Rapport de stage “approche du métier d`enseignant

Rapport de stage “approche du métier
d’enseignant-chercheur”
PHILIPPART François
Élève du collège Jean ROSTAND (classe 3°5)
du 12 décembre 2011 au 16 décembre 2011
Travail encadré par Nicolas VERGNE
Résumé
Pendant une semaine, j’ai partagé le bureau d’un enseignant-chercheur de l’Université de Rouen en
tant que spectateur pour observer, comprendre le métier d’enseignant-chercheur et peut-être bien
confirmer mes ambitions de vie professionnelle... La physique et les mathématiques m’ont toujours
plu. Lorsque l’on m’a annoncé ce qu’était un stage d’entreprise je savais déjà ce que je voulais faire.
Ma mère en a parlé autour d’elle car je n’ai même pas eu à passer un coup de téléphone. C’est mon
maître de stage (qui est un ami de mes parents) qui m’a proposé de venir l’assister dans son travail.
Table des matières
Introduction
1 Présentation de l’université
1.1 Situation géographique . . . . . .
1.2 L’histoire du l’université . . . . .
1.3 Organisation . . . . . . . . . . . .
1.3.1 Conseil d’Administration .
1.3.2 Conseil Scientifique . . . .
1.3.3 Conseil des Études et de la
1.3.4 Le conseil de gestion . . .
1.4 Activités . . . . . . . . . . . . . .
1.5 Installations . . . . . . . . . . . .
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3 Approche du métier d’enseignant-chercheur
3.1 Le métier d’enseignant-chercheur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.1 Les différentes possibilités pour devenir chercheur ou enseignant-chercheur
3.1.2 Enseignement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.3 Recherche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1.4 Administratif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Présentation de mon maitre de stage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.1 Ses études et sa formation professionnelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.2 Observation de son poste de travail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.3 Perspectives de carrière . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2.4 Conseils pour un jeune . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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4 Activités dans le cadre du stage
4.1 Premier jour : présentation de l’environnement de travail . .
4.2 Second jour : travail à la bibliothèque . . . . . . . . . . . . .
4.3 Troisième jour : études et surveillance d’examen . . . . . . .
4.4 Quatrième jour : correction de copies et soutenances de stage
4.5 Dernier jour : sujets de recherche . . . . . . . . . . . . . . .
4.5.1 Recherche de mots exceptionnels . . . . . . . . . . .
4.5.2 Modélisation de séquences biologiques . . . . . . . . .
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Vie Universitaire
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2 Présentation du laboratoire LMRS
2.1 En quelques mots . . . . . . . . . .
2.2 Son histoire . . . . . . . . . . . . .
2.3 Biographie de Raphaël Salem . . .
2.4 Situation géographique du bâtiment
2.5 Organisation du labo . . . . . . . .
2.6 Activités . . . . . . . . . . . . . . .
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4.5.3
4.5.4
Classification : un code-barre pour les espèces . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Recherche d’aberrations chromosomiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Bilan
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Remerciements
Je remercie tout d’abord Nicolas Vergne (mon maître de stage) pour m’avoir accepté sur son lieu
de travail pendant une semaine et pour avoir été patient et pédagogue tout au long de cette période.
Je remercie également Thierry De La Rue, directeur du LMRS pour m’avoir accepté dans son laboratoire ainsi qu’Isabelle Lamitte, bibliothécaire, qui a su être tout aussi pédagogue.
Et enfin je remercie tous leurs collègues pour leur accueil.
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Lexique
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PU : Professeur d’Université
MCF : Maître de ConFérence (donc enseignant-chercheur)
LMRS : Laboratoire de Mathématiques Raphaël Salem
EC : Enseignant-Chercheur
CNRS : Centre National de la Recherche Scientifique
CORIA : COmplexe de Recherche Interprofessionnel en Aérothermochimie (Laboratoire rattaché à l’Université)
IRED : Institut de Recherche et de Documentation (Laboratoire rattaché à l’Université)
UFR : Unité de Formation et de Recherche
HDR : Habilitation à Diriger des Recherches
PU : Professeur des Universités
CR : Chargé de Recherche
DR : Directeur de Recherche
CA : Conseil d’Administration
CS : Conseil Scientifique
CEVU : Conseil des Études et de la Vie Universitaire
M1/M2 : Master 1 / Master 2
L1/L2/L3 : Licence 1/ Licence 2/ Licence 3
Vulgarisation : méthode pour simplifier et rendre les sciences accessibles à tous
4
Introduction
Dans le cadre de mon stage de troisième, je suis allé pendant une semaine dans une Université,
à Rouen, là où travaille Nicolas Vergne, un enseignant-chercheur (maître de conférences) en mathématiques et plus précisément dans les statistiques mais ça je l’expliquerai un peu plus tard. . .
Tout d’abord je présenterai l’université : sa situation géographique un peu spéciale (elle est divisée
en six parties), son histoire et ses évolutions au cours du temps, et son organisation administrative.
Je présenterai ensuite le laboratoire de mathématiques Raphaël Salem, j’expliquerai d’où vient ce
nom, les activités que l’on y pratique et également son organisation.
Ensuite je détaillerai mon approche du métier d’enseignant-chercheur en commençant par présenter
le métier en général : la recherche , l’enseignement et aussi le côté administratif.
Je poursuivrai par la présentation de mon maître de stage en détaillant son parcours, ses ambitions. . .
Et enfin je terminerai par mes activités au cours du stage, jour par jour, le dernier jour étant consacré
à la compréhension des différents sujets de recherche de Nicolas.
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Chapitre 1
Présentation de l’université
1.1
Situation géographique
L’Université est composée de six sites géographiques qui sont situés pour quatre d’entre eux dans
la banlieue de Rouen et pour les deux autres à Evreux et Elbeuf (qui sont des villes à quelques
dizaines de kilomètres de Rouen) :
– Mont-Saint-Aignan : cette partie regroupe les UFR suivants : l’UFR Sciences et Techniques,
l’UFR Lettres et Sciences Humaines, l’UFR Psychologie, Sociologie et Sciences de l’Éducation,
l’UFR Sciences du Sport et de lÉducation Physique
– Pasteur : cette partie regroupe les UFR suivants : l’UFR Droit, l’UFR Sciences Economiques
et Gestion, l’UFR Techniques de Commercialisation, l’UFR Carrières Juridiques et Judiciaires.
