RAPPORT D`ACTIVITES 2014 - Institut Pasteur de Madagascar

Transcription

RAPPORT D’ACTIVITES
2014
Institut Pasteur de Madagascar
BP 1274 - 101 Antananarivo
Tel (261 20) 22 412 72/74
Fax (261 20) 22 415 34
E-mail [email protected]
Site Web www.pasteur.mg
Réseau International des Instituts Pasteur
Table des matières
Organigramme
2
Préambule
3
Laboratoires, unités et services
8
Activités de recherche
33
Activités de diagnostic, de santé publique et de service
118
Formation scientifique : Etudiants, stagiaires & scientifiques
accueillis
156
Publications du personnel de l’Institut Pasteur de Madagascar
en 2014
164
1
Organigramme
MINISTERE
DE LA SANTE PUBLIQUE
INSTITUT PASTEUR
PARIS
Conseil de Perfectionnement
DIRECTEUR
DIRECTEUR
ADMINISTRATIF ET
FINANCIER
D
I
R
E
C
T
I
O
N
DIRECTEUR ADJOINT
COMEDOC
Service Médical
Service Ressources Humaines
- Centre International de Vaccination
- Centre de Traitement Antirabique
- Médecine du Personnel - Dispensaire
Service des Achats
Service des Approvisionnements
Service Comptabilité
Service Moyens Généraux
Service Qualité
Service Informatique
LABORATOIRE
D'HYGIENE DES
ALIMENTS ET DE
L'ENVIRONNEMENT
CENTRE DE BIOLOGIE
CLINIQUE
UNITES DE RECHERCHE
Bactériologie Expérimentale
Epidémiologie
Entomologie Médicale
Immunologie des Maladies Infectieuses
Paludisme
Ministère de la Santé Publique
Direction des Urgences et de la Lutte contre les Maladies Négligées
Virologie
Laboratoire Central de la Bilharziose
Helminthiases
Laboratoire Central de la Peste
Peste
Laboratoire National de Référence des Mycobactéries
Mycobactéries
2
Préambule
L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est l’établissement scientifique malgache sans but
lucratif et reconnu d’utilité publique du réseau international des instituts Pasteur. Créé en
1898 et régit par la convention de 1961 qui lie l’Institut Pasteur à Paris et le Ministère de la
santé de Madagascar, il remplit des missions

de santé publique au travers de ses centres de référence OMS ou nationaux,
d’expertises, d’investigations d’épidémies et d’interventions,

de recherche directement appliquée aux priorités de santé nationales, essentiellement
en microbiologie et en épidémiologie des maladies infectieuses,

de formation et d’enseignement, et

de diagnostic et la lutte au bénéfice direct de la population (Centres de traitement
antirabique, Centre International de Vaccination, Centre de Biologie Clinique - CBC,
Laboratoire d’Hygiène des Aliments et de l’Environnement - LHAE).
L’IPM est à la disposition du Ministère de la santé publique de Madagascar pour réaliser les
études et enquêtes qu’il lui demanderait. Ses activités s’étendent à Madagascar et aux pays
de l’Océan Indien. Elles sont soumises à une politique d’assurance qualité ; Plusieurs
laboratoires ou activités sont accrédités (COFRAC, OMS/WHO…). Ses thèmes d’étude
portent sur les grandes endémies présentes à Madagascar (paludisme, bilharzioses,
cysticercose, tuberculose, peste, poliomyélite, grippe, rage, rougeole), les anthropo-zoonoses
et maladies transmises par vecteurs (leptospirose, rickettsiose, dengue, chikungunya, fièvre
de la vallée du rift, hantavirose…), les résistances (aux antipaludiques, antibiotiques et
insecticides), les causes et déterminants des syndromes infectieux respiratoires et digestifs.
En pratique, l’ensemble des pathologies auxquelles la population malgache est confrontrée
peut faire l’objet des travaux de l’Institut. Ainsi, les causes de décès et leurs déterminants
sont étudiés au sein d’une cohorte d’environ 70.000 personnes dans le district de
Moramanga. L’hypertension artérielle et le diabète, des déterminants importants de la
mortalité, ont été des sujets de recherche épidémiologique.
Pour remplir ses missions, l’IPM dispose de larges capacités scientifiques en biologie et
biochimie, parasitologie,
entomologie,
microbiologie,
mammalogie,
virologie,
épidémiologie,
immunologie, biologie moléculaire,
informatique,
télédétection,
modélisation
mathématique, gestion et analyse des données spatialisées, recherche clinique mais aussi
en économie de la santé, démographie, sociologie et anthropologie. L’IPM a aussi des
capacités de support importantes en gestion administrative et financière, logistique,
informatique, assurance qualité et communication. Ces capacités et ces missions sont
3
portées par plus de 500 personnes qui œuvrent au quotidien pour la santé des populations,
l’avancée des connaissances et le développement économique de Madagascar.
En termes d’organisation, l’IPM a connu plusieurs restructurations en 2014. Pour des raisons
de pratiques, de qualité et de production scientifique, l’Unité d’immunologie a été dissoute et
fusionnée avec l’Unité d’immunologie du paludisme pour former une Unité d’immunologie des
maladies infectieuses. Cette réorganisation a été l’occasion d’un renforcement des bonnes
pratiques de laboratoire et de l’encadrement des étudiants, et d’une meilleure focalisation des
recherches sur des sujets pertinents et prioritaires, conformément aux recommandations du
conseil scientifique. Les engagements pris seront cependant globalement respectés,
alourdissant la tâche du responsable de la nouvelle unité. Le laboratoire d’épidémiosurveillance des maladies des crevettes (LES) avait été créé pour répondre à une demande
des autorités et du groupement des éleveurs et pêcheurs de crevettes. Les commandes des
autorités et des acteurs économiques n’ont jamais été au niveau de ce qui était prévu dans
les contrats et accords, empêchant ce laboratoire d’atteindre l’équilibre financier. Par ailleurs,
les autorités et les acteurs de la filière n’ont pas soutenu le laboratoire comme il aurait pu ou
dû l’être lorsque la maladie du « White spot » est apparu à Madagascar. Pour ces raisons, en
attendant d’arrêter éventuellement son activité, le LES a été intégré au laboratoire d’hygiène
des aliments et de l’environnement (LHAE). Cela a permis à l’emploi des locaux et des
équipements d’être mieux rationalisé, et au personnel du LES de retrouver un niveau
d’activité suffisant pour maintenir et développer ses compétences.
En 2014, l’IPM a commencé à accueillir une équipe de l’agence « SoftPower Solutions » pour
mettre sur pied et professionnaliser ses fonctions de communication interne et externe.
En septembre 2014, l’IPM s’est doté d’un spectromètre de masse MALDI-TOF Microflex®
Bruker™ pour le diagnostic microbiologique. Il permet d’améliorer la rapidité et la qualité du
diagnostic, et d’en diminuer le coût. Par cet équipement, l’IPM entre de plein pied dans la
microbiologie du XXIème siècle avec une technologie qui est rare dans l’Océan indien et en
Afrique subsaharienne ; moins de quatre équipements de ce type sont actuellement utilisés
dans ces zones. Au-delà du diagnostic microbiologique médical ou environnemental et
alimentaire, cet appareil pourra être utilisé en mycologie, virologie et entomologie.
En termes de santé publique, l’IPM a continué à être une référence pour les autorités
sanitaires nationales et internationales. L’apport de l’IPM est important sur les plans
d’expertise scientifique et technique, mais aussi en forces d’actions directes dans les
populations. Fin décembre 2013 et au début de l’année 2014, jusqu’à cinq foyers distincts de
peste ont fait l’objet d’interventions majeures de l’IPM. La létalité élevée observée au cours
de ces épidémies témoigne de la difficulté du système de santé à prévenir, détecter et traiter
à temps les cas de peste, et à intervenir efficacement sur le terrain. Dans ce contexte
particulièrement difficile pour le pays et les populations, l’IPM a joué un rôle de premier plan,
4
bien au-delà de son rôle de conseiller, s’investissant lourdement dans la lutte sur le terrain,
que ce soit pour la recherche active des cas en faisant du porte à porte, le diagnostic, le
traitement et la coordination des interventions. Cette action qui n’a pas été médiatisée a
permis d’éviter que l’impact des épidémies soit le plus limité possible, et qu’elles ne
débordent pas sur les grands centres urbains. Elle n’a peut-être pas été appréciée à sa juste
valeur. Plus généralement, bien que l’expertise et les capacités de l’IPM soient appréciées
par le Ministère de la santé comme par ses partenaires techniques et financiers, l’IPM ne
reçoit en retour, le plus souvent, qu’un soutien très en deçà de son engagement. Cela peut
en partie être expliqué par la crise économique et sociale que traverse Madagascar, et n’est
pas sans questionner la durabilité du niveau d’engagement de l’IPM que ses moyens propres
lui permettent de plus en plus difficilement d’assurer.
Sur le plan scientifique, l’année 2014 a été marquée par le développement ou la continuation
de nombreux programmes de recherche dont les fiches descriptives constituent l’essentiel du
présent rapport. Il s’agit de plus en plus souvent d’études de grande ampleur, c’est par
exemple le cas du projet PALEVALUT sur cinq pays (Madagascar, Bénin, Cameroun, Niger
et Côte d’Ivoire) piloté par l’IPM au sujet de l’efficacité des mesures de lutte contre le
paludisme et de ses déterminants, de l’étude ZORA qui continue à explorer les zoonoses à
Madagascar, ou le projet « PAUSENS » d’évaluation de la prévalence de la bilharziose, des
géo-helminthiases et de la filariose, ainsi que de l’efficacité de la stratégie de lutte
actuellement déployée.
En 2014, le personnel de l’IPM a publié 48 articles dans des revues scientifiques référencées,
à comité de lecture. Le nombre et la qualité des publications de l’IPM continuent à augmenter
d’années en années.
Impact
factor
50
45
40
35
≥ 10
30
25
4-4,99
5-9,99
3-3,99
20
2-2,99
15
1-1,99
10
5
<1
0
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
Nombre et Impact Factor des publications du personnel
de l'Institut Pasteur de Madagascar
5
Pour mener ses travaux, l’IPM obtient ses moyens d’une part de son activité économique
(Centre de biologie clinique, LHAE, centre international de vaccination) et d’autre part de
contrats ou de subventions de recherche. Entre 2011 et 2014, les moyens mis en œuvre par
l’IPM pour ses travaux sur projet ont doublé. Parmi ses bailleurs de fonds, ce sont les
institutions américaines et françaises qui soutiennent le plus l’IPM. Que tous ses bailleurs
soient ici tous remerciés de leur soutien.
Privé non lucratif
Institut Pasteur (Paris et réseau
international)
Madagascar (Ministère de la
Santé)
Public (Suisse, Monaco,
Allemagne, Japon)
Grande-Bretagne (MRCWellcomeTrust-Univ)
Industrie (Sanofi-GSK-TotalChimie)
Multilateral (COI-UNICEF-OMSBAD-FM-BM-EDCTP-FIND-UE)
France (MAE-MRES-FEI-ANRUniv-CNES-CIRAD-CRVOI)
USA (USAID-CDC-Univ-DHHS)
2010
2011
2012
2013
2014
Evolution des dépenses sur projets et des sources de financement
de l'Institut Pasteur de Madagascar.
Enfin, l’IPM continue à assurer sa mission de formation. Au-delà des nombreux cours qui
sont organisés à l’IPM ou auxquels du personnel de l’IPM participe à l’Université, le nombre
de stagiaires accueillis à l’IPM est resté élevé, plus de 140 en 2014, dont plus d’une
soixantaine en troisième cycle d’études universitaires (thèses, master-DEA et internat).
6
160
Theses malgaches
140
Master-DEA
malgaches
120
100
Internat
malgaches
80
Tech. & paraméd.
publics malgaches
60
40
Tech. & paraméd.
privés malgaches
20
0
2010
2011
2012
2013
2014
DU, Master,
These étrangers
Nombre de stagiaires accueillis à l'Institut Pasteur de Madagascar
En conclusion du préambule de ce rapport, je tiens à souligner la dynamique dans laquelle
l’IPM s’est engagé au cours des dernières années. Elle a nécessité des efforts importants du
personnel et le soutien de nombreux bailleurs. Elle a aussi nécessité le recrutement de
nombreuses personnes au point de doubler les effectifs de l’Institut entre 2011 et 2014. Cela
a un effet sur la vie de l’Institut. L’intégration des nouveaux arrivants et la transmission des
valeurs pasteuriennes est un défi relevé par les « anciens » et la direction. L’Institut Pasteur
de Madagascar connait une mutation. Cela le fragilise. Il reste cependant fidèle à ses valeurs
et est résolument tourné vers l’avenir avec l’ambition de mener ses actions au bénéfice de la
population de Madagascar au meilleur niveau scientifique et technique, un niveau de classe
internationale.
Pr Christophe ROGIER
Directeur de l’Institut Pasteur de Madagascar
7
Laboratoires, unités et services
Centre de biologie clinique.............................................................................................................. 9
Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement ............................................................ 11
Unité de bactériologie expérimentale ............................................................................................ 13
Unité d’entomologie médicale ....................................................................................................... 14
Unité d'épidémiologie.................................................................................................................... 16
Unité des helminthiases................................................................................................................ 19
Unité d’Immunologie des Maladies Infectieuses............................................................................ 20
Unité des mycobactéries............................................................................................................... 22
Unité de la peste........................................................................................................................... 24
Unité de virologie .......................................................................................................................... 28
Service médical............................................................................................................................. 32
(crédit R. Carayol)
8
Centre de biologie clinique
Le centre de biologie clinique (CBC) remplit les missions d’un Laboratoire d’Analyses Biomédicales
polyvalent au service du public en lui offrant le plus large éventail possible d’analyses médicales réalisées
dans les meilleures conditions de rapidité, de coût et de fiabilité, sous démarche qualité, incluant des
contrôles externes réguliers. Dans ce cadre, le CBC est un observatoire biologique dont les résultats
peuvent servir à adapter les politiques nationales de traitement de certaines affections. Il a aussi pour
mission de soutenir sur le plan biologique et en particulier microbiologique, les activités de recherche des
autres unités de l’IPM. Le CBC a enfin une mission de formation, que ce soit dans le cadre du stage validant
obligatoire des internes en biologie médicale ou dans celui de la formation de techniciens. Le CBC est
centre national de référence des salmonelles, des shigelles et de vibrio cholerae.
Le plateau technique du CBC est divisé en 5 secteurs : hématologie, bactériologie, immuno-sérologie,
biochimie et anatomo-cytopathologie (laboratoire d'anatomie et de cytologie pathologiques, LACP). Le panel
des analyses réalisées est présenté dans le catalogue du laboratoire qui est en ligne
(http://www.pasteur.mg/). Un manuel de prélèvement et catalogue des analyses avec toutes les
recommandations relatives à l’étape pré-analytique des analyses est aussi disponible en ligne et au
laboratoire.
Les activités de diagnostic du CBC sont présentées dans les fiches CBC et LACP.
Le CBC travaille en collaboration avec les autres unités de recherche de l’Institut. En 2014, les activités
de recherche du laboratoire portaient sur :
- La prévalence du diabète et de ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des
patients diabétiques, au sein de l’observatoire de population à Moramanga, Madagascar.
- Le projet ChARLI ou Children’s Antibiotic Resistant infections in Low Income countries: fiche ChARLI
- Le projet IMMI ou « Facteurs associés à la gravité des infections par le virus de la grippe, souche
A/H1N1pdm 2009 incluse, dans les pays en voie de développement » : fiche IMMI.
- L’enquête nationale sur l’iode et le sel à Madagascar : fiche ENISM 2014
L’année 2014 a été marquée par une augmentation de 21% des activités du laboratoire, cette hausse
correspond surtout aux activités du centre de prélèvement.
 Personnel du service
Cadres scientifiques
- Frédérique Randrianirina, MD, Responsable du service
- Elisoa Hariniaina Ratsima, MD, adjointe au chef de service
- Lovasoa Ramparany, MD, adjointe au chef de service
- Clairette Raharisolo Vololonantenaina, MD, adjointe, responsable du LACP
Personnel permanent
- Cadres médico-technique
- Surveillante
- Responsable qualité
- Correspondant qualité
- Techniciens de laboratoire
- Secrétaires
- Aides techniciens
3
1
1
1
22 + 3 (LACP)
12 + 1 (LACP)
3
- Agents de laboratoire
(LACP)
Stagiaires
- Internat qualifiant
- Techniciens de laboratoire
- Autres stagiaires
2+1
5
02
20
 Productions scientifiques
Publications
Rindra Vatosoa Randremanana*, Frédérique Randrianirina, Philippe Sabatier, Hanitra Clara
Rakotonirina,Arthur Randriamanantena, Iony Manitra Razanajatovo, Rila Ratovoson, and Vincent
Richard. Campylobacter infection in a cohort of ruralchildren in Moramanga, Madagascar. BMC
Infect Dis. 2014;14:372.
- Frédérique Randrianirina, Elisoa Ratsima Hariniana, Lova Ramparany, Rindra Randremanana,
Hanitra Clara Rakotonirina, Tahiry Andriamanantena, Fanjasoa Rakotomanana, Soatiana
-
9
-
-
Rajatonirina, Vincent Richard and Antoine Talarmin. Antimicrobial resistance of bacterial
enteropathogens isolated from stools in Madagascar. BMC Infect Dis. 2014;14:104.
Bodo Linz, Clairette Romaine Raharisolo Vololonantenaina, Abdoulaye Seck, Jean-François Carod,
Daouda Dia, Nenoît Garin, Rado Manitrala Ramanampamonjy, Jean-Michel Thiberge, Josette
Raymond, Sébastien Breurec. Population Genetic Structure and Isolation by Distance of
Helicobacter pylori in Senegal and Madagascar. PLoS One. 2014;9(1):e87355
Nomeharisoa Rodrigue Emile Hasiniatsy, Clairette Raharisolo Vololonantenaina, Hary
Fanambinantsoa Rabarikoto, Narindra Razafimanjato, Hasina Dina Ranoharison, Joelson
Lovaniaina Rakotoson, Luc Hervé Samison, Florine Rafaramino. First results of hormone receptors’
status in Malagasy women with invasive breast cancer. Pan Afr Med J. 2014;17:153.
 Communications orales : Néant
 Activité de formation, d'enseignement ou d'expertise :
Formation pratiques et théoriques des internes en biologie médicales et élèves techniciens de
laboratoire et de l’ISPM.
Entrée du centre de biologie clinique (RdC) et du bâtiment de la direction de l’Institut (décembre 2013)
Centre de prélèvement dans la zone commerciale Zoom à Ankorondrano, Antananarivo (janvier 2014)
10
Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement
Le laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement (LHAE) est un laboratoire dont les activités
de diagnostic sont axées sur la surveillance des risques sanitaires liés à l’alimentation, aux eaux et à
l’environnement. Il est centre national de référence des salmonelles, des shigelles et de vibrio cholerae,
conjointement avec le centre de biologie clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar.
Accrédité COFRAC sur la microbiologie des eaux et des aliments (portée disponible sur www.cofrac.fr),
il permet notamment, le contrôle microbiologique pour l’exportation des produits agro-alimentaires malagasy,
et contribue ainsi au développement économique et social du pays.
Reconnu par le Ministère de la Pêche et le Ministère de l’Elevage, il est le laboratoire officiel pour le
contrôle bactériologique à l’export des produits halieutiques et assure le plan national de surveillance des
vibrions sur les produits de la mer.
Il collabore avec les professionnels de l’agro-alimentaire pour un renforcement des capacités
analytiques au plan national, notamment par des formations organisées auprès des laboratoires
d’autocontrôles. Il continue à développer une expertise locale dans le domaine de la sécurité sanitaire des
eaux et des aliments. Il participe ainsi à la surveillance et au contrôle des principales maladies entériques
infectieuses liées à l’alimentation.
Ses principales activités
- La sécurité alimentaire : prélèvements, analyses microbiologiques et mycotoxines,
accompagnement - conseils auprès des entreprises, audits bonnes pratiques d’hygiène, audits
HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point, i.e. Analyse des dangers - points critiques pour leur
maîtrise), audits ISO 22000. Cela concerne les industries agro-alimentaires, les artisans, les
producteurs agricoles, les métiers de bouche (restaurateurs, pâtissiers, bouchers, traiteurs…), les
métiers de distribution.
- La sécurité sanitaire de l’eau : prélèvements, analyses microbiologiques et chimiques des eaux de
consommation, des eaux de rejets, des eaux superficielles, des eaux chaudes sanitaires (Legionella
pneumophila) et des eaux techniques. Cela concerne les distributeurs d’eau, les établissements
hôteliers, les industriels, les particuliers et tout projet ayant un impact sur l’environnement.
- La formation aux professionnels : techniques d’analyses microbiologiques de base et bonnes
pratiques de laboratoire, pratique de l’assurance qualité en laboratoire; sécurité alimentaire, i.e.
bonnes pratiques d’hygiène et HACCP. Cela concerne le personnel des entreprises en relation avec
l’agroalimentaire (production ou vente), le personnel de laboratoire et les responsables production ou
qualité.
L’année 2014 a été marquée par les faits suivants :
- Décembre :
 Mise en place du dosage de l’iode urinaire (méthode modifiée en microplaque) et de la
standardisation selon l’Equip (ensuring the quality of urinary iodine procedures) et visite du
coordinateur régional pour l’Afrique Australe d’ICCIDD (international council control of iodine
deficiency disorders)
 Début des dosages des 1760 échantillons d’urine dans le cadre du programme de lutte contre les
troubles dus à la carence en iode (UNICEF).
 Visite de l’expert en commerce international du programme SmartFish, œuvrant pour la
valorisation des produits de la pêche et pour le renforcement des capacités analytiques,
notamment dans l’Océan Indien.
- Novembre :
 Participation au cours de bactériologie médicale organisé par le Réseau des Instituts Pasteur et
l’Institut Pasteur de Madagascar du 17 au 28 novembre 2014.
 Participation aux 4èmes journées scientifiques de l’agro-alimentaire en Océan Indien organisé par
le réseau QualiREG du 24 au 28 novembre 2014 à Antananarivo.
- Octobre : Participation à l’atelier d’échanges sur la qualité de l’eau, organisé par le réseau d’appui aux
acteurs du secteur « Eau et assainissement à Madagascar », Programme Solidarité Eau (Pseau).
- Août : Début de la campagne d’analyse sur site, qualité des eaux de puits, programme de Santé
Mahefa, USAID.
- Juillet :
11


Audit d’extension COFRAC (portée disponible sur www.cofrac.fr), en LABGTA23 relatif à la
microbiologie des eaux.
Intégration du Laboratoire d’Epidémio -Surveillance des maladies des crevettes au LHAE
ème
- Mai : Participation au 10
2014, Tanjombato.
salon de la FIM (Foire Internationale de Madagascar) du 15 au 18 mai
- Avril : Exécution de l’appel d’offre – contrôle sanitaire des eaux d’adduction JIRAMA et Water Aid.
- Mars : Renforcement des capacités de surveillance des réseaux d’eaux d’adduction ou des systèmes
d’assainissement.
- Février :
 Le laboratoire a été présélectionné suite à l’appel à manifestation d’intérêt des autorités malagasy
pour le renforcement des laboratoires d’analyses travaillant dans le domaine de la sécurité
sanitaire des aliments.
 Participation à une conférence sur les toxi-infections alimentaires (TIAC), organisée par la
Mutuelle de Santé, Antsirabe, 26 février 2014.
- Janvier : Suivi de la qualité bactériologique des eaux du lac de Mandroseza et de l’usine de production
d’eau d’Antananarivo, en collaboration avec la JIRAMA.
 Personnel du laboratoire
- Alexandra Bastaraud-Célestin, chef de service
- Noro Ravaonindrina N, MD, adjointe au chef de service
Personnel permanent
- Responsables techniques
3
- Responsable qualité
1
- Conseiller clientèle
1
- Surveillant
1
- Techniciens
- Secrétaires
- Agents de production
Stagiaires
- Master et plus
- Licence
- Techniciens supérieurs
5
1
4
4
9
14
2
 Communications orales ou affichées
Ravaonindrina N, Solofondrazaitsoa R, Goulzaraly S, Razanajatovo I, Bastaraud A. Contribution à l’étude de
la qualité microbiologique de la viande commercialisée dans la Communauté Urbaine d’Antananarivo. 4èmes
journées scientifiques de l’agro-alimentaire en Océan Indien à Madagascar, qualiREG. Antananarivo, 24 au
28 novembre 2014.
 Activité de formation, d'enseignement ou d'expertise
- Formations données : 7
o Formation théorique et pratique en techniques microbiologiques de base pour l’analyse de
l’eau. (3)
o Formation théorique et pratique en techniques microbiologiques de base pour l’analyse des
aliments. (3)
o Formation sur les bonnes pratiques de laboratoire, l’audit et le contrôle qualité en IAA (1).
- Formations reçues : 3
o Formation qualité à la NF EN ISO 17025 (ensemble du personnel)
o Master II, sciences de la santé, de l’environnement, du territoire et de la société, UVSQ/AUF
o Workshop : « Structuration d’un dispositif administratif et scientifique d’évaluation des risques
sanitaires et phytosanitaires à Madagascar », EDES COLEACP
- Appartenance/participation à des groupes ou comités d’experts nationaux :
o Participation aux réunions du Codex alimentarius de Madagascar sur la création de la loi
alimentaire malagasy et l’élaboration des projets de textes réglementaires régissant les
produits alimentaires malagasy.
o Membre du global foodborn infections network de l’OMS (GFN), impliqué dans la surveillance
mondiale des infections d’origine.
o Membre du groupe de travail pour le programme EDES-COLEACP pour la Sécurité sanitaire
des Aliments – chef de groupe dans la dimension « processus opérationnel ».
12
Unité de bactériologie expérimentale
L’unité de bactériologie expérimentale mène des travaux de recherche sur les résistances des bactéries
aux antibiotiques et leurs mécanismes, sur le diagnostic et l’épidémiologie moléculaire des bactéries isolées
chez l’homme, l’animal et l’environnement, ainsi que sur des bactéries responsables de maladies négligées
comme la mélioïdose. Elle met en œuvre des techniques de microbiologie classiques et moléculaires, et a
récemment acquis un spectromètre de masse de type MALDI-TOF pour l’identification bactérienne.
Les projets de recherche qu’elle a menés en 2014 portaient sur les thématiques suivantes :
Résistances aux antibiotiques
- Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de bactéries gram négatif : fiche
BGNBMR.
- Etude de la dynamique des résistances aux antibiotiques en milieu communautaire : fiche DynRMC.
- Etude de la dynamique de transmission des bactéries multi-résistantes (BMR) en néonatalogie : fiche
ChART
- Projet ChARLI (children’s antibiotic resistant infections in low income countries) : fiche ChARLI
- Mise au point de tests de diagnostic rapide (LAMP) pour la détection des R aux antibiotiques : fiche
LAMPIK
Maladies négligées
- Etude de la Mélioïdose : fiche HMelioid.
 Personnel de l’unité (hors projet ChARLI)
Cadre scientifique
- Benoit GARIN (jusqu’à fin août),
remplacé par Jean-Marc COLLARD (depuis le 15
septembre) : responsable du laboratoire
Personnel permanent
- Technicienne de laboratoire
1
Prestataires
- Enquêtrice
1
Stagiaires
- Thèses de Sciences
- Thèse d’exercice
3
1
 Activités de formation, d’enseignement et d’expertise
Cours international de bactériologie médicale du 17 au 28 novembre 2014, à l’Institut Pasteur de
Madagascar, à Antananarivo.
Participation à l’organisation et la gestion des cours théoriques et pratiques.
2 cours donnés par le Dr JM Collard
 Outils moléculaires en bactériologie médicale
 Les méningites bactériennes en Afrique sub-saharienne
2 cours donnés par le Dr B Garin
 Infections Communautaires
 Infections nosocomiales
http://www.pasteur.fr/fr/enseignement/cours-du-reseau-international/tous-les-cours-du-riip/cours-2014
Publications
- Bialek-Davenet S, Criscuolo A, Ailloud F,
Passet V, Jones L, Delannoy-Vieillard AS,
Garin B, Le Hello S, Arlet G, Nicolas-Chanoine
MH, Decré D, Brisse S. Genomic definition of
hypervirulent and multidrug-resistant Klebsiella
pneumoniae clonal groups. Emerg Infect Dis.
2014;20(11):1812-20.
- Garin B, Djaomazala I, Dubois-Cauwelaert N,
Mahafaly, Raharimanga V, Ralison F,
Herindrainy P, Andriamalala NC, Sarovich DS,
Mayo M, Kaestli M, Currie BJ. Autochthonous
melioidosis in humans, Madagascar, 2012 and
2013. Emerg Infect Dis. 2014;20(10):1739-41.
Spectromètre de masse de type MALDI-TOF
(Microflex®) utilisé pour le diagnostic
microbiologique et entomologique (sept. 2014)
13
Unité d’entomologie médicale
L’unité d'entomologie médicale mène des activités de Recherche (fondamentale et opérationnelle), de
Santé Publique (Protocole mis au point avec le Ministère de la Santé, intervention en cas d’épidémies, en
particulier peste et paludisme) et de Formation (formation d’étudiants et de professionnels via des stages ou
des cours spécialisés).
Ses activités de recherche portent sur l’identification des vecteurs potentiels impliqués dans la
transmission du paludisme (historiquement et actuellement la majorité de l’activité), les vecteurs potentiels
d’arbovirus et leurs suivis pour une meilleure compréhension des épidémies d’arboviroses (Fièvre de la
Vallée du Rift - FVR , infections à virus West Nile), le rôle des puces dans les épidémies de peste,
l’évaluation des risques de diffusion des maladies vectorielles et l’étude des interactions entre leurs
différents acteurs (vecteurs, hommes, réservoirs et pathogènes) dans leur environnement pour mieux en
comprendre l’épidémiologie. La mise en œuvre de ces activités se fait à travers des projets
multidisciplinaires menés avec les différentes unités de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) (peste,
paludisme, virologie et épidémiologie) et en collaboration avec des institutions de recherche ou de santé
publique œuvrant au niveau national (Ministère de la santé publique, Ministère de l’élevage, Universités,
Associations), régional (CRVOI) et international (Réseau International des Instituts Pasteur, IRD, CIRAD,
OMS, USAID, RTI).
En collaboration avec le Ministère de la santé publique et différentes unités de l’IPM, l’unité est
également impliquée dans la surveillance des vecteurs d’arboviroses (FVR et infections à virus
Chikungunya), du paludisme et de la peste, et dans l’évaluation de la sensibilité/résistance des vecteurs aux
insecticides utilisés dans les programmes de lutte.
