PROFIL DE POSTE Ingénieur biologiste physiologiste microbiologiste

49 Boulevard F. Mitterrand CS 60032
63001 CLERMONT-FERRAND Cedex 1
Corps :
Emploi type :
Localisation du poste :
Poste à pourvoir :
Durée du contrat :
PROFIL DE POSTE
Ingénieur biologiste physiologiste microbiologiste
Ingénieur de Recherche (IGR)
BAP : A- Science du vivant - Biologie et recherche médicale
Ingénieur biologiste physiologiste microbiologiste
MEDIS - Faculté de Pharmacie - Université d’Auvergne
er
1 octobre 2016
CDD temps plein - 1 an renouvelable
MISSIONS :
Au sein de l’UMR MEDIS composée de 40 personnes, l’ingénieur participera à la compréhension des fonctions du microbiote intestinal,
considéré comme un organe à part entière, jouant un rôle important sur la santé humaine. Ses missions comportent deux versants d’un
même objectif : la caractérisation fonctionnelle de microbiotes dans leur rôle médiateur entre l’ensemble des intrants de
l’environnement digestif (aliments, xénobiotiques, pathogènes, probiotiques…) et une réponse physiologique / pathologique de l’hôte. Il
conçoit, développe et expérimente de nouvelles méthodologies dans le cadre des thématiques de recherche de l’équipe. Il sera impliqué
dans l’appui scientifique et technique à la culture, isolement et caractérisation phénotypique, métabolique et génomique de microorganismes aérobies et anaérobies (en particulier archéens, mais aussi bactériens) et leurs inter-relations dans l’écosystème. Il
participera également aux études de réponses physiologiques de l’hôte au travers des modèles cellulaires et animaux. Il pourra être
amené à encadrer un ou plusieurs techniciens ou stagiaires.
ACTIVITES ESSENTIELLES :
- Coordonner les approches culturales aérobies et anaérobies dans le respect des règles de sécurité, de qualité et d’éthique,
- Former les nouveaux utilisateurs aux approches de caractérisation fonctionnelle des microbiotes et des réponses de l’hôte,
- Guider les utilisateurs sur les choix de traitement de données massives,
- Concevoir le développement et conduire la réalisation d’un projet méthodologique dans le domaine concerné : coordonner les
expérimentations ex vivo, in situ et in vivo en lien avec les expérimentations in vitro menées par la plateforme technologique de
digestion et fermentation artificielles,
- Encadrer l’analyse des corrélations entre données issues des modèles in vitro et données in vivo.
ACTIVITES ASSOCIEES :
- Evaluer et mobiliser les ressources nécessaires aux expérimentations
- Gérer les moyens techniques, humains et financiers alloués aux activités d’expérimentation
- Appliquer et faire appliquer les règles d’hygiène et de sécurité du domaine
- Expérimenter de nouvelles technologies et établir des protocoles inédits
COMPETENCES REQUISES :
Savoirs généraux :
- Connaissance approfondie de la biologie : du métabolisme, de la physiologie et de l’écologie microbienne, prenant en compte la
composante archéenne,
- Connaissance générale des métabolismes et fonctions physiologiques humaines et animales,
- Connaissance générale des approches méthodologiques appliquée à la biologie : techniques analytiques (moléculaires et
biochimiques) et de caractérisation de biomolécules ; méthodes appliquées à la description et la comparaison de données massives
(métagénomique, transcriptomique, métabolomique) et leurs traitements bioinformatiques,
- Connaissances générales des principes et méthodes classiques de statistique pour l’analyse et le traitement des données
expérimentales,
- Connaissances générales des communautés publiques et privées du domaine et de leurs problématiques scientifiques et
technologiques,
- Notions de base sur les règles budgétaires, les contrats de recherche et le cadre des marchés publics.
Savoir-faire opérationnels :
- Concevoir et réaliser des protocoles d’isolement microbien aérobie et plus spécifiquement anaérobie (roll-tube, dilution, milieux
minimum,…), (Souhaité)
- Pratiquer les méthodes analytiques dédiées aux suivis de croissance et caractérisations phénotypiques (PCR/qPCR, microscopie
optique et épifluorescence, CpG, HPLC notamment) et de dépôt administratif de souches références, (Souhaité)
- Concevoir les protocoles de mise en évidence et caractérisation des interactions microbiennes avec l’hôte, (Souhaité)
- Concevoir et réaliser la caractérisation de microbiotes, comprenant l’échantillonnage et la préparation des échantillons en vue de
leur exploitation par séquençages haut-débit et exploitation de ces données, (Souhaité)
- Réaliser et concevoir des protocoles expérimentaux : expérimentations ex vivo, in situ et in vivo - Niveau 1 du certificat
d’expérimentation animale (souhaité),
- Conduire des projets et travailler avec des partenaires académiques et privés,
- Travailler en équipe et encadrer les nouveaux utilisateurs,
- Maîtriser les techniques de communication (écrites et orales) et de transmission de savoir-faire,
- Mobiliser ou motiver une équipe autour d’un projet commun
- Maîtriser et utiliser les outils de recueil et traitement de données (statistiques, modélisation),
- Appliquer et transmettre les « bonnes pratiques » de laboratoire,
- ANGLAIS expression et compréhension orales : niveau 2 expression et compréhension écrites : niveau 2.
FORMATION (EXIGEE) : Doctorat
SPECIFICITES DU POSTE :
 Rémunération : INM 412 - 1930 € brut
 Contrat de travail : 37h30 hebdomadaire
POUR POSTULER :
Veuillez faire parvenir un CV, une lettre de motivation, vos titres avant le 20 septembre 2016 à l’attention de : M. le Président de
l’Université d’Auvergne– Direction des Ressources Humaines par mail à cette adresse : [email protected]