SYLLABUS MASTER Mention BIOCHIMIE

Transcription

SYLLABUS MASTER Mention BIOCHIMIE
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
MAJ : Juillet 2008
SYLLABUS
MASTER
Mention BIOCHIMIE-BIOTECHNOLOGIE
(BBT)
Année universitaire 2008/2009
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
1
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
2
SOMMAIRE
Master Première Année ………………………….
Page 05
Master 2 Recherche Biologie Structurale et
Fonctionnelle……………………………………………….
Page 33
Master 2 Professionnel Bioinformatique ……… Page 34
Master 2 Professionnel Expression Génique et
Protéines Recombinantes …………………………………… Page 35
Master 2 Professionnel Biochimie Structurale,
Protéomique et Métabolomique………………
Page 36
Master 2 professionnel « Propriété intellectuelle et
Nouvelles Technologies »
M2P co habilité avec l’université des sciences sociales UT1, ..........
Page 37
AVERTISSEMENT
Les informations données dans le présent syllabus sont susceptibles d’être modifiées sans préavis (mises à jour des coordonnées des
enseignants responsables, corrections d’erreurs, prise en compte d’un changement d’habilitation, …)
En cas de doute, il est conseillé de consulter la dernière version du syllabus (disponible sur le site internet de l’Université Paul Sabatier www.ups-tlse.fr à la page consacrée à l’UFR SVT), de se rapprocher des enseignants responsables ou des secrétariats pédagogiques.
En cas de constatation d’erreurs, vous pouvez envoyer un mel à l’adresse suivante : [email protected].
Merci de votre compréhension
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
3
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
4
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
Master 1ère année
Mention BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES
(BBT)
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
5
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
6
Master 1ère année : Biochimie Biotechnologies
Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE
: IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne 31077 Toulouse : 05 61 17 55 56 : [email protected]
Secrétariat pédagogique : : IBCG/CNRS, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse : 05 61 33 58 98 :
[email protected]
CONDITIONS D’ADMISSION
Accès de plein droit aux étudiants titulaires d'une Licence de Biochimie et Biologie moléculaire
Pour tout autre cas, inscription soumise à la décision de l'équipe de formation (pré-inscription sur le site web de
l'Université : www.ups-tlse.fr).
SCHEMA DES ETUDES : 3 parcours au choix
SEMESTRE 7
UE obligatoires et communes aux 3 parcours
3M7BT02M
3M7BT03M
Mémoire bibliographique
Bioanalyse
6 ECTS
6 ECTS
UE obligatoires selon parcours
Parcours 1
3M7BT01M
Initiation à la recherche
18 ECTS
Parcours 2
3M7BT11M
3M7BT12M
3M7BTLIM
Biochimie et Physiologie microbienne
Structure et fonction des récepteurs
UE scientifique à choix libre
6 ECTS
6 ECTS
6 ECTS
3M7BT10M
3M7BT12M
3M7BTLIM
Parcours 3
Marketing, facteur de développement des entreprises de biotech
Structure et fonction des récepteurs
UE scientifique à choix libre
6 ECTS
6 ECTS
6 ECTS
SEMESTRE 8
UE obligatoires et communes aux 3 parcours
3M8BT04M
3M8BTLVM
3M8BTOUM
3M8BTLIM
Biotechnologies II
Langues
UE d’Ouverture
UE scientifique à choix libre
6 ECTS
3 ECTS
3 ECTS
6 ECTS
+ 1 UE à choix restreint (Parcours 1 et 2)
3M8BT05M
3M8BT07M
3M8BT09M
Analyse structurale des biomolécules
Relations structure/fonction des lipides et protéines dans les membranes biologiques
Bioinformatique
+ 1 UE à choix restreint (Parcours 1 et 2)
6 ECTS
6 ECTS
6 ECTS
3M8BT06M
3M8BT08M
3M8G10M
Biologie structurale des macromolécules
Du métabolisme au métabolome
Bases moléculaires et cellulaires de l’expression génique eucaryote
6 ECTS
6 ECTS
6 ECTS
+ 1 UE à choix restreint (Parcours 3)
3M8BT05M
3M8BT14M
3M8BT18M
Analyse structurale des biomolécules
Biochimie analytique quantitative
Biotechnologie et ingénierie médicales
6 ECTS
6 ECTS
6 ECTS
+ 1 UE à choix restreint (Parcours 3)
3M8BT13M
3M8BT20M
Projet de création d’entreprise de biotechnologie
Introduction à la valorisation juridique de l’innovation
6 ECTS
6 ECTS
Débouchés en deuxième année de Master à l'U.P.S. :
M2 Recherche : Biologie structurale et fonctionnelle
M2 Professionnel : Bioinformatique
Biochimie structurale, protéomique, métabolomique
Expression génique et protéines recombinantes
Propriété intellectuelle et nouvelles technologie
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7
MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES
HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME
ANNEE UNIVERSITAIRE 2008/2009
CODE APOGEE DU DIPLOME: 3MBBT0/71
INTITULE DU DIPLOME: M1 BIOCHIMIE et BIOTECHNOLOGIE (B.B.T.)
RESPONSABLE: A. Vercellone
Code Apogée
Libellé
Type UE
Nom du
ECTS
UE
Unité Enseignement
(1)
Responsable
(2)
Volume Horaire
CM
TD
TP
PREMIERE SESSION
CC (%)
CP (%)
CT (%)
CTO (%)
SECONDE SESSION
TOTAL
CC (%)
CP (%)
CT (%)
CTO(%)
TOTAL
40
100
SEMESTRE 7
3M7BT01M
Initiation à la recherche
Ob
L. Niéto
18
20
20
140
20
80
100
RS 20
80
3M7BT02M
Mémoire de recherche en biochimie et biotechnologie
Ob
E. Clottes
6
0
0
60
25
40
35
100
RS 20
40
3M7BT03M
Bioanalyse
Ob
C. Mathé
6
22
38
0
20
60
20
100
100
100
100
UE LIBRE
3M7BT10M
Le marketing, facteur de développement des entreprises
de biotechnologie
Op
M. Gayraud
6
20
20
20
20 OR
50
100
100
100
3M7BT11M
Biochimie et physilogie microbienne
Op
A. Vercellone
6
30
14
16
20TP+20OR
60
100
20TP+20OR
60
100
3M7BT12M
Structure et fonction des récepteurs membranaires
Op
C. Lebrun
6
24
24
12
20
80
100
RS 20
80
100
3M7BS15M
Analyse et modélisation des données Bio.
Op
C. Jost
6
3M7MA5M
Ingénierie moléculaire des microorganismes
Op
P.Ritzenthaler
6
24
16
20
20 OR
HM7MM2M
Méthodes d'analyse et contrôle de qualités des produits
de santé
Op
JP Souchard
6
40
20
0
coef. 2
coef. 6
coef. 2
20 TP
60
20
60
40
30
Voir syllabus Biologie-Santé
20
60
100
Voir syllabus MABS)
(Consulter le détail des MCC dans le syllabus)
SEMESTRE 8
3M8BT04M
Biotechnologies II
Ob
L. Paquereau
6
3M8BTLVM
Langues vivantes
Ob
E. Crosnier
3
16
32
12
100
100
30
100
100
70
100
UE LIBRE / UE A CHOIX
3M8BT05M
Analyse structurale des biomolécules
Op
V. Puech Pages
6
22
22
16
20 TP
60
20
100
RS20TP
60
20
100
3M8BT06M
Biologie structurale des macromolécules
Op
J. Czaplicki
6
46
12
12
20 TP
60
20
100
RS20TP
60
20
100
3M8BT07M
Relations structure fonction des lipides et des protéines
dans les membranes biologiques
Op
L. Maveyraud
6
22
14
14
20 TP
60
20
100
RS20TP
3M8BT08M
Du métabolisme au métabolome
Op
J-C. Portais
6
22
20
18
20 TP
60
20
100
3M8BT09M
Bioinformatique
Op
J. Czaplicki
6
20
20
20
20 TP
50
30
100
RS20TP
50
3M8BT13M
Elaboration d'un projet de création d'entreprise
Op
J. Poque
6
36
4
20
Ec25+Or25
40+10
100
RS
40+10
100
3M8BT14M
Biochimie analytique quantitative
Op
J-D. Marty
6
20
14
26
20 TP
20 OR
60
100
20
60
100
3M8BT15M
Bases moléculaires de l'expression de la pathogénie
bactérienne
Op
A. Vercellone
6
30
14
16
20 TP
100
20
3M8BT20M
Initiation à la valorisation juridique de l'innovation
Op
J. Fischer
6
60
0
0
40
60
3M8ELMM
Ecotoxicologie
Op
3M8BS5M
Bases moléculaires et cellulaires de l'expression génique
eucaryote
Op
H. Prats
6
3M8BS13M
Pharmacologie fondalentale
Op
B. Frances
6
3M8BS16M
Immunophysiopathologie
Op
S. Valitutti
6
HM8MM2M
Biotechnologie et ingéniérie médicales
Op
B. Couderc
6
HM8MM4M
Concept et structure moléculaire
Op
V.Genisson Bardes
6
HM8MM5M
Physiopathologie infectueuse
Op
3M8OVE3M
Droit de l'Environnement
Op
M.L. Lambert
3
3M8OVT1M
Co-Evolution
Op
A. Vercellone
3
24
0
0
0
100
3M8OVT2M
Introduction à la valorisation juridique de l'innovation
Op
J. Fischer
3
24
0
0
0
100
Activités physique
Op
SCUAPS
3
60
6
20
100
20
80
100
100
100
60
RS 40
30
20
100
100
60
100
100
100
100
100
100
100
Voir syllabus Ecologie
Voir syllabus Biologie-Santé
Consulter le détail des MCC dans le syllabus
6
UE OUVERTURE
CM8OV1M
100
100
(1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS.
