EPI INFO 2002, A Database, and Statistics Program for

Maitriser
Volume 1
Premiers pas
Louis AYZAC
Août 2006
Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales Sud-Est
Version août 2006
Contributions :
Réalisation, rédaction, composition et corrections : Louis AYZAC.
Premiers essais et mise au point : Emmanuelle CAILLAT-VALLET.
Essais en situation : Catherine CHAPUIS, Catherine DUTEL, Josette EL NAJJAR, Pascale
FERRARRESE, Raphaële GIRARD, Isabelle POUJOL, David LAROCHETTE, Anne SAVEY,
Frédérique SNEL-LAROCHETTE, Benoît TRESSIERES, Agnès VINCENT
Relecture : Raphaële GIRARD et Frédérique SNEL-LAROCHETTE.
La dernière version de « Premiers pas dans EPI INFO 2002 » est librement accessible aux
adresses WEB:
http://scisanso-lyon1.net
Choisir Textes pédagogiques puis EPI INFO 2002
ou
http://nte-serveur.univ-lyon1.fr/nte/scisanso/textespedagogiques/txtpindex.html
Choisir EPI INFO 2002
Premiers pas dans Epi Info 2002
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Louis AYZAC
Version août 2006
EPI INFO 2002, A Database, and Statistics Program for
Public Health Professionals.
Epi Info 2002 a été produit par :
Division of Public Health Surveillance and Informatics
Epidemiology Program Office, MS K74
Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Atlanta
Georgia 30341-3717.
EPI INFO 2002 est un ensemble de programmes pour micro-ordinateur de type PC, fonctionnant
avec Windows 95 ou Windows 98 ou Windows NT ou Windows 2000. Ce manuel de formation a
été réalisé avec un système Windows 98. Selon les versions de Windows, certains écrans
d’illustration peuvent être un peu différents. Il ne fonctionne pas sous environnement Mac Apple à
moins que cet ordinateur ne soit équipé d’un émulateur Windows 32 bits et d’une mémoire
suffisante.
Il permet la réalisation d’une étude épidémiologique : faire une forme de recueil des données
(questionnaire), saisir les données, consolider les données, en faire l’analyse statistique, en tirer des
graphiques et des cartes.
Il peut servir de support pour une puissante base de données dans un système de surveillance de
maladie.
EPI INFO est dans le domaine public. Il est gratuit, libre de droits de reproduction et de traduction.
La version en cours à la date de mise à jour de ce manuel est la version anglaise 3.01 du 18
novembre 2003. Le logiciel peut être téléchargé sur Internet à l’adresse :
http://www.cdc.gov/epiinfo. Le fichier téléchargé contient 55,7 Méga Octets (pour Allsetup.zip qui
compresse les fichiers pour l’installation). N’oubliez pas de télécharger aussi la mise à jour : Patch
qui contient 4,7 Méga Octets (pour Allpatch.zip qui compresse les fichiers de mise à jour).
Epi Info 2002 fait suite à Epi Info version 6 sous DOS. La première version sous DOS a été
produite par le Center for Disease Control and Prevention (CDC) – Atlanta en 1985.
Les programmes d’Epi Info 2002 ont entièrement été réécrits en Visual Basic 6. Les versions sous
DOS (6.4 pour la dernière) n’étaient écrites que pour DOS.
Dans Epi Info 2002, le format des fichiers est en Microsoft Access. Il est possible d’importer,
d’exporter et d’analyser d’autres types de fichiers avec Epi Info 2002. Entre autre, les fichiers de
type Epi Info 6 sous DOS.
Epi Info recommande de faire la citation suivante dans les publications :
Dean AG, Arner TG, Sangam CG, Friedman R, Lantinga M, Zubieta JC, Sullivan KM, Smith DC
Epi Info 2000, a database and statistics program for public health professionals for use on
Windows 95, 98, NT ans 2000 computers.
Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, Georgia, USA, 2000
Premiers pas dans Epi Info 2002
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Louis AYZAC
Version août 2006
Principales caractéristiques d’Epi Info 2002
Compatibilités :
o Windows 95, Windows 98, Windows NT, Windows 2000.
o ACCESS, SQL et bases ODBC.
o Visual Basic Version 6.
o HTML et navigateurs WWW.
Système nécessaire :
o Processeur : 200 mega hertz recommandé mais pas indispensable.
o RAM : 32 mega octets.
o Disque dur : 50 méga octets d’espace libre.
o Windows 95, Windows 98, Windows NT, Windows 2000, Millenium, XP.
Limites :
o Nombre de variables (champs) par questionnaire : 256 (limite d’une table ACCESS).
Mais Epi Info crée une table annexe qui supprime cette limitation.
o Nombre d’enregistrements (dossiers) dans une base de données : limité par la place sur le
disque dur.
o Nombre de tables en format ACCESS par base de données (.MDB): 1000.
o Nombre de caractères dans une variable « Texte » (alphanumérique) : 128.
o Nombre de caractères dans une variable « multiligne » : 2 giga octets.
Support technique :
o Site Web d’Epi Info : http://www.cdc.gov/epiinfo
En anglais.
o Hotline pour assistance technique : [email protected]
En anglais.
o Liste de discussion (inscription ) : [email protected]
(Forum de questions-réponses, discussion avec autres utilisateurs)
En anglais.
Premiers pas dans Epi Info 2002
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Louis AYZAC
Version août 2006
Conception d’une étude épidémiologique
La démarche de conception d’une étude épidémiologique se déroule en 5 étapes :
o La 1° étape précise le pourquoi de l’étude. Elle
commence par les motivations de l’étude et les retombées
attendues. Elle comporte une étude bibliographique
complète permettant de faire le point sur les
connaissances à jour. Elle se termine par la formulation
précise d’un objectif
L’objectif doit être formulé en terme de prise de
décision.
o La 2° étape fait le point des différentes contraintes
pesant sur l’étude : tant en termes pratiques qu’en termes
éthiques ou financiers (faisabilité). Elle liste les
inconvénients perçus à cette étape. Elle donnera
l’hypothèse précise que l’on doit chercher à valider ou
invalider.
L’hypothèse doit être formulée en terme de gain ou de
perte d’une mesure. C’est sur cette valeur qu’est calculé
le nombre de sujets à échantillonner dans l’étude.
o La 3° étape décrit de façon précise les informations
(résultats) que doit fournir l’étude pour que la prise de
décision (objectif) puisse se faire.
Elle doit aller jusqu’à la conception des tableaux et des
figures de résultats « à blancs ». Ceux-ci menant au
plan d’analyse précis.
o La 4° étape dresse un tableau précis des données
nécessaires à la mise en œuvre du plan d’analyse.
Elle conduira à la production :
ƒ d’une part d’un dictionnaire des données qui
précisera le type et les contraintes d’intégrité (de
validité) de chaque donnée élémentaire,
ƒ d’autre part d’un schéma conceptuel des données
qui fournira la définition de chaque objet de la base
de données, leurs attributs pris dans le dictionnaire de
données et les relations existants entre chaque objet.
o La 5° étape voit la rédaction du bordereau de recueil
qui doit comporter deux zones :
ƒ une zone pour le recueil proprement dit en clair qui
doit permettre un retour à la source si nécessaire,
ƒ une zone pour le codage et la validation des données.
qui est le support des données à saisir.
Elle voit aussi la rédaction d’un guide de recueil qui
reprend le jeu des différents acteurs chargés du recueil,
les consignes de recueil à leur passer et les notions
essentielles à acquérir lors de leur formation.