Les différents sites d’études et la plateforme du laboratoire d’entomologie médicale offrent de
nombreuses possibilités pour la formation de jeunes chercheurs, d’étudiants et de techniciens.
En 2014, les activités de recherche de l’unité portaient sur :
- extraction d’ADN pour la détection de Yersinia pestis & les Puces selvatiques vectrices de la peste :
fiche Entomo-PESTE
- surveillance des puces et des rats dans les ports de Mahajanga (Madagascar) et de Mayotte : fiche
PUCES-ARSOI
- évaluation de l’efficacité opérationnelle des stratégies de lutte antivectorielle contre le paludisme et de
ses déterminants : fiche PALEVALUT
- évaluation d’un nouveau produit insecticide, le chlorfenapyr, dans les cases pièges : fiche Eval-Cases
- suivi longitudinal des moustiques vecteurs du virus West Nile à Mitsinjo : fiche WNV-Vectors
- analyse de la relation entre transmission entomologique des Plasmodium et poids épidémiologique du
paludisme : fiche USAID.
 Personnel de l’unité
Cadres scientifiques :
- Sébastien BOYER, chef d’unité, PhD
- Jocelyn RATOVONJATO, Adjoint, MD
Post-doc, Stagiaire de recherche PSRL :
- Mireille Harimalala,
- Fara Nantenaina Raharimalala
- Fano José Randrianambinintsoa
- Michael Luciano Tantely
Personnel permanent
- Techniciens
- Surveillant
- Project manager
- Secrétaire
- Aide-techniciens
04
01
01
01
02
Stagiaires
- Techniciens
- Thèse de sciences
- Master 2
- DEA
- PICS
06
03
02
01
08
Publications
- Boyer S, Miarinjara A & Elissa N. Xenopsylla cheopis (Siphonaptera: Pulicidae) susceptibility to
Deltamethrin in Madagascar. PLoS One. 2014;9(11):e111998.
- Boyer S, Tantely ML, Randriamaherijaona S, Andrianaivolambo L & Cardinale E. Mosquitoes sampling
strategy for studying West Nile Virus Vectors in Madagascar: Abundance, Distribution and Methods of
Catching in High Risk Areas. Archives Institut Pasteur Madagascar, 2014, 71:1-4.
- Ratovonjato J, Rajerison M, Rahelinirina S & Boyer S. Yersinia pestis in Pulex irritans fleas during
outbreak, Madagascar. Emerging Infectious Diseases 2014 20:1414-1415.
14
- Boyer S, Foray C & Dehecq JS. Spatial and temporal heterogeneities of Aedes albopictus density in
La Reunion Island: Rise and weakness of entomological indices. PLoS One, 2014. 9 (3), e91170.
- Gouagna LC, Kerampran R, Lebon C, Brengues C, Toty C, Wilkinson D, Boyer S, Fontenille D. Sugarsource preference, sugar intake and relative nutritional benefits in Anopheles arabiensis males. Acta
tropica, 2014. 132:S70-S79
- Ratovonjato J, Randrianarivelojosia M, Rakotondrainibe ME, Raharimanga V, Andrianaivolambo L, Le
Goff G, Rogier C, Ariey F, Boyer S, Robert V. Entomological and parasitological impacts of Indoor
residual spraying with DDT, alphacypermethrin and deltamethrin in the western foothill area of
Madagascar. Malar J. 2014 Jan 14;13:21.
- Nicolas G, Chevalier V, Tantely ML, Fontenille D, Benoit D. A spatially explicit metapopulation model
and cattle trade analysis suggests key determinants for the recurrent circulation of Rift Valley fever
virus in a pilot area of Madagascar highlands. PLoS Negl Trop Dis. 2014; 8(12): e3346.
 Communications orales
-
Miarinjara A., Tata E., Ramihangihajason T. R. Rajaonarimanana M., Boyer S - Sensibilité actuelle de la puce
Xenopsylla cheopis à l’insecticide Deltaméthrine à Madagascar In Congrès Scientifiques de la Faculté de
Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar
TNJJ Nepomichene, SHJ Velonirina, F Randrianaivo, C Bourgouin, S Boyer Influence de l’âge de la population des
moustiques sur la transmission du Plasmodium In Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine de l’Université
d’Antananarivo, 2014, Madagascar
S Randriamaherijaona, THNJJ Népomichène, L Andrianaivolambo, F Maminirina, S Boyer. Rémanence du
bendiocarbe en pulvérisation intra-domiciliaire à Madagascar : étude dans les cases expérimentales In Congrès
Scientifiques de la Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar
J Ratovonjato, S Boyer. Utilisation intensive d’insecticides chimiques dans le cadre de l’élimination du paludisme à
Madagascar : situation actuelle de la sensibilité des Anophèles vecteurs aux insecticides In Congrès Scientifiques
de la Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar
Randrianambinintsoa FJ, Boyer S & Depaquit J - Les vecteurs potentiels de la Leishmaniose identifiés à
Madagascar représentent-ils un danger pour les santés humaine et animale? In Congrès Scientifiques de la
Faculté de Médecine de l’Université d’Antananarivo, 2014, Madagascar (orale).
 Communications affichées
-
-
Adélaïde Miaranjara, Sanjiarizaha Randriamaherijaona, Thiery Nirina Jean-José Nepomichene. Les puces et les
maladies qu’elles provoquent chez l’homme. Journée Mondiale de la santé 2014 « Les maladies à transmission
vectorielle ».15 avril 2014. Antananarivo, Madagascar
Sanjiarizaha Randriamaherijaona, Thiery Nirina Jean-José Nepomichene. Les moustiques transmetteurs de
microbe. Journée Mondiale de la santé 2014 « Les maladies à transmission vectorielle ». 15 avril 2014
Antananarivo, Madagascar
Sanjiarizaha Randriamaherijaona , Thiery Nirina Jean Jose Nepomichene, Jade Assoukpa, Yoann Madec,
Sébastien Boyer. First trial with experimental huts in Madagascar: the perfect tool to evaluate insecticide durability
in the field. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, Paris, September 10-13, 2014
Raharimalala, F. N., Boukraa, S., Bawin, T., Zimmer, J.-Y., & Francis, F. (2014, July 15). Molecular detection of six
high importance endosymbiotic bacteria in Belgian wild-caught mosquitoes. Poster session presented at The
Seventh International Symposium on Molecular Insect Science, Amsterdam, and Pays-Bas.
http://hdl.handle.net/2268/171330
Raharimalala, F. N., Boukraa, S., Bawin, T., Zimmer, J.-Y., & Francis, F. (2014, April 10). Phylogenetic study of
Aedes albopictus and Aedes koreicus (Diptera, Culicidae) origin, two invasive mosquito species in Belgium. Poster
session presented at 9th Conference Louis Pasteur Emerging Infectious Diseases, Paris, France.
http://hdl.handle.net/2268/165780
 Principales implications dans des institutions nationales ou internationales
La Réunion : projet - Animal Risk II
Paris : Réunion « Malaria - RIIP
Cases pièges pour expérimentations en condition naturelle, zone de Moramanga
15
Unité d'épidémiologie
L’unité d’épidémiologie mène des activités de recherche, de santé publique et de formation. Ses
activités de recherche s’appuient sur la conduite d'études cliniques, sur la rédaction de protocoles d’étude
jusqu’à l’analyse des données et la publication des résultats, sur des modélisations spatio-temporelles
utilisant des Systèmes d’Information Géographique (SIG) appliqués à la santé, et sur la surveillance
démographique au sein d’un observatoire en population dans le district de Moramanga. Ses activités de
santé publique comprennent la surveillance épidémiologique avec notamment l’animation du réseau
sentinelle de surveillance des maladies à potentiel épidémique et la participation à des investigations
d’épidémies.
En termes d’activités de formation, l’unité accueille des internes de santé publique de l’Université
d’Antananarivo, des stagiaires malgaches et étrangers dans le cadre de Masters, de travaux de thèses
d’exercices et de thèses d’université. L’unité organise des formations sur les bonnes pratiques cliniques
(BPC), en statistiques appliquées (Stata et R) et participe également aux ateliers organisés à l'Institut
Pasteur de Madagascar (IPM). Depuis 2011, l’unité d’épidémiologie est un des sites d’accueil des stagiaires
FETP (field an epidemiological training program) formés dans l’Océan Indien. L’unité participe à des
enseignements magistraux de l’Université d’Antananarivo (par exemple : SIG et télédétection) et à l’Institut
Pasteur à Paris (essais cliniques).
En 2014, les activités de recherche de l’unité portaient sur :
- Réseau sentinelle des fièvres à Madagascar et son évaluation: fiches SENTFI et EVASENTFI.
- Maladies diarrhéiques hospitalisées à Moramanga et Antananarivo: fiche MADIHO.
- Malnutrition chronique et aigüe à Madagascar (prévalence, causes et interventions) : fiche MALNUT
- Système de suivi démographique et sanitaire à Moramanga (Madagascar) : fiche SSDS.
- Facteurs associés à la gravité des infections par les virus de la grippe à Antananarivo : fiche IMMI
- Economie de Santé sur PEV et prise en charge Pneumonie communautaire : fiches PEV et i-CCM
- L’hypertension artérielle à Moramanga : dépistage, risques et observance des traitements : fiche HTA
- Prédiction des épidémies de paludisme par serveur cartographique : fiche MALPRED et MHEALTH
- Etude SIG sur les zones priorisées pour l’aspersion intra-domiciliaire (paludisme): fiche GISVEC
- Principaux pathogènes associés à la fièvre : fiche ETIOFEB
- Etude de prévalence du Diabète à Moramanga : fiche Diabète
- Enquête Nationale sur l’Iode et le Sel à Madagascar : fiche ENISM
L’année 2014 a été marquée par :
- La réalisation de nombreux projets financés par l’USAID, en collaboration avec le CDC. Ce groupe de
projets comprend 17 sous projets qui s’étalent sur 5 ans (jusqu’en 2018). Les thématiques principales sont la
surveillance épidémiologique, les étiologies des fièvres, la malnutrition, la santé materno-infantile, le
paludisme et l’entomologie médicale.
- L’expansion considérable de la cellule réalisatrice de projets (CRP) qui a permis de réaliser des
projets communs avec d’autres unités de l’IPM ainsi qu’avec des partenaires extérieurs (UNICEF, CDC,
BAsD).
- Des formations à l’utilisation de logiciels d’analyse statistiques (R et Stata).
- Au total presque 130 personnes ont été employées ou en stage dans l’unité d’épidémiologie en 2014.
-Piola Patrice, MD, PhD, responsable de l’unité
-Rindra Vatosoa Randremanana, MD, PhD,
adjointe, cellule Modélisation Spatio-temporelle
-Fanjasoa Rakotomanana, MD, PhD, adjointe,
cellule Système d'Information Géographique.
-Aina Harimanana, MD, PhD, Responsable Cellule
Réalisatrice de Projet
Personnel permanent
- Médecins d'études cliniques . . . . . . . . . . 16
- Médecins de surveillance . . . . . . . . . . . . . 3
- Animatrice site sentinelle . . . . . . . . . . . . . . 3
- Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . 24
16
Temporaire
- Superviseurs d’enquête . . . . . . . . . . . 5
- Administrateurs base de données . . . . 3
- Project Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
- Secrétaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
- Technicien SIG . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
- Agent de saisie . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
- Enquêteurs, Lab et Superviseurs . . . . 44
Stagiaires
- Thèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
- Master 2 . . . . . . . .. . . . . . . . . . . .
- Master Pasteur CNAM . . . . . . . ..
- Internes en Santé Publique . . . . .
- Autres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
....6
....2
....1
....2
....2
Publications
- Garin B, Djaomazala I, Dubois-Cauwelaert N, Mahafaly, Raharimanga V, Ralison F, et al.
-
-
-
Autochthonous melioidosis in humans, Madagascar, 2012 and 2013. Emerging infectious diseases.
2014;20(10):1739-41.
Kesteman T, Randrianarivelojosia M, Mattern C, Raboanary E, Pourette D, Girond F, et al. Nationwide
evaluation of malaria infections, morbidity, mortality, and coverage of malaria control interventions in
Madagascar. Malaria journal. 2014;13(1):465.
Rajatonirina S, Rakotomanana F, Randrianasolo L, Razanajatovo NH, Andriamandimby SF,
Ravolomanana L, et al. Early-warning health and process indicators for sentinel surveillance in
Madagascar 2007-2011. Online journal of public health informatics. 2014;6(3):e197.
Rakotosamimanana S, Mandrosovololona V, Rakotonirina J, Ramamonjisoa J, Ranjalahy JR,
Randremanana RV, et al. Spatial analysis of pulmonary tuberculosis in Antananarivo Madagascar:
tuberculosis-related knowledge, attitude and practice. PloS one. 2014;9(11):e110471.
Ramarokoto CE, Kildemoes AO, Randrianasolo BS, Ravoniarimbinina P, Ravaoalimalala VE,
Leutscher P, et al. Eosinophil granule proteins ECP and EPX as markers for a potential early-stage
inflammatory lesion in female genital schistosomiasis (FGS). PLoS neglected tropical diseases.
2014;8(7):e2974.
Randremanana RV, Randrianirina F, Sabatier P, Rakotonirina HC, Randriamanantena A,
Razanajatovo IM, et al. Campylobacter infection in a cohort of rural children in Moramanga,
Madagascar. BMC infectious diseases. 2014;14:372.
Randrianirina F, Ratsima EH, Ramparany L, Randremanana R, Rakotonirina HC, Andriamanantena T,
et al. Antimicrobial resistance of bacterial enteropathogens isolated from stools in Madagascar. BMC
infectious diseases. 2014;14:104.
Ratovonjato J, Randrianarivelojosia M, Rakotondrainibe ME, Raharimanga V, Andrianaivolambo L, Le
Goff G, et al. Entomological and parasitological impacts of indoor residual spraying with DDT,
alphacypermethrin and deltamethrin in the western foothill area of Madagascar. Malaria journal.
2014;13:21.
Ratovoson R, Raharimanga V, Rakotosamimanana N, Ravaloson B, Ratsitorahina M, Randremanana
R, et al. Increase in the number of tuberculosis cases treated following tuberculin skin testing in firstyear schoolchildren in Madagascar. PloS one. 2014;9(4):e95494.
Pourette D, Raharimanga V. Représentations et répercussions sociales d’un essai clinique à
Madagascar. Sciences Sociales et Santé, 2014, 32 (2), p. 5-26.
Communications orales :
- Videau C. Prévalence du diabète et ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des
patients diabétiques, au sein de l’observatoire de population de Moramanga, Madagascar. Mémoire
de Master Sciences, Technologies, Santé Spécialité Santé Internationale ISPED Bordeaux. 16
Septembre 2014.
- Rakotoarison HA, Piola P, Rakotomanana F. Identification des zones prioritaires pour la Campagne
d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Andriamanarivo ML,
dir. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement » ; 30
septembre-1-2- octobre 2014 ; Antananarivo, Madagascar. 2014.
d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Salamon R, dir. 1er
Congrès de Recherche en Santé Publique de l’Océan Indien « Transitions épidémiologiques et
sanitaires » ; 12-13 novembre 2014 ; Saint-Paul, La Réunion – France. 2014.
- Ratovoson R, Rabarisoa Rasetarinera O, Andrianantenaina I, Rogier C, Piola P, Pacaud P.
L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1ère Journée
Scientifique de Santé Publique. Akademia Malagasy Tsimbazaza Antananarivo 30 Mai 2014
L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1er Congrès
Scientifique de la Faculté de Médecine. CCI Ivato Antananarivo 30 Septembre – 2 Octobre 2014
- Andrianantenaina I. L’observance à la thérapeutique médicamenteuse des hypertendus de la région
de Moramanga. Thèse de Doctorat en Pharmacie. Faculté de Médecine d’Antananarivo. 18 Décembre
2014.
- Marilys RAZAKAMANANA Evaluation économique de l’intégration du diagnostic et du traitement de la
pneumonie dans la prise en charge communautaire du paludisme : 25 novembre 2014 auprès des
responsables du MinSanP et des Partenaires Techniques et Financiers.
17
- Razakamanana Marilys. Evaluation des goulots d’étranglement relatifs aux flux de financement des
activités de vaccination. 26 novembre et 11 décembre 2014 auprès des responsables du MinSanP et
des Partenaires Techniques et Financiers.
- Randremanana RV, Randrianirina F, Razafindratsimandresy R, Andriatahina T, Ravelomanana L,
Richard V. Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar. VIèmeCongrès International
d’épidémiologie- ADELF-EPITER, 10-12 septembre 2014, Nice, France.
Richard V. Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar.Congrès de la Faculté de Médecine
d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement », 30 septembre-1-2- octobre 2014,
Antananarivo, Madagascar.
- Girond Florian. Mathematical models on surveillance data to detect epidemic thresholds & GIS
technology to visualize trends in malaria incidence: 1) Congrès de la Faculté de Médecine, 01 Octobre
2014. Centre de conférence international d’Antananarivo, Madagascar. 2) Congrès de la Fédération
hospitalière de France de l’Océan Indien, Transitions épidémiologiques et sanitaires, 12 et 13
Novembre 2014. Ile de la Réunion 3) IPM- Centre ValBio Joint Health Workshop, 6 Juin 2014.
Communication affichée
- Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, 10 au 13 Septembre 2014.
Utilisation des nouvelles technologies de communication pour le développement d’un système d’alerte
précoce de paludisme.
 Activités de formations, d'enseignement et d'expertise
- Formations données et reçues : 10
- Mémoires soutenus : 8
- Principales implications dans des institutions nationales ou internationales :
o Membre de l’Akademia Malagasy.
oCDC
o Comité Roll Back Malaria (RBM).
oOMS
o Membre de l’initiative contre les maladies
oUNICEF.
diarrhéiques et Entériques en Afrique (IDEA).
Architecture du système en réseau d’alerte précoce en temps réel développé et déployé par
l’Unité d’épidémiologie de l’IPM en collaboration avec le ministère de la santé
18
Unité des helminthiases
L’unité des helminthiases est constituée du laboratoire central bilharziose, laboratoire du Ministère de la
Santé Publique rattaché au Service de Lutte contre les Maladies Epidémiques et Négligées (SLMEN) de la
Direction des Urgences et de la Lutte contre les Maladies Négligées (DULMN) et sous la responsabilité
technique de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM).
Elle réalise des enquêtes épidémiologiques sur la situation des schistosomoses et des
géohelminthiases dans les différentes régions de l’Ile (enquêtes parasitologiques et malacologiques), assure
le suivi et évaluation de la distribution de masse de médicaments (DMM) contre ces parasitoses dans le
cadre de l’approche intégrée de la lutte contre les maladies tropicales négligées (MTN), participe à des
activités de recherche en collaboration avec d’autres unités de l’IPM ou des laboratoires internationaux, et
contribue à la formation des étudiants des facultés de médecine et des sciences.
Ses activités de diagnostic et de santé publique sont présentées dans la fiche LC Bilharzioses. Elles
comprennent :
- Des enquêtes épidémiologiques pour connaître la situation des schistosomiases et des
géohelminthiases dans les différentes régions de l’Ile (enquête parasitologique et malacologique) ; Fiche :
LC Bilharziose ;
- Le suivi et évaluation de la distribution de masse de médicaments contre ces parasitoses dans le
cadre de l’Approche intégrée de la lutte contre les Maladies Tropicales Négligées; Fiche : PAUSENS ;
- La formation des étudiants des facultés de médecine et des sciences; Fiche : LC Bilharziose .
- La participation aux activités de recherche des autres unités ou collaboration avec des laboratoires
internationaux ;
- Vololomboahangy Ravaoalimalala, MD, chef d’unité
- Fabienne Rasoamanamihaja, MD, chef de laboratoire
- Pascaline Ravonirimbinina, MD, prestataire de service
Personnels permanents
- techniciens
- secrétaire
- agent de laboratoire
2
1
1
 Production scientifique
- Randrianasolo BS, Jourdan MJ, Ravoniarimbinina P, Ramarokoto CE, Rakotomanana F,
Ravaoalimalala VE, Gundresen SG, Feldmeier H, Vennervald BJ, van Lieshout L, Roald B, Leutscher
P, Kjetland EF. Clinical manifestations, histological correlates and non-invasive diagnostic tools in
female genital schistosomiasis : a community-based cross-sectional study in Miandrivazo,
Madagascar. 61st Annual meeting ʺAmerican Society Tropical Medicine and Hygieneʺ, Atlanta –USA,
11-15 novembre.
 Activités de formation, d'enseignement ou d'expertise
- Formation donnée : 1
Evaluation des schistosomiases et des géohelminthiases
dans 360 sites de 24 districts (Projet PAUSENS,
financement Banque Mondiale ; fiche :PAUSENS)
19
Unité d’Immunologie des Maladies Infectieuses
L’unité d’immunologie des maladies infectieuses (IMI), a été créé le 1er Juillet 2013 et résulte de la
fusion de l’unité d’immunologie du paludisme et de l’unité d’immunologie. Les activités de recherche de
l’unité sont centrées sur :
- l’analyse des réponses immunes humorales et cellulaires au cours du paludisme : fiche IMI-PaluSéro
- l’étude de la dynamique des interactions Hôte-Parasite (Plasmodium falciparum et Plasmodium vivax)
au cours de l’infection palustre : fiche IMI-PaluVivax
- la mise au point de tests de diagnostic sérologiques (ELISA, Multiplex) et moléculaires (PCR, LAMP),
facilement utilisables dans les centres de santé de base et permettant le diagnostic de pathologies
telles que la Leptospirose (fiche IMI-LeptoDiag) et la Téniasis/Cysticercose (fiche IMI-CystiDiag).
- Le rôle des parasitoses dans les diarrhées de l’enfant et la malnutrition : fiche MALNUT
Associé à des activités de formation/enseignement et de transfert de technologie et en collaboration
avec les équipes de recherche de l’Institut Pasteur de Madagascar, de l’Institut Pasteur à Paris et des
Instituts du réseau (RIIP), les programmes de recherche menés au sein de l’unité ont pour objectifs, d’une
part d’évaluer la réelle prévalence de maladies endémiques à Madagascar (paludisme et
Téniasis/cysticercose) et d’autre part, d’assurer un meilleur suivi des stratégies de lutte déployées sur cette
île-continent afin de guider la formulation des stratégies d’intervention.
L’année 2014 a été marquée par :
- La mise en œuvre d’une étude sur l’évaluation de la transmission du Paludisme dans 7 districts (96
communes) des Hautes Terres Centrales et des Marges à Madagascar afin d’orienter les Campagnes
d’Aspersion Intra-Domiciliaire d’Insecticides (Projet School-Based Malaria Survey). Ce projet de
recherche opérationnelle financé par le “President’s Malaria Initiative”/USAID a été mené en étroite
collaboration avec l’unité de recherche sur le paludisme, l’unité d’épidémiologie et le “Centers for
Disease Control and Prevention” (CDC, Atlanta). Les collectes de données et de prélèvements ont été
réalisées de mai à juillet 2014 (période de transmission). Les marqueurs sérologiques d'exposition au
paludisme (Multiplex-Magpix) sont en cours d’analyse chez les écoliers et leurs parents (deux écoles
par commune, 12 000 prélèvements) et serviront de référence pour l’analyse de l'intensité de la
transmission du paludisme dans chaque commune.
- La production de plus de 1000 tests de diagnostic rapide pour la Leptospirose (bandelettes réactives
permettant la détection des IgM anti-leptospires dans le sérum de patient). Ces tests sont en cours de
validation à Madagascar, à Paris, à Mayotte et à la Réunion.
- Le développement d’une technique simple de diagnostic moléculaire par amplification isothermale de
l’ADN (LAMP) pour la détection de la neurocysticercose à partir du LCR.
- Inès Vigan-Womas, PhD, chef de l'unité
- Anjanirina Rahantamalala, PhD, adjointe
au chef d'unité
- Niry Rabenindrina, vétérinaire, ingénieur
biotechnologie
Personnel permanent
- Surveillante
- Techniciens
- Agent de laboratoire
Stagiaires
- Master
1
6
1
2
2
- Perraut R, Richard V, Varela ML, Trape JF, Guillotte M, Tall A, Toure A, Sokhna C, Vigan-Womas I,
Mercereau-Puijalon O. Comparative analysis of IgG responses to Plasmodium falciparum MSP1p19
and PF13-DBL1α1 using ELISA and a magnetic bead-based duplex assay (MAGPIX®-Luminex) in a
Senegalese meso-endemic community. Malar J. 2014 Oct 17;13:410. doi: 10.1186/1475-2875-13-410.
PMID: 25326042.
- Anjanirina Rahantamalala. Taeniasis and cysticercosis in Madagascar : New challenge “Point of care”
diagnostic tests. WHO Informal Consultation on assembling a framework for control of Taenia solium
and Neurocysticercosis. WHO Headquarters, 17 to 18 July 2014, Geneva.
- Thomas Kesteman, Lili M. Varela, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, Shirley
Longacre, Chris Drakeley, Milijaona Randrianarivelojosia, Odile Mercereau-Puijalon, Ronald Perraut,
Christophe Rogier, Inès Vigan-Womas. Malaria humoral response profiling using a multistage,
multispecies antigen array in a Luminex-magnetic-bead-based multiplex assay. Congrès du Réseau
International des Institut Pasteur (RIIP), Paris, 10-13 Septembre 2014. Conférencier invité.
20
- Inès Vigan-Womas, Thomas Kesteman, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, Tsikiniaina
Rasoloharimanana, Emma Rakotomalala, Aina Harimanana, Shirley Longacre, Chris Drakeley, Odile
Mercereau-Puijalon, Patrice Piola, Milijaona Randrianarivelojosia, Laura Steinhardt, Christophe
Rogier. Malaria humoral response profiling using a multistage, multispecies antigen in a multiplexbead-based assay: target the parasite reservoir in Madagascar. Journées du Département Infection et
Epidémiologie, Institut Pasteur – 12-13 Novembre 2012, Paris. Conférencier invité.
 Communications affichées
- Rahantamalala A., Mahanty S. et al., Molecular diagnostic of Neurocysticercosis by detection of
Taenia solium Cox 1 gene in CSF using Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): initial results.
10th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM 10), October 2014 Paris.
Déploiement d’équipes
d’investigation de l’IPM sur le
terrain
21
Unité des mycobactéries
L’unité des mycobactéries comprend le laboratoire des mycobactéries du Centre National de Référence
des Mycobactéries (CNRM) qui effectue le diagnostic de référence de la tuberculose pour le centre de
biologie clinique (CBC) de l'IPM et pour le Programme National de Lutte contre la Tuberculose (PNLT,
Ministère de la Santé). Elle a aussi des activités de surveillance de la résistance aux antituberculeux pour le
PNLT. Les antibiogrammes sont réalisés essentiellement pour les cas déjà traités (échec, rechute ou reprise
de traitement) dans le cadre du programme de prise en charge des tuberculoses multirésistantes (TB-MR)
par le PNLT. Elle effectue la mise en place et l’évaluation de nouveaux outils pour le diagnostic de la
tuberculose et des résistances (fiche CNRM).
Elle mène aussi des activités de recherche, qu’elles soient opérationnelles (en collaboration avec le
PNLT), appliquées ou plus fondamentales :
 Etude épidémiologique et moléculaire des souches Mycobacterium tuberculosis : fiche TB-SLIDE.
 Réponse immune de l’hôte associée aux facteurs bactériens de prédisposition à la dissémination de
Mycobacterium tuberculosis et à la diversité des formes cliniques de la tuberculose : fiche TB-ClinDivers
 Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de Mycobacterium tuberculosis à partir
d’échantillons conservés sur différents supports : fiche TB-SLIDE DNA
 Tuberculose latente à Tunis (Tunisie), Antananarivo (Madagascar) et Saint-Louis (Sénégal) : fiche
TB-LaTAS
 Evaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose intrathoracique de l’enfant dans
trois villes d’Afrique subsaharienne : Abidjan (Côte d’Ivoire), Yaoundé (Cameroun) et Antananarivo
(Madagascar) : fiche TB-KIDS
 Evaluation de la performance du kit LoopampTM MTBC pour la détection rapide du Complexe
Mycobacterium tuberculosis. Protocole d’étude à Madagascar : fiche TB-LAMP
 Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des
tuberculoses extra pulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana
d’Antananarivo, Madagascar : fiche Mada-Xpert
 Analyse de séquences de génomes de souches cliniques M. tuberculosis : fiche TB-Genom
L’unité a enfin de nombreuses activités de formation.
Faits marquants de l’année 2014 :
- Début des études d’infection in vitro de cellules.
- Renforcement de capacités pour l’analyse génomique
- Voahangy Rasolofo Razanamparany, PhD, HDR,
chef de l'unité
- Andrianantenaina Rakotoson, MD, chef du Centre
National de Référence des Mycobactéries
- Niaina Rakotosamimanana, PhD, adjoint au chef
d'unité
Personnel permanent
- Surveillante
- Techniciens
Stagiaires
- Master 2
- Thèse vétérinaire
Master 1
4
2
1
2
1
4
2
Publications
- - Martin A, Imperiale B, Ravolonandriana P, Coban AY, Akgunes A, Ikram A, Satti L, Odoun M,
Pandey, P, Mishra M, Affolabi D, Singh U, Rasolofo V, Morcillo N, Vandamme P, Palomino JC.
Prospective multicentre evaluation of the direct nitrate reductase assay for the rapid detection of
extensively drug-resistant tuberculosis. J Antimicrob Chemother. 2014 Feb;69(2):441-4.
- Ratovoson R, Raharimanga V, Rakotosamimanana N, Ravaloson B, Ratsitorahina M, Randremanana
R, Ramarokoto H, Rajatonirina S, Rasolofo V, Richard V. Increase in the Number of Tuberculosis
Cases Treated following Tuberculin Skin Testing in First-Year Schoolchildren in Madagascar. PLoS
One. 2014;9(4):e95494.
22
Posters
- Rakotosamimanana N, Ratovonirina NH, Ratsiferana A, Rabemiarana J, Ramarokoto H, Sola C,
Rastogi N, Rasolofo V. Spoligotype profile analyses of Mycobacterium tuberculosis clinical strains
isolated from the six different provinces of Madagascar Scientific Symposium of the Institut Pasteur
International Network. 10-13 September 2014, Institut Pasteur, Paris, France.
- Ratovonirina NH, Raherison MS, Razafimahatratra SL, Rakotosamimanana N, Rambeloarison SJ,
Rakotoson A, Rakotomanana F, Rasolofo V. Spatial distribution of Mycobacterium tuberculosis clinical
strain genotypes in Antananarivo: a pilot study. Scientific Symposium of the Institut Pasteur
International Network. 10-13 September 2014, Institut Pasteur, Paris, France.