– Martainville : cette partie regroupe les UFR suivants : l’UFR de Médecine-Pharmacie
– Madrillet : cette partie regroupe les UFR suivants : l’UFR des Sciences et techniques.
– Evreux : technologie de pointe
– Elbeuf : cette partie regroupe les UFR suivant : l’UFR Services et Réseaux de Communication
et l’UFR Génie des Télécommunications et Réseaux.
Mon maître de stage enseigne sur les sites du Madrillet et de Mont-Saint-Aignan.
1.2
L’histoire du l’université
Depuis 1605, date à laquelle un collège de médecine fut créé à Rouen, les installations n’ont fait
qu’évoluer. Rien qu’entre 1924 et 1966 neuf institutions se sont gréffées à la ville avant de bâtir
l’Université. Ce qui en découla fût la création de différents organismes tels que le CORIA, l’IRED, le
SCUEOR puis l’IUT d’Évreux où ont pu se développer plusieurs UFR (Médecine, STAPS, Science
et Technique). Voici pour plus de précisions en quelques dates importantes.
– 1605 Collège de Médecine
– 1924 Cours supérieurs de Droit
– 1955 École de Médecine-Pharmacie
– 1958 Collège des Sciences
– 1958 Institut de Lettres
– 1961 Collège littéraire
– 1965 Faculté des Sciences
– 1965 Faculté des Lettres
– 1965 Collège de Droit
– 1966 Faculté de Médecine
– 1966 Création de l’Université
– 1966 Création à Rouen de l’un des premiers IUT de France 1968 Faculté de Droit
– 1968 UER de Psychologie
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1972 Création d’une mission Formation Continue
1975 CORIA
1980 IRED
1983 SCUEOR
1985 Création d’un département d’IUT à Évreux
1990 Création d’une Halle de Technologie Pharmaceutique à l’IUT d’Évreux
1990 Création d’un Deug Droit à Évreux
1991 Création d’un Deug Sciences à Évreux
1991 Création d’un Institut Universitaire Professionnalisé en informatique, informatique industrielle
1991 Création d’un Institut d’Administration des Entreprises
1992 Création de l’UFR Sciences et Techniques des Activités Physiques et Sportives
1995 Ouverture d’un IUT à Évreux
1996 Pose de la première pierre de la faculté de Médecine - Pharmacie (quartier Martainville).
Création de deux autres IUP : management et gestion des entreprises,
1996 génie électrique et informatique industrielle
1997 Livraison et inauguration du bâtiment de l’IRCOF (Institut de Recherche en Chimie
Organique Fine)
1999 Inauguration de l’UFR de Médecine - Pharmacie à Martainville (proche duC.H.U.)
1999 Ouverture d’un Département d’IUT à Elbeuf
2004 Inauguration de la première tranche et Pose de la 1ère pierre de la seconde tranche de
l’Institut des Matériaux de l’UFR Sciences et Techniques du Madrillet
1.3
Organisation
L’université est scindée en deux conseils eux-mêmes scindés en trois : ceux liés à l’organisation
générale de l’Université et ceux destinés à la gestion des UFR et Instituts. Je parlerai ici uniquement
des 4 conseils principaux. On peut voir l’organisation de l’université sur l’organigramme de la Figure
1.1.
1.3.1
Conseil d’Administration
Ce conseil est composé d’environ trente membres : de 3 à 5 étudiants, quelques personnes externes
à l’université et des membres permanents à celle-ci. Son rôle est de décider des dépenses budgétaires
et de déterminer le fonctionnement de l’établissement.
1.3.2
Conseil Scientifique
Comptant 40 membres (dont 4 étudiants de 3e cycle), son rôle est consultatif notamment sur les
orientations des sujets de recherche, de documentation et des dépenses budgétaire de recherche.
1.3.3
Conseil des Études et de la Vie Universitaire
Il est composé de 40 membres dont 16 étudiants.
Son rôle est également consultatif, il sert à évaluer la qualité de la vie universitaire. Il étudie :
le contenu des cours donnés aux étudiants, leur légalité administrative, la possibilité d’étude de
nouvelles filières. . .
Mais seul le Conseil d’Administration peut décider si l’idée doit être appliquée ou non.
