Alban LEPAILLEUR - Université de Caen

Alban LEPAILLEUR
Adresse Professionnelle Centre d’Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie (CERMN)
14032 Caen cedex, France
+33 (0)2 31 56 68 22
+33 (0)6 10 49 42 31
[email protected]
Skype alban.lepailleur
ResearcherID C-7205-2015
Date de naissance 26 Juin 1977 | Statut matrimonial Pacsé | Nationalité Française
Situation actuelle
Maitre de Conférences – HDR en Modélisation Moléculaire
CERMN, UFR des Sciences Pharmaceutiques, Université de Caen Normandie, France
Formation
2012 Habilitation à diriger des recherches
UFR des Sciences Pharmaceutiques, Université de Caen Normandie, France
2005 Doctorat spécialité Biomolécules, Pharmacologie, Thérapeutique
UFR des Sciences Pharmaceutiques, Université de Caen Normandie, France
2003 DEA "Conception, Synthèse, Analyse et Structure de Composés d’Intérêt Biologique"
UFR des Sciences, Université d'Orléans, France
Expérience
2009 – aujourd'hui Maitre de Conférences en Modélisation Moléculaire
CERMN, UFR des Sciences Pharmaceutiques, Université de Caen Normandie, France
Activités
 Conception in silico de ligands multi-cibles (AChE, 5HT4R, 5HT6R et/ou H3R) d'intérêt dans le traitement de
la maladie d'Alzheimer
 Découverte automatique de connaissances RSA à partir de banques de données de molécules bioactives
(ChEMBL, Drugbank, …)
 Détection de signatures biologiques caractérisant un état pathologique à partir de données "omiques"
 Etude par dynamique moléculaire de l'espace conformationnel de neuropeptides cycliques (Urotensine,
Vasopressine)
Collaborations
 Groupe Mémoire et Plasticité comportementale (GMPc), Université de Caen, Pr Michel Boulouard (Caen,
France)
 Technologie Servier, Dr Philippe Vayer (Orléans, France)
 Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen (GREYC), UMR
CNRS-Université de Caen, Dr Bertrand Cuissart (Caen, France)
 Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), UMR CNRS-INRIA-Université
de Lorraine, Dr Amedeo Napoli (Nancy, France)
 School of Applied Mathematics and Information Science, Higher School of Economics, Pr Sergeï Kuznetsov
(Moscow, Russia)
 Department of Computer Science, Katholieke Universiteit Leuven, Pr Jan Ramon (Leuven, Belgium)
 Institut Fédératif de Recherches Multidisciplinaires sur les Peptides (IFRMP 23), Université de Rouen, Dr David
Vaudry (Rouen, France)
 Computational Modelling Group, University of Southampton, Pr Jonathan Essex (Southampton, UK)
 Centre for Molecular Design, University of Portsmouth, Pr Tim Clark (Portsmouth, UK)
2008 – 2009 Post-Doctorat en Toxicologie Prédictive
CERMN, UFR des Sciences Pharmaceutiques, Université de Caen Normandie, France
Support financier Agence Nationale de la Recherche (ANR)
Activités
 Développement et validation de modèles in silico comme méthodes alternatives pour estimer la toxicité de
substances chimiques
 Evaluation des méthodes in silico dans le contexte de REACH (Registration, Evaluation, Authorization and
restriction of CHemicals)
Collaborations
 PCAS, Dr Régis Pecquet (Longjumeau, France)
 Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), UMR CNRS-Université de Lorraine,
Pr Paule Vasseur (Metz, France)
2006 – 2007 Post-Doctorat en Modélisation Moléculaire et Drug Design
Sanofi Aventis R&D, Strasbourg, France
Activités
 Implication dans des programmes de recherche s'intéressant à des cibles variées (RCPG, kinase, phosphatase,
protéine chaperonne)
 Screening virtuel (structure-based VS et ligand-based virtual VS) d'une collection de ~1.300.000 molécules
 Développement d'un outil d'analyse pour les résultats de docking
 Prédiction de l'état de protonation d'un acide aminé d'intérêt au sein d'un site actif par des calculs d'énergie
libre
Collaboration
 Discngine, Dr Jean-Philippe Laval (Paris, France)
 Laboratoire International Associé CNRS-UIUC, Université de Lorraine, Dr Christophe Chipot (Nancy, France)
2003 – 2005 Travaux de thèse en Chémoinformatique, Modélisation moléculaire et Drug Design
CERMN, UFR des Sciences Pharmaceutiques, Université de Caen Normandie, France
Support financier Laboratoires Servier, Conseil Régional de Basse-Normandie
Activités
 Découverte de ligand à dualité d'action Histamine H3R / Sérotonine 5-HT4R présentant une activité
promnésiante
 Etude du récepteur sérotoninergique 5-HT7R par modélisation moléculaire (recherche par similarité,
définition d'un pharmacophore, modélisation par homologie, docking, …)
 Application de l'approche CoMFA à des inhibiteurs non peptidiques de l'ArylalkylAmine N-Acetyl Transferase
(AANAT)
 Optimisations de hits
 Préparation des collections de screening du CERMN
Collaborations
 Institut de Recherche Servier, Dr Daniel-Henry Caignard (Croissy-sur-Seine, France)
 Groupe Mémoire et Plasticité comportementale (GMPc), Université de Caen, Pr François Dauphin (Caen,
France)
 Institut Fédératif de Recherches Multidisciplinaires sur les Peptides (IFRMP 23), Université de Rouen, Dr
Hubert Vaudry (Rouen, France)
Production
scientifique
Publications marquantes (sur un total de 22)
Métivier, J.-P.; Lepailleur, A.; Buzmakov, A.; Poezevara, G.; Crémilleux, B.; Kuznetsov, S.; Le Goff, J.; Napoli,
A.; Bureau, R.; Cuissart, B. Discovering structural alerts for mutagenicity using stable emerging molecular
patterns. J. Chem. Inf. Model. 2015, 55, 925-40.
Lepailleur, A.; Freret, T.; Lemaitre, S.; Boulouard, M.; Dauphin, F.; Hinschberger, A.; Dulin, F.; Lesnard, A.;
Bureau, R.; Rault, S. Dual Histamine H 3R / Serotonin 5-HT4R Ligands with Anti-Amnesic Properties:
Pharmacophore-Based Virtual Screening and Polypharmacology. J. Chem. Inf. Model. 2014, 54, 1773-1784.
Lepailleur, A.; Bureau, R.; Halm-Lemeille, M.P.; Bouquet, M.; Pecquet, R.; Paris-Soubayrol, C.; Le Goff, J.;
André, V.; Lecluse, Y.; Lebailly, P.; Maire, M.A.; Vasseur, P. Assessment of the Genotoxic and Carcinogenic
Potentials of 3-aminothiophene Derivatives using In Vitro and In Silico Methodologies. J. Appl. Toxicol.
2014, 34, 775-786.
Varin, T.; Gutiérrez-de-Terán, H.; Castro, M.; Brea, J.; Fabis, F.; Dauphin, F.; Åqvist, J.; Lepailleur, A.; Perez,
P.; Burgueño, J.; Vela, J. M.; Loza, M. I.; Rodrigo, J. Phe369(7.38) at Human 5-HT7 Receptors Confers
Interspecies Selectivity to Antagonists and Partial Agonists. Brit. J. Pharmacol. 2010, 159, 1069-1081.
Lepailleur, A.; Lemaître, S.; Feng, X.; Sopkova-de Oliveira Santos, J.; Delagrange, P.; Boutin, J.; Renard, P.;
Bureau, R.; Rault, S. Receptor- and Ligand-based Study Focused on Novel 2,2’-Bithienyl Derivatives as NonPeptidic AANAT Inhibitors. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 446–460.
Lemaître, S.; Lepailleur, A.; Bureau, R.; Butt-Gueulle, S.; Lelong-Boulouard, V.; Duchatelle, P.; Boulouard,
M.; Dumuis, A.; Daveu, C.; Lezoualc'h, F.; Pfeiffer, B.; Dauphin, F.; Rault, S. Novel Antagonists of Serotonin4 Receptors: Synthesis and Biological Evaluation of Pyrrolothienopyrazines. Bioorg. Med. Chem. 2009, 17,
2607-2622.
Lepailleur, A.; Bureau, R.; Paillet-Loilier, M.; Fabis, F.; Saettel, N.; Lemaître, S.; Dauphin, F.; Lancelot, J.C.;
Rault, S. Molecular Modeling Studies Focused on the 5-HT7 vs 5-HT1A Selectivity. Discovery of Novel
Phenylpyrrole Derivatives with High Affinity for 5-HT7 Receptors. J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 1075-1081.
Chapitre de livre
Cuissart, B.; Poezevara, G.; Crémilleux, B.; Lepailleur, A.; Bureau, R. Emerging Patterns as Structural Alerts
for Computational Toxicology. In Contrast Data Mining: Concepts, Algorithms and Applications, Dong, G.
& Bailey, J., Eds.; Taylor & Francis Group, 2013, pp. 259-270.
Revue
Lepailleur, A.; Poezevara, G.; Bureau, R. Automated detection of structural alerts (chemical fragments) in
(eco)toxicology. Comput. Struct. Biotechnol. J. 2013, 5, e201302013.
Conférences marquantes (sur un total de 16)
Discovering chemical structural alerts using stable emerging patterns. Lepailleur, A.; Métivier, J.-P.;
Buzmakov, A.; Poezevara, G.; Crémilleux, B.; Kuznetsov, S.; Le Goff, J.; Napoli, A.; Bureau, R.; Cuissart, B.
8th International Symposium on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating
Internet Resources (CMTPI-2015), Chios Island (Greece), 21-25 June 2015.
Polypharmacology and multi-target directed ligands (MTDL) for GPCRs. Application to Alzheimer's Disease.
Bureau, R.; Lepailleur, A.; Rochais, C.; Dallemagne, P. 15th Annual World Preclinical Congress (WPC), Boston
(USA), 15-17 June 2015.
Comparing chemical fingerprints for ecotoxicology. Schietgat, L.; Lepailleur, A.; Cuissart, B.; De Grave, K.;
Crémilleux, B.; Bureau, R.; Ramon, J. 6èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique (SFCi),
Nancy (France), 10-11 October 2013.
Mining (Soft-) Skypatterns using Constraint Programming. Ugarte Rojas, W.; Boizumault, P.; Loudni, S.;
Cremilleux, C.; Lepailleur, A. European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of
Knowledge Discovery in Databases (ECML/PKDD), Prague (Czech Republic), 23-27 September 2013.
Conférences téléphoniques
First evaluation of the PLDM (Prepared Ligands Data Mart) virtual screening collection. Lepailleur, A.;
Muzet, N.; Wolf, E.; Improta, S. Sanofi Aventis R&D, Strasbourg (France), 6 December 2007.
Free energy calculations of alchemical transformations. Lepailleur, A.; Muzet, N.; Chipot, C.; Kireev, D.
Sanofi Aventis R&D, Strasbourg (France), 6 June 2007.
Distinction
2014 – 2018 Prime d'encadrement doctoral et de recherche (PEDR) accordée par le Ministère de l'Enseignement
Supérieur et de la Recherche
Subventions
2015 – 2017 Région Basse Normandie Découverte de connaissance à partir de données omiques (MINOMICS, 100 k€)
2015 – 2016 i-LAB Fouille de données omiques pour des applications en sciences biomédicales (45 k€)
2013 – 2014 Technologie Servier Utilisation des motifs émergents pour l'analyse de données métabolomiques et ADME
(100 k€)
2008 – 2012 ANR Développement et validation de modèles in silico comme méthodes alternatives pour estimer la
toxicité de substances chimiques (INNOTOX, 845 k€)
Responsabilités
Responsabilités Scientifiques
 Responsable d'un contrat de collaboration de 18 mois avec Technologie Servier (Orléans)
 Préparation de dossiers de demande de financement en réponse à des appels à projet nationaux ou
internationaux (ANR, Région Basse Normandie, Interreg…)
 Accompagnement scientifique et stratégique d'un ancien étudiant en thèse (Dr Guillaume Poezevara) dans le
développement d'une start-up mettant à profit nos techniques de fouille de données (Lauréat i-Lab 2015)
 Responsable de taches dans le cadre de programmes de recherche nationaux et internationaux
Responsabilités Administratives
 Membre du Conseil Académique (CAc) de l'Université de Caen Normandie depuis 2015
 Membre de la Commission de la Formation et de la Vie Universitaire (CFVU) de l'Université de Caen
Normandie depuis 2014
 Membre du Conseil de l'UFR des Sciences Pharmaceutiques à l'Université de Caen Normandie depuis 2011
 Responsable de la communication du Centre d’Etudes et de Recherche sur le Médicament de Normandie
(CERMN) depuis 2012
 Organisateur des 5èmes Journées de la Société Française de Chémoinformatique (SFCi), Cabourg, 13-14
Octobre 2011
Autres Activités et Responsabilités
 Encadrement de 7 stages d'initiation à la recherche, 5 masters, 3 thèses et 3 Post-doctorats
 Encadrements de 2 stagiaires anglais (MSc by Research) dans le cadre du programme européen ISCE-Chem
 Service d'enseignement de 192h par an (modélisation moléculaire, drug design, recherche bibliographique,
informatique)
 Webmestre de l'UFR des Sciences Pharmaceutiques à l'Université de Caen Normandie
 Rapporteur régulier pour des revues scientifiques (J. Med. Chem., Bioorg. Med. Chem., J. Chem. Inf. Model.,
J. Comput. Aided Mol. Des., J. Mol. Graph. Model., SAR QSAR Environ. Res., …)
Compétences
Modélisation Moléculaire
Environnements
 Maestro (Schrödinger), Discovery Studio (BIOVIA), SYBYL-X (Certara)
3D-QSAR / Ligand-based virtual screening
 Phase (Schrödinger), Catalyst (BIOVIA), CoMFA (Certara)
Structure-based virtual screening
 Glide (Schrödinger), CDOCKER (BIOVIA), Surflex-Dock (Certara), G.O.L.D. (C.C.D.C.)
Modélisation par homologie
 MODELLER, SWISS-MODEL
Dynamique moléculaire
 NAMD, Desmond (Schrödinger)
Chémoinformatique
 Canvas (Schrödinger)
Machine Learning
 Weka, R
Logiciels de Workflows
 Pipeline Pilot (BIOVIA), KNIME
Informatique
Systèmes
 Windows, Linux
Programmation
 C++, Perl, PHP
Informations complémentaires
 Français: langue maternelle
 Anglais: lu, écrit, parlé