Conférencier invité – Session 3 - INRA

Transcription

JOURNÉES des
MICROBIOLOGISTES de l’INRA
2010
organisées par le département Microbiologie et Chaîne Alimentaire – MICA
en collaboration avec les départements :
CEPIA - Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture
EA - Environnement et agronomie
EFPA - Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques
MIA - Mathématiques et informatique appliquées
PHASE - Physiologie animale et systèmes d’élevage
SA - Santé animale
SPE - Santé des plantes et environnement
avec le soutien du collège de direction de l'INRA
Futuroscope 5 – 7 mai 2010
Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
1
2
Sommaire
Sommaire ........................................................................................................................................ 3 Bienvenue ....................................................................................................................................... 5 Comité d'organisation et comité scientifique .............................................................................. 6 Programme...................................................................................................................................... 7 Résumés Session 1 : Ecosystèmes ............................................................................................ 11 Sommaire Session 1 ................................................................................................................................... 13 Conférenciers invités................................................................................................................................... 13 Communications orales N° O1 à O7 ........................................................................................................... 18 Posters N° P1 à P22 ................................................................................................................................... 24 Résumés Session 2 : Biodiversité-Émergence du risque ......................................................... 51 Sommaire Session 2 ................................................................................................................................... 53 Conférencier invité ...................................................................................................................................... 56 Communications orales N° O8 à O15 ......................................................................................................... 57 Posters N° P23 à P45 ................................................................................................................................. 66 Résumés Session 3 : Interactions micro-organismes-hôtes .................................................... 93 Sommaire Session 3 ................................................................................................................................... 99 Conférencier invité .................................................................................................................................... 100 Communications orales N° O16 à O26 ..................................................................................................... 112 Posters N° P46 à P87 ............................................................................................................................... 156 Résumés Session 4 : Biologie des systèmes .......................................................................... 157 Sommaire Session 4 ................................................................................................................................. 158 Conférenciers invités................................................................................................................................. 159 Communications orales O27 à O33 .......................................................................................................... 161 Posters N° P88 à P98 ............................................................................................................................... 171 Informations pratiques ............................................................................................................... 183 Liste des participants ................................................................................................................................ 185 Liste des unités représentées lors de ces journées .................................................................................. 190 Adresses utiles, contacts, transports et plans ........................................................................................... 193 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
3
4
Bienvenue
C'est un plaisir pour moi et le département MICA de vous accueillir aux 5èmes Journées des
Microbiologistes de l'INRA, dont les sessions précédentes se sont tenues à
Dourdan. Après une brève interruption (la dernière session ayant eu lieu en
2006), liée au passage de flambeau entre Claude Gaillardin et moi-même, nous
souhaitons reprendre un rythme régulier pour l'organisation de ces journées,
dont la popularité parmi les microbiologistes de l'INRA ne se dément pas, au vu
du nombre d'inscriptions reçues.
C'est en effet une occasion propice pour les échanges entre scientifiques et
pour amorcer la co-construction de projets, aussi bien entre microbiologistes du
département MICA qu'avec les scientifiques d'autres départements (1/3 des participants),
concernés directement ou indirectement par la microbiologie.
Nous avons fait le choix de proposer uniquement des conférences en séances plénières, de façon
à éviter le cloisonnement entre disciplines. Il me semble essentiel que les spécialistes des
écosystèmes, ceux impliqués dans l'étude des pathogènes de l'homme, des animaux ou des
plantes, ou ceux qui se sont engagés dans la biologie systémique, puissent se parler et s'écouter
les uns les autres.
Ces journées sont une occasion privilégiée d'aborder les sujets qui vous tiennent à cœur et de
construire ensemble la microbiologie de demain, à l'heure où l'INRA redéfinit ses priorités
scientifiques pour les années 2010-2014, prépare des programmes trans-départementaux, et alors
que les départements s'engagent dans la préparation de leur schéma stratégique pour les 4 ans à
venir.
Je tiens à remercier particulièrement les conférenciers invités à ce colloque, qui nous ont fait
l'honneur de venir jusqu'ici.
Je remercie également les membres du Comité Scientifique, pour leur contribution à la mise en
place du programme des quatre sessions et le rôle d'animation qu'ils auront durant ces journées.
Enfin, je remercie le comité d'organisation de l'équipe MICA qui s'est pleinement investi pour
aboutir à la réussite de ces journées.
Je vous souhaite un excellent colloque,
Emmanuelle Maguin, Chef du département MICA
5
Comité d'organisation et comité scientifique
Comité d'organisation :
•
•
•
piloté par Emmanuelle Maguin : Chef du département Mica
coordonné par Sandrine Ayuso et Danielle Canceill
soutien logistique de Monique Cantonnet, Cristelle Celton et Vincent Gitton
Département Mica, UAR1194
INRA, Domaine de Vilvert, Bât. 522
78352 Jouy-en-Josas Cedex
01 34 65 25 20
[email protected]
www.inra.fr/mica/
Comité scientifique :
Sessions
Noms
(coordinateurs : en gras)
Unités
(Dpt Mica, sauf autre mention)
1. Écosystèmes
Jean-Jacques Godon
Marc Buée
Annick Bernalier
Pascal Bonnarme
Marie Champomier-Vergès
Christophe Mougel
Diego Morgavi
LBE, Narbonne
IAM, Nancy (Dpts EA/EFPA)
Mic, Clermont-Theix
Micalis, Jouy
GMPA, Grignon
MSE, Dijon (Dpt SPE)
RH, Clermont-Theix (Dpt Phase)
2. Biodiversité –
Émergence du risque
(variabilité génomique et
facteurs de risque)
Christine Citti
Xavier Nesme
Alain Blanchard
Yves Le Loir
Sophie Payot-Lacroix
Catherine Schouler
IHAP, Toulouse (Dpt SA)
EM, Lyon (Dpt SPE)
GDPP, Bordeaux (Dpts SPE/SA)
STLO, Rennes
LGM, Nancy
IASP, Tours
3. Interactions
microorganismeshôtes (aspects
mécanistiques)
Marie-Anne Barny
Isabelle Virlogeux-Payant
Hélène Bierne
Christina Nielsen
Frédéric Taieb
IBP, Versailles (Dpt SPE)
IASP, Tours
IBC, Pasteur Paris
Micalis, Jouy
IHAP, Toulouse
4. Biologie des
systèmes
Ivan Mijakovic
Sylvie Dequin
Rut Carballido-Lopez
Vincent Fromion
Micalis, Jouy
SPO, Montpellier
Micalis, Jouy
MIG, Jouy (Dpt MIA)
6
Programme
NB Les posters seront affichés et accessibles pendant toute la durée du colloque, dans le hall
d'exposition. L'auteur-orateur doit être présent devant son poster à l'une des deux séances
programmées, selon le numéro attribué au poster : numéros impairs à la 1ère séance, et
numéros pairs à la 2ème séance.
Mercredi 5 mai 2010
12:00-14:00 Accueil des participants et Déjeuner - buffet au Palais des congrès
14:00
Introduction E. Maguin
14:15-17:45 Session 1 – Écosystèmes
Modérateurs : C. Mougel et M. Buée
14:15
Conférencier invité : Pr. James I. Prosser, University of Aberdeen, Scotland,
Royaume-Uni
The molecular unravelling of soil nitrifiers
15:00
O1 - Génétique, génomique et post-génomique pour comprendre le déterminisme des
proliférations de cyanobactéries et de leur toxicité dans les écosystèmes aquatiques
continentaux – J.F. Humbert
O2 - Recherche non ciblée de virus de plantes par une approche métagénomique :
l'exemple des iles sub-antarctiques françaises – A. Marais
O3 - Impact de la saison sur la structure des communautés bactériennes impliquées
dans l'altération des minéraux dans un sol forestier acide – C. Collignon
15:15
15:30
15:45
Pause – Café (30 mn)
Modérateurs : JJ Godon et P. Bonnarme
16:15
Conférencier invité : Théodore BOUCHEZ, Cemagref, Antony
Exploration du fonctionnement des communautés microbiennes de
méthanisation
16:45
O4 - Implications de la diversité phylogénétique et fonctionnelle : cas de la
dégradation des xénobiotiques – G. Hernandez-Raquet
O5 - Empreintes génotypiques des populations de Lactobacillus sakei au sein des
produits carnés. Comprendre la capacité évolutive de l'espèce dans sa diversité au
sein de niches écologiques variables.- S. Chaillou
O6 - Atténuation de la virulence de Staphylococcus aureus en matrice fromagère –
M. Crétenet
O7 – Le microbiote intestinal humain méta-revisité – J. Doré
17:00
17:15
17:30
17:45-19:15 1ère séance de Posters (Numéros impairs) – Hall d'exposition
7
19:30
Dîner au Palais des congrès
21:00-23:00 Table ronde : "Information et discussion sur la programmation INRA transdépartements"
Intervenants :
•
François Houllier, Directeur général délégué à l'organisation, aux moyens et à
l'évaluation scientifiques
•
Xavier Leverve, Directeur scientifique Alimentation
•
Thierry Pineau, Chef du département Santé Animale
•
Emmanuelle Maguin, Chef du département MICA
Jeudi 6 Mai 2010
08:30-12:00 Session 2 : Biodiversité - Émergence du risque
Modérateurs : A. Blanchard et/ou C. Schouler
08:30
Conférencier invité : Pr. Erick Denamur, Fac. de Médecine X. Bichat, Paris, France
Escherichia coli : une bactérie diverse à tous les niveaux
09:30
09:45
O8 - Génomique des populations de Borrelia responsables de la maladie de Lyme –
X. Bailly
O9 - Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans
l'individualisation en écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens
– F. Lasalle
10:00
Modérateurs : A. Blanchard et/ou C. Schouler
10:30
10:45
11:00
11:15
11:30
11:45
12:00
O10 - Vers de nouveaux indicateurs de contamination des eaux – N. Wéry
O11 - GenoVA, a new approach to assess intraspecies genetic variability in complex
genomic mixes – M. Almeida
O12 - A simple and efficient method to search for selected primary transcripts: small
noncoding RNAs in the human pathogen Enterococcus faecalis – F. Repoila
O13 - Caractérisation de Xanthomonas arboricola, espèce bactérienne responsable
de bactérioses émergentes, par séquençage multiloci de gènes de ménage – M.
Fischer-Le Saux
O14 - Comparaison exhaustives de souches de Staphylococcus aureus isolées de
mammites gangreneuses et subcliniques en élevage ovin – Y. Le Loir
O15- Transfert conjugatif et mobilisation d’ilots génomiques chez les streptocoques –
S. Payot-Lacroix
Déjeuner au Palais des congrès
8
13:30 -14:45 2ème séance de Posters (Numéros pairs) – Hall d'exposition
15:00-19:00 Session 3 : Interactions microorganismes-hôtes
Modérateur : H. Bierne
15:00
Conférencier invité : Pr. Thomas F. Meyer, Max Planck Institut for Infection Biology,
Berlin, Allemagne
Elucidating the function of host cells during infection
15:45
O16- Experimental evolution of a plant pathogen into a legume symbiont – C.
Masson-Boivin
O17- Les effecteurs de type III : de bons candidats pour expliquer la spécificité d'hôte
chez les Xanthomonas. – T. Boureau
O18- Modulation de la voie NF-kappaB dans les épithéliales intestinales par des
souches commensales de streptocoques du groupe salivarius – G. Kaci
O19- Étude du dialogue hôte/microbiote intestinal dans l'homéostasie intestinale –
L. Wrzosek
16:00
16:15
16:30
16:45
Modérateur : F. Taieb
17:15
17:30
17:45
18:00
18:15
18:30
18:45
O20 - Dynamique d'expression des gènes du régulon flagelle lors du processus
infectieux de la bactérie entomopathogène Xenorhabdus – G. Jubelin
O21 - Critical role of dispensable genes in host-colonization by the minimal pathogen
Mycoplasma agalactiae – E. Baranowski
O22 - Salmonella enteritidis est capable d'entrer dans les cellules par un mécanisme
de type zipper – M. Rosselin
O23 - Role of type IV secretion system of Bartonella in host-specific infection of
erythrocytes – M. Vayssier-Taussat
O24 - Un facteur de virulence sécrété par Listeria monocytogenes cible un complexe
chromatinien de répression des gènes humains – A. Lebreton
O25 - L'insecte comme modèle pour l'identification de nouveaux facteurs d'adaptation
et de virulence de Bacillus cereus – C. Nielsen-Leroux
O26 - L'altération du processus d'autophagie favorise la persistance des Escherichia
coli adhérents et invasifs (AIEC) associés à Crohn en cellules épithéliales et
macrophages – P. Lapaquette
19:00
Clôture Session 3
19:00
Accès libre au Parc d'attractions du Futuroscope
20:30
Cocktail - Dîner de gala au restaurant Les Saveurs du Soleil dans le Parc
d'attractions du Futuroscope
22 :30
Possibilité d'assister au spectacle nocturne
23:00
Fermeture du Parc
9
Vendredi 7 Mai 2010
08:30-12:00 Session 4 : Biologie des systèmes
Modérateur : I. Mijakovic
08:30
Conférencier invité : Pr. Jens Nielsen, Chalmers University of Technology, Göteborg,
Suède
Prospects of systems biology for advancing our understanding of global
regulation of metabolism
09:30
Invité INRA : Vincent Fromion, Unité MIG, INRA, France
"State of the art" de la biologie des systèmes à l'INRA
09:45
O27 - Transcriptional vs post-transcriptional processes: what is important for
Lactococcus lactis adaptation? – M. Cocaign-Bousquet
10:00
Modérateur : S. Dequin
10:30
10:45
11:00
11:15
11:30
11:45
O28 - CcpA : un facteur de transcription déterminant dans l'adaptation de Bacillus
subtilis à un changement de source de carbone.- N. Pigeonneau
O29 - A system biology study of the response of Saccharomyces cerevisiae to a
NADPH perturbation - M. Celton
O30 - Deciphering regulation dynamics in living Bacillus subtilis cells – M. Jules
O31 - Adaptation nutritionnelle chez Bacillus subtilis : régulation transcriptionnelle du
métabolisme central et au-delà – L. Le Chat
O32 - Carte transcriptionnelle complète de Bacillus subtilis – T. Rochat
O33 - Mécanismes d'activation du facteur sigma RpoE2, régulateur majeur de la
réponse générale aux stress chez Sinorhizobium meliloti – B. Bastiat
12:00
Conclusion E. Maguin
12:15
Clôture des Journées des microbiologistes de l'INRA
12:15
Déjeuner au Palais des congrès
10
Session 1 – Écosystèmes
11 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
12 Sommaire Session 1
Conférenciers invités – Session 1 ......................................................................... 16 The molecular unravelling of soil nitrifiers ........................................................................................ 16 James I. Prosser ................................................................................................................................ 16 Exploration du fonctionnement des communautés microbiennes de méthanisation ................... 17 Théodore Bouchez ............................................................................................................................ 17 Communications orales – Session 1 ..................................................................... 18 O1 - Génétique, génomique et post-génomique pour comprendre le déterminisme des
proliférations de cyanobactéries et de leur toxicité dans les écosystèmes aquatiques
continentaux.......................................................................................................................................... 19 Jean-François Humbert1, E. Briand2, L. Frangeul3, D. Latour4, D. Pobel5, C. Quiblier6, P. Quillardet7,
J. Robin5, M. Sabart4, C. Straub7 et N. Tandeau de Marsac7 .............................................................. 19 O2 – Atténuation de la virulence de Staphylococcus aureus en matrice fromagère ..................... 20 Marina Crétenet1, Jennifer Rivière1, Lucie Gouffier1, Sébastien Nouaille2, Pascal Loubière2, Yves Le
Loir1 et Sergine Even1 ......................................................................................................................... 20 O3 - Recherche non ciblée de virus de plantes par une approche métagénomique : l’exemple
des îles subantarctiques françaises ................................................................................................... 21 Armelle Marais1, Chantal Faure1, Salma Arous1, Laurence Svanella-Dumas1, Carole Couture1,
Maurice Hullé² et Thierry Candresse1 ................................................................................................. 21 O4 - Impact de la saison sur la structure des communautés bactériennes impliquées dans
l’altération des minéraux dans un sol forestier acide ....................................................................... 22 Christelle Collignon, C. Uroz, M.P. Turpault et P. Frey-Klett ............................................................ 22 O5 - Implications de la diversité phylogénétique et fonctionnelle : cas de la dégradation des
xénobiotiques........................................................................................................................................ 23 Guillermina Hernandez-Raquet, Elodie Durand, Florence Braun et Jean-Jacques Godon ............. 23 O6 - Empreintes génotypiques des populations de Lactobacillus sakei au sein des produits
carnés. Comprendre la capacité évolutive de l’espèce dans sa diversité et son comportement
global au sein de niches écologiques variables ................................................................................ 24 Stéphane Chaillou, Isabelle Lucquin, Morgan Guilbaud, Monique Zagorec et Marie ChampomierVergès ................................................................................................................................................. 24 O7 – Le microbiote intestinal humain méta-revisité .......................................................................... 25 Joël Doré ............................................................................................................................................ 25 Posters - Session 1 ................................................................................................. 26 P1 - Diversité interspécifique chez Oenococcus oeni....................................................................... 27 Julen Bridier1, Olivier Claisse1, Monika Coton2, Cécile Desmarais2, Cécile Miot-Sertier1, Emmanuel
Coton2 et Aline Lonvaud-Funel1 .......................................................................................................... 27 P2 - Construction and characterization of novel recombinant Lactococcus lactis and
Lactobacillus casei invasive strains ................................................................................................... 28 Marcela Azevedo1, Moru Vaze2, Francois Lefèvre3, Johannes Fruehauf2, Vasco Azevedo4, Anderson
Miyoshi4, Philippe Langella1 and Jean-Marc Chatel1 ......................................................................... 28 P3 - Étude des interactions entre Staphylococcus aureus et Lactococcus lactis en matrice
fromagère .............................................................................................................................................. 29 Marina Crétenet1, Jennifer Rivière1, Lucie Gouffier1, Sébastien Nouaille2, Pascal Loubière2, Yves Le
Loir1 et Sergine Even1 ......................................................................................................................... 29 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
13 P4 - Le régulon du facteur alternatif sigma H de Lactobacillus sakei ............................................. 30 Solveig Schmid, Aude Le Nevé, Julie Flor, Flore Le Moël, Monique Zagorec, Marie-Christine
Champomier-Vergès et Anne-Marie Crutz-Le Coq ........................................................................... 30 P5 - Relatedness of Propionibacterium freudenreichii strains from diverse origins using a
multilocus sequence typing scheme .................................................................................................. 31 Marion Dalmasso1, Pierre Nicolas2, Hélène Falentin1, Jarna Tanskanen3, Florence Valence-Bertel4,
and Anne Thierry1 ............................................................................................................................... 31 P6 - Interactions de bactéries a gram négatif dans un écosystème microbien complexe de
fromage à pâte pressée non cuite ....................................................................................................... 32 Céline Delbès-Paus1, E. Coton2, M. Coton2, S. Helinck3, F. Irlinger3, C. Bord4, A. Lebecque4, S.
Pochet5 et M.-C.Montel1 ...................................................................................................................... 32 P7 - Utilisation du fer par une bactérie de la viande : Lactobacillus sakei ..................................... 33 Philipe Duhutrel1, C. Bordat2, J.-L. Guerquin Kern3, 4, M. Zagorec1 et M.-C. Champomier Vergès1 . 33 P8 - Bases moléculaires d’un nouveau mécanisme de quorum-sensing chez les
streptocoques ....................................................................................................................................... 34 Betty Fleuchot1, Christophe Gitton1, Alain Guillot2, Colette Besset1, Véronique Monnet1,2 et Rozenn
Gardan1 ............................................................................................................................................... 34 P9 - Interactions between Brevibacterium aurantiacum and Kluyveromyces lactis: study of two
indispensable bacterium and yeast of cheese ripening ecosystem by biochemical and
transcriptomic approaches .................................................................................................................. 35 Marie-Pierre Forquin1, Agnès Hébert2, Julie Aubert3, Karine Houede1, Valentin Loux4, Isabelle
Martin-Verstraete5, Jean-Marie Beckerich2, Sophie Landaud1 et Pascal Bonnarme1 ......................... 35 P10 - Lien entre taille et diversité microbienne : l’exemple des microbiotes digestifs du termite à
l’éléphant ............................................................................................................................................... 36 Jean-Jacques Godon, Arul Arulazhagan, Jean-Philippe Steyer et Jérôme Hamelin ........................ 36 P11 - Kluyveromyces lactis : une levure de l’écosystème fromager ............................................... 37 Agnès Hébert, Marie-Pierre Forquin, Aurélie Roux, Julie Aubert, Christophe Junot, Sophie Landaud,
Pascal Bonnarme et Jean-Marie Beckerich ........................................................................................ 37 P12 - La colonisation intestinale par Clostridium difficile chez l’enfant impacte significativement
la composition du microbiote commensal ......................................................................................... 38 C. Rousseau1, Florence Levenez2, C. Fouqueray2, J. Doré2, P. Lepage2 et A. Collignon1................ 38 P13 - Étude de la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés bactériennes
colonisant la surface de minéraux enterrés en sols forestiers ........................................................ 39 Cendrella Lepleux, M-P. Turpault, P. Oger, P. Frey-Klett and S. Uroz ............................................. 39 P14 - Inhibition of Debaryomyces hansenii by Yarrowia lipolytica, competing for substrates..... 40 Reine Malek, P. Bonnarme, JM. Beckerich, P. Frey Klett and F. Irlinger ........................................... 40 P15 - Variabilité de la résistance au stress environnemental chez les bactéries lactiques :
exemple du rôle de la voie de l’ornithine décarboxylase dans la résistance au stress acide ...... 41 Andrea Romano, Aline Lonvaud-Funel et Patrick Lucas .................................................................. 41 P16 - Molecular identification of the cecal microbiota of tunisian poultry ...................................... 42 Soumaya Messaoudi1,2, Mounir Ferchichi1, Hervé Prevost1 and Xavier Dousset1 ............................ 42 P17 - L’écosystème microbien des sols viticoles; incidence des pratiques culturales ................ 43 A. Mercier1, Cécile Miot-Sertier1, G. Martins1, M.L. Soulas1, G. Soulas1, I. Masneuf-Pomarède2 et A.
Lonvaud1 ............................................................................................................................................. 43 P18 - Études des spécificités phylogénétiques du microbiote d’individus atteints de la maladie
de Crohn ................................................................................................................................................ 44 Stanislas Mondot1, S. Kang3, J. P. Furet1, P. Lepage1, K. Le Roux1, J. Doré1, C. McSweeney3, M.
Morrison3, P. Marteau2 et M. Leclerc1 ................................................................................................. 44 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
14 P19 - Séquençage du génome d'Arthrobacter arilaitensis, une espèce appartenant à la flore de
surface de nombreux fromages .......................................................................................................... 45 Christophe Monnet1, Françoise Irlinger1, Eric Spinnler1, Valentin Loux2, Jean-François Gibrat2,
Valérie Barbe3, Benoit Vacherie3, Frederick Gavory3, Patricia Siguier4, Edith Simonnot4, Michaël
Chandler4, Rayda Elleuch5 et Tatiana Vallaeys6 ................................................................................. 45 P20- Implication des systèmes à deux composants dans les réponses de Streptococcus
thermophilus à des changements environnementaux, dont la co-culture avec Lactobacillus
bulgaricus .............................................................................................................................................. 46 Benoît Thévenard1, Pascal Fourcassié2, Véronique Monnet1, Patrick Boyaval2 et Françoise Rul1 .... 46 P21 - Identification of a secreted lipolytic esterase in Propionibacterium freudenreichii ............. 47 Julien Dherbécourt1,2, Hélène Falentin1,2, Julien Jardin1,2, Frédérique Barloy-Hubler3, and Anne
Thierry1,2 ............................................................................................................................................. 47 P22 - Identification et suivi des bactéries impliquées dans l’altération des minéraux et la fertilité
des sols forestiers ................................................................................................................................ 48 Stéphane Uroz, M-P. Turpault, P. Frey-Klett, C. Calvaruso, C. Colligon, C. Lepleux, P. Oger, J.
Leveau, M. Buée, F. Martin, C. Murat, J-C. Pierrat et W. de Boer ..................................................... 48 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
15 Conférenciers invités – Session 1
The molecular unravelling of soil nitrifiers
James I. Prosser
[email protected]
Institute of Biological and Environmental Sciences, University of Aberdeen, Cruickshank Building, St
Machar Drive, Aberdeen, Scotland, AB24 3UU, United-Kingdom
Biography :
Jim Prosser is Professor in Environmental Microbiology in the Institute of Biological and Environmental
Sciences at the University of Aberdeen. His research focuses on the diversity and ecosystem function of
microbial communities and on the use of molecular techniques to characterise natural communities of
microorganisms in soil and in aquatic environments. This research has uncovered novel microbial groups
involved in biogeochemical cycling processes, in particular nitrification, which plays a central in the global
nitrogen cycle.
He is a Fellow of the American Academy of Microbiology and of the Royal Society of Edinburgh, Chief
Editor of FEMS Microbiology Ecology and a Director of NCIMB Ltd., a microbiological services spin-out
company from the University of Aberdeen.
Abstract :
Nitrification, the oxidation of ammonia to nitrite and, subsequently to nitrate, plays a central role in the
biogeochemical cycling of nitrogen in marine, freshwater and terrestrial environments and in the removal
of ammonia in wastewater treatment processes. The first and rate-limiting step in nitrification, the
oxidation of ammonia to nitrite, was thought to be carried out exclusively by bacteria: aerobic
betaproteobacteria and gammaproteobacteria and anaerobic planctomycetes. In recent years, evidence
has accumulated that overturns this view and suggests strongly that previously uncultivated, nonthermophilic crenarchaea may play the major role in global nitrification.
Initial evidence for archaeal ammonia oxidation came from soil and marine metagenomic studies and was
confirmed by isolation of a marine chemolithotrophic archaeal ammonia oxidiser in laboratory culture.
Subsequent molecular studies have demonstrated the ubiquity of archaeal ammonia monooxygenase
genes and quantification of gene abundance suggests that they may be more abundant than bacterial
ammonia oxidisers in terrestrial and marine environments. Soil microcosm studies, in which transcriptional
activity has been assessed by quantification of ammonia monooxygenase gene transcripts in extracted
mRNA, also suggest that they may be the major contributors to ammonia oxidation.
These studies demonstrate our ignorance of ecosystem functions of major groups of abundant
uncultivated microorganisms in natural environments. They may also have significant consequences for
models of global nitrogen cycling, loss of ammonia-based fertilisers and production of the greenhouse gas
nitrous oxide. They also illustrate the enormous advantages and limitations of molecular techniques when
applied to microbial ecology.
16 Exploration du fonctionnement des communautés microbiennes de méthanisation
Théodore Bouchez
[email protected]
Unité Hydrosystèmes et Bioprocédés du groupement d'Antony, Cemagref, Centre d'Antony, Parc de
Tourvoie, BP 44, F 92163 Antony Cedex
Biographie :
Théodore Bouchez graduated in 1996 from AgroParisTech in biotechnological engineering. He completed
his PhD in 2000 in INRA-LBE about bioaugmentation of pure cultures in activated sludge. He was a
research scientist in Hydrosystems and Bioprocesses research unit from Cemagref-Antony since 2001.
He first focused on engineering issues associated to Municipal Solid Waste landfilling (clogging of
drainage layers, leachate recirculation, etc...). He started the progressive set-up of a microbial ecology lab
in 2002 and became environmental microbiology group leader in 2007. His main research focus is about
understanding of the diversity-function relationships in complex anaerobic communities of microbes.
Résumé :
La digestion anaérobie des déchets permet de produire du méthane, énergie renouvelable qui peut être
valorisée. Nous cherchons à caractériser le fonctionnement des écosystèmes microbiens de
méthanisation. Ils sont constitués de microorganismes non cultivés, intervenant en série ou en parallèle
dans une cascade catabolique. Le marquage isotopique au 13C de substrats d'intérêt (13C-cellulose, 13Cglucose, 13C-acétate, 13C-méthanol) permet de suivre leur biodégradation et d'isoler les acides nucléiques
ayant incorporé du 13C (méthodologies Stable Isotope Probing), issus des groupes microbiens
fonctionnels activement impliqués dans un processus métabolique ciblé. Après séparation des acides
nucléiques lourds et légers, des empreintes moléculaires (SSCP) et des inventaires d'ADNr 16S sont
réalisées afin d'identifier les groupes fonctionnels présumés. Des sondes spécifiques sont élaborées afin
de permettre leur visualisation et leur étude in situ. Une nouvelle méthodologie baptisée SIMSISH (Li et
al., 2008, Environ. Microbiol.) permet, à l'aide d'un NanoSIMS, de mesurer de la composition isotopique
des différents groupes fonctionnels repérées à l'aides d'oligonucléotides halogénés. Ces données
permettent ensuite d'élaborer différents schémas métaboliques, représentés sous forme de modèles
mathématiques couplant flux de matières et dynamiques microbiennes. Enfin, afin d'avoir une vision plus
précise des mécanismes réactionnels en jeu, ces informations métaboliques sont complétées par
l'analyse du métaprotéome de la communauté, caractérisé en nanoLC-MS à l'aide d'approches de type
'shotgun'..
17 Communications orales – Session 1
(par ordre chronologique des présentations)
18 O1 - Génétique, génomique et post-génomique pour comprendre le déterminisme des
proliférations de cyanobactéries et de leur toxicité dans les écosystèmes aquatiques continentaux
Jean-François Humbert1, E. Briand2, L. Frangeul3, D. Latour4, D. Pobel5, C. Quiblier6, P. Quillardet7,
J. Robin5, M. Sabart4, C. Straub7 et N. Tandeau de Marsac7
[email protected] 1
UMR7618 BIOEMCO UPMC-CNRS-INRA-IRD-ENS-AgroParisTech-Université Paris-Est, 46 rue d'Ulm
750005 Paris
2
UMR6553 ECOBIO, Université Rennes 1, Rennes
3
Unité de Génomique des Microorganismes Pathogènes, Institut Pasteur, Paris
4
UMR6023 LMGE, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand
5
ERA, ISARA, Lyon
6
USM 505, MNHN, Paris
7
Unité des Cyanobactéries, Institut Pasteur, Paris
Les cyanobactéries jouent un rôle majeur dans le fonctionnement de notre écosystème terrestre en
participant à une part importante de la production primaire des océans et de l'enrichissement de notre
atmosphère en oxygène, mais aussi en étant à la base de nombreux réseaux trophiques. En revanche,
sous certaines conditions environnementales (eutrophisation), ces microorganismes peuvent aussi
gravement perturber le fonctionnement et les usages des écosystèmes, en particulier des écosystèmes
aquatiques continentaux. L'un des problèmes les plus importants repose sur la capacité de nombreuses
espèces à proliférer et à synthétiser des toxines dangereuses pour la santé humaine et animale. Pour
comprendre le déterminisme de ces proliférations et de la production de toxines, nous développons
depuis quelques années des travaux qui reposent à la fois sur des approches écosystémiques et sur
l'utilisation des outils de la génétique, de la génomique et de la post-génomique.
Parmi les résultats obtenus, le séquençage du génome d'une des espèces toxiques les plus
communément impliquées dans ces événements de proliférations, Microcystis aeruginosa, a montré que
ce génome se caractérisait par une plasticité importante qui peut être mise en relation avec les capacités
de Microcystis à proliférer dans des environnements très divers (Frangeul et al., 2008). Des travaux de
génétique des populations ont par ailleurs révélé, chez cette même espèce, qu’au cours des proliférations
différents génotypes peuvent se succéder et que la sélection de ces génotypes s’opère à des échelles
très locales (Briand et al., 2009, Sabart et al., 2009). Ces modifications dans la composition génotypique
des populations se traduisent par des variations, au sein des populations, dans les proportions de cellules
capables de produire ou non les microcystines qui sont des toxines hépatiques (Briand et al., 2008a ;
Sabart et al., 2010). Pour mieux comprendre ces variations, les coûts et bénéfices à produire ces
métabolites ont été comparés dans diverses conditions environnementales (Briand et al., 2008b). Enfin le
rôle de ces microcystines pour les cellules qui les produisent est en cours d’étude par une approche de
transcriptomique et de protéomique comparées sur une souche toxique et son mutant non toxique
(Straub et al., soumis).
Références bibliographiques :
Briand et al. 2008a. Temporal variations in the dynamics of potentially microcystin-producing strains in a bloomforming Planktothrix agardhii (cyanobacteria) population. Appl. Env. Mic. 74, 3839-3848.
Briand et al. 2008b. Comparative studies on the fitness of microcystin-producing and non-producing Planktothrix
agardhii strains cultivated under different environmental conditions. Env. Microbiol. 10, 3337-3348.
Briand et al. 2009. Spatiotemporal changes in the genetic diversity of a bloom-forming Microcystis aeruginosa
(cyanobacteria) population. The ISME Journal 3, 419-429.
Frangeul et al. 2008. Highly plastic genome of Microcystis aeruginosa PCC7806, a ubiquitous toxic freshwater
cyanobacterium. BMC Genomics 9, 274.
Sabart et al. 2009. Spatiotemporal changes in the genetic diversity in French bloom-forming populations of the toxic
cyanobacterium, Microcystis aeruginosa. Env. Microbiol. Reports 1, 263-272.
Sabart et al. 2010. Spatiotemporal variations in the microcystin concentrations and in the proportions of potentially
microcystin producer genotypes in several Microcystis aeruginosa populations. En révision pour Appl. Env.
Microbiol.
Straub et al. A day in the life of Microcystis PCC7806, studied by a trancriptomic approach. Soumis à New Phytol.
Mots-clés : cyanobactéries, écologie, toxicité, génétique, génomique, post-génomique
19 O2 – Atténuation de la virulence de Staphylococcus aureus en matrice fromagère
Marina Crétenet1, Jennifer Rivière1, Lucie Gouffier1, Sébastien Nouaille2, Pascal Loubière2, Yves Le
Loir1 et Sergine Even1
[email protected]
1
2
UMR1253 STLO, INRA-Agrocampus Ouest, 65 rue de Saint Brieuc 35042 Rennes
UMR0792 Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés INRA-INSA-CNRS-UPS,
135 avenue de Rangueil 31077 Toulouse
Staphylococcus aureus est une des principales causes de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC)
en France en raison de la production d’entérotoxines par certaines souches. Les produits laitiers, en
particulier les fromages, sont particulièrement incriminés dans les TIACs à S. aureus. Si la physiologie et
la virulence de S. aureus sont largement étudiées en condition de laboratoire, elles sont assez peu
documentées dans le contexte fromage. Le fromage constitue pourtant un écosystème dynamique et
complexe dans lequel S. aureus est soumis à des conditions physico-chimiques changeantes et
particulières : divers stress (température, milieu carence en acides aminés libres), croissance en milieu
liquide puis matrice solide.
Notre objectif est d’étudier la dynamique d’expression de S. aureus in situ, en matrice fromagère. Le profil
d’expression de S. aureus en culture pure en matrice fromagère a été comparé au transcriptome de S.
aureus cultivé en mode planctonique en milieu chimiquement défini (MCD) afin de caractériser l’effet de la
matrice.
En culture pure sur matrice fromagère, S. aureus reste métaboliquement actif pendant 7 jours et subit un
stress modéré. De manière surprenante, l’expression de plusieurs facteurs de virulence sécrétés et
notamment des entérotoxines est réprimée par rapport à une croissance en MCD. Cette approche
transcriptomique in situ, dans des conditions proches des conditions technologiques renforce l’idée d’une
relation forte entre environnement, métabolisme et virulence. Une meilleure compréhension des
phénomènes mis en jeu, in situ, en matrice fromagère permettra de mieux contrôler les contaminations à
S. aureus.
Ce travail a reçu le support des projets ANR GENOFERMENT et NABAB.
Mots-clés : Staphylococcus aureus, milk, cheese, virulence, enterotoxin
20 O3 - Recherche non ciblée de virus de plantes par une approche métagénomique : l’exemple des
îles subantarctiques françaises
Armelle Marais1, Chantal Faure1, Salma Arous1, Laurence Svanella-Dumas1, Carole Couture1,
Maurice Hullé² et Thierry Candresse1
[email protected]
1
UMR1090 Génomique Diversité Pouvoir Pathogène INRA-Université Bordeaux 2 BP 81 33883 Villenave
d'Ornon cedex
2
UMR1099 BiO3P INRA-Agrocampus Ouest-Université de Rennes 1 Le Rheu
Les études de métagénomique actuellement en cours concernent pour l’essentiel le monde bactérien.
Parmi les études réalisées sur le métagénome viral, seules une ou deux concernent les virus de plantes,
alors même que la connaissance de la diversité globale des virus phytopathogènes dans un milieu aurait
des retombées importantes dans les domaines de la taxonomie, de l’écologie virale et, Potentiellement,
pour la compréhension de l'évolution virale et des maladies émergentes.
Dans le cadre du projet ANR EVINCE, nous réalisons un inventaire des virus phytopathogènes dans
l'écosystème particulier des îles sub-antarctiques françaises. Cet environnement contraignant est
caractérisé par une flore paucispécifique sur lesquelles l’introduction de plantes, d’insectes mais aussi de
virus pourrait avoir un effet important. Hors, rien n’est connu aujourd’hui sur les populations de virus
phytopathogènes dans ces écosystèmes, hormis la description d’un Badnavirus original dans les îles
Macquarie
Deux approches ont été suivies : l’une, généraliste, basée sur l’analyse par séquençage classique ou
pyroséquençage des ARN double brin extraits de plantes présentant ou non des symptômes; l’autre plus
ciblée mettant en œuvre des tests de détection polyvalente ciblant divers genres viraux.
Les premiers résultats sont très prometteurs et montrent la présence, sur des espèces endémiques et/ou
introduites, de virus connus (Cherry leaf roll virus, Barley yellow dwarf virus, Cucumber mosaic virus) et
de virus jusqu’alors inconnus. Ces données suggèrent de possibles introductions virales (graines
infectées…) mais aussi potentiellement une transmission entre plantes par insecte vecteur.
Mots-clés : Virus phytopathogène, métagénome, Kerguelen
21 O4 - Impact de la saison sur la structure des communautés bactériennes impliquées dans
l’altération des minéraux dans un sol forestier acide
Christelle Collignon, C. Uroz, M.P. Turpault et P. Frey-Klett
[email protected]
UR1138 Biogéochimie des Ecosystèmes Forestiers INRA de Nancy, 54280 Champenoux
Dans les écosystèmes forestiers à faibles intrants, l’altération des minéraux est l’un des processus
majeurs assurant le maintien de la disponibilité des éléments nutritifs dans les sols forestiers. Les
communautés bactériennes sont connues pour contribuer à l’altération des minéraux et permettent ainsi
de libérer dans le sol des nutriments disponibles pour la nutrition des arbres. Il est admis que les besoins
nutritifs des arbres varient au cours de l’année, cependant la dynamique saisonnière des communautés
bactériennes impliquées dans l’altération des minéraux n’a jamais été appréhendée. Dans ce contexte,
nous avons isolé 315 souches bactériennes de la rhizosphère et du sol environnent à quatre saisons
différentes sous épicéa et sous hêtre. L’efficacité d’altération des souches bactériennes a été
caractérisée à l’aide d’un test en microplaque permettant de mesurer la quantité de fer libérée à partir
d’un minéral fréquent dans les sols. L’analyse fonctionnelle des souches a révélé que la structure des
communautés bactériennes altérantes dépendait de l’essence forestière et de la saison. Nous avons
montré que sous hêtre, l’efficacité d’altération des souches isolées du sol environnant ne variait pas avec
la saison alors que celle des souches isolées de la rhizosphère était plus élevée en automne. A l’inverse,
nous avons montré que sous épicéa les souches bactériennes isolées du sol environnent étaient plus
altérantes en été et au printemps et celles isolées de la rhizosphère étaient plus altérantes en été.
Mots-clés : communautés bactériennes; altération des minéraux; rhizosphère; variation saisonnière
22 O5 - Implications de la diversité phylogénétique et fonctionnelle : cas de la dégradation des
xénobiotiques
Guillermina Hernandez-Raquet, Elodie Durand, Florence Braun et Jean-Jacques Godon
[email protected]
UR0050 Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement Avenue des Etangs 11100 Narbonne
La réduction de la biodiversité observée actuellement, a développée un fort intérêt sur le rôle de la
biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes. Diverses études proposent l’existence d’une
relation positive entre la biodiversité et les processus des écosystèmes1 alors que d’autres études
montrent peu ou nul effet de cette diversité2. A l’heure actuelle, peu d’études concernent la relation entre
la diversité et des fonctions telles que la dégradation des hydrocarbures alors que l’élimination des
polluants, tels les hydrocarbures, dans l’environnement dépend de la présence dans les communautés
microbiennes d'espèces capables de les dégrader.
Dans cette étude, nous avons évalué l’impact de l’érosion de la diversité, produite par dilution, dans une
communauté de boues activées. Nous nous sommes intéressés à l’effet de la dilution sur la versatilité
métabolique et la capacité à dégrader des polluants aromatiques polycycliques. D’autre part, nous avons
étudié l’influence de la diversité phylogénétique (ADNr 16S) et des gènes fonctionnels sur cette capacité
de dégradation.
Nos résultats montrent que l’érosion de la diversité modifie la structure physique des communautés
microbiennes, la production de biomasse et le rendement en biomasse. Également, l’érosion de la
diversité a un fort impact sur la versatilité métabolique, alors que la fonction de dégradation des
hydrocarbures est perdue très rapidement lorsque la diversité diminue. D’autre part, la capacité à
dégrader des polluants est plus forte dans des écosystèmes présentant une diversité fonctionnelle
élevée. Ainsi, la diversité de l’écosystème, et particulièrement la diversité fonctionnelle, doit être
considérée dans l’optimisation des procédés de dépollution.
Balvanera et al. 2001. Science, 16: 2047 ; Cardinale et al. 2002. Nature, 415: 426- 429; Tilman et al..
1996. Nature 379: 718–720
2
Yachi et Loreau 1999. PNAS 96: 1463-1468
3
Franklin et Mills. 2006. Microbial Ecology, 52: 280-288; Griffiths et al., 2000. Oikos 90 : 279-294 ;
Griffiths et al., 2001. Soil Biology and Biochemistry, 33: 1713-1722; Wertz et al.,2006. Environ Microbiol,
8 : 2162-2169; Wertz et al., 2007. Environ Microbiol 9 : 2211-2219.
1
Mots-clés : Biodiversité, dégradation, polluants, HAP
23 O6 - Empreintes génotypiques des populations de Lactobacillus sakei au sein des produits
carnés. Comprendre la capacité évolutive de l’espèce dans sa diversité et son comportement
global au sein de niches écologiques variables
Stéphane Chaillou, Isabelle Lucquin, Morgan Guilbaud, Monique Zagorec et Marie Champomier-Vergès
[email protected] UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
Lactobacillus sakei est une bactérie lactique des viandes capable de dominer cet écosystème microbien
sans provoquer d’altération, une particularité sur laquelle est basé le développement de cultures
protectrices des produits carnés dans un axe d’ingénierie écologique. Pour mettre en œuvre cette
stratégie prometteuse et innovante, il est primordial de comprendre : (1) comment L. sakei peut s’adapter
aux variations des différents paramètres physico-chimiques (redox et nutritionnel) lors de la
transformation des produits carnés ; (2) comment L. sakei est capable d’avoir la performance écologique
voulue face à des écosystèmes microbiens très variables d’un produit à un autre et qui fluctuent au cours
du processus de stockage.
L’étude de la diversité génomique intra-espèce de L. sakei a livré des pistes en démontrant que le pool
génomique variable entre génotypes s'illustre par une proportion importante de gènes dont la fonction est
en lien avec la résistance au stress oxydant. Par ailleurs, nous avons mis au point une méthode pour
quantifier toute souche de L. sakei présente dans un produit carné et d'établir la signature des
populations de souches ou de génotypes dans un écosystème naturel complexe.
En 2009, nous avons appliqué cette méthode sur le Carpaccio de Bœuf afin d’évaluer la dynamique des
populations de souches selon le procédé de transformation, l’évolution dans le temps de stockage et la
saison. Ce type de données et notre démarche d’analyse nous permettent désormais de mieux
appréhender la dynamique des souches/génotypes en fonction du produit alimentaire (type de viande et
procédé) sur lesquels des stratégies de bioconservation pourraient être appliquées.
Mots-clés : produits carnés, écosystèmes alimentaires, diversité intra-espèce, Lactobacillus sakei,
bioconservation
24 O7 – Le microbiote intestinal humain méta-revisité
Joël Doré
joë[email protected]
INRA, UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, , Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
La métagénomique donne accès aux génomes de l’ensemble des microorganismes d’une niche
écologique. Après extraction des populations microbiennes de leur environnement leur ADN est purifié
puis soumis a un séquençage massif avec ou sans clonage préalable. Le répertoire complet de
l’ensemble des gènes des microorganismes dominants, cultivables ou non, de l’intestin humain est ainsi
en cours de caractérisation de même que l’ensemble des génomes de microorganismes associés à
l’Homme, appelé Microbiome humain. Les projets Européen MetaHIT (Metagenomics of the Human
Intestinal Tract for Health) et ANR MicroObes (Microbiome intestinal humain dans l’Obesité et la transition
nutritionnelle) contribuent très significativement à cette démarche et font partie des projets labellisés par
l’IHMC (International Human Microbiome Consortium). Les premiers résultats soulignent l’existence d’un
ensemble de génomes prévalents pouvant constituer un noyau métagénomique, même si la variabilité
interindividuelle reste importante. Ils vont permettre d’avancer vers l’identification des caractéristiques
génomiques redondantes du microbiote intestinal humain et de l’équilibre fonctionnel de l’intestin.
Une analyse au niveau métaprotéomique, concernant l’ensemble des protéines microbiennes de
l’environnement intestinal dominant, montre un fort degré de conservation entre individus avec environ
50% des protéine bactériennes dominantes conservées entre deux individus.
Cette réévaluation à différents niveaux d’intégration ouvre la perspective de définir la situation normale ou
« normobiose » et ainsi de mettre en évidence des déséquilibres de microbiote ou « dysbioses »
associées à des pathologies de société telle que les maladies immunes, métaboliques ou dégénératives.
La métagénomique quantitative constitue à cet égard une source d’information inégalée pour le
développement d’outils diagnostiques et pronostiques.
L’approche métagénomique ouvre également la possibilité d’une exploration fonctionnelle. Des clones
métagénomiques porteurs de fragments de génomes de grande taille peuvent être soumis à une analyse
fonctionnelle donnant accès à des ressources biologiques totalement inexplorées à ce jour et permettant
d’étudier les mécanismes d’interaction, et notamment le dialogue entre bactéries et cellules humaines.
Ces approches permettent par exemple l’identification de gènes fonctionnels, de voies métaboliques
complètes et de modulateurs de la prolifération cellulaire ou de la réponse immune.
25 Posters - Session 1
(par ordre alphabétique des noms des auteurs-orateurs)
26 P1 - Diversité interspécifique chez Oenococcus oeni
Julen Bridier1, Olivier Claisse1, Monika Coton2, Cécile Desmarais2, Cécile Miot-Sertier1,
Emmanuel Coton2 et Aline Lonvaud-Funel1
[email protected]
1
UMR1219 Œnologie, INRA-Université Bordeaux 2 (ISVV) 210 Chemin de Leysotte, CS 50008, 33882
Villenave d’Ornon cedex
2
ADRIA Normandie, Bd du 13 Juin 1944, 14310 Villers-Bocage
Les bactéries lactiques de l’espèce Oenococcus oeni font partie du système microbien œnologique et
assurent la fermentation malolactique, une étape importante de la vinification. Les performances
œnologiques des souches sont très variables tant en ce qui concerne leur croissance que leur incidence
sur la qualité des vins. Notre objectif est de tenter de comprendre et d’expliquer la diversité
intraspécifique phénotypique par l’analyse de la diversité génétique.
Une collection de 513 souches a été constituée à partir de collections d’origines géographiques diverses
(Chili, Afrique du sud, Bourgogne, Champagne, Italie,…), et isolées de différents vins (blanc, rouge,
champagne) et cidres. Un arbre a été construit à partir des profils obtenus par REA-PFGE ; il fait
apparaitre deux grands groupes.
A partir de ces données, 258 souches ont été choisies pour une analyse MLST utilisant 7 gènes de
ménage. La diversité allélique est importante, avec un nombre d’allèles rares élevé que l’on retrouve pour
tous les loci. L’analyse des séquences concaténées des 7 gènes aboutit à la distinction de 128 ST
(séquence type). L’arbre phylogénétique en Neighbor-Joining montre également la séparation de la
population en deux grands groupes A et B. Le groupe A comprend 6 sous-groupes phylogénétiques
distincts, dont le sous groupe A1b composé en grande partie de souches du Chili, et le sous groupe A1d
composé de souches de Bourgogne et de Champagne. Le groupe B est plus disparate, avec deux sousgroupes principaux B1 et B2 et des souches plus éloignées que dans A. Toutes les souches du cidre sont
regroupées dans B.
Mots-clés : Oenococcus oeni, diversité génétique, PFGE, MLST
27 P2 - Construction and characterization of novel recombinant Lactococcus lactis and Lactobacillus
casei invasive strains
Marcela Azevedo1, Moru Vaze2, Francois Lefèvre3, Johannes Fruehauf2, Vasco Azevedo4,
Anderson Miyoshi4, Philippe Langella1 and Jean-Marc Chatel1
[email protected]
1
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, équipe ProbiHote, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas
cedex
2
Cequent Pharmaceuticals, Boston US
3
VIM, Jouy en Josas, France
4
UFMG, Belo Horizonte, Brasil
Our project focuses on the use of recombinant Lactic Acid Bacteria (LAB) as live DNA vaccines delivery
vectors to modulate host immune response. We previously showed that native Lactococcus lactis can
deliver DNA vaccine in vivo. In order to decipher the mechanisms of this DNA transfer and to improve its
efficiency, we constructed recombinant LAB strains rendered invasive by the production of a mutated form
of Internalin A (mInlA) and the pore-forming toxin Listeriolysin O (LLO) from Listeria monocytogenes.
Plasmids containing either mInlA alone (pOri253:mInlA) or mInlA + LLO (pLL31) were introduced into L.
lactis NZ9000 and Lactobacillus casei BL23. In order to characterize our strains, western blotting
experiments were conducted to detect recombinant LLO. Analysis of stationary-phase cell lysates from
Lactococcus strains showed the presence of LLO in both soluble and insoluble protein fractions whereas
LLO was only detected in the insoluble protein fraction of Lactobacillus strains. No LLO could be detected
in the supernatant of both strains. The haemolytic activity was found in both L. lactis and Lb. casei strains
producing LLO and depended of the optical density of the bacteria culture. L.lactis and Lb.casei strains
producing mInlA showed invasiveness rates in Caco-2 cells higher than with wt strains. In near future,
internalization of these novel invasive strains into Caco-2 cells will be visualized by confocal and
fluorescence microscopy.
Mots-clés : Lactococcus lactis, Lactobacillus casei, InlA, LLO, DNA vaccine
28 P3 - Étude des interactions entre Staphylococcus aureus et Lactococcus lactis en matrice
fromagère
Marina Crétenet1, Jennifer Rivière1, Lucie Gouffier1, Sébastien Nouaille2, Pascal Loubière2, Yves Le Loir1
et Sergine Even1
[email protected]
1
2
Staphylococcus aureus est une bactérie pathogène, cause majeure d’intoxication alimentaire, en
particulier dans le lait et les produits laitiers. Dans les fromages, S. aureus est en interaction avec des
bactéries lactiques, dont Lactococcus lactis, capables de les inhiber. Au cours du procédé fromager, ces
microorganismes sont sujets à des conditions environnementales particulières qui diffèrent largement des
conditions de laboratoire. Ainsi, l’étude in situ de l’interaction entre S. aureus et L. lactis en matrice
fromagère est une approche qui nous permet de caractériser les facteurs et les stress qui influencent le
potentiel antagoniste de L. lactis vis à vis de S. aureus en conditions technologiques.
