Serena Système de gestion et d`Echange de données des Réseaux

Serena
mission d’accès est liée à un identifiant utilisateur
et éventuellement un mot de passe, tous deux à
introduire à l’ouverture du logiciel.
Chaque enregistrement comporte la date de création et celle de la dernière modification, et l’identifiant de l’utilisateur les ayant effectuées, ce qui permet d’améliorer la coordination du travail entre les
différentes personnes chargées de la saisie.
Système de gestion
et d’Echange de données
des Réseaux d’Espaces NAturels
Le logiciel est multi-utilisateurs, avec les mêmes
limitations que MS Access pour ce type d’opération.
Dans ce cas, l’application doit être installée sur chaque PC, et les fichiers partagés doivent être placés
sur le réseau local.
Ajouter des champs utilisateurs externes « taxons » et
« sites »
L’utilisateur disposant de MS ACCESS et connaissant
ce logiciel peut étendre les tables standard pour les
taxons et les sites en créant ses propres champs
dans les tables Ext_Taxo et Ext_Site fournies en standard dans chaque base de données.
Pour des utilisateurs travaillant sur une thématique
commune et désirant analyser l’ensemble de leurs
données, on préférera la technique d’échange de
données, qui contrairement à la réplication laisse
les bases de données opérationnelles intactes. En
effet l’agrégation s’effectue sur des données
extraites puis « mises à plat », sans caractère relationnel. Les fichiers exportés sont agrégés dans un
module spécial (OBSERVATIONS AGREGEES), qui
permet lui-même des extraits et des exportations
qui serviront à l’analyse des données.
Des outils pour aller plus loin
Associer aux données une documentation externe
A un enregistrement quelconque des modules
TAXONS, SOURCES, SITES, RELEVES ou OBSERVATIONS il est possible de lier un nombre quelconque de documents existant sous forme de fichiers et
capables de s’ouvrir sur le PC par double-clic.
Lancer des commandes externes
Une commande externe est une fonction destinée à
effectuer des opérations nécessitant des paramètres
variables définis par l’utilisateur, et généralement
plus complexes que les fonctions internes standard
prévues dans le logiciel. Cette commande est stockée
dans un fichier texte et se lance à partir menu Outils.
On peut ainsi effectuer des comptages, ou lister les
espèces présentes dans un extrait d’observations
etc.
Gérer des permissions d’accès, en mode mono ou multiutilisateur
Le module UTILISATEURS permet de gérer les permissions d’accès/modification/création. La per-
CONTACT :
www.sciena.org/serena
Réserves Naturelles de France
BP 100 – 21803 Quétigny cedex
03 80 48 91 00
[email protected]
[email protected]
Pourquoi Serena ?
Serena a été conçu pour répondre aux besoins des
gestionnaires en matière de stockage à long terme
de tout type de donnée naturaliste provenant des
inventaires faunistiques et floristiques (ou d’autres
sujets d’intérêt : objets inanimés, fossiles, minéraux).
Serena répond à plusieurs objectifs :
● Permettre de retrouver les informations voulues,
pour les présenter – ou les traiter de façon plus
approfondie à l’aide d’Excel, de MS Access, d’un SIG
(système d’information géographique) ou d’autres
outils informatiques ou manuels.
● Communiquer l’information à un organisme
central pour l’agréger et la traiter au niveau national.
● Permettre des échanges de données entre utilisateurs, ou entre un utilisateur et un organisme
central
● Fournir aux utilisateurs le référentiel taxonomique
et les autres données standard sans lesquelles on
ne peut envisager des agrégations et des échanges.
Qu’est-ce que Serena ?
Serena n’est pas une simple base de données, c’est
un véritable logiciel pour PC développé de manière
professionnelle pour toutes les versions de Windows,
d’utilisation facile grâce aux infobulles et à l’aide
en ligne originale, et demandant très peu de connaissances informatiques.Un tutoriel s’affiche à la première ouverture, guidant l’utilisateur pas à pas.
Le logiciel stocke les données dans des bases de
données au format MS Access, de façon transparente pour l’utilisateur, qui n’a donc pas à connaître
MS Access ni même à en disposer sur son ordinateur. Cette compatibilité assure néanmoins la pérennité
des données. Le logiciel permet de créer de nouvelles bases de données opérationnelles, et dispose
d’une base-exemple.
