ACTIVITE D`ENSEIGNE

Andrei Doncescu
Université Paul Sabatier/Laboratoire d’Analyse et d'Architecture des Systèmes
Toulouse
UPR 8001 LAAS-CNRS
Equipe Diagnostic
Tel: +33-5-61336941
FAX: ++33-5-61559400
Email: [email protected]
Né le 7 Septembre 1966 à Bucarest Roumanie (45ans)
Nationalité française
Qualifié à la fonction de Professeur des Universités en 27ème section
08127174758
Maître de Conférences Habilité à Diriger des Recherches Université Paul Sabatier(2006)
Professeur Associé National Institute of Informatics Tokyo (budget de recherche depuis 2009)
Titulaire de la Prime d'Encadrement Doctoral et de Recherche (depuis le 1/11/02) donc la PES
THEMATIQUE DE RECHERCHE : Diagnostic des Systèmes Dynamiques Hybrides
Domaines d’application
Modèles et outils analytiques
Réseaux génétiques et Métaboliques
Mécatronique
Systèmes à Sault
Raisonnement Automatique et Représentation de connaissance
Recherche d’hypothèses en Induction et Abduction
Logique Floue et Extraction des connaissances à partir des
données
Théorie de l’information
Transformée en Ondelettes et Analyse Fractale
Filtrage Stochastique
PUBLICATIONS (bilan quantitatif)
h-index:
g-index:
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
15
2
8
3
71
10
2
4
1
14
15
7
10
Citations:
Cites/year:
179
2.32
Articles de revue internationale (dont 9 en JCR)
Articles de revue nationale (dont 1 en JCR)
Chapitres d'un ouvrage de synthèse
Editeur d’ouvrages
Articles de congrès internationaux avec actes
Articles de congrès internationaux sans actes
Prix d’article
Rapports de fin de contrat
Keynote Speaker
Présentations orales sur invitation (séminaires)
Organisation de Conférences
ACTIVITE D’ENSEIGNEMENT
•
•
•
France : Automatique (cours IUT et ENAC), l’informatique industrielle(IUT), traitement du
signal(cours Licence Profesionnelle UPS, IUT, Ecole Doctorale), Programmation C++(IUT) et
Intelligence Artificielle(cours Université des Antilles et de la Guyane), de l'IUT, Ecole
d’ingénieurs et au 3e cycle. 3000h d’enseignement
Japon : Knowledge Representation and Reasoning, National Institute of Informatics Tokyo
:20h/an depuis 2009 lectures for postgraduate students
Etats Unis : Cours Mathématiques Discrètes Duke University : Summer Medical and Dental
Education Program 2012. Undergraduate students
ACTIVITE D’ENCADREMENT
8 thèses soutenues et 2 postdoc
2 thèses en cours
1 Professeur Invité 2009 et 2010: Daniel Choukroun Ben-Gurion University
1
FORMATION
Université Paul
Sabatier
Habilitation à Diriger des Recherches: Fouille de données
et extraction de connaissances pour le Diagnostic et la
Supervision des Systèmes Biologiques
Directeur d'HDR : Louise Travé-Massuyés
Rapporteur : Isabelle Bloch ENST Paris, Jean-Philippe
Steyer INRA Narbonne, Jean-Philippe Cassar Polytech’Lille.
Président du Jury : Malik Ghallab.
2006
Université de
La Rochelle
Thèse de Doctorat en Informatique : « Ondelettes
géométriques en Modélisation de Surfaces » Très Honorables
et les Félicitations du Jury Directeur de thèse : Jean-Paul
Gourret
Rapporteur : Daniel Thalmann EPLF Laussane ,Jean-Marc
Chassery : LIS Grenoble,Num. national de thèse : LAROS014
« citée 2 times » Qualifié à la fonction de Maitre de
Conférences en 27ème et 61éme section
19941997
Université de
Poitiers
Diplôme d’Etudes Approfondies : " Génie
Informatique"
Stage de Recherche : Ondelettes et Synthèse d'images
1993-1994
Institut
Polytechnique
de Bucarest
Diplôme d’Ingénieur profil Electrique
2 Spécialisations
1) Télécommunications: Transmission de données et
Réseaux
2) Microélectronique
Projet de fin d'études : Modélisation de circuit intégré à
grande vitesse pour des réseaux de communication
MMC9151 conçu pour le clavier téléphonique à courant
continu.
1986-1991
Situation Professionnelle : Maitre de Conférences IUTA/Dept. GEII depuis 2001
Depuis 2007
LAAS CNRS UPR
8001 et Centre de lutte
contre
le
cancer
« Claudius
Regaud
Toulouse »,
Modélisation, analyse et simulation des
Systèmes Hybrides. Applications à la Biologie
Systémique et Systèmes Mécatroniques.
Enseignement IUT-A Paul Sabatier :
Automatique (TD), Informatique
Industrielle(TP), Programmation(TP)
(192h/an),ENAC : Automatique (cours 12h,
TD 8h, Projet 20h)
National Institute of
Informatics Tokyo (sejours
de 3 mois/an)
Recherche : d’hypothèses en Induction et
Abduction. Enseignement : Knowledge
Representation and Reasoning for System
Biology (60h cours depuis 2009)
2005-2007
Délégation CNRS pour
conversion thématique :
Systèmes Hybrides
Analyse, simulation et identification de certains
modèles dynamiques non-linéaires de
processus biologiques en vue de la validation
expérimentale et de l’intégration multi-échelle.