L’effet de L. lactis sur le profil transcriptomique de S. aureus en culture mixte en matrice fromagère a été
étudiée sur une cinétique de sept jours. Le profil d’expression de S. aureus en culture pure a été comparé
au transcriptome de S. aureus en culture mixte afin de déterminer l’impact de L. lactis. L. lactis provoque
une légère inhibition de la croissance de S. aureus et génère un stress acide. L’expression de la virulence
est atténuée avec, en particulier, une absence d’induction de deux régulateurs majeurs de la virulence,
RNAIII et sarA. Le stress acide n’est que partiellement responsable de cette inhibition. L’identification des
mécanismes à l’origine du potentiel antagoniste de L. lactis nous permettra de mieux contrôler les
contaminations à S. aureus et de proposer de nouveaux critères pour la sélection des ferments lactiques.
Ce travail a reçu le support des projets ANR GENOFERMENT et NABAB.
Mots-clés : Staphylococcus aureus, Lactococcus lactis, interaction, virulence, inhibition
29 P4 - Le régulon du facteur alternatif sigma H de Lactobacillus sakei
Solveig Schmid, Aude Le Nevé, Julie Flor, Flore Le Moël, Monique Zagorec,
Marie-Christine Champomier-Vergès et Anne-Marie Crutz-Le Coq
[email protected]
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, équipe Flore Lactique et Ecosystème Carné, Domaine de Vilvert
78352 Jouy-en-Josas cedex
Lactobacillus sakei est une bactérie se développant sur la viande où elle représente une flore positive
potentiellement compétitrice des flores d’altération, d’où l’importance de son maintien dans cet
écosystème.
L’analyse du génome de L. sakei 23K a révélé sa capacité à répondre aux variations de son
environnement, avec environ 8% des protéines prédites impliquées dans la régulation transcriptionnelle.
Parmi celles-ci, un facteur sigma alternatif a été identifié et affilié à la famille du facteur sigma H de
Bacillus subtilis, impliqué dans la transition vers la phase stationnaire.
La survie en phase stationnaire de L. sakei peut s’étendre de quelques jours à plusieurs mois en fonction
des paramètres physico-chimiques de l’environnement et du milieu. Afin de mieux comprendre les
facteurs impliqués dans la survie de L. sakei, nous avons choisi de déterminer les fonctions contrôlées
par ce facteur SigH. Ceci a été réalisé à l’aide d’une construction permettant de surexprimer sigH sous le
contrôle d’un promoteur inductible par le cuivre. Une analyse transcriptomique globale a été réalisée par
hybridation sur puce à ADN*; l’analyse statistique différentielle entre la condition de surexpression de
sigH et la condition sauvage a révélé une trentaine de gènes potentiellement activés par SigH, dont des
gènes du métabolisme de l’ADN.
L’ensemble des gènes « tardifs » de compétence est activé dans les conditions où sigH est surexprimé.
Cependant la transformation génétique n’a pas pu été détectée dans cette souche de L. sakei
surexprimant sigH alors qu’elle est parfaitement transformable par électroporation.
* réalisée par la plateforme Biopuces, INSA – Hall Gilbert Durand, Toulouse.
Mots-clés : facteur sigma alternatif, compétence, survie, Lactobacillus sakei
30 P5 - Relatedness of Propionibacterium freudenreichii strains from diverse origins using a
multilocus sequence typing scheme
Marion Dalmasso1, Pierre Nicolas2, Hélène Falentin1, Jarna Tanskanen3, Florence Valence-Bertel4, and
Anne Thierry1
[email protected]
1
INRA, UR1077 Mathématique Informatique et Génome, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
3
Valio Ltd, PO Box 30, FI-00039 VALIO, Helsinki, Finland
4
CIRM-BIA UMR1253 STLO, INRA-Agrocampus Ouest, 65 rue de Saint Brieuc 35042 Rennes
2
Propionibacterium freudenreichii is used as a ripening culture in Swiss cheese manufacture. Despite its
predominant presence in cheese, P. freudenreichii can grow in different ecological niches. The aim of this
study was to investigate the molecular diversity and the population structure, explicitly the relatedness, of
P. freudenreichii strains, using the first Multilocus Sequence Typing (MLST) scheme for a
Propionibacterium species. Internal fragments of seven genes – rpoB, adk, pf1637, recA, pf169, fumC, gtf
– were amplified by PCR and sequenced for 113 strains from different origins. Forty-six distinct STs were
resolved. Twenty-nine STs were unique. The number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in allelic
sequences was low and represented from 1.28% of the allele sequence (gtf) to 3.14% of the allele
sequence (pf1637). Most of the SNPs were synonymous, which indicates a tendency to neutral selection.
All results indicated that recombination played a major role in the nucleotide changes in P. freudenreichii.
No relationship was detected between STs and the origins or the subspecies of strains. Some strains of
different countries and niches, and of different subspecies displayed the same STs whereas strains of the
same origin or subspecies were disseminated over the phylogenetic tree. Thirty-seven STs were
assembled in one clonal complex (CC1) with ST-31 as ancestral founder. CC1 represented the core of
the population with 92% of the strains. This study brings new insights into P. freudenreichii population
structure and its mode of evolution and also constitutes the first development of MLST, an effective
molecular typing tool, for P. freudenreichii.
Mots-clés : multilocus sequence typing, Propionibacterium freudenreichii, molecular diversity
31 P6 - Interactions de bactéries a gram négatif dans un écosystème microbien complexe de fromage
à pâte pressée non cuite
Céline Delbès-Paus1, E. Coton2, M. Coton2, S. Helinck3, F. Irlinger3, C. Bord4, A. Lebecque4, S. Pochet5
et M.-C.Montel1
[email protected] 1
UR545 LRF INRA 20 Côte de Reyne 15000 Aurillac
ADRIA Normandie Villers Bocage
3
UMR0782 Laboratoire de Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires, INRA-AgroParisTech,
Centre de Biotechnologies Agro-Industrielles, 78850, Thiverval-Grignon
4
VetAgro Sup- Clermont
5
INRA UR0342 Poligny
2
Le projet GRAMME vise à développer une méthodologie contribuant à évaluer les bénéfices et risques,
sur les plans sensoriel et sanitaire, associés aux bactéries à Gram négatif au sein des communautés
microbiennes des fromages. Dans un premier volet, parmi 173 souches de bactéries à Gram négatif
isolées de lait et divers fromages, 20 souches ont été sélectionnées sur la base de leur biodiversité (18
espèces différentes dont 8 Enterobacteriaceae) et de facteurs de risques (antibiorésistance, production
d’amines biogènes in vitro). Un deuxième volet vise à caractériser le comportement de ces souches dans
la pâte d’un fromage modèle au sein d’un consortium modèle (10 espèces de bactéries Gram+ et
levures). Certaines Enterobacteriaceae (Hafnia alvei, Citrobacter freundii…) ont atteint des niveaux
élevés dans la pâte du fromage (106-107 UFC/g). H. alvei n’a pas modifié sensiblement la dynamique du
consortium microbien au cours de l’affinage, tandis que C. freundii a limité le développement de bactéries
à Gram positif (E. faecalis, C. casei et S. equorum). Seules 4 souches de H. alvei, K. oxytoca, H. venusta
et M. morganii ont produit des amines biogènes (cadavérine et/ou putrescine) dans le fromage, mais en
quantité faible (< 7mg /100g d’extrait sec). Elles représenteraient un risque faible pour la santé humaine
en raison des faibles quantités et du moindre effet physiologique de ces amines en comparaison de
l’histamine ou de la tyramine. L’incidence de ces bactéries sur les concentrations en composés
aromatiques dans les fromages ainsi que sur le comportement de souches d’E. coli productrices de
shigatoxines est en cours d’étude.
Ce travail bénéficie du soutien financier de l'Agence Nationale de la Recherche dans le cadre du projet
ANR-07-PNRA-010.
Mots-clés : écosystème fromager, interactions microbiennes, bactéries à Gram négatif
32 P7 - Utilisation du fer par une bactérie de la viande : Lactobacillus sakei
Philipe Duhutrel1, C. Bordat2, J.-L. Guerquin Kern3, 4, M. Zagorec1 et M.-C. Champomier Vergès1
[email protected]
1
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, Equipe Flore Lactique et Ecosystème Carné, Domaine de
Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
2
UR909 Unité Nurélice, INRA Domaine de Vilvert, 78352 Jouy en Josas cedex
3
UR759 Unité Imagerie Intégrative INSERM, Institut Curie 91405 Orsay
4
Laboratoire de Microscopie Ionique, Institut Curie, 91405 Orsay
Lactobacillus sakei est une bactérie lactique naturellement présente dans les produits carnés. Capable de
se développer et survivre sur les viandes conservées sous vide et au froid, elle est un candidat de choix
pour être utilisée comme culture protectrice des produits carnés. Elle possède un équipement complet
dédié au transport et à l’utilisation du fer : trois régulateurs de transcription fer dépendant de la famille
Fur, et des transporteurs potentiels de fer libre ou complexé mais pas de voie de synthèse de l’hème.
Nous avons mis en place une méthodologie d’analyse du fer intracellulaire par microscopie électronique
par perte d’énergie (EELS) couplée à une analyse en spectrométrie de masse par ionisation secondaire
(SIMS). Nous avons montré que L. sakei est capable d’utiliser des sources de fer de son environnement
(hémoglobine, myoglobine, hème et transferrine) ce qui améliore sa survie en phase stationnaire. Un
mutant katA de la catalase hème dépendante n’est pas affecté dans sa survie en présence d’hème. Un
mutant du régulateur Fur est en revanche affecté dans sa survie. Ceci montre qu’il existe un effet fer et un
effet hème et que l’hème peut être à la fois une source de fer et une source d’hème. Nous étudions
l’expression de gènes possédant des boites régulatrices de type Fur-box dans leurs séquences
promotrices. Cette étude permettra de définir quels sont les mécanismes régulés par le fer chez L. sakei
et impliqués dans sa survie, et ainsi de mieux comprendre l’importance de ce métabolisme dans son
adaptation à l’écosystème carné.
Références bibliographiques
Duhutrel, P., C. Bordat, T. D. Wu, M. Zagorec, J. L. Guerquin-Kern, and M. C. Champomier-Verges.
2010. Iron Sources Used by the Nonpathogenic Lactic Acid Bacterium Lactobacillus sakei as Revealed by
Electron Energy Loss Spectroscopy and Secondary-Ion Mass Spectrometry. Appl. Environ. Microbiol.
76:560-565.
Mots-clés : bactérie lactique, écosystème carné, fer
33 P8 - Bases moléculaires d’un nouveau mécanisme de quorum-sensing chez les
streptocoques
Betty Fleuchot1, Christophe Gitton1, Alain Guillot2, Colette Besset1, Véronique Monnet1,2 et
Rozenn Gardan1
[email protected]
1
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, Equipe Communication bactérienne et peptide, Domaine de
Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
2
PAPSSO INRA Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
Les protéines Rgg, étudiées principalement chez les streptocoques, sont des régulateurs
transcriptionnels contrôlant l’expression de gènes impliqués dans de nombreuses fonctions biologiques.
Nous avons découvert un contexte génétique codant un régulateur transcriptionnel appartenant à la
famille des Rgg et un petit peptide hydrophobe SHP. L’étude détaillée d’un locus shp/rgg et de son gène
cible chez Streptococcus thermophilus, a révélé une diminution significative de la transcription du gène
cible dans un mutant délété pour le gène shp, rgg ou ami (codant un ABC-transporteur d’oligopeptides).
Ces résultats ont alors suggéré qu’un régulateur Rgg en association avec un peptide SHP jouant le rôle
de phéromone pouvait être impliqué dans un nouveau mécanisme de communication cellulaire de type
quorum-sensing (QS). Pour confirmer cette hypothèse, la stratégie utilisée a consisté à valider toutes les
étapes de ce nouveau mécanisme, à savoir: la sécrétion, la maturation et la détection à une concentration
seuil de la phéromone, sa réimportation à l’intérieur de la cellule et enfin l’interaction de la protéine
régulatrice à l’ADN. La validation de ces différentes étapes, sur un locus particulier, ainsi que la
détermination de la forme active de sa phéromone, nous a permis de confirmer un nouveau mécanisme
de QS impliquant pour la première fois un régulateur transcriptionnel Rgg et une phéromone SHP
réimportée à l’intérieur de la cellule par le transporteur d’oligopeptides Ami. La présence – jusqu’à 7
copies par souche – de ces loci, chez de nombreuses espèces de streptocoques, suggère que ce
mécanisme pourrait être largement répandu dans ce genre bactérien.
Ibrahim, M., Guillot, A., Wessner, F., Algaron, F., Besset, C., Courtin, P., Gardan, R., and Monnet, V.
(2007a) Control of the transcription of a short gene encoding a cyclic peptide in Streptococcus
thermophilus: a new quorum-sensing system? J Bacteriol 189: 8844-8854.
Ibrahim, M., Nicolas, P., Bessieres, P., Bolotin, A., Monnet, V., and Gardan, R. (2007b) A genome-wide
survey of short coding sequences in streptococci. Microbiology 153: 3631-3644.
Mots-clés
Régulateur transcriptionnel Rgg, peptide internalisé, streptocoque, quorum-sensing
34 P9 - Interactions between Brevibacterium aurantiacum and Kluyveromyces lactis: study of two
indispensable bacterium and yeast of cheese ripening ecosystem by biochemical and
transcriptomic approaches
Marie-Pierre Forquin1, Agnès Hébert2, Julie Aubert3, Karine Houede1, Valentin Loux4, Isabelle
Martin-Verstraete5, Jean-Marie Beckerich2, Sophie Landaud1 et Pascal Bonnarme1
[email protected]
1
2
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, Centre de Biotechnologies Agro-Industrielles 78850 ThivervalGrignon
3
UMR518 Mathématiques et Informatiques Appliquées; INRA-AgroParisTech, Paris
4
UR1077 Mathématique, Informatique et Génome, INRA, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas
5
Unité des Bactéries Anaérobies et Toxines, Institut Pasteur, 25-28, rue du Docteur Roux, 75724 Paris
cedex 15
The molecular interactions that may occur between microorganisms in different ecosystems have not
been adequately studied yet. We investigated yeast-bacterium interactions in a synthetic medium using
culture associations involving the bacteria Brevibacterium aurantiacum and the yeast Kluyveromyces
lactis. The growth and biochemical characteristics of each microorganism in the culture association were
studied. The expression of genes was analyzed by microarray for B. aurantiacum and K. lactis after 58h
of liquid culture. Our results show that the growth rate of B. aurantiacum is higher in presence of K. lactis
but the final number of cells decreases by approximately 1 log unit; whereas the presence of B.
aurantiacum has no impact on the growth of K. lactis. In the culture of B. aurantiacum, the pH increased
from 7.05 to 8.61 and this deacidification could be correlated with lactate consumption. In K. lactis culture,
the pH increase is around 0.40 unit whereas it decreased from 7.05 to 6.75 in the associated-culture.
Interestingly, the transcriptomic analysis shows cellular reorganization and a switch from aerobic
metabolism to anaerobic metabolism for K. lactis in presence of B. aurantiacum. In B. aurantiacum, we
observed an induction of the carotenoid gene cluster involved in the colour of red smear-cheese in
associated-culture. This result could be explained by the production of ethanol by K. lactis.
Mots-clés : Brevibacterium aurantiacum, Kluyveromyces lactis, interaction, cheese ripening ecosystem
35 P10 - Lien entre taille et diversité microbienne : l’exemple des microbiotes digestifs du termite à
l’éléphant
Jean-Jacques Godon, Arul Arulazhagan, Jean-Philippe Steyer et Jérôme Hamelin
[email protected]
Le lien entre diversité et taille des écosystèmes est souvent évoqué. Pour les micro-organismes, ce lien
est démontré notamment par l'étude des populations insulaires. Au niveau des microbes, ce lien entre
taille et diversité est rarement évalué. Ce manque est, d'une part dû à la difficulté de réaliser les systèmes
expérimentaux cohérents et, d'autre part dû à la difficulté de mesurer la diversité et/ou la richesse des
écosystèmes microbiens.
Pour répondre à cette question, les systèmes digestifs des animaux ont été choisis comme modèles. Ils
peuvent être considérés comme des digesteurs anaérobies mimant les procédés industriels. Ils offrent un
gradient de taille important (100 000 entre un éléphant et un passereau) avec des régimes alimentaires
semblables ou différents. La diversité a été obtenue grâce à des empreintes moléculaires (SSCP) après
extraction de l'ADN fécal. La diversité microbienne est exprimée selon l'indice de Simpson, calculé
directement sur les empreintes moléculaires. Deux hypothèses sont posées : (i) le volume du système
digestif est proportionnel au poids de l'animal; (ii) la diversité microbienne est similaire entre système
digestif et fèces.
180 fèces issues de 70 espèces ayant des régimes alimentaires variés ont été analysées. Les principaux
résultats sont :
• La valeur de la diversité varie de 1 à 7.5.
• Le poids des animaux et la diversité semblent fortement corrélés
• La diversité d'échantillons d'une même espèce mais de différents individus est variable mais
demeure dans une même gamme de diversité
• Les régimes alimentaires et la phylogénie ne semblent pas "piloter" la diversité.
Mots-clés : diversité, systèmes digestifs, biogéographie
36 P11 - Kluyveromyces lactis : une levure de l’écosystème fromager
Agnès Hébert, Marie-Pierre Forquin, Aurélie Roux, Julie Aubert, Christophe Junot, Sophie Landaud,
Pascal Bonnarme et Jean-Marie Beckerich
[email protected]
Kluyveromyces lactis est une levure technologique retrouvée dans les fromages à pâte molle à croûte
lavée (livarot). La flore d'affinage étant responsable de la production de composés soufrés volatils (CSVs)
indispensables à la flaveur de ces fromages, nous avons étudié le métabolisme du soufre chez K. lactis.
Nous avons reconstitué les voies du métabolisme du soufre chez K. lactis par une analyse in silico. Ceci
nous a servi de base pour étudier le métabolisme du soufre par transcriptomique. Nous avons utilisé un
milieu synthétique liquide, dans lequel nous avons ajouté indépendamment trois sources de soufre
(méthionine, cystine, sulfate) à différentes concentrations. Notre hypothèse est qu'en faible concentration
de soufre, nous observerons la biosynthèse des acides aminés soufrés, tandis qu'en forte concentration,
nous observerons leur catabolisme ainsi que la production de CSVs qui en résulte. Pour avoir une vision
globale de ce métabolisme, nous avons réalisé en parallèle une étude métabolomique ainsi que la
mesure des CSVs par GC-MS.
Les gènes de transport et d'assimilation du sulfate sont réprimés en forte concentration de soufre. Cette
observation nous permet de valider l'hypothèse de départ. Nous avons constaté que les CSVs sont
essentiellement produits en forte concentration de méthionine. Dans cette condition, nous avons aussi
observé une augmentation significative des pools d'intermédiaires soufrés.
Nous avons ensuite étudié l'aspect écosystème de l'affinage fromager, en effectuant des cocultures avec
la bactérie d'affinage Brevibacterium aurantiacum. K. lactis semble effectuer un changement de
métabolisme, et subir un remodelage de son organisation cellulaire.
Mots-clés
Kluyveromyces lactis, Métabolisme du soufre, Écosystème fromager
37 P12 - La colonisation intestinale par Clostridium difficile chez l’enfant impacte significativement la
composition du microbiote commensal
C. Rousseau1, Florence Levenez2, C. Fouqueray2, J. Doré2, P. Lepage2 et A. Collignon1
[email protected]
1
USC2022 EMDS INRA-Faculté de pharmacie-Université Paris Sud Rue Jean-Baptiste Clément 92296
Châtenay-Malabry cedex
2
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
Introduction. Les colites à Clostridium difficile sont des pathologies fréquemment retrouvées chez
l'enfant. Cependant, plus de 20% des enfants colonisés par cette bactérie pathogène ne développent pas
de colites. Une rupture d'effet de barrière intestinale constituerait un facteur déclenchant dans la
colonisation par C. difficile et la présence de cette bactérie pourrait également modifier la composition du
microbiote intestinal. Cependant, peu d'études se sont focalisées sur ce dernier point. L'objectif de nos
travaux est d'évaluer sans a priori l'impact de la colonisation par C. difficile sur le microbiote intestinal par
des approches moléculaires.
Méthodes. Des échantillons fécaux ont été prélevés chez 51 enfants âgés de 0 à 13 mois souffrant de
diarrhées. La présence de C. difficile a été évaluée par culture et la sécrétion de toxine AB par PCR. Les
données cliniques et environnementales de ces enfants ont été relevées. Enfin, la composition du
microbiote intestinal a été analysée par PCR-TTGE (Electrophorèse en gradient dénaturant de
température) et l'effet des différents facteurs sur cette composition statistiquement évalué par une
analyse en composantes principales sur variables instrumentales.
Résultats. C. difficile n'a pas été isolé chez 24 des enfants (Cd-). Treize enfants étaient porteurs de
C.difficile ne sécrétant pas de toxine (Cd+AB-) tandis que 14 enfants étaient porteurs du C.difficile
sécrétant la toxine AB (Cd+AB+). Les analyses en composantes principales ont permis de mettre en
évidence que 3 facteurs principaux influaient sur la composition du microbiote : i) l'âge (p = 0.005) avec
notamment une variabilité importante du microbiote observée entre 3 et 6 mois de vie entre les différents
enfants, ii) le mode d'alimentation (p = 0.021) et iii) la présence de C. difficile (p = 0.003).
Conclusions. Cette approche nous a permis de démontrer que la présence de C. difficile dans
l’écosystème intestinal modifiait significativement la composition du microbiote commensal. Une analyse
cinétique est en cours afin d’évaluer la résilience de l’écosystème suite à cette colonisation. Il reste à
déterminer quelles espèces bactériennes ou groupes bactériens sont les plus susceptibles à ces
variations de l’écosystème.
Mots-clés : Microbiote, Clostridium difficile, Analyses moléculaires
38 P13 - Étude de la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés bactériennes
colonisant la surface de minéraux enterrés en sols forestiers
Cendrella Lepleux, M-P. Turpault, P. Oger, P. Frey-Klett and S. Uroz
[email protected]
UMR1136 Interactions Arbres/Micro-organismes, INRA-Université de Lorraine, INRA de Nancy, 54280
Champenoux
En dehors des apports liés aux dépôts atmosphériques et au recyclage des éléments contenus dans les
litières et les racines mortes, les minéraux du sol constituent le principal réservoir de nutriments
inorganiques pour le fonctionnement à long terme des écosystèmes forestiers. Cette caractéristique en
fait une ressource nutritive essentielle et une niche écologique d'importance aussi bien au niveau des
cycles biogéochimiques, de la nutrition des arbres mais aussi pour les communautés microbiennes des
sols. Pourtant, les caractéristiques taxonomiques et fonctionnelles des communautés bactériennes
colonisant les minéraux n'ont jamais été appréhendées. Pour palier à ce manque, un minéral bien
caractérisé, l'apatite, a été enterré sous cinq essences d'arbres sur le site forestier de Breuil (Morvan).
Après quatre années d'incubation dans le sol, les minéraux ont été collectés. Leur niveau d'altération a
été mesuré et l'ADN métagénomique des communautés bactériennes colonisant leur surface a été extrait.
L'utilisation de la dernière génération de séquençage à haut débit a permis de générer plus de 200.000
séquences du gène 16S rRNA et de déterminer la diversité des communautés bactériennes colonisant la
surface de l'apatite et le sol environnant. L'analyse bioinformatique de ces données montre un fort
contraste entre les communautés bactériennes colonisant les minéraux et le sol environnant, suggérant la
sélection de communautés bactériennes particulières à la surface des minéraux. Les résultats
préliminaires révèlent un enrichissement à la surface des minéraux des Beta-Proteobactéries, et
notamment des genres Burkholderia et Collimonas connus pour altérer les minéraux.
Mots-clés : Forêts, bactéries, pyroséquençage, minéralosphère
39 P14 - Inhibition of Debaryomyces hansenii by Yarrowia lipolytica, competing for substrates
Reine Malek, P. Bonnarme, JM. Beckerich, P. Frey Klett and F. Irlinger
[email protected]
Yeasts play a crucial role in the ripening of cheese. They contribute to the deacidification of the curd, the
establishment of acid-sensitive bacteria, and the production of flavour compounds via proteolysis and
catabolism of amino acids. Complex yeast-yeast and yeast-bacteria interactions take place in the cheese
ecosystem that need to be elucidated in order to better understand the ripening process. In order to
investigate possible interactions between two yeasts isolated from cheese, Yarrowia lipolytica YL1E07
and Debaryomyces hansenii DH1L25, they were cultivated in mono- and co-cultures, in a liquid medium
mimicking the cheese environment, which contained amino acids, lactate and lactose as main carbon
sources. Two different concentrations of amino acids were used (2XAA versus 0,1XAA) in order to
modulate the quantity of ammonia produced by Y. lipolytica (Mansour et al. 2008) and to test its possible
effect on yeast-yeast interactions. In co-cultures inoculated with 50% YL1E07 and 50% DH1L25 in the
2XAA medium, YL1E07 produced a high concentration of ammonia and significantly inhibited the growth
of DH1L25 (10-fold) compared to the growth of DH1L25 in mono-culture. Such a growth inhibition was not
significantly observed in the co-cultures performed with the 0,1XAA medium, where ammonia remained
undetectable. In co-cultures inoculated with 25% YL1E07 and 75% DH1L25 in the 2XAA medium, the
growth of DH1L25 was not significantly inhibited compared to mono-cultures, whereas a high
concentration of ammonia was measured. These last results suggest that ammonia is not involved in the
inhibition of D. hansenii growth by Y. lipolytica. The study of a possible competition between the two
yeasts for the carbon source (lactose, lactate, amino acids) is on progress.
Mansour et al. 2008
Mots-clés : Interactions- Ammonia- Competition- Amino acids
40 P15 - Variabilité de la résistance au stress environnemental chez les bactéries lactiques : exemple
du rôle de la voie de l’ornithine décarboxylase dans la résistance au stress acide
Andrea Romano, Aline Lonvaud-Funel et Patrick Lucas
[email protected]
UMR1219 Œnologie INRA-Université de Bordeaux 2 (ISVV), 210 chemin de Leysotte, CS50008, 33882
Villenave d'Ornon
Les bactéries lactiques possèdent une variété de métabolismes secondaires utiles pour l’adaptation à
diverses niches écologiques. Nous nous intéressons aux voies métaboliques permettant la transformation
d’acides aminés tels que l’histidine, la tyrosine et l’ornithine, en dérivés décarboxylés connus sous le nom
d’amines biogènes : l’histamine, la tyramine et la putrescine, respectivement. Les amines biogènes sont
produites par les bactéries lactiques dans les aliments fermentés, ce qui est indésirable car l’absorption
de ces amines peut nuire à la santé.
Nous avons étudié la voie ornithine décarboxylase (ODC) qui n’a été identifiée jusqu’à présent que chez
une souche d’Oenococcus oeni du vin et une souche de Lactobacillus saerimneri isolée du tractus
intestinal. Dans une collection de bactéries lactiques, nous avons détecté une souche de Lactobacillus
brevis, issue de mélasse, capable de convertir l’ornithine en putrescine. Les gènes d’une ODC et d’un
transporteur membranaire échangeur d’ornithine et de putrescine ont été identifiés et l’activité de l’ODC a
été confirmée par caractérisation de l’enzyme recombinante. A proximité immédiate de ces gènes, deux
autres voies métaboliques du même type ont été détectées, l’une produisant de la putrescine à partir
d’agmatine, et l’autre convertissant l’acide malique en acide lactique.
L’analyse de cette région du chromosome chez d’autres souches de L. brevis a montré qu’il s’agit d’une
région de grande plasticité qui a les caractéristiques d’un îlot génomique impliqué dans la résistance au
stress acide. Le rôle de la voie ODC a été recherché chez les bactéries adaptées à des environnements
différents : L. brevis IOEB 9906, L. saerimeri ATCC 33222 et O. oeni IOEB 89006. Des tests de survie en
milieu acide (pH 2) et des mesures de pH intracellulaire en présence ou absence d’ornithine ont été
réalisés. Le taux de survie des deux lactobacilles en milieu acide était très bas, mais nettement amélioré
par la présence d’ornithine. Au contraire, O. oeni a montré une résistance naturelle au stress acide, qui
n’était pas améliorée par l’addition d’ornithine. L’ensemble de ces résultats indique que les voies de
production d’amines biogènes telle que la voie ODC sont échangées entre les bactéries lactiques par
transfert horizontal, mais que des bactéries adaptées à des environnements différents peuvent en faire
des usages différents.
Mots-clés : Ornithine décarboxylase ; amine biogène ; bactérie lactique ; stress acide
41 P16 - Molecular identification of the cecal microbiota of tunisian poultry
Soumaya Messaoudi1,2, Mounir Ferchichi1, Hervé Prevost1 and Xavier Dousset1
[email protected]
Corresponding author: [email protected]
1
2
UMR1014 SECALIM INRA-ONIRIS rue de la Géraudière BP 82225, 44322 Nantes cedex 3
Faculté des Sciences de Tunis, Laboratoire de Biochimie et Biologie Moléculaire, El Manar 2092,
Tunisia
Lactic acid bacteria, for an important part of the intestinal microbiota of chickens, contribute to maintain
the ecological balance of the different microorganisms. It is commonly agreed that Lactobacillus sp.
dominate the anterior small intestine, crop, duodenal, jejunal epithelial cells of chicken and ceca (Hanan
et al. 2007, Gong et al. 2002).
In this work, we described the lactic acid bacterial microbiota present in thirty ceca intestines of Tunisian
poultry. We have studied all the 150 isolates. We applied cultured based methods for the isolation of
different lactic acid bacteria that were identified by morphological and metabolic methods and by
molecular approach including ITS-PCR (intergenic spacer region) and specific PCR for Lactobacillus
genus strains, then a biphasic approach for bacterial identification was applied (species-specific primers
PCR and 16S rDNA gene sequencing).
The species-specific primers PCR and the 16S rDNA gene sequencing showed the presence mainly of
Lactobacillus sakei (33.3 %), Lactobacillus salivarius (19.4 %), Weissella sp. (16.6 %) and to some extent
Lactobacillus reuteri (8.3 %) and Lactobacillus curvatus (8.3 %). We have identified also Enterococcus
faecalis (5.5 %), Leuconostoc mesenteroides (2.7 %), Lactococcus gravieae (2.7 %) and Streptococcus
sp. (2.7 %).
Hanan T., Hilmi A., Surakka A., Apajalahti J., Per E. J. Saris. (2007). App. Env. Microb. p: 7867–7873.
Gong J., Robert J.F., Hai Y., James R., Wheatcroft R., Parviz M., Chen S. (2002). FEMS Microbiology
Ecology. 41, p : 171-179.
Mots-clés : Lactic acid bacteria, Cecum, Tunisian poultry
42 P17 - L’écosystème microbien des sols viticoles; incidence des pratiques culturales
A. Mercier1, Cécile Miot-Sertier1, G. Martins1, M.L. Soulas1, G. Soulas1, I. Masneuf-Pomarède2 et
A. Lonvaud1
[email protected]
1
UMR1219 Œnologie INRA-Université de Bordeaux (ISVV) 210 Chemin de Leysotte, CS 50008, 33882
2
ENITA de Bordeaux, 1 Cours du Général de Gaulle, CS 40201, 33175 Gradignan cedex
Les microorganismes du sol constituent une source potentielle d’inoculum et sont susceptibles de
contribuer à la composition de l’écosystème microbien de la baie, du moût et donc à l’effet terroir.
L’objectif de cette étude est de décrire la dynamique, la biodiversité et l’organisation de l’écosystème
microbien (bactéries et levures) présent dans l'horizon superficiel du sol de deux parcelles viticoles
placées en conditions climatiques comparables mais répondant à deux modes de protection
phytosanitaire : lutte chimique conventionnelle ou agriculture biologique. Les prélèvements de sol, sur les
5 premiers centimètres, ont été réalisés à cinq périodes correspondant aux différents états physiologiques
de la vigne, de la véraison à la maturité. Sur chaque parcelle, trois ceps ont été sélectionnés et le sol
environnant échantillonné à raison de 5 prélèvements dans un rayon de 1 mètre autour de chaque cep.
Premiers résultats (campagne 2009). La quantité d’ADN extrait est estimée à 11,93 (±2,51) mg d’ADN/g
de sol sec pour la vigne en gestion biologique et à 10,91 ((±2,20) mg d’ADN/g de sol sec par la vigne en
gestion conventionnelle. Les quantités d’ADN extraits des deux parcelles ne montrent pas de différence
significative (P>0,05) entre les deux modes de conduite. En revanche, la biomasse bactérienne cultivée
sur milieu est statistiquement supérieure (p<0,05) pour la parcelle biologique comparée à la parcelle en
gestion conventionnelle. Enfin, les deux parcelles se distinguent également par la structure de la
communauté bactérienne déduite de l'analyse des séquences des ADNr 16S obtenues par PCR-DGGE
sur la biomasse totale cultivable.
Barlaan EA, Sugimori M, Furukawa S, Takeuchi K. 2005. Profiling and monitoring of microbial
populations by denaturing high-performance liquid chromatography. J. Microbiol. Methods. 36 :55-64
Chen YS, Yanagida F, Shinohara T. 2005. Isolation and identification of lactic acid bacteria from soil
using an enrichment procedure. Lett. Appl. Microbiol. 40, 195-200.
Kitts CL. 2001. Terminal restriction fragment patterns: a tool for comparing microbial communities and
assessing community dynamics.Curr Issues Intest Microbiol. 2:17-25
Lonvaud-Funel A. 1999. Lactic acid bacteria in the quality improvement and depreciation of wine.Antonie
Van Leeuwenhoek. 76:317-31
Mortimer R, Polsinelli M. 1999. On the origins of wine yeast. Res. Microbiol.150:199-204 Muyzer G.
1999. DGGE-TGGE a method for identifying genes from natural ecosystems. Curr. Opin. Microbiol.
2 :317-322
Renouf V, Claisse O, Lonvaud-Funel A. 2007. Inventory and monitoring of wine microbial consortia.
Appl. Microbiol. Biotechnol. 75:149-64
Mots-clés : sols viticoles; bactéries; levures; lutte chimique; agriculture biologique
43 P18 - Études des spécificités phylogénétiques du microbiote d’individus atteints de la maladie de
Crohn
Stanislas Mondot1, S. Kang3, J. P. Furet1, P. Lepage1, K. Le Roux1, J. Doré1, C. McSweeney3,
M. Morrison3, P. Marteau2 et M. Leclerc1
[email protected]
1
Service de Gastroentérologie, AP-HP Hôpital Lariboisière
3
CSIRO, Queensland - St Lucia, Australia
2
INTRODUCTION: La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire chronique de l’intestin.
Différents facteurs, dont la génétique de l’hôte, l’environnement et le microbiote, sont impliqués dans le
développement et le maintien de la maladie. Les objectifs de cette étude étaient : i) d’identifier sans a
priori et de valider la présence de microorganismes spécifiquement associés à la pathologie, ii) de
caractériser la structure phylogénétique du microbiote de patients MC.
METHODES: L’identification de spécificités phylogénétiques a été réalisée par analyse comparative
d’inventaires moléculaires d’ARNr 16S sains et MC. Les OTUs candidats ont ensuite été validé par RT QPCR et puces phylogénétiques, sur 32 ADN fécaux d’individus sains et de patients MC iléale. L’analyse
globale des profils phylogénétiques des 32 microbiotes a permis de caractériser et de comparer la
structure phylogénétique de microbiotes MC et sain.
RESULTATS: Cinq OTUs candidats, phylogénétiquement proches de Escherichia coli, Ruminococcus
bromii, Subdoligranulum sp., Parabacteroides distasonis et Bacteroides vulgatus, ont été validés comme
sur- ou sous-représentés (1/5 et 4/5 respectivement) dans le microbiote MC. L’analyse par puces
phylogénétiques a confirmé l’association des espèces à la pathologie. De plus, des bactéries
inhabituellement retrouvées dans l’écosystème intestinal étaient sur-représentées dans les microbiotes
MC. A l’inverse, une forte proportion de bactéries commensales en étaient absentes. Enfin, les patients
MC hébergeaient un écosystème microbien déstructuré.
CONCLUSION: Le microbiote intestinal de patients atteints de MC est caractérisé par l’absence de
nombreuses bactéries commensales et la surabondance de bactéries inadaptées à l’écosystème
intestinal normal. De plus, le microbiote MC est caractérisé par un état phylogénétique déstructuré. Enfin,
afin de déterminer si la dysbiose phylogénétique observée a un impact sur l’activité du microbiote MC, il
serait intéressant d’étudier la fonctionnalité globale du microbiote MC.
Mots-clés : Maladie de Crohn - ARNr 16S - OTU – Phylogénie
44 P19 - Séquençage du génome d'Arthrobacter arilaitensis, une espèce appartenant à la flore de
surface de nombreux fromages
Christophe Monnet1, Françoise Irlinger1, Eric Spinnler1, Valentin Loux2, Jean-François Gibrat2, Valérie
Barbe3, Benoit Vacherie3, Frederick Gavory3, Patricia Siguier4, Edith Simonnot4, Michaël Chandler4,
Rayda Elleuch5 et Tatiana Vallaeys6
[email protected]
1
2
UR1077 Mathématique, Informatique et Génome INRA, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
3
Genoscope, Evry
4
UMR5100 LMGM, CNRS-Université Paul Sabatier 31062 Toulouse
5
LGEM Université des Sciences de Sfax 3018 Sfax, Tunisia
6
UMR5119 Ecosystèmes Lagunaires CNRS-Université Montpellier II 34095 Montpellier
La flore microbienne présente à la surface des fromages à croûte lavée comprend une grande variété de
bactéries, levures et moisissures. Son activité est primordiale pour l'établissement des propriétés
organoleptiques des fromages et elle permet également de limiter la croissance des micro-organismes
indésirables. Des souches d'Arthrobacter arilaitensis sont souvent présentes à une concentration élevée
(>1010 ufc/g) à la surface des fromages. L'étude du génome d'A. arilaitensis a été entreprise afin de mieux
connaître les déterminants génétiques permettant l'adaptation au milieu "fromage", et l'expression
d'aptitudes fonctionnelles (coloration, production d'arômes, activité inhibitrice sur des micro-organismes
indésirables). Le génome de la souche Re117 est composé d'un chromosome (3,86 Mpb) et de deux
plasmides (50,4 et 8,5 kpb). Des différences notables ont été mises en évidence entre la souche Re117
et des souches d'Arthrobacter provenant du sol et elles sont probablement liées à l'adaptation au milieu
fromage. Par exemple, des gènes de catabolisme de l'acide D-galactonique sont présents dans A.
arilaitensis. Or ce composé n'est pas un constituant du lait. On peut émettre l'hypothèse qu'il est produit
transitoirement, par oxydation du galactose par certaines levures de la flore de surface des fromages, et il
serait ensuite catabolisé par d'autres micro-organismes, dont A. arilaitensis. Cette bactérie comporte
aussi une proportion élevée de gènes permettant la synthèse de sidérophores et le transport du fer.
L'acquisition du fer est probablement un phénomène clé chez les micro-organismes de la surface des
fromages et est potentiellement à l'origine d'interactions entre eux via la capacité à utiliser les
sidérophores synthétisés par d'autres espèces.
Mots-clés : fromage, Arthrobacter arilaitensis, affinage, interactions microbiennes, génome
45 P20- Implication des systèmes à deux composants dans les réponses de Streptococcus
thermophilus à des changements environnementaux, dont la co-culture avec Lactobacillus
bulgaricus
Benoît Thévenard1, Pascal Fourcassié2, Véronique Monnet1, Patrick Boyaval2 et Françoise Rul1
[email protected]
1
2
Danisco France SAS BP10, 86220 Dangé-Saint-Romain
Les systèmes à deux composants (TCS) constituent un des mécanismes essentiels qu’utilisent les
bactéries pour percevoir et s’adapter à des changements environnementaux. D’un point de vue structural,
les TCS sont constitués de deux composants: un « senseur » ou protéine histidine kinase (HK) qui s’autophosphoryle en réponse à un stimulus puis transfère son groupement phosphate au régulateur de
réponse (RR), le deuxième composant. Celui-ci se comporte alors le plus souvent comme un régulateur
transcriptionnel permettant une réponse physiologique adaptée.
Dans le cadre de ce projet, nous nous intéressons aux phénomènes de régulation, via les TCS, résultant
des changements environnementaux qui peuvent être rencontrés en technologie laitière par
Streptococcus thermophilus LMD9, souche comprenant 8 TCS dont 6 complets.
Ainsi, des études transcriptomiques effectuées sur des cultures en lait montrent des différences de niveau
d’expression entre les 8 RR pouvant atteindre un facteur 1000. Nous avons noté en coculture avec
Lactobacillus bulgaricus, le partenaire de Streptococcus thermophilus dans le yaourt, une modulation de
l’expression de 4 RR.
Par ailleurs, afin d’explorer l’implication et le rôle de ces TCS, des mutants négatifs pour 7 des 8 RR ont
été construits puis caractérisés. Ainsi un des RR est essentiel pour la croissance optimale de
Streptococcus thermophilus. Deux RR seraient impliqués dans la résistance au stress oxydant. D’autre
part, la présence de Lactobacillus bulgaricus conduit à une stimulation de l’acidification
proportionnellement plus marquée pour un mutant que pour la souche sauvage. Actuellement, nous nous
focalisons sur la caractérisation du régulon de ce dernier TCS.
Mots-clés : Streptococcus thermophilus - Systèmes à deux composants - Interactions bactériennes"Response regulator"- Histidine kinase
46 P21 - Identification of a secreted lipolytic esterase in Propionibacterium freudenreichii
Julien Dherbécourt1,2, Hélène Falentin1,2, Julien Jardin1,2, Frédérique Barloy-Hubler3, and Anne Thierry1,2
[email protected]
1
INRA UMR1253 Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf INRA-Agrocampus Ouest, 65 rue de Saint
Brieuc 35042 Rennes
2
Agrocampus Ouest UMR1253 Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf INRA-Agrocampus Ouest, 65
rue de Saint Brieuc 35042 Rennes
3
UMR6026 Interactions Cellulaires et Moléculaires Equipe B@SIC, CNRS-Université de Rennes 1,
IFR140 GFAS, Rennes
Free fatty acids are important flavour compounds in cheese, where they bring “pungent”, “rancid”,
“cheese”, and “fruity” notes. They mainly result from the lipolytic activity of cheese micro-organisms. In
Emmental cheese, the main agent of lipolysis is Propionibacterium freudenreichii, a species used as a
ripening culture. By combining in silico prediction of subcellular localisation, zymography, and
identification by mass spectrometry, we recently demonstrated that P. freudenreichii CIRM1T possess
one secreted lipolytic esterase, PF279. PF279 possesses an atypical motif TXSXG instead of the
classical GXSXG of esterases, and shares only weak homology with the proteins of NCBI nr database. It
is constitutively expressed during Pf growth and is active on milk fat. Transformed P. freudenreichii
CIRM1T clones over-expressing PF279 showed ~5 times more lipolytic activity on milk fat than the wild
strain. PF279 is likely a key component in Emmental cheese lipolysis.
Dherbécourt et al, 2010, Applied and Environmental Microbiology 76(4):1181-88
Dherbécourt et al, 2008, Microbial Cell Factory 7
Mots-clés : Propionibacterium lipase
47 P22 - Identification et suivi des bactéries impliquées dans l’altération des minéraux et la fertilité
des sols forestiers
Stéphane Uroz, M-P. Turpault, P. Frey-Klett, C. Calvaruso, C. Colligon, C. Lepleux, P. Oger, J. Leveau,
M. Buée, F. Martin, C. Murat, J-C. Pierrat et W. de Boer
[email protected]
UMR1136 Interactions Arbres/Micro-organismes, INRA-Université de Lorraine, INRA de Nancy, 54280
Champenoux
Dans les écosystèmes forestiers tempérés qui ne subissent aucun apport en nutriments inorganiques de
la part de l’Homme et où la matière organique est stable, les arbres doivent puiser ces nutriments à partir
des ressources présentes dans leur environnement à savoir les minéraux du sol. De nos jours, plusieurs
genres bactériens ont été décrits pour leur capacité à altérer les minéraux et améliorer la nutrition des
arbres. Cependant, la relation entre l’appartenance taxonomique, la niche écologique d’origine, les
caractéristiques du sol et la capacité à altérer les minéraux n’a jamais été étudiée. Pour répondre à ces
questions, des recherches basées sur les communautés bactériennes ont été initiées sur un site forestier
pauvre en nutriments, en considérant différentes niches écologiques. L’analyse fonctionnelle de souches
bactériennes, basée sur l’utilisation d’un test permettant de mesurer l’altération d’un minéral fréquent
dans les sols, a permis de mettre en évidence que les bactéries altérantes étaient plus présentes dans la
mycorhizosphère que dans le sol nu. L’analyse phylogénétique a mis en évidence que les souches les
plus efficaces appartenaient essentiellement aux genres Burkholderia et Collimonas. La présence du
genre Collimonas dans des sols carencés ainsi que son efficacité à altérer les minéraux, en font un bon
indicateur de la fertilité des sols. Parallèlement à ces travaux, l’analyse métagénomique a démontré un
enrichissement des genres Burkholderia et Collimonas. Nos résultats suggèrent la sélection par les
arbres de communautés bactériennes particulièrement efficaces pour altérer les minéraux au niveau de
leur système racinaire.
Mots-clés : altération des minéraux, bactéries, métagénomique, forêt, sols pauvres
50 Session 2 : Biodiversité – Émergence du risque
51
52
Sommaire - Session 2
Conférencier invité - Session 2 ........................................................................... 56 Escherichia coli : une bactérie diverse à tous les niveaux ............................................................... 56 Erick Denamur ................................................................................................................................... 56 Communications orales - Session 2 ................................................................... 57 O8 - Génomique des populations de Borrelia responsables de la maladie de Lyme .................... 58 Xavier Bailly1, Martine Garnier2, Elisabeth Ferquel2, Jocelyn de Goër1, David Abrial1, Nelly Dorr1,
Benjamin Faure1, Natacha Setour2, Patrick Gasqui1, Myriam Charras-Garido1, Muriel Cornet2 et
Gwenaël Vourc'h1 ................................................................................................................................ 58 O9 - Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en
écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens ................................................... 59 Florent Lassalle1, 2, Daniel Muller1, Denis Costechareyre1, David Chapulliot1, Céline Lavire1, Laurent
Gueguen2, Vincent Daubin2, Christine Oger3, Florence Hommais4 et Xavier Nesme1 ........................ 59 O10 - Vers de nouveaux indicateurs de contamination des eaux .................................................... 60 Nathalie Wéry1, Caroline Monteil1, Anne-Marie Pourcher2,3 et Jean-Jacques Godon1 ...................... 60 O11 - "GenoVA", a new approach to assess intraspecies genetic variability in complex genomic
mixes ...................................................................................................................................................... 61 Mathieu Almeida, Nicolas Pons, Jean-Michel Batto, Sean Kennedy, S. Dusko Ehrlich and Pierre
Renault ................................................................................................................................................ 61 O12 - A simple and efficient method to search for selected primary transcripts: small noncoding
RNAs in the human pathogen Enterococcus faecalis ....................................................................... 62 Aymeric Fouquier-d'hérouel, Françoise Wessner, David Halpern, Joseph Ly-Vu, Pascale Serror, Erik
Aurel and Francis Repoila ................................................................................................................. 62 O13 - Caractérisation de Xanthomonas arboricola, espèce bactérienne responsable de
bactérioses émergentes, par séquençage multiloci de gènes de ménage ..................................... 63 Marion Fischer-Le Saux et Sophie Bonneau .................................................................................... 63 O14 - Comparaison exhaustives de souches de Staphylococcus aureus isolées de mammites
gangreneuses et subcliniques en élevage ovin................................................................................. 64 C. Le Maréchal1, 2, J. Jardin1, D. Hernandez3, G. Jan1, P. François3, J. Schrenzel3, S. Even1, N.
Berkova1, R. Thiéry2, J.R. Fitzgerald4, E. Vautor2 et Yves Le Loir1 .................................................... 64 O15 - Transfert conjugatif et mobilisation d’ilots génomiques chez les streptocoques ............... 65 Aurore Puymège, Xavier Bellanger, Gérard Guédon, Pierre Leblond et Sophie Payot ..................... 65 Posters - Session 2 .............................................................................................. 66 P23 - Découverte de nouvelles recombinases de bactériophage .................................................... 67 Jihane Amarir-Bouhram1, Anne Lopes2, Guilhem Faure2, Raphaël Guerois2 et Marie-Agnès Petit1 67 P24 - Interaction du répresseur transcriptionnel RamR avec la région promotrice de RamA :
implication dans la résistance multidrogue par efflux actif des salmonelles ................................. 68 Sylvie Baucheron-Monnier, F. Coste, S. Canepa, M.C. Maurel, F. Culard, B. Castaing, A. Roussel
et A. Cloeckaert ................................................................................................................................... 68 P25 - Antimicrobial resistance in Escherichia coli strains carrying virulence genes isolated in
wastewater of slaughterhouses in France ......................................................................................... 69 Delphine Bibbal1, Estelle Loukiadis1, Monique Kérourédan1, Nathalie Arpaillange2, Véronique
Dupouy2, Pierre-Louis Toutain2, Eric Oswald1, Alain Bousquet-Mélou2 and Hubert Brugère1 ............ 69 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
53
P26 - Genotyping differences that divide Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis
strains .................................................................................................................................................... 70 Franck Biet1, Iker Sevilla2, , Thierry Cochard1, Joseba M. Garrido2, Ian Heron3, Ramón A. Juste1,
Joyce McLuckie3, Philip Supply4, Virginie C. Thibault1 and Karen Stevenson3 ................................... 70 P27 - Dynamic reactivity of biocides in biofilm structures ............................................................... 71 A. Bridier1,2, F. Dubois-Brissonnet2,1, V. Thomas3 and Romain Briandet1,2 ....................................... 71 P28 - A Bacillus cereus two-component system mutant is impaired during growth at low
temperature ........................................................................................................................................... 72 Julien Brillard1, C. Dargaignaratz1, I. Jéhanno2, V. Sanchis2, C. Nguyen-the1, V. Broussolle1 ......... 72 P29 - RNA helicases are involved in the cold adaptation of Bacillus cereus ATCC14579 ............ 73 F. Pandiani, J. Brillard, M.H. Guinebretière, F. Carlin, C. Nguyen-the and Véronique Broussolle ... 73 P30 - Effets des plasmides Ti et At sur la valeur sélective d'Agrobacterium tumefaciens ........... 74 Tony Campillo1,2, Céline Lavire1, Daniel Muller1, Florence Hommais2 et Xavier Nesme1 .................. 74 P31 - Régulation du transfert conjugatif d’ICESt1 et ICESt3 chez Streptococcus thermophilus . 75 Nicolas Carraro, Catherine Morel, Bernard Decaris, Pierre Leblond, Gérard Guédon, Florence
Charron et Virginie Libante................................................................................................................. 75 P32 - Les activités enzymatiques des sols : outils de bioindication des contaminations et des
pratiques agricoles ............................................................................................................................... 76 Nathalie Cheviron, Agathe Brault, Isabelle Touton, Achref Aloui et Christian Mougin ...................... 76 P33 - Identification de gènes potentiellement impliques dans un système NHEJ-like chez
Streptomyces ambofaciens ................................................................................................................. 77 Ludovic Chipot, Claire Bertrand, Isolde Francis, Emilie Piotrowski, Annabelle Thibessard et Pierre
Leblond................................................................................................................................................ 77 P34 - Identification des fonctions mobilisatrices de l’ilot génomique Salmonella genomic island
1 (SGI1) nécessaires à son transfert conjugatif................................................................................. 78 Gregory Douard, Benoît Doublet et Axel Cloeckaert ......................................................................... 78 P35 - Rôle de l’îlot génomique GimA dans l’adaptation à l’hôte de la souche Escherichia coli
BEN2908 ................................................................................................................................................ 79 Maud Fléchard, Mélanie Cortes, Lucille Adam, Nathalie Lallier et Pierre Germon ............................ 79 P36 - Visualisation de l’expression de gènes staphylococciques dans une matrice fromagère .. 80 Isabelle Fleurot, Elise Borezée-Durant, Virginie Oxaran, Romain Briandet et Agnès DelacroixBuchet ................................................................................................................................................. 80 P37 - Un nouveau mécanisme de communication cellulaire contrôle la compétence pour la
transformation génétique naturelle chez Streptococcus thermophilus .......................................... 81 Rozenn Gardan, Colette Besset, Christophe Gitton, Alain Guillot et Véronique Monnet ................... 81 P38 - Microbiologie des bioaérosols de compostage lors de la phase de fermentation ............... 82 Olivier Le Goff1, Valérie Bru-Adan1, Hélène Bacheley2, Jean-Jacques Godon1 et Nathalie Wéry1... 82 P39 - Identification of Campylobacter in slaughterhouses by new molecular and classical
methods ................................................................................................................................................. 83 Sabrina Macé, Florence Aviat, Albert Rossero, Hervé Prévost, Michel Federighi, Marie-France Pilet
and Xavier Dousset ............................................................................................................................. 83 P40 - Diversité génétique des phytoplasmes associés à la flavescence dorée de la vigne et
évaluation du risque épidémique provenant de réservoir sauvage ................................................. 84 Sylvie Malembic-Maher, Pascal Salar, Delphine Desque et Xavier Foissac .................................... 84 P41 - Mycoplasma agalactiae genetic diversity: diverse strains are circulating over Europe but a
single one persists in South West France outbreaks over 30 years ............................................... 85 Laurent-Xavier Nouvel1,2, Eveline Sagné1,2, Marc Marenda3, Michelle Glew4, Renate Rosengarten5,
Francois Poumarat6 and Christine Citti2,1. ........................................................................................... 85 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
54
P42 - Caractérisation de FosR, régulateur transcriptionnel de gènes impliqués dans le
métabolisme des fructooligosaccharides chez une souche d’Escherichia coli pathogène ......... 86 Gaëlle Porcheron1, Sylvie Canepa2, Marie-Christine Maurel2 et Catherine Schouler1 ...................... 86 P43- Caractérisation moléculaire des ressources microbiennes du CIRM et mise en place
d’outils d’aide à l’identification ........................................................................................................... 87 Cindy Slugocki1, Emmanuelle Helloin1, Perrine Portier2, Martial Briand2, Marion Fischer-Le Saux2,
Noémie Jacques3, Sandrine Mallet3, Serge Casaregola3 .................................................................... 87 P44 - Frz, un opéron métabolique d’Escherichia coli implique dans l’adaptation à des conditions
de stress et dans l’invasion de cellules eucaryotes .......................................................................... 88 Géraldine Rouquet, Gaëlle Porcheron, Claire Barra, Maryline Répérant, Nathalie Chanteloup,
Catherine Schouler, et Philippe Gilot .................................................................................................. 88 P45 - Prédiction des motifs KOPS impliqués dans la ségrégation des chromosomes bactériens
chez les Lactocoques / Streptocoques............................................................................................... 89 Fabrice Touzain1, Sophie Nolivos2, François Cornet2, Pascal Le Bourgeois2, Sophie Schbath3 et
Meriem El Karoui1 ............................................................................................................................... 89 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
55
Conférencier invité - Session 2
Escherichia coli : une bactérie diverse à tous les niveaux
Erick Denamur
[email protected]
INSERM U722 et Université Paris Diderot
Site Xavier Bichat, 75018 Paris
site web : http://www.bichat.inserm.fr/equipes/emi0339/u722.html
Biographie :
Erick Denamur est professeur de Biochimie et Biologie Moléculaire à l’UFR de Médecine de l’Université
Paris Diderot et dirige l’unité mixte de recherche INSERM Université Paris Diderot intitulée « Écologie et
évolution des microorganismes ».