Premiers pas dans Epi Info 2002
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Situation du problème
Objectifs
Hypothèses
Contraintes
Résultats nécessaires
Plan d’analyse
Données nécessaires
Base de données
Bordereau de recueil
Guide de recueil
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Version août 2006
Réalisation d’une étude épidémiologique
La démarche de réalisation d’une étude épidémiologique se déroule en 5 étapes duales :
Situation du problème
Objectifs
Communication
Hypothèses
Contraintes
Discussion
Résultats nécessaires
Plan d’analyse
Analyse des données
Données nécessaires
Base de données
Recueil / Saisie
/Consolidation
Bordereau de recueil
Guide de recueil
Forme de saisie /
Contrôle de saisie
A chaque étape de la conception, correspond en miroir une étape de la réalisation.
Détaillons ces 5 étapes de réalisation et les outils utilisés dans Epi Info
o La 1° étape consiste à mettre au point une forme de saisie
(questionnaire / écran de saisie) conforme au dictionnaire des
données. Autrement dit à placer sur un écran les questions et les
« trous » pour pouvoir y répondre (ce que l’on appelle les
variables). Le questionnaire doit aussi contrôler les contraintes
d’intégrité (de validité) de chaque variable.
L’outil : MAKE VIEW
Ce qu’il produit : un PROJET
une VUE
Forme de saisie /
Contrôle de saisie
o La 2° étape est celle qui est la plus populaire, et comment !
puisqu’elle correspond à des heures de travail répétitif et
assommant devant un écran pour « entrer » les données recueillies
« sur l’ordinateur ». Et pourtant, ce travail de bénédictin est le
garant de la qualité de l’étude. Car comme disent les anglo-saxons :
« Garbage in ; Garbage out » « Détritus à l’entrée ; détritus à la
sortie » ! Cette phase de saisie est suivie par une phase de contrôle
de qualité qui cherche à détecter les situations anormales.
Recueil / Saisie
/Consolidation
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C’est expliqué aux :
chapitres 1, 3 & 4
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Version août 2006
L’outil : ENTER
Ce qu’il produit : une TABLE
o La 3° étape est la plus noble car la plus « utile ». Elle correspond
à la mise en œuvre du plan d’analyse qui va remplir les tableaux,
graphiques et cartes à blanc. Parce que ce même travail a toute
chance d’être recommencé plusieurs fois, il est impératif de le
mener en produisant des programmes d’analyse qui puissent être
exécutés autant de fois que nécessaire.
L’outil : ANALYSIS
Ce qu’il produit : un PROGRAMME
des RESULTATS
des GRAPHIQUES
des CARTES
L’aspect cartographique ne sera pas abordé dans ce manuel
o La 4° étape doit conduire à la discussion de l’étude. C’est à dire à
une appréciation des résultats face aux objectifs de l’étude et aux
données de la littérature de la bibliographie. Cette discussion doit
déboucher sur des éléments de prise de décision.
L’outil : il n’y en a pas dans EPI INFO. Le meilleur est votre matière grise !.
o La 5° étape est la plus gratifiante. C’est elle qui vous vaudra le prix
Pulitzer ou qui sait peut être même le prix Nobel.
Elle devra produire un média (diaporama, poster ou publication)
pour convaincre vos interlocuteurs nombreux et prestigieux !
L’outil : REPORTENGINE
Ce qu’il produit : un RAPPORT
C’est expliqué aux :
chapitres 2 & 6
Analyse des
données
C’est expliqué aux :
chapitres 7, 8, 9, 11 &
12
Discussion
Communication
Ce sera expliqué au :
Volume 2
Vous pouvez aussi utiliser un outil de Présentation Assistée par Ordinateur (comme POWER
POINT) ou un traitement de texte (comme WORD).
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Version août 2006
« Apprendre , c’est faire » Paul Valéry.
L’apprentissage d’un logiciel comme EPI INFO 2002 ne peut se faire que par la manipulation de
l’outil. Cet apprentissage a été décomposé en objectifs élémentaires qu’il est indispensable que
vous maîtrisiez l’un après l’autre et en totalité. Chaque objectif à atteindre est proposé pour un
niveau d’apprentissage. Ces niveaux sont repérés par des petites montagnes à grimper en tête de
chaque titre d’objectif.