2001-2005
LAAS CNRS UPR 8001,
groupe délocalisé au
Laboratoire de Biotechnologie
et Bioprocédés INSA
Toulouse UMR 5504
Thème de Recherche : Supervision des
Systèmes Biologiques Logique Floue :
Développement des opérateurs d’agrégation,
Calcul du coefficient de Holder,Analyse
automatique d’images de populations
microbiennes
Depuis 2006
2
Enseignement IUT-A Paul Sabatier :
Automatique (TD), Informatique
Industrielle(TP), Programmation(TP)
(250h/an),
1999-2001
Université des Antilles et de
la Guyane et Chercheur
Associé à l'Ecole des Mines
de Paris (CAOR)
Recherche : Apprentissage multi-échelle des
classes sémantiques en imagerie médicale,
Calcul de cartes denses de disparités en
stéréovision.
Enseignement: Maître de Conférences en
Informatique 27ème section: programmation
C++, Traitement du Signal et d’Image,
Probabilité (250h/an),
1998-1999
Ecole des Mines de Paris
Centre de Robotique
Maître Assistant : Enseignement de Robotique
(40h)
Recherche : Intégration multi-source dans un
visiocasque pour la simulation temps réel de la
conduite de voiture Centre Technique de
Simulation Renault, Technocentre
Direction du Développement de l'Ingénierie
Véhicule
1995-1998
1er au
Concours
National BAP
03
Université de La Rochelle
Ingénieur d’Etudes au Laboratoire de Physique
LEMMA BAP03: Traitement d’Images,
Vacataire Université de La Rochelle et EIGSI
dans le domaine de l’informatique temps réel.
1994-1995
Université de La Rochelle
Ingénieur d'Etudes Centre de Ressources
Informatiques: Réseaux
Professeur/Chercheur Invité:
•
•
•
•
•
2009-2012 Tokyo University National Institute of Informatics Tokyo (Prof. Katsumi Inoue)
o Recherche d’hypothèses en Induction et Abduction : Application à la Biologie systémique
2009 Ben Gurion University Mechanical Departement (Prof. Nadav Berman)
o Stochastic Processes on Fractal (1 mois)
2008 University Ben Gurion University Mechanical Department (Prof. Nadav Berman)
o Modélisation des systèmes à saut par la représentation diffusive (1 mois)
2005 Ecole de Technologie Supérieure de Montréal Laboratoire LIVIA (Prof. Mohamed Cheriet)
o Apprentissage et Fusion de Données (1 mois)
2003 et 2004 Case Western Reserve University Cleveland OH Electrical Engineering Department
Prof. Yoh Han Pao
o Control Flou des Systèmes Hybrides. 2003 (3 mois) et 2004 (2 mois)
PRIX
•
•
•
•
Best Paper Award : International Conference on Bioinformatics Models, Methods and
Algorithms, January 26-29, 2011 Rome Italy, pour le papier :
« Kinetic Models and Qualitative Abstraction for Relational Learning in System Biology » G. Synnaeve,
K.Inoue, A. Doncescu, T. Sato.
Outstanding Service Award as Symposium Chair of the IEEE International Symposium on
Bioinformatics and Life Science. Niagara Falls, Canada, May 21-23, 2007.
Best Presentation Awards Session Mathematics and Theory : International Conference in Soft
Computing and Intelligent System. September 20-24, 2006 Tokyo Japon, pour le papier
Improvement of Yager’s triple Pi operator. A. Doncescu, S. Régis, K. Inoue.
Outstanding Service Award IEEE Computer Society : for outstanding service as the Workshop
Chair of First IEEE Workshop on High Performance Computing in Medicine and Biology
HiPCoMB-2005, Fukuoka Japan.
3
Responsabilités Scientifique
•
•
•
Expert de la Commission Internationale pour l’Evaluation des Universités Roumaines (Romanian
Research Assesment Exercise) : 2011
Membre du Laboratoire Franco-Japonais d’Informatique : directeur Philippe Codognet : depuis
2009
Membre du Conseil Scientifique du Laboratoire. Directeur Malik Khalab 2004-2006
Activités de Recherche
Depuis 15 ans mon activité de recherche est axée à l’interface de deux domaines : Diagnostic des Systèmes
Hybrides et la Biologie Systémique. J’'ai commencé avec la modélisation des pièces anatomiques de l'être
humain en utilisant des modèles inspirés de la nature : C60 (carbone 60) peut-être la première molécule de
l'Univers et tous les fullerènes [I.14] dans la modélisation du visage. Ce type de représentation est de type
Voronoi et permet d’éviter les singularités avec un avantage considérable quand l'animation est calculée par
Eléments Finis. Ainsi une nouvelle méthode de construction de portaits-robot a été obtenue en utilisant la
Transformée en Ondelettes [IV.8].
