’industrie et des autres disciplines scientifiques.
5.2.1
Objectifs scientifiques
La biologie apparaît donc tout à la fois comme domaine d’application cible de l’équipe, et
comme objet d’étude. Une large part de nos travaux visent à comprendre l’évolution des génomes
et leur rôle dans le fonctionnement du vivant, et à plusieurs échelles (bio-chimique, sub-cellulaire,
cellulaire, etc.). Pour répondre à ces questions, l’équipe développe des modèles multi-échelles et
des algorithmes, l’intégration de données hétérogènes et la visualisation de graphes. Les objectifs
développées dans l’équipe sont complémentaires, les uns par rapport aux autres mais aussi dans
les réponses qu’ils apportent aux questions posées.
– Une partie du travail effectué dans l’équipe se déroule au plus près de la donnée biologique
(description des génomes, étude du métabolome, reconstruction de réseaux métaboliques,
etc.).
– Certains de nos travaux et résultats reposent sur la définition d’objets des mathématiques
discrètes modélisant un objet biologique et sur l’étude de leurs propriétés combinatoires
(arbres multi-échelles, hiérarchies de graphes, permutation avec motifs interdits, etc.).
– Une partie des travaux vise à développer et à intégrer un panel d’outils d’analyse et d’exploration de données complexes, offrant au spécialiste un environnement de travail interactif. La
liste des logiciels développés et maintenus par l’équipe, et mis à disposition de la communauté
témoigne de cette activité (voir [Rs22, Rs2, Ca52, Ca80, Ca5] par exemple).
161
Figure 5.1 – Analyse de données, développement d’algorithmes et modélisation prennent place,
interagissent et s’affinent dans un processus itératif allant depuis la production de données jusqu’à
la formulation et la validation d’hypothèses.
Ces objectifs s’inscrivent tous dans une boucle d’itérations typique des chantiers menés en
bio-informatique (Fig. 5.1). Nombre de projets requièrent la production et/ou la collection de
données, suivie souvent d’une phase d’enrichissement (annotation) – la collecte d’informations
pertinentes à partir de données hétérogènes constitue une problématique en elle-même à laquelle
nous apportons des solutions [Rs7, Rs17]. Cet ensemble de données forme ensuite le matériau à
partir duquel vont œuvrer méthodes d’analyse et algorithmes. Le retour vers l’expert s’effectue
le plus souvent au travers de logiciels dédiés proposant une visualisation des données d’entrée
et des résultats de l’analyse. L’élaboration de modèles suit de cette analyse, ou plus justement,
synthétise l’ensemble des connaissances acquises sur le phénomène étudié. Il faut souligner que
cette description reste après tout linéaire, alors que analyse, algorithmes, visualisation et modèles se
développent, interagissent et s’affinent de manière itérative. Les projets européen ProteomeBinders
[Rs41] 3 , bilatéral FR/ANR–UK/BBSRC SysTryp 4 ou national Génolevures (GDR CNRS / ACI
IMPBio) [Rs33] 5 auquel nous participons illustrent parfaitement cette démarche.
L’équipe met à profit les fondamentaux développés au LaBRI – nombre de ses membres sont
d’ailleurs issus d’équipes historiques du laboratoire : méthodes formelles, mathématiques combinatoires et théorie des graphes. De ce fait, les retombées des travaux des membres de l’équipe
sortent naturellement du cadre strict de la bio-informatique et abondent dans des domaines comme
l’analyse des réseaux sociaux ou les systèmes complexes modélisés par les graphes. Les activités
d’analyse de données séquentielles (algorithmique du texte) ont notamment donné naissance à une
activité transversale au laboratoire 6 .
De manière globale, et assez paradoxalement, la démarche commune à toute l’équipe consiste à
s’abstraire de la donnée étudiée en transposant les questions posées à l’étude d’objets des mathématiques discrètes : permutations et motifs interdits, arborescences multi-échelles, graphes planaires,
graphes petits mondes, etc.
3. Voir l’URL www.proteomebinders.org.
4. Isabel Vincent et al., The Metabolome of the African Trypanosome, Genomes to Systems, 2008. Voir l’URL
www.systryp.org.
5. Voir l’URL www.genolevures.org
6. Voir la présentation du projet transverse SIMBALS dans le document de prospective du laboratoire.
162
Bilan – résumé et conclusion
En conclusion, notre équipe a rempli les promesses qu’elle affichait à sa création en terme de
chantiers entrepris et de résultats obtenus. Nous avons acquis sur le dernier quadriennal une visibilité d’excellent niveau comme le démontre la sélectivité de nos publications et notre implication
dans des actions contractualisées au niveau national et européen. Le projet Génolevures doit tout
particulièrement être cité ici à ce chapitre.
5.2.2
Résultats
Notre équipe a obtenu de nombreux résultats originaux donnant lieu à des publications de
grande qualité en revues et en conférences internationales. Nous ferons le bilan de nos résultats
au travers d’exemples, faisant ressortir les aspects méthodologiques transversaux aux thèmes de
l’équipe 7 .
Modèles multi-échelles, comparaisons et visualisation de structures biologiques combinatoires
Structures secondaires d’ARNs et édition d’arbres La fonction des ARNs au sein de
la cellule est liée à la conformation spatiale que ces ARNs adoptent. Il est essentiel de pouvoir
comparer deux ARNs du point de vue de leur conformation afin de déterminer, par exemple, s’ils
assurent la même fonction. Certains de nos travaux se sont penchés sur la structure secondaire des
ARNs qui en donne une description dans le plan. Alors que la structure primaire liste en séquence
les nucléotides, la structure secondaire tient compte de repliements de la structure causés par
certaines liaisons biochimiques.
L’étude de cette structure fait ressortir une organisation arborescente de ces molécules. Cellesci vues en tant que graphes sont planaires : on peut les dessiner dans le plan sans que deux arêtes
(liaisons entre acides aminés) ne se croisent. Exploitant la structure arborescente, nous avons pu
donner un algorithme de dessin complètement automatique approchant les dessins traditionnellement produits à la main [Rs6]. Cet algorithme a aussi été implémenté dans des environnements
collaboratifs [Cs4, Ca23]. Une nouvelle modélisation exploitant la description de la structure secondaire simultanément par quatre arbres permet de donner une description multi-échelle de cette
structure [Rs1, Ca3] représentant la structure à différents niveaux de précision. Le plus haut niveau
correspond au réseau de boucles multiples – le squelette de la molécule ; le dernier niveau détaille
les nucléotides de la séquence. Ce modèle permet de formuler des algorithmes de comparaisons
efficaces [Ca2], basés sur la distance d’édition dans des arbres ou sur l’analyse et la comparaison
de structures séquentielles (analyse du texte). Nous comptons sur les quatre dernières années des
résultats apportant des avancées sur ces méthodologies [Rs13, Ca75, Ca82], notamment appliquée
au cas des ARNs [Rs15, Rs40].
Applications hors du champ bio-informatique Des techniques d’analyse du texte développées dans le contexte de l’analyse et de l’appariement de séquences, on pu être transférées et
exploitées pour l’analyse de séquences musicales [Cs18, Ca75, Cs13, Cs1, Cs8] (il s’agit là d’un
travail fait en collaboration avec des collègues de l’équipe Image et Son). Nous avons aussi mis
au point des algorithmes de comparaison de graphes appliqués à l’analyse d’images et de vidéos
[Rs10, Cs6, Ca28, Rs11] ; l’exploitation de ces techniques dans un contexte bio-informatique reste
à faire.
Arborescences multi-échelles et auto-similarité L’approche par modélisation multi-échelle
n’est pas réservée aux seules ARNs et constituent un modèle central dans l’étude des plantes 8 .
Un état de l’art sur les méthodes de comparaisons des architectures des plantes [Cs15] a précédé
7. Tous les travaux de l’équipe ne sont pas cités ici. Il faut se référer à la liste complète de nos publications.
8. Godin, C., Caraglio, Y. A Multiscale Model of Plant Topological Structures. Journal of Theoretical Biology
191(1), pp. 1-46, 1998.
163
l’élaboration d’algorithmes originaux de comparaisons de structures arborescentes multi-échelles [Rs29, Ra34]. Ces résultats impactent le domaine de la modélisation des plantes, puisque la
comparaison structurelle d’individus permet d’aborder sous un angle nouveau le problème de
l’évaluation des modèles de simulation de la croissance des plantes.
Ce travail s’appuie aussi sur une réflexion profonde de la notion d’auto-similarité de ces structures et de ses liens avec la réalité botanique [Cs10, Rs16, Rs20] (voir aussi [Ra16]).
Génomique comparée et modélisation
Algorithmes pour étudier les réarrangements génomiques. Pour comprendre les mécanismes d’évolution qui moulent les génomes, on doit disposer de données génomiques à grande
échelle, et de modèles mathématiques fiables de ces processus. Nous avons contribué à ce dernier
de plusieurs façons.
Nous avons développé une nouvelle méthode d’identification de super-blocs de segments
synténiques[Ci5], exploitant en particulier un calcul correct de distance de réarrangement[Rs23] et
un algorithme amélioré pour l’identification de synténie dans des génomes distants, SyDIG[Au25].
Les super-blocs représentent la sémantique d’une architecture génomique ancestrale, et fournissent
une approximation utile à ses architectures.
Grâce à une formulation du problème en termes d’optimisation par recherche locale stochastique, nous avons développé un nouveau algorithme FAUCILS qui converge rapidement et fournit
des meilleurs résultats que la compétition dans un temps d’exécution plusieurs ordre de grandeur
plus petit que la compétition[Cs9]. Une extension à FAUCILS utilise d’autres méthodes métaheuristiques (swarming) pour identifier des scénarii de réarrangement pair-à-pair parcimonieux.
Annotation de génomes à grande échelle. Grâce à notre pipeline d’annotation de génomes
complets, nous avons réalisé l’analyse complète de quatre nouveaux génomes fournis au Consortium Génolevures par le Centre National de Séquençage - Génoscope (Evry) et le Centre de
Séquençage de l’Université de Washington (St. Louis, USA). Ce résultat majeur, paru dans le
revue Genome research, a été obtenu par un réseau international d’experts utilisant notre système
d’annotation Magus, et des centaines d’heures de calcul sur notre grappe 54-coeurs dédiée. Les
résultats englobent l’identification de 17 500 nouveaux gènes, une cartographie génomique comparative et une analyse de points de cassure, et l’évaluation de la phylogénie réticulée des familles
de protéines[Rs38, Rs30].
Fouille de données et intégration de données La découverte de motifs structuraux dans les
données biologiques est l’un de nos objectifs phares. Nous avons développé une base de connaissances intégrant la description exhaustive d’un ensemble conséquent de génomes eukaryotes, mettant l’accent sur les relations entre entités basées sur des ontologies – c’est là une réalisation de
l’équipe qui nous apporte une excellente visibilité [Rs7]. Nous avons aussi proposé de nouvelles
méthodes de représentations des données et des connaissances biologiques, et leur intégration dans
un format permettant de les comparer, offrant ainsi des perspectives intéressantes sur l’analyse de
phénomènes biologiques. Ce travail se fait en collaboration avec des membres de KEGG et nous a
permis de présenter une nouvelle approche d’analyse du métabolisme, misant sur l’observation de
l’activité transcriptionnelle des fonctions métaboliques au niveau du génome.
Nous avons développé de nouvelles techniques de fouille de données pour répondre à des défis
spécifiques, entre autres un nouveau algorithme de consensus clustering qui fournit une approximation de bonne qualité à ce problème NP-complet en temps polynomial. L’algorithme utilise
un codage compact de la matrice de confusion, une résolution de conflits par éléction Condorcet
et une approximation par calcul d’un couverture d’ensembles inexacte[Rs34]. Des bons résultats
pratiques sont obtenus pour la construction de familles de protéines, même quand les distances
évolutionnaires sont nonuniformes[Rs33, Au27, Rs30].
Réseaux biologiques La modularité est une notion centrale dans l’étude des réseaux métaboliques. Les définitions proposées dans la littérature reposent le plus souvent, soit sur la topologie
164
des graphes modélisant les phénomènes étudiés, soit sur les aspects fonctionnels des processus en
jeu [Rs26].
La modularité est un ingrédient clé que nous avons exploiter pour dessiner de manière automatique ces réseaux, tout comme pour leur manipulation interactive [Rs8, Ca16].
Plusieurs de nos résultats portent sur la visualisation et la manipulation interactive des graphes
petits mondes ou invariant d’échele qui constituent des modèles de graphes très présents en bioinformatiques. Nos méthodes et algorithmes nous permettent de manipuler et d’interagir avec des
hiérarchies de sous-graphes de très grande taille [Rs4, Cs2, Ca18, Ca20].
Nos efforts visent à proposer des notions de modularité plus pertinentes en biologie en cherchant à réconcilier données d’expression et de régulation. Nous nous intéressons aussi à l’étude de
l’équilibre des flux pour simuler la dynamique des réseaux métaboliques et comprendre l’impact
de ces contraintes biologiques.
Modélisation et méthodes formelles L’élaboration de modèles mathématiques dérivant le
comportement de la cellule est une étape clé à franchir afin d’envisager des applications industrielles associant génotype et phénotype. Nous poursuivons le développement de la plate-forme de
modélisation BioRica [Ca80], permettant d’intégrer les aspects dynamiques discret ou continue,
et suivant une approche multi-échelle, au sein d’un même domaine sémantique, tout en offrant
un simulateur efficace et d’utilisation facile. BioRica est une extension de la plate-forme AltaRica
développée par des membres de l’équipe Méthodes Formelles du LaBRI. Les applications déclinées depuis BioRica sont hiérarchiques et basées sur un formalisme unifiant différents formalismes
discrets ou continus, tout en visant une sémantique opérationnelle précise. Les modèles BioRica
admettent une sémantique compositionnelles correspondantes reposant sur une extension des processus de décision de Markov généralisés. BioRica est une plate-forme logicielle de modélisation
et de simulation, qui a été récemment acceptée comme action de développement technologique
(ADT) INRIA.
Comparaison de génomes pour la modélisation. L’utilisation de la comparaison de génomes pour aider la construction de modèles mathématiques du fonctionnement cellulaire est un
défi centrale que nous adressons. Nous avons développé de méthodes in silico de prédiction de
complexes protéiques[Au2], validés par des méthodes expérimentales[Ra22] ; et des méthodes de
modélisation soustractives de voies métaboliques par extraction de graphes[Au22, Ra19]. Grâce à
nos familles de protéines Génolevures[Rs33], nous avons fait une détermination fiable de conservation de fonctions métaboliques dans neuf espèces de levures, permettant l’inférence de modèles
stoïchiométiques de fonction cellulaire. Ces derniers sont actuellement en cours de validation en
collaboration avec des partenaires d’AgroParisTech.
Nouveaux modèle de senescence. En collaboration avec l’Institut Max Planck (Berlin), nous
avons construit un nouveau modèle, hierarchique, de senescence cellulaire par héritage de protéines
endommagées. Beaucoup de processus cellulaires complexes, comme la division cellulaire, répose
sur de tels comportements réplicatifs où un processus peut évoluer et créer un autre processus.
Puisque les valeurs initiales des secondes dépendent des états des premiers, la simulation de tels
systèmes hiérarchiques exige une estimation de paramètres pendant la simulation. Grâce à la composition parallèle proposée par BioRica[Ca80], nous avons pu transformer un modèle unicellulaire
en un système dynamique hiérarchique. Ce modèle enrichi a permis de découvrir des comportements inattendus, validés depuis par des résultats expérimentaux.[Ra11]
5.3
5.3.1
Faits marquants
CBMI 2007 Best Student Paper Award
Fanny Chevalier, co-encadré par Maylis Delest et Jean-Philippe Domenger (équipe Image et
Son) a reçu le Best Student Paper Award de la conférence internationale CBMI 2007 pour son
165
travail sur l’extraction d’objets dans des données vidéo basé sur des techniques de fouille et de comparaison visuelle de graphes [Cs6]. CBMI est une conférence internationale annuelle rassemblant
les communautés de recherche travaillant autour de l’indexation de contenu multimédia. CBMI
est le forum international où sont présentés les dernières avancées technologiques, l’état de l’art
de l’industrie et les dernières productions sur l’indexation, la fouille, l’extraction et la navigation
multimédia.
5.3.2
Génolevures
Une
version
majeure
de
la
ressource
web
Génolevures
(genolevures.org,
cbi.labri.fr/Genolevures), représentant un effort de plus de 20 homme/mois de travail en
collaboration avec nos partenaires des sciences du vivant, a vu le jour fin 2008 [Rs33]. Cette ressource contient 78 000 pages d’informations détaillées sur des entités génétiques, 21 000 familles de
gènes annotés codant des protéines, et un ensemble de données de haute qualité mise à disposition
par le consortium Génolevures. En 2007, un déploiement à grande échelle de l’application web
Magus pour l’annotation de génomes (maintenant intégrée à l’ensemble Génolevures) a été utilisé
de manière intensive par un groupe de 20 experts pour annoter et effectuer une analyse complète
de quatre génomes. Un total de 17 500 nouveaux gènes ont été identifiés, et 48 000 gènes ont pu
être classifiés dans notre banque de données à l’aide de nos méthodes de clustering par consensus.
5.3.3
ProteomeBinders
L’équipe a été fortement impliquée dans l’action coordonnée du 6ème PCRD ProteomeBinders
“A European Infrastructure of Ligand Binding Molecules against the Human Proteome” 9 . Ce
projet proposait d’oeuvrer à la mise en place d’une infrastructure européenne pour la production
et l’application d’outils moléculaires permettant le marquage, la capture et la quantification des
protéines codées par le génome humain. Dans ce projet, nous avons assuré la coordination générale
des activités bioinformatiques. Nous avons également contribué à la définition des standards pour la
représentation des informations relatives aux interactions entre protéines et ligands, et d’autre part
à la conception d’une base données qui sera le point central d’accès aux ressources ProteomeBinders
(information et distribution des outils moléculaires, accès aux plate-forme de services, etc.).
5.3.4
Tulip
Tulip La plate-forme de visualisation Tulip est l’une des réalisations phares de l’équipe 10 . Cette
plate-forme dont les bases ont été posées il y a près de dix ans rassemble un nombre d’utilisateurs croissant. Le logiciel est téléchargé près de 1000 fois par mois, et nous sommes en mesure de
répertorier l’utilisation quotidienne de Tulip par près de 50 utilisateurs chaque jour sur tous les
continents. De plate-forme d’expérimentation, le logiciel est devenu un outil de transfert technologique à l’endroit de l’industrie et des autres disciplines scientifiques (voir par exemple [Ca5, Ou1]).
9. Voir l’URL www.proteomebinders.org.
10. Auber, D. (2003). Tulip - A huge graph visualization framework. Graph Drawing Software. P. Mutzel and M.
Jünger (editors), Mathematics and Visualization Series, Springer Verlag.
5.4
166
Visibilité
total
Conférence:
Présidence
5.5
dont 1 int’l
dont 23 int’l
dont 2 int’l
dont 1 int’l
4
13
1
2
Jurys
Thèse (hors LaBRI)
Concours
Jury de prix
5.6
1
36
9
2
total
2
12
2
Officialisées
Attestées
Autres
Invités
Invitation
total
5
18
6
11
17
Logiciels déposés
total
24
8
-
5.7
167
Thèses et HDR
HDR LaBRI
Thèse LaBRI
Thèse co-tutelle
total
11
1
dont 1 étrangères
BIBLIOGRAPHIE – MABIOVIS
5.8
5.8.1
168
Publications de l’équipe mabiovis
Synthèse
Équipe mabiovis
Revues
Conférences
Ouvrages
Autres publications
sélection
41
19
invités
9
autres
34
82
total
75
110
7
46
238
5.8.2
Revues [ACL]
Sélection
( Theoretical Computer Science, Journal of Heuristics, Software Practice and
Experience, IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics Computer Graphics Forum, Multimedia Tools and Applications, Journal of Graph
Algorithms and Applications, Journal of Discrete Algorithms, Pattern Recognition Letters, Nature Methods, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics,
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, PLoS
Computational Biology, PLoS Genetics, Nucleic Acids Research, Proteomics,
Genome Biology, Genome Research, Journal of Computational Biology )
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[hal-00306662]
[hal-00306602]
[hal-00306601]
[inria-00338627]
[hal-00307625]
[inria-00202721]
[hal-00306675]
[hal-00387985]
[hal-00307872]
169
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[hal-00354274]
[hal-00307553]
[hal-00307523]
[inria-00341569]
[hal-00204215]
[hal-00307119]
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in VII ème CONGRES DE LA SFM-Société Française de Microbiologie, 2007.
[Au18] F. El Garniti, C. Miot-Sertier, M. Dols-Lafargue, E. Bon, A. Lonvaud-Funel, and
C. Le Marrec, Is30 elements as mediators of strain diversity in oenococcus oeni, in 16th CBLClub des Bactéries Lactiques Meeting, 2009.
[Au19] A. Goëffon, Nouvelles heuristiques de voisinage et mémétiques pour le problème Maximum de
Parcimonie, PhD thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2006.
[Au20] C. Gaspin, S. De Givry, T. Schiex, P. Thebault, and M. Zytnicki, A new local consistency for weighted csp applied to ncrna detection., in Workshop on Constraint Based Methods for
Bioinformatics October 5, 2005, Sitges (Spain), 2005.
[Au21] C. Godin and P. Ferraro, Quantifying the degree of self-nestedness of trees. application to the
structural analysis of plants, tech. rep., 2005.
[Au22] F. Iragne, Prédiction de réseaux d’interactions biomoléculaires à partir de données de la génomique comparée, PhD thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2007.
[Au23] G. Jean, Reconstruction of ancestral genomes within hemiascomycetes, in Yeast Genome 10th
Anniversary, 2006.
[Au24] G. Jean, Méthode in silico pour la reconstruction d’une architecture ancestrale de génome, in
JOBIM satellite meeting, 2007.
[Au25] G. Jean, Méthodes in silico pour l’étude des réarrangements génomiques : de l’identification de
marqueurs communs à la reconstruction ancestrale., PhD thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2008.
[Au26] G. Jean, Reconstruction and visualization of genome rearrangements within the kluyveromyces,
in First German / French / European Meeting on Yeast and Filamentous Fungi, 2008.
[Au27] G. Jean, D. J. Sherman, and M. Nikolski, Reconstruction and visualization of genome rearrangements within the kuyveromyces, in ESF-EMBO Symposium on Comparative Genomics of
Eukaryotic Microorganisms, 2007.
[Au28] N. Loira, Projecting s.cerevisiae models to hemiascomycetous yeasts, in 3rd International Course
in Yeast Systems Biology (2008), 2008.
[Au29] N. Loira, Projection and fba of metabolic networks in hemiascomycetous yeasts, in First German
/ French / European Meeting on Yeast and Filamentous Fungi, 2008.
[Au30] C. Le Marrec, E. Bon, and A. Lonvaud-Funel, Evaluation de la tolérance à l’hyperosmolarité
chez la bactérie lactique oenococcus oeni, in VII ème CONGRES DE LA SFM-Société Française
de Microbiologie, 2007.
[Au31] M. Nikolski, Consensus clustering for protein families. Invited seminar at Saint Petersburg State
University, Saint Petersburg, Russia, 2006.
[Au32] M. Nikolski, Protein families within hemiascomycetes, in Yeast Genome 10th Anniversary, 2006.
[Au33] N. Novelli and D. Auber, Calcul et représentation efficace de cubes de données pour une
visualisation orientée pixel., in EGC 2007, vol. RNTI-E-9, Monique Noirhomme-Fraiture and Gilles
Venturini, 2007, pp. 205–206.
[Au34] B. Olivier, E. Lutton, P.-H. Wuillemin, C. Baudrit, M. Sicard, B. Pinaud, and
N. Perrot, Modeling an agrifood industrial process using cooperative coevolution algorithms, tech.
rep., 2005.
[Au35] B. Pinaud, Contribution à la visualisation des connaissances par des graphes dans une mémoire
d’entreprise : application sur le serveur Atanor, PhD thesis, Université de Nantes, 2006.
[Au36] B. Pinaud, C. Baudrit, M. Sicard, P.-H. Wuillemin, and N. Perrot, Validation et enrichissement interactifs d’un apprentissage automatique des paramètres d’un réseau bayésien dynamique appliqué aux procédés alimentaires, in Journées Francophone sur les Réseaux Bayésiens,
2008.
[inria-00340089]
[inria-00407896]
[inria-00396032]
[tel-00256670]
[hal-00362190]
[inria-00353645]
[tel-00409871]
[inria-00407497]
[inria-00352587]
[tel-00350900]
[inria-00350613]
[inria-00350567]
[inria-00354745]
[inria-00350615]
[inria-00396015]
[inria-00407494]
[inria-00407496]
[hal-00306563]
[inria-00381681]
[tel-00335934]
[hal-00259891]
181
[Au37] B. Pinaud, J. Blanchard, P. Kuntz, and F. Guillet, Garviz : une plate-forme de fouille
visuelle 2d-3d de règles d’association, in Actes de l’atelier visualisation et extraction de connaissances, Conf. Extraction et Gestion des Connaissances (EGC’07), 2007.
[Au38] B. Pinaud, P. Kuntz, F. Guillet, and V. Philippé, Graphical visualization in the knowledge
management system atanor, in I-KNOW’06, 6th Int. Conf. on Knowledge Management, 2006.
[Au39] P. Reuter, G. Riviere, and N. Couture, Archeotui - a tangible user interface for the virtual reassembly of fractured archeological objects, in ODENT MEETING 2008 : Interdisciplinary
Workshop on 3D Paleo-Anthropology, Anatomy, Computer Science & Engineering, 2008.
[inria-00335953]
[inria-00336622]
[hal-00341763]
[Au40] D. J. Sherman, The génolevures database, in Yeast Genome 10th Anniversary, 2006.
[inria-00407495]
[Au41] D. J. Sherman, Protein families in yeasts. Invited seminar at Georgetown University, 2006.
[inria-00407493]
[Au42] H. Soueidan, Formal verification of biological systems with highly dynamic creation and destruction, in Yeast Systems Biology 1st Workshop, 2006.
[Au43] H. Soueidan, Extensions alta rica pour la modélisation en biologie intégrative, in Troisième journées Alta Rica, 2007.
[Au44] H. Soueidan, Exploratory simulation of cell ageing using hierarchical models, in First German /
French / European Meeting on Yeast and Filamentous Fungi, 2008.
[Au45] H. Soueidan, Extending discrete event systems for the hierarhical specification, analysis and
simulation of systems biology models, in Séminaire équipe INRIA IBIS, 2009.
[Au46] P. Thebault, S. Degivry, T. Schiex, and C. Gaspin, Combining constraint processing and
pattern matching to describe and locate structured motifs in genomic sequences., in Fifth IJCAI05 Workshop on Modelling and Solving Problems with Constraints, Edindurgh, Scotland, 2005.,
2005.