Le laboratoire a pour but d'implanter une démarche d'évolution fondamentale au sein de la recherche
médicale en pathologie infectieuse. Deux aspects sont essentiels pour comprendre l'évolution des
microorganismes : (i) l'adéquation entre leur génome et leur environnement et (ii) les contraintes agissant
sur leur mode d'adaptation. Nous avons choisi comme organismes modèles la bactérie Escherichia coli
ainsi que les bactériophages (virus des bactéries) phiX174 et phi6 pour aborder ces thématiques.
Résumé :
Escherichia coli est une bactérie qui partage son habitat entre le tube digestif des vertébrés où elle vit en
commensale et l’eau et les sédiments. C’est aussi un pathogène majeur intestinal et extra-intestinal. E.
coli présente une diversité phénotypique et génotypique considérable. Nous verrons dans cet exposé les
différents niveaux de diversité présentés par cette bactérie et leurs relations avec la virulence.
56
Communications orales - Session 2
57
O8 - Génomique des populations de Borrelia responsables de la maladie de Lyme
Xavier Bailly1, Martine Garnier2, Elisabeth Ferquel2, Jocelyn de Goër1, David Abrial1, Nelly Dorr1,
Benjamin Faure1, Natacha Setour2, Patrick Gasqui1, Myriam Charras-Garido1, Muriel Cornet2
et Gwenaël Vourc'h1
[email protected]
1
2
UR0346 Epidémiologie Animale INRA de Theix 63122 Saint Genès Champanelle
CNR des Borrelia Institut Pasteur 25-28 rue du Docteur Roux 75724 Paris cedex 15
Considérée comme émergente en Europe et en Amérique du Nord, la maladie de Lyme est l'une des
zoonoses non alimentaires ayant le plus fort taux d’incidence en France. Elle est causée par les bactéries
pathogènes du complexe Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.).
Parmi les espèces actuellement recensées dans le complexe B. burgdorferi s.l., trois sont responsables
de la majorité des cas chez l’homme : B. afzelii, B. burgdorferi sensu stricto (s.s.) et B. garinii. Ces trois
espèces, qui sont à l’origine chez l’homme de symptômes allant de manifestations cutanées à des
atteintes neurologiques, sont présentes en sympatrie en France.
Les B. burgdorferi s.l. sont maintenues dans la nature au sein d’espèces réservoirs, principalement des
petits mammifères et des oiseaux. En France, ces bactéries sont transmises par les tiques de l’espèce
Ixodes ricinus. Bien que ce vecteur parasite un large éventail de vertébrés, les espèces de ce complexe
de bactéries pathogènes sont préférentiellement associées à différents hôtes réservoirs. Ceci soulève de
nombreuses questions concernant la spécialisation de ces bactéries.
Afin d'étudier les modalités évolutives ayant conduit à l'émergence de groupes génétiques spécialisés au
sein du complexe B. burgdorferi s.l., nous avons séquencé partiellement le génome de différentes
souches de B. afzelii, B. burgdorferi s.s. et B. garinii isolées de tiques à l'affut échantillonnées en Alsace.
Ces souches proviennent de la collection du Centre National de Référence (CNR) des Borrelia. Dans ce
contexte, nous essayons de comprendre comment se structure la diversité génétique des B. burgdorferi
s.l. et comment différents mécanismes, tels que les transferts de gènes ou la sélection, pourraient
influencer l’émergence de taxons susceptibles de provoquer de nouvelles formes de maladies.
Mots-clés : Borrelia, spéciation, sélection, recombinaison, génomique
58
O9 - Identification de fonctions « spécifiques d'espèce » impliquées dans l'individualisation en
écovar de l’espèce G8 du complexe Agrobacterium tumefaciens
Florent Lassalle1, 2, Daniel Muller1, Denis Costechareyre1, David Chapulliot1, Céline Lavire1, Laurent
Gueguen2, Vincent Daubin2, Christine Oger3, Florence Hommais4 et Xavier Nesme1
[email protected]
1
USC1193 Ecologie Microbienne INRA-CNRS-Université Lyon I 43 Boulevard du 11 novembre 1918
69100 Villeurbanne (http://ecomicro.univ-lyon1.fr);
2
Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMRCNRS 5558 (http://biomserv.univ-lyon1.fr);
3
PRABI: Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique (http://www.prabi.fr);
4
Microbiologie, adaptation et pathogénie UMR5240 (http://map.univ-lyon1.fr); IFR 41 Bio-Environnement
et Santé, Université Lyon 1, Domaine Scientifique de La Doua, 16 rue Raphaël Dubois 69622
Villeurbanne cedex
Agrobacterium tumefaciens est un complexe de dix espèces génomiques (ou génomovars) nommées G 1
à G9 et G13, que l'on suppose avoir des niches écologiques différentes. Nous cherchons les
déterminants génomiques qui pourraient coder les adaptations des génomovars à des niches écologiques
spécifiques. Nous voulons donc montrer que les génomovars sont en fait des écovars. Pour tenter de
relier les spécificités écologiques des espèces et les évènements de spéciation lié à l'émergence de ces
espèces génomiques, les différences de répertoires géniques entre espèces ont été explorées afin de
savoir si elles étaient porteuses de déterminants de la spécificités pour des niches écologiques
particulières. En pratique, les ADN génomiques de 22 souches d'A. tumefaciens ont été hybridés sur des
puces à ADN couvrant le génome de la souche C58 (espèce G8). Nous avons étudié l'ubiquité des gènes
de C58 au sein de l'ensemble du taxon A. tumefaciens, ce qui nous a permis de définir plusieurs classes
de gènes: l'ensemble des gènes communs à tous les A. tumefaciens (core-génome du complexe
d'espèces); l'ensemble des gènes présent chez certaines souches du taxon mes pas toutes (sporadiques
dans A. tumefaciens), l'ensemble des gènes présents chez toutes les souches de l'espèce G8 et
uniquement chez elles (spécifiques de l'espèce G8), et l'ensemble des gènes sporadiques dans l'espèce
G8 (incluant les gènes spécifique à la souche C58).
Nous avons d'une part analysé par analyse factorielle des correspondances (AFC) l'usage des codons de
chacun de ces ensembles de gènes, révélant une signature typique de chaque ensemble de gènes, de
façon ordonnée par rapport à leur niveau d'ubiquité dans A. tumefaciens. Plus précisément, au sein des
gènes spécifiques de G8, nous avons constaté deux modes d'usage du code: un mode ressemblant à
celui du core-genome (gènes conservés) et un autre ressemblant à celui des gènes sporadiques dans
G8. Nous avons d'autre part étudié la localisation relative de ces gènes (isolés ou regroupés en îlots)
dans le génome de C58. Les gènes spécifiques de l'espèce G8 ayant une signature d'usage des codons
typique de gènes conservés, et étant regroupés en ilôts ont été retenus comme candidats possiblement
impliqués dans l'évènement de spéciation de l'espèce G8.
L'annotation experte de ces locus a révélé leurs fonctions potentielles. Parmi les 196 CDS spécifiques de
l'espèce G8, huit grands îlots de gènes semblent coder des unités fonctionnelles, comprenant entre
autres: une voie d'assimilation et de dégradation de composés phénoliques, une voie d'utilisation
d'amino-sucres, une voie de synthèse d'un sidérophore, un ensemble de fonctions impliquées dans la
résistance à des toxiques environnementaux, et un ensemble de fonctions dédiées à la perception des
signaux environnementaux.
L'ensemble des résultats semble soutenir l'idée que la spéciation de l'espèce génomique G8 a été causée
par l'acquisition de gènes qui lui ont permis de coloniser une niche écologique spécifique, peut-être en
relation avec une adaptation à la vie rhizosphérique.
Mots-clés : CGH, Agrobacterium tumefaciens, speciation, rhizosphere
59
O10 - Vers de nouveaux indicateurs de contamination des eaux
Nathalie Wéry1, Caroline Monteil1, Anne-Marie Pourcher2,3 et Jean-Jacques Godon1
[email protected]
1
Cemagref, URGERE, 35044 Rennes
3
Université européenne de Bretagne
2
La pollution organique issue des effluents d’élevage et de stations d'épuration conduit à la contamination
des eaux de surface. L’amélioration de la qualité des eaux et la hiérarchisation des différentes pollutions
impliquent de remonter aux sources de ces pollutions. Cependant, il n’existe pas actuellement de
méthode permettant de différencier l’origine (humaine ou animale) d’une contamination fécale. Des
indicateurs microbiens de l’origine d’une contamination sont donc recherchés, ce qui pose la question
plus générale de l’existence de microorganismes spécifiques d’un hôte (homme, porc, bovin etc.).
Cette étude présente l’identification de bactéries fécales capables de se maintenir lors du traitement des
eaux usées et qui pourraient constituer de nouveaux indicateurs de contamination fécale d’origine
humaine. La diversité microbienne des Bacteroidales, Clostridiaceae, Bifidobacterium et BacillusStreptococcus-Lactobacillus a été analysée par une technique d’empreinte moléculaire (SSCP) dans des
rejets de stations d’épuration, et les phylotypes communs identifiés par clonage-séquençage. Puis une
origine (non fécale, fécale animale ou fécale humaine) a été associée à chaque phylotype, en fonction de
l’origine des séquences les plus proches présentes en bases de données (NCBI). Plusieurs indicateurs
humains potentiels ont été identifiés au sein des Bifidobacterium (B. adolescentis), des Bacteroides (B.
caccae) et des Clostridiaceae. Leur spécificité a ensuite été analysée par PCR quantitative dans des
échantillons fécaux d’origines diverses et leur potentiel pour tracer les contaminations des eaux de
surface testé sur des eaux de rivière impactées par des rejets de station d’épuration.
Ce projet a bénéficié du soutien financier de l’Afsset (EST-2006/1/36).
Mots-clés : pollution, indicateurs, diversité
60
O11 - "GenoVA", a new approach to assess intraspecies genetic variability in complex genomic
mixes
Mathieu Almeida, Nicolas Pons, Jean-Michel Batto, Sean Kennedy, S. Dusko Ehrlich and Pierre Renault
[email protected]
In natural ecosystems, such as the gut, the different species of microorganisms are composed of different
population whose genetic background may varying around a common theme. The assessment of the
genetic diversity in each species is therefore an important factor to improve our studies, and understand
phenomena such as dysbiosis and understanding of gut ecosystem functioning. High throughput
sequencing technologies such as the SOLiD or Solexa may provide amounts of data in ecosystem
allowing an assessment of intraspecies population diversity, and therefore a first insight in this field. We
developed a new approach implemented in the program named "GenoVA" (Genome Variability Analyzer),
enabling the analysis of intraspecies genetic diversity from complex genomic mixes sequenced by SOLiD
or Solexa. In a first step, the "GenoVA" approach proposes a definition of the species core genome based
on the mean coverage count on each gene compared to a referent annotated genome. In a second step,
it notifies and scores nucleotide polymorphism by the use of the Information Theory. This 2-steps
approach has been validated by the study of a biological sample of 132 Streptococcus thermophilus
genomes mixed and sequenced in a whole manner.
A.Bolotine, B.Quinquis, P.Renault, A.Sorokin, S.D. Ehrlich, S. Kulakauskas, A. Lapidus, E. Golstman,
Michael Mazur, G.D Push, M. Fonstein, R. Overbeek, N. Kyprides, B. Purnelle, D. Prozzi, K. Ngui, D.
Masuy, F. Hancy, S. Burteau, M. Boutry, J. Delcour, A. Goffeau, P. Hols (2004) Complete sequence and
comparative genome analysis of the dairy bacterium Streptococcus thermophilus, Nature Biotech 22,
1554-1558.
Delorme C, Poyart C, Ehrlich SD, Renault P. 2007 Extent of horizontal gene transfer in evolution of
Streptococci of the salivarius group. J Bacteriol. 189(4):1330-41.
Pons N, Batto JM, Ehrlich SD, Renault P. Development of software facilities to characterize regulatory
binding motifs and application to streptococcaceae. J Mol Microbiol Biotechnol. 2008;14(1-3):67-73.
IMoMi, dépôt à l'Agence pour la Protection des Programmes, 2007 sous le numéro
IDDN.FR.001.080038.000.R.P.2007.000.31235.
Mots-clés : bioinformatique, variabilité, espèce, métagénomique
61
O12 - A simple and efficient method to search for selected primary transcripts: small noncoding
RNAs in the human pathogen Enterococcus faecalis
Aymeric Fouquier-d'hérouel, Françoise Wessner, David Halpern, Joseph Ly-Vu, Pascale Serror, Erik
Aurel and Francis Repoila
[email protected]
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, Commensalism and Pathogenicity of Enterococci Team,
Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
The gram positive bacterium Enterococcus faecalis inhabits the gastrointestinal tract as commensal, but
is also a major opportunistic pathogen responsible for nosocomial infections. The thin line of the dual life
style of E. faecalis is complex and poorly understood. It relies on a balance between the host physiology
imposing environmental constraints and bacterial adaptation processes enabling the opportunistic
pathogen to survive. In order to explore molecular aspects of such bacterial adaptation processes, we are
focussing our researches on pathways coordinated by noncoding RNAs (ncRNAs). NcRNAs are
regulators of physiological adjustments to environmental cues. To date, no ncRNA encoded by the
chromosome of E. faecalis has been described. Using in silico predictions that exclude Riboswitches and
short translatable ORFs (≥10aa), we have selected 45 intergenic region (IGRs) predicted to contain
ncRNA encoding genes in the chromosome of E. faecalis. To test our predictions, we have developed a
simple and efficient 5’RACE-derivative method (5’tag-RACE) enabling a strand-specific selection of
primary transcripts. By using total RNA expressed in growth conditions imposing constraints faced by E.
faecalis as commensal and/or pathogen, we have found 28 IGRs expressing transcripts. 5’ and 3’ end
mapping revealed a total of 34 new ncRNAs called “Ref”. 6 Ref ncRNAs are nested in the pathogenicity
island defined for E. faecalis, and hence might be involved in the control of virulence traits. For one of
them, Ref25C, experimental evidences and the nature of predicted targets suggest a role in oxidative
stress defences and adaptation. This hypothesis is currently investigated.
Mots-clés : Small noncoding RNAs, antisense RNAs, 5’tagRACE, E. faecalis
62
O13 - Caractérisation de Xanthomonas arboricola, espèce bactérienne responsable de bactérioses
émergentes, par séquençage multiloci de gènes de ménage
Marion Fischer-Le Saux et Sophie Bonneau
[email protected]
UMR0077 Pathologie Végétale, INRA-Agrocampus Ouest-Université d’Angers 42 rue Georges Morel BP
60057 49071 Beaucouzé cedex
L’espèce Xanthomonas arboricola regroupe 6 pathovars dont la plupart sont responsables de bactérioses
d’arbres fruitiers ou forestiers d’où le nom de l’espèce. Parmi ces pathovars, les pathovars pruni et
corylina, responsables respectivement de maladies émergentes en Europe sur les arbres fruitiers à
noyaux du genre Prunus et sur noisetier, sont classés par l’organisation européenne et méditerranéenne
pour la protection des plantes sur la liste A2 des organismes de quarantaine. Par ailleurs, nous avons
montré récemment que des souches du pathovar juglandis sont responsables d’une maladie émergente
en France sur noyer : le chancre vertical suintant. Jusqu’à présent, les souches du pathovar juglandis
étaient connues pour provoquer des taches nécrotiques sur feuilles et sur fruits.
Afin de décrire la structure génétique de cette espèce et de caractériser les souches responsables des
bactérioses émergentes, un schéma MLST (Multilocus sequence Typing) basé sur l’analyse du
polymorphisme de séquence de sept gènes de ménage a été réalisé sur une collection de 80 souches.
Les données ont été analysées par deux approches : une approche phylogénétique et une approche
basée sur l’identification de « sequence types » et de complexes clonaux. L’approche phylogénétique a
permis de révéler que certaines souches, très divergentes, n’appartiennent pas à l’espèce X. arboricola et
devraient être reclassées dans d’autres espèces de Xanthomonas. D’autre part, le gène dnaK a donné un
signal phylogénétique très différent des autres gènes. Cinquante et un STs et 6 complexes clonaux ont
été identifiés par l’approche MLST. Les structures génétiques des différents pathovars sont très
contrastées.
Mots-clés : bactérioses, émergence, MLST, phylogénie, Xanthomonas arboricola, pathologie végétale
63
O14 - Comparaison exhaustives de souches de Staphylococcus aureus isolées de mammites
gangreneuses et subcliniques en élevage ovin
C. Le Maréchal1, 2, J. Jardin1, D. Hernandez3, G. Jan1, P. François3, J. Schrenzel3, S. Even1, N. Berkova1,
R. Thiéry2, J.R. Fitzgerald4, E. Vautor2 et Yves Le Loir1
[email protected]
1
UMR1253 Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf INRA-Agrocampus Ouest, 65 rue de Saint Brieuc
35042 Rennes
2
Unité de pathologie des ruminants, AFSSA Sophia Antipolis
3
Genomic Research Laboratory, Service of Infectious Diseases, University Hospitals of Geneva,
University of Geneva, Geneva, Switzerland
4
Laboratory for Bacterial Evolution and Pathogenesis, Centre for Infectious Diseases, University of
Edinburgh, Edinburgh, Scotland, UK
Contexte: Staphylococcus aureus est un des pathogènes majeurs impliqués dans les infections
intramammaires (mammites) chez les ruminants. Les symptômes associés varient selon la sévérité des
mammites pouvant aller de la mammite su clinique à la mammite gangréneuse. L’origine de cette
variabilité dans le degré de sévérité de la mammite (virulence du pathogène/susceptibilité de l’hôte) n’est
pas encore clairement établie.
Objectifs: Identifier les différences entre des souches de S. aureus impliquées dans des mammites à
degrés de sévérité différents de façon à déterminer des marqueurs de virulence staphylococciques.
Méthode: Deux souches de S. aureus isolées de mammites gangréneuse (O11) et subclinique (O46) ont
été séquencées par la méthode Illumina. Après culture in vitro dans des conditions mimant le contexte
mammite, leur transcriptome et protéome ont été analysés et comparés respectivement par hybridation
sur puce et par électrophorèse bidimensionnelle.
Résultats: O11 et O46 sont génotypiquement et génétiquement proches. L’étude protéomique de ces 2
souches a montré cependant des différences nettes, notamment au niveau des profils des exoprotéines
(surproduction de toxines tels que lukM/F’-PV, alpha hémolysine, d’enzymes glycolytiques comme
l’énolase ou de protéines d’adhésion par la souche O11 en comparaison de O46). Le séquençage des 2
souches a permis de mettre en évidence la présence d’un phage supplémentaire dans la souche O46, de
SNPs (1189 synonymes concernant 487 ORFs et 1104 non synonymes concernant 680 ORFs au niveau
du génome central) et d’indels (~50) dans les deux souches. Les SNPs sont répartis sur l’ensemble du
génome et concernent toutes les catégories fonctionnelles y compris certains facteurs de virulence qui
présentent un ou plusieurs SNPs. L’analyse transcriptomique globale a permis d’établir un lien entre
génome et protéome et d'expliquer certaines différences observées entre les deux souches.
Conclusions
Dans l’ensemble, ces résultats montrent que les différences de potentiel pathogène observées sur des
souches de S. aureus peuvent être corrélées à leur contenu en gènes et surtout à leur capacité à
exprimer et à produire certains facteurs de virulence. Certains gènes spécifiquement présents ou
surexprimés dans l’une des deux souches pourraient être à l’origine du degré de sévérité des mammites.
Ils constitueraient alors des marqueurs du degré de virulence chez les souches de S. aureus associées
aux mammites ovines.
Mots-clés : Staphylococcus aureus, mammite, hôte ovin, Génomique, protéomique et transcriptomique
comparative
64
O15 - Transfert conjugatif et mobilisation d’ilots génomiques chez les streptocoques
Aurore Puymège, Xavier Bellanger, Gérard Guédon, Pierre Leblond et Sophie Payot
[email protected]
UMR1128 Laboratoire de Génétique et Microbiologie INRA-Université de Nancy Faculté des Sciences
Boulevard des Aiguillettes BP70239 54506 Vandœuvre-lès-Nancy
Les éléments intégratifs conjugatifs (ICE) sont des îlots génomiques qui codent leur propre excision, leur
transfert par conjugaison et leur intégration. Des ICE ont été mis en évidence chez de nombreuses
espèces bactériennes et en particulier chez les Streptocoques. L’étude d’une région variable du génome
de S. thermophilus a permis de mettre en évidence 2 ICE et 3 éléments apparentés. Chez S. agalactiae,
l’analyse des huit génomes séquencés a révélé l’existence de 35 îlots génomiques différents apparentés
à des ICE dont 12 ICE putatifs. Ces îlots génomiques portent des gènes qui pourraient conférer un
avantage sélectif à la bactérie (résistance aux phages, résistance aux métaux lourds, réponse au stress
oxydant, virulence). Les deux ICE de S. thermophilus (ICESt1 et ICESt3) et au moins deux des 4 ICE de
S. agalactiae ayant un module de conjugaison apparenté à ICESt1/St3 (ICE-515-tRNALys et ICE-2603tRNALys) s’excisent mais le transfert conjugatif n’a été obtenu que pour 1 élément de chaque espèce. Ces
ICE sont capables de s’intégrer dans un site chromosomique déjà occupé par un autre élément pour
former un élément composite. Cela permet en particulier à des éléments (CIME) dépourvus de gène de
mobilité mais portant des sites de recombinaison de se transférer. Ce processus d’accrétion-mobilisation,
récemment démontré chez S. thermophilus, révèle l’existence d’une nouvelle classe d’éléments
transférables non autonomes. Les analyses de génomes indiquent que de nombreux îlots génomiques
pourraient être des ICE ou des CIME, suggérant que le transfert de ces éléments jouerait un rôle clé dans
l’évolution bactérienne.
Burrus, V., Y. Roussel, B. Decaris, and G. Guedon. 2000. Characterization of a novel integrative element,
ICESt1, in the lactic acid bacterium Streptococcus thermophilus. Appl Environ Microbiol 66:1749-53.
Burrus, V., G. Pavlovic, B. Decaris, and G. Guédon. 2002. Conjugative transposons: the tip of the iceberg.
Mol Microbiol 46:601-10.
Burrus, V., G. Pavlovic, B. Decaris, and G. Guedon. 2002. The ICESt1 element of Streptococcus
thermophilus belongs to a large family of integrative and conjugative elements that exchange modules
and change their specificity of integration. Plasmid 48:77-97.
Pavlovic, G., V. Burrus, B. Gintz, B. Decaris, and G. Guédon. 2004. Evolution of genomic islands by
deletion and tandem accretion by site-specific recombination: ICESt1-related elements from
Streptococcus thermophilus. Microbiology 150:759-74.
Brochet, M., E. Couve, P. Glaser, G. Guedon, and S. Payot. 2008. Integrative conjugative elements and
related elements are major contributors to the genome diversity of Streptococcus agalactiae. J Bacteriol
190:6913-7.
Bellanger, X., A. P. Roberts, C. Morel, F. Choulet, G. Pavlovic, P. Mullany, B. Decaris,and G. Guedon.
2009. Conjugative transfer of the integrative conjugative elements ICESt1 and ICESt3 from Streptococcus
thermophilus. J Bacteriol 191:2764-75.
Mots-clés : Ilots génomiques, ICE, Streptocoques, transfert, mobilisation, évolution, diversité
65
Posters - Session 2
66
P23 - Découverte de nouvelles recombinases de bactériophage
Jihane Amarir-Bouhram1, Anne Lopes2, Guilhem Faure2, Raphaël Guerois2 et Marie-Agnès Petit1
[email protected]
1
2
CEA, iBiTecS, 91191 Gif sur Yvette
Il existe une grande diversité dans les génomes de bactériophages d’où la difficulté d’annoter toutes les
protéines phagiques. Cette difficulté peut provenir soit de ce que les gènes phagiques ne dérivent pas
d’un ancêtre commun, soit de ce que les outils d’alignement de protéine actuels ne sont pas appropriés.
Nos travaux sur une catégorie particulière de fonctions phagiques, les recombinases, nous convainquent
qu’il est possible d’améliorer la performance des alignements et de prédire de manière fiable la fonction
de nombreux gènes inconnus. Chez les bactériophages, les recombinases sont nécessaires à la
recombinaison homologue, permettant la circularisation du génome [1], la réplication [2] et la réparation
des génomes cassés [3].
Afin de détecter de nouvelles recombinases, nous sommes partis des 465 génomes de bactériophages
entièrement séquencés présents dans la base de donnée ACLAME [4]. Parmi ceux-ci, seuls 20% étaient
pourvus d’une recombinase connue. Une étude bioinformatique de détection d’homologie lointaine entre
recombinase nous a permis de conclure à l’existence de 2 superfamilles de recombinases apparentées à
Rad52 et Rad51. Et une analyse complémentaire de contexte génétique a permis de révéler une 3ème
superfamille apparentée à Gp2.5 du phage T7.
Nous avons validé ces prédictions expérimentalement, en testant si les différentes recombinases prédites
étaient capables d’apparier de l’ADN simple brin in vivo. Nous avons conclu de cette étude que toutes les
recombinases prédites étaient capables d’apparier de l’ADN simple brin, mais de manière moins efficace
que Redβ.
Au final, il a été possible de détecter une recombinase chez 57% des génomes de phages faisant plus de
20Kb [5].
[1] Virology. 1984 Apr 15;134(1):148-60.
Genetic analysis of the erf region of the bacteriophage P22 chromosome.
Fenton AC, Poteete AR.
[2] Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Jul 17;98(15):8306-11.
Two recombination-dependent DNA replication pathways of bacteriophage T4, and their roles in
mutagenesis and horizontal gene transfer.
Mosig G, Gewin J, Luder A, Colowick N, Vo D.
[3] Genetics. 1997 Nov;147(3):961-77.
Annealing vs. invasion in phage lambda recombination.
Stahl MM, Thomason L, Poteete AR, Tarkowski T, Kuzminov A, Stahl FW.
[4] Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D45-9.
ACLAME: a CLAssification of Mobile genetic Elements.
Leplae R, Hebrant A, Wodak SJ, Toussaint A.
[5] Nucleic Acids Res.in press
Detection of novel recombinases in bacteriophage genomes unveils Rad52, Rad51 and Gp2.5 remote
homologs.
Lopes A, Amarir-Bouhram J, Faure G, Petit M-A, Guerois R.
Mots-clés : Bactériophage, Recombinase, Recombinaison Homologue
67
P24 - Interaction du répresseur transcriptionnel RamR avec la région promotrice de RamA :
implication dans la résistance multidrogue par efflux actif des salmonelles
Sylvie Baucheron-Monnier, F. Coste, S. Canepa, M.C. Maurel, F. Culard, B. Castaing, A. Roussel
et A. Cloeckaert
[email protected]
UR1282 Infectiologie Animale et de Santé Publique INRA, bâtiment 213 37380 Nouzilly
Nous avons précédemment démontré que des mutations dans le locus ramR-ramA sont impliquées dans
la résistance multiple aux substances antimicrobiennes chez Salmonella enterica sérotype Typhimurium
(S. Typhimurium) associée à la surexpression du système d’efflux actif AcrAB-TolC. Le gène ramA code
un activateur transcriptionnel du système d’efflux actif AcrAB-TolC et le gène ramR code un répresseur
transcriptionnel de RamA appartenant à la famille TetR. La région intergénique ramR-ramA comprend la
région promotrice putative de RamA et une séquence répétée inversée correspondant au site putatif de
fixation de RamR (1).
Le site d’initiation de la transcription de ramA a été localisé par Race-PCR entre les deux séquences,
confirmant ainsi la région promotrice. Des expériences de retard sur gel ont montré une liaison spécifique
entre la protéine recombinante RamR(His)6 et un fragment de 97 bp incluant le site putatif de fixation. De
plus, par résonance plasmonique de surface (SPR), nous avons mesuré une haute affinité (KD 68 nM) de
la protéine pour ce fragment intergénique, selon un modèle d’interaction de type changement de
conformation. Cette affinité était deux fois moindre pour le fragment ADN d’un isolat clinique résistant à
plusieurs familles d’antibiotiques de S. Typhimurium DT104 dans lequel une délétion de deux nucléotides
avait été identifiée au niveau de la séquence répétée inversée. Nous avons aussi observé par SPR que la
pré incubation de RamR(His)6 avec des sels biliaires tels que le choléate de sodium inhibe la liaison avec
le fragment ADN et que la post injection de choléate de sodium accélère la dissociation du complexe.
Enfin, grâce à des expériences de foot printing par méthode chimique, nous avons déterminé la longueur
totale exacte du site de fixation de RamR. La connaissance du niveau d’interaction de la protéine avec
chaque nucléotide a permis de modéliser la forme protéique active. En effet, deux dimères se fixeraient
au niveau du grand sillon ADN, un dimère du côté 5’ et un du côté 3’ de la séquence répétée inversée.
En conclusion, nous avons confirmé expérimentalement la présence du site de fixation du répresseur
RamR au niveau la région promotrice de RamA. La diminution d’affinité de RamR pour cette région, due à
la délétion de deux nucléotides, explique l’augmentation de la transcription de ramA et donc la
surexpression de AcrAB préalablement observée chez la souche résistante (2). Pour la souche sensible,
la présence de choléate de sodium inhibant la liaison de RamR à son site pourrait donc induire
l’augmentation de la transcription de ramA et donc la surexpression du système d’efflux AcrAB-TolC,
connu pour jouer un rôle majeur dans le résistance aux sels biliaires. Le locus ram pourrait donc jouer un
rôle important dans l’adaptation des salmonelles à l’environnement intestinal de l’hôte.
(1) Abouzeed Y.M., Baucheron S. and Cloeckaert A. ramR mutations involved in efflux-mediated
multidrug resistance in Salmonella enterica serovar Typhimurium. Antimicrob. Agents Chemother. 2008
Jul;52(7):2428-34.
(2) Baucheron S, Tyler S, Boyd D, Mulvey MR, Chaslus-Dancla E and Cloeckaert A. AcrAB-TolC directs
efflux-mediated multidrug resistance in Salmonella enterica serovar typhimurium DT104. Antimicrob.
Agents Chemother. 2004 Oct;48(10):3729-35.
Mots clés : régulateurs transcriptionnels ; résistance multidrogue ; efflux actif ; Salmonella ; interaction
nucléoprotéique
68
P25 - Antimicrobial resistance in Escherichia coli strains carrying virulence genes isolated in
wastewater of slaughterhouses in France
Delphine Bibbal1, Estelle Loukiadis1, Monique Kérourédan1, Nathalie Arpaillange2, Véronique Dupouy2,
Pierre-Louis Toutain2, Eric Oswald1, Alain Bousquet-Mélou2 and Hubert Brugère1
[email protected]
1
UMR1225 Interactions Hôtes-Agents Pathogènes INRA-ENVT, 23 chemin des Capelles BP 87 31076
Toulouse cedex 3
2
UMR181 PTE INRA-ENVT
Livestock is a reservoir of pathogenic and/or antibiotic resistant E. coli strains. However, limited
information is available concerning the spreading of these E. coli strains in sewage of slaughterhouses. In
a previous study, E. coli strains were isolated from wastewater samples from 6 slaughterhouses and
screened for the presence of 12 virulence genes (stx1, stx2, eae, LT, ST, fedA, aap, aggR, F17A, sfaD-E,
papC and afaE8 genes). The presence of at least one of these virulence genes was detected in 158 E.
coli isolates. In this study, the antimicrobial resistance of these isolates was investigated and compared
with the resistance observed in 159 E. coli isolated from the same samples but which were negative for
virulence genes. Susceptibility to 32 antibiotics was tested by disk diffusion method, and resistance
determinants were amplified by PCR. The results show that among the isolates carrying virulence genes,
58% were resistant to at least one antibiotic. Integrase genes were detected in 44% of these resistant
strains. The highest level of resistance was observed for tetracycline (51%). Percentages of resistant
isolates measured for streptomycin, sulfonamides, trimethoprim and ampicillin were respectively 39%,
39%, 18% and 23%. The whole percentages observed for the E. coli carrying virulence genes were
similar to those observed for E. coli which were negative for virulence genes. Screening of resistance
determinants revealed that ampicillin resistance was mainly encoded by blaTEM genes, streptomycin
resistance by strA-strB gene, chloramphenicol resistance by catI gene, sulfonamides resistance by sulII
gene and tetracycline resistance by tet(A) gene.
Mots-clés : Escherichia coli, virulence genes, antibiotic resistance, wastewater, slaughterhouse
69
P26 - Genotyping differences that divide Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis
strains
Franck Biet1, Iker Sevilla2, , Thierry Cochard1, Joseba M. Garrido2, Ian Heron3, Ramón A. Juste1, Joyce
McLuckie3, Philip Supply4, Virginie C. Thibault1 and Karen Stevenson3
[email protected]
1
Neiker-tecnalia, Dpto. de Producción y Sanidad Animal, Berreaga 1, 48160 Derio, Bizkaia, Spain.
3
Moredun Research Institute, Pentlands Science Park, Bush Loan, Penicuik, EH26 0PZ Scotland, United
Kingdom.
4
INSERM U629 and Institut Pasteur de Lille, 1, rue du Professeur Calmette 59019 Lille, cedex
2
Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (Map) strains are of two major types known as Sheep
type (also called type I) and Cattle type (type II), but an Intermediate subtype (type III) that seems to
cluster within the Sheep group according to several genotypic and phenotypic features has been
described also. This study was undertaken to genotype a panel of type I or III small ruminant isolates from
different origins with known pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) profiles and to compare them with a
panel of type II isolates and a well documented type II isolate collection.
Methods used included the multiple-locus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) which is
based on genetic elements called mycobacterial interspersed repetitive units (MIRUs), the analysis of
large sequence polymorphism (LSP), the single nucleotide polymorphism (SNP) based analysis of gyr
genes and the IS900-restriction fragment length polymorphism (IS900-RFLP) analysis.
Seventeen type I or III isolates and 24 type II isolates were analyzed. Eight different IS900-RFLP profiles
were identified among type I or III isolates, some of them not previously published. Five belonged to the
Intermediate type (or type III) and 3 were of the Sheep type (or type I). Some novel types were found
amongst the 6 MLVA genotypes identified in these isolates. LSPA4 was positive for all type I or III isolates
and negative for all type II isolates. Pigmented type III isolates have been found. Our results suggest that
the techniques used correlate well. These findings support the division of Map strains into type II (Cattle
lineage including Cattle types) and Type I and III (Sheep lineage subdivided in Sheep and Intermediate
types).
Mots-clés : Mycobacterium paratuberculosis genotyping RFLP
70
P27 - Dynamic reactivity of biocides in biofilm structures
A. Bridier1,2, F. Dubois-Brissonnet2,1, V. Thomas3 and Romain Briandet1,2
[email protected]
1
INRA UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, 25 av. de la république 91300 Massy
AgroParisTech UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, 25 av. de la république 91300 Massy
3
STERIS SA, 92265 Fontenay-aux-Roses
2
Controlling the microbiological quality of surfaces is nowadays a major issue in food or medicine.
Currently, and whatever the sector involved, cleaning and disinfection procedures are regularly
undertaken to ensure the hygiene of surfaces. The regulatory tests used to evaluate the antimicrobial
activity of disinfecting agents use planktonic cells or deposited and dried microbes. However, in industries
or medical environments, microorganisms are usually found as biofilms (adherent cells included in a
matrix of organic polymers) and have very different properties in comparison with their planktonic
counterparts. Living in this "community" state generates mostly increased resistance of microbial cells to
the activity of disinfectants and thus increases the persistence of potentially pathogenic germs in the food
chain. While the precise mechanisms underlying this resistance are still poorly understood, it appears as
a multifactorial process primarily related to physiological and structural characteristics of the biofilm.
Various factors such as the limited penetration of antimicrobial agents in the matrix, the physiological
state of cells in the heart of the biofilm or the expression of biofilm-specific phenotypes are beginning to
be more clearly identified. A better understanding of the organization of biofilms might therefore provide a
better understanding of the different mechanisms of resistance within these structures and, ultimately,
lead to a better control of the microbiological quality of surfaces. In this context, we sought to identify
structures and components that may be involved in the resistance of these communities to the activity of
antimicrobial agents against three species frequently encountered in industrial and medical environments:
Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus aureus .
Initially, the susceptibility of cells in planktonic state and 24h-biofilms of two strains of each species were
evaluated for three disinfectants with different modes of action (peracetic acid, benzalkonium chloride and
O-phthalaldehyde). Results have confirmed the greater resistance of some biofilms to disinfectants as for
P.aeruginosa to benzalkonium chloride. Dynamic inactivation of biofilm cells was characterised by time
lapse confocal laser scanning microscopy (CLSM) associated with the use of specific fluorescent
markers. The kinetics of biofilm structural evolution helped to characterize the heterogeneity of the
architecture in terms of reactivity to disinfectants. Thereby, we identified for example diffusion/reaction
delays for benzalkonium chloride in S.aureus biofilm. In order to have a deeper understanding of the
resistance mechanisms in the different biofilms tested, a characterization of matrix composition
(exopolysaccharides, extracellular DNA, proteins) by FTIR and biochemical assays was explored for the
three species.
This study contributes to a better understanding of the relation structure / function of multicellular bacterial
communities. In order to guarantee the effectiveness of cleaning and disinfection treatments, the biofilm
“lifestyle” should be considered in the establishment of new regulatory standards for assessing
bactericidal activity of disinfectants.
Mots-clés : Biofilm, stuctural heterogeneity, fluorescence imaging, biocide
71
P28 - A Bacillus cereus two-component system mutant is impaired during growth at low
temperature
Julien Brillard1, C. Dargaignaratz1, I. Jéhanno2, V. Sanchis2, C. Nguyen-the1, V. Broussolle1
[email protected]
1
UMR0408 Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale INRA-Université d’Avignon, Site Agroparc
840914 Avignon
2
UMR1319 Micalis Génétique Microbienne et Environnement INRA-AgroParisTech, La Minière 78285
Guyancourt
Adaptation to low temperature is necessary for food-borne pathogens to proliferate in refrigerated food. In
bacteria, recognition and response to a wide range of environmental stimuli involve various signal
transduction mechanisms, including two-component systems (TCS).
In the Bacillus cereus ATCC 14579 mesophilic strain, a TCS mutant was constructed. Its growth at
standard temperature (30°C-37°C) in LB, or in various stressful conditions (acidic, alcalinic, high
temperature, presence of oxidants) was similar to that of the parental strain. In contrast, when compared
to the WT, the TCS mutant presented an impaired growth at low temperature (12°C) and no growth could
be observed after 14 days of incubation at 10°C. Survival at 4°C was also impaired in the mutant.
TCS and their target genes are frequently located in the same chromosomal region. The two genes
encoding the TCS are clustered with genes encoding a mechanosensitive channel (putatively involved in
adaptation to osmotic shock) and a transcriptional regulator. Synteny is conserved among the B. cereus
group, including the psychrotrophic strain KBAB4. The role of the TCS mutation on the expression of
these genes is underway.
Mots-clés : Bacillus cereus, adaptation, froid
72
P29 - RNA helicases are involved in the cold adaptation of Bacillus cereus ATCC14579
F. Pandiani, J. Brillard, M.H. Guinebretière, F. Carlin, C. Nguyen-the and Véronique Broussolle
[email protected]
UMR0408 Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale INRA-Université d’Avignon, Site Agroparc
840914 Avignon
Bacillus cereus is a common cause of food borne diseases. To prevent its survival and growth during food
processing and storage, the mechanisms of its adaptation to stress conditions such as cold temperatures
should be decrypted. At low temperature, mRNAs usually form stabilised secondary structures that
prevent the initiation of translation by ribosomes. RNA helicases have been described in the unwinding of
mRNA secondary structures of some bacteria, allowing the resumption of translation at low temperature.
The five RNA helicase-encoding genes (csh) of B. cereus ATCC 14579 are more expressed at 10°C than
37°C and expression varies during bacterial growth. Three mutants deleted for csh genes do not grow any
more at 10°C. Each mutant has specific limits for minimum growth temperatures and it seems that each
RNA helicase acts in a specific range of temperature. The shape of the mutant cells is affected when
compared to the WT, which may be due to a default in cell division. Important functions such as
replication, transcription, and translation are probably affected by RNA helicase deletions. Investigations
are currently underway to elucidate the implication of RNA helicase in these major functions. A recent
study in our laboratory reveals that the genetic structure of the B. cereus group corresponds to
"thermotypes" and shows a multi-emergence of psychrotrophic groups. Temperature adaptation has thus
presumably played a major role in B. cereus evolution. Our perspectives are also to study the role of the
RNA helicases in adaptation of B. cereus psychrotrophic strains.
Mots-clés : Bacillus cereus, low temperature adaptation, RNA helicase, diversity
73
P30 - Effets des plasmides Ti et At sur la valeur sélective d'Agrobacterium tumefaciens
1
1
Tony Campillo1,2, Céline Lavire , Daniel Muller , Florence Hommais2 et Xavier Nesme
[email protected]
1
1
USC1193 Ecologie Microbienne INRA-CNRS-Université Claude Bernard Lyon I bâtiment Mendel 16 rue
Dubois 69100 Villeurbanne
2
UMR5240 CNRS-Université Lyon 1 Microbiologie, Adaptation et Pathogénie
La maladie de la galle du collet est causée par des bactéries communément appelée Agrobacterium
tumefaciens lorsqu'elles hébergent un plasmide, le pTi, support des principaux déterminants de la
pathogénie. Au laboratoire, en absence d'opine (composé spécifiquement catabolisé via des gènes du
pTi), le plasmide Ti apparaît comme un fardeau génétique. Cependant, au champ aux saisons chaudes,
le pTi semble avoir un effet positif sur la valeur sélective des agrobactéries même en absence de tumeur
et donc d'opine, alors que le pTi semble être un fardeau génétique en automne ou en hiver. L'objectif de
cette étude était de mesurer la valeur sélective d'une souche d'A. tumefaciens, C58, en fonction de sa
composition en plasmides. En effet, outre le pTiC58 (210 kb), cette souche héberge un autre élément
accessoire, le pAtC58 (450kb) qui n'a pas de rôle essentiel dans la pathogénie et a donc été très peu
étudié. Nous disposions pour ce travail de souches dérivées de C58 qui hébergent les deux plasmides,
l'un, l'autre ou aucun des deux. Les résultats montrent que la présence du pTiC58 ne semble pas
influencer significativement la valeur sélective de la bactérie. En revanche et de façon surprenante, le
pAtC58 semble nettement augmenter la valeur sélective de la bactérie en culture pure comme en
situation de compétition. De plus et également de manière inattendue, le gain de valeur sélective procuré
par le pAtC58 dépend de la température. Ces résultats montrent l'importance de cet élément génétique
dans l'épidémiologie de la galle du collet, et suggèrent qu'il pourrait avoir un rôle important dans la
persistance à long terme des agrobactéries pathogènes dans les sols contaminés. Des études
génétiques et transcriptomiques sont en cours pour caractériser les déterminants du pAt favorisant la
valeur sélective des agrobactéries avec ou sans plasmide Ti.
Mots-clés : fitness, plasmide, température, Agrobacterium
74
P31 - Régulation du transfert conjugatif d’ICESt1 et ICESt3 chez Streptococcus thermophilus
Nicolas Carraro, Catherine Morel, Bernard Decaris, Pierre Leblond, Gérard Guédon, Florence Charron
et Virginie Libante
[email protected]
UMR1128 Laboratoire de Génétique et Microbiologie INRA-Université de Nancy, Faculté des sciences et
techniques, boulevard des aiguillettes 54506 Vandoeuvre lès Nancy
Le transfert horizontal des îlots génomiques joue un rôle clé dans l'évolution bactérienne. L’analyse des
génomes bactériens suggère que de nombreux îlots seraient des éléments intégratifs conjugatifs (ICE).
Lors de leur dissémination, ces éléments s’excisent, se transfèrent par conjugaison et s’intègrent dans un
réplicon de la cellule réceptrice. Ils présentent une organisation en modules, les gènes et séquences
impliqués dans une même fonction étant regroupés.
Deux souches de la bactérie lactique Streptococcus thermophilus sont porteuses d’ICESt1 et ICESt3, ICE
présentant des modules de conjugaison et de recombinaison identiques à 95%. Cependant, ICESt3 se
transfère bien plus efficacement (facteur 1000), probablement en raison de la présence de gènes de
régulation spécifiques à un élément et/ou d'une divergence de 15% des gènes de régulation communs.
Par ailleurs, ce sont les seuls éléments connus possédant les deux types de répresseurs de prophages cI
et cI-like. Cette situation suggère un mécanisme de régulation original puisque de nombreux ICE putatifs
de streptocoques codent soit un répresseur cI soit un répresseur cI-like.
Les profils transcriptionnels et des analyses quantitatives des transcrits révèlent des différences, d’une
part entre ICESt1 et ICESt3 et d’autre part lors de stimuli connus pour induire d’autres éléments
transférables (phase de croissance et/ou dommages à l’ADN). Les résultats montrent une induction en
phase stationnaire et en présence de mitomycine C. Cette dernière est en accord avec l’augmentation de
la fréquence d’excision et de transfert (10 à 25 fois) observée dans les mêmes conditions.
Bellanger et al. J. Bacteriol. 2007 189:1478-81
Bellanger et al. J. Bacteriol. 2009 191:2764-75
Pavlovic et al. Microbiology 2004 150:759-74
Mots-clés : ICE, conjugaison, transfert horizontal, régulation, évolution
75
P32 - Les activités enzymatiques des sols : outils de bioindication des contaminations et des
pratiques agricoles
Nathalie Cheviron, Agathe Brault, Isabelle Touton, Achref Aloui et Christian Mougin
[email protected]
UR0251 PESSAC INRA, route de Saint-Cyr 78026 Versailles
La détermination d’activités enzymatiques et la réalisation de profils protéiques permettent d’étudier les
processus microbiens ayant cours au niveau du sol. Les enzymes proviennent d’une part de la sécrétion
exocellulaire, ainsi que de la libération intracellulaire lors de la lyse des cellules. Elles sont impliquées
dans les processus globaux de respiration, dans les cycles biogéochimiques des éléments essentiels
(C,N,P,S), et peuvent être modulées par de nombreux facteurs. Elles peuvent ainsi constituer des
indicateurs du fonctionnement du sol (Nannipieri et al., 2003) et de sa diversité (Caldwell, 2005).
L’objectif de cette étude est d’étudier la pertinence et la sensibilité des activités déshydrogénase, βGalactosidase, Arylsulfatase et Uréase comme indicateur d’impact de d’occupation des sols, d’apport
d’amendement ou de pollution.
Des sols très contrastés en texture, localisation et couverture ont été sélectionnés et prélevés en
quadruplicats, et les quatre activités enzymatiques mesurées dans les 48h. Les résultats montrent
presque aucun effet significatif de l’apport d’amendement sur des sols de culture quelque soit l’activité
considérée. En revanche, cette étude montre un effet d’occupation du sol très significatif sur les quatre
enzymes, avec des activités supérieures en forêt. L’effet polluant est également significatif pour les quatre
activités, avec une diminution des activités arylsulfatase et β-Galactosidase (fonction des polluants et de
leur concentration), et une augmentation des activités Uréase et déshydrogénase.
Ces résultats mettent en évidence l’importance de la réponse des microorganismes du sol sous les
différentes pressions anthropiques, et la possibilité d’utiliser ce réservoir fonctionnel très diversifié comme
indicateur de fonctionnement.
Mots-clés : Microflore, Champignons Activités Enzymatiques
76
P33 - Identification de gènes potentiellement impliques dans un système NHEJ-like chez
Streptomyces ambofaciens
Ludovic Chipot, Claire Bertrand, Isolde Francis, Emilie Piotrowski, Annabelle Thibessard
et Pierre Leblond
[email protected]
UMR1128 Laboratoire de Génétique Microbienne INRA-Université de Nancy, Faculté des sciences et
techniques, boulevard des aiguillettes 54506 Vandoeuvre lès Nancy
La voie de recombinaison illégitime appelée NHEJ (pour Non Homologous End-Joining), dépendante des
protéines Ku et LigD, a été impliquée dans la réparation des cassures double-brin chez Mycobacterium
tuberculosis et quelques autres bactéries. Dans ce système de réparation, Ku interagit avec les
extrémités d’ADN au niveau d’une cassure et recrute LigD qui catalyse les dernières étapes de la
réparation grâce à trois domaines : Poldom (activité polymérase), Ligdom (activité ADN ligase ATPdépendante) et Nucdom (activité nucléase).
