FH Stralsund: CC Bioinformatics Das Comptence Center (CC

FH Stralsund: CC Bioinformatics
Das Comptence Center (CC) Bioinformatics unter Leitung von Prof. Dr. rer. nat. Gero Wedemann ist
am Institute for Applied Computer Science (IACS) der Fachhochschule Stralsund angesiedelt. Es
forscht im Bereich der Bioinformatik, der berechnenden Biophysik und der Systembiologie.
Schwerpunkt der Arbeit liegt in der Entwicklung von Software-Modellen für die Berechnung von
biologischen Systemen. Die Arbeitsgruppe entwickelt mit objektorientierte Methoden und
Programmiersprachen (C++, Java) individuelle Simulationssoftware zum Einsatz auf massiv-parallelen
Systemen mit OpenMP und MPI. Als Simulationstechniken kommen Monte Carlo-Verfahren, Replica
Exchange und Event-gesteuerte Simulation zum Einsatz. Für DNA und Chromatin wurden sog.
Coarse-grained Modelle entwickelt, die wesentliche Einsichten für das Verständnis der Regulation
der räumlichen Struktur des Zellkerns liefern. Als zweiten Schwerpunkt wurde in den letzten Jahren
ein Computermodell entwickelt, das die Ausbreitung maligner Zellen in Organismen beschreibt.
Dieses Modell wurde dazu verwendet, klinische und experimentelle Daten zu analysieren. Bei diesen
Analysen haben wir z.T. überraschende und unvorhergesehene Ergebnisse erzielen können. Wir
arbeiten mit einer Vielzahl von experimentell arbeitenden Spitzenforschern zusammen, u.a. am
Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf, Deutschen Krebsforschungszentrum Heidelberg, Erasmus
Medical Center Rotterdam.
Abbildung 1: Änderungen der Packung von Chromatin bei Änderungen der Wechselwirkung zwischen
Nukleosomen.
Abbildung 2: Skizze des Computermodells der Ausbreitung maligner Zellen in einem Organismus.