Ce manuel a été conçu comme un outil d’auto formation.
Il se décompose en 12 chapitres. Chaque chapitre essaie d’être d’un niveau d’apprentissage
homogène. Ces niveaux sont, là aussi, repérés par des petites montagnes à grimper en tête de
chaque chapitre.
Structuration des chapitres
En tête de chaque chapitre, vous trouverez
- Le temps estimé nécessaire à l’acquisition des connaissances de ce chapitre.
- la liste des objectifs exposés ainsi que les titres des exercices proposés dans le
chapitre.
Vous trouverez dans le texte plusieurs types de développement :
- un exercice d’apprentissage qui vous permettra de mettre en œuvre pour la première fois
les objectifs exposés. Cette partie est symbolisée par des caractères en italique et barrée
en marge. Chaque exercice porte un numéro de la forme « A1 ».
- une partie explicative qui vous donnera les bases de compréhension pour réaliser
l'objectif. Cette partie donne aussi le corrigé de l’exercice d’apprentissage. Cette partie
est en caractères normaux.
- un exercice d’entraînement qui vous permettra de consolider l’acquisition des
objectifs. Cette partie est en caractères cursifs et encadrée. Chacun de ces exercices
de consolidation donne :
- la liste des objectifs qu’il cherche à consolider,
- le temps estimé nécessaire à l’entraînement.
Chaque exercice porte un numéro de la forme « E1 ».
Validations des objectifs et des chapitres
A la fin du dernier chapitre, vous trouverez, page 209, les exercices permettant la validation des
objectifs. Ces exercices sont distribués par chapitre. Vous avez intérêt à les réaliser à la fin de
l’exercice d’entraînement de chaque chapitre.
Niveaux des apprentissages
Chaque chapitre et chaque objectif est proposé pour un niveau d’apprentissage. Ces niveaux
sont repérés par des petites montagnes à grimper.
Ainsi une entité repérée par est plutôt pour
amener un novice au stade de débutant,
amener un débutant au stade de confirmé,
amener un confirmé au stade d’expert.
Une suite à ce manuel
Un second volume est en cours de réalisation « Maîtriser Epi Info 2002. Quelques pas de plus », avec le plan
suivant :
1 – Développer des applications sous EPI INFO 2002 – Créer des menus.
2 – Créer des rapports avec EPI INFO 2002.
3 – Analyser la survie et l’incidence.
4 – Créer des cartes avec EPI INFO 2002.
5 – Analyse des échantillons complexes.
Premiers pas dans Epi Info 2002
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Version août 2006
Liste des chapitres
........................................................................................................................................ Page
Obj.
Chapitre 0 – 0uvrir/fermer EPI-INFO 2002........................................ 11
1
Chapitre 1 - Créer un projet. ................................................................ 13
3
Chapitre 2 - Entrer (Saisir) les données. .............................................. 57
31
Chapitre 3 - Travailler sur / Développer le code de contrôle. ........... 69
35
Chapitre 4 - Introduire les bases de données relationnelles. .............. 81
41
Chapitre 5 - Gérer les données de base dans « Analyse »................... 97
48
Chapitre 6 - Nettoyer une base de données......................................... 107
58
Chapitre 7 – Décrire une population (Analyser en interactif) .......... 117
63
Chapitre 8 - Produire les résultats avec des programmes................. 135
72
Chapitre 9 - Faire des graphiques illustrant l’analyse descriptive... 133
78
Chapitre 10 - Lire et écrire différents formats de fichiers
de données dans Analyse....................................................................... 173
107
Chapitre 11 – Produire le croisement d’une variable
par une autre.......................................................................................... 181
112
Chapitre 12 - Produire des graphiques pour illustrer les
analyses bi variées. ................................................................................ 195
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