Remarquablement, l’organisation génétique des acteurs potentiels du NHEJ chez Streptomyces
ambofaciens est plus complexe que celle de M. tuberculosis avec notamment 3 gènes ku-like. D’autre
part, les 3 domaines codés par ligD chez M. tuberculosis sont séparés en gènes indépendants. La
comparaison génomique entre espèces de Streptomyces a aussi révélé que le nombre et la localisation
de ces gènes sont, pour la plupart d’entre eux, variables entre espèces de Streptomyces. Parmi eux,
seuls deux loci, appelés kuA-polA et ligC-polC, semblent conservés au sein des espèces de
Streptomyces,
L’analyse du mutant délété du locus kuA-polA montre une sensibilité significative aux agents
génotoxiques tel que la mitomycine C (MMC) et une sensibilité discrète aux rayons UV.
Par ailleurs, la transcription des gènes ku-like est dépendante de la phase de croissance avec une
induction durant la phase de transition, mais n’est pas induite en réponse à la MMC.
Ces résultats suggèrent que ces gènes pourraient être impliqués dans un système NHEJ-like chez
S. ambofaciens et pourraient participer à la diversification génétique des extrémités chromosomiques.
Mots-clés : cassures double-brin, recombinaison NHEJ, variabilité génétique, Streptomyces
77
P34 - Identification des fonctions mobilisatrices de l’ilot génomique Salmonella genomic island 1
(SGI1) nécessaires à son transfert conjugatif
Gregory Douard, Benoît Doublet et Axel Cloeckaert
[email protected]
L’îlot génomique SGI1 est un élément intégratif mobilisable (IME) identifié initialement chez le clone
épidémique penta-résistant de Salmonella enterica Typhimurium DT104. SGI1 contient un intégron
complexe doté d’une grande plasticité génétique à l’origine d’une importante diversité de phénotypes de
multi-résistance. Le transfert horizontal de SGI1 a été mis en évidence in vitro suite à son identification
chez de nombreux sérotypes de S. enterica, et également chez Proteus mirabilis. SGI1 s’excise du
chromosome pour former un intermédiaire circulaire capable d’être mobilisé en trans par un élément
conjugatif corésident. Dans la bactérie réceptrice, SGI1 s’intègre de manière site-spécifique,
préférentiellement en 3’ du gène thdF. L’objectif de ce travail est d’identifier les éléments de SGI1
impliqués dans sa mobilisation comme son origine de transfert (oriT), et ses protéines qui interagissent
avec celle-ci. Par clonage dans un plasmide non mobilisable, la région oriT minimale a été localisée sur
un fragment de 135 pb. La délétion de cette région sur l’îlot génomique abolit totalement son transfert
conjugatif malgré la présence d’un plasmide conjugatif helper. L’oriT de SGI1 est situé en 3’ de deux
ORFs (hélicase et endonucléase putatives) potentiellement impliquées dans la formation de son
relaxosome. Des travaux supplémentaires sont en cours afin de démontrer l’implication de ces ORFs
dans la mobilisation conjugative de l’îlot génomique et l’interaction de ces protéines respectives avec
l’oriT. Les fonctions mobilisatrices de SGI1 ainsi que la plasticité génétique de son intégron complexe
représentent les principaux acteurs du succès de cet îlot génomique dans la dissémination de la
résistance aux antibiotiques.
Mots-clés : Salmonella SGI1 mobilisation relaxosome origine de transfert
78
P35 - Rôle de l’îlot génomique GimA dans l’adaptation à l’hôte de la souche Escherichia coli
BEN2908
Maud Fléchard, Mélanie Cortes, Lucille Adam, Nathalie Lallier et Pierre Germon
[email protected]
E. coli BEN2908 est une souche pathogène à virulence extra-intestinale responsable de la colibacillose
aviaire, une maladie majoritairement respiratoire qui peut évoluer en septicémie.
Parmi les facteurs de virulence identifiés figure le gène ibeA qui est impliqué dans l’adhésion de la
bactérie aux cellules eucaryotes via la synthèse des fimbriae de type 1. Cependant, ce phénomène ne
suffit pas à expliquer le rôle d’ibeA dans la virulence de E. coli BEN2908, un mutant de cette souche ne
produisant plus ces fimbriae étant toujours virulent.
Afin de déterminer sur quels autres paramètres impliqués dans la virulence le gène ibeA agit, nous nous
sommes intéressés à son environnement génique. ibeA appartient à un îlot génomique, GimA, qui
comporte quatre opérons parmi lesquels certains ORF présentent des homologies avec des gènes
impliqués dans des voies métaboliques et dans la résistance à des stress environnementaux. Nous avons
construit des mutants délétés de différentes parties de l’îlot GimA et évalué leur comportement lors de la
croissance sur différents substrats carbonés et lors de l’exposition à des stress. Parmi les conditions
testées, des mutants dans l’opéron GimA2 sont plus sensibles à un stress oxydant et présentent une
diminution de leur survie intracellulaire dans une lignée de macrophages, ces cellules étant à l’origine
d’un choc oxydant in vivo.
Ainsi, l’îlot génomique GimA pourrait être impliqué dans la virulence de E. coli BEN2908 en lui conférant
une meilleure capacité d’adaptation aux conditions rencontrées à l’intérieur de l’hôte.
ibeA, a virulence factor of avian pathogenic Escherichia coli.
Germon P, Chen YH, He L, Blanco JE, Brée A, Schouler C, Huang SH, Moulin-Schouleur M.
Microbiology. 2005 Apr;151(Pt 4):1179-1186.
Inactivation of ibeA and ibeT results in decreased expression of type 1 fimbriae in extraintestinal
pathogenic Escherichia coli strain BEN2908.
Cortes MA, Gibon J, Chanteloup NK, Moulin-Schouleur M, Gilot P, Germon P.
Infect. Immun. 2008 Sep;76(9):4129-4136.
Mots-clés : Escherichia coli BEN2908, ibeA, GimA, virulence, adaptation au stress
79
P36 - Visualisation de l’expression de gènes staphylococciques dans une matrice fromagère
Isabelle Fleurot, Elise Borezée-Durant, Virginie Oxaran, Romain Briandet et Agnès Delacroix-Buchet
[email protected]
Staphylococcus aureus est en France, la première cause de toxi-infections alimentaires collectives par les
produits laitiers, en particulier les fromages au lait cru. Cette bactérie est capable de se développer et de
produire des entérotoxines dans toutes les grandes familles de fromages. Elle peut être facilement
éliminée des produits alimentaires par des traitements thermiques ce qui n’est pas le cas des toxines. En
milieu de culture, l’expression des gènes d’entérotoxines (se) varie en fonction des conditions
d’oxygénation et de pH.
Il nous a paru ainsi intéressant de visualiser les variations spatio-temporelles de l’expression de ces
gènes dans une matrice fromagère complexe, présentant dans sa masse des conditions physicochimiques hétérogènes et variables du cœur à la croûte pendant l’affinage, au moyen de la microscopie
laser confocale et de gènes rapporteurs (type gfp) dont l’expression est contrôlée par un promoteur de
gène se.
Nous avons d’abord travaillé avec une souche de laboratoire de S. aureus pourvu d’un plasmide portant
le gène gfp sous le contrôle du promoteur de seb. Nous avons ensuite utilisé un isolat fromager de
S. aureus qui produit de façon importante l’entérotoxine D car l’entérotoxine B est très rarement détectée
dans les fromages. Nous avons réussi à obtenir une souche de S. aureus possédant un plasmide portant
le gène gfp sous le contrôle du promoteur du gène sed, ce qui constitue en soi un résultat très original.
Les manipulations génétiques de S. aureus n’ont jusqu’à présent été réalisées que sur des souches de
laboratoire.
Delmas, G., et.al. 2006
Schmidt, K.A., et.al. 2004
Charpentier, E., et.al. 2004
Mots-clés : Staphyloccocus aureus, entérotoxines, expression de gènes, gfp, fromage
80
P37 - Un nouveau mécanisme de communication cellulaire contrôle la compétence pour la
transformation génétique naturelle chez Streptococcus thermophilus
Rozenn Gardan, Colette Besset, Christophe Gitton, Alain Guillot et Véronique Monnet
[email protected]
La compétence naturelle pour la transformation permet aux bactéries d'acquérir de l'ADN extracellulaire
puis de l'incorporer dans leur génome. Les bactéries lactiques d'intérêt en technologie alimentaire, dont
Streptococcus thermophilus, étaient jusqu'à présent considérées comme non compétentes, malgré la
présence des gènes nécessaires, dans leurs génomes.
Chez S. thermophilus, nous avons exploré le rôle du transporteur d'oligopeptides dans la signalisation
bactérienne en comparant le protéome d'une souche sauvage avec celui d'un mutant négatif pour ce
transporteur et ce, dans un milieu sans peptides nutritionnels. Dans le mutant, 9 protéines impliquées
dans la compétence étaient absentes. La capacité des deux souches à internaliser de l'ADN a donc été
testée. Nous avons ainsi pu montrer que la souche sauvage était compétente dans ce milieu en début de
phase exponentielle. La souche, sans transporteur d'oligopeptides, n'avait plus cette capacité. Nous
avons ensuite identifié un régulateur transcriptionnel ainsi qu'un peptide nécessaires au déclenchement
de la compétence. Ces résultats nous ont permis de proposer un modèle dans lequel S. thermophilus
sécréterait un peptide de signalement qui serait ensuite internalisé par le transporteur d'oligopeptides et
qui activerait le régulateur transcriptionnel. Celui-ci activerait à son tour la transcription d'un facteur sigma,
ComX, contrôlant lui-même la transcription des gènes codant les éléments de la machinerie de
compétence.
Nous cherchons maintenant à comprendre, au niveau moléculaire, les différentes étapes de ce nouveau
mécanisme de régulation mais aussi à découvrir dans quelles conditions naturelles il se déclenche, afin
d'identifier son rôle et son importance dans la physiologie de S. thermophilus.
Gardan R., Besset C., Guillot A., Gitton C., and Monnet V. (2009) The oligopeptide transport system is
essential for the development of natural competence in Streptococcus thermophilus strain LMD-9. Journal
of Bacteriology, 191, 4647-4655.
Mots-clés : Streptococcus thermophilus, quorum sensing, competence, transformation
81
P38 - Microbiologie des bioaérosols de compostage lors de la phase de fermentation
Olivier Le Goff1, Valérie Bru-Adan1, Hélène Bacheley2, Jean-Jacques Godon1 et Nathalie Wéry1
[email protected]
1
Véolia Environnement Recherche et Développement, 78520 Limay
2
Le compostage est une transformation microbienne de la matière organique qui peut être source de
dispersion de bioaérosol dans l’environnement notamment lors des activités telles que le retournement
des andains, le broyage et le criblage. Les bioaérosols peuvent être parfois associés à des pathologies
respiratoires. Pour évaluer la sphère d’influence d’une plateforme de compostage, il est nécessaire de
mieux caractériser les microbes aérosolisés mais également leur dispersion.
Cette étude présente une description moléculaire de la structure de la communauté bactérienne et
fongique du bioaérosol collecté lors du retournement d'andains en phase de fermentation sur cinq
plateformes de compostage ouvertes traitant différents types de déchets. 221 phylotypes bactériens ont
été identifiés qui se répartissent au sein de 11 phyla. Les phyla Firmicutes et Actinobacteria sont les phyla
majoritaires. Les genres dominants sont Bacillus, Thermoactinomycetes, Thermobifida, Planifilum et
Geobacillus pour le phylum Firmicutes, tandis que pour le phylum Actinobacteria, Saccharopolyspora et
Saccharomonospora sont les genres dominants. 23 phylotypes fongiques ont été identifiés, ils se
répartissent au sein de 5 phyla.
L'abondance relative des différents phyla est relativement semblable pour les 5 sites. Par contre au
niveau phylotype, les bioaérosols sont différents. Cependant, quelques phylotypes sont communs aux
différentes plateformes de compostage et semblent former le "core species" de ces aérosols. Ces "core
species", bactériens et fongiques, pourraient constituer des indicateurs potentiels de bioaérosols d’origine
compost en fermentation dans l’air ambiant.
Mots-clés : bioaérosol, compost, pathogène, dispersion
82
P39 - Identification of Campylobacter in slaughterhouses by new molecular and classical methods
Sabrina Macé, Florence Aviat, Albert Rossero, Hervé Prévost, Michel Federighi, Marie-France Pilet and
Xavier Dousset
[email protected]
UMR1014 SECALIM INRA-ONIRIS route de Gachet BP40706 et rue de la Géraudière BP 82225, 44322
Nantes cedex 3
Campylobacter jejuni, C. coli and C. lari are a part of pathogenic bacteria most often involved in foodborne gastrointestinal infections. Foods of animal origin, especially chicken, have been identified as an
important risk factor in poultry farms and slaughterhouses. Today, quantification and identification of
Campylobacter in foodstuff is laborious and time-consuming (4 days). The aim of this project was to
evaluate two alternative methods to quantify thermotolerant Campylobacter in transformed poultry
products.
In this work, the method using mCCDA medium plate counting (ISO 10272-1) was compared to 1) a new
selective chromogenic medium named Casa completed by a latex test (AES-Chemunex, France) and to
2) multiplex-quantitative real-time PCR test (Adiafood Campylobacter Quantification, AES-Chemunex).
First of all, the specificity and sensitivity of these methods were evaluated. Then, contamination level of
107 samples of raw chicken skin was determined using the three methods. Colonies identified as
Campylobacter were isolated and confirmed by specific PCR.
Campylobacter counts obtained with Casa medium were statistically correlated with the conventional ISO
methods. Casa combined to latex test confirmation allowed a more rapid quantification of Campylobacter
(24 hours) compared to the classical method. Moreover, C. jejuni, C. coli and C. lari could be detected
with high specifity by qPCR method in only 3 hours.
This new selective medium could be used by firms during production step to quantify thermotolerant
Campylobacter in chicken.
Mots-clés : Campylobacter, qPCR, medium, chicken
83
P40 - Diversité génétique des phytoplasmes associés à la flavescence dorée de la vigne et
évaluation du risque épidémique provenant de réservoir sauvage
Sylvie Malembic-Maher, Pascal Salar, Delphine Desque et Xavier Foissac
[email protected]
UMR1090 Génomique Diversité Pouvoir Pathogène INRA-Université Bordeaux 2, 71 Avenue Edouard
Bourlaux BP 81 33883 Villenave d'Ornon
La Flavescence dorée (FD) est une maladie de quarantaine de la vigne causée par un phytoplasme du
groupe phylogénétique 16SrV. Transmise au vignoble par la cicadelle Scaphoideus titanus, elle se
propage de façon épidémique en Europe. Afin d’évaluer le risque d’émergence de nouvelles épidémies à
partir d’un réservoir sauvage, une étude de la diversité génétique des phytoplasmes 16SrV présents dans
les plantes sauvages, la vigne et dans les insectes vecteurs a été entreprise. Une approche MLSA sur un
panel restreint d’échantillons européens a mis en évidence que les aulnes hébergent des phytoplasmes
génétiquement proches des phytoplasmes FD avec lesquels ils partagent une origine phylogénétique
unique (Arnaud et al. 2007). Ces phytoplasmes sont transmis par la cicadelle Oncopsis alni qui peut
occasionnellement les inoculer à la vigne. L’analyse d’un large panel d’isolats (collectés en Allemagne,
Hongrie, Italie, France et Serbie) par séquençage du gène de ménage map et du gène vmpA codant une
protéine de surface variable, a mis en évidence dans les aulnes des génotypes identiques aux différentes
souches de phytoplasmes FD. La structuration génétique de VmpA semble être corrélée à l’espèce
vectrice et donc au caractère épidémique des phytoplasmes. Le rôle des aulnes en tant que réservoir
devra être confirmé par des expériences de transmission des différents génotypes par les deux espèces
vectrices.
Arnaud, G., Malembic-Maher, S., Salar, P., Maixner, M., Marcone, C., Boudon-Padieu, E. & Foissac, X.
(2007). Multilocus sequence typing confirms the close genetic inter-relatedness between three distinct
flavescence dorée phytoplasma strain clusters and group 16SrV phytoplasmas infecting grapevine and
alder in Europe. Applied and Environmental Microbiology 73 (12): 4001-4010.
Mots-clés : Mollicutes, jaunisses de la vigne, diversité génétique, réservoir sauvage
84
P41 - Mycoplasma agalactiae genetic diversity: diverse strains are circulating over Europe but a
single one persists in South West France outbreaks over 30 years
Laurent-Xavier Nouvel1,2, Eveline Sagné1,2, Marc Marenda3, Michelle Glew4, Renate Rosengarten5,
Francois Poumarat6 and Christine Citti2,1.
1
Université de Toulouse ENVT, UMR1225 Interactions Hôtes-Agents Pathogènes INRA-ENVT, 23
chemin des Capelles BP 87 31076 Toulouse cedex 3
2
INRA, UMR1225 Interactions Hôtes-Agents Pathogènes INRA-ENVT, 23 chemin des Capelles BP 87
31076 Toulouse cedex 3
3
School of Veterinary Science, 250 Princes Highway, Werribee, Victoria 3030, Australia
4
Bio21 Institute, Level 3 North, Rm 375, Melbourne Dental School, 30 Flemington Rd, Parkville 3010,
Australia
5
Institute of Bacteriology, Mycology and Hygiene, University of Veterinary Medicine, A-1210 Vienna,
Austria
6
Unité AFSSA "Mycoplasmologie", AFSSA site de Lyon, 69364 Lyon
Mycoplasma agalactiae is the main causative agent of Contagious Agalactia, a disease of sheep and
goats with clinical impact and economic importance. Previous studies indicate that this species is
genetically fairly homogeneous although tools were lacking for a fine differentiation of the isolates. In this
study, we re-assessed the genetic diversity of M. agalactiae by using a combination of three molecular
approaches based on (i) the amplification of variable number tandem repeat (VNTR) recently developed
for M. agalactiae, (ii) the restriction patterns obtained with probes specific to the type strain PG2, and (iii)
the repertoire of vpma genes determined by Southern blot. Using a panel of 40 isolates of various
geographical origins, results obtained with the three approaches were consistent and showed only few
remarkable isolates while most were very similar to the PG2 type strain. Mobile genetic elements that are
lacking in PG2 were detected in the more variable isolates, suggesting a correlation between their
occurrence and the genetic diversity of the species M. agalactiae. A second panel was tested that
regrouped isolates collected between 1977 and 2007 in the Pyrenees-Atlantiques department, a French
department where Contagious Agalactia is endemic since many years. Regardless of the methods, all
isolates were identical, with the exception of a single vpma gene not detected in 5 of the 63 isolates
tested. All together, these data suggest that a single clonal strain is circulating in this endemic area since
30 years and is persisting despite the recurrent efforts made to eradicate the infection.
Glew MD, Papazisi L, Poumarat F, Bergonier D, Rosengarten R, Citti C. Characterization of a
multigene family undergoing high-frequency DNA rearrangements and coding for abundant variable
surface proteins in Mycoplasma agalactiae. Infect Immun 2000, 68(8):4539-4548.
Marenda MS, Sagne E, Poumarat F, Citti C. Suppression subtractive hybridization as a basis to assess
Mycoplasma agalactiae and Mycoplasma bovis genomic diversity and species-specific sequences.
Microbiology 2005, 151(Pt 2):475-489.
McAuliffe L, Churchward CP, Lawes JR, Loria G, Ayling RD, Nicholas RA. VNTR analysis reveals
unexpected genetic diversity within Mycoplasma agalactiae, the main causative agent of contagious
agalactia. BMC Microbiol 2008, 8:193.
Nouvel LX, Marenda M, Sirand-Pugnet P, Sagne E, Glew M, Mangenot S, Barbe V, Barre A, Claverol
S, Citti C. Occurrence, plasticity, and evolution of the vpma gene family, a genetic system devoted to
high-frequency surface variation in Mycoplasma agalactiae. J Bacteriol 2009, 191(13):4111-4121.
Nouvel LX, Sirand-Pugnet P, Marenda MS, Sagne E, Barbe V, Mangenot S, Schenowitz C, Jacob D,
Barre A, Claverol S et al. Comparative genomic and proteomic analyses of two Mycoplasma agalactiae
strains: clues to the macro- and micro-events that are shaping mycoplasma diversity. BMC Genomics
2010, 11:86.
Sirand-Pugnet P, Lartigue C, Marenda M, Jacob D, Barre A, Barbe V, Schenowitz C, Mangenot S,
Couloux A, Segurens B et al. Being pathogenic, plastic, and sexual while living with a nearly minimal
bacterial genome. PLoS Genet 2007, 3(5):e75.
Mots-clés : Mycoplasma agalactiae ; Contagious Agalactia ; Genetic diversity ; Molecular epidemiology ;
85
P42 - Caractérisation de FosR, régulateur transcriptionnel de gènes impliqués dans le
métabolisme des fructooligosaccharides chez une souche d’Escherichia coli pathogène
Gaëlle Porcheron1, Sylvie Canepa2, Marie-Christine Maurel2 et Catherine Schouler1
[email protected]
1
2
UR1282 Infectiologie Animale et Santé Publique INRA bâtiment 213 37380 Nouzilly
UMR0085 Physiologie de la Reproduction et des Comportements, Laboratoire d'Analyses des
Interactions Moléculaires, Plate-forme d'Analyse Intégrative des Biomarqueurs cellulaires et
moléculaires (PAIB), INRA-CNRS-Université de Tours-Haras Nationaux 37380 Nouzilly
Les fructooligosaccharides sont les prébiotiques majoritairement utilisés en tant que suppléments
alimentaires chez l’Homme et les animaux. Ils stimuleraient de façon sélective la croissance et/ou
l'activité des bactéries probiotiques, conduisant à une diminution de la population de bactéries
pathogènes du microbiote intestinal1,2. Cependant, pour la première fois chez une souche pathogène, un
groupe de gènes impliqués dans le métabolisme des fructooligosaccharides à chaîne courte (scFOS) a
été identifié. Ce groupe de gènes, nommé région fos, est situé au sein de l'îlot génomique AGI-3 d'une
souche d'Escherichia coli à pathogénicité extra-intestinale d'origine aviaire. La région fos contribue à la
phase d’implantation de la souche dans l’intestin du poulet, mais pas à la phase de maintenance,
indiquant une probable modulation de l'expression de ces gènes in vivo3. Cette région est constituée de 6
gènes potentiellement organisés en opéron et d'un gène transcrit de façon divergente codant un
régulateur transcriptionnel, FosR, appartenant à la famille LacI/GalR. La présence de FosR associée à la
présence dans la région intergénique de deux séquences opératrices présumées et d’une séquence de
reconnaissance potentielle pour le complexe CAP-AMPc suggère que FosR contrôle la transcription des
gènes fos de la même manière que l'opéron lactose. Nous avons déterminé par des expériences de
pontage au glutaraldéhyde que FosR peut se dimériser. De plus, nous avons montré par des expériences
de gel retard et des analyses par résonance plasmonique de surface que FosR est capable de se lier
spécifiquement aux deux séquences opératrices de la région intergénique. Enfin, nous avons également
démontré qu’en présence de kestose, un scFOS, FosR est incapable de se lier à l'ADN.
1
Naughton, P. J., L. L. Mikkelsen, and B. B. Jensen. 2001. Effects of non-digestible oligosaccharides on
Salmonella enterica serovar Typhimurium and nonpathogenic Escherichia coli in the pig small intestine in
vitro. Appl.Environ. Microbiol. 67:3391-3395.
2
Buddington, K. K., J. B. Donahoo, and R. K. Buddington. 2002. Dietary oligofructose and inulin protect
mice from enteric and systemic pathogens and tumor inducers. J. Nutr. 132:472-477.
3
Schouler, C., Taki, A., Chouikha, I., Moulin-Schouleur, M., and Gilot, P. A genomic island of an
extraintestinal pathogenic Escherichia coli strain enables the metabolism of fructooligosaccharides, which
improves intestinal colonization. J Bacteriol, 2009. 191(1): p. 388-93.
Mots clés: Escherichia coli, pathogène, fructooligosaccharides, métabolisme, régulation
86
P43- Caractérisation moléculaire des ressources microbiennes du CIRM et mise en place d’outils
d’aide à l’identification
Cindy Slugocki1, Emmanuelle Helloin1, Perrine Portier2, Martial Briand2, Marion Fischer-Le Saux2,
Noémie Jacques3, Sandrine Mallet3, Serge Casaregola3
[email protected]
1
CIRM-Bactéries Pathogènes : UR1282 Infectiologie Animale et Santé Publique, bâtiment 213 37380
Nouzilly
2
CIRM-Bactéries associées aux Plantes : CFBP UMR0077 Pathologie Végétale, INRA, 42 rue Georges
Morel, 49070 Beaucouzé
3
CIRM-Levures : UMR1319 Micalis, INRA-AgroParisTech, Centre de Biotechnologies Agro-Industrielles
78850 Thiverval-Grignon
Le Centre International de Ressources Microbiennes (CIRM) est un réseau multisite de cinq collections
(champignons filamenteux, levures, bactéries pathogènes, bactéries d’intérêt alimentaire, bactéries
associées aux plantes). Le cœur de métier du CIRM consiste notamment à caractériser les souches
hébergées et à développer des outils pour ce faire. Nous présentons ici des exemples de travaux de
recherche, centrés autour de la caractérisation moléculaire des souches, effectués dans différentes
composantes du CIRM.
Le séquençage de deux gènes de ménage pour la collection des bactéries du genre Xanthomonas
hébergées à la CFBP (Angers) a permis de constituer une base de données. Cette base de données sert
de support à un logiciel d’aide à l’identification, PhyloSearch, qui est en cours de développement et sera
prochainement disponible en ligne.
Au CIRM-Levures, une méthode basée sur la comparaison de séquences très divergentes, celles des
introns spliceosomaux, a été mise au point pour mieux délimiter les espèces, et en particulier pour
détecter les espèces cryptiques chez les levures du clade CTG. Cette méthode a été appliquée avec
succès aux complexes d’espèces Debaryomyces hansenii et Pichia farinosa.
Au CIRM-Bactéries pathogènes, une méthode de typage moléculaire par MLVA (Multi-Locus VariableNumber Tandem Repeat (VNTR) Analysis) a été développée pour analyser la diversité génétique d’une
collection de 174 souches de Pasteurella multocida isolées de lapins d’élevage. Les souches identifiées
comme représentatives de la collection, seront utilisées pour développer un modèle d’infection
expérimental dans un projet dont l’objectif est le contrôle de la pasteurellose cunicole par le biais de la
sélection génétique.
Mots-clés : CIRM, Caractérisation moléculaire, Identification, Bactéries, Levures
87
P44 - Frz, un opéron métabolique d’Escherichia coli implique dans l’adaptation à des conditions
de stress et dans l’invasion de cellules eucaryotes
Géraldine Rouquet, Gaëlle Porcheron, Claire Barra, Maryline Répérant, Nathalie Chanteloup, Catherine
Schouler, et Philippe Gilot
[email protected]
Nous avons identifié un opéron métabolique (frz) fortement associé aux souches d’Escherichia coli à
virulence extra-intestinale (ExPEC). L’opéron frz code les trois sous-unités d’un transporteur PTS de la
sous-famille du fructose, un activateur transcriptionnel des systèmes PTS de la famille MgA, deux
cétoses -1,6-bisphosphate aldolases de type II, une kinase spécifique des sucres (famille ROK) et une
protéine de la superfamille des cupines. En délétant l’intégralité de l’opéron frz, nous avons montré qu’il
procure un avantage aux bactéries lors de conditions de stress, comme la restriction en oxygène, la
phase stationnaire tardive de croissance, la croissance dans le sérum ou dans le tractus intestinal. De
plus, en favorisant l’orientation ON du promoteur de l’opéron fim, et donc en agissant sur l’expression des
fimbriae de type I (adhésine majeure des ExPEC), frz est impliqué dans l’adhérence de la bactérie à
diverses cellules eucaryotes (pneumocytes humains de type II, entérocytes humains, cellules de foie de
poulet) et dans son internalisation. A la fois, l’activateur à domaine PRD et les enzymes métaboliques
codés par l’opéron frz sont impliqués dans ces phénotypes. Nos données suggèrent que frz code un
senseur de l’environnement permettant à E. coli de s’adapter à un environnement fluctuant en régulant
notamment certains gènes de virulence et d’adaptation à l’hôte.
Rouquet, G., et al. (2009). An extraintestinal pathogenic Escherichia coli metabolic operon promotes
fitness in stressful conditions and invasion of eukaryotic cells. Journal of Bacteriology, 191(13):4427-40
Mots-clés : Métabolisme, PTS, Adaptation, Virulence
88
P45 - Prédiction des motifs KOPS impliqués dans la ségrégation des chromosomes bactériens
chez les Lactocoques / Streptocoques
Fabrice Touzain1, Sophie Nolivos2, François Cornet2, Pascal Le Bourgeois2, Sophie Schbath3
et Meriem El Karoui1
[email protected]
1
Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires CNRS-UPS, 118 route de Narbonne, 31062
Toulouse cedex 9
3
2
La statistique appliquée aux génomes permet de prédire différents motifs structurant les chromosomes
bactériens et dont la séquence n’est pas forcément conservée d’une espèce à l’autre. Un de ces motifs,
KOPS (FtsK Orienting Polar Sequence) [1], est impliqué dans la résolution des dimères de chromosomes.
La formation de tels dimères en fin de réplication, en l’absence de mécanisme de résolution, entraîne la
mort de la cellule. Pour pallier à ce phénomène, la protéine FtsK d’Escherichia coli transloque le
chromosome de façon à amener le motif dif jusqu’au septum. La recombinaison au niveau de dif par la
protéine XerCD peut alors résoudre le dimère de chromosome, et donc permettre la scission normale de
la cellule mère en deux cellules filles. Pour connaître l’orientation du brin d’ADN et savoir dans quel sens
transloquer, FtsK reconnaît le motif KOPS, déjà caractérisé chez E. coli, Vibrio cholerae et Bacillus
subtilis [1,2,3].
A partir de ces espèces, nous avons déterminé les propriétés générales des KOPS afin de les
caractériser également chez les Streptocoques et Lactocoques. Nous avons recherché les motifs
répondant au mieux à ces propriétés statistiques dans les bactéries Lactococcus lactis, Streptococcus
pneumoniae et Streptococcus agalactiae. L’analyse a clairement dégagé des KOPS potentiels dans ces
bactéries. Le candidat de L. lactis a été validé par des expériences de retard sur gel. L’analyse statistique
exhaustive des motifs a ainsi permis de caractériser un KOPS qu’il n’aurait pas été possible de
déterminer uniquement par des expériences biologiques.
[1] EMBO J. 2005 Nov 2;24(21):3770-80. Epub 2005 Oct 6.
KOPS: DNA motifs that control E. coli chromosome segregation by orienting the FtsK translocase.
Bigot S, Saleh OA, Lesterlin C, Pages C, El Karoui M, Dennis C, Grigoriev M, Allemand JF, Barre FX,
Cornet F.
[2] PLoS Genet. 2008 Sep 26;4(9):e1000201.
FtsK-dependent dimer resolution on multiple chromosomes in the pathogen Vibrio cholerae.
Val ME, Kennedy SP, El Karoui M, Bonné L, Chevalier F, Barre FX.
[3] Nat Struct Mol Biol. 2008 May;15(5):485-93. Epub 2008 Apr 6.
Sequence-directed DNA export guides chromosome translocation during sporulation in Bacillus subtilis.
Ptacin JL, Nollmann M, Becker EC, Cozzarelli NR, Pogliano K, Bustamante C.
Mots-clés : KOPS, FtsK, ségrégation des chromosomes bactériens, prédiction, mot
89
90
91
92
Session 3 – Interactions microorganismes-hôtes
93
94
Sommaire Session 3
Conférencier invité – Session 3 ........................................................................ 100 Elucidating the function of host cells during infection ................................................................... 100 Thomas F. Meyer ............................................................................................................................. 100 Communications orales - Session 3 ................................................................. 101 O16 - Experimental evolution of a plant pathogen into a legume symbiont ................................. 102 Marta Marchetti1, Delphine Capela1, Michelle Glew1, Stéphane Cruveiller2, Béatrice Chane-WoonMing2, Carine Gris1, Ton Timmers1, Véréna Poinsot3, Luz B. Gilbert1, Philipp Heeb4, Claudine
Médigue2, Jacques Batut1 and Catherine Masson-Boivin1 ............................................................ 102 O17 - Les effecteurs de type III : de bons candidats pour expliquer la spécificité d’hôte chez les
Xanthomonas ...................................................................................................................................... 103 Ahmed Hajri1, Chrystelle Brin1, Gilles Hunault4, Christophe Lemaire3, Charles Manceau1, Stéphane
Poussier2* et Tristan Boureau3* ....................................................................................................... 103 O18 - Modulation de la voie NF-kappaB dans les cellules épithéliales intestinales par des
souches commensales de streptocoques du groupe salivarius ................................................... 104 Ghalia Kaci, Omar Lakhdari, Joël Doré, S. Dusko Ehrlich, Pierre Renault, Hervé.M Blottière et
Christine Delorme.............................................................................................................................. 104 O19 - Étude du dialogue hôte/microbiote intestinal dans l'homéostasie intestinale ................... 105 Laura Wrzosek, Claire Cherbuy, Marie-Louise Noordine, Edith Honvo-Houeto, Philippe Langella et
Muriel Thomas................................................................................................................................... 105 O20 - Dynamique d’expression des gènes du régulon flagelle lors du processus infectieux de la
bactérie entomopathogène Xenorhabdus ........................................................................................ 106 Grégory Jubelin, Sylvie Pagès, Anne Lanois et Alain Givaudan..................................................... 106 O21 - Critical role of dispensable genes in host-colonization by the minimal pathogen
Mycoplasma agalactiae ...................................................................................................................... 107 Eric Baranowski1,2, Agnès Skapski1,2 , Eveline Sagné2,1 , Marie-Claude Hygonenq1,2, Patricia
Ronsin2 , Xavier Berthelot2,1 , Dominique Bergonier2,1 and Christine Citti1,2 ....................................... 107 O22 - Salmonella Enteritidis est capable d’entrer dans les cellules par un mecanisme de type
zipper ................................................................................................................................................... 108 Manon Rosselin1,2, Isabelle Virlogeux-Payant1,2, Christian Roy3, Elisabeth Bottreau1,2, Pierre-Yves
Sizaret2,4, Emmanuelle Caron5, Philippe Velge1,2 et Agnès Wiedemann1,2 ....................................... 108 O23 - Role of Type IV secretion system of Bartonella in host-specific infection of
erythrocytes ........................................................................................................................................ 109 Muriel Vayssier-Taussat ................................................................................................................. 109 O24 - A virulence factor secreted by Listeria monocytogenes targets a human chromatin
silencing complex ............................................................................................................................... 110 Alice Lebreton1, To Tham Nam1, Marie-Anne Nahori1, Ana Camejo2, Didier Cabanes2, Pascale
Cossart1 and Hélène Bierne1............................................................................................................. 110 O25 - L'insecte comme modèle pour l'identification de nouveaux facteurs d'adaptation et de
virulence de Bacillus cereus.............................................................................................................. 111 Kader Rebaine1, Christophe Buisson1, Agnès Rejasse1 Eugenie Huillet1, Claudia Bevilcqua2 et
Christina Nielsen-LeRoux1 ............................................................................................................. 111 O26 - L'altération du processus d'autophagie favorise la persistance des Escherichia coli
adhérents et invasifs (AIEC) associés à Crohn en cellules épithéliales et macrophages .......... 112 Pierre Lapaquette1, Anne-Lise Glasser1,2, Alan Huett3, Ramnik J Xavier3 et Arlette DarfeuilleMichaud1,2* ......................................................................................................................................... 112 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
95
Posters – Session 3 ........................................................................................... 113 P46 - Analyse fonctionnelle et transcriptionnelle du locus pefI-srgC impliqué dans l’adhésion et
l’entrée de Salmonella ........................................................................................................................ 114 Nadia Abed, N. Guichard, O. Grépinet, M. Rosselin, A. Wiedemann, P. Velge et I. Virlogeux-Payant
.......................................................................................................................................................... 114 P47 - Caractérisation d’un nouveau système d’acquisition du fer chez Bacillus cereus impliqué
dans la virulence ................................................................................................................................. 115 Elise Abi Khalil, Diego Segond, Nadine Daou, Gwenaelle André Leroux, Mireille kallassy Awad,
Didier Lereclus et Christina Nielsen-LeRoux..................................................................................... 115 P48 - Étude de la toxicité d’un effecteur de type III de la bactérie phytopathogène Erwinia
amylovora, chez la levure Saccharomyces cerevisiae .................................................................... 116 Sabrina Siamer, Mathilde Fagard et Marie-Anne Barny .................................................................. 116 P49 - Apport de l’imagerie cellulaire à l’étude des interactions entre la bactérie intra-phloémique
Spiroplasma citri et les cellules de son insecte vecteur Circulifer haematoceps ........................ 117 Brigitte Batailler1,2, Sybille Duret1, Joël Renaudin1 et Nathalie Arricau-Bouvery1 ........................... 117 P50 - Rôle de la PBP-like ClbP dans la production de la génotoxine colibactine d’Escherichia
coli ........................................................................................................................................................ 118 Olivier Baron1,2, Michèle Boury1, Jean-Philippe Nougayrede1 et Eric Oswald1,2.............................. 118 P51 - Rôle du di-GMP cyclique dans la virulence des Escherichia coli entérohémorragiques
O157:H7 ............................................................................................................................................... 119 Priscilla Branchu, Thomas Hindre, Alain P. Gobert et Christine Martin .......................................... 119 P52 - Corrélation entre virulence et l’expression des gènes de virulence de différentes souches
du groupe Bacillus cereus au cours de l’infection chez Galleria mellonella ................................ 120 Kader Rebaine1, Christophe Buisson1, Agnès Rejasse1, Eugénie Huillet1, Claudia Bevilcqua2 et
Christina Nielsen-LeRoux1 ................................................................................................................ 120 P53 - Rôles du monoxyde d’azote (NO) dans les différentes étapes de la symbiose entre
Sinorhizobium meliloti et Medicago truncatula ............................................................................... 121 Yvan Cam, Eliane Meilhoc, Alexandre Boscari, Renaud Brouquisse, Alain Puppo et Claude
Bruand ............................................................................................................................................... 121 P54 - Capacités invasives de la souche d’Escherichia coli pathogène aviaire BEN2908 ............ 122 Nathalie Chanteloup1, Evelyne Esnault1, Bernadette Delaleu2, Gaëlle Porcheron1, Pierre Germon1,
Catherine Schouler1, Maryvonne Moulin-Schouleur1, Pascale Quéré1 et Philippe Gilot1 .................. 122 P55 - Rôle des Long Polar Fimbriae dans l’interaction des Escherichia coli adhérents et invasifs
associés à la maladie de Crohn avec les plaques de Peyer ........................................................... 123 Benoit Chassaing1,2, Nathalie Rolhion1,2, Amélie De-Vallee1, Sa’ad Y. Salim3, Maelle ProrokHamon4, Christel Neut5, Barry J. Campbell3, Johan D. Söderholm4, Jean-Pierre Hugot6, JeanFrédéric Colombel5 et Arlette Darfeuille-Michaud1,2 .......................................................................... 123 P56 - Modulation de la réponse de l’hôte par administration de bactéries lactiques
recombinantes invasives ................................................................................................................... 124 Jean-Marc Chatel1, Silvia Innocentin1, Daniela Pontes1, Sébastien Blugeon1, Vasco Azevedo2,
François Lefèvre3, Jean-Michel Wal4 et Philippe Langella1 ............................................................... 124 P57 - CaCo2 - Dendritic-like cells co-culture system as an in vitro model to study gut microbial
interaction............................................................................................................................................ 125 Naima G. Cortes-Perez, Joël Dore and Herve Blottière ................................................................... 125 P58 - Binding of Toxoplasma gondii glycosylphosphatidylinositols to galectin-3 is required for
their recognition by macrophages .................................................................................................... 126 Françoise Debierre-Grockiego1, Sebastian Niehus2, Bernadette Coddeville3, Elisabeth Elass3,
Françoise Poirier4, Ralf Weingart5, Richard R. Schmidt5, Joël Mazurier3, Yann Guérardel3 et Ralph T.
Schwarz2,3 ......................................................................................................................................... 126 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
96
P59 - L’expression du récepteur CEACAM6 humain chez des souris transgéniques augmente la
perméabilité intestinale et favorise la translocation des bactéries AIEC ...................................... 127 Jeremy Denizot1-2, F. Barreau3, C. Stanners4, A. Darfeuille-Michaud1-2 et N. Barnich1-2 ................. 127 P60 - Bile salts as a source of strain diversification in the mouse gut ......................................... 128 Marianne De Paepe1, François Taddei2 et Nadine Cerf-Bensussan3............................................... 128 P61 - Variations de séquence de l’adhésine FimH et leurs rôles dans l’interaction entre souches
de Escherichia coli et cellules épithéliales intestinales .................................................................. 129 Nicolas Dreux1, Arlette Darfeuille-Michaud1-2 et Nicolas Barnich1-2 ................................................. 129 P62 - Diversité génomique des espèces bactériennes du genre Flavobacterium ........................ 130 Eric Duchaud1, Jean-François Bernardet1, Brigitte Kerouault1, Christian Michel1, Céline Chantry1,
Stanislas Mondot1, Fabienne Ripoll1, Eduardo Rocha2, Marie Touchon2, Guillaume Achaz2, Pierre
Nicolas3 et Valentin Loux3 ................................................................................................................. 130 P63 - Évolution expérimentale de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum : bases
moléculaires de l’adaptation à ses plantes hôtes ........................................................................... 131 Alice Guidot1, Patrick Barberis1, Christophe Andalo2, Jean-Baptiste Ferdy2, Sébastien Carrere1,
Brigitte Crouau-Roy2, Emilie Lecompte2, Christian Boucher1, Jérôme Gouzy1, Christophe Thebaud2 et
Stéphane Genin1 ............................................................................................................................... 131 P64 - Implication de la polynucéotide phosphorylase de Campylobacter jejuni dans la synthèse
des protéines LuxS, KatA et PEB3 : impact sur les propriétés de virulence de la bactérie ? ..... 132 Nabila Haddad1, Odile Tresse1, Katell Rivoal2, Christopher M. Burns3, Hervé Prévost1, Michel
Federighi1 et Jean-Michel Cappelier1 ................................................................................................ 132 P65 - Utilisation d’une approche in vivo pour l’identification de gènes impliqués dans le pouvoir
pathogène d’Enterococcus faecalis.................................................................................................. 133 Aurelie Hanin, Irina Sava, YinYin Bao, Johannes Huebner, Axel Hartke, Yanick Auffray et Nicolas
Sauvageot ......................................................................................................................................... 133 P66 - L’internalisation de Spiroplasma citri dans les cellules de la cicadelle Circulifer
haematoceps implique une interaction entre la phosphoglycerate kinase du spiroplasme et
l’actine de l’insecte ............................................................................................................................. 134 Fabien Labroussaa, Marie-Pierre Dubrana, Nathalie Arricau-Bouvery et Colette Saillard .............. 134 P67 - Expression et rôle de PlcRa, un nouveau régulateur transcriptionnel PlcR-‘like’ de Bacillus
cereus .................................................................................................................................................. 135 Eugénie Huillet1, Marcel Tempelaars3, Wanapaisan Panbangred1, Gwenaelle André-Leroux2,
Samira Makhzami4, Tjakko Abee3 et Didier Lereclus1 ....................................................................... 135 P68 - Les protéines à ancre GPI de Candida albicans, biosynthèse de la paroi et interaction avec
l’hôte .................................................................................................................................................... 136 Amandine Cornu, Daniela Ifrim, Céline Monniot, Grégory Da Costa, Anita Boisramé et Mathias
Lavie Richard ................................................................................................................................... 136 P69- Identification des protéines exprimées à la surface des cellules de Streptococcus
salivarius ............................................................................................................................................. 137 Séverine Layec, Eric Guédon, Christine Delorme, Alain Guillot, Dusko Ehrlich et Pierre Renault .. 137 P70- Approche séroprotéomique de souches de Staphylococcus aureus isolées de mammites
subcliniques et gangreneuses chez la brebis : détermination du séroprotéome central et
accessoire ........................................................................................................................................... 138 C. Le Maréchal1, 2, G. Jan1, J. Jardin1, S. Even1, N. Berkova1, J.M. Guibert2, C Pulido2, E. Dubois2, R.
Thiéry2, E. Vautor2 et Yves Le Loir1.................................................................................................. 138 P71 - Implication du microbiote intestinal dans les pathologies hépatiques liées à l'obésité .... 139 Tiphaine Le Roy1*, Marta Llopis1, Vanessa Godis2, Sandy Ribes1, Gabriel Perlemuter2, Anne-Marie
Cassard-Doulcier2 et Philippe Gérard1 .............................................................................................. 139 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
97
P72 - Heparin binding hemagglutinin (HBHA) produced by Mycobacterium avium subsp.
paratuberculosis revealed a double face: virulence factor and evolutionary marker .................. 140 Louise H. Lefrancois1 , Céline Pujol1, Christelle C. Bodier1, Sophie Lecher2, Hervé Drobecq2,
Dominique Raze2, Franco Dante Menozzi, Camille Locht2 , Maria Cristina Vidal Pessolani3 et Franck
Biet1 ................................................................................................................................................... 140 P73 - Cupriavidus taiwanensis bacteroid differentiation in Mimosa pudica is independent from
the histological type of nodules ........................................................................................................ 141 Marta Marchetti, Olivier Catrice, Jacques Batut and Catherine Masson-Boivin .............................. 141 P74 - Probing in vitro interactions between lactic acid bacteria and mucins using AFM: a case
study on Lactococcus lactis .............................................................................................................. 142 Doan Thanh Lam Le1,2, Etienne Dague2, Marie-Pierre Duviau1, Pascal Loubière1 et Muriel MercierBonin1 ............................................................................................................................................... 142 P75 - Mécanismes de régulation de la production de trichothécènes B chez Fusarium
graminearum : Pac1, un nouveau régulateur moléculaire pH-dépendant. .................................... 143 Jawad Merhej1, Sonja Vorwerk2, Yang Cheng2, Florence Richard-Forget1 et Christian Barreau1 ... 143 P76 - Le tissu adipeux régule-t-il la composition du microbiote intestinal chez le rat ? ............. 144 Catherine Michel, G. Poupeau, J. Durand, P, de Coppet, G. Le Dréan and JP Segain .................. 144 P77 - Les altérations néonatales de la composition du microbiote intestinal perdurent-elles au
cours du développement ? ................................................................................................................ 145 Fanny Morel1,2, H. Piloquet1, D. Darmaun1, E. Van Der Beek3 and C. Michel1................................. 145 P78 - Role of BamB in T3SS expression and outer-membrane biogenesis in Salmonella .......... 146 Fatemeh Namdari1, Bertrand Duclos2, Etienne Giraud1, Pierre Germon1, Philippe Velge1 and Isabelle
Virlogeux-Payant1 .............................................................................................................................. 146 P79 - Étude des mécanismes de transmission des pathogènes aux semences d’Arabidopsis
thaliana ................................................................................................................................................ 147 Stéphanie Pochon1,2, C. Campion1, T. Guillemette1 , P. Simoneau1 et M.A Jacques2 .................... 147 P80 - Effet de la température sur la production de toxines et la pathogénicité de Bacillus
weihenstephanensis vis-à-vis de Galleria mellonella ..................................................................... 148 Agnès Réjasse, Nathalie Gilois, Isabelle Jéhanno, Seav-ly Tran, Nalini Rama Rao et Vincent
Sanchis.............................................................................................................................................. 148 P81 - The Candida albicans ORFeome project ................................................................................ 149 Audrey Nesseir1,2, Sophie Bachellier-Bassi1,2, Yogesh Chaudhari3, Murielle Chauvel1,2, Vitor Cabral1,2,
Dorothée Diogo1,2, Arnaud Firon1,2, Sophie Goyard1,2, Keunsook Lee3, Mélanie Legrand1,2, Devika
Mohandas3, Lijina Rajan3, Tristan Rossignol1,2, Ute Zeidler1,2, Sadri Znaidi1,2, Christophe
d’Enfert1,2and Carol Munro3 ............................................................................................................... 149 P82 - Interaction entre la bactérie lactique Streptococcus thermophilus et l’épithélium colique de
rats gnotobiotiques ............................................................................................................................ 150 Françoise Rul1, Laura Wzrosek2, Fatima Chegdani2, Leila Ben-yahia2, Stéphane Thomas1,
Christophe Gitton1, Marie-Louise Noordine2, Philippe Langella2, Claire Cherbuy2 et Muriel Thomas2
.......................................................................................................................................................... 150 P83 - Genome evolution and host specificity shape the surface proteome of mollicutes .......... 151 Laure Béven1, 2, Christine Citti3, Pascal Sirand-Pugnet1, 2, Marie-Pierre Dubrana1, Patricia Thébault4,
Evelyne Sagné3, Colette Saillard1, 2, Aurélien Barré4, Stéphane Claverol5, Antoine de Daruvar4, Joël
Renaudin1 and Alain Blanchard1, 2 ..................................................................................................... 151 P84 - La toxine bactérienne Cif est une cyclomoduline qui détourne la voie de dégradation
dépendante de l’ubiquitine des cellules hôtes ................................................................................ 152 Frédéric Taieb1, 2, Grégory Jubelin1,2, Marie Pénary1,3, Claude Watrin1,2, Ascel Samba-Louaka1,2,
Jean-Philippe Nougayrède1,2 et Eric Oswald1,2, 3, 4 ............................................................................. 152 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
98
P85 - Étude d’HpaP, un régulateur de la sécrétion d’effecteurs de type III chez la bactérie
phytopathogène Ralstonia solanacearum........................................................................................ 153 Fabienne Vailleau, Guillaume Gacon-Labat, Marianne Prévot et Stéphane Genin ......................... 153 P86 - Regulatory network involved in the coordinated expression of virulence genes during the
interaction between the phytopathogenic enterobacterium Erwinia chrysanthemi and the model
plant Arabidopsis................................................................................................................................ 154 Nadia Mehdbi1, Pierrette Malfatti1, Stéphane Gaubert1, Sylvie Reverchon2 and Frédérique Van
Gijsegem1 ......................................................................................................................................... 154 P87 - Attenuation of DSS colitis in mice after intragastric administration of a superoxide
dismutase-producing recombinant Lactobacillus casei BL23 strain ............................................ 155 Laurie Watterlot1, Tatiana Rochat1, Harry Sokol1, Claire Cherbuy1, Ismael Bouloufa1, François
Lefèvre1, Jean-Jacques Gratadoux1, Edith Honvo-Hueto1, Stefan Chilmonczyk2, Sébastien Blugeon1,
Gérard Corthier1, Philippe Langella1, and Luis G. Bermúdez-Humarán2 .......................................... 155 P87 bis - Utilisation du N-acétylglucosamine par la bactérie phytopathogène Xanthomonas
campestris pv. campestris ................................................................................................................. 156 Emmanuelle Lauber ........................................................................................................................ 156 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
99
Conférencier invité – Session 3
Elucidating the function of host cells during infection
Thomas F. Meyer
[email protected]
Max Planck Institute for Infection Biology, Charitéplatz 1, D-10117 Berlin
Biography :
Prof. Dr. Thomas F. Meyer, born August 7, 1952, in Mannheim, Germany
During his Ph.D. work at the Max Planck Institute (MPI) for Medical Research in Heidelberg, Thomas F.