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PRÉSIDENCE
Cafer Özkul
Président
Christel Outreman
Directrice de cabinet
Joël Alexandre
1er Vice-président
Conseil d’Administation
Chargé des moyens et des TICE
Danièle Carricaburu
Vice-présidente
Conseil d’Administation
Ressources humaines
et développement durable
DIRECTION GÉNÉRALE
DES SERVICES
Frédéric Forest
Directeur général des services
Pascale Lainé-Montels
Directrice générale des services adjointe
Directrice des ressources humaines
Liliane Finez
Directrice générale des services adjointe
Directrice de la recherche et de la valorisation
Jean-Sébastien Valet
Directeur général des services adjoint
Directeur des affaires financières
Franck Joyeux
Directeur des ressources immobilières
Paul Tavernier
Directeur des systèmes d’information
et de l’informatique
Christian Roussel
Contrôleur de gestion
Carole Alexandre
Directrice des enseignements
et de la vie étudiante
Institut Universitaire de Technologie de Rouen
Directeur : M-A Abdelghani-Idrissi
Hélène Closier
Directrice mission hygiène, sécurité
et environnement
Mathieu Joly
Directeur des affaires juridiques
et statutaires
Institut Universitaire de Formation des Maîtres
Directeur : Bruno Maheu
Institut Universitaire de Technologie d’Evreux
Directeur : Bruno Querré
UFR Sciences et techniques des activités
physiques et sportives
Doyen : Alain Loret
UFR Sciences et techniques
Doyen : Jean-Paul Dupont
UFR Sciences de l’Homme et de la société
Doyen : Jean-Luc Viaux
UFR Médecine Pharmacie
Doyen : Pierre Fréger
UFR Droit, sciences économiques et gestion
Doyen : Guy Quintane
UFR Lettres et sciences humaines
Doyen : Marie-Claude Penloup
UFR, INSTITUTS, ECOLE
ORGANIGRAMME
CHARGÉS DE MISSION
Jean-Philippe Bras
Développement du secteur des sciences
tertiaires
Eric Delamotte
Suivi des formations, démarche qualité
Michel Le Rest
Patrimoine
Jean-Charles Sautet
Relations extérieures
Bachira Tomeh
Relations arabophones
Benoît Vauclin
C2i
Bertrand Blanchard
CLES
Alain Vom Hofe
Institut de recherche interdisciplinaire
Homme et Société
Hassane Atmani
Antenne Universitaire d’Evreux
Virginie Turquet
Directrice de la communication
SERVICES COMMUNS
Sylvain Lamourette
Service des relations internationales
Laurence Boitard
Service commun de documentation
En cours de recrutement
Centre de formation continue
Centre de formation par apprentissage
Béatrice Patte-Rouland
Service universitaire d’information
et d’orientation
Bureau d’aide à l’insertion professionnelle
Gilles Meyrignac
Médecine de prévention
et promotion de la santé
Martine Auzou
Médecin de prévention des personnels
Xavier Baguelin
Service universitaire des activités physiques
et sportives
Pierre Chapillon
Service d’action sociale
et culturelle
Isabelle Lefevre
Maison de l’Université
CHARGÉS DE PROJET
Daniel Horlaville
Aménagement IUFM et antenne universitaire
d’Evreux
Jacques Wallet
Enseignement à distance
Olivier Lefebvre
TICE
Bruno Querré
Restructuration du campus d’Evreux
Mohamed Rezrazi
Pré-professionnalisation aux métiers
de l’enseignement
Ludovic Gallas
Patrimoine immobilier B2
Fabien Thoumire
Environnement et développement durable
8
Nicole Orange
Vice-présidente
Conseil Scientifique
Laurence Villard
Vice-présidente
Conseil Scientifique
Sabine Ménager
Vice-présidente
Conseil des études et
de la vie universitaire
Laurent Yon
Vice-président
Conseil des études et
de la vie universitaire
Benjamin Legrand
Vice-président Etudiant
Insitut d’Administration des Entreprises
Directeur : Christian Hurson
Insitut de Préparation à l’Administration Générale
Directeur : Cécile-Anne Sibout
François Bessire
Publications des Universités de Rouen
et du Havre
Philippe Decloître
Service d’enseignement à distance
Figure 1.1 – Organigramme de l’université
1.3.4
Le conseil de gestion
Il en existe un dans chacune des six UFR et des quatre Instituts que compte l’Université. Leur
rôle est d’organiser le fonctionnement des UFR.
1.4
Activités
L’université est un lieu d’apprentissage, elle regroupe de nombreux domaines d’enseignement.
1.5
Installations
Comme je l’ai dit précédemment l’université est scindée en six batiments. Je décrirai donc celui
où j’ai travaillé : le bâtiment est sur deux ou trois étages selon où on se situe. Au rez-de-chaussée,
on trouve un hall, des amphithéâtres, des salles de classe, la bilbiothèque de mathématiques, la
bibliothèque universitaire, la cantine et l’accueil. Les trois étages sont constitués de bureau, de salles
de classe et de quelques salles de TP. Sur les Figures 1.2 et 1.3, on peut voir l’université ainsi que les
couloirs du laboratoire.
Figure 1.2 – L’université de Rouen
Personnellement je me situe au deuxieme étage, je ne pourrais pas présiser car je m’y perds encore.
Le bâtiment dans sa totalité a une superficie de 31686 m2 .
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Figure 1.3 – Les couloirs du LMRS
10
Chapitre 2
Présentation du laboratoire LMRS
2.1
En quelques mots
Le laboratoire LMRS (Laboratoire de Mathématiques Raphaël Salem) fait partie du département
de Mathématiques de l’UFR Sciences et Techniques de l’Université de Rouen. Il doit son nom au
mathématicien Raphaël Salem dont une courte biographie est présenté en section 2.3
Tous les renseignements sur ce laboratoire sont disponibles sur son site internet : http://www.
univ-rouen.fr/LMRS/
C’est dans ce laboratoire que les recherches concernant les mathématiques sont effectuées par les
MCF et les chercheurs. Ils travaillent avec le système d’éxploitation linux qui est plus efficace et plus
sécurisé que windows. C’est donc avec celui-ci que j’ai travaillé et tapé mon rapport de stage. Ce
travail de rédaction consitue une grande part du métier d’EC.
2.2
Son histoire
Le Laboratoire de Mathématiques Raphaël Salem est un laboratoire de mathématiques qui regroupe des chercheurs CNRS et des enseignants-chercheurs. Il est rattaché à l’Institut National
des Sciences Mathématiques et à leurs Interactions et fait partie de la Fédération NormandieMathématiques. Le laboratoire de Mathématiques de l’université de Rouen est associé au CNRS
depuis 1978.
Au fil du temps on l’a connu sous plusieurs noms différents : Statistique et Calcul des Probabilités,
Analyse et Modélisation Stochastique et enfin Laboratoire de Mathématiques Raphaël Salem.
2.3
Biographie de Raphaël Salem
Raphaël SALEM est né le 7 novembre 1898 à Salonique en Grèce. Il commença ses études en
Italie. À 15 ans ses parents et lui allèrent s’installer à Paris. Il étudia le droit et obtint en 1919 une
licence en droit. Il faillit obtenir un doctorat en droit mais finalement y renonça car en paralèlle
il étudia les mathématiques pour lesquelles il se prit vite de passion. En 1919 il obtint une licence
en sciences à la Sorbonne, et en 1921 le diplôme d’ingénieur des Arts et Manufactures de l’École
Centrale. Poussé par sa famille il devint directeur de banque pendant quelques années mais finit par
se consacrer entièrement aux mathématiques. Sur l’insistance de Denjoy, Salem décida finalement de
présenter une thèse en mathématiques. Il obtint le titre de docteur en sciences mathématiques en
1940. Pour fuir la guerre il s’installa à Cambridge dans le Massachusetts. En 1941, il fut embauché
comme lecteur en mathématiques au MIT (Massachusetts Institute of Technology). Dès lors il se
mit à donner des cours de mathématiques en anglais. Il est surtout connu pour ses travaux sur la
trigonométrie.