[hal-00407479]
[inria-00407498]
[inria-00350616]
[hal-00407522]
[hal-00362194]
ANNEXE – MABIOVIS
5.9
182
5.9.1
– The Electronic Journal of Combinatorics (M. Delest, éditrice depuis 1994)
– revue I3 (Cépaduès), G. Melançon (éditeur depuis 2008)
5.9.2
Comité de pilotage
– Coordinateur français et membre du commité exécutif du projet européen INFRASTRUCTRURE ELIXIR, depuis 2007 (A. de Daruvar)
– PCPintGIS IBISA GRISBI- Grille pour la bioinformatique, depuis 2008 (T. Martin)
5.9.3
–
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–
ACM Symposium on Sofware Visualization, 2008, Munich, Germany(D. Auber)
CompBioNets’05, Lyon, France (A. de Daruvar)
IDA’05, Intelligent Data Analysis, 2005, Madrid, Espagne (S. Maabout)
IDA’07, Intelligent Data Analysis, 2007, Ljubjana, Lettonie, Slovenie (S. Maabout)
IEEE/Eurographics EuroVis,2008, Eindhoven, Pays-Bas (D. Auber)
IEEE/Eurographics EuroVis,2009, Berlin, Allemagne (D. Archambault, D. Auber)
IEEE InfoVis’06, Baltimore, Etats-Unis (G. Melançon)
IEEE InfoVis’07, Sacramento, Etats-Unis USA (G. Melançon)
IEEE InfoVis’08, Columbus, Etats-Unis (G. Melançon)
IEEE InfoVis’09,Atlantic City, Etats-Unis (G. Melançon)
IEEE Pacific VisInternational Conference on Visualization, 2010, Taipei, Taiwan China(D.
Auber)
Workshop Modern Computer tools for the biosciences A Grid Perspective, 2008, Lyon, France
(A. de Daruvar)
IEEE/Eurographics EuroVis,2009, Berlin, Allemagne (G. Melançon)
International Symposium on Graph Drawing 2006, Karlsruhe, Allemagne (G. Melançon)
International Conference Computer Graphics, Imaging and Visualization, 2009,Tianjin,
Chine (G. Melançon)
International Conference Computer Graphics, Imaging and Visualization, 2008,Penang, Malaisie (G. Melançon)
International Conference Computer Graphics, Imaging and Visualization, 2007,Bangkok,
Thaïlande (G. Melançon)
International Symposium on Visual Computing,2007,Lake Tahoe, Etats-Unis (G. Melançon)
International Symposium on Visual Computing,2008, Nevada, Etats-Unis (G. Melançon)
International Symposium on Visual Computing,2009,Las Vegas, Etats-Unis (G. Melançon)
Jobim’08, Journées Ouvertes de Bio-informatique et de Matéhmatiques, Lille, France (P.
Ferraro)
KVD’07, Knowledge Visualization and Knowledge Discovery, Gratz, Autriche (B. Pinaud)
WABI’09, Workshop on Algorithms in Bioinformatics, University of Pennsylvania, USA (M.
Nikolski)
BDA’05, Bases de données avancées, 2005,Rennes, France (S. Maabout)
BDA’09, Bases de données avancées, Namur, Belgique (S. Maabout)
Biograle’08, Bioinformatique à grande échelle , Lyon, France (T. Martin)
Démarche qualité au sein des plateformes de bioinformatique, 2007, Bordeaux, France ( A.
de Daruvar, T. Martin)
EGC’08, Conférence nationale Extraction et Gestion de Connaissances, Nice, France(D. Auber)
CPKick-off GRISBI- Grille pour la bioinformatique, GIS IBISA, 2009, Lyon France (Tiphaine
Martin)
ANNEXE – MABIOVIS
183
– JOBIM’05, Journées Ouvertes de Bio-Informatique et Mathématiques, Lyon, France (D.
Sherman)
– JOBIM’06, Journées Ouvertes de Bio-Informatique et Mathématiques, Bordeaux, France (P.
Durrens, P. Ferraro, M. Nikolski, D. Sherman)
– SFEAP’08, Tours, France (A. de Daruvar)
– SYNASC 2005 à 2009, Timisoara, Roumanie, (G. Melançon)
5.9.4
– JOBIM’06, Journées Ouvertes de Bio-Informatique et Mathématiques, Bordeaux (E. Bon,
A. de Daruvar, I. Dutour, P. Ferraro, T. Martin)
– Workshop ESF (co-organisateur avec E. Chevet), 2007, Bordeaux, France (A. de Daruvar)
– Atelier intégration omics, 2008, Bordeaux, France (A. de Daruvar)
– Atelier qualité plateformes bordelaises, 2008, Bordeaux, France (A. de Daruvar)
– ComBioNets 2005, , Lyon, France (P. Thébault)
– Démarche qualité au sein des plateformes de bioinformatique, 2007, Bordeaux, France, (A.
de Daruvar, T. Martin)
– GRISBI- Grille pour la bioinformatique, GIS IBISA, 2008, Lyon France (Tiphaine Martin)
– Journée satellite OGSB’06, Bordeaux, France (I. Dutour)
– 4e Rencontres Internationales en Analyse Statistique Implicative, 2007, Castellon, Espagne
(B. Pinaud)
5.9.5
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Coordinateur des Plateformes de bioinformatiques RIO, 2006-2008, (A. de Daruvar)
Présidente du comité d’évaluation AERES du LIFL 2008 (M. Delest)
Présidente du comité d’évaluation de l’ANR, Masses de données 2005 et 2006 (M. Delest)
Coordinateur du réseau national des plateforme de bioinformatique (ReNaBi) 2006-2008 (A.
de Daruvar)
Expert pour des propositions NSF (Etats-Unis) 2008 (G. Melançon)
Membre Comité Stratégique Génopole Pasteur depuis 2008 (A. de Daruvar)
Participation à la préparation de la Roadmap nationale sur les infrastructures pour le Ministère 2007 (A. de daruvar)
Membre du Conseil Scientifique de la Génopole Toulouse, depuis 2007 (A. de Daruvar)
Membre du comité exécutif du GDR CNRS 3003 Bioinformatique Moléculaire, depuis 2006
(A. de Daruvar)
Membre du comité d’évaluation AERES du CAMS 2009 (M. Delest)
Membre du comité d’évaluation de l’ANR Masses de données 2007 (G. Melançon)
Membre nommé du comité national CNRS section 7 depuis 2008 (M. Delest)
Membre du comité d’évaluation de INRIA Program Biological Systems (BIO A) 2005 (A. de
Daruvar)
Membre nommé de la section CNU 27 Informatique (Guy Melançon)
Membre du comité de pilotage et du comité technique de GRISBI- Grille pour la bioinformatique, GIS IBISA, 2008-2010, Lyon France (T. Martin)
Membre suppléant du Comité Consultatif Régional de Recherche et de Développement Technologique (CCRRDT) de la Région Aquitaine, Commission 3 Sciences biologiques, médicales
et de la santé depuis 2007 (D. Sherman)
Membre du CNU section 65, 2005-2008 (A. de Daruvar)
5.9.6
– Hannes Pretorius, 2008, Computer Science Department, T/U Eindhoven Pays-Bas (G. Melançon, Examinateur)
ANNEXE – MABIOVIS
184
– Frank van Ham (Computer Science Department, T/U Eindhoven Pays-Bas, 2005,)(G. Melançon, Examinateur)
5.10
5.10.1
Annexe B: Jurys
– J.D. Fekete (LRI Orsay ,Université Paris Sud, 2005) (G. Melançon, Examinateur)
– Christine Brun (IBDM Marseille, University Luminy Marseille, 2007, (A. de Daruvar, rapporteur)
5.10.2
– Catherine Bru (INRA, Université Toulouse 1, 2005)(A. de Daruvar, rapporteur)
– Géraldine Pascal (AGC, Université d’Evry-Val d’essonne, 2005)(A. de Daruvar, examinateur)
– Laure Vescovo(SUPELEC Gif, Université d’Evry-Val d’essonne, 2007)(A. de Daruvar, rapporteur)
– Nicolas Jauniaux (IGM, Université Louis Pasteur, Strasbourg, 2008)(P. Durrens, examinateur)
– Antony Le Béchec( INSERM U620, Université Rennes 1,N. Théret,2007)(I. Dutour, Rapporteuse)
– Julien Lavergne (Laboratoire d’informatique, Unv Tours, 2008)(G. Melançon, rapporteur)
– Jean Villerd (EERIE, Ecole des Mines d’Alès,2008)(G. Melançon, rapporteur)
– Nicolas Ferey (LIMSI,Rachid Gherbi, 2006)(G. Melançon, rapporteur)
– Mohammad Ghoniem (LINA,Ecole de Mines de nantes, 2006)(G. Melançon, rapporteur)
– Christophe Tricot (LISTIC,Université de Chambéry, 2006)(G. Melançon, rapporteur)
– Nathalie Henry (LRI Orsay, Université Paris Sud, 2008)(G. Melançon, Président)
– Matthieu Defrance (LIFL, Université Lille 1, 2006)(D. Sherman, examinateur)
5.10.3
Prix
– Membre du Jury de thèse SPECIF 2003-2005 (M. Delest)
– Membre du Jury de thèse ASTI 2009 (G. Melançon)
5.11
5.11.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
COFFTemblor ; FP6 Intact ; 2005-2009
COFFELIXIR ; FP7 Infrastructures ; 2007-2010
COFFGénolevures ; GDR ; 2004-2009
COFFGRISBI ; GIS IBISA ; 2008-2010
Réseau d’excellence européen Evoltree ; FP6 NOE ; 2006-2010
YSBN ; FP6 RTN ; 2005-2009
ProteomeBinders ; FP6 CA ; 2006-2010
PORGY ; Kings college London (Royaume-Uni) ; 2008-2009
Algorithms for music analysis ; Kings college London (Royaume-Uni) ; 2007-2009
5.11.2
Attestées
– C. Chauve ; University Simon Fraser (Canada) ; publication
– A. Denise ; Université Paris-Sud Orsay (Paris) ; publication
– J.B. Durand ; Université Joseph Fourier & INRIA (Grenoble) ; publication
ANNEXE – MABIOVIS
–
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–
C. Godin ; UMR DAP & INRIA Virtual Plants (Montpellier) ; publication
C. Iliopoulos ; King’s College (Royaume-Uni) ; publication
M. Kanehisa, Bioinformatics Center, KEGG, Kyoto University ; publication
T. Munzner ; University British Columbia (Canada) ; co-tutelle, publication
M.F. Sagot ; Université Lyon I (Lyon) ; publication
A. Telea ; Groningen University (Hollande) ; publication
M. Termier ; Université Marne la Vallée / Paris Est (Paris) ; publication
H. Touzet ; University Lille 1 Sciences et Technologies (Lille) ; publication
V. Dobrynin ; St. Petersburg State University (Russie) ; co-tutelle
I. Maulik ; Jadavpur University (Inde) ; co-tutelle
Y. Chiricota ; Université du Québec à Chicoutimi (Canada) ; publication
C. Ducruet ; CNRS UMR 8504 Géographie-cités, Paris ; publication
C. Rozenblat ; Université de Lausanne (Suisse) ; publication
H. Touzet ; INRIA-LIFL (Lille) ; publication
F. Jourdan ; INRA (Toulouse) ;publication
5.11.3
–
–
–
–
–
–
Invités
J. Abello ; Rutgers University (Etats-Unis) ; 2007 (1 mois)
S. Brlek ; Université du Québec à Montréal (Canada) ; 2008-2009 (6 mois)
C. Chauve ; Simon Fraser University (Canada) ; 2008 (1 mois)
Y. Chiricota ; Université du Québec à Chicoutimi (Canada) ; 2007 (1 mois)
M. Cvijovic ; Max Planck Institute (Allemagne) ; 2007 (1 semaine), 2008 (1 semaine)
M. Dejongh ; College Hope Holland (Etats-Unis) ; 2009 (5 mois)
T. Gibson ; EMBL Heidelberg (Allemagne) ; 2007 (1 mois)
A. Nikolskaya ; Georgetown University (Etats-Unis) ; 2007 (1 mois)
H. Purchase ; University of Glasgow (Royaume-Uni) ; 2009 (1 mois)
A. Telea ; Groningen University (Hollande) ; 2007 (1 mois), 2008 (6 mois)
N. Vyahhi St. Petersburg State University (Russie)2008 (1 mois), 2009 (2 mois)
5.11.5
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Autres
A. Danchin ; Institut Pasteur (Paris)
T. Joos ; Naturwissenschaftlichen und Medizinischen Institutnmi (Allemagne)
J.L. Souciet ; Université Louis Pasteur, S. Potier,
H. Westerhauss ; Vrije universiteit (Hollande)
E. Westhof ; Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (Gif-sur-Yvette)
P. Wincker ; Génoscope (Paris)
5.11.4
–
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–
–
–
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–
–
–
185
Invitations
Julien Allali : Kings College (Royaume-Uni) ; 2007 (1 semaine)
“ : Mac Master University (Canada) ; 2008 (1 semaine)
David Auber : University of British Columbia (Canada) ; 2005( 1 mois), 2006( 1 mois)
Emmanuelle Beyne : Cambridge University (Royaume-Uni) ; 2007 (1 mois), 2008 (1 mois)
“ : Institut Pasteur, Paris ; 2006 (1 semaine)
“ : Université de Strasbourg (Strasbourg) ; 2006 (1 semaine)
“ : Université Louvain-La-neuve (Belgique) ; 2006 (1 semaine)
“ : AgroParisTech (Paris) ; 2006 (1 semaine)
Pascal Ferraro : projet INRIA Virtual Plants (Montpellier) ; 2007 (1 semaine), 2008 (1 semaine)
– “ : Université de Calgary (Canada) ; 2006-2008(2 ans)
– “ : Kings College (Royaume-Uni) ; 2007 (1 semaine)
– “ : University of Auckland (Nouvelle -Zélande) ; 2007 (1 semaine)
ANNEXE – MABIOVIS
–
–
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–
–
“ : University Simon Fraser (Canada) ; 2007 (1 semaine), 2009 (1 semaine)
“ : Mac Master University (Canada) ; 2008 (1 semaine)
Nicolás Loira ; AgroParisTech (Grignon) ; 2009 (2 semaines)
CINVTATiphaine Martin : Institut Pasteur, Paris ; 2006 (1 semaine)
CINVTA“ : Université de Strasbourg (Strasbourg) ; 2006 (1 semaine)
CINVTA“ : Université Louvain-La-neuve (Belgique) ; 2006 (1 semaine)
CINVTA“ : AgroParisTech (Paris) ; 2006 (1 semaine)
Guy Melançon : Schloss Dagstuhl (Allemagne) ; 2007 (1 semaine)
Hayssam Soueidan : Max-Plack Institute (Allemagne) ; 2007 (2 semaines)
5.12
5.12.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
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–
–
–
–
ENTICE ; appel d’offre Usages de l’Internet ; 2004-2006
Animation Scientifique ACI Masses de données ; ACI MD ; 2004-2007
AReNA ; ACI IMPBIO ; 2005-2007
Arborescence pour l’étude de la structure et du développement des plantes ; ACI NIM ;
2004-2007
Auto-Similarité Musicale ; PEPS ST2I ; 2008
BlastSets ; ACI IMPBIO ; 2003-2006
BRASERO ; ANR Blanc ; 2006-2009
CUBE de données ; ACI Jeune Chercheur ; 2004-2007
DIVOENI ; ANR Biodiversité ; 2008-2012
EVOLMYCO ; ANR GMGE AO ; 2008-2010
FIVE ; ANR RNTL ; 2006-2008
Génolevures en Ligne ; ACI IMPBIO ; 2003-2006
GENARISE ; ANR Blanc ; 2005-2008
GRISBI ; GIS IBISA ; 2008-2010
MetaboP ; ANR GEN-036, Genoplante ; 2005-2007
METAPROFILE ; AAP Alimentation et nutrition humaine ; 2007-2009
NOSSI ; ANR Calcul Intensif et simulation ; 2008-2010
Présidence du Comité d’évaluation de Masse de Données ; ANR ; 2006-2007
Programme fédérateur INRA agroBI ; INRA ; 2006-2008
Protic-WS ; ANR Génoplante ; 2007-2009
SIMBALS ANR Blanc ; 2006-2009
SPANGEO ; ANR MD ; 2005-2008
SYSTRYP ; ANR BIOSYS ; 2007-2010
TANGUY ; ANR CONTINT ; 2008-2011
5.12.2
–
–
–
–
–
–
–
–
186
RECORDS ; Pôle AerospaceValley ; 2008-2011
Société PIKKO (Montpellier) ; convention de collaboration recherche ; 2005,2007
Société PIKKO (Montpellier) ; CIFRE ; 2007-2010
Société @imant ; convention de collaboration recherche ; 2005
France Telecom ; convention de collaboration recherche ; 2005-2006
QTL levures œnologiques ; Région Aquitaine et SARCO-Laffort ; 2007-2008
Société Genigraph (Toulouse) ; CIFRE ; 2004-2007
Société 2Moro (Bidart) ; Fouille de données hétérogènes distribuées, CIFRE ; 2009-2012
ANNEXE – MABIOVIS
5.12.3
187
Autres logiciels
– GVSR : gvsr.polytech.univ-nantes.fr
GVSR est un annuaire en ligne qui répertorie actuellement plus de 70 logiciels généraux ou
spécialisés de visualisation et manipulations de graphes. L’objectif de ce site est double :
(i) permettre, lors d’une étape de découverte, à un utilisateur de naviguer dans la liste des
logiciels du site pour lui permettre d’affiner l’expression de ses propres besoins, (ii) fournir
avec une présentation uniforme des informations précises sur chacun des outils pour le guider
dans son choix.
– Brasero : brasero.labri.fr
Le but de cette plateforme, développé principalement au LaBRI, est de fournir des outils
à la fois efficaces et pertinents d’un point de vue biologique pour le problème essentiel de
la comparaison d’ARN. Le projet inclut trois volets originaux : la conception de modèles
combinatoires et d’algorithmes efficaces (issus de la théorie des graphes et de la combinatoire
des arbres), la constitution de données de benchmarks pour l’évaluation et la validation
sur des réelles problématiques biologiques, le développement de logiciels librement diffusés
intégrant également des programmes originaux de visualisation. Ces travaux permettent de
proposer des outils standards ayant vocation à devenir une référence dans la communauté.
– MiGaL : igm.univ-mlv.fr/ allali/migal
MiGaL est une méthode de comparaison de deux structures secondaires développée en C++.
Chaque structure est représentée par quatre niveaux d’abstractions, chaque niveau étant un
arbre enraciné ordonné. La comparaison se fait niveau par niveau, du plus abstrait au plus
détaillé. La comparaison de deux niveaux repose sur un algorithme d’édition d’arbres. Le
logiciel est diffusé librement et utilisable via une interface web qui est consultée régulièrement.
– Simbals QbH : simbals.labri.fr
La suite Simbals propose des systèmes d’estimation de la similarité musicale en se basant sur
de nombreux critères, essentiellement musicaux, comme la mélodie, l’harmonie, la tonalité,
le rythme, etc. L’une des applications majeures du système propose une nouvelle méthode de
navigation dans une base de données musicales en utilisant des requêtes par fredonnement
(query-by-humming), permettant de retrouver un morceau à partir d’un extrait fredonné,
des morceaux ressemblant à un extrait donné, et ainsi de faciliter aux utilisateurs l’accès à
de nouvelles pièces musicales. Simbals a été primé deux fois aux Mirex 2006 et 2007.
– OpenAlea : openalea.gforge.inria.fr
C’ est un logiciel libre développé principalement par l’équipe INRIA Virtual Plants qui fournit un environnement de développement convivial aux modélisateurs des plantes et une plateforme avancé de déploiement de méthodes. OpenAlea permet aux chercheurs de construire
leurs modèles à l’aide d’une interface visuelle et intuitive et proposent un ensemble de modèles et d’outils dédiés à la modélisation des plantes.
– Vlab : algorithmicbotany.org/vlab
Le Virtual Laboratory (Vlab) est une plateforme logicielle de modélisation des plantes, principalement développé à l’Université de Calgary, Canada. Vlab est composé : (a) de programmes
de simulation basés sur les L-Systèmes (cpfg et lpfg), (b) d’un environnement de modélisation qui fournit les outils et l’interface graphique pour les manipulés, (c) et d’une librairie de
programmes pour la simulation des processus environnementaux. Vlab a été déployé auprès
d’environ 200 groupes de recherche à travers le monde.
– Tulip : www.tulip-software.org
Tulip est un logiciel permettant l’analyse visuelle de données. Il est tout particulièrement
adapté à l’analyse de données relationnelles (graphe, web, réseau sociaux etc...). Développé
au sein de LaBRI depuis 2001, ce logiciel possède une large communauté d’utilisateurs (1000
téléchargements chaque moi) et intègre la majorité des résultats de recherche du thème
“Visualisation de l’information”.
– Magus : http ://magus.gforge.inria.fr/
Magus est un système d’annotation de génomes eukaryotes, organisé sous forme de plateforme
de collaboration Web et couramment utilisé par un réseau d’experts internationaux. Son
ANNEXE – MABIOVIS
–
–
–
–
–
–
–
–
188
originalité est de permettre l’annotation simultanée de génomes apparentés, grâce à des
classifications de gènes homologues et de loci synténiques.
Faucils :http ://faucils.gforge.inria.fr
Faucils est une collection d’outils de reconstruction de génomes ancestraux, basée sur le
modèle Hannanhalli-Pevzner et des algorithmes originaux de recherche local stochastique.
IntAct http ://www.ebi.ac.uk/intact
IntAct est une base de données fédérée européenne d’interactions entre protéines et d’autres
biomolécules. Il comporte un site central et des nœuds locaux installés en entreprise, et un
système de synchronisation qui met en œuvre des standards internationaux défini sous l’égide
de la HUPO-PSI.
ProViz : cbi.labri.fr/proviz.htm
ProViz est un logiciel de visualisation hautement interactive de réseaux biomoléculaires, combinant les ontologies et standards internationaux, des outils d’analyse intégrés avec IntAct,
et la plateforme Tulip.
Génolevures en ligne : http ://cbi.labri.fr/Genolevures/
Génolevures en Ligne fournit des outils de géstion et d’exploration d’une base de connaissance
d’annotations génomiques. À la différence de logiciels semblables, le focus n’est pas mis sur
les propriétés individuels mais sur les relations complexes entre gènes et protéine, qui sont
organisés en réseaux et en classifications hiérarchiques.
BioRica : http ://biorica.gforge.inria.fr/
BioRica est une plateforme logicielle de modélisation et simulation de systèmes complexes
biologiques. Un modèle hiérarchique BioRica peut réutiliser des sous-modèles écrits en formalismes différents, tout en respectant une sémantique rigoureuse de compositions. BioRica
compile les modèles sous forme de simulateurs exécutables, ainsi que des outils d’analyse et
de visualisation.
Molligen : http ://cbi.labri.fr/outils/molligen/
BlastSets : http ://cbi.labri.fr/outils/BlastSets/
Mery : http ://www.cbib.u-bordeaux2.fr/MERYB/Mery-B
5.13
5.13.1
Thèses
– C. Gaugain (A. de Daruvar) : Exploration bioinformatique des relations entre mécanismes
moléculaires et fonctions cellulaires, Université Bordeaux 2, 2007
– R.Barriot (S. Dulucq, I. Dutour) : Intégration des connaissances biologiques à l’échelle de la
cellule
– E.Beyne (D. Sherman) :Règles de cohérence pour l’annotation génomique : développement
et mise en oeuvre in silico et in vivo
– R.Bourqui (M. Delest, D. Auber) : Décomposition et Visualisation de graphes : Applications
aux Données Biologiques
– F.Chevalier (M. Delest, J.P. Domenger) : Reconnaissance de motifs dans des graphes : heuristique et applications
– M. Diouf (R. Castanet, S. Maabout), Spécification et mise en oeuvre d’un formalisme de
règles métier
– A.Don (M. Delest, J. Benois-Pineau, N. Hanusse) : Indexation et navigation dans les contenus
visuels : approches basées sur les graphes
– C.Herrbach (S. Dulucq, D. Sherman) : Etude algorithmique et statistique de la comparaison
des structures secondaires d’ARN
– F.Iragne (S. Dulucq, D. Sherma) : Prédiction de réseaux d’interactions biomoléculaires à
partir de données de la génomique comparée
– G.Jean (S. Dulucq, M. Nikolski) : In silico methods for genome rearrangement analysis :
from identification of common markers to ancestral reconstruction
ANNEXE – MABIOVIS
189
– A.Ouangraoua (S. Dulucq, P. Ferraro) : Development of conceptual and algorithmical tools
for the analysis of biological tree structures
5.13.2
– Daniel Archambault (T. Munzner, D. Auber), Feature-based graph visualization, Universitý
of British Columbia, 2008
5.14
5.14.1
Nationales
– GDR Génolevures ; correspondant LaBRI David Sherman
5.14.2
Autres
– Responsable du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB) (labélisée RIO 2003, 2006
puis IBiSA 2008) depuis 2001 (A. de Daruvar)
ANNEXE – MABIOVIS
190
Équipe
Méthodes Formelles
(mf)
Responsable: I. Walukiewicz
• Thème Informatique et Linguistique
Responsable: C. Rétoré
Mots-clés: Linguistique informatique, Traitement automatique des langues, Syntaxe et sémantique du langage naturel, Grammaires formelles, Logique des ressources, Logique linéaire,
Calcul de Lambek, Lambda-calcul.
• Thème Logiques, Graphes et Langages
Responsable: B. Courcelle
Mots-clés: Décomposition de graphes, Reconnaissabilité, Logique du second-ordre monadique, Mu-calcul, Jeux, Assistants de preuves, Descriptions finies d’objets dénombrables.
• Thème Modélisation et Vérification
Responsable: I. Walukiewicz
Mots-clés: Vérification, Synthèse, Systèmes infinis, Systèmes concurrents, Systèmes tempsréel, Logiques comportementales, Calcul symbolique.
• Équipe-projet Signes
Responsable: C. Rétoré
Mots-clés: Linguistique informatique, Traitement automatique des langues, Syntaxe et sémantique du langage naturel, Grammaires formelles, Logique des ressources, Logique linéaire,
Calcul de Lambek, Lambda-calcul.
CHAPITRE 6. ÉQUIPE MF
6.1
192
Composition
(au 31 août 2009)
T1 :
T2 :
T3 :
E4 :
6.1.1
Thème Informatique et Linguistique
Thème Logiques, Graphes et Langages
Thème Modélisation et Vérification
Équipe-projet Signes
Permanents
Nom
Fonction
Thèmes
T1 T2 T3 E 4
Bauderon, M.
Courcelle, B.
Gloess, P.
Mosbah, M.
Muscholl, A.
Rétoré, C.
Senizergues, G.
Walukiewicz, I.
Weil, P.
Zeitoun, M.
Billaud, M.
Carrere, F.
Castéran, P.
Clément, L.
Dicky, A.
Durand, I.
Fleury, E.
Gimbert, H.
Griffault, A.
Herbreteau, F.
Janin, D.
Lapoire, D.
Leroux, J.
Ly, O.
Marlet, R.
Mazoit, F.
Moot, R.
Musumbu, K.
Rao, M.
Renault, D.
Salvati, S.
Sutre, G.
Vincent, A.
Henry, P.
Point, G.
