Salmonella spp

SALMONELLA SPP
I - AGENT INFECTIEUX
Nom scientifique: Salmonella spp (hors
Salmonella Typhi et Paratyphi)
Nom commun : Salmonelles non typhiques ou
non paratyphiques.
Maladie correspondante : Salmonellose (toxiinfection alimentaire)
Caractéristiques :
Bacille à coloration de Gram négative, ,
appartenant à la famille des Enterobacteriacae
et au genre Salmonella. Ce genre comporte 2
espèces (S. enterica et S.bongori) ; l'espèce S.
enterica est elle-même divisée en 6 sousespèces
(enterica,
salamae,
arizonae,
diarizonae, houteanae et indica) , sur la base
de critères phénotypiques. La sérologie, basée
sur la caractérisation des antigènes somatiques
(O) et flagellaires (H), voire de l'enveloppe
(Vi), permet le classement des sous-espèces en
sérovars ; ceux appartenant à la sous-espèce
enterica sont affectés d'un nom, correspondant
fréquemment à un lieu géographique, les
autres sont désignés par leur formule
antigénique. L'ensemble des sérovars connus
(plus de 2400) est répertorié au sein du schéma
de Kauffmann-White-LeMinor.
La majorité des Salmonella spp. est mobile
grâce à une ciliature péritriche.
II - ATTEINTES A LA SANTÉ
Pathogénicité :
Les salmonelles non typhiques sont l'une des
principales causes des syndromes gastroentéritiques dans les pays industrialisés. Ces
syndromes sont dûs essentiellement à des toxiinfections alimentaires survenant parfois en
collectivités.
La contamination humaine se fait le plus
souvent par la consommation d'aliments
contaminés.
Actuellement,
les
infections
sont
principalement dues à quelques sérovars
dont.Salmonella Enteritidis et Salmonella
Typhimurium, mais, la majorité des 2400
Salmonella spp.
sérovars doivent, selon la définition de l'OMS,
être considérées comme potentiellement
pathogènes.
Le tableau clinique associe habituellement,
une fièvre à 39°C - 40° C, des douleurs
abdominales, des nausées, des vomissements
et un syndrome diarrhéique fait de selles
liquides et fétides.
L’évolution est le plus souvent spontanément
favorable en 3 à 5 jours, mais chez le sujet
fragilisé
(jeune
enfant,
sujet
âgé,
immunodéprimé), il peut apparaître une
déshydratation avec insuffisance rénale. Le
caractère invasif de certaines de ces bactéries
peut entraîner la possibilité de bactériémies
avec des localisations secondaires. L’infection
peut être totalement asymptomatique et être
ainsi la source d’un portage chronique.
Le diagnostic bactériologique repose sur
l’isolement de la bactérie dans les
coprocultures et parfois les hémocultures.
Toute souche isolée en clinique humaine
impose la réalisation d’une étude in vitro de sa
sensibilité aux antibiotiques.
L’antibiothérapie
(aminopénicilline,
céphalosporine de troisième génération,
cotrimoxazole ou surtout fluoroquinolone en
l’absence de contre-indications) n’est réservée
qu’aux sujets à risque : jeunes enfants,
personnes âgées, immunodéprimés.
Epidémiologie :
Système de surveillance en France :
Le Centre National de Référence des
Salmonella et des Shigella (CNRSS) est
chargé de sérotyper les souches de Salmonella
provenant des laboratoires d'analyse médicale ;
en 2000, plus de 12 883 souches provenant
d'environ 1 600 laboratoires, ont été
sérotypées. Le CNRSS alerte la Direction
Générale de la Santé et l'Institut de Veille
Sanitaire lorsqu'il détecte des cas groupés, des
épidémies ou une augmentation de la
fréquence d'isolement d'un sérovar, grâce à un
système informatisé de surveillance et d'alerte.
La déclaration obligatoire des toxi-infections
alimentaires collectives, constitue également
une source d'informations très importante.
Système de surveillance en Europe :
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ENTERNET est un système de surveillance en
temps réel, via un réseau fermé, des cas
d’infections humaines causées par des
microorganismes pathogènes transmis par les
denrées
alimentaires,
principalement
Salmonella
sp
et
Escherichia
coli
vérotoxinogènes (VTEC). L'accès à la banque
de données est réservé aux microbiologistes
responsables des centres nationaux de
référence pour les microorganismes concernés,
ainsi qu'aux épidémiologistes responsables des
activités de surveillance nationale appropriée.
