Session Simultanée 6 : Génétique clinique, Anomalies du

èmes
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ASSISES DE GÉNÉTIQUE HUMAINE ET MÉDICALE
LYON, CITÉ INTERNATIONALE 3, 4 ET 5 FÉVRIER 2016
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Session Simultanée 6 - Génétique clinique,
Anomalies du développement embryonnaire et
foetopathologie
ANNE-SOPHIE JOURDAIN
CS31 : Séquençage par technologie haut débit d’un panel de 103 gènes et régions régulatrices impliqués
dans le développement des membres : application en diagnostic chez des patients atteints de
malformations des membres
Auteurs :
Anne-Sophie JOURDAIN (1), marion DELBARRE (2), florence PETIT (2), clémence VANLERBERGHE (2),
morgane STICHELBOUT (2), jamal GHOUMID (2), frédéric FRENOIS (2), Sylvie MANOUVRIER (2), Fabienne
ESCANDE (1)
1. RADEME EA 7463, Clinique de Génétique Guy Fontaine, Oncologie et Génétique moléculaire CBP, CHRU
Lille, Lille, France
2. RADEME EA 7463, Clinique de Génétique Guy Fontaine, CHRU Lille, Lille, France
Mots clefs : haut-débit, panel, malformations, membres, NGS
Résumé :
Les malformations congénitales des membres (MCM) sont fréquentes (prévalence estimée entre 1.3 et 1.9 ‰
naissances). Elles peuvent être isolées ou rentrer dans le cadre de syndromes malformatifs, dont environ 1400
sont décrits dans la littérature. Leur diagnostic précis clinique et moléculaire est important afin de permettre
l’établissement d’un pronostic et d’aider à la prise en charge du patient, mais aussi pour le conseil génétique. Or,
l’hétérogénéité des signes cliniques, l’importante variabilité d’expression intra et extrafamiliale, les défauts de
pénétrance, ou encore les phénotypes inhabituels, atypiques, ou moins bien connus (observations fœtales par
exemple), rendent parfois difficiles ce diagnostic et le choix des analyses moléculaires à réaliser. Parmi les 1090
patients « index » atteints de MCM isolées ou syndromiques référés à notre équipe clinicobiologique, nous avons
pu identifier la cause moléculaire, par analyse ciblée, dans 411 cas (38%). L’objectif de notre travail était
d’évaluer la pertinence du recours à la technologie de séquençage haut débit d’un panel de gènes impliqués dans
les MCM (moins de 150 sont connus pour être associés à des MCM isolées ou syndromiques). Au sein de notre
cohorte de patients chez lesquels le diagnostic moléculaire de première intention (analyse des gènes décrits en
lien avec le phénotype) était négatif, nous avons sélectionné 200 patients pour lesquels les arguments en faveur
du caractère génétique de leur MCM étaient importants (notamment caractère familiale et/ou bilatéral des
anomalies). Les patients ont été séquencés sur MiSeq-Illumina pour un panel Haloplex-Agilent à façon de 103
gènes ou régions décrits dans les MCM. Au terme de notre analyse, 36 variants d’intérêt ont été identifiés chez
33 patients. Dans 11 cas, le caractère délétère du variant a pu être établi (variants de BMPR1B, FGFR1, FGFR2,
GNAS, HDAC4, HOXD13, IRF6, TP63 et TWIST1). Pour 23 cas, des études complémentaires sont nécessaires,
néanmoins 12 candidats sont fortement suspects (variants de BMPR1B, DLX5, FGF10, FGF16, FGFR1, NIPBL,
RECQL4 et WNT10B). Certains gènes comme BMPR1B, FGFR1, DLX5 et WNT10B sont retrouvés mutés de
façon récurrente chez des patients porteurs d’anomalies des mains, confirmant ainsi l’intérêt de leur étude pour le
diagnostic différentiel des anomalies des extrémités (brachydactylies, syndactylies,…). Certains de ces variants
permettent d’élargir le spectre phénotypique des anomalies des gènes étudiés (FGFR1, HOXD13, HDAC4,
FGF10). Ainsi, l’identification d’un variant d’intérêt dans 18% des cas, amène à considérer le séquençage d’un
panel ciblé comme une option très intéressante dans le cadre des MCM. Son utilisation en première intention
pourrait être notamment envisagée pour des pathologies dont la complexité des tableaux cliniques rend difficile
l’orientation des analyses moléculaires.