Communications orales
- Rasolofo V, Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Martin A. Molecular
detection of multidrug resistance in M. tuberculosis from slides and filter paper cards in low-income
countries. World's Tuberculosis Day International Conference. 21 March 2014, Ghent University,
Gent, Belgium.
- Rakotosamimanana N, Doherty M, Richard V, Soares J-L, Zumla A, Rasolofo V. Peripheral blood
TNF-alpha-Dependent apoptotic genes expression and white blood cell count to characterize the
tuberculosis clinical status of individuals in a high burden setting. Seventh EDCTP Forum. 20 June - 2
July 2014, Berlin, Germany.
- Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Rasolofo V, Martin A. Molecular
countries. 35th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology (ESM) 2014. 29 June-2
July 2014; Vienna, Austria.
- Rakotosamimanana N, Raharimanga V, Andriamandimby SF, Ratovoson R, Doherty TM, Zumla A,
Gicquel B, Rasolofo V. Detection of host immune responses against tuberculosis by using
Mycobacterium tuberculosis Des Protein and different mycobacterial antigens for IGRA. International
Microbiology Congress and Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. 27 July
- 1 August 2014, Montreal, Canada.
- Rakotosamimanana N, Doherty MT, Zumla A, Gicquel B, Rasolofo V. Human immune response
against Mycobacterium tuberculosis antigens analysis by IGRA in pulmonary TB and their household
contacts. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network. 10-13 September 2014,
Institut Pasteur, Paris, France.
- Rakotoarivelo R, Rasolofo V, Randria M, Rakotosamimanana N, Andrianasolo R, Razafimahefa S,
Rakotoson J, Rakotovao L, Raberahona M, Ambrosioni J, Bonnet F, Calmy A. Optimisation du
diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des tuberculoses
extrapulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana: Etude MadaXpert.
Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30
septembre - 2 octobre 2014, Centre de Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.
- Ranaivomanana P, Raharimanga V, Dubois PM, Richard V, Rasolofo V. Etude de la réponse
immunitaire chez les enfants vaccinés par le BCG à Antananarivo Congrès de la Faculté de Médecine
d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30 septembre - 2 octobre 2014, Centre de
Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.
- Formations reçues : 10
- Formations données: 1
- Enseignements magistraux : 2
 Appartenance/participation à des groupes ou comités nationaux ou internationaux
- PNLT – Ministère de la Santé
23
Communications affichées
- Rakotosamimanana N, Doherty MT, Richard V, Soarès JL, Gicquel B, Zumla A, Rasolofo VR. Using
TNF-alpha-dependent anti-apoptotic-related genes expression with white blood cell count to
characterize the clinical status of Malagasy Subjects with tuberculosis. 44ème Congrès IUCTMR, Paris,
novembre.
- Rakotosamimanana N et al. Variation des réponses interféron gamma de l’hôte selon les souches
infectantes de Mycobacterium tuberculosis des patients tuberculeux et de leurs contacts familiaux à
Antananarivo. 80ème Anniversaire IHS, Académie Nationale Malgache, septembre.
- Ranaivomanana P et al. Étude de la réponse immunitaire chez les enfants vaccinés par le BCG à
Madagascar. 80ème Anniversaire IHS, Académie Nationale Malagasy, septembre.
- Rasoahanitralisoa RL, Bodoarivelo MS, Rakotosamimanana N, Rasolofo VR. Malagasy
Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) strains classification obtained from three different
molecular markers genotyping techniques. Congrès IMMEM, Paris, octobre.
- Formations données et reçues : 11
- Enseignements magistraux : 2
- Appartenance/participation à des groupes ou comités nationaux ou internationaux : PNLT – Ministère de
la Santé
Culture de Mycobacterium tuberculosis en laboratoire laboratoire de niveau de sécurité biologique de type 3
(NSB3) à l’IPM, Crédit René Carayol.
24
Unité du paludisme
L’unité « paludisme » a essentiellement pour mission d’éclairer le Ministère de la santé publique sur
l’efficacité des outils de lutte recommandés par la politique nationale de lutte contre le paludisme et sur
l’endémicité du paludisme à Madagascar. Les thèmes de recherche de l’unité portent sur les médicaments
antipaludiques, leur efficacité et le diagnostic biologique du paludisme au sens large du terme. Elle a enfin
une importante activité de formation.
En 2014, ses principales activités ont été les suivantes :
- Evaluation de l’efficacité thérapeutique de la combinaison Artésunate + Amodiaquine dans le
traitement du paludisme non compliqué à Madagascar : fiche Palu-ASAQ
- Apport du diagnostic biologique dans le contexte de l’élimination du paludisme à Madagascar: fiche
Palu-Diagnostic
- Evaluation opérationnelle de la lutte intégrée contre le paludisme. Madagascar, Bénin, Côte d’Ivoire,
Cameroun, Niger : fiche PALEVALUT
- Etiologies des fièvres à Madagascar: fiche ETIOFEB
- Le Paludisme à Madagascar : mesure de l’impact des mesures de lutte antipaludique et des
changements épidémiologiques sur la transmission et le réservoir: fiche IMI-PaluSéro
- Le Paludisme à Plasmodium vivax à Madagascar : Caractérisation des nouvelles voies d’invasion de
globules rouges/réticulocytes Duffy-négatif: fiche IMI-PaluVivax
- Etude des infections filariennes dans le cadre du projet d’appui aux secteurs essentiels de
l’education nutrition et santé: fiche PAUSENS
Publications
- Ghansah A, Amenga-Etego L, Amambua-Ngwa A, Andagalu B, Apinjoh T, Bouyou-Akotet M,
Cornelius V, Golassa L, Andrianaranjaka VH, Ishengoma D, Johnson K, Kamau E, Maiga-Ascofare
O, Mumba D, Tindana P, Tshefu-Kitoto A, Randrianarivelojosia M, William Y, Kwiatkowski DP,
Djimde AA. Monitoring parasite diversity for malaria elimination in sub-Saharan Africa. Science (New
York, NY)2014;345(6202):1297-8.
- Kamau E, Campino S, Amenga-Etego L, Drury E, Ishengoma D, Johnson K, Mumba D, Kekre M,
Yavo W, Mead D, Bouyou-Akotet M, Apinjoh T, Golassa L, Randrianarivelojosia M, Andagalu B,
Maiga-Ascofare O, Amambua-Ngwa A, Tindana P, Ghansah A, MacInnis B, Kwiatkowski D, Djimde
AA. K13-Propeller Polymorphisms in Plasmodium falciparum Parasites From Sub-Saharan Africa.
Journal of infectious diseases 2015;211:1352-5.
- Kesteman T, Randrianarivelojosia M, Mattern C, Raboanary E, Pourette D, Girond F, Raharimanga
V, Randrianasolo L, Piola P, Rogier C. Nationwide evaluation of malaria infections, morbidity,
mortality, and coverage of malaria control interventions in Madagascar. Malaria journal 2014;13:465.
- Ratovonjato J, Randrianarivelojosia M, Rakotondrainibe ME, Raharimanga V, Andrianaivolambo L,
Le Goff G, Rogier C, Ariey F, Boyer S, Robert V. Entomological and parasitological impacts of indoor
residual spraying with DDT, alphacypermethrin and deltamethrin in the western foothill area of
Madagascar. Malaria journal 2014;13:21.
- Khim N, Andrianaranjaka V, Popovici J, Kim S, Ratsimbasoa A, Benedet C, Barnadas C, Durand R,
Thellier M, Legrand E, Musset L, Menegon M, Severini C, Nour BY, Tichit M, Bouchier C,
Mercereau-Puijalon O, Menard D. Effects of mefloquine use on Plasmodium vivax multidrug
resistance. Emerging infectious diseases2014;20(10):1637-44.
25
Unité de la peste
L’unité peste regroupe l’unité de recherche, le Laboratoire Central Peste (LCP) du Ministère de la Santé
Publique (MSanP) et l’unité de production de tests de diagnostic rapide de la peste. Le LCP est le
laboratoire national référent pour le diagnostic biologique de la peste à Madagascar et dans la région
Africaine. Le LCP est aussi un Centre Collaborateur OMS (CCOMS) pour la lutte et les recherches sur la
peste.
Les différentes activités sur la peste voient le concours de plusieurs disciplines et impliquent ainsi
d’autres unités de l’IPM : les unités d’épidémiologie, d’entomologie médicale et d’immunologie.
Actuellement, les activités de recherches se sont orientées vers la compréhension de la persistance de la
peste à Madagascar et aborde en particulier les aspects génétiques de la réponse immune des rongeurs
réservoirs de la maladie, les caractéristiques génétiques de l’agent pathogène, la détermination des facteurs
de risque et la modélisation de sa transmission. Le développement de nouveaux outils de diagnostic (faciles
d’emploi et permettant la confirmation de la peste) est en cours.
Enfin, le CCOMS peste a continué à assurer des services intéressant les programmes de l’OMS
d’intérêt régional et mondial. En effet, l’expertise en matière de tests de diagnostic rapide a permis de
répondre aux besoins du pays et d’autres pays extérieurs: fourniture de tests de diagnostic rapide dans le
cadre de la recherche (Medford-New York et Italie).
En 2014, les activités de recherche et de santé publique menées par l’unité étaient les suivantes :
- Etude de la réponse immunitaire lors d’une infection pesteuse : interaction hôte animal et Yersinia
pestis (volet génétique): fiche Peste-RR.
- Etude des zoonoses des rongeurs : facteurs environnementaux et socio-économiques associés aux
risques: fiche ZORA / PRIZM.
- Etude d’infections pesteuses asymptomatiques et du rôle de la réponse immunitaire de l’hôte: PesteFAS
- Suivi épidémiologique de la population du vallon Metzinger et ses abords à Mahajanga : fiche ASMMJG
- Surveillance de la sensibilité de Yersinia pestis aux antibiotiques: caractérisation d’une nouvelle
souche résistante à la streptomycine : fiche Peste-ATB®
- Surveillance de la peste humaine à Madagascar en 2014: fiche LC Peste
- CCOMS pour la lutte et les recherches sur la peste: fiche COMS-Peste.
- Minoarisoa Rajerison, PhD, chef de l'unité
- Samuel Andrianalimanana, MD, chef du laboratoire central
de la peste (jusqu’en août 2014)
- Jean-Michel Razafimahatratra, MD, chef du laboratoire
central de la peste (depuis novembre 2014)
- Soanandrasana Rahelinirina, PhD, mammalogiste
- Voahangy Andrianaivoarimanana, PhD, ingénieur-Adjointe
- Sandra Telfer, PhD, scientifique accueillie (Univ. Aberdeen,
UK), pi projets
Personnel permanent
- Surveillante
- Techniciens
- Secrétaire
- Agent de laboratoire
Stagiaires
- Post-doc
- Doctorant
- Master
1
7
1
4
3
1
3
Publications
- Rajerison M, Ratsitorahina M, Andrianaivoarimanana V. Plague. In: Jeremy Farrar. Manson’s Tropical
Diseases, 23rd edition chap 37. 2014 Jan. p. 404-409.
- Riehm JM, Rajerison M, Andrianaivoarimanana V, Scholz HC. Die Pest, eine immer noch gefürchtete
Infektionskrankheit Aktuelle Forschung zu Yersinia pestis. Flug u Reisemed 2014; 21 (1): 24–29.
- Ratovonjato J, Rajerison M, Rahelinirina S, Boyer S. Yersinia pestis in Pulex irritans fleas during
plague outbreak, Madagascar. Emerging Infectious Diseases. 2014 Aug; 20 (8):1414-1415.
- Brouat C, Tollenaere C, Estoup A, Loiseau A, Sommer S, Rahelinirina S, Rahalison L, Rajerison M,
Piry S, Goodman SM et Duplantier J-M. Invasion genetics of a human commensal rodent: the black rat
Rattus rattus in Madagascar. Molecular Ecology. 2014 Aug; 23(16):4153–4167.
- Cui Y; Yang X; Xiao X; Anisimov AP; Li D; Yan Y; Zhou D; Rajerison M; Carniel E; Achtman M; Yang
R; Song Y. Genetic variations of live attenuated plague vaccine strains (Yersinia pestis EV76 lineage)
during laboratory passages in different countries. Infect Genet Evol 2014 Aug; 26:172-9.
26
- Kreppel KS, Caminade C, Telfer S, Rajerison M, Rahalison L, Morse A, Baylis M. A Non-Stationary
Relationship between Global Climate Phenomena and Human Plague Incidence in Madagascar. PLoS
Neglected Tropical Diseases. 2014 Oct; 8(10): e3155.
- Richard V, Riehm JM, Herindrainy P, Rahelinirina S, Ratsitoharina M, Rakotomanana F,
Andrianalimanana S, Scholz HC, Rajerison M. Pneumonic plague outbreak, northern Madagascar,
2011. Emerging Infectious Diseases. 2015 Jan; 21(1):8-15.
- Andrianaivoarimanana V, Rabeviloma, Andriananja N et Rajerison M. La peste pulmonaire de
Mandritsara: le destin des guérisseurs traditionnels. Congrès de la Faculté de Médecine
d’Antananarivo- 30 Septembre au 02 Octobre 2014.
- Rakotonanahary R J L, Harrison A, Maina A, Jiang J, Raoult D, Richards A, Rajerison M, Telfer S.
Première mise en évidence de Rickettsia typhi et Rickettsia felis chez les puces, hommes et rongeur à
Madagascar. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo- 30 Septembre au 02 Octobre 2014.
- Rajerison M, Rahelinirina S, Andrianaivoarimanana V, Andriamiarimanana V, Raharimanana C,
Andrianalimanana S, Ralafiarisoa L, Ratsimba M. Prévention de l’épidémie de peste à LakatoMoramanga. Journée de Santé Publique à l’Akademia Malagasy- Mai 2014.
- Rakotonanahary R J L, Harrison A, Maina A, Jiang J, Raoult D, Richards A, Rajerison M, Telfer S.
First molecular evidence of Rickettsia typhi and Rickettsia felis in fleas associated with human and
rodent seropositive to anti-TG and SFG Rickettsia antibodies in Madagascar. Symposium RIIP du 1013 Septembre 2014, Paris.
 Activités de formation, d'enseignement et d'expertise
- Formations données: 4
- Formations reçues: 3
- Appartenance/participation à des groupes ou comités d’experts nationaux/régionaux
oGroupe Intersectoriel d’Appui dans la Lutte contre la Peste (GIALP)
oEquipe de Réponse Rapide-OMS Région Afrique.
Elevage de rongeurs
Elevage de puces
pour l’étude de la peste dans les laboratoires de l’IPM.
27
Unité de virologie
L’unité de virologie de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est composée de plusieurs laboratoires
partageant la même plateforme : le laboratoire national de référence (LNR) pour la poliomyélite et la
rougeole, le centre national de référence pour la grippe (CNRG) tous deux reconnus par l’organisation
mondiale de la santé (OMS), le LNR pour la rage et le LNR pour les arbovirus et virus des fièvres
hémorragiques. Ces laboratoires sont impliqués dans des activités de surveillance, de recherche et de
formation. Les laboratoires de l’unité sont souvent les seuls laboratoires, dans la région, capables de faire le
diagnostic de certaines infections virales affectant l’homme ou l’animal.
L’unité, avec l’unité des mycobactéries, dispose d’un laboratoire de niveau de sécurité biologique de
type 3 (NSB3) en fonctionnement depuis 2009. Ce type de laboratoire permet de répondre aux exigences
internationales en termes de sécurité pour l’homme et l’environnement lors de la manipulation d’agents
hautement pathogènes.
L’unité est impliquée dans de nombreux programmes de recherche impliquant des partenaires
malgaches (Ministère de la santé, Université) mais aussi internationaux (CDC, CIRAD, Wellcome Trust,
University of Bangor, Princeton University, etc…).
Faits marquants
Dans le cadre de ses activités de surveillance de la Poliomyélite, et suite à un audit commandité par
l’OMS, l’unité de virologie a maintenu cette année son accréditation OMS en tant que laboratoire national de
référence pour la poliomyélite. C’est grâce à ses activités de surveillance que le LNR a pu mettre en
évidence pour la première fois à Madagascar, la circulation de virus vaccinaux dérivés du vaccin contre la
poliomyélite (VDPV de type 1) dans le Nord-Ouest de Madagascar (Région Sofia).
Par ailleurs, par arrêté du Ministère de l’Elevage (N°12497/201) du 11 avril 2014, l’unité de virologie a
obtenu le statut de LNR pour certaines maladies animales et zoonotiques (Fièvre catarrhale du mouton,
Fièvre de West Nile, Fièvre de la Vallée du Rift, Fièvre hémorragique de Crimée-Congo, Rage, Peste
porcine africaine, Peste porcine classique, Influenza aviaire à virus hautement pathogène chez les oiseaux
et influenza aviaire à virus faiblement pathogène à déclaration obligatoire chez la volaille)
Dans le cadre de la préparation à une éventuelle introduction du virus Ebola à Madagascar ou aux
Comores, l’unité de virologie a signé une convention avec la Commission de l’Océan Indien (COI) pour la
mise en place d’un laboratoire mobile constituée d’une équipe de virologiste et épidémiologiste mobilisable
dans les 48h sur l’ensemble du territoire malagasy et comorien.
Enfin, dans le cadre de la formation continue, l’unité a organisé en collaboration avec le CDC une
formation sur la gestion de projets. Par ailleurs, grâce aux financements du CDC, l’unité a organisé une
formation sur la communication des risques lors d’épidémies d’importance en santé publique.
Activités de l’unité
Activités coordonnées par l’unité de virologie
- Surveillance des paralysies flasques aigües et de la poliomyélite à Madagascar : fiche PFA
- Surveillance de la rougeole à Madagascar : fiche SurveRo
- Caractérisation des Entérovirus non poliomyélitiques associés aux PFA à Madagascar : fiche ENPVPFA
- Surveillance des cas d’infection respiratoire aigüe et sévère à Madagascar : fiche SARI
- Surveillance de la grippe et des infections respiratoires à Madagascar : fiche SurGIR
- Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une population exposée aux porcs : Fiche
PorHumINF
- Surveillance des Arboviroses à Madagascar : fiche SurvArbo
- Surveillance de la Rage à Madagascar : fiche SuRage
- Zoonoses, rongeurs et arboviroses à Madagascar : fiche Viro-ZORA
- La Fièvre de la Vallée du Rift chez l'homme et les bovins à Madagascar : fiche FVR-ZORA
- Compréhension des mécanismes de transmission de la Fièvre de la Vallée du Rift dans un site pilote de
Madagascar : fiche RIFT-Antsohihy
- Ecologie Hantavirus à Madagascar et dans l’Océan Indien : Fiche Hanta-MADOI.
Activités cordonnées par d’autres équipes
- Etude des zoonoses liées aux rongeurs et des arboviroses à Madagascar : fiche ZORA/PRISM
- Etude des différentes étiologies des Fièvres à Madagascar : Fiche ETIOFEB
- Etude en laboratoire de la compétence vectorielle pour le Virus de la Fièvre de la Vallée du Rift et de la
biologie de Culex antennatus, Anopheles squamosus et Anopheles coustani (CULICIDAE) de
Madagascar : fiche COMPVEC-FVR
- Détection et génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers du col de l’utérus : fiche HPV
- Facteurs associés aux formes sévères de la grippe à Antananarivo : fiche IMMI
- Réseau de surveillance sentinelle des maladies à potentiels épidémiques à Madagascar : fiche SENTFI
28
Personnel de l’unité
- Jean-Michel Héraud, PhD, chef d’unité
- Claudia Filippone, PhD, responsable de projets
- Soa Fy Andriamandimby, MD, responsable du LNR des
Arboviroses, des virus des fièvres hémorragiques et de la Rage
- Richter Razafindratsimandresy, PhD, responsable du LNR
OMS pour la Poliomyélite et la Rougeole
- Julia Guillebaud, responsable du CNR OMS pour la Grippe
- Norosoa Razanajatovo, PhD, Ingénieur de recherche au
CNR OMS pour la Grippe
- Lalaina Nomenjanahary, Vétérinaire
Personnel permanent
- Assistant manageur de projet
- Animaliers
- Techniciens
- Secrétaire/surveillant
- Correspondant qualité
Stagiaires
- Ph.D/MD
- Vétérinaire
- B.Sc
1
2
8
2
1
1
4
1
1
Productions scientifiques
Publications
- Bessaud M, Razafindratsimandresy, R, Nougairede A, Joffret ML, Deshpande JM, Dubot-Peres A,
Heraud JM, de Lamballerie X, Delpeyroux F, Bailly JL. Molecular comparison and evolutionary
analyses of VP1 nucleotide sequences of new African human enterovirus 71 isolates reveal a wide
genetic diversity. PLoS One. 2014; Mar 5;9(3):e90624.
- Dunning JW, Merson L, Rohde GG, Gao Z, Semple MG, Tran D, Gordon A, Olliaro PL, Khoo SH,
Bruzzone R, Horby P, Cobb JP, Longuere KS, Kellam P, Nichol A, Brett S, Everett D, Walsh TS, Hien
TT, Yu H, Zambon M, Ruiz-Palacios G, Lang T, Akhvlediani T, ISARIC Working Group 3, ISARIC
Council, Hayden FG, Marshall J, Webb S, Angus DC, Shindo N, van der Werf S, Openshaw PJ, Farrar
J, Carson G, Baillie JK. Open source clinical science for emerging infections. Lancet Infect Dis. 2014;
Jan 14(1):8-9.
- Maquart M, Temmam S, Heraud JM, Leparc-Goffart I, Cetre-Sossah C, Dellagi K, Cardinale E,
Pascalis H. Development of real-time RT-PCR for the detection of low concentrations of Rift Valley
fever virus. J Virol Methods 2014; Jan 195, 92-99.
- Razafindratsimandresy R, Joffret ML, Delpeyroux F, Heraud JM. First full genome sequence of a
human enterovirus a120, isolated in Madagascar. Genome Announc. 2014 Jun 19;2(3).
- Reynes JM, Razafindralambo NK, Lacoste V, Olive MM, Barivelo TA, Soarimalala V, Heraud JM,
Lavergne A. Anjozorobe hantavirus, a new genetic variant of Thailand virus detected in rodents from
Madagascar. Vector Borne Zoonotic Dis. 2014; Mar 14(3), 212-219.
- Wilkinson DA, Melade J, Dietrich M, Ramasindrazana B, Soarimalala V, Lagadec E, le Minter G,
Tortosa P, Heraud JM, de Lamballerie X, Goodman SM, Dellagi K, Pascalis H. Highly diverse
morbillivirus-related paramyxoviruses in wild fauna of the southwestern Indian Ocean Islands:
evidence of exchange between introduced and endemic small mammals. J Virol. 2014; Aug
88(15):8268-8277.
- Sangaré AK, Boutellis A, Drali R, Socolovschi C, Barker SC, Diatta G, Rogier C, Olive MM, Doumbo
OK, Raoult D. Detection of Bartonella quintana in African body and head lice. Am J Trop Med Hyg.
2014 Aug;91(2):294-301
- Heraud JM. Virus émergents : Des loups dans la bergerie ? Institut Français de Madagascar,
Antananarivo, Madagascar, 14 Juin.
- Razanajatovo N, Nomenjanahary L, Wilkinson D, Razafimanahaka J, Goodman S, Jenkins R, Jones J,
Heraud JM. Detection of new genetic variants of betacoronaviruses in endemic frugivorous bats of
Madagascar. 63rd Annual Wildlife Disease Association Conference, Albuquerque, New Mexico, USA,
6-10 Juillet.
- Joffret M-L, Sadeuh-Mba S, Shaw J, Razafindratsimandresy R, Muslin C, Heraud JM, Rousset D,
Njouom R, Burns CC, Delpeyroux F. Genetic interaction between poliovaccine strains and other
enteroviruses of species C in Madagascar, Cameroon and neighboring countries. Translational and
Regulatory Science of Polio Vaccines and Antivirals, Bethesda, MD, USA, 22-23 September.
- Razanajatovo N, Nomenjanahary L, Wilkinson D, Razafimanahaka J, Goodman S, Jenkins R, Jones J,
Heraud JM. Detection of new genetic variants of betacoronaviruses in endemic frugivorous bats of
29
-
-
-
-
-
-
Madagascar. Amazonian conference on emerging and infectious diseases (ACEID), Cayenne, French
Guiana, 26-28 Septembre.
Razafindratsimandresy R, Rabemanantsoa S, Andriamamonjy S, Joffret M-L, Heraud JM, Delpeyroux
F. Diversités moléculaires des entérovirus humains détectés dans le sud et le nord de Madagascar.
Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine. Antananarivo, Madagascar. 30 Septembre - 02
Octobre.
Razafindratsimandresy R, Rabemanantsoa S, Andriamamonjy S, Joffret M-L, Heraud JM, Delpeyroux
F. Détection de virus dérivés du poliovirus vaccinal dans la région Sud-Ouest de Madagascar.
Congrès Scientifiques de la Faculté de Médecine. Antananarivo, Madagascar. 30 Septembre - 02
Octobre.
Heraud JM, Andriamandimby SF, Piola P, Andrianaivoarivelo R, Rogier C. Ebola Actualité. Institut
Français de Madagascar, Antananarivo, Madagascar, 14 Octobre.
Heraud JM, Razanajatovo N, Olive MM, Nomenjanahary L, Wilkinson D, Razafimanahaka J,
Goodman S, Jenkins R, Jones J. Detection of new genetic variants of betacoronaviruses in endemic
frugivorous bats of Madagascar. International Meeting on Emerging Diseases (IMED) 2014, Vienna,
Austria, 31 Octobre - 3 Novembre.
Heraud JM. Future directions and new approaches in virological studies at the Institut Pasteur of
Madagascar. Annual Retreat - Infection and Epidemiology Department, Château de Villiers-LeMahieu, 12-13 Novembre.
Razanajatovo N, Andrianirina Z, Harimanana A, Irinantenaina J, Rakotonanahary D, Rajatonirina S,
Piola P, Richard V, Heraud JM. Integrating laboratory-based surveillance for influenza with
surveillance for other pathogens of priority in Africa. African Network for Influenza Surveillance and
Epidemiology (ANISE), Cape-Town, South Africa, 4-6 Décembre.
Guillebaud J, Razanajatovo N, Harimanana A, Piola P, Heraud JM. Improving surveillance to support
influenza vaccine virus selection: contribution of Madagascar. 3rd WHO Informal consultation on
improving influenza vaccine selection, WHO Headquarters, Geneva, Switzerland, 1-3 Avril.
- Razanajatovo N, Guillebaud J, Rajatonirina S, Andrianirina Z, Harimanana A, Piola P, Heraud JM.
Epidemiology and molecular characteristics of respiratory syncytial virus amongst children under five
years in Antananarivo, Madagascar. 9th International Respiratory Syncytial Virus Symposium.
Setellenbosch, South Africa, 9–13 Novembre.
- Razafindratsimandresy R, Joffret M-L, Andriamamonjy S, Rabemanantsoa S, Heraud JM, Delpeyroux
F. Molecular diversity of human enteroviruses circulating between North and South regions of
Madagascar. Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, Institut Pasteur, Paris,
France, 10-13 Septembre.
- Olive MM, Chevalier V, Andriamandimby SF, Rakotomanana F, Grosbois V, Tran A, Rogier C, Heraud
JM. Rift Valley Fever in human and ruminants in the different ecosystems of Madagascar. Scientific
Symposium of the Institut Pasteur International Network, Paris, 10-13 Septembre.
Activités de formations, d’enseignement et d’expertise
Formations données et reçues : 11
- Razanajatovo N, Raharinosy A, Guillebaud J, Olive MM. D.U. du Centre d’Enseignement de la
Statistique Appliquée à la Médecine et à la Biologie Médicale (CESAM), Université Pierre et Marie
Curie, Paris, France (2 Apprenants reçus).
- Rakotohaingomahefa A, Heraud JM. International Grant Management Training Course for CDC
Grantees. Antananarivo, Madagascar, 24-28 février (Organisateur/Apprenant).
- Razanajatovo N, Raharinosy A. Atelier d'initiation à la génétique empirique des populations, Institut
Pasteur de Madagascar, Antananarivo, Madagascar, 19-23 Mai 2014 (Apprenants)
- Olive MM. Modélisation des systèmes dynamiques en épidémiologie, Université de Montpelier,
France, juin (Apprenant).
- Randrimanantena A. WHO-AFRO Cell culture training workshop. NICD, Johannesburg, South Africa,
11-23 Août (Apprenant).
30
- Andriamandimby SF. 19th International Bioinformatics Workshop on Virus Evolution and Molecular
-
Epidemiology (VEME), National Institute for Infectious Diseases 'L Spallanzani', Rome, Italy, 7-12
Septembre (Apprenant).
Razafindratsimandresy R. Regional training on Filovirus Real Time RT-PCR assay for Ebola Virus
detection. Entebbe, Uganda, 18-19 Septembre (Apprenant).
Andriamandimby SF. SADC training session on Ebola, NICD, Johannesburg, South Africa, 23-24
septembre (Facilitateur).
Razanajatovo N, Raharinosy A. Analyse de données épidémiologiques avec le logiciel Stata, Institut
Pasteur de Madagascar, Antananarivo, Madagascar, 6-17 octobre. (Apprenants)
Razanajatovo N. Burden of Influenza Disease Workshop, African Network for Influenza Surveillance
and Epidemiology (ANISE), Cape-Town, South Africa, 4 Décembre (Apprenant).
Heraud JM. International Workshop on Risk Communication Related to Public Health Emergency, Flicen-Flac, Mauritius, 15-17 décembre (Organisteur/Apprenant).
Appartenance/participation à des groupes ou comité d’experts nationaux ou internationaux
- International Society for Influenza and other Respiratory Virus Diseases (ISIRV), Bureau Executif.
- African Network for Influenza Surveillance and Epidemiology (ANISE), Membre.
- WHO Technical Working Group on Influenza Severity Assessment, Expert Technique.
- International Severe Acute Respiratory and Emerging Infection Consortium (ISARIC), Représentant
IPM.
Prélèvement d’un voyageur de retour du Libéria signalé comme suspect d’une infection à virus Ebola.
Déploiement de l’équipe « Ebola » de l’IPM, Antananarivo-Ivato, Aout 2014
31
Service médical
Le Service Médical de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) assure les fonctions suivantes :
 Centre International de Vaccination (CIV) : centre de consultations en matière de vaccination qui
assure les vaccinations recommandées à Madagascar et exigées pour les voyages internationaux.