L’originalité de cette méthode est l’algorithme implicite de numéroter les sommets, qui est très important
pour la compression et la transmission des fichiers de modèles graphiques 3D. Dans la même période, j'ai
travaillé comme ingénieur en traitement d'images et traitement de signal et j'ai été le premier à présenter
une méthode numérique pour la restauration des livres anciens reliés[V.68]. (Cité 27 fois et cité 3 fois par
des brevets américains). Mon activité en tant que professeur adjoint à l'Ecole de Mines de Paris m'a
familiarisé avec l'intégration de différentes sources vidéo dans une visiocasque mais aussi avec les sciences
cognitives pour l'étude du comportement humain dans un simulateur de conduite. Cette recherche a ouvert
mes horizons à l'intelligence artificielle. Par conséquent, à partir de 1999 ma recherche a été axée sur
l'intelligence artificielle appliquée au traitement du signal [I.13]. Ce domaine de recherche a demandé deux
choses: la représentation des connaissances et la fusion des sources d'information. Pour la représentation
des connaissances, j’ai développé des méthodes d'analyse des séries chronologiques basées sur la
Transformée en Ondelettes [I.7], mais aussi de nouvelles techniques de clustering basées sur la
représentation floue de l'information [I.7]. Pour la fusion des sources d’information, qui nécessitait de
développer des opérateurs de fusion permettant de donner une
observation renforcée à ce système
d'apprentissage automatique (machine learning) , j'ai proposé et analysé un nouvel opérateur flou qui a
introduit une nouvelle classe d'opérateurs d'agrégation nommés « Opérateurs Renforcés Moyens » en
respectant le travail de Yager [I. 6]. Ce nouvel opérateur est moins sensible au bruit, ce qui permettait de
supprimer l'apparition des nouvelles classes. L'apparition de nouvelles classes, résultant des fonctions
d’appartenance qui se chevauchent, a été résolu par des fonctions par palier et l'utilisation d'un opérateur
renforcé. [Best Presentation Awards Session Mathematics and Theory : International Conference in Soft
Computing and Intelligent System]
L’intérêt pour la simulation et l’analyse des Systèmes Hybrides avec des applications à la Biologie
Systémique m’a conduit à obtenir, avec le Prof. Inoue, le financement du Projet Franco-Japonais
Knowledge-based Discovery en biologie des systèmes. Nous nous sommes intéressés à la dynamique
hybride qui découle de l'interaction de la dynamique des états continus et de la dynamique à états
discrets. Deux approches ont été développées dans ce projet: les transformations opératorielles VII.27 et
l'inférence logique I.1 . Si le premier approche donne de bons résultats pour les petits systèmes modélisés
de type bioréacteur, le deuxième s’intéresse d’avantage à la découverte des connaissances biologiques à
partir d’un raisonnement abductif dans des grands systèmes.
Un des axes de ma recherche vise à déterminer (qualitativement et quantitativement) les points-clés de
l’adaptation métabolique et doit aboutir, à terme, à une capacité de prédiction particulièrement recherchée
dans un contexte de génie métabolique. L’objectif est également de concilier les données dynamiques
obtenues pour le métabolisme à celles générées par des approches de transcriptome et de protéome dans le
cadre d’une approche de biologie des systèmes. Si l’inférence de logique classique A —> B, est bien décrite
formellement, avec toutes les « bonnes » propriétés mathématiques (tautologie, non contradiction,
transitivité, contraposée, modus ponens ...), la description des propriétés formelles de la causalité, est moins
simple. La causalité ne peut pas être vue comme une relation logique classique. Ces règles révisables et avec
exceptions sont bien connues en Intelligence Artificielle. Elles ont donné lieu, en particulier, aux logiques
non monotones et aux théories de la révision. D’un autre côté et de manière plus technique, on retrouve ici
tous les problèmes classiques qui se posent quand on veut essayer de formaliser et d'utiliser la négation par
échec dans des langages de programmation tels que Prolog ou Solar. Pour donner les liens entre nos
relations causales cause et bloque, dans un langage classique (calcul propositionnel ou logique du premier
ordre) il faut donc faire deux choses :
4
- décrire les propriétés internes aux relations cause et bloque
- décrire les liens entre ces relations et la logique classique
Tout ceci en prenant en compte le problème de l’incertain et du révisable.
Activité d’Encadrement
Directeur de thèse (8/3 MCF, 3 thèses en cours):
2004
2005
2005
2007
2009
2010
2010
2011
S. Régis Université des Antilles et de la Guyane
Titre : Segmentation, classification et fusion de séries temporelles multi-sources application à des signaux
dans un bioprocédé. Directeurs A. Doncescu (70%) et J. Desachy (actuellement MCF Université
des Antilles et de la Guyane)
L. Manyri
INSA- Toulouse
Titre : Analyse automatique d'images de populations microbiennes. Directeurs A. Doncescu(70%) et J.
Desachy (actuellement MCF Université des Antilles et de la Guyane)
J. C Atine
INSA- Toulouse
Titre : Méthodes d'apprentissage floues : application à la segmentation d'images biologiques (cited 2 times)
Directeurs A. Doncescu(70%) et J. Aguilar-Martin (actuellement chef d’entreprise))
R. Fellouah
INSA- Toulouse
Titre :: Contribution au diagnostic de pannes pour les systèmes différentiellement plats. Directeurs F.
Mora-Camino et A. Doncescu(40%) (cited 2 times)
E. Montseny
Université Paul Sabatier
Subject : Analyse, simulation et identification de certains modèles dynamiques non-linéaires de processus
biologiques en vue de la validation expérimentale et de l’intégration multi-échelle. Directeur A. Doncescu
(actuellement MCF Université Paul Sabatier Toulouse) (100%)
N. Zhang
INSA-Toulouse
Titre : Détection et Isolation de Pannes basée sur la platitude Différentielle. Directeurs F. Mora-Camino
et A. Doncescu(40%) (ingénieur R&D Shanghai)
G. Andrei
INSA- Toulouse
Titre : Contribution à la conduite automatique du vol en présence de pannes. Directeurs F. Mora-Camino
et A. Doncescu (30%) (ingénieur R&D Airbus)
M. Benkaci
University Paul Sabatier
Titre : Surveillance des systèmes mécatroniques d'automobile par des méthodes d'apprentissage Directeurs
A. Doncescu(50%) et B. Jammes.(postdoc ESIGELEC Rouen)
Postdoc (2)
2008
2011
N. Kabbaj : Diagnostic par Apprentissage Relationnel pour l’industrie d’automobile.
(actuellement MCF Université de Fès Maroc)
Adrien Elena : Réseaux Booléens pour la modélisation génétique.
