La consanguinité du mouton de Mérinos de Rambouillet : quel

La consanguinité du mouton de Mérinos de
Rambouillet : quel impact au niveau du génome ?
Offre de stage de 6 mois
Dès que possible
Contexte
Vis-à-vis de l’évolution de la variabilité génétique, le mouton Mérinos de Rambouillet constitue un
exemple unique au monde, autant génétiquement que d’un point de vue patrimonial. Importé en
France sous Louis XVI, le troupeau est reproduit depuis plus de 200 ans sans aucune infusion
extérieure et avec un effectif limité. En comparaison des données de performance du cheptel, l’impact
théorique que devrait avoir eu la dépression de consanguinité, notamment sur sa prolificité, apparaît
réduit, et suggère que la race se serait débarrassée d’une partie au moins de son fardeau génétique. Le
mérinos de Rambouillet est donc un exemple pertinent pour comprendre comment, sur le long terme,
la consanguinité affecte le génome.
Objectif du stage
Afin d’étudier l’impact de la consanguinité au niveau du génome de la race, l’ADN provenant de 46
animaux différents nés à deux périodes différentes a été extrait et génotypé à partir d’une puce haute
densité (600 000 SNPs). Un premier stage de Master a permis de montrer que le génome de Mérinos
de Rambouillet est très structuré et faiblement variable, en revanche peu d’effets de dépression de
consanguinité ont pu être démontrés.
Ainsi, l’objectif de ce stage sera de tester l'hypothèse d'une purge du fardeau génétique en étudiant
plus précisément l'organisation de la diversité le long du génome. Cela se fera en deux étapes : i)
trouver des zones très peu variables (purgées ?) et/ou protégées contre la consanguinité (pas de
dépression de consanguinité) et ii) en localisant des zones du génome où la dépression de
consanguinité agit encore (i.e. preuve indirecte de son action passée).
En particulier cette étude cherchera dans un premier temps à mettre en évidence des zones de fortes ou
faibles hétérozygoties en lien avec nos connaissances sur les « points chauds » de recombinaison
(zones de crossing-over...) et sur les gènes connus comme étant responsables d'anomalies génétiques
chez d'autres races.
Dans un deuxième temps cette étude s'efforcera de mettre en lien la diversité génétique locale
(consanguinité, apparentement) avec les performances mesurées des animaux, dans le but d'identifier
des zones potentiellement soumises à la dépression de consanguinité (i.e. où la purge n'a pas encore eu
d'effet).
Profil souhaité
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Ingénieur agri/agro ou Master dans l'une de ces spécialités productions animales, génétique,
informatique ou statistiques appliquées à la biologie.
Bon esprit d’analyse et de synthèse
Intérêt pour / Pratique de la manipulation informatique et l’analyse des données (programmation)
Connaissance appréciée d’un logiciel statistique (R idéalement)
Maitrise de l’anglais (travaux à partir d’articles scientifiques) indispensable
Sensibilité pour les problématiques de gestion des populations.
Gratification
Selon barême INRA (500-550€ / mois)
Durée / localisation
6 mois
Jouy en Josas (78, INRA GABI), avec déplacements réguliers à Paris et possibles
déplacements à Toulouse
Personnes à contacter
•
Gwendal RESTOUX (AgroParisTech / INRA)
Mél : gwendal.restoux(a)agroparistech.fr
• Coralie DANCHIN (Institut de l'élevage)
Mél : [email protected]