Correction Concours blanc

FACULTE
de
PHARMACIE
TUTORAT UE spé MEAG 2010-2011
Correction Concours blanc
QCM n°1 : B, D
A.
FAUX
←3’ GATCTGATG 5’
5’ AGGTACTTA--------CTAGACTAC 3’
3’ TTCATGAAT--------GATCTGATG 5’
5’ AAGTACTTA 3’→
B.
VRAI
←3’ CATCAGATC 5’ = amorce A2
5’ AGGTACTTA--------GTAGTCTAG 3’
3’ TCCATGAAT--------CTAGACTAC 5’
5’ AGGTACTTA 3’→ =amorce A1
C.
FAUX
←3’ CTAGACTAC 5’
5’ TCCATGAAT--------GATCTGATG 3’
3’ AGGTACTTA--------CTAGACTAC 5’
5’ TCCATGAAT 3’→
D.
VRAI
←3’ CATCAGATC 5’ = amorce A2
5’ CTAGACTAC--------GTAGTCTAG 3’
3’ GATCTGATG--------CATCTAGATC 5’
5’ CTAGACTAC 3’→ = amorce A2
E.
FAUX :
il faut 2 amorces pour amplifier une région !
←3’ TAAGTACCT 5’
5’ AGGTACTTA--------ATTCATGGA 3’
3’ TCCATGAAT--------TAAGTACCA 5’
5’ AGGTACTTA 3’→ = amorce A1
QCM n°2 : B, C, D
Deux schéma étaient possibles
ER1
ER3
ER3
ER2
2
2010-2011
ER1 + ER3
ER3
ER2 + ER3
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QCM n°3 : B, C, E
A. FAUX. il devra contenir une origine de réplication procaryote. En effet, ce plasmide sera répliqué
par des enzymes bactériennes.
B. VRAI. En effet, ce site contient des sites de restriction permettant de couper le plasmide et d’y
insérer l’ADNc codant la protéine eucaryote.
C. VRAI. Les ARNm possédant une queue polyA, ils sont facilement isolables par une colonne
d’affinité oligodT. Cependant, les ARNm étant trop fragiles, on préférera travailler sur du matériel
ADN. Ces ARN seront donc rétro-transcrits en ADN avant d’intégrer celui-ci aux plasmides.
D. FAUX. Pour former une ß-galactosidase fonctionnelle, le peptide LacZα doit être associé au
peptide LacZω. En effet, le gène LacZα ne code que pour une partie de l’enzyme, le gène LacZω
codant pour l’autre partie.
E. VRAI. Cela permet d’identifier les bactéries ayant intégré un plasmide recombinant des bactéries
ayant intégré un plasmide non recombinant. En effet, si la séquence SCM est contenue dans le
gène LacZα, l’intégration de l’ADNc d’intérêt sépare ce gène en deux parties. L’αcomplémentation ne peut alors plus se produire car on n’a plus expression du peptide LacZα
normal. Donc il n’y a pas de ß-galactosidase formée. Les cellules ayant intégré un plasmide
recombinant n’expriment donc pas cette enzyme et restent blanches (le substrat X-gal incolore
ne peut être dégradé en produit bleu).
QCM n°4 : A
A. VRAI: Deux extrémités franches sont toujours compatibles pour une ligature par l'ADN
ligase. Ici, 5'-AG.ATC-3'
(Alu I et Eco RV)
3'-TC.TAG-5'
B. FAUX: 5'-A
C-3'
(Hind III et Sac I)
3'-TTCGA.TCGAG-5'
Soit extrémités incompatibles pour la ligature.
C. FAUX: 5'-C CGAT-3'
(Bst VI et Ban III)
3'-GAGCT.TA-5'
D. FAUX: Une extrémité franche et une extrémité sortante ne sont jamais directement
compatibles pour une ligature avec l'ADN ligase.