Total ETPC 2 : 23
PR
PR
PR
PR
PR
PR
PR
DR
DR
PR
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
CR
MCF
MCF
MCF
MCF
CR
MCF
CR
MCF
CR
MCF
CR
MCF
CR
CR
MCF
IGR
IGR
IUT
U. Bordeaux
ENSEIRB
ENSEIRB
U. Bordeaux
U. Bordeaux
U. Bordeaux
CNRS
CNRS
U. Bordeaux
IUT
U. Bordeaux
U. Bordeaux
U. Bordeaux
U. Bordeaux
U. Bordeaux
U. Bordeaux
CNRS
U. Bordeaux
ENSEIRB
ENSEIRB
ENSEIRB
CNRS
IUT
INRIA
U. Bordeaux
CNRS
U. Bordeaux
CNRS
ENSEIRB
INRIA
CNRS
ENSEIRB
U. Bordeaux
CNRS
1
×
×
Vice-Pr. DAI U. Bordeaux
Dir. relations int’l ENSEIRB
×
Dir. formation doctorale Info.
××
1
1 ××
×
1
×
××
×
1
××
×
1
×
1
×
1 ×
×
1
××
1 ××
1
×
××
1
×
×
×
×
Dir. dépt. Informatique
×
×
×
×
1
×
×
×
1
×
×
×
××
×
×
××
1 ×
×
×
( PR: 8 DR: 2 MCF: 16 CR: 7 IGR: 2)
6.1.2
193
Non permanents
Nom
Nom
Arrivée-Départ
Abbas, S.
Amblard, M.
Anoun, H.
Aucouturier, N.
Bernet, J.
Bonato, R.
Bourreau, P.
Briand, X.
Caniart, N.
Chen, R.
Chervet, P.
Chucri, F.
Derbel, B.
Facchini, A.
Filou, V.
Fratani, S.
Frechot, J.
Hamid, B.
Hamid, H.
Heussner, A.
Kanté, M.
Loulou, M.
Mery, B.
Nguena Timo, O.-L.
Ossamy, R.
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
2005-2008
2003-2007
2003-2007
20082001-2006
2002-2006
2007-2006
20062002-2007
200620072002-2006
20072008-2005
-2007
2003-2007
2005-2009
20082005-2008
200520062003-2005
Arrivée-Départ
Renault, D.
Sagaspe, L.
Sylvestre, M.
Tounsi, M.
Tran, T.-Q.
Vinogradova, N.
Voisin, E.
Fratani, S.
Hamdi, H.
Kanté, M.
Levet, F.
Méhats, L.
Tran, T.-Q.
Barany, V.
Berwanger, D.
Gaspers, S.
Kufleitner, M.
Kobele, G.
Lin, Z.
Porello, D.
Strejcek, J.
Vanrullen, T.
Aguerre, C.
Ouaba, J.
Thiebaut, J.
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
ATER
ATER
ATER
ATER
ATER
ATER
Post-doct
Post-doc
Post-doct
Post-doc
Post-doc
Post-doc
Post-doc
Post-doc
Post-doc
IGR
IGR
IGR
-2005
2004-2008
200820092004-2009
20082004-2008
2006-2007
2008-2009
2008-2009
2006-2007
2008-2009
2008-2009
2007-2008
2005-2006
20092006-2007
2006-2007
20092007-2008
2005-2006
2006-2007
200920082007-2008
Total1 ETPC: 24,2
6.1.3
Nom
Andouard, P.
Ben-Zakour, A.
Arrivée-Départ
Doct
Doct
20062009-
Nom
Bernard, R.
Thuillet, C.
Total1 ETPC: 1,7
Arrivée-Départ
Doct
Doct
20062008-
6.2
194
L’équipe Méthodes Formelles 3 est active dans plusieurs domaines de l’informatique fondamentale et appliquée. Son travail s’articule autour de trois thèmes : Informatique Linguistique (IL),
Logiques, Graphes et Langages (LGL), Modélisation et Vérification (MV). Le groupe comprend
33 chercheurs permanents : 8 PR, 16 MdC, 2 DR, 7 CR. La visibilité de ses membres ainsi que la
qualité des résultats obtenus confère à cette équipe un rôle majeur dans le paysage informatique,
en France comme sur le plan international.
L’équipe a été créée en 2005 à partir de deux groupes préexistants, L3A et MVTSI, et du
projet INRIA SIGNES. Depuis 2005, elle a accueilli : 2 PR, 4 MdC, 3 CR CNRS, 1 CR INRIA, et
tout récemment 1 DR CNRS. Durant la même période, elle a perdu 2 PR et 1 MdC. Le départ le
plus triste a été le décès prématuré de Bertrand Le Saëc. Un nombre appréciable de nominations
CNRS et INRIA, ainsi qu’un nombre significatif de visiteurs, sont une indication supplémentaire
de l’attractivité de ce groupe.
Le spectre des intérêts scientifiques de l’équipe est large. Le groupe est un centre d’expertise
en théorie des langages, théorie des automates, grammaires formelles, décompositions de graphes,
combinatoire des monoïdes et des groupes, systèmes distribués, vérification de systèmes infinis,
et différents types de formalismes logiques : logique du second ordre monadique, logique linéaire,
logique de programmes. L’équipe contribue de façon significative au développement de fondations
théoriques solides pour des domaines d’application variés. Ceci est clairement visible plus loin
dans ce texte : d’une part, dans la présentation des résultats saillants ; d’autre part, en ce qui
concerne l’activité importante de développement de logiciels. Trois séminaires hebdomadaires de
haute qualité constituent une part essentielle de la vie du groupe. On peut aussi mentionner
le séminaire hebdomadaire “Algorithmique distribuée”, conjoint avec l’équipe “Combinatoire et
Algorithmique”.
La qualité des membres de l’équipe et l’impact des résultats obtenus sont attestés par deux
nominations IUF en 2007, ainsi que par un grand nombre d’exposés invités dans des conférences
et des écoles. On peut citer, parmi les plus récents : FOSSACS’08, ICALP’08, EuroComb’09. Les
membres du groupe sont éditeurs de 8 journaux internationaux(6.8) de haute qualité, et ont été
présidents de comités de programme de conférences de premier plan(6.8) , comme : STACS’07,
STACS’08, ICALP’08, ESSLLI’09. Ils coordonnent également 2 groupes de travail de programmes
GDR(6.10) .
L’équipe est impliquée dans un nombre significatif de coopérations nationales et
internationales(6.10) . Elle a par tradition des liens étroits avec l’équipe “Combinatoire et Algorithmique”. Ils sont attestés, entre autres, par le projet VISIDIA et par des collaborations autour
des schémas d’étiquetage de graphes. Des coopérations actives avec les équipes LSR et MaBioVis
sont formalisées au travers de projets communs et de thèses en co-direction. L’équipe collabore
avec un nombre très conséquent de laboratoires de premier plan en France. En particulier, elle
a participé à 15 projets de type ANR/ACI durant la période de référence. Le groupe a coordonné plusieurs projets bilatéraux, notamment un projet Franco-Indien. Il a été l’un des 8 sites
du programme EU-RTN GAMES, et est maintenant l’un des trois principaux sites du Programme
de recherche GAMES de la Fondation Européenne pour la Science ESF, qui regroupe 12 pays
européens.
L’implication dans l’organisation et l’évaluation de l’activité scientifique a été considérable.
L’équipe a été présente dans un nombre remarquable de comités de programme de conférences
majeures(6.8) . Elle a récemment organisé deux conférences de premier plan (STACS’08 et ESSLLI’09) ainsi que plusieurs workshops(6.8) . Les membres de l’équipe ont participé à l’évaluation de
laboratoires et à d’autres comités nationaux(6.8) .
La collaboration avec des partenaires industriels s’organise autour de projets ANR, ainsi que
via des contrats directs(6.11) . Le projet AltaRica offre un langage de modélisation et un ensemble
d’outils, bien connus dans l’industrie aérospatiale. Durant la période de référence, l’équipe a coordonné 4 thèses CIFRE (Airbus, EADS, TURBOMECA) et 17 stages de master autour de ce
3. Ce texte résume les activités de l’équipe en 5 pages. Un bilan plus detaille de chacun de thèmes est disponible
à l’addrese http://www.labri.fr/index.php?n=MF.MF
195
système. Le projet VISIDIA a donné lieu à 3 thèses CIFRE (SERMA, EADS, 2MORO). Il y a
également des thèses CIFRE en collaboration avec EADS et SERMA dans d’autres contextes.
Trois projets ANR – SPACIFY, BINCOA, et RIMEL – ont des collaborations directes avec des
industriels.
Les activités de formation, au niveau master ou doctoral, ont aussi été considérables(6.12) (20
thèses). Les membres de l’équipe ont donné des exposés dans plusieurs écoles d’été internationales.
Ils ont participé activement à l’élaboration d’un programme et à la mise sur pied d’un master au
Pôle Universitaire Français à Ho Chi Minh, Vietnam. Le groupe a accueilli pour des stages un
flux continu d’élèves des ENS, ainsi que des étudiants Indiens parmi les tous premiers classés,
provenant des IIT.
Sélection de résultats saillants
La nature des résultats présentés ci-dessous reflète la forte tradition de développement de
fondations solides, motivées par les applications, que ce soit la vérification, la linguistique, ou les
algorithmes distribués. Avec ces objectifs à l’esprit, l’équipe étudie les mots, arbres, et graphes
sous plusieurs perspectives. Ces objets élémentaires en informatique sont utilisés pour modéliser
des phénomènes variés, comme le comportement d’un système, la structure d’une phrase d’un
langage naturel, la topologie d’un réseau. Le désir de manipuler et d’exprimer les propriétés de ces
objets conduit à la théorie de la reconnaissabilité, à la logique, à l’algèbre, à l’étude de différents
formalismes d’automates, à la théorie des décompositions de graphes, à la théorie de la preuve.
L’expertise acquise est appliquée pour attaquer des problèmes comme la vérification de systèmes
infinis, la synthèse de contrôleurs, l’analyse syntaxique et sémantique des langages naturels.
Reconnaissabilité La théorie des langages est l’une des pierres angulaires de l’informatique.
L’algèbre joue ici un rôle central, car elle permet des descriptions fines de classes de langages.
Par exemple, le théorème de Schützenberger donne une caractérisation des langages définissables
au premier ordre par la propriété d’apériodicité de leur monoïde syntaxique. En conséquence, on
peut décider si un langage reconnaissable est définissable au premier ordre. Ce théorème a fourni
une forte impulsion pour le développement d’une approche très fructueuse en théorie des langages.
Ceci contraste avec la situation pour les classes de langages d’arbres, où il n’y avait jusqu’à peu
que des progrès très limités.
La caractérisation décidable des langages EF [Rs9] a été l’un des résultats ayant réactivé
l’intérêt pour ce sujet. Par la suite, une théorie algébrique des algèbres de forêts a été développée [Ou3, Cs7], ce qui a constitué un pas crucial, ayant permis un progrès substantiel récent dans
ce domaine de recherche.
Combinatoire des monoïdes et des groupes La résolution effective d’équations dans les
monoïdes et les groupes est un sujet classique, qui a de nombreuses applications. Les résultats
fondamentaux de Makanin montrent que ce problème est décidable pour les monoïdes libres et
les groupes libres. Dans d’autres monoïdes, le problème est indécidable. Cependant, on est encore
très loin de pouvoir obtenir une classification complète des monoïdes vis-à-vis de la décidabilité.
Il est donc intéressant de disposer de théorèmes de transfert, exprimant qu’une opération de
monoïdes ou de groupes préserve la décidabilité. Plusieurs résultats importants de ce type ont
été obtenus [Rs27, Cs37]. Le problème de minimisation de Whitehead est un autre problème
algorithmique central concernant les groupes (trouver un élément de taille minimale dans l’orbite
automorphe d’un mot, d’un mot cyclique ou d’un sous-groupe de type fini engendré dans un
groupe libre de rang fini). [Rs54] a donné le premier algorithme pour résoudre ce problème, qui est
polynomial à la fois par rapport à la longueur du mot d’entrée et par rapport au rang du groupe
libre.
Automates à pile L’article [Rs55] fournit une extension importante du résultat fondamental de décidabilité de l’équivalence de DPDA (deterministic pushdown automata). Il montre la
196
décidabilité de la bisimilarité entre deux graphes équationnels dont les degrés sortants sont bornés. Ce résultat généralise un bon nombre de résultats de décidabilité concernant la bisimilarité,
par exemple pour les automates à compteurs, ou pour les PDA (pushdown automata) sans état.
Itérées, ou d’ordre supérieur, les piles ont regagné de l’intérêt durant ces dernières années. L’article [Cs29] a donné une caractérisation de schémas récursifs d’ordre 2 par de tels automates, avec
une opération supplémentaire, appelée “panic”. Le résultat a été ensuite étendu à tous les ordres,
et l’opération elle-même reste un important objet d’étude. Les automates avec une pile itérée ont
été également utilisés pour caractériser des suites récursives de nombres, fournissant des résultats
surprenants et des méthodes nouvelles [Rs30, Ci11]. Entre autres, de nouvelles caractérisations de
suites N -rationnelles ont été obtenues.
Décompositions des graphes Les décompositions hiérarchiques sont essentielles pour l’algorithmique des structures finies. Elles induisent également des notions d’algèbres pour les graphes
et structures relationelles finis, qui à leur tour induisent des notions robustes de classes de graphes
reconnaissables et équationnelles. La décomposition de rang est un type relativement nouveau de
décomposition ayant des propriétés très intéressantes. Une algèbre associée à cette décomposition
a été développée, d’une part pour les graphes non dirigés [Rs19], d’autre part pour les graphes
dirigés. Les algorithmes d’approximation polynomiaux de Hlinený et Oum ont été étendus aux
graphes dirigés. La thèse de M. Kanté [Au41] contenant ces résultats a obtenu en 2009 le “prix
de thèse” de l’Université de Bordeaux. Alors qu’il est NP-complet de calculer des décompositions
d’arbres optimales, l’article [Rs41] donne des algorithmes polynomiaux pour certaines classes de
graphes. La largeur de rang et la largeur arborescente au plus k sont définies par l’existence de
décompositions particulières. Inversement, des théorèmes de dualité fournissent des obstacles combinatoires à l’existence de décompositions. Un cadre général pour prouver ces théorèmes de dualité
a été proposé [Rs3]. Ce cadre unifie des résultats connus et permet d’en prouver de nouveaux.
Expressivité de la logique du second ordre monadique L’un des résultats les plus marquants a été la résolution d’une conjecture de Seese [Rs20]. Elle exprime que tout ensemble de
graphes ayant une théorie monadique du second ordre décidable a une largeur de clique bornée.
Ce résultat établit un lien profond entre la logique et la combinatoire. Il utilise différents outils :
notion de mineurs dite vertex-minor, matroïdes, constructions provenant de [Rs11].
Jeux et synthèse Les systèmes interagissant avec un environnement peuvent souvent être modélisés de façon naturelle par des jeux. Dans ce cadre, le problème de synthèse se réduit habituellement au calcul d’une stratégie gagnante dans un tel jeu. Dans le cas de systèmes distribués,
les jeux en question sont souvent des jeux à information partielle, parfois à plus de deux joueurs.
L’article [Cs3] considère le cas difficile de jeux stochastiques à information partielle : bien que les
valeurs de tels jeux ne soient pas calculables, il montre que de nombreuses autres propriétés le
sont. De plus, il prouve que ces jeux sont qualitativement déterminés, c’est-à-dire déterminés en
termes d’existence de stratégies presque sûrement gagnantes. Dans une autre ligne de recherche,
une extension du cadre de Ramadge et Wonham à des processus non déterministes a été complètement examinée [Ou1]. Une classification des cas décidables/indécidables a été établie. Bien
qu’une extension de ce travail aux traces de Mazurkiewicz soit un problème notoirement difficile,
des progrès récents ont été faits dans cette direction [Cs24, Ou7].
Arithmétique de Presburger L’analyse de systèmes infinis repose sur la capacité d’exprimer
des propriétés quantitatives. L’arithmétique de Presburger, ainsi que les automates reconnaissant
les codages binaires de nombres (NDD) sont deux méthodes standard fournissant une telle représentation. Chacune de ces méthodes a ses avantages et ses inconvénients, et il est donc très
pertinent d’étudier les relations entre les deux. L’article [Cs30] fournit un résultat majeur dans ce
domaine : il résout le problème de construction en temps polynomial d’une formule à partir d’un
NDD donné. L’intérêt de cette ligne de recherche a été confirmé par un autre résultat fondamen-
197
tal [Rs38], qui affirme que les propriétés Presburger définissables sont des propriétés structurelles
des NDD.
Méthodes d’accélération, FASTER et TaPAS L’accélération est une méthode pour calculer
une sur-approximation de l’ensemble des états accessibles. Plusieurs travaux [Ca15, Ra6, Ca68]
ont introduit et étudié le cadre de l’accélération dite plate. Il a été montré, entre autres, que
la plupart des classes connues de systèmes où l’accélération est effective tombent dans ce cadre.
L’outil FAST qui implémente les méthodes d’accélération a été étendu pour aboutir à l’outil plus
modulaire FASTER [Cs1]. En parallèle, une collection de programmes pour manipuler les formules
de Presburger, TaPAS, a été développée [Cs33]. En particulier, cette suite logicielle contient une
implantation de l’algorithme décrit au paragraphe précédent, transformant un NDD en formule
de Presburger équivalente. Des expérimentations très encourageantes avec TaPAS et FASTER
promettent de nouvelles possibilités de résolution de formules de Presburger, en utilisant des
méthodes d’accélération.
Grammaires logiques et de réécriture Deux familles de grammaires sont utilisées pour le
langage naturel : les grammaires de réécriture (de chaînes ou d’arbres) comme les grammaires
minimalistes et les grammaires catégorielles comme les grammaires de Lambek, où une dérivation est une preuve dans une logique sous-structurelle. Leurs avantages sont complémentaires : les
premières décrivent des classes de langages riches et disposent d’algorithmes d’analyse efficaces
tandis que les secondes permettent d’associer à la phrase analysée une formule logique représentant
son sens. L’équipe a obtenu plusieurs résultats reliant des grammaires de l’une et l’autre famille
notamment dans le cadre unificateur des grammaires catégorielles abstraites (ACG). L’équipe a
trouvé une représentation fidèle des grammaires minimalistes en logique linéaire partiellement
commutative [Au1], ainsi que comme une ACG [Ca65]. Il a également été démontré qu’une grammaire non associative de Lambek peut être représentée fidèlement par une ACG d’ordre 2 [Ca99].
Entre autres conséquences, ce résultat permet d’importer dans les grammaires catégorielles abstraites les analyses des phénomènes grammaticaux formulées dans le formalisme plus classique des
grammaires de Lambek.
Vers un modèle logique de l’analyse sémantique Les modèles formels de la sémantique du
langage naturel sont relativement pauvres et méconnus si on les compare à ceux utilisés pour sa
syntaxe. La sémantique de Montague, plutôt satisfaisante du point de vue formel, reste incapable
d’exprimer la polysémie ou les relations entre significations. À l’autre extrême, les sémantiques
lexicales sans structures, et en particulier sans structure argumentale, n’ont pas de règles de
composition pour calculer la signification d’entités composées. Nous avons proposé une notion de
lexique sémantique comme un raffinement de la sémantique de Montague [Rs5] : en plus du lambdaterme usuel représentant la structure argument d’un mot, le lexique associe aussi des lambdatermes permettant au mot de changer son type et d’être relié à ses autres significations possibles.
Le lambda-calcul du second ordre est utilisé pour anticiper les changements de type dépendant des
types affectés aux autres mots. Ceci fournit un algorithme correct de calcul du sens d’expressions
composées, que ce soit en utilisant les aspects pertinents du sens lors de la composition (qualia
exploitation) ou en produisant exactement les sens correspondants à des coprédications possibles
et en bloquant celles qui ne le sont pas – tâche pour laquelle les modèles actuels ne proposaient
aucun d’algorithme.
Grail Le système Grail est un analyseur syntaxique pour les grammaires catégorielles, qui produit une sémantique d’une phrase sous la forme d’un lambda-terme typé. Ces termes sont obtenus
à partir de réseaux de preuves : des représentations de preuves sous la forme d’un (hyper-)graphe.
Le système porte principalement sur le néerlandais parlé (NWO Dutch Spoken corpus), et utilise
un lexique extrait à partir d’un corpus d’un million de mots et 130 000 phrases annotées par des
graphes d’analyse syntaxique. Grâce à la taille du corpus à partir duquel on fait l’extraction, le
nombre de graphes dans le lexique extrait suffit pour analyser de larges ensembles de phrases. En
198
revanche, comme le nombre de graphes pour la plupart des mots usuels est élevé, le système utilise
des méthodes statistiques pour trouver les suites de graphes les plus probables pour une phrase et
ce sont les n suites les plus probables qui sont analysées. Suivant les paramètres, et en particulier
le n, le pourcentage de mots recevant une catégorie correcte varie entre 81% et 98% . Cela place ce
système au premier rang des logiciels d’acquisition de la syntaxe et d’analyse syntaxique profonde,
aux côtés de celui de Hockenmaier (Urbana-Champaign). Un travail similaire sur le français à
partir du corpus arboré du Monde est en cours.
AltaRica Le langage AltaRica a été conçu au LaBRI à la fin des années 90. Il permet de modéliser des systèmes informatiques de façon hiérarchique et modulaire, et est à la base d’une suite
d’outils pour vérifier des propriétés de tels systèmes. Ce langage et sa suite d’outils associée sont
devenus graduellement bien connu dans l’industrie. Une variante du langage est utilisée dans l’outil commercial OCAS, développé par Dassault. C’est aussi le langage d’entrée de l’outil SIMFIA
d’EADS. L’entreprise Thales a étudié l’utilisation de ce langage, et a acheté plusieurs licences de
l’outil OCAS. Depuis 2005, les outils AltaRica ont été complètement réécrits en utilisant la technologie des BDD (Binary Decision Diagrams). Un nouveau simulateur et un nouveau compilateur
vers Lustre ont été ajoutés [Au60]. Au total, durant la période de référence, il y a eu 4 thèses
CIFRE sur ce sujet et 17 stages de master dans l’industrie.
Faits marquants
– Deux nominations IUF 2007 (un membre senior et un membre junior). Nombreux exposés
invités à des conférences réputées et des évènements prestigieux (colloques à l’honneur de
Hubert Comon, Gérard Huet, P.S.Thiagarajan, Wolfgang Thomas).
– Le projet européen GAMES, issu du RTN Networking Programme (2002-2006). Ce projet à
important impact international a trouvé une excellente continuation dans le réseau européen
ESF, qui regroupe douze pays et dont le LaBRI est un des trois coordinateurs principaux.
Le projet franco-indien TIMED-DISCOVERI a coordonné une forte collaboration entre des
laboratoires français et indiens qui comptent parmi les meilleurs de leur pays.
– Organisation de deux conférences majeures en informatique, STACS’08 et ESSLII’09.
– Neuf thèses CIFRE avec des partenaires industriels variés.
6.3
Visibilité
total
Conférence:
Comité de pilotage
8
28
7
11
19
8
7
dont 8 int’l
dont 28 int’l
dont 6 int’l
dont 8 int’l
dont 17 int’l
6.4
199
Jurys
Thèse (hors LaBRI)
Concours
Jury de prix
6.5
total
6
36
18
3
Officialisées
Attestées
Autres
Invités
Invitation
total
10
29
25
19
4
Logiciels déposés
total
15
5
-
6.6
Thèses et HDR
HDR LaBRI
Thèse LaBRI
Thèse co-tutelle
total
3
15
5
dont 3 étrangères
BIBLIOGRAPHIE – MF
6.7
6.7.1
200
Publications de l’équipe mf
Synthèse
Équipe mf
Revues
Conférences
Ouvrages
Autres publications
sélection
55
42
invités
25
autres
32
107
total
87
174
10
71
342
6.7.2
Revues [ACL]
Sélection
( ACM Transactions on Computational Logic, Algorithmica, Annals of Pure and
Applied Logic, Discrete Applied Mathematics, Electronic Journal of Combinatories, Information and Computation, Information Processing Letters, International Journal of Algebra and Computation, Journal of Applied Logic, Journal
of Combinatorial Optimization, Journal of Logic Language and Information,
Journal of the ACM, Logical Methods in Computer Science, SIAM Journal on
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[hal-00306428]
[hal-00414326]
[hal-00306291]
[inria-00408308]
[hal-00164584]
[hal-00353629]
[hal-00393023]
[hal-00335736]
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[hal-00335730]
[hal-00353623]
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[Au32] J. Duparc and A. Facchini, The topological complexity of models of the modal µ-calculus : On
the alternation free fragment and beyond. 2005.
[Au33] J. Duparc, A. Facchini, and F. Murlak, Linear game automata : Decidable hierarchy problems
for stripped-down alternating tree automata. 2005.
[hal-00343900]
[hal-00396431]
[hal-00353285]
[inria-00088818]
[hal-00350470]
[hal-00341288]
[hal-00287223]
[inria-00000127]
[lirmm-00199916]
[hal-00344337]
[hal-00371705]
[hal-00413195]
[hal-00367746]
[hal-00144226]
[hal-00192579]
[inria-00271624]
[hal-00400435]
[hal-00400407]
[inria-00273765]
[inria-00408670]
[inria-00292155]
[hal-00306370]
[tel-00338594]
[hal-00132862]
[hal-00396433]
[hal-00373351]
[Au34] S. Fratani, Regular sets over extended tree structures. 2005.
[hal-00379256]
[Au35] S. Fratani, The theory of successor extended by several predicates. 2005.
[hal-00379251]
215
[Au36] F. Fomin, F. Mazoit, and I. Todinca, Computing branchwidth via efficient triangulations and
blocks, in 31st International Workshop on Graph-Theoretic Aspects in Computer Science (WG’05),
LNCS vol. 3787, Springer, 2005, pp. 374–384.
[Au37] C. Gavoille, B. Derbel, D. Peleg, and L. Viennot, Construction locale de sous-graphes
couvrants peu denses, in 10ièmes Rencontres francophones sur les aspects algorithmiques des télécommunications (AlgoTel), Saint-Malo, France, 2008, 2008, pp. 105–108.
[Au38] H. Gimbert, Randomized strategies are useless in Markov decision processes. 2005.
[Au39] H. Gimbert and F. Horn, Optimal strategies in perfect-information stochastic games with tail
winning conditions. 2005.
[Au40] M. M. Kante, The rank-width of directed graphs. 2005.
[Au41] M. M. Kanté, Graph Strucurings : Some Algorithmic Applications, PhD thesis, Université
[Au42] M. Kufleitner and P. Weil, On the lattice of sub-pseudovarieties of DA. 2005.
[Au43] M. Kufleitner and P. Weil, On recognizable trace languages, in Conference AutoMathA 2007 :
Automata from Mathematics to Applications, 2007.
[hal-00085562]
[hal-00368035]
[hal-00403463]
[hal-00341289]
[hal-00333902]
[tel-00419301]
[hal-00376641]
[hal-00157974]
[Au44] J. Leroux, Least significant digit first Presburger automata. 2005.
[hal-00118748]
[Au45] J. Leroux, Structural Presburger-definable digit vector automata, tech. rep., 2005.
[inria-00000039]
[Au46] O. Ly and L. Goubin, Sûreté de fonctionnement et sécurité des algorithmes cryptographiques,
Multi-system & Internet Security Cookbook (MISC), 42 (2009), p. 6.
[Au47] A. Legrand, F. Mazoit, and M. Quinson, An application-level network mapper, tech. rep.,
2005.
[Au48] L. Lyaudet, F. Mazoit, and S. Thomasse, Partitions versus sets : a case of duality. 2005.