Serena est constitué de modules interconnectés et
fonctionnant de façon similaire. L’élément central
est l’observation : c’est l’ensemble de données relatives à un ou plusieurs individus d’une même espèce
observés sur un site à une certaine date par un
observateur associé à un validateur / déterminateur, dans le cadre d’un ensemble d’observations
appelé relevé.
Le logiciel bénéficie également d’un support par E-mail
et téléphone, et d’un site internet pour la mise à jour
de l’ensemble logiciel / référentiel / structure des
bases.
Des atouts pour la saisie
des données
Des référentiels communs complets et validés
Serena dispose d’un référentiel taxonomique d’environ 165 000 taxons, qui bénéficie d’une gestion
rigoureuse des synonymes et d’une représentation
hiérarchique de la taxonomie, et qui inclut les statuts
de protection. Ce référentiel est cohérent avec celui
du Muséum National d’Histoire Naturelle au double point de vue de la taxonomie et des statuts de
protection.
de listes réduites. La répétition automatique des
données est possible pour une saisie plus rapide et
est également configurable.
Une source de données peut être unique (un individu, une association) ou multiple, en étant ellemême composée de sources uniques.
Des structures hiérarchiques pour les taxons et les sites
Les modules TAXONS et SITES bénéficient d’une organisation hiérarchique des données, fondée sur des
relations ascendant-descendant. Ainsi une espèce
est le descendant d’un genre et un site inclus logiquement dans un autre est considéré comme un descendant de ce site.
Ceci rend aisé pour les taxons la saisie à un niveau
plus général (par exemple le genre ou la famille).
La recherche et l’échange
de données
Des sélections de données faciles à réaliser
Parmi les milliers ou centaines de milliers d’observations stockées, il est possible de sélectionner les
enregistrements qui satisfont certaines conditions,
par exemple toutes les observations d’oiseaux effectuées à une date donnée, etc., comme le permettent les « requêtes » familières aux utilisateurs de MS
Access.
Un masque de saisie unique pour tout type de donnée
que ce soient des données naturalistes ou concernant
des objets inanimés, qu’elles soient issues d’une
simple observation, d’un inventaire précis avec protocole, d’un suivi scientifique et ce, quelle qu’en soit
l’échelle de localisation (un point, un transect, une
entité géographique).
Les libellés des champs de saisie et les listes déroulantes de choix s’adaptent automatiquement au
groupe taxonomique (par exemple nombre de
poussins pour les effectifs d’oiseaux et nombre de
pontes pour les effectifs d’amphibiens), et même à
certains protocoles pour constituer des formulaires spécialisés.
Une rationalisation des opérations
Les modes création/modification sont distincts du
mode consultation, il n’est donc pas possible de
supprimer ou de modifier une donnée par erreur.
Lors de la fermeture d’un module ou de l’application, les paramètres sont mémorisés automatiquement, ce qui assure à l’utilisateur une reprise aisée
de son travail.
Une fonctionnalité adaptée à la saisie en grand nombre
Pour éviter des saisies répétitives, les espèces, les
relevés, les sites et les observateurs/déterminateurs
sont gérés dans des modules séparés – respectivement TAXONS, RELEVES, SITES et SOURCES,
Dans les listes déroulantes l’utilisateur peut choisir
le paramètre déterminant (par exemple nom latin
ou nom vernaculaire au choix pour les taxons), et
il est possible de sélectionner les espèces à partir
En activant le module CARTES, il est possible d’afficher toute observation sur une carte qui aura été
préalablement géoréférencée dans le logiciel. Inversement, il est possible de cliquer sur une carte géoréférencée pour importer directement les coordonnées du point d’observation dans la base de
données. L’importation des coordonnées recueillies sur le terrain à partir d’un GPS est également
possible.
L’utilisateur a la possibilité d’ajouter et de modifier
des choix dans les listes déroulantes pour personnaliser l’application et l’adapter à son mode de fonctionnement.