Remarques:
Le responsable du diplôme : Alain VERCELLONE
Le Président de l'Université Paul Sabatier : Professeur Gilles FOURTANIER
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
8
3M7BT01M - INITIATION A LA RECHERCHE
Enseignant Responsable : Laurence NIETO
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 54 23
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 18 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
20h
20h
140h
Total
180h
Equipe pédagogique : L. Nieto, F. Couderc, L. Paquereau, I. Lajoie-Mazenc, F. Dumas, V. Ecochard, M.
Tropis, V. Puech, A. Vercellone
Objectif : Formation pratique approfondie des méthodes modernes de la biochimie et des
biotechnologies ; Formation « à et par » la recherche. Suite à des enseignements généraux théoriques sur
la recherche bibliographique, les bonnes pratiques de laboratoire, la biochimie et les biotechnologies, les
étudiants effectuent un stage d’un semestre dans un laboratoire de recherche. Ils y conduisent une
activité de recherche, sous l’encadrement étroit d’un chercheur appartenant à une équipe de recherche
reconnue par une Ecole Doctorale de l’UPS, ainsi que sous l’encadrement de l’équipe pédagogique du
module. Les étudiants présentent régulièrement devant l’équipe pédagogique les avancées de leurs
travaux, avec des points précis effectués sur les aspects bibliographiques et théoriques de leur sujet,
sur les méthodes mises en œuvre, et sur les résultats (obtention et analyse de données). Ils assistent
régulièrement à des conférences de recherche en français et en anglais ainsi qu’à des cours
complémentaires organisés par l’équipe pédagogique.
A l’issue du module l’étudiant rédigera un rapport écrit sur ses réalisations et les présentera oralement
devant le jury du module. Ces deux épreuves seront notées. Par ailleurs, le correspondant de stage
rédigera un rapport sur les qualités de l’étudiant. Ces trois évaluations constitueront la base de la
notation du module.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
20
60
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
20
60
80
9
3M7BT02M - MEMOIRE DE RECHERCHE EN BIOCHIMIE ET BIOTECHNOLOGIES
Enseignant Responsable : Eric CLOTTES
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 55 40
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
60h
Total
60h
Equipe pédagogique : F. Bardou, E. Clottes, F Lahkdar-Ghazal, F Letisse, L Paquereau, Y. Poquet, M. Tropis
Objectif : A partir d’un article rédigé en anglais sur un sujet scientifique d’actualité, les étudiants de
Master 1 parcours 2 de Biochimie-Biotechnologies effectueront une recherche bibliographique (sujet
scientifique, techniques utilisées dans l’étude, résultats obtenus, conclusions tirées), rédigeront un
rapport synthétique présentant une analyse critique de la publication et exposeront ce travail oralement
en un temps court devant un jury d’enseignants-chercheurs.
Au cours du semestre, les étudiants seront conviés à assister à 2 ou 3 conférences scientifiques sur le
contenu desquelles ils seront également amenés à être évalués.
Contenu et façon de travailler :
Chaque enseignant de l’équipe pédagogique participant au module proposera un sujet à un groupe de 4 ou 5
étudiants. Chaque étudiant devra alors analyser une publication scientifique se rapportant au sujet
proposé au groupe, en effectuant sa propre recherche bibliographique, laquelle aboutira au terme du
module à un rapport écrit et une présentation orale.
Il s’agira pour chaque étudiant, au terme de l’analyse de la publication, de pouvoir répondre à un certain
nombre de questions : quel est le sujet ? quelle est la problématique explorée ? quelles sont les
techniques utilisées dans cette étude ? etc…
Le travail est dirigé par l’enseignant lors de réunions périodiques, où sont discutés, l’avancement du
travail, les choix à faire, et l’analyse critique des sources bibliographiques.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
Ecrit
25
Oral
Total
25
C.T.
40
35
75
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
40
40
80
10
3M7BT03M - BIOANALYSE
Enseignant Responsable : Catherine MATHE
Pôle de biotechnologies végétales UMR CNRS/UPS 5546 Surfaces cellulaires et signalisation chez les
Végétaux 24 chemin de Borde-rouge BP42617 31326 Castanet Tolosan
: 05 62 19 35 03
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
22h
38h
Total
60h
Equipe pédagogique : C. Mathé, L. Maveyraud, J-C. Portais, J-L. Tichadou, S. Tranier
Objectif : L’objectif de ce module est d’apporter un certain nombre d’outils nécessaires à l’analyse et
l’interprétation des données biologiques. L’accent sera mis sur la mise en œuvre de ces outils en travaux
dirigés.
Le module se composera des domaines suivants :
Analyse de données expérimentales : à partir d'exemples de situations expérimentales typiques de
laboratoires de biochimie et de biotechnologie, être capable de poser les problèmes, choisir les méthodes
appropriées d'analyse de données en fonction de leur nombre et de leur nature, mettre en oeuvre ces
méthodes et interpréter leurs résultats.
Analyse de séquences : présentation et interrogation des banques de données de séquences biologiques ;
différents types d’alignement de séquences (méthodes et intérêts de chacun) ; exemples d’analyse de
séquences nucléiques et protéiques en utilisant les principaux sites web et programmes de bioinformatique dédiés à l’analyse des séquences.
Structures des protéines : l'accent sera mis sur les déterminants de la structuration des protéines et les
forces d'interaction en présence. Par ailleurs, les techniques de prédiction de structures basées sur les
propriétés physico-chimiques de molécules seront abordées. L'introduction à la visualisation de molécules
en 3D sera également présentée.
Analyse du métabolome : différents niveaux d’analyse du métabolome seront appréhendés (reconstruction
métabolique, alignement de voies, recherche d’étapes manquantes, etc…), et les outils disponibles
(banques de données métaboliques, outils d’analyse, etc.) seront présentés.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
60
20
80
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
100
100
11
3M7BT10M - LE MARKETING FACTEUR DES ENTREPRISES DE BIOTECHNOLOGIES
Enseignant Responsable : Maryse GAYRAUD
: 05 61 24 87 14
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
20h
20h
20h
Total
60h
Objectif : Comme toute organisation, l’entreprise de biotechnologie est confrontée à son marché. La
qualité d’un produit est bien souvent insuffisante pour permettre à l’entreprise de s’imposer à sa
concurrence. La maîtrise des techniques du marketing donne à l’entrepreneur un savoir-faire réel dans
l’approche des marchés (en particulier des marchés industriels intéressés par la biotechnologie). De
l’étude de marché à la gestion des différentes variables du marketing, cet enseignement se propose de
développer les connaissances en marketing nécessaires à une entreprise de biotechnologie mais également
de transmettre la philosophie de cette discipline fondée sur l’écoute du marché.
Programme :
Le concept de marketing et la démarche marketing
Le diagnostic externe et interne
Les études de marché
- études documentaires
- études quantitatives
- études qualitatives
Objectifs et stratégies
Le mix
- produit
- prix
- distribution
- communication
Le marketing à l’export
Les biotechnologies
- panorama des entreprises de biotechnologies et difficultés des entreprises françaises
- les aides aux entreprises de biotechnologies
- protection de l’innovation
- le marketing dans la recherche et développement
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
Ecrit
30
Oral
20
Total
20
30
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
20
50
50
C.T.
100
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
100
12
3M7BT11M - BIOCHIMIE ET PHYSIOLOGIE BACTERIENNE
Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 55 56
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
30h
14h
16h
Total
60h
Equipe pédagogique : F. Bardou, JC. Portais, A. Vercellone
Objectif : Cet enseignement a pour objectif de comprendre les relations structure fonctions des
principaux éléments de la physiologie bactérienne
Cours : Structure, biosynthèse, organisation et rôles physiologiques des constituants bactériens.