Session Simultanée 6 - Génétique clinique,
Anomalies du développement embryonnaire et
foetopathologie
ESTELLE COLIN
CS32 : Le gène WDR73 est responsable du syndrome de Galloway-Mowat
Auteurs :
Estelle Colin (1), Evelyne Huynh-Cong (2), Géraldine Mollet (2), Agnès Guichet (1), Olivier Gribouval (2),
Christelle Arrondel (2), Olivia Boyer (3), Laurent Daniel (4), Marie-Claire Gubler (3), Zelal Ekinci (5), Michel
Tsimaratos (6), Brigitte Chabrol (7), Nathalie Boddaert (8), Alain Verloes (9), Arnaud Chevrollier (10), Naig
Gueguen (1), Valérie Desquiret-Dumas (1), Marc Ferré (1), Vincent Procaccio (1), Laurence Richard (11), Benoit
Funalot (11), Anne Moncla (12), Dominique Bonneau (1), Corinne Antignac (13)
1. Département de Biochimie et Génétique, CHU Angers, Angers, France
2. Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale Unité Mixte de Recherche 1163, Laboratory of
Inherited Kidney Diseases, Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité, Imagine Institute, Paris, France
3. Département de Néphrologie pédiatrique, Hôpital Necker, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, Paris,
France
4. Département d'Anatomo-Pathologie, Hôpital de la Timone, Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille,
Marseille, France
5. Département de Néphrologie pédiatrique, Faculty of Medicine, Kocaeli University, Kocaeli, Turquie
6. Département de Néphrologie pédiatrique, Hôpital de la Timone, Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille,
Marseille, France
7. Département de Neurologie pédiatrique, Hôpital de la Timone, Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille,
Marseille, France
8. Département de Radiologie pédiatrique, Hôpital Necker, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, Paris,
France
9. Département de Génétique, Hôpital Robert Debré, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris , Paris, France
10. Centre National de la Recherche Scientifique 6214 et Institut National de la Santé et de la Recherche
Médicale 1083, Université Nantes Angers Le Mans, Angers, France
11. Departments de Neurologie, Biochimie, et Genetique, CHU Limoges, Limoges, France
12. Département de Génétique, Hôpital de la Timone, Assistance Publique – Hôpitaux de Marseille, Marseille,
France
13. Département de Génétique, Hôpital Necker, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, Paris, France
Mots clefs : Galloway-Mowat, WDR73, Microcéphalie, Syndrome néphrotique, Retard cognitif sévère,
Hypoplasie cérébelleuse
Résumé :
Le syndrome de Galloway-Mowat est une pathologie autosomique récessive rare caractérisée par l’association
d’un syndrome néphrotique, d’une microcéphalie et d’une atteinte neurologique. Par SNP array, à la recheche de
zones d’homozygotie, puis par séquençage d’exome, nous avons identifié que des mutations perte de fonction
dans le gène WDR73 étaient responsable de ce syndrome dans deux familles non apparentées. WDR73 code
pour une protéine de la famille WD40, de fonction inconnue jusqu’alors. Nous avons montré que WDR73 était
présente dans les tissus cérébraux et rénaux. WDR73 est localisée de manière diffuse dans le cytoplasme durant
l’interphase mais se relocalise au niveau des pôles du fuseau et des microtubules lords de la mitose. Dans les
fibroblastes d’un des patients et dans les podocytes déplétés en WDR73, on observe une architecture nucléaire
anormale, une diminution de la viabilité cellulaire et une altération du réseau des microtubules. L’ensemble de
ces données suggèrent que WDR73 joue un rôle crucial dans le maintien de l’architecture et de la survie
cellulaires. Au total, les mutations perte de fonctions de WDR73 sont responsables d’un syndrome de GallowayMowat chez des patients qui présentent une forme tardive de protéinurie ou de syndrome néphrotique, une
microcéphalie d’apparition post-natale, une atrophie optique, un retard cognitif sévère avec à l’IRM une
hypoplasie cérébelleuse et un corps calleux fin.