Meyer established an in vitro replication system of bacteriophage fd. In 1980 he turned his interests to
mobile genetic elements and pioneered the molecular analysis of pilin antigenic variation in Neisseria at
the Cold Spring Harbor Laboratory as a postdoctoral fellow. Two years later in Heidelberg at ZMBH
(Centre for Molecular Biology of Heidelberg University) he discovered the first example of variable gene
expression based on the variation of short repeats (slipped strand mispairing). After moving to the MPI for
Biology, Tübingen, in 1985 he discovered neisserial IgA protease as the first example of the large family
of bacterial autotransporter proteins and explored its secretory pathway. In the late 80's his focus shifted
towards the pathogen-host cell interface, where he identified central adhesins and host cell receptors
crucial for the neisserial infection. As Director of the Department of Infection Biology in Tübingen (1990)
and Founding Director of the new MPI for Infection Biology in Berlin (1994), he continued to explore
crucial aspects of pathogen-host cell interactions using Neisseria, Chlamydia, Helicobacter, and Influenza
as key model systems. After relocating to MPI's new purpose built facilities in 2001, and with the
discovery of short interfering RNAs (siRNA) applicable to gene knockdown in human cells, he placed
emphasis on the exploration of human gene function during infection. He coordinated the EU FP6 RIGHT
project on the application of RNAi for human therapy (2005 to 2009). His lab runs Europe's unique
Biosafety Level 3 (BSL3) screening facility. He holds professorships at the Charité, Medical University and
the Humboldt University, Berlin, and is a member of EMBO and the German Academy of Sciences
Leopoldina. His current research interests focus on the global understanding of infection processes, the
manifestation of heritable epigenetic marks upon infection, and the sequels of long-term chronic infection,
such as cancer.
Abstract:
Infection is the result of specific interactions between pathogens and host cells. Thus, factors on both
sides -the pathogen and host- are critically involved in both the initiation and the progression of an
infection. Consequently, inhibition of host cell factors might enable the elimination of an infection. While
investigations of virulence associated factors on the pathogen side have been successfully performed for
many years, a breakthrough for studying the role of host cell factors has only recently been achieved with
the discovery of RNA interference (RNAi). Silencing of gene expression by RNAi has proven to be a
robust and straightforward approach towards gene function analysis. Synthetic small interfering RNAs
(siRNAs) comprising short 21 to 23 nucleotide long double stranded RNAs, can be used to transiently
‘knockdown’ gene expression in cultured cells for loss-of-function analyses. It is thus possible to study the
infection process in human cells by silencing any gene within the whole genome using a variety of highthroughput settings. Interfering with host cell factors and processes critical for pathogen infection,
including receptors and innate response mechanisms, and the silencing of factors facilitating pathogen
accommodation and replication inside host cells, bears considerable therapeutic potential. Thus, the
identification and targeting of suitable host cell determinants and processes promises to present new, and
as yet unexploited, ways of treating both acute and chronic infections.
100
Communications orales - Session 3
101
O16 - Experimental evolution of a plant pathogen into a legume symbiont
Marta Marchetti1, Delphine Capela1, Michelle Glew1, Stéphane Cruveiller2, Béatrice Chane-Woon-Ming2,
Carine Gris1, Ton Timmers1, Véréna Poinsot3, Luz B. Gilbert1, Philipp Heeb4, Claudine Médigue2,
Jacques Batut1 and Catherine Masson-Boivin1
[email protected]
1
UMR0441 Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes INRA-CNRS, Chemin de Borde
Rouge, BP52627, 31326 Castanet-Tolosan cedex
2
UMR 8030 CNRS-CEA-Université d’Evry, 2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry Cedex
3
Laboratoire des IMRCP, 118, route de Narbonne, 31062 Toulouse cedex
4
UMR 5174 Laboratoire Evolution et Diversité Biologique, CNRS- UPS Toulouse III, 118 Route de
Narbonne, 31062 Toulouse
Rhizobia are soil bacteria able to establish with legumes a sophisticated symbiosis of major ecological
importance. They elicit on host plants the formation of new organs, the nodules, dedicated to nitrogen
fixation. Rhizobia colonize nodules intracellularly, an exceptional feature in plant-associated bacteria (1).
Rhizobia are a rare example of phylogenetically disparate bacteria that have achieved the same complex
biological function. Most rhizobia belong to alpha-proteoabacteria, where they are distributed so far in 10
genera and more than 60 species. Rhizobia have also been recently identified among beta-proteobacteria
in genera Burkholderia and Cupriavidus (2). Comparative genomics of all available genomes revealed
that there is no gene both common and specific to all rhizobia, thus indicating that a unique shared
genetic strategy does not support symbiosis of rhizobia with legumes (3). Biodiversity of rhizobia and of
their symbiotic genetic determinism raises fascinating questions regarding the emergence and evolution
of rhizobia. Ample evidence indicates that horizontal transfer of symbiotic plasmids/islands has played a
crucial role in rhizobia evolution. However, adaptive mechanisms that allow the recipient genomes to
express symbiotic traits are unknown.
We launched the experimental evolution of a pathogenic Ralstonia solanacearum chimera carrying the
symbiotic plasmid of the rhizobium Cupriavidus taiwanensis into Mimosa nodulating and infecting
symbionts (4). Two types of adaptive mutations in the hrpG-controlled virulence pathway of R.
solanacearum were identified that are crucial for the transition from pathogenicity towards mutualism.
Inactivation of the hrcV structural gene of the type III secretion system allowed nodulation and early
infection to take place, whereas inactivation of the master virulence regulator hrpG allowed intracellular
infection of nodule cells. Our findings predict that natural selection of adaptive changes in the legume
environment following horizontal transfer has been a major driving force in rhizobia evolution and
diversification and show the potential of experimental evolution to decipher the mechanisms leading to
symbiosis.
1 J. Batut, S. G. E. Andersson, D. O'Callaghan, Nature Reviews Microbiology 2, 933 (2004).
2. L. Moulin, A. Munive, B. Dreyfus, C. Boivin-Masson, Nature 411, 948 (2001).
3. C. Amadou et al., Genome Research 18, 1472 (2008).
4. M. Marchetti et al., PLoS Biol. 8: e1000280 (2010).
Mots-clés :symbiosis, pathogenicity, Ralstonia, experimental evolution
102
O17 - Les effecteurs de type III : de bons candidats pour expliquer la spécificité d’hôte chez les
Xanthomonas
Ahmed Hajri1, Chrystelle Brin1, Gilles Hunault4, Christophe Lemaire3, Charles Manceau1, Stéphane
Poussier2* et Tristan Boureau3*
[email protected] et [email protected]
* auteurs correspondants, ayant contribué de manière égale au travail
1
UMR0077 Pathologie Végétale, INRA-Agrocampus Ouest-Université d’Angers 42 rue Georges Morel BP
60057 49071 Beaucouzé cedex
4
HIFI, UPRES 3859, IFR132, Université d’Angers, UFR Sciences, 2bd Lavoisier 49049 Angers.
Chez les bactéries phytopathogènes, la spécificité d’hôte peut être expliquée soit par le positionnement
phylogénétique des souches soit par l’association de gènes de virulence permettant la convergence
pathologique de souches distantes phylogénétiquement. Selon la seconde hypothèse, la spécificité d’hôte
résulte de la confrontation entre un répertoire de gènes de colonisation de la bactérie et un répertoire de
gènes de défense de la plante. Nous avons testé ces 2 hypothèses, sur de larges collections de souches
appartenant aux espèces Xanthomonas axonopodis, X. campestris et X. oryzae. Au sein de chaque
espèce, les 235 souches sélectionnées présentent des gammes d’hôtes différentes. Dans un premier
temps, le séquençage du gène de ménage rpoD a révélé l’absence de corrélation entre la gamme d’hôte
et le positionnement taxonomique des souches. Par la suite, nous avons déterminé la distribution des
gènes codant 35 effecteurs de type III (ET3s) chez les différentes souches de notre collection. En effet,
les ET3s peuvent élargir la gamme d’hôte en supprimant les défenses de la plante, ou bien la restreindre
lorsqu’ils sont reconnus par la plante. Nos résultats montrent l’existence d’une corrélation entre la gamme
d’hôte des souches et leur répertoire d’ET3. Ces résultats suggèrent que les répertoires d’ET3s peuvent
expliquer une convergence pathologique de souches éloignées phylogénétiquement. Cette étude a
permis également l’identification de plusieurs réarrangements génétiques au sein de certains d’ET3s
présentant une distribution variable. L’ensemble de ces résultats soutient une hypothèse « répertoire pour
répertoire » comme base moléculaire de la spécificité d’hôte chez les bactéries phytopathogènes.
Hajri A, Brin C, Hunault G, Lardeux F, Lemaire C, Manceau C, Boureau T et Poussier S. (2009). A
«Repertoire for Repertoire» Hypothesis: Repertoires of Type Three Effectors are Candidate Determinants
of Host Specificity in Xanthomonas. PLoS ONE 4(8): e6632.
Mots-clés : Spécificité d'hôte, Effecteurs, Phylogénie, Xanthomonas
103
O18 - Modulation de la voie NF-kappaB dans les cellules épithéliales intestinales par des souches
commensales de streptocoques du groupe salivarius
Ghalia Kaci, Omar Lakhdari, Joël Doré, S. Dusko Ehrlich, Pierre Renault, Hervé.M Blottière
et Christine Delorme
[email protected]
Le microbiote buccal est composé d’une population complexe et dynamique de micro-organismes, dont
font partis les streptocoques du groupe salivarius. Les espèces commensales de ce groupe : S. salivarius
et S. vestibularis sont les premiers colonisateurs de la cavité buccale et se retrouvent également en sous
dominance dans le colon. Un rôle essentiel des bactéries commensales du tractus digestif est le maintien
de l’homéostasie épithéliale avec un rôle modulateur du système immunitaire, mettant en jeu notamment
la voie de signalisation NF-κB.
La capacité des surnageants de 41 souches de S. salivarius et S. vestibularis à moduler la voie NF-κB a
été analysée dans un modèle de cellules épithéliales humaines intestinales (HT-29 Luc-E) grâce à un
système rapporteur de l’activation de NF-κB. Nous avons mis en évidence un effet inhibiteur des
surnageants de 30% à 70% sur la transcription NF-κB dépendante. A partir du surnageant de culture de
deux souches de S. salivarius, nous avons montré que le métabolite actif sur la voie NF-κB est sécrété et
accumulé pendant la croissance bactérienne. Il est de nature peptidique, hydrophile, avec une taille
moléculaire inférieure à 1KDa. L’effet inhibiteur des surnageants de culture a été confirmé par la
diminution de la sécrétion de la chimiokine pro-inflammatoire IL-8 par les cellules épithéliales activées.
S. salivarius pourrait moduler le système immunitaire grâce à la sécrétion d’un petit peptide inhibiteur de
la voie de signalisation NF-κB dans des cellules épithéliales intestinales. L’identification de ce peptide et
la caractérisation de son mode d’action sont en cours.
Mots clés : S. salivarius, S. vestibularis, interaction bactéries commensales/hôte, voie de signalisation
NF-κB
104
O19 - Étude du dialogue hôte/microbiote intestinal dans l'homéostasie intestinale
Laura Wrzosek, Claire Cherbuy, Marie-Louise Noordine, Edith Honvo-Houeto, Philippe Langella
et Muriel Thomas
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, équipe interactions des bactéries commensales et probiotiques
avec l’hôte, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
[email protected]
Le microbiote intestinal est un acteur essentiel au maintien de la santé de l’homme. Mon travail de thèse
(09/2009-09/2012) concerne l’analyse du rôle du microbiote intestinal dans les processus de prolifération
et différenciation de l’épithélium intestinal colique.
L’épithélium intestinal colique, composé de cryptes, est une structure dynamique en constant
renouvellement. Un lien entre microbiote intestinal et renouvellement cellulaire a été établi chez des
animaux porteurs d’un microbiote (conventionnels) chez qui le taux de renouvellement des cellules
épithéliales coliques est augmenté par rapport à des animaux sans germes (axéniques)1.
Dans l’équipe, il a été observé que la colonisation de l’intestin par un microbiote entraîne une
augmentation de 30% de la profondeur des cryptes chez des rongeurs2 et que cela résulte d’une
activation orchestrée de protéines coliques impliquées dans le cycle cellulaire. J’ai mis en évidence de
nouvelles protéines du cycle cellulaire modulées in vivo par le microbiote intestinal et j’ai établi leur
cinétique respective d’activation en fonction de la durée d’implantation. J’ai également observé que la
seule implantation de Bacteroides thetaiotaomicron, bactérie dominante du microbiote intestinal humain,
n’a pas d’effet sur la prolifération mais semble plutôt promouvoir la différenciation des cellules à mucus.
Le microbiote apparaît donc comme un acteur morphogénique de l’épithélium intestinal. Les perspectives
sont d’établir un lien entre les voies moléculaires activées dans les cellules épithéliales de l’hôte et les
médiateurs bactériens impliqués. Concernant B. thetaiotaomicron, je vais étudier conjointement les effets
de cette bactérie sur les cellules à mucus et ses propres capacités métaboliques.
Alam M, Midtvedt t, Uribe A. Differential cell kinetics in the ileum and colon of germfree rats.Scand J
Gastroenterol. 1994;29:445-51.
Cherbuy C, Honvo-Houeto E, Noordine M-L, Mayeur C, Bruneau A, Bridonneau C, Langella P, Duée P-H,
Thomas M. Intestinal microbiota matures the colonic epithelium through a well synchronized induction of
cell-cycle related proteins. (Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol, en révision).
Mots-clés : microbiote intestinal - côlon - animaux gnotobiotiques - Bacteroides thetaiotaomicron - cycle
cellulaire
105
O20 - Dynamique d’expression des gènes du régulon flagelle lors du processus infectieux de la
bactérie entomopathogène Xenorhabdus
Grégory Jubelin, Sylvie Pagès, Anne Lanois et Alain Givaudan
[email protected]
UMR1133 Ecologie microbienne des insectes et interactions hôte-pathogène INRA-Université Montpellier
2, Place Eugène Bataillon 34095 Montpellier
Xenorhabdus nematophila est une entérobactérie à la fois symbiotique de nématode et pathogène pour
de nombreuses espèces d’insectes. Lorsque le couple nématode-bactérie colonise une larve d’insecte, la
bactérie est relarguée dans la cavité générale de l’hôte, puis se développe de manière extracellulaire
dans les tissus et sécrète des facteurs de virulence impliqués dans la mort de l’insecte. Le cycle
biologique se poursuit par le développement du partenaire nématode dans le cadavre de l’insecte avant
la colonisation de l’intestin des nématodes par les symbiontes bactériens. L’opéron fliAZ de la cascade
des flagelles contribue au processus infectieux de Xenorhabdus en contrôlant la mobilité flagellaire et la
production d’exoenzymes telles que protéases, lipases et hémolysines1. Afin de préciser le rôle du
régulon FliAZ dans le cycle de vie de Xenorhabdus, la dynamique d’expression de gènes flagellaires et
hémolytiques a été mesurée en temps réel lors des différentes étapes du processus infectieux.
L’utilisation d’une GFP à demi-vie réduite associée à une méthode de quantification statistique dans les
animaux a permis de démontrer que l’expression des gènes du régulon FliAZ est inhibée lors des
premières étapes d’infection de l’insecte et lors de la colonisation des nématodes2 . L’apport de fer libre
lors de la mort de l’insecte infectée conduit à une expression maximale des gènes flagellaires et
hémolytiques dans les cadavres. Ces résultats suggèrent que le régulon FliAZ est impliqué dans la
dissémination bactérienne et dans la bioconversion du cadavre de l’insecte, favorisant ainsi une
reproduction optimale du partenaire nématode.
1. Lanois A, Jubelin G, Givaudan A (2008) FliZ, a flagellar regulator, is at the crossroads between
motility, haemolysin expression and virulence in the insect pathogenic bacterium Xenorhabdus. Mol
Microbiol 68: 516-533.
2. Jubelin G, Pagès S, Lanois A, Boyer MH, Gaudriault S, Ferdy JB, Givaudan A. (2010) Studies of the
dynamic expression of the Xenorhabdus FliAZ regulon reveal atypical iron-dependent regulation of the
flagellin and hemolysin genes during insect infection. Environ Microbiol (soumis)
Mots-clés : Xenorhabdus, infection insecte, régulon flagelle, hémolysine
106
O21 - Critical role of dispensable genes in host-colonization by the minimal pathogen Mycoplasma
agalactiae
Eric Baranowski , Agnès Skapski1,2 , Eveline Sagné2,1 , Marie-Claude Hygonenq1,2, Patricia Ronsin2 ,
Xavier Berthelot2,1 , Dominique Bergonier2,1 and Christine Citti1,2
[email protected]
1,2
1
2
Université de Toulouse, UMR1225 Interactions Hôtes-Agents Pathogènes INRA-ENVT, 23 chemin des
Capelles BP 87 31076 Toulouse cedex 3
Despite significant progress in understanding the biology of minimal self-replicating pathogens such as
mycoplasmas, limited information is available regarding the factors involved in colonization, host tropism
and virulence. Using the ruminant pathogen Mycoplasma agalactiae as a model system, we identified
genomic regions that were specifically required for mycoplasma proliferation upon co-cultivation with
mammalian cells, while dispensable for axenic growth. Transposon knock-out mutants identified a set of
18 genomic regions putatively involved in M. agalactiae interaction with mammalian cells. Several of them
encode proteins with features of membrane lipoproteins and/or were involved in horizontal gene transfer
with phylogenetically distant pathogenic mycoplasmas sharing the same ruminant host. Two mutants with
the most extreme phenotype carry a transposon in the NIF locus which encodes homologues of SufS and
SufU, two proteins presumably involved in [Fe-S] cluster biosynthesis in Gram-positive bacteria.
Complementation studies confirmed the conditional essentiality of the NIF locus that was found critical for
proliferation under cell culture conditions, while dispensable for axenic growth. In vivo experiment in the
M. agalactiae natural ovine host further revealed the essential role played by the NIF locus in the
mycoplasma host-colonization. This study raises questions regarding essential gene sets in minimal
organisms, and provides a means for addressing this issue at a higher level of complexity, the host-cell
context.
Baranowski E, Guiral S, Sagné E, Skapski A, and Citti C. Mycoplasma agalactiae interaction with
mammalian cells: the critical role of dispensable genes. Infect Immun. 2010 Feb 1. [Epub ahead of print]
Sirand-Pugnet P, Lartigue C, Marenda M, Jacob D, Barré A, Barbe V, Schenowitz C, Mangenot S,
Couloux A, Segurens B, de Daruvar A, Blanchard A, and Citti C. Being pathogenic, plastic, and sexual
while living with a nearly minimal bacterial genome. PLoS Genet. 2007 May 18;3(5):e75.
Mots-clés : mycoplasma, ruminant, virulence, nif
107
O22 - Salmonella Enteritidis est capable d’entrer dans les cellules par un mecanisme de type
zipper
Manon Rosselin1,2, Isabelle Virlogeux-Payant1,2, Christian Roy3, Elisabeth Bottreau1,2,
Pierre-Yves Sizaret2,4, Emmanuelle Caron5, Philippe Velge1,2 et Agnès Wiedemann1,2
[email protected]
1
IFR136 Agents transmissibles et Infectiologie, Université de Tours, 37000 Tours
3
UMR 5235 Dynamique des Interactions Membranaires Normales et Pathologiques, CNRS- Université
Montpellier 2, 34000 Montpellier
4
ERI19 Département des microscopies plate-forme RIO, INSERM-Université François Rabelais 37000
Tours
5
Centre for Molecular Microbiology and Infection and Division of Cell and Molecular Biology, Imperial
College London, London, SW7 2AZ, Angleterre
2
Salmonella enteritidis est une bactérie entéro-invasive responsable de toxi-infections alimentaires
collectives. Pour envahir les cellules hôtes, cette bactérie a développé différents mécanismes qui lui
permettent d’induire sa propre internalisation via un remaniement du cytosquelette cellulaire. Le principal
mécanisme d’entrée de Salmonella, dit de type Trigger, nécessite la mise en place d’un système de
sécrétion de type III (T3SS-1)1. D’autres mécanismes d’entrée ont été observés chez cette bactérie mais
leur importance et leur rôle sont peu connus. La protéine Rck de Salmonella induit l’adhésion et
l’internalisation d’une souche E. coli HB101 non invasive2. Nous avons démontré que la délétion du gène
rck chez Salmonella enteritidis entraîne une diminution significative de l’invasion sans affecter l’adhésion
aux cellules, tandis que la surexpression de cette protéine permet d’augmenter l’invasion cellulaire d’une
souche exprimant ses autres facteurs d’invasion d'un facteur 3. Les propriétés invasives de Rck ont été
confirmées en induisant l'entrée de billes recouvertes de GST-Rck. Ces résultats, ainsi que l’observation
du mécanisme d’entrée lié à Rck par microscopie électronique à balayage et à transmission démontrent
que cette protéine induit un mécanisme d’entrée de type Zipper. L’étude des processus cellulaires sousjacents a mis en évidence le rôle majeur des Rho GTPases Rac et Cdc42, du complexe Arp2/3 et de la
polymérisation d’actine lors de l’invasion médiée par Rck3. Salmonella est la première bactérie décrite
comme étant capable d’entrer dans les cellules via les deux mécanismes actuellement connus1 : Trigger,
médié par le T3SS-1, et Zipper, médié par Rck.
1. Cossart, P. and Sansonetti, P.J. (2004) Bacterial invasion: the paradigms of enteroinvasive pathogens.
Science. 304: 242-248.
2. Heffernan, E.J., Wu, L., Louie, J., Okamoto, S., Fierer, J. and Guiney, D.G. (1994) Specificity of the
complement resistance and cell association phenotypes encoded by the outer Membrane protein genes
rck from Salmonella Typhimurium and ail from Yersinia enterocolitica. Infect Immun. 62: 5183-5186.
3. Rosselin, M., Virlogeux-Payant, I., Roy, C., Bottreau, E., Sizaret, P-Y., Mijouin, L., Germon, P., Caron,
E., Velge, P., Wiedemann, A. (2010) Rck of Salmonella enterica, subspecies enterica serovar Enteritidis,
mediates a Zipper-like internalization. Cell Research. In press.
Mots-clés : Salmonella, invasion, adhésion, Rho GTPases, actine, protéine de membrane
externe
108
O23 - Role of Type IV secretion system of Bartonella in host-specific infection of
erythrocytes
Muriel Vayssier-Taussat
[email protected]
UMR0956 Biologie Moléculaire et Immunologie Parasitaires et Fongiques INRA-AFSSA, 23 rue du
Général de Gaulle, 94700 Maisons-Alfort
Bacterial pathogens can typically infect only a limited range of hosts; however, the genetic mechanisms
governing this host-specificity are poorly understood. The alpha;-proteobacterial genus Bartonella
comprises 21 species that cause host-specific intraerythrocytic bacteremia as hallmark of infection in
their diverse mammalian reservoirs, including the human-specific pathogens Bartonella quintana and
Bartonella bacilliformis that cause trench fever and Oroya fever, respectively. Here, we have identified
bacterial factors that mediate host-specific erythrocyte colonization in the mammalian reservoirs. Using
mouse-specific Bartonella birtlesii, human- specific Bartonella quintana, cat-specific Bartonella henselae
and rat-specific Bartonella tribocorum, we established in vitro adhesion and invasion assays with isolated
erythrocytes that fully reproduce the host-specificity of erythrocyte infection as observed in vivo. By
signature-tagged mutagenesis of B. birtlesii and mutant selection in a mouse infection model we identified
bacterial mutants impaired in establishing intraerythrocytic bacteremia. Among 45 abacteremic mutants,
five failed completely to infect mouse erythrocytes in vitro. The corresponding genes encode components
of the type IV secretion system (T4SS) Trw, demonstrating that this virulence factor is directly involved in
erythrocyte infection. Moreover, ectopic expression of Trw of rat-specific B. tribocorum in cat-specific B.
henselae expanded the host range for erythrocyte infection to rat, indicating that Trw mediates hostspecific erythrocyte infection. Sequence analysis of the trw locus suggested that the variable, surfacelocated TrwL and TrwJ may represent the T4SS components determining host-specificity of erythrocyte
parasitism.
Mots-clés : Bartonella host specificity molecular mechanisms of host cell infection
109
O24 - A virulence factor secreted by Listeria monocytogenes targets a human chromatin
silencing complex
Alice Lebreton1, To Tham Nam1, Marie-Anne Nahori1, Ana Camejo2, Didier Cabanes2, Pascale Cossart1
and Hélène Bierne1
[email protected]
1. USC2020 Unité des Interactions Bactéries-Cellules INRA-Institut Pasteur-INSERM, 25 rue du Dr. Roux
75015 Paris.
2. Instituto de Biologia Molecular e Celular, Group of Molecular Microbiology, Universidade do Porto,
Porto, Portugal.
During the infection of Mammalian organisms, Listeria monocytogenes subverts a number of cellular
functions, through the interaction of various bacterial factors with host cell molecules. With the aim of
identifying new partners involved in this bacteria-host crosstalk, we have screened the genome of L.
monocytogenes for genes encoding secreted proteins that would be absent from non-pathogenic Listeria
species. lntA is one such gene. Its expression is controlled both by PrfA and σB, which are two major
regulators of virulence genes; as a consequence, it was shutdown in bacteria grown in BHI medium, but
enhanced in bacteria harvested from the spleen of infected mice. Besides, in a murine listeriosis model,
the ability of a ∆lntA mutant strain to colonize the liver and blood was impaired. Altogether, LntA appears
as a new virulence factor specific to L. monocytogenes.
When lntA was constitutively expressed from bacteria, the protein was secreted and accumulated in the
nucleus of infected cells. Moreover, it interacted with BAHD1, a human nuclear protein that we recently
characterized for its role in chromatin condensation and gene silencing (1). These data suggest that LntA,
by targeting a chromatin silencing complex, might modulate the expression of host genes. Indeed, a
cluster of genes involved in innate immune response was specifically activated in cells infected with lntAexpressing bacteria. Our main question is now to determine whether this phenotype depends on BAHD1,
and to decipher more precisely the molecular mechanisms underneath.
Mots-clés : Listeria monocytogenes, nucleus, chromatin.
(1) Bierne* H, Tham TN, Batsche E, Dumay A, Leguillou M, Kernéis-Golsteyn S, Regnault B, Seeler JS,
Muchardt C, Feunteun J and Cossart* P. 2009. Human BAHD1 promotes heterochromatic gene silencing.
PNAS.106(33):13826-13831.
110
O25 - L'insecte comme modèle pour l'identification de nouveaux facteurs d'adaptation et de
virulence de Bacillus cereus
Kader Rebaine1, Christophe Buisson1, Agnès Rejasse1 Eugenie Huillet1, Claudia Bevilcqua2 et
Christina Nielsen-LeRoux1
[email protected]
1
2
UMR1319 Micalis INRA-AgroParisTech, La Minière 78285 Guyancourt
Plateforme PICT INRA Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
Le groupe Bacillus cereus comprend le pathogène d’insecte B. thuringiensis et B.cereus, senso stricto,
pathogène opportuniste pour l’homme et l’animal, responsable de toxi-infections alimentaires. Le projet a
pour objectif de comparer la virulence de 10 souches : 4 souches bio-insecticides de Bacillus
thuringiensis, 4 souches B. cereus sensu stricto d’origine d’infection intestinale/clinique, une souche
probiotique d’animal et la souche Bt407 delta PlcR, chez l’insecte Galleria mellonella (Gm). Toutes ces
souches sont en principe, en mesure de produire une large variété de facteur de virulence pouvant être
impliquées dans les toxi-infections alimentaires. Il s'agit notamment des phospholipasesC, hémolysines,
cytolysines, entérotoxines et les métalloprotéases qui sont en majorité contrôlés par le régulateur PlcR.
Le mutant PlcR est fortement réduit en virulence chez Gm et chez la souris, (Salamitou et al. 2000).
Toutefois, à ce jour peu d’études ont démontré l’expression de ces gènes en contact avec l’hôte. Nous
avons d’abord évalué, en infectant Gm par voie orale, le niveau de virulence entre la forme spore et la
forme végétative des différentes souches. Deuxièmement on a corrélé cette virulence avec l’expression
des gènes du régulon PlcR qui sont supposés être impliqués dans le pouvoir pathogène au niveau de
l’infection intestinal. L’analyse sera faite par RT-PCR quantitative sur ARNm isolé dans l’intestin au cours
de l’infection chez Gm. Les résultats préliminaires de l’ingestion forcée des bactéries nous ont révélé peu
de différences entres les souches cliniques, les souches bio-insecticides et la souche probiotique. Les
études en qRT–PCR sont en cours.
Salamitou, S., et al. (2000) The plcR regulon is involved in the opportunistic properties of Bacillus
thuringiensis and Bacillus cereus in mice and insects. Microbiology 146 ( Pt 11), 2825-2832
Mots-clés : Bacillus cereus, acquisition du fer, expression in vivo, virulence, insecte, Galleria mellonella,
expression in vivo
111
O26 - L'altération du processus d'autophagie favorise la persistance des Escherichia coli
adhérents et invasifs (AIEC) associés à Crohn en cellules épithéliales et macrophages
Pierre Lapaquette1, Anne-Lise Glasser1,2, Alan Huett3, Ramnik J Xavier3 et Arlette Darfeuille-Michaud1,2*
[email protected]
1
USC2018 Pathogénie Bactérienne Intestinale INRA-Université d’Auvergne, JE2526, 63001 ClermontFerrand
2
Institut Universitaire de Technologie en Génie Biologique 63172 Aubière
3
Gastrointestinal Unit and Center for Computational and Integrative Biology, Massachusetts General
Hospital, Harvard Medical School, Boston 02141 USA
La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire chonique de l’intestin. La muqueuse iléale des
patients atteints de MC est anormalement colonisée par des Escherichia coli adhérents et invasifs (AIEC).
Parallèlement, les analyses de génétique humaine ont montré une association de la MC avec des
polymorphismes dans deux gènes impliqués dans le processus d’autophagie : ATG16L1 et IRGM.
L’autophagie participe à l’homéostasie des cellules eucaryotes et joue également un rôle dans
l’élimination de pathogènes intracellulaires. Une activité autophagique déficiente chez des personnes
génétiquement prédisposées pourrait être à l’origine de la persistance des bactéries AIEC. En cellules
épithéliales comme en macrophages l’autophagie est rapidement activée en réponse à l’infection par les
bactéries AIEC. Une induction pharmacologique ou physiologique d’autophagie diminue fortement la
survie intracellulaire des AIEC. Dans des cellules déficientes pour la voie de l’autophagie, les bactéries
AIEC montrent une persistance intracellulaire accrue. De manière intéressante, ce comportement n’est
pas retrouvé pour les souches pathogènes d’E. coli appartenant aux pathovars responsables d’infections
gasto-intestinales ou pour des souches non pathogènes. L’altération de l’expression, par ARN
interférence, des gènes ATG16L1 et IRGM mutés associés à la MC conduit également à une forte
augmentation de la survie intracellulaire des bactéries AIEC. L’ensemble des données suggère qu’un
défaut d’autophagie chez des patients atteints de MC favoriserait la persistance intracellulaire des
bactéries AIEC au niveau de la muqueuse intestinale.
Mots-clés : Autophagie, Maladie de Crohn, E. coli adhérents et invasifs (AIEC), ATG16L1, IRGM
112
Posters – Session 3
113
P46 - Analyse fonctionnelle et transcriptionnelle du locus pefI-srgC impliqué dans l’adhésion et
l’entrée de Salmonella
Nadia Abed, N. Guichard, O. Grépinet, M. Rosselin, A. Wiedemann, P. Velge et I. Virlogeux-Payant
[email protected]
Salmonella est un pathogène intracellulaire facultatif, responsable des salmonelloses humaines et
animales. Chez l’homme, la salmonellose est l'une des toxi-infections alimentaires les plus courantes et
les plus répandues. Chaque année, des millions de cas sont signalés partout dans le monde, faisant des
salmonelles un problème majeur de santé publique. Le caractère pathogène des salmonelles est
dépendant de sa capacité à entrer et à se multiplier dans des cellules hôtes. Jusqu’à présent, le seul
système d’entrée des salmonelles décrit était celui mettant en jeu un appareil de sécrétion de type III
(T3SS), le T3SS-1.(1) Récemment au laboratoire, nous avons caractérisé un nouveau système d’entrée
impliquant une protéine de la membrane externe, Rck,(2) précédemment décrite comme impliquée dans la
résistance au complément.(3) Dans le but de déterminer les conditions physiologiques dans lesquelles la
protéine Rck est exprimée, nous nous somme intéressés à l’étude de la régulation transcriptionnelle du
locus pefI-srgC qui porte le cadre ouvert de lecture (ORF) rck. Ce locus, présent sur le plasmide de
virulence et pour lequel une organisation transcriptionnelle en opéron a été suggérée, est composé de 6
ORFs (pefI, srgD, srgA, srgB, rck et srgC). Après analyse de l’organisation transcriptionnelle du locus,
une analyse bio-informatique nous a permis de prédire la présence de 2 promoteurs en amont de pefI.
Nous avons confirmé que la régulation transcriptionnelle en amont de cet ORF est dépendante de SdiA
(régulateur transcriptionnel du quorum sensing) et des homosérines lactones (AHLs). Nos premiers
résultats montrent que l’activation par SdiA-AHLs est observée uniquement sur le promoteur distal putatif.
Ce site d’initiation de la transcription et les domaines d’interaction avec SdiA sont en cours d’identification
par RACE-PCR et retard sur gel respectivement.
(1)
Galan, J.E., C. Ginocchio, and P. Costeas, Molecular and functional characterization of the Salmonella
invasion gene invA: homology of InvA to members of a new protein family. J Bacteriol, 1992. 174(13): p.
4338-49.
(2)
Rosselin, M., Virlogeux-Payant, I., Roy,C., Bottreau,E.,Sizaret,PY ., Mijouin, L., Germon, P., Caron, E.,
Velge, P. and Wiedemann, A.
Rck of Salmonella enterica, subspecies enterica serovar
Enteritidis,mediates a Zipper-like internalization. Cell Research (2010) in press
(3)
Heffernan, E.J., Reed, S., Hackett, J., Fierer, J., Roudier, C. And Guiney, D. Mechanism of resistance
to complement-mediated killing of bacteria encoded by the Salmonella typhimurium virulence plasmid
gene rck. J Clin Invest, 1992. 90(3): p. 953-64
Mots clés : Salmonella, Rck, régulation transcriptionnelle, quorum-sensing, SdiA
114
P47 - Caractérisation d’un nouveau système d’acquisition du fer chez Bacillus cereus impliqué
dans la virulence
Elise Abi Khalil, Diego Segond, Nadine Daou, Gwenaelle André Leroux, Mireille kallassy Awad,
Didier Lereclus et Christina Nielsen-LeRoux
[email protected]
Bacillus cereus (Bc) est une bactérie à Gram-positive sporulante impliquée dans des infections gastrointestinales chez l’homme. La faculté de Bc à coloniser l’hôte (l’homme et l’insecte) est liée à la présence
de plusieurs facteurs d’adaptation parmi lesquels sa capacité à acquérir le fer. Récemment, Daou et al
(Plos Pathogens, 2009) ont identifié une protéine IlsA (Iron regulated leucine rich surface protein)
localisée à la surface de Bc en condition de carence en fer. La séquence protéique contient un domaine
NEAT (Near Iron Transporter) utilisé par certaines bactéries pathogènes pour l’acquisition du fer à partir
des hémoprotéines. En outre, IlsA possède un domaine LRR (Leucine Rich Region) suggérant une
interaction protéine-protéine. Les principaux résultats ont montré qu’IlsA est essentielle pour la croissance
de Bc en présence d’hème, d’hémoglobine ou de ferritine comme uniques sources de fer et qu’elle est
capable d’interagir directement avec ces molécules biochimiquement très différentes. L’interaction d’IlsA
avec l’hémoglobine et l’hème est potentiellement liée à la présence du domaine NEAT, alors que son
mode d’interaction avec la ferritine reste inconnue. Les objectifs de nos travaux consistent d’une part à
réaliser des analyses structurales afin de comprendre comment la ferritine et IlsA interagissent et d’autre
part, à identifier les partenaires d’IlsA impliqués dans le transport du fer à partir de la ferritine et de
l’hème. Actuellement nous nous focalisons sur les rôles du systeme Isd (Iron surface déterminant), décrit
chez B. anthracis et S. aureus pour l’hème et des sidérophores pour le fer de la ferritine.
Daou, N., Buisson, C. Gohar, M., Vidic. J., Bierne, H., Kallassy, M., Lereclus, D., Nielsen-LeRoux, C.,
IlsA, A Unique Surface Protein of Bacillus cereus Required for Iron Acquisition from Heme, Hemoglobin
and ferritin. Plos Pathogen, 2009
Mots-clés : Bacillus cereus, IlsA, fer, NEAT, Isd, hémoprotéines, ferritine.
115
P48 - Étude de la toxicité d’un effecteur de type III de la bactérie phytopathogène Erwinia
amylovora, chez la levure Saccharomyces cerevisiae
Sabrina Siamer, Mathilde Fagard et Marie-Anne Barny
[email protected]
UMR0217 Laboratoire des interactions plantes pathogènes INRA-UPMC-AgroParisTech, 16 rue Claude
Bernard, 75231 Paris cedex 05
Erwinia amylovora est l’entérobactérie responsable du feu bactérien chez les Pomoïdés. Le pouvoir
pathogène de cette bactérie repose, entre autre, sur son système de sécrétion de type III. Ce système
permet d’injecter, au sein de la cellule végétale, des effecteurs appelés effecteurs de type III, perturbant
ainsi le métabolisme de la cellule hôte.
Parmi ces effecteurs, la protéine DspA est particulièrement étudiée, au laboratoire. DspA est nécessaire
au pouvoir pathogène d’E. amylovora puisqu’un mutant dspA n’est pas capable d’engendrer des
symptômes de maladie sur plante. DspA est également responsable de la mise en place d’un programme
de mort cellulaire, lorsqu’elle est exprimée transitoirement dans une cellule de plante. Par ailleurs, DspA
est toxique chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Ceci suggère que DspA perturbe un mécanisme
physiologique conservé chez les eucaryotes. Nous cherchons maintenant à comprendre le mode d’action
de DspA. Pour cela nous cherchons à caractériser la toxicité induite par DspA chez la levure. Une
première approche, génétique, nous a permis de caractériser des mutants suppresseurs de levure chez
lesquels l’expression de dspA n’est pas ou peu toxique. L’ensemble des mutants suppresseurs obtenus
sera présenté. En parallèle, nous étudions la toxicité de DspA chez la souche sauvage de levure BY4741
et les premiers résultats obtenus seront présentés
T. Boureau, H. El maarouf-Bouteau, A. Garnier, MN Brisset, C. Perino, I. Pucheu, et MA Barny (2006)
DspA/E, a type III effector essential for Erwinia amylovora pathogenicity and growth in planta induces cell
death in host apple and non host tobacco plant. Molecular Plant Microbe Interactions. 19 (1) : 16-24.
J. Curak, J. Rohde and I. Stagljar (2009) Yeast as a tool to study bacterial effectors. Current Opinion in
Microbiology 12:18–23
Mots-clés : effecteur de type III, Erwinia amylovora, Saccharomyces cerevisiae
116
P49 - Apport de l’imagerie cellulaire à l’étude des interactions entre la bactérie intra-phloémique
Spiroplasma citri et les cellules de son insecte vecteur Circulifer haematoceps
Brigitte Batailler1,2, Sybille Duret1, Joël Renaudin1 et Nathalie Arricau-Bouvery1
[email protected]
1
2
Bordeaux Imaging Center, Pôle Imagerie du Végétal, INRA, Centre de Bordeaux-Aquitaine, 33883
Villenave d'Ornon
Spiroplasma citri est une bactérie phytopathogène intra-phloémique, disséminée de plante à plante par
son insecte vecteur naturel, la cicadelle Circulifer haematoceps. Les souches bactériennes transmissibles
circulent et se multiplient dans l’insecte-hôte, passant de l’intestin moyen dans l’hémolymphe puis dans
les glandes salivaires. Les mécanismes cellulaires impliqués dans la transmission de la bactérie sont
étudiés à l’aide d’une lignée cellulaire de type épithélial, dénommée Ciha-1, obtenue à partir d’œufs
embryonnés de Circulifer haematoceps (Duret et al, Microbiology, 2010). Deux approches en imagerie
ont été utilisées pour visualiser les interactions des spiroplasmes avec les cellules d’insecte :
l’immunofluorescence en acquisition confocale d’une part, la microscopie électronique à transmission
(MET), d’autre part.
Par une méthode de double-immunomarquage sur cellules adhérentes Ciha-1 infectées par la souche
GII3 de Spiroplasma citri, on peut discriminer en acquisition confocale séquentielle les bactéries
extracellulaires des bactéries intracellulaires. Un changement de morphologie entre les spiroplasmes
extracellulaires, hélicoïdaux, et les spiroplasmes intracellulaires, ovoïdes, a également été observé par
cette méthode. A l’aide du logiciel d’analyse d’images Image Pro Plus, nous avons quantifié la
fluorescence de spiroplasmes extracellulaires individuels qui présentaient une morphologie intermédiaire,
afin de savoir si les antigènes de surface reconnus par l’anticorps polyclonal anti-citri et la spiraline
reconnue par un anticorps polyclonal spécifique étaient recrutés dans une zone préférentielle de la
bactérie au moment de son adhésion à la cellule d’insecte.
En MET, l’établissement de contacts membranaires étroits est observé entre les bactéries et les cellules
hôtes, une heure après infection. Afin de mettre en évidence l’internalisation des spiroplasmes dans ces
cellules suite à l’étape l’adhésion, nous étudierons l’interaction 2h et 4h après infection.
Les deux techniques de microscopie utilisées dans ce travail sont complémentaires. La microscopie
confocale est un outil bien adapté pour tester différents types d’anticorps et des conditions d’infection
variées. Par son degré de résolution, la microscopie électronique permet d’explorer la nature des
interactions à une échelle fine et elle peut également être couplée à des marquages
immunocytochimiques.
La variété des techniques disponibles en imagerie cellulaire permet d’envisager plusieurs pistes
d’investigation. A court terme, nous envisageons d’évaluer la faisabilité d’une étude sur cellules vivantes,
en suivant la séquence d’invasion des cellules hôtes soit par vidéomicroscopie à l’échelle de la
microscopie photonique, soit par microscopie électronique à balayage, en mode environnemental.
Sybille Duret, Brigitte Batailler, Jean-Luc Danet, Laure Béven, Joël Renaudin and Nathalie ArricauBouvery. Infection of the Circulifer haematoceps cell line Ciha-1 by Spiroplasma citri: the non insecttransmissible strain 44 is impaired in invasion. Microbiology, 2010, in press.
Mots-clés : Spiroplasma citri, bactérie phytopathogène, lignée cellulaire de cicadelle, infection de cellules
in vitro
117
P50 - Rôle de la PBP-like ClbP dans la production de la génotoxine colibactine d’Escherichia coli
Olivier Baron1,2, Michèle Boury1, Jean-Philippe Nougayrede1 et Eric Oswald1,2
[email protected]
1
Toulouse cedex 3
2
Laboratoire de Bactériologie-Hygiène, IFB, CHU de Toulouse, Toulouse
L’îlot génomique « pks » est présent dans le génome de plusieurs espèces d’entérobactéries (Escherichia
coli, Citrobacter koseri, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes). Cet îlot permet la synthèse
d’une génotoxine appelé colibactine qui provoque des cassures doubles-brins de l’ADN des cellules
eucaryotes infectées par ces bactéries. L’îlot code pour des polykétides synthases (PKS) et peptides
synthases non-ribosomiques (NRPS), des enzymes connues pour synthétiser une large famille de
molécules d’intérêt : antibiotiques (érythromycine), antiparasitaires (avermectine), immunosuppresseurs
(cyclosporine) et anti-tumoraux (bléomycine). La production de colibactine requière aussi plusieurs
enzymes accessoires (systèmes de maturation et d’efflux de la toxine). Dans ce travail nous avons
examiné le rôle d’une de ces protéines, ClbP. Nous avons construit un mutant de délétion pour le gène
clbP et montré qu’il n’induisait plus de cassures doubles-brins dans l’ADN des cellules en culture, tandis
que la complémentation avec l’allèle clbP sauvage restaurait le phénotype, démontrant le rôle essentiel
de ClbP pour la production de la colibactine. L’analyse in silico indique que le domaine N-terminal de
ClbP est homologue aux bêta-lactamases de la famille AmpC. ClbP possède le motif SXXK du site
catalytique des bêta-lactamases et le motif YXN caractéristiques des bêta-lactamases de type C. Pour
vérifier la fonctionnalité du domaine catalytique, des mutants ponctuels ont été réalisés dans les sites
actifs (S, K et Y). Ces mutants perdaient tous leur phénotype. ClbP est donc un nouveau prototype de la
superfamille des enzymes SxxK jouant un rôle dans la synthèse de composés peptide/polyketides et plus
particulièrement de la colibactine.
Nougayrède JP, Homburg S, Taieb F, Boury M, Brzuszkiewicz E, Gottschalk G, Buchrieser C, Hacker J,
Dobrindt U, Oswald E. Escherichia coli Induces DNA Double-Strand Breaks in Eukaryotic Cells. Science
(2006) 313:848.
Putze J, Hennequin C, Nougayrède JP, Zhang W, Karch H, Bringer MA, Fayolle C, Carniel E, Rabsch W,
Oelschlaeger TA, Oswald E, Forestier C, Hacker J, Dobrindt U Genetic structure and distribution of the
colibactin genomic island among Enterobacteriaceae. Infection and Immunity (2009) 77:4696.
Mots-clés : Entérobactéries, toxine, polyketide, beta-lactamase
118
P51 - Rôle du di-GMP cyclique dans la virulence des Escherichia coli entérohémorragiques
O157:H7
Priscilla Branchu, Thomas Hindre, Alain P. Gobert et Christine Martin
[email protected]
UR0454 Unité de Microbiologie INRA de Theix 63122 Saint Genès Champanelle
Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) de sérotype O157:H7 sont responsables de toxiinfections alimentaires conduisant à des pathologies graves, comme le syndrome hémolytique et
urémique. Une connaissance approfondie de la physiopathologie de l'infection est nécessaire pour
proposer des mesures thérapeutiques en alternative aux antibiotiques, qui sont contre-indiqués.
Le di-GMP cyclique (di-GMPc) est un second messager bactérien ubiquitaire, synthétisé par des diguanylate cyclases (DGC) et hydrolysé par des phosphodiesterases (PDE). Chez certaines bactéries
pathogènes, il a été montré que le di-GMPc est impliqué dans la virulence. Le but de ce travail est
d'étudier le rôle du di-GMPc dans la virulence des EHEC. Chez la souche EHEC de référence EDL933,
nous avons identifié un gène, appelé vmpA, codant pour une protéine présentant un domaine PDE
caractéristique. Il est situé dans l'ilot génomique OI-47.. Une analyse sur une collection de souches EHEC
appartenant à divers sérotypes a montré que ce gène n'est présent que dans le génome des souches les
plus pathogènes, particulièrement de sérotype O157 :H7. L'activité PDE de la protéine VmpA a été
démontrée in vitro et in vivo. VmpA est nécessaire à la mobilité de EDL933 et inhibe la formation de
biofilms. Lors de l'infection de cellules épithéliales intestinales, elle stimule la production de cytokines proinflammatoires. Dans le modèle murin, un mutant vmpA présente un défaut de colonisation
comparativement à la souche sauvage. Ces résultats montrent que le di-GMPc joue un rôle important
dans la virulence des EHEC O157 :H7.
Mots-clés : EHEC, di-GMPc
119
P52 - Corrélation entre virulence et l’expression des gènes de virulence de différentes souches du
groupe Bacillus cereus au cours de l’infection chez Galleria mellonella
Kader Rebaine1, Christophe Buisson1, Agnès Rejasse1, Eugénie Huillet1, Claudia Bevilcqua2 et
Christina Nielsen-LeRoux1
[email protected]
1
2
Plateforme PICT INRA Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
Le groupe Bacillus cereus comprend le pathogène d’insecte B. thuringiensis et B.cereus, senso stricto,
pathogène opportuniste pour l’homme et l’animal, responsable de toxi-infections alimentaires. Le projet a
pour objectif de comparer la virulence de 10 souches : 4 souches bio-insecticides de Bacillus
thuringiensis, 4 souches B. cereus sensu stricto d’origine d’infection intestinale/clinique, une souche
probiotique d’animal et la souche Bt407 delta PlcR, chez l’insecte Galleria mellonella (Gm). Toutes ces
souches sont en principe, en mesure de produire une large variété de facteur de virulence pouvant être
impliquées dans les toxi-infections alimentaires. Il s'agit notamment des phospholipasesC, hémolysines,
cytolysines, entérotoxines et les métalloproéases qui sont en majorité contrôlés par le régulateur PlcR. Le
mutant PlcR est fortement réduit en virulence chez Gm et chez la souris, (Salamitou et al. 2000).
Toutefois, à ce jour peu d’études ont démontré l’expression de ces gènes en contact avec l’hôte. Nous
avons d’abord évalué, en infectant Gm par voie orale, le niveau de virulence entre la forme spore et la
forme végétative des différentes souches. Deuxièmement on a corrélé cette virulence avec l’expression
des gènes du régulon PlcR qui sont supposés être impliqués dans le pouvoir pathogène au niveau de
l’infection intestinal. L’analyse sera faite par RT-PCR quantitative sur ARNm isolé dans l’intestin au cours
de l’infection chez Gm. Les résultats préliminaires de l’ingestion forcée des bactéries nous ont révélé peu
de différences entres les souches cliniques, les souches bio-insecticides et la souche probiotique. Les
études en qRT–PCR sont en cours.
Salamitou, S., et al. (2000) The plcR regulon is involved in the opportunistic properties of Bacillus
thuringiensis and Bacillus cereus in mice and insects. Microbiology 146 ( Pt 11), 2825-2832
Mots-clés : Bacillus cereus , Galleria mellonella, virulence, expression in vivo
120
P53 - Rôles du monoxyde d’azote (NO) dans les différentes étapes de la symbiose entre
Sinorhizobium meliloti et Medicago truncatula
Yvan Cam, Eliane Meilhoc, Alexandre Boscari, Renaud Brouquisse, Alain Puppo et Claude Bruand
[email protected]
UMR0441 Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes INRA-CNRS, Chemin de Borde Rouge,
BP52627, 31326 Castanet-Tolosan cedex
Du fait de l’importance agronomique des plantes légumineuses, la symbiose fixatrice d’azote rhizobiumlégumineuse est très largement étudiée et est devenue un modèle pour les études d’interactions entre les
plantes et les procaryotes. Néanmoins, le dialogue moléculaire entre la bactérie et la plante est encore
loin d’être compris. Dans ce contexte, il a été récemment démontré que du monoxyde d’azote (NO), une
molécule aux rôles multiples dans tous les règnes du vivant, s'accumule dans les nodules induits par la
bactérie Sinorhizobium meliloti sur les racines de la légumineuse Medicago truncatula (1).
Dans ce cadre, nous cherchons à déterminer un rôle éventuel du NO au cours des différentes étapes de
cette symbiose. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à la réponse bactérienne au NO.
Pour cela, nous avons réalisé une étude transcriptomique qui nous a permis d’identifier une centaine de
gènes bactériens induits par le NO en culture (1). Parmi ces gènes, nous nous sommes particulièrement
intéressés à hmp, qui code pour une flavohémoglobine dont nous avons montré la capacité à détoxifier le
monoxyde d’azote (2). Dans un second temps, nous avons construit des mutants bactériens nuls ou
surexpresseurs d’Hmp, pour les utiliser comme outils afin de moduler la quantité de NO présent dans les
nodules. L’observation des phénotypes symbiotiques des plantes infectées par ces mutants nous a
permis de mettre en évidence que le NO doit jouer un rôle important dès les premières étapes de la
symbiose.
(1) Baudouin E., Pieuchot L., Engler G., Pauly N., and Puppo A. (2006) Nitric Oxide Is Formed in
Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti Functional Nodules. Mol Plant Microbe Interact 19:970.
(2) Meilhoc E., Cam Y., Skapski A., and Bruand C. (2010) The Response to Nitric Oxide of the NitrogenFixing Symbiont Sinorhizobium meliloti. Mol Plant Microbe Interact, (sous presse).
