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Présentation
SECTEURS D’APPLICATIONS
Agro
Santé
Mer
Bio-informatique
La principale caractéristique de la plate-forme de bio-informatique Genouest est une
interaction forte avec l’ensemble des acteurs de la Génopole.
La plate-forme propose aux acteurs des autres plates-formes des ressources dans le
domaine du calcul intensif et son expertise dans le domaine de la bioinformatique et des bases de données.
Thèmes
On distingue 2 grands axes dans les activités de bio-informatique de la OUESTgenopole® :
PARTENARIATS
INRA
CNRS
Ifremer
Inserm
Université de Rennes
• Bio-informatique de recherche : recherche de nouveaux algorithmes et de
nouvelles méthodes qui seront exploités par les chercheurs de la Génopole. Cette
activité est menée en interaction forte avec l’équipe-projet Symbiose de l’IRISAINRIA.
• Bio-informatique de service : qui est une mission essentiellement technique :
mise en place des moyens matériels et des logiciels nécessaires à l'analyse des
données.
• Mission complémentaire : formation et assistance dans l'utilisation des moyens mis
en place.
EQUIPE
Effectif : 7
2 ingénieurs permanents
5 ingénieurs (CDD)
Cette plate-forme a pour spécificité la mise à disposition de logiciels
innovants en bio-informatique :
Des outils exclusifs sont proposés par la plate-forme Genouest portant sur
les thèmes de la Recherche de motifs (STAN, Wapam) et la Découverte de
motifs (Protomata-Learner).
Principaux équipements
La nouvelle configuration matérielle comprend :
• Un cluster de calcul de 32 noeuds bi-processeurs AMD Opteron 64 bits (Sun V20Z),
disposant de 4 Go de mémoire vive chacun.
• Un serveur de stockage Sun Storedge 6920 de 8 To accessible par fibres.
• Un serveur de stockage PANASAS de 7 To utiles dédié les banques de données
biologiques.
• Un serveur web redondant pour assurer une haute disponibilité.
• Deux serveurs Sun V40Z quadri-opteron (l’un est utilisé pour le développement
interactif, l’autre pour la gestion des charges et la distribution des tâches).
www.ouest-genopole.org
octobre 2007
Mots-clefs
Bio-informatique de recherche
Recherche et découverte de motifs
CONTACTS
Plate-forme de Bio-informatique
OUEST-genopole®
Equipe Symbiose, IRISA-INRIA
Campus de Beaulieu
35 042
Rennes Cedex
Bio-informatique de service
Logiciels innovants
Calcul intensif
Téléphone
Hugues Leroy : 02 99 84 74 17
Olivier Collin : 02 99 84 71 22
Télécopie
02 99 84 71 71
Savoir-faire
Nous mettons à votre disposition nos compétences, notre expertise, notre capacité
d’analyse pour vous aider dans votre développement.
Nos savoir-faire :
Adresses e-mail
[email protected]
[email protected]
[email protected]
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Analyse linguistique des séquences
Analyse et identification de systèmes dynamiques
Bases de données spécialisées
Optimisation et parallélisme
Architectures spécialisées
Recherche de partenaires
Notre plate-forme dispose de solutions directement disponibles ainsi que
des expertises nécessaires à l’élaboration d’outils innovants :
Recherche de nouveaux algorithmes et de nouvelles méthodes
Création de nouveaux outils correspondants à un besoin spécifique
Mise à disposition de logiciels originaux
Visitez notre site :
http://genouest.org
Mise à disposition de puissance de calcul et de capacités de stockage
Formation et accompagnement des nouveaux utilisateurs
Pour nous adresser toute demande de service ou de collaboration,
consultez la rubrique « Services » de notre site genouest.org :
Vous y trouverez les informations relatives aux services proposés, ainsi
qu’un formulaire qui vous permettra de soumettre au Conseil Scientifique de notre
plate-forme les obstacles et problématiques soulevés au cours de vos travaux de
recherche.
La plate-forme Genouest est aujourd’hui engagée dans une démarche
Qualité ISO-9001.
www.ouest-genopole.org
octobre 2007