Tutoriel CHEMSKETCH

TUTORIEL CHEMSKETCH
Création d’une molécule en 2D:
- Lancer le logiciel ChemSketch icône
sur le bureau.
et que l’icône
- Vérifier que vous êtes bien en mode structure
est bien sélectionnée.
- Les principaux atomes sont repris dans la barre d’outils verticale de gauche.
- Sélectionner dans cette barre d’outils l’atome principal, ici l’atome de Carbone : C.
- Cliquer sur la zone de travail (page blanche).
ChemSketch ajoute lui-même les atomes d’hydrogènes nécessaires pour respecter les
règles de stabilité, donc ici, la molécule de méthane CH4 est créée par défaut.
- En maintenant cliqué à gauche, en tirant (pas trop) avec la souris à partir de CH4 puis en
relâchant, on ajoute un atome de carbone à la chaîne.
On crée par défaut une molécule CH3-CH3.
- Pour créer d'autres liaisons, avec d’autres atomes, il faut sélectionner au préalable
l’atome voulu dans la barre d’outil verticale gauche.
- Pour dessiner des liaisons multiples, cliquer sur la liaison, le nombre d’atomess
d’hydrogènes s’ajuste (à faire avant l’optimisation de la géométrie sinon impossible).
- Pour effacer un atome, une liaison ou la molécule :
 Cliquer sur l'outil Gomme de la barre d'outils généraux
;
 Positionner le pointeur de souris sur l'objet à supprimer ;
lorsque le pointeur de souris approche d'une liaison ou d'un atome
particulier, ce dernier s'encadre : c'est cet objet qui sera effacé lors du clic.
Le reste de la (ou des) molécule(s) se réorganise automatiquement.
 Pour supprimer une molécule dans son entier, sélectionner d'abord la molécule puis
supprimer-la par la même méthode.
- Pour réorganiser la molécule : Cliquer sur le bouton « Clean Structure » :
ce bouton permet de réorganiser la présentation des liaisons chimiques de manière à
rendre une formule plus « propre ».
- Pour visualiser les liaisons C—H et préparer à la visualisation 3D de la molécule, il
suffit de cliquer sur l’icône :
3D OPTIMISATION.
- Pour faire pivoter la molécule : cliquer sur l’icône
molécule et la faire bouger.
puis cliquer gauche sur la
Pour passer en 3D:
- Cliquer sur l’icône
3D viewer pour visualiser la molécule en 3D ou dans le menu
ACD/labs, choisir 3D viewer...
- Même si vous l’avez déjà fait, cliquer sur le bouton
3D OPTIMISATION.
- Choisir le mode de représentation Balls and sticks :
, les atomes sont représentés
par des boules et les liaisons sont figurées par des tiges entre les boules.
- Pour faire pivoter la molécule : cliquer gauche sur la molécule et la faire bouger.