SOUGAKOFF Wladimir, PhD - Cimi-Paris

SOUGAKOFF Wladimir, PhD
MCU-PH / Associate Professor of Molecular Biology
Chef d'Equipe / Team Leader
Emergence et propagation des multi-résistances
aux antibiotiques / Emergence and diffusion of
Multiple Resistance against Antibiotics
Wladimir Sougakoff a obtenu un doctorat en biochimie, option microbiologie, de l’Université Pierre et
Marie Curie (UPMC, Paris, France). Il est diplômé de l'Institut Pasteur de Paris en microbiologie,
option bactériologie. Il a complété sa formation par un post doc dans le département « Antibiotiques »
chez Hoffmann-La Roche à Bâle (Suisse). Il a obtenu son habilitation à diriger des recherches (HDR)
à l'UPMC en 2002. Il est responsable d'un laboratoire hospitalier de routine qui met en oeuvre des
techniques de biologie moléculaire pour l'identification et la détection de la résistance aux
antibiotiques à partir d’isolats cliniques. Ses centres d’intérêt en recherche fondamentale portent sur
l’étude des mécanismes moléculaires de résistance des bactéries aux antibiotiques, et sur
l’épidémiologie moléculaire des bactéries multi-résistantes.
Wladimir Sougakoff obtained his Ph.D. degree in biochemistry, option microbiology from UPMC, Paris,
France. He received his degree in microbiology, option bacteriology, from Institut Pasteur, Paris,
France. He was a research fellow at the Antibiotics department at Hoffmann-La Roche in Basel,
Switzerland, from 1990 to 1992. He was habilitated as Research Director (HDR) at UPMC in 2002. He
is in charge of a hospital laboratory which implements routine molecular biology techniques for the
identification and detection of resistance to antibiotics in clinical isolates. His research interests is in
the molecular mechanisms involved in resistance to antibacterial drugs and molecular epidemiology of
multidrug-resistant bacteria.
Bio
Contact
Mail :
Tel :
Formation / Education
2002
1990
1985
[email protected] ; [email protected]
(33) 1 40 77 97 46
HDR, Université Pierre et Marie Curie (UPMC)
PhD, UPMC
Diplôme de Microbiologie, Institut Pasteur Paris
Expérience professionnelle antérieure / Past Professional experience
19961992-1995
1990-1992
MCU-PH (Laboratoire de Bactériologie, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, UPMC,
APHP)
AHU (Laboratoire de Bactériologie, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, UPMC,
APHP)
Post doc; Hoffmann-La Roche, Bâle, Suisse
Recherche / Research
Mots-clés / Keywords :
Tuberculose, entérobactéries, mécanismes de résistance aux
antibiotiques, épidémiologie moléculaire/ Tuberculosis,
Enterobacteriaceae, mechanisms of resistance to antibiotics,
multidrug resistance, molecular epidemiology
Programme en cours / Current Research
Mes recherches portent sur la compréhension des mécanismes moléculaires de la résistance multiple
aux antibiotiques, chez Mycobacterium tuberculosis (modèle de résistance résultant de mutations
chromosomiques) et chez les Enterobacteriaceae (modèle de résistance plasmidique).
Multi-résistance chromosomique chez Mycobacterium tuberculosis (MDR TB)
Les objectifs de cette recherche sont (i) le décryptage des mécanismes de résistance aux
antibiotiques en étudiant au niveau du génome les mutations impliquées dans la résistance aux
médicaments anti-tuberculeux; (ii) l'étude des liens entre résistance aux antibiotiques et évolution
phylogénétique des souches MDR; (iii) la caractérisation biochimique et structurelle de complexes
enzymatiques d'intérêt pour le développement de nouveaux antituberculeux (ATP synthase). (iv)
l'évaluation de l'impact de l'état immunitaire de l'hôte sur le développement et la diversité de mutants
résistants sélectionnés in vivo sous traitement antiTB.
Ces activités de recherche viennent en support des activités cliniques et de diagnostic du Centre
National de Référence des Mycobactéries et de la Résistance des Mycobactéries aux Antituberculeux
(CNR-MyRMA) auquel je participe dans le cadre hospitalier.