Organisation des systèmes métaboliques et croissance
Travaux dirigés : Ils seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de publications en
relation avec les thèmes abordés en cours.
Travaux Pratiques :
Analyse structurale du peptidoglycane et du LPS d’E. coli
Mise en évidence de la répression catabolique par le glucose chez E. coli
Utilisation des bases de données de métabolomique
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
20
Total
40
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
20
60
60
C.T.
60
20
40
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
60
13
3M7BT12M - STRUCTURE ET FONCTIONS DES RECEPTEURS
Enseignant Responsable : Chantal LEBRUN
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 59 46
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
24h
24h
12h
Total
60h
Equipe pédagogique : N.Eynard, C.Lebrun, I.Muller, Y.Poquet.
Objectif : L’objectif de cet enseignement est de montrer les stratégies développées en recherche pour
étudier, au niveau moléculaire, le fonctionnement de récepteurs membranaires et en particulier des
récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) .
Ces systèmes biologiques permettent d’aborder des questions telles que l’interaction entre une protéine
et son ligand, l’interaction entre différentes protéines et le rôle de l’environnement dans le mécanisme
réactionnel de systèmes intégrés. On s’attachera à faire le lien entre les méthodologies et l’analyse des
données pour répondre à des questions biologiques précises. Cet enseignement devrait ainsi permettre
aux étudiants d’appliquer les connaissances acquises à l’étude d’autres systèmes protéiques.
Programme des cours
Les différents types de récepteurs
Etude structurale et fonctionnelle d’une famille de récepteurs : les RCPG
- Expression - purification - reconstitution
- Structure
- Interaction Récepteur- Ligand
- Relation structure –fonction
Etude des partenaires de la signalisation :
- Interaction protéine-protéine – Oligomérisation
- Dynamique
Régulation fonctionnelle – Pathologies
Travaux Dirigés/Enseignements dirigés/:
Exercices d’analyses de données expérimentales.
Mise en pratique des connaissances acquises en cours par la lecture, la compréhension et la présentation
de publications scientifiques.
Travaux pratiques: En exploitant des données de la littérature et du cours, les étudiants établiront un
protocole expérimental et réaliseront les expériences choisies pour répondre à une question déterminée.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
20
80
80
C.T.
80
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
80
14
HM7MM2M – METHODES D’ANALYSE ET CONTROLE DE QUALITE DES PRODUITS DE SANTE
Enseignant responsable : Jean-Pierre SOUCHARD (Pharmacie)
IMRCP – Bât. 2R1 – UPS - 118 route de Narbonne
05 61 55 77 43
[email protected]
Secrétariat pédagogique : IBCG/CNRS – 118 route de Narbonne
05 61 33 58 98
[email protected]
Enseignement de semestre 1 – 7 ECTS
Cours
TD
TP
40 h
20 h
0h
Equipe pédagogique : C. Arellano, M. Bergon, J. Bernadou, B. Couderc, N. Fabre, V. Génisson, S. Girod,
M.F. Malmary, F. Nepveu, P. Labat, C. Roques, P. Sies, J.-P. Souchard, M. Tafani
Objectif de la formation :
Cette UE s’adresse aux étudiants des UFR SVT, Pharmacie, Médecine et Odontologie. L’objectif de cet
enseignement est de préciser les principaux concepts liés au contrôle de la qualité des médicaments à usage
humain et vétérinaire, des produits diététiques et de développer les bases nécessaires à leur application dans les
industries de santé, au quotidien et en développement scientifique. La pluridisciplinarité de l’équipe pédagogique
permet d’aborder les contrôles de la majorité des produits de santé.
Programme :
1- Contrôles physico-chimiques des matières premières et des produits finis
- Méthodes physico-chimiques d’analyse majeures
- Identification et pureté des principes actifs et des excipients (Pharmacopée Européenne), des médicaments
de synthèse, d’hémisynthèse et d’origine végétale
- Contrôle qualité des produits diététiques
2- Nouvelles méthodes analytiques, choix des méthodes pour l’analyse du médicament
- Nouvelles méthodes d’analyse spectrales (IR/FT, RMN basse résolution, temps de relaxation SNIF-RMN)
- Méthodes de séparation des molécules chirales par chromatographie
- Couplage des méthodes (GC-MS, CLHP-MS, ICP-MS, EC-MS)
- Critère de choix d’une méthode analytique, applications aux médicaments et aux produits diététiques
3- Contrôle radio-pharmaceutiques et galéniques
- Utilisation et Contrôle de qualité de médicaments radio-pharmaceutiques en exploration fonctionnelle
- Contrôles pharmaceutiques des formes galéniques (comprimés, pâteux, injectables)
4- Contrôles biochimiques, hématologiques et microbiologiques
- Contrôle de pureté de médicaments d’origine biotechnologique (vecteurs, gènes, protéines de l’hôte)
- Contrôle des produits dérivés du sang (approche sécuritaire, méthodes de réduction virale, pharmacovigilance)
- Contrôle microbiologique (stérilité, pyrogènes et endotoxines, sécurité virale)
5- Statistique, validation statistique des résultats expérimentaux
- Analyse statistique des résultats
- validation des méthodes analytiques et application aux produits pharmaceutiques
6- Législation et réglementation, dossier d’AMM et contrôle qualité
- Textes européens et normes réglementaires en relation avec la partie analytique des dossiers d’AMM
- Les normes de qualité pharmaceutique, bonnes pratiques de fabrication, qualité ISO.
Les travaux dirigés seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de publications en
relation avec les thèmes abordés en cours.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
Ecrit
60
Oral
40
Total
100
2ème session
60
40
100
Ne passent les oraux que les étudiants qui n’ont pas eu la moyenne à l’écrit.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
15
3M7BT21M / 3M8BT21M - EXPERIENCE EN LABORATOIRE
Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 55 56
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Equipe pédagogique :
Objectif : Donner aux étudiants la possibilité d’acquérir, hors cursus, une expérience en laboratoire.
Celle-ci leur donnera la possibilité de parfaire leur formation pratique en biochimie et biotechnologies.
Elle leur permettra également d’être confrontés au monde du travail et aux exigences que celui-ci impose.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
16
3M8BT04M - BIOTECHNOLOGIES II- LES STRATEGIES EN BIOLOGIE MOLECULAIRE
Enseignant Responsable : Laurent PAQUEREAU
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 58 59
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
16h
32h
12h
Total
60h
Equipe pédagogique : B. Couderc, V. Ecochard, D. Fournier, I. Lajoie-Mazenc, L. Nieto.
Objectif :
Cours et TD :
Approfondissement des techniques de biologie moléculaire vues les années précedentes, dans le but de
rendre l’étudiant capable de choisir les technologies appropriées et de monter une stratégie scientifique.
Les différentes stratégies seront abordées soit directement soit à l’aide d’exemples illustrant des
grands problèmes biologiques.
Exemples de techniques abordées :
Analyse de mutations et du polymorphisme
Construction et modification de séquence
La PCR
Interuption de gènes (knock-out, RNA interference…)
Exemples biologiques
Interactions entre macromolécules
Chaque unité d’enseignement sera composé d’un TD de 2h pendant lequel l’étudiant cherchera les
stratégies à mettre en œuvre pour résoudre un problème, d’un cours de 2h pendant lequel seront
développées les stratégies qui peuvent être mises en œuvre et d’un TD de 2h pendant lequel l’étudiant
comparera les différentes stratégies.
Travaux Pratiques :
Typage moléculaire : Analyse du polymorphisme de l’ADN (extraction d’ADN, et amplification par PCR)
Bioinformatique
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
60
20
80
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
100
100
17
3M8BT05M - ANALYSE STRUCTURALE DE BIOMOLECULES
Enseignant Responsable : Virginie PUECH
Pôle de biotechnologies végétales UMR CNRS/UPS 5546 Surfaces cellulaires et signalisation chez les
Végétaux 24 chemin de Borde-rouge BP42617 31326 Castanet Tolosan
: 05 62 19 35 38
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
22h
22h
16h
Total
60h
Equipe pédagogique : M. P. Bousquet, F. Couderc, J. Czaplicki, A. Lemassu, A. Milon, R. Poupot, J. Prandi,
V. Puech Pagès, A. Savagnac, M. Tropis.
Objectif :
Cours/TD :
- Analyse structurale par RMN
- Protéomique et spectrométrie de masse (SM) appliquée aux petites molécules
- Chimie des bio-molécules
- Vision intégrée (SM, RMN..)