11
Figure 2.1 – Raphaël Salem
2.4
Situation géographique du bâtiment
L’université est située à Rouen entre l’avenue de l’Université et celle du Technopôle du Madrillet.
La figure 2.2 représente le plan d’accès au laboratoire.
Figure 2.2 – Plan d’accès au laboratoire CNRS
2.5
Organisation du labo
– 3 directeurs de recherche CNRS : ils dirigent, répartissent et organisent les recherches
– 13 professeurs d’université : en plus de diriger des recherches, ils sont chargés d’enseigner
– 2 chargés de recherche CNRS : ils effectuent des recherches
12
– 20 maîtres de conférences (dont 5 habilités à diriger des recherches) : ils enseignent et effectuent
les recherches
– 1 ingénieur de recherche CNRS : il effectue également des recherches mais plus basées sur le
secteur informatique
– 1 bibliothéquaire en CNRS : il gère la bibliothèque
– 2 secrétaires dont une technicienne CNRS : elles s’occupent de tout ce qui est administratif
– 1 adjoint technique universitaire
On peut constater sur l’organigramme du laboratoire (voir Figure 2.3) que Nicolas Vergne fait
partie de l’équipe Statistique.
2.6
Activités
Les différents domaines d’application des recherches du LMRS sont :
– Biologie, écologie, médecine, génétique,
– Sciences de l’ingénieur
– Physique
– Logistique
– Mathématiques de l’assurance et de la finance
13
Organigramme du LMRS - juin 2011
Directeur : Thierry de la Rue
Adjoint : Nordine Mir
Secrétariat -Gestion
Edwige Auvray
Marguerite Losada
Responsables d'équipes :
Dominique Blanchard (EDP, analyse complexe)
Serge Pergamenchtchikov (Statistique)
Dalibor Volny (Probabilités - systèmes dynamiques)
délégataire crédits CNRS : Gérard Grancher
délégataire crédits université : Nordine Mir
Moyens informatiques
responsable : Gérard Grancher
Olivier Benois
Olivier Guibé
Marc Jolly
Paul Raynaud de Fitte
Bibliothèque et documentation
responsable : Isabelle Lamitte
conseil scientifique : Claude Dellacherie
direction PPF : Patrizia Donato
Conseil de
laboratoire
Colloquium
Margherita Disertori
Léo Glangetas
Communication
Élise Janvresse
Formation permanente
Jean-Yves Brua
Hygiène et sécurité
ACMO : Edwige Auvray
Thierry de la Rue
Nordine Mir
Vlad Barbu
Ahmed Bouziad
Nicolas Chenavier
Margherita Disertori
Patrizia Donato
Léo Glangetas
Gérard Grancher
Olivier Guibé
Isabelle Lamitte
Serge Pegamenchtchikov
Dalibor Volny
Valorisation
Bruno Lecoutre
Équipe EDP Analyse complexe
Équipe Probabilités Systèmes dynamiques
Dominique Blanchard (PU)
Adel Blouza (MCf)
Patrizia Donato (PU)
Léo Glangetas (PU)
Olivier Guibé (MCf)
Rachid Kharab (MCf)
Sorin Mardaré (MCf)
Nordine Mir (PU)
Van-Sang Ngo (MCf)
Simon Raulot (MCf)
Christine Richard (MCf)
Chao-Jiang Xu (PU)
Jean-Baptiste Bardet (MCf)
Olivier Benois (MCf)
Ahmed Bouziad (PU)
Pierre Calka (PU)
François Charlot (MCf, retraité)
Claude Dellacherie (DR, émérite)
Margherita Disertori (MCf)
El Houcein El Abdalaoui (MCf)
Mohamed El Machkouri (MCf)
Roberto Fernandez (PU, en détachement)
Élise Janvresse (CR)
Philippe Jouan (MCf)
Claudio Landim (DR)
Paul Lescot (PU)
Mustapha Mourragui (MCf)
Paul Raynaud de Fitte (PU)
Thierry de la Rue (CR)
Jean-Marie Strelcyn (PU)
Dalibor Volny (PU)
Équipe Statistique
Vlad Barbu (MCf)
Jean-Yves Brua (MCf)
Gérard Grancher (IR)
Bruno Lecoutre (DR)
Patrice Lepelletier (EC ESITPA)
Serge Pergamenchtchikov (PU)
Salima Taïbi (EC ESITPA)
Nicolas Vergne (MCf)
Élie Youndjé (MCf)
Figure 2.3 – Organigramme du laboratoire LMRS
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Chapitre 3
Approche du métier d’enseignant-chercheur
3.1
3.1.1
Le métier d’enseignant-chercheur
Les différentes possibilités pour devenir chercheur ou enseignantchercheur
BAC
LICENCE (3 ans)
MASTER Professionnel (2 ans)
Métier
MASTER Recherche (2 ans)
Métier
Thèse + Monitorat (3 ans)
ATER (2 ans maximum) : non obligatoire
Post-doctorat(s) : non obligatoire mais fortement conseillé
Concours pour un métier
Organismes de recherche publique ou privée
Universités ou Écoles privées
Figure 3.1 – Parcours d’un étudiant à l’université
15
Dans le diagramme de la Figure 3.1 est résumé le parcours d’un étudiant d’université et particulièrement celui d’un étudiant souhaitant devenir enseignant-chercheur, enseignant ou chercheur.
Il existe différents organismes de recherche publique (il en est de même pour le privé) :
– CNRS : Centre National de Recherches Scientifiques ( http://www.cnrs.fr/)
– INRA : Institut National de la Recherche Agronomique (http://www.inra.fr/)
– INSERM : Institut National de la Santé et de la Recherche médicale (http://www.inserm.fr/)
– CEA : Commissariat à l’Énergie Atomique (http//www.cea.fr/)
– INRIA : Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (http://www.
inria.fr/)
– CIRAD : Centre de coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (http://www.cirad.fr/)
– ...
Il existe en dehors de l’université, des écoles (privées ou non) recrutant aussi des enseignants ou
enseignants-chercheurs :
– ESITPA (à Rouen)
– Ecole Polytechnique
– ...
