Aspects pratiques de l`imagerie 3D en microscopie

« A s p e c t s p r a t i q u e s d e l ’ i m a g e r i e 3 D
e n m ic r o s c o p ie é le c tr o n iq u e :
D e l’a c q u is itio n d ’im a g e s à la r e c o n s tr u c tio n tr id im e n s io n n e lle »
! " ! ! Isabelle Anselme Bertrand, Amé na Ben Y o u nes, N ath ali e M esmer-D u do ns,
C o rali e S p i eg elh alter, E li sabeth E rraz u ru z -C erda, N i c o las S tep h ant, C edri c G ai llard.
# $ ! " ! X av i er J au rand, S té p h ani e Balo r, Anni e R
S i z aret, Bri g i tte M arti ni e, Alai n G ro det
% & $ & " & U n rap p el est f ai t c o llé g i alement su r les o
ai nsi q u e su r la mé th o de c h o i si e p o u r ré p o ndre au x
la p rati q u e de l’ i mag eri e 3 D en mi c ro sc o p i e é lec tro
i v o i re, Beatri c e Bu rdi n, P i erre-Y v es
bj ec ti f s g é né rau x de c e g ro u p e de trav ai l,
i nterro g ati o ns li é es à la mi se en p lac e et à
ni q u e.
L es o bj ec ti f s p ri nc i p au x q u i o nt f ai t l’ o bj et de la p ré c é dente sessi o n de trav ai l so nt
rap p elé s et é nu mé ré s c i -desso u s :
1- Q u elles so nt p ré c i sé ment les g randes mé th o des d’ i mag eri e 3 D en mi c ro sc o p i e
é lec tro ni q u e à transmi ssi o n ( M E T ) et en mi c ro sc o p i e é lec tro ni q u e à balay ag e ( M E B) ?
2- Q u els so nt, p o u r c h ac u ne d’ elles, les é q u i p ements et lo g i c i els né c essai res p o u r
abo u ti r à u ne v i su ali sati o n en 3 di mensi o ns d’ u n o bj et bi o lo g i q u e ?
3 . Q u el est le c o û t asso c i é et le temp s né c essai re p o u r leu r mi se en p lac e et p o u r
p ro p o ser c e serv i c e en ro u ti ne au x u ti li sateu rs so nt-i ls c o mp ati bles av ec le f o nc ti o nnement
d’ u n serv i c e c o mmu n ?
4 . Q u el so nt, en amo nt, les mé th o des de p ré p arati o n d’ é c h anti llo n à u ti li ser
sp é c i f i q u ement p o u r p ermettre u ne ac q u i si ti o n o p ti male d’ i mag es p ar mi c ro sc o p i e
é lec tro ni q u e et u ne rec o nstru c ti o n 3 D f ac i li té e.
5- Q u els so nt les c o ndi ti o ns d’ ac q u i si ti o n i nstru mentale ( tensi o n d’ ac c é lé rati o n, do se
é lec tro ni q u e, temp s d’ ac q u i si ti o n… ) à u ti li ser en M E B, en M E T en f o nc ti o n des
c arac té ri sti q u es de l’ é c h anti llo n ( é p ai sseu r, f rag i li té so u s le f ai sc eau é lec tro ni q u e, tai lle… ) ?
6- Q u els so nt, en av al, les p ri nc i p au x lo g i c i els dé di é s à la rec o nstru c ti o n 3 D d’ o bj ets
bi o lo g i q u es à p arti r d’ i mag es de mi c ro sc o p i e é lec tro ni q u e. O ù les tro u v ent-t-o n, c o mment
p eu x t-o n les i nstaller et les u ti li ser p o u r o bteni r u n ré su ltat p ro bant ?
L a mé th o de c h o i si e c o nsi ste à trai ter c o llec ti v ement à l’ o c c asi o n de c h aq u e ré u ni o n u n
des p o i nts du p ro g ramme é tabli p ré c é demment et rap p elé en Annex e I. D es i nterv enants
sp é c i ali sé s su r l’ u n des ax es trai té s p o u rro nt ê tre i nv i té s lo rs de p ro c h ai nes ré u ni o ns de trav ai l.