Session Simultanée 6 - Génétique clinique,
Anomalies du développement embryonnaire et
foetopathologie
Rodolphe DARD
CS33 : Syndrome d’Ellis-Van Creveld foetal : 26 nouveaux cas, score clinico-radiologique et revue de la
littérature
Auteurs :
Rodolphe DARD (1), Anne-Lise DELEZOIDE (2), Marie GONZALES (3), Louise DEVISME (4), Sophie
COLLARDEAU-FRACHON (5), Nicole LAURENT (6), Martine BUCOURT (7), Jean-Frederic BRUCH (8), Corinne
JEANNE-PASQUIER (9), Pauline FEUCHER (1), Anne-Sophie LEBRE (1), Dominique GAILLARD (1)
1. Génétique, CHU Reims, Reims, France
2. Biologie du développement, Hopital Robert DEBRE, Paris, France
3. Génétique, Hopital Trousseau, Paris, France
4. Pathologie foetale, CHRU LILLE, LILLLE, France
5. Pathologie foetale, CHU LYON, LYON, France
6. Pathologie foetale, CHU DIJON, DIJON, France
7. Unité fonctionnelle de fœtopathologie,, CHU Jean Verdier, GH Paris-Seine-Saint-Denis, AP-HP,, BONDY,
France
8. Pathologie foetale, CH CHARTRES, chartres, France
9. Pathologie foetale, CHU CAEN, CAEN, France
Mots clefs : Ciliopathies, Polydactylie-côtes-courtes, Ellis-van Creveld, EVC, EVC2
Résumé :
Le syndrome d’Ellis van-Creveld (EVCS), ou chondrodysplasie ectodermique, est une ciliopathie de transmission
autosomique récessive appartenant au groupe des syndromes polydactylie-côtes courtes (PCC). La mortalité
inconstante est conditionnée par la présence d’une cardiopathie congénitale dans 60% des cas. Des mutations
des gènes EVC et EVC2 ont été identifiées dans deux tiers des cas. A ce jour, 150 cas (dont 15 cas fœtaux) et
94 mutations ont été rapportés, sans corrélation génotype-phénotype. Afin de décrire les signes les plus
pertinents pour évoquer le diagnostic d’EVCS en période anténatale, nous rapportons ici la plus grande cohorte
fœtale décrite à ce jour avec 26 cas-index issus de 23 familles. Les données cliniques, morphologiques et
radiologiques des 26 cas ont été étudiées et une étude moléculaire a été possible pour 13 fœtus par séquençage
Sanger des régions codantes et jonctions exon-intron des gènes EVC et EVC2.
Des mutations des gènes EVC et EVC2 ont été identifiées chez 9/13 fœtus (8/11 familles). L’étude de notre
cohorte ainsi qu’une méta-analyse de la littérature nous permet de décrire un nouveau hot-spot mutationnel
discret dans le gène EVC qui pourrait avoir un intérêt fonctionnel et 4 nouvelles mutations des gènes EVC et
EVC2.
Nous décrivons ici de nouveaux signes encore jamais rapportés dans l’EVCS. Une dysmorphie faciale dans
18/26 cas, une atteinte rénale microkystique pour 6/20 cas ainsi qu’un cas avec malformation cérébrale (kyste de
la fosse postérieure). Les atteintes rénale et cérébrale, bien que déjà décrites dans d’autres ciliopathies, n’ont
jamais été rapportées dans l’EVCS. Nous décrivons les signes cliniques et radiologiques les plus caractéristiques
et proposons un score clinico-radiologique permettant d'orienter le diagnostic d’EVCS en période anténatale. La
pertinence de ce score clinico-radiologique a été évaluée par l’étude rétrospective de la littérature rapportant des
cas de fœtus avec d’autres types de syndromes PCC (dystrophie thoracique de Jeune). Enfin, nous mettons en
évidence une différence de phénotype entre patients mutés et patients sans mutation des gènes EVC/EVC2. Une
corrélation génotype-phénotype notamment avec l’atteinte cardiaque a été recherchée.
En conclusion, nous rapportons ici la plus grande cohorte de fœtus avec EVCS décrite à ce jour et
décrivons de nouveaux signes cliniques ainsi qu’un score clinico-radiologique utile dans la pratique clinique mais
aussi dans l’analyse de variants identifiés en exome ou en panel NGS ciliome.
Session Simultanée 6 - Génétique clinique,
Anomalies du développement embryonnaire et
foetopathologie
aude tessier
CS34 : Syndrome de Fraser : présentation fœtale et diagnostic anténatal à partir d’une série de 33 cas.