TP :
- analyse des MPT d’une protéine par SM et interrogation des banques de données (3h)
- interprétation de spectres RMN (3h)
- traitement de données RMN (3h)
- dosage d’arômes en SM (7h)
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
60
20
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
60
20
80
18
3M8BT06M - BIOLOGIE STRUCTURALE DES MACROMOLECULES
Enseignant Responsable : Jerzy CZAPLICKI
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 54 04
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
46h
12h
12h
Total
60h
Equipe pédagogique : C. Bon, J.-P. Borges, V. Gervais, J. Czaplicki, A. Gonzalez, L. Maveyraud, S. Tranier,
O. Saurel
Objectif :
Elucidation des structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques et de complexes
supramoléculaires. Méthodes principales de la biologie structurale et exemples de complexes biologiques
pour lesquels la connaissance de structures 3D a joué un rôle décisif dans la compréhension des
phénomènes.
Ceci comprend les domaines suivants :
- Spectrométrie de masse et protéomique ; caractérisation de la structure primaire (y compris les
modifications post-traductionnelles) de macromolécules biologiques naturelles et/ou recombinantes.
- Utilisation de la bioinformatique dans le contexte de la détermination de structure 3D de
macromolécules, de leur dynamique, de leurs interactions, que ce soit entre elles ou avec des ligands
d’intérêt pharmacologique.
- Cristallographie et méthodes de diffusion/diffraction des rayonnements : fondements théoriques et
applications pharmacologiques.
- Résonance Magnétique Nucléaire : fondements théoriques et applications pharmacologiques.
Les travaux pratiques seront réalisés en laboratoire de recherche, en utilisant les équipements utilisés à
ce jour dans les laboratoires académiques et industriels : stations graphiques, diffractomètres,
spectromètres de masse et de RMN récents.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
60
20
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
60
20
80
19
3M8BT07M - RELATIONS STRUCTURE FONCTION DES LIPIDES ET DES PROTEINES DANS LES
MEMBRANES BIOLOGIQUES
Enseignant Responsable : Laurent MAVEYRAUD
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 54 35
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
22h
24h
14h
Total
60h
Equipe pédagogique : C. Lebrun, L. Maveyraud, P. Faller, A. Labrousse
Objectif : Les membranes biologiques, outre leur rôle de compartimentation des cellules ou des organites,
jouent un rôle central dans la cellule. En effet, de nombreux processus cellulaires (transduction de signal,
transport de molécules, production d'énergie) se déroulent au niveau des membranes.
Ces 10 dernières années la vision des membranes a fortement évolué, il est notamment de plus en plus
évident que ce sont des structures subtilement structurées et très dynamiques.
COURS : Le cours se partage en 2 grandes parties:
I- Composition et dynamique des membranes biologiques
- Structure des lipides et des protéines membranaires.
- Dynamique latérale et transverse des lipides et des protéines
- Synthèse et adressage des protéines membranaires
- Systèmes intégrés: transmission des signaux à travers les membranes
II Couplage énergétique
- Transfert des électrons – Chaîne respiratoire – Système photosynthétique
TRAVAUX DIRIGES :
Ils seront axés sur la compréhension d’expériences tirées de publications et la résolution d’exercices en
relation avec les différentes parties du cours.
TRAVAUX PRATIQUES :
- Etude de la perméabilité de membranes modèles par turbidimétrie
- Etude de la perméabilité de membranes modèles par fluorescence
- Analyse d’articles
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
60
20
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
C.T.
80
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
80
20
3M8BT08M - DU METABOLISME AU METABOLOME
Enseignant Responsable : Jean-Charles PORTAIS
Laboratoire Biotechnologie- Bioprocédés- INSA- DGBA- 135 avenue de Rangueil- Toulouse
: 05 61 55 96 89
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
22h
20h
18h
Total
60h
Equipe pédagogique : Isabelle Muller, Fabien Létisse, Jean-Charles Portais
Objectif : A l’ère post-génomique, il est devenu essentiel de pouvoir caractériser le comportement
(phénotype global) d’un système vivant, qu’il soit simple ou complexe. Parmi les approches émergentes,
l’analyse fonctionnelle du métabolome (ensemble des processus métaboliques d’une cellule, d’un organisme,
etc.) occupe une place croissante car le comportement métabolique résulte directement de l’interaction
entre l’expression du génome et l’environnement. Ainsi, des modifications de l’expression du génome ou de
l’environnement sont immédiatement perceptibles au niveau du métabolome. Les domaines d’applications
sont très larges et vont des biotechnologies à la santé. Dans ce cours, la notion de métabolome sera
présentée, et l’accent sera mis sur la compréhension de l’organisation, de la mise en œuvre et du contrôle
des systèmes métaboliques dans le contexte de la cellule vivante. L’enseignement s’articulera autour de
trois thèmes : le métabolome, son analyse fonctionnelle, et les domaines d’applications de l’analyse du
métabolome.
Le métabolome : définitions. Organisation du métabolome : réseaux métaboliques, analyse topologique.
Notion de contrôle des systèmes métaboliques. Principes généraux de l’adaptation des systèmes
métaboliques
Analyse fonctionnelle du métabolome
Métabolomique. Approches ciblées et approches globales. Principales méthodes d’analyse :
Fluxomique. Notion de flux métaboliques. Techniques de marquage isotopique (au 13C) couplées à la RMN
et à la spectrométrie de masse. Principes de l’analyse des flux métaboliques.
Domaines d’applications
Les principaux domaines d’applications seront présentés, puis deux exemples seront détaillés :
Biotechnologies microbiennes
Santé : recherche de biomarqueurs
Les thèmes traités en cours seront illustrés en TD (notamment par l’analyse de données expérimentales
de la littérature) et en TP.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
60
20
80
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
100
100
21
3M8BT09M - BIOINFORMATIQUE
Enseignant Responsable : Jerzy CZAPLICKI
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 54 04
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
Total
délocalisé
20h
20h
20h
60h
Equipe pédagogique : P. Arnaud, J.-P. Borges, J. Czaplicki, F. Rodriguez, L. Sanchou
Objectif : Cet enseignement s'adresse aux étudiants possédant déjà une culture de base en
bioinformatique, spécifiquement à ceux qui ont suivi le module de Bioanalyse (3M7B03M) ou qui ont validé
d’autres modules équivalents. Nous proposons un ensemble de thèmes qui couvrent les différents aspects
de la bioinformatique et qui sont essentiels dans un contexte de recherche scientifique et industrielle
moderne :
Unix et Internet
Cours dont l’objectif est d’apprendre la structure du système d'exploitation Unix et de savoir utiliser ses
outils (notamment ceux qui permettent de gérer les fichiers, visualiser les données et de communiquer
par réseau), en vue de besoins spécifiques liés à la Biochimie et la Biologie Moléculaire.
Modélisation par homologie
Nous présentons les principes d’une approche empirique qui permet de déterminer la structure et la
dynamique de molécules d’intérêt biologique. La structure tridimensionnelle des protéines, dont seule la
structure primaire est connue, peut être déterminée avec l’aide d’au moins une protéine de référence,
dont la structure atomique est disponible. Les sujets abordés vont impliquer l’alignement de séquences,
identification de régions structurellement conservés, la notion d’un champ de force et les techniques de
minimisation d’énergie.
Applicatifs Bio en Python et Biopython
La réalisation des tâches bioinformatiques exige souvent le recours à l’aide d’un ordinateur. La
programmation en biologie ne nécessite pas de connaissance du langage machine ; il est suffisant – et
beaucoup plus simple – de programmer en langage de haut niveau. Nous présenterons la création des
applications bioinformatiques en Python.
Python est maintenant utilisé en Bioinformatique à la fois comme langage de programmation d'applicatifs
(par exemple pour la modélisation ou la visualisation de structures moléculaires) que comme langage de
script ou de macros. Une raison de ce succès est certainement que Python a été à la fois conçu pour
répondre aux besoins des débutants autant qu'à ceux de Bioinformaticiens expérimentés. Finalement, une
bibliothèque de modules Python, de plus en plus importante, s'avère essentielle dans plusieurs domaines
de la Bioinformatique. Un exemple, Biopython (www.biopython.org) est une collaboration internationale
pour collecter et produire des codes Bioinformatiques Open Source et est particulièrement efficace dans
le cadre de manipulation de formats de fichiers spécialisés (séquences, structures biologiques),
d'intégration de données et de ressources Biologiques.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
50
30
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
50
30
80
22
3M8BT13M - ELABORATION D’UN PROJET DE CREATION D’ENTREPRISE EN
BIOTECHNOLOGIE
Enseignant Responsable : Josiane POQUE
Bât. 3R2 - Gestion - UFR MIG – 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex
: 05 61 55 69 20
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
36h
TD
TP
4h
20h
Enseignement
délocalisé
Total
60h
Equipe pédagogique : J. Poque, H. Dolgopoloff, F. Couderc, B. Couderc, Mme Gayraud
Objectif : Le but de cet enseignement est de permettre aux étudiants de connaître les rouages de la
valorisation de la recherche dans l'entreprise, ce qu'elle nécessite au niveau de la propriété industrielle,
et de la gestion de produit, du financement de projet et du management d'entreprise. Ce module
permettra à l'étudiant d'avoir une approche réaliste et pratique de l'entreprise et facilitera son
insertion professionnelle ou une création d'entreprise. Il saura comment s'entourer de compétences
complémentaires et possédera les notions lui permettant de faire avancer ses projets de valorisation de
recherche.