Système de surveillance aux USA :
Le réseau FoodNet a mis en place un système
actif de surveillance afin de mieux cerner et
comprendre les maladies transmises par les
denrées alimentaires. Ce réseau se base sur la
collecte de données relatives aux cas humains
répertoriés, y compris de salmonelloses.
Statut épidémiologique :
En France, 70 % des cas recensés lors de toxiinfections alimentaires collectives sont dus à
l'ingestion
d'aliments
contaminés
par
Salmonella
spp.,
et
le
sérovar
Salmonella Enteritidis demeure prédominant
en 1998. Dans la majorité des cas, les aliments
les plus fréquemment incriminés sont les œufs,
les ovoproduits (mousse au chocolat,
pâtisseries, mayonnaise,…), les viandes et les
volailles insuffisamment cuites.
Réservoir :
Le réservoir principal de Salmonella spp est
constitué par le tractus gastro-intestinal des
mammifères et des oiseaux. Dans la majorité
des cas, les animaux sont considérés comme
des porteurs asymptomatiques ; cependant,
certains d'entre eux peuvent, dans d'autres cas,
exprimer des signes cliniques plus ou moins
sévères. Certaines souches de Salmonella spp
peuvent également être isolées d'autres
sources, telles les animaux à sang froid
(tortues de compagnie) et les animaux
aquatiques (mollusques, poissons).
Dose infectieuse :
Dans une population ne présentant pas de
déficience immunitaire particulière, la dose
infectieuse pourra varier en fonction de la
souche bactérienne ingérée. Ainsi, pour les
Salmonella spp.
sérovars de Salmonella spp ne présentant pas
d'adaptations particulières à un hôte animal,
des études expérimentales font état de la
nécessité d'ingérer des quantités atteignant 105
à 107 bactéries afin d'initier une infection ;
cependant des données obtenues lors
d'enquêtes consécutives au déclenchement de
toxi-infections alimentaires, indiquent que les
infections peuvent se déclarer entre 101 et 1011
cellules. Il a également été noté que cette dose
infectieuse est plus basse lorsque les
Salmonelles sont apportées dans des aliments à
haute teneur en matière grasse ou en protéines,
substances qui entraîneraient une protection
des bactéries contre l’acidité gastrique.
Mode de transmission :
L'aliment en lui même, principalement les
viandes, les œufs et les ovoproduits, ainsi que
les fruits de mer crus ou insuffisamment cuits,
est responsable de la transmission. Cependant
des recontaminations sont possibles au cours
de la préparation et de la conservation de
toutes les denrées alimentaires.
Période d'incubation :
Les premiers symptômes apparaissent entre 12
et 36 heures après l'infection, mais cette
période peut être plus longue (72 heures) en
fonction de la quantité de cellules
microbiennes ingérées. La durée de l'infection
est également variable, se situant dans la
majorité des cas entre 3 et 5 jours, mais
pouvant se prolonger jusqu'à 7 jours.
Transmissibilité : non renseigné
III - DISSÉMINATION
Agent de dissémination :
Au cours des opérations d'abattage, les
carcasses peuvent être contaminées en surface
par le contenu digestif pouvant héberger des
Salmonella.
Une autre voie de transmission importante
résulte dans la possibilité de contamination des
œufs destinés à la consommation humaine, soit
en surface de la coquille, soit au niveau du
vitellus du fait du passage des bactéries par la
voie trans-ovarienne.
Les végétaux, et notamment les graines
germées, peuvent également héberger des
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Salmonelles, du fait soit de l'utilisation de
fertilisants ou d'eaux contaminées, soit de
mauvaises pratiques de récolte et de
préparation.
D'une manière générale, toute denrée
alimentaire peut se révéler contaminée par
Salmonella spp dès lors qu'une possibilité de
contamination croisée est avérée à n'importe
quelle étape de la chaîne alimentaire.
Zoonose :
Les salmonelloses humaines sont considérées
comme des maladies zoonotiques transmises
par l'ingestion de denrées alimentaires
contaminées. A ce stade de connaissances, tout
sérovar de Salmonella spp, reconnu comme
ubiquiste, tel Salmonella Enteritidis et
Salmonella Typhimurium, est susceptible de
causer des troubles digestifs plus ou moins
graves.