Il assure aussi la réalisation d’intradermoréaction (IDR) à la tuberculine. Il est enfin fournisseur, à
Madagascar, de produits utilisés en allergologie.
 Centre de Traitement Anti-Rabique (CTAR). Conformément à la convention de 1961 liant le
Gouvernement de Madagascar et l’Institut Pasteur à Paris, le CTAR traite les personnes exposées
à la rage et approvisionne en vaccin anti rabique tous les centres de traitement anti rabique de
Madagascar, aux frais de l’IPM. Ce service est assuré à la population de Madagascar, sans
interruption depuis 1901. Il assure aussi le lien avec les services du Ministère de la santé en charge
de la lutte contre la rage.
 Dispensaire. Le dispensaire de l’IPM est ouvert gratuitement à son personnel et à ses ayants
droits. Il propose un système de soins à tiers payant pour les prescriptions. Il sert aussi de support
à la médecine du travail.
Faits marquants de l’année 2014
 L’activité du CIV a augmenté de 34% malgré les ruptures de stocks de plusieurs vaccins chez le
fournisseur. (fiche CIV)
 L’ouverture de 4 nouveaux CTAR : Marolambo, Soanierana Ivongo, Bekily et Manja. (fiche CTAR)
Personnel du service
Cadres
- Dr. Ravoniaina RAMIANDRASOA, Chef du Service médical et du CIV, [email protected]
- Dr. William RAKOTOMALALA, CTAR & Dispensaire, [email protected]
- Dr. Fara Marie Annie RANDRIANARIVONY, CTAR & Dispensaire, [email protected]
Sage-femme : 1 (CIV)
Programmes/types d’activité
- Centre International de Vaccination : fiche CIV
- Centre de Traitement Anti-Rabique : fiche CTAR
- Dispensaire : fiche DISP
Activités de formations, d’enseignements et d'expertise
- Formation reçue : Anglais, CESAM
Consultation avant la vaccination au Centre international de vaccination de l’IPM (crédit Carayol)
32
Activités de recherche
BGNBMR
Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de
bactéries gram négatif......................................................................................36
ChARLI
Children’s antibiotic resistant infections in low income countries.................38
ChART
Dynamique de transmission des bactéries multi-résistantes (BMR) en
néonatalogie......................................................................................................41
Diabète
Prévalence du diabète et de ses facteurs associés et état des lieux
de la prise en charge des patients diabétiques au sein de
l’observatoire de population de Moramanga, Madagascar...........................43
DynRMC
Etude de la dynamique des résistances aux antibiotiques en milieu
communautaire .................................................................................................45
ENISM 2014
Enquête Nationale sur l’Iode et le Sel à Madagascar ...................................47
Entomo-Eval-Cases
Evaluation d’un nouveau produit insecticide, le chlorfenapyr, dans les
cases pièges .....................................................................................................49
Entomo-PALEVALUT Évaluation de l’efficacité opérationnelle des stratégies de lutte
antivectorielle contre le paludisme et de ses déterminants ..........................51
Entomo-PESTE
Extraction d’ADN pour la détection de Yersinia pestis & les puces
selvatiques vectrices de la peste ....................................................................53
Entomo-PUCES-OI
Surveillance des puces et des rats dans les ports de Mahajanga
(Madagascar) et de Mayotte............................................................................55
Entomo-USAID
Analyse de la relation entre transmission entomologique des
Plasmodium et poids épidémiologique du paludisme ...................................57
Entomo-WNV
Suivi longitudinal des moustiques vecteurs du virus West Nile à
Mitsinjo...............................................................................................................59
ETIOFEB
Etiologies des fièvres à Madagascar ..............................................................61
EVA SENTFI
Etude de la sensibilité du système de surveillance sentinelle des
fièvres à Madagascar.......................................................................................41
FVR-ZORA
La Fièvre de la Vallée du Rift chez l'homme et les bovins à
Madagascar ......................................................................................................43
GISVEC
GIS and VEctor Control program to identify priority areas for
insecticide residual spraying............................................................................45
Hanta-MADOI
Ecologie des Hantavirus à Madagascar et dans l’Océan Indien..................47
HepMada
Epidémiologie moléculaire des virus de l’hépatite B et E à
Madagascar ......................................................................................................48
HMelioid
Mélioïdose .........................................................................................................50
HPV
Détection et génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers
du col de l’utérus...............................................................................................52
HTA
L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à
Moramanga : dépistage, risques et observance des traitements.................55
33
i-CCM
Evaluation économique de l’intégration du diagnostic et du traitement
de la pneumonie dans la prise en charge communautaire du
paludisme ..........................................................................................................57
IMI-CystiDiag
Diagnostic de la Cysticercose à Madagascar : Développement et
validation de tests de diagnostic sérologiques et moléculaires pour la
cysticercose Humaine et porcine ....................................................................59
IMI-LeptoDiag
Diagnostic de la leptospirose Humaine et animale à Madagascar ..............61
IMI-PaluSéro
Le Paludisme à Madagascar : mesure de l’impact des mesures de
lutte antipaludique et des changements épidémiologiques sur la
transmission et le réservoir..............................................................................63
IMI-PaluVivax
Le Paludisme à Plasmodium vivax à Madagascar : Caractérisation
des nouvelles voies d’invasion de globules rouges/réticulocytes
Duffy-négatif......................................................................................................65
IMMI
Facteurs associés aux formes sévères de la grippe à Antananarivo...........67
LAMPIK
Test de diagnostic rapide (LAMP) pour la détection des R aux
antibiotiques ......................................................................................................68
Mada-Xpert
Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à
microscopie négative et des tuberculoses extra pulmonaires à
l’Hôpital
Universitaire
Joseph
Raseta
de
Befelatanana
d’Antananarivo, Madagascar...........................................................................70
MADIHO
Maladies diarrhéiques hospitalisées– Etude cas-témoins ............................72
MALNUT
Etude sur la malnutrition et infections à Madagascar....................................74
MALPRED
Mathematical models on surveillance data to detect epidemic
thresholds & GIS technology to visualize trends in malaria incidence.........76
Mhealth
Mobile Health ....................................................................................................78
PALEVALUT
Evaluation opérationnelle de la lutte intégrée contre le paludisme.
Madagascar, Bénin, Côte d’Ivoire, Cameroun, Niger....................................79
Palu-ASAQ
Evaluation de l’efficacité thérapeutique de la combinaison Artésunate
+ Amodiaquine dans le traitement du paludisme non compliqué à
Madagascar ......................................................................................................81
Palu-Diagnostic
Apport du diagnostic biologique dans le contexte de l’élimination du
paludisme à Madagascar.................................................................................83
PAUSENS
Projet d’Appui aux Secteurs Essentiels de l’Education Nutrition et
Santé .................................................................................................................85
Peste-ASM-MJG
Suivi épidémiologique de la population du vallon Metzinger et ses
abords à Mahajanga.........................................................................................87
Peste-ATB®
Surveillance de la sensibilité deYersinia pestis aux antibiotiques et
caractérisation de la nouvelle souche résistante à la streptomycine...........89
Peste-FAS
Peste asymptomatique et rôle du système immunitaire de l’hôte ................91
Peste-RR
Etude de la réponse immunitaire lors d’une infection pesteuse :
interaction hôte animal et Yersinia pestis.......................................................93
PorHumINF
Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une
population exposée aux porcs.........................................................................94
PRIZM
Zoonoses des rongeurs : facteurs environnementaux et socioéconomique associés aux risques (étude à l’échelle du paysage) ..............95
34
RIFT-Antsohihy
Compréhension des mécanismes de transmission de la Fièvre de la
Vallée du Rift dans un site pilote de Madagascar..........................................97
SENTFI
Réseau de surveillance sentinelle des maladies à potentiels
épidémiques à Madagascar.............................................................................99
SLIDE-DNA
Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de
Mycobacterium tuberculosis à partir d’échantillons conservés sur
différents supports..........................................................................................101
SSDS
Système de suivi démographique et sanitaire à Moramanga
(Madagascar)..................................................................................................103
TB-Clin-Divers
Réponse immune de l’hote associée aux facteurs bactériens de
predisposition à la dissémination de mycobactérium tuberculosis et à
la diversite de la forme clinique de la tuberculose.......................................105
TB-Genom
Analyse de séquences de génomes de souches cliniques M.
tuberculosis .....................................................................................................107
TB-KIDS
Evaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose
intrathoracique de l’enfant dans trois villes d’Afrique subsaharienne :
Abidjan (Côte d’Ivoire), Yaoundé (Cameroun) et Antananarivo
(Madagascar)..................................................................................................109
TB-LAMP
Evaluation de la performance du kit LoopampTM MTBC pour la
détection rapide du Complexe Mycobacterium tuberculosis. Protocole
d’étude à Madagascar....................................................................................111
TB-LaTAS
Tuberculose latente à Tunis (Tunisie), Antananarivo (Madagascar) et
Saint-Louis (Sénégal). Etude pilote. .............................................................113
TB-SLIDE
Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques
mycobacterium tuberculosis à Antananarivo. Etude pilote .........................115
Viro-ZORA
Zoonoses, rongeurs et arboviroses à Madagascar .....................................117
35
BGNBMR
Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de bactéries
gram négatif
Correspondants :
Email :
Téléphone :
Date de
- Benoit GARIN
+261 20 22 412 72
[email protected] /
rédaction :
- Jean Marc COLLARD
22/01/2015
[email protected]
Co-investigateurs de l’IPM
Lieux des
- Tahiry Sylviane ANDRIAMANANTENA, bactériologie expérimentale,
travaux :
Antananarivo
[email protected]
Co-investigateurs hors IPM
Laurence RALAMBORANTO, Faculté des sciences, Département de Biochimie
Fondamentale et Appliquée - Université d’Antananarivo
Date début : 1/11/2010
Date fin : 31/03/2015
Durée (mois) : 43
Budget total :
7500 €
Financements : Institut Pasteur de Madagascar (projet de recherche interne)
Mots clés : Résistances aux antibiotiques, gènes de résistance, éléments mobiles, bactéries gramContexte & justification
Le présent programme s’intéresse aux bactéries de l’environnement résistantes aux antibiotiques et
isolées dans un cadre hospitalier (genres Chryseomonas, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Aeromonas)
ainsi qu’à des entérobactéries connues pour être à l’origine de certains gènes de résistance (genres
Kluyvera, Morganella, Citrobacter) ou d’autres qui n’ont pas été inventoriées lors d’une première étude
(genres Providencia, Pantoea, Serratia, Proteus). L'hôpital est un écosystème particulier où la pression de
sélection de bactéries résistantes est élevée, avec des interactions multiples entre genres bactériens (flores
des patients, bio-films, surfaces, matériels diagnostiques et thérapeutiques). C’est aussi une zone de
multiplication et de dissémination des bactéries résistantes aux antibiotiques, dont une partie est d’origine
communautaire. La transmission par « transfert horizontal » de matériel génétique est le principal mécanisme
responsable de la dissémination des gènes de résistance au sein du monde bactérien et il concerne 80% des
cas de résistances aux antibiotiques rencontrés en médecine humaine (Ploy et al., 2005).
Objectifs
L’objectif de ce travail est d’identifier chez des bactéries à Gram négatif d’origine hospitalière noninventoriées jusqu’à présent, leurs gènes de résistance aux antibiotiques et de caractériser leurs supports
génétiques.
Méthodes
- antibiogramme par méthode de diffusion des disques, CMI par E-test
- gènes de résistance par PCR et séquençage
- environnement génétique par caractérisation des plasmides (groupe d’incompatibilité), des intégrons
(classe) et de leur mobilité (conjugaison, électroporation).
Résultats & discussion
Les souches de l’étude ont été isolées lors de trois programmes de recherche, les PTR 189 et 222 ainsi
qu’un projet BMR Befelatanana. Le nombre de souches résistantes aux antibiotiques sélectionnées pour
l’étude était de 62.
Tableau I : Résistances aux antibiotiques des 62 souches
C3g*
Céfoxitine Carbapénème Ciprofloxacine
Stenotrophomonas maltophilia
6/6
6/6
6/6
3/6
Pseudomonas aeruginosa
2/2
NF
0/2
1/2
Pseudomonas putida
1/1
NF
0/1
1/1
Aeromonas hydrophila
1/1
NF
0/1
0/1
Chryseomonas luteola
1/1
1/1
1/1
1/1
Kluyvera spp.
1/1
0/1
0/1
0/1
Providencia spp.
2/2
2/2
0/2
2/2
Citrobacter spp.
17/17
15/17
1/17
7/17
Morganella morganii
6/6
6/6
1/6
5/6
Pantoea spp.
4/4
2/4
0/4
3/4
Proteus spp.
4/4
2/4
0/4
2/4
Serratia marcescens
17/17
15/17
0/17
1/17
Total
62/62
49/58
9/62
26/62
36
*Céphalosporine de 3ème génération NF : non-fait
Parmi les 33 gènes recherchés ciblant des résistances aux b-lactamines et aux fluoroquinolones, 14 ont
été retrouvés au moins une fois.
Tableau II : Répartition des gènes de résistances par famille d’antibiotiques parmi les 62 souches
Résistances ATB
C3g
n=62
Cefoxitine
Gènes de R
bla CTX-M1*
bla CTX-M2*
bla CTX-M8*
bla SHV
bla TEM
Nombre
19
1
3
8
18
CMY-2
7
Observations
dont 1 association avec CTX-M1et 8
dont 3 associations avec CTX-M1
dont 1 association avec CTX-M1, 8
dont 1 association avec CTX-M1 et SHV
dont 2 associations avec SHV
dont 1 association avec CTX-M1
dont 1 association avec SHV
dont 6 associations avec CMY-2
dont 1 association avec CMY-2 et cit
dont 1 association avec CMY-2
dont 6 associations avec dha
cit
10
dha
12
acc
2
mox
6
Carbapenèmes
bla OXA-10
1
bla OXA-23
n=9
1
Fluoroquinolones
qnr
16
aac (6‘)-Ib
dont 13 associations avec qnr (0 variant)
n=26
25
* Familles CTX-M1, 2 et 8 (comprenant plusieurs gènes)
n=49
Les deux entérobactéries (Citrobacter freundii et Morganella morganii) avaient des CMI montrant une
résistance à l’imipénème (respectivement 32mg/L et 16mg/L). Un gène bla OXA-23 a été mis en évidence chez
C. freundii pouvant ainsi expliquer la résistance à l’imipénème. En revanche, pour M. morganii, aucun gène
connu pour conférer une résistance à l’imipénème n’a été retrouvé.
La conjugaison et la transformation par électroporation ont indiqué que 51,6% des gènes de résistance
sont localisés sur des plasmides. L’étude des groupes d’incompatibilité des plasmides par une PCR
« replicon-typing » a montré la présence majoritaire de IncHI2, et dans une moindre mesure de IncFrepB et
IncFII. Un typage moléculaire de toutes les souches de C. freundii, M. morganii et Serratia marcescens
résistantes aux C3G par REP-PCR a révélé que les souches ne sont pas clonales au sein d’une même
espèce. Parmi les 62 souches analysées, 2 portaient des gènes de résistance peu ou non décrits dans
l’espèce. Ce sont Providencia rettgeri avec bla OXA-10et qnrD (+ cmy-2 et cit) et C. freundii avec bla OXA-23 (+bla
TEM ). Le clonage du gène bla OXA-23 de C. freundii est en cours.
Impact
Les caractéristiques des supports génétiques de la résistance aux antibiotiques de ces genres
bactériens n’ont pas encore été décrites à Madagascar. Ces résultats permettront d’alerter les autorités
sanitaires sur les infections nosocomiales à BMR et de décrire deux ou trois souches porteuses de gènes de
résistance jamais décrits dans ces espèces.
Publications : néant
Communications orales ou affichées
Andriamanantena T.Caractérisation des gènes de résistance aux β-lactamines chez les bactéries à Gram
négatif dans les hôpitaux à Antananarivo entre Septembre 2006 et Mars 2008. Congrès Scientifique de la
Faculté de Médecine, 30 Septembre 2014, Ivato Antananarivo.
37
ChARLI
Children’s antibiotic resistant infections in low income countries
Correspondants :
Email :
Téléphone :
Date de
- Benoit GARIN
+261 20 22 412 72
[email protected]
rédaction :
- Jean Marc
22/01/2015
[email protected]
COLLARD
- Perlinot HERINDRAINY, unité épidémiologie, [email protected]
- Frédérique RANDRIANIRINA, centre de biologie clinque, [email protected]
- Elisoa RATSIMA-HARINIAINA, centre de biologie clinque, [email protected]
- Didier GUILLEMOT, Michael PADGET, Bich-Tram HUYNH, Elisabeth DELAROQUE- ASTAGNEAU, Unité de Pharmaco-épidémiologie et maladies infectieuses (PhEMI), Institut
Pasteur, Université de Versailles St Quentin, Paris.
- Maud SEGUY, Division International, Institut Pasteur à Paris.
- à Antananarivo : Hôpital de Befelatanana, Hôpital mère-enfant de Tsaralàlana, CENHOSOA,
OSTIE, Clinique Fidy, Clinique Ste Fleur, Marie Stopes International.
- à Moramanga : CHDII, CSBU, CSMI, SMIMO, Dispensaire des soeurs
Date fin : 31/03/2017
Durée (mois) : 60
Financements :
Budget total :
Fondation de la Principauté de Monaco, Monaco.
620 000 €
Mots clés : Infections pédiatriques, résistances aux antibiotiques, communautaire
Contexte & justification
Comme le soulignel’objectif 4 du Millennium Development Goal (MDG4), la santé infantile, entre 0 et 5
ans, constitue un axe d’action prioritaire dans les Pays en Développement (PED). Le premier mois de vie est
la période où la diminution observée de mortalité reste actuellement la plus faible. Cette période néonatale
concentre à elle seule un tiers des décès survenant avant l’âge d’un an, soit 4 millions de décès annuels dont
un tiers à une moitié survient à la suite d’infections.
En l’absence de réseau de surveillance, seules les études, principalement transversales, permettent de
dresser l’état des lieux de la résistance aux antibiotiques des bactéries liées aux infections des jeunes
enfants en PED. La résistance aux antibiotiques des pathogènes à l’origine des infections néonatales semble
avoir atteint un niveau inquiétant, à la fois à l’hôpital et en communauté. Cependant, la grande hétérogénéité,
notamment dans la méthodologie, le choix des populations et les techniques de laboratoire utilisées, rend
difficile les comparaisons entre les résultats issus des travaux existants. Les données disponibles sur les
infections à bactéries multi-résistantes (BMR) des jeunes enfants restent encore très limitées en PED. Elles
permettent cependant de suggérer, d’une part, l’existence d’une mortalité importante liée aux infections
bactériennes, et d’autre part, des taux de résistance élevés chez les pathogènes en cause, en contexte
hospitalier comme communautaire.
Objectifs
L'objectif principal est d'évaluer l'incidence aussi bien que les conséquences médicales et économiques des
infections graves néonatale et infantiles causées par des bactéries résistantes aux antibiotiques. L'enquête
concerne aussi bien les infections associées aux soins de santé que celles acquises en collectivité.
http://www.charliproject.org
Méthodes
Population de l’étude et recrutement
Cohorte de nouveaux nés et d’enfants jusqu’à l’âge de 18 mois. Le recrutement se fait à 2 moments : au
moment de l’accouchement ou en amont de l’accouchement lors d’une phase appelée pré-inclusion.
L’exhaustivité du recrutement des naissances vivantes dans la population/zone géographique rural/urbain,
est recherchée. Les sites d'étude sont constitués de trois quartiers du 3ème arrondissement de la Commune
Urbaine d’Antananarivo (CUA) : Avaradoha, Besarety, Soavinandriana et de 6 quartiers de la Commune
Urbaine de Moramanga : Ambohimadera, Ambohitranjavidy, Moramanga ville, Tanambao, Tsarahonenana,
Tsaralalàna.
Le suivi des enfants est réalisé sur les 18 premiers mois de vie. En cas de fièvre authentifiée (≥ 38°C),
l’enfant est examiné par un médecin, soit dans un centre de santé, soit à l’hôpital de niveau 1 ou de
proximité. Les prélèvements sont acheminés au Centre de biologie clinique (CBC) de l’Institut Pasteur de
Madagascar (IPM) où ils sont analysés.
38
Prise en charge thérapeutique de l’enfant
Elle est tout d’abord empirique selon les « standard operating procedures » de l’OMS, puis guidée par
les analyses microbiologiques qui sont transmises au médecin. Dans le cas d’une bactérie résistante aux
antibiotiques, le traitement par l’imipénème est fourni si nécessaire.
Biobanque
Au CBC et à l’Unité de bactériologie expérimentale à l’IPM, chaque souche isolée est congelée et
conservée dans un congélateur à -80°C, de même que les prélèvements. Les souches d’entérobactéries
présentant une béta-lactamase à spectre étendu (BLSE) sont aussi génotypées.
Les premières inclusions ont été faites à partir du 17/09/2012 (Etude pilote). Au 31/12/2014 (10 mois
après le démarrage du projet principal), le bilan de l’activité était le suivant :
Femmes enceintes
Enfants
Arrêt prématurés
Décès
Enfants en cours de suivi
Antananarivo
493
523
61
11
161
Moramanga
589
744
78
10
240
Total
1082
1267
139
21
401
Une première analyse a été faite dans le cadre d’une thèse professionnelle par Fanny Chéreau (20122013) sur le portage de bactéries productrices de BLSE chez les femmes enceintes. Dans son étude, 139
des 179 femmes interrogées avaient subi un prélèvement de selles analysable. La recherche
d’E(entérobactéries)-BLSE était positive pour 16 prélèvements. La prévalence de colonisation par des EBLSE était de 11,5% (Intervalle de confiance (IC95%) 6.1-16.9) et ne différait pas significativement entre
milieu rural et milieu urbain. L’espèce bactérienne majoritairement isolée était Escherichia coli. Au total, 26%
des femmes ont déclaré avoir consommé des antibiotiques pendant la grossesse. En analyse multivariée,
seul l’accès privatif à l’eau de boisson restait un facteur de risque significatif (OR=7.3 ; IC95% 1.7-30.7).
L’utilisation d’une antibiothérapie récente était associée à la colonisation avec un OR de 2.5, (IC95% 0.78.7). Sachant que les deux facteurs principaux d’acquisition de bactéries résistantes dans une population
sont la pression antibiotique et la consommation de soins de santé et que le facteur de dissémination est le
contact inter-humain, nous aurions pu nous attendre à une différence de portage entre Moramanga et
Antananarivo. Il est probable qu’une investigation de l’environnement pour comprendre ce taux de portage
fécal élevé (mais semblable à une étude antérieure) devra être menée. D’autres études et analyses sont en
cours et les résultats devraient être disponibles en 2015.
Depuis novembre 2013, le programme ChARLI a sollicité la mutuelle de santé AFAFI (Aro ho an’ny
FAhasalaman’ny FIanakaviana) afin qu’elle puisse proposer une couverture santé à une population recrutée
dans l’étude pilote (environ 500 familles). Le partenariat a pour objet l’extension de la couverture des soins
de santé aux mamans ChARLI ainsi qu’aux membres de famille des bébés ChARLI.
Une série d’actions visant au renforcement des capacités locales (y compris la formation) et à la qualité
et traçabilités des processus ont été également entreprises durant l’année 2014 :
- Activité d'amélioration de la prise en charge diagnostique des infections néonatales en particulier avec
l'organisation de 2 séminaires avec les pédiatres (à Moramanga et Antananarivo) pilotés par la pédiatre
néonatalogiste référente du projet (Dr Elsa Kermorvant)
- Amélioration de la qualité des données, avec en particulier le traçage des prélèvements à visée
diagnostique
- Amélioration des pratiques de prélèvements sanguins (en particulier, hémocultures) des professionnels
de santé par l'appui technique direct et la formation
- Le démarrage de deux thèses doctorales (un médecin de l'IPM et un étudiant de l'Institut Pasteur à
Paris) ont aussi été formalisées
En ce qui concerne la gestion du projet, un bilan positif de la phase pilote à Madagascar a été établi et
rendu à la Fondation de la Principauté de Monaco et le projet multi-centrique (cohorte de 18 mois) a démarré
en mars 2014 après avoir recueilli les avis favorables des différents comités d’éthique.
Impact
Les données épidémiologiques et microbiologiques recueillies permettront de décrire au niveau local les
taux d’incidence des différentes étiologies bactériennes à l’origine d’infections sévères chez le nouveau-né et
le jeune enfant, ainsi que les profils de résistance et les facteurs de risques associés; ce travail permettra
aussi de guider le choix des traitements empiriques et à terme pour aider à l’amélioration globale des soins
que nécessite ces infections par l’élaboration de « guidelines » mieux adaptés aux spécificités locales. La
mise en place d’une cohorte internationale de jeunes enfants peut aussi servir de support pour la
39
construction d’une véritable plate-forme de recherche appliquée permettant l’évaluation de vaccins, et d’outils
de diagnostiques rapides.
Publications:
- Chereau F, Herindrainy P, Garin B, Huynh BT, Randrianirina F, Padget M, Piola P, Guillemot D,
Delarocque-Astagneau E. ESBL- and NDM-1-Producing Enterobacteriaceae Colonization Among
Pregnant Women in the Community in a Low Income Country: a Potential Reservoir for Transmission
of Multi-Resistant Enterobacteriaceae to Neonates. Submitted to Antimicrob Ag Chemother.
- Huynh BT, Padget M, Garin B, Herindrainy P, Kermorvant-Duchemin E, Watier L, Guillemot D,
Delarocque-Astagneau E. Burden of bacterial resistance in low income countries: how convincing is
the epidemiological evidence? Focus on neonatal infection – a systematic review. Submitted to BMC
Infect. Dis.
Communications orales ou affichées:
- Chereau F, Herindrainy P, Huynh BT, Padget M, Randrianirina F, Piola P, Guillemot D, Garin B,
Delarocque-Astagneau E. ESBL-producing Enterobacteriacae colonization among pregnant women in
the community in Madagascar. 16th International Congress on Infectious Diseases, Cape Town, South
Africa, April 2-5, 2014.
40
ChART
Dynamique de transmission des bactéries multi-résistantes (BMR) en
néonatalogie
Correspondants :
Email :
Téléphone :
Date de rédaction :
- Benoit GARIN
+261 20 22 412 72
26/01/2015
[email protected]
- Jean Marc COLLARD
[email protected]
Lieux des travaux :
Volasoa ANDRIANOELINA, bactériologie expérimentale
Antananarivo,
Madagascar
- Zo ZAFITSARA, service de néonatalogie, CENHOSOA, Antananarivo
- Lulla OPATOWSKI, unité de pharmaco-épidémiologie et maladies
infectieuses, Institut Pasteur à Paris
Date fin : 1/01/2016
Durée (mois) : 24
Financements :
Budget total :
Institut Pasteur à Paris, ACIP A-22-2013
13 500€
Mots clés : Portage, colonisation, BMR, néonatalogie, environnement
La diffusion des bactéries multi-résistantes (BMR) a un impact important sur les établissements de santé
du monde entier, aggravant le pronostic des malades infectés et augmentant les dépenses liées à leur prise
en charge. Malgré le peu de données de qualité disponibles, quelques études montrent que ces BMR ont
largement diffusé dans les hôpitaux africains. Les Staphylococcus aureus résistants à la méthicilline (SARM)
et les entérobactéries résistantes aux céphalosporines de 3ème génération (EBRCIIIG) sont les BMR les plus
préoccupantes. La résistance des EBRCIIIG est principalement assurée par la production de  -lactamase à
spectre élargi (BLSE) de type CTX-M dont la diffusion est qualifiée de pandémique. La résistance à la
méthicilline des S. aureus est liée à la synthèse d’une protéine de liaison à la pénicilline, la PLP2a, qui
possède une faible affinité pour les  -lactamines. Quelques clones de SARM ont émergé et sont
responsables à eux seuls de la plupart des infections nosocomiales dans le monde, bien que la majorité des
clones majeurs en Afrique soient rarement retrouvés sur les autres continents. Les infections néonatales
dans les PVD sont considérées comme une cause prédominante de létalité et ont été identifiées comme un
axe d’amélioration indispensable pour faire reculer la mortalité infantile. Les étiologies bactériennes sont en
majorité des entérobactéries multi-résistantes aux antibiotiques d’acquisition nosocomiale. L’infection
néonatale est considérée comme l’étape finale succédant à une série d’évènements antérieurs de portage,
de colonisation et de contamination de la mère, du personnel soignant et de l’environnement. En effet, les
infections ne représentant que la partie « émergée de l’iceberg », l’analyse épidémiologique de la résistance
se doit d’évaluer aussi les dynamiques de colonisation.
Objectifs
L’objectif principal de ce projet est de mesurer et d’analyser les évènements de transmission interindividuelle d’EBRCIIIG de manière à modéliser la transmission de ces bactéries dans un service de
néonatalogie.
Méthodes
Population
Il s’agit d’une cohorte prospective constituée de nouveau-nés hospitalisés, de l’accompagnant principal
et de l’ensemble des personnels soignants dans le service de néonatalogie, de l’hôpital CENHOSOA à
Antananarivo.
Inclusion des participants
A l’inclusion, des prélèvements systématiques du nouveau-né, de son accompagnateur principal et de
l’ensemble du personnel soignant sont effectués pour détecter la colonisation des EBRCIIIG au niveau
intestinal. Le portage d’EBRCIIIG au niveau des mains est recherché uniquement chez l’accompagnant
principal et le personnel soignant. En présence de lésions cutanées, un prélèvement est effectué pour
détecter la colonisation par EBRCIIIG, mais également des bactéries pathogènes. Les données sur les
caractéristiques socio-démographiques et les antécédents médicaux sont aussi collectées.
Suivi des participants
Le type de prélèvements est le même qu’à l’inclusion. Le rythme de ces prélèvements dépend de la
durée de l’hospitalisation : pour les nouveau-nés et l’accompagnant principal, tous les 7 jours, si la durée
d’hospitalisation est >7 jours, dans le cas contraire, uniquement lors de la sortie de l’hôpital. Le personnel
soignant est prélevé de façon hebdomadaire. Pour l’accompagnant principal et le personnel soignant, la
recherche d’EBRCIIIG au niveau des mains se fait tous les deux jours. En présence de lésions cutanées, un
prélèvement de ces lésions est effectué pour détecter la colonisation par EBRCIIIG, mais également par des
41
bactéries pathogènes. Les données enregistrées concernent les facteurs de risque présumés de
portage/colonisation et de transmission : topologie relationnelle, les actes invasifs effectués, l’administration
d’antibiotiques que ce soit de manière préventive ou curative, la consommation d’antibiotiques de
l’accompagnant principal, les hospitalisations et les périodes de travail du personnel soignant.
