Evaluation globale de bases de données dédiées aux puces à ADN

Evaluation globale de bases de données dédiées aux puces à ADN
Contact : Sophie Lemoine ( [email protected] )
BASE
GeneTraffic
Resolver et
Luminator
SMD
ArrayDB
ARGUS
Type de données
d'expression
Tous les types
Tous les types
Tous les types
ADNc
Tous les types
Tous les types
Limitation
d'espèce
Non
Non
Non
S.cerevisiae, C.elegans,
E.coli, H.sapiens,
A.thaliana,
D.melaNongaster
Non
Non
Disponibilité du
schema
Oui
Non
Non
Oui
Oui
Non
Disponibilité du
software
Gratuit
Produit
commercial
Produit
commercial
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Stockage des
données brutes
Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées
Oui
Non en 2001
?
En cours
?
?
Stockage des
images
Oui
Oui
Oui
Oui (TIFF et GIF)
Oui
Oui
Stockage des
données
expérimentales
Oui
Oui
?
Oui
Oui
Non
Stockage des
données de
l'echantillon
Oui
Oui
?
Oui
Oui
Non
Suivi de MIAME
Oui
Oui
Non in 2002
Oui dans des
développement futurs
Non
Non
Liens aux bases
de données
plubliques
Oui
Oui
Poor
Unigene
Oui
Unigene
Outils
Visualisation et outils
d'analyse
Outils de clustering
Clustering,
pathway viewer
Xcluster et Treeview
Oui
Non
OS
Linux
Linux
Linux
Sun Solaris, Linux
Linux
Windows NT,
ME, 2000
SGBD*
MySQL, PostgreSQL
PostgreSQL
Oracle
Oracle 8.0.6
Sybase
MS SQL server
Serveur
Apache
Apache
?
Oracle Server
?
Microsoft web
server
API
Web
Web
?
web
web
web
Langages
Php, java, javascript,
C++, Perl, R
R
java
Perl, C
Java, Perl
Visual basic
format d'échange
utilisé
BaseFile
?
GEML
compatible avec
MAGE-ML
?
?
?
MAGE-ML
MAGE-ML
MAGE-ML
?
?
QuantArray,
GenePix,
ScanAnalyse,
Affymetrix
GeneChip
microarray data
GEML ou fichier
plat
Genepix et Scanalyze
?
Pathways 3.0
?
GEML ou fichier
plat
HTML, texte
?
?
futur format
d'échange
fichier plat
format d'entrée
format de sortie
GeneSpring via ODBC,
MAGE-ML, BaseFile
Publication
Lao H. Saal et al
BioArray Software
Environment: A Platform
for Comprehensive
Management et Analysis
of Microarray Data
Genome Biology 2002 3
(8): software0003.10003.6
J ason
Comander et al.
Argus - A new
Gollub J et al The
Ermolaeva O et al
database system
Stanford Microarray
Data management et
for web-based
Database: data access et
analysis for gene
analysis of
quality assessment
expression arrays.Nat
multiple
Outils. Nucleic Acids Res Genet. 1998 Sep;20
microarray
2003 Jan 1;31(1):94-6
(1):19-23
datasets.Genom
e Research 2001
11(9):1603-1610
Contact : Sophie Lemoine ( [email protected] )
Acuity
AMAD
GeNet
ArrayExpress
Gene X Lite
ADNc
Tous types de données
Tous types de
données
Tous types de
données
?
?
Non
Non
Non
Non
Non
?
Non
Oui (MAGE-OM)
Oui
Disponibilité du
software
Produit commercial
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Produit commercial
Gratuit, entrepot de
données
Gratuit
Stockage des
données brutes
Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées
Oui
?
?
Oui
Oui
?
Stockage des
images
Oui (JPEG)
Non
Non
Oui
Oui
?
Stockage des
données
expérimentales
Oui
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données de
l'echantillon
Oui
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Suivi de MIAME
Non
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Liens aux bases
de données
publiques
Oui
Non
?
GeneSpring
Non
Oui
Outils
Oui
Cluster et
Treeview
?
?
Expression Profiler
TIGR Outils
OS
Windows 2000 ou XP ou
NT
Linux, Windows,
Mac OS X
Linux, Windows,
Mac OS X
Windows
Unix
Linux, Sun
Solaris, Mac OS
X, Windows
SGBD
MS SQL server Gratuit
Aucun, fichier plat
Mysql
Oracle et fichier plat
Oracle
PostgreSQL,
Oracle
Serveur
MS web Serveur
Aucun
Apache
apache
Oracle Server
Apache
API
web
Web
web
?
web
Langages
Visual basic
Perl, javascript
Perl, java,
javascript
Java
Perl, javascript
JAVA
format d'échange
utilisé
?
?
?
?
MAGEML
?
futur format
d'échange
MAGE-ML
XML
XML
?
format d'entrée
*.gpr et fichier plat
Genepix,
scanalyze
GenePix
Genespring
MIAMEexpress
?
format de sortie
PDF, AVI
fichier plat
fichier plat
?
MAGE-ML
fichier plat, XML,
HTML
Type de données
d'expression
ADNc
ADNc
Limitation
d'espèce
Non
Disponibilité du
schéma
Publication
NOMAD
?