L'étudiant pourra cerner les divers enjeux et les répercussions dans l'entreprise d'un transfert de
technologie au travers d'un projet de valorisation de recherches biotechnologiques.
Cet enseignement s'adresse aussi bien à l'étudiant intéressé par son insertion immédiate dans la vie
professionnelle qu'aux étudiants soucieux de réaliser une thèse de doctorat et de la possible valorisation
de leur recherche.
Cours
I) Problématique du transfert de technologie
Transfert de technologie, Propriété industrielle (les brevets)
II) Gestion financière de l'entreprise
Droits des contrats, des sociétés, Finance: comptabilité générale/ Analyse des documents de synthèse.
III) L'entreprise comme système organisé- notion de stratégies et aspects structurels de l'entreprise
Marketing international, Notions de ressources humaines, Lois sociales
IV) Analyse des coûts et gestion de projet
Analyse de coûts, Gestion prévisionnelle/ business plan
V) Le financement de l'entreprise
Investissements, Financement/rentabilité, Relation banque/entreprise: société de capital risque
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
Examen
: Comptabilité et Business Plan 40 % Stratégie 10 %
Contrôle Continu :
Dossier 25 % Soutenance 25 %
2ème session
Examen Comptabilité et Business Plan 40 % Stratégie 10 %
Contrôle continu : ne se repasse pas en session 2 (notes de la session 1 conservées).
1ère session
C. C.
TP
Ecrit
Oral
Total
25
25
50
C.P.
C.T.
40 + 10
50
2ème session
C. C.
C.P.
report
report
50
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
40 + 10
50
23
3M8BT14M - BIOCHIMIE ANALYTIQUE QUANTITATIVE
Enseignant Responsable : Jean-Daniel MARTY
IMRCP UMR 5623-Bât. 2R1 – 3ème étage – 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex
: 05 61 55 61 35
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
20h
14h
26h
Total
60h
Equipe pédagogique : Cécile Albenne, Jean-Noël Genthon, Jean-Daniel Marty, Françoise Nepveu, Arlette
Savagnac
Objectif :
L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant à la démarche analytique telle qu'elle est mise en
œuvre dans les départements d'analyse et de contrôles des industries des secteurs biotechnologique,
pharmaceutique, agro-alimentaire et biochimique.
PROGRAMME :
Le programme des enseignements est centré autour de la biochimie analytique en respectant les phases
de mise en place d'un protocole analytique en milieu industriel.
- Bonnes pratiques de laboratoire et assurances de qualité
- Validation des méthodes d'Analyse
- Analyse des données et validation des résultats analytiques
- Mise en place des méthodologies d'analyse
- Choix des méthodes
- Préparation des échantillons
- Spectroscopies moléculaires (UV-visible, fluorimétrie, infrarouge, ...)
- Techniques électrophorétiques et électrophorèse capillaire
- Techniques chromatographiques et couplages
- Spectrométrie de masse et couplages
- Techniques électrochimiques et biocapteurs (titrateurs automatiques, coulométriques,
ampérométriques, ...)
- Techniques d'émission et d'absorption moléculaire
- Automates d'analyse, infralyseurs et analyses à distance
ENSEIGNEMENTS PRATIQUES :
- Utilisation de l’électrochimie pour la chimie quantitative
- Mini-projet analytique pour la détermination des acides organiques dans les vins (CE, HPLC, deux
journées)
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
20
Total
20
20
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
20
60
60
C.T.
60
20
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
60
24
3M8BT15M - BASES MOLECULAIRES DE L’EXPRESSION DE LA PATHOGENIE BACTERIENNE
Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 55 56
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
30h
14h
16h
Total
60h
Equipe pédagogique : F. Bardou, F. Dumas, G. Etienne, A. Vercellone
Objectif : L’enseignement a pour objectif de présenter les mécanismes moléculaires impliqués lors des
différentes étapes d’une infection bactérienne. Cet enseignement repose sur les connaissances acquises
dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de la génétique, de l’immunologie et de la
microbiologie mais se veut accessible aux étudiants des maîtrises de biologie cellulaire et de biochimie.
Cours :
Les cours sont regroupés en trois thèmes :
Bases moléculaires des interactions hôte-pathogène
Modes d’action des antibiotiques et mécanismes de résistance bactériens aux antibiotiques
Acquisition et régulation de la virulence
Travaux Dirigés :
Ils seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de publications en relation avec les
différents thèmes abordés.
Travaux Pratiques :
Internalisation par des macrophages murins de Mycobactéries marquées au FITC. Suivi de
l’internalisation par spectrofluorimétrie.
Mise en évidence de la résistance aux -lactames.
Action d’une toxine sur une membrane modèle.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
60
20
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
60
20
80
25
3M8BT20M - INTRODUCTION A LA VALORISATION JURIDIQUE DE L’INNOVATION
Enseignant Responsable : Jérôme FISCHER
Université des sciences sociales de Toulouse-2 rue du Doyen-Gabriel-Marty. 31042. Toulouse Cedex.
Bureau SUIO Ancienne Faculté
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
60h
Total
60h
Equipe pédagogique : J. Fischer
Objectif :
I : Initiation juridique aux notions de base :
Organisation judiciaire
Sources du droit en matière scientifique (Traités, Constitution, Loi, règlements, usages),
L’instrument contractuel et les principaux types de contrats
II : La propriété intellectuelle:
A : la propriété industrielle (brevets, modèles et dessins, semi-conducteurs, certificats végétaux)
B : les droits d'auteurs (la protection du logiciel)
C : les contrats de licence de brevet ou de marque.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
Ecrit
40
Oral
Total
40
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
60
60
20
C.T.
40
60
40
60
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
26
HM8MM2M - BIOTECHNOLOGIES ET INGENIERIE MEDICALES
Enseignant Responsable : Bettina COUDERC
: 05 61 42 46 44
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
TD
TP
50h
Enseignement
délocalisé
10h
Total
60h
Equipe pédagogique : I. Berry (PR, UFR Medecine), H. BENOIST (PR, UFR Pharmacie), C. CLAVEL (UFR
Medecine), B. COUDERC (PR, UFR Pharmacie), F. COUDERC (PR, UFR PCA), D. FOURNIER (PR, UFR SVT),
JP GELUGNE (MCU, UFR SVT), G. Gregoire, (PR, UFR dentaire),I. LAJOIE MAZENC (MCU UFR
Pharmacie), F. LEGAILLARD (PR, UFR Pharmacie), L. Liaubet (CR, INSA), A. PARINI (PR UFR Pharmacie),
J. Pettenati (CR, CNRS) , T. Pineau (CR INRA), , MP ROLS (CR CNRS), P. SIE (PR, UFR Pharmacie)D.
TOVAR (MCU UFR Pharmacie)
Objectif : L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant aux principales techniques utilisant des
biotechnologies utilisées pour la synthèse et l¹utilisation de molécules thérapeutiques. Le programme
des enseignements comporte les paragraphes suivants : génomes, thérapie génique, technologies des
protéines recombinantes, ingéniérie et thérapie cellulaire, biotechnologies fongiques à visée
pharmacologique, immunotechnologies, biomatériaux, animaux et plantes transgéniques, génomique
fonctionnelle, traitement et visualisation des images numériques, isotopes radioactifs, système de
protection industrielle et intellectuelle.
COURS MAGISTRAUX :
GENOMES
THERAPIE GENIQUE
TECHNOLOGIES DES PROTEINES RECOMBINANTES
INGENIERIE ET THERAPIE CELLULAIRE
BIOTECHNOLOGIES FONGIQUES À VISÉE PHARMACOLOGIQUE
IMMUNOTECHNOLOGIES
BIOMATÉRIAUX
ANIMAUX TRANSGENIQUES
PLANTES TRANSGENIQUES
GENOMIQUE FONCTIONNELLE
TRAITEMENT ET VISUALISATION DES IMAGES NUMERIQUES
SYSTEME DE PROTECTION INDUSTRIELLE ET INTELLECTUELLE
ENSEIGNEMENTS DIRIGES
Préparation par groupe de 2 étudiants d’une présentation synthétique PowerpPoint de 10 mn sur une
technique originale de biotechnologies ou un sujet d’actualité en biotechnologie. Présentation à l’oral de
contrôle continu et réponses à des questions sur le sujet. Le sujet de ce rapport sera choisi par le groupe
d’étudiant en accord avec un « tuteur » de l’équipe pédagogique.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
TP
Ecrit
Oral
Total
20
20
C.P.