Recherche d’EBRCIIIG dans l’environnement
Des prélèvements environnementaux sont réalisés en début, milieu et fin de projet sur les sources de
contaminations à risque. Les données générées ne sont pas utilisées dans le modèle mathématique de
transmission des BMR mais elles permettent d’identifier des points critiques pour définir des
recommandations afin de diminuer les contaminations.
Recueil des données bactériologiques
Prélèvements : Les prélèvements pour la recherche d’EBRCIIIG sont réalisés par écouvillonnage des
éventuelles lésions cutanées, de l’ampoule rectale ou sur une émission de selles. Les prélèvements de la
flore cutanée sont réalisés par apposition des doigts de la main (2, 3 et 4) sur une gélose sélective. Les
prélèvements environnementaux sont réalisés par gélose contact ou écouvillonnage.
Procédures microbiologiques : Les étapes de microbiologie clinique comprennent des cultures sur
milieux sélectifs, une identification, un antibiogramme par la méthode de diffusion en milieu gélosé selon les
recommandations du comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie et une conservation
par congélation à -80°C des colonies.
Procédures moléculaires : Le typage du fond génétique des EBRCIIIG est réalisé par Rep-PCR/ERICPCR, PFGE et/ou multilocus sequence typing (MLST).
Plan d’analyse
Les données seront analysées à l’aide de modèles statistiques et mathématiques de la dynamique de
transmission des bactéries.
L’étude a débuté le 27/08/2014 et 21 nouveau-nés (53 écouvillonnages rectaux), 23 accompagnants (38
émissions de selles, 51 appositions de doigts) et 19 personnels soignants (81 émissions de selles, 208
appositions de doigts) ont été inclus et 77 prélèvements environnementaux effectués. Au total, 505
prélèvements ont été inclus dans l’étude jusqu’à présent. Après culture sur le milieu sélectif CHROMagar
ESBL, 27,2% des prélèvements ont donné des colonies (N=121) sur le milieu sélectif, dont la majorité est
représentée par des Escherichia coli (39,7%), des Klebsiella pneumoniae (28,1%), des Enterobacter spp.
(14,9%), mais aussi d’autres bactéries comme Cronobacter sakazakii et Acinetobacter spp. La majorité de
ces souches (N=102 ; 84,3%) produisaient une BLSE. Les prévalences de colonisation par des BMR à
l’inclusion pour les nouveau-nés, accompagnants et personnels soignants étaient respectivement 42,9% (IC
95% : 21,7-64,2), 34,8% (IC 95% : 30-38), 26,3% (IC 95% : 6,4-45,6). Les taux d’acquisition (acquisition
prolongée ou temporaire) pour les non-porteurs après l’inclusion étaient de 36,8%, 19% et 13%
respectivement pour les personnels soignants, les accompagnants et les nouveau-nés. Des typages
moléculaires seront réalisés afin de caractériser les clones circulants pour mettre en évidence les liens
génétiques entre les différentes souches obtenues. Cette caractérisation permettra aussi de quantifier la
transmissibilité relative des différents clones entre les personnes et de déterminer les différentes routes de
transmission. Le but de ce travail est d’identifier les dangers et étapes critiques de la transmission des BMR
en milieu hospitalier (service de néonatalogie) dans un pays en voie de développement pour en permettre la
maîtrise.
Impact
Mise en place d’intervention guidée par la scénarisation du modèle. Le modèle développé et paramétré
pourra être directement utilisé en vue de guider la mise en place de mesures de contrôle visant à réduire la
transmission des BMR dans les services. En effet, plusieurs stratégies de contrôle (ou combinaisons d’entre
elles) pourront être simulées et leur effet sur la prévalence des BMR dans les services comparés. Il sera ainsi
possible d’évaluer l’effet de différentes politiques d’hygiène, d’exposition aux antibiotiques ou de
réorganisation dans les services sur la diffusion des clones et d’identifier les mesures ou combinaisons de
mesures les plus efficaces.
Publications & Communications orales ou affichées : néant.
42
Diabète
Correspondant :
Claire VIDEAU
Prévalence du diabète et de ses facteurs associés et état des lieux de la prise en
charge des patients diabétiques au sein de l’observatoire de population de
Moramanga, Madagascar.
Email :
Téléphone :
+261 20 22 412 72
21/01/2015
[email protected]
- Rila RATOVOSON, unité épidémiologie, [email protected]
- Christophe ROGIER, directeur, [email protected]
- Patrice Piola, unité épidémiologie, [email protected]
Date début : 31/03/2014 Date fin : 31/12/2014
Durée (mois) : 09
Financement : Institut Pasteur de Madagascar
Lieux des travaux :
District de
Moramanga
Budget total :
14 450€
Mots clés : Madagascar, dépistage, communauté, diabète, adulte
Suite à des changements de mode de vie, le poids des maladies non transmissibles devient grandissant
dans les pays en développement. Mais les maladies chroniques comme le diabète ne sont pas considérées
comme une priorité de santé publique à Madagascar. Des études sur la prévalence en communauté et la
prise en charge du diabète y demeurent encore rares. Moramanga a été désigné comme un site d’étude pour
le développement de recherche clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar. Une enquête en population à
Moramanga sur la prévalence et les facteurs associés du diabète ainsi qu’un état des lieux de la prise en
charge des patients diabétiques ont été réalisés dans ce site d’étude.
Objectifs
Evaluer la prévalence du diabète et de ses facteurs associés dans le système de surveillance
démographique et de santé (SSDS) de Moramanga et réaliser un état des lieux de la prise en charge des
patients diabétiques à Madagascar.
Méthodes
Il s’agit d’une étude transversale qui s’est déroulée dans les 3 communes concernées par le SSDS à
Moramanga. Pour pouvoir mettre en évidence un facteur de risque avec un odds ratio OR=2,5 chez 33,3%
de la population témoin et 55,6% de la population diabétique avec un niveau de confiance à 95% et une
puissance à 80%, un échantillon de 1317 individus était nécessaire. En tenant compte des éventuels refus et
absences, un échantillon de 1560 individus a été tiré au sort parmi la population âgée de plus de 20 ans
recensée dans le SSDS. Les critères d’inclusion étaient être âgés de 20 ans ou plus et résidant à
Madagascar depuis au moins 5 ans. Une mesure de la glycémie à domicile et un questionnaire standardisé
ont été utilisé chez tous les individus inclus. Pour ceux dont la glycémie était élevée, et ceux déjà
diagnostiqués diabétiques, des analyses complémentaires ont été effectuées pour confirmer ou infirmer le
statut de diabétique. Ont été défini comme diabétique tout individu ayant :
- un taux de glycémie à jeun supérieure ou égale à 1,26g/L,
- ou une hyperglycémie provoquée par voie orale (HGPO) supérieure ou égale à 2g/L
- ou un taux d’hémoglobine glyquée supérieure à 7%
- ou une personne diagnostiqué comme diabétique dans les 12 derniers mois avec mesure de la
glycémie à domicile sans équivoque (supérieure ou égale à 2g/L)
- ou une personne sous traitement antidiabétique au moment de l’enquête.
Parallèlement, une enquête auprès du personnel de santé impliqué dans la prise en charge des patients
diabétiques a été également effectuée.
Le recueil des données sur le terrain s’était déroulé en 2 séries : la première en juillet-aout 2014 et la
deuxième en octobre-décembre 2014.
Durant le premier recueil, 888 individus ont été dépistés sur les 1560 prévus. Le taux d’absence au
domicile lors des trois passages prévus a été de 16,4%, 7,8% ont déménagé et 3,0% ont refusé de participer.
L’âge moyen des individus enquêtés à domicile était de 39 ans et 45,5% d’entre eux étaient des hommes. En
milieu urbain, 14,7% des individus étaient dans le secteur privé et 36,2% dans le secteur informel. En milieu
rural, la majorité (72,0%) était des cultivateurs.
Quinze individus ont été confirmés comme diabétiques dont trois déjà diagnostiqués. Au moment de
l’analyse préliminaire, 43% des individus qui devaient faire les analyses complémentaires ne s’étaient pas
encore présentés au rendez-vous. La prévalence du diabète a été estimée à 2,8% (intervalle de confiance à
43
95% IC95% [1,7-3,8]). L’âge élevé, l’obésité et le surpoids, l’hypertension artérielle, l’inactivité physique et les
antécédents familiaux ont été identifiés comme les facteurs de risques dans cette population.
Concernant les pratiques de prise en charge du diabète dans les formations sanitaires, 11 structures
étaient fonctionnelles dans la zone d’étude. Trois sur 11 disposaient d’au moins un glucomètre fonctionnel,
des bandelettes et des lancettes. Toutes étaient des structures de zone urbaine. Pour la prise en charge du
diabète, aucun des professionnels de santé interrogés n’avait connaissance des recommandations du
ministère de la santé de 2013. Leur pratique dépendait uniquement de leur formation initiale et de leurs
recherches personnelles. Seul un médecin, représentant de l’association malagasy contre le diabète
(AMADIA) à Moramanga, avait reçu des formations de la part de celle-ci.
Pendant le deuxième recueil, 638 individus ont été visités à domicile pour participer à l’étude. Quinze
individus (2,3%) ont refusé, 70 (11,0%) ont déménagé et 22 (3,4%) étaient absents. Sur les 531 dépistés,
cinq ont été diagnostiqués comme diabétiques (0,9% IC95% [0,3-2,2]). Les résultats de cette deuxième série
sont en cours de compilation avec la première pour être analysés.
Les données analysées au moment de ce rapport demeurent des données préliminaires.
Impact
A notre connaissance, cette étude constitue la première étude sur le diabète réalisé en milieu
communautaire à Moramanga. Les résultats pourront permettre de sensibiliser la communauté nationale au
problème du diabète afin que les recommandations soient mises en oeuvre.
Publication : néant
- VIDEAU C. Prévalence du diabète et ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des
patients diabétiques, au sein de l’observatoire de population de Moramanga, Madagascar. Mémoire de
Master Sciences, Technologies, Santé Spécialité Santé Internationale ISPED Bordeaux. 16 Septembre
2014.
44
DynRMC
Etude de la dynamique des résistances aux antibiotiques en milieu
communautaire
Correspondants :
Email :
Téléphone :
- Benoit GARIN
+261 20 22 412 72
26/01/2015
[email protected]
- Jean Marc COLLARD
[email protected]
PI : RAFETRARIVONY Lala, [email protected]
Lieux des travaux :
- Alexandra BASTARAUD, laboratoire d’hygiène des aliments et de
Beontsa, Madagascar
l’environnement, [email protected]
- Chitale REMONJA, Master 2, IFMT, [email protected]
Date fin : 31/10/15
Durée (mois) : 30
Financements :
Budget total :
Projet Interne. IB : 17-03
13 000 €
Mots clés : Bactéries, antibiorésistance, colonisation, communautaire, environnement
Les bactéries résistantes aux antibiotiques se détectent principalement dans les hôpitaux, mais aussi
chez les êtres humains et les animaux, qu’ils soient malades ou non (portage, colonisation), ainsi que dans
d’autres écosystèmes comme les sols et les eaux. Les résistances en milieu communautaire ont été peu
étudiées. La prévalence des résistances, de même que les mécanismes régissant la circulation de ces
souches dans ce milieu sont mal connus.
Objectifs
Etudier la faisabilité d’un suivi de foyers familiaux pour évaluer et caractériser les bactéries résistantes
aux antibiotiques, en portage et dans l’environnement.
Méthodes
- l’étude préliminaire a pour objectif d’identifier 6 foyers familiaux qui seront suivis sur une année
- le site choisi est le village de Beontsa dans la périphérie de Moramanga
- des prélèvements de selles sont réalisés chez les membres de ces foyers familiaux tous les 2 mois et
les bactéries résistantes aux antibiotiques présentes dans leur flore intestinale et dans leur
environnement y sont recherchées (selles animales, eaux, sol). L’analyse des données est faite dans
un but descriptif plutôt qu’analytique, étant donné le faible effectif de cette étude de faisabilité.
- une méthode de détection des bactéries résistantes aux antibiotiques a été utilisée et validée. Elle
consiste dans une première étape à étudier la capacité d’une méthode, le replica plating method
(RPM) à reproduire un nombre constant de colonies bactériennes lors de leurs transferts à partir d’un
milieu de Drigalski sur des milieux de Mueller-Hinton (MH) avec antibiotique (reproductibilité du
dénombrement), par l’intermédiaire d’un tissu de velours tendu sur un support. Dans une seconde
étape, elle consiste à déterminer les concentrations de 5 antibiotiques (ampicilline, ceftazidime,
céfotaxime, acide nalidixique, ciprofloxacine) dans un milieu de MH permettant de détecter les
bactéries résistantes à ces 5 antibiotiques dans des selles, des eaux et du sol (sensibilité, spécificité).
La phase préliminaire a été menée du 2 au 6/04/2012, puis 5 enquêtes de suivi tous les deux mois,
entre août 2012 et septembre 2013. Ce travail de terrain a été mené en parallèle avec la mise au point des
techniques de laboratoire.
Validation de la méthode de replica plating pour la recherche et le dénombrement de colonies
résistantes
Cette méthode a été validée lors d’un stage d’un étudiant en Master 2 (soutenance 18/10/2013). La
reproductibilité, la sensibilité et la spécificité variaient en fonction du type d’antibiotique et du type de matrice.
Globalement les caractéristiques étaient bonnes et cette méthode pouvait être utilisée sur le terrain.
Résultats enquête préliminaire
Sur les 129 selles, 99 (77%) présentaient une culture bactérienne positive (196 bactéries isolées) dont
75% étaient des entérobactéries, les 25% restant étant des bactéries à Gram négatif non-entérobactéries
(NE). La recherche de résistance aux antibiotiques a montré 6 résistances à la ciprofloxacine et aucune aux
céphalosporines de 3ème génération (C3G).
45
Résultats des enquêtes de suivi
Six foyers composés de 43 personnes, avec un nombre moyen de 7,17 personnes par foyer (extrêmes :
6-9) ont été suivis. Le sex-ratio était de 1,05 avec 22 hommes et 21 femmes. L’âge moyen global était de
16,7 ans (extrêmes : 1-50 ans), 65% de la population était composée d’enfants. Dix-sept personnes (40%)
avaient consommé au moins une fois un antibiotique durant la durée de l'étude et la moitié d'entre eux par
automédication. Les antibiotiques utilisés étaient l'amoxicilline (38,2%), les tétracyclines (35,3%) le
cotrimoxazole (8,8%) ou des antibiotiques inconnus dans 16,6% des cas. Les C3G et les fluoroquinolones ne
faisaient pas partie des antibiotiques consommés.
Dix-sept (17) entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre élargi (BLSE) ont été isolées,
majoritairement en portage fécal asymptomatique humain (11/17) avec une prévalence moyenne de 6,9% (IC
95%, 1%-13%). Elles ont été aussi retrouvées dans des bactéries provenant des animaux, du sol ou des
eaux sales. Escherichia coli était l’espèce la plus fréquente et blaCTX-M15 était le principal gène de résistance
rencontré. Le gène qnrB a été le plus souvent retrouvé pour la résistance aux fluoroquinolones. Aucune
bactérie productrice de carbapénémase n’avait été détectée.
Par ailleurs, l’environnement constitue un large réservoir d’autres bacilles Gram négatif non-Entérobactéries
opportunistes et multi-résistantes (Acinetobacter, Stenotrophomonas…).
Les BMR (BLSE) étaient présentes depuis la première jusqu’à la 4ème visite, particulièrement chez les
humains, mais la persistance de phénotypes de résistance n’a pas été clairement démontrée.
La circulation de BMR telles que les entérobactéries productrices de BLSE est un signal inquiétant de la
diffusion de bactéries et des gènes de résistances dans la communauté rurale. La prévalence de portage
d’EBLSE chez les humains est légèrement inférieure (7%) à celle retrouvée dans la Capitale (10%).
L'origine, le support génétique et le mode de transmission de ces gènes de résistances aux flores
bactériennes commensales de l’homme sont encore mal compris mais leur présence dans l'environnement
doit être prise en considération pour éviter leur dissémination.
Publications
Sur la validation de la technique de laboratoire : un mémoire de Master 2 en 2013 intitulé « Validation
d’une technique bactériologique de détection et de dénombrement de bactéries résistantes en portages et
dans l’environnement ». Auteur : ANDRIANOELINA Volasoa.
Sur les résultats de l’étude de terrain qui a permis la réalisation :
- Deux master 2 d’étudiants de l’Institut de la Francophonie de Médecine Tropicale de Ventiane au
Laos : en 2012, intitulé « Portage intestinal d’Entérobactéries multirésistantes en milieu rural
malgache isolé ». Auteur : Dr Mahandry Elie-Jean TAFARAMAHAVONJY. e en 2013, intitulé
« Dynamique des populations bactériennes résistantes aux C3G et aux fluoroquinolones en milieu
rural isolé malgache ». Auteur : Dr RABAOARISOA Chitale Remonja.
- Une thèse vétérinaire en préparation de soutenance (soutenance prévue début 2015), intitulée
« Circulation de bactéries résistantes aux C3G et FQ en milieu communautaire de Moramanga ».
Auteur : RAFETRARIVONY Lala Fanomezantsoa.
- RAFETRARIVONY LF. Prévalence de la résistance aux C3G dans un milieu rural de Moramanga –
Madagascar en 2012/2013 au Congrès de la Médecine au Centre de Conférence Internationale Ivato,
Antananarivo, Octobre 2014.
46
ENISM 2014
Enquête Nationale sur l’Iode et le Sel à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Rindra RANDREMANANA
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Alexandra Bastaraud, LHAE, [email protected]
- Aina Harimanana, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Frédérique RANDRIANIRINA,CBC,[email protected]
30/01/2015
Lieux des travaux :
90 Fokontany,
Madagascar
- Olivier RAZAFINIMANANA, SPPCM, Ministère de la Santé
- Lalaharizaka Andriantsarafara, Office National de Nutrition
Date début : 01/09/2014
Date fin : 31/10/2015
Financements :
UNICEF
Mots clés : Statut en iode, sel, Madagascar
Durée (mois) : 13
Budget total :
157 311 $
L’iode est un micronutriment essentiel pour la synthèse des hormones thyroidiennes, lesquelles sont
indispensables pour le développement du cerveau. La carence en iode provoque des troubles pouvant être
graves qui sont regroupées sous le nom de « troubles dus à la carence en iode » (TDCI). Ces troubles
incluent le goitre endémique, le retard de croissance linéaire et intellectuel, les avortements spontanés et la
mortalité infantile. La carence en iode est une des premières causes de retard mental évitable dans le
monde, les moyens de prévention consistant en la supplémentation en capsule d'iode, la promotion de la
consommation d'aliments riche en iode et l’iodation du sel. Le sommet mondial de l’enfance qui s’est tenu à
New-York en 1990, a reconnu l’importance de l’élimination de la carence en iode au niveau mondial. En
1993, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a affirmé que la stratégie principale pour atteindre cet
objectif est l’iodation du sel. Au cours des dernières décennies, la majorité des pays dans le monde a adopté
des textes législatifs et réglementaires rendant obligatoire l’iodation universelle du sel destiné à l’alimentation
humaine et animale. Depuis, plusieurs indicateurs ont été utilisés pour évaluer l’impact de ces programmes
au niveau de la population : la médiane de la concentration urinaire en iode et la proportion des ménages
disposant de sel iodé et de sel adéquatement iodés (supérieur ou égal à 15 ppm d’iode).
A Madagascar, la stratégie d’iodation universelle du sel a été appliquée à partir de février 1996. En plus
de la législation, un suivi de la qualité du sel iodé a été mis en place. Il implique des contrôles de qualité
internes, au niveau des sites de production, et externes menés par les districts sanitaires et les laboratoires
de référence.
Depuis l’adoption de la stratégie d’iodation du sel, les enquêtes nationales réalisées depuis 1997 ont montré
que la proportion de ménages disposant de sel iodé était 73% en 1997, 75% en 2003 et 72% en 2008,
toujours en dessous du seuil recommandé par l’OMS qui est de 90%. En 2008, on notait que 53% des
ménages disposant des sels iodés avaient des sels avec une teneur en iode adéquate. Cependant aucune
donnée représentative au niveau national sur le statut en iode de la population mmalagasy n’est disponible
depuis le début de la mise en place du programme de lutte contre les TDCI.
Objectifs
- déterminer le statut en iode de la population malagasy
- déterminer la disponibilité de sel iodé dans les ménages et évaluer leur teneur en iode
- estimer la consommation de sodium dans un sous-échantillon d’individus
47
Méthodes Il s’agissait d’une étude transversale basée
sur la technique de sondage stratifiée en grappes à
deux degrés, avec probabilité proportionnelle à l’effectif
de la population. L’échantillon de l’enquête a été conçu
de manière à fournir des données représentatives au
niveau national et au niveau de 3 strates. Ces strates
composées de plusieurs régions, ont été délimitées en
fonction de la disponibilité de sel adéquatement iodé
(sur la base de résultats de l’enquête démographique et
de santé 2008). Les grappes ont été constituées par les
Fokontany. Conformément à la méthode couramment
utilisée pour les enquêtes d’évaluation du statut en
micronutriments de la population, l’enquête a porté sur
30 grappes. Ainsi, pour chaque strate, 30 grappes ont
été sélectionnées et au total 90 grappes ont été tirées
au hasard. Le premier degré de l’échantillonnage a été
constitué par les Fokontany (quartiers) choisis de
manière aléatoire et proportionnelle à l’effectif de la
population par Fokontany. Au 2ème degré, dans chaque
Fokontany, 19 à 20 ménages ont été sélectionnés
aléatoirement selon un pas de sondage calculé en
fonction du nombre d’habitations dans le Fokontany.
Toutes les femmes en âge de procréer de 15 à 49 ans,
consentantes, enceintes ou non et résidant dans les
ménages sélectionnés ont été incluses dans l’étude. Les
recueils des données sur les caractéristiques des
ménages, celles des sujets inclus et les aliments
consommés la veille de l’enquête y compris les repas
pris en dehors du foyer ont été faits directement sur tablette. La taille d’échantillon prévue a été de 1736
femmes dans les 3 strates; le calcul a été réalisé sur la base d’une prévalence attendue d’hypoiodurie de
20%, d’une précision de 5%, d’un effet de grappe de 2 et d’un taux de non-répondant à 15%. Pour atteindre
le nombre de sujets nécessaires de 1736 femmes, environ 578 femmes ont été recrutées par strate, donc 20
femmes par grappe. Un échantillon d’urine de 25 ml a été demandé à chaque femme afin de déterminer la
concentration urinaire en iode, la mesure a été réalisée par spectrophotométrie après digestion au persulfate
d’ammonium. Pour les sujets qui n’ont pas pu donner leur date de dernières règles, un test de grossesse a
été réalisé. En même temps, la disponibilité du sel au niveau des ménages sélectionnés a été demandée et
un échantillon de 30 à 50g de sel de cuisine a été collecté dans chaque ménage afin d’évaluer la présence
d’iode dans le sel et, le cas échéant, mesurer la teneur en iode dans le sel par la méthode titrimétrique
standard. Deux cent personnes choisies au hasard dans les ménages sélectionnés ont fait l’objet de collecte
d’un échantillon de 5ml d’urine de 24 heures qui a servi ensuite a évaluer la teneur de sodium, potassium et
créatinine urinaire par la méthode de potentiométrie directe.
Résultats
L’enquête terrain a démarré fin novembre 2014 et a duré en moyenne 3 semaines. Elle a été menée
dans 90 Fokontany répartis aléatoirement dans les 3 strates définies (cf. Carte). Nous avons inclu 1760
femmes en âge de procréer appartenant à 1304 ménages. Environ 1209 échantillons de sels de cuisine ont
été collectés. Deux cents échantillons d’urine de 24 heures en vue de la détermination du niveau de
consommation de sodium ont été obtenus.
La réalisation des analyses biologiques des urines (IPM), des sels (Ministère de la Santé) est en cours
ainsi que le nettoyage de la base de données.
Impact
Cette étude permettra de disposer des données sur le statut en iode de la population à Madagascar
après quelques années de mise en œuvre du programme de lutte contre les TDCI. Elle permettra également
d’avoir quelques données de base sur le niveau de consommation de sodium dans un sous-échantillon de la
population. Ces informations permettront d’identifier des axes d’intervention pour améliorer le programme
d’iodation du sel et de contrôle de la consommation de sel à Madagascar.
Publications & Communications orales ou affichées : néant
48
Entomo-Eval-Cases Evaluation d’un nouveau produit insecticide, le chlorfenapyr, dans les cases
pièges
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Sébastien BOYER
+261 20 22 401 64
31/3/15
[email protected]
Lieux des travaux :
Sanjiarizaha RANDRIAMAHERIJAONA, unité entomologie médicale,
Moramanga
[email protected]
Jocelyn RATOVONJATO, unité entomologie médicale, [email protected]
Date fin: 31/08/2015
Durée (mois) :12
Financements :
- B.A.S.F
Budget total :
23 546 €
Mots clés : Cases pièges, chlorfenapyr, vecteurs, pulvérisation intra-domiciliaire, Madagascar
L'Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande au Programme national de lutte contre le
paludisme (PNLP) une rotation d'insecticide pendant les pulvérisations intra-domiciliaires (PIDs) tous les 3
ans. Cette méthode permet d’éviter l'acquisition rapide des mécanismes de résistance aux insecticides.
Sur les hautes terres centrales (HTC) de Madagascar, la PID utilisant le DDT (organochloré) a été initiée par
le PNLP depuis 1949 jusqu’en 2004. Entre 2005 et 2009, l’alphacypermethrine, un pyréthrinoïde choisi pour
son efficacité et sa rémanence de 4 à 6 mois, a été utilisée dans les campagnes d’aspersion intradomiciliaires d’insecticides sur les HTC. Depuis 2010, l‘alphacypermethrine a été remplacée par du
bendiocarbe dans les zones couvertes par les moustiquaires imprégnées d’insecticide (pyréthrinoïdes) à
longue durée (MIlLDs). L'objectif principal de ce projet scientifique est de déterminer la persistance d'un
insecticide particulier qui pourrait être un candidat pour les prochaines années : le chlorfenapyr. Il appartient
à la classe chimique des pyrroles et agit en perturbant la production d'ATP (adenosine triphosphate) par
phosphorylation oxydative dans les mitochondries des cellules des moustiques. Le chlorfenapyr facilite la
perte de proton de l'intérieur vers l'extérieur de la mitochondrie. Couplées à une source d'énergie protonique,
les mitochondries ne sont pas capables de générer de l'ATP et les cellules cessent de fonctionner. Le
chlorfenapyr est un pro- insecticide qui est activé par des monooxygénases à cytochrome P450 en son
métabolite plus actif. La mortalité est maximisée à 48 heures et à 72 heures après l'exposition.
Objectifs
- Déterminer la rémanence et l’activité résiduelle du chlorfenapyr.
- Evaluer l’efficacité du chlorfenapyr en milieu naturel semi-contrôlé (cases pièges), en déterminant
l’effet létal, l’effet dissuasif, l’effet d’inhibition et l’effet d’expulsion de l’insecticide.
Matériels et Méthodes
- Sites d’études : stations expérimentales de Saharevo et d’Ambohitranivo dans le district de
Moramanga qui se trouve sur une zone de transition entre la côte–est et les HTC de Madagascar.
Trois espèces d’anophèles vectrices : An. arabiensis, An. gambiae s.s. et An. mascarensis sont
présents dans ces deux sites. Des cases représentant les différents types d’habitat trouvés à
Madagascar (case en brique, en bois, en tôle, en torchis et en matière végétale ou « falafa ») ont été
construites en double dans chaque station, l’une pour recevoir le traitement, l’autre comme témoin.
- Moustiques utilisés pour les tests en cônes : une souche de laboratoire : Anopheles arabiensis.
- Capture mensuelle dans les cases pièges : les moustiques capturés sont enregistrés selon leur état
(morts/vivants et gorgés/non-gorgés) et leur lieu de capture (intérieur/extérieur).
- Tests en cônes mensuels selon le standard OMS: effectués dans les cases pièges et dans 28 autres
maisons habitées avoisinant les deux stations expérimentales (14 à Saharevo et 14 à Ambohitranivo).
Résultats et discussion
Un total de 1225 moustiques a était capturé dans les cases pièges pendant la période pré-traitement, de
septembre 2014 à décembre 2014 dans les deux sites expérimentaux (449 moustiques à Ambohitranivo et
776 à Saharevo). 62,1% des moustiques sont des vecteurs du Plasmodium dont : Anopheles. gambiae sl.
6,4%, An. mascariensis : 2,1%, An. coustani : 7,3% et An. squamosus/cyddipis : 46,3%.
49
Le résultat des tests en cônes effectuées sur les murs pendant la période pré-traitement montrait une
mortalité inférieure à 2%, vérifiant la non-contamination des murs.
Impact
Cette étude menée en condition semi-naturelle contrôlée selon la méthodologie des essais de phase II
du protocole WHOPES, permettra de vérifier l’efficacité du chlorfenapyr insecticide candidat pour les
campagnes de PID à Madagascar et d’évaluer sa rémanence sur différents matériaux, informations utiles à
l’élaboration des stratégies de lutte et au choix des méthodes. Par ailleurs, ce dispositif permettra d’étudier
les comportements des moustiques, en particulier les comportements d’évitement qui peuvent leur servir à
résister aux insecticides.
50
Entomo-PALEVALUT Évaluation de l’efficacité opérationnelle des stratégies de lutte antivectorielle
contre le paludisme et de ses déterminants
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Sébastien Boyer
+261 32 66 595 61
31/12/2014
[email protected]
- Thomas Kesteman, unité paludisme, [email protected]
Lieux des travaux :
- Christophe Rogier, directeur IPM, [email protected]
Brickaville et
- Jocelyn Ratovonjato, unité entomologie médicale, [email protected]
Ankazobe
- Sanjiarizaha Randriamaherijaona, unité entomologie médicale,
Madagascar
[email protected]
- Cédric Pennetier, MiVEGEC (UM1-UM2-CNRS 5290-IRD 224)
IRD /CREC, 08 BP 841, Cotonou, BENIN
- Franck Remoue, UMR MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs
(IRD224-CNRS5290-UM1-UM2), IRD/CREC, Cotonou - BENIN
Date début : 01/11/2013
Date fin: 31/12/2014
Durée (mois) :13
Financements :
Budget total :
Dispositif 5% Fonds Mondial / FEI-MAEE France
49 232 €
Mots clés : paludisme, vecteurs, lutte anti-vectorielle, efficacité opérationnelle, évaluation.