Auteurs :
Aude Tessier (1), Mélie Sarreau (2), Fanny Pelluard (3), Gwenaelle Andre (3), Anne Marie Beaufrere (4), Sophie
Blesson (5), Martine Bucourt (6), Patrice Callard (7), Isabelle Creveaux (8), Pierre Dechelotte (4), Thierry
Frebourg (9), Brigitte Gilbert Dussardier (10), Corinne Jeanne Pasquier (11), Fabien Guimiot (12), Annie
Laquerriere (13), Philippe Loget (14), Charlotte Mechler (15), Marie Josée Perez (16), Rob Van Der Luijt (17),
Sophie Patrier (18), Anne Marie Guerrot (1)
1. Inserm U1079, Centre Normand de Génomique Médicale et Médecine Personnalisée et Service de Génétique,
Université de Rouen et CHU de Rouen, ROUEN, France
2. Service de gynécologie obstétrique, Centre Hospitalier d'Angoulême, Angoulême, France
3. Unité de pathologie foetale et placentaire, Service d'anatomopathologie, CHU de Bordeaux Pellegrin,
Bordeaux, France
4. Service d'anatomo-pathologie, CHU de Clermont Ferrand, Clermont-Ferrand, France
5. Service de génétique, CHU Bretonneau de Tours, Tours, France
6. Unité fonctionnelle e foetopathologie, Hôpitaux universitaires Paris Seine Saint Denis, Bondy, France
7. Service d'anatomo-pathologie, Hôpital Tenon, Paris, France
8. Unité de biologie moléculaire, CHU de Clermont Ferrand, Clermont Ferrand, France
9. Inserm U1079, Centre Normand de Génomique Médicale et Médecine Personnalisée et Service de Génétique,
Université de Rouen et CHU de Rouen, Rouen, France
10. Génétique médicale EA3808, Université de Poitiers et CHU de poitiers, Poitiers, France
11. Service d'anatomo-pathologie, CHU de Caen, Caen, France
12. Service de biologie du développement, UMR1141, CHU Robert Debré et Université Paris Diderot, Paris,
France
13. Service d'anatomo-pathologie, CHU de Rouen, Rouen, France
14. Service d'anatomo-pathologie, CHU de Rennes, Rennes, France
15. Service d'anatomo-pathologie, Centre hospitalier de Colombes, Colombes, France
16. Unité de foetopathologie, Département de génétique médicale, CHRU Montpellier Hopital Arnaud de
Villeneuve, Montpellier, France
17. Sectie Genoomdiagnostiek, Univeritair Medisch Centrum Utrecht, Utrecht, Pays-Bas
18. Service d'anatomo-pathologie, CHU de Rouen, ROUEN, France
Mots clefs : Fraser, foetopathologie, diagnostic anté-natal
Résumé :
Le syndrome de Fraser est un syndrome autosomique récessif rare décrit pour la première fois en 1962. La
cryptophtalmie et les syndactylies cutanées en sont les deux principaux signes cliniques. D’autres malformations
sont fréquemment associées : anomalies des organes génitaux, oreilles dysplasiques, sténose laryngée,
malformations digestives, malformations rénales. Ce syndrome est lié à des altérations des gènes FRAS1,
FREM2 et GRIP1 impliqués dans les interactions épithélium-mésenchyme durant le développement
embryonnaire. L’objectif de cette étude était de caractériser le phénotype fœtal du syndrome de Fraser et sa
présentation anténatale à partir du recueil de 33 cas issus de 26 familles. Vingt-trois cas étaient issus d’une
interruption médicale de grossesse, 8 de mort fœtale in utero entre 16 à 36 SA et 2 nouveau-nés décédés. Douze
cas ont bénéficié d'une confirmation moléculaire. Les anomalies ophtalmologiques sont constantes; une
cryptophtalmie uni ou bilatérale a été observée dans 26 cas; un colobome et/ou des synéchies oculo-palpébrales
peuvent être présentes; une microphtalmie a été observée dans 10/30 cas et un hypertélorisme dans 19/27 cas.
Des syndactylies ont été retrouvées dans la majorité des cas (31/33) et touchent plusieurs membres. Le nez était
court avec parfois une pointe bifide ou une encoche sur une aile du nez (8/29); les oreilles étaient dysplasiques.