Masters (6)
2007
2006
2006
2004
2004
2001
M. Benkaci : Analyse de la pertinence des mesures pour le diagnostic automobil
C. Casenave : Etude des comportements dynamiques de certains systèmes différentiels non linéaires de
dimension élevée .
N. Zhang Analyse des opérateurs de fusions
F. Perina Modélisation de systèmes dynamiques Application au réseau métabolique d’Escherichia coli
DEA Systèmes Informatiques
N. Sadou : Détection de fautes dans les capteurs industriels en utilisant la Transformée en Ondelettes
DEA Systèmes Industriels
L. Manyri : Analyse de performances des algorithmes génétiques
Membre de jurys de thèse invité (6)
2012
2008
Antoine Drouin « Contribution à la synthèse de lois de guidage et pilotage pour les mini drones »
ENAC/University of Toulouse 20/01/2012
Eduard DIEZ LLEDO: Diagnostic et Pronostic de défaillances dans des composants d'un moteur d'avion
University of Toulouse 4.07.2008.
5
2008
2007
2006
2004
Hamdan Al Fazari : Fuzzy Quality Function Deployment for Aircraft Maintenance Organizations
National Institut of Applied Science INSA Toulouse 16.06.2008
Hassan Sharabaty : Diagnostic de la Somnolence d’un opérateur : Paul Sabatier University
Lili Duan: Contribution à la synthèse de lois de pilotage non linéaires pour les avions de transport.
National School of Aviation ENAC. 11/12/2006
Stoica Dragos : Analyse, représentation et optimisation de la circulation des avions sur une plate-forme
aéroportuaire. LAAS/Institut Polytechnique de Toulouse Toulouse 10/12/2004
Participation sur des chapitres spécifiques à l’encadrement de thèse ou de master :
2008-2010
2010
203-2004
Yoshitaka Yamamoto : Ph.d. Sokendai University Japan
Gabriel Synnaeve Master
Zhan Zhang : Ph.d. Case Western Reserve Cleavland USA.
Publications
I.
Revues Internationales (15):
1. K. Inoue, A. Doncescu, N. Hidemoto : Completing causal networks by meta-level abduction, Machine
Learning, (accepté avec corrections) 2012. (JCR)
2. C. Lazar, A. Doncescu, N. Kabbaj : Non Negative Matrix Factorization Clustering Capabilities:
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
Application on Multivariate Image Segmentation, special issue on Advances on Intelligent Techniques
and Applications in International Journal of Business Intelligence and Data Mining. Indexed by
SCOPUS http://www.inderscience.com/ijbidm, Volume 5, Number 3 / 2010 Pages: 285 – 296.
« Cited 2 times. »
• Subtractive initialization of nonnegative matrix factorizations for document
clustering, G Casalino, N Del Buono… - Fuzzy Logic and Applications, 2011 –
Springer
N. Kabbaj, Y. Nakkabi, A. Doncescu: Analytical and knowledge based approaches for a bioprocess
supervision. Knowledge-Based Systems Elsevier Volume 23, Issue 2, March 2010, Pages 116-124,
Impact Factor 1,574, “cited 5 times”. (JCR)
N. Kabbaj, Y. Nakkabi, A. Doncescu: A Classification based Residual Evaluation for Fault Detection
and Isolation. Journal of Information. Vol.12, No.3, May, 2009 (JCR)
G. Richard, A. Doncescu: Spam Filtering using Kolgomorov Complexity Analysis, Journal of Web and
Grid Services Issue: Volume 4, Number 1 / 2008 Pages: 136 – 148. Impact factor 0.978 (JCR)
A. Doncescu, S. Régis, K. Inoue, R. Emilion. Analysis of new aggregation operators : Mean 3Pi,
Journal of Advanced Computational Intelligence and Intelligent Informatics. Vol.11 No.6. 2007
Fuji Technology Press. Indexed in SCOPUS, DBPL, Scirus.
S. Régis, A. Doncescu, J. Desachy, Detection and Characterisation of physiological states in bioprocesses
based on Holder exponent. Knowledge-Based Systems Elsevier, Volume 21, Issue 1, February 2008,
Pages 70-79. Impact Factor 1,574 (JCR)
S. Gonzales-Rojo, I. C. Bilegan, A. Doncescu, Une approche par la logique floue de la modélisation de
la poursuite entre véhicules.
Recherche Transports Sécurité revue internationale de langue française, 93(2006), 1-17.