[Au49] R. Marlet, Spécialiser les programmes, spécialiser les langages. Habilitation à diriger les recherches (Université de Bordeaux 1), 2007.
[Au50] B. Mery, Lexique organisé pour la composition sémantique, in Journées Sémantique et Modélisation, 2009.
[Au51] B. Mery, M. Amblard, I. Durand, and C. Retoré, A case study of the convergence of mildly
context-sensitive formalisms for natural language syntax : from minimalist grammars to multiple
context-free grammars, tech. rep., 2005.
[Au52] B. Mery, C. Bassac, and C. Retoré, A montagovian generative lexicon, in 12th conference
on Formal Grammar (FG 2007), 2007.
[hal-00353222]
[inria-00071214]
[hal-00345894]
[inria-00407829]
[inria-00408314]
[inria-00117306]
[inria-00287340]
[Au53] R. Moot, Filtering axiom links for proof nets, tech. rep., 2005.
[inria-00413332]
[Au54] R. Moot, Type-logical and hyperedge replacement grammars, tech. rep., 2005.
[inria-00413340]
[Au55] R. Moot, Proof nets for display logic. Draft paper of a proposal to use proof nets for display
logic by generalising techniques used for the multimodal Lambek calculus, 2007.
[Au56] R. Moot, P. Blache, E. Stabler, and J. Busquets, Logical aspects of computational linguistics, proceedings of the 5th international conference lacl 2005. 2005.
[Au57] O. L. Nguena Timo, The logic WT_mu. 2005.
[Au58] O. L. Nguena Timo and P.-A. Reynier, On characteristic formulae for event-recording automata. 2005.
[Au59] G. Point, The synthesis toolbox - from modal automata to controller synthesis. 2005.
[Au60] G. Point and A. Griffault, On the partial translation of lustre programs into the AltaRica
language and vice versa. 2005.
[inria-00186911]
[inria-00414023]
[hal-00383062]
[hal-00383203]
[hal-00349874]
[hal-00349898]
[Au61] M. Rao, New decompositions of 2-structures. 2005.
[hal-00141480]
[Au62] C. Retoré, The logic of categorial grammars : Lecture notes, tech. rep., 2005.
[inria-00070313]
[Au63] C. Retoré, Syntaxe et traitement automatique des langues, tech. rep., 2005.
[inria-00070547]
[Au64] S. Salvati, Parsing tag with abstract categorial grammar., in TAG+8 : Workshop On Tree Adjoining Grammar And Related Formalisms, 2006.
[inria-00334009]
[Au65] P. Silva and P. Weil, Automorphic orbits in free groups : words versus subgroups. 2005.
[hal-00324544]
[Au66] R. Strandh and I. Durand, Architecture de l’ordinateur, Dunod, 2005.
[hal-00338556]
216
[Au67] B. Sagot, L. Clément, É. De La Clergerie, and P. Boullier, Vers un méta-lexique
pour le français : architecture, acquisition, utilisation, in Journée ATALA sur l’interface lexiquegrammaire, 2005.
[Au68] M. Tounsi, A. Hadj Kacem, M. Mosbah, and D. Méry, A refinement approach for proving
distributed algorithms : Examples of spanning tree problems, in Integration of Model-based Formal
Methods and Tools - IM_FMT’2009 - in IFM’2009, 2009.
[Au69] J. Vanier, C. Bassac, P. Henry, R. Marlet, and C. Retoré, Toward a knowledge representation model dedicated to the semantic analysis of the sentence, tech. rep., 2005.
[Au70] P. Weil and S. Albers, Proceedings of the 25th annual symposium on theoretical aspects of
computer science - STACS 2008. 2008.
[Au71] P. Weil and W. Thomas, Proceedings of the 24th annual symposium on theoretical aspects of
computer science. 2007.
[hal-00413192]
[hal-00361933]
[inria-00084245]
[hal-00374562]
[hal-00374559]
ANNEXE – MF
6.8
6.8.1
217
Comité de pilotage
– ESSLLI (European Summer School in Logic, Language and Information), C. Retoré (20072008)
– ICGT (International Conference on Graph Transformation), M.Mosbah
– GAMES (EU Research and Training Network ), D. Janin, A. Muscholl, I. Walukiewicz
– GAMES (ESF Research Networking Programme), I. Walukiewicz
– MOVEP (MOdelling and VErifying parallel Processes), Sutre (2006, 2008)
– STACS (International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science), P. Weil, A.
Muscholl
– JFLA Journées francophones des langages applicatifs, P. Castéran (2005 à 2009)
6.8.2
– Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science : A. Muscholl (éditrice depuis
2002), P. Weil (depuis 1996)
– Fundamenta Informaticae : I. Walukiewicz (éditeur depuis 2007)
– La Gazette des mathématiciens Retoré (éditeur depuis 2008)
– Information Processing Letters : A. Muscholl (éditeur depuis 2008)
– Information and Computation : B. Courcelle (éditeur depuis 1992)
– LIPIcs “Leibniz International Proceedings in Informatics” : P. Weil (éditeur depuis 2009)
– Logical Methods in Computer Science : B. Courcelle (éditeur depuis la création de la revue,
2005)
– Theoretical Informatics and Applications : P. Weil (éditeur depuis 2008)
– Groups, Complexity and Cryptography : P. Weil (éditeur depuis la création de la revue,
2007)
– Special Issue FOSSACS’04, eds. I. Walukiewicz (Theoretical Informatics and Applications,
Vol. 39 No. 3 (2005))
– LACL‘2005 LNAI/LNCS 3492 eds. Ph. Blache E. Stabler, J. Busquets, R. Moot
– Proceedings of STACS’07, eds. W. Thomas, P. Weil
– Special Issue STACS’07, eds. W. Thomas, P. Weil, (Theory of Computing Systems, à paraître)
– Proceedings of STACS’08, eds. S. Albers, P. Weil
– Special Issue STACS’08 , eds. S. Albers, P. Weil, (Theory of Computing Systems, à paraître)
– Proceedings of ICALP’08, eds. L. Aceto, I Damgard, L.A. Goldberg M. Halldorsson A.
Ingolfsdottir, I. Walukiewicz
– Special Issue ICALP’08, eds. G. Castagna, I. Walukiewicz (Logical Methods in Computer
Science, à paraître)
– Technique et Science Informatiques : A. Griffault (éditeur depuis 2009)
– Traitement Automatique des Langues : C. Retoré (éditeur depuis 2001, rédacteur en chef
depuis 2004)
6.8.3
– STACS’07, (co-presidence Weil) ; Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science
– STACS’08, (co-presidence Weil) ; Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science
– ICALP’08, (presidence track B Walukiewicz) ; International Colloquium on Automata, Languages and Programming
– ESSLLI’09, (co-presidence Moot) ; European Summer School in Logic, Language and Information
– CRISIS’09, (co-presidence Mosbah) ; International Conference on Risks and Security of Internet and Systems
ANNEXE – MF
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
218
JSM’06, (co-presidence Retoré) ; Journées de sémantique et modélisation
GCM’06, (co-presidence Mosbah) ; Workshop on Graph Computation Models
GCM’08, (co-presidence Mosbah) ; Workshop on Graph Computation Models
CIAA’09 ; Conference on Implementation and Application of Automata
CRISIS’08 ; International Conference on Risks and Security of Internet and Systems
CONCUR’05 ’06 ’08 ; International Conference on Concurrency Theory
CSL’07, 09 ; Annual Conference on Computer Science Logic
DLT’09 ; International Conference on Developments in Language Theory
ELS’08, 09 ; European Lisp Symposium
ESSLLI’05 ; European Summer School in Logic, Language and Information
FOSSACS’05, 06, 08 ; Foundations of Software Science and Computation Structures
FSTTCS’05, 09 ; Foundations of Software Technology and Theoretical Computer Science
FCT’09 ; International Symposium on Fundamentals of Computation Theory
FG’08, 09 ; Conference on Formal Grammar
HLT-EMNLP’05 ; Human Language Technology Conference Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing
HTL-NAACL’06, 09 ; North American Chapter of the Association for Computational Linguistics - Human Language Technologies Conference.
ICALP’06, 08, 09 ; International Colloquium on Automata, Languages and Programming
ICGT’08 ; International Conference on Graph Transformation
IJCNLP’09 ; International Joint Conference on Natural Language Processing
LICS’05, 07 ; IEEE Symposium on Logic in Computer Science
LACL’05 ; Logical Aspects of Computational Linguistics
MFCS’05, 06 ; International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science
MOL’07 ; Mathematics of Language
OPODIS’08 ; International Conference On Principle Of DIstributed Systems
PODS’08 ; Principles of Database Systems
SOFSEM’09 ; Current Trends in Theory and Practice of Computer Science
SECRYPT’09, International Conference on Security and Cryptography
TALN’06 09 ; Traitement Automatique des Langues Naturelles
TCS’08 ; IFIP International Conference on Theoretical Computer Science
6.8.4
– LACL (International Conference on Logical Aspects of Computational Linguistics), Bordeaux, 28-30 avril 2005
– MOVEP (MOdelling and VErifying parallel Processes), Bordeaux, Juin 2006
– AltaRica (Troisième AltaRica Workshop), Bordeaux, 27-28 novembre 2007
– STACS ’08 (International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science Bordeaux), Février 2008
– Workshop AutoMath (A Developments and New Tracks in Trace Theory), Cremone 9-11
Octobre 2008
– Dagstuhl seminar (Beyond the Finite : New Challenges in Verification and Semistructured
Data), Dagsuhl, 2008
– Workshop Automata, Concurrency and Timed Systems, Chennai, janvier 2009
– ESSLLI ’09 (European Summer School in Logic, Language and Information 2009), Bordeaux,
20-31 Juillet 2009
– JSM-ALSLN (Atelier logique et sémantique du langage naturel), Bordeaux, 27-29 mars 2006
– JSM (Journées Sémantique et Modélisation), Bordeaux, 30-31 mars 2006
– Journées GDR IM GT Jeux, Bordeaux, mai 2008
6.8.5
– Evaluation du laboratoire :IBISC 2006, (I. Walukiewicz)
ANNEXE – MF
–
–
–
–
–
–
–
Evaluation du laboratoire :LIF 2007, (C. Retoré)
Evaluation du laboratoire :IRISA 2007, (P. Weil)
Evaluation du laboratoire :ATILF 2008, (C. Retoré)
Evaluation du laboratoire :IPN 2008, (C. Retoré)
Evaluation du laboratoire :UMR-I Alpage INRIA-Paris 7 2008, (C. Retoré)
Comité évaluation ANR : 2008, Défis (A. Muscholl)
Comité MENRT Sciences et Technologies du Logiciel : 2008, (A. Muscholl)
6.8.6
–
–
–
–
–
–
–
Christof Loeding, HDR, (RTW Aachen, 2009) (I. Walukiewicz)
Tomasz Jurdzinski, HDR, (Wroclaw University, 2009) (I. Walukiewicz)
Manfred Kufleitner, Thèse, (Stuttgart, 2006) (P. Weil)
Roberto Bonato, Thèse, (Verona, 2006) (C. Retoré,G. Sénizergues)
Nicole Hondrusch, Thèse, (Stuttgart, 2006) (G. Sénizergues)
Laura Giambruno, Thèse, (Palermo, 2007) (P. Weil)
Matteo Capelletti, Thèse, (Utrecht, 2007) (R. Moot)
6.9
Annexe B: Jurys
6.9.1
–
–
–
–
–
–
Isabelle Tellier (Lille 2005) (C. Retoré)
Serge Burckel (St Denis de la Réunion, 2005) (B. Courcelle, G. Sénizergues)
Stéphane Demri (ENS Cachan 2007) (I. Walukiewicz)
Luigi Santocanale (LIF, 2008) (I.Walukiewicz)
Patricia Bouyer (LSV Cachan, 2008) (A. Muscholl)
Malika More (LAIC Clermont-Ferrand), 2008 (A. Muscholl)
6.9.2
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Benjamin Lerman (LIAFA, 2005) (M. Zeitoun, I. Walukiewicz)
Sébastien Bardin (LSV Cachan), 2005 (G. Sutre)
Berke Durak (Paris, 2005) (G. Sénizergues)
Nicolas Baudru (LIF Marseille, 2005) (A. Muscholl)
Arnaud Carayol (IRISA, Rennes, 2006) (I. Walukiewicz)
Hugo Gimbert (LIAFA, 2006) (I. Walukiewicz)
Nathalie Bertrand (ENS Cachan, 2006) (I. Walukiewicz)
Raphaël Michel(LIUPPA, 2006) (P. Weil)
Erwan Moreau (Nantes, 2006) (C. Retoré)
Sylvain Degeilh (Montpellier, 2006) (C. Retoré)
Marie-Laure Guenot (Aix-en-Provence, 2006) (C. Retoré)
Jacques Klein (IRISA, 2006) (A. Muscholl)
Rémi Eyraud (St Etienne, 2006) (G. Sénizergues)
Sylvain Schmitz (Nice, 2007) (Sénizergues)
Christophe Crespelle (Montpellier, 2007) (B. Courcelle)
Julien Cabessa (LIAFA et Université de Lausanne, 2007) (P. Weil)
Fabrice Chevalier (LSV, 2007) (P. Weil)
Laura Chaubard(LIAFA, 2007) (P. Weil)
Alexandre Duret-Lutz LIP6(2007) (A. Griffault)
Véronique Moreau (Toulouse, 2007) (C. Retoré)
Jean-Baptiste Raclet , IRISA, Rennes, 2007 (A. Dicky)
Walid Belkhir (LIF, 2008) (I. Walukiewicz, B. Courcelle)
David Soguet (Orsay, 2008) (B. Courcelle)
219
ANNEXE – MF
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
220
Celine Raynal (Paris, 2008) (C. Retoré)
Sebastien Hinderer (Nancy, 2008) (C. Retoré)
Florian Horn (RWTH Aachen, 2008) (A. Muscholl)
Thomas Gazagnaire (IRISA, Rennes, 2008) (M. Zeitoun)
Arnaud Sangnier (LSV Cachan, 2008) (M. Zeitoun)
Tristan Le Gall (IRISA, 2008) (G. Sutre)
Rodrigo de Souza (Paris, 2008) (G. Sénizergues)
Stéphane Leroux (ENS Lyon, 2008) (C. Castéran)
Frank Sablé (Paris, 2008) (C. Retoré)
Jamil Ahmad (IRCCyN, 2009) (G. Sutre)
Guillaume Bagan Caen(2009) (B. Courcelle)
Marc Autord (Caen, 2009) (G. Sénizergues)
Achille Frigeri (Paris et Milan, 2009) (G. Sénizergues)
6.9.3
Prix
– Jury du prix thèse Ackerman (Courcelle : 2005-2008)
– Jury du prix thèse SPECIF (Retoré : 2007-2008)
– E.W. Beth Prize (prix de thèse international sur logic, language and information) (Retoré :
2005)
6.9.4
Concours
– Jury du concours d’entrée des ENS, informatique (Weil, Zeitoun : 2005, 2006 et 2007)
– Jury du concours d’entrée en 3ème année de l’ENS Cachan, informatique (Sutre : 2007 et
2008, Zeitoun : 2009)
– Jury agrégation de mathématique, option informatique (Zeitoun : 2006 à 2009)
– Jury d’admissibilité des Maîtres Assistants de l’École des Mines de Nantes (Marlet : 2008)
– Jury de recrutement des Maîtres Assistants de l’École des Mines de Nantes (Marlet : 2008)
– Jury admissibilité CR INRIA : Bordeaux 2008 et 2009 (A. Muscholl) , (Futurs 2005, Bordeaux
et Lille 2007, Bordeaux 2008 et 2009) Marlet
6.10
6.10.1
– GDR Informatique et Mathématiques ; A. Muscholl responsable GT Jeux
– GDR Génie de la Programmation et du Logiciel ; Pierre Castéran co-responsable GT Langages TYpes et Preuves
– GDR Jeux Théorie des Jeux : Modélisation Mathématique et Applications ; plusieurs
membres dans l’équipe
– GDR GPL Formalismes et Outils pour la Vérification et la Validation ; plusieurs membres
dans l’équipe.
– GDR Sémantique et modélisation ; plusieurs membres dans l’équipe.
– Timed-DISCOVERI ; Bilatéral France-Inde ; 2005-2008
– Automata and free groups ; Bilatéral France-Espagne ; 2007-2008
– Automata, profinite semigroups and symbolic dynamics ; Bilatéral France-Portugal ; 20062007
– GAMES ; Réseaux européens RTN ; 2002-2006 ; 8 pays européens
– GAMES ; ESF Research Networking ; 2008-2012 ; 12 pays européens
6.10.2
Attestées
– J. Almeida (Porto) ; co-publication
ANNEXE – MF
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
D. Berwanger (Aix-La-Chapelle) ; Co-publication
B. Boigelot (Liège) ; co-publication
M. Bojanczyk (Varsovie) ; co-publication
J. Blumensath (Darmstadt) ; co-publication
J. Costa (Braga) ; co-publication
A. Dawar (Cambridge) ; co-publication
T. Deis (Nebraska, USA) ; co-publication
V. Diekert (Stuttgart) ; co-publication
J. Duparc (Laussanne) ; co-tutelle
Z. Esik (Szeged) ; co-publication
F. Fomin (Bergen) ; co-publication
E. Graedel (Aix la Chapelle) ; co-publication
T. Knapik (Nouvelle-Calédonie) ; co-publication
S. Lasota (Varsovie) ; co-publication
M. Lohrey (Leipzig) ; co-publication
J. Meakin (Nebraska, USA) ; co-publication
A. Murawski (Oxford) ; co-publication
A. Myasnikov (Montréal) ; co-publication
A. Middeldorp (Insbrück) ; co-publication
D. Niwinski (Varsovie) ; co-publication
L. Ong (Oxford) ; co-publication
S. Oum (Corée) ; co-publication
A. Roig (Barcelone) ; co-publication
T. Schwentick (Dortmund) ; co-publication
P. Silva (Porto) ; co-publication
A. Twigg (Oxford) ; co-publication
P. Urzyczyn (Varsovie) ; co-publication
E. Ventura (Barcelone) ; co-publication
6.10.3
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Autres
Aix la Chapelle (E. Graedel, W. Thomas)
Barcelone (E. Ventura, G. Morrill)
Boston (H. Straubing)
Chennai (K. Lodaya, M. Mukund, N. Kumar)
Corée du Sud (S. Oum)
Darmstadt (A. Blumensath)
Haïfa (J. Makowsky)
Insbruck (A. Middeldorp)
Lausanne (J. Duparc)
Leipzig (D. Kuske, M. Lohrey)
Liège (B. Boigelot)
Lincoln, Nebraska (J. Meakin)
Leiden (J. Engelfriet)
Los Angeles (E. Stabler)
Munich (H. Seidl)
Oxford (A. Twigg)
Porto (J. Almeida, P. Silva)
Roma (M. Abrusci)
St Petersbourg (Y. Matiyasevich)
Stuttgart (V. Diekert)
Szeged (Z. Esik)
Tokyo (M. Kanazawa)
Utrecht (M. Moortgat)
221
ANNEXE – MF
222
– Vérone (D. Delfitto)
– Warsaw (D. Niwinski, M. Bojanczyk)
6.10.4
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Invités
Jorge Almeida ; Porto (Portugal) ; 2006 (1 mois), 2007 (1 mois)
Dietmar Berwanger ; Université (Allemagne) ; 2005 (1 mois), 2006 (1 mois)
Bernard Boigelot ; Liège (Belgique) ; 2005 (1 mois) ; 2 semaines Octobre 2005
Mikolaj Bojanczyk ; Varsovie (Pologne) ; 2009 (1mois)
Vaclav Brozek ; Brno (République tchèque) ; 2008 (1 mois)
José Carlos Costa ; Braga (Portugal) ; 2006 (1 mois), 2007 (1 mois)
Denis Delfito ; Université de Verona (Italie) ; 2008 (2 mois)
Annegret Habel ; Université d’Olbdenburg (Allemagne) ; 2008 (1 mois)
Marcin Jurdzinski ; Warwick (Grande-Bretagne) ; 2008 (1 mois)
Greg Kobele ; Berlin (Allemagne) ; 2006 (1 mois), 2007 (1 mois)
Manfred Kufleitner ; Stuttgart (Allemgne) ; 2006 (1 mois), 2007 (1 mois)
Dietrich Kuske ; Univ. Leipzig (Allemagne) ; 2006 (1 mois)
Markus Lohrey ; Univ. Leipzig (Allemagne) ; 2008 (1 mois)
Janos Makowsky ; Technion (Israël) ; 2006 (2 mois)
Michael Moortgat ; Université d’Utrecht (Pays-Bas) ; 2007 (2 mois)
Reinhard Muskens ; Université de Tilburg (Pays-Bas) ; 2006-2007 (6 mois)
Pawel Parys ; Warsaw Univeristy (Pologne) ; 2007-2008 (5 mois)
Helmut Seidl ; TU Munich (Allemagne) ; 2008 (1 mois)
Howard Straubing ; Boston (Etats-Unis) ; 2007 (1 mois)
6.10.5
Invitations
– Michel Bauderon : Attaché pour la Science et la Technologie Consulat Général de France
(Chine) ; 2005-2009 (4 ans)
– Aymeric Vincent : Université de Varsovie (Pologne) ; 2007-2008 (1 an CRCT)
– Pascal Weil : Indian Institute of Science New Delhi (Inde) ; 2007-2009 (2 ans)
– Marc Zeitoun : Université de Porto(Portugal) ; 2006-2008 (7 semaines)
6.11
6.11.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
AVERISS ; ANR SS ; 2007-2009
A3PAT ; ANR Blanc ; 2005-2008
BINCOA ; ANR LG ; 2009-2012
CAuLD ; ARC INRIA ; 2009-2010
Cryscoe ; ANR SS ; 2005-2008
DOCFLOW ; ANR Masses de Données ; 2007-2010
DOTS ; ANR SS ; 2007-2011
GRAAL ; ANR Blanc ; 2007-2009
ITIPY ; Région Aquitaine ; 2009-2012
MORSE ; RNTL ; 2004-2006
Mosaique ; ARC-INRIA ; 2005-2007
PRELUDE ; ANR Blanc ; 2007-2009
RHAPSODIE, ANR ; 2007-2011
RIMEL ; ANR SS ; 2007-2009
SPaCIFY ; ANR LG ; 2006-2009
ANNEXE – MF
6.11.2
223
– SOCIETE EADS ; Evaluation de composants crytographiques dans la PMR ; 2008-2010
– SOCIETE 2MORO ; Fouille de données hétérogènes distribuées ; 2009-2011
– SOCIETE THALES AVIONICS ; Etude de la démarche méthodologique pour l’ingénierie
dirigée par les modèles de systèmes avioniques ; 2008-2009
– SOCIETE THALES AVIONICS ; Etude autour de l’ingénierie des modèles et des techniques
formelles pour la sûreté de fonctionnement dans l’aéronautique ; 2008-2009
– SOCIETE SERMA TECHNOLOGIE ; Outils d’analyse de code pour évaluation sécuritaire ;
2006-2009
6.12
6.12.1
Habilitations
– Irène Durand (HdR, Université de Bordeaux I), "Call by need computations in orthogonal
term rewriting systems", Juillet 2005
– David Janin (HdR, Université de Bordeaux I), "Contributions aux fondements des méthodes
formelles : jeux, logique, et automates", Fécembre 2005
– Renaud Marlet (HdR, Université de Bordeaux I), "Spécialiser les programmes, spécialiser
les langages", Novembre 2007
6.12.2
Thèses
– Sévrine Fratani (directeur : Carrère, Senizergues), Automates à piles de piles . . .de piles,
Décembre 2005
– David Renault (directeurs : Narbel, Sénizergues), Étude des graphes planaires co-finis selon
leurs groupes de symétries, septembre 2005
– Rodrigue Ossamy (directeurs : Mosbah, Métivier) , An algorithmic and computational aspects to local computations, décembre 2005
– Roberto Bonato (directeur : Retoré), An Integrated Computational Approach to Binding
Theory, juin 2006, co-tutelle Université de Verona
– Xavier Briand (directeurs Arnold, Walukiewicz), Sur la décidabilité de certains problèmes
de synthèse de contrôleurs, juin 2006
– Julien Bernet (directeurs : Janin, Weil), Jeux discrets pour la synthèse et la validation de
processus communicants, novembre 2006
– Brahim Hamid (directeurs : Mosbah, Métivier), Techniques de tolérances aux pannes pour
les calculs locaux, juin 2007
– Maxime Amblard (directeur : Retoré), Calculs de représentations sémantique et syntaxe
générative : les grammaires minimalistes catégorielles, septembre 2007
– Bilel Derbel (directeurs : Mosbah, Métivier), Aspects locaux dans les algorithmes distribués,
décembre 2007
– Chen Rui (directeurs : Bauderon, Ly, Weil), Transformations et grammaires de graphes
basées sur l’opération de pull-back, décembre 2007
– Mamadou Mustapha Kanté (directeur : Courcelle), Graph Structurings : Some Algorithmic
Applications, décembre 2008. Prix de thèse 2008, Université de Bordeaux
– Shehla Abbas (directeurs : Mosbah, Zemmari), Calcul distribué à l’aide d’agents mobiles,
décembre 2008
– Hedi Hamid (directeur : Mosbah), Modélisation de politique de sécurité dans les systèmes
distribués, janvier 2009
– Shehla Abbas (Directeur : Mosbah, A. Zemmari), Calcul distribué par des agents mobiles,
decembre 2009
– The Quang Tran (directeurs : Herbreteau, Sutre, Walukiewicz), Unfolding based verification
of concurrent infinite state systems, juin 2009
6.12.3
– Houda Anoun directeurs : Lecomte (Paris 8), Castéran, Approche logique des grammaires
pour les langues naturelles, octobre 2007
– Mathias Samuelides (directeurs : Muscholl, Segoufin), Automates d’arbres à jetons, décembre
2007
– Florian Horn (directeurs : Muscholl, Thomas), Random games, novembre 2008
– Émilie Voisin (directeurs : Portine (Univ. Bordeaux 3), Marlet), Analyse syntaxique et formalisation d’énoncés en langue des signes française, novembre 2008
– Claire David (directeurs : Muscholl, Segoufin), Analyse de XML avec données non-bornées,
mai 2009
6.13
6.13.1
–
–
–
–
–
–
–
Autres
Responsable master recherche (M. Zeitoun)
Responsable de la Formation Doctorale (M. Mosbah)
Responsable deuxième année (Master 1), filière Informatique, ENSEIRB (D. Janin)
Responsable deuxième année (Master 1), filière RSI, ENSEIRB (D. Janin)
Co-responsable des Lecons de Mathématiques d’aujourd’hui(G. Sénizergues)
Responsable spécialité Algorithmes et méthodes formelles (C. Retoré)
Responsable des stages de master (L. Clément)
Équipe
Supports et AlgoriThmes pour les Applications
Numériques hAutes performanceS
(satanas)
Responsable: R. Namyst
• Équipe-projet ScAlApplix
Responsable: J. Roman
Mots-clés: Calcul haute performance, simulation numérique, applications complexes, algorithmique parallèle
• Équipe-projet Runtime
Responsable: R. Namyst
Mots-clés: Support exécutif, calcul haute performance, grappe de calcul, grille de calcul,
système d’exploitation
CHAPITRE 7. ÉQUIPE SATANAS
7.1
226
Composition
(au 31 août 2009)
E1 : Équipe-projet ScAlApplix
E2 : Équipe-projet Runtime
7.1.1
Permanents
Nom
Fonction
Thèmes
E1
Namyst, R.
