Omero Figure

Fiche Omero Figure
Omero Figure est un plugin uniquement disponible sur Omero Web.
Ce plugin prend la forme d’un éditeur de texte constitué d’une feuille de travail.
Une fois connecté sur Omero Web, cliquez sur Figure dans la barre de menu pour ouvrir le
plugin:
A l’ouverture, le plugin vous propose deux options:
Créer un fichier
Si vous n’avez jamais utilisé le plugin auparavant, il
vous faudra crée un nouveau fichier. Le plugin vous
demande quelles images vous voulez importer sur
la feuille de travail en renseignant leur ID ou URL
(informations dans la fenêtre de droite de
Insight/Omero Web).
Ouvrir un fichier
Cette option permet d’ouvrir une feuille de travail
déjà créée et que vous avez sauvegardé sur le
serveur.
Une fois les images sélectionnées (via leur ID ou URL), cliquez sur Add images pour ouvir la
feuille de travail contenant les dites images.
A noter: vous aurez toujours la possibilité d’ajouter de nouvelles images ou d’en supprimer à
partir de la feuille de travail.
Ci-dessous, un aperçu global d’une feuille de travail sous Omero Figure:
1
2
3
La feuille de travail peut se décomposer en trois éléments:
1- La barre de menu en haut.
2- La feuille de travail en elle-même , à gauche où l’on peut voir les images qu’on a importé
via leur ID ou URL.
3- Une « boîte à outils », à droite de la feuille de travail, qui n’est visible que lorsqu’une ou
plusieurs images de la feuille sont sélectionnées. Cette boîte permet de travailler sur les
images en jouant sur le contraste ou l’affichage des canaux (onglet Preview) mais égale de
voir les infos relatives aux images (onglet Info) ou encore de les légender (onglet Labels).
Détails de la barre de menu:
Retour sur Omero Web
Site officiel Omero
Sauve la feuille de
travail sur le serveur
Paramètres de la feuille de travail:
Ajouter ou supprimer des images:
Organiser les images:
Redimensionne les
images:
-avec la même largeur
-avec la même hauteur
Aligner à
gauche
Aligner
en haut
-même hauteur et même
largeur
Aligner sur la grille (que si plusieurs
images sont sélectionnées)
Etapes pour exporter la feuille de travail sous format PDF:
Cliquez
Création du PDF
Bouton de téléchargement
Remarque: Une fois la feuille sur votre ordinateur au format PDF, vous pourrez toujours
retravailler dessus via des logiciels d’editing (illustrator sous Mac ou Photoshop).
Détails de la boîte à outils, l’onglet Info:
-Dans cet onglet, vous avez accès à
certaines informations relatives à l’image
sélectionnée: son nom, son ID, quelques
métadonnées et son dpi (dot per inches)
sur la feuille de travail.
Jouer sur le zoom fait varier le dpi.
-L’option « show in webclient » vous
redirige sur l’emplacement de l’image
dans Omero Web.
-L’option Edit ID:
Cette option permet d’ajouter de nouvelles
images en leur appliquant les paramètres des
images que vous avez travaillé sur votre feuille.
Sélectionner l’image avec les paramètres que
vous souhaitez appliquer à la nouvelle image et
cliquez sur Edit ID.
Rentrez l’ID de l’image que vous voulez ajouter.
Cliquez sur Preview pour voir si les paramètres
que vous voulez appliquer “match”.
Ici, la différence de taille entre les images est
gérée automatiquement. Par contre, mon image
d’origine a 4 canaux alors que celle que je veux
ajouter en a 3. Cliquez sur update pour voir le
résultat.
-Résultat Edit ID:
Aucun problème avec les canaux puisque je
n’observe que les 2 premiers canaux (dapi, gfp)
de mes images.
Attention, l’image sélectionnée pour réaliser
l’edit sera remplacée par l’image avec l’ID que
vous avez rentrer dans la précédente. Si vous
voulez conserver l’image à partir de laquelle
vous avez lancé l’editing, je vous conseille donc
de la copier-coller au préalable.
Avant Edit:
Image ID=66
Après Edit:
Image ID=64
L’onglet Preview:
Vous pouvez
désactiver ou pas,
les canaux. Ici, le
rouge lointain (4ème
canal) est
désactivé. De
même, vous pouvez
ajuster le contraste
pour chaque canal.
Ou encore observé
une slice différente
de votre stack.
Différent z
observé
Contraste
Canal vert
Vous pouvez
également attribuer
des couleurs artificiels
aux canaux et créer
des vues
monochromes si vous
choisissez le blanc.
Canal vert en blanc
Vous pouvez créer une vue en projection ou zoomer à l’intérieur de votre image:
Projection
zoom
L’onglet Labels:
Dans cet onglet, vous avez la possibilité de légender vos images en leur ajoutant des
« labels ». Vous pourrez positionner ces labels soit à l’intérieur de l’image ou des images
sélectionnées, soit à l’extérieur.
De façon intéressante, vous pouvez également afficher une barre d’échelle calculer à
partir des métadonnées sur la taille des pixels de vos images.
Après clic sur
Show/Add
Une fois les labels
ajoutés, vous avez
toujours la possibilité de
changer leur nom, police
etc. ou de les supprimer
via l’encadré Edit Labels
(voir page suivante).
Vous pouvez positionner les labels
aussi bien à l’intérieur de l’image
(aux quatre coins) qu’à l’extérieur.
Vous pouvez également changer la
taille et la couleur de la police.
L’onglet Labels:
Comme nous l’avons vu
précédemment, vous pouvez taper vos
propres noms de labels mais il existe
aussi des labels prédéfinis, extraits à
partir des métadonnées de l’image.
Par exemple, vous pouvez afficher les
canaux utilisés (exemple ci-dessous),
ou encore les time points de vos
images à différents temps.
Avant édition:
Les labels sont nommés
automatiquement à partir
des métadonnées de
l’image: ici, les longueurs
d’onde des la canaux
utilisés.
Edition des Labels
Après édition:
Ici, j’ai renommé mes labels
en tapant le nom des
fluorophores utilisés à la
place des longueurs d’onde.
J’ai également augmenter la
taille de la police (14). Je
pourrais supprimer ces
labels en cliquant sur la
croix rouge.
Ci-dessous, un exemple de figure finie, réalisée avec le plugin.
Pour plus de détails, consultez http://help.openmicroscopy.org/figure.html ou le tutoriel
vidéo disponible sur le site.