(Microsoft PowerPoint - pr\351sentation LabCLuster CC initiation)
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Culture cellulaire - session initiation Solutions aux problèmes les plus fréquents Bénédicte Gagny, SIGMA- ALDRICH Sylvie Bailly, CORNING AXYGEN Le Groupe Sigma-Aldrich • Fournisseur majeur dans le domaine de la recherche en sciences de la vie • 1 000 000 de clients à travers le monde • 7 900 employés • Un réseau de 10 000 fournisseurs Sigma-Aldrich France • Plus de 200 collaborateurs • Près de 100 M€ de chiffre d’affaires (15% du chiffre européen du groupe) • 2 plates-formes logistiques , dont une classée Seveso2, sécurisée et certifiée ISO 9001 • 140 000 références en stock • 3000 commandes par semaine • 490 000 expéditions par an Les marques Sigma-Aldrich • Sigma – Génomique fonctionnelle, Protéomique, Biologie moléculaire, culture cellulaire • Aldrich – Synthèse chimique, Sciences des matériaux, Drug Discovery, Isotopes Stables • Fluka – Réactifs d’analyse & Standards • Supelco – Chromatographie & Produits de séparation • SAFC – Matières premières, phases de Développement , solutions d’approvisionnement et produits à façon La culture cellulaire chez Sigma: un partenariat pour l’excellence Comment savoir si vos cellules ont un problème? Mort cellulaire Changements imprévus dans la culture – Taux de croissance – Comportement – Morphologie/apparence Des résultats expérimentaux inexpliqués Détecter ces changements dès qu’ils se produisent : étape critique pour identifier l’origine du problème Déroulement de la présentation 3 parties: 1) Répertorier les problèmes courants (et les moins courants) rencontrés, ainsi que leurs causes 2) Comment éviter/limiter ces problèmes? 3) Quelques conseils pour aider vos cellules à se “sentir bien”! Quelles sont les origines des problèmes rencontrés en culture cellulaire? Les contaminations biologiques Le contenant le milieu et le sérum L’ incubateur Bien souvent, ces problèmes sont liés à la manipulation Les contaminations biologiques • Bactéries, champignons, levures, mais surtout… Les mycoplasmes ! Les problèmes liés aux contenants (flasques, boites de Petri, plaques…) Problèmes liés à l’entretien : • restes de produits chimiques (détergents, décontaminants, aluminium ou papier…) •Résidus provenant du précédent contenu Problèmes liés aux cellules: • Cellules qui adhèrent mal (HEK-293) • Cellules « difficiles » à cultiver Problèmes liées à la technique du manipulateur ou à son manque d’expérience A quoi sont dues ces taches claires circulaires? Des bulles d’air dans le milieu! Pendant l’inoculation les bulles prennent la place du milieu et empêchent les cellules de se fixer au fond de la flasque Voici ce qu’on observe après fixation et coloration des cellules: Les problèmes liés au milieu et au sérum Influence du milieu ou du sérum sur la cellule – Sous-produits toxiques générés par l’exposition à la lumière ou à la chaleur (bain-marie à 37 degrés ) – Variabilité nutritionnelle du sérum en fonction des lots Les problèmes liés au milieu et au sérum (suite) • Erreurs lors du choix ou de la fabrication du milieu – Mauvaise formulation (DMEM ou EMEM?) – Ingrédients oubliés (Glutamine) – Choix du mauvais système tampon Trypsination, congélation: 2 étapes critiques Le mélange trypsine-EDTA : Trypsine : enzyme protéolytique Coupe les liaisons entre les cellules mais ne les détache pas du support : rôle de l’EDTA Problèmes rencontrés: • Destruction des cellules : exposition trop longue à la trypsine • Mauvais détachement des cellules : trypsine dégradée (mise au bain-marie à 37 degrés : auto protéolyse) Trypsination, congélation: 2 étapes critiques (suite) Congélation/décongélation avec le DMSO : • Agent de congélation le plus utilisé (référence SIGMA D0619) • Toxique pour les cellules à une température supérieure à 4 degrés : réaction exothermique en contact avec le milieu Problème rencontré: Viabilité des cellules à la décongélation : procédure de congélation non respectée Les problèmes liés aux incubateurs Origine des problèmes rencontrés: 1. Contamination des incubateurs 2. Ouverture et fermeture des portes: variation du taux de CO2 , de la température, du taux d’humidité Les problèmes liés aux incubateurs (suite) • Deshydratation des cellules en l’absence d’eau dans le bac de l’incubateur • Vibrations certains problèmes sont liés à des accidents ou des catastrophes indépendants de la culture ….et de votre volonté! Problèmes « classiques » • Panne de congélateur, en particulier du congélateur de cellules à azote … • surchauffe ou panne de l’incubateur Problèmes moins classique… • Inondation, feu • Panne générale d’électricité comment éviter/limiter ces problèmes? Rappel: Les contaminations Biologiques Le contenant le milieu et le sérum L’ incubateur Comment éviter /limiter les contaminations biologiques? • Principales sources de contaminations biologiques: l’expérimentation et les cellules Utiliser de bonnes pratiques d’asepsie: • • • Lavage des mains Port d’une blouse, de gants (voire charlotte/masque) Travailler sous hotte à flux laminaire (PSM) Comment éviter /limiter les contaminations biologiques? (suite) • Décontaminer à l’alcool la paillasse et tout le matériel qui entre dans le PSM • Travailler séquentiellement • Décontaminer à nouveau la paillasse après utilisation • Utilisation possible des UV Concernant les cellules: • Mettre les nouvelles cellules en observation/quarantaine (quand c’est possible) • Acheter régulièrement de nouvelles lignées certifiées (ECACC) Comment éviter /limiter les problèmes liés aux contenants? Problèmes liés aux contaminations des contenants: limités car utilisation de contenants jetables Problèmes liés aux cellules: • Adhésion: surface Corning CellBind/ULA • Cellules souches, ostéoblastes: surfaces dédiées Corning • Difficulté de croissance: penser à tester différentes surfaces Comment éviter /limiter les problèmes liés au milieu et sérum? • Favoriser les milieux sous forme liquide, prêts à l’emploi • Ne pas les mettre à 37 degrés avant utilisation (laisser à température ambiante) • Ne pas laisser les milieux à la lumière • Sérum: tester des lots différents et choisir celui qui convient le mieux à vos cellules (test gratuits chez SIGMA, réservation et conservation dans nos entrepôts) Choisir le bon système tampon Propriétés d’un système tampon: 1. Maintenir invariablement un pH donné dans le milieu 2. Pas d’interférences avec des activités chimiques ou biochimiques se produisant dans le milieu 3. Pas de modifications des mesures ou des observations faites dans le système Choisir le bon système tampon (suite) Le système Bicarbonate de Sodium/ Dioxyde de Carbone: NaHCO3 + H20 Na+ + HCO3- + H2O Na+ + H2CO3 + OHNa+ + OH- + H2O + CO2 : alcalinité augmentée Avantages: • Maintien du pH • Maintien de la pression osmotique • Apport d’énergie Inconvénients: • pKa de 6,3 à 37 degrés : effet tampon non optimal dans les gammes de pH de 7 à 7,5 • Nécessité d’un mélange de 5 à 10% de CO2 dans 90 à 95% d’air Choisir le bon système tampon (suite) • Le tampon HEPES: • Avantages : • pKa de 7.31 à 37 degrés: optimal pour la culture cellulaire • s’équilibre à l’air • Inconvénient : • Plus onéreux Liste des milieux Sigma-Aldrich et leur composition: http://www.sigmaaldrich.com/life-science/cell-culture/learningcenter/media-formulations.html Trypsination et congélation • Surveillez les cellules pendant la trypsination, surtout si c’est une nouvelle lignée • Autres agents de dissociation: *Cell Lysis Reagent: Ref: C2978 *CelLytic MT Cell Lysis Reagent, C3228 testé avec succès sur la croissance 3D de cellules de peau *TrypsZean Solution: Recombinant, animal-Free bovine Trypsin – T3449 *Non-enzymatic Cell Dissociation Solutions: C1419 – C1544 – C5789 – C5914 (études immunochimiques: reconnaissance des protéines de surface ) Trypsination et congélation(suite) Congélation avec DMSO: • Procéder rapidement pour l’aliquotage des cellules dans le milieu avec DMSO • Ne pas faire plus de 10 ampoules à la suite • Mettre les tubes dans la boite de congélation préalablement refroidie • Une fois la boite pleine, la mettre à – 80 degrés; transférer les ampoules dans le contenant à – 196 degrés pour la congélation longue durée Autres produits de congélation que le DMSO (glycérol…) comment éviter /limiter les problèmes liés à l’incubateur? • Bien choisir son incubateur: Gaine à eau: Bonne inertie Lourd Gaine à air: Auto-stérilisation possible Perte rapide de chaleur • Bien installer son incubateur pour éviter les vibrations • Bien l’entretenir, régulièrement Suggestions pour résoudre vos éventuels problèmes de culture cellulaire Jouez les détectives! • Rassembler toutes les personnes impliquées • Identifier et décrire clairement le problème • Identifier et évaluer toutes les causes possibles pour trouver la cause la plus probable (changements effectués récement?) • Faire des tests de confirmation • Donner des consignes écrites pour le moyen et le long terme Conseils pour que vos cellules se sentent bien dans leur environnement artificiel Qu’est ce qu’une cellule en culture? Une survivante à un évènement catastrophique dans un environnement complètement étranger !! • Sa priorité: survivre! • Différenciation et perte des fonctions tissus-spécifiques sont courants • Transformation et polyploïdie sont également fréquents • Les cellules génétiquement modifiées ou transfectées sont particulièrement stressées Les cellules en culture sont elles de bons modèles? In vivo • Croissance en 3-D sur substrat naturel In vitro • Croissance en 2-D sur du plastique • Environnement très stable • Environnement instable et non naturel • Déchets et disponibilité des nutriments extrêmement • Présence des déchets contrôlés dans la culture • Maintien des fonctions cellulaires: le plus important • Croissance cellulaire : souvent le plus important • Etudes in vitro : outil incontournable MAIS nécessité de validation in vivo (fonction de l’application/de l’étude en cours) • Grâce à la recherche menée par les fournisseurs: création de surfaces et matrices qui permettent d’approcher les conditions du vivant Shéma de la surface Synthemax Corning Les matrices 3D Sigma HydroMatrix MaxGel HyStem Composition Peptide Hydrogel (Synthetic) Extracellular Matrix, Biological Extract Hyaluronic Acid Hydrogel (Synthetic) Similar to BD PuraMatrix BD Matrigel Unique Customizable? Yes, limited No Yes, many parameters can be customized Consistency Very consistent Very Inconsistent Very consistent Why do customers like it? They have complete control over the 3D environment; they can control the flexibility of the hydrogel themselves Cells grow very well in it. It is a rich, complex biological matrix filled with everything cells need to grow. Unlike Matrigel, Maxgel comes from human fibroblasts (not mouse tumors) so the level of growth factors is more natural. It is also more consistent than Matrigel Combines the advantages of a synthetic matrix with the rich, complex 3D environment of a biological extract. Mostly, customers like that they can control and customize it. Because it is Hyaluron-based, many Haaluron-loving cells proliferate well in it. Why do customers dislike it? Because it is only a peptide scaffold, if requires significant optimization and addition of growth factors. It is rather artificial and may not lead to cell growth as found in life. Because it is a biological extract, it is difficult to identify and control all of the components in each lot of material. Lots are inconsistent, and researchers do not know what they have exposed cells to. Takes ~1 hour to create the gel and seed the cells. Customers wish the time was shorter. Comment rendre les cellules heureuses en culture cellulaire ? “Optimiser” les techniques de culture travailler avec de “bonnes “cellules “Optimiser” leur environnement Qu’est-ce que de « bonnes » cellules? • Sans mycoplasmes ni autres contaminants • Maintien de leurs caractéristiques et de leurs fonctions • Origine des cellules réputée et reconnue • Arrivent avec un historique et des instructions de cultures claires et précises Comment optimiser l’environnement de vos cellules? Optimisez les basiques: • Milieu • Sérum • Gaz • pH • Température • Surface Optimisation du milieu • Regarder dans la littérature le milieu préconisé pour vos cellules General Human & monkey Rat & rabbit Mouse Chicken Fish F12K, M199, MEM, DMEM M199, CMRL 1969, MCB 104 & 105, RPMI 1640 (lymphoblast), BME, 5a F12K, MCDB 104, MEM, 5a MCDB 202 & 401, DMEM F12K, M199, MCDB 202, DMEM CO2 independent medium « Optimisation » du sérum • Problèmes liés au sérum: Pas physiologique Toxicité, agents pathogènes éventuels • Pensez aux alternatives – Milieux sans sérum ou fonctionnant avec moins de sérum (MegaCell) – Sérum de cheval; sérum de veau • Testez votre sérum avant de l’acheter Optimisation du sérum grâce aux tests Clone 9 (rat liver) serum test % CE 50 45 Lot A 40 35 30 25 Lot B 20 15 10 Lot C 5 0 0 5 10 15 20 25 % FBS 30 35 40 45 50 « Optimisation » du gaz • Le CO2 peut être un nutriment à basse concentration • Il aide au contrôle du pH à plus haute concentration • Cependant: trop de CO2 peut être inhibiteur • L’O2 peut être soit essentiel à la respiration, soit toxique en fonction de sa concentration Optimisation du pH • Pensez à la question du pH, surtout quand vous démarrez des nouvelles cultures • pH entre 6.8 et 7.8 : gamme pour à la majorité des cellules • Contrôlez en utilisant les tampons et la quantité de CO2 appropriés • Faire correspondre le niveau de bicarbonate avec le niveau de CO2: - Haut niveau de bicarbonate (1.5g/L) : utiliser entre 5 et 10% de CO2 - Bas niveau de bicarbonate (0.35g/L) : utiliser des unités scellées sans ajout de CO2 • Utiliser le tampon HEPES (5 à 10 mM) pour supplémenter le bicarbonate Optimisation de la température • De petites différences qui ont parfois de gros effets • Trop bas est mieux que trop élevé • Température du tissu d’ou vient la cellule? • Attention à la position dans l’incubateur et à l’empilement des flasques Optimisation de la surface Plusieurs choix: 1. Surfaces en plastique – Polystyrene (nonbiologique) 2. “Coatings” biologiques et “Feeder layers” 3. “Coatings” non-biologiques (poly-lysine) 4. Transwell® Corning Comment optimiser mes techniques ? Optimiser la récolte des cellules: • Prendre des cellules en pleine croissance, à 80 – 90% confluentes • Récolte : douce mais la plus rapide possible • Compter les cellules (quantité et viabilité) • Inoculer à haute densité pour commencer Comment optimiser mes techniques ? (suite) Optimiser l’inoculation: • Augmente le rendement, diminue le stress • Permet de savoir quand il faudra passer les cellules • Dépend des lignées, de la densité, du milieu et du volume • Utilisation de milieux conditionnés Conclusion: comment savoir si votre lignée cellulaire est heureuse? • Morphologie • Taux de croissance • Efficacité de clonage • Expression de fonctions spécifiques • Production de produits cellulaires Toujours se poser la question: est ce que mes cellules se comportent de la façon attendue? Pour en savoir plus… Le nouveau manuel de Culture cellulaire SIGMA • Formulation des milieux classiques • Nos différents séra • La gamme la plus complète en matière d’additifs pour la culture cellulaire • Les cellules de la banque ECACC • Les produits Corning Le site internet de Sigma-Aldrich • Le « Handbook » édités en collaboration entre l’ECACC et SIGMA: • Les « technical bulletin » de Corning Corning Guide for Identifying and Correcting Common Cell Growth Problems Questions?