Hepatitis B Virus HBV

Identification moléculaire des champignons (gènes ITS1/ITS2)
Technique moléculaire d'identification et de classification des champignons pathogènes,
complémentaire à l'identification d'isolats pour lesquels les methodes classiques ne satisfont
pas (apparition des structures morphologiques qu'après plusieurs semaines de culture,
caractères phénotypiques insuffisants, activités biochimiques douteuses etc.). Les résultats étant
disponibles dans 1 à 2 jours, la méthode est appropriée aux champignons isolés de routine.
Un autre avantage est le gain de temps: la méthode peut être utilisée sur des cultures jeunes,
d'importance surtout dans les mycoses systémiques qui nécessitent un traitement rapide.
Principe:
extraction d'ADN
amplification par PCR d'un fragment d'ADN ribosomique ITS1 ("internal transcribed spacer"
region 1) ou ITS2 entre 18S, 5.8S et 28S
séquençage du produit PCR
comparaison de la séquence identifiée à toutes les séquences fongiques connues, enregistrées
dans les banques de données
coordination de la séquence de l'isolat à un genre/une espèce enregistré(e).
Transport de la culture sur gélose ou en suspension dans le milieu de transport standard IMD
(STM DNA free).
Les prélèvements tels quels ne conviennent pas à cette analyse (manque de sensitivité,
éventuelle contamination par des champignons de l'environnement).