L’efficacité opérationnelle de la lutte anti vectorielle (LAV) déployée dépend de la qualité du support
traité avec de l’insecticide (moustiquaires imprégnées d‘insecticide à longue durée ou MIILD et pulvérisation
intra-domiciliaire ou PID), la sensibilité des vecteurs du paludisme aux insecticides utilisés et les
comportements des vecteurs et des humains. Toute modification de ces paramètres est susceptible de
diminuer l’efficacité opérationnelle de la LAV. L'évaluation de ces paramètres après le déploiement des outils
de LAV est indispensable pour ajuster leur utilisation aux conditions réelles. Une telle évaluation, pour être
adéquate, devra être composée du contrôle de la qualité des outils de lutte anti vectorielle mis en place, de
l’étude du comportement des anophèles vecteurs, ainsi que de l'évaluation du risque de transmission dans
les zones couvertes.
Objectifs
- Mesurer les indicateurs du comportement trophique pour chaque espèce d’anophèles vecteurs
- Mesurer les indicateurs du risque de transmission du paludisme
- Mesurer l’efficacité des pulvérisations intra-domiciliaires
- Mesurer l'intégrité physique et l’efficacité insecticide des moustiquaires imprégnées
Méthodes
a- Echantillonnage des vecteurs
Afin de disposer de données pour évaluer les différents indicateurs entomologiques, les moustiques ont été
capturés sur des volontaires humains éveillés (Coffinet et al. 2009). Cette méthode vise à mesurer le contact
homme/vecteur, le rythme d’agressivité, la période d’activité et le taux d'inoculation entomologique. Les
captures étaient organisées simultanément à l’intérieur et à l’extérieur des maisons pour estimer
respectivement l’agressivité des vecteurs endophages et exophages.
b- Traitement des moustiques au laboratoire
Les femelles des moustiques vecteurs ont été identifiés, disséqués et conservés individuellement dans une
plaque de microtitration à sec. Les espèces membres du complexe An. gambiae ont été identifiées par PCR
et l’évaluation des indices sporozoitiques ainsi que l’analyse des repas sanguins faites par ELISA.
c- Evaluation de l’efficacité des PIDs
Des maisons ayant reçues une pulvérisation d’insecticide pendant les campagnes d’aspersion ont été tirées
au sort pour y mener les tests de rémanence (60 maisons à Ankazobe et 25 maisons à Brickaville). Les tests
ont été effectués selon le protocole standard OMS (2006). Des moustiques de souche de laboratoire
(Anopheles arabiensis) ont été exposés à l’intérieur de cônes OMS pour évaluer l’efficacité et la rémanence
du bendiocarbe sur les murs.
d- Evaluation de l’intégrité physique et la bioefficacité des MIILDs
51
Les MIILDs à examiner ont été tirées au sort parmi les moustiquaires déployées dans les habitations. Pour
des raisons éthiques, toute moustiquaire tirée au sort a été remplacée par une neuve à la charge du
programme. 32 moustiquaires à Ankazobe et 31 moustiquaires à Brickaville ont été prises respectivement
pour être évaluées.
Pour la mesure de l’intégrité physique des moustiquaires, chaque moustiquaire a été fixée sur un cadre. Les
trous ont été comptés et classés selon leur taille et à partir de ces observations, l’indice trou ou « Hole
Index » a été estimé (WHO 2013). Les comportements de la population humaine relatifs aux moustiquaires
ont aussi été évalués.
Les tests en cône sur les MIILDs ont été réalisés selon le protocole standard OMS (WHO 2006) en utilisant
une souche sensible de laboratoire (An. arabiensis).
ANKAZOBE :
- 5180 moustiques ont été capturés dont 4298 Anopheles, 744 Culex, 21 Aedes , 115 Mansonia et 2
Coquillettidia.
- 959 anophèles vecteurs ont été capturés dont 215 An. funestus, 182 An. arabiensis et 562 An.
mascarensis.
- Les vecteurs étaient plutôt exophages avec 71,6%, 75,3%, 78,5% des An. funestus, An. arabiensis et
An. mascarensis respectivement piquant à l’extérieur des maisons.
- 13 An. coustani et 8 An. squamosus/cyddipis ont été trouvés porteurs de Plasmodium après analyses
biochimiques des moustiques.
- Le résultat des tests de rémanence du bendiocarbe sur les murs des 60 maisons testées a montré une
mortalité moyenne induite de 53,2% après 24h d’observation (S.E.= 6.1 ; Min=18.2% ; Max= 100%).
- Concernant les moustiquaires, 32 MIILDs ont été récupérées. 14 moustiquaires ne comportaient aucun
trou et l’indice de trou moyen pour toutes les moustiquaires est de 59,31 (Min= 0 ; Max= 625). La
mesure de la bioefficacité des MIILDs de cette localité n’a pas encore été effectuée.
BRICKAVILLE :
- 5002 moustiques ont été capturés dont 1983 Anopheles, 1597 Culex, 125 Aedes et 1292 Mansonia et
5 Coquillettidia.
- 1083 anophèles vecteurs ont été capturés dont 16 An. funestus, 984 An. gambiae ss, 13 An.
arabiensis et 70 An. mascarensis.
- Les vecteurs étaient plutôt exophages. 76,9%, 62,0%, 61,4% des An. arabiensis, An. gambiae ss et
An. mascarensis respectivement piquant à l’extérieur des maisons, sauf An. funestus dont 43,8% des
spécimens capturés piquaient à l’extérieur.
- 6 An. gambiae ss et 5 An. coustani ont été trouvés porteurs de Plasmodium après analyses
biochimiques des moustiques.
- Le résultat des tests de rémanence du bendiocarbe sur les murs des 25 maisons testées a montré une
mortalité moyenne induite de 2.8% après 24h d’observation (S.E.= 2.1 ; Min=0% ; Max= 13.3%).
- 31 MIILDs ont été récupérées sur le terrain et 2 seulement étaient intactes. La valeur moyenne de
l’indice de trous pour toutes les moustiquaires était de 903.35 (Min=0 ; Max= 5102). La bio-efficacité
de 9 moustiquaires parmi celle collectées a montré une mortalité induite moyenne de 6,1% (S.E.=
4.64, Min= 0% ; Max= 60%).
Impact
Les résultats de ce type d’étude standardisée, si elles étaient mises en œuvre systématiquement,
devraient permettre de faire reposer les choix des stratégies de lutte antivectorielle et leur mise en œuvre
optimale sur la base d’évidences, source d’une amélioration de l’efficacité réelles et de l’efficience des
programmes de lutte.
52
Entomo-PESTE
Extraction d’ADN pour la détection de Yersinia pestis & les puces selvatiques
vectrices de la peste
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Sébastien Boyer
+261 20 22 590 04
30/04/2014
[email protected]
Lieux des travaux :
Madagascar
- Adélaïde MIARINJARA, unité entomologie médicale, [email protected]
- Mireille HARIMALALA, unité entomologie médicale,[email protected]
Nohal ELISSA
Date début :1/05/13
Date fin:30/04/14
Durée (mois) : 12
Financements :
Budget total :
Fonds propres de l’Institut Pasteur de Madagascar (Projet interne)
7500 €
Mots clés : Milieu selvatique, Puces, Siphonaptera,Yersinia pestis, transmission, PCR, Madagascar
L’étude des puces (Siphonaptera) de Madagascar a été surtout stimulée par la recherche de vecteurs
potentiels de la peste. Hormis les deux espèces vectrices de peste, Xenopsylla cheopis et Synopsyllus
fonquerniei, et quelques espèces cosmopolites parasites des animaux domestiques, plus de 90% des
espèces ont été trouvées en milieu forestier associées à des micromammifères sauvages. Les résultats des
études menées par l’équipe de l’unité entomologie médicale de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) en
2009 à Madagascar (cf rapport d’activités 2009-2010) montrent que la peste circule chez les
micromammifères selvatiques en l’absence cependant des espèces vectrices majeures de Yersinia pestis.
Les puces de forêt sont donc soupçonnées d’être impliquées dans un cycle forestier de la peste.
La diversité des puces de Madagascar a été étudiée depuis les années 30. Plusieurs auteurs ont
contribué à la description de plus de 40 espèces. Si la taxonomie basée sur la description morphologique des
espèces a beaucoup progressé, la littérature ne rapporte aucune étude moléculaire effectuée sur ces puces,
et la phylogénie moléculaire des puces de Madagascar est un domaine quasi inexploré.
Les procédures actuellement disponibles, pour l’identification morphologique ne permettent pas
l’extraction et l’analyse de l’ADN du spécimen étudié. Inversement, les méthodes d’extraction d’ADN
impliquent une destruction totale ou partielle du corps du spécimen, empêchant une identification
morphologique précise.
En effet, l’identification morphologique des puces jusqu’au niveau spécifique nécessite des procédés
comprenant un traitement chimique préalable qui vise à éclaircir la cuticule des spécimens pour rendre
visible certaines parties anatomiques utiles à cette identification morphologique avant tout montage
permanent entre lame et lamelle. A l’issue de ces procédés, l’extraction d’ADN ne peut plus se faire.
Cependant une nouvelle technique d’extraction d’ADN a été mise au point par l’équipe de l’Unité
d’entomologie médicale pour résoudre ce problème (cf rapport d’activité 2013). Cette technique baptisée
« non destructive » permet de garder l’intégrité du corps de la puce tout en permettant d’obtenir de l’ADN
amplifiable. Ainsi nous disposons pour chaque puce du montage entre lame et lamelle pour la description
morphologique et de l’extrait d’ADN pour les études moléculaires qui vont permettre de confronter les
résultats obtenus par les deux techniques.
Objectifs
Décrire la phylogénie des puces de Madagascar
Matériels biologiques et méthodes
Les matériels biologiques sont des puces de forêt collectées lors des études multidisciplinaires menées
par les équipes de l’IPM, dans le cadre des projets Rift-OI et Faune sauvage dans trois zones forestières de
Madagascar: Anorana (Anjozorobe), Ankazomivady (Ambositra), Lakato (Moramanga) entre 2008 et 2012,
mais aussi des puces provenant de l’insectarium de l’unité entomologie médicale et des puces collectées
pendant les missions d’investigation des épidémies de peste. Ces spécimens ont été conservés dans de
l’alcool 70°.
Méthodes
1- Travaux d’extraction d’ADN et de séquençage: a) extraction d’ADN par la méthode non-destructive
qui consiste à extraire l’ADN de la puce sans endommager les caractères morphologiques. b)
amplification par PCR de l’ADN obtenu avec différents amorces retrouvés dans la littérature [1, 2]:
53
gène codant la Cytochrome Oxydase c, sous-unité 2 (COII), une portion du gène ITS2 (Internal
Transcribed Spacer 2), une partie des gènes mitochondriaux 12S et 16S. Ensuite, les amplifiats sont
envoyés à séquencer chez Macrogen Inc (Séoul, Corée).
2- Travaux de montage : après l’extraction d’ADN, les specimens sont montés entre lame et lamelle
puis identifiés au niveau espèce avec la clé d’identification de Jean-Bernard Duchemin [3].
Résultats
Les résultats de cette étude feront l’objet d’un article en cours de finition sur la phylogénie des puces de
Madagascar.
Impact (conséquences scientifiques, sanitaires et/ou sociétales.)
L’étude de la phylogénie des puces de Madagascar permettra de comprendre les relations de parenté et
l’évolution de ces puces. En outre, cette étude permettra d’ouvrir la voie à des études sur l’écologie des
puces de forêt, en étudiant la relation de ces puces avec leurs hôtes micromammifères. Enfin, la mise en
place d’une technique d’identification moléculaire des espèces de puces est à envisager à partir d’extrait
d’ADN et d’amorces spécifiques, sans passer par les étapes laborieuses de montage et d’identification
morphologique.
Publications : néant (en cours)
Communication orale: néant
Bibliographie
1. Kambhampati, S and Smith, PT, PCR primers for the amplification of four insect mitochondrial gene
fragments. Insect molecular biology, 1995. 4(4): p. 233-236.
2. Lucheti, A, Mantovani, B, Pampiglione, S, and Trantini, M, Molecular characterisation ot Tunga
trimamillata and Tunga Penetrans (Insecta, Siphonaptera, Tungidae): Taxonomy and genetic variability.
Parasite, 2005. 12: p. 123-129.
3. Duchemin, J-B, Biogéographie des puces de Madagascar. 2003, Université de Paris XII - Val de
Marne.
Puce montée en lame et lamelle pour identification morphologiques (crédit R. Carayol)
54
Entomo-PUCES-OI
Surveillance des puces et des rats dans les ports de Mahajanga
(Madagascar) et de Mayotte
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Sébastien Boyer
+261 32 66 595 61
26/12/2014
[email protected]
Lieux des travaux :
- Minoarisoa RAJERISON, unité peste, [email protected]
Mahajanga,
- Soanandrasana RAHELINIRINA, unité peste, [email protected]
Madagascar
- Tojo Rindra RAMIHANGIHAJASON, unité entomologie médicale,
Mayotte
[email protected]
- Etienne TATA, unité entomologie médicale, [email protected]
- Claudine RAHARIMANANA, unité peste, [email protected]
- Mamy RATSIMBA, unité peste, [email protected]
- Adélaïde MIARINJARA, unité entomologie médicale, [email protected]
- Mireille HARIMALALA, unité entomologie médicale,[email protected]
- François Mansotte, ARS-OI, Mayotte, France, [email protected]
- Betty Zumbo, ARS-OI, Mayotte, France, [email protected]
Date début : 01/01/2014
Date fin: 30/02/2015
Durée (mois) :14
Financements :
Budget total :
Agence Régionale pour la Santé de l’Océan Indien (ARS-OI), Mayotte, France
30 000 €
Mots clés : puces, rats, peste, Mayotte, Madagascar, ports
Compte-tenu des échanges commerciaux et humains croissants au niveau des îles de l’Océan Indien, il
existe un risque potentiel de diffusion par voie maritime de la peste à partir des ports et villes portuaires de
Madagascar via les rongeurs eùbarqués sur des bateaux.
Parmi les îles de l’Océan Indien, Madagascar est actuellement le seul pays touché avec des foyers actifs de
Peste. Au cours des 5 dernières années (2007-2011), 500 cas y ont été déclarés en moyenne chaque année,
avec une centaine de décès approximativement. Outre Madagascar, il faut signaler l’existence de foyers
importants dans la zone du Sud-Ouest de l’Océan Indien, côté Afrique continentale, en Afrique du Sud, au
Mozambique et en Tanzanie (pays ayant des échanges avec les îles de la zone OI). Dans la sous-région de
l’Océan Indien, à notre connaissance, les autres îles ne sont plus touchées par la peste bien que le faciès
épidémiologique de certaines d’entre elles soit favorable à la dissémination et à l’implantation de la maladie,
du moins pour les Comores et Maurice ; îles dans lesquelles la présence du rat noir Rattus rattus (réservoir
potentiel de la peste) et de la puce Xenopsylla cheopis (vecteur pandémique de la peste) sont confirmés.
Rattus norvegicus, espèce réputée résistante à Yersinia pestis à Madagascar, est présent à la Réunion, et a
été capturée dans les ports de Moroni (Grande Comore, 1999, Duplantier, données non publiées) et de PortLouis (Maurice, 2001, Duchemin, données non publiées). De plus, récemment, à La Réunion, des cas de
typhus murin ont été confirmés (investigation en cours).
Spécifiquement, à Mayotte, l’intensité des échanges maritimes officiels et non-officiels (notamment avec
des pays d’Afrique de l’Est, mais aussi avec Madagascar) sont des facteurs de risque d’importation
d’animaux infectés par Yersinia pestis.
Objectifs
- Identifier les acteurs pouvant être impliqués dans un cycle épidémiologique : espèces de puces et de
rats
- Evaluer les échanges des espèces de puces et de rats entre les ports
- Proposer un protocole de gestion de la découverte d'un cas de peste à Mayotte (plan de réponse)
- Définir des actions ciblées prioritaires pour Mayotte (mission de formation, mission d’urgence…)
- Conseiller les autorités pour la mise en œuvre de dispositions préventives
- Renforcer la surveillance de la peste sur l’ensemble de la Zone Sud-Ouest de l’Océan Indien
Méthodes
En février 2014, 4 experts scientifiques ont été missionés au sujet de la Peste (voire partenaires plus
haut) pour rédiger un document de travail sur le risque d’introduction de peste à Mayotte.
En mai et octobre 2014, des piégeages et prélèvements de rongeurs et de puces ont été réalisés dans
le port et le village de Longoni à Mayotte et dans le port et le quartier de Mahajanga be (près du marché de
Marolaka) à Mahajanga.
55
A Mayotte : Durant les deux sessions de capture, 87 individus ont été capturés dont 61 Rattus rattus, 20
Mus musculus et 6 Suncus murinus. Au total, 40 puces ont été recoltées chez les micromammifères
appartenant toutes à l’espèce Xenopsylla cheopis (espèce vectrice de la peste). Aucune puce libre n’a
été capturée.
Les tests de diagnostic bactériologique et sérologique de la peste effectués sur les micromammifères
étaient négatifs. Les investigations n’ont donc pas montré de circulation de Y. pestis dans le port et son
voisinage.
Le risque d’introduction de la peste est cependant réel en raison de la présence de tous les acteurs
nécessaires (réservoir potentiel et vecteur).
A Mahajanga : Durant les deux sessions, 67 individus ont été capturés dont 30 Rattus norvegicus, 29
Suncus murinus, 5 Mus musculus et 3 Rattus rattus. Au total, 250 puces ont été récoltées chez les
micromammifères appartenant toutes à Xenopsylla cheopis. Trois puces libres ont été capturées dont
une X. cheopis.
Au mois de mai (basse saison de la peste), les tests de diagnostics rapide (antigène ; TDRA) étaient
négatifs et environ 13% des tests sérologiques étaient positifs. L’index pulicidien était de 0,6.
Au mois d’octobre (saison haute de la peste), 17,6% des TDRA ont été positifs et une souche de
Yersinia pestis a été isolée dans le quartier près du marché de Marolaka. L’index pulicidien était
supérieur au seuil (IP = 7)
La présence de rat porteur de Y. pestis et la présence de vecteur libre montre un risque élevé
d’émergence de peste humaine. Ce foyer reste donc toujours actif malgré l’absence de cas de peste
humaine depuis l’an 2000. Marolaka fait partie du point de départ des précédentes épidémies. Les
recommandations par rapport à ce constat ont été adressées en urgence aux autorités sanitaires.
Impact
Meilleure évaluation du risque d’émergence de la peste à Mayotte et dans les îles indemnes de l’OcéanIndien, préparation de mesures préventives et de ripostes appropriées.
Collecte des puces dans une bassine
après épuçage d’un micromammifère
56
Entomo-USAID
Analyse de la relation entre transmission entomologique des Plasmodium et
poids épidémiologique du paludisme
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Sébastien BOYER
+261 20 22 412 72
1/01/2014
[email protected]
- Patrice PIOLA, unité épidémiologie, [email protected]
- Thomas KESTEMAN, unité paludisme, [email protected]
- Jocelyn RATOVONJATO, unité entomologie médicale, [email protected]
- Sanjiarizaha RANDRIAMAHERIJAONA, unité entomologie médicale,
[email protected]
Date fin: 31/09/2018
Lieux des travaux :
Sites sentinelles,
sites alertes, sites
cases pièges,
Madagascar
Durée (mois) : 60
Financements :
USAID
Budget total :
750 085 €
Mots clés : Paludisme, vecteur, épidémies, résistances, comportement
La surveillance épidémiologique quotidienne du paludisme menée à travers le réseau, animée par
l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) dans plus de trente sites sentinelles du pays, permet de détecter des
épidémies, quelques semaines avant qu’elles n’éclatent, et une augmentation du nombre de cas de
paludisme clinique déclarés dans les sites sentinelles environnants. Il n’existe pas de surveillance
entomologique ayant cette régularité et un maillage aussi étroit du pays. En revanche, nous pouvons faire
l’hypothèse que ces augmentations des nombres de cas devaient être précédées de modifications du niveau
de transmission des Plasmodium et de ses déterminants. Identifier les caractéristiques entomologiques des
contextes qui aboutissent à l’émergence d’épidémies serait utile pour mieux les prévenir ou les contrôler. Il
s’agit de la distribution des vecteurs, densité, des taux de piqûres, des taux de parité et de leurs
comportements à l’intérieur et à l’extérieur des habitations.
Objectifs
- Améliorer les connaissances sur la répartition des espèces de vecteurs du paludisme sur l'éventuel
changement de comportement des vecteurs
- Identifier un facteur prédictif entomologique des épidémies.
Méthodes
- Développer une approche reliant un modèle prédictif épidémiologique avec des indicateurs
entomologiques.
Basé sur le modèle de prédiction des épidémies de paludisme développé par l'unité d'épidémiologie de
l'IPM, nous allons développer une méthodologie pour être en mesure de relier les indices entomologiques
existants au modèle prédictif épidémiologique. Deux approches sont envisagées. Une approche se basant
sur 3 sites sentinelles qui seront investigués chaque année avant, pendant et après le pic épidémique. La
seconde approche se basera sur le modèle épidémiologique : lorsque le modèle prédira une épidémie dans
un site, deux missions entomologiques partiront en parallèle : une mission où une alerte est prédite, et une
mission où le modèle n'en a pas prévu. L'objectif est de mettre en évidence un indicateur entomologique
prédictif des épidémies.
- Lieux de visites et échantillonnage
Nous allons investiguer deux sites sentinelles tous les 2 mois, et trois sites sentinelles avant/pendant et
après le pic épidémique (voir la 3ème partie décrite plus loin), et quelques sites sentinelles sur pré-alerte
épidémiologique. Ces missions entomologiques sont programmées pour identifier et caractériser les facteurs
entomologiques critiques qui concernent le rôle des vecteurs dans la transmission. C'est aussi l'occasion
d'améliorer les méthodes de contrôle et de surveillance des vecteurs, de mettre en évidence un facteur
entomologique permettant de renseigner l'intensité de la transmission à Madagascar.
Résistance aux insecticides : approches et méthodologies à développer pour « relier » les
mesures entomologiques à la lutte contre le paludisme
57
- Résistance des vecteurs in situ : la résistance des vecteurs sera évaluée dans les sites une fois par
an. Les indicateurs entomologiques obtenus vont nous permettre de comprendre et d'identifier des
changements dans le comportement des vecteurs in situ suite à une exposition à la PID (pulvéristaion
intradomiciliaire d’insecticide) et les MIILD (moustiquaires imprégnées d’insecticide à longue durée d’action).
- Résistance biochimique et moléculaire : la détection de la résistance moléculaire est réalisée en
routine dans l’unité d'entomologie médicale. Au cours de ce projet, nous allons également utiliser des
méthodes biochimiques d’évaluation de la résistance des moustiques aux insecticides.
- Distribution des vecteurs, densité, taux dagressivité, taux de parturité, endo/exophagie
12 missions ont été réalisées en 2014 : 6 missions à Farafangana et 6 missions à Miandrivazo. Durant ces
missions, des moustiques ont été capturés dans et hors des maisons. Les indicateurs (distribution des
vecteurs, densité, taux d’agressivité, taux de parturité, endo/exophagie) ont été mesurés. L’analyse des
données sera réalisée à la fin de l’étude (2016-2017).
- Relier les mesures de terrain d’entomologie avec le programme de contrôle du paludisme
9 missions ont été réalisées : 3 à Ihosy, 3 à Tsiroanomandidy et 3 à Maevatanana. Ces missions ont été
réalisées avant, pendant et après le pic épidémique saisonnier. Après 3 années, les analyses seront
effectuées.
Impact
La collecte d’imago de vecteurs de Plasmodium et leur identification morphologique, la cartographie et la
densité de ces vecteurs et leur sensibilité aux insecticides sont des informations entomologiques de base,
habituellement nécessaires dans tout programme de lutte antivectorielle pour l'évaluation continue de
l'efficacité des interventions. La distribution des vecteurs, leur densité et leur taux d’agressivité, leur taux de
parité et leur endo-exophilie sont des indices utiles pour le programme national de lutte contre le paludisme.
L’analyse des données est susceptible de permettre d’identifier des marqueurs entomologiques du
risque d’épidémie de paludisme.
58
Entomo-WNV
Suivi longitudinal des moustiques vecteurs du virus West Nile à Mitsinjo
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Michaël Luciano Tantely
+261 32 46 761 54
09/01/2015
[email protected]
- Tsirinaina Rakotondranaivo, unité entomologie médicale,
Lieux des travaux :
Lac Kinkony, district
[email protected]
- Sébastien Boyer, unité entomologie médicale, [email protected]
de Mitsinjo, province
de Mahajanga
- Eric Cardinale, Centre de Recherche et de Veille sur les Maladies
Emergentes dans l’Ocean Indien, 2 rue Maxime Riviere, 97490 Sainte
Clotilde, La Reunion, France
Date début : 01/01/2014
Date fin: 31/12/2014
Financements :
Mots clés : West Nile, vecteurs, biologie
Durée (mois) : 12
Budget total :
A Madagascar, la circulation du virus West Nile (WNV) a été reportée en 1953 (Fontenille 1989) et le
premier isolement viral a été réalisé en 1978 chez des oiseaux (Mathiot et al. 1984). Le virus a été isolé
ensuite chez huit genres de moustiques, des oiseaux et les hommes, et des anticorps anti-WNV ont été
détectés chez des bovins, des rongeurs et des chauves-souris (Fontenille, 1989). Aucune donnée virologique
n’a été obtenue chez les équidés qui sont peu abondants à Madagascar. Seule le lignage 2 du WNV circule
dans l’île (Bondre et al, 2007 ; Lanciotti et al. 2002). Les données d’isolement viraux et sérologiques ont
montré la présence du virus dans presque toute l’île. Aucune période épidémique n’a été enregistrée jusqu’à
présent (Mathiot et al. 1983 ; Morvan et al. 1990 ; Fontenille 1989 ; Lonchampt et al. 2003).
En revanche, le cas humain observé chez un voyageur retournant de Madagascar en 2011 (Larrieu et
al. 2013) montre que la circulation du WNV à Madagascar persiste. Il apparait nécessaire de mieux
comprendre l’épidémiologie de la fièvre à WNV à Madagascar, en particulier où le virus circule et où les
vecteurs potentiels et les réservoirs naturels sont présents.
Objectifs
- Etudier la biodiversité de la faune culicidienne autour du lac Kinkony
- Inventorier les espèces de moustiques déjà associés au WNV,
- Etudier la saisonnalité de ces espèces de moustiques pour estimer leur éventuelle implication dans la
transmission du WNV
- Evaluer l’attractivité des oiseaux domestiques pour les moustiques vecteurs potentiels.
Matériels et Méthodes
L’étude entomologique s’est déroulée dans 3 villages autour du lac Kinkony dans la province de Mitsinjo
(Morafeno, Ankelimitondrotra et Analalava). La collecte des moustiques a été réalisée tous les deux mois de
février 2014 à octobre 2014, Une nuit de capture par village a été effectuée dans chaque village. Cela a
nécessité l’utilisation de différentes méthodes de captures, (pièges lumineux CDC, BG sentinels appâtés
avec des poussins).
Résultats et discussions
Au total 2416 moustiques adultes appartenant à au moins à 24 espèces de 7 genres ont été récoltés
dont 15 dans le village de Morafeno, 14 dans le village d’Ankelimitondrotra et 19 dans le village d’Analalava.
Parmi les moustiques capturés dans cette étude, les 10 espèces suivantes : Aedeomyia madagascarica,
Anopheles maculipalpis, An. coustani, An. pauliani, Culex antennatus, Cx. poicilipes, Cx. univittatus/ neavei,
Cx. decens, Cx. tritaeniorhynchus, Ma. uniformis représentaient un intérêt particulier puisque ayant déjà été
décrites comme pouvant être infectées naturellement par le WNV.
Une densité élevée d’Aedeomyia madagascarica a été observée autour du lac Kinkony. A notre
connaissance, c’est la première fois que cette espèce est capturée en aussi grand nombre à Madagascar
(81% des moustiques capturés). C’est une espèce qui a été récemment décrite en 2011. Ce résultat doit être
pris en considération car cette espèce a récemment été trouvée positive au virus WN en 2013 : isolements
viraux effectués à partir de la population naturelle.
On a constaté que la population vectorielle d’Aedeomyia madagascarica était abondante durant la
saison sèche. Cette observation pourrait être en relation avec une circulation virale en saison sèche du virus
59
autour du lac Kinkony. La recherche du virus WN dans les moustiques collectés sur le terrain n’a pas encore
été faite.
Aedeomyia madagascarica était l’espèce la plus abondante dans les BG sentinelles avec des poussins
comme appâts. Cela est compatible avec l’hypothèse d’une transmission du virus WN chez les oiseaux par
cette espèce de moustiques.
Impact
L’identification et la caractérisation des vecteurs potentiels du WNV à Madagascar permettraient de
mieux en comprendre l’épidémiologie et d’adapter la lutte éventuelle à mener contre ce virus responsable de
zoonoses.
Communications orales ou affichées : néant
60
ETIOFEB
Correspondant :
Patrice PIOLA
Etiologies des fièvres à Madagascar
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected]
- Julia GUILLEBAUD, unité de virologie, [email protected]
- Laurence RANDRIANASOLO, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Léa RANDRIAMAMPIONONA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Benoît GARIN, unité bactériologie expérimentale, [email protected]
- Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme, [email protected]
Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales
Emergentes (URMITE), Marseille, France
Date fin : 31/09/2015
Durée (mois) : 23
Financements : USAID (AID-687-G-13-00003)
Date de rédaction:
07/01/2015
Lieux des travaux :
Madagascar
Budget total : 143 605 €
Mots clés : Fièvres, étiologies, Madagascar
Il est difficile de distinguer cliniquement les différents agents étiologiques des fièvres. Les analyses de
laboratoire restant encore limitées dans la plupart des régions de Madagascar, les cliniciens et agents de
santé ont peu d’outils pour établir un diagnostic étiologique. Par conséquent, la prise en charge des patients
repose souvent sur des algotithmes prenant uniquement en compte les syndromes pour le diagnostic, et une
approche empirique pour le traitement. En l’absence de recherche des causes des fièvres, un mauvais
diagnostic et une prise en charge inadéquate peuvent avoir des conséquences importantes voire graves pour
les patients.