Mots-clés : Monoxyde d'azote, symbiose, Sinorhizobium meliloti, Medicago truncatula
121
P54 - Capacités invasives de la souche d’Escherichia coli pathogène aviaire BEN2908
Nathalie Chanteloup1, Evelyne Esnault1, Bernadette Delaleu2, Gaëlle Porcheron1, Pierre Germon1,
Catherine Schouler1, Maryvonne Moulin-Schouleur1, Pascale Quéré1 et Philippe Gilot1
[email protected]
1
2
UMR0085 Physiologie de la Reproduction et des Comportements INRA-CNRS-Université de ToursHaras Nationaux, 37380 Nouzilly
Chez les oiseaux, les souches d’E. coli pathogènes extra intestinales (ExPEC) sont responsables de la
colibacillose aviaire, infection à point de départ respiratoire qui évolue en péricardite et périhépatite, et
peut aboutir à une septicémie, souvent mortelle. Les ExPEC aviaires, ou APEC, partagent de nombreux
facteurs de virulence avec les ExPEC humaines et appartiennent aux mêmes groupes phylogénétiques,
suggérant qu’elles pourraient représenter un risque zoonotique. Les ExPEC humaines ont longtemps été
considérées comme des pathogènes extracellulaires mais des travaux récents ont montré que les
souches isolées de pathologies urinaires et de méningites néonatales chez l’homme sont capables
d’envahir les cellules épithéliales, d’y survivre, voire de s’y multiplier. Les APEC pourraient donc
présenter les mêmes capacités.
Dans ce travail, nous avons étudié in vitro les capacités d’invasion et de survie intracellulaire de la souche
APEC BEN2908 vis-à-vis des cellules de lignées épithéliales représentatives des phases précoces
(A549, pneumocytes de type II humains) et tardives (LMH, hépatocytes aviaires) de la colibacillose
aviaire. La souche BEN2908 envahit plus efficacement les cellules LMH que les cellules A549 et elle est
capable de survivre à l’intérieur des cellules, de façon plus ou moins prolongée (jusqu’à 8 jours) en
fonction du type cellulaire. Ces capacités d’invasion ont été confirmées en microscopie électronique. Très
récemment, une lignée de pneumocytes aviaires a été développée au laboratoire. Les capacités
invasives de la souche BEN2908 ont également été testées sur cette lignée relevante de la pathologie.
Mots clés : Escherichia coli pathogènes ; aviaire ; microbiologie cellulaire ; cellules épithéliales
122
P55 - Rôle des Long Polar Fimbriae dans l’interaction des Escherichia coli adhérents et invasifs
associés à la maladie de Crohn avec les plaques de Peyer
Benoit Chassaing1,2, Nathalie Rolhion1,2, Amélie De-Vallee1, Sa’ad Y. Salim3, Maelle Prorok-Hamon4,
Christel Neut5, Barry J. Campbell3, Johan D. Söderholm4, Jean-Pierre Hugot6, Jean-Frédéric Colombel5 et
Arlette Darfeuille-Michaud1,2
[email protected]
1
2
Institut Universitaire de Technologie en Génie Biologique 63172 Aubière
3
Clinical and Experimental Medicine, Linköping University, Linköping, Sweden
4
School of Clinical Sciences, University of Liverpool, Crown Street, Liverpool, L69 3GE, UK
5
INSERM U 795, Université Lille II, Hôpital Claude Huriez, 59000 Lille
6
INSERM U 843, Université Paris Diderot
Les lésions iléales des patients atteints de maladie de Crohn (MC) sont anormalement colonisées par des
Escherichia coli adhérents et invasifs (AIEC), et les observations cliniques indiquent que les lésions
précoces de la MC apparaissent au niveau des plaques de Peyer (PP). Le but de cette étude a été
d’étudier la capacité des souches AIEC à interagir avec les PP.
L’analyse du génome de la souche AIEC de référence LF82 indique la présence d’un opéron lpf codant
les long polar fimbriae, décrits comme permettant l’adhésion de Salmonella typhimurium aux PP murines.
Une étude de prévalence a permis de montrer que l’opéron lpf est plus fortement présent chez les
souches isolées de patients atteints de MC (21.8%) que chez les contrôles (3.5%). La délétion du gène
lpfA induit une diminution de la capacité des bactéries à interagir avec les PP murines et humaines.
L’utilisation d’un modèle in vitro de cellules M a permis de montrer que les LPF sont nécessaires pour la
translocation des bactéries AIEC au travers des cellules M. De plus, la colocalisation entre bactéries
AIEC et cellules M des PP murines ex vivo est dépendante des LPF. Enfin, la délétion du gène Nod2
induisant une augmentation du nombre de cellules M à la surface des PP murines, nous avons observé
une augmentation significative du nombre de bactéries LF82 associées aux PP de souris Nod2-/comparativement aux PP de souris sauvages. L’ensemble de ces résultats démontre le rôle des LPF
dans le ciblage des PP par les bactéries AIEC.
Mots-clés : Maladie de Crohn, Escherichia coli adhérent et invasif, Long Polar Fimbriae, plaque de Peyer
123
P56 - Modulation de la réponse de l’hôte par administration de bactéries lactiques recombinantes
invasives
Jean-Marc Chatel1, Silvia Innocentin1, Daniela Pontes1, Sébastien Blugeon1, Vasco Azevedo2, François
Lefèvre3, Jean-Michel Wal4 et Philippe Langella1
[email protected]
1
UFMG, Belo Horizonte, Brésil
3
UR0892 Virologie et Immunologie Moléculaires INRA, Domaine de Vilvert 78352 Jouy en Josas cedex;
4
UIAA, INRA, Saclay
2
Récemment, nous avons montré qu’une souche de la bactérie lactique (BL) modèle Lactococcus lactis
véhiculant un plasmide d’expression eucaryote codant pour la β-LactoGlobuline bovine (BLG, un
allergène majeur du lait de vache), peut délivrer ce plasmide in vivo dans les cellules eucaryotes de la
membrane épithéliale de l’intestin grêle de souris. Cela se traduit par la production de la protéine BLG par
les cellules eucaryotes et par une réponse immunitaire de type TH1 spécifique de l’hôte (1).
Pour améliorer l’efficacité du transfert d’ADN, nous avons utilisé des souches de L. lactis rendues
invasives par expression d’un gène d’une invasine bactérienne : la Fibronectin Binding Protein A de
Staphylococcus aureus (gène fnBPA). Nous avons d’abord montré que la souche produisant la FnBPA
(LL-FnBPA+) présente des taux d’internalisation plus de 100 fois supérieurs au témoin (2).
Nous avons ensuite utilisé la souche invasive LL-FnBPA+ comme vecteur pour délivrer un vaccin à ADN
in vivo dans un modèle murin d’allergie à la BLG.
Nos résultats indiquent que l’administration orale de souches invasives induit une production de BLG
chez un plus grand nombre de souris, d’un niveau équivalent à celui obtenu après administration de
souches non invasives. De plus, la vaccination ADN par administration intranasale ou orale de la souche
invasive induit une réponse immunitaire spécifique contre la BLG de type TH2 alors que la souche noninvasive induit une réponse immunitaire classique pour une vaccination ADN de type TH1.
1. Chatel, J. M., L. Pothelune, S. Ah-Leung, G. Corthier, J. M. Wal, and P. Langella. 2008. In vivo transfer
of plasmid from food-grade transiting lactococci to murine epithelial cells. Gene Ther 15:1184-90.
2. Innocentin, S., V. Guimaraes, A. Miyoshi, V. Azevedo, P. Langella, J. M. Chatel, and F. Lefevre. 2009.
Lactococcus lactis expressing either Staphylococcus aureus fibronectin-binding protein A or Listeria
monocytogenes internalin A can efficiently internalize and deliver DNA in human epithelial cells. Appl
Environ Microbiol 75:4870-8.
Mots-clés : bactéries lactiques, invasivité, immuno-modulation
124
P57 - CaCo2 - Dendritic-like cells co-culture system as an in vitro model to study gut microbial
interaction
Naima G. Cortes-Perez, Joël Dore and Herve Blottière
[email protected]
Recently, some experimental models using intestinal epithelial cells (IEC) and dendritic cells (DC) in a coculture system have been developed as a tool in order to better understand microbial-cell cross-talk.
However, the recovery of high levels of DC requires, sometimes, the manipulation of higher volumes of
blood and laborious protocols of purification. In the present work we propose the use of dendritic-like cell
line model: Mutz-3, as a simple and inexpensive alternative of classical DC.
Mots-clés : co-culture, Mutz-3 cells, dendritic cells
125
P58 - Binding of Toxoplasma gondii glycosylphosphatidylinositols to galectin-3 is required for
their recognition by macrophages
Françoise Debierre-Grockiego1, Sebastian Niehus2, Bernadette Coddeville3, Elisabeth Elass3, Françoise
Poirier4, Ralf Weingart5, Richard R. Schmidt5, Joël Mazurier3, Yann Guérardel3 et Ralph T. Schwarz2,3
[email protected]
1
UMR 0483 Immunologie parasitaire, vaccinologie et biothérapies anti-infectieuses, INRA-Université de
Tours UFR Sciences Pharmaceutiques, 31 avenue Monge, 37200 Tours
2
Institut für Virologie, AG Parasitologie, Philipps University, Marburg, Germany
3
UMR 8576 CNRS-Univ de Lille 59000 Lille, the USTL UGSF and the CNRS, 59650 Villeneuve d’Ascq
4
Laboratoire de Génétique et Développement des Mammifères, Institut Jacques Monod, Paris
5
Fachbereich Chemie, University of Konstanz, Germany
We showed that the production of tumor necrosis factor alpha by macrophages in response to
Toxoplasma gondii glycosylphosphatidylinositols (GPIs) requires the expression of both Toll-Like
Receptors TLR2 and TLR4, but not of their co-receptor CD14. Galectin-3 is a beta-galactoside-binding
protein with immune-regulatory effects, which associates with TLR2. We demonstrate here by using the
surface plasmon resonance method that the GPIs of T. gondii bind to human galectin-3 with a strong
affinity and in a dose-dependent manner. Both glycan and lipid moieties of the GPIs are involved in the
interaction with galectin-3. In fact, GPIs of T. gondii also bind to galectin-1 but with a lower affinity and
only through the lipid moiety. At the cell level, the production of tumor necrosis factor alpha induced by T.
gondii GPIs in macrophages depends on the expression of galectin-3 but not of galectin-1. This study is
the first identification of a galectin-3 ligand of T. gondii origin and galectin-3 might be a co-receptor
presenting the GPIs to the TLRs on macrophages. In addition, the T. gondii GPIs induce the gene
expression as well as the secretion of the matrix metalloproteinase MMP-9 in human macrophages
through a TNF-α dependent pathway. The cleavage of galectin-3 by MMP-9 at the surface of
macrophages might decrease the recognition of T. gondii GPIs by the TLR2/4.
Mots-clés : Galectins, Glycosylphosphatidylinositols, Inflammation, Macrophages, Toxoplasma gondii
126
P59 - L’expression du récepteur CEACAM6 humain chez des souris transgéniques augmente la
perméabilité intestinale et favorise la translocation des bactéries AIEC
Jeremy Denizot1-2, F. Barreau3, C. Stanners4, A. Darfeuille-Michaud1-2 et N. Barnich1-2
[email protected]
1
2
Institut Universitaire de Technologie en Génie Biologique, 63172 Aubière
3
U843 INSERM, Paris
4
McGill University, Montreal, QC, CANADA
Une expression anormale de CEACAM6 et une colonisation de la muqueuse iléale par des Escherichia
coli Adhérents et Invasifs (AIEC) ont été observées chez les patients atteints de maladie de Crohn (MC).
La souche AIEC de référence LF82 est capable de coloniser la muqueuse intestinale de souris exprimant
le récepteur humain CEACAM6 entraînant une forte inflammation. De nombreuses études ont mis en
évidence des perturbations de la fonction barrière intestinale dans la MC. La perméabilité intestinale chez
les souris sauvages et transgéniques CEABAC10 exprimant le récepteur CEACAM6 humain, avant et
après infection par la souche AIEC LF82, ainsi que la translocation bactérienne de la souche AIEC LF82
à travers la muqueuse colique ont été analysées. Une augmentation de 1,8 fois de la perméabilité
intestinale basale a été observée in vivo chez les souris transgéniques CEABAC10 comparativement aux
souris sauvages. L’étude de la translocation bactérienne ex vivo en système de chambres de Ussing a
révélé que la souche AIEC LF82, contrairement à une souche de E. coli K-12 MG1655, est capable de
transloquer uniquement à travers un épithélium colique de souris CEABAC10. De manière intéressante,
l’infection de souris par la souche AIEC LF82, contrairement à celle par la souche MG1655, entraîne une
augmentation significative d’un facteur 3,0 de la perméabilité intestinale chez les souris CEABAC10. Ces
données suggèrent qu’une expression anormale de CEACAM6 au niveau iléal chez les patients MC
pourrait favoriser la translocation des AIEC et entrainer une altération de la fonction barrière de l’intestin
en augmentant la perméabilité intestinale.
Mots clés : CEACAM6, Perméabilité intestinale, Maladie de Crohn, E. coli adhérents et invasifs (AIEC)
127
P60 - Bile salts as a source of strain diversification in the mouse gut
Marianne De Paepe1, François Taddei2 et Nadine Cerf-Bensussan3
[email protected]
1
INSERM U1001
3
INSERM U793
2
Ecological diversification events are often observed, but the underlying causes are often difficult to
disentangle and remain unclear. Diversity is particularly evident in the gut of mammals, where more than
10, 000 bacterial strains stably coexist. We study the diversification of the Escherichia coli MG1655
commensal strain in a natural environment, the gut of axenic mice. We show that three different types of
mutant, possessing mutations in genes malT, envZ or flhD respectively, arose rapidly and systematically
in every mouse. Thanks to in vitro controlled experiments, we determined that the presence of bile salts
and limited nutritional availability are the selective forces driving the appearance of envZ and flhD
mutants. Moreover, we managed to maintain in vitro the two mutants at equilibrium, suggesting that a
trade-off between stress resistance and nutritional competence can be a mechanism of diversification.
These results show that experimental evolution in natural environment enables to identify the selective
pressure that bacteria face in their natural environment and to reveal natural causes of diversity.
Mots-clés : Escherichia coli, axenic mice, diversification
128
P61 - Variations de séquence de l’adhésine FimH et leurs rôles dans l’interaction entre souches de
Escherichia coli et cellules épithéliales intestinales
Nicolas Dreux1, Arlette Darfeuille-Michaud1-2 et Nicolas Barnich1-2
[email protected]
1
2
Institut Universitaire de Technologie en Génie Biologique, Aubière F-63172
La muqueuse iléale des patients atteints de maladie de Crohn (MC) est colonisée par des souches de
Escherichia coli adhérents et invasifs (AIEC). Leur capacité d’adhésion aux cellules intestinales implique
une reconnaissance entre les pili de type 1 et le récepteur CEACAM6 surexprimé au niveau iléal chez les
patients MC. L’adhésine FimH de la souche AIEC LF82 présente plusieurs substitutions d’acides aminés
(A27V, N70S, S78N, T158P) par rapport à celles de souches non-pathogènes K-12. Ce polymorphisme
permettrait une meilleure reconnaissance du récepteur CEACAM6, favorisant la capacité de la souche
AIEC LF82 à coloniser la muqueuse iléale de patients. Les différents polymorphismes dans le gène fimH
ont été analysés chez 47 souches AIEC et 30 souches non-AIEC isolées de patients MC et 23 souches
non-AIEC isolées de contrôles. Les mutations fréquemment retrouvées sont A27V (56%) et T158P (38%)
et 8 souches AIEC isolées de patients sur 47 (17%) expriment une adhésine FimH variante identique à
celle de la souche AIEC LF82. De manière intéressante, la capacité d’adhésion aux cellules épithéliales
intestinale T84 exprimant le récepteur CEACAM6 des souches AIEC hébergeant les 4 substitutions
d’acides aminés est significativement augmentée par rapport à des souches AIEC ou non-AIEC
n’hébergeant pas ou hébergeant 1, 2 ou 3 substitutions. L’ensemble des données suggère l’existence de
mutations adaptatives dans le génome des souches AIEC leur conférant un avantage pour coloniser la
muqueuse iléale chez les patients MC exprimant anormalement le récepteur CEACAM6.
Mots-clés : FimH, Maladie de Crohn, E. coli adhérents et invasifs (AIEC)
129
P62 - Diversité génomique des espèces bactériennes du genre Flavobacterium
Eric Duchaud1, Jean-François Bernardet1, Brigitte Kerouault1, Christian Michel1, Céline Chantry1,
Stanislas Mondot1, Fabienne Ripoll1, Eduardo Rocha2, Marie Touchon2, Guillaume Achaz2,
Pierre Nicolas3 et Valentin Loux3
[email protected]
1
UR0892 Virologie et Immunologie Moléculaires INRA, Domaine de Vilvert, 78352 Jouy en Josas cedex
Atelier de Bioinformatique, Université Pierre et Marie Curie, 4 Place Jussieu 75005 Paris.
3
2
Contexte : Parmi les nombreuses espèces bactériennes présentant un pouvoir pathogène pour les
poissons, celles du genre Flavobacterium (bactéries à Gram négatif appartenant au phylum
Bacteroidetes) occupent actuellement une place prépondérante (ref_1). Elles sont responsables de très
nombreuses infections aussi bien dans les milieux naturels qu'en élevage, chez des espèces de poissons
d'eau douce très variées mais souvent de haute valeur commerciale, et ce, dans le monde entier. Si les
infections à Flavobacterium columnare sont très largement répandues dans les eaux tempérées à
chaudes et entraînent principalement de sévères lésions externes chez de nombreuses espèces
piscicoles (c'est un des principaux pathogènes bactériens du poisson-chat américain), F. branchiophilum
a une répartition géographique plus limitée mais une virulence très élevée pour les salmonidés dont il
détruit les branchies. Mais c'est de loin F. psychrophilum dont les conséquences économiques dans notre
pays et dans le reste du monde sont les plus considérables.
Objectifs : Les mécanismes de pathogénicité des bactéries du genre Flavobacterium étant très mal
connus, le séquençage de génomes complets vise à se doter des bases nécessaires pour élucider les
mécanismes moléculaires de virulence et identifier les principaux composants immunogènes qui
pourraient constituer des candidats potentiels à la préparation de vaccins. Ce travail doit également
permettre le développement d’outils de diagnostic et l’identification de marqueurs moléculaires à des fins
épidémiologiques.
Résultats : Nous avons tout d’abord séquencé la souche JIP 02/86 de F. psychrophilum, après en avoir
vérifié expérimentalement la virulence pour la truite. Le séquençage a été effectué grâce au soutien
financier total de l'INRA. Ce travail a permis d’identifier, parmi les 2432 gènes codant pour des protéines,
des gènes candidats très vraisemblablement impliqués dans le pouvoir pathogène (ref_2). Nous avons
d’autre part entrepris des études de génomique comparative entre différents isolats de F.
psychrophilum et développé une méthode de typage moléculaire à haute résolution : le MultiLocus
Sequence Typing (MLST), qui nous a permis de caractériser la structure de la population de F.
psychrophilum à travers l'étude d’une importante collection d’isolats (ref_3). Dans le cadre d'un appel
d'offre du Génoscope, nous avons obtenu le séquençage du génome de F. branchiophilum; la séquence
complète est achevée et son analyse est en cours.
1 : Bernardet J.-F. et Bowman J. P. 2006. The Genus Flavobacterium. In Dworkin, Falkow, Rosenberg,
Schleifer and Stackebrandt (Editors), The Prokaryotes, a Handbook on the biology of bacteria, 3rd Ed.,
Vol. 7, Springer-Verlag, New York, pp. 481-531.
2 : Duchaud E. et al, Nat. Biotechnol., 2007, 25(7): 763-9
3 : Nicolas P et al., A.E.M., 2008, 74 (12): 3702-3709
Mots-clés : bactéries pathogènes des poissons
130
P63 - Évolution expérimentale de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum : bases
moléculaires de l’adaptation à ses plantes hôtes
Alice Guidot1, Patrick Barberis1, Christophe Andalo2, Jean-Baptiste Ferdy2, Sébastien Carrere1,
Brigitte Crouau-Roy2, Emilie Lecompte2, Christian Boucher1, Jérôme Gouzy1, Christophe Thebaud2
et Stéphane Genin1
[email protected]
1
UMR0441 Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes INRA-CNRS, Chemin de Borde
Rouge, BP52627, 31326 Castanet-Tolosan cedex
2
Laboratoire Evolution & Diversité Biologique (EDB) - Bâtiment 4R3 Université Paul Sabatier - 118, route
de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4 .
L’identification des mécanismes d’adaptation des organismes pathogènes à leur hôte est l’un des
objectifs principaux en pathologie. Dans notre étude nous nous sommes intéressés à l’évolution
adaptative de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum sur diverses plantes hôtes. Pour cela,
un clone de la souche GMI1000 a été maintenu sur huit espèces de plantes variant dans leur sensibilité à
R. solanacearum par des expériences de passages en série pendant plus de 300 générations
bactériennes. Des populations de clones dérivés de la souche GMI1000 ont ainsi été obtenues. La
caractérisation phénotypique des clones dérivés est en cours mais les premiers résultats montrent que
les clones dérivés ont en général une meilleure fitness dans les tissus de la plante dans laquelle ils ont
été maintenus, comparés au clone ancestral. En particulier, les clones sélectionnés sur l’aubergine
résistante se développent mieux et sont plus agressifs que le clone ancestral sur cette variété
d’aubergine. Le génome complet du clone ancestral et de dix clones dérivés ont été séquencés ou sont
en cours de séquençage. L’analyse de ces séquences devrait permettre d’identifier l’ensemble des
remaniements génomiques produits lors de la sélection sur plante. La caractérisation fonctionnelle des
mutations sera entreprise et nous déterminerons leur fréquence dans les populations. La connaissance
des gènes acquérant et fixant des mutations adaptatives au cours du processus infectieux, ainsi que leur
étude fonctionnelle, sera une avancée majeure dans notre compréhension de la pathogénie et de
l’adaptabilité de R. solanacearum, ainsi que des processus évolutifs chez les bactéries.
Mots-clés : Évolution expérimentale, adaptation à l'hôte, bactérie phytopathogène, Ralstonia
solanacearum
131
P64 - Implication de la polynucéotide phosphorylase de Campylobacter jejuni dans la synthèse
des protéines LuxS, KatA et PEB3 : impact sur les propriétés de virulence de la bactérie ?
Nabila Haddad1, Odile Tresse1, Katell Rivoal2, Christopher M. Burns3, Hervé Prévost1, Michel Federighi1
et Jean-Michel Cappelier1
[email protected]
1
UMR1014 SECALIM INRA-ONIRIS route de Gachet BP40706 et rue de la Géraudière BP 82225, 44322
Nantes cedex 3
2
Unité Hygiène et Qualité des Produits Aviaires et Porcins, AFSSA, Ploufragan
3
College of Biomedical Science, Florida Atlantic University, Boca Raton, Florida, USA
Campylobacter jejuni est l’agent responsable de la majorité des cas d’entérites bactériennes de part le
monde. C. jejuni est capable de survivre aux multiples stress rencontrés dans la chaîne de transformation
des aliments. Son adaptation fait intervenir des régulateurs impliqués dans divers processus cellulaire.
Néanmoins, aucune régulation post-transcriptionnelle réalisée par les ribonucléases, telle que la
polynucléotide phosphorylase (PNPase,) n’a été caractérisée jusqu’à présent chez C. jejuni.
L’objectif de ce travail a été de déterminer l’effet de l’inactivation du gène pnp sur le protéome de C. jejuni
en phase exponentielle de croissance par électrophorèse bidimensionnelle (2-DE). Dans un second
temps, les capacités de la souche parentale et de son mutant isogénique à adhérer et à envahir un tapis
cellulaire d’origine intestinale, ainsi qu’à coloniser le caecum aviaire ont été comparées.
Les résultats obtenus en 2-DE indiquent que dans l’ensemble peu de protéines ont une expression
affectée chez le mutant par rapport à sa souche parentale. Néanmoins, des protéines spécifiques voient
leur expression varier significativement et notamment LuxS, PEB3 ou la catalase KatA qui sont connues
pour être impliquées dans le mécanisme pathogénique de C. jejuni. Par ailleurs, l’absence de PNPase
entraîne une diminution significative du taux d’adhésion et d’invasion aux cellules épithéliales ainsi, que
du niveau de colonisation du caecum aviaire par C. jejuni. Des études complémentaires de
transcriptomique sont envisagées afin de déterminer si l’intervention de la PNPase sur les propriétés de
virulence de C. jejuni est la conséquence d’une régulation post-transcriptionnel de la synthèse de LuxS,
PEB3 et KatA.
Mots-clés : Campylobacter jejuni, polynucleotide phosphorylase, virulence, LuxS, KatA, PEB3
132
P65 - Utilisation d’une approche in vivo pour l’identification de gènes impliqués dans le pouvoir
pathogène d’Enterococcus faecalis
Aurelie Hanin, Irina Sava, YinYin Bao, Johannes Huebner, Axel Hartke, Yanick Auffray et Nicolas
Sauvageot
[email protected]
USC2017 Laboratoire de Microbiologie de l’Environnement INRA-Université de Caen, Esplanade de la
Paix 14032 Caen cedex
Enterococcus faecalis fait partie de la flore commensale de l’Homme, son habitat principal étant le tractus
gastro-intestinal. Pourtant inoffensif chez les individus en bonne santé, ce microorganisme est devenu, au
cours des dernières décennies, l’une des causes majeures d’infections nosocomiales. Dans le but de
mieux comprendre la transition entre commensal et pathogène, nous avons développé une stratégie de
R-IVET (Recombination-based In Vivo Expression Technology) chez E. faecalis. Deux systèmes de
criblage possédant chacun un niveau de sensibilité différent ont été construits chez la souche V583 puis
testés chez un insecte modèle Galleria mellonella, en présence d’urine et enfin dans deux modèles
murins de bactériémie et de septicémie. L’ensemble des résultats obtenus nous ont permis d’identifier 81
gènes dont l’expression est induite in vivo. Parmi ceux-ci, l’opéron ef_3196/7 était fortement activé dans
le modèle insecte. La délétion de cette structure opéronique a permis de démontrer que ce système à
deux composants était essentiel au pouvoir pathogène d’E. faecalis. De la même façon, le gène ef_0377,
induit à la fois dans les modèles murins et insecte, a été étudié plus en détail et cela a permis de monter
que ce gène codant pour une protéine ankyrine était également impliqué dans la virulence d’E. faecalis.
Ainsi, ces criblages R-IVET ont mené à l’identification de nouveaux facteurs impliqués dans la survie in
vivo et le pouvoir pathogène d’E. faecalis.
Mots-clés : R-IVET, Enterococcus, Virulence, Expression génique in vivo
133
P66 - L’internalisation de Spiroplasma citri dans les cellules de la cicadelle Circulifer haematoceps
implique une interaction entre la phosphoglycerate kinase du spiroplasme et l’actine de l’insecte
Fabien Labroussaa, Marie-Pierre Dubrana, Nathalie Arricau-Bouvery et Colette Saillard
[email protected]
UMR 1090, INRA et Université de Bordeaux 2 Centre INRA de Bordeaux, 71 avenue Edouard Bourlaux
BP81, 33883 Villenave d'Ornon .
Spiroplasma citri, mollicute phytopathogène, est transmis de plante à plante par des insectes hémiptères
piqueurs-suceurs, des cicadelles du genre Circulifer selon un mode persistant circulant-multipliant. Les
spiroplasmes ingérés au cours d’un repas phloémien sur une plante infectée, transitent par l’appareil
digestif de l’insecte. Ils pénètrent par endocytose dans les cellules de l'épithélium de l'intestin moyen.
Après fusion des vésicules avec le plasmalemme basal, ils sont libérés et franchissent alors la lame
basale pour se retrouver dans l'hémolymphe où ils se multiplient. L’invasion des glandes salivaires repose
sur la capacité du spiroplasme à franchir les cellules glandulaires de celles-ci. Après multiplication, ils
sont expulsés dans le canal salivaire par exocytose. Dans l'insecte, S. citri doit donc franchir deux
barrières, la barrière intestinale et la barrière des glandes salivaires. Ces processus nécessitent
obligatoirement une étape d'adhésion du spiroplasme sur la membrane des cellules de l’insecte.
Parmi les protéines d’insecte impliquées dans une interaction in vitro avec les protéines de S. citri, l’actine
a été identifiée. L'observation en microscopie confocale de glandes salivaires et de cellules en culture de
l’insecte vecteur C. haematoceps infectées par S.citri montre une co-localisation des spiroplasmes avec
les filaments d’actine confortant ainsi les résultats obtenus dans l’étude in vitro des interactions protéinesprotéines. Le partenaire de l’actine chez S.citri s’est avéré être la phosphoglycérate kinase (PGK). Un
traitement des cellules en culture avec la PGK du spiroplasme étiquetée 6xHis, avant leur infection par S.
citri, n’a aucun effet sur l’adhésion de celui-ci aux cellules mais inhibe de manière dose dépendante son
internalisation.
Labroussaa F, Arricau-Bouvery N, Dubrana MP, and Saillard C. (2010). Entry of Spiroplasma citri into
Circulifer haematoceps cells involves interaction between spiroplasma phosphoglycerate kinase and
leafhopper actin. Appl. Envir. Microbiol., 76 (6), in press.
Duret S, Batailler B, Danet JL, Béven L, Renaudin J, Arricau-Bouvery N. (2010). Infection of the
Circulifer haematoceps cell line Ciha-1 by Spiroplasma citri: the non insect-transmissible strain 44 is
impaired in invasion. Microbiology, 156, in press
Mots-clés: Spiroplasma citri, transmission, Circulifer haematoceps, actine, Phosphoglycerate kinase
134
P67 - Expression et rôle de PlcRa, un nouveau régulateur transcriptionnel PlcR-‘like’ de Bacillus
cereus
Eugénie Huillet1, Marcel Tempelaars3, Wanapaisan Panbangred1, Gwenaelle André-Leroux2, Samira
Makhzami4, Tjakko Abee3 et Didier Lereclus1
[email protected]
1
UMR1319 Micalis Génétique Microbienne et Environnement INRA-AgroParisTech, La Minière 78285
Guyancourt
2
Biochimie structurale, CNRS (URA 2185), Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75015 Paris
3
Laboratory of Food microbiology, Wageningen University, Bomenweg 26703 HD Wageningen The
Netherlands
4
PICT INRA, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
L’équipe GME conduit des recherches sur la virulence bactérienne, de la régulation de l’expression des
gènes jusqu’au rôle des facteurs de virulence pour les bactéries du groupe Bacillus cereus. plcR, le gène
du régulateur majeur de virulence de B. cereus et de B. thurigiensis, possède 3 homologues de séquence
plcRa (BC0988), plcRb (BC01158) et plcRc (BC02443) dans la souche de référence BcATCC 14579. La
structure de la protéine PlcR est unique : elle comprend un domaine TPR (interaction protéine/protéine ou
peptide/proteine) et un domaine HTH (interaction protéine/ADN). PlcR est actif après interaction avec le
peptide PapR : c’est le système modèle de quorum-sensing du groupe B.cereus. L’originalité de la
structure et du mécanisme d’activation nous ont conduits à étudier ces séquences PlcR-like. L’étude du
gène plcRa a été entreprise. Dans les milieux classiques de croissance (LB, BHI), l’expression du gène
plcRa est induite, comme plcR, en début de phase stationnaire. A l’inverse de l’expression du gène plcR,
le gène plcRa est exprimé dans un milieu favorisant la sporulation.
Le mutant plcRa est un mutant précoce de sporulation : son efficacité de sporulation est fortement
diminuée (3 log). L’analyse du transcriptome du mutant plcRa par comparaison avec la souche sauvage,
dans le milieu LB, en début de phase stationnaire, indique que l’expression de 21 gènes est affectée. Ces
gènes nouveaux se situent dans les catégories suivantes : un régulateur proche du régulateur AbrB de
Bacillus subtilis, un système de transport de petit peptides, des enzymes impliqués dans le métabolisme
azoté et des protéines impliquées dans le contrôle de la lyse cellulaire.
Mots-clés : Bacillus cereus, régulation génétique, analyse transcriptionnelle, PlcR-like
135
P68 - Les protéines à ancre GPI de Candida albicans, biosynthèse de la paroi et interaction avec
l’hôte
Amandine Cornu, Daniela Ifrim, Céline Monniot, Grégory Da Costa, Anita Boisramé
et Mathias Lavie Richard
[email protected]
UMR1319 Micalis équipe Virulence et Infection Fongique INRA-AgroParisTech, 78850 Thiverval Grignon
Candida albicans est un hôte naturel du tube digestif et du vagin humain. Les candidoses vaginales
affectent 75 % des femmes au moins une fois dans leur existence et les candidoses oro-pharyngées
90 % des patients infectés par le VIH. Cette colonisation est également à l'origine d'infections profondes
survenant à l'hôpital chez des patients affaiblis (pathologie primaire ou actes médicaux). De grandes
études épidémiologiques réalisées dans les années 1990 révèlent que les levures du genre Candida
occupaient le quatrième rang des agents infectieux en milieu hospitalier pour la fréquence, et le premier
pour la mortalité. La paroi des levures est une structure stratifiée complexe, composé de polysaccharides
compacts et fibrillaires, les glucanes et la chitine, qui sont responsables de la résistance de la paroi aux
actions mécaniques et aux agents chimiques. Des mannoprotéines insérées dans les mailles de ce
réseau contribuent elles aussi à la résistance tout en participant aux relations avec l'environnement. Elles
sont liées soit aux b-1,3 soit aux b-1,6 glucanes dans ce dernier cas via la partie rémanente de l'ancre
glycosylphosphatidylinositol (GPI). Ces protéines sont prédites en grand nombre chez ce pathogène de
l'homme à près de 115 et portent à la surface des fonction très diverses. Cet ensemble n'a jamais été
étudié dans sa globalité, c'est donc l'étude de la fonction de ces protéines qui a été initié dans l'équipe.
Les résultats accumulés aujourd'hui reflètent l'implication de ces protéines dans diverses fonctions
spécifiques chez C. albicans dont la biosynthèse de la paroi et l'interaction cellule-cellule et cellule-hôte.
Mots-clés : Candida albicans, GPI, paroi, virulence, interaction cellulaire
136
P69- Identification des protéines exprimées à la surface des cellules de Streptococcus salivarius
Séverine Layec, Eric Guédon, Christine Delorme, Alain Guillot, Dusko Ehrlich et Pierre Renault
[email protected]
UMR1319 Micalis « Pôle Ecosystème » INRA-AgroParisTech, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas
cedex
L’étude du dialogue moléculaire entre les bactéries et l’hôte présente un intérêt majeur, notamment chez
les bactéries commensales qui influent sur la santé humaine et le bien-être. Streptococcus salivarius,
premier colonisateur de la cavité buccale chez l’homme et présent comme sous dominante du microbiote
intestinal est un modèle d’étude des bactéries commensales humaines. Cette espèce présente une
surface avec des structures complexes de nature polysaccharidique et protéique. Les protéines de
surface, potentiellement en interaction avec l’hôte ont été recherchées chez S. salivarius suivant deux
approches : l’une basée sur l’analyse in silico du génome et l’autre expérimentale, par la méthode du
shaving. Cette technique consiste à libérer les protéines de surface par « rasage » à la surface des
cellules bactériennes par action de trypsine et d’analyser l’hydrolysat par nano-HPLC et spectrométrie de
masse. Tandis que l’analyse in silico a révélé 303 gènes putatifs codant des protéines excrétées et/ou de
surface dont 27 à motif LPxTG, le shaving a détecté 14 protéines exprimées à la surface dont 2 à motif
LPxTG. Les protéines exprimées possèdent des domaines protéiques putatifs d’interaction avec l’hôte.
Afin de caractériser l’impact de ces protéines dans l’adaptation de S. salivarius à son environnement, une
mutagenèse ciblée sur les gènes codant les protéines exprimées a été réalisée. Le potentiel de ces
mutants à adhérer sur différentes lignées cellulaires épithéliales intestinales humaines et à coloniser le
tractus digestif sera testé.
Mots-clés : bactérie commensale, protéine de surface, dialogue bactéries/hôte
137
P70- Approche séroprotéomique de souches de Staphylococcus aureus isolées de mammites
subcliniques et gangreneuses chez la brebis : détermination du séroprotéome central et
accessoire
C. Le Maréchal1, 2, G. Jan1, J. Jardin1, S. Even1, N. Berkova1, J.M. Guibert2, C Pulido2, E. Dubois2,
R. Thiéry2, E. Vautor2 et Yves Le Loir1
[email protected]
1
UMR1253 Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf INRA-Agrocampus Ouest, 65 rue de Saint Brieuc
35042 Rennes
2
Unité de pathologie des ruminants, AFSSA Sophia Antipolis
Contexte : La bactérie pathogène Staphylococcus aureus est une cause majeure de mammite infectieuse
chez les ruminants et provoque d’importantes pertes économiques en production laitière. Les symptômes
observés dans les mammites à S. aureus chez la brebis sont très variables d’un cas à l’autre. Leur degré
de sévérité s’échelonne de la mammite subclinique (asymptomatique) à la mammite gangréneuse
(létale). Les facteurs de virulence staphylococciques et/ou les facteurs d’hôte déterminant ce degré de
sévérité sont encore très mal connus. Par ailleurs, les stratégies de prévention actuellement en place sont
peu efficaces et une meilleure compréhension des interactions hôte-pathogène serait d’un grand bénéfice
pour les améliorer.
Objectifs : Identifier et comparer les protéines immunoréactives produites in vivo par deux souches de S.
aureus isolées de cas de mammites gangréneuse et subclinique. Déterminer les protéines qui sont
communes ou qui distinguent ces souches de façon à définir le séroprotéome central et accessoire.
Méthodes: Nous avons utilisé l’approche “SERological Proteome Analysis » (SERPA) dans ce contexte.
Un groupe de 6 brebis primipares a été infecté expérimentalement par la souche de S. aureus isolée de
mammite subclinique (O46) et un second groupe de 6 brebis primipares par la souche isolée de mammite
gangréneuse (O11). Les sérums ont été recueillis pendant l’expérience pour obtenir les anticorps produits
en réponse à l’infection causée par O11 ou O46. En parallèle, des conditions de culture in vitro qui
miment le contexte de la mammite ont été déterminées et utilisées pour cultiver ces deux souches en vue
de préparer des échantillons protéiques (protéines totales, pariétales et exoprotéines). Après migration
bidimensionnelle et transfert sur membrane, les protéines staphylococciques immunogéniques ont été
révélées à l’aide des sérums collectés. Elles ont ensuite été identifiées par spectrométrie de masse
(MALDI-TOF-MS ou LC-MS/MS).
Résultats : O11 induit plus de mammites gangréneuses que O46 (p=0,08). Deux pools de sérums ont
donc été constitués : un pool résultant des brebis infectées par O11 et un pool O46. Environ 75 protéines
immunoréactives ont été identifiées et la majorité était des exoprotéines (57 %) ou des protéines
pariétales (37 %). Beaucoup d’entre elles (64 %) ont précédemment été identifiées comme
immunoréactives dans d’autres types d’infection. Ces protéines sont impliquées dans la virulence et la
réponse au stress (33 %), dans la machinerie cellulaire (48 %) ou sont de fonction inconnue (19 %). Des
protéines reconnues par un seul pool de sérums ou présentant un signal plus intense pour un pool donné
ont aussi été identifiées (par exemple, la staphopaïne B, l’auréolysine, la glutamyl endopeptidase,
identifiées par le pool O11 ; antigène immunodominant A et un analogue à la toxine exfoliative D,
identifiées par le pool O46).
Conclusions: Le séroprotéome central et accessoire a été déterminé pour S. aureus en contexte de
mammite ovine. L’identification de ces protéines est une étape importante vers une meilleure
compréhension des interactions hôte-pathogène et, à terme, vers le développement de stratégies
prophylactiques, vaccinales ou thérapeutiques plus efficaces pour combattre les mammites à S. aureus.
Certaines protéines identifiées ici sont spécifiquement produites par une des deux souches et pourraient
être associées aux degrés de sévérité observés.
Le Maréchal, C., G. Jan, S. Even, J.A. McCulloch, V. Azevedo, R. Thiéry, E. Vautor and Y. Le Loir. 2009. Development of
serological proteome analysis of mastitis by Staphylococcus aureus in ewes. J. Mic. Meth. 79:131-136.
Alves, P. D., J. A. McCulloch, S. Even, C. Le Maréchal, A. Thierry, N. Grosset, V. Azevedo, C. Rosa, E. Vautor and Y. Le Loir.
2009. Molecular characterisation of Staphylcoccus aureus strains isolated from small and large ruminants reveals a host rather
than tissue specificity. Vet Microbiol. 137: 190–195
Eric Vautor, Joshua Cockfield, Caroline Le Maréchal, Yves Le Loir, Marlène Chevalier, Ashley Robinson, Richard Thiery, Jodi
Lindsay. 2009. Difference between Staphylococcus aureus isolates causing gangrenous mastitis versus subclinical mastitis in a
dairy sheep flock. Vet Research. 40(6):56
Mots-clés : Staphylococcus aureus, mammite, SERPA, brebis, interaction bactérie-hôte
138
P71 - Implication du microbiote intestinal dans les pathologies hépatiques liées à l'obésité
Tiphaine Le Roy1*, Marta Llopis1, Vanessa Godis2, Sandy Ribes1, Gabriel Perlemuter2, Anne-Marie
Cassard-Doulcier2 et Philippe Gérard1
[email protected]
1
2
Institut des Cytokines, INSERM U996, Clamart
Les obèses sont fortement touchés par des pathologies hépatiques de sévérité variable, regroupées sous
le nom de NAFLD (Non Alcoholic Fatty Liver Disease). Les NAFLD deviennent préoccupantes
lorsqu'apparait une inflammation hépatique. Les facteurs déclenchant cette inflammation sont mal connus
et sont indépendants du degré d'obésité. Toutefois, l'administration d'antibiotiques ou de probiotiques
entraîne une diminution de cette inflammation, ce qui suggère un implication du microbiote intestinal.
Notre objectif est de démontrer que le microbiote intestinal joue un rôle dans le développement de ces
pathologies. Pour cela, nous avons comparé les marqueurs de NAFLD chez des souris conventionnelles
et axéniques (dépourvues de microbiote intestinal).
24 souris axéniques et 48 souris conventionnelles mâles de souche C57BL6J ont été réparties en deux
groupes et ont reçu soit un régime hyper-lipidique, soit un régime standard durant 16 semaines.
L'insulino-résistance a été évaluée par dosage de la glycémie et du taux d'insuline à jeun. Le stade de
l'atteinte hépatique a été évalué par dosage des triglycérides hépatiques, des transaminases
plasmatiques et par mesure du taux circulant de cytokines pro et anti-inflammatoires.
Les souris conventionnelles sous régime hyper-lipidique ont pris significativement plus de poids que
celles sous régime standard, résultat qui n'est pas retrouvé chez les souris axéniques. L'absence de
microbiote est également à l'origine d'une diminution de la glycémie, quel que soit le régime. Les autres
données, en cours d'analyse, devraient permettre de confirmer ces premiers résultats et ainsi de
démontrer que l'absence de microbiote intestinnal prévient le développement des NAFLD.
Mots-clés : microbiote intestinal, axénie, obésité, pathologies hépatiques, inflammation.
139
P72 - Heparin binding hemagglutinin (HBHA) produced by Mycobacterium avium subsp.
paratuberculosis revealed a double face: virulence factor and evolutionary marker
Louise H. Lefrancois1 , Céline Pujol1, Christelle C. Bodier1, Sophie Lecher2, Hervé Drobecq2, Dominique
Raze2, Franco Dante Menozzi, Camille Locht2 , Maria Cristina Vidal Pessolani3
et Franck Biet1
[email protected]
1
INSERM U629. Institut Pasteur de Lille, 1, rue du Pr. Calmette. BP 447. F-59021 Lille Cedex
3
Laboratory of Cellular Microbiology, Departement of Mycobacteriosis, Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ,
Rio de Janeiro-Brazil
2
Background : Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map) causes a chronic enteric disease in
ruminants, called paratuberculosis or Johne’s Disease. The current model proposes that after ingestion
into the host, Map generally crosses the intestinal barrier via internalization by the M-cells that are present
in the follicle-associated epithelium lining the domes of the Peyer’s patches. Experimental observations
suggest however that Map may also transcytose the intestinal wall via the enterocytes, but the
mechanisms involved in this process remain poorly understood.
One of the most characterized cell wall protein involved in the mycobacterial pathogenesis is the heparinbinding hemaglutinin (HBHA) a surface-exposed adhesin involved in the interaction between
mycobacteria and host-cell receptor. Recent study showed that the interaction of HBHA with pulmonary
epithelial cells plays an important role in the extrapulmonary dissemination of the tubercle bacillus.
Our preliminary data indicate that Map is able to adhere to the epithelial cells and that this adhesion is
inhibited in the presence of heparin. The aim of this study is to describe and characterize the genetic, the
molecular and biochemical properties of the Map HBHA-like protein, and to determine its adhesion
property with non professional phagocytes.
Results : Analysis of the amino acid sequences of Map HBHA with that of M. tuberculosis (TB-HBHA)
and M. avium avium (Maa-HBHA) revealed 80% and 97% identities, respectively. Although C-terminal
domain of Map-HBHA contains lysine-rich repeats that binds heparin, differences in charge of this domain
are likely too important to keep similar function. Subspecies specific differences in the C-terminal domain
of HBHA suggest a likely evolutionary scenario of these adhesins. Despite the fact that Map-HBHA
displays lower affinity for heparin than TB-HBHA or Maa-HBHA, as shown by heparin-Sepharose
chromatography, it still have a role in epithelial adherence.
Conclusion : These results show that Map expresses a specific HBHA involved in epithelial cell
adherence. The specificity of this Map-HBHA may be correlated to the M-cell targeting by Map during
early stage of infection.
Alexander, D. C., Turenne, C. Y. & Behr, M. A. 2009. J Bacteriol 191, 1018-1025.
Menozzi, F. D., Rouse, J. H., Alavi, M., Laude-Sharp, M., Muller, J., Bischoff, R., Brennan,
M. J. & Locht, C. 1996. J Exp Med 184, 993-1001.
Pethe, K., Alonso, S., Biet, F., Delogu, G., Brennan, M. J., Locht, C. & Menozzi, F. D. 2001. Nature 412,
190-194.
Sechi, L.A, Ahmed N., Felis G.E., Duprè I., Cannas, S., Fadda G., Bua A.& Zanetti S. 2001. Vaccine 236243
Turenne, C. Y., Collins, D. M., Alexander, D. C. & Behr, M. A. 2008. J Bacteriol 190, 2479-2487.
Mots-clés : Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis, Heparin-binding hemaglutinin (HBHA),
Heparin-Sepharose chromatography
140
P73 - Cupriavidus taiwanensis bacteroid differentiation in Mimosa pudica is independent from the
histological type of nodules
Marta Marchetti, Olivier Catrice, Jacques Batut and Catherine Masson-Boivin
[email protected]
Soil bacteria collectively known as rhizobia colonize legume roots for the purpose of biological nitrogen
fixation. Rhizobia elicit de novo formation of a novel root organ in which they establish a chronic infection
after which intracellular bacteria are converted into nitrogen-fixing bacteroids. Generally, nodules fall into
two morphological classes based on their pattern of meristem and bacterial changes (Gibson et al., 2008).
Nodules of indeterminate type have a persistent proliferating meristem and contain terminally
differentiated bacteroids with profound cellular changes: DNA amplification, altered membrane
permeability and no growth rescue. Nodules of determinate type have a meristem that undergoes a
limited spurt of cell division and contain nitrogen fixing bacteroids with no major cellular changes and able
to rescue growth (Mergaert et al., 2006).
Cupriavidus taiwanensis, a taxonomically-atypical b-proteobacterial rhizobium is the nitrogen-fixing
symbiont of Mimosa pudica. We showed that although C. taiwanensis induces indeterminate nodules on
M. pudica (Chen et al., 2003), bacteroids resembles free living bacteria in their genomic DNA content, cell
size and viability. This indicates there is no link between nodule histological type and bacteroid
differentiation.
Gibson K. E., Kobayashi H. and G. C. Walker. 2008. Molecular determinants of a symbiotic chronic
infection. Annu. Rev. Genet. 42:413-441
Mergaert P., Uchiumi T., Alunni B., Evanno G., Cheron A., Catrice O., Mausset A.E., Barloy-Hubler F.,
Galibert F., Kondorosi A. and E. Kondorosi. 2006. Eukariotic control on bacterial cell cycle and
differentiation in the Rhizobium-legume symbiosis. Proc Natl Acad Sci U S A. 103:5230-5235
Chen W.M., James E.K., Prescott A.R., Kierans M. and J.I. Sprent. 2003. Nodulation of Mimosa spp. By
the beta-proteobacteria Ralstonia taiwanensis. Mol Plant Microbe Interact. 16 :1051-61
Mots-clés : Rhizobia, bacteroid, differentiation
141
P74 - Probing in vitro interactions between lactic acid bacteria and mucins using AFM: a case
study on Lactococcus lactis
Doan Thanh Lam Le1,2, Etienne Dague2, Marie-Pierre Duviau1, Pascal Loubière1 et
Muriel Mercier-Bonin1
[email protected]
1
Université de Toulouse, INRA, INSA, CNRS, UPS Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et
des Procédés, INRA-UMR792, CNRS-UMR5504, 135 avenue de Rangueil 31077 Toulouse
2
LAAS-CNRS; Université de Toulouse; 7 avenue du colonel Roche, F-31077 Toulouse Cedex 4
The present work was devoted to the first in vitro investigation of the adhesion force of lactic acid bacteria
to Pig Gastric Mucins (PGM), using Atomic Force Microscopy (AFM) force spectroscopy. Lactococcus
lactis was chosen as the model for lactic acid bacteria.
The PGM coating on polystyrene was characterized using a complementary set of multi-scale analytical
methods, including AFM, X-ray Photoelectron Spectroscopy and the sessile drop method. The PGM layer,
mainly composed of C-O, C-N, COOH, CONH and sulphur-related species, was homogeneous and
hydrophilic (estimated thickness of 3.4 nm). In parallel, cell surface physico-chemical properties were
assessed for different L. lactis strains. Cells were then immobilized on the AFM tip (“lacto-probe”) and
used as a force probe to measure at nanoscale the interaction forces between bacteria and bare/PGMcoated polystyrene. The PGM layer strongly reduced the adhesion force with respect to the bare
substratum, due to combined electrostatic, hydrophilic and steric repulsions. This anti-adhesive effect is in
line with the protective function generally ascribed to the mucus layer. A thorough analysis of AFM
retraction force-distance curves shed light on a different contribution of both non-specific and specific
interaction forces, depending on the strain involved.
The lacto-probe concept and the associated AFM measurements, not yet described in the literature, now
provide a powerful framework for understanding interaction mechanisms between mucins and L. lactis,
through identification of mucin oligosaccharides and bacterial adhesins. To this aim, the diversity of
surface and interfacial properties of natural/recombinant L. lactis strains will be exploited.
Mots-clés : Lactococcus lactis, mucins, adhesion force, AFM, force spectroscopy, cell probe
142
P75 - Mécanismes de régulation de la production de trichothécènes B chez Fusarium
graminearum : Pac1, un nouveau régulateur moléculaire pH-dépendant.