C.T.
60
20
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
60
20
80
27
HM8MM4M - CONCEPTION ET STRUCTURES DES MOLECULES D’INTERET
THERAPEUTIQUE
Enseignant Responsable : Vania BERNARDES-GENISSON (Pharmacie)
Fac de Pharmacie 35, Chemin des maraîchers - 31062 Toulouse Cedex
: 05 62 25 68 66
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
47 h
3h
20h
Total
70h
Equipe pédagogique : Vania BERNARDES-GENISSON (pharmacie), Jean BERNADOU
(pharmacie), Jean-Luc STIGLIANI (pharmacie), Cécile TOURNAIRE-ARELLANO (pharmacie),
Claude MOULIS (pharmacie), Françoise, NEPVEU (pharmacie), Suzy FERY-FORGUES (CNRS),
Yves GENISSON (CNRS), Geneviève PRATVIEL (CNRS) et Anne ROBERT (CNRS).
Objectif : L’objectif de cet enseignement est de présenter les bases moléculaires de la chimie
médicinale permettant une bonne compréhension des différentes approches à mettre en œuvre
dans la conception de nouvelles entités médicamenteuses. pour la conception principaux éléments
de la physiologie bactérienne
Cours : Différentes méthodes de découverte des médicaments (drug design, chimie combinatoire,
criblage à haut débit, produits naturels), mécanisme d’action des médicaments au niveau
moléculaire, pharmacomodulation, relation structure-activité, stratégies de marquage,
phototoxicité.
Travaux dirigés : Ils seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de
publications en relation avec les thèmes abordés en cours.
Travaux Pratiques :
Etude de l’influence des paramètres physico-chimiques (lipophilie et
constante de ionisation – pKa) sur l’activité antibactérienne d’une famille de sulfamides.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
20
Ecrit
Oral
Total
20
C.T.
60
20
80
2ème session
C. C.
C.P.
20
20
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
C.T.
60
20
80
28
3M8OVT1M - CO-EVOLUTION : EXEMPLES DES INTERACTIONS HOTE-PATHOGENE
Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE
IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex
: 05 61 17 55 56
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
COURS
24h
Enseignement de semestre 8
TD
3ECTS
TP
Equipe Pédagogique : A. VERCELLONE.
Cours :
L’enseignement a pour objectif de montrer au niveau moléculaire comment les interactions entre
organismes procaryotes et eucaryotes ont permis l’évolution de ces organismes. Les différentes étapes
de l’infection de l’homme par les bactéries pathogènes seront décrites (Pénétration, adhérence, invasion,
résistance aux défenses de l’hôte, création de dommages) au travers d’exemples. Cet enseignement
repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de la
génétique, de l’immunologie et de la microbiologie.
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
Ecrit
Oral
Total
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
C.T.
100
100
100
100
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
29
3M8OVT2M - INITIATION JURIDIQUE
Enseignant Responsable : Jérôme FISCHER
Université des sciences sociales de Toulouse-2 rue du Doyen-Gabriel-Marty. 31042. Toulouse Cedex.
Bureau SUIO Ancienne Faculté
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS
CM
Enseignement
TD
TP
délocalisé
24 h
Total
24 h
Equipe pédagogique : J. Fischer
Objectif :
I : Initiation juridique aux notions de base :
Organisation judiciaire
Sources du droit en matière scientifique (Traités, Constitution, Loi, règlements, usages),
L’instrument contractuel et les principaux types de contrats
Modalités de contrôle des connaissances :
1ère session
C. C.
C.P.
TP
Ecrit
Oral
Total
C.T.
2ème session
C. C.
C.P.
C.T.
100
100
100
100
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
30
Université Paul Sabatier
UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4
05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30
SYLLABUS
Mention BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIE
Les spécialités des Masters 2
de la Mention Biochimie Biotechnologie (BBT)
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
31
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
32
Master 2 R : Biologie structurale et fonctionnelle
Enseignant Responsable : Germain PUZO
: IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne 31077 Toulouse : 05 61 17 55 04 : Germain.Puzo @ipbs.fr
Secrétariat pédagogique : : IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse : 05 61 33 58 98 : [email protected]
CONDITIONS D’ADMISSION
Accès après audition des étudiants ayant le M1 biochimie /biotechnologies, pharmaciens et élèves ingénieurs
Pour tout autre cas, inscription soumise à la décision de l'équipe de formation (pré-inscription sur le site web de
l'Université : www.ups-tlse.fr).
SCHEMA DES ETUDES :
3A9SF1M
15 ECTS
15 ECTS
Proteomique structurale et fonctionnelle/tronc commun
Stage d’immersion
3AASF1M
15 ECTS
Mécanismes moléculaires des fonctions du vivant
3A9SF2M
15 ECTS
Stage de recherche
1er semestre
1er semestre
2ème
semestre
2ème
semestre
Débouchés en deuxième année de Master à l'U.P.S. :
Doctorats,
Le Master recherche, au travers des spécificités de chaque option, éclaire les étudiants
sur les possibilités d’insertion professionnelle post-Master dans le tissu socio-économique. Il
s’agit principalement de métiers à double compétence (contrôle qualité, brevets, technicocommercial, journalisme…).
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
33
3SBIN1 – M2P de Bioinformatique
Enseignant Responsable : Jerzy Czaplicki et Gwennaele Fichant
Secrétariat Pédagogique : IBCG/CNRS – 118 route de Narbonne
05 61 33 58 98
[email protected]
Coordonnées de l’Enseignant Responsable :
J. Czaplicki IPBS/CNRS 205 route de Narbonne 05 61 17 54 04 [email protected]
G. Fichant IBCG/CNRS 118 route de Narbonne 05 61 33 58 26 [email protected]
Enseignement de Semestre 9
-
60 ECTS
MATIERE
COURS
TD
TP
Bioinformatique
Formation
professionnelle
160 h
20 h
100 h
20 h
100 h
20 h
Enseignement de
terrain (nombre de
jours)
-
Equipe Pédagogique : P. Arnaud, J.-P. Bahsoun, F. Benamara, J.-P. Borges, M.-P. Bousquet, S. Breand, S.
Calgaro, J. Czaplicki, J. Farinas, G. Fichant, B. Franc, M. Gevrey, C. Jost, S. Kaminka, L. Maveyraud, M.
Mojahid, M. Reynal, G. Richard, G. Roux, K. Sauvagnat, M. Serrurier, S. Tranier
Mots clés : bioinformatique, analyse de données, modélisation de systèmes biologiques
Objectifs/Généralités : Notre objectif est de former des étudiants issus de l'un des domaines de la
biologie aux techniques informatiques, statistiques, mathématiques et aux méthodologies du traitement
de l'information en biologie. L'accent sera mis sur l'analyse des génomes et l'étude des relations
structure-fonction des macromolécules biologiques, deux thèmes particulièrement développés à Toulouse.
Une intégration des CM-TD–TP et un contact permanent avec les outils informatiques, permettent de la
qualifier "d'immersion totale". Dans chaque matière, les étudiants ont à réaliser, en petits groupes, des
projets, donnant lieu à des compte- rendus, sous la forme de documents écrits, de pages HTML, ou de
présentations orales. Au delà de la mise en pratique des matières enseignées, cette approche a pour
objectifs la responsabilisation des étudiants, l'apprentissage du travail en équipe et une formation aux
différentes formes de communication.
Matières enseignées : formation professionnelle : normes, éthique, sécurité informatique, aspects
juridiques, gestion, brevets, communication écrite et orale ; bioinformatique : système d’exploitation
Unix, réseaux, algorithmique, méthodes d’optimisation, création et gestion de bases de données, analyse
de génomes (alignement de séquences, analyse de banques, phylogénie moléculaire, annotation de génomes,
cartographie génétique), modélisation moléculaire pour la biologie structurale, simulation de systèmes
biologiques, biostatistiques, automatisation et robotique.
Stage : stage professionnel en entreprise de 6 mois, dont l’objectif est de développer des compétences
professionnels de haut niveau appliquées à l’exploitation et au management des concepts et méthodologies
de la bioinformatique.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
34
3SEGP – M2 Professionnel : Expression Génique et Protéines
Recombinantes
Enseignant Responsable : Laurent PAQUEREAU
Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez
Toulouse
05 61 33 58 98
IBCG, 118 route de Narbonne, 31062
[email protected]
Coordonnées de l’Enseignant Responsable : IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne,
31077 Toulouse, : 05 61 17 58 59 [email protected]
Pour plus d’informations, connectez-vous sur le site de l’Université (www.ups-tlse.fr) ou
de la Formation (http://www.adbt.com/DESS_EGPR/index.php)
Enseignement de Semestre 9 et 10
MATIERE
S9 (25 ECTS) - Biologie
Moléculaire / Biochimie
S9-(5 ECTS) - Gestion
pour les masters Pro
S10-(30ECTS) –Stage
en Entreprise
-
60 ECTS
Enseignement de terrain
COURS
TD
(nombre de jours)
100 h
200 h
0h
20 h
30 h
0h
6 mois
Equipe Pédagogique : C. Alia, F. Couderc, P. Demange, A. Faivre-Dupaigre, D. Fournier, M.