Un réseau de surveillance sentinelle des fièvres est en place à Madagascar depuis 2007, et couvre
l’ensemble du territoire. Les maladies à potentiel épidémique sous surveillance sont le paludisme, les
syndromes grippaux, les diarrhées, et les syndromes Dengue-like. Seul le paludisme est confirmé
biologiquement grâce à l’utilisation des tests de diagnostic rapide pour tout cas suspect. De ce système,
nous savons que la fièvre constitue environ 10% des motifs de consultation (variant de 2% à plus de 30%
selon les zones géographiques) et 20% des cas de fièvre sont dus au paludisme. Les autres syndromes
représentent pour leur part 20%, 10% et 2% respectivement pour les syndromes grippaux, les diarrhées et
les syndromes Dengue-like. Ces derniers classements cliniques uniquement basés sur les définitions de cas
du système sentinelle ne nous permettent pas d’identifier les causes infectieuses des fièvres, d’autant que
certaines définitions sont communes à beaucoup de maladies infectieuses. C’est pourquoi il est nécessaire
d’évaluer les principales étiologies des fièvres afin d’améliorer la prise en charge des patients fébriles.
Objectifs
L’objectif principal de ce travail est d’effectuer un inventaire approfondi des pathogènes impliqués dans
les cas de fièvre, diagnostiqués par des techniques actuelles de laboratoire.
Méthodes
Type d’étude et zones d’étude. Il s’agit d’une étude transversale ciblant les patients fébriles (température
axillaire ≥ 37,5°C) de tout âge supérieur ou égal à 6 mois, venant en consultation externe dans 22 districts
des sites sentinelles des fièvres du Ministère de la Santé et de l’IPM.
Fiches de recueil clinique et prélèvements effectués. Entre 30 et 40 patients fébriles sont recrutés par
site. Des informations démographiques, cliniques, ainsi que les principaux paramètres anthropométriques
sont collectés pour chaque patient inclus. Les prélèvements biologiques suivants sont réalisés au moment de
la consultation : prise de sang (sur tube sec et tube avec anticoagulant ; sur papier buvard), prélèvements
par écouvillonnage des voies respiratoires hautes (gorge, nasopharynx) et prélèvements des voies
respiratoires basses (crachats) uniquement pour les patients présentant une toux et capables de produire un
crachat. Pour chaque patient, un test de diagnostic rapide du paludisme est effectué, et, avec le
consentement éclairé du patient (conseil au dépistage), un test rapide pour le VIH.
Analyses de laboratoire. Les analyses biologiques portent sur la détection (et éventuellement la
caractérisation) de différents pathogènes viraux, bactériens et parasitaires, sélectionnés pour refléter
l’éventail des maladies infectieuses qui pourraient être présentes à Madagascar.
Ethique. Cette étude a reçu une autorisation du comité d’éthique national de Madagascar (Autorisation
n° 013-MSANP/CE du 26 Mars 2014).
61
Inclusion des patients
A ce jour, nous avons investigué 11 des 22 sites sélectionnés et 385 patients fébriles ont été inclus (sex
ratio F/H = 0,97) ; la répartition par tranches d’âge est la suivante : 141 (37%) âgés de moins de 5 ans, 93
(24%) de 5 à 14 ans, 70 (18%) de 15 à 24 ans, 62 (16%) de 25 à 49 ans et 19 (5%) de 50 ans et plus.
Trente-quatre patients (ou tuteur pour les jeunes enfants) ont refusé de participer à l’étude, surtout par peur
des prélèvements.
SITES D’INVESTIGATION
Tableau 1 : Nombre d’inclusions par site et par groupe d’âge
14
5-14
ans
10
15-24
ans
7
25-49
ans
9
>=50
ans
2
Farafangana
14
10
10
5
1
40
Maintirano
16
10
6
7
2
41
Nosy Be
11
7
10
13
2
43
Ihosy
24
6
4
6
1
41
Maroantsetra
7
10
5
5
1
28
Mahajanga
12
9
6
2
1
30
Maevatanana
14
7
7
1
1
30
Toamasina
6
4
7
9
4
30
Ambatondrazaka
10
10
5
3
2
30
Antsiranana
13
10
3
2
2
30
TOTAL
141
93
70
62
19
385
Groupe d’âge
<5 ans
Antananarivo
TOTAL
42
Analyses de laboratoire et tests rapides. Les résultats des tests rapides ont mis en évidence 61 cas de
paludisme (15,8%) et aucun cas de VIH sur les 334 patients testés. Sur 23 crachats récoltés, nous avons pu
détecter deux cas de tuberculose (8,7%).
Nous avons analysé à l’Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales (URMITE) de
Marseille (France), 207 prélèvements de sang provenant des sites d’Antananarivo, Farafangana, Maintirano,
Nosy et Ihosy. Ces analyses ont recherché au total 21 agents infectieux potentiels et ont mis en évidence
des infections par Haemophilus influenzae (9), Streptococcus pneumoniae (5), Acinetobacter baumanii (2),
Escherichia coli (2) et un cas d’infection par Rickettsia felis. Les cas d’infection par Haemophilus influenzae
et Streptococcus pneumoniae n’ont été détectés que chez des enfants de moins de 5 ans.
Des analyses concernant la détection d’autres pathogènes (virus et bactéries responsables d’infections
respiratoires, arbovirus, bactéries zoonotiques…) sont en cours.
Figure 1 : Résultats partiels des proportions de
détection des agents infectieux recherchés sur
les prélèvements biologiques des patients
inclus dans l’étude des étiologies des fièvres à
Madagascar, 2014
Plasmodium spp. [TDR] (n=385)
Rhinovirus (n=269)
Mycobacteirum tuberculosis (n=23)
Influenza B (n=385)
Haemophilus influenzae (n=207)
Influenza A (n=385)
Streptococcus pneumoniae (n=207)
Virus Respiratoire Syncitial (n=269)
Acinetobacter baumanii (n=207)
Escherichia coli (n=207)
Rickettsia felis (n=207)
VIH [TDR] (n=334)
0%
5%
10%
15%
62
Impacts
Si cette étude porte ses fruits, elle permettra de :
- Identifier les principaux pathogènes impliqués dans les cas de fièvres de sujets se présentant en
consultation dans des centres de santé de base ;
- Evaluer la répartition selon l’âge des principaux pathogènes associés aux fièvres ;
- Proposer des algorithmes plus appropriés de diagnostic clinique selon les symptômes, l’âge et
éventuellement la zone géographique ;
- Evaluer les possibilités de mise en place de moyens diagnostics au plus près du malade à
Madagascar (Point of care) ;
- Proposer de nouvelles stratégies de lutte contre les maladies infectieuses (éducation à la santé,
hygiène de vie, vaccination…) en fonction de la prévalence des pathogènes.
40
EVA SENTFI
Etude de la sensibilité du système de surveillance sentinelle des fièvres à
Madagascar
Correspondants :
Email :
Téléphone :
Patrice PIOLA
+261 20 22 412 72
15/01/2015
[email protected]
Laurence RANDRIANASOLO
[email protected]
Lieux des travaux :
- Toky RAMAROKOTO, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Arthur RANDRIAMANANTENA , unité d’épidémiologie, [email protected]
- Charles Emile RAMAROKOTO, unité d’épidémiologie, [email protected]
Date fin: 30/09/2015
Financements :
USAID n°AID-687-G-13-00003
Budget 2014-2015 :
22 003 euros
Mots clés : Surveillance, fièvre, sensibilité, Madagascar
Depuis avril 2007, un réseau de surveillance sentinelle des fièvres provenant des centres de santé de
bases répartis sur l’ensemble du pays permettait de suivre des maladies à potentiel épidémique : le
paludisme, la grippe, les arboviroses et la diarrhée. Le critère de déclaration de cas était la température
axillaire supérieure ou égale à 37,5°C au moment de la consultation. L’évaluation interne du système de
surveillance sentinelle des fièvres en 2011 avait montré que les données recueillies étaient de bonne qualité.
Le taux de promptitude d’envoi des données avoisinait 77,6% [IC95% : 72,9 - 82,2] et le taux de complétude
des données était de 96,7% [IC95% : 95,4 - 97,9]. Le nombre de cas de fièvre déclarés par centre sentinelle
variait de 0 à plus de 100 par jour. Un quart des centres sentinelles affirmait l’absence de cas de fièvre dans
la journée. Une question se posait: « est-ce que les résultats sur la distribution spatio-temporelle des
maladies sous surveillance pourront être extrapolés à la population du bassin de recrutement ? ». Une étude
visant à estimer la sensibilité du système de surveillance sentinelle des fièvres à Madagascar était justifiée.
Objectifs
1. Connaitre la distribution spatio-temporelle des maladies sous surveillance dans la population du
bassin de recrutement d’une sélection de sites sentinelles.
2. Estimer le taux d’exhaustivité des cas de fièvres déclarés par les centres sentinelles.
3. Améliorer le système de surveillance sentinelles des fièvres à Madagascar.
Méthodes
Une étude transversale prospective utilisant la méthode d’enquête quantitative permettait de comparer
les données du centre sentinelle (registre de consultation externe) et un échantillon de population du bassin
de recrutement. L’enquête intéressait 5 centres sentinelles tirés au sort parmi les 34 sites de surveillance
des fièvres à Madagascar. La définition de cas était un épisode fébrile. L’étude se faisait en deux étapes : un
dépistage passif au niveau du centre sentinelle pendant une semaine suivi d’un dépistage actif au niveau de
la population pour identifier les cas de fièvre non répertoriés au centre sentinelle (CSB). L’échantillon de la
population du bassin de recrutement était constitué par tous les fokontany (élément administratif de base de
chaque commune) qui se trouvaient à moins de 5 Km et 2 fokontany tirés au sort qui se trouvaient à plus de
5 Km du centre sentinelle. Des agents communautaires (AC) ont effectués le recensement de la population
et des malades. Une carte était distribuée au cours du dépistage passif permettant ainsi de différencier les
cas non répertoriés au centre sentinelle lors du dépistage actif au niveau des fokontany. La comparaison
des données des deux sources reposait sur l’existence ou non de la carte. Les données étaient stockées
dans une base de données à l’IPM et traitées anonymement.
Le protocole a été présenté au Comité National d’Etudes (CNE) en juillet 2014. Le CNE avait classé
cette étude « non interventionnelle » donc sans nécessité d’accord éthique préalable. L’enquête sur terrain a
débuté en août 2014.
Les centres sentinelles étaient stratifiés en 3 groupes selon la moyenne des cas de fièvres déclarés par
jour : inférieur à la moyenne, moyenne (de 4 à 9 cas/jour) et supérieur à la moyenne. Taolagnaro (TGR),
Ambositra (BOS), Tsiroanomandidy (TDD), Ambato Boeny (BOE) et Maevatanana (MAE) étaient les sites
d’études tirés au sort parmi les 34 centres de santé de base (CSB) formant le réseau sentinelle de
surveillance des fièvres à Madagascar.
La collecte des données étaient effectuées d’août à décembre 2014. Au cours du dépistage passif dans
les centres sentinelles, il y avait eu 206 cas de fièvres diagnostiqués dont 124 cas ont été identifiés dans les
zones d’études et 82 étaient hors zones d’études parmi 1.016 consultants. Au cours du dépistage actif, sur
41
les 59 fokontany investigués, 3.524 sujets fébriles ont été identifiés par les AC parmi 119.905 personnes
recensées. Sur 3.524 sujets fébriles, 1.154 étaient inclus et 2.370 étaient exclus. Les principaux motifs
d’exclusion étaient : date de début postérieur à la période d’inclusion au CSB, absence de fièvre, absents au
village, refus ou non retrouvés lors du passage des enquêteurs. Parmi 1.154 inclus, 94 cas étaient déjà
identifiés aux CSB et 1.060 étaient des cas non répertoriés par CSB (nouveaux inclus).
Tableau d’activité synthétique annuelle
Dépistage passif (DP)
Cas identifiés
Site d’ Période
Zone Hors Nombre de
étude d’enquête
d’étude zone consultants
MAE
04 au
63
58
346
08/08/2014
TGR
01 au
13
0
75
06/09/2014
TDD
17 au
28
5
123
22/11/2014
BOE
24 au
10
8
209
28/11/2014
BOS
08 au
10
11
263
12/12/2014
Total
124
82
1.016
Dépistage actif (DA)
Cas recensés
Nombre
Nouveaux
populaInclus Exclus
tions
134
75
13.736
Cas DP
retrouvés
en DA
36
479
1.856
45.879
13
375
419
34.591
28
34
20
14.715
7
38
0
10.984
10
1.060
2.370
119.905
94
75,8% (94/124) des fièvres déclarées au CSB ont été retrouvés dans la population
39,8% (82/206) des fièvres déclarées par les centres sentinelles viennent d’autres communes ou hors zones
d’études
10,7% (124/1.154) des cas de fièvres dans la population ont été identifiés aux centres sentinelles.
1,0% (1.154/119.905) des habitants ont été fébriles dans la population d’étude.
Mise en perspective de l’impact de l’activité
Les principales motivations de fréquentation des centres sentinelles ont été étudiées (en cours
d’analyse) au cours de cette enquête et seront pris en compte pour améliorer le système de surveillance
sentinelle des fièvres à Madagascar.
La saisie des données et les analyses statistiques sont en cours.
Publication & Communication orale ou affichée : néant -
Faits marquants de l’année
Au cours de notre visite au niveau des fokontany, nous avons identifiés 7 cas cliniques nécessitant des
soins d’urgences : 1 avortement en cours, 2 accès palustre, 1 fièvre puerpérale, 1 cardiopathie, 1 ostéite, 1
tuberculose. Nous avons dispensé ou cherché des soins pour ces malades.
42
FVR-ZORA
La Fièvre de la Vallée du Rift chez l'homme et les bovins à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Marie-Marie OLIVE
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Jean-Michel HERAUD, unité virologie, [email protected]
- Soa Fy ANDRIAMANDIMBY, unité virologie, [email protected]
- Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Sedera ANDRIMASINORO, unité d’épidémiologie, [email protected]
Date de rédaction
26/01/2014
Lieux des travaux :
Madagascar
- Véronique CHEVALIER, Unité AGIRs, CIRAD
- Vladimir GROSBOIS, Unité AGIRs, CIRAD
- Annelise TRAN, Unité AGIRs, CIRAD
Durée (mois) : 48
Financement : Wellcome Trust; University of Florida; FAO
Mots clés : Fièvre de la Vallée du Rift, mécanismes de transmission.
Budget total :
50 000€
A Madagascar, des épidémies et épizooties dues au virus de la Fièvre de la Vallée du Rift (VFVR) ont
été rapportées en 1990-1991 et 2008-2009. A ce jour, les conditions de persistance et de réémergence du
virus à Madagascar restent peu connues. Madagascar est considérée comme une île-continent possédant
des écosystèmes différents allant de semi-aride dans le sud de l'île, à humide et montagneux sur les hautsplateaux en passant par sub-tropical dans le moyen-ouest et per-humide dans l'est. Ces écosystèmes sont
plus ou moins favorables aux vecteurs de la Fièvre de la Vallée du Rift (FVR). Notre étude se base sur
l'hypothèse principale suivante : les mécanismes de transmission et de persistance de la FVR sont différents
d’un écosystème à un autre.
Objectifs
- Déterminer quelles sont les régions à risque de transmission de la FVR à Madagascar chez l’humain
et les ruminants et les caractéristiques environnementales et bioclimatiques de ces régions ;
- Déterminer quels sont les comportements humains favorisant l’infection.
Méthodes
Nous disposons de jeux de données d'enquêtes réalisées sur des ruminants en 2009 (projet FAO ;
période post-épidémique; n=1432 ; Jeanmaire, 2011) et d'investigations réalisées de 2011-2013 sur un
échantillon aléatoire de la population malgache (projet ZORA ; n=1680). Une analyse conjointe des données
ZORA et FAO a été réalisée et est détaillée ci-dessous.
Dans un premier temps, une caractérisation environnementale des 1578 communes de Madagascar a
été réalisée. Des données paysagères ont été extraites par imagerie satellite et traitées afin de calculer des
pourcentages d’occupation du sol par différents types de végétation (culture, boisé, arbustive, herbacé) et
des différents points d’eau (permanent et temporaire). Des données MODIS climatiques (température de
jour et nuit, précipitation) et de NDVI (Normalized Difference Vegetation Index) ont été téléchargées à
l’échelle des communes de Madagascar. Une Analyse Factorielle Multiple (MFA) a été réalisée afin de
caractériser les environnements des communes à partir des données paysagères et climatiques. Cette
méthode, qui peut être considérée comme une méthode factorielle (dont la plus connue est l’ACP)
s’applique sur des variables séparées en différents groupes. En prenant en compte la structure des données
et en étudiant les liens entre les variables, elle produit de nouvelles variables quantitatives (que nous
appellerons axes) résumant la relation entre les variables de chaque groupe. Les données
environnementales ont été groupées en variables climatiques et paysagères. Les jeux de données
sérologiques ont été analysés séparément par un modèle linéaire généralisé mixte (GLMM) avec le statut
sérologique comme variable à expliquer (modèle binomial) et le site de prélèvement comme effet aléatoire.
Les valeurs des axes issues de la MFA et l’âge des individus ont été utilisés comme variables explicatives
pour les deux analyses. Pour ce qui est des données humaines, le contact avec les ruminants et les produits
issus des ruminants (contact ruminant, contact sang frais, contact lait cru) ont également été utilisés comme
variables explicatives.
Quatre axes ont été sélectionnés pour la MFA : (i) axe 1 décrivant un environnement sec (températures
de jour et de nuit élevé, végétation herbacée, faibles précipitations annuelles) ; (ii) axes 2 décrivant un
paysage de hauts-plateaux (végétation boisée et arbustive, faibles températures, zones irriguées) ; (iii) axe 3
43
décrivant un environnement urbanisé humide et (iv) l’axe 4 décrivant un environnement humide (points d’eau
permanents et temporaires, zones irriguées).
La séroprévalence globale chez l’humain était de 9,5% (IC95% [8,2-11,0]) et chez les zébus de 19,3%
(IC95% [17,3-21,8]). Les analyses statistiques multivariées révèlent que de fortes valeurs de l’axe 4 ont une
influence positive et statistiquement significative sur la séroprévalence des personnes vivant en milieu rural
(p<0.01) et chez les bovins (p<0.001). A l’inverse, les fortes valeurs sur l’axe 1 ont une influence négative et
statistiquement significative sur les deux séroprévalences (humains et bovins) (p<0.05). Par ailleurs, le
contact avec le lait cru constitue un facteur de risque d’infection chez les personnes vivant en milieu rural.
Aucun environnement et comportement n’est associé à l’infection des personnes vivant en milieu urbain.
Ces premiers résultats nous permettent de faire l’hypothèse que les environnements humides seraient
plus favorables à la circulation de la FVR et constitueraient donc des environnements à risque autant chez
les bovins que les humains. Ceci, suggère l’existence d’une transmission vectorielle dans les deux
populations. Ces environnements favorables aux moustiques (longue saison des pluies, nombreux points
d’eau, températures moyennes) sont fortement représentés dans le moyen-ouest et la côte-est de
Madagascar. Par ailleurs, cet environnement humide serait plus favorable aux vecteurs de genres Culex et
Anopheles. A Madagascar, lors des épidémies de 2008-2009, des moustiques des espèces Anopheles
squamosus, An. coustani et Culex antennatus ont été trouvés naturellement infectés par le VFVR
(Ratovonjato, 2011). Ces trois espèces de vecteurs piquent les ruminants et les humains (Tantely, 2015
sous-presse). Ainsi, il semblerait qu’en plus d’une transmission directe par contact avec le lait cru, la
transmission vectorielle pourrait être impliquée dans l’infection humaine en milieu rural.
Impact
Cette étude en cours s'attache à comprendre et expliquer l'épidémiologie de la FVR à l'échelle nationale
de Madagascar.
Les résultats de cette étude feront objet d’au moins une publication scientifique dans une revue
scientifique internationale à facteur d’impact.
- Olive MM, Chevalier V, Andriamandimby SF, Rakotomanana F, Grosbois V, Tran A, Rogier C,
Heraud JM. Rift Valley Fever in human and ruminants in the different ecosystems of Madagascar.
Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, Paris, September 10-13, 2014
Publication
- Maquart M, Temmam S, Heraud JM, Leparc-Goffart I, Cetre-Sossah C, Dellagi K, Cardinale E,
Pascalis H. Development of real-time RT-PCR for the detection of low concentrations of Rift Valley fever
virus. J Virol Methods 2014; Jan 195, 92-99.
Références
- Jeanmaire EM, et al. Prevalence of Rift Valley fever infection in ruminants in Madagascar after the
2008 outbreak. Vector Borne Zoonotic Dis. 2011 Apr;11(4):395-402.
- Ratovonjato J, et al. Detection, isolation, and genetic characterization of Rift Valley fever virus from
Anopheles (Anopheles) coustani, Anopheles (Anopheles) squamosus, and Culex (Culex) antennatus of
the Haute Matsiatra region, Madagascar. Vector Borne Zoonotic Dis. 2011 Jun;11(6):753-9.
- Tantely L.M., et al. A review of mosquitoes associated with Rift Valley fever virus in Madagascar.
American Journal of Tropical Medicine and Hygiene (sous presse)
44
GISVEC
GIS and VEctor Control program to identify priority areas for insecticide residual
spraying
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Date de
Fanjasoa RAKOTOMANANA
+261 20 22 412 72
[email protected]
rédaction :
28/01/15
Lieux des
- Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected]
travaux :
- Florian GIROND, unité d’épidémiologie, [email protected]
Hautes
- Milijaona RANDRIANRIVELOJOSIA, Elisabeth RAVAOARISOA, unité paludisme,
Terres,
[email protected]
- Bienvenue RAHOILIJAONA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Hobiniaina Anthonio RAKOTOARISON, unité d’épidémiologie
- Judith HEDGE, CDC Resident Advisor in Madagascar
- Raymond BEACH, CDC Atlanta
Date début : 26/09/2013
Date fin : 30/09/2017
Durée (mois) : 72
Financements :
USAID
Mots clés : SIG, Analyse multi-critère, paludisme, lutte
Budget total :
119 176€
Plusieurs types d’interventions ont été menés à Madagascar pour lutter contre le paludisme, surtout
pour maintenir la transmission au niveau le plus bas. L’aspersion intra-domiciliaire (AID, ou pulvérisation
intradomiciliaire, PID) d’insecticide est une stratégie de lutte adoptée pour les hautes terres centrales (HTC).
Ces efforts ont toujours été soutenus par des financements venant de l’extérieur. L’optimisation de
l’utilisation des ressources allouées devient donc primordiale pour les pays à ressources limitées comme
Madagascar. L’analyse multi-critère (AMC) pour l’identification des zones prioritaires pour l’AID permettrait
d’intégrer les déterminants opérationnels de la lutte vectorielle et de mieux cibler cette action à mener. L’une
des méthodes est basée sur la théorie des limites floues où la limite entre l’aptitude ou non d’un facteur varie
de façon progressive à travers l’espace (distance entre village-gîtes larvaires..). En revanche, il y a une
distinction nette entre les facteurs et contraintes. La contrainte est une sorte de masque qui fait qu’une zone
n’est pas prise en compte dans le calcul; exemple les zones non habitées (zones sans population où le
risque n’est donc pas présent). Les facteurs et contraintes sont donc traités et combinés de manières
différentes.
Objectifs
Proposer un outil d’aide à la décision pour l’identification des zones prioritaires d’intervention en matière
de campagne d’aspersion intra domiciliaire d’insecticide.
Méthodes
Zone d’étude
L’étude a intéressé toutes les hautes terres centrales avec une approche plus précise pour le district
d’Ankazobe.
Source des données
Géographique : SRTM90m, Spot 5 du projet SEAS-Oi (résolution 10m), Landsat 8 (résolution 30m),
limite administrative des communes de l’OCHA (Office for Coordination of Humanitarian Affairs).
Epidémiologique : rapport du PNLP (Programme national de lutte contre le paludisme). Cette étude
s’appuiera également sur celle effectuée dans le cadre de la sérologie des écoliers effectuée pour la
détermination des zones à cibler par l’AID.
Climatique : IRI (International Research Institute)
Action de lutte : Programme national de lutte contre le paludisme.
Démographique : WorldPop.
Analyses
- Deux types d’images satellitaires ont été utilisés pour extraire les informations qui nous intéressent,
principalement les plans d’eau et les zones humides dont les rizières: SPOT 5 (pour le district d’Ankazobe)
et Landsat 8 (pour Ankazobe et le reste des hautes terres centrales). L’approche « orienté objet » a été
adoptée pour la classification des images en utilisant deux méthodes dont la classification par règle
d’appartenance (pour les images SPOT 5) et la classification par apprentissage (pour les images Landsat 8).
- L’analyse multicritère (AMC) a été effectuée pour la modélisation du risque paludisme dans les HTC
aboutissant à un gradient de risques. Des critères tels que l'occupation du sol, l'altitude, la température et la
densité humaine ont été pris en compte.
45
- Les cartes des gradients de risques obtenues ont été superposées avec les zones habitées pour
déterminer les localités à cibler.
Logiciels utilisés
ENVI/FX, QGIS, Idrisi, Arcgis 10
La comparaison des résultats de la classification des images du district d’Ankazobe, extraites à partir de
celle de Spot 5 et de Landsat 8, a montré une cohérence de 87,6% pour les plans d’eau et 72,5% pour les
rizières et zones humides. Ceci implique l’intérêt de l’utilisation des images Landsat 8 à l’échelle des
communes (la plus petite unité spatiale pour l’intervention) étant donné que l’outil doit être disponible à
moindre coût. Les images Landsat 8 sont facilement accessibles à cause de leur gratuité et leur résolution,
limitant le nombre d’images à traiter. La détermination du pas de temps pour la mise à jour des données
d’occupation du sol a été envisagée pour mettre au point l’outil. La mise à jour des données nécessaires
pour obtenir une carte dynamique a commencé depuis le début de la deuxième année du projet ainsi que la
collecte des données épidémiologiques du paludisme disponible pour la validation du modèle.
L’automatisation du processus vers d’autres régions de Madagascar et d’autres moyens de lutte contre le
paludisme constitue notre prochaine étape.
Impact
Disposer d’un outil d’aide à la décision pour la détermination des zones à traiter par l’AID d’insecticides,
reposant sur le SIG. Cet outil permettra également de disposer des informations intégrant les différents
paramètres environnementaux, logistiques et épidémiologiques pour surveiller et cibler l’action de lutte dans
une zone donnée.
Communications orales:
d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Andriamanarivo ML,
dir. Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement » ; 30
septembre-1-2- octobre 2014 ; Antananarivo, Madagascar. 2014.
d'Aspersion Intra Domiciliaire dans la lutte contre le paludisme à Madagascar. In : Salamon R, dir. 1er
Congrès de Recherche en Santé Publique de l’Océan Indien « Transitions épidémiologiques et
sanitaires » ; 12-13 novembre 2014 ; Saint-Paul, La Réunion – France. 2014.
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Hanta-MADOI
Ecologie des Hantavirus à Madagascar et dans l’Océan Indien
Correspondant :
Jean-Michel HERAUD
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Sandra TELFER, unité peste, [email protected]
- Vololoniaina RAHARINOSY, unité de virologie, [email protected]
Début : 2013
Fin : 2016
Date de rédaction
1/12/2013
Lieux des travaux :
28 sites sentinelles
de surveillance des
fièvres
Durée (mois) : 36
Financement : Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016); IPM
Mots clés : Hantavirus, micromammifères, écologie virale, Madagascar
Budget total : 15 000€
Chez l’homme, l’infection par les hantavirus peut provoquer des maladies graves. Des études
préliminaires sur les hantavirus chez des micromammifères sauvages de Madagascar ont mis en évidence
un nouveau variant génétique du virus Thailand (THAIV) rencontré en Asie du sud-est et nommé
Anjozorobe virus (ANJOV) (Reynes JM et al. Vector Borne Zoonotic Dis, 2014).
Objectifs
Les objectifs du projet sont:
- mieux comprendre/décrire l’introduction et la distribution spatiale et temporelle des hantavirus à
Madagascar et dans les îles de l’Océan Indien (Seychelles, Maurice, La Réunion),
- analyser les caractéristiques moléculaires de ces virus, et évaluer les risques d’infection chez
l’homme.
Méthodes
Dans le cadre du projet d’étude sur les zoonoses (cf. fiche ZORA/PRIZM), des prélèvements de sang
d’un échantillon représentatif de la population malagasy (1 680 individus), ainsi que des organes obtenus à
partir de micromammifères capturés (1279 individus) sont disponibles. Le projet utilisera aussi les
échantillons collectés dans la région de Moramanga dans le cadre du projet PRIZM (cf. Fiche ZORA/PRIZM)
où les micromammifères sont capturés dans divers habitats incluant la forêt naturelle et plantation, rizières et
maisons. Des analyses phylogénétiques à partir des virus détectés à Madagascar et dans la région de
l’Océan Indien (OI) seront réalisées.
A ce jour, 1 279 organes de rongeurs ont été testés. Pour l’ensemble de Madagascar, nous avons
trouvé une prévalence de 8,8% (113). Nous avons détecté la circulation d’Hantavirus sur presque tout le
territoire à l’exception de deux zones (Belo/Tsiribihina et Ambovombe). Les premières analyses
phylogénétiques semblent montrer l’existence de clusters de virus répartis par zones géographiques qui
pourrait s’expliquer par des dynamiques des populations réservoirs particulières. Des analyses plus fines
sont nécessaires pour l’analyse des dynamiques des populations virales à Madagascar.
Conclusion
Nos résultats vont dans le sens d’une distribution large des hantavirus à Madagascar mais aussi dans
l’OI. Les mécanismes d’introductions restent encore à élucider. Afin d’évaluer les risques d’infection dans les
populations humaines, nous développons actuellement un test sérologique capable d’estimer la prévalence
de ces infections chez l’homme.
Impact
Une cartographie de la répartition des hantavirus chez l'homme et les petits mammifères terrestres,
dans les différents écosystèmes de Madagascar pourra être réalisée. Ceci permettra, entre autre, de cibler
les prochaines études de surveillance et de recherche sur ces pathogènes. Enfin, une étude des facteurs de
risques associés à l’infection par les hantavirus chez l'homme sera menée.
Publications
- Reynes JM, Razafindralambo NK, Lacoste V, Olive MM, Barivelo TA, Soarimalala V, Heraud JM,
Lavergne A. Anjozorobe hantavirus, a new genetic variant of Thailand virus detected in rodents from
Madagascar. Vector Borne Zoonotic Dis. 2014; Mar 14(3), 212-219.