Il peut de même créer et gérer ses propres champs
de saisie dans des listes spéciales : ce sont les
pseudo-champs, qui s’exportent et s’importent
comme les champs standard. C’est le cas par exemple des mesures biométriques, auxquelles on peut
vouloir au cours du temps ajouter de nouveaux éléments (un nombre de plumes, une longueur du bec
etc.). Cette valeur peut être une valeur numérique,
une valeur alphanumérique, un choix non relationnel.
Un utilisateur avancé peut utiliser le module qui permet de configurer le logiciel, par exemple : définir
quelles sont les données obligatoires qui doivent
être « réclamées » par le logiciel, ou encore quels
sont les champs qui doivent changer d’objet en fonction des groupes taxonomiques ou du protocole/formulaire, ou même être déplacés ou masqués.
Pour rechercher des taxons dans le module correspondant, outre les outils de sélection classiques,
l’utilisateur dispose d’une recherche par similitude,
capable de s’affranchir des différences dans l’orthographe ou les abréviations du nom complet du taxon.
Intégration aisée de données anciennes
Possibilité d’agréger des données de deux façons
différentes
Un des atouts majeurs de Serena est sans aucun
doute de permettre d’échanger des données (au
niveau observations) entre utilisateurs. Ceci peut
s’effectuer de deux façons très différentes.
Le module CARTES est très simple à utiliser et couvre la plupart des besoins courants. Il est donc tout
à fait possible d’utiliser n’importe quel fonds de
carte ou photo aérienne de son choix. On peut également associer à chaque site un polygone fermé
ou une ligne brisée que l’on aura au préalable tracé
sur une carte à l’aide du logiciel.
L’adaptation aux besoins locaux
Des outils performants de recherche de taxons
Les tableaux de données provenant de bases prééxistantes peuvent être importées de manière automatique à la condition de faire au préalable un travail rigoureux de préparation à cette importation,
pour faire correspondre les structures et les formats.
Les erreurs de transfert sont identifiées par le logiciel et les enregistrements rejetés peuvent être aisément corrigés puis recyclés.
Des fonctions simples de cartographie
Les données de référence comportent également les
principales typologies « Habitat » (CORINE Biotope,
etc.), qui, comme le référentiel taxonomique, ne
sont pas modifiables par l’utilisateur. Ce dernier
peut néanmoins demander au support d’y ajouter
des données (protections locales etc.) qui lui sont
nécessaires, ce qui sera effectué après validation.
La vue en tableau sert de point de départ à l’exportation des données vers un tableur (Excel,
OpenOffice), vers MS Access sous forme de table,
ou même vers un SIG à l’aide du format d’échange
MIF/MID.
Dans Serena, un extrait est un ensemble d’enregistrements sélectionnés répondant à certains critères
que l’utilisateur a au préalable inscrits dans les
champs utilisé pour la saisie. Dans le module SITES,
les requêtes tiennent également compte des relations hiérachiques (recherche dans les sites-descendants).
Par ailleurs la notion de relevé désigne un groupe
d’observations ayant des éléments en commun, par
exemple une « campagne d’inventaire Natura
2000 », et facilite la sélection des fiches d’observations.
Vue en tableau et exportation des données
sélectionnées
La vue en fiche est celle qui correspond au masque
de saisie, mais l’utilisateur peut d’un clic présenter
l’ensemble des fiches sélectionnées sous forme de
tableau. Le fait de lancer un extrait (sélection des
lignes) puis de sélectionner des champs (colonnes)
revient à définir une requête que l’on peut enregistrer dans un fichier. Contrairement à MS Access,
ces manipulations se font sans aucun risque d’erreur, sans avoir à créer les liens entre les tables.
La fonctionnalité des bases de données réparties
permet de répliquer sur une base maîtresse les
observations saisies dans des bases subordonnées.
Dans ces dernières, les données de configuration
et éventuellement d’autres données-clés, comme
les sites, sont elles-mêmes répliquées à partir de la
base maîtresse pour assurer leur cohérence. Des
identifiants alloués aux bases de données rendent
possible la traçabilité des enregistrements répliqués. Cette méthode est surtout applicable à l’intérieur du même organisme pour concentrer des
données collectées dans des sites distants vers une
base centrale.