5'-AG.AGCTT-3'
(Alu I et Hind III)
3'-TC
A-5'
E. FAUX: 5'-GAGCT.CGAT-3'
(Sac I et Ban III)
3'-C
TA-5'
QCM n°5 : A, D
A. VRAI. Les fragments synthétisés par l’ensemble des 4 réactions de séquençage sont tous
distincts d’un seul nucléotide (si n nucléotides à séquencer on obtient n fragments d’ADN). Ainsi,
pour pouvoir bien distinguer tous ces fragments d’ADN par électrophorèse, on a besoin d’un gel
hautement résolutif de type poly-acrylamide.
B. FAUX. Les quatre types de dNTP sont dans chacun des tubes lors du séquençage de Sanger et
Coulson.
C. FAUX. Dans chacun des quatre tubes on retrouve un seul type de ddNTP, mais en FAIBLE
quantité ! (comparée à la quantité des dNTP).
D. VRAI. La séquence du brin complémentaire au brin matrice (donc celle que l’on synthétise et
que l’on lit sur le profil) est 5’-CAGTTACGCA3’. Le brin matrice est donc : 5’-TGCGTAACTG-3’.
Attention : le sens de migration n’est pas toujours le même dans les exercices. L’extrémité 5’ du
brin d’ADN synthétisé est toujours au bout de la flèche (pôle + de la migration).
E. FAUX.
2010-2011
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QCM n°6 : A, E
BamHI
HindIII
5’-ATG GGG ATC CCT GAT CGA AAG CCA TGA TAA GCT TT-3’
Le fragment d’ADN qui fera l’objet d’une ligature dans un vecteur pQE est représenté grisé ci-dessus.
Il suffit ensuite de repérer dans les différents vecteurs pQE le fragment qui sera supprimé et qui sera donc
remplacé par le fragment d’ADNc d’intérêt (après ligation à bouts cohésifs).
Il suffit de voir que le cadre de lecture ouvert du fragment d’ADN d’intérêt doit être G ATC CCT… après
clonage BamHI sur le vecteur.
Si on clonait dans pQE30 (séquence en minuscule), on aurait après ligature …(His)6 gGA TCC CT…
Si on clonait dans pQE31 (séquence en minuscule), on aurait après ligature …(His)6 acg GAT CCC T…
Si on clonait dans pQE32 (séquence en minuscule), on aurait après ligature …(His)6 ggG ATC CCT…
Donc le seul clonage qui respecte ce cadre de lecture ouvert (orf) est dans pQE32.
Par exemple pour pQE-32 :
En noir, le fragment d’ADN supprimé.
pQE-32, 3462 bp
1 CTCGAGAAAT CATAAAAAAT TTATTTGCTT TGTGAGCGGA TAACAATTAT AATAGATTCA
61 ATTGTGAGCG GATAACAATT TCACACAGAA TTCATTAAAG AGGAGAAATT AACTATGAGA
BamHI
Met
121 GGATCTCACC ATCACCATCA CCATggGATC CGCATGCGAG CTCGGTACCC CGGGTCGACC
HIndIII
His x6
181 TGCAGCCAAG CTTAATTAGC TGAGCTTGGA CTCCTGTTGA TAGATCCAGT AATGACCTCA
Enfin, il s’agit de réaliser la ligation de l’ADNc d’intérêt, et de vérifier si le cadre de lecture est bien correct.
pQE-32 (-SCM)(+ADNc)
CTCGAGAAAT CATAAAAAAT TTATTTGCTT TGTGAGCGGA TAACAATTAT AATAGATTCA
Met
ATTGTGAGCG GATAACAATT TCACACAGAA TTCATTAAAG AGGAGAAATT AACTATGAGA
HIndIII
BamHI
GGATCTCACC ATCACCATCA CCAT ggG ATC CCT GAT CGA AAG CCA TGA TAA GCTT …
His x6
STOP
Le cadre de lecture avec le vecteur pQE-32 est bien correct, c’était donc le vecteur qu’il fallait choisir.
