Liste des techniques de référence

Liste des techniques de référence utilisées au CNR des Virus Entériques
Techniques moléculaires :
PCR en temps réel :
- RT-PCR norovirus génogroupe I (TaqMan® fast Virus 1-step - Applied Biosystems – amorces
JJV1NF / JJV1R et sondes JJV1P et RING-1b d’après Lyman et al 2009 J. Pediatr. 154, 2, 253-257)
- RT-PCR norovirus génogroupe II (TaqMan® fast Virus 1-step - Applied Biosystems – amorces
QNIF2d / Cog2R et sonde QNIFs d’après da Silva et al 2007 AEM 73, 24, 7891-7897)
- RT-PCR sapovirus (TaqMan® fast Virus 1-step - Applied Biosystems – amorces SaV124F /
SaV1F / SaV1245R et sonde SaV124TP d’après Oka et al 2006 J. Med. Virol. 78, 1347-1353)
- RT-PCR astrovirus (TaqMan® fast Virus 1-step - Applied Biosystems – amorces AV1TR / AV2R
et sonde AVs d’après Le Cann et al 2004 Res. Microbiol. 155, 1, 11-15)
- RT-PCR rotavirus (TaqMan® fast Virus 1-step - Applied Biosystems – amorces VP2-F1 / VP2-F2
/ VP2-F3 / VP2-F4 /VP2-F5 / VP2-R1 / VP2-R2 et sonde VP2-P d’après Gutierrez-Aguirre et al
2008 J. Clin. Microbiol. 46, 8, 2547-2554)
- RT-PCR entérovirus (trousse Entérovirus R-geneTM Argène)
- RT-PCR paréchovirus (trousse Paréchovirus R-geneTM Argène)
- PCR adénovirus (trousse Adénovirus R-geneTM Argène)
PCR en point final :
-
PCR Adénovirus « maison »* (ampliTaq®DNA Polymerase Applied Biosystems – amorces
Adv-Hex1DEG / Adv-Hex2DEG d’après Allard et al 2001, JCM 39, 2, 498-505)
-
RT-PCR* (Qiagen ® One Step RT-PCR kit)
norovirus :
amorces JV12 / JV13 d’après Vinjé et al 1996 J. Inf. Dis. 174, 610-615
amorces G1SKF / SKR et G2SKF / SKR d’après Kojima et al 2002 J. Virol.
Methods 100, 107-114
sapovirus :
amorces SR80 / NVP110 d’après Noel et al 1997, J. Med. Virol 52, 173-178 et
Le Guyader et al 1996, Arch. Virol. 141, 2225-2235
virus Aichi :
amorces 6261 / 6779 d’après Yamashita et al 2000, JCM 38, 8, 2955-2961
astrovirus :
amorces AV1 / AV2 d’après Mitchell et al 1995 J Inf Dis 172, 1437-1444)
amorces MON244 / MON245 d’après Noel et al 1995, JCM 33, 4, 797-801
Séquençage :
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PCR de séquençage (BigDye®Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit – Applied Biosystems)
Séquençage sur 3130XL DNA Genetic Analyzer (Applied Biosystems)