Mécanismes moléculaires liés à la la propagation des résistances plasmidiques
Cette recherche vise à mieux comprendre les mécanismes moléculaires contribuant à la propagation
de plasmides portant plusieurs gènes de résistance chez les entérobactéries, en ciblant deux agents
pathogènes humains majeurs: Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Les objectifs spécifiques
sont: (i) analyser des séquences de plasmides de résistance dans ces deux espèces, notamment les
fonctions impliquées dans la dissémination et le maintien de ces plasmides multi-résistants dans l'hôte
bactérien. (ii) évaluer l'apport des systèmes de partition et des systèmes toxine-antitoxine sur la
capacité de diffusion de plasmides MDR présentant une gamme exceptionnellement étendue de
bactéries hôtes.
As a whole, my research program is intended to increase our understanding of the molecular
mechanisms of development and diffusion of multiple drug resistance in Mycobacterium tuberculosis
(chromosome model) and in Enterobacteriaceae (plasmid model).
Chromosome-born multidrug resistance (MDR) in M.tuberculosis (Mtb)
Our main objectives are: (i) To decipher the drug-resistance machinery in Mtb by studying at the
genome level the variety of mutations involved in resistance to anti-tuberculous drugs. (ii) to study the
links between drug-resistance spreading and phylogenic lineages of Mtb. (iii) to investigate at
biochemical and structural levels M. tuberculosis macromolecular complexes of interest for the
development of new drugs (ATP synthase). (iv) to evaluate the impact of the immune status of the
host on the development and diversity of resistant mutants selected in vivo under antiTB therapy.
My research interests parallel my clinical focus on anti-mycobacterial resistance performed in the
frame of the National Reference Centre for Mycobacteria and Anti-mycobacterial Resistance (CNRMyRMA).
Molecular mechanisms contributing to the spread of plasmids carrying multiple resistance
genes
The second part of our project aims at investigating the molecular mechanisms contributing to the
spread of plasmids carrying multiple resistance genes in Enterobacteriaceae, with a specific focus on
the two major human pathogens, Escherichia coli and Klebsiella pneumonia: (i) By studying plasmid
sequences in these two species to increase our understanding of the functions involved in the
spreading and the maintenance of multi-resistant plasmids in the bacterial host. (ii) By evaluating the
contribution of partition systems and toxin-antitoxin systems on the diffusion capacity of MDR plasmids
showing an unusually extended bacterial host range.
Domaines d'applications / Fields of application
-
Tuberculose / Tuberculosis
-
Résistance aux antibiotiques / Antibiotic Resistance
-
Epidémiologie moléculaire / Molecular Epidemiology
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Réalisations représentatives / Major achievements
Structure cristallographique de la beta-lactamase plasmidique KPC-2 / Determination of the
crystal structure of KPC2, a plasmid-encoded class A beta-lactamase
Séquençage complet du plasmide pTC2 codant à la fois pour une carbapénémase (VIM) et une
beta-lactamase à spectre étendu (SHV-5) / Determination of the complete sequence of a highly
transferable 180-kb conjugative plasmid, pTC2, encoding both a carbapenemase (VIM) and an
extended-spectrum beta-lactamase (SHV-5)
Structure cristallographique de la pyrazinamidase (PncA) de M.tuberculosis qui permet
l’activation du pyrazinamide (pro-drogue utilisée comme anti-tuberculeux de 1ère ligne) /
Determination of the crystal structure of the pyrazinamidase (PncA) of M.tuberculosis which is an
enzyme essential for the activation of pyrazinamide (1st line anti-TB prodrug).
Contrats de recherche récents / External peer-reviewed funding
2013-2014
Projet Collaboratif DIM MalInf (Pathologies infectieuses humaines).
Collaboration avec l'industrie / Collaboration with industrial partner
2014
Janssen Infectious Diseases (dans le cadre des essais cliniques TMC207)
2012
Bio-Rad France (évaluation d’un test diagnostic de détection du complexe
Mycobacterium tuberculosis en PCR temps réel (DX-MTB assay)
Membres de comités éditoriaux de journaux scientifiques / Editorial board member of scientific
journals
2013
Member of the Editorial Board of International Scholarly Research Notices Microbiology (Hindawi Publishing Corporation)
Enseignement / Teaching
Encadrement / Supervision
PhDs
Segala Elena, 2012, UPMC
Drieux Laurence, 2012, Université Paris Sud
Post doc
Petrella Stéphanie (2005-2012)
Pang Stanley (2013-2014)
Autres activités / Other activities
Master 2, UPMC : Responsable de l’UE 5V694 « Atelier Méthodologique en Bactériologie
Moléculaire et Médicale » du M2 de Sciences et Technologies mention Biologie Moléculaire et
Cellulaire (BMC) (UPMC, Paris 6)
Master 1, UPMC : Co-responsable de l’UE 4V139 de Bactériologie Moléculaire et Médicale
(responsable G. Sezonov) (UPMC, Paris 6)
Enseignements pratiques de Bactériologie aux étudiants de la Faculté de Médecine Pierre et
Marie Curie (UPMC, Paris 6)
In charge of the Master-2 module “Atelier méthodologique en Bactériologie Moléculaire et
Médicale (5V694) which is a teaching unit for M2 students in the Master de Sciences et
Technologies option Biologie Moléculaire et Cellulaire (BMC) (UPMC, Paris 6).
