FICHE DE PRISE EN CHARGE ECHANTILLON(S)

FICHE DE PRISE EN CHARGE
Date :
ECHANTILLON(S)
Responsable de la Plate-Forme : Thierry Jouenne : 02-35-14-66-80
((s)s)
Pascal Cosette : 02-35-14-63-97 / Laurent Coquet : 02-35-14-60-12
Philippe Chan : 02-35-14-67-35
VOS COORDONNEES
NOM :
PRENOM :
LABORATOIRE :
ADRESSE PROFESSIONNELLE :
:
E-mail :
ECHANTILLON(S)
NOMBRE D’ECHANTILLONS :
ORGANISME(S) DONT SONT ISSUS LES ECHANTILLONS :
QUANTITE DE MATERIELS BIOLOGIQUES (EX. : PROTEINE) ET METHODE(S) D’ESTIMATION
CONDITIONNEMENT DES:
ECHANTILLONS *
 Plaque 96 puits non jupée 0,2 mL
(Ex. : Plaque PCR ABgene Low Profile Thermo-Fact
AB-0700)

Tubes « Eppendorfs » 1,5 mL avec référence des echantillons
annotée sur tube et capuchon.

Autres :
* Pour une digestion trypsique mettre les échantillons dans une plaque 96 puits ou Tubes « Eppendorfs » 1,5 mL.
Version du 20/06/11
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NATURE DE(S) ECHANTILLON(S) ENVOYE(S) :
 Liquide
 Bande(s) gel SDS-PAGE
 Spot(s) gel 2D
 Lyophilisé
 Membrane PVDF
 Autres :
ANALYSE(S) SOUHAITEE(S) :
 Gel(s) 1D(1)
 Gel(s) 2D(2)
 Coloration Nitrate d’Argent(3)
 Coloration au Bleu Colloïdal(4)
 Découpe sur gel(5)
 Digestion Trypsique(6)
 Spectrométrie de masse Maldi-Tof (7)
 Séquençage LC-MS-MS (8) :  Nano-LC- ESI-Trap
 Nano-LC- ESI-Q-TOF
 Séquençage Nt (9)
 Autres analyses:
PHOTO DU GEL (FORMAT JPEG ou TIF) JOINTE A LA DEMANDE :
 oui
 non
DEMANDE D’ANALYSE INTEGREE AU PrIMS * :
*Concerne les analyses d’identification des protéines par spectrométrie de masses.
 oui
 non
SOUHAITEZ VOUS RECUPERER VOS ECHANTILLONS
APRES ANALYSE(S) (Echantillons peptidiques après digestion
conservés par défaut durant 2ans).
 oui
Après création de votre compte, un login et mot de passe
vous sont attribués afin d’intégrer les images de vos gels d’électrophorèse et d’annoter les spots d’intérêts. Vous pouvez ensuite consulter les
résultats d’identification (sauvegardés sur un serveur internet sécurisé) à partir de tout poste informatique et suivre ainsi l’avancée des analyses
en temps réel.
 non
 Je certifie avoir pris connaissance, page 3 de ce document, des conditions de prise en
charge et de la tarification des prestations.
Je souhaite que ma demande d’analyse(s) soit réalisée dans le cadre :
 d’une prestation de service (validation après retour du devis signé et d’un bon de commande)
 d’une collaboration (m’engage à citer la Plate-Forme de Protéomique lors de communications
scientifiques (ex. : posters, publications) en intégrant comme co-auteur(s) la ou les personnes impliquée(s) dans
le traitement de vos échantillons dont les noms vous seront communiqués par votre interlocuteur).
 d’une recherche interne (pour membres du laboratoire)
Date :
Date :
Version du 20/06/11
Signature du demandeur et de son responsable :
Approbation du responsable de la PFP
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Conditions de prise en charge
1) La quantité de protéines déposée et le type de gel d’acrylamide utilisé (taille, % d’acrylamide, linéaire ou à gradient) sont à
convenir avec le demandeur en fonction de l’échantillon et des analyses ultérieures souhaitées. La prestation comprend la
préparation des échantillons protéiques, du gel d’acrylamide et la migration SDS-PAGE.
(2) Nous disposons de toute une gamme de bandelettes présentant différents gradients de pH immobilisés. Le choix du
gradient de pH, la quantité de protéines déposée, les systèmes de migration 1D et 2D sont à définir avec le demandeur en
fonction de l’échantillon et des analyses ultérieures souhaitées. La prestation comprend la préparation des échantillons
protéiques dans le tampon IEF, la réhydratation des strips, la focalisation iso-électrique et la SDS-PAGE.
(3) La coloration au nitrate d’argent habituellement réalisée au laboratoire utilise le paraformaldéhyde (des identifications par
LC-MS-MS sont néanmoins possibles). La prestation comprend la coloration et la numérisation du gel. Les analyses bioinformatiques des gels ne sont pas incluses mais peuvent être réalisées sur demande (prendre contact avec un des
responsables de la plate-forme pour plus d'informations).
(4) La prestation comprend la coloration au bleu colloïdal et la numérisation du gel. Les analyses bio-informatiques des gels
ne sont pas incluses mais peuvent être réalisées sur demande (prendre contact avec un des responsables de la plate-forme
pour plus d'informations).
(5) La découpe est réalisée manuellement à partir de gels SDS-PAGE ou 2D.
(6) La digestion trypsique est réalisée de façon automatisée par l’intermédiaire d’un robot (Multiprobe de chez Perkin
Elmer). Afin de limiter les contaminations, les spots ou morceaux de gels (2x2 mm) pourront être déposés dans des
microtubes de 1,5 mL ou dans une plaque 96 puits avec fond conique (Plaque PCR ThermoFast ABgene Low Profile). Pour
les microtubes de 1,5 mL, il est préférable que le volume occupé par les échantillons ne dépasse une hauteur équivalente à un
volume de 100 µL (soit environ 9 mm). Dans le cas de spots ou bandes protéiques révélés au nitrate d’argent, un protocole de
décoloration sera réalisé préalablement aux étapes de lavage et à la digestion.
(7) L’analyse comprend la reprise de l’échantillon, le dépôt sur la plaque Maldi avec la matrice et l’analyse de l’échantillon
par spectrométrie de masse Maldi-Tof (PrOTOF). Les spectres et les listes de pics de masse (peak lists) sont fournis au client
sous, respectivement formats rtf et txt. Les données brutes (raw data) peuvent éventuellement être fournies sur demande.
L'identification des protéines par recherche bio-informatique dans les banques de données est à la charge du demandeur.
Dans le cas d’une prestation d’identification, celle-ci est réalisée à partir du moteur de recherche Mascot Daemon (version
2.1.3) et le rapport d’identification « Peptide Summary report » est envoyé sous format html. Le traitement des échantillons
ne comprend pas le dessalage.
(8) La Plate-Forme de Protéomique est équipé de 3 appareillages LC-MS/MS: le système Nano-LC/Nanospray QTRAP
(Applied Biosystems), le système Nano-LC-ESI-Q-TOF 6520 (Agilent) et le système Nano-LC-ESI-Trap 6340 (Agilent).
Les identifications protéiques sont préférentiellement réalisées avec la Nano-LC-ESI-Trap Agilent 6340. Les données sont
traitées avec le logiciel DataAnalysis (version 3.4, Bruker Daltonic). Les identifications des protéines par recherche bioinformatique dans les banques de données sont incluses dans la prestation. Elles sont réalisées par l’intermédiaire du moteur
de recherche Mascot Daemon (version 2.1.3). Toutes les données de LC-MS/MS et/ou le rapportd’identification « Peptide
Summary report » issu de Mascot sous format html sont fournis au demandeur.
(9) Une quantité minimum de 20 pmoles de protéines ou peptides est requise. Les échantillons peuvent être traités sous forme
soluble ou fixés sur une membrane de PVDF. Pour le séquençage des protéines ou peptides bloquées en Nt ou en quantité
insuffisante, la prise en charge ainsi que les 3 premiers cycles seront facturés. Les résultats (séquence en acides aminés) sont
transmis au client, accompagnés des chromatogrammes sous format PDF.
Tarification
Les tarifs des prestations sont disponibles sur le site internet de la Plate-Forme de Protéomique (http://plateformeproteomique.crihan.fr/ptp/prestations_tarifs/) Dans le cadre d’une prestation de service, un devis est établi avant toute
prestation entre le client et la PFP.
Délais de traitement
A titre indicatif, les délais moyens de traitement en 2009/2010 après réception des échantillons étaient de 15 jours pour
l’électrophorèse 1D ou 2D, la coloration, la numérisation des gels et l’excision des spots, de 21 jours pour une digestion
trypsique, de 28 jours pour une analyse de « digest trypsique » par Maldi-Tof, de 15 jours pour une analyse de « digest
trypsique » par LC-MS-MS (Trappe) et de 7 jours pour un microséquençage Nt.
Dans le cadre de projets faisant appel aux diverses activités de la plate-forme, les délais seront définis au préalable entre le
client, le responsable de la plate-forme et l’expérimentateur susceptible de prendre en charge les analyses, en fonction de la
nature et du nombre d’échantillons et du projet ; chaque projet de recherche étant soumis à des délais par les organismes
financeurs. Les délais établis avec le client pourront néanmoins être modulés en fonction des résultats obtenus.
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Cadre réservé à la plate-forme de protéomique
Date de réception des échantillons :
par :
Analyse(s) prise(s) en charge par :
Lieu de stockage avant analyse :
Processus utilisé(s)