A. Doncescu, Zhan Zhang, Yoh-Han Pao, Laurence T. Yang Adaptive Intelligent Control Based on
Parallel State Space Partitioning for Optimal Fed-batch Biocontrol, Journal of Information Vol 10, No
3, 2007. (JCR)
A. Doncescu, J. Aguilar-Martin, J.C. Atine. Fuzzy Image Color Segmentation using Fuzzy Tree
Algorithm T-LAMDA, Fuzzy Sets and Systems 158 (2007) 230– 238, impact factor 1,875. Cited 9
times. (JCR)
L. Manyri, A. Doncescu. Parallel Differential Evolutionary Algorithms for Parameters Estimation in
Fermentation Process Journal of Information Vol 10, No 3, 2007. (JCR)
S. Regis, A. Doncescu, G. Moreau, P. Fuchs : « Dense Stereo Correspondence Using Quarters of
Wavelet Transform, International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence
IJPRAI, 21-43, Volume 19, Number 1, February 2005, impact factor 0.66. cited 4 times. (JCR)
A. Doncescu, J. Waissman, G. Richard, G. Roux : “Knowledge system in bio-chemical engineering”,
Knowledge Based Systems-Elsevier, vol. 15 (2002), pp 129-137. Impact Factor 1,574 Cited 7
times. (JCR)
6
Improving the scalability of ILP-based multi-relational concept discovery system through
parallelization A Mutlu, P Senkul… - Knowledge-Based Systems, 2011 - Elsevier
• Learning from a Genetic Algorithm using Inductive Logic Programming, thesis presentet
to Ohio University by Sachin Ghandi, 2005.
• The Knowledge Engineering Review, 17: 207-214 Cambridge University Press,
Published online by Cambridge University Press 01Apr2003
• Applying inductive logic programming to predicting gene function, Ross King, AI
Magazine, 2004.
14. A. Doncescu : “Organized mesh design applied in the body simulation”,
Machine Graphics and Vision vol. 9, no. 1/2, 2000, pp. 93-102.cited by :
• From laser-scanned data to feature human model: a system based on fuzzy logic concept
Charlie C. L. Wang, Terry K. K. Chang and Matthew M. F. Yuen Computer-Aided
Design Volume 35, Issue 3 , March 2003, Pages 241-253
• Using artificial neural networks for the transformation of human body postures based on
landmarks Bing Zhang, Ph.D. Thesis, Delft University of Technology. ISBN 90-9019522X
15. C. Delouis, A. Doncescu, D. Festy, O. Gil, V. Maillot, S. Touzain et B. Tribollet: “Kinetics and
characterisation of calcareous deposits under cathodic protection in natural sea water”,
Materials Sciences Forum 1998, Trans TechPublication, Vols. 282-292 (1998), pp. 1163-1180.
Cited 18 times.
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------16 R. Fellouah, W.C. Lu, F. Mora-Camino, A. Doncescu Differential flatness and fault detection in flight
guidance dynamics Fault Detection, Supervision and Safety of Technical Processes 2006, Volume 1,
2007, Pages 186-191. Elsevier.
•
II.
Revues Nationales(2)
1.
2.
S. Régis, A. Doncescu, J. Desachy. Théorie des fonctions de croyance pour la fusion et l’évaluation de la
pertinence des sources d’informations dans un bioprocédé fermentaire. Revue Traitement du Signal.
Numéro spécial Fonctions de croyances éditeur Alain Appriou, 2007-volume 24, No. 2. Cited 3
times. (google scholar) (JCR)
S. Regis, JP Asselin de Beauville, A. Doncescu, J. Desachy Evaluation de la pertinence de paramètres
biochimiques et classification pour la caractérisation des états physiologiques dans un bio – procédé par la
théorie de l’évidence,
Revue des Nouvelles Technologies Classification et Fouille de données, RNTI-C-1, 2004, ISBN
2.85428.667.7
JCR=journal citation report
III.
Editeur
1.
2.
3.
Proceedings of the 2007 International Workshop on Abduction and Induction in Artificial
Intelligence (AIAI’07).
Andrei Doncescu, Peter A. Flach, Katsumi Inoue, Antonis C. Kakas, Oliver Ray .
http://www.doc.ic.ac.uk/~or/AIAI07/aiai07.pdf
High Performance Computational Science and Engineering IFIP TC5 Workshop on High
Performance Computational Science and Engineering (HPCSE), World Computer Congress,
August 22-27, 2004, Toulouse, France Reihe:
IFIP International Federation for Information Processing, Band 172 Ng, M.K.; Doncescu, A.;
Yang, L.T.; Leng, T. (Hrsg.) 2005, X, 238 p., Geb. Springer ISBN: 0-387-24048-9
High Performance Computing In Medicine and Biology
Inderscience Enterprises Ltd Guest Editors: Dr. Vipin Chaudhary, Professor Laurence T. Yang,
Professor Albert Y. Zomaya, Dr. Andrei Doncescu, Special Issue on High Performance Computing
in Medicine and Biology, Volume 2, Issue 4, 2006
Chapitres de Livres(8) :
IV.
1.
2.
A.Doncescu, K. Inoue, Model of Double Strand Break of DNA in Logic-Based Hypothesis
Finding, Imperial College Press . (will appeared in 2012)
A.Doncescu, S. Regis, K Inoue "Detection and characterization of physiological states in
bioprocesses based on Hölder exponent","Genetic Engineering" Intech Book, ISBN: 978-953-307671- 3. (2011)
7
3.
4.
5.
6.
7.
8.
A. Doncescu, S. Régis, N. Kabbaj, “Reinforced Operators” in Complex Intelligent Systems and Their
Applications SPRINGER BOOK SERIES:
“SPRINGER OPTIMIZATION AND ITS
APPLICATIONS”Series Editor Panos Pardalos, 2010.