J’ai appris que le site d’Opérations Postes 1 est un site très important pour les candidats aux
concours d’enseignants ou d’enseignants-chercheurs en mathématiques et qu’il les guide pour les
différents concours et leur propose différentes offres d’emploi.
Le site de la guilde des doctorants 2 donne un aperçu de ce qu’est la vie d’un thésard (jeune
chercheur passant son doctorat, sa thèse) et prodigue de nombreux bons conseils pour les futurs
candidats.
3.1.2
Enseignement
192 heures par an, c’est le temps que doit consacrer un enseignant-chercheur MCF à ses cours.
Cela représente environ la moitié de son temps de travail, l’autre moitié étant consacrée à la recherche
qui sera évoquée plus tard. Cela correspond à environ 6 à 9 h de présence devant les étudiants durant
la semaine.
Cette partie enseignement prend beaucoup de temps pour les nouveaux enseignants-chercheurs
comme Nicolas, puisqu’ils doivent préparer tous leurs cours qui sont nouveaux pour eux. Les prochaines années, les cours seront prêts et ils auront plus de temps pour se consacrer à leur recherche.
À l’université, les enseignements sont séparés en deux : il y a une parties CM (Cours Magistral,
qui concerne la partie théorique donc les cour) et il y a une partie TD ou TP (Travaux Dirigés ou
Travaux Pratiques, qui concernent l’application de cette théorie à l’aide d’exercices ou d’expériences
pour la physique ou la SVT).
Pour préparer un enseignement, un enseignant s’aide beaucoup des cours de l’année précédente
(si il arrive à les récupérer), et de cours déjà préparés sur internet et surtout de livres spécialisés
dans la matière concernée (écrits la plupart du temps par d’autres enseignants-chercheurs).
J’ai pu constater que la correction de copies prend un temps considérable et il n’est pas rare que
l’enseignant-chercheur après sa journée de travail ramène du boulot à la maison, que ce soit côté
enseignement (correction de copies) ou côté recherche.
1. http://postes.smai.emath.fr/autres.php
2. http://guilde.jeunes-chercheurs.org/
16
3.1.3
Recherche
Bibliographie
Une grande part de la recherche est un travail de bibliographie (voir section 4.2) où on recherche
le travail déjà effectué sur le sujet qui nous intéresse afin de le faire évoluer (ne pas répéter ce qui a
déjà été fait et s’en servir pour compléter puis approfondir). Une fois qu’on a trouvé quelques articles
intéressants sur notre sujet, on lit un ou plusieurs articles “en diagonale”, puis on lit plus précisément
ceux qui nous intéressent vraiment avec la bibliographie citée dedans.
Théorie et/ou Application
C’est la deuxième part importante du travail d’un chercheur, sans doute celle que tout le monde
connaît et pour laquelle les chercheurs sont reconnus. Il s’agit de développer des théories existantes en
les approfondissant ou bien de développer de nouvelles théories sur des sujets bien précis du domaine
considéré.
Communication
La troisième grande part du métier consiste en la communication des résultats scientifiques obtenus.
Il existe différents moyens de communiquer :
– les séminaires,les groupes de travail, conférences (nationales ou internationales) . . .
– les articles dans des revues scientifiques
– livres scientifiques (comme à la Bibliothèque de Mathématique par exemple)
– enseignements (les étudiants seront peut-être de futurs chercheurs et de potentiels bons collaborateurs !)
– vulgarisation scientifique : le labo est très présent lors de la fête de la science par exemple.
Dans les couloirs du laboratoire, plusieurs pages sont consacrées à la vulgarisation (voir aussi
le site du laboratoire 3 et la page personnelle du directeur du laboratoire Thierry De La Rue 4 .
Plusieurs membres du laboratoire contribuent à des revues de vulgarisation.
Transmission du savoir et des connaissances
Enfin, la dernière grande partie du travail d’un enseignant-chercheur est la transmission du savoir
et des connaissances. Il faut donner du travail, aider et apprendre des choses aux stagiaires, étudiants,
thésards, post-doctorants. . . Les chercheurs effectuent aussi des reviews : ils jugent les articles des
autres afin de savoir si il est important de les publier. Ils vérifient si ils sont corrects, si il est possible
d’approfondir. . .
3.1.4
Administratif
Une des facette de ce métier est l’administratif. Cela permet de ce faire connaitre en intégrant
différent "association" par exemple :
– Faire partie de commission comme celle de bibliothèque ou de formation
– Faire partie d’un conseil comme celui de l’université ou celui du laboratoire
– Être jury de concours (lire des dossiers, interroger des gens, se renseigner sur les candidats. . .)
– Être jury au BAC (il faut un membre de l’université pour être président du jury de BAC)
3. http://www.univ-rouen.fr/LMRS/Vulgarisation/index.html
4. http://www.univ-rouen.fr/LMRS/Persopage/Delarue/index.html
17
3.2
Présentation de mon maitre de stage
Nicolas Vergne est un MCF depuis septembre 2010. Voici quelques-uns de ses sujets de recherche
qui seront approfondis plus tard :
– Chaînes de Markov régulées et approximation de Poisson pour l’analyse de séquences biologiques (sujet de thèse ayant donné lieu à Vergne & Abadi (2008), Vergne (2008), Abadi &
Vergne (2009b,a))
– Les méthodes de classification pour le DNA Barcoding (voir David et al. (2011))
– Analyse des données omiques à haut-débit
Il enseigne dans les filières de biologie (L3 Biologie, M1 Biologie-Santé, M2 Bioinformatique) :
plusieurs de ses enseignements sont en rapport avec le sujet de sa recherche.
Il est menbre de la commission de bibliothèque (commission consultative concernant les abonnements aux revues scientifiques).
3.2.1
Ses études et sa formation professionnelle
Nicolas Vergne à commancé sa scolarité au collège Jean Rostand (comme moi !). Il l’a poursuivie
à l’université d’Évry. Il a fait deux ans en DEUG MIAS (Mathématiques et Informatiques Appliquées
aux Sciences) puis un an de licence de mathématiques (ce qui correspond à la licence actuelle). L’année
suivante, il a suivi deux maîtrises : l’une en mathématiques et l’autre en ingénierie mathématique.