Electrophorèse

ProXPress

Découpe sur gel

Multiprobe

Maldi-PrOTOF

Nom du fichier informatique
Expérimentateur
-
-
 Nano-LC-ESI-Q-TOF
LC-MS/MS
 Nano-LC-ESI-Trap
 P492

Séquenceur(s)
 P494
*  Absence d’anomalie : résultats obtenus dans des conditions optimales
 Anomalie sans conséquence sur les résultats à savoir :
 Anomalie avec des conséquences sur les résultats à savoir :
Diffusion des résultats :
Version papier donné au demandeur le ….. / ….. / …..
Version papier envoyé par courrier au demandeur le ….. / ….. / …..
Transmis par téléphone au demandeur le ….. / ….. / …..
Envoyés par e-mail directement au demandeur le ….. / ….. / …..
Support de sauvegarde (copie sur :  clef USB  CD  DVD) envoyé au demandeur le ….. / ….. / …..
Support de sauvegarde (copie sur :  clef USB  CD  DVD) pris par le demandeur le ….. / ….. / …..
Transmis au co-responsable de la PFP le ….. / ….. / …..
Transmis au responsable de la PFP le ….. / ….. / …..
Résultats intégrés au PrIMS et consultable par le demandeur prévenu le ….. / ….. / …..
Autre(s) :
Autres commentaires :
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Conditions
d’analyse *