Roman, J.
Vauquelin, B.
Aumage, O.
Coulaud, O.
Counilh, M.-C.
Denis, A.
Esnard, A.
Goglin, B.
Guermouche, A.
Henon, P.
Lepine, J.-M.
Mercier, G.
Pellegrini, F.
Ramet, P.
Thibault, Samuel
Wacrenier, P.-A.
Furmento, N.
Total ETPC 2 : 12
PR
PR
PR
CR
DR
MCF
CR
MCF
CR
MCF
CR
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
MCF
IGR
U. Bordeaux
ENSEIRB
U. Bordeaux
INRIA
INRIA
U. Bordeaux
INRIA
U. Bordeaux
INRIA
U. Bordeaux
INRIA
U. Bordeaux
ENSEIRB
ENSEIRB
U. Bordeaux
U. Bordeaux
U. Bordeaux
U. Bordeaux
E2
×
1
×
1
Dir. adjoint UFR
Délégué scientifique INRIA
Répartition dept. informatque Bdx1
×
×
1
1
×
1
×
×
×
×
Pr. Com. Moyens Info INRIA
×
Correspondant PSSI
1
×
1
1
1
1
×
×
Correspondant moyens informatiques
×
×
×
Resp. CREMI
( PR: 3 DR: 1 MCF: 9 CR: 4 IGR: 1)
7.1.2
227
Non permanents
Nom
Anciaux, G.
Augonnet, C.
Broquedis, F.
Brunet, E.
Chanaud, M.
Chevalier, C.
Cirou, B.
Clet-Ortega, V.
Diakhate, F.
Esnard, A.
Faverge, M.
Nom
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
-2007
200820072005-2008
2007-2007
-2005
20072007-2005
2006-
Fortin, P.
Fourestier, S.
Frincu, M.-E.
Gaidamour, J.
Moreaud, S.
Perache, M.
Thibault, S.
Richart, N.
Soumagne, J.
Trahay, F.
Arrivée-Départ
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
Doct
-2006
2008200820062007-2005
-2007
200520092006-
Total1 ETPC: 9
7.1.3
Nom
Abdelkhalek, R.
Dupros, F.
Arrivée-Départ
Doct
Doct
20082006-
Nom
Lathuillière, B.
Total1 ETPC: 1,7
Arrivée-Départ
Doct
2006-
7.2
228
L’équipe SATANAS est composée des deux Equipes-Projets RUNTIME et ScAlApplix communes à l’INRIA Bordeaux – Sud-Ouest, au PRES de Bordeaux et au CNRS (le LaBRI – Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique UMR 5800 pour les deux équipes et aussi l’IMB –
Institut Mathématique de Bordeaux UMR 5251 pour ScAlApplix). Elles s’intéressent de manière
complémentaire à la conception et au déploiement en vraie grandeur d’applications scientifiques
dans le domaine du calcul intensif hautes performances.
Le déploiement sur de grandes plates-formes parallèles et distribuées d’applications scientifiques complexes nécessitant d’importantes performances de calcul et de communication est un
défi scientifique majeur dans le paysage informatique actuel. C’est d’autre part un domaine stratégique fortement soutenu par : le Ministère ; l’ANR via ses appels répétés à propositions (CIGC,
CIS, COSINUS) ; le CNRS via l’Institut des Grilles ; l’INRIA qui a mis dans son Plan Stratégique
2008-2012 le thème “Modélisation, simulation et optimisation de systèmes dynamiques complexes” ;
l’Europe et les USA via les projets PRACE et IESP pour disposer à terme de puissances de calcul
pétaflopique en 2011 et hexaflopique à horizon 2014.
7.2.1
Supports exécutifs hautes performances (RUNTIME)
Runtime est une Équipe-Projet INRIA (EPI) depuis 2004 dont les recherches portent sur la
conception de supports d’exécution performants destinés à des matériels variés comme les grappes
et les grilles de calcul. Ces architectures parallèles connaissant des changements architecturaux
profonds, il est indispensable de bénéficier d’outils les exploitant au maximum. En effet, ces machines sont complexes, avec une multiplication des niveaux aussi bien en ce qui concerne les unités
de calcul (Nœud, Cœur, thread, GPU) que la mémoire (différents niveaux de cache, effets NUMA).
La conséquence est que ces machines deviennent naturellement hiérarchiques et hétérogènes. Les
objectifs des recherches poursuivies par Runtime sont multiples : d’une part garantir la portabilité
des performances des applications sur un éventail très varié d’architectures et d’autre part faciliter
la conception de ces applications parallèles. En particulier, les travaux de Runtime trouvent des débouchés naturels avec les standards actuels de programmation parallèle comme MPI ou OpenMP.
Les implémentations de ces standards utilisant les outils conçus par Runtime voient leurs performances significativement améliorées. Les thèmes sur lesquels Runtime a travaillé depuis 2005 sont
les communications sur grappes et grilles et le support efficace du multithreading.
Communications sur grappes et grilles
Runtime a une longue expérience des communications haute performance. Cette expérience a
été mise à profit pour créer NewMadeleine, notre bibliothèque de communication capable d’exploiter de façon générique une large gamme de réseaux rapides. NewMadeleine suit un schéma différent
des bibliothèques de communication traditionnelles : les communications sont dirigées par les cartes
réseau, de façon à découpler l’activité du réseau de l’application, permettant ainsi d’appliquer à la
volée des optimisations sur le flux de paquets (aggrégation de messages, distribution sur plusieurs
réseaux, réarrangement, etc.) La présence de plusieurs cartes réseaux dans les grappes de calcul
modernes permet aux applications de réduire le goulot d’étranglement traditionnel que sont les
communications réseau. Du fait de la généricité des pilotes réseau de NewMadeleine et des stratégies d’optimisation disponibles, il est possible d’exploiter plusieurs réseaux simultanément de
façon optimale.
Le développement des processeurs multi-cœurs et donc l’augmentation du nombre d’unités de
calcul dans les grappes mène à l’utilisation de threads par les applications. NewMadeleine supporte
les accès concurrents et en profite pour augmenter la portée de ses optimisations. Afin d’exploiter
efficacement les machines modernes, NewMadeleine utilise PIOMan comme moteur de progression.
PIOMan est un gestionnaire d’événements travaillant en collaboration avec l’ordonnanceur de
threads Marcel. NewMadeleine sous-traite la gestion des événements réseaux à PIOMan qui se
charge donc de faire progresser les communications en arrière-plan de façon transparente. PIOMan
229
fournit également à NewMadeleine un mécanisme d’exportation de tâches permettant d’effectuer
certaines opérations couteuses sur des unités de calcul inutilisées.
Les nombreux travaux de Runtime concernant les aspects relatifs aux communications ont
également influencé la conception des mises en oeuvre de standards de plus haut niveau, comme
MPI (Message Passing Interface). Si ces recherches concernant les implémentations ont débuté
depuis longtemps, il est à noter que Runtime est impliquée depuis 2005 dans la conception et
le développement de l’ une des principales implémentations libres de MPI-2 : MPICH2. Nous
avons notamment travaillé sur un nouveau sous-système de communication qui est maintenant
devenu l’un des éléments-clefs de la pile logicielle de MPICH2 : Nemesis. Le but de Nemesis est de
fournir des communications par mémoire partagée les plus efficaces possibles. Il s’agit donc d’un
élément complémentaire de NewMadeleine, cette dernière ne gérant que les communications réseau.
Nemesis sert de support exécutif pour MPICH2 (depuis la version 1.1) et est diffusé également
par Microsoft et Intel dans le cadre de leur offre logicielle concernant le standard MPI (offre basée
sur MPICH2).
Runtime a également travaillé à une intégration au-delà du cadre des grappes, vers les grilles
de calcul, et au-delà de l’interface MPI, vers les applications de couplage de codes, notamment via
CORBA. Cette intégration est réalisée par la plate-forme de communication PadicoTM, construite
à l’aide de composants logiciels, permettant à l’utilisateur d’assembler sa pile de communication
(pilote réseau, transformation de données, intergiciel) selon ses besoins. La plate-forme PadicoTM
a notamment été utilisée par l’équipe-projet Scalapplix dans sa plate-forme EPSN pour que les
communication CORBA puissent emprunter les réseaux haute performances, et par l’équipe-projet
GRAAL dans sa plate-forme DIET pour assurer une connectivité CORBA sur des réseaux nonroutés et dotés de pare-feux.
La convergence attendue entre les réseaux haute performance dédiés au calcul haute performance et les technologies traditionnelles de type Ethernet soulève la question de comment fournir
aux applications parallèles des communications efficaces sans support matériel avancé. Runtime
s’est attaqué à cette question en développant le logiciel Open-MX en collaboration avec la société
américaine Myricom. Ces travaux ont permis d’améliorer les performances des communications
dans les applications parallèles sans nécessiter la présence de support matériel avancé dans les
cartes réseau. Il a cependant également été montré que certaines modifications simples des technologies réseau traditionnelles pourraient permettre une amélioration des performances à moindre
coût. Le logiciel Open-MX propose ainsi une implémentation s’intégrant de manière transparente
dans les bibliothèques MPI existantes en s’adaptant aux capacités moindres du matériel réseau
sous-jacent. Les travaux dans Open-MX ont par ailleurs mis en évidence les lacunes des bibliothèques MPI concernant les communications par très grands messages à l’intérieur des machines.
Ceci a conduit à développer dans le cadre d’une collaboration avec Argonne National Laboratory
(qui héberge l’équipe de développement de MPICH2) le module KNEM dédié à améliorer la gestion de ces messages dans l’implémentation MPICH2. KNEM bénéficie de l’assistance du système
d’exploitation et est capable de déporter des copies mémoire sur matériel spécialisé. En tenant
compte des caractéristiques des architectures récentes, en particulier en terme de partage de cache,
il est possible de choisir dynamiquement la stratégie de transfert la plus adaptée. Ce travail permet
d’améliorer significativement les performances dans les machines multicœur, en particulier lorsque
de nombreux processus communiquent simultanément (opérations collectives).
Runtime a également montré que les caractéristiques matérielles complexes des architectures
modernes engendraient de fortes contraintes sur les performances des communications externes.
En effet, les distances physiques entre processeur, bancs mémoire et périphériques d’entrées-sorties
deviennent hétérogènes. Il a donc été montré qu’il était nécessaire de tenir compte de ces contraintes
lors du placement des tâches de communication.
Toutes ces convergences entre notre équipe et le Radix Lab de l’Argonne National Laboratory
(Chicago, États-Unis) qui développe notamment MPICH2 ont motivé la création d’une équipe associée INRIA avec Runtime. Cette équipe associée est active depuis 2008 et a permis de renforcer
les échanges existants entre les deux groupes. Les résultats sont fructueux comme l’attestent les
publications communes ainsi que les développements et les diffusions logicielles issues de cette collaboration : intégration de NewMadeleine dans MPICH2, création de la version assistée par le noyau
230
Linux de Nemesis (KNEM), nouveau support pour les réseaux rapides dans MPICH2/Nemesis,
etc.
Les relations entre Runtime et l’équipe du Ishikawa Laboratory (Tokyo, Japon) qui développe
notamment YAMPI3 et GridMPI – deux autres implémentations libres du standard MPI – ont
motivé le PHC Sakura débuté en 2009. Le but de cette collaboration est de développer une plateforme générique capable d’optimiser les communications ainsi que les entrées/sorties distantes.
Les travaux en cours visent à intégrer NewMadeleine et PIOMan dans cette plate-forme ainsi que
dans YAMPI3.
Multithreading
L’efficacité de l’exécution d’une application parallèle irrégulière sur machines hiérarchiques
repose sur la qualité de l’ordonnancement des tâches et du placement des données, pour éviter le
plus possible les pénalités NUMA, la contention sur les bus et les défauts de cache. Les systèmes
d’exploitation actuels, pris au dépourvu car trop généralistes, laissent les concepteurs d’application
contraints à “ câbler ” leurs programmes pour une machine donnée.
Pour garantir une certaine portabilité des performances, nous avons défini la notion de bulle de
threads permettant d’exprimer la nature structurée du parallélisme du calcul et nous modélisons
l’architecture de la machine cible par une hiérarchie de listes de tâches. Les bulles sont une structure
récursive contenant des bulles ou des threads légers, voire des graines de threads (threads seeds,
créées de façon paresseuse). Une interface de programmation et des outils de débogage de haut
niveau permettent alors de développer simplement des ordonnanceurs dédiés, efficaces et portables.
C’est ainsi une véritable plate-forme de développement et d’expérimentation d’ordonnanceurs
à bulles qui a été intégrée au sein de la bibliothèque de threads utilisateur Marcel. Le support
OpenMP du compilateur GCC, GOMP, a été étendu pour utiliser cette bibliothèque et exprimer la nature structurée des sections parallèles imbriquées à l’aide de bulles. Avec la couche de
compatibilité POSIX de Marcel, ces supports ont permis de tester les différents ordonnanceurs
à bulles développés sur différentes applications. Ainsi, dans le cadre de l’exécution structurée
de programmes OpenMP, nous avons développés trois ordonnanceurs : un ordonnanceur orienté
équilibrage de charge, un autre orienté cache et un troisième orienté mémoire. En combinant les
ordonnanceurs orientés cache et mémoire, nous obtenons un ordonnanceur dédié aux machines
NUMA. Les gains obtenus sur des applications comme BT-MZ et MG (NAS parallel benchmarks)
ou MPU (reconstruction d’image 3D), de l’ordre de 20%, montrent l’intérêt de notre approche.
Ces travaux sur l’ordonnancement, mais aussi sur les communications, reposent sur une connaissance fine de l’architecture sous-jacente. Nous avons regroupé dans la bibliothèque libtopology la
gestion portable et abstraite des hiérarchies de cœurs, caches, nœuds mémoire, ... Cette connaissance pointue permet de placer de manière générique les threads, processus, zones mémoire ou
communications MPI en s’adaptant aux caractéristiques matérielles, amenant notamment des
gains significatifs pour des applications de type MPI et/ou OpenMP.
L’intérêt récent pour le déport de noyaux de calculs sur des accélérateurs ou processeurs “graphiques” (GPGPU, Cell/BE) a apporté une dimension d’hétérogénéité à l’ordonnancement. Nous
avons élaboré la plate-forme StarPU permettant de définir des algorithmes d’ordonnancement décidant lors de l’exécution du déport ou non des noyaux de calcul, selon l’efficacité relative des
implémentations des noyaux pour cœurs et pour accélérateurs. Cette efficacité est évaluée lors de
l’exécution sous forme de modèles de coût raffinés par régression. Les performances obtenues sont
ainsi meilleures qu’un placement statique, et parfois même super-linéaires, par le jeu des affinités
entres types de tâches et types de ressources de calcul. La disponibilité des données sur les accélérateurs est par ailleurs optimisée de manière transparente pour le programmeur à l’aide d’un
algorithme de DSM logicielle, et peut être pris en compte pour l’ordonnancement.
7.2.2
Algorithmique et applications hautes performances (ScAlApplix)
L’objectif de ScAlApplix est la mise en œuvre de compétences scientifiques complémentaires
pour une recherche pluridisciplinaire dans les domaines de l’informatique hautes performances
231
et de la modélisation numérique, et ce dans le but d’analyser et de résoudre efficacement des
problèmes de calcul scientifique provenant d’applications complexes nécessitant des puissances de
calcul et manipulant des tailles de données téraflopiques et au delà. La résolution effective de cette
gamme de problèmes est un véritable défi qui nécessite clairement une approche pluridisciplinaire.
Cette synergie de compétences scientifiques concernent plus particulièrement en mathématiques
appliquées le domaine des schémas numériques, et en informatique les domaines de l’algorithmique parallèle et du savoir-faire de la mise en œuvre de codes hautes performances sur diverses
plates-formes de calcul. Cette activité contient un important volet de transfert technologique et
de valorisation dans le cadre de collaborations avec des industriels ayant à traiter des applications
grandes consommatrices de puissance de calcul et manipulant des grandes masses de données.
Dans ce rapport d’activités, nous nous restreindrons à décrire la partie de nos travaux plus
spécifiquement rattachée aux thématiques du LaBRI. L’équipe projet INRIA a été créée début
novembre 2002 (http ://www.labri.fr/projet/scalapplix/scalapplix.html) et a été arrêtée fin 2008
pour donner naissance à deux nouvelles propositions d’équipes projets INRIA en cours de création
(Bacchus et HiePACS).
Algorithmique et outils pour le HPC
Partitionnement de données complexes et solveurs d’algèbre linéaire
Partitionnement de graphes Plusieurs travaux d’envergure ont été lancés afin de paralléliser les outils séquentiels qui avaient été développés jusqu’à présent. En premier lieu, la thèse
de Cédric Chevalier (2004-2007) permit la conception d’algorithmes parallèles de contraction, de
repliement et de partitionnement sommet de graphes distribués. Leur mise en œuvre au sein de la
version 5.0 de Scotch permit ainsi d’offrir un outil efficace de renumérotation parallèle de matrices
creuses. Ces travaux ont été repris dans le post-doc de Jun-Ho Her (2007-2009) ; ils ont conduit
à la mise à disposition dans la version 5.1 de Scotch d’une méthode efficace de partitionnement
parallèle de graphes distribués. Dans le même temps, la thèse de Sébastien Fourestier (2008-) a
débuté par l’évaluation de l’intérêt du placement statique sur les architectures NUMA, avant de
s’orienter vers le repartitionnement dynamique parallèle de graphes.
Solveurs Directs pour la résolution de grands systèmes linéaires creux De nombreux
travaux ont été effectués pour à la fois être capable de traiter des problèmes de plus en plus gros
et s’adapter à la complexité des architectures modernes. Les méthodes concernées ici sont celles
qui sont dites directes. Elles sont intrinsèquement coûteuses en mémoire. Nous avons proposé
des algorithmes statiques ou dynamiques pour la minimisation de la mémoire aussi bien dans un
cadre séquentiel que parallèle en s’appuyant sur les solveurs PaStiX et MUMPS nous permettant
ainsi de concevoir des approches complémentaires. De plus, pour repousser encore plus la barrière
mémoire, nous nous sommes intéressés aux approches hors-mémoire dans lesquelles les disques
sont utilisés pour seconder la mémoire. Pour répondre aux spécifités des nouvelles architectures
parallèles multi-cœurs et NUMA, nous avons travaillé sur les aspects relatifs à la distribution
des données et des calculs ansi qu’à la gestion des données. Ces différents travaux ont été faits
notamment dans le cadre de trois thèses ayant eu lieu au LaBRI au CERFACS et au LIP.
Méthodes itératives et méthodes hybrides directes/itératives Afin de trouver
des méthodes de résolution pour les systèmes linéaires creux qui passent à l’échelle en terme
de mémoire et de coût de calcul, nous avons travaillé sur de nouveaux algorithmes itératifs
et hybrides mélangeant méthodes directe et itérative. Dans nos travaux nous nous sommes
particulièrement intéréssés aux factorisations incomplètes car elles permettent de construire
des préconditionneurs génériques pour les méthodes itératives. Ainsi nous avons développé des
algorithmes d’amalgamation permettant une formulation bloc dense d’une factorisation ILU par
niveau de remplissage (ILU (k)). Ces travaux, intégrés dans PaStiX, permettent d’obtenir des
gains importants en temps par rapport aux algorithmes ILU (k) classiques. Nous avons également
232
développé des algorithmes efficaces pour les factorisations incomplètes ILU T basés sur des critères
numériques. Dans ce cadre, nous avons développé une méthode de factorisation multi-niveaux
ILUT parallèle basée sur l’utilisation du complément de Schur et un ordonnancement spécifique
des inconnues. Le master recherche et la thèse de Jérémie Gaidamour (2006-) ont permis d’étendre
ces méthodes pour obtenir un solveur hybride direct/itératif. Ce type de solveur hybride permet
de réaliser un bon compromis entre la robustesse d’une méthode directe et le faible coût en
temps et mémoire d’une méthode itérative. Ces travaux sur les factorisations multi-niveaux ILUT
et les résolutions par une méthode hybride directe/itérative sont implémentés dans le solveur HIPS.
Les travaux sur les solveurs font partie des projets ANR CIGC 2005 NUMASIS et CIS 2006
SOLSTICE (http ://solstice.gforge.inria.fr/) et de l’équipe associée PhyLeaS commune avec les
Universités de Minneapolis et de Brunswick (http ://www-sop.inria.fr/nachos/phyleas/).
Méthodes multipôles pour les calculs d’interactions La méthode des multipôles rapide
(FMM) est une méthode hiérarchique qui calcule les interactions entre N-corps avec une complexité
en O(N) et pour n’importe quelle précision. Ce calcul doit être amélioré sur les architectures modernes de façon à pouvoir calculer l’énergie et les forces sur de grands systèmes provenant de
l’astrophysique ou de la physique des matériaux. Pour cela, nous avons réécrit sous forme matricielle l’opérateur principal du champ lointain, nous permettant ainsi d’utiliser les fonctions BLAS
(Basic Linear Algebra Subprograms). En optimisant le stockage mémoire, nous avons implémenté
notre algorithme avec des BLAS3 (opérations matrice-matrice) ce qui a conduit à un gain important sur le temps global. Nous avons développé aussi des améliorations classiques pour réduire la
complexité théorique de l’opérateur via l’utilisation de FFT, de matrices de rotations ou des ondes
planes. Les tests effectués dans les domaines de l’astrophysique et de la dynamique moléculaire
montrent que notre approche est soit meilleure soit aussi rapide que les autres approches. Nous
avons étendu notre approche pour des distributions irrégulières en introduisant une structure adaptée qui est efficace pour les distributions d’objets uniforme et non uniforme. Une implémentation
efficace a été réalisée pour machine à mémoire partagée et distribuée.
Pilotage de simulations En marge des travaux dédiés au calcul haute-performance, nous avons
également contribué au domaine du pilotage ou computational steering. Afin de concevoir une plateforme de pilotage performante, nous avons étudié la possibilité de piloter une simulation numérique
parallèle en s’appuyant sur des outils de visualisation eux-mêmes parallèles. La mise en œuvre d’un
tel couplage soulève deux problèmes majeurs auxquels nous avons souhaité contribué : le problème
de la coordination efficace des opérations de pilotage en parallèle et le problème de la redistribution
pour des données complexes (grilles structurées, ensembles de particules, maillages non structurés).
Ces travaux ont été validés avec des codes de simulation issus de nombreux domaines (physique des
matériaux, astrophysique, dynamique moléculaire, mécanique des fluides). Nous nous intéressons
désormais au pilotage de simulations toujours plus complexes, comme les simulations parallèlesdistribuées, typiquement des codes multi-échelles ou multi-physiques. Ces travaux ont été réalisés
dans le cadre de 2 thèses au LaBRI et à l’INRIA et ont été soutenus financièrement par plusieurs
projets ANR. Ils ont débouché sur la conception et le développement de la plate-forme logicielle
EPSN.
Applications scientifiques complexes
Méthode multi-échelles en physique des matériaux Grâce à une collaboration avec le CEA
Ile-de-France, nous avons développé une activité de recherche autour des méthodes multi-échelles
tout d’abord dans le cadre de la propagation de fissures dans des cristaux, puis dans le couplage
quantique-moléculaire. De nombreux groupes travaillent sur le couplage physique et mathématique des modèles mais pas sur les problèmes d’algorithmique parallèle permettant d’avoir des
simulations couplées extensibles (scalable). Le couplage entre deux échelles d’espace, par exemple
atomique et macroscopique, nous permet de traiter des domaines plus grands que s’ils n’étaient
décrits qu’à l’échelle la plus fine, et ce tout en capturant quand même les phénomènes agissant à
233
l’échelle fine. Nous avons travaillé sur deux aspects : 1) l’amélioration du schéma de couplage pour
éliminer les artefacts liés au couplage ; 2) l’amélioration du parallélisme du coupleur pour aborder
des simulations 3D.
Magnéto-Hydro-Dynamique Dans le cadre du programme ANR ‘Calcul intensif”, en collaboration avec G. Huysmans (EURATOM/CEA/CADARACHE), nous avons monté le projet ASTER
qui vise à développer et implémenter des méthodes pour améliorer les codes en Magnéto-HydroDynamique afin de permettre la simulation des instabilités dans les plasmas. La compréhension
de ces instablités est très limitée et les pertes d’énergie induites sont un réel problème pour le
réacteur ITER. Nous devrons en particulier travailler sur la prise en compte de techniques de type
raffinement de maillages et sur l’adaptation de nos solveurs.
Calcul de flux neutroniques En 2006, nous avons travaillé sur l’optimisation des performances
des outils de calcul de neutronique du cœur d’un réacteur dans le cadre d’un contrat passé avec
EDF-R&D/SINETICS. Cette étude s’est prolongée dans le cadre d’une thèse et d’un contrat de
collaboration passés également avec EDF-R&D/SINETICS. Ce travail porte sur la parallélisation
d’une méthode de décomposition de domaine des équations SPN de la neutronique pour les études
d’accidents. Deux principales méthodes de décomposition complémentaires ont été développées. La
première a l’avantage de simplifier l’implémentation et d’être très générique en réutilisant le solveur
séquentiel existant. La seconde méthode permet a priori de gérer des maillages non-cœncidents,
mais est incompatible avec des approximations en énergie ou en angle différentes par sous-domaine.
7.3
Faits marquants
– Les bibliothèques PT-Scotch et PaStiX ont permis au CEA-CESTA de traiter un problème
d’électromagnétisme (Challenge ODYSSEE) avec un maillage 3D à 82 millions d’inconnues
et un calcul en complexe double précision sur 1768 processeurs du calculateur TERA 10.
– L’article "Fast Seismic Modeling and Reverse Time Migration on a GPU Cluster" (R. Abdelkhalek, H. Calandra, O. Coulaud, G. Latu et J. Roman) a obtenu le Best Paper Award à
la Conférence IEEE HPCS 2009 (Leipzig, juin 2009).
– Plusieurs logiciels développés par le thème "Support d’exécution" de l’équipe Satanas sont
dorénavant intégrés aux deux distributions officielles de MPI les plus diffusées au monde :
MPICH2 (Argonne National Lab) et Open MPI (Oak Ridge National Lab, Los Alamos
National Lab, Sandia National Lab, etc.).
7.4
Visibilité
total
Conférence:
2
53
2
1
16
-
dont 2 int’l
dont 41 int’l
dont 1 int’l
7.5
Jurys
Thèse (hors LaBRI)
Concours
Jury de prix
7.6
234
total
3
32
12
-
Officialisées
Attestées
Autres
Invités
Invitation
total
8
1
7
25
Logiciels déposés
total
17
6
3
7.7
Thèses et HDR
HDR LaBRI
Thèse LaBRI
Thèse co-tutelle
total
9
-
BIBLIOGRAPHIE – SATANAS
7.8
7.8.1
235
Publications de l’équipe satanas
Synthèse
Équipe satanas
Revues
Conférences
Ouvrages
Autres publications
sélection
10
37
invités
2
autres
6
40
total
16
79
2
42
139
7.8.2
Revues [ACL]
Sélection
( ACM Transactions on Mathematical Software (TOMS), Journal of Cluster
Computing (Cluster), Journal of Computational Physics (JCP), Parallel Computing (ParCo), SIAM Journal of Scientific Computing (SISC) )
[Rs1] D. Buntinas, G. Mercier, and W. Gropp, Implementation and evaluation of shared-memory
communication and synchronization operations in mpich2 using the nemesis communication subsystem, Parallel Computing, 33 (2007), pp. 634–644.