Les deux cadres de lecture ouverts (vecteur et ADN d’intérêt) étant cloné en phase, il en résultera une
protéine d’intérêt étiquetée (His)6 à son extrémité N-terminale.
A. VRAI : Sur une colonne porteuse de cations métalliques (Ni2+). Les résidus histidine portent des
B.
C.
D.
E.
chaînes latérales imidazole. Les doublets non liants des atomes d’azote de ces cycles peuvent
complexer les métaux.
FAUX
FAUX
FAUX
VRAI
2010-2011
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QCM n°7 : B, C, D
Une mutation homozygote abolissant un site de restriction sera représentée par une étoile noire
Une mutation hétérozygote abolissant un site de restriction sera représentée par une étoile
blanche
Les flèches grises correspondent aux fragments amplifiés.
A. FAUX
TaqI
Sex BI
O1
O2
1000
500
1500
B. VRAI
Sex BI
O1
O2
1500
1500
C. VRAI
TaqI
Sex BI
O1
O2
ADN muté :
ADN non mute :
1500
1000
1500
1500
500
D. VRAI
TaqI
O1
O2
1000
2000
E. FAUX
TaqI
Sex BI
O1
O2
ADN muté :
ADN non mute :
2010-2011
1000
1000
500
2000
1500
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QCM n°8 : A, D, E
A. VRAI : Elle se fait sur une puce, contenant plusieurs milliers de puits. Il est donc possible de
séquencer en même temps un grand nombre de fragments d’ADN (Par exemple extrait provenant
d'une digestion enzymatique du génome d’un patient).
B. FAUX
C. FAUX : Chaque micro-puit contient tous les dNTP nécessaires à la polymérisation.
D. VRAI
E. VRAI
QCM n°9 : A, C, E
A. VRAI
Posons la séquence étudiée :
5’ – ATCGCAGTC – 3’
Si elle n’est pas méthylée, après conversion au bisulfite et PCR, nous obtenons :
5’ – ATCGCAGTC – 3’
Conversion au bisulfite de Na.
5’ – ATUGUAGTU – 3’
Elongation par l’amorce spécifique du brin
5’ – ATUGUAGTU – 3’
3’ – TAACATCAA – 5’
PCR
5’ – ATTGTAGTT – 3’
3’ – TAACATCAA – 5’
double brin majoritaire
obtenu
B. FAUX : Les brins majoritaires sont ceux qui sont obtenus après quelques cycles de PCR, ils
ne contiennent pas de U mais des T.
C. VRAI
Posons la séquence étudiée :
5’ – ATCGCAGTC – 3’
Si elle est méthylée, après conversion au bisulfite et PCR, nous obtenons :
5’ – ATCGCAGTC – 3’
Conversion au bisulfite de Na.
5’ – ATCGUAGTU – 3’
Elongation par l’amorce spécifique
du brin
5’ – ATCGUAGTU – 3’
3’ – TAGCATCAA – 5’
PCR
5’ – ATCGTAGTT – 3’
3’ – TAGCATCAA – 5’
2010-2011
Tutorat UE spécifique MEAG – Concours blanc
double brin majoritaire
obtenu
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D. FAUX : Pour les mêmes raisons que l’item B. Pas de U dans les brins majoritaires.
E. VRAI : Il est tout à fait possible de faire une étude HRM ou DHPLC à la suite de l’étude de
la méthylation.
QCM n°10 : A, B, C, D
A. VRAI : Délétions d’exons par exemple dans le cas de très grands gènes.
B. VRAI : Cas des gènes BRCA1 et BRCA2 qui ont de nombreux exons.
C. VRAI : Car les tailles des fragments amplifiés correspondant respectivement à différentes parties
du gène analysé seront différentes.
D. VRAI
E. FAUX : Les amorces de départ (celles qui sont reliées par la ligase) doivent être de tailles
différentes afin que les produits de PCR puissent être différenciées sur gel.
2010-2011
Tutorat UE spécifique MEAG – Concours blanc
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