Y. Yamamoto, K. Inoue, A. Doncescu: “Integrating abduction and induction in biological inference
using CF-induction“. Elements of Computational Systems Biology by Huma M. Lodhi and Stephen
H. Muggleton Wiley Book - Aug 20, 2009. Cited 9 times.
Christophe Chassagnole, Juan Carlos Rodrigues, Andrei Doncescu and Laurence Tianruo Yang :
Differential Evolutionary Algorithms for in vivo dynamic analysis of glycolysis and pentose phosphate
pathway in Escherichia Coli Parallel Computing in Bioinformatics and Computational Biology
Editor A. Zomaya ISBN 0-471-71848-3. Jossey-Bass an imprint of Wiley Book.
S. Régis, L. Faure, L. Manyri, A. Doncescu, J. Aguilar-Martin, J.L. Urribelarea : Adaptive
Classification for Bioreactor, 9th Symposium on Computer Application in Biotechnology CAB9, in
Computer Applications in Biotechnology 2004 Elsevier, March 2005 ISBN: 0 08 044251 X
A. Doncescu: New mesh generating adapted to the parallel systems, PVM implementation issue, Parallel
and Distributed Scientific and Engineering Computing: Practice and Experience : Laurence Tianruo
Editor Nova Science Publishers New-York October 2003
A. Doncescu, J.P. Gourret : Wavelet Transform Implementation for Star-Shaped Modelling, Signal
Analysis and Prediction : A. Prochazka, J. Uhlir, P.J. Rayner, N. Kinsbury Editors, Birkheuser
Boston Inc 1998. cited in :
• Zentralblatt MATH Database 1931 – 2006 European Mathematical Society, FIZ
Karlsruhe & Springer-Verlag 1083.68526
Articles de conférences apparus dans Lecture Notes in Computer Science Springer
V.
•
•
•
•
VI.
Discretized Kinetic Models for Abductive Reasoning in Systems Biology
G. Synnaeve, K. Inoue, A. Doncescu, T. Sato In: Ana Fred, Joaquim Filipe, and Hugo Gamboa
(eds.), Biomedical Engineering Systems and Technologies: Revised Selected Papers from the 4th
International Joint Conference (BIOSTEC 2011), Communications in Computer and Information Science,
to appear, Springer, 2011.
Hypothezing about Network in Meta-level Abduction,
K. Inoue, A. Doncescu, N. Hidemoto Lecture Notes in Artificial Intelligence, Vol.6489, pp.114-129,
Springer, 2011.
Knowledge Based Discovery in Systems Biology Using CF-Induction,
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L’Université de La Rochelle, juin 1994.
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President of Sixth IEEE Workshop on Biological Informatics and Computing conjunction with
AINA2012 (with Jacques Demongeot), Fukuoka Japan. March 26-28,2012.
President of Sixth IEEE Workshop on Biological Informatics and Computing conjunction with
AINA2011 (with Jacques Demongeot), Singapore. March 21-23,2011.
President of Workshop Organization at Fifth International Conference on Broadband, Wireless
Computing, Communication and Applications (BWCCA-2010), Fukuoka Japan 2010.
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13
5.
6.
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8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
President of Program Committee of Fourth IEEE Workshop on Biological Informatics and
Computing conjunction with AINA2009, Bradford, U.K. May 21-23,2009.
President of the workshop Biometrics, Technology and Personalized Medicine Fukuoka Japan March
2009: http://www.laas.fr/BT2009/org-committee.htm
The 22nd International Workshop on Qualitative Reasoning, University of Colorado at Boulder, from
June 24 through 26, 2008.
President of Program Committee of Fourth IEEE Workshop on Biological Informatics and
Computing conjunction with AINA2007, Okinawa, Japan March 21-23,2008.
Workshop on Abduction and Induction in Artificial Intelligence and Bioinformatics Aix-enProvence, 15th September, 2007
President of Programme Committee of Third IEEE workshop on Biological Informatics and
Computing conjunction with AINA2007, Niagara Falls Canada May 21-23,2007.
President of Second IEEE workshop on High Performance Computing in Medicine and Biology
conjunction with AINA2006, Vienne Austria
President of First IEEE workshop on High Performance Computing in Medicine and Biology
conjunction with ICPADS2005 Fukuoka Japan 2005 (Certificate of Appreciation Computer Society for
outstanding service)
President of the workshop High Computing during IFIP International Federation for Information
Processing 23-26.08.2004 Toulouse France
DX-2004 15th International Workshop on Principles of Diagnosis, June 23-25, 2004 Carcassonne,
France
SFC'2001 organisée par la Société Française de Classification, Point-À-Pitre
Membre du Program Committee :
1.
4th IET International Conference on Intelligent Environments (IE’08), University of Washington,
Seattle, USA from July 21 to July 22, 2008.
2. IEEE 7th International Conference on Computer and Information Technology (CIT2007) University
of Aizu, Fukushima Japan, October 16 to 19, 2007
3. The 1st International Conference on Network-Based Information Systems (NBiS 2007) Regensburg,
Germany, Sept. 3 - 7, 2007.
4. The 7th International Symposium on Advanced Parallel Processing Technologies, Guangzhou China,
Nov 22-23, 2007
5. First International Conference on Complex, Intelligent and Software Intensive Systems (CISIS-2007)
http://www.cisis-conference.eu/ Vienna, Austria, April 10-13, 2007.