Après un an de DEA AMIB (Application des Mathématiques et de l’Informatique à la Biologie), il
a ensuite passé une thèse au laboratoire de statistique et génome à Évry (on peut trouver sa thèse
dans le répertoire des thèses en ligne 5 .
Pendant son contrat d’allocataire de recherche (les 3 premières années de thèse), il a pu effectuer
64h d’enseignements annuels (dans le cadre d’un monitorat). Ensuite, il a obtenu un poste de demiATER (Attaché temporaire d’Études et de Recherches) qui lui a permis de terminer sa thèse. Ce
poste correspond à une charge d’enseignements de 96h par an.
Il a ensuite effectué un post-doctorat à l’INRA (Institut Nationnal de Recherche Agronomique 6 )
puis à l’Institut Curie 7 .
Il a ensuite obtenu un poste de Maître de Conférence à l’Université de Rouen.
3.2.2
Observation de son poste de travail
Pour son travail Nicolas est muni d’ un ordinateur personnel et professionnel (système d’exploitation linux), un téléphone fixe, quelques stylos bref tout le matériel de bureau est à sa disposition.
Sur les Figures 3.2 et 3.3, on peut voir Nicolas dans son bureau ainsi que la vue de sa fenêtre.
3.2.3
Perspectives de carrière
Mon maîte de stage souhaite pour la suite de sa carrière devenir HDR (habilité à diriger des
recherches) puis peut-être PU (professeur des universités) ce qui demande 6 ou 7 années, parfois
moins, parfois plus. Si il le désirait, il pourrait changer légèrement de métier en devenant CR2 ou
CR1 (chargé de recherche) ou bien DR2 ou DR1 (directeur de recherche) .
3.2.4
Conseils pour un jeune
Nicolas m’a donné de nombreux conseils.
5. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00322434/fr/
6. http.www-inra.fr
7. http://www.curie.fr/
18
Figure 3.2 – Nicolas dans son bureau
Figure 3.3 – Vue de la fenêtre de notre bureau
19
– D’abord et avant tout il faut être motivé.
– Connaître dès l’entrée en fac le parcours à suivre pour faire ce que l’on veut, savoir quel master
choisir (choisir la bonne université), se renseigner et se préparer à l’avance.
– Être à l’aise en public pour pouvoir faire des exposé ou des soutenances.
– Il faut être également patient et pédagogue (pour bien tout faire comprendre aux étudiants).
– Savoir dans certain cas se remettre en question.
– Être dans ses recherches obstiné et ne pas baisser les bras sur certains sujets qui peuvent nous
paraître difficiles.
– Être ouvert, aller vers les gens et s’intéresser aux travaux des autres pour qu’ils s’intéressent à
leur tour au vôtre.
– Il faut avoir l’art de communiquer dans les conférence.
– S’intéresser à tout.
– Bien s’entourer et nouer un réseau de contacts.
Il faut aussi se tenir au courant de se qui se passe en coulisses (comment se passent les concours,
les recrutements, comment se passe la review d’un article) : par exemple aller faire un exposé dans
l’université dans laquelle on postule (en tant que MCF ou autre). S’occuper un peu d’administratif
(organiser des réunions, faire partie de commissions, ou de conseils de laboratoires ou de conseils
d’université...)
20
Chapitre 4
Activités dans le cadre du stage
4.1
Premier jour : présentation de l’environnement de travail
Pour mon premier jour dans l’université de Rouen mon directeur de stage m’a tout d’abord
présenté l’université de fond en comble, quelques-uns de ses collègues, un étudiant en thèse, et la
bibliothécaire avec laquelle j’ai passé l’après-midi de mardi. Le délégataire des crédits CNRS et
Responsable des moyens informatiques, Mr Gérard Grancher, m’a ouvert un compte informatique
sur le réseau du laboratoire sur lequel j’ai travaillé tout au long de la semaine.
Pour le reste de la matinée, Nicolas m’a expliqué le fonctionnement : du système d’exploitation
Linux, du langage de programmation pour le traitement de texte Latex (voir Leslie (1994), Baudoin
(1994)), ainsi que du logiciel de traitement de texte emacs. Il m’a aussi parlé des études qu’il a menées
pour pratiquer sont métier. L’après-midi, il a du travailler... J’en ai profité pour commencer à taper
mon rapport.
4.2
Second jour : travail à la bibliothèque
Décidément Nicolas a beaucoup de travail (réunion avec un collègue sur un sujet de recherche
commun). J’ai donc continué à taper mon rapport de stage avec les nombreux renseignements reçus
lors de ma première journée. L’après-midi, comme je l’ai annoncé précédemment, je l’ai passé dans la
bibliothèque. La bibliothéquaire Isabelle LAMITTE m’a présenté au cours de l’après-midi son métier
et toutes ses variantes. Sur les Figures 4.1 et 4.2, on peut voir quelques photos de la bibliothèque.
La recherche et la classification de documents
La bibliothécaire est là pour aider les chercheurs tout comme les étudiants à retrouver l’article
ou l’ouvrage recherché soit par le biais de l’informatique en classant les documents dans une base de
données, soit en les classant de la manière suivante :
– Les revues scientifiques sont classées par ordre alphabétique du nom de la revue pour la simple
et bonne raison qu’une revue contient l’oeuvre de plusieurs auteurs.
– Les ouvrages, c’est autre chose : ils sont classés par ordre alphabétique certes, mais du nom de
l’auteur cette fois
Ce second jour, j’ai aidé la bibliothéquaire à recenser les nouveaux ouvrages et revues dans un classeur
où les dix-mille oeuvres sont répertoriées.
L’acquisition d’ouvrages
Les soixante-quatre bibliothèques de mathématiques de France (dont sept à Paris) sont en réseau
entre elles pour pouvoir acquérir de nouveaux ouvrages. Plusieurs sites existent sur internet où
21
Figure 4.1 – Raphaël Salem
Figure 4.2 – Raphaël Salem
22
"tous" les livres du monde des mathématiques sont recensés. C’est sur ce genre de sites qu’Isabelle
et moi avons tenté de retouver une revue chinoise dans un catalogue allemand pour une invitée de
l’Université.
