Le défi de l`assurance de qualité pour les cultures de routine

Int J Tuberc Lung Dis 12(4): 359-360
© The Union 2008
ÉDITORIAL
Le défi de l’assurance de qualité pour les cultures de routine
Toute une série de procédés de culture faisant appel
à différents types de décontamination, de traitement des
échantillons et de mesure de détection de la croissance
sont utilisés par les laboratoires de diagnostic de la tuberculose (TB) pour la prise en charge de la TB à germes
résistants, la surveillance de la résistance aux médicaments et la confirmation des cas de TB à bacilloscopie
négative dans le cadre des programmes. Toutefois, beaucoup de laboratoires pratiquent la culture sans une assurance de qualité (AQ) adéquate, ce qui jette un doute sur
leur efficience dans la détection des germes vivants du
complexe Mycobacterium tuberculosis dans les échantillons cliniques.
En général, plus la procédure de culture est complexe,
et plus des variations seront inévitables en matière d’efficience de détection de M. tuberculosis dans les échantillons cliniques ; dès lors des résultats fiables des cultures
ne peuvent être obtenus qu’après qu’une assurance de
qualité efficiente soit en place. L’assurance de qualité des
cultures vise à une efficience maximale dans la détection de bacilles vivants du type M. tuberculosis dans les
échantillons grâce à la prévention de faux négatifs provenant d’une décontamination inadéquate et/ou de conditions de croissance défavorables (milieux, température,
aération, etc.) entraînant l’absence de croissance ou la
contamination ainsi que la détection de faux positifs dus
à des contaminations croisées au cours du traitement des
échantillons.1-5 Des erreurs administratives peuvent elles
aussi entraîner occasionnellement des rapports inexacts.
On ne peut garantir une qualité acceptable d’examen par
culture que grâce à un suivi et une amélioration continue
de l’ensemble du processus de culture grâce à un contrôle
de qualité interne (CQI) réalisable et à une évaluation
externe de qualité (EEQ).
Les indicateurs de qualité des méthodes de culture en
routine largement utilisés sont les suivants : 1) le taux
de résultats à bacilloscopie positive et à culture négative
et 2) le taux de contamination des milieux de culture
inoculés. Des taux faibles de contamination et des taux
élevés de résultats à bacilloscopie positive et à culture
négative indiquent clairement que la décontamination
est trop violente et détruisant à la fois les contaminants
et M. tuberculosis, alors qu’à l’inverse, un taux élevé de
contamination indique une décontamination insuffisante
ou une contamination exogène provenant des réactifs ou
de la verrerie ou des matériaux en plastique contaminés.
Des taux anormalement élevés de cultures positives avec
regroupement en grappes ou de cultures très faiblement
positives consécutives se produisant après des cultures
fortement positives ou encore de cultures positives improbables en raison des observations cliniques et radiologiques doivent soulever la suspicion de contamination
croisée et être contrôlés par génotypage.6
Le CQI doit être appliqué à chaque lot de milieu de
culture récemment préparé, acheté ou reçu ou l’être périodiquement lorsque les quantités de milieu préparées
sont trop grandes. Dans le cas de milieux à base d’œufs,
l’observation macroscopique d’environ 10 tubes sélectionnés au hasard devrait se concentrer sur la couleur, la
présence de bulles, la pente et la texture (rigidité). Les
tests de stérilité par incubation à 36°C ± 1°C pendant
2 jours est lui aussi un CQI important. Le test de développement de M. tuberculosis (utilisant de préférence la
souche type H37Ra) sur des milieux nouvellement préparés est également recommandé : il faut y observer le
décompte des unités formant colonies et la vitesse de
croissance. Toutefois, il peut ne pas être possible de retarder l’utilisation des milieux jusqu’à ce que le résultat
du test de développement de M. tuberculosis soit disponible et pour cette raison, certains laboratoires utilisent
une mycobactérie à développement rapide (par exemple
M. fortuitum) comme substitut pour M. tuberculosis.
Le CQI en matière de décontamination et de traitement
ultérieur de l’échantillon décontaminé est très important,
mais n’est pas facile à mettre en œuvre. Il faut décontaminer un nombre déterminé de germes d’une souche
de référence M. tuberculosis (de préférence H37Ra ou
si elle n’est pas disponible H37Rv par comparaison avec
une souche sauvage de M. tuberculosis) en suspension
dans un milieu au lait écrémé et le traiter en même temps
que les échantillons de routine. Après une incubation de
4 à 6 semaines, on peut calculer soit le pourcentage d’organismes survivants soit la réduction des décomptes de
colonies par comparaison avec les décomptes moyens
après décontamination pour évaluer la décontamination
et le traitement des échantillons décontaminés.