6. First International Workshop on Smart Homes for Tele-Health (SmarTel), in conjunction with the
IEEE International Conference on Advanced Information Networking and Applications, AINA’07,
Niagara Falls, Canada, May 21-23, 2007.
7. The first Workshop on High Performance Computing in Genomic, Proteomic and Transcriptomic in
conjunction with The International Symposium on Parallel and Distributed Processing and
Applications (ISPA 2006) in Sorrento, Italy, December 1-4, 2006.
8. International Conference on Computer and Information Technology (CIT2006) in Seoul, Korea,
September 20-22, 2006.
9. Second International Symposium on Parallel and Distributed Processing and Applications (ISPA'2004)
http://www.comp.polyu.edu.hk/ISPA04/ Hong Kong, China, 13-15 Dec. 2004.
10. The 2nd Workshop on Parallel and Distributed Scientific and Engineering Computing with
Applications (PDSECA-01), San Francisco, Avril 23-27, 2001.
Reviewer
1.
The 1st International Conference on Network-Based Information Systems (NBiS 2007) Regensburg,
Germany, Sept. 3 - 7, 2007.
2. The 2007 IEEE International Symposium on Bioinformatics and Life Science Computing (BLSC07).
3. SmarTel'07 First International Workshop on Smart Homes for Tele-Health May 21, 2007, Niagara
Falls, Canada
4. The first Workshop on High Performance Computing in Genomic, Proteomic and Transcriptomic,
Sorrento, Italy, December 1-4, 2006
5. ROADEF 2006 Lille 6-8 février
6. 16th IFAC World Congress Prague, Czech Republic, from July 4 to July 8, 2005.
7. The 4th Workshop on High Performance Scientific and Engineering Computing with Applications:
2002, 2003, 2004
8. The 7th International Conference on Information Fusion, June 28 to July 1, 2004 Stockholm, Sweden
9. The 2nd Workshop on Parallel and Distributed Scientific and Engineering Computing with
Applications (PDSECA-01), San Francisco, Avril 23-27, 2001
10. Vision Interface, Laval, Canada, 1999.
Journal Reviewer
14
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Kibernetika (Cybernetics and Systems Analysis) depuis 2011.
IEEE Transactions on Control Systems since 2005 editor Dr. Pieter Mosterman
IEEE Transactions on Image Processing since 2004 editor Vicent Caselles
IEEE Transactions on Signal Processing 2004-2005 editor Henrique Malvar
IEEE System Man and Cybernetics Part B since 2006
La revue Traitement du Signal 2006
International Journal of Remote Sensing since 2005 editor Yong Xue
Knowledge Based Systems (Elsevier) special issue Applications 2001
Transfert de Technologies
Contrats
Japon-France
2007-2009 CNRS – JST Knowledge-based Discovery in Systems Biology A. Doncescu French leader
Katsumie Inoue Japan Leader (100 000 euros)
France Cancer Foundation
2008-20011 Project N°00084 (ONCOMATE) Foundation InNaBioSanté projets « Fight against
Cancer » (IMRCP-CNRS/UPS) http://www.innabiosante.fr/ONCOMATE,57.html (50 000 euros)
ANR
2006-2008 : Project DIAPA : DIagnostic Automobile using Machine Learning Tools (Peugeot, Delphi,
Serma ing, Freescale, UTC, Laas). Projets Num@tec Automotive 2006.(200 000 euros)
2005-2007 : Interactions Dynamiques entre les phénomènes BIOlogiques et Physiques pour la maîtrise des
performances des BIOProcédés Head of Project Carole Jouve NT05-3_42449 SPI (15 000 euros)
2005-2007 : Modélisation des dynamiques microbiennes par systèmes multi-agents adaptatifs intégrant les
données macroscopiques et moléculaire Head of Project JL Uribelarea STIC(15 000 euros)
2003: Analyse quantitative de la réponse de systèmes métaboliques complexes à des perturbations génétiques ou
environnementales. Head J.C. Portais (30 000 euros)
France Committee of Atomic Energy
2007-2008 Apprentissage relationnel pour le Diagnostic et la Supervision en Microbiologie Industrielle :
Approche pour la Reproductibilité des Bioprocédés (150 000 euros)
Développement de Logiciel
a.
b.
c.
d.
e-ILP ONLINE DATA-MINING PROJECT with G. Richard and K. Inoue
http://www.bite.ac.uk/research/nii/expertexpl.php 2005
ANALYEAST : Image Processing Software « Logiciel de Traitement d’Images appliqué à l’analyse
morphométrique des levures » : (with L. Manyri) 2003
Linda-R : Time series clustering using Fuzzy Logic (with S. Regis) 2001
Lamda-T: Color Image Segmentation 2006
Activités d'enseignement et administrative
Les différentes matières enseignées au cours de ma carrière se regroupent autour de :
1) Automatique
2) l’informatique industrielle
3) Traitement du Signal
4) Intelligence Artificielle
15
IUT-A Paul Sabatier(UPS): MCF
Automatique(TD,TP), Traitement du Signal
(cours) Informatique Industrielle
(TP),Programmation(TD,TP),
Depuis 2001
ENAC: vacataire
Automatique Echantillonnée (cours 12h, TD
8h, Projet 20h/an) Automatique Avancée
(cours 4h/an)
Depuis 2009
National Institute of Informatics :
Professeur Associé
Knowledge Representation and Reasoning
(20h cours/an)
Depuis 2009
Licence Professionnelle UPS
Traitement du Signal (cours/TD/TP)
2004
Ecole Doctorale EDSYS: vacataire Transformée en Ondelettes (8h cours)
2003-2005
ENAC : vacataire
Recherche Opérationnelle (20h/an TD)
2004,2005,
Université des Antilles et de la
Guyane à Point-à-Pitre : MCF
Traitement d’images(cours/TD/TP 24h),
Probabilités et Statistique(cours/TD 32h)
Intelligence Artificielle (cours/TD/TP
32h), Programmation C++/Matlab
1999-2001
Ecole des Mines de Paris Centre
de Robotique, Enseignement de
Réalité Virtuelle : Maître
Assistant
Enseignement dans le Module de Robotique
(40h)
1998-1999
Université de La Rochelle
Vacataire : Systèmes Temps Réel
1993-1998
EIGSI : Ecole d'Ingénieurs en
Génie des Systèmes Industriels
Vacataire : Systèmes Temps Réel et
Programmation
1995-1999
Duke University
Cours de Mathématiques Discrètes Summer Medical and Dental Education Program 2012.