Une microstomie était présente chez 16/31 cas et une fente labiale chez 8 cas. Les organes génitaux externes
étaient anormaux dans la majorité des cas (28/33) et le phénotype sexuel souvent difficile à déterminer; les
anomalies rénales étaient quasi constantes (32/33) et comprenaient agénésie, dysplasie, hypotrophie. Les
anomalies laryngo-trachéales concernaient 28/32 cas. A l’étage abdominal, étaient observés ombilic bas implanté
(21/32), omphalocèle (6/33), malrotation intestinale ou mésentère commun (10/31), atrésie ou sténose anale
(15/31). Des données échographiques étaient disponibles pour 22 fœtus, les anomalies ont été vues au cours du
e
2 trimestre de grossesse dans tous les cas avec suivi obstétrical. Les signes rapportés sont oligo/anamnios
(n=17), ascite (n=8), anomalies rénales (n=9), signes d’atrésie laryngo-trachéale (n=10), anomalies
ophtalmologiques (n= 4), anomalies des oreilles (n=2) et anomalies des extrémités (n=2). Le phénotype clinique
fœtal et post-natal du syndrome de Fraser est bien décrit et ce diagnostic est facilement évoqué lors de l’examen
e
externe y compris dans les cas de mort fœtale in utero du 2 trimestre. En revanche, la présentation
échographique est peu décrite. L’oligoamnios, qui est le premier signe, est peu spécifique et limite l’examen
morphologique. Son association inhabituelle à des signes de sténose ou d’atrésie des voies aériennes hautes
doit orienter vers ce diagnostic et doit faire rechercher les signes plus fins comme les syndactylies, la
microphtalmie, l’ombilic bas implanté et les anomalies des organes génitaux externes.
Session Simultanée 6 - Génétique clinique,
Anomalies du développement embryonnaire et
foetopathologie
celine HUBER
CS35 : Etude par ciliome d’une cohorte de 73 individus DTJ et CCPIII
Auteurs :
celine HUBER (1), caroline Michot (1), Quentin SIOUR (1), Mélanie Parisot (2), Christine Bole-Feysot (2), Cécile
Fourrage (3), Patrick Nitschke (3), Honorine Kayirangwa (1), Kim Hanh Le Quan Sang (1), Anne Dieux-Coeslier
(4), Geert Mortier (5), Pelin Ozlem Simsek-Kiper (6), Kate Chandler (7), Albert David (8), Claire Do Ngoc Thanh
(9), Christine Francannet (10), Dominique Gaillard (11), Alice Goldenberg (12), André Mégarbané (13), Sabine
Sigaudy (14), Christel Thauvin (15), Ebtesam Abdalla (16), Jean-Luc Alessandri (17), Marie-Pierre Alex-Cordier
(18), Clarisse Baumann (19), Maria Francesca Bedeschi (20), Eric Bieth (21), Nicole Bigi (22), Francesco
Brancati (23), François Cartault (24), Thomy JL De Ravel De l’Argentière (25), Bérénice Doray (24), Stéphanie
Droutman (26), Salima El Chehadeh (27), Jean-Philippe Cozic (28), Brigitte Estournet (29), Laurence Faivre (15),
David Geneviève (30), Marion Gérard (31), Brigitte Gilbert-Dussardier (32), Fabienne Giuliano (33), Fabien
Guimiot (28), Marie Gonzales (34), Bertrand Isidor (8), Marine Legendre (35), Jelena Martinovic (36), Michèle
Mathieu-Dramard (37), Juliette Piard (38), Marie-Line Port-Lis (39), Marleen Simon (40), Susan Tomkins (41),
Velibor Tasic (42), Annick Toutain (43), Ida Vogel (44), Sandra Whalen (45), Michael Wright (46), Alison Yeung
(47), Tania Attié (48), Sophie Saunier (49), Geneviève Baujat (1), Valérie Cormier-Daire (1)
1. Service de Génétique, INSERM UMR 1163, Université Paris Descartes- Sorbonne Paris Cité, Institut Imagine,
Hôpital Necker Enfants Malades (AP-HP), Paris, France
2. Plateforme de Génomique, Institut IMAGINE, Paris, France
3. Plateforme de Bioinformatique, Université Paris Descartes, Paris, France
4. Service de Génétique Clinique, CHRU, Hôpital Jeanne de Flandre, Lille, France
5. Department of Medical Genetics, Antwerp University Hospital and University of Antwerp, Edegem, Belgique