Des informations précises concernant le patient,
l’échantillon et les résultats des cultures devraient être
disponibles dans le registre des cultures au laboratoire :
nom, âge, sexe, demande d’examen par culture provenant de la consultation ou de l’hôpital et numéro accessible d’identification ; les dates de recueil, de soumission et
de culture de l’échantillon doivent être mentionnées ; la
qualité de l’échantillon, la quantité et le type (diagnostic
ou suivi) ; les résultats de l’examen microscopique du
frottis ; les résultats de la culture à 3 jours et les lectures
hebdomadaires ; la date d’identification et les résultats ;
et la date de réponse finale des résultats positifs et négatifs. Ceci permettra de suivre le taux de contamination, le
taux de résultats à bacilloscopie positive et à culture négative, la durée séparant la soumission de l’échantillon et
le rapport vers les patients des résultats de culture (particulièrement les cultures positives) et le nombre d’échantillons traités pour culture dans les 3 jours, 7 jours ou
plus de 7 jours après le recueil de l’échantillon. L’assurance externe de qualité des cultures n’est possible que
de façon limitée et n’est pas facile à réaliser sauf par une
analyse des performances de routine sur site. Au cours
des visites de supervision, le service, son équipement et
l’ensemble du processus de culture, y compris les réactifs
et les matériaux utilisés doivent être révisés avec soin.
L’analyse de performance devrait se baser sur les données provenant du registre des cultures du laboratoire
mentionné plus haut.
[Traduction de l’article : « Challenge of quality assurance for routine cultures » Int J Tuberc Lung Dis 2008; 12(4): 359-360]
The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease
On peut utiliser des ensembles d’échantillons lyophilisés ou des échantillons artificiels préparés de manière
aseptique et dont les décomptes d’organismes M. tuberculosis sont marqués par un génotype spécifique ou un
type de résistance aux médicaments pour évaluer la compétence en matière de culture, y compris l’identification
et les contaminations croisées, mais ceci ne reflète pas la
réalité des performances de routine.
La culture de M. tuberculosis est une procédure complexe. L’efficience en matière de détection de M. tuberculosis vivant dans les échantillons varie de manière
marquée avec la précision et la reproductibilité de chacune des étapes du processus de culture qui ne peuvent
être contrôlées que par une assurance de qualité efficiente
et praticable. SANG JAE KIM
International Union Against Tuberculosis
and Lung Disease
Paris, France
e-mail : [email protected]
Références
1Aber V R, Allen B W, Mitchison D A, et al. Quality control
in tuberculosis bacteriology. 1. Laboratory studies on isolated positive cultures and the efficiency of direct smear
examination. Tubercle 1980; 61: 123–133.
2Dominguez J M, Vivas E S. Smear-positive and culturenegative results of routine sputum investigations for the
detection and therapy control of pulmonary tuberculosis.
Tubercle 1977; 58:217–280.
3Radhakrishna S, Nair N G K, Kachirayan M, Ramarathan A M.
Mathematical study of the contamination phenomenon in the
culture of tubercle bacilli. Tubercle 1980; 61: 221–229.
4Rieder H L, Van Deun A, Kam K M, et al. Priorities for
tuberculosis bacteriology services in low-income countries.
2nd ed. Paris, France: International Union Against Tuberculosis and Lung Disease, 2007.
5Spitzer E D. Tracking Mycobacterium tuberculosis in the
laboratory. Am J Clin Pathol 1998; 109: 248–250.
6World Health Organization. Laboratory services in tuberculosis control. Part III: culture. WHO/TB/98.258. Geneva,
Switzerland: WHO, 1998.