[Rs2] C. Chevalier and F. Pellegrini, Pt-scotch : A tool for efficient parallel graph ordering, Parallel
Computing, 34 (2008), pp. 318–331.
[Rs3] O. Coulaud, P. Fortin, and J. Roman, High performance blas formulation of the multipole-tolocal operator in the fast multipole method, Journal of Computational Physics, 227 (2008), pp. 1836–
1862.
[Rs4] A. Denis, Meta-communications in component-base communication frameworks for grids, Cluster
Computing, 10 (2007), pp. 253–263.
[Rs5] A. Guermouche, P. Amestoy, and T. Slavova, Analysis of the solution phase of a parallel
multifrontal approach, Parallel Computing, (2009).
[Rs6] P. Hénon, P. Ramet, and J. Roman, On finding approximate supernodes for an efficient ilu(k)
factorization, Parallel Computing, 34 (2008), pp. 345–362.
[Rs7] P. Hénon and Y. Saad, A parallel multistage ilu factorization based on a hierarchical graph
decomposition, SIAM Journal on Scientific Computing, 28 (2006), pp. 2266–2293.
[Rs8] J.-Y. L’Excellent, P. R. Amestoy, S. Pralet, and A. Guermouche, Hybrid scheduling for
the parallel solution of linear systems, Parallel Computing, 32 (2006), pp. 136–156.
[Rs9] J.-Y. L’Excellent and A. Guermouche, Constructing memory-minimizing schedules for multifrontal methods, ACM Transactions on Mathematical Software, 32 (2006), pp. 17–32.
[Rs10] J.-Y. L’Excellent, A. Guermouche, and E. Agullo, A parallel out-of-core multifrontal method : Storage of factors on disk and analysis of models for an out-of-core active memory, Parallel
Computing, 34 (2008), pp. 296–317.
[hal-00344327]
[hal-00402893]
[inria-00000957]
[inria-00410993]
[inria-00413470]
[inria-00346018]
[hal-00353491]
[hal-00358623]
[hal-00358620]
[hal-00358621]
Autres
[Ra1] E. Brunet, O. Aumage, and R. Namyst, Newmadeleine : ordonnancement et optimisation de
schemas de communication haute performance., Technique et Science Informatiques, vol. 27 (2008).
[inria-00341270]
236
[Ra2] J. Cohen, N. Furmento, G. Kong, A. Mayer, S. Newhouse, and J. Darlington, Realitygrid : An integrated approach to middleware through iceni, Philosophical Transactions : Mathematical, Physical and Engineering Sciences, 363 (2005), pp. 1817–1827.
[Ra3] A. Esnard, Redgrid : un environnement pour la redistribution d’objets complexes, Technique et
Science Informatiques (TSI), 27 (2008), pp. 427–455.
[Ra4] S. Mcgough, A. Afzal, J. Darlington, N. Furmento, A. Mayer, and L. Young, Making
the grid predictable through reservations and performance modelling, The Computer Journal, 48
(2005), pp. 358–368.
[Ra5] S. Thibault, R. Namyst, and P.-A. Wacrenier, Bubblesched, plate-forme de conception d’ordonnanceurs de threads sur machines hiérarchiques, Technique et Science Informatique, 27 (2008),
pp. 345–371.
[Ra6] P.-A. Wacrenier and V. Danjean, Mécanismes de traces efficaces pour programmes multithreadés, Technique et Science Informatiques, 24 (2005), pp. 525–545.
7.8.3
[inria-00408533]
[inria-00357524]
[inria-00408534]
[inria-00329960]
[hal-00301499]
Sélection
( European PVM/MPI Users’ Group Meeting (EuroPVM/MPI), IEEE International Conference on Cluster Computing (Cluster), IEEE International Conference on High Performance Computing (HiPC), IEEE International Conference
on High Performance Computing and Simulation (HPCS), IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS), IEEE International Symposium on Cluster Computing and the Grid (CCGrid), International
ACM Symposium on High Performance Distributed Computing (HPDC), International Conference on Parallel Processing (ICPP), International European
Conference on Parallel and Distributed Computing (EuroPar), International
Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC) )
[Cs1] R. Abdelkhalek, H. Calendra, O. Coulaud, J. Roman, and G. Latu, Fast seismic modeling and reverse time migration on a gpu cluster, in The 2009 High Performance Computing &
Simulation - HPCS’09, 2009.
[Cs2] C. Augonnet, S. Thibault, R. Namyst, and P.-A. Wacrenier, StarPU : A unified platform
for task scheduling on heterogeneous multicore architectures, in Euro-Par 2009, 2009.
[Cs3] E. Agullo, J.-Y. L’Excellent, and A. Guermouche, A preliminary out-of-core extension of
a parallel multifrontal solver, in Euro-Par 2006 Parallel Processing, 2006, pp. 1053–1063.
[Cs4] E. Agullo, J.-Y. L’Excellent, and A. Guermouche, Reducing the i/o volume in an out-ofcore sparse multifrontal solver, in High Performance Computing – HiPC 2007, 2007, pp. 47–58.
[Cs5] E. Agullo, J.-Y. L’Excellent, and A. Guermouche, On the i/o volume in out-of-core multifrontal methods with a flexible allocation scheme, in High Performance Computing for Computational Science - VECPAR 2008, 2008, pp. 328–335.
[Cs6] O. Beaumont and A. Guermouche, Task scheduling for parallel multifrontal methods, in EuroPar 2007 Parallel Processing, 2007, pp. 758–766.
[Cs7] E. Brunet, O. Aumage, and R. Namyst, Short paper : Dynamic optimization of communications over high speed networks, in The 15th IEEE International Symposium on High Performance
Distributed Computing (HPDC-15), 2006.
[Cs8] E. Brunet, F. Trahay, and A. Denis, A multicore-enabled multirail communication engine, in
IEEE International Conference on Cluster Computing, IEEE, ed., 2008.
[Cs9] M. Barrault, B. Lathuilière, P. Ramet, and J. Roman, A domain decomposition method
applied to the simplified transport equations, in IEEE 11th International Conference on Computational Science and Engineering, 2008, pp. 91–97.
[inria-00403933]
[inria-00384363]
[hal-00358624]
[hal-00358625]
[hal-00358627]
[hal-00358626]
[inria-00110773]
[inria-00327158]
[inria-00346022]
237
[Cs10] D. Buntinas, B. Goglin, D. Goodell, G. Mercier, and S. Moreaud, Cache-efficient, intranode, large-message mpi communication with mpich2-nemesis, in 38th International Conference
on Parallel Processing (ICPP-2009), IEEE, ed., 2009.
[Cs11] D. Buntinas, G. Mercier, and W. Gropp, Data transfer in a smp system : Study and application to mpi, in International Conference on Parallel Processing (ICPP’06), 2006, pp. 487–496.
[Cs12] D. Buntinas, G. Mercier, and W. Gropp, Design and evaluation of nemesis : a scalable,
low-latency, message-passing communication subsystem, in Sixth IEEE International Symposium
on Cluster Computing and the Grid (CCGRID’06), 2006, pp. 521–530.
[Cs13] D. Buntinas, G. Mercier, and W. Gropp, Implementation and shared-memory evaluation
of mpich2 over the nemesis communication subsystem, in Euro PVM/MPI 2006, Springer, ed.,
[Cs14] C. Chevalier and F. Pellegrini, Improvement of the efficiency of genetic algorithms for scalable
parallel graph partitioning in a multi-level framework, in Euro-Par, vol. 4128 of Lecture Notes in
Computer Science, Springer, 2006, pp. 243–252.
[Cs15] C. Chevalier and F. Pellegrini, The pt-scotch project : purpose, algorithms, first results, in
SIAM Workshop on Combinatorial Scientific Computing (CSC07), 2007.
[Cs16] C. Chevalier and F. Pellegrini, The pt-scotch project : purpose, algorithms, intermediate
results, in PPAM 2007 - Seventh International Conference on Parallel Processing and Applied
Mathematics, 2007.
[Cs17] B. Cirou, M.-C. Counilh, and J. Roman, Programming irregular scientific algorithms with
static properties on clusters of smp nodes, in 7th Workshop on High Performance Scientific and
Engineering Computing (HPSEC), 2005, pp. 145–152.
[Cs18] O. Coulaud, P. Fortin, and J. Roman, High-performance blas formulation of the adaptive
fast multipole method, in Advances in Computational Methods in Sciences and Engineering 2005,
Selected Papers from the International Conference o f Computational Methods in Sciences and
Engineering (ICCMSE 2005), vol. 4B, Theodore Simos and George Maroulis, 2005, pp. 1796–1799.
[Cs19] O. Coulaud, P. Fortin, and J. Roman, Hybrid mpi-thread parallelization of the fast multipole
method, in ISPDC 2007, 6th International Symposium on Parallel and Distributed Computing,
I. C. Society, ed., 2007, pp. 391–398.
[Cs20] Y. Caniou, J.-S. Gay, and P. Ramet, Tunable parallel experiments in a gridrpc framework :
application to linear solvers, in VECPAR’08, vol. 5336, Springer Verlag, 2008, pp. 46–52.
[Cs21] V. Danjean, R. Namyst, and P.-A. Wacrenier, An efficient multi-level trace toolkit for multithreaded applications, in Euro-Par 2005 Parallel Processing, B. Springer, ed., vol. 3648, 2005,
pp. 166–175.
[Cs22] A. Esnard, N. Richart, and O. Coulaud, A steering environment for online parallel visualization of legacy parallel simulations, in 10th International Symposium on Distributed Simulation
and Real-Time Applications (DS-RT), 2006, pp. 7–14.
[Cs23] M. Faverge and P. Ramet, Dynamic scheduling for sparse direct solver on numa architectures,
in PARA’08, 2008.
[Cs24] J. Gaidamour and P. Hénon, A parallel direct/iterative solver based on a schur complement
approach., in IEEE 11th International Conference on Computational Science and Engineering,
IEEE, ed., 2008.
[Cs25] B. Goglin, Improving message passing over ethernet with i/oat copy offload in open-mx, in Cluster
2008, IEEE, ed., 2008.
[Cs26] B. Goglin, NIC-assisted cache-efficient receive stack for message passing over ethernet, in 15th
International Euro-Par Conference, S. Verlag, ed., 2009.
[Cs27] B. Goglin and N. Furmento, Finding a tradeoff between host interrupt load and mpi latency
over ethernet, in Cluster 2009, IEEE, ed., 2009.
[Cs28] P. Hénon, P. Ramet, and J. Roman, On using an hybrid mpi-thread programming for the
implementation of a parallel sparse direct solver on a network of smp nodes, in Sixth International
Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics, Workshop HPC Linear Algebra,
vol. 3911, Springer Verlag, 2005, pp. 1050–1057.
[Cs29] P. Hénon, P. Ramet, and J. Roman, Partitioning and blocking issues for a parallel incomplete
factorization, in PARA’06, vol. 4699, Springer Verlag, 2006, pp. 929–937.
[inria-00390064]
[hal-00344347]
[hal-00344350]
[hal-00344339]
[hal-00402946]
[hal-00410336]
[hal-00410335]
[hal-00344455]
[hal-00301521]
[inria-00131001]
[inria-00346611]
[hal-00360309]
[hal-00301484]
[inria-00344026]
[hal-00353547]
[inria-00288757]
[inria-00379168]
[inria-00397328]
[inria-00346610]
[inria-00346624]
238
[Cs30] J.-Y. L’Excellent and A. Guermouche, A study of various load information exchange mechanisms for a distributed application using dynamic scheduling, in 19th IEEE International Parallel
and Distributed Processing Symposium (IPDPS’05), 2005, p. 17.2.
[Cs31] G. Mercier and J. Clet-Ortega, Towards an efficient process placement policy for mpi applications in multicore environments, in Europvm/mpi 2009, M. Ropo and al., eds., vol. 5759,
Springer-Verlag, 2009.
[Cs32] G. Mercier, F. Trahay, D. Buntinas, and E. Brunet, Newmadeleine : An efficient support
for high-performance networks in mpich2, in International Parallel and Distributed Processing
Symposium, 2009, p. 35.
[Cs33] F. Pellegrini, A parallelisable multi-level banded diffusion scheme for computing balanced partitions with smooth boundaries, in EuroPar, T. P. A.-M. Kermarrec, L. Bougé, ed., vol. 4641 of
[Cs34] N. Richart, A. Esnard, and O. Coulaud, Toward a computational steering environment for
legacy coupled simulations, in 6th International Symposium on Parallel and Distributed Computing
(ISPDC), IEEE Computer Society, 2007, p. 43.
[Cs35] S. Thibault, R. Namyst, and P.-A. Wacrenier, Building portable thread schedulers for hierarchical multiprocessors : the bubblesched framework, in EuroPar, 2007.
[Cs36] F. Trahay and A. Denis, A scalable and generic task scheduling system for communication
libraries, in IEEE International Conference on Cluster Computing, 2009.
[Cs37] F. Trahay, A. Denis, O. Aumage, and R. Namyst, Improving reactivity and communication
overlap in mpi using a generic i/o manager, in EuroPVM/MPI 2007, D. E. Capello, Herault, ed.,
vol. 4757, Springer, 2007, pp. 170–177.
[hal-00358622]
[inria-00392581]
[hal-00360275]
[hal-00301427]
[hal-00301468]
[inria-00154506]
[inria-00408521]
[inria-00177167]
Invitées
[Ci1] J. Gaidamour and P. Hénon, Hips : a parallel hybrid direct/iterative solver based on a schur
complement approach, in Sparse Days at CERFACS, Workshop of Vecpar 08„ 2008.
[Ci2] J. Gaidamour, P. Hénon, J. Roman, and Y. Saad, Parallel resolution of sparse linear systems
by mixing direct and iterative methods, in International Symposium on Iterative Methods in Scientific
Computing (IMACS), 2008.
[hal-00353589]
[hal-00353598]
Autres
[Ca1] R. Abdelkhalek, H. Calandra, O. Coulaud, G. Latu, and J. Roman, Fdtd based seismic modeling and reverse time migration on a gpu cluster, in 9th International Conference on
Mathematical and Numerical Aspects of Waves Propagation - Waves 2009, 2009.
[Ca2] C. Augonnet and R. Namyst, A unified runtime system for heterogeneous multicore architectures, in 2nd Workshop on Highly Parallel Processing on a Chip (HPPC 2008), 2008.
[Ca3] C. Augonnet, S. Thibault, R. Namyst, and M. Nijhuis, Exploiting the cell/be architecture
with the starpu unified runtime system, in SAMOS Workshop, S. Verlag, ed., 2009.
[Ca4] O. Aumage, E. Brunet, N. Furmento, and R. Namyst, Newmadeleine : a fast communication scheduling engine for high performance networks, in Workshop on Communication Architecture for Clusters (CAC 2007), workshop held in conjunction with IPDPS 2007, 2007.
[Ca5] O. Aumage, E. Brunet, G. Mercier, and R. Namyst, High-performance multi-rail support
with the newmadeleine communication library, in The Sixteenth International Heterogeneity in
Computing Workshop (HCW 2007), workshop held in conjunction with IPDPS 2007, 2007.
[Ca6] F. Broquedis, F. Diakhate, S. Thibault, O. Aumage, R. Namyst, and P.-A. Wacrenier,
Scheduling dynamic openmp applications over multicore architectures, in International Workshop
on OpenMP, 2008.
[Ca7] F. Broquedis, N. Furmento, B. Goglin, R. Namyst, and P.-A. Wacrenier, Dynamic task
and data placement over numa architectures : an openmp runtime perspective, in International
Workshop on OpenMP (IWOMP), 2009.
[Ca8] M. Barrault, B. Lathuilière, P. Ramet, and J. Roman, A domain decomposition method
applied to large eigenvalue problems in neutron physics, in PMAA’08, 2008.
[inria-00407782]
[inria-00326917]
[inria-00378705]
[inria-00127356]
[inria-00126254]
[inria-00329934]
[inria-00367570]
[inria-00346025]
239
[Ca9] M. Barrault, B. Lathuilière, P. Ramet, and J. Roman, A domain decomposition method
for the resolution of an eigenvalue problem in neutron physics, in International Symposium on
Iterative Methods in Scientific Computing (IMACS), 2008.
[Ca10] M. Barrault, B. Lathuilière, P. Ramet, and J. Roman, A non overlapping parallel domain
decomposition method applied to the simplified transport equations, in International Conference on
Mathematics, Computational Methods & Reactor Physics, 2009.
[Ca11] B. Braconnier, B. Nkonga, M. Papin, P. Ramet, M. Ricchiuto, J. Roman, and R. Abgrall, Efficient solution technique for low mach number compressible multiphase problems, in
PMAA’06, 2006.
[Ca12] C. Chevalier and F. Pellegrini, Pt-scotch : Un outil pour la renumérotation parallèle efficace de grands graphes dans un contexte multi-niveaux, in RenPar’17 / SympA’2006 / CFSE’5 /
JC’2006, 2006, p. 8 pages.
[Ca13] C. Chevalier and F. Pellegrini, Pt-scotch : A tool for efficient parallel graph ordering, in 4th
International Workshop on Parallel Matrix Algorithms and Applications (PMAA’06), 2006.
[Ca14] A. Denis, Meta-communications in component-based communnication frameworks for grids, in
HPC Grid programming Environments and COmponents (HPC-GECO), 2006, pp. 77–84.
[Ca15] A. Esnard, Modèle pour la redistribution de données complexes, in 16ème Rencontres francophones du parallélisme (RenPar’16), 2005, pp. 25–36.
[Ca16] A. Esnard, Approche placement pour la redistribution de données irrégulières, in 17th Renpar,
Rencontres Francophones du Parallelisme, 2006, pp. 84–91.
[Ca17] M. Faverge, X. Lacoste, and P. Ramet, A numa aware scheduler for a parallel sparse direct
solver, in PMAA’08, 2008.
[Ca18] N. Furmento, A. Denis, and R. Namyst, Efficient runtime systems for grids, in EXPGRID,
Experimental Grid testbeds for the assessment of large-scale distributed applications and tools,
Workshop held in conjunction with the 15th International Symposium on High Performance Distributed Computing (HPDC-15), 2006.
[Ca19] J. Gaidamour and P. Hénon, Hips : a parallel hybrid direct/iterative solver based on a schur
complement approach, in PMAA 08, 2008.
[Ca20] J. Gaidamour and P. Hénon, Algorithms to build robust hybrid direct/iterative sparse linear
solvers, in International Conference On Preconditioning Techniques For Scientific And Industrial
Applications, 2009.
[Ca21] J. Gaidamour, P. Hénon, J. Roman, and Y. Saad, An hybrid direct-iterative solver based on
the schur complement approach, in 8th Workshop of the ERCIM Working group, 2006.
[Ca22] J. Gaidamour, P. Hénon, J. Roman, and Y. Saad, An hybrid direct-iterative solver based on
a hierarchical interface decomposition, (2007).
[Ca23] B. Goglin, Design and implementation of open-mx : High-performance message passing over
generic ethernet hardware, in Workshop on Communication Architecture for Clusters, held in
conjunction with IPDPS 2008, 2008.
[Ca24] B. Goglin, Decoupling memory pinning from the application with overlapped on-demand pinning
and mmu notifiers, in Workshop on Communication Architecture for Clusters, held in conjunction
with IPDPS 2009, IEEE, ed., 2009.
[Ca25] B. Goglin, High throughput intra-node mpi communication with open-mx, in 17th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (PDP2009), IEEE,
ed., 2009.
[Ca26] B. Goglin and N. Furmento, Enabling high-performance memory migration for multithreaded
applications on linux, in MTAAP’09 : Workshop on Multithreaded Architectures and Applications,
held in conjunction with IPDPS 2009, IEEE, ed., 2009.
[Ca27] B. Goglin and N. Furmento, Memory migration on next-touch, in Linux Symposium, 2009.
[Ca28] P. Hénon, F. Pellegrini, P. Ramet, and J. Roman, Blocking issues for an efficient parallel
block ilu preconditioner, in International SIAM Conference On Preconditioning Techniques For
Large Sparse Matrix Problems In Scientific And Industrial Applications, 2005.
[Ca29] P. Hénon, P. Ramet, and J. Roman, On finding approximate supernodes for an efficient ilu(k)
factorization, in PMAA’06, 2006.
[inria-00346021]
[inria-00346020]
[inria-00346608]
[hal-00410408]
[hal-00410427]
[inria-00090066]
[inria-00357474]
[hal-00301485]
[inria-00344709]
[inria-00404196]
[hal-00353595]
[hal-00414600]
[hal-00353584]
[hal-00353635]
[inria-00210704]
[inria-00356236]
[inria-00331209]
[inria-00358172]
[inria-00378580]
[inria-00346621]
[inria-00346617]
240
[Ca30] G. Huysmans, S. Pamela, E. Van Der Plas, and P. Ramet, Non-linear mhd simulations of
edge localised modes, in 36th EPS Plasma Physics Conference, 2009.
[Ca31] S. Moreaud and B. Goglin, Impact of numa effects on high-speed networking with multi-opteron
machines, in PDCS, 2007.
[Ca32] F. Pellegrini, Distillating knowledge about scotch, in Dagstuhl Seminar - Combinatorial Scientific
Computing, U. Naumann, O. Schenk, H. D. Simon, and S. Toledo, eds., no. 09061 in Dagstuhl
Seminar Proceedings, Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany, 2009.
[Ca33] F. Pellegrini and J.-H. Her, Efficient and scalable parallel graph partitioning, in 5th International Workshop on Parallel Matrix Algorithms and Applications (PMAA’08), 2008.
[Ca34] F. Pellegrini and J.-H. Her, Towards efficient and scalable graph partitioning methods, in
SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, 2008.
[Ca35] S. Thibault, A flexible thread scheduler for hierarchical multiprocessor machines, in Second International Workshop on Operating Systems, Programming Environments and Management Tools
for High-Performance Computing on Clusters (COSET-2), 2005.
[Ca36] S. Thibault, F. Broquedis, B. Goglin, R. Namyst, and P.-A. Wacrenier, An efficient
openmp runtime system for hierarchical architectures, in International Workshop on OpenMP
(IWOMP), 2007, pp. 148–159.
[Ca37] S. Thibault and T. Deegan, Improving performance by embedding hpc applications in lightweight xen domains, in 2nd Workshop on System-level Virtualization for High Performance Computing (HPCVIRT’08), 2008.
[Ca38] S. Thibault and S. Hinderer, Brlapi : Simple, portable, concurrent, application-level control
of braille terminals, in The First International Conference on Information and Communication
Technology and Accessibility - ICTA 2007, 2007, pp. 27–31.
[Ca39] F. Trahay, E. Brunet, and A. Denis, An analysis of the impact of multi-threading on communication performance, in Communication Architecture for Clusters, 2009.
[Ca40] F. Trahay, E. Brunet, A. Denis, and R. Namyst, A multithreaded communication engine
for multicore architectures, in Communication Architecture for Clusters, 2008.
7.8.4
[inria-00403797]
[inria-00175747]
[hal-00408359]
[hal-00410329]
[hal-00410330]
[inria-00000138]
[inria-00154502]
[inria-00329969]
[inria-00135946]
[inria-00381670]
[inria-00224999]
Ouvrages [OS, OV]
[Ou1] A. Denis, S. Lacour, C. Pérez, T. Priol, and A. Ribes, Programming the grid with components : models and runtime issues, in Engineering The Grid : Status and Perspective, B. D.
Martino, J. Dongarra, A. Hoisie, L. T. Yang, and H. Zima, eds., American Scientific Publishers,
2006.
[Ou2] F. Pellegrini, Analysis of software patentability in europe, in Software Patents - Legal Perspectives, A. V. N. Rao, ed., ICFAI University Press, 2007, pp. 192–209.
7.8.5
[inria-00411008]
[hal-00301428]
[Au1] G. Anciaux, Simulation multi-échelles des solides par une approche couplée dynamique moléculaire/éléments finis. De la modélisation à la simulation haute performance., PhD thesis, Université
[Au2] G. Anciaux, O. Coulaud, J. Roman, and G. Zerah, Ghost force reduction and spectral
analysis of the 1d bridging method, tech. rep., 2005.
[Au3] O. Aumage, E. Brunet, N. Furmento, and R. Namyst, Newmadeleine : a fast communication scheduling engine for high performance networks, tech. rep., 2005.
[Au4] O. Aumage, R. Hofman, and H. Bal, Netibis : An efficient and dynamic communication system
for heterogeneous grids, in Cluster Computing and Grid 2005, I. C. Society, ed., 2005.
[Au5] E. Agullo, A. Guermouche, and J.-Y. L’Excellent, Reducing the i/o volume in an out-ofcore sparse multifrontal solver, tech. rep., 2005.
[tel-00263816]
[inria-00300603]
[inria-00122723]
[inria-00000031]
[inria-00150588]
241
[Au6] E. Agullo, A. Guermouche, and J.-Y. L’Excellent, Towards a parallel out-of-core multifrontal solver : Preliminary study, tech. rep., 2005.
[Au7] F. Broquedis, De l’exécution structurée de programmes openmp sur architectures hiérarchiques,
tech. rep., 2005.
[Au8] F. Broquedis, Exécution structurée d’applications openmp à grain fin sur architectures multicoeurs, in 18ème Rencontres Francophones du Parallélisme, 2008.
[Au9] E. Brunet, Newmadeleine : ordonnancement et optimisation de schémas de communication haute
performance., in 17ème Rencontres Francophones du Parallélisme, 2006.
[Au10] C. Chevalier, Conception et mise en oeuvre d’outils efficaces pour le partitionnement et la distribution parallèles de problème numériques de très grande taille, PhD thesis, Université Sciences
[Au11] C. Chevalier, Conception et mise en oeuvre d’outils efficaces pour le partitionnement et la distribution parallèles de problèmes numériques de très grande taille, PhD thesis, Université Sciences
[Au12] C. Chevalier, J.-H. Her, and F. Pellegrini, The pt-scotch project : purpose, algorithms,
current results. IBM invited Seminar, Zürich, 2008.
[Au13] J. Clet-Ortega, Ordonnancement et qualité de service pour réseaux rapides, tech. rep., 2005.
[Au14] J. Clet-Ortega, Ordonnancement et services différenciés pour réseaux rapides, in 18ème Rencontres Francophones du Parallélisme, 2008.
[Au15] J. Clet-Ortega, Une stratégie efficace pour le placement de processus en environnement multicœur, in 19ème Rencontres Francophones du Parallélisme (2009), 2009.
[Au16] F. Cappello, F. Desprez, M. Dayde, E. Jeannot, Y. Jégou, S. Lanteri, N. Melab,
R. Namyst, P. Primet, O. Richard, E. Caron, J. Leduc, and G. Mornet, Grid’5000 : a
large scale, reconfigurable, controlable and monitorable grid platform, in 6th IEEE/ACM International Workshop on Grid Computing - GRID 2005, 2005.
[Au17] O. Czarny, P. Hénon, P. Ramet, and G. Huysmans, Improvement of existing solvers for the
simulation of mhd instabilities, in Numerical flow models for controlled fusion, 2007.