Vecteurs :
Au cours des opérations d'abattage et de
transformation des animaux, la contamination
peut être transmise aux parties comestibles
(viandes, abats…). En ce qui concerne les
volailles productrices d'œufs destinés à la
consommation humaine, les salmonelles et
plus particulièrement Salmonella Enteritidis
peuvent être hébergées dans le tractus génital
de la poule, sans manifestations cliniques
apparentes ; dans ces conditions le vitellus
(jaune) pourra être contaminé avant la
formation proprement dite de l'œuf.
D'autres aliments peuvent être contaminés : le
lait et les produits laitiers, du fait de mauvaises
manipulations au cours de la traite, les
légumes et autres végétaux, du fait de
contamination fécale lors de la production.
Notons enfin que les personnes exposées au
contact étroit avec des animaux ou leurs
matières fécales, ou avec des patients atteints
de salmonelloses, ont un facteur de risque
d'infection plus important.
Surveillance des aliments :
Système de surveillance en France :
Dans le cadre du système national de
surveillance, l'Agence Française de Sécurité
Sanitaire des aliments est chargée de recueillir
les données relatives aux souches de
Salmonella spp.
Salmonella spp isolées en France à partir
d'animaux, malades ou porteurs sains, de leur
environnement d'élevage, d'aliments destinés à
la consommation humaine ou animale ou de
l'environnement des abattoirs et des ateliers de
transformation des denrées d'origine animale,
ainsi
que
des
souches
issues
de
l'environnement
naturel.
L'Unité
d'Epidémiologie Bactérienne du Laboratoire
d'Etudes et de Recherches sur l'Hygiène et la
Qualité des Aliments reçoit ainsi chaque
année, des souches de Salmonella spp afin de
réaliser
le
sérotypage,
accompagnées
systématiquement
d'une
fiche
de
renseignements épidémiologiques ; elle
collectionne également les résultats des
sérotypages réalisés par les Laboratoires
intégrés dans le réseau Salmonella. Ainsi, en
1999, plus de 20 000 souches ont été
inventoriées. Les résultats de ces études
épidémiologiques sont publiés sous la forme
d'un inventaire annuel.
Système de surveillance en Europe :
Le Laboratoire Communautaire de Référence
pour les maladies zoonotiques transmises par
les denrées alimentaires,à Berlin, créé en
application de la Directive Européenne
"Zoonose"" 92/117, est chargé de collecter
toutes les informations relatives à la présence
de ces microorganismes, y compris
Salmonella, isolés dans les élevages, dans les
aliments destinés aux animaux et dans les
denrées alimentaires.
Système de surveillance aux USA :
Un programme, intitulé "U.S. Food Safety
System", a été élaboré dans le but de produire
des aliments sans danger ("safe foods") ; il est
basé sur le concept de l'analyse des risques, et,
à ce titre, deux actions ont été menées vis à vis
de la présence de Salmonella sp : l'une sur
l'appréciation du risque lié à la présence de
Salmonella Enteritidis dans la filière de
production et de transformation des œufs, la
seconde sur l'élaboration de normes
("standards") pour Salmonella dans les
abattoirs et les ateliers de transformation des
viandes crues.
Ce programme est en relation avec le réseau
FoodNet.
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IV - VIABILITÉ
Sensibilité aux antibiotiques :
Le phénotype sauvage des souches de
Salmonella spp est caractérisé par une
sensibilité à la totalité des antibiotiques actifs
sur les Entérobactéries.
Cependant, il est de moins en moins rare de
retrouver certaines souches ayant acquis des
caractères de résistance à une ou plusieurs
familles d'antibiotiques. Ainsi de nombreuses
bactéries appartenant à la famille des
Enterobacteriaceae se révèlent résistantes aux
aminoglycosides, aux bétalactamines, au
triméthoprime et au chloramphénicol. Plus
précisément, depuis quelques années, les
souches de Salmonella Typhimurium DT 104,
isolées dans différents environnements
humains et animaux, présentent très souvent
un phénotype de multirésistance vis à vis des
antibiotiques suivants : l'ampicilline, le
chloramphénicol, la streptomycine, les
sulfamides et les tétracyclines. Cette
multirésistance serait de intégrée dans le
chromosome.