National Institut of Informatics
Depuis 2009 : Lectures Series : Knowledge Representation and Reasoning for System Biology à National
Institute of Informatics et Tokyo University.
En 2006 j'ai assuré un cours de Logique Floue graduated students Sokendai University (16h).
Université Paul Sabatier IUT A GEII
Mon activité d’enseignement depuis 2001 est centrée autour de l’automatique et l’informatique industrielle à
l’IUT et en Licence Professionnelle. Les cours mis en place ont mis l’accent sur la l’automatique, et
l’informatique industrielle. Ainsi, à l’Ecole Doctorale Systèmes, j’ai assuré le cours sur le Transformée en
Ondelettes
ENAC Toulouse
Pendant l’année universitaire 2004-2009 j’ai assuré des TD de Recherche Opérationnelle pour les élèves
ingénieurs. Depuis 2010 j’enseigne l’automatique avancée et l’Automatique Echantillonnée (cours, TD,
projet).
Université des Antilles et de la Guyane
A la Faculté des Sciences de Pointe à Pitre entre 1999-2001, j’ai participé à la mise en place de la licence
d’informatique (installation de la salle TP - amélioration des maquettes pédagogiques en vue d’une meilleure
adaptation aux besoins des étudiants).
16
ENSM Paris
En 1998 j’ai été détaché sur un poste de Maître Assistant Associé à l’Ecole des Mines de Paris. Cette
nouvelle responsabilité m’a permis d’encadrer des élèves ingénieurs sur des projets de réalité virtuelle avec
une finalité industrielle. (Intégration multi-sources dans un visiocasque) ainsi d’enseigner le filtrage en
traitement d’images.
Université de La Rochelle
Mon activité d’enseignement à l’Université de La Rochelle s’est déroulée dans le groupe d’Informatique
Industrielle. Etudiant en thèse de Doctorat à l’Université de La Rochelle et en tant que ingénieur d’études,
j’ai pu, durant cinq années consécutives, assurer un enseignement en Informatique Industrielle avec un accent
sur les systèmes temps réel.
EIGSI
Mon activité d’enseignement dans le groupe d’Automatique dirigé par D. Philippe m’a offert la possibilité
d’assurer des enseignements d’automatique et d’informatique industrielle Circuits Logiques et Architecture
des Système à Microprocesseur à l’Ecole d’Ingénieurs en Génie des Systèmes Industriels (EIGSI) de La
Rochelle. Durant trois ans, j’ai encadré et j’ai participé à la mise en place des TP de Circuits Logiques. Les
logiciels que j’ai utilisé pour la programmation du composant EP610 sont : ABEL-HDL et ALTERA.
En 1995, j’ai assuré des Travaux Pratiques aux étudiants de 1ère année (EIGSI, Algorithmique et langage
Pascal), 3ème année (EIGSI, Langage C UNIX) et de 4ème année (EIGSI, Commande des systèmes
échantillonnés).
Production d’écrit pédagogique
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Support de cours Transformée en Ondelettes (niveau Master)
• Cité par Cédric Seren dans la présentation : Optimisation du Protocole d'Essais pour
l'Identification de la Dynamique du Vol. Contrat CIFRE - 3eme année AIRBUS
France, Département Simulation de la Dynamique du Vol, ONERA{DCSD
Département Commande des Systèmes et Dynamique du Vol} EDSYS{SUPAERO,
Ecole Doctorale Systèmes Automatiques, Ecole Nationale Supérieure de
l'Aéronautique et de l'Espace de Toulouse
Support de cours Traitement numérique du signal (niveau Licence et niveau IUT)
Textes de TD et de TP Traitement numérique du signal (niveau Licence et niveau IUT)
Support de cours Matlab/Simulink (niveau Licence pour la conception des projets sous
Simulink et niveau IUT pour la programmation sous Matlab)
Support de cours OpenGL (niveau licence)
Support de cours Programmation C++ (niveau DEU
Activité de tuteur pour les moniteurs
1. Céline Casenave : Université Paul Sabatier UFR PCA.
Responsabilités Collectives à l’Université Paul Sabatier
1.
2.
3.
Membre du Conseil du Département GEII IUT 2002-2004
Membre de la Commission de Spécialistes section 61 2003-2005
Responsable des TP d’Electronique S1 du GEII IUT 2003-2005
Responsabilités Collectives à l’Université des Antilles et de la Guyane
Responsable des salles de TP Informatique 2000
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