Co-responsible of the teaching module 4V139 “Bactériologie Moléculaire et Médicale” (Master
M1 BMC, UPMC Paris 6).
Lecturer in the Bacteriology courses program given to the medical students at the Faculty of
medicine Pierre and Marie Curie (UPMC, Paris 6)
3
Publications
Publications les plus représentatives / Selected publications
1. Renvoisé A, Pang S, Bernard C, Brossier F, Veziris N, Capton E, Jarlier V, Sougakoff W. First
Whole-Genome Sequence of a Clinical Isolate of Multidrug-Resistant Mycobacterium bovis BCG.
Genome Announc. 2014 Jul 10;2(4).
2. Drieux L, Decré D, Frangeul L, Arlet G, Jarlier V, Sougakoff W. Complete nucleotide sequence of
the large conjugative pTC2 multireplicon plasmid encoding the VIM-1 metallo-β-lactamase. J
Antimicrob Chemother. 2013 Jan;68(1):97-100.
3. Petrella S, Gelus-Ziental N, Maudry A, Laurans C, Boudjelloul R, Sougakoff W. 2011. Crystal
Structure of the Pyrazinamidase of Mycobacterium tuberculosis: Insights into Natural and Acquired
Resistance to Pyrazinamide. PLoS One. Jan 24;6(1):e15785.
4. Brossier F, Veziris N, Truffot-Pernot C, Jarlier V, Sougakoff W. Molecular Investigation of
Resistance to the Antituberculous Drug Ethionamide in Multidrug-Resistant Clinical Isolates of
Mycobacterium tuberculosis. 2011. Antimicrob Agents Chemother. 55(1) 355-360.
5. Sougakoff W. 2011. Molecular epidemiology of multidrug-resistant strains of Mycobacterium
tuberculosis. Clin Microbiol Infect. 2011 Jun;17(6):800-5.
6. Brossier F., N. Veziris, A. Aubry, V. Jarlier, W. Sougakoff. 2010. Detection by Genotype MTBDRsl
test of complex resistance mechanisms to second-line drugs and ethambutol in multidrug-resistant
Mycobacterium tuberculosis complex isolates. J. Clin. Microbiol. 48(5) :1683-1689.
7. Petrella S, N. Ziental-Gelus, C. Mayer, M. Renard, V. Jarlier and W. Sougakoff. 2008. Genetic and
structural insights into the dissemination potential of the extremely-broad spectrum class A βlactamase (EBSBL) KPC-2 identified in an Escherichia coli strain and an Enterobacter cloacae
strain isolated from the same patient in France. Antimicrob Agents Chemother. 52(10) :3725-3736.
8. Petrella S., E. Cambau, A. Chauffour, K. Andries, V. Jarlier, and W. Sougakoff. 2006. Genetic basis
for natural and acquired resistance to the diarylquinoline R207910 in mycobacteria. Antimicrob
Agents Chemother. 50(8): 2853-2856.
9. Pernot, L., F. Frénois, T. Ribkine, G. L'Hermite, S. Petrella, J. Delettré, V. Jarlier, E. Collatz and W.
Sougakoff. 2001. Crystal structures of the class D beta-lactamase OXA-13 in the native form and in
complex with meropenem. J. Mol. Biol. 310 (4) : 859-874.
10.Sougakoff, W., S. Goussard, G. Gerbaud, and P. Courvalin. 1988. Plasmid-mediated resistance to
third-generation cephalosporins caused by point-mutations in TEM-type penicillinase genes. Rev.
Infect. Dis. 10 : 879-884.
Nombre total de publications : 95 indexed in the Web of Science
H-Index :
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