Plus généralement, il est admis que la
résistance de Salmonella spp aux antibiotiques
s'appuie sur les bases suivantes :
Les souches non soumises à une pression de
sélection,
demeurent
sensibles
aux
antibiotiques ;
Il y a une augmentation des niveaux de
résistance, pour certains sérovars, tels
Salmonella Typhimurium, Salmonella Hadar
et Salmonella Saint-Paul, en relation avec les
pratiques d'élevage des animaux de rente ;
Il y a une augmentation dans l'acquisition de
multirésistances ;
Il y a une augmentation du nombre de
déterminants de la résistance intégrés dans le
chromosome ;
L'utilisation
de
nouvelles
molécules
antibiotiques en élevage entraîne fréquemment
une augmentation du niveau de résistance
contre cette molécule.
Sensibilité aux désinfectants :
La majorité des solutions désinfectantes sont
efficace contre les salmonelles : le chlore et les
dérivés chlorés sont très efficaces en l'absence
de matières organiques, l'iode et ses dérivés
Salmonella spp.
(iodophores) sont également des substances
actives, ainsi que le formaldéhyde ou la
solution aqueuse de formol. Les solutions à
base d'ammoniums quaternaires ont une
efficacité moindre.
Inactivation par des moyens physiques :
Les souches de Salmonella spp sont
relativement sensibles aux traitements
physiques, et ne résistent pas aux procédés de
pasteurisation, d'ionisation (5 KGy). De
nouvelles techniques de décontamination des
aliments ( hautes pressions, radiations
ultraviolettes, champs électriques...) ont
également montré leur efficacité vis à vis de
ces bactéries.
Vie et Survie dans l'environnement :
Des souches de Salmonella sp ont été isolées
dans des milieux très variés ; elles sont
capables de se multiplier dans des conditions
aérobies ou anaérobies, dans une gamme de
température très large (5°C-46°C), bien que
l'optimum de croissance se situe entre 35°C et
43°C ; la croissance est sensiblement ralentie
lorsque les températures sont inférieures à
15°C, mais a contrario, certaines souches se
sont révélées thermorésistantes : ainsi
Salmonella Senftenberg 775W possède une
valeur de réduction décimale (D) de 1,2
secondes à 71,7° C.
Les valeurs de pH supérieures à 9 ou
inférieures à 4 sont considérées comme
bactéricide vis à vis des souches de Salmonella
sp.
La croissance est inhibée lorsque l'activité de
l'eau (Aw) est inférieure à 0,94.
Dans ces conditions, il n'est pas rare d'isoler
des Salmonella dans des milieux très
différents.
Les animaux forment le principal réservoir des
Salmonella, mais les différentes activités
agricoles et humaines entraînent une vaste
dispersion de ces bactéries dans des
environnements très divers : eaux naturelles,
eaux usées, déchets, animaux de rente et
sauvages tels les oiseaux, les rongeurs et les
insectes, etc….
V - ASPECTS MÉDICAUX
Diagnostic :
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Diagnostic clinique et microbiologique :
Seule une coproculture réalisée chez un patient
présentant les symptômes d'une salmonellose,
permet d'établir un véritable diagnostic ; cette
coproculture doit comporter une phase
d'isolement puis d'identification précise de la
bactérie, complétée par un antibiogramme.
VI - DANGERS POUR LE
PERSONNEL DE LABORATOIRE
ET MODALITES DE LA
PREVENTION
Premiers soins et traitement :
La réhydratation et un régime alimentaire
adapté sont les premiers soins qui doivent être
apportés au patient ; une antibiothérapie peut
être préconisée en fonction de l'état du malade.
Sources et échantillons :
Au laboratoire d'analyse médicale :
coprocultures et éventuellement hémocultures.
En microbiologie vétérinaire : matières fécales
et prélèvements réalisés dans l'environnement
(Litières, pailles, poussières, aliments…), plus
rarement du matériel biologique.
En microbiologie des aliments : denrées
alimentaires, prélèvements de l'environnement
des
ateliers
(
eau,
écouvillons,
chiffonnettes…).