Jawad Merhej1, Sonja Vorwerk2, Yang Cheng2, Florence Richard-Forget1 et Christian Barreau1
[email protected]
1
UR1264 Mycologie et Sécurité des Aliments INRA Bordeaux, 71 Avenue Edouard BourlauxBP81 33883
2
febit biomed GmbH, Im Neuenheimer Feld 519, 69120 Heidelberg, Germany
L’infection des céréales et du maïs par le champignon filamenteux Fusarium graminearum cause la
fusariose de l’épi. Cette épidémie est généralement accompagnée d’une accumulation de mycotoxines de
type trichothécènes B dans les grains récoltés. Les gènes TRI regroupés en majorité dans le « cluster
TRI » et responsable de la biosynthèse de ces trichothécènes B, sont bien décryptés mais les
connaissances de base sur leur régulation restent encore trop restreintes. Ces gènes sont exprimés
quatre jours après l’infection de l’épi. In vitro, en milieu synthétique, ils sont induits dès le 3ème jours de
culture et la toxine commence à s’accumuler le jour suivant. Le développement du champignon et la
production de trichothécènes B sont toujours concomitants avec une chute du pH dans le milieu de
culture. Cette acidification est déterminante pour l’expression des gènes TRI conduisant à l’accumulation
de la toxine. En effet, la neutralisation du milieu de culture par rajout de tampon après la chute du pH
déclenche une répression de l’expression des gènes TRI bloquant ainsi la production de toxine. Le
facteur de transcription PAC impliqué dans le contrôle de l'homéostasie du pH chez les champignons
régule aussi la biosynthèse d’un grand nombre de métabolites secondaires. Pour étudier son rôle
potentiel dans la régulation des gènes TRI chez F. graminearum, une souche Fg∆Pac1 portant une
délétion du gène Pac1 et une souche recombinante FgPac1c exprimant constitutivement la forme mature
de PAC1 ont été construites. L'expression forcée de PAC1 mature réprime l'expression des gènes TRI et
réduit fortement l'accumulation de la toxine à pH acide. Par contre, la délétion de Pac1 ne permet pas une
expression des gènes TRI à pH neutre, cependant, elle provoque une induction précoce de leur
expression et de l'accumulation de la toxine à pH acide. Ces résultats suggèrent que PAC1, dans sa
forme active, est un répresseur de l'expression des gènes TRI, mais n'est pas le seul acteur à pH neutre.
Afin d’identifier les différentes voies de régulation sous le contrôle de PAC1 et de comprendre leurs
interactions avec les voies de régulation de la mycotoxinogenèse, l’analyse du transcriptome des souches
recombinantes et sauvage en milieu acide ou neutre a été réalisée et sera présentée.
Mots-clés : Fusarium, trichothécènes, Gènes Tri, Pac1, pH.
143
P76 - Le tissu adipeux régule-t-il la composition du microbiote intestinal chez le rat ?
Catherine Michel, G. Poupeau, J. Durand, P, de Coppet, G. Le Dréan and JP Segain
[email protected]
UMR1280 Physiologie des Adaptations Nutritionnelles INRA-Université de Nantes, Place Alexis
Ricordeau 44093 Nantes
La régulation potentielle du développement adipeux par le microbiote intestinal [1] suscite l’intérêt comme
nouvelle voie de prévention de l'obésité. Cependant, ceci suppose que les modifications de microbiote
associées à l'obésité [ex: 2,3] se produisent préalablement à l’augmentation de la masse grasse et non
qu’elles en résultent. En effet, l’accroissement de la masse adipeuse induit de nombreux changements
physiologiques (transit intestinal ralenti [4], dysleptinemie et dérégulation subséquante de la réponse
immunitaire [5], …) qui peuvent théoriquement affecter la composition du microbiote intestinal. Afin de
clarifier ce point, cette étude visait à déterminer si des modifications – chirurgicalement induites- du tissu
adipeux affectent la composition du microbiote intestinal chez le rat.
Au premier jour expérimental, des rats de Lewis ont été soumis à des interventions contrôles (Sham) ou à
des greffes de TA d'origine viscérale ou sous-cutanée positionnées en régions mésentérique ou dorsale.
Des selles ont été collectées avant ces interventions et 7 jours plus tard. La composition bactérienne du
microbiote fécal a été analysée par qPCR ciblant les bactéries totales, Bacteroides & Prevotella sp.,
Lactobacillus sp., Bifidobacterium sp., E coli, F prausnitzii et les clusters C coccoides/E rectale, C. leptum
et R intestinalis.
Parmi ces groupes bactériens, seuls les lactobacilles étaient affectés suite à une greffe viscérale de TA.
Leur niveau de population était augmenté aussi bien quand le greffon provenait du TA viscéral que du TA
sous-cutané mais inchangé dans le cas de la greffe de TA viscéral en position dorsale. Cette étude
suggère que le TA viscéral pourrait contrôler localement la composition du microbiote intestinal. Ce
constat conduit à considérer avec précaution l’interaction entre le microbiote intestinal et le
développement du TA.
[1] Bäckhed et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004;101(44):15718-23
[2] Ley et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005;102(31):11070-5
[3] Duncan et al. Appl Environ Microbiol. 2007;73(4):1073-8
[4] Wisén & Hellström. J Intern Med. 1995;237(4):411-8
[5] Lago et al. Cell Immunol. 2008;252(1-2):139-45
Mots-clés : obesity, microbiota composition, Lactobacillus sp.,
144
P77 - Les altérations néonatales de la composition du microbiote intestinal perdurent-elles au
cours du développement ?
Fanny Morel1,2, H. Piloquet1, D. Darmaun1, E. Van Der Beek3 and C. Michel1
[email protected]
1
UMR1280 Physiologie des Adaptations Nutritionnelles INRA-Université de Nantes, Place Alexis
Ricordeau 44093 Nantes
2
BLEDINA - 383, rue Philippe Héron - 69 400 Villefranche Sur Saone
3
Danone Research Centre for Specialised Nutrition - PO box 7500 - 6700 CA Wageningen - The
Netherlands.
La démonstration récente de répercussions de la nutrition néonatale sur la santé de l’adulte (concept
d’empreinte nutritionnelle) ouvre la voie à de nouvelles stratégies de prévention en santé sous réserve de
l’élucidation de mécanismes impliqués dans cette empreinte. Le microbiote intestinal pourrait en
constituer un relais puisque :
i) Le microbiote interagit avec la physiologie de l’hôte;
ii) La nutrition néonatale est capable d’affecter la composition du microbiote intestinal;
iii) Cette influence pourrait perdurer puisque la composition du microbiote est considérée se
stabiliser une fois sa complexification initiale achevée.
Cependant, la rémanence des modulations néonatales de la composition du microbiote reste à ce jour
hypothétique. Notre étude vise donc à déterminer, chez le rat, la durabilité de modifications précoces de
la composition du microbiote intestinal.
Nous avons soumis (par gavage entre le 15e et le 21e jour de vie puis via la boisson jusqu’au 45 jour) des
rats à un traitement par l’amoxycilline (150 mg.kg-1). Des selles émises par ces animaux et par des
animaux non traités ont été collectées à J21, J42, J61 et J85 et utilisées pour caractériser la composition
bactérienne par qPCR quantitative.
L’antibiothérapie n’a affecté ni la croissance ni la consommation alimentaire des animaux. Elle a induit
une modification drastique de la composition bactérienne des féces, initialement (J21) caractérisée par
une diminution des clusters C coccoides et C leptum et du genre Lactobacillus puis étendue, en fin de
traitement (J42), aux genres Bifidobacterium et Bacteroides, sans toutefois affecter le nombre de
bactéries totales. L’analyse en cours des selles collectées aux âges ultérieurs permettra de déterminer si
ces effets perdurent ou non et ainsi d’étayer le possible rôle du microbiote dans la « mémorisation » par
l’organisme hôte des évènements néonataux.
Mots-clés : antibiotique - microbiote intestinal - raton - empreinte nutritionnelle
145
P78 - Role of BamB in T3SS expression and outer-membrane biogenesis in Salmonella
Fatemeh Namdari1, Bertrand Duclos2, Etienne Giraud1, Pierre Germon1, Philippe Velge1 and Isabelle
Virlogeux-Payant1
[email protected]
1
2
IBCP de Lyon
Salmonella is responsible for one of the major public health concerns: salmonellosis, causing more than 3
million deaths each year throughout the world via typhoid fever and gastro-enteritis. Type Three Secretion
Systems (T3SS) play a major role in Salmonella virulence. Previous work in our laboratory showed that
BamB is required for the outer-membrane biogenesis and an optimal expression of the three T3SS of
Salmonella. Its role in outer membrane biogenesis could be related to its association with the BAM
complex (β-Barrel Assembly Machinery) composed of the outer membrane protein BamA and the
lipoproteins BamB, BamC, BamD and BamE. In the BAM complex, BamB interacts only with BamA. Our
recent results show a kinase activity for BamB in Salmonella, which has to be related to a cytoplasmic
activity of this protein, as ATP is absent in the periplasm. In order to better understand the role of BamB in
T3SS expression and outer-membrane biogenesis in Salmonella, we are studying the impact of the
alteration of the BamB/BamA interaction and the forced localization of BamB into the cytoplasm.
(1)Structure and Function of an Essential Component of the Outer Membrane Protein Assembly Machine,
S. Kim et al. Sciences (2007)
(2) Investigation of the role of the BAM complex and SurA chaperone in outer-membrane protein
biogenesis and type III secretion system expression in Salmonella, Y. Fardini et al. Microbiology (2009)
(3) Involvement of a periplasmic protein kinase in DNA strand break repair and homologous
recombination in Escherichia coli, NP. Khairnar et al. Molecular microbiology (2007)
(4) Analysis of YfgL and YaeT interactions through bioinformatics, mutagenesis, and biochemistry, P.
Vuong et al. Journal of bacteriology (2008)
Mots-clés : Salmonella, outer-membrane biogenesis, T3SS, BAM complex, kinase.
146
P79 - Étude des mécanismes de transmission des pathogènes aux semences d’Arabidopsis
thaliana
Stéphanie Pochon1,2, C. Campion1, T. Guillemette1 , P. Simoneau1 et M.A Jacques2
1
UMR0077 Pathologie Végétale équipe Complexes Fongiques Nécrotrophes, INRA-Agrocampus OuestUniversité d’Angers, 2 boulevard Lavoisier, Faculté des Sciences, 49045 Angers
2
UMR0077 Pathologie Végétale équipe Ecologie, Diversité, Taxonomie des Bactéries Phytopathogènes,
INRA-Agrocampus Ouest-Université d’Angers, 42 rue Georges Morel, BP 60057, 49071 Beaucouzé
La transmission par la semence est une étape critique dans l’écologie de nombreux agents
phytopathogènes et également dans l’épidémiologie des maladies qu’ils occasionnent. Comprendre les
mécanismes de cette transmission permettrait de proposer des méthodes de luttes alternatives et
représente un enjeu majeur dans le contrôle de la qualité des semences. Des travaux récents réalisés au
sein de l’UMR Pathologie Végétale ont permis d’initier la caractérisation de ces mécanismes
responsables de la transmission à et par la graine d’Alternaria brassicicola (1), agent de la maladie des
taches noires des Brassicacées, et Xanthomonas fuscans pv. fuscans (2, 3), agent de la graisse
commune du haricot. Ces études nécessitent un cadre expérimental contrôlé au cours de la phase
reproductive et sont donc difficiles à conduire sur les espèces hôtes cultivées. Le travail présenté s’inscrit dans ce contexte scientifique et vise, dans un premier temps, à définir des
paramètres optimaux pour une transmission des pathogènes aux graines d’Arabidopsis thaliana,
Brassicacée modèle mais principalement au stade végétatif. L’étude des pathosystèmes X. campestris
pv. campestris / A. thaliana et A. brassicicola / A. thaliana au stade reproductif doit permettre de définir
les points clés de cette étape du cycle infectieux. Des mesures de dynamique des populations et des
approches microscopiques vont nous amener à mieux appréhender, respectivement, le développement
quantitatif et spatial des pathogènes en contact avec différents écotypes d’A. thaliana. Ce projet consiste également à étudier le comportement de mutants de chaque pathogène inactivés dans
des gènes cibles. En effet, nous émettons l’hypothèse que des gènes impliqués dans la résistance aux
stress hydriques, thermiques mais aussi dans le fonctionnement des systèmes de sécrétions et
l’assimilation de composés nutritifs sont primordiaux pour la transmission à la semence. Références bibliographiques :
(1) Iacomi-Vasilescu, Bataille-Simoneau N., Campion C., Dongo A., Laurent E., Serandat I., Hamon B.,
Simoneau P., (2008). Effect of null mutations in the AbNik1 gene on saprophytic and parasitic fitness of
Alternaria brassicicola isolates highly resistant to dicarboximide fungicides. Plant Pathology 57 : 937-947. (2) Darsonval A., Darasse A., Meyer D., Demarty M., Durand K., Bureau C., Manceau C., Jacques M.A.
(2008). Type III secretion system of Xanthomonas fuscans subsp. fuscans is involved in phyllosphere
colonization process and in transmission to seeds of susceptible bean. Applied and Environmental
Microbiology 74, 2669-2678. (3) Darsonval A., Darasse A., Durand K., Bureau C., Cesbron S., Jacques M-A. (2009). Adhesion and
fitness in the bean phyllosphere and transmission to seeds of Xanthomonas fuscans subsp. fuscans.
Molecular Plant-Microbes Interactions 22 : 747-757.
Mots-clés : Transmission aux semences, pathosystèmes, A. brassicicola, X. campestris pv. campestris,
A. thaliana.
147
P80 - Effet de la température sur la production de toxines et la pathogénicité de Bacillus
weihenstephanensis vis-à-vis de Galleria mellonella
Agnès Réjasse, Nathalie Gilois, Isabelle Jéhanno, Seav-ly Tran, Nalini Rama Rao et Vincent Sanchis
[email protected]
Le groupe Bacillus cereus sensu lato comprend notamment l’espèce B. thuringiensis, un biopesticide, B.
cereus sensu stricto, une espèce responsable de toxi-infections alimentaires chez l’homme, et B.
anthracis l’agent responsable de la maladie du charbon. Les souches les plus psychrotolérantes
(capables de se multiplier à basse température) forment également une espèce homogène appelée B.
weihenstephanensis. Nous avons voulu savoir ce qu’il en était du potentiel pathogène des souches
psychrotolérantes du groupe? L’analyse de la toxicité par voie orale, sur Galleria mellonella, de la souche
B. weihenstephanensis KBAB4 montre que cette souche est pathogène pour l’insecte à 15°C mais pas à
30°C. Aucune étude portant sur l’impact de la température sur la production et la sécrétion de toxines
n’avait jamais été réalisée. Nous avons comparé le protéome extracellulaire de la souche KBAB4, en
début de phase stationnaire, à 15°C et 30°C et les protéines sécrétées ont été identifiées par
spectrométrie de masse. Nos résultats montrent que les niveaux de production et l’abondance relative
des principaux facteurs de virulence putatifs sécrétés par cette souche sont équivalents aux deux
températures à l’exception de l’entérotoxine HblL2 et des protéases NprP2 et NprB qui ne sont pas ou
très faiblement produites à 30°C. La toxicité de la souche KBAB4 vis-à-vis de Galleria mellonella à basse
température pourrait s’expliquer, en partie, par une meilleure production et/ou une meilleure stabilité de
ces protéines à basse température. Cependant le caractère fortement pathogène de cette souche à 15°C
pourrait aussi dépendre de la production d’autres facteurs de virulence spécifiquement induits à basse
température et/ou d’une moindre capacité du système immunitaire de l’insecte à réagir à l’infection à
15°C.
Mots-clés : Galleria mellonella, Bacillus cereus, pathogénie, entérotoxines, Hbl, protéome.
148
P81 - The Candida albicans ORFeome project
Audrey Nesseir1,2, Sophie Bachellier-Bassi1,2, Yogesh Chaudhari3, Murielle Chauvel1,2, Vitor Cabral1,2,
Dorothée Diogo1,2, Arnaud Firon1,2, Sophie Goyard1,2, Keunsook Lee3, Mélanie Legrand1,2, Devika
Mohandas3, Lijina Rajan3, Tristan Rossignol1,2, Ute Zeidler1,2, Sadri Znaidi1,2,
Christophe d’Enfert1,2and Carol Munro3
[email protected]
1
Institut Pasteur, USC2019 Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques INRA-Institut Pasteur, 75015 Paris
INRA, USC2019 Unité Biologie et Pathogénicité Fongiques INRA-Institut Pasteur, 75015 Paris
3
University of Aberdeen, School of Medical Sciences, Institute of Medical Sciences, Aberdeen, AB25
2ZD, UK
2
Candida albicans is a commensal of the human gastrointestinal tract. While it is harmless in healthy
people, it is also an opportunist pathogen in patients with a debilitated immune system. C. albicans can
cause relatively benign mucosal infections as well as disseminated infections with a high mortality rate
(25-60%). The genome sequence of C. albicans has been available for almost ten years. Yet, there is still
a lack of comprehensive mutant resources that would permit genome-wide studies in this species. Such
resources should include collections of knock-out mutants as well as over-expression strains since
phenotypes resulting from gene inactivation and over-expression provide complementary inputs for
functional assignment. We are currently creating three new resources for the Candida community: (1) a
C. albicans ORFeome library by cloning every 6000 predicted ORF into a Gateway® vector in E. coli, (2)
a library of bar-coded C. albicans over-expression vectors by placing each ORF under the control of a
reverse tetracycline promoter in a C. albicans integrative plasmid and (3) a library of C. albicans strains
each over-expressing a single gene. Each ORF will be fully verified by Solexa sequencing.
We have already developed a partial collection for genes encoding protein kinases, protein phosphatases
and transcriptions factors and obtained around 600 C. albicans clones each over-expressing one of these
genes. We have used this collection to screen for three phenotypes relevant to C. albicans pathogenesis:
the ability to undergo the yeast-to-hypha transition, the ability to form biofilms on plastic surfaces, and the
alteration of genome maintenance. These preliminary screens have demonstrated the potential of an
over-expression for the identification of novel regulators of these processes. In particular, 16 genes whose
over-expression altered morphogenesis and 15 genes whose over-expression altered biofilm formation
have been identified. Among these, the SFL2 gene, encoding a transcription factor, was further
characterized for its role in the control of the yeast-to-hypha transition.
Our aim is to extend these screens to the study of the transition from commensalism to pathogenicity,
using an animal model of colonization of and dissemination from the GI tract. This should be facilitated by
the bar-coding of our collection of over-expression strains.
Mots-clés : Candida albicans orfeome over-expression pathogen biofilm filamentation
149
P82 - Interaction entre la bactérie lactique Streptococcus thermophilus et l’épithélium colique de
rats gnotobiotiques
Françoise Rul1, Laura Wzrosek2, Fatima Chegdani2, Leila Ben-yahia2, Stéphane Thomas1, Christophe
Gitton1, Marie-Louise Noordine2, Philippe Langella2, Claire Cherbuy2 et Muriel Thomas2
[email protected]
1
UMR1319 Micalis Pôle « Emergence et contrôle des microorganismes pathogènes opportunistes »
INRA-AgroParisTech, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
2
UMR1319 Micalis Pôle « Ecosystèmes microbiens alimentaire et intestinal» INRA-AgroParisTech,
Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
La bactérie lactique Streptococcus thermophilus est largement utilisée dans l’industrie laitière, notamment
dans la production de yaourt, en partenariat avec Lactobacillus bulgaricus. Malgré le fort niveau de
consommation du yaourt et le fait que ce produit soit considéré comme un probiotique, les connaissances
disponibles sur l’activité et la physiologie des bactéries du yaourt dans le tube digestif (TD) sont
actuellement limitées. Ainsi l’objectif de ce travail était d’étudier l’adaptation de S. thermophilus à
l’environnement digestif de rats gnotobiotiques ainsi que l’impact de la présence de cette bactérie sur la
modulation de l’expression de protéines de l’épithélium colique.
Dans un premier temps, nous avons montré que S. thermophilus était capable de s’implanter dans le TD
de rats axéniques, à un niveau de l’ordre de 108 UFC/g fèces. En comparaison à une culture en lait, la
réponse majeure de S. thermophilus au passage dans le TD est une augmentation de l’abondance des
protéines impliquées dans le métabolisme carboné -en particulier la glycolyse- ainsi que des protéines de
stress, alors que les protéines des fonctions cellulaires de base (traduction, biosynthèse des AA, des
bases…) sont réduites. Au niveau de l’épithélium colique, l’abondance de la protéine p27 kip1 -impliquée
dans l’arrêt du cycle cellulaire- est augmentée en présence de S. thermophilus en comparaison de rats
axéniques.
Aussi, l’induction de la glycolyse chez S. thermophilus se traduit par une production de lactate dans les
caecums et les fèces des rats mono-associés; nous proposons que le lactate pourrait servir de signal
biologique pour communiquer avec l’épithélium colique.
Mots-clés : Streptococcus thermophilus; épithélium colique; lactate
150
P83 - Genome evolution and host specificity shape the surface proteome of mollicutes
Laure Béven1, 2, Christine Citti3, Pascal Sirand-Pugnet1, 2, Marie-Pierre Dubrana1, Patricia Thébault4,
Evelyne Sagné3, Colette Saillard1, 2, Aurélien Barré4, Stéphane Claverol5, Antoine de Daruvar4,
Joël Renaudin1 and Alain Blanchard1, 2
[email protected]
1
2
Université Victor Segalen Bordeaux 2, UMR 1090 Génomique Diversité Pouvoir Pathogène INRAUniversité Bordeaux 2, 71 Avenue Edouard Bourlaux BP 81 33883 Villenave d'Ornon
3
Toulouse cedex 3
4
CBiB-Université Bordeaux 2, 146 rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux cedex
5
PFGB-Université Bordeaux 2, 146 rue Léo Saignat, 33076 Bordeaux cedex
Mollicutes are minute-bacteria with a reduced genome that colonize various hosts, including plants,
animals and human. Because they lack a cell-wall, the surface of their single membrane has emerged as
a key interface in mediating interactions with their host. However, not much is known regarding the
expression and the conservation of surface proteins across Mollicutes. In order to fill this gap, the
membrane proteome of three species was determined and compared. These species were (i)
Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC (MmmSC) and Mycoplasma agalactiae that belong to
different phylogenetic groups but share the ruminant host and (ii) Spiroplasma citri that clusters with
MmmSC in the same phylogenetic group but is an insect-transmitted plant pathogen. Mass spectrometry
detection was applied to lipoprotein-enriched Triton X-114 fractions and on membrane-enriched fractions.
No lipoprotein and only 24 transmembrane proteins were annotated in the predicted common set of 285
proteins. These transmembrane proteins were subunits of F1F0 ATP synthase, V-type ATPase, secY
secretion pathway and several ABC transporters. About 60-70% of the predicted lipoproteins were
detected in the three species. Surface subproteome shared by the two ruminant mycoplasmas contains
12 lipoproteins and 16 transmembrane proteins encoded by genes potentially exchanged by horizontal
gene transfers (HGT). In S. citri, a large number of lipoproteins encoded on plasmids and/or of viral origin
were expressed. Taken altogether, these data suggest that HGT, as well as plasmid and phage genome
integration events may have important impact on host-pathogen interactions and adaptation by (re)shaping part of bacterial surface architecture.
Mots-clés : Mollicutes, proteomics, lipoproteins, horizontal gene transfer, evolution, mycoplasma,
bacteria
151
P84 - La toxine bactérienne Cif est une cyclomoduline qui détourne la voie de dégradation
dépendante de l’ubiquitine des cellules hôtes
Frédéric Taieb1, 2, Grégory Jubelin1,2, Marie Pénary1,3, Claude Watrin1,2, Ascel Samba-Louaka1,2, JeanPhilippe Nougayrède1,2 et Eric Oswald1,2, 3, 4
[email protected]
1
2
Université de Toulouse ENVT, UMR1225 Interactions Hôtes-Agents Pathogènes INRA-ENVT, 23
chemin des Capelles BP 87 31076 Toulouse cedex 3
3
Université de Toulouse; UPS, Faculté de Médecine 31400 Toulouse
4
Laboratoire de Bactériologie-Hygiène, CHU de Toulouse, Institut Fédératif de Biologie, 31059 Toulouse
Les Escherichia coli entéropathogènes sont des pathogènes de l’homme et l’animal caractérisés par
l’induction de lésions dites d’attachement/effacement de l’épithélium intestinal. Ce phénotype dépend de
la présence d’un îlot de pathogénicité, le locus d’effacement des entérocytes qui code pour un système
de sécrétion de type 3 permettant l’injection dans le cytoplasme de l’hôte, d’une quarantaine d’effecteurs
qui piratent les fonctions cellulaires au profit du pathogène [1]. Parmi ces effecteurs, le Cycle inhibiting
factor, Cif, appartient à la famille des cyclomodulines, une nouvelle famille de molécules bactériennes qui
cible une fonction fondamentale de la cellule hôte, le cycle cellulaire [2-4]. En effet, Cif induit un arrêt des
phases G1 et G2 du cycle eucaryote qui inhibibe la multiplication cellulaire. Les études du mécanisme
d’action de Cif montrent que cette cyclomoduline stabilise les protéines p21 et p27 [5,6]. Ces protéines
inhibent les complexes CDK-cyclines dont l’activité est nécessaire pour les transitions G1/S et G2/M.
Nous avons montré que Cif interfère avec le système d’ubiquitinylation/dégradation de p21 et p27 en
s’associant aux complexes cullin-RING ubiquitin ligases (CRLs). Outre p21 et p27, les CRLs contrôlent la
stabilité de nombreuses protéines suggérant que Cif pourrait détourner diverses fonctions cellulaires
allant du renouvellement de l’épithélium à la réponse immunitaire en passant par l’apoptose, favorisant la
colonisation bactérienne [7,8]. La distribution d’homologues de Cif parmi des espèces bactériennes
pathogènes variées et éloignées phylogénétiquement, comme les souches Yersinia, Photorhabdus et
Burlkholderia [9] pourrait révéler une nouvelle stratégie bactérienne dans les relations hôtes-agents
pathogènes.
1. Tobe T, Beatson SA, Taniguchi H, Abe H, Bailey CM, Fivian A, Younis R, Matthews S, Marches O, Frankel G, et
al.: An extensive repertoire of type III secretion effectors in Escherichia coli O157 and the role of lambdoid phages in
their dissemination. Proc Natl Acad Sci U S A 2006, 103:14941-14946.
2. Marches O, Ledger TN, Boury M, Ohara M, Tu X, Goffaux F, Mainil J, Rosenshine I, Sugai M, De Rycke J, et al.:
Enteropathogenic and enterohaemorrhagic Escherichia coli deliver a novel effector called Cif, which blocks cell cycle
G2/M transition. Mol Microbiol 2003, 50:1553-1567.
3. Nougayrede JP, Taieb F, De Rycke J, Oswald E: Cyclomodulins: bacterial effectors that modulate the eukaryotic
cell cycle. Trends Microbiol 2005, 13:103-110.
4. Oswald E, Nougayrede JP, Taieb F, Sugai M: Bacterial toxins that modulate host cell-cycle progression. Curr
Opin Microbiol 2005, 8:83-91.
5. Samba-Louaka A, Nougayrede JP, Watrin C, Jubelin G, Oswald E, Taieb F: Bacterial cyclomodulin Cif blocks the
host cell cycle by stabilizing the cyclin dependent kinase inhibitors p21(waf1) and p27(kip1). Cell Microbiol 2008,
10:2496-2508.
6. Taieb F, Nougayrede JP, Watrin C, Samba-Louaka A, Oswald E: Escherichia coli cyclomodulin Cif induces G2
arrest of the host cell cycle without activation of the DNA-damage checkpoint-signalling pathway. Cell Microbiol
2006, 8:1910-1921.
7. Samba-Louaka A, Nougayrede JP, Watrin C, Oswald E, Taieb F: The EPEC effector Cif induces delayed
apoptosis in epithelial cells. Infect Immun 2009.
8. Samba-Louaka A, Taieb F, Nougayrede JP, Oswald E: Cif type III effector protein: a smart hijacker of the host cell
cycle. Future Microbiol 2009, 4:867-877.
9. Jubelin G, Chavez CV, Taieb F, Banfield MJ, Samba-Louaka A, Nobe R, Nougayrede JP, Zumbihl R, Givaudan A,
Escoubas JM, et al.: Cycle inhibiting factors (CIFs) are a growing family of functional cyclomodulins present in
invertebrate and mammal bacterial pathogens. PLoS ONE 2009, 4:e4855.
Mots-clés : cyclomodulin, Escherichia coli, cell cycle, ubiquitin
152
P85 - Étude d’HpaP, un régulateur de la sécrétion d’effecteurs de type III chez la bactérie
phytopathogène Ralstonia solanacearum
Fabienne Vailleau, Guillaume Gacon-Labat, Marianne Prévot et Stéphane Genin
[email protected]
Le pouvoir pathogène de Ralstonia solanacearum, agent responsable du flétrissement bactérien, s’exerce
notamment au travers de plus d’une centaine de protéines sécrétées, certaines dépendant directement
de la fonctionnalité d’un appareil de sécrétion de Type 3. Ces protéines sécrétées, appelées également
Effecteurs de Type 3 (ET3s) seraient pour la plupart injectées dans la cellule végétale pour atteindre des
protéines cibles.
Des résultats préliminaires nous ont permis de montrer par la protéine HpaP (hrp-associated protein),
codée par le cluster de gènes hrp, participe à la régulation de la sécrétion des ET3s chez R.
solanacearum. Nous avons identifié que la mutation du gène hpaP chez la souche de référence GMI1000
conduit à une perte totale de virulence lors de l’inoculation de la légumineuse modèle Medicago
truncatula. De manière intéressante, le mutant hpaP est toujours capable d’induire une réponse
hypersensible sur tabac, et induit la maladie sur tomate, avec toutefois un retard lors de la mise en place
des symptômes. Nous avons montré que la protéine HpaP exerce un rôle de régulateur/modulateur dans
le processus de sécrétion des effecteurs bactériens, modulant de manière post-transcriptionnelle la
sécrétion d’ET3s. Les différentes approches développées pour tenter de déchiffrer comment la bactérie,
via HpaP, est capable de contrôler et de hiérarchiser la sécrétion des ET3s seront présentées.
Vailleau F, Sartorel E, Jardinaud MF, Chardon F, Genin S, Huguet T, Gentzbittel L, Petitprez M. (2007).
Characterization of the interaction between the bacterial wilt pathogen Ralstonia solanacearum and the
model legume plant Medicago truncatula. Molecular Plant-Microbe Interactions, 20 (2), 159-167.
Mots-clés : Ralstonia solanacearum; Pouvoir pathogène; Système de sécrétion de type 3; Hiérarchie de
sécrétion; Suppression de défenses végétales
153
P86 - Regulatory network involved in the coordinated expression of virulence genes during the
interaction between the phytopathogenic enterobacterium Erwinia chrysanthemi and the model
plant Arabidopsis
Nadia Mehdbi1, Pierrette Malfatti1, Stéphane Gaubert1, Sylvie Reverchon2
and Frédérique Van Gijsegem1
[email protected]
1
UMR0217 Laboratoire des interactions plantes pathogènes INRA-UPMC-AgroParisTech, 16 rue Claude
Bernard, 75231 Paris cedex 05
2
UMR5240 Microbiologie, Adaptation et Pathogénie CNRS-Université de Lyon-INSA, 69621 Villeurbanne
Successful infection of a pathogen into its host relies on the coordinated expression of numerous
virulence factors encoding genes. In plant-bacteria interactions, this control is very often achieved by the
integration of several regulatory circuits controlling cell-cell communication or sensing environmental
conditions. E. chrysanthemi (Ech), the causal agent of soft rot on many crops and ornamentals, provokes
maceration of infected plants mainly by producing and secreting a battery of plant cell wall-degrading
enzymes but several other virulence factors have also been characterized. During Arabidopsis infection,
most Ech virulence gene transcripts accumulated in a coordinated manner at the moment in the infection
process where, in the absence of maceration, intensive bacterial multiplication stops and the bacterial
population stabilizes in the leaf (Lebeau et al, 2008). In a search for the regulatory proteins involved in this
control, effects of mutations in regulatory genes on disease expression and in planta virulence gene
expression were analyzed. The AHL-based ExpI-ExpR quorum-sensing system (Reverchon et al, 1998)
is not required for virulence or the coordinated expression of virulence genes during infection. In contrast,
the global regulator PecS recently shown to be at the top of a regulation cascade (Hommais et al, 2008),
participates to this control since a pecS mutant exhibits an early expression of virulence genes during
infection. This premature expression requires a functional GacA-GacS system to proceed. A model
integrating these effects in the regulatory network governing E. chrysanthemi virulence will be presented.
Lebeau et al (2008) The GacA global regulator is required for the appropriate expression of Erwinia
chrysanthemi 3937 pathogenicity genes during plant infection. Environ Microbiol, 10: 545-559
Reverchon, et al (1998) Integration of the quorum-sensing system in the regulatory network controlling
virulence factor synthesis in Erwinia chrysanthemi. Mol Microbiol 29: 1407-1418.
Hommais et al (2008) PecS Is a Global Regulator of the Symptomatic Phase in the Phytopathogenic
Bacterium Erwinia chrysanthemi 3937. J Bacteriol 190: 7508-7522
Mots-clés : régulation, facteurs de virulence, plante
154
P87 - Attenuation of DSS colitis in mice after intragastric administration of a superoxide
dismutase-producing recombinant Lactobacillus casei BL23 strain
Laurie Watterlot1, Tatiana Rochat1, Harry Sokol1, Claire Cherbuy1, Ismael Bouloufa1, François Lefèvre1,
Jean-Jacques Gratadoux1, Edith Honvo-Hueto1, Stefan Chilmonczyk2, Sébastien Blugeon1, Gérard
Corthier1, Philippe Langella1, and Luis G. Bermúdez-Humarán2
[email protected]
1
2
UR0892 Virologie et Immunologie Moléculaires INRA, Domaine de Vilvert 78352 Jouy en Josas cedex
Human immune cells release large amounts of Reactive Oxygen Species (ROS) such as superoxide ions,
hydroxyl radical and hydrogen peroxide via respiratory burst. In inflammatory bowel diseases, a sustained
and abnormal activation of the immune response results in oxidative stress of the digestive tract and in a
loss of intestinal homeostasis. We previously reported that heterologous production of the Lactobacillus
plantarum manganese catalase (MnKat) enhances the survival of Lb. casei BL23 when exposed to
oxidative stress. Anti-inflammatory effects were observed after Lb. casei BL23 oral administrations in
moderate murine dextran sodium sulfate (DSS)-induced colitis, without added effects of the MnKat
production. Here, we evaluated the protective effects obtained by an improved antioxidative strategy. The
Lactococcus lactis sodA gene was expressed in Lb. casei BL23 which thus acquired an efficient
manganese superoxide dismutase (MnSOD) activity. The effects of Lb. casei MnSOD alone or in
combination with Lb. casei MnKat were compared first in eukaryotic cell PMA-induced oxidative stress
model and then in severe murine DSS-induced colitis. Based on ROS production assays as well as
colonic histological scores, a significant reduction of both oxidative stress and inflammation scores was
observed with Lb. casei MnSOD either alone or in combination with Lb. casei MnKat. No added effect of
the presence of Lb. casei MnKat was observed. These results suggest that Lb. casei BL23 MnSOD is a
good therapeutic tool to prevent and to fight against gut inflammation (1).
L. Watterlot, T. Rochat, H. Sokol, C. Cherbuy, I. Bouloufa, F. Lefèvre, JJ. Gratadoux, E. Honvo-Houeto,
S. Chilmonczyk, S. Blugeon, G. Corthier, P. Langella and LG. Bermúdez-Humarán. Intragastric
administration of a superoxide dismutase-producing recombinant Lactobacillus casei BL23 strain
attenuates DSS colitis in mice. En révision dans le journal “International Journal of Food Microbiology”
Mots-clés : Lactobacillus casei, lactic acid bacteria, probiotics, reactive oxygen species, superoxide
dismutase, colitis
155
P87 bis - Utilisation du N-acétylglucosamine par la bactérie phytopathogène Xanthomonas
campestris pv. campestris
Emmanuelle Lauber
[email protected]
156
Session 4 – Biologie des systèmes
157
158
Sommaire Session 4
Conférenciers invités – Session 4 .................................................................... 161 Prospects of systems biology for advancing our understanding of global regulation of
metabolism .......................................................................................................................................... 161 Jens Nielsen .................................................................................................................................... 161 "State of the art" de la biologie de systèmes à l'INRA .................................................................... 162 Vincent Fromion .............................................................................................................................. 162 Communications orales – Session 4 ................................................................ 163 O27 - Transcriptional vs post-transcriptional processes: what is important for Lactococcus
lactis adaptation ? .............................................................................................................................. 164 F. Picard, L. Girbal, P. Loubiere and Muriel Cocaign-Bousquet .................................................... 164 O28 - CcpA : un facteur de transcription déterminant dans l’adaptation de Bacillus subtilis à un
changement de source de carbone................................................................................................... 165 Nathalie Pigeonneau, François Lecointe, Pierre Nicolas et Philippe Noirot – BaSysBio European
project................................................................................................................................................ 165 O29 - A system biology study of the response of Saccharomyces cerevisiae to a NADPH
perturbation ......................................................................................................................................... 166 Magalie Celton1,2, Anne Goelzer2, Carole Camarasa1, Vincent Fromion2 and Sylvie Dequin1 ........ 166 O30 - Deciphering regulation dynamics in living Bacillus subtilis cells, towards the discovery of
unexpected processes ....................................................................................................................... 167 Mathieu Jules1, Ludovic. Le Chat1, Adrien Goelzer2, Dominique Le Coq1, Vincent Fromion2 and
Stéphane Aymerich1 .......................................................................................................................... 167 O31 - Adaptation nutritionnelle chez Bacillus subtilis : régulation transcriptionnelle du
métabolisme central et au-delà ......................................................................................................... 168 R. Kleijn1, Ludovic Le Chat2, M. Uhr3, M. Jules2, P. Nicolas4, A. Leduc4, P. Bessières4, J. Stelling3,
S. Aymerich2 et U. Sauer3 ................................................................................................................. 168 O32 - Carte transcriptionnelle complète de Bacillus subtilis ......................................................... 169 P. Nicolas1, A. Leduc1, E. Marchadier1, P. Bessières1, E. Dervyn2, Tatiana Rochat2, F. Lecointe2, N.
Pigeonneau2, P. Noirot2, L. Le Chat3, M. Jules3 et S. Aymerich3 ...................................................... 169 O33 - Mécanismes d’activation du facteur sigma RpoE2, régulateur majeur de la réponse
générale aux stress chez Sinorhizobium meliloti ............................................................................ 170 Bénédicte Bastiat, Laurent Sauviac et Claude Bruand ................................................................... 170 Posters - Session 4 ............................................................................................ 171 P88 - Intégration fonctionnelle de la protéine SMC chez Bacillus subtilis : recherche de
suppresseurs ...................................................................................................................................... 172 Camille Benoist, Etienne Dervyn et Philippe Noirot ........................................................................ 172 P89 - Diversité métabolique chez Saccharomyces cerevisiae. Conséquences sur l’utilisation de
l’azote pour la croissance au cours de la fermentation alcoolique. .............................................. 173 Lucie Crépin, Pascale Brial, Frédéric Bigey, Sylvie Dequin et Carole Camarasa ........................... 173 P90 - Un réseau d’interactions protéiques centré sur les facteurs de transcription chez Bacillus
subtilis ................................................................................................................................................. 174 Tatiana Rochat, Olivier Delumeau, Stephen Mac Govern, Anne Aucouturier et Philippe Noirot. ... 174 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
159
P91 - The whole genome sequence of the S. cerevisiae wine yeast EC1118: a frame to address
the molecular bases of wine yeast adaptation................................................................................. 175 Maite Novo1, Frédéric Bigey1, Emmanuelle Beyne1,Virginie Galeote1, Frédéric Gavory2, Sandrine
Mallet3, Brigitte Cambon1, Jean-Luc Legras4, Patrick Wincker2, Serge Casaregola3 et Sylvie Dequin1
.......................................................................................................................................................... 175 P92 - The role of the membrane associated proteins in DNA replication initiation control in
Bacillus subtilis................................................................................................................................... 176 Michał Ferens, Marie-Françoise Noirot-Gros et Philippe Noirot ...................................................... 176 P93 - SSB : coordinateur des mécanismes de réparation des fourches de réplication ? ........... 177 François Lecointe1, Audrey Costes2, Stephen McGovern1, Sophie Cheruel3 et Patrice Polard2 .... 177 P94 - The organisation of secretion complexes in Bacillus subtilis .............................................. 178 Calum MacKichan and Rut Carballido-López.................................................................................. 178 P95 - B-glucans, mannans and chitin relative influence on Saccharomyces cerevisiae cell wall
nanomechanical properties ............................................................................................................... 179 Etienne Dague1, Hélène Martin-Yken2 and Jean-Marie François2................................................... 179 P96 - Systems biology of commensal and pathogenic Escherichia coli strains .......................... 180 Fabien Létisse1, Laurence Girbal1, Muriel Bonin-Mercier1, Stéphane Massou1, Pascal Ludwiczak1,
Serguei Sokol1, Jean-Philippe Nougayrède2, Muriel Cocaign-Bousquet1, Pascal Loubière1, Eric
Oswald2, and Jean-Charles Portais1 ................................................................................................. 180 P97 - Comparaison de la croissance de Streptococcus salivarius dans un milieu de référence et
dans une « salive artificielle » ........................................................................................................... 181 Perrine Roger, Jérome Delettre, Aline Rault et Catherine Béal ....................................................... 181 P98 - Rôle des protéines associées au cytosquelette bactérien .................................................... 182 Anne-Stéphanie Rueff et Rut Carballido-López .............................................................................. 182 Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
160
Conférenciers invités – Session 4
Prospects of systems biology for advancing our understanding of global regulation of metabolism
Jens Nielsen
[email protected]
Department of Chemical and Biological Engineering, Chalmers University of Technology, SE 412 96
Gothenburg, Sweden
Biography :
Jens Nielsen is professor in Systems Biology at Chalmers University of Technology, Sweden. He holds a
MSc degree in chemical engineering from the Danish Technical University (DTU) and a PhD in
biotechnology from the same university. After graduating he was post doc at University of Hannover,
before he took a position ad group leader at DTU. In 1998 he was appointed as professor at DTU in
fermentation physiology and in 2008 he moved with his research group to Chalmers. Professor Nielsen
has throughout his research career focussed on the metabolism of industrially important microorganisms,
in particular yeast and filamentous fungi, and he has published more than 300 papers in international
journals with peer review. He is the founder of several companies and he is the inventor of more than 30
patents/patent applications. He was recently elected as foreign affiliate of the US National Academy of
Engineering.
Abstract :
In the post-genomic era the development of high-throughput analytical techniques for analysis of different
‘-omes’ has resulted in establishment of very large experimental databases for both model organisms
such as yeast, worm and mouse, and for large patient groups. These experimental databases have
played an important role in the annotations of genomes by assigning functions to orphan genes, but in the
future they will have an important role in assisting with the identification of new strategies for prevention of
disease onset and progression, in particular for complex diseases such as those associated with the
metabolic syndrome or different types of cancer.
The yeast Saccharomyces cerevisiae has played an important role in the research field of functional
genomics and many experimental functional genomics techniques and tools have been developed for use
in this organism. Furthermore, it serves as an important eukaryotic model organism as well as an
industrial workhorse used for the production of fuels, chemicals, food ingredients and pharmaceuticals.
Recently the metabolic network operating in this yeast was reconstructed, and many signal transduction
pathways have also been mapped. In an attempt to upgrade the information content in the large
databases, bioinformatics plays an important role, and in particular the development of mathematical
models that can integrate information from different levels, e.g. from measurement of different ‘-omes’. As
integration requires analysis of the complete system rather than individual components or pathways this
approach is referred to as systems biology.
In this lecture some tools and examples of systems biology will be presented, and the power of integrating
different tools for analysis of the ‘-omes’ through the use of bioinformatics will be illustrated, in particular
the application of reconstructed metabolic network for analysis of genome-wide transcription analysis.
Focus will be on lipid, glucose and energy metabolism in yeast, as the regulations of these pathways are
of high interest for human health: this part of metabolism plays a central role in the metabolic syndrome
that encompasses different life-style related diseases such as fatty liver disease, arteriosclerosis and
diabetes type II.
161
"State of the art" de la biologie de systèmes à l'INRA
Vincent Fromion
[email protected]
UR1077 Mathématique, Informatique et Génome, INRA, Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas cedex
Résumé :
En introduction de la session de Biologie des Systèmes, nous ferons un rapide tour d'horizon des efforts
actuellement menés au sein de MICA dans ce cadre, les mettrons en perspective, et indiquerons les
réelles avancées mais aussi les très nombreux défis qui sont devant nous.
162
Communications orales – Session 4
(par ordre chronologique des présentations) Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
163
O27 - Transcriptional vs post-transcriptional processes: what is important for Lactococcus lactis
adaptation ?
F. Picard, L. Girbal, P. Loubiere and Muriel Cocaign-Bousquet
[email protected]
An in-depth understanding of the adaptation of Lactococcus lactis to its environment was attained via a
vertical integrative biology approach, combining various experimental genome-scale biological
measurements at transcriptional but also post-transcriptional level. A systems biology input to integrate
such “omic” data, via computational models has been developed to better decipher the global response of
L. lactis to constrained growth.
The first level of cellular response to a modified environment was examined via transcriptomic analysis
taking into account the role of mRNA stability. Degradation of mRNA varied as a function of the nutritional
constraints imposed and was found to control transcript levels to a similar extent as transcription thereby
contributing significantly to the modified transcriptome profile. Molecular determinants influencing mRNA
stability have been identified via bioinformatic analysis of the genome sequence. In addition,
transcriptomic data were shown to correlate weakly to protein concentrations as revealed by proteomic
data, indicating that post-transcriptional factors other than mRNA degradation may be also involved.
Protein determinants were then searched via both statistical and numerical modeling. Translational
efficiency and protein stability, two biological data-sets generally lacking in bacteria were estimated, and
shown to participate significantly to the resulting phenotype during the adaptation process.
In light of the results obtained here it is clear that a full picture of a metabolic response to a new
environment can only be obtained by analysis of multiple levels of cellular responses.
Redon et al., 2005, JBC, 43:36380-36385.
Dressaire at al., 2008, BMC Genomics, 9:343.
Dressaire et al., 2009, Plos. Comp Biology, 2009 Dec5(12):e1000606.
Mots-clés : adaptation / post-transcriptional regulation / L lactis
164
O28 - CcpA : un facteur de transcription déterminant dans l’adaptation de Bacillus subtilis à un
changement de source de carbone.
Nathalie Pigeonneau, François Lecointe, Pierre Nicolas et Philippe Noirot – BaSysBio European project.
[email protected]
A l’arrivée d’une deuxième source de carbone dans le milieu de culture, Bacillus subtilis se
« reprogramme » pour adapter son taux de croissance. Afin de comprendre à quels niveaux la cellule
régule son activité, il a été entrepris -dans le cadre du projet européen Basysbio- d’étudier
séquentiellement ce qui se passe au niveau fluxomique, métabolomique, protéomique et génétique
lorsqu’un second sucre est ajouté au milieu de culture (du malate lors d’une culture en milieu minimum +
glucose et inversement).
Nous avons utilisé une approche par ChIP-on-chip (Immuno-Précipitation de Chromatine et hybridation
sur puce) pour identifier les sites de fixation à l’ADN chromosomique de CcpA, le régulateur central de la
répression catabolique, dans des cellules cultivées en M9 malate + glucose ou en M9 malate. Environ
200 sites CcpA ont été identifiés en présence des 2 sucres alors qu’en malate, CcpA ne se fixe plus que
devant quelques gènes. La corrélation de ces résultats avec ceux obtenus en transcriptomique suggère
que lors de l’ajout de glucose au milieu contenant déjà du malate, la réponse transcriptionnelle est
majoritairement CcpA dépendante (pour 54% des gènes dont l’expression est la plus réprimée) et s’établit
très rapidement. Par contre, la répression catabolique en réponse à l’addition de malate dans un milieu
contenant déjà du glucose est plus lente et ne concerne qu’un sous-groupe de gènes (22% des gènes les
plus réprimés). Finalement, cette étude a permis d’ajouter une cinquantaine de gènes au régulon CcpA
chez B. subtilis.
Mots-clés : CcpA, répression catabolique, ChIP-on-chip (Immuno-Précipitation de Chromatine et
hybridation sur puce), Bacillus subtilis
165
O29 - A system biology study of the response of Saccharomyces cerevisiae to a NADPH
perturbation
Magalie Celton1,2, Anne Goelzer2, Carole Camarasa1, Vincent Fromion2 and Sylvie Dequin1
[email protected]
1
2
UMR1083 Sciences Pour l’Œnologie INRA-Montpellier SupAgro, 2 place Viala, 34060 Montpellier
Recently, redox engineering has proved to be an effective strategy to improve wine yeast strains. One
difficulty in metabolic engineering strategies is to predict the impact of gene modification on metabolism,
because of the high connectivity of metabolic pathways and of the different levels of regulation involved.
The objective of this study is to analyse by a system biology approach the transcriptional and metabolic
response to reduced NADPH availability in yeast. An experimental system was designed to perturb
specifically the NADPH flux demand, based on expression in yeast of an engineered NADPH-dependent
butanediol dehydrogenase(1).
A 10-fold increase in NADPH demand had little effect on growth rate, indicating that yeast is very robust
to a perturbation of the NADPH/NADP ratio. The levels of metabolites at key branch points (glycerol and
acetaldehyde node) were gradually affected depending on the perturbation level. For a low level of
NADPH perturbation, only changes in the excreted by products were observed. For a high level, part of
the response occurs at the level of transcription. Surprisingly, the main pathways (PPP, Ald6p) involved in
NADPH biosynthesis were not regulated. Upregulation of MAE1, PYC2 and MDH1, and ADH7 genes
suggesting that part of NADPH could be regenerated via a transhydrogenase-like cycle or via the
uncharacterized NADPH-dependent Adh7p enzyme.
In parallel, we have developed an explanatory model combining flux balance analysis and a description of
trancriptional regulations as described for Bacillus subtilis (2), that is used to perform an integrated
analysis of the response to NADPH perturbation.
1. Ehsani M., Dequin S., et al., (2009) Appl. Environ. Microbiol. 75(10):3196-205.
2. Goelzer A., Fromion V., et al., (2008), BMC Syst. Biol. (2), 20.
Mots-clés : NADPH metabolism, system biology, transcriptomic and metabolism analysis
166
O30 - Deciphering regulation dynamics in living Bacillus subtilis cells, towards the discovery of
unexpected processes
Mathieu Jules1, Ludovic. Le Chat1, Adrien Goelzer2, Dominique Le Coq1, Vincent Fromion2 and
Stéphane Aymerich1
[email protected]
1
2
Within the framework of the BaSysBio European integrated project (coordinated by P. Noirot), several
technological innovations were achieved. We developed the Live Cell Array (LCA) to help deciphering
transcriptional dynamics on an unprecedented scale [1]. The LCA is based on a large collection of strains
in which promoter-containing intergenic regions control the expression of a fluorescent reporter protein
(GFP). Fluorescence and absorbance are monitored from 60 synchronized batch cultures grown in a 96well microtiter plate by a multi-detection microplate reader (SynergyTM 2, Biotek®) in short time intervals (1
to 10 minutes), which allows building a high resolution profile of transcription [2].
As part of the major joint effort of the BaSysBio consortium, we monitored in real-time the fluorescence of
more than 100 gfp fusion strains to determine their promoter activities under glycolytic (glucose) and
gluconeogenic (malate) growth conditions as well as during shifts from one condition to the other (malate
to glucose and glucose to malate). Subsequent high-throughput statistical analyses were developed to
provide high quality and quantitative information on dynamic regulatory processes.
Transcriptomics with tiling arrays and large-scale proteomics were performed in identical growth
conditions. Formalisation and correlation analysis of the LCA data with the two former datasets uncovered
new transcriptional regulations either inside or outside the promoter regions and revealed unexpected
phenomena such as mRNA or protein specific degradations.
[1]
Botella E., Fogg M., Jules M., Piersma S., Hansen A., Denham E.L., Le Chat L., Veiga P., van Dijl J.M.,
Aymerich S., Wilkinson A.J. and K.M. Devine. 2010. pBaSysBioII: an integrative plasmid generating gfp
transcriptional fusions for high-throughput analysis of gene expression in Bacillus subtilis. Microbiology,
Epub ahead of print.
[2]
Kleijn R.J., Buescher J.M., Le Chat L., Jules M., Aymerich S. and U. Sauer. 2010. Metabolic fluxes
during strong carbon catabolite repression by malate in Bacillus subtilis. J Biol Chem. 285(3):1587–1596.