[Au18] F. Diakhaté, M. Pérache, R. Namyst, and H. Jourdren, Efficient shared memory message
passing for inter-vm communications. 2005.
[Au19] V. Danjean, P.-A. Wacrenier, and R. Namyst, An efficient multi-level trace toolkit for multithreaded applications, tech. rep., 2005.
[Au20] A. Esnard, Analyse, conception et réalisation d’un environnement pour le pilotage et la visualisation en ligne de simulations numériques parallèles, PhD thesis, Université Sciences et Technologies
- Bordeaux I, 2005.
[Au21] P. Fortin, Multipole-to-local operator in the fast multipole method : comparison of fft, rotations
and blas improvements, tech. rep., 2005.
[Au22] P. Fortin, Algorithmique hiérarchique parallèle haute performance pour les problèmes à N-corps,
[Au23] N. Furmento and G. Mercier, Mpich/madeleine installer’s, user’s and developer’s guide, tech.
rep., 2005.
[Au24] N. Furmento and G. Mercier, Optimisation mechanisms for mpich/madeleine, tech. rep.,
2005.
[Au25] N. Furmento, G. Mercier, R. Namyst, and A. Denis, Aci grid’5000, site de bordeaux, in
PaRISTIC : Panorama des Recherches Incitatives en STIC, 2006.
[Au26] B. Goglin, O. Glück, and P. Vicat-Blanc Primet, Efficient interaction between high-speed
networks and distributed storage in clusters, tech. rep., 2005.
[Au27] B. Goglin, O. Glück, and P. Vicat-Blanc Primet, An efficient network api for in-kernel
applications in clusters, tech. rep., 2005.
[Au28] A. Guermouche and J.-Y. L’Excellent, A study of various load information exchange mechanisms for a distributed application using dynamic scheduling, tech. rep., 2005.
[Au29] S. Moreaud, Impact des architectures multiprocesseurs sur les communications dans les grappes
de calcul : de l’exploration des effets numa au placement automatique, tech. rep., 2005.
[inria-00130278]
[inria-00177150]
[inria-00203188]
[inria-00110766]
[tel-00199898]
[tel-00410402]
[hal-00410331]
[inria-00177230]
[inria-00332260]
[inria-00410756]
[inria-00000284]
[inria-00346027]
[hal-00368622]
[inria-00070493]
[tel-00080729]
[inria-00070267]
[tel-00135843]
[inria-00070940]
[inria-00069874]
[inria-00404192]
[inria-00070218]
[inria-00070445]
[inria-00070529]
[inria-00177495]
242
[Au30] S. Moreaud, Impacts des effets numa sur les communications haute performance dans les grappes
de calcul, in 18ème Rencontres Francophones du Parallélisme, 2008.
[inria-00257752]
[Au31] F. Pellegrini, Pt-scotch and libscotch 5.0 user’s guide. User’s Manual, 2007.
[hal-00410333]
[Au32] F. Pellegrini, Scotch and libscotch 5.0 user’s guide. User’s Manual, 2007.
[hal-00410332]
[Au33] F. Pellegrini, Pt-scotch and libscotch 5.1 user’s guide. User’s manual, 2008.
[hal-00410328]
[Au34] F. Pellegrini, Scotch and libscotch 5.1 user’s guide. User’s manual, 2008.
[hal-00410327]
[Au35] M. Rocard, M. Ronai, and F. Pellegrini, République 2.0 bêta - vers une société de la connaissance ouverte. Analyses et propositions d’actions politiques dans le domaine du numérique, 2007.
[Au36] S. Thibault, Un ordonnanceur flexible pour machines multiprocesseurs hiérarchiques, in 16ème
Rencontres Francophones du Parallélisme, 2005.
[Au37] S. Thibault, Bubblesched : construire son propre ordonnanceur de threads pour machines multiprocesseurs hirarchiques, in 17ème Rencontres Francophones du Parallélisme, 2006.
[Au38] S. Thibault, Ordonnancement de processus légers sur architectures multiprocesseurs hiérarchiques : BubbleSched, une approche exploitant la structure du parallélisme des applications, PhD
[Au39] S. Thibault and R. Russell, Developing a software tool for precise kernel measurements, tech.
rep., 2005.
[Au40] F. Trahay, Gestion de la réactivité des communications réseau, tech. rep., 2005.
[Au41] F. Trahay, Pioman : un gestionnaire d’entrées-sorties générique, in 18ème Rencontres Francophones du Parallélisme, 2008.
[Au42] F. Trahay, Bibliothèque de communication multi-threadée pour architectures multi-coeurs, in
19ème Rencontres Francophones du Parallélisme, 2009.
[hal-00410334]
[inria-00000137]
[inria-00108984]
[tel-00322881]
[inria-00000189]
[inria-00177149]
[inria-00327177]
[inria-00410355]
ANNEXE – SATANAS
7.9
243
7.9.1
– Co-éditeur du numéro spécial de la revue "Parallel Computing" pour"PMAA" 2006 (J.
Roman)
7.9.2
– Chair du Workshop "EXPGRID" (Experimental Grid testbeds for the assessment of largescale distributed applications and tools) en 2006 et 2007 (R. Namyst)
– "VECPAR" (2006 et 2008) (O. Coulaud)
– "HeteroPar" (depuis 2007) (A. Guermouche)
– "International Workshop on Parallel Programming Models and Systems Software for HighEnd Computing" (depuis 2009) (G. Mercier)
– "Workshop on High Performance Interconnects for Distributed Computing" (depuis 2009)
(G. Mercier)
– "HPIDC" (depuis 2009) (G. Mercier)
– "P2S2" (depuis 2009) (G. Mercier)
– "EUROPVM/MPI" (depuis 2006) (R. Namyst)
– "CLUSTER" (depuis 2006) (R. Namyst)
– "CCGRID" (depuis 2006) (R. Namyst)
– "HPCVirt" (depuis 2008) (R. Namyst)
– "HPGC" (de 2005 à 2008) (F. Pellegrini)
– "PMAA" (depuis 2006) (J. Roman)
– "ADVCOMP IEEE" (depuis 2007) (J. Roman)
– "CSC SIAM" (2007) (J. Roman)
– "PPAM" (2007) (J. Roman)
– "Preconditionning SIAM" (2007) (J. Roman)
– "EuroMicroPDP IEEE" (depuis 2008) (J. Roman)
– "PARCO" (2009) (J. Roman)
– "HPCVirt" (depuis 2009) (S. Thibault)
– "Conférence Française en Systèmes d’Exploitation" (depuis 2009) (A. Denis)
– "Rencontres francophones du Parallélisme" (depuis 2009) (A. Denis)
– "Rencontres francophones du Parallélisme" (depuis 2005) (R. Namyst)
– "Rencontres francophones du Parallélisme" (depuis 2005) (J. Roman)
7.9.3
– Co-organisateur de l’école CEA-EDF-INRIA du 6 au 9 novembre 2006, "Calcul scientifique
intensif : algorithmes, outils logiciels et applications" (J. Roman)
– Co-organisateur de l’école CEA-EDF-INRIA du 30 mars au 3 avril 2009, "Méthodes robustes
et algorithmes pour le traitement de grands systèmes algébriques sur architectures de calcul
haute performance modernes" (J. Roman)
7.9.4
–
–
–
–
–
–
–
Expert pour l’ANR Masse de données (2005) (A. Denis)
Expert pour la DGRI (2008) (R. Namyst)
Expert pour GENCI (2008) (R. Namyst)
Membre du comité scientifique de l’ANR COSINUS (2008-2009) (R. Namyst)
Membre du comité scientifique de l’ANR MDCO (2007) (R. Namyst)
Membre du Comité thématique 6 du GENCI (2008) (P. Ramet)
Membre nommé de la Commission Nationale d’Evaluation de l’INRIA (depuis 2005) (J.
Roman)
ANNEXE – SATANAS
244
– Membre du comité de pilotage du programme CIS Calcul Intensif et Simulation (2005-2007)
(J. Roman)
– Membre du comité scientifique de l’ANR Cosinus (2009) (J. Roman)
7.10
7.10.1
Annexe B: Jurys
– Membre d’1 jury d’habilitation en 2006 (R. Namyst)
– Membre de 2 jurys d’habilitation en 2006 et 2009 (J. Roman)
7.10.2
–
–
–
–
–
–
–
–
Membre
Membre
Membre
Membre
Membre
Membre
Membre
Membre
7.10.3
et rapporteur de 2 jurys de thèse en 2007 (O. Coulaud)
de 2 jurys de thèse pour 2007-2008 (O. Coulaud)
d’1 jury de thèse en 2009 (A. Guermouche)
et rapporteur de 8 jurys de thèse pour 2005-2009 (R. Namyst)
de 8 jurys de thèse pour 2005-2009 (R. Namyst)
d’1 jury de thèse en 2007 (F. Pellegrini)
et rapporteur d’1 jury de thèse en 2008 (J.Roman)
de 9 jurys de thèse pour 2005-2008 (J. Roman)
Concours
– Membre de 2 comités de sélection (1 Prof, 1 MdC) à l’ENSEEIHT en 2009 (R. Namyst)
– Membre de 5 jurys de concours CR2 ou CR1 et de 5 jurys de concours DR2 à l’INRIA depuis
2005 (J. Roman)
7.11
7.11.1
– Equipe Associée INRIA MPI-Runtime avec Argonne National Laboratory (USA) depuis 2008
– Equipe Associée INRIA PHyLeaS entre ScAlApplix, les Universités du Minnesota (USA) et
de Brunswick (Allemagne), l’INRIA Sophia-Antipolis Méditerranée et l’IRIT de 2008 à 2010
– Projet France-Berkeley avec le CERFACS, l’IRIT et l’INRIA Rhône-Alpes de 2008 à 2010
– Projet Franco-Israélien P2R avec l’Université de Tel-Aviv de 2009 à 2011
– Projet Franco-Japonais avec le JAEA de 2007 à 2009
– Projet Franco-Japonais NEGST de 2006 à 2009
– Projet Pessoa avec l’Université d’Evora (Portugal, Salvador Abreu) de 2008 à 2009
– Projet Sakura avec l’Université de Tokyo (Japon, Yutaka Ishikawa) de 2009 à 2010
7.11.2
Autres
– Sandia - Albuquerque (USA) de 2007 à 2009
7.11.3
–
–
–
–
–
–
Invités
Salvador Abreu ; Université d’Evora ; 2009 (1 semaine)
Tomoya Adachi ; Université de Tokyo ; 2009 (1 semaine)
Matthias Bollhoefer ; TU Brunswick (Allemagne) ; 2008 (1 semaine)
Darius Buntinas ; Argonne National Laboratory (Etats-Unis) ; 2008 (1 semaine)
Dave Goodell ; Argonne National Laboratory (Etats-Unis) ; 2008 (2 semaines)
Akihiro Nomura ; Université de Tokyo ; 2009 (1 semaine)
ANNEXE – SATANAS
245
– Vasco Pedro ; Université d’Evora ; 2009 (1 semaine)
7.11.4
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Cédric Augonnet : Université d’Evora (Portugal) ; 2008 (1 semaine)
Olivier Aumage : Université d’Evora (Portugal) ; 2008 (1 semaine)
Olivier Aumage : Université d’Ioannina (Grèce) ; 2008 (1 semaine)
François Broquedis : Université d’Ioannina (Grèce) ; 2008 (1 semaine)
Elisabeth Brunet : Argonne National Laboratory (Etats-Unis) ; 2007 (2 semaines), 2008 (1
semaine)
Jérôme Clet-Ortega : Argonne National Laboratory (Etats-Unis) ; 2008 (2 semaines)
Jérôme Clet-Ortega : Université de Tokyo (Japon) ; 2008 (1 semaine)
Jérôme Clet-Ortega : Université d’Evora (Portugal) ; 2008 (1 semaine)
Olivier Coulaud : Universié de Minneapolis (Etats-Unis) ; 2008 (10 jours)
Alexandre Denis : Université de Tokyo (Japon) ; 2007 (1 semaine), 2009 (1 semaine)
Alexandre Denis : Université de Kyoto (Japon) ; 2009 (1 semaine)
Jérémie Gaidamour : Universié de Minneapolis (Etats-Unis) ; 2007 (10 jours), 2008 (2 mois)
Brice Goglin : Argonne National Laboratory (Etats-Unis d’Amérique) ; 2008 (1 semaine)
Brice Goglin : Myricom (USA) ; 2008 (1 semaine)
Pascal Hénon : Universié de Minneapolis (Etats-Unis) ; 2007 (10 jours), 2008 (20 jours)
Guillaume Mercier : Argonne National Laboratory (Etats-Unis) ; Post-doc 2005-2006 (18
mois),2007 (2 semaines), 2008 (2 semaines), 2009 (2 semaines)
Guillaume Mercier : Université de Tokyo (Japon) ; 2007 (2 semaines)
Stéphanie Moreaud : Argonne National Laboratory (Etats-Unis) ; 2008 (1 semaine)
Raymond Namyst : Université de Tokyo (Japon) ; 2008 (2 mois)
François Pellegrini : Sandia albuquerque (Etats-Unis) ; 2007 (1 semaine)
Pierre Ramet : Universié de Minneapolis (Etats-Unis) ; 2008 (10 jours)
Jean Roman : Universié de Minneapolis (Etats-Unis) ; 2005 (10 jours), 2006 (10 jours), 2007
(10 jours), 2008 (10 jours)
François Trahay : Argonne National Laboratory (Etats-Unis) ; 2008 (3 semaines), 2009 (2
semaines)
François Trahay : Université de Tokyo (Japon) ; 2009 (2 semaines)
Pierre-André Wacrenier : Université d’Ioannina (Grèce) ; 2008 (1 semaine)
7.12
7.12.1
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Invitations
EPSN ; ACI GRID ; 2002-2005
GRID5000 ; ACI GRID ; 2005-2006
TLSE ; ACI GRID ; 2002-2005
ACI Masse de Données ; 2005-2006
SIRE ; ACI IMPBIO ; 2004-2006
ASTER ; ANR CIS ; 2007-2009
HALOBAR ; ANR Blanc ; 2006-2010
LEGO ; ANR CIGC ; 2006-2009
MASSIM ; ANR Masse de Données ; 2005-2008
NOSSI ; ANR CIS ; 2007-2010
NUMASIS ; ANR CIGC ; 2006-2009
PARA ; ANR CIGC ; 2005-2007
PETAL ; ANR COSINUS ; 2009-2011
ProHMPT ; ANR COSINUS ; 2008-2010
SOLSTICE ; ANR COSINUS ; 2007-2009
ANNEXE – SATANAS
246
– COA ; ARC-INRIA ; 2005-2006
– PLASMA ; ARC-INRIA ; 2005-2007
7.12.2
–
–
–
–
–
–
CEA-CESTA ; 2005-2008
CEA Ile-de-France ; 2005
EDF ; 2006-2009
Myricom ; 2007-2009
SAMTECH ; 2005-2007 et 2009-2011
TOTAL ; 2008-2010
7.12.3
Logiciels déposés
– Open-MX (http ://open-mx.org) : APP IDDN.FR.001.290034.000.S.P.2008.000.31235 : Passage de messages haute performance sur technologies Ethernet génériques
– PadicoTM
(http
://runtime.bordeaux.inria.fr/PadicoTM/)
:
APP
IDDN.FR.001.260013.000.S.P.2002.000.10000 : Plateforme de communication hauteperformance pour grilles
– PaStiX (http ://pastix.gforge.inria.fr) : APP IDDN.FR.001.230016.000.S.C.2008.000.31235.
Solveur parallèle supernodal pour la résolution de systèmes linéaires creux
7.12.4
Autres logiciels
– EPSN (http ://www.labri.fr/projet/epsn/) : Environnement pour le Pilotage de Simulations
Numériques
– FMB : Code parallèle multipôles pour l’astrophysique et la dynamique moléculaire
– ForestGomp (http ://runtime.bordeaux.inria.fr/forestgomp/) : Plateforme OpenMP pour
architectures hiérarchiques
– HIPS (http ://hips.gforge.inria.fr) : Méthodes de résolution parallèles itératives et hybrides
directes/itératives pour les systèmes linéaires creux
– LibMultiscale (http ://libmultiscale.gforge.inria.fr/) : Bibliothèque parallèle pour le couplage
de méthodes multiéchelles en physique des matériaux
– Marcel (http ://runtime.bordeaux.inria.fr/marcel/) : Bibliothèque multithreads pour calcul
haute performance
– MPICH2-Nemesis (http ://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/) : Implémentation
portable et haute performance de MPI
– MUMPS (http ://mumps.enseeiht.fr/) : Solveur multifrontal parallèle pour la résolution de
systèmes linéaires creux
– NewMadeleine (http ://runtime.bordeaux.inria.fr/newmadeleine/) : Moteur d’optimisation
dynamique des communications pour réseau haute performance
– PIOMan (http ://runtime.bordeaux.inria.fr/pioman/) : Gestionnaire d’entrées/sorties unifié
– Scotch (http ://scotch.gforge.inria.fr) : Bibliothèques séquentielles et parallèles pour le partitionnement de graphes, le placement statique et la renumérotation de matrices creuses
– StarPU (http ://runtime.bordeaux.inria.fr/StarPU/) : Support exécutif unifié pour architectures multicoeur hétérogènes
7.13
7.13.1
Thèses
– Emmanuel Agullo (codir. Abdou Guermouche avec Jean-Yves L’Excellent LIP ENS-Lyon) :
"Méthodes directes hors-mémoire (out-of-core) pour la résolution de systèmes linéaires creux
de grande taille", Novembre 2008, ENS-Lyon
– Guillaume Anciaux (dir. Olivier Coulaud et Jean Roman) : "Simulation multi-échelles des
solides par une approche couplée dynamique moléculaire / éléments finis. De la modélisation
à la simulation haute performances", Juillet 2007, LaBRI
– Elisabeth Brunet (dir. Raymond Namyst) : "Une approche dynamique pour l’optimisation
des communications concurrentes sur réseaux haute performance", Décembre 2008, LaBRI
– Cédric Chevalier (dir. François Pellegrini) : "Conception et mise en oeuvre d’outils efficaces
pour le partitionnement et la distribution parallèles de problèmes numériques de très grande
taille", Septembre 2007, LaBRI
– Aurélien Esnard (dir. Olivier Coulaud et Jean Roman) : "Analyse, conception et réalisation
d’un environnement pour le pilotage et la visualisation en ligne de simulations numériques
parallèles", Décembre 2005, LaBRI
– Pierre Fortin (dir. Olivier Coulaud et Jean Roman) : "Algorithmique hiérarchique parallèle
haute performance pour les problèmes à N-corps", Novembre 2006, LaBRI
– Marc Pérache (dir Raymond Namyst) : "Contribution à l’élaboration d’environnements de
programmation dédiés au calcul scientifique hautes performances", Octobre 2006, LaBRI
– Tzvetomila Slavova (codir. Abdou Guermouche avec Patrick Amestoy INPT) : "Résolution
triangulaire de systèmes linéaires creux de grande taille dans un contexte parallèle multifrontal et hors-mémoire", Avril 2009, INPT
– Samuel Thibault (dir. Raymond Namyst) : "Ordonnancement de processus légers sur architectures multiprocesseurs hiérarchiques : BubbleSched, une approche exploitant la structure
du parallélisme des applications", Décembre 2007, LaBRI
7.14
7.14.1
Autres
– Membre du COST GTAI à l’INRIA depuis 2007 (O. Coulaud)
– Intervenant à l’école CEA-EDF-INRIA du 6 au 9 novembre 2006, "Calcul scientifique intensif : algorithmes, outils logiciels et applications" (P. Henon)
– Conseiller Scientifique auprès du CEA/DAM depuis 2008 (R. Namyst)
– Intervenant à l’école d’été CEA-EDF-INRIA de juin (2006, 2 semaines) (R. Namyst)
– Responsable scientifique du projet Grid’5000 pour le site Bordelais (2004-2007) (R. Namyst)
– Directeur du département informatique de Bordeaux 1 (2005-2006) (R. Namyst)
– Directeur adjoint de l’UFR Math-Info (2008-2009) (R. Namyst)
– Participation à la mise en place de l’accord Cadre EDF R&D-INRIA (2009) (R. Namyst et
J. Roman)
– Directeur des études des licences professionnelles SIL de l’Université de Bordeaux 1 (P.
Ramet)
– Responsable national du projet ANR CIS 2006 SOLSTICE (J. Roman)
– Intervenant à l’école CEA-EDF-INRIA du 6 au 9 novembre 2006, "Calcul scientifique intensif : algorithmes, outils logiciels et applications" (J. Roman)
– Président du comité des projets de l’INRIA Futurs (2005-2007) (J. Roman)
– Délégué scientifique et président du comité des projets de l’INRIA Bordeaux - Sud-Ouest
(depuis 2008) (J. Roman)
– Conseiller scientifique pour le HPC à l’INRIA (J. Roman)
– Membre du comité stratégique du calcul intensif (CSCI) du Ministère (J. Roman)
– Membre du conseil scientifique du CEA-DAM (2009-2012) (J. Roman)
ANNEXE – SATANAS
248
Projet transversal
• ViSiDiA : Visualisation, simulation et preuves d’algorithmes distribués
Responsable : M. Mosbah
Mots-clés : Algorithmique distribuée, visualisation d’algorithmes, preuves
formelles d’algorithmes, implémentation, expérimentation.
8.1
Bilan du projet ViSiDiA
Membres permanents : P. Castéran, Y. Métivier, M. Mosbah, A. Zemmari
Non permanents (doctorants) : V. Filou, M. Tounsi
Non permanents (IR) : C. Aguerre
Invités : S. Gruner (Afrique qdu Sud), A. Habel (Oldenburg, Allemagne), M. Jmaiel (Sfax, Tunisie)
Anciens membres : M. Bauderon (actuellement au LIAMA - Chine), B. Derbel (doctorant 20022006, MC Lille), B. Hamid (doctorant 2003-2004, MC Toulouse), Sh. Abbas (doctorante 2005-2008,
postdoc Montréal).
Introduction
Les questions relatives aux systèmes distribués constituent un axe majeur de la recherche en
informatique et interviennent dans de nombreuses applications ; citons par exemple la conception
et le développement d’architectures distribuées, la définition et le développement d’environnements de programmation distribués, la description et la validation de programmes distribués ou
bien encore l’étude des communications dans les systèmes distribués. La maîtrise de ces environnements complexes passe par celle de leur fondement, que constitue l’algorithmique distribuée. En
s’appuyant sur des expertises de diverses équipes du laboratoire, le projet visidia continue son ambition de mettre au point un cadre unifié et riche allant des problèmes théoriques des algorithmes
distribués jusqu’à une implémentation effective. Ce projet propose de fournir des outils permettant
de coder, d’étudier, de prouver et d’enseigner différents aspects de l’algorithmique distribuée.
Modélisation d’algorithmes distribués
Les algorithmes distribués sont très complexes à concevoir, à étudier et même à représenter,
notamment lorsque les noeuds, ne disposant d’information que sur les noeuds voisins du réseau,
doivent participer a l’élaboration d’un fonctionnement global (problèmes d’élection d’un noeud du
réseau, de calcul d’un arbre recouvrant, de connaissance de propriétes globales, gestion des pannes,
de détection de la terminaison, etc). Depuis de nombreuses années, nous étudions un modèle fondé
sur les réécritures d’étiquettes de graphes permettant d’offrir un bon niveau d’abstraction pour
une large famille d’algorithmes distribués.
On considère un réseau de processeurs ayant une topologie quelconque. Il est représenté par
un graphe étiqueté, connexe, et non orienté, où les sommets correspondent aux processeurs et
les arêtes aux canaux de communication. Les processeurs communiquent seulement par envoi de
messages asynchrones. L’étiquette d’un sommet (resp. d’une arête) code l’état du processeur (resp.
du lien de communication) correspondant. Un calcul sur un réseau, qui consiste donc à faire évoluer
ces états, peut être décrit par des règles de réécriture de graphes. Chaque règle, définie par un
CHAPITRE 8. PROJET TRANSVERSAL
250
graphe connexe et deux étiquetages de ce graphe, traduit une étape élémentaire du calcul effectuée
sur une portion locale du graphe.
Un système de réécriture est défini par la donnée d’un ensemble dénombrable de règles. A partir
de l’état initial d’un réseau, donc d’un étiquetage initial, l’exécution d’un algorithme distribué est
modélisée par une suite d’applications de règles. Une comparaison ainsi qu’une hiérarchie entre
types de régles a été effectuée dans l’équipe combinatoire et algorithmes. Nous nous intéressons
dans le projet visidia à trois types de règles :
– calcul local de type LC0 ou Rendez-vous : Dans ce type de calcul, un processeur échange les
informations avec un voisin. Chacun des deux processeurs impliqués a la possibilité, lors de
ce rendez-vous, de faire des mises à jour sur son état après avoir reçu les informations de
l’autre processeur ;
– calcul local de type LC1 : L’échange d’informations se fait entre un processeur et tous ses
voisins. Seul le centre (le processeur centre de l’étoile) peut faire des mises à jour après avoir
collecté les informations des voisins ;
– calcul local de type LC2 : L’échange d’informations se fait aussi entre un processeur et tous
ses voisins. Le centre et les voisins peuvent faire des mises à jour.
Dans un système distribué avec échange de messages, l’implémentation automatique d’un algorithme décrit à l’aide de ces règles de réécriture amène, en particulier, à étudier les algorithmes
probabilistes permettant de synchroniser deux sommets voisins ou bien un sommet avec l’ensemble de ses voisins et plus généralement un ensemble de sommets correspondant à une règle
de réécriture. Ces procédures probabilistes, étudiés par les membres de l’équipe combinatoire et
algorithmes, sont implémentées dans la plate-forme logicielle visidia, et servent de brique de base
pour l’ensemble des algorithmes développés. Nous avons étudié un modèle d’implémentation basé
sur les agents mobiles.
Calculs locaux et agents mobiles
Le paradigme d’agents mobiles pour l’implémentation des calculs locaux, et notamment des
trois types de règles précédentes, permet d’obtenir des solutions résistantes à certaines pannes et
fonctionnant sur des réseaux dynamiques. Nous avons mis au point des procédures à l’aide d’agents
mobiles pour l’implémentation des règles ci-dessus. Dans ce modèle, on suppose que les noeuds
sont passifs et que les agents mobiles représentent les entités de calculs qui appliquent les règles.
Cette séparation permet d’introduire un niveau d’abstration entre le réseau, représenté par les
noeuds et les arêtes, et le calcul distribué, représenté par les agents. Dans les modèles classiques,
par exemple à base de passage de messages, les noeuds définissent aussi bien la topologie du
réseau que les entités de calcul. L’encapsulation des calculs locaux par des agents mobiles permet
de trouver de nouvelles solutions qui peuvent s’avérer plus efficaces. Nous avons en particulier
étudié le problème da la poignée de mains (Handshake), qui consiste à calculer à chaque noeud un
ensemble d’arêtes qui ne se recouvrent pas, et qui permet d’implémenter des règles de type LC0.
Une étude comparative a été effectuée par rapport à l’algorithme de rendez-vous implémenté par
les messages. Nous avons également étudié quelques algorithmes distribués spécifiques aux agents
mobiles comme le calcul distribué d’arbres recouvrants, le rassemblement d’agents, ou encore la
collecte d’informations. les principales contributions concernent l’amélioration des temps de calcul
en modélisant le déplacement des agents par des marches aléatoires (travaux de thèse de B. Derbel
et Sh. Abbas).