D es j o u rné es sp é c i ales sero nt o rg ani sé es dans des c entres de dé mo nstrati o n de c o nstru c teu rs
o u au sei n de c entres c o mmu ns di sp o sant d’ u n sy stè me o p é rati o nnel en i mag eri e 3 D . E ntre
c h aq u e ré u ni o n, c h aq u e membres du g ro u p e ré u ni ra to u te i nf o rmati o n o u do c u mentati o n
su sc ep ti ble de no u rri r la p ro g ressi o n du trav ai l.
A l’ o c c asi o n de l’ ateli er p rati q u e o rg ani sé su r la to mo g rap h i e en p ré ambu le du
p ro c h ai n c o ng rè s de la S f mu de P ari s, u n rep ré sentant du g ro u p e essai era de ré c o lter to u te
i nf o rmati o n p rati q u e à l’ o c c asi o n de sa p arti c i p ati o n, p u i s d’ en resti tu er la teneu r au g ro u p e.
% & ' & " $ ( & " ) & * + , $ & ! $ & - " $ & . ! ! ! ! & $ " ! Qu’appelle t-o n r epr é s en tati o n 3 D d ’un é c h an ti llo n en M E ?
C e l a c o m p r e n d t o u t e m é t h o d e u t i l i s an t c o m m e s o u r c e d e s é l e c t r o n s e t q u i p e r m e t
d ’ ab o u t i r à u n e v i s u al i s at i o n d an s l ’ e s p ac e , d an s s a f o r m e , d an s s o n v o l u m e , d ’ u n o b j e t o u
d ’ u n e f r ac t i o n d e s o n o b j e t .
U n e r e c o n s t r u c t i o n 3 D p e u t p r o v e n i r d ’ i m ag e s ac q u i s e s s u r u n m i c r o s c o p e é l e c t r o n i q u e à
b al ay ag e o u à t r an s m i s s i o n . D e n o m b r e u x t e r m e s y s o n t as s o c i é s . N o u s l e s d é f i n i s s o n s i c i
p o u r u n e m e i l l e u r e c l ar t é d u l an g ag e s p é c i f i q u e à l a 3 D .
a- M i c r o s c o p i e à t r an s m i s s i o n
Tomographie : C e t e r m e p r o v i e n t d u g r e c t o m o s , c o u p e r , e t g r ap h o s , r e p r é s e n t at i o n , e t
c o n v i e n t p o u r d é f i n i r t o u t e r e c o n s t r u c t i o n d u v o l u m e d ’ u n o b j e t à p ar t i r d ’ u n e s é r i e d e
m e s u r e s d é p o r t é e s m at h é m at i q u e m e n t à l ’ e x t é r i e u r d e l ’ o b j e t . L e r é s u l t at e s t u n e
r e c o n s t r u c t i o n d e c e r t ai n e s p r o p r i é t é s d e l ’ i n t é r i e u r d e l ’ o b j e t s e l o n l e t y p e d ’ i n f o r m at i o n q u e
f o u r n i t l ’ ac q u i s i t i o n d ’ i m ag e s é l e c t r o n i q u e s p l an e s . L a t o m o g r ap h i e e s t l i é e à d e s é t ap e s
d ’ ac q u i s i t i o n e x p é r i m e n t al e e t d e t r ai t e m e n t i n f o r m at i q u e d e d o n n é e s s u r l a b as e d e
l ’ u t i l i s at i o n d e p r o p r i é t é s p h y s i q u e s m e s u r é e s ( m o d è l e d i r e c t e ) o u s e f o n d an t s u r l ’ u t i l i s at i o n
d u m o d è le d ire c t (m o d è le in v e rs e o u d e re c o n s tru c tio n ).
