Interactions entre la proteine Rop/Rom d`Escherichia coli et des
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Interactions entre la proteine Rop/Rom d`Escherichia coli et des
Interactions entre la proteine Rop/Rom d'Escherichia coli et des "kissing" complexes boucle-boucle formés à partir de tigesboucles chimères: délices d'hélices. Christian Cazenave, Justine Michel et Jean-Jacques Toulmé Laboratoire de Biophysique Moléculaire, INSERM U 386, Université de Bordeaux II, 146 rue Leo Saignat, 33076 Bordeaux cedex L'association de deux tiges-boucles d'ARN par appariement Watson-Crick de leurs boucles est couramment désigné sous le vocable de "kissing complex". Il est constitué de l'empilement de 3 hélices d'ARN correspondant à la tige de la première tige-boucle, l'hélice résultant de l'appariement des séquences complémentaires des boucles et enfin de la tige de la 2ème tige-boucle. De tels complexes sont fréquemment retrouvés dans les appariements d'ARN sens et antisens naturels, les sites de dimérisation d'ARN viraux, mais également à l'issue d'expériences de sélection réitératives "in vitro" de séquences dirigées contre des cibles ARN structurées. Une protéine est connue pour stabiliser de tels complexes, la protéine Rop/Rom codée par le plasmide colE1 et qui sert de co-répresseur lors de l'interaction de type "kissing" établie entre deux ARN transcrits à partir du plasmide colE1: le RNAI (antisens) et le RNAII (sens servant de primer pour l'initiation de la réplication du plasmide colE1). Rop/Rom est une petite protéine dimérique entiérement constituée d'hélices alpha. Par des expériences de retardement sur gel, nous avons examiné la reconnaissance par Rop /Rom d'une interaction boucle - boucle réalisée entre un dérivé de l'élément TAR du virus VIH-1 et un aptamère (R O6-24) sélectionné contre cet élément. En faisant varier de facon symétrique ou non la nature chimique (ADN, ARN ou 2'O methyl) des tiges et/ou des boucles de chacune des tiges-boucles partenaires, il apparait que les seules combinaisons chimériques acceptées par Rop/Rom sont celles constituées d'ARN dans les deux boucles et de 2' O methyl dans l'une ou les deux tiges.