6. Department of Pediatrics, Pediatric Genetics Unit , Hacettepe University School of Medicine, Ankara, Turquie
7. Manchester Centre for Genomic Medicine, Central Manchester University Hospitals NHS Foundation Trust,
Saint Mary's Hospital, Manchester, Royaume Uni
8. Service de Génétique Médicale, CHU Nantes, Nantes, France
9. Médecine Physique et Réadaptation de l'Enfant, Hôpital Raymond Poincaré, Garches, France
10. Service de Génétique Médical, CHU Estaing, Clermont – Ferrand, France
11. Service de Génétique et Biologie de la Reproduction, Hôpital Maison Blanche, Reims, France
12. Service de Génétique Médicale, CHU de Rouen, Rouen, France
13. Unité de Génétique Médicale, Faculté de Médecine, Université Saint Joseph, Beyrouth, Liban
14. Département de Génétique Médicale, Hôpital d'Enfant de la Timone, Marseille, France
15. Génétique des Anomalies du Développement, EA4271, Université de Bourgogne, Dijon, France
16. Department of Human Genetics, Medical Research Institute, University of Alexandria, Alexandria, Etats-Unis
17. Pole FME, CHU Réunion, Hôpital Felix Guyon, Saint-Denis, La Réunion, Réunion
18. Service de Génétique, Hôpital femme Mère Enfant GHE, Bron, France
19. Département de génétique clinique, Hôpital Robert Debré, Paris, France
20. Medical Genetics Unit , IRCCS Ca' Granda Foundation, Ospedale Maggiore Policlinico, Milan, Italie
21. Département de Génétique, Hôpital Purpan, Toulouse, France
22. Unité de fœtopathologie, Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHRU Montpellier, Montpellier, France
23. Department of Medical, Oral and Biotechnological Sciences, Gabriele D'Annunzio University of ChietiPescara, Chieti, Italie
24. Service de Génétique, CHU de la Réunion Hôpital Félix Guyon, Saint Denis, La Réunion, Réunion
25. Center for Human Genetics, University Hospitals Leuven, KU Leuven, Leuven, Belgique
26. Service de réanimation infantile, Hôpital André Grégoire, Montreuil, France
27. Centre de Génétique, Hôpital d'Enfants, Dijon, France
28. Service de biologie du développement, Hôpital Robert Debré, Paris, France
29. Médecine Physique et Réadaptation de l'Enfant, Hôpital Raymond Poincaré, Garches, France
30. Service de Génétique Médicale, Hôpital Arnaud de Villeneuve, CHRU Montpellier, Montpellier, France
31. Service de Génétique, CHR Clémenceau, Caen, France
32. Service Génétique, CHU de Poitiers, Centre de Référence Anomalies du Développement Ouest, Centre de
compétence Maladie de Rendu-Osler, Poitiers, France
33. Service de Génétique , CHU de Nice, Nice, France
34. Département de Génétique Médicale, Hôpital Armand Trousseau, AP-HP, Université Pierre et Marie Curie,
Sorbonne Universités, Paris, France
35. Service Génétique , CHU de Poitiers, Centre de Référence Anomalies du Développement Ouest, Centre de
compétence Maladie de Rendu-Osler, Poitiers, France
36. Unité de fœtopathologie, Hôpital Antoine Béclère, Clamart, France
37. Service de Génétique Clinique , CHRU d’Amiens- Hôpital Nord, Amiens, France
38. Centre de Génétique Humaine, CHU Besançon, Besançon, France
39. Unité de Génétique Clinique, , Hôpital Universitaire de Pointe à Pitre, Guadeloupe, Guadeloupe
40. Department of Clinical Genetics, Erasmus Medical Center, Rotterdam, Pays-Bas
41. Clinical Genetics Department, Mugrove Park Hospital, Taunton, Royaume Uni
42. Dept. of Pediatric Nephrology, University Children’s Hospital, Skopje, ex-République yougoslave de
Macédoine
43. Service de Génétique, CHRU de Tours, Tours, France
44. Department of Clinical Genetics, Aarhus University Hospital, Aarhus, Danemark
45. Unité fonctionnelle de génétique clinique, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France
46. Northern Genetics Service, Institute of Human Genetics, Newcastle upon Tyne Hospitals NHS Foundation
Trust, Newcastle, Royaume Uni
47. Victorian Clinical Genetics Services, Murdoch Children Research Institute, Parkville, Etats-Unis
48. Laboratoire de Génétique Moléculaire, Institut Imagine INSERM U-1163, Hôpital Necker-Enfants Malades,
Paris, France
49. Laboratory of Inherited Kidney Diseases, , INSERM UMR 1163, Université Paris Descartes- Sorbonne Paris
Cité, Institut Imagine, Hôpital Necker Enfants Malades (AP-HP),, Paris, France
Mots clefs : Côtes courtes Polydactylie (CCP), Dysplasie Thoracique de Jeune (DTJ), ciliome, DYNC2H1
Résumé :
Le groupe des côtes courtes polydactylie (CCP) comprend 4 entités létales (le syndrome de Saldino-Noonan
(CCP type I), le syndrome de Majewski (CCP type II), le syndrome de Verma-Naumoff (CCP type III) et le
syndrome de Beemer-Langer (CCP type IV)) et 2 compatibles avec la vie le syndrome d’Ellis-van Creveld (EVC)
et la dysplasie thoracique asphyxiante de Jeune (DTJ). Le groupe des CCP est caractérisé par une étroitesse
thoracique aveccôtes courtes, des os longs courts et un aspect en trident du bassin. La polydactylie est observée
de manière constante dans le type II et EVC, commune dans les types I et III et rare dans le type IV et DTJ. Il
existe un chevauchement phénotypique entre les différentes formes de CCP, qui diffèrent par des malformations
viscérales et l’aspect des métaphyses.
Le pronostic des DTJ est dominé par l’étroitesse thoracique à l'origine de troubles respiratoires, et l’apparition
possible au cours de la vie d’une insuffisance hépatique ou rénale (16%), et / ou d’une rétinopathie pigmentaire
(40%).
A ce jour, des mutations ont été identifiées dans 18 gènes codant pour des protéines du cil, confirmant
l’appartenance des CCP au groupe des ciliopathies. Parmi eux, 10 gènes sont responsables de DTJ et CCPIII.
Ces gènes codent pour des protéines i) du transport intraflagellaire anterograde : IFT80 (CCPIII/ DTJ), IFT172
(DTJ) ii) du transport intraflagellaire retrograde et de son moteur Dynéin 2 : TTC21B (DTJ), WDR19 (DTJ),
IFT140 (DTJ), DYNC2H1 (DTJ/ CCPIII/ CCPII), WDR34 (DTJ/ CCPIII), WDR60 (DTJ/ CCPIII) iii) localisée au
niveau du corps basal: TCTEX1D2 (DTJ) ou iv) du centrosome : CEP120 (DTJ).
En raison de la grande variabilité clinique observée au sein du groupe des ciliopathies et du nombre et de la taille
des gènes impliqués dans ce groupe de maladies, l’utilisation du séquençage haut débit ciblé de 1220 gènes
codants pour des protéines du cil, appelé ciliome a été envisagé comme une approche stratégique en termes de
gain de temps et d’argent et ce, afin de séquencer un grand nombre d’individus.
Nous avons étudié une cohorte de 73 individus DTJ (55) et CCPIII (18) par ciliome et identifié des mutations dans
59% des cas (43/73, 32 DTJ et 11 CCPIII). Parmi les 43 individus mutés, des variations ont été identifiées dans
DYNC2H1 chez 29/43 (~67%, 22 DTJ et 7 CCPIII) et dans IFT140, WDR19, WDR60, WDR34, IFT80 et WDR35
chez 12/43 (~28%, 9 DTJ et 3 CCPIII). Pour un individu DTJ, nous avons identifié une variation hétérozygote
dans DYNC2H1 et une seconde variation hétérozygotedans IFT140 suggérant la possibilité d’un digénisme. Dans
ière
une famille consanguine avec 2 fœtus présentant un CCPIII, nous avons mis en évidence pour la 1
fois une
mutation homozygote dans le gène KIF24 qui code pour une kinésine centriolaire interagissant avec CP110 dans
le remodelage des microtubules et la régulation de la ciliogénèse. Finalement, un exome est en cours pour les 30
individus (22 DTJ et 8 CCPIII) sans base moléculaire identifiée par ciliome.