Tomogramme – ( graphe) : C e t e r m e d é s i g n e u n e n s e m b l e d ’ i m ag e s , t i l t é e s o u i m ag e s e n
p r o j e c t i o n , p e r m e t t an t d ’ ab o u t i r à u n e r e p r é s e n t at i o n t r i d i m e n t i o n n e l l e . U n t o m o g r am m e e s t
l e r é s u l t at i s s u d ’ é t ap e s s u c c e s s i v e s d ’ ac q u i s i t i o n p u i s d e r e c o n s t r u c t i o n n u m é r i q u e u t i l i s an t
d e s al g o r i t h m e s m at h é m at i q u e s .
M ic rot omographie : A p p l i c at i o n d e l a t e c h n i q u e t o m o g r ap h i q u e p o u r r e c o n s t r u i r e d e s
v o l u m e s s u b -m i c r o n i q u e s , n é c e s s i t an t l ’ u t i l i s at i o n d e m i c r o s c o p e s é l e c t r o n i q u e s d e r é s o l u t i o n
n an o m é t r i q u e .
A n gl e mort ou ‘ mis s in g w ed ge’ : P ar t i e d u v o l u m e d e l ’ o b j e t r e n d u i n ac c e s s i b l e au c o u r s d e
l ’ ac q u i s i t i o n e t c o n d u i s an t à u n e p e r t e d ’ i n f o r m at i o n l e l o n g d e l ’ ax e p e r p e n d i c u l ai r e au p l an
d e tilt.
L imit es d ’ ac q u is it ion d ’ u n t omogramme : D
re c o n s tru c tio n v o lu m iq u e d ’u n o b je t :(i) e ffe t g
p r é s e n c e d e b ar r e au x d e l a g r i l l e -s u p p o r t , p r o
l i m i t e s p h y s i q u e s d e l a r o t at i o n d u p o r t e -o b j e t p
iffé re n
é o m é tr
v o q u an
ar r ap p
te s
iq u
t u
o rt
c au s e
e , q u i
n e z o
au x d
p
e x
n e
im
e u v
c lu
o p
e n s
e n t r é d u i r e l e c h am p d e
t le s b o rd s d e l’o b je t, (ii)
aq u e au x é l e c t r o n s , ( i i i )
i o n s d e l a p i è c e p o l ai r e .
Tomographie tiltée : T e c h n i q
é le c tro n iq u e s o b te n u e s à p a rtir
e u c e n triq u e . C e la d e m a n d e la m
p o r t e -o b j e t ) p e r m e t t a n t d e v a r i e
ra p p o rt à la d ire c tio n d u fa is c e
a u to m a tiq u e , v ia le p ilo ta g e d u
s i m p l e -t i l t o u d o u b l e -t i l t .
u e d e to m o g ra p h ie p a s s a n t p a r l’a c q u is itio n d ’im a g e s
d e l’in c lin a is o n d ’u n o b je t d ’é tu d e a u to u r d e s a p o s itio n
is e e n œ u v re d e c o m p o s a n te s in s tru m e n ta le s (g o n io m è tre ,
r l’a n g le d ’in c lin a is o n – o u a n g le d e tilt – d e l’o b je t p a r
a u in c id e n t. L ’in c lin a is o n p ra tiq u é e p e u t ê tre m a n u e lle o u
g o n i o m è t r e p a r u n l o g i c i e l , m a i s u t i l i s e d e s p o r t e -o b j e t s
Question : p eux -t-on util iser un p or te-ob j et til t-r ota tion ? Quel ty p e d e p or te-ob j et est l e m ieux a d a p té ?
Tomographie proj etée : T e c h n i q u e d e t o m o g r a p h i e p a s s a n t p a r l ’ e x p l o i t a t i o n d e s é r i e s
d ’im a g e s e n re g is tré e s to u te s s e lo n le m ê m e p la n . L ’in fo rm a tio n s p a tia le e s t d a n s c e c a s
p ré s e n te d a n s l’e n s e m b le d e s o rie n ta tio n s d u m ê m e o b je t. C la s s iq u e m e n t, c e tte te c h n iq u e e s t
u tilis é e p o u r re p ré s e n te r e n 3 D la m o rp h o lo g ie d e s v iru s d is p o s é s s e lo n to u te s le u r o rie n ta tio n
s u r u n m ê m e p la n s o it s u r u n e m e m b ra n e d e c a rb o n e , e n c o lo ra tio n n é g a tiv e , s o it a u s e in d ’u n
film d ’e a u v itrifié . L a to m o g ra p h ie p ro je té e e s t a u s s i u tilis é e à p a rtir d ’u n e n s e m b le d e c o u p e s
s é rié e s u ltra fin e s p e rm e tta n t d ’a c q u é rir u n e s u ite d ’im a g e s c o n tig u ë s s e lo n le m ê m e p la n
h o riz o n ta l m a is e n s e d é c a la n t s e lo n l’a x e v e rtic a l d e l’o b je t d a n s l’o rd re d e s c o u p e s .