Mots-clés : Bacillus subtilis, LCA, transcriptomic, proteomic
167
O31 - Adaptation nutritionnelle chez Bacillus subtilis : régulation transcriptionnelle du
métabolisme central et au-delà
R. Kleijn1, Ludovic Le Chat2, M. Uhr3, M. Jules2, P. Nicolas4, A. Leduc4, P. Bessières4, J. Stelling3,
S. Aymerich2 et U. Sauer3
[email protected]
1
Institute of Molecular System Biology, ETH Zurich, CH-8093 Zurich, Switzerland
3
Institute of Computational Science and Swiss Institute of Bioinformatics, ETH Zurich, CH-8092 Zurich,
Switzerland
4
2
L’adaptation à l'évolution des conditions de nutrition est fondamentale pour les micro-organismes, et peut
requérir une réorganisation du métabolisme central lors d’un passage d’une source carbonée à une autre.
Nous avons voulu déterminer quel était le poids de la régulation transcriptionnelle dans de telles
réorganisations. Pour répondre à cette question des Bacillus subtilis, bactéries à Gram-positif, ont été
cultivées en présence de 8 différentes sources de carbone, choisies de telle sorte que leurs points
d'entrée soient uniformément répartis dans le métabolisme carboné central. D’une part, l’expression de
l’ensemble du génome a été mesurée par Tiling Array et d’autre part les flux métaboliques ont été
calculés pour environ 200 réactions en utilisant des sources marquées au carbone 13 et un modèle du
métabolisme carboné central. Une comparaison systématique des flux in vivo et de l'expression génique
des gènes concernés par ces 200 réactions a alors été effectuée. L'analyse de corrélation des flux et des
niveaux d’expression a révélé que la régulation transcriptionnelle joue un rôle majeur dans l'adaptation et
le maintien des flux (elle intervient de manière importante pour 60% des réactions considérées). Des
analyses plus détaillées des données de transcriptomique nous ont permis d’identifier (i) un transporteur
putatif du pyruvate (ii) 146 ARNs antisens. Enfin, l’ensemble de ces données semblent indiquer que la
nature de la source carbonée est un signal global pour la cellule, signal qui entraine des changements
d’expression au-delà du métabolisme carboné central proprement dit.
Mots-clés : Flux métaboliques, transcriptomique, ARN antisens
168
O32 - Carte transcriptionnelle complète de Bacillus subtilis
Travail collaboratif de membres des deux projets européens BaSysBio et SysMo, dont pour l’INRA :
P. Nicolas1, A. Leduc1, E. Marchadier1, P. Bessières1, E. Dervyn2, Tatiana Rochat2, F. Lecointe2,
N. Pigeonneau2, P. Noirot2, L. Le Chat3, M. Jules3 et S. Aymerich3
[email protected]
1
3
2
La modulation de l’activité transcriptionnelle est un mécanisme central utilisé par les bactéries pour
s’adapter aux variations environnementales. Récemment, le développement de la technologie des puces
ADN de haute densité (tiling arrays) a rendu l’annotation des unités transcriptionnelles (UT) accessible à
un niveau de définition comparable à celles des données de séquence.
Les objectifs de ce projet étaient d’établir une annotation fonctionnelle du génome de Bacillus subtilis et
d’appréhender dans sa globalité l’architecture de son réseau de régulation. Une exploration exhaustive
des différentes conditions de vie de cette bactérie a été entreprise afin de quantifier son activité
transcriptionnelle.
Les
hybridations
effectuées
ont
permis
d’étudier
des
conditions
physiologiques différentes : croissance en milieu riche ou minimum, conditions de stress, de sporulation,
de mobilité, de formation de biofilm, de compétence… L’analyse bioinformatique des données a rendu
possible l’identification de l’ensemble des UT actives. Une expression a été détectée pour pratiquement
toutes les UT annotées sur le chromosome. Pour chacune des UT, un profil d’expression en fonction des
conditions de vie a pu être établi et un ou plusieurs facteurs sigma lui a été associé. Les principaux
résultats issus de cette analyse applicable à toutes les espèces bactériennes cultivables seront
présentés.
Mots-clés : annotation fonctionnelle, tiling arrays, transcription, Bacillus subtilis
169
O33 - Mécanismes d’activation du facteur sigma RpoE2, régulateur majeur de la réponse générale
aux stress chez Sinorhizobium meliloti
Bénédicte Bastiat, Laurent Sauviac et Claude Bruand
Sinorhizobium meliloti est une alpha-protéobactérie du sol capable d’établir une symbiose fixatrice
d’azote avec des plantes légumineuses comme la luzerne cultivée Medicago sativa. Au cours de son
cycle de vie, dans le sol et in planta, cette bactérie est soumise à de multiples stress. Notre groupe
s’intéresse à la réponse générale aux stress chez S. meliloti. Au cours de travaux précédents, notre
groupe a mis en évidence que RpoE2, l’un des 11 facteurs sigma ECF (extracytoplasmic function) de S.
meliloti, est un régulateur majeur de cette réponse (1). En effet, RpoE2 est activé par plusieurs stress et
carences, et régule l’expression de plusieurs gènes de réponse aux stress. De plus, un mutant rpoE2
présente des phénotypes de sensibilité à l’H2O2 et à la dessiccation. Toutefois, les mécanismes
d’activation de RpoE2 en réponse aux stress étaient jusqu‘à présent inconnus.
Par des approches génétiques et biochimiques, nous avons montré que RpoE2 est négativement régulé
par deux anti-sigma, capables d’interagir avec RpoE2. Nous avons également montré que deux
régulateurs de réponse putatifs contrôlent positivement RpoE2 en réponse aux stress. De façon
surprenante, ces régulateurs n’agissent pas sur la transcription de rpoE2 mais interagissent avec les antisigma, ce qui suggère qu’ils agissent comme des anti-anti-sigma (2). Le mécanisme d’activation que nous
proposons ressemble à ceux récemment proposés pour les homologues de RpoE2 chez
Methylobacterium extorquens et Bradyrhizobium japonicum, mais l’existence de deux paires de
régulateurs de RpoE2 chez S. meliloti en fait un système plus complexe, probablement capable d’intégrer
plusieurs stimuli
(1) Sauviac, L., Philippe, H., Phok, K., and Bruand, C. (2007) An extracytoplasmic function sigma factor
acts as a general stress response regulator in Sinorhizobium meliloti. J Bacteriol 189: 4204.
(2) Bastiat, B., Sauviac, L., and Bruand, C. (2010) Dual control of Sinorhizobium meliloti RpoE2 sigma
factor activity by two PhyR-type two-component response regulators. J Bacteriol (sous presse).
Mots-clés : facteur sigma ECF, système à deux composants, facteur anti-anti-sigma, réponse générale
aux stress
170
Posters - Session 4
171
P88 - Intégration fonctionnelle de la protéine SMC chez Bacillus subtilis : recherche de
suppresseurs
Camille Benoist, Etienne Dervyn et Philippe Noirot
[email protected]
Les protéines de type SMC (pour « Structural Maintenance of Chromosomes ») sont impliquées dans
différents aspects de la dynamique du chromosome tels que la condensation, la ségrégation et la
réparation de l'ADN. En effet, une souche de B. subtilis dépourvue de SMC présente des phénotypes
sévères tels qu'un défaut dans la compaction et le partitionnement du chromosome, une sensibilité
accrue à certaines drogues endommageant l'ADN ainsi qu'à des inhibiteurs de gyrase. Une telle souche
est incapable de croître en condition de croissance rapide. Enfin, il a été montré que SMC intervenait
dans la régulation de l'expression de certains gènes.
Pour comprendre l'étendue des phénotypes associés à la perte de ce gène, une recherche des
partenaires physiques et génétiques de SMC a été entreprise.
Des suppresseurs spontanés de la délétion ont donc été isolés en condition de croissance rapide afin
d'identifier de nouveaux partenaires génétiques. La caractérisation phénotypique de ces mutants a mise
en évidence différentes classes de mutations suppressives, suggérant que différentes mutations
pouvaient restaurer la viabilité d'une souche dépourvue de SMC. Les interactants génétiques déjà connus
de SMC n'ont pas été retrouvés dans une première tentative de localisation de mutations suppressives,
suggérant ainsi que des liens génétiques nouveaux ont été mis en évidence dans cette étude.
La localisation d'une mutation suppressive a pu être déterminée par séquençage haut débit. Elle
toucherait un nouvel acteur potentiel de la dynamique du chromosome, pour lequel nous entreprenons
une caractérisation fonctionnelle.
Mots-clés : réparation, ségrégation, condensation, mutations suppressives
172
P89 - Diversité métabolique chez Saccharomyces cerevisiae. Conséquences sur l’utilisation de
l’azote pour la croissance au cours de la fermentation alcoolique.
Lucie Crépin, Pascale Brial, Frédéric Bigey, Sylvie Dequin et Carole Camarasa
[email protected]
Saccharomyces cerevisiae est un organisme largement étudié en tant que modèle eucaryote. De
nombreuses connaissances ont été acquises à partir d’un nombre restreint de souches, dites de
laboratoire, fortement domestiquées, sans prendre en compte l’importante diversité existant chez cette
espèce. L’objectif de ce projet est d’analyser la variabilité phénotypique chez S. cerevisiae, afin
d’identifier les mécanismes responsables de l’adaptation des souches à leur environnement et les bases
moléculaires à l’origine de certaines propriétés spécifiques de ces levures. Le phénotype de 70 souches
de S. cerevisiae d’origines diverses (isolats cliniques, naturels, fermentations, laboratoires), dont le
génome a été récemment séquencé(1), a été déterminé en conditions de fermentation œnologique
(environnement extrême permettant d’exacerber les divergences entre souches). Une variabilité
importante a été observée pour l’ensemble des critères analysés : performances fermentaires, croissance
cellulaire, traits métaboliques. En particulier, le niveau de formation de biomasse peut varier d’un facteur
5. Nous avons cherché à préciser l’origine des différences de capacité de croissance. En condition de
fermentation, la croissance cellulaire dépend principalement de la disponibilité en azote(2). La
caractérisation de 3 souches divergentes a mis en évidence une relation entre la capacité de croissance
des souches et leur profil d’assimilation des différentes sources d’azote. Par la suite, le devenir de l’azote
(assimilation, catabolisme des sources azotées, stockage vacuolaire, besoins anaboliques) sera précisé
par des expériences de traçage. Ceci nous permettra d’identifier les mécanismes responsables des
différences d’efficacité d’utilisation de l’azote pour la production de biomasse.
Liti, G. et al. Population genomics of domestic and wild yeasts. Nature 458 (7236), 337-341 (2009).
2
Malherbe, S. et al. Modeling the effects of assimilable nitrogen and temperature on fermentation kinetics
in enological conditions. Biotechnol Bioeng 86 (3), 261-272 (2004).
1
Mots-clés : Saccharomyces cerevisiae, diversité phénotypique, métabolisme de l'azote
173
P90 - Un réseau d’interactions protéiques centré sur les facteurs de transcription chez Bacillus
subtilis
Tatiana Rochat, Olivier Delumeau, Stephen Mac Govern, Anne Aucouturier et Philippe Noirot.
[email protected]
Le projet européen BaSysBio utilise l’approche de la biologie des systèmes pour comprendre la réponse
globale de la cellule à des perturbations environnementales ou des changements de sources carbonées
en utilisant les technologies dites « omic » (transcriptomique, protéomique, fluxomique…). Dans ce cadre,
les interactions protéines-protéines sont susceptibles de jouer un rôle important dans la régulation de la
transcription de certains gènes. Nous avons donc entrepris de mettre en évidence les interactions
protéiques impliquant les facteurs de transcription (FT) par deux approches : le double hybride chez la
levure et la technologie du TAP-tag couplée à la LC-MS/MS. Sur les ~300 TF prédits chez Bacillus
subtilis, une quarantaine de FT ont été sélectionnés parmi les FT ayant un rôle global, ou impliqués dans
la régulation de la voie centrale du carbone, ou dans la réponse au stress. La machinerie de transcription,
en tant qu’élément central de la transcription, a également été étudiée. Le réseau d’interaction obtenu
grâce au système double-hybride a montré que 30% des FT interagissent avec au moins un autre FT. La
technologie du TAP-tag a permis de valider ces interactions pour certains FT. Par exemple, AbrB, un
facteur de transcription majeur pour la phase de transition, interagit avec son paralogue Abh. Des
expériences de transcriptomique et de ChIP-on-chip ont révélé l’importance de cette interaction sur
l’expression des gènes contrôlés par AbrB.
Mots-clés : interactomique - facteurs de transcription - Bacillus subtilis
174
P91 - The whole genome sequence of the S. cerevisiae wine yeast EC1118: a frame to address the
molecular bases of wine yeast adaptation
Maite Novo1, Frédéric Bigey1, Emmanuelle Beyne1,Virginie Galeote1, Frédéric Gavory2, Sandrine Mallet3,
Brigitte Cambon1, Jean-Luc Legras4, Patrick Wincker2, Serge Casaregola3 et Sylvie Dequin1
[email protected]
1
UMR1083 Sciences Pour l’Œnologie INRA-Montpellier SupAgro, 2 place Viala, 34060 Montpellier
CEA, Genoscope, Evry
3
UMR1238 Microbiologie et Génétique Moléculaire INRA-CNRS-AgroParisTech, 78850 ThivervalGrignon
4
UMR1131 Santé de la Vigne et Qualité du Vin INRA-Université de Strasbourg, 28 rue de Herrlisheim
68021 Colmar cedex
2
Saccharomyces cerevisiae has been used for millennia in winemaking. During wine fermentation, yeast
strains are exposed to harsh environmental conditions. These conditions, as well as unwitting selection by
man for optimal winemaking traits have generated hundred of wine yeast strains adapted to wine
fermentation conditions, which are currently used in the industry. To decipher the mechanisms which
participate to these evolutionary processes and to identify the genetic bases of strain properties, we
recently determined the complete diploid genome sequence of the commercial S. cerevisiae wine yeast
strain, EC1118 (Novo et al, 2009). The comparison with other available S. cerevisiae genomes reveals
significant variations (nucleotide polymorphism, indels, chromosomal rearrangements, gene repertoire).
The most remarkable feature is the presence of several clusters of genes acquired by horizontal transfer
in EC1118 genome, having function in carbon and nitrogen metabolism. One of the donors is
Zygosaccharomyces bailii, a species commonly found as contaminant of wine. The function of the
transferred genes and the fact that they are present in many wine yeast suggest that this strategy of
evolution by gene flow plays a major role in diversity and in adaptation to the wine ecosystem. The
availability of whole genome SNP distribution offers new opportunities to identify specific nucleotide
polymorphisms which can be associated with industrial traits. Methods of quantitative genetics and QTL
analysis are currently underway in our laboratory to identify the polymorphisms affecting fermentative and
metabolic properties of wine yeasts
Novo et al (2009). Proc Natl Acad Sci U S A. 106:16333-8
Mots-clés : Wine yeast; comparative genome analysis; Horizontal gene transfer
175
P92 - The role of the membrane associated proteins in DNA replication initiation control in Bacillus
subtilis
Michał Ferens, Marie-Françoise Noirot-Gros et Philippe Noirot
[email protected]
In bacteria, initiation of DNA replication is tightly regulated to ensure that the genome is replicated only
once per cell cycle. In E. coli, the activity of DnaA is modulated via the reversible exchange of active
ATP– to inactive ADP–DnaA form (Su'etsugu et al. 2004, 2005). The acidic phospholipids present in the
cell membrane were shown to promote the exchange of the DnaA-bound ATP to ADP in vitro but their
biological role remains unknown (Crooke, 2001). In B .subtilis, mechanisms responsible for replication
initiation control are still poorly understood. Two proteins interacting with DnaA have been revealed by
yeast two-hybrid. First, YabA was recently found to act as a negative regulator of DnaA- mediated
replication initiation. The second DnaA interaction partner, YkjA, is a multipass membrane protein. Four
paralogs of ykjA are encoded in B. subtilis, all being members of the YdfR family of proteins with no
assigned functions. Within the B. subtilis protein-protein interaction (PPi) network, all the paralogs were
found to be connected with the same hub of membrane associated proteins, which suggests they may
have redundant functions. Notably, we found that YkjA, unlike the other paralogs, interacts specifically
with DnaA in the yeast two hybrid assays. Our methodology includes the building of PPi networks and use
of genetic means to assess the functional predictions resulting from the networks. Our goal is to elucidate
the biological role of the interaction between DnaA, YkjA and the other membrane proteins of YdfR-like
family in the context of DNA replication initiation control.
Su'etsugu M, Takata M, Kubota T, Matsuda Y, Katayama T. (2004) Molecular mechanism of DNA
replication-coupled inactivation of the initiator protein in Escherichia coli: interaction of DnaA with the
sliding clamp-loaded DNA and the sliding clamp-Hda complex. .Genes Cells. 2004 Jun;9(6):509-22.
Su'etsugu M, Shimuta TR, Ishida T, Kawakami H, Katayama T. (2005) Protein associations in DnaA-ATP
hydrolysis mediated by the Hda-replicase clamp complex. J Biol Chem. 2005 Feb 25;280(8):6528-36.
Epub 2004 Dec 14.
Crooke E. (2001) Escherichia coli DnaA protein--phospholipid interactions: in vitro and in vivo. Biochimie.
2001 Jan;83(1):19-23.
Mots-clés : DNA replication initiation, Bacillus subtilis, membrane proteins
176
P93 - SSB : coordinateur des mécanismes de réparation des fourches de réplication ?
François Lecointe1, Audrey Costes2, Stephen McGovern1, Sophie Cheruel3 et Patrice Polard2
[email protected]
1
Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires CNRS-UPS, 118 route de Narbonne, 31062
Toulouse cedex 9
3
IBBMC, Équipe Génomique Structurale, Bat 430, Université de Paris-Sud, 91405 Orsay
2
Les bactéries ayant une seule origine réplicative sur le chromosome, l’arrêt prématuré de la réplication a
pour conséquence la mort de la cellule. Plusieurs voies sont impliquées dans les mécanismes de réponse
à ces arrêts. Celles-ci ont pour objectif la prise en charge de la fourche arrêtée par la machinerie de
redémarrage de la réplication. Notre but a été de comprendre comment les multiples protéines,
généralement peu abondante dans la cellule, impliquées dans ces voies de redémarrage atteignent leur
site d’action: la fourche de réplication arrêtée.
Nous avons montré que trois de ces acteurs, les hélicases PriA, RecQ et RecG, impliquées dans le
métabolisme de l’ADN, sont continuellement localisée dans l’usine réplicative de Bacillus subtilis. Cette
localisation dépend de la partie C-terminale de la protéine ubiquitaire SSB. SSB jouerait donc un rôle de
plateforme de rétention pour différentes hélicases facilitant ainsi leur action de réparation des fourches de
réplication en cas d’arrêt (1).
Nous avons ensuite cherché à savoir si SSB était le facteur d’ancrage d’autres protéines de la dynamique
du génome dans l’usine réplicative. Huit nouveaux partenaires de SSB ont été identifiés. L’identification
d’un partenariat multiple de SSB à l’usine réplicative soulève la question de son rôle dans la cellule. Nous
avons montré qu’un mutant d’interaction de SSB présente de nombreux défauts de croissance dans
différentes conditions. Ces résultats montrent qu’en plus de son rôle structural essentiel, la protéine SSB
est également impliquée dans la réparation de l’ADN et se retrouve donc à l’interface de trois grands
processus: réplication, recombinaison et réparation de l’ADN.
1- Lecointe F. et al. EMBO J. (2007). 26, 4239-4251.
Mots-clés : dynamique du génome, SSB, Bacillus subtilis, interactomique, coordination
177
P94 - The organisation of secretion complexes in Bacillus subtilis
Calum MacKichan and Rut Carballido-López
[email protected]
The translocon of the general secretory (Sec) pathway is a conserved membrane complex that is
essential for the translocation of the majority of bacterial secreted proteins, and includes a pore of three
polytopic proteins, SecYEG, and a membrane-associated ATPase motor, SecA. Previous studies have
revealed two principal patterns of localization of Sec components. In the coccoid bacteria Streptococcus
pyogenes (1) and Streptococcus mutans (2), the majority of Sec translocons are clustered at a single
microdomain in the cytoplasmic membrane known as the ExPortal. In contrast, Sec components have
been shown to display a helical-like organization in the rod-shaped bacteria Bacillus subtilis (3) and
Escherichia coli (4). Using B. subtilis as a model organism we aim to elucidate the mechanism of this
helix-like organization in rod-shaped bacteria by studying possible determinants such as the actin-like
MreB cytoskeleton and anionic phospholipid domains. MreB is an actin homologue that forms dynamic
filamentous helical structures around the periphery of the cell and is generally only found in bacterial
species more complex than a sphere (5). Helical patterns have also been found in B. subtilis using
membrane dyes that bind specifically to anionic phospholipids (6). Preliminary analysis of GFP fusions to
SecA and SecY suggest a co-localization with domains of anionic phospholipids, which is consistent with
an enrichment of anionic phospholipids previously reported at the ExPortal of S. pyogenes. To
complement this work a yeast-two hybrid network is being generated and GFP fusions to further proteins
of the secretion pathway will be studied. The underlying mechanism maintaining the phospholipid helices
will be also be investigated.
1. Rosch and Caparon (2004) Science 304(5676):1513-1515
2. Hu et al (2008) Arch Oral Biol. 53(2):150-154
3. Campo et al (2004) Mol Microbiol. 53(6):1583-1599
4. Shiomi et al (2006) Mol Microbiol. 60(4):894-906
5. Jones et al (2001) Cell 104(6):913-922.
6. Barák et al (2008) Mol Microbiol. 68(5):1315-1327
Mots-clés : Bacillus subtilis, Sec translocon, MreB cytoskeleton, Phosphatidylglycerol spirals
178
P95 - B-glucans, mannans and chitin relative influence on Saccharomyces cerevisiae cell wall
nanomechanical properties
Etienne Dague1, Hélène Martin-Yken2 and Jean-Marie François2
[email protected]
1
2
LAAS-CNRS, Université de Toulouse, 7 avenue du Colonel Roche 31077 Toulouse
Université de Toulouse, UMR0792 Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés
INRA-INSA-CNRS-UPS, 135 avenue de Rangueil 31077 Toulouse
Yeast cells are surrounded by a thick cell wall that delineate their shape and provides them mechanical
and osmotic protection. Under normal growth conditions, the cell wall of Saccharomyces cerevisiae is
composed of of β-glucans (50 -60 %), mannoproteins (40-50 %) and chitin (1-3%). This organelle
undergoes an extensive remodelling in response to various stresses or mutation that affects its synthesis.
While the molecular aspects of this remodelling mechanism are now well established, the changes in
mechanical properties and topological aspects of the cell wall have not been studied yet. We have shown
that cell wall nanomechanical properties can be measured by Atomic Force Microscopy, and we are now
using this powerful technology to elucidate the role of each cell wall constituent in its elasticity and
mechanical strength. Once gently immobilized, yeast cells are imaged and subjected to nano-indentation
experiments. This work was conducted on wild type S. cerevisiae cells and on several mutants affected
either in synthesis of cell wall components or in cell wall assembly and regulation. In parallel, we
measured glucan, mannan and chitin content in the walls of these strains, in order to establish the links
between AFM biophysical measurements and biochemical measurements. Another key objective of this
project is to get a detailed topological visualization of the cell wall, as AFM provides highly informative
structural details down to nanometer scale. In addition, we managed to apply this technology to
spheroplasts, which opens interesting research possibilities such as dynamic and in situ cell wall recovery
experimentations.
Mots-clés : Atomic Force Microscopy, Yeast, Cell wall
179
P96 - Systems biology of commensal and pathogenic Escherichia coli strains
Fabien Létisse1, Laurence Girbal1, Muriel Bonin-Mercier1, Stéphane Massou1, Pascal Ludwiczak1,
Serguei Sokol1, Jean-Philippe Nougayrède2, Muriel Cocaign-Bousquet1, Pascal Loubière1, Eric Oswald2,
and Jean-Charles Portais1
[email protected]
1
2
Toulouse cedex 3
Escherichia coli is a normal inhabitant of the gut microbiota but is also a highly versatile bacterial species
with considerable pathogenic potential. Certain E. coli strains are responsible of enteric and extraintestinal
infections such as neonatal meningitis and septicemia. Comprehensive understanding of the intestineE.coli interaction is a major issue for human or animal health and nutrition, as well as for the basic
knowledge of the functioning of gut microflora. The general aim of our project is to understand, through a
system biology strategy, how the adaptation of E. coli to the environmental conditions found in the gut can
favour the bacterium implantation, and also what are the physiological bases that determine the
expression of the specific traits of each strain, including fitness and virulence factors. The project will
include three main aspects:
i) A systems biology framework for the investigation of metabolic homeostasis and adaptation in E. coli
strains belonging to the phylogenetic group B2 - containing numerous pathogenic strains and becoming
prevalent in developed countries - will be developed.
ii)
This framework will be used to investigate the role of environmental factors – including mainly
carbon nutrition, cellular adhesion and biotic interactions - on metabolic homeostasis. The objective will
be to identify the dynamic network of metabolic and regulatory interactions that are involved in the
adaptation to key factors of the life in the colon.
iii) The role of metabolism in virulence expression will be investigated. More particularly, we will
investigate the link between metabolic adaptation and the expression of colibactin. This genotoxin has
been recently found in both commensal and pathogenic E. coli strains, and its functional expression is
controlled by the Carbon Storage Regulator (Csr) system, indicating that the expression of colibactin is
tightly associated with metabolic adaptation.
This project should provide new orientations in terms of preventive nutrition and therapeutics
Mots-clés :
.
180
P97 - Comparaison de la croissance de Streptococcus salivarius dans un milieu de référence et
dans une « salive artificielle »
Perrine Roger, Jérome Delettre, Aline Rault et Catherine Béal
[email protected]
Streptococcus salivarius K12 est une bactérie d’origine buccale, qui, en concentration suffisante
démontre un effet probiotique dans la bouche [1]. Il importe donc de bien comprendre les phénomènes
qui régissent son implantation au sein de la cavité buccale, en lien avec les conditions de milieu et
d’environnement rencontrées.
Dans ce but, cette étude vise à caractériser les différences de croissance et de maintenance de S.
salivarius K12 lors de fermentations conduites dans un milieu de référence (M17) et dans un milieu
« salive artificielle », caractérisé par une teneur élevée en sels et alimenté par un « repas » représentatif
d’un bol alimentaire. Cette analyse comparée est réalisée de façon dynamique au cours de la croissance,
sur trois échelles : population, cellule et molécule.
Selon les résultats obtenus, des différences importantes entre les deux milieux de culture sont observées
au cours de la croissance puis de la maintenance de S. salivarius K12. Les cinétiques de croissance
mesurées à l’échelle de la population, l’état physiologique cellulaire déterminé par cytométrie en flux [2] et
le protéome cytoplasmique évalué par électrophorèse bi-dimensionnelle [3] indiquent que le milieu
« salive artificielle » est un milieu de culture moins favorable que le milieu M17 pour S. salivarius K12, qui
génère un stress à ces différentes échelles complémentaires.
Dans le futur, l’effet de ce milieu sera analysé sur les deux fonctionnalités probiotiques de cette bactérie
(production de bactériocine et adhésion).
1. Burton, J.P., et al., A preliminary study of the effect of probiotic Streptococcus salivarius K12 on oral
malodour parameters. Journal of Applied Microbiology, 2006. 100(4): p. 754-64.
2. Rault, A., M. Bouix, and C. Beal, Fermentation pH Influences the Physiological-State Dynamics of
Lactobacillus bulgaricus CFL1 during pH-Controlled Culture. Applied and environmental microbiology,
2009. 75(13): p. 4374-4381.
3. Streit, F., et al., Acid adaptation of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus induces physiological
responses at membrane and cytosolic levels that improves cryotolerance. Journal of Applied
Microbiology, 2008. 105(4): p. 1071-1080.
Mots-clés : S. salivarius, Salive artificielle, Cytométrie en Flux, Protéomique, Cinétique de croissance
181
P98 - Rôle des protéines associées au cytosquelette bactérien
Anne-Stéphanie Rueff et Rut Carballido-López
[email protected]
Le cytosquelette bactérien des homologues d'actine (protéines MreBs) est impliqué dans la
morphogénèse cellulaire, la ségrégation chromosomique, la sporulation, la polarité cellulaire et
assurément dans une variété d'autres processus cellulaires majeurs chez la bactérie. Les protéines
MreBs sont essentielles pour la viabilité cellulaire et s'assemblent en une structure de filament hélicoïdal
dynamique le long de la cellule. Des homologues de MreB sont retrouvés chez la plupart des espèces
bactériennes non sphériques. Afin d'explorer les rôles des protéines MreB du cytosquelette ainsi que les
mécanismes moléculaires impliqués nous avons généré, par des criblages double hybride chez la levure,
un réseau d'interaction protéines-protéines, centré sur les trois homologues MreB (MreB, Mbl et MreBH)
présent chez notre organisme modèle, Bacillus subtilis. Une vérification systématique et drastique de
toutes les interactions obtenues lors des criblages a été réalisée afin d'éliminer tous les faux positifs. Les
interactions identifiées révèlent des liens entre les protéines MreBs et des protéines issues de catégories
fonctionnelles variées et de fonctions inconnues. La caractérisation du rôle biologique de certaine de ces
interactions est en cours. En particulier, nous nous intéressons à l'interaction entre la protéine MreB et
une protéine essentielle impliquée dans la voie de biosynthèse du peptidoglycane. Les mutants de cette
protéine cible manifestent des défauts de croissance et de morphologie similaire à ceux obtenus pour les
mutants mreB. La localisation subcellulaire est en cours d'étude mais révèle également des similarités
intéressantes avec celle de la protéine MreB.
Mots-clés : cytosquelette bactérien, MreB, double hybride chez la levure Journées des microbiologistes de l'INRA, 5-7 mai 2010, Futuroscope de Poitiers
182
Informations pratiques
183
184
Liste des participants
(mise à jour au 12 avril 2010 – Les numéros des résumés des auteurs-orateurs sont indiqués en gras)
N° du
Résumé
Nom
Prénom
E-mail
Unité - Dpt
ABED
ABI KHALIL
ALMEIDA
AMARIRBOUHRAM
ANBAMONDOLONI
AUGER
AYMERICH
Nadia
Elise
Mathieu
Jihane
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
IASP - MICA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
P46
P47
O11
P23
Jamila
[email protected]
Micalis - MICA
--
Sandrine
Stéphane
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
Micalis - MICA
AYUSO
BAILLY
BARANOVSKI
BARBIER
BARNY
BASTIAT
BATAILLER
BAUCHERONMONNIER
BECKERICH
Sandrine
Xavier
Eric
Paul
Marie Anne
Bénédicte
Brigitte
Sylvie
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
MICA
EPI-A - SA
IHAP - MICA
VIM - SA
IPP - SPE
LIPM - SPE
GD2P - SPE
IASP - MICA
-O30/O31
/O32
-O8
O21
-P48
O33
P49
P24
Jean-Marie
Micalis - MICA
BENOIST
BIBBAL
BIERNE
BIET
BLANCHARD
BONNARME
Camille
Delphine
Hélène
Franck
Alain
Pascal
jean-marie.beckerich
@grignon.inra.fr
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
IHAP - MICA
IBC - MICA
IASP - MICA
GD2P - SPE
GMPA - MICA
BOUCHEZ
BOUREAU
BOURY
BRANCHU
BRIANDET
BRIDIER
BRILLARD
BROUSSOLLE
BRUAND
BUEE
BUFFET
Théodore
Tristan
Michèle
Priscilla
Romain
Julen
Julien
Véronique
Claude
Marc
JeanPhilippe
Christophe
Yvan
Tony
Danielle
Thierry
Frédéric
Nicolas
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
PaVé - SPE
IHAP - MICA
Mic - MICA
Micalis - MICA
Oeno - MICA
SQPOV - MICA
SQPOV - MICA
LIPM - SPE
IAM - EFPA
BIPAR - SA
P9/P11
/P14
P88
P25
O24
P26/P72
P83
P9/P11
/P14
page 17
O17
P50
P51
P27/P36
P1
P28/P29
P28/P29
O33/P53
P22
--
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
LIPM - SPE
EM - SPE
MICA
GD2P - SPE
SQPOV - MICA
LGM - MICA
O25/P52
P53
P30
-O3
P29
P31
BUISSON
CAM
CAMPILLO
CANCEILL
CANDRESSE
CARLIN
CARRARO
185
CELTON
CHAILLOU
CHAMPOMIERVERGES
CHANTELOUP
CHASSAING
CHASTANET
CHAIN
CHATEL
CHEVIRON
CHIPOT
CITTI
Magalie
Stéphane
MarieChristine
Nathalie
Benoit
Arnaud
Florian
Jean-Marc
Nathalie
Ludovic
Christine
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
SPO - MICA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
O29
O6
O6/P4/P7
IASP - MICA
PBI - MICA
Micalis - MICA
Micalis - AlimH
Micalis - AlimH
PESSAC - EA
LGM - MICA
IHAP - MICA
CLOECKAERT
COCAIGNBOUSQUET
COLLIGNON
CORNET
CORTES-PEREZ
(BERMUDEZ)
CREPIN
CRETENET
CRUTZ-LE COQ
DALMASSO
DE PAEPE
DEBIERREGROCKIEGO
DELBES-PAUS
DELORME
DELUMEAU
DENAMUR
DENIZOT
DEQUIN
Axel
Muriel
[email protected]
[email protected]
IASP - MICA
LISBP - MICA
P44/P54
P55
--P2/P56
P32
P33
O21/P41
/P83
P24/P34
O27/P96
Christelle
Monique
Naima
[email protected]
[email protected]
[email protected]
BEF - EFPA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
O4/P22
-P57
Lucie
Marina
Anne-Marie
Marion
Marianne
Françoise
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
SPO - MICA
STLO - MICA
Micalis - MICA
STLO - MICA
Micalis - MICA
IPVBAI - SA
P89
O2/P3
P4
P5
P60
P58
Céline
Christine
Olivier
Erick
Jérémy
Sylvie
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
LRF - MICA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
PBI - MICA
SPO - MICA
DEUTSCHER
DIMIER-POISSON
DORÉ
Josef
Isabelle
Joël
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
IPVBAI - SA
Micalis - MICA
DORELLA
DOUARD
DOUBLET
DREUX
DUBRANA
DUCHAUD
DUHUTREL
FEMENIA
FERENS
FISCHER-LE SAUX
FLECHARD
FLEUCHOT
FLEUROT
Fernanda
Gregory
Benoit
Nicolas
Marie-Pierre
Eric
Philippe
Françoise
Michal
Marion
Maud
Betty
Isabelle
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
IASP - MICA
IASP - MICA
PBI - MICA
GD2P - SPE
VIM - SA
Micalis - MICA
BIPAR - SA
Micalis - MICA
PaVé - SPE
IASP - MICA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
P6
O18/P69
P90
page 56
P59
O29/P89
/P91
--O7/O18
P12 /P18
/P57
-P34
P34
P61
P66/P83
P62
P7
-P92
O13/P43
P35
P8
P36
186
FORQUIN
FREY-KLETT
Marie-Pierre [email protected]
Pascale
[email protected]
FROMION
Vincent
[email protected]
GALEOTE
GARDAN
GERARD
GERMON
Virginie
Rozenn
Philippe
Pierre
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
GILOT
GITTON
GIVAUDAN
GODON
Philippe
Vincent
Alain
JeanJacques
Alice
Morgan
Nabila
Aurélie
Agnès
Guillermina
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Stéphanie
François
[email protected]
[email protected]
HUILLET
Eugénie
[email protected]
HUMBERT
[email protected]
JAN
JUBELIN
JULES
JeanFrançois
Gwenaël
Grégory
Matthieu
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Bioemco EFPA
STLO - MICA
EMIP - SPE
Micalis - MICA
KACI
LAPAQUETTE
LASSALLE
LAUBER
LAVIE-RICHARD
LAYEC
LE CHAT
Ghalia
Pierre
Florent
Emmanuelle
Mathias
Séverine
Ludovic
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
mathias.lavie-richard @grignon.inra.fr
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
PBI - MICA
EM - SPE
LIPM - SPE
Micalis - MICA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
LE LOIR
Yves
[email protected]
STLO - MICA
LE ROY
LEBLOND
Tiphaine
Pierre
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
LGM - MICA
LEBLONDBOURGET
LEBRETON
LECOINTE
Nathalie
[email protected]
LGM - MICA
Alice
François
[email protected]
[email protected]
IBC - MICA
Micalis - MICA
LEFRANCOIS
LEPAGE
LEPLEUX
Louise
Patricia
Cendrella
[email protected]
[email protected]
[email protected]
IASP - MICA
Micalis - MICA
IAM - EFPA
GUIDOT
GUILBAUD
HADDAD
HANIN
HEBERT
HERNANDEZRAQUET
HEUX
HOULLIER
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
GMPA - MICA
IAM - EFPA
P9/P11
O4/P13
/P14/P22
MIG - MIA
page 162
/O29/O30
SPO - MICA
P91
Micalis - MICA
P8/P37
Micalis - AlimH
P71
IASP - MICA
P35/P54
/P78
IASP - MICA
P44/P54
MICA
-EMIP - SPE
O20
LBE - MICA
O5/O10
/P10/P38
LIPM - SPE
P63
Micalis - MICA
O6
Sécalim - MICA
P64
LME - MICA
P65
Micalis - MICA
P9/P11
LBE - MICA
O5
LISBP - MICA
Collège de
Direction
Micalis - MICA
--O25/P52
/P67
O1
O14/P70
O20/P84
O30/O31
/O32
O18
O26
O9
P87bis
P68
P69
O30/O31
/O32
O2/O14
/P3/P70
P71
O15/P31
/P33
-O24
O28/O32
/P93
P72
P12/P18
P13/P22
187
LEVENEZ
LEVERVE
Florence
Xavier
[email protected]
[email protected]
LOUBIERE
Pascal
[email protected]
Micalis - MICA
Collège de
Direction
LISBP - MICA
LUCAS
MACE
MacKICHAN
MAGUIN
MALEK
MALEMBICMAHER
MARAIS
MARCHETTI
MARTIN
MASSON-BOIVIN
MAYEUR
MERCIER-BONIN
MERHEJ
MESSAOUDI
MEYER
MICHEL
MIJAKOVIC
MIOT-SERTIER
MISTOU
MONDOT
MONNET
MONNET
Patrick
Sabrina
Calum
Emmanuelle
Reine
Sylvie
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Oeno - MICA
Sécalim - MICA
Micalis - MICA
MICA
GMPA - CEPIA
GD2P - SPE
Armelle
Marta
Christine
Catherine
Camille
Muriel
Jawad
Soumaya
Thomas F.
Catherine
Ivan
Cécile
Michel-Yves
Stanislas
Christophe
Véronique
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
GD2P - SPE
LIPM - SPE
Mic - MICA
LIPM - SPE
Micalis - AlimH
LISBP - Cépia
Mycsa - Mica
Sécalim - MICA
MONTEL
PhAN - AlimH
Micalis - MICA
Oeno - EA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
GMPA - MICA
Micalis - MICA
MarieChristine
MOREL
Fanny
MOUGEL
Christophe
NAMDARI
Fatémeh
NESME
Xavier
NIELSEN
Jens
NIELSEN-LEROUX Christina
[email protected]
LRF - MICA
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
PhAN - AlimH
MSE - SPE
IASP - MICA
EM - SPE
NOUAILLE
NOUVEL
PAYANT
Sébastien
Xavier
Isabelle
[email protected]
[email protected]
[email protected]
LISBP - MICA
IHAP - MICA
IASP - MICA
PAYOT-LACROIX
PETIT
PIGEONNEAU
PINEAU
PINSON-GADAIS
POCHON
PORCHERON
Sophie
Marie-Agnès
Nathalie
Thierry
Laetitia
Stéphanie
Gaëlle
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
LGM - MICA
Micalis - MICA
Micalis - MICA
SA
Mycsa - Mica
PaVé - SPE
IASP - MICA
PORTIER
Perrine
[email protected]
PaVé - SPE
Micalis - MICA
P12
-O2/ O27
/P3/P74
/P96
P15
P39
P94
-P14
P40
O3
O16/P73
P51
O16/P73
-P74/P96
P75
P16
page 100
P76/P77
-P1/P17
-P18/P62
P19
P8/P20
/P37
P6
P77
-P78
O9/P30
page 161
O25/P47
/P52
O2/P3
P41
O22/P46
/P78
O15
P23
O28/O32
--P79
P42/P44
/P54
P43
188
POTOCKIVERONESE
PROSSER
REJASSE
Gabrielle
[email protected]
James
Agnès
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
RENAUDIN
RENAULT
Joël
Pierre
[email protected]
[email protected]
GD2P - SPE
Micalis - MICA
REPOILA
RIOU
ROCHAT
Francis
Christine
Tatiana
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
MICA
Micalis - MICA
ROGER
ROSSELIN
ROSSIGNOL
ROUQUET
RUEFF
Perrine
Manon
Tristan
Géraldine
AnneStéphanie
Françoise
Vincent
Nicolas
Catherine
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
GMPA - CEPIA
IASP - MICA
BPF - MICA
IASP - MICA
Micalis - MICA
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
Micalis - MICA
LME - MICA
IASP - MICA
SCHWARTZ
SIRAND-PUGNET
TAIEB
TALON
THEVENARD
THIERRY
THOMAS
TOUZAIN
UROZ
VAILLEAU
VAN GIJSEGEM
VAYSSIERTAUSSAT
VELGE
Bertrand
Pascal
Fréderic
Régine
Benoît
Anne
Muriel
Fabrice
Stéphane
Fabienne
Frédérique
Muriel
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
PFIE - SA
GD2P - SPE
IHAP - MICA
Mic - MICA
Micalis - MICA
STLO - MICA
Micalis - AlimH
Micalis - MICA
IAM - EFPA
LIPM - SPE
IPP - SPE
BIPAR - SA
Philippe
[email protected]
IASP - MICA
WATTERLOT
WERY
WIEDEMANN
WILLIAMS
WRZOSEK
YKEN
ZUNDEL
ZYGMUNT
Laurie
Nathalie
Agnès
John
Laura
Hélène
Etienne
Michel
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Micalis - MICA
LBE - MICA
IASP - MICA
PHASE
Micalis - MICA
LISBP - MICA
SA
IASP - MICA
RUL
SANCHIS-BORJA
SAUVAGEOT
SCHOULER
LISBP - CEPIA
page 16
O25/P52
/P80
P49/P83
O11/O18
/P69
O12
-O32/P87
/P90
P97
O22/P46
P81
P44
P98
P20/P82
P28/P80
P65
P42/P44
/P54
-P83
P84
-P20
P5/P21
O19/P82
P45
P13/P22
P85
P86
O23
O22/P46
/P78
P87
O10/P38
O22/P46
-O19
P95
---
189
Liste des unités représentées lors de ces journées
Sigle
Nom
Localité
Centre INRA
Dpt
BEF
Biogéochimie des Ecosystèmes
Forestiers
Biogéochimie et écologie des milieux
continentaux
Biologie moléculaire et immunologie
parasitaires et fongiques
Biologie et pathogénicité fongiques
Champenoux
Nancy
EFPA
Grignon
Paris (ENS)
Maisons-Alfort
VersaillesGrignon
Jouy-en-Josas
EFPA
Paris
(Institut Pasteur)
Villeurbanne
Jouy-en-Josas
MICA
Clermont Theix
Montpellier
SPE
SA
UR1138
Bioemco
UMR1122
BIPAR
UMR0956
BPF
USC2019
EM
Ecologie Microbienne
USC1193
EMIP
UMR1133
EPI-A
Ecologie microbienne des insectes et
interactions hôte-pathogène
Épidémiologie Animale
Montpellier
Theix
UMR1090
GMPA
UMR0782
IAM
SPE
Génomique, diversité et pouvoir
pathogène
Génie et microbiologie des procédés
alimentaires
Interactions arbres/microorganismes
Grignon
Champenoux
Clermont Theix
BordeauxAquitaine
VersaillesGrignon
Nancy
Infectiologie animale et santé publique
Nouzilly
Tours
Interactions bactéries-cellules
Paris
(Institut Pasteur)
Toulouse
Jouy-en-Josas
Paris
(AgroParisTech)
Tours
VersaillesGrignon
Tours
Narbonne
Montpellier
Vandœuvre-lèsNancy
Castanet-Tolosan
Nancy
EA /
MICA
MICA
Toulouse
SPE
Toulouse
Toulouse
MICA /
CEPIA
MICA
UR0346
GD2P
SA
Villenave d'Ornon
SPE
CEPIA /
MICA
EFPA
UMR1136
IASP
UR1282
IBC
USC2020
IHAP
Interactions hôtes-agents pathogènes
Toulouse
UMR1225
IPP
Interactions plantes pathogènes
UMR0217
IPVBAI
UMR0483
LBE
UR0050
LGM
UMR1128
LIPM
UMR0441
LISBP
UMR0792
LME
USC2017
LRF
Caen
Rennes
Aurillac
Microbiologie
Theix
Microbiologie de l'alimentation au service
de la santé
Mathématique, informatique et génome
Jouy-en-Josas
Clermont Theix
Clermont Theix
Jouy-en-Josas
Jouy-en-Josas
Jouy-en-Josas
Microbiologie du sol et de
l'environnement
Mycologie et sécurité des aliments
Dijon
Dijon
MICA /
SA
MICA /
AlimH
MIA/MICA
/ PHASE
SPE
Villenave d'Ornon
Œnologie
Villenave d'Ornon
BordeauxAquitaine
BordeauxAquitaine
SPE /
MICA
MICA /
EA
UR0454
Micalis
UMR1319
MIG
UR1077
MSE
UMR1229
Mycsa
UR1264
Oeno
UMR1219
SA /
MICA
SPE
Immunologie Parasitaire-Vaccinologie et
Biothérapie Anti-infectieuse
Laboratoire de biotechnologie de
l'environnement
Laboratoire de génétique et
microbiologie
Laboratoire interactions plantes microorganismes
Laboratoire d'ingénierie des systèmes
biologiques et des procédés
Laboratoire de microbiologie de
l'environnement
Laboratoire de recherches fromagères
UR0545
Mic
SA /
MICA
MICA
SA
MICA
190
PaVé
UMR0077
PBI
Pathologie Végétale : Biodiversité,
Ecologie, Interactions
Bioagresseurs/Plantes
Pathogénie bactérienne intestinale
Beaucouzé
Angers Nantes
SPE
Clermont-Ferrand
Clermont Theix
VersaillesGrignon
Tours
MICA
USC2018
PESSAC
UR0251
PFIE
Physico-chimie et écotoxicologie des
sols d'agrosystèmes contaminés
Plateforme d'Infectiologie Expérimentale
Versailles
Physiologie des Adaptations
Nutritionnelles
Sécurité des aliments et microbiologie
Nantes
Sciences pour l'œnologie
Montpellier
Sécurité et qualité des produits d'origine
végétale
Avignon
Science et technologie du lait et de l'œuf
Rennes
Provence
Alpes Côte
d'Azur
Rennes
Virologie et Immunologie Moléculaires
Jouy-en-Josas
Jouy-en-Josas
Nouzilly
EA
SA
UE12
PhAN
UMR1280
Sécalim
Nantes
UMR1014
SPO
Angers Nantes
Angers Nantes
Montpellier
UMR1083
SQPOV
UMR0408
STLO
UMR1253
VIM
AlimH
MICA
CEPIA /
MICA
CEPIA /
MICA
CEPIA /
MICA
SA
UR0892
191
192
Ad
dresses utiles, tra
ansports
s, contac
cts et plans
Héb
bergemen
nt :
Salles de con
nférences :
Hôttel Campan
nile POITIERS – FUTU
UROSCOPE
E
Bld René Descartes
D
Z du Télép
ZA
port
86960 Futuroscope Chasseneuil
C
Tél. : +33 5 49 49 06 58
Fax : +33 5 49 49 06 44
E-mail : po
oitiers.futuro
oscope@ca
ampanile.fr
www.camp
panile-poitie
ers-futurosccope.fr
Pala
ais des Con
ngrès, Amp
phi 300
T
Téléport
1
86960 Futu
uroscope Ce
edex
T
Tél.:
+33 (0
0)5 49 49 38
8 00
Fax: +33 (0
0)5 49 49 38
8 38
E-mail: con
[email protected]
w
www.futuro
oscopecongres.com
Parrc du Futu
uroscope : www.futuroscope.com/
Tra
ansports sur
s place :
•
Mercre
edi 5 mai - Navettes
N
alller (Gares – Palais de
es Congrès
s – Hôtel C
Campanile) :
o à l'arrivée des
d trains de : 10h47 et
e 12h12 en gare SNCF
F de Poitierrs
o pour les tra
ains arrivantt à Futurosccope Gare TGV
T
à 9h27
7 et 9h54 à Futuroscop
pe Gare TG
GV :
prendre le bus régulier Ligne VITA
ALIS N°9 (c
cf page suivvante) à 9h4
49, 10h12 ou
o 10h24
•
Vendre
edi 7 mai - Navettes
N
re
etour (Hôte
el Campaniile – Palais
s des Cong
grès – Gare
es) : Heuress de
départ prévues
p
du Palais des Congrès (cconfirmation
n par afficha
age sur pla
ace à l'accue
eil amphi 30
00) :
Dé
épart Hôtel Campanile
e à: Déparrt Palais des
s Congrès à:
à pour être en Gare de Poitiers à:
-13h10
0
13h3
30
15h00
15h10
0
15h3
30
pour le train partan
nt de Futuro
oscope Gare
e TGV à 16
6h03, prendre le bus ré
égulier Ligne
e VITALIS N°9:
N
épart Hôtel Campanile
e à: Déparrt Palais des
s Congrès à:
à pour être à Futuroscope Gare
eDé
TGV à:
15h31
15h35
5
15h4
42
•
Bus rég
guliers (Lig
gne VITALIIS N°9) : vo
oir plan et ho
oraires com
mplets page
e suivante
•
Taxis :
o Association
n des artisans taxis de Poitiers
o Radio taxiss Poitiers
o Taxis des 3 Vallées htttp://taxi-futu
uroscope.co
om/
Tél : 05 49 01 10 01
Tél : 05 49 88 12 34
Tél : 05 49 55 4
49 56
Con
ntacts :
Pour to
oute demand
de concern
nant l'organiisation de ces
c journée
es, contacte
ez-nous, nous ferons notre
possible
e pour y rép
pondre !
San
ndrine AYUSO
sandrine.ayuso@jou
uy.inra.fr
Adjoin
nte de dépa
artement
Che
ef de projetss - Programm
mes transvversaux
et
e
Daniellle CANCEIILL
danielle.ca
anceill@jouy
y.inra.fr
Adjointe de départe
ement
Chargée d
de commun
nication
Départe
ement Mica
a, UAR1194
4, INRA, Do
omaine de Vilvert,
V
Bât. 522, 78352
2 Jouy-en-Josas Cedexx
https:///intranet.inra.fr/mica
www.iinra.fr/mica//
Jou
urnées des micro
robiologistes de l'INRA, 5-7 maii 2010, Futurosccope de Poitierss
193
3
Plan
n de la lign
ne de bus Vitalis N°9 (tickets à l'u
unité en ven
nte dans le bus : 1,30 €) :
www
w.futuroscop
pe.com/resssources/divvers/vitalis_ffuturoscope
e.pdf
Horraires (lund
di au vendrredi) :
Jou
urnées des micro
robiologistes de l'INRA, 5-7 maii 2010, Futurosccope de Poitierss
194
4
10 mn à pied entre le
Palais des Congrès et
l'hôtel Campanile
Campanile et l'entrée
du Futuroscope
5 mn à pied entre
l'entrée du Futuroscope
et le restaurant Saveurs
du Soleil
Accès en voiture : suivre la signalétique
Palais des Congrès Amphi 300
Palais des Congrès et
l'entrée du Futuroscope
Restaurant
Saveurs du Soleil

Conférencier invité – Session 3 - INRA

Transcription

Documents pareils

Vente de fruits

Le pire n`est jamais sûr

ACCÈS À L`INRA D`ORLÉANS

OFFRE DE STAGE EN STATISTIQUE ET AGRONOMIE

Votre recherche: De: AUCHAN POITIERS SUD service accueil À

ACCÈS À L`INRA DE TOURS

bureau de poste Poitiers Notre Dame À: Station TGV du

Flyer Débat 20 juin 2013 - Fondation Sciences Citoyennes

plan du site du futuroscope - Office de Tourisme de Chasseneuil