Tolérance aux pannes à l’aide de visidia
Nous avons introduit la notion de pannes dans le modèle des calculs locaux et dans la plateforme visidia. En utilisant les structures de contrôle des systèmes de réécriture, nous avons montré
comment transformer un système de réécriture codant un algorithme distribué en un équivant qui
tolère les pannes. Par ailleurs, nous avons introduit la notion de règles de correction qui consiste
à corriger les configurations illégitimes ou incorrectes, et nous l’avons utilisé pour définir des
algorithmes auto-stabilisants. L’intérêt de ces algorithmes, outre leur résistance aux perturbations,
CHAPITRE 8. PROJET TRANSVERSAL
251
est de pouvoir s’exécuter même avec un état initial arbitraire. Par exemple, un algorithme de 3coloration d’un anneau peut être codé par un système comportant des règles de correction locales
de coloration. L’algorithme est auto-stabilisant et converge vers une coloration globale correcte de
l’anneau. Tous les algorithmes étudiés sont implémentés à l’aide de la plate-forme visidia. Nous
avons développé un module permettant de simuler une panne à l’aide de l’interface graphique.
A chaque sommet du graphe est associé un détecteur de panne, que nous avons implémenté à
l’aide d’un processus léger. L’utilisateur peut ainsi, en utilisant l’interface graphique, simuler et
visualiser la panne d’un sommet ou d’une arête et observer l’exécution d’un algorithme distribué.
Preuves formelles d’algorithmes distribués
Récemment, nous nous sommes intéressés à l’utilisation des techniques de preuves formelles
pour la correction d’algorithmes distribués codés par des calculs locaux. Prouver qu’un algorithme
distribué est correct peut être un travail long, contenant de nombreux calculs, et pouvant être
entaché d’erreurs ou d’omissions s’il est fait sur le papier (à la main). Il est très difficile, au vu
d’algorithmes complexes comme celui de Mazurkiewicz, de se convaincre de leur correction. Face
à cette complexité, il est nécessaire de construire les outils permettant d’être confiant dans la
correction de ces algorithmes. Ceci peut passer par des outils de visualisation de leur exécution,
en utlisant la plate-forme visidia que nous avons développé, mais ne peut qu’être renforcé par
l’adaptation à ce type d’algorithmes de techniques prouvées de production de programmes certifiés
au moyen de méthodes formelles. L’objectif de cet environnement de preuves est non seulement
de faciliter la preuve de correction d’un algorithme donné mais également de mettre au point
des propriétés génériques de classes d’algorithmes. Nous avons démarré ce travail en collaboration
avec le LORIA dans le cadre de l’ANR RIMEL, en explorant les techniques de preuves basées
sur le raffinement et utilisant l’environnement RODIN. Un catalogue d’algorithmes prouvés a
été mis en place, ainsi qu’un outil permettant de générer automatiquement du code visidia à
partir des développements obtenus de modèles B. Ceci permet d’implanter et de visualiser avec
l’environnement visidia des algorithmes prouvés corrects par constrution. Le modèle de calculs
locaux présente un degré d’abstration élevé qui s’adapte à l’intégration de preuves mathématiques
aux algorithmes distribués et qui permet d’avoir des résultats généraux prouvés. Nous sommes en
train de formaliser la sémantique des calculs locaux à l’aide de l’assistant de preuve Coq en nous
appuyant sur des compétences locales au laboratoire. L’ambition de ce travail est de disposer d’un
environnement de preuves (semi-)automatiques spécifique aux calculs locaux et accessibles aux non
spécialistes de la démonstration interactive. Nous avons déjà obtenus des résultats concernant la
classe d’algorithmes LC0. Outre la mise au point d’une preuve complète de l’algorithme d’élection
d’un sommet dans un arbre avec connaissance initiale du degré, nous avons montré qu’il n’existe
pas d’algorithme d’élection de la classe LC0 dans un arbre non décoré (sans connaissance initiale
du degré).
8.2
Faits marquants, contrats, coopérations ...
Nous avons des liens privilégiés et historiques avec des groupes de recherche européens sur
les “transformations de graphes et grammaires de graphes”. Nous participons régulièrement à la
conférence bi-annuelle ICGT (International Conference on Graph Transformation) et nous nous
occupons en particulier de l’organisation du workshop GCM (Graph Computation Models) qui a
lieu déjà en 2006 et en 2008.
Dans le cadre du déveploppement de techniques de preuves formelles pour les calculs locaux,
nous avons une ANR (RIMEL) avec le LORIA et Clearsy. Ce travail a pour objectif d’appliquer
les techniques de preuves par raffinement aux calculs locaux et de développer des interfaces entre
les environnements RODIN et VISIDIA. Un fait marquant, issu de ce travail, est la mise au
point d’un environnement qui permet de générer automatiquement un algorithme distribué depuis
sa spécification de très haut niveau en B jusqu’à son animation à l’aide du logiciel VISIDIA.
Nous avons des collaborations avec d’autres équipes françaises spécialistes en preuves formelles
(laboratoire Cedric, INRIA Proval, ENS-Lyon) pour développer des preuves interactives. De plus,
nous avons des contacts avancés avec le LIAMA et l’ISCAS (Chine) pour une collaboration sur les
algorithmes distribués appliqués aux bases de données. En effet, les problèmes étudiés au LIAMA
sur les algorithmes pour les données réparties (langage Netlog) sont proches des calculs locaux ; et
notre objectif consiste à comparer les deux approches, et étudier la possibilité d’implémenter les
requêtes Netlog à l’aide de l’environnement VISIDIA.
Nous avons également une collaboration très développée avec Sfax (Tunisie) qui a fait l’objet
d’un projet d’échange de chercheurs STIC (INRIA/DGRST-Tunisie ) en 2006 et 2007. Nous avons
trois étudiants en cotutelle de thèse dans le cadre de cette échange, dont un étudiant qui vient
de soutenir. Par ailleurs, l’enseignement en master à l’aide de la plate-forme VISIDIA est utilisé
aux universités de Lille, Aix-Marseille et Pretoria (Afrique du Sud). Nous avons actuellement des
contacts directs avec un groupe d’étudiants en master à l’université de Pretoria qui a un projet
sur la plate-forme VISIDIA, et qui découvre par là-même nos offres de formation et nos travaux
de recherche.
Recherches pluridisciplinaires
• SCRIME : Studio de Création et de Recherche en Informatique et
Musique
Responsable : M. Desainte-Catherine
Mots-clés : recherche en informatique musicale, création de musique électroacoustique, collaboration chercheurs / compositeurs et transfert technologique
vers la création musicale, postproduction musique et vidéo, diffusion, pédagogie.
• CBIB : Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Responsable : A. De Daruvar
Mots-clés : bioinformatique, génomie fonctionnelle.
9.1
Le SCRIME
Le SCRIME résulte d’une convention de partenariat entre le CRR 1 , l’ENSEIRB 2 et l’Université Bordeaux 1.
9.1.1
Objectifs
Le SCRIME a pour objectifs (1) de favoriser la collaboration entre scientifiques et artistes à des
fins de recherche et de création, les artistes bénéficiant d’un transfert de connaissances scientifiques,
et les scientifiques de l’expertise musicale des créateurs ; (2) de favoriser la diffusion internationale
des résultats des recherches et des oeuvres artistiques ; (3) de promouvoir les collaborations scientifiques et artistiques avec d’autres centres de recherche et de création en France ou à l’étranger ;
(4) de favoriser les actions pédagogiques dans les institutions partenaires ainsi que dans les autres
établissements publics d’enseignement et de création à tous les niveaux. Le SCRIME est la seule
structure en France dédiée à la collaboration entre recherche scientifique et création musicale qui
soit adossée à une université scientifique et qui s’appuie sur un rapprochement avec le conservatoire
(situation que l’on trouve par contre couramment aux Etats Unis).
9.1.2
Fonctionnement
Le SCRIME est dirigé par deux codirecteurs (scientifique et artistique) et comporte une équipe
composée d’une secrétaire (CDD Université Bordeaux 1), d’un assistant-ingénieur titulaire de
l’ENSEIRB à mi-temps et d’un assistant technique de composition en CDD sur fond propre. Les
ressources de fonctionnement du SCRIME, outre le soutien logistique apporté par ses partenaires,
proviennent en grande partie du ministère de la culture (Direction de la Musique, de la Danse, du
Théatre et du Spectacle).
1. Conservatoire à Rayonnement Régional de Bordeaux
2. Ecole Nationale Supérieure d’électronique, Informatique et Radiocommunication de Bordeaux
CHAPITRE 9. RECHERCHES PLURIDISCIPLINAIRES
254
Le SCRIME réunit quatre chercheurs permanents de l’équipe image et son du LaBRI, trois
compositeurs en tant que chercheurs associés du LaBRI, et une dizaine de compositeurs en résidence chaque année.
9.1.3
Bilan
Les activités de recherche du SCRIME reposent sur plusieurs collaborations pluridisciplinaires
sur le site (Université de Bordeaux 2 et Université de Bordeaux 3), nationales, internationales
(IRCAM, CCRMA, McGill, etc.) et industrielles (iKlax média, Jazz Mutant, Blue Yeti). Ces
activités ont donné lieu durant ces quatre dernières années à 5 thèses de doctorat, une HDR,
plus d’une quarantaine de publications, 6 ANR (DESAM, 2PIM, Virage, Simbals, Creapro et
DReaM), cinq logiciels (RetroSpat, I-Score, acousmoscribe, percussion aérienne, poulpe3D) ainsi
qu’un contrat industriel (iKlax) et deux brevets.
Les activités artistiques du SCRIME permettent de produire une dizaine de créations et une
vingtaine de concerts, concerts-lectures et concerts scolaires par an, souvent en partenariat avec
d’autres structures culturelles.
Enfin, le SCRIME a permis de réunir les compétences nécessaires à la mise en place d’un
certain nombre d’enseignements académiques au sein de ses établissements partenaires, mais aussi
des interventions à différents niveaux en école publique ainsi que des ateliers et des animations.
L’accueil de stagiaires est un indicateur significatif de l’attractivité du SCRIME – plus d’une
dizaine par an et à tous les niveaux (du stage de troisième au stage de master recherche) et dans
différentes disciplines (informatique, musique, vidéo, sciences cognitives).
Concernant la recherche, la spécificité du SCRIME permet la mise en place d’une boucle allant
de l’émergence de projets jusqu’au transfert technologique en passant par la recherche fondamentale qui s’exerce au sein du thème Modélisation du son et de la musique de l’équipe Image et Son
du LaBRI. En effet, le SCRIME favorise l’émergence de projets de recherche pluridisciplinaires en
collaboration étroite avec des compositeurs, citons par exemple le projet PSI (programme interdisciplinaire CNRS Neuroinformatique) du pôle TI s’appuyant sur quatre laboratoires du PRES
et le projet ANR Creapro qui est par contre purement musical. Le SCRIME favorise aussi le développement d’outils à destination de la création musicale issus des résultats des recherches du
thème MSM. De plus, les compétences musicales qui sont réunies au SCRIME permettent aux
chercheurs de rivaliser avec les plus grands centres de recherche en France et dans le monde sur
bien des problèmes ouverts.
9.2
Le CBiB
A l’échelle régionale, à travers la direction scientifique du Centre de Bioinformatique de
Bordeaux, le LaBRI est partenaire du centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (http:
//www.pgfb.u-bordeaux2.fr/), ce qui offre un environnement particulièrement favorable pour
établir des collaborations avec les biologistes. Les principaux partenariats du CBiB impliquent des
chercheurs d’UMR de l’INRA (UMR619, UMR1019, UMR 1090, UMR 1219, UMR1202, UMR320)
ou du CNRS (UMR5536) au travers de projets se regroupant selon les trois axes suivants :
– Représentation et standardisation des données de biologie (notamment en métabolomique)
– Génomique comparative
– Méthodes et outils pour l’intégration des données de génomique fonctionnelle
Le CBiB participe (ou a participé au cours de 2 dernières années) à de nombreux projets financés sur le plan national ou européen : Evoltree (Europe, NOE FP6), ProteomeBinders (Europe,
CA FP6), Elixir (Europe, FP7-Infrastructures), Protic WS (ANR Génoplante AO 2007), Divoeni
(ANR biodiversité AO 2007), Evolmyco (ANR GMGE AO 2006).
Le CBiB, membre du réseau national ReNabi des Plateformes de Bioinformatique, a été labélisé
en 2008 à la fois en tant que Plateforme de Bioinformatique par le GIS IBiSA et en tant que
Plateforme Stratégique par la Commission Nationale Outils Collectifs (CNOC) de l’INRA. Il est,
de plus, l’un des 6 partenaires de la plate-forme «sans mur» GRISBI (GRIlles Support pour la
BIoinformatique) labellisée IBISA 2008. Cette plate-forme grille de calcul GRISBI, animée par
Christophe Blanchet (BCP UMR5086 CNRS/Université Claude Bernard Lyon), a été mise en
place dans le cadre du réseau ReNaBi et son objectif est de permettre à terme la mutualisation
des moyens de calcul et de stockage de ses 13 plates-formes nationales (dont le CBiB) pour la
communauté bioinformatique nationale et européenne.
CHAPITRE 9. RECHERCHES PLURIDISCIPLINAIRES
256
Annexes
CHAPITRE 10. ANNEXES
10.1
258
Hygiène et sécurité
Le bâtiment et les activités menées au LaBRI n’entrainent pas un risque élevé pour le personnel.
Néanmoins la Direction met tout en oeuvre pour respecter les obligations réglementaires prévues
par le Code du Travail ; en particulier en ce qui concerne le principal risque qu’est l’incendie du
bâtiment.
10.1.1
Bilan des accidents et incidents survenus dans l’unité et mesures
prises
Nous reprenons ici les accidents/incidents inscrits au Registre d’Hygiène et Sécurité du LaBRI. Les événements d’ordres techniques (p.ex. la maintenance des BAES) ne sont pas listés ; les
problèmes non résolus ou en cours de traitement sont indiqués dans la section 10.1.5. Au total,
cinq évènements sont intervenus traités pour la plupart localement.
10.1.2
Identification des risques de l’unité et dispositions mises en
oeuvre
Le Document Unique (d’Evaluation des Risques Professionnels) identifie les risques suivants :
L’incendie du bâtiment : Il s’agit du principal risque auquel est exposé l’ensemble du personnel.
Actions de prévention :
– Formation d’une équipe de Chargés d’Evacuation et de Gestionnaires de Centrale Incendie.
– Formation d’une équipe de Chargés d’Evacuation
– Mise en place et diffusion à l’ensemble du personnel de la procédure d’évacuation du
laboratoire en cas d’incendie.
Nuisances sonores : Provoquées par les machines des salles serveurs et Grid’5000. Ne concerne
que pour les personnes travaillant de manière prolongée dans ces salles.
– Restriction des accès aux seules personnes habilitées
– Signalisation des personnes exposées à la médecine préventive
– Mise à disposition d’Equipements de Protection Individuels (casques ou bouchons antibruit) au personnes exposées
– Signalisation du risques sur les portes d’accès.
Chute de hauteur : Ce risque ne concerne que les personnes devant travailler sur la nacelle
mobile du Centre de Réalité Virtuelle Hémicyclia.
– Restriction des accès aux seules personnes habilitées
– Signalisation du risque sur la nacelle
Travail sur écran : Troubles Musculo-Squelettiques (TMS) pouvant concerner l’ensemble du
personnel.
Actions de prévention : A ce jour aucune. Une sensibilisation au risque devra être envisagée avec l’aide de la médecine préventive. Un recensement des personnes présentant des
TMS est à prévoir.
Stress : Provoqué par le claquement répété d’une porte. Ce risque ne concerne que les personnes
travaillant dans les bureaux au 1er étage du bâtiment aile sud proche de la porte d’accès à
la partie sécurisée.
Actions de prévention : A ce jour aucune. La transformation des bureaux en salles de
réunion est envisagée.
10.1.3
259
Structures d’Hygiène et de Sécurité propres à l’unité
La Directrice veille à la sécurité et à la protection des personnels et assure la sauvegarde des
biens de l’Unité. Pour l’aider dans la mise en oeuvre de cette obligation réglementaire, la structure
suivante est mise en place :
Agent Chargé de la Mise en Oeuvre : Le poste d’ACMO est occupé par G. Point (IR
CNRS). Il assiste et conseille la Directrice d’Unité, il informe et sensibilise les personnels
travaillant dans l’Unité pour la mise en oeuvre des consignes d’Hygiène et Sécurité.
Equipe de première intervention : Le LaBRI a constitué une équipe de 12 Chargés d’évacuation, de 3 Gestionnaires de centrale incendie et de 8 secouristes formés PSC1 (Protection et
Secours Civiques Niv. 1).
Comité Spécial d’Hygiène et Sécurité : L’effectif du LaBRI dépasse 50 personnes ce qui
pourrait justifier la mise en place d’un Comité Spécial d’Hygiène et Sécurité. Toutefois, le
risque auquel sont exposés les personnels du laboratoire étant faible, les questions d’Hygiène
et Sécurité sont abordées en Conseil de Laboratoire qui tient lieu de CSHSCT.
Représentants de la Direction en cas d’Incendie : Il a été établie une liste de suppléants de
la Directrice autorisés à prendre les premières mesures de sécurité permettant la protection
des personnes et des biens du LaBRI vis à vis du risque incendie.
Il est important de noter que depuis fin 2008, l’Université de Bordeaux I a mis en place un
Poste Central de Sécurité Incendie qui apporte son soutien au laboratoire en cas d’incendie ou
pour le secours à personnes.
10.1.4
Formation des personnels
En matière de prévention des risques, les personnels permanents du LaBRI reçoivent une
formation aux règles d’Hygiène et Sécurité dispensée par leur employeur (Université Bordeaux,
CNRS, ...) au moment de leur recrutement.
Le Règlement Intérieur rappelle les règles interne en matière d’Hygiène et Sécurité. Les
consignes générales de sécurité de l’Université de Bordeaux I sont affichées dans l’ensemble du
bâtiment. Les consignes sur l’organisation interne de la sécurité incendie sont diffusées à l’ensemble du personnel et accessible sur l’intranet du laboratoire. Commen indiqué dans les sections
précédentes des personnels sont formés aux premiers secours et à l’évacuation du bâtiment.
Hormis le personnel d’entretien qui est formé par leur chef de service à l’utilisation de la laveuse
de sol auto-portée, le LaBRI ne possède pas d’équipement ou de poste qui pourrait demander une
formation spécifique. Le laboratoire s’étant doté d’une Défibrillateur Automatisé Externe, des
sessions de démonstration de son utilisation ont été organisées (il ne s’agit pas de formations).
Les personnels non permanents ne reçoivent pas de formation.
10.1.5
Problèmes de sécurité subsistant
Etant donné l’effectif du LaBRI, le ratio de personnes formées en matière d’Hygiène et Sécurité
devrait être amélioré. Habituellement on estime que 10% du personnel devrait être formé par type
d’action (évacuation, maniement des extincteurs, PSC1, ...).
10.2
Formation du personnel
Durant la période de 2005 à fin juin 2009, le volume des formations suivies par l’ensemble
du personnel du laboratoire est de 3436 heures. On peut remarquer que le nombre d’heures de
formation est en très forte augmentation depuis 2007 (voir figure 10.1. Ceci reflète la volonté
de la direction du laboratoire ainsi que de nos établissements de tutelles de permettre l’accès
d’un large public à toute une palette de formations. On peut constater figure 10.2 que les agents
CNRS bénéficient d’un volume de formation plus important que les autres agents. Cette différence
260
1400
1200
1000
800
600
400
200
0
2005
2006
2007
2008
2009
Figure 10.1 – Volume horaire des formations.
70
60
50
40
30
20
10
0
Bordeaux1
CNRS
ENSEIRB
INRIA
Figure 10.2 – Personnels formés par établissement.
importante entre les agents CNRS et les agents de Bordeaux 1 et de l’ENSEIRB s’explique par
le fait que les enseignants chercheurs se forment peu et les doctorants ne sont pas toujours admis
dans les formations.
Les stagiaires sont essentiellement les personnels techniques (ingénieur de recherche, technicien), les personnels administratifs et le personnel contractuel (figure 10.3). Ces catégories de
personnel se consacrent entièrement à leur métier et à son évolution. Par contre les charges d’enseignement qui pèsent sur les enseignants chercheurs les empêchent souvent de participer à des
formations longues.
Le fait que le service administratif comprenne une proportion considérable de contractuels (5
pour 11 permanents) nécessite la mise en place de plans de formation individuels. Cela explique
aussi l’augmentation du nombre d’heures de formation suivies par ces agents depuis 2007. La
figure10.4 montre la répartition par nature de formation suivies depuis 2005.
Les formations les plus suivies sont celles des catégories langues vivantes, métier et hygiène et
sécurité.
– Langues vivantes : la pratique de l’anglais est primordiale dans l’environnement de la recherche et est nécessaire aux échanges et coopérations internationales. Le CNRS propose à
261
2005
2006
2007
2008
2009
45
40
35
30
25
20
15
10
5
0
do
ts
s
rs
ue
eu
an
ch
iq
or
ct
EC
d
cd
er
ch
m
n
ch
ad
te
Figure 10.3 – Population formée.
Hygiene et sécurité 13%
Développement personnel 11%
Culture institutionnelle 4%
Bureautique 5%
Langues vivantes 35%
Métier 31%
Figure 10.4 – Nature des formations.
262
ces agents des formations adaptés à leur environnement de travail et les formations en langue
vivante sont suivies à la fois par les chercheurs et le personnel administratif.
– Métier : On constate une réelle adhésion des agents à la formation continue aussi bien pour
améliorer leurs connaissances que leurs compétences afin d’être plus en adéquation avec leur
fonction et/ou faire évoluer leur métier.
– Hygiène et sécurité : La désignation d’un nouvel ACMO en 2007 a nécessité de former cet
agent. Par ailleurs, le dynamisme de cet agent a permis la sensibilisation et la formation
de nombreuses personnes dans le domaine de l’hygiène et la sécurité, conformément à la
réglementation.
Le bilan des formations suivies est globalement positif et les besoins en formation semblent satisfaits. Un effort est toutefois encore à faire dans le domaine hygiène et sécurité.
10.3
Formation doctorale
La taille du laboratoire, les diverses sources de financements et les réformes du LMD ont
conduit le laboratoire à mettre en place une politique de formation doctorale, depuis le recueil des
sujets jusqu’au recrutement, installation et suivi des doctorants. La formation doctorale centralise
l’ensemble des sujets de thèse, validés au préalable par le Conseil Scientifique du laboratoire, et
utilise cette liste pour les divers guichets de financement (allocations ministérielles, BDI, etc).
Ceci permet au laboratoire d’améliorer les deux critères importants pour les doctorants : durée
des thèses et devenir des doctorants.
Recueil des sujets et demandes de financement
Tous les doctorants du laboratoire disposent d’un financement principal (Allocation de recherche, ANR, BDI, CIFRE). Le laboratoire prépare une liste classée de sujets de thèse dès le
mois d’octobre, qui tient compte de la politique scientifique du laboratoire (priorités, capacités
d’encadrement, etc). A titre d’exemple, la formation doctorale a reçu plusieurs propositions de
sujets de thèse en octobre 2008, le conseil scientifique du laboratoire a validé 35 propositions et a
retenu, après plusieurs réunions, 14 propositions prioritaires. Cette liste est ensuite utilisée pour
les diverses demandes de financement : allocations ministérielles fléchées, allocations ministérielles
locales, projets région, CNRS. L’autre objectif pricipal de cette liste est un affichage assez tôt à
destination des candidats pour aiguiller les étudiants vers les sujets prioritaires dès les projets de
master.
Recrutement des doctorants
Afin de préserver l’excellence de la qualité de sa formation doctorale, le laboratoire a mis en
place un dispositif qui valide toute candidature en thèse avant l’inscription administrative. En effet,
avant de procéder à son inscription, tout nouveau doctorant doit constituer un dossier et obtenir les
avis favorables du directeur de laboratoire (le responsable de la formation doctorale par délégation)
et du directeur de l’école doctorale. L’obtention de ces avis favorables n’est pas automatique,
notamment en l’absence d’informations suffisamment précises sur la formation initiale du futur
doctorant, ou sur sa situation au cours de la thèse. Concernant le recrutement des candidats sur
les financements standards (CNRS et MRT), le laboratoire s’appuie sur le conseil scientifique pour
valider les candidats. De plus, concernant les candidats CNRS, une commission du laboratoire
auditionne tous les candidats sélectionnés. En raison du calendrier des allocations MRT et du
nombre de candidats, nous n’avons pas pu mettre en place des auditions pour les candidats MRT,
mais ceci devrait être discuté dès cette année. Précisons que sur les quatre dernières années, toutes
les propositions de thèse financées ont été affectées à des candidats et aucune n’est perdue. De
plus, le laboratoire recrute de plus en plus à l’extérieur, voire à l’étranger.
263
Accueil et installation des doctorants
Chaque doctorant dispose d’un poste de travail personnalisé, souvent préparé avant qu’il s’installe au LaBRI. De plus, les bureaux des doctorants (souvent par 3) sont des bureaux banalisés
et répartis dans plusieurs endroits du batiment du laboratoire pour permettre une intégration
totale des doctorants. Une journée de rentrée des doctorants, essentiellement destinée aux nouveaux, a lieu courant octobre aucours de laquelle tous les services et les équipes de recherche du
laboratoire sont présentés. A cette occasion, les nouveaux doctorants sont présentés aux membres
du laboratoire er reçoivent chacun un livret d’accueil. L’association des doctorants du laboratoire
(AFODIB) participe également à cette journée et présente ses activités.
Suivi des doctorants
Le laboratoire encourage les doctorants à participer activement aux groupes de travail des
équipes ainsi qu’au séminaire du laboratoire. De plus, un séminaire géré par les doctorants et
pour eux a été mis en place. L’idée de ce séminaire est de permettre aux doctorants de disposer
d’un espace réservé aux doctorants, qui leur permet d’exposer avec aisance et d’avoir un aperçu
sur les travaux des autres doctorants. Le laboratoire propose plusieurs modules de formation
spécifiques aux doctorants. L’une des priorités du laboratoire est de s’assurer de l’avancement de
l’ensemble des thèses. Depuis 2006, le laboratoire a mis en place, avec l’école doctorale mathsinfo, le rapport d’étape du doctorant. Ce rapport, demandé à chaque doctorant et qui contient
des informations relatives à l’avancement de la thèse, est destiné à suivre chaque doctorant et à
détecter éventuellement assez tôt les problèmes afin d’intervenir rapidement. Le rapport d’étape
est lu par le responsable de la formation et par la direction du laboratoire. Ce rapport permet
également aux doctorants de préparer leur projet professionnel et de s’occuper de l’après doctorat
avant la fin de la thèse. De plus le laboratoire participe à plusieurs actions destinées à valoriser la
thèse et à rapprocher les doctorants du monde socio-économique (forum AQUIDOC, doctorantconseil, etc). Un suivi des anciens doctorants est également mis en place malgré des ressources
de secrétariat réduites au laboratoire. Tous nos doctorants sont embauchés, dont beaucoup en
entreprise.

Université Bordeaux 1 ENSEIRB MATHMECA - Université

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