I mages s ériées – ‘ s tac k d ’ images ’ : I m a g e s a c q u i s e s s u c c e s s i v e m e n t d a n s l ’ o r d r e s t r u c t u r e l
d e l’o b je t, s e lo n d e s p la n s h o riz o n ta u x o u in c lin é s .
O rien tation - A n g l e d e t i l t
A x e s d e tilts
S a x to n
C ry o-tomographie : T e c h n i q u e d e t o m o g r a p h i e u t i l i s a n t u n e m é t h o d e à f r o i d e n m i c r o s c o p i e
é le c tro n iq u e (p a r e x . re fro id is s e m e n t d e l’o b je t).
R ec on s tru c tion par rétroproj ec tion : R é s u l t a t d e r e c o n s t r u c t i o n d ’ u n e i m a g e e n 3 D
s u r le s ré s u lta ts a c q u is p a r p ro je c tio n d ire c te à tra v e rs l’o b je t.
Tomographie
d ’im a g e s filtré e
u n e p a rtie d e s
to m o g ra p h ie a p
f iltrée : T
s é le c tro n iq
é le c tro n s
p o rte u n e in
e c h n iq u e
u e s p a r le
in c id e n ts
fo rm a tio n
d e to m o g r
b ia is d e l’u
s é le c tio n n é
c h im iq u e c
a p h ie u tilis a n t le s m é
tilis a tio n d ’u n filtre d ’é
s e n fo n c tio n d e le u r
o u p lé e à l’in fo rm a tio n v
th o
n e r
p e
o lu
d e s
g ie
rte
m iq
b a sé e
d ’a c q u is itio n
la is s a n t p a s s e r
d ’é n e rg ie . L a
u e .
C artographie c himiq u e v olu miq u e par E D X : T e c h n i q u e d e t o m o g r a p h i e u t i l i s a n t l e s
m é th o d e s d ’im a g e rie c o u p lé e s a u M E T (E D X , E D S ) is s u e s d u tra ite m e n t d e s ra y o n s X
i n h é r e n t s à l ’ i n t e r a c t i o n é l e c t r o n -é c h a n t i l l o n .
Tomographie rés olu tiv e :
m ic ro s c o p e s é le c tro n iq u e s d
le n tille s , fo rte s v a le u rs d e la
d e s te c h n iq u e s u tilis a n t d e s
d é ta ils le s p lu s g ra n d s .
R é a lis a
e h a u te
te n s io n
m ic ro s c
tio
ré
d ’
o p
n
so
a c
e s
d ’u n e e x p é
lu tio n s p a tia
c é lé ra tio n …
p lu s c la s s iq
rie n c e d e
le : b rilla n c
L a to m o g ra
u e s e t a d a p
to m
e d u
p h ie
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o g ra p h
fa is c e
ré s o lu
à la re
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c o
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, s ta b
e se d
n s tru c
a n t
ilité
is tin
tio n
d e
d e
g u
d e
e
s
s
s
Fiducial/fiduciaire : Particules physiques, électroniquement denses, disposées en surface
d’ une coupe pour faciliter le raccord entre les imag es tiltées lors de l’ étape de reconstruction
numérique.
Dé riv e o u s h ift : Phénomè ne lié au déplacement latéral de l’ obj et au cours de l’ acquisition
des imag es électroniques. C ette dériv e spatiale peut ê tre du à l’ échauffement de l’ échantillon
sous le faisceau incident ou à l’ instabilité mécanique du porte-obj et.
III-
R ech erch e des aut res t erm es s p é cifiq ues à dé fin ir :
b- M icroscopie à balayag e :
Profondeur de champ en M E B
A nag lyphe
S téréoscopie
Paire stéréoscopique
S téréog ramme
T omog raphie aux R X dans un M E B : C ette technique permet d’ analyser un v olume de mm3 à
quelques cm3
D istance de trav ail
M éthode T ri-V iew
c- D éfinitions communes au balayag e et à la transmission
Préparation d’ échantillons
T ension d’ accélération pour la 3 D
A cquisition d’ imag e :
L og iciel d’ acquisition
T raitement d’ imag e
R econstruction d’ imag es
L og iciel de reconstruction
V isualisation en 3 D
L og iciel de v isualisation
M odélisation des séries
L og iciel de modélisation
E ucentricité en 3 D
Préparation d’ échantillon pour la 3 D
A lg orithme de reconstruction
E x ploitation d’ un tomog ramme
S eg mentation
R otation
C oupes v irtuelles
A nimation v irtuelle
IV- C l ô t u r e d e l a r é u n i o n :
Dates proposées pour la prochaine réunion :
Ve n d r e d i 1 8 s e p t e m b r e o u l e Ve n d r e d i 2 5 s e p t e m b r e d e 1 0 h à 1 7 h a u C e n t r e IN R A
P a r is .
d e
I nterv enant proposé :
O l i v i e r L a m b e r t , I E C B –B o r d e a u x , c o n t a c t é p a r N a t h a l i e . P r é s e n t a t i o n s u r l a p r a t i q u e d e
l’im a g e rie 3 D p o u r o b s e rv e r le s a s s o c ia tio n s N a n o p a rtic u le s / C e llu le s .
P rog ram m e d e trav ail :
D é f i n i t i o n d e s t e r m e s l i s t é s e n I I I -b e t I I I -c .
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
A N N E X E I : P lan d e trav ail ad opté :
I–L ’ im a g e r ie 3 D e n m ic r o s c o p ie é le c tr o n iq u e
1 . Q u ’a p p e lle
D é fin itio n :
T o u te m é th o d e u tilis
d a n s s a fo r m e , d a n s
U n e r e c o n s tr u c tio n
tr a n s m is s io n .
A p p r o fo n d ir
A p p lic a tio n s
Q u e ls s o n t
c o n v e n tio n n e
le s e
:
le s
lle s
-
t -o n r e p r é s e n t a t i o n 3 D d ’ u n é c h a n t i l l o n e n M E ?
a n t c o m m e s o u r c e d e s é le c tr o n s e t q u i p e r m e t d ’a b o u tir à u n e v is u a lis a tio n d a n s l’e s p a c e ,
s o n v o lu m e , d ’u n o b je t o u d ’u n e fr a c tio n d e s o n o b je t.
3 D p e u t p r o v e n ir d ’im a g e s a c q u is e s s u r u n m ic r o s c o p e é le c tr o n iq u e à b a la y a g e o u à
n s d e s te r m e s lié s à l’ im a g e r ie 3 D :T o m o g r a p h ie / S té r é o s c o p ie (a n a g ly p h e ) / …
r e n d u s d e la m é th o d e s / le s in fo r m a tio n s q u ’o n p e u t s o r tir p
?
R e c o n s tr u c tio n 3 D d ’ o b je ts n a n o m é tr iq u e s (v ir u s , p a r tic u le s ,
R e c o n s tr u c tio n 3 D d ’ é c h a n tillo n s in c lu s (é c h a n tillo n s é p a is … )
V is u a lis a tio n v ir tu e lle d ’u n o b je t e n c h a c u n d e s e s p o in ts e t s u iv a n t
A n a ly s e p r é c is e d e l’in fo r m a tio n s u r to u te l’é p a is s e u r d e l’o b je t
u ltr a s tr u c tu r e
- C a p a c ité d e p o s itio n n e r u n o b je t p a r r a p p o r t à u n a u tr e
- C o u p le r la v is u a lis a tio n 3 D a v e c u n e in fo r m a tio n c h im iq u e
P r in c ip a le s m é th o d e s :
- T o m o g r a p h ie p a r R X a v e c s o u r c e in c lu s e d a n s le m ic r o s c o p e é le c tr
- R e p r e s e n ta tio n 3 D e n im a g e r ie filtr é e
- T o m o g r a p h ie tilté e
- R e c o n s tr u c tio n d ’u n e v u e 3 D à p a r tir d ’im a g e s 2 D
a r
ra p p o rt a u x
m é th o d e s
to u s le s p la n s
/ M o d é lis e r u n o b je t, u n e
o n iq u e
2 . Q u e lle s s o n t le s é ta p e s n é c e s s a ir e s à la r é a lis a tio n d ’u n e im a g e 3 D :
U n e e x p é r ie n c e d e to m o g r a p h ie : 1 . P r é p a r a tio n
V is u a lis a tio n 3 D / 5 . M o d é lis a tio n
é c h a n tillo n
/ 2 . A c q u is itio n
II – P r é p a r a t i o n d e s é c h a n t i l l o n s
1 ) M é th o d e s s p é c ifiq u e
a ) O b je ts n o n in c lu s (c r is ta u x
b ) O b je ts in c lu s :
-s e
-p r
2 ) M é th o d e s s p é c ifiq u e
s à l’im a
/ n a n o tu
c tio n n é s
é p a ré s p
s à l’im a
g e r ie
b e s /
p a r u
a r F I
g e r ie
3 D
M a
lta
B /
3 D
p a
tr ic
m ic
-F
p a
r M
e s p
r o to
E I
r M
E B
o re u se s … )
m ie in té g r é e a u M E B -G A T A N
E T
/ 3 . R e c o n s tr u c tio n
/ 4 .
a) Objets en suspension de taille inférieure à la centaine de nm (à relier à la tension d’accélération) – Objets ne
nécessitant pas d’inclusion : latex , v irus
E st-ce q u’on est capable de sonder l’ultrastructure d’un objet non inclus dont la taille est compatible av ec la
transmission du faisceau d’electrons ?
b) Objets nécessitant une inclusion
c) Objets en milieu v itrifié (cry oplung e ou cry oultramicrotomie)
3) Facteurs clefs pour l’ é tape d e pré parati on :
P oints à creuser pour ch aq ue méth ode de préparation et ch aq ue tech niq ue (M E B et M E T ):
- U tilité des fiducials pour faciliter l’alig nement des prises de v ue (billes d’or d’un cô té, des deux cô tés de la
coupe / densité en billes)
- L imitations en taille d’objets, en ty pe de surface (relief est un caractè re essentiel si l’éch antillon non inclus)
- I mportance du contraste des éch antillons
- R ésolutions associées
- R elier méth odes de préparation aux spécificités tech niq ues du microscope (platine, … )
- E paisseur de coupe
- N ature de la résine (tenue de la coupe incluse, comptabilité av ec l’immunolog ie
- C ontraste
- G rille support et problè me des barreaux (mesh , membrane, … )
- P osition de l’éch antillon sur la coupe de résine
I I I – M é th od es d ’ acq ui si ti on d e sé ri es tom og raph i q ues
1 ) P our la M E B
P aramè tres importants :
N ombre d’acq uisitions (2 imag es ou plus)
A ng le de tilt du porte-objet
E ucentricité / P ositionnement en h auteur
- L og iciel de reconstruction 3 D en M E B – L og iciel A licona (A lprimag e) : 2 imag es à 7 ° d’écart pour arriv er à
faire des mesures en profondeur. R econstruction 3 D orientable dans l’espace. L imites dans la reconstruction.
T aille imag e en pix el et distance de trav ail comme donnés d’entrée. P h ase d’acq uisition. P rix = env . 7 k € .
M esure du profil de surface.
- R ecenser l’ensemble des log iciels (g ratuits ou non) permettant la reconstruction et v isualisation d’imag es en
balay ag e.
2 ) P our la M E T
- E ucentricité comme facteur capital
- E tre à focus / A v oir une trè s h aute précision sur le rég lag e de la h auteur
- S tabilité de la platine g oniométriq ue
- T enue de l’éch antillon et doses recommandées (amincissement de la coupe) / S tabilité de la coupe sous le
faisceau
- L imiter le plus possible la contamination (optimiser le temps d’acq uisition / beam blank )
- V aleur du tilt / P orte-objets / C oû ts / M odè les
- R elation tension d’accélération / épaisseur de coupe
- A cq uisition aller simple ou aller –retour
- D ouble tilt / sing le tilt / M ulti-tilt / T ilt S ax ton
- C améras numériq ues / C aractéristiq ues conseillées
- L og iciels d’acq uisition des imag es : plug -in G atan / L og iciel F E I / L og iciel J eol / L og iciel H itach i / A naly sis /
E tapes d’acq uisition : 1 . F aire toutes les calibrations du M E T pour le g randissement considéré (beam tilt, imag e
rotation, imag e sh ift, beam sh ift, induced beamsh ift …
2 . L ocaliser la rég ion d’intérê t la plus pertinente
3 . P ositionner l’éch antillon en point eucentriq ue
4 . E taler le faisceau pour couv rir une z one plus larg e q ue le détecteur
5 . P aramétrer l’acq uisition de tomog raph ie
IV – T r a i t e m e n t d e s i m a g e s p o u
-F o r m a t d e s im a g e s : e x is te n c e
-C a p a c ité d e l’o r d in a te u r p o u r
-T a ille d ’ u n e n s e m b le d e s é r ie s
-L o g ic ie ls d e tr a ite m e n t d e s im
S p id e r ?/ X m ip p ?
- L o g ic ie ls d e v is u a lis a tio n e n
( R o p p e r ) / Im a g e J /
r la r e c o n s tr
d e s ta n d a r d s
le tr a ite m e n t
tilté e s e t d e s
a g e s : E to m o
u c tio n tr id im e n s io n n e lle
d ’im a g e s / C o m p a tib ilité d e s c a r te s g r a p h iq u e s
r e c o n s tr u c tio n s (a s p e c t s to c k a g e d e s d o n n é e s )
/ T o m o J (lié à Im a g e J ) / T O M to o lb o x / G a ta n 3 D
(c o m m e r c ia l) /
3 D : A m i r a / Im o d J ( l i é à I m a g e J ) / C h i m e r a / I m a r i s / N o e s i s / M e t a m o r p h
L o g ic ie ls : o ù le s tr o u v e r / P r o to c o le s d ’u tilis a tio n / C o m p a r a is o n d e s p e r fo r m a n c e s
V – In t e r p r é t a t i o n d e t o m o g r a p h e
-E x e m p le s / I llu s tr a tio n s
-V a lid a tio n d e s r é s u lta ts / E ffic a c
-A r té fa c ts lié s à l’ im a g e r ie 3 D
-D e g r é d ’ in te r p r é ta tio n / L im ite s
-C o m p lé m e n ta r ité a v e c le s a u tr e s
R X
VI – A
1 .
2 .
3 .
a s
3 .
s p e c ts p r a tiq u e s lié s
O r g a n is a tio n (p e r
C o m p é te n c e s im p liq
F o r m a tio n d u p e r s o
s is té s o u a u to n o m e s
C o û t e t te m p s
a u
so n
u é e
n n e
?)
s
ité d e la m a th o d e
d e la m é th o d e
m é th o d e s d ’im a g e r ie 3 D : M ic r o s c o p ie c o n fo c a le / A F M
fo n c tio n
n e l d é d ié
s : p ré p a
l e t d e s u
n e m e n
?) e t p
r a tio n
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r is e e n c
d ’é c h a n
u r s : la
a g e r ie 3 D
h a rg e d ’u
tillo n / tr a
m é th o d e e
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lle
/ M ic r o to m o g r a p h ie
u n s e r v ic e c o m m u n
é r ie n c e e n im a g e r ie 3 D
t d ’im a g e
tr a n s m is s ib le a u x u tilis a te u r s (u tilis a te u r s