La bibliothèque est ouverte 24h/24h. Pour éviter le vol de livres ou de matériel, tous les étudiants
et professeurs doivent être muni d’une carte spéciale qui leur permet l’accès à la bibliothèque et
également l’emprunt de livres à la borne automatique.
4.3
Troisième jour : études et surveillance d’examen
La matinée de celui-ci a été extrêmement enrichissante car nous avons parlé des études que Nicolas
a entreprises pour arriver à son poste actuel. Nous avons discuté des différentes études possibles pour
y arriver, et il m’a également décrit de façon plus approfondie son métier d’EC. Il m’a donné de bons
conseils pour arriver là où il en est actuellement. L’après-midi j’ai été nommé surveillant de contrôle,
pour un examen de biostatistiques de la filère IBIOM (Ingénierie Biomédicale). J’ai même aidé à
écrire la correction de ce contrôle au tableau (et j’ai pu m’apercevoir qu’il n’était pas facile de tracer
des lignes droites sur un tableau !).
4.4
Quatrième jour : correction de copies et soutenances de
stage
Pendant la matinée, j’ai aidé Nicolas à la correction de quelques copies. L’après-midi, nous sommes
allés assister à deux soutenances de stage. Ce sont des étudiants qui après un stage de six mois
en entreprise font un rapport de stage à l’oral et à l’écrit pour expliquer aux personnes présentes
comment fonctionne l’entreprise et ce qu’ils y ont fait. Ce rapport leur permettra (si il est bon) de
passer leur diplôme de M2. Nicolas faisait partie du jury pour ces deux soutenances et il a posé
plusieurs questions aux étudiants.
La première personne qui est passée était un étudiant qui a présenté sous forme de diaporama la
société Mondial Assistance sur laquelle je ne m’éterniserai pas. La seconde personne a présenté son
stage de la même façon, elle a travaillé dans la société AXA.
4.5
Dernier jour : sujets de recherche
Ce jour fut certainement le plus intéressant de tous car Nicolas m’a expliqué "en détail" les
différents sujets de recherche qu’il a traités durant sa progression professionnelle. Je vais donc détaillr
à mon tour ce que j’ai retenu.
4.5.1
Recherche de mots exceptionnels
Nous sommes tous fait de cellules. Dans chacune de ces cellules on peut trouver un noyau et dans
ce noyau, 23 paires de chromosomes tous identiques d’une cellule à l’autre. Ces chromosomes sont
constitués de ce que l’on appelle l’ ADN (Acide DésoxyriboNucléique). Celui-ci ne se constitue que
de quatre nucléotides que l’on représente par les lettres : A, C, G et T. Les morceaux d’ADN que l’on
nomme des gènes peuvent déterminer la couleur des cheveux ou des yeux, la forme de nos oreilles,
mais aussi des choses qui ne se voient pas...
Les quatre lettres constituant l’ADN forment parfois ce qu’on appelle des mots (ex : GATCCTGGAC).
Il existe des mots qui ont une fonction bien définie. Imaginons une bactérie, dans celle-ci la chaine d’
ADN est circulaire. Quand un virus attaque la bactérie, une sorte de pacman va aller le détruire. Mais
une fois qu’il l’aura détruit, n’ayant qu’un mot d’ordre "détruire", le pacman ira attaquer l’ADN de
23
la bactérie elle même ! Pour empêcher le pacman de détruire totalement l’ ADN de sa propre bactérie,
un mot va s’interposer : GCTGGTGG par exemple. À sa rencontre, le pacman va s’arrêter net. Ce mot
est donc très important et donc va se répéter beaucoup de fois. Voici un dessin de cet exemple (voir
Figure 4.3).
Figure 4.3 – Escherichia Coli
Le but de la recherche de Nicolas est de voir si un ou plusieurs mots se répètent plus de fois qu’ils
ne devraient. Si c’est le cas c’est que ce mot doit être important.
C’est dans ce contexte que Nicolas a effectué son travail qui consistait en des calculs statistiques
complexes pour déterminer combien de fois un mot se répète par rapport à la normale. On peut
comprendre cette notion de “normalement” par l’exemple suivant.
Exemple 1 Si on lance mille fois une pièce, il n’y a que deux issues possibles : pile ou face. Donc
en toute logique le résultat devrait se rapprocher de ceci : pile = 500 et face = 500. Or, si ce n’est
pas le cas son travail sera de calculer l’écart entre la réalité et les statistiques et de savoir pourquoi il
y a un écart.
4.5.2
Modélisation de séquences biologiques
Cette partie de la recherche consiste en des calculs statistiques complexes pour réussir à prédire la
place et la nature d’une lettre dans un mot. Le modèle le plus simple étant le suivant : une chance sur
quatre (1/4) pour chaque lettre, en chaque position. Il existe bien sur des cas plus compliqués : par
exemple A = 536/2314 ; C = 361/2314 ; G = 631/2314 ; T= 787/2314. Il existe même des cas comme le
modèle de Markov où les lettres ne sont plus indépendantes et dépendent de la lettre précédente donc
de toutes les autres. Grâce à tous ces calculs il est possible de créer un graphique (voir les Figures 4.4
et 4.5, tirées de la thèse de Nicolas) dans lesquelles on représenterait les calculs statistiques effectués
et la réalité. Si les deux traits se confondent c’est que le modèle semble correct, mais si se n’est pas
le cas cela voudra dire que le modèle choisi n’est pas correct et qu’il faut en choisir un autre. Sur les
Figures 4.4 et 4.5, on voit que le modèle de degré 8 est meilleur que le modèle de degré 1.
4.5.3
Classification : un code-barre pour les espèces
Parmi les quelques espèces d’êtres vivants connus (2 000 000) sans compter les inconnus (environ
80%), aucune ne possède le même ADN. Sur la figure 4.6, on a mis une couleur pour chacun des
quatre nucléotides (A.C.G et T ). Cette vérité générale peut être très pratique pour les chercheurs
afin de connaitre par exemple :
– Les directions que différentes espèces d’oiseaux prennent pour la migration.
– Les changements naturels, géologiques et climatiques.
– ...