47
HepMada
Epidémiologie moléculaire des virus de l’hépatite B et E à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Soa Fy Andriamandimby
+261 20 22 412 72
[email protected]
Hasina RABARISON, unité de virologie, (thésard en médecine)
Date de rédaction
20/01/2015
Lieux des travaux :
Madagascar
Co-investigateur hors IPM
CHU Befelatanana (services hépatogastro-entérologie et maladies infectieuses)
Date fin : 31/11/2015
Financements : Institut Pasteur de Madagascar
Durée (mois) : 48
Budget total :
15 000 €
Mots clés : Hépatites, Zoonoses, Madagascar
Contexte & justification :
Les hépatites virales sont causées principalement par l’un des virus exclusivement hépatotropes
nommés A, B, C, D ou E. D’autres virus sont capables d’entraîner occasionnellement des lésions
hépatiques. Le virus de l’hépatite E (HEV) se transmet par voie oro-fécale, tandis que le virus de l’hépatite B
(HBV) se transmet par voie sanguine ou sexuelle. Le virus de l’hépatite B peut conduire au portage
chronique et peut entrainer une cirrhose qui est un facteur de risque d’évolution vers le cancer
hépatocellulaire.
A Madagascar, une récente étude effectuée a montré une prévalence élevée d’HEV chez les porcs
avec une circulation du génotype-3. Chez l’homme, l’étude de séroprévalence a donné une estimation de
14,7% chez les travailleurs dans les abattoirs. Les études menées et publiées sur l’hépatite B à Madagascar
ont montré que le pays se situe dans la zone à haute prévalence par rapport à l’infection avec une
prévalence jusqu’à 23% dans la population générale. Cette prévalence diffère selon que la zone est urbaine
(5,3%) ou rurale (26%). La transmission en zone rurale se fait essentiellement en périnatal ou en postnatal.
Objectifs :
Cette étude se propose de collecter les données épidémiologiques et virologiques sur les hépatites virales
afin de répondre aux objectifs suivants :
1. Remettre à jour la prévalence des hépatites B et E à Madagascar ;
2. Déterminer la relation des taux de séroprévalence avec l’âge et le lieu à Madagascar ;
3. Evaluer le poids de la maladie en relation avec l’infection par les virus des hépatites à Madagascar ;
4. Décrire les génotypes des virus de l’hépatite B circulant à Madagascar ;
5. Retracer l’histoire de l’introduction et de la circulation des virus de l’hépatite B à Madagascar.
Méthodes :
Sérothèque humaine
Durant notre étude, nous avons utilisé la sérothèque provenant d’une campagne de prélèvements, qui a
débuté en novembre 2011 et s'est terminée à la fin du mois d'avril 2013 dans le cadre du projet ZORA. Un
prélèvement de 15 ml de sang a été réalisé sur chacune des personnes recrutées. Sur le terrain, les
aliquotes de prélèvements ont été conservés à 4°C ou dans un Dewar refroidi en azote liquide. Chacune des
personnes prélevées a été questionnée individuellement sur ses contacts avec les animaux domestiques,
sauvages et leurs environnements. Cette étude a reçu l’autorisation du comité d’éthique national
(Autorisation n° 066 - MSANP/CE du 26 juillet 2011).
Analyses virologiques
L’étude de prévalence de l’Antigène HBs (AgHBs), un marqueur de portage du virus HBV, et de la
séroprévalence en anticorps anti-HEV, un marqueur d’infection ancienne du virus HEV a été faite en utilisant
respectivement une technique maison et le kit Wantai®. Ce kit est celui recommandé par le CNR des
hépatites A et E en France. L’étude moléculaire des souches circulant a été faite à partir des échantillons
conservés à cet effet à -80°C.
Une partie du génome viral a été analysée dans le but de décrire l’aspect phylogéographique de la
circulation du virus de l’hépatite B à Madagascar et les éventuels liens avec les autres souches de
différentes origines géographiques. Le génotypage a été effectué avec une amplification génomique et
analyses des séquences (Blast) selon Bartholomeusz et al. (2007).
Etude cas-témoin
Une étude cas-témoin, en collaboration avec le service des hépatogastro-entérologie et du service des
maladies infectieuses est menée afin d’évaluer la part attribuable à l’infection par les virus des hépatites
dans les maladies chroniques du foie.
48
Résultats et discussion :
Dans le volet « hépatite », 1781 échantillons collectés dans le cadre du projet « ZORA » ont été utilisés
pour la recherche d’AgHBs (Hépatite B) et d’IgG anti-HEV (901 hommes et 879 femmes ; sex- ratio H/F =
1,02). L’âge des individus recrutés se situe entre 17 et 100 ans, avec une moyenne d’âge de 37,7 et une
médiane de 35,0 ans.
Hépatite virale HBV
Pour la recherche d’AgHBs, 142 échantillons ont été testés positifs (7,97% IC à 95% = [6,77–9,35]). La
séroprévalence variait 1,7% à 18,3% selon les districts. D’autres analyses statistiques sont en cours.
A ce jour, le génotype a pu être déterminé pour 80 échantillons, et 3 génotypes circulent à Madagascar
(A, D et E) avec une très nette prédominance du génotype E comme décrit précédemment (Dupinay et al.
2010). Les travaux de séquençage en vue d’une analyse phylogéographique sont en cours.
Hépatite virale HBE
L’étude de séroprévalence en IgG dirigées contre le virus de l’hépatite E a montré un résultat global de
positivité de 16,8% (n=300). Les analyses statistiques des résultats sont en cours.
Impact :
Une cartographie de la répartition des différents virus des hépatites et de leurs génotypes sera réalisée.
Ceci permettra, entre autre, de cibler les prochaines études de surveillances et de recherches sur ces
pathogènes. L’évaluation indirecte de la circulation virale du VHB après l’introduction de la valence hépatite
B dans le programme national pourra réorienter la lutte.
Publication & Communication orale ou affichée : néant
49
HMelioid
Mélioïdose
Correspondants :
Email :
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Benoit GARIN
[email protected]
[email protected]
- JM COLLARD
- Vaomalala RAHARIMANGA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- I. DJAOMALAZA, MEC Mahajanga, [email protected]
Date fin: 25/09/2013
Durée (mois) : 24
Prolongation jusqu’au 20/08/2015
Financements :
Actions Concertées Inter-Pasteuriennes (ACIP).
Mots clés : Mélioïdose, Burkholderia pseudomallei, tellurique, septicémie
Date de
rédaction
31/01/2015
Lieux des
travaux :
Mahajanga,
Antananarivo
(IPM),
Madagascar
Budget total :
30 000€
Burkholderia pseudomallei (ou bacille de Whitmore) est une bactérie saprophyte retrouvée dans le sol
et l’eau des zones endémiques. Elle est située dans la profondeur du sol pendant la saison sèche et après
des pluies importantes elle peut remonter en surface. Cette bactérie est transmise à l’homme ou aux
animaux exposés à des sols humides par voie transcutanée ou, plus rarement, par inhalation ou ingestion.
Elle est responsable de la mélioïdose également appelée maladie de Stanton, infection particulièrement
grave, à mortalité élevée de l’ordre de 20 à plus de 50 %, selon les formes. Cette maladie est endémique
dans le sud-est asiatique et le nord de l’Australie. La mélioïdose est aujourd’hui classée dans les maladies
infectieuses émergentes, mais peu de données existent sur sa présence en Afrique et dans l’Océan Indien
bien que des cas humains et animaux aient été déjà rapportés.
Objectifs
- Chercher la présence de cas humains de mélioïdose à Madagascar;
- Identifier des facteurs de risque de contracter la maladie;
- Déterminer la structure et la diversité génétique des souches isolées;
- Comparer les clones obtenus avec les clones internationaux;
- Réaliser des études environnementales.
Méthodes
Etude
Il s’agissait d’une étude transversale en milieu hospitalier d’une durée de 18 mois. L’échantillon de
patients inclus comprenait tous les patients qui correspondaient aux critères d’inclusion (syndrome
septicémique, âge>18ans) et qui avaient donné leur agrément pour participer à l’étude.
Culture et identification
Les hémocultures ont été analysées, d’une part comme des hémocultures classiques et d’autre part,
ensemencées sur milieu d’Ashdown avec une incubation de 24 à 48 heures à 37°C pour détection et
identification de B. pseudomallei. Les échantillons de sols et d’eaux ont d’abord été pré-enrichis dans du
bouillon Ashdown avant d’être ensemencés.
Typage moléculaire des souches
Les ADN de B. pseudomallei ont été utilisés pour typage par MLST pour permettre l’analyse
phylogénétique des souches. Certaines des souches pourraient encore être entièrement séquencées par
l’intermédiaire du World Genome Project.
Gestion et analyse des données
Les données collectées étaient celles obtenues par interrogatoire des malades et celles obtenues par
les examens de laboratoire.
Après saisie sur Excel, les données ont été analysées sous Stata. Une recherche de facteurs de risque de la
maladie a été faite à partir des données récoltées par interrogatoire.
La première inclusion a été faite le 5/04/2012, la dernière le 25/09/2013, soit 18 mois d’inclusion,
comprenant 185 patients et 205 hémocultures.
Le CHU d’Androva a été le principal utilisateur des hémocultures, notamment le service des urgences,
SUSI. Le nombre de patients fébriles inclus dans l’étude était de 185/18=10 par mois, ce qui est faible pour
un hôpital de ce type.
Description des cas
Premier cas
Homme de 52 ans, riziculteur à Marovoay (≈ 100 kms de Mahajanga), hospitalisé en juillet 2012 au
CHU d’Androva. Le terrain favorisant était un diabète méconnu. Par la suite, un tableau fébrile et
50
septicémique le fait hospitaliser à Mahajanga. L’hémoculture révèlera au 8ème jour une Burkholderia gladioli
qui sera rendue Pseudomonas spp. Son décès surviendra 3 jours après son admission et la radiographie
thoracique montrera une pleuro-pneumonie gauche et l’échographie abdominale une hépato-splénomégalie
avec de multiple abcès de la rate.
Second cas
Homme de 45 ans, travaillant comme cadre dans une plantation de tabac à Mampikony (≈ 250 kms de
Mahajanga), étant aussi riziculteur et ancien exploitant de plantation de canne à sucre. Lors de son
hospitalisation au CHU d’Androva en mai 2013, quatre hémocultures ont été prélevées, 2 ont poussé avec
B. pseudomallei au 5ème jour et une avec K. pneumoniae. L’identification par API20NE a été faite facilement
pour ce cas.
Les points communs de ces deux cas sont leur âge, leur profession, leur terrain diabétique, leur histoire
clinique et leur issue fatale.
Description génotypique des deux isolats
La rtPCR TTS(Type Three Secretion)1 a permis l’identification du premier cas et a confirmé le second
cas. Le test d’agglutination au latex était aussi positif pour les deux souches. Une MLST (multi locus
sequence typing) a permis de génotyper ces deux souches. Elles sont toutes les deux d’un nouveau
séquence-type, ST1053 et ST1054 éloignés de ceux des souches déjà connues, l’un étant un single locus
variant (SLV) d’une souche d’un patient français hospitalisé en Belgique en mars 2013 pour une mélioïdose
qu’il a contracté lors de ses séjours à Mahajanga (Rossi C. Melioidosis—Belgium ex Madagascar. ProMed.
2013 May 3. http://www.promedmail.org, archive no. 20130503.1687746.) et l’autre un SLV d’une souche
isolée chez un Mauritien en 2006.
Prélèvements de l’environnement direct d’un cas de mélioïdose (patient français) hospitalisé en
Belgique en 2013 et ayant régulièrement voyagé à Mahajanga.
Quatre échantillons d’eau (eau de puits, eau de douche reliée à ce puits, eau sortant du tuyau
d’arrosage relié au même puits, eau de robinet relié à un fût dans la cour de l’habitation du cas hospitalisé et
12 échantillons de sols (mission du 24/05/14) ont été analysés pour la recherche de B. pseudomallei.
Après filtration des eaux, la membrane de nitrocellulose de 0.45µm a été placée dans du bouillon
Ashdown pour un pré-enrichissement pendant 24h. La membrane et une partie du bouillon ont été
ensemencés sur une gélose Ashdown additionnée de gentamicine. Aucune pousse n’a été observée à partir
des 4 échantillons d’eaux.
En revanche, la mise en culture des 12 sols échantillonnés (pré-enrichissement et ensemencement sur
une gélose) a permis d’isoler des colonies de B. pseudomallei à partir de 3 sols (dénommés A4, A8 et A12).
Le test rapide sur bandelette et le test au latex ont confirmé l’identification, de même les qPCR TTS1 123bp
et TTS1 548bp.
L’identification sur MALDI-TOF des 3 souches provenant du sol et des 2 cas humains a donné comme
résultats B. thailandesis avec des scores variant de 1,7 à 1,9. Après envoi des dossiers Biotyper au CHU de
Lille (Dr O. Gaillot) et analyse avec la base de donnée SR (Security Relevant), chaque souche a été
confirmée B. pseudomallei avec des scores variant de 2,1 à 2,3.
Le typage par MLST des 3 ADN du sol est en cours.
Perspectives
Le séquençage génomique complet des ADN des 5 souches isolées de patients français et malagasy à
Mahajanga (2004, 2005, 2012 et 2013), ainsi que des souches isolées de l’environnement d’un cas, sera
d’un apport vraisemblablement important pour commencer à décrypter l’histoire évolutive de cette maladie
dans la région de l’Océan Indien.
Impact
Cette maladie infectieuse, ignorée des médecins malagasy et non-enseignée dans les Facultés de
Médecine, devra être à nouveau prise en compte notamment par les autorités sanitaires.
Publications
- Benoit G., Innocente D., Natasha D.,Mahafaly, Vaomalala R., Fidiarivony R., Perlinot H., Nivosoa C.,
Dereck, Mark .M., Myriam K., Bart C. 2014. Autochthonous Melioidosis in Humans, Madagascar, 2012
and 2013. EID 20, 10: 1739-1741.
- Mélioïdose à Madagascar (Burkholderia pseudomallei). Congrès Scientifique de la Faculté de
Médecine, 30 Septembre 2014, Ivato Antananarivo. Andriniaina Rakotondrasoa.
51
HPV
Détection et génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers du col de
l’utérus
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Clairette RAHARISOLO
+261 20 22 412 72
[email protected]
VOLOLONANTENAINA
Co-investigateurs de l’IPM :
- Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY, unité virologie, [email protected]
- Jean-Michel HERAUD, unité virologie, [email protected]
- Maherisoa RATSITORAHINA, unité d’épidémiologie, [email protected]
Date début : Novembre 2012
Date fin : Juin 2014
Durée (mois) :18
Financement :
Projet de recherche interne IPM
Mots clés : Papillomavirus humain (HPV), cancer, col utérin, génotypage
Date de rédaction
12/02/2015
Lieux des travaux :
IPM
Budget total :
5 000 €
Le cancer du col de l'utérus est au deuxième rang des cancers chez la femme dans le monde en
termes d’incidence. Il est l'une des principales causes de décès par cancer chez les femmes et est la
première cause de mortalité dans les pays en voie de développement. Actuellement, il est communément
reconnu que 99% des cancers du col utérin sont liés à l’infection persistante de l’un des quinze types
oncogènes du virus papillomavirus humain (HPV). La prévalence et la distribution de l’infection par HPV
varient considérablement suivant les populations, l’âge et les pays.
Une étude faite à partir des frottis cervicaux par l’équipe de Smith chez les femmes travailleuses du
sexe malagasy a montré une prévalence de 36,7% aux HPV. Ils ont trouvé que le HPV type 52 représentait
11,1% des HPV, le type 31 et le type 39 représentaient chacun 5,6% ; le type 16 et le type 83 représentaient
chacun à 3,3%. Aucune des femmes ayant participé à cette étude n’avait de lésion de haut grade ni de
lésion cancéreuse (Smith et al. 2010).
Jusqu’à ce jour, aucune donnée n’a été publiée sur la caractérisation des types de HPV liés aux
cancers du col chez les femmes malagasy. Cette situation nous a incitée à rechercher et à caractériser les
types de virus associés aux cancers du col diagnostiqués chez des femmes malagasy et archivés dans
notre laboratoire.
Objectifs
- Objectif principal : identifier et caractériser les différents génotypes de HPV liés au cancer du col
utérin à partir des prélèvements fixés au formaldéhyde et inclus en paraffine ;
- Objectif secondaire : créer une base de données fiable qui servira de base d’informations à une
étude à plus grande échelle.
Matériels et méthodes
 Population d’étude :
L’étude portait sur 90 cas de cancer invasif du col utérin diagnostiqués et archivés dans notre
laboratoire durant la période de juin 2010 au 21 décembre 2012.
 Matériels et méthodes
Les prélèvements étaient fixés au formol à 10% et inclus en paraffine. L’extraction d’ADN a été réalisée
avec le kit DNeasy Blood & Tissue (Qiagen).
Pour le typage, nous avons utilisé 2 techniques :
 un séquençage directe de la région du gène L utilisant les amorces consensuelles MY09/MY11
[Manos et al., 1989] et GP5/GP6 [Husman de Roda et al., 1995]
 une technique d’hybridation moléculaire utilisant le kit HPV INNO-LiPA (Innogenetics,
Belgique).
Résultats
L’âge moyen des femmes inclues dans cette étude était de 54 ans.
52
Table 1: Prévalence globale de l'infection au HPV (N=90)
No.
82
80*
80*
3†
Proportion
IC 95%
Tout type HPV
91,1%
82,7 – 95,8
HR-HPV (à haut risque)
88,9%
80,1 – 94,3
pHR-HPV (probablement à haut risque)
3,3%
0,9 – 10,1
LR- HPV (à faible risque)
1‡
1,1%
0,1 – 6,9
Infection à HPV multiple (combinaison de genotypes)
33
36,7%
26,9 – 47,5
Infection à un seul type d’HPV
49
54,4%
43,6 – 64,9
Génotypes utilisés dans les vaccins disponibles (16 et/ou 18)
55
61,1%
50,2 – 71,0
Génotypes non inclus dans les vaccins et HR-HPV
25¶
27,8%
19,1 – 38,4
Génotypes non inclus dans les vaccins et pHR-HPV
2
2,2%
0,4 – 8,6
*: incluant la combinaison de : 1 pHR (HPV-26) et 1 HR (HPV-35) ; 1 LR (HPV-6) et 1 HR (HPV-45)
†: incluant 1 infection multiple de 1 pHR (HPV-26) et 1 HR (HPV-35)
‡: incluant 1 infection multiple de 1 LR (HPV-6) et 1 HR (HPV-45)
¶: 7 infections multiples et 18 infections simples.
Tableau 2: Distribution des génotypes de HPV détectés par séquençage direct (N=90)
Infection
simple
HPV-57
HPV-16
HPV-18
HPV-45
HPV-33
HPV-35
HPV-67
HPV-52
HPV-73
HPV-X
No.
36
15
11
6
4
2
2
1
1
1
79
Prevalence
(%)
40,0
16,7
12,2
6,7
4,4
2,2
2,2
1,1
1,1
1,1
87,8
Infection multiple
No.
HPV-18 and 57
HPV-16 and 57
HPV-33 and 57
HPV-56 and 57
4
2
1
1
Prevalence
(%)
4,4
2,2
1,1
1,1
8
8,9
53
Tableau 3: Distribution des types de HPV détectés par le test INNO-LiPA (N=90)
Single
HPV-16
HPV-18
HPV-33
HPV-52
HPV-35
HPV-26
HPV-39
HPV-45
HPV-66
HPV-68
Classification
HR
HR
HR
HR
HR
pHR
HR
HR
pHR
HR
a
No.
20
9
7
6
2
1
1
1
1
1
Prevalence
(%)
22,2
10,0
7,8
6,7
2,2
1,1
1,1
1,1
1,1
1,1
Multiple
HPV-16 and 33
HPV-16 and 18
HPV-18 and 52
HPV-16 and 39
HPV-16 and 51
HPV-18 and 33
HPV-33 and 45
HPV-16 and 35
HPV-16 and 45
HPV-18 and 54
HPV-18 and 56
HPV-6 and 45
HPV-26 and 35
HPV-33 and 68
HPV-39 and 52
HPV-45 and 54
HPV-16, 18 and 33
HPV-16, 18 and 52
HPV-16, 26 and 33
HPV-16, 33 and 45
Total
49
54,4
a
: HR: High-risk, pHR: Probable high-risk, LR: Low-risk
Classification
HR
HR
HR
HR
HR
HR
HR
HR
HR
HR
HR
LR and HR
pHR and HR
HR
HR
HR
HR
HR
HR
HR
a
No.
4
3
3
2
2
2
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
3
1
1
1
33
Prevalence
(%)
4,4
3,3
3,3
2,2
2,2
2,2
2,2
1,1
1,1
1,1
1,1
1,1
1,1
1,1
1,1
1,1
3,3
1,1
1,1
1,1
36,7
Conclusion et perspectives
En conclusion, la compréhension de l'épidémiologie des infections aux HPV liés aux cancers du col de
l’utérus est essentielle à la planification des stratégies de dépistage du cancer et de vaccination. Même si
notre étude est limitée par la taille de l’échantillon, elle a pu décrire la diversité des différents génotypes que
nous pouvons trouver dans les carcinomes invasifs du col de l'utérus des femmes malagasy. Ces données
serviront de base à une étude à plus grande échelle. Un article est en cours de rédaction pour valoriser cette
étude.
Publication : en cours de rédaction
54
HTA
L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga :
dépistage, risques et observance des traitements
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Rila RATOVOSON
+261 20 22 412 72
21/01/2015
[email protected]
Patrice PIOLA, unité d’épidémiologie, [email protected]
Pierre PACAUD, Université de Nantes
Date début : 1/02/2013 Date fin : 31/01/2014 Durée (mois) :
Financement : Université de Nantes & IPM
Lieux des travaux :
District de
Moramanga
Budget total :
10 000€
Mots clés : Madagascar, dépistage, communauté, HTA, adulte
L’hypertension artérielle (HTA) représente un problème mondial majeur de santé publique. Les
connaissances sur l’HTA à Madagascar sont très peu documentées surtout en milieu rural. Moramanga a
été désigné comme un site d’étude pour le développement de recherche clinique de l’Institut Pasteur de
Madagascar (IPM). Une enquête en population à Moramanga sur la prévalence et les déterminants de la
HTA ainsi que l’observance des traitements a été réalisée dans ce site d’étude.
Objectifs
Les objectifs généraux de ce projet étaient d’estimer la prévalence et de connaître les risques de l’HTA
chez les adultes âgés de 15 ans et plus, habitant dans les 3 communes inclues dans le système de
surveillance démographique et de santé (SSDS) de Moramanga (Ambohibary, Moramanga ville,
Ampasimpotsy) et d’évaluer la prise en charge et l’observance à la thérapeutique médicamenteuse des
hypertendus de cette zone.
Méthodes
L’étude a concerné les sujets âgés de 15 ans et plus résidant dans le SSDS à Moramanga. Un
interrogatoire par questionnaire standardisé et deux mesures de la tension artérielle (TA) ont été effectués.
En milieu rural, tous les individus répondant aux critères d’inclusion ont été invités à participer. En milieu
urbain, pour des raisons financières et pratiques, un tirage au sort des individus recensés a été effectué par
fokontany pour inclure les sujets. Le calcul du nombre de sujets nécessaires a reposé sur une prévalence
estimée à 22% avec un risque α égal à 0,05 et une précision à 0,04.
Un individu était considéré comme hypertendu si, après 5 à 10 minutes de repos, sa pression artérielle
systolique moyenne (PAS) était supérieure ou égale à 140 mmHg et/ou sa pression artérielle diastolique
moyenne (PAD) supérieure ou égale à 90 mmHg après 2 mesures espacées de 5 minutes OU si un sujet
était sous médicaments antihypertenseurs prescrits par un médecin depuis au moins un mois avant
l’enquête.
Les réponses aux questions sur les facteurs de risques connus de l’HTA (antécédents personnels de
TA élevée 130/80mmHg, antécédents familiaux d’HTA, gain de poids récent, sédentarité, habitudes
alimentaires salées, habitudes alcoolo-tabagiques) ont été utilisées pour construire un indice de risque en 3
classes (faible, modéré et élevé) pour de l’analyse des facteurs de risques.
En milieu rural, les données de 3621 sur 3708 (97,6%) individus ont été analysées. L’âge moyen était
de 37,8±15,3 ans, avec un maximum de 100,3 ans. L’intervalle interquartile IIQ était de 23,2-45,6 ans. En
milieu urbain, les données de 4010 sur 4020 (99,7%) individus ont été incluses dans l’analyse. L’âge moyen
était de 36,1±15,1 ans avec un maximum à 100,6 ans. L’IIQ était de 23,5-46,0 ans. Les femmes étaient plus
nombreuses que les hommes aussi bien en milieu rural qu’en urbain (respectivement 53,6% et 56,2%).
La prévalence de l’HTA était de 27,0% (979/3621) intervalle de confiance à 95% IC95% [25.6%-28.5%]
en milieu rural ; et 29,7% (1191/4010) en milieu urbain IC95% [28,3%-31,1%]. Les patients sous
antihypertenseurs depuis au moins 1 mois avant l’enquête étaient de 1,7% (17/979) en milieu rural et de
5,4% (64/1191) en milieu urbain.
Les résultats des analyses multivariées ont montré que tout étant égal par ailleurs, l’âge croissant, et
plus de 3 réponses positives aux questions sur les facteurs de risques connus d’HTA constituaient les
facteurs de risques d’HTA en milieu rural, et que le fait d’être marié protégeait contre l’HTA (tableau 1); en
milieu urbain, l’âge croissant, plus de 3 réponses positives aux questions sur les facteurs de risques connus
et l’obésité ont été retrouvés comme facteurs de risques d’HTA (tableau 2).
55
Tableau 1. Facteurs de risques de l’HTA en milieu rural à Moramanga, analyses multivariées
Caractéristiques
Hypertendus %
Total
aOR
IC95%
Age (ans)
15-25
145
13,2
1096
1
26-35
184
20,8
886
1,8
1,4-2,4
36-45
192
27,4
701
2,6
2,0-3,5
46-55
179
38,6
464
4,5
3,3-6,1
56-65
165
55,0
300
8,7
6,2-12,1
Plus de 65ans
114
65,5
174
13,2
8,7-20,1
Niveau de risque
Faible
494
24,3
2035
1
Modérée
433
30,2
1435
1,4
1,2-1,6
Elevée
52
34,4
151
1,7
1,2-2,5
Statut matrimonial
Célibataire
116
16,4
706
1
Marié
469
26,8
1747
0,7
0,5-0,9
Union libre
200
27,4
730
0,9
0,6-1,2
Divorcé
81
38,4
211
1,2
0,8-1,7
Séparé
15
26,8
56
0,7
0,3-1,4
Veuf/veuve
97
57,1
170
1,0
0,7-1,6
Tableau 2. Facteurs de risques de l’HTA en milieu urbain à Moramanga, analyses multivariées
Caractéristiques
Hypertendus %
Total
aOR
IC95%
Age (ans)
15-25
98
8,4
1163
1
26-35
198
19,2
1032
2,4
1,9 - 3,2
36-45
278
36,3
766
5,6
4,4 - 7,3
46-55
239
48,7
491
9,5
7,2-12,6
56-65
232
62,9
369
17,8
13,2-24,2
Plus de 65ans
146
77,2
189
40,8
27,3-62,0
Niveau de risque
Faible
387
21,2
1435
1
Modérée
669
34,9
1246
2,0
1,7-2,4
Elevée
135
49,6
137
3,4
2,5-4,6
Obésité par calcul de l’IMC
Non
28
56
50
1
Oui
359
30,8
1167
2,4
1,5-3,8
Impact
L’HTA est un problème de santé publique à Moramanga. Plus du quart de la population rurale et urbaine
a été notifié comme hypertendu, mais seulement très peu étaient sous traitements réguliers. De surcroît, les
résultats d’une enquête de mortalité menée par l’IPM à Moramanga montrent que les maladies cardiovasculaires représentent la principale cause de mortalité parmi les adultes. Les résultats de notre étude ont
montré que la population de Moramanga ne diffère pas des autres populations concernant les facteurs de
risques d’HTA. Mais, la sensibilisation et la prise en charge des hypertendus restent encore très faibles.
ère
L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1
Journée
Scientifique de Santé Publique. Akademia Malagasy Tsimbazaza Antananarivo 30 Mai 2014
L’hypertension artérielle chez les adultes âgés de 15 ans et plus à Moramanga. 1er Congrès
Scientifique de la Faculté de Médecine. CCI Ivato Antananarivo 30 Septembre – 2 Octobre 2014
- Andrianantenaina I. L’observance à la thérapeutique médicamenteuse des hypertendus de la région
de Moramanga. Thèse de Doctorat en Pharmacie. Faculté de Médecine d’Antananarivo. 18 Décembre
2014.
56
i-CCM
Evaluation économique de l’intégration du diagnostic et du traitement de la
pneumonie dans la prise en charge communautaire du paludisme
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Marilys
+261 20 22 412 72
[email protected]
RAZAKAMANANA
- Marilys RAZAKAMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Aina HARIMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Voahirana Tantely ANDRIANANTOANDRO (Economiste Sénior)
- Thomas O'CONNELL, UNICEF (New-York)
Date début : 01/05/2014
Date fin: 30/03/2015
Financements :
UNICEF (accord de convention du 10 juillet 2014)
03/11/2013
Lieux des travaux :
Région SAVA
Durée (mois) : 11
Budget total :
39 951,61€
Mots clés : coût, pneumonie, paludisme, prise en charge communautaire
Madagascar a considérablement progressé dans la réduction de la mortalité infantile. En effet, le décès
des enfants de moins de 5 ans a diminué de 29% entre 2000 et 2010 (OMS, 2010). Toutefois le paludisme,
la pneumonie et la diarrhée constituent encore les principales causes de décès des enfants à Madagascar.
Ensemble, ces trois maladies représentent 34% des décès chez les enfants de 1 à 59 mois (OMS, 20131).
Or, une grande proportion de ces décès peut être évitée par des interventions préventives et curatives.
Outre les efforts de prévention, offrir un traitement rapide et approprié pourrait sensiblement réduire le taux
de mortalité des moins de 5 ans. Cependant, en milieu rural, en raison de l’éloignement géographique des
centres de santé, du manque de personnel médical et de moyens financiers, l’accès aux soins demeure
difficile.
L’hypothèse principale à démontrer à travers ce projet était la suivante : l’efficacité de la prise en charge
de la pneumonie au niveau des agents communautaires (AC) dépend à la fois de l’efficacité de la formation,
et de l’efficacité de la chaîne d’approvisionnement des médicaments. Une formation efficace suppose d’une
part que les AC, outre la formation de base, reçoivent des suivis-formatifs et recyclages réguliers venant des
agents de santé. En ce qui concerne la chaîne d’approvisionnement, pour éviter toute rupture de stock de
médicaments, les AC peuvent s’approvisionