Intitulé de l`UE : UNIX/LINUX : INFORMATIQUE POUR LA BIOLOGIE

Intitulé de l’UE : UNIX/LINUX : INFORMATIQUE POUR LA BIOLOGIE
Code de l’UE : 5V011
Responsables de l’UE :
Secrétariat :
Philippe LOPEZ, Maîtres de Conférences
Mel : [email protected]
Ingrid LAFONTAINE, Maîtres de Conférences
Mel : [email protected]
Carine JOSEPH
Tél. : 01 44 27 35 35
Mel : [email protected]
1. Descriptif de l’UE
Volumes horaires globaux (CM, TD, TP, stage, autre) : 29 h (13 h CM + 16 h TP)
Nombre de crédits de l’UE : 3 ECTS
Mention et Parcours de master où l’UE est proposée : Mention "Biologie Moléculaire & Cellulaire"
Semestre où l’enseignement est proposé : Semestre 3 du Master
Effectifs prévus : 12
2. Présentation pédagogique de l’UE
a) Objectifs de l'Unité d'Enseignement
Initiation au traitement de l'information en biologie par l'utilisation des outils de base du système
Unix/Linux. Les participants seront mis en situation d'utiliser des logiciels du domaine public et
universitaire développés en biologie et bioinformatique, et de les interfacer les uns avec les autres
grâce aux outils Unix.
b) Thèmes abordés
- Outils et environnement UNIX/Linux.
- Scripts shell.
- Programmation AWK.
- Expressions régulières.
c) Organisation pédagogique
L’unité d’enseignement est organisée sur une semaine pendant 4 jours avec des alternances de cours
théorique le matin et de séances pratiques sur ordinateur l’après-midi.
d) Pré-requis
Aucun prérequis n’est nécessaire pour participer à cette unité d’enseignement.
3. Équipe pédagogique
Guillaume Achaz, Lucie Bittner, Bernard Billoud, Mathilde Carpentier, Elodie Duprat, Cyril Gallut,
Ingrid Lafontaine, Elodie Laine, Philippe Lopez, Sophie Pasek, Joël Pothier.