Session Simultanée 6 - Génétique clinique,
Anomalies du développement embryonnaire et
foetopathologie
Charlotte MOUDEN
CS36 : Identification de nouveaux gènes impliqués dans l’holoprosencéphalie par séquençage exomique
dans 22 familles
Auteurs :
Charlotte Mouden (1), Wilfrid Carré (2), Sophie Rose (3), Marie De Tayrac (2), Houda Hamdi-Rozé (4), Géraldine
Viot (5), Bénédicte Héron-Longe (6), Linda Akloul (7), Valérie Dupé (1), Sylvie Odent (8), Christèle Dubourg (2),
Véronique David (2)
1. UMR6290 Insitut de Génétique et Développement de Rennes, Université de Rennes 1, Rennes, France
2. Laboratoire de Génétique Moléculaire et Génomique, CHU Pontchaillou, Rennes, France
3. UMR 1085 Institut de Recherche en Santé, Environnement et Travail, Université de Rennes 1, Rennes, France
4. UMR6290 Insitut de Génétique et Développement de Rennes, Université de Rennes 1, , France
5. Génétique Médicale, Maternité Port Royal, Paris, France
6. Service de Neuropédiatrie, Hôpital Trousseau, Paris, France
7. Service de génétique clinique, Hôpital Sud, Rennes, France
8. Service de génétique Clinique, Hôpital Sud, Rennes, France
Mots clefs : Holoprosencéphalie, séquençage de l'exome, gènes candidats, multigénique, développement
Résumé :
L’holoprosencéphalie (HPE) est une malformation cérébrale fréquente (1/10 000 naissances, 1/250 embryons)
qui résulte d’un défaut de clivage du prosencéphale lors des stades précoces du développement. L'HPE isolée
n'est expliquée que dans 30% des cas par des altérations des 4 gènes principaux SHH, ZIC2, SIX3, TGIF1 et
d'une dizaine d'autres gènes mineurs appartenant majoritairement à la voie de signalisation SHH. Dans 70% des
cas, la mutation est héritée d’un des parents asymptomatiques (excepté pour ZIC2), faisant envisager une
transmission complexe et multigénique. La recherche de nouveaux gènes devient donc prioritaire pour améliorer
le conseil génétique auprès des familles concernées. Dans ce but, notre équipe a mis en œuvre le séquençage
d’exome, sur 22 familles d’HPE, consanguines ou trios. L’exome de 8 familles consanguines avec 1 ou plusieurs
enfants atteints a été séquencé avec une analyse orientée vers la recherche de mutations homozygotes, dans
l’hypothèse d’une transmission récessive. Une mutation homozygote dans STIL, codant pour une protéine
centrosomale déjà impliquée dans la microcéphalie, a été identifiée chez deux frère et sœur d’une même famille.
Des tests fonctionnels cellulaires ont permis de montrer le caractère délétère de la mutation;. Dans d’autres
familles, des mutations homozygotes candidates dans FAT1 et LRIT1 ont également été mises en évidence, et
devront être testées fonctionnellement pour prouver leur pathogénicité. Le séquençage haut-débit de 11 trios
dans lesquels le cas index et un des parents étaient porteurs d’une mutation dans un gène de l’HPE a également
été réalisé, afin de rechercher la présence d’une seconde mutation causale chez les individus atteints. Dans une
famille présentant une première mutation de SHH, une seconde mutation dans DISP1, un gène mineur de l’HPE,
héritée de l’autre parent, a été identifiée chez le fœtus atteint. L’analyse étendue au reste de la famille a montré
une co-ségrégation parfaite des deux mutations avec une forme sévère de l’HPE. Dans les autres familles, des
mutations candidates dans des gènes du développement cérébral ont également été mises en évidence : FAT1,
LRP2, PCSK6, NDST1, LAMA5, SPRY4, IFT172, CEP70… Des études sont actuellement entreprises afin de
vérifier d’une part la concordance de l’expression de ces gènes avec un rôle dans le développement cérébral ; et
d’autre part afin de tester l’effet délétère des mutations. Enfin, l’analyse du séquençage de l’exome de 3 trios
sans mutation connue est actuellement en cours. Le séquençage d’exome de ces 22 familles a déjà permis
d’identifier un nouveau gène de l’HPE, STIL, et de redéfinir le modèle de transmission complexe de l’HPE,
notamment avec la description d’un cas de digénisme SHH-DISP1. Ces résultats doivent orienter le diagnostic
moléculaire vers la recherche de plusieurs altérations génétiques, en utilisant le séquençage haut-débit.