Immunisation naturelle : Pas d'information
Vaccination :
L'utilisation de la vaccination pour la
protection des animaux d'élevage est
envisagée, et appliquée dans certaines
conditions. Elle ne concerne pour le moment
que la protection contre le sérovar adapté à
l'hôte (S. Dublin, S. Cholerae-suis, S. Abortus
ovis, S. Typhimurium…)
Prophylaxie :
La prévention des risques liés à la
contamination des aliments par Salmonella spp
et donc à la potentialité de déclencher des toxiinfections alimentaires, passe par une approche
intégrée, du fait de l'ubiquité de ces bactéries.
Les mesures prophylactiques concerneront en
premier lieu les étapes relatives à l'élevage des
animaux ; la mise en place de procédures de
biosécurité visant à empêcher l'introduction
des salmonelles dans l'environnement proche
des animaux et le maintien de règles
hygiéniques et sanitaires, est fondamentale.
Ces règles d'hygiène devront également
s'appliquer lors des opérations d'abattage et de
transformation des animaux et de leurs
produits, y compris au cours des phases de
conservation, de distribution et de préparation
des repas, notamment en restauration
collective. Des recommandations particulières
devront être données sur les risques de
contaminations croisées et la nécessité de
maintenir la chaîne du froid.
Au niveau hospitalier, la mise en place de
procédures de décontamination des selles des
patients paraît une mesure réaliste pour éviter
la dissémination de ces microorganismes.
Salmonella spp.
Infections liées ou acquises au laboratoire :
Pas de sources d'information.
Quelle que soit la source, les travaux réalisés
dans le laboratoire passent dans la majorité des
cas par une phase d'isolement, puis
d'identification, et donc de manipulations de la
bactérie.
Dangers primaires : Ingestion accidentelle.
Dangers particuliers : Aucun
Classe de Confinement : Classe de l'agent : 2
Précautions particulières :
D’ordre général : guide de bonnes pratiques
de laboratoire
Déversements
accidentels :
Utilisation
d'hypochlorite de sodium, puis élimination des
déchets. Nettoyage de la surface souillée à
l'aide d'un détergent, puis désinfection par
hypochlorite de sodium ou tout autre
désinfectant approprié.
Elimination : autoclavage des produits
Entreposage :non renseigné
VII - RECHERCHE DANS
L'ENVIRONNEMENT ET LES
ALIMENTS
Aliments, eau ou environnement.
Techniques : La recherche des Salmonella spp
dans les denrées alimentaires et dans les
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échantillons environnementaux fait l'objet
d'une procédure normalisée tant au niveau
international (EN ISO 6579) qu'au niveau
national (NF/EN 12824) où elle est complétée
par une norme de routine (NF V 08-052).
Cette recherche nécessite des phases de préenrichissement, puis d'enrichissement sélectif,
suivies d'une étape d'isolement sur des milieux
sélectifs spécifiques et d'identification
biochimique et sérologique. L'ensemble de ces
opérations nécessite un délai compris ente 3 et
5 jours. Nous assistons actuellement à
l'émergence
de
méthodes
alternatives
permettant de diminuer sensiblement ces
temps de réponse (24 à 72 heures) ; celles-ci
font appel à des techniques immunoenzymatiques, de biologie moléculaire,
d'immuno-séparation ou de concentration
magnétique ; ces méthodes alternatives
peuvent faire l'objet d'une validation nationale
selon une procédure normalisée.
VIII - MODELES D'ETUDE
EXPERIMENTAUX.
In vitro: non renseigné
In vivo : non renseigné
IX - BIBLIOGRAPHIE
Sites internet :
Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments :
www.afssa.fr
Center for Disease Control : www.cdc.gov/mmwr
Commission Européenne : http//europa.eu.int
Eurosurveillance : www.ceses.org/eurosurveillance
Institut Pasteur : www.pasteur.fr
Institut de Veille Sanitaire :www.invs.sante.fr
FDA/USDA : www.foodsafety.gov
USDA : www.fsis.usda.gov
FDA/CFSAN : www.cfsan.fda.gov
OMS
:
www.who.int/fsf/mbriskassess
et
www.who.ch/salmsurv
FAO : www.fao.org/ES/ESN/pagerisk/riskpage.htm
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Réglementations :
Arrêté du 18 juillet 1994 fixant la liste des agents
biologiques pathogènes. J.O. du 30 juillet 1994, 1107811081.
Directive Européenne 92/117/CEE (Directive Zoonose).
1992
Cette fiche a été élaborée par M. Colin
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