ArrayExpress a public
repository for
microarray gene
expression data at
the EBI. A. Brazma et
al Nucleic Acids
Research, 2003, 31:
68-71
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Maxd
READ
HugeIndex
RAD
MAPS
GEO
Type de données
d'expression
Tous types de données
Collection RIKEN
Affymetrix
Tous types de données
et SAGE
ADNc
Tous types de
données et
SAGE
Limitation
d'espèce
Non
Mus musculus
Non
Non
?
Non
Disponibilité du
schéma
Oui
Non
Oui
Oui
Non
?
Disponibilité du
software
Gratuit
Non
entrepot de
données
Gratuit, entrepot de
données
Gratuit pour les
academiques
entrepot de
données
Stockage des
données brutes
Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées
Oui
?
Non
?
Non
Non
Stockage des
images
Oui
?
Non
Liens sur les images Tiff
?
Non
Stockage des
données
expérimentales
Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Oui (texte)
Stockage des
données de
l'echantillon
Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Oui (texte)
Suivi de MIAME
En cours
Non
Prévu
Oui
Non
Oui
Liens aux bases
de données
publiques
?
FANTOM
Oui
Plate-forme GUS
Oui
NCBI, genbank
Outils
MaxdView
RINGENE
GeneChip
Non
Non
Outils NCBI
OS
Solaris, Linux, Windows
98
Linux
?
Solaris
Windows
Non
SGBD
Oracle, MySQL,
PostgreSQL, Interbase
PostgreSQL
PostgreSQL
Oracle 8i et Sybase
11.9.2
Access
?
Serveur
JDBC server
Apache
?
?
IIs web server
?
API
JDBC client
web
web
web
web
web
Langages
Java
Perl, BioPerl, php,
Shell
Java, Perl
Perl, PerlCGI et Java
Servlet
Coldfusion, javascript
?
format d'échange
utilisé
MaxdML, MAGE-ML,
Text files
Flat-file format
fichier plat
?
HTML
?
?
MAGE-ML
?
?
futur format
d'échange
format d'entrée
MaxdML, fichier texte
scanalyze/PRIM,
fichier plat
Affymetrix
web
web
web, fichier plat
format de sortie
MaxdML, MAGE-ML
Flat-file format
fichier plat
MAGE-ML
HTML
GeoXML
Bushel PR et al
MAPS: A MicroArray
Project System for
Gene Expression
Experiment
Information et Data
Validation. 2001.
Bioinformatics 17,
564-565
Ron Edgar et al
Gene Expression
Omnibus: NCBI
gene expression
et hybridization
array entrepot de
données Nucleic
Acids Res. 2002
January 1; 30
(1): 207-210
Publication
Peter M. Haverty
et al HugeIndex:
a database with
BoNon H et al
visualization
READ: RIKEN
Outils for highExpression Array
density
Database Nucleic oligonucleotide
Acids Research
array data from
30, 211-213 (2002) Nonrmal human
tissues Nucl.
Acids. Res. 2002
30: 214-217
Contact : Sophie Lemoine ( [email protected] )
Mchips
ExpressDB
LIMas
Partisan Array LIMS
Genedirector 2
Type de données
d'expression
Tous types de données
Affymetrix, SAGE
avec des
protocoles définis
Tous types de
données
Tous types de données
Tous types de
données
Limitation
d'espèce
Non
S. cerevisiae et E.
coli
Non
Non
Non
Disponibilité du
schéma
Oui
Oui
Oui
?
Non
Disponibilité du
software
entrepot de données
Gratuit pour les
academiques
Gratuit pour les
academiques
Produit commercial
Produit commercial
Stockage des
données brutes
Oui
Oui
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données
analysées
Oui
?
Non
Oui
Oui
Stockage des
images
Non
Non
Liens sur les
images Tiff
Oui
Oui
Stockage des
données
expérimentales
Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Stockage des
données de
l'echantillon
Oui
Non
Oui
Oui
Oui
Suivi de MIAME
Oui
Non
Oui
Oui
?
Liens aux bases
de données
plubliques
Oui
?
Non
Oui
Oui
Outils
Analyse et normalisation
Clustering
?
?
Clonetracker,
Imagene,GeneSight
OS
Solaris
Unix
Windows
Windows
Windows 2000
Sybase
MySQL, Sybase
et Oracle
Oracle 8i, Sybase
Oracle
SGBD
PostgreSQL
Serveur
?
?
?
?
?
API
web
web
package Java
Web
?
Langages
C, Perl, matlab
perl
Java
?
?
format d'échange
utilisé
format texte
fichier tabulé
?
PaXML
?
futur format
d'échange
?
?
?
MAGE-ML
?
format d'entrée
web
fichier tabulé à
deux dimensions
fichier plat
format de sortie
format texte
fichier tabulé à
deux dimensions
?
Publication
Fellenberg K et al
Microarray data
warehouse allowing for
inclusion of experiment
annotations in statistical
analysis.
Bioinformatics. 2002
Mar;18(3):423-33
Compatible avec la
Iconoclust, Aida,
plupart des
Quantarray, Imagene,
fournisseurs les plus
Affymetrix MAS, GAL file, courant de puces y
fichier plat
compris affymetrix
(GeneChip )
fichier plat, GAL file
Aach J et al
Systematic
management et
analysis of yeast
gene expression
data.
Genome Res.
2000 Apr;10(4):
431-45
Contact : Sophie Lemoine ( [email protected] )
?