24
Figure 4.4 – Comparaison lois stationnaires / fréquences, modèle de Markov régulé d’ordre 1 et de
degré 1 : Chlamydia trachomatis
Figure 4.5 – Comparaison lois stationnaires / fréquences, modèle de Markov régulé d’ordre 1 et de
degré 8 : Chlamydia trachomatis
25
Figure 4.6 – Un code-barre pour chaque espèce
Pour leur faciliter la tache des banques de données existent comme : EMBL, NCBI, BARCODINGLIFE. L’exemple suivant nous montre comme la différence ou la ressemblance entre deux ADN
peut être importante.
Exemple 2 Imaginons un continent quelconque qui serait scindé en deux par un fleuve trop profond
et ayant un débit trop important pour que n’importe quelle espèce puisse le traverser. Des chercheurs
de terrain ramènent de ce continent deux échantillons de rats, chacun provenant d’un côté différent
du fleuve. Miraculeusement ces deux échantillons de rats ont le même ADN. Des suppositions sont
faites mais une sort du lot : "Peut-être n’y avait-t-il pas de fleuve avant". "Fantastique ! Nous venons
de faire une grande découverte ! ! !"
On souhaite distinguer les espèces à l’aide de courtes séquences d’ADN (voir exemple 3).
Exemple 3 (Classification)
– Espèce 1 :
– ATATGTACGTAGTA
– ATATCTACGAAGTA
– ATATCTACTAAGTA
– Espèce 2 :
– ATATGTACGTAGTA
– ATATCTACGAAGTA
– ATATCTACTAAGTA
– Individu test
– ATATGTACCTAGTA
Ainsi, seulement une petite partie d’ ADN est séquencée : le but est de réussir à distinguer les
espèces avec seulement 600 lettres. Or, sachez que l’ADN des espèces comportent plusieurs milliers,
voire milliards de lettres :
– l’homme : 3 400 000 000 ;
– le soja : 1 115 000 000 ;
– le virus du SIDA : 9750 ;
– la levure de bière : 12 067 280 ;
– la tomate : 655 000 000.
Cette méthode peut-être utilisée pour d’autres choses : on pourrait par exemple retrouver toutes
les chenilles différentes qui pourraient donner le même papillon (voir Exemple 4).
26
Exemple 4 Papillons et chenilles Selon les espèces, les papillons se ressemblent tous, pas les chenilles
(voir Figure 4.7) ! Cet exemple est tiré de Hebert (2003).
Figure 4.7 – Papillons et chenilles
4.5.4
Recherche d’aberrations chromosomiques
Cette recherche est largement penchée sur la médecine génétique. Elle consiste à repérer les
anomalies chromosomiques comme la trisomie. Un chromosome est constitué de deux parties, elles
sont toutes deux parfaitement identiques excepté dans certains cas comme le montre la Figure 4.8.
On y distingue quatre cas différents qui sont anormaux :
Figure 4.8 – Différentes aberrations possibles
– Cas 1 : La trisomie, un chromosome est présent alors qu’il ne devrait pas.
– Cas 2 : Il manque un chromosome.
– Cas 3 : Un petit morceau de chromosome s’est ajoutée.
– Cas 4 : Un petit morceau de chromosome s’est inséré à l’intérieur de la séquence.
Pour cette étude, on dépose sur une puce à ADN les cellules du patient. L’ADN va s’accrocher
à six millions de points qui, prélevés sur un patient sain vont réagir aux anomalies chromosomiques
du malade. On voit sur la Figure 4.9 une puce à ADN. Prenons un point quelconque parmi les six
millions disponibles. Celui-ci est nommé : ACAGATGCT. Si le patient est malade (d’un des différents
cas de figure évoqué plus haut), il va se produire plus de réactions que normalement ou bien moins
de réactions que normalement et l’intensité observée sur la puce sera plus ou moins forte. On saura
alors décider si le point considéré est important pour guérir la maladie ou pas.
27
Figure 4.9 – Intensité d’une puce à ADN
28
Bilan
J’ai trouvé ce stage extrêmement enrichissant car j’y ai appris énormément de choses sur la vie
professionnelle et l’on m’a donné des conseils que je tâcherai de ne pas oublier pour la suite de mes
études. J’en ai apprécié tous les aspects. Je crois que ce qui me plaît dans ce métier c’est le fait de
devoir réfléchir, interagir avec les gens et surtout que ce métier est en perpétuel mouvement. Je ne
sais pas si je réussirai à m’ habituer à la correction des copies mais c’est un détail. Ce stage n’a fait
que renforcer mes motivations de vie professionnelle et j’en suis très content.
29
Netographie
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http://www.univ-rouen.fr/LMRS/
http://www.cnrs.fr/
http://www.inra.fr/
http://www.inserm.fr/
http//www.cea.fr/
http://www.inria.fr/
http://www.cirad.fr/
http://postes.smai.emath.fr/autres.php
http://guilde.jeunes-chercheurs.org/
http://www.univ-rouen.fr/LMRS/Vulgarisation/index.html
http://www.univ-rouen.fr/LMRS/Persopage/Delarue/index.html
http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00322434/fr/
http.www-inra.fr
http://www.curie.fr/
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Bibliographie
Abadi, M. & Vergne, N. (2009a), ‘Sharp error terms for point-wise Poisson approximation in mixing
processes’, Nonlinearity 21.
Abadi, M. & Vergne, N. (2009b), ‘Sharp error terms for return time statistics under mixing conditions’, Journal of Theoretical Probability 22(1).
Baudoin, M. (1994), ‘Apprends latex !’, École nationale supérieure de techniques avancées, Paris .
David, O., Larédo, C., Leblois, R., Schaëffer, B. & Vergne, N. (2011), ‘Coalescent-Based DNA Barcoding : Multilocus Analysis and Robustness.’, Journal of Computational Biology .
Hebert, P. (2003), ‘Barcoding animal life : cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely
related species’, Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences 270, 96–99.
Leslie, L. (1994), ‘Latex : A document preparation system’.
Vergne, N. (2008), ‘Drifting Markov Models with Polynomial Drift and Applications to DNA Sequences.’, Statistical Applications in Genetics Molecular Biology 7(1).
Vergne, N. & Abadi, M. (2008), ‘Poisson approximation for search of rare words in DNA sequences’,
ALEA 4, 223–244.
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