sujet 2015

Proposition de stage de master 2 : Analyse de la biodiversité intraspécifique au sein du
complexe d'espèces du genre Dipturus.
La station marine du MNHN de Concarneau (UMR Borea) et le laboratoire BioGeMME de
l'Université de Brest proposent d'accueillir un stagiaire de Master 2 pendant l'année
universitaire 2015-2016. Le travail de recherche consistera en une caractérisation génétique
des pocheteaux (raies du genre Dipturus) de Mer Celtique et du Golfe de Gascogne. Les
pocheteaux ont au cours du XXe siècle représenté jusqu'à 30% du volume des raies pêchées
en France. Leur écologie et leurs traits d'histoire de vie (grande taille, maturité tardive, vie
benthique) les rendent sensibles à l'exploitation. Leurs populations ont globalement fortement
diminué et certaines espèces ont localement disparu. Depuis 2009 la pêche du complexe
d'espèces Dipturus batis est interdite. En 2010, il a été démontré que celui-ci comprenait deux
espèces avec des tailles et des traits d'histoire de vie bien distincts : Dipturus cf. flossada
(présente surtout en mer Celtique et atteignant 150 cm); D. cf. intermedia (présente surtout en
ouest Ecosse et atteignant 250 cm).
Des campagnes d'échantillonnage de pocheteaux ont été menées dans les dernières années par
le MNHN.
Le(la) Master 2 s'impliquera dans l'étude de ces échantillons par des approches de génétique
moléculaire. Il (elle) mettra en oeuvre des techniques d'extraction d'ADN, d'amplification
d'ADN, mitochondrial et nucléaire, de séquençage de l'ADN et d'analyse de longueur de
fragments. Il (elle) mettra au point les conditions réactionnelles d'amplifications de loci
nucléaires contenant des microsatellites, notamment le choix des amorces.
Ces résultats expérimentaux (polymorphismes de séquences d'ADN mitochondrial et
polymorphismes de longueur de microsatellites) seront exploités par différents outils
statistiques.
Le but de ce travail consistera a évaluer les variations intra-spécifiques à l'intérieur de l'espèce
et éventuellement à caractériser l'existence de clades.
Le(la) candidate souhaite réaliser un stage de Master 2 portant sur la génétique des
populations et la biodiversité des grands vertébrées du milieu marin. Il(elle) souhaite mettre
en oeuvre des techniques de travail sur l'ADN. Si possible, il(elle) aura déjà aune première
expérience de travail en laboratoire sur l'ADN. Il(elle) sera particulièrement motivé(e) par la
dimension appliquée à la conservation du milieu marin de ce travail.
Le stage se déroulera pour partie à la station marine de Concarneau, et pour partie à Brest
Quelques publications en lien avec le sujet
Iglésias, S. P., Toulhoat, L. and Sellos, D. Y. (2010), Taxonomic confusion and market mislabelling of
threatened skates: important consequences for their conservation status. Aquatic Conserv: Mar. Freshw.
Ecosyst., 20: 319–333. doi: 10.1002/aqc.1083
Alfonsi E., Hassani S., Carpentier F.-G., Le Clec’h J.-Y., Dabin W., Van Canneyt O., Fontaine M.C., & Jung J.L. (2012) A European melting pot of harbour porpoise in the French Atlantic coasts inferred from mitochondrial
and nuclear data. PLoS ONE, 7: e44425. doi:10.1371/journal.pone.0044425.t001.
Contacts :
Station marine du MNHN de Concarneau, UMR Borea
Samuel Iglesias [email protected],
Thomas Barreau [email protected]
Laboratoire BioGeMME, Université de Brest
Jean-Luc Jung, [email protected]