Knibiehler, L. Nieto, L. Paquereau, S. Tranier
Mots clés : Biotechnologie, Protéines Recombinantes, Biochimie des Protéines
Objectifs/Généralités :
Cette formation forme des cadres de haut niveau capables de mettre en application l'ensemble des outils
de la biologie moléculaire et de la biochimie des protéines. Les domaines couverts concernent entre
autres l'analyse transcriptionnelle, les stratégies de clonage et sous clonage, la production de protéines
recombinantes et la caractérisation protéique.
ENSEIGNEMENT THEORIQUE (30 ECTS):
Biologie Moléculaire/Biochimie (25 ECTS)
Stratégies de Biologie Moléculaire (orientations conceptuelles et choix technologiques), Expression
génique (puces à ADN, protéomique, differential display…), Expression des protéines en systèmes
cellulaire ou acellulaire, Production de protéines recombinantes, Purifications des protéines, Analyse et
caractérisation des protéines, Structures tridimensionnelles, Robotisation, Criblage à haut débit.
Séminaires
Gestion pour les masters Pro (5ECTS)
Structure et administration des entreprises, Gestion (financière, commerciale), Financement de
l'entreprise, Business plan, Marketing (stratégique, management, industriel), Contrôle et gestion de
projet, Gestion des ressources humaines, Création d'entreprise, Veille technologique
Stage pratique (30 ECTS): 6 mois en entreprise (début janvier à fin juin)
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
35
M2 Professionnel spécialité : Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique
Objectifs
Le M2 Pro "Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique" a pour objectif la formation d’étudiants capables d’identifier et/ou de
déterminer la structure de molécules biologiques simples ou complexes de toute nature (protéine, acide nucléiques, lipides, oligosaccharides,
métabolites, contaminants,…), soit dans le cadre d’une démarche analytique, soit dans le cadre d’une démarche d’analyse globale du
métabolisme.
L’élucidation structurale ainsi que l’analyse métabolomique font largement appel à un socle méthodologique commun, plus particulièrement la
résonance magnétique nucléaire et la spectrométrie de masse, mais aussi à la cristallographie aux rayons X.
Ce M2 Pro s’appuie sur l’existence de quatre plate-formes reconnues au plan national par le Ministère et les EPST : la plate-forme
opérationnelle nationale de protéomique (responsable B. Monsarrat), et les plateaux techniques de RMN (responsable A. Milon), de
cristallographie biologique (responsable L. Mourey) et de métabolomique-fluxomique (responsable J.C. Portais), localisées à proximité
immédiate de l’Université Paul Sabatier, à l’Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale ou à l’Institut National de Sciences
Appliquées. Ces différentes plate-formes garantiront aux étudiants un accès aux approches les plus modernes en analyses structurale
biologique et métabolique.
Admission
Recrutement naturel à partir du Master 1 "Biochimie – Biotechnologie" de l’UPS Toulouse, avec :
Module "initiation à la recherche", ou stage de recherche équivalent d’une durée de trois mois minimum
D’autre part, sont fortement conseillées les UE suivantes :
-
biologie structurale des macromolécules
-
analyse structurale des biomolécules
-
métabolisme intégré
Master 1 de Chimie Biologie ou Biochimie, écoles d’ingénieur, faculté de pharmacie : veiller à se constituer une formation de M1 proche de
celle du M1 '"biochimie Biotechnologie" de l’UPS.
Pour tous les étudiants : admission au M2 Pro après examen du dossier de candidature et audition organisée par l’équipe pédagogique de M2,
dans la limite de la capacité d’accueil du M2 Pro (contacter le secrétariat pour constituer un dossier de candidature).
Toute admission en Master 2 de droit ou par validation passe obligatoirement par un dépôt de candidature sur le site web de l’UPS :
http://www.syspo.ups-tlse.fr
Débouchés professionnels
Les débouchés professionnels naturels de la formation sont :
-
les services d’analyse des groupes industriels en pharmacologie, agroalimentaire et chimie fine ;
-
les start-up en biotechnologie ;
-
les postes d’ingénieurs d’études dans les EPST et les Universités.
Programmes
Semestre 1 (S9)
UE méthodologie : spectrométrie de masse, résonance magnétique nucléaire, diffraction des rayons X et métabolomique, 184 h, 9 crédits
ECTS
UE préparation de l’échantillon et analyse des données, 90 h, 6 crédits ECTS
UE gestion pour les M2 Pro : management de l’entreprise, 50 h, 6 crédits ECTS
UE spécialisation soit en analyse structurale, soit en métabolomique, 90 h, 6 crédits ECTS
UE langue, 24 h, 3 crédits ECST
Semestre 2 (S10)
UE stage en entreprise, 24 semaines, 30 crédits ECTS
Informations complémentaires
: http://m2pro-bsp.ipbs.fr:84/
Contact
Responsable de la formation :
Laurent MAVEYRAUD
Professeur de Biophysique
E-mail : [email protected]
Tél. : 05 61 33 59 98
Pour la spécialité Métabolomique :
Jean-Charles PORTAIS
Professeur de Métabolisme
E-mail : [email protected]
Tél : 05 61 55 96 89
Secrétariat pédagogique :
Noëlle VERGUES
IBCG - 118, route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4 - E-mail : [email protected] - Tél. : 05 61 33 59 98
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
36
Master 2 professionnel « Propriété intellectuelle et Nouvelles Technologies »
M2P co habilité avec l’université des sciences sociales, UT1
Responsables : à UT1 : Jacques Larrieu, professeur ; Céline Castets-Renard, maître de conférences ; Alexandra
Mendoza, maître de conférences : à l’Université Paul Sabatier : François Couderc, professeur [email protected]. Bernard Dousset, professeur.
Enseignant Responsable UPS : François COUDERC
Laboratoire des IMRCP 118 route de Narbonne- 31062 Toulouse Cedex
: 05 61 55 83 33
: [email protected]
Secrétariat Pédagogique :
118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04
: 05 61 33 58 98
: [email protected]
Enseignement de Semestre 9 - 60 ECTS
CM, TD TP
Enseignement
Total
délocalisé
317H
UT1 (225H) et
317H
UT3 (92H)
Conditions d'admission : Accessible également en 2e A (M2) de Master, aux étudiants titulaires d’un M1
de l’UPS ayant validé l’UE 3M8BT20M - INTRODUCTION A LA VALORISATION JURIDIQUE DE
L’INNOVATION du master de Biochimie Biotechnologie. Avoir effectué un stage en entreprise n’est pas
pré-requis.
Objectifs : Les métiers de la propriété intellectuelle ne sont pas réservés aujourd'hui exclusivement aux
juristes. C'est ce qui ressort du « plan pour la promotion et le développement de la propriété
industrielle » annoncé le 28 novembre 2002 par le Ministère de l'Industrie et de l'appel à candidature
pour la création d'un centre de formation « Entreprise et propriété industrielle » lancé par l'Institut
National de la Propriété Industrielle le 18 avril 2003. Les métiers de la PI sont ouverts à des ingénieurs,
des profils de managers, commerciaux ou économistes... Pour résister à cette concurrence, la formation à
la PI délivrée aux juristes ne doit pas se cantonner dans un enseignement strictement juridique. Elle doit
aussi valoriser les secteurs où les juristes ont un « avantage concurrentiel » : les techniques
contractuelles, la rédaction des dépôts, le suivi judiciaire des procédures, le droit de la concurrence
français et communautaire, le droit de la responsabilité,... Elle doit aussi permettre aux étudiants de se
familiariser d'une part avec la stratégie commerciale en matière de propriété intellectuelle et, d'autre
part, par des stages en entreprise et en laboratoire, avec l'environnement scientifique et technique de
l'innovation pour mieux appréhender les besoins des entreprises et des chercheurs.
La spécialité Propriété intellectuelle a pour objet de délivrer les connaissances théoriques indispensables
et de dispenser une formation concrète aux étudiants qui souhaitent acquérir une spécialisation dans ce
domaine. Les enseignements associent largement les professionnels du secteur (conseils en propriété
industrielle, INPI, SACEM, OHMI, OMPI, avocats spécialisés, juristes d'entreprise).
Pour mieux utiliser les compétences locales et mieux exploiter les possibilités de débouchés régionaux, la
spécialité Propriété intellectuelle est solidement ancrée dans l'environnement industriel, socioéconomique et de recherche de la région Midi-Pyrénées et des régions voisines (aéronautique, espace,
biotechnologies...). Un partenariat est projeté avec deux pôles de l'industrie et de la recherche de la
région toulousaine : la « Cité des Biotechnologies » en devenir, et l'industrie de l'espace et de
l'aéronautique autour du CNES. La formation s'appuie par ailleurs sur les collaborations qui ont déjà été
développées au sein de l'université de Toulouse entre économistes (IDEI), juristes et scientifiques de
l’UPS pour la veille technologique.
- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) -
37
Maquette des enseignements de Master 2
Les enseignements de Master 2ème année « Propriété intellectuelle » constituent 60 ECTS de
spécialisation en droit de la propriété intellectuelle.
Flux et débouchés : Cette formation, créée en septembre 2005, accueille sa troisième promotion (21
étudiants) pour l’année universitaire 2007-2008 (280 dossiers de candidature). Les 18 étudiants de la
première promotion (250 dossiers de candidature) sont actuellement soit en CDD ou CDI (principalement
dans des services de valorisation de la recherche et dans les services spécialisés des entreprises), soit
en poursuite d’études (préparation CRFPA notamment), soit inscrits en thèse (2), quelques uns en
recherche d’emploi. La première promotion a accueilli un docteur en biologie (actuellement en CDD) ; la
deuxième promotion (21 étudiants) compte deux docteurs en sciences et un étudiant avocat du CRFPA en
PPI. Chaque promotion reçoit deux étudiants en formation continue.
Références et partenariats : Cette formation figure dans le Répertoire des formations à la propriété
intellectuelle (édition janvier 2007) publié par l’Institut National de la Propriété Industrielle (p. 29). Du
fait que l'INPI a signé avec l'Etat un contrat d'objectifs sur la période 2005-2008 qui met au premier
rang de ses priorités la "promotion de la propriété industrielle", un partenariat a été institué entre la
délégation régionale de l’INPI et le Master.
La formation s’appuie sur les professionnels (INPI, conseils en propriété industrielle, avocats spécialisés,
juristes d’entreprise) et les organismes spécialisés (INPI, INSERM, CNRS, CNES,…) de la région MidiPyrénées, et notamment sur le groupe de travail Epitoul (constitué avec la délégation régionale de l’INPI)
qui réunit périodiquement universitaires et praticiens de la région. Cette collaboration permet notamment
de définir des axes de recherche pour les étudiants ayant choisi l’option recherche, et de constituer un
portefeuille d’offres de stages. Elle permet également d’identifier les besoins des secteurs économiques
en vue du lancement de recherches de plus longue durée, notamment dans le cadre de conventions CIFRE.
Lorsque l’option réservée aux étudiants scientifiques de l’Université Paul Sabatier sera ouverte, elle
comptera environ une quinzaine d’étudiants supplémentaires (formation initiale et continue).
Caractéristiques générales : La formation couvre tous les aspects de la propriété intellectuelle
(propriété industrielle et propriété littéraire et artistique) ainsi que leurs liens avec le droit des contrats
(négociation, rédaction, validité, effets, responsabilité et rupture des contrats conclus en PI).. L’accent
est mis notamment, outre l’acquisition des compétences générales en droit de la propriété intellectuelle,
sur le droit des contrats et l’apprentissage des techniques de négociation, sur l’ouverture à l’international
(langue anglaise et droit comparé), et sur l’initiation aux domaines scientifiques nouveaux. A noter que les
étudiants reçoivent un enseignement (rare) d’économie de la propriété industrielle assuré par un membre
de l’IDEI.
Le cursus comporte quatre unités d’enseignement :
-
Une unité de consolidation et d’approfondissement des connaissances en propriété
intellectuelle proposant des enseignements relatifs aux principes fondamentaux du droit et
de l’économie de la propriété intellectuelle : un programme général sur support multimédia
UNJF accessible en ligne qui bénéficie d’un accompagnement par des tuteurs (FOAD) et un
programme spécial enseigné au premier trimestre.
-
Une unité de spécialisation offrant des enseignements pratiques sous forme d’ateliers,
d’études de cas et de séminaires. Ces enseignements sont principalement dispensés par des
professionnels.
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1.
Les étudiants de formation juridique suivent l’unité de l’Option 1 qui leur permet de se
familiariser avec les techniques contractuelles relatives à la propriété intellectuelle, et de
suivre des séminaires de spécialisations liées à l’économie régionale.
2. Les étudiants de formation scientifique (Université Paul Sabatier, ou autre université
scientifique ayant validé une UE juridique équivalente à - INTRODUCTION A LA
VALORISATION JURIDIQUE DE L’INNOVATION) suivront l’unité de l’Option 2
destinée à les spécialiser en veille technologique.
-
Une troisième unité, dédiée à l’ouverture internationale de la formation, comprend des cours
de langue anglaise, et des cours dispensés par des professeurs étrangers invités, relatifs au
droit américain et aux aspects internationaux de la propriété intellectuelle.
-
La quatrième unité différencie le parcours professionnel de la voie recherche :
1. La voie professionnelle comporte une immersion en entreprise ou en cabinet
sous forme d’un stage de 4 mois minimum
2. La voie recherche comporte une initiation à la recherche académique
(méthodologie) et la rédaction d’un mémoire.
Unité 1: Les fondamentaux de la propriété intellectuelle
(155h ; 18ECTS)
-
Module 1 : Propriété industrielle (65h)
1. programme général FOAD : Propriété industrielle (UNJF) 35h
2. programme spécial : aspects internationaux et pratiques de la propriété industrielle (30h)
-
Module 2 : Propriété littéraire et artistique (50h)
1. programme général FOAD : Propriété littéraire et artistique (UNJF) 35h
2. programme spécial : aspects internationaux et pratiques de la PLA (15h)
-
Module 3 : Aspects économiques et stratégiques de la propriété intellectuelle (20h)
Module 4 : Séminaires d’application (20h)
1. Enregistrement d’une marque ; opposition
2. Demande de brevet d’invention
3. Partenariats public/privé ; marchés publics
4. Valorisation de la recherche
5. Action en contrefaçon
6. Gestion collective des droits
Unité 2 : Veille technologique (92h ; 20 ECTS)
Réservée au cursus qui sera créé en partenariat avec l’Université Paul Sabatier
-
Module 7 : Méthodes et techniques de recherche d’information (Cours TD,
Boughanem, UPS 22h)
o les modèles de représentation de l’information
o la notion de profil utilisateur
o identifier et sélectionner les sources d’information électronique
o évaluer et collecter l’information électronique
Pr Mohand
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-
Module 8 : Méthodes d’analyse de l’information (Cours TD, Pr Bernard Dousset, UPS,35h)
o introduction à la veille stratégique
o l’analyse de données
o les classifications
o l’analyse relationnelle
o l’analyse sémantique
o notions de géostratégie
-
Module 9 : Utilisation d’outils de veille stratégique (TP, Pr Bernard Dousset, UPS, 35h)
o la notion de metadonnées
o l’outil Tétralogie
o Bureau d’étude sur l’analyse de bases brevets
Exemples : Airbus/Boeing, l’hybride chez Toyota, …
Unité 3: Dimension internationale (50h, 9ECTS)
Parcours professionnel : 20h + anglais
- Module 10 : Droit comparé et international (20h)
3 ECTS
Copyright et numérique aux USA
Actualité internationale du droit d’auteur1
- Module 11 : Anglais spécialisé (30h)
6 ECTS
Unité 4: Stage en entreprise (13 ECTS)
Module 12 : Parcours professionnel
o
Stage obligatoire de quatre mois minimum, rédaction et soutenance d’un rapport de
stage
C. Régime des examens
-
UE1 Les fondamentaux de la propriété intellectuelle : un oral de 30 minutes devant un jury (un exposé de
15’ suivi d’une discussion avec le jury) portant sur les trois matières du module (à la fin du premier
trimestre) (P et R)
UE2 Options de spécialisation :
Option 2
- Module 7 : Méthodes et techniques de recherche d’information
- Module 8: Méthodes d’analyse de l’information
- Module 9 : Utilisation d’outils de veille stratégique
- Un oral de 20 minutes devant un jury (un exposé de 10’ suivi d’une discussion avec le jury)
portant sur les trois modules (P e t R )
UE3 : Dimension internationale
- Conférences : contrôle continu
- Anglais spécialisé : contrôle continu
UE4 : Stage en entreprise.
- Stage (P): rédaction du rapport de stage et soutenance
Modalités de contrôle des connaissances :
ère
1
C.C
UE1 Les fondamentaux de la propriété
intellectuelle
UE2 Spécialisation : veille technologique
UE3 Dimension internationale
UE4 Stage en entreprise
session
C.T.
140
120
80
ème
2
session
C.T.
140
120
80
80
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