Master BEE (Biodiversité Ecologie Evolution - umr pvbmt

Master BEE (Biodiversité Ecologie Evolution) Parcours « Biodiversité et EcoSystèmes
Tropicaux Terrestres » (BEST-T)
A communiquer au responsable pédagogique : [email protected]
Proposition de stage de Master 2
Année universitaire 2016 - 2017
Type de stage :
Recherche x
Professionnel
Titre du stage: Identification par barcoding moléculaire d'hémiptères auchénorhynques et
recherche d'insectes "porteurs" de phytoplasmes par PCR quantitative
Sujet développé :
Les jaunissements mortels causés par des phytoplasmes sont responsables de la disparition de
millions de cocotiers dans la zone Caraïbe et en Afrique. En Afrique, la Tanzanie, le Mozambique
et le Ghana sont actuellement les principaux pays affectés.
Les phytoplasmes, petites bactéries intraphloémiques dépourvues de paroi et non cultivables in
vitro, sont tous transmis par des insectes piqueurs-suceurs de l'ordre des Hémiptères. Toutefois, les
insectes vecteurs des phytoplasmes responsables des Jaunissements Mortels du Cocotier en Afrique
restent inconnus.
En Afrique, deux espèces de phytoplasmes sont responsables du jaunissement mortel du cocotier:
Candidatus Phytoplasma palmicola présent en Afrique de l'ouest et au Mozambique, et Ca.
Phytoplasma cocostanzania au Kenya et en Tanzanie. La présence de Ca. Phytoplasma palmicola en
Afrique de l'Est et en Afrique de l'Ouest peut laisser supposer la présence d'un même insecte
vecteur dans ces deux zones géographiques très distantes.
Nous proposons de caractériser par barcoding une collection d'ADN d'hémiptères d'une centaine
d'espèces provenant de cocoteraies ghanéennes. Les résultats obtenus seront comparés aux bases de
données disponibles pour leur détermination éventuelle, et identifier des espèces communes aux
deux sous-régions.
D'autre part, nous disposons d'une collection d'insectes collectés spécifiquement sur cocotiers
malades à l'aide de glu il y a une dizaine d'année au Ghana. L'ADN de ces insectes sera extrait pour
être "barcodé". Ces insectes seront comparés à ceux identifiés précédemment et une recherche de
phytoplasmes dans ces insectes sera réalisée par PCR quantitative.
Afin d'évaluer la méthodologie utilisée pour l'identification d'insectes vecteurs de phytoplasmoses
encore non décrites à la Réunion, un troisième lot d'insectes sera prélevé au cours du stage sur des
cultures maraîchères, et étudier comme décrit précédemment.
Organisme d’accueil: CIRAD
Maître de stage: Fabian PILET, [email protected], Tel: 02 62 49 92 18
Encadrement des stagiaires (si différent du Maître de stage): Fabian Pilet
Planning prévisionnel :
Janvier 2017 : Immersion dans le sujet et rédaction du rapport bibliographique
Février-Avril 2017: Manipulation au laboratoire (extractions d'ADN, PCR classique, qPCR),
analyse de séquences, interrogation de bases de données
Mai-Juin 2017: Analyse des résultats et rédaction du rapport de stage
Perspective de thèse : Pas de financement de thèse prévu par le CIRAD mais possibilité de
postuler aux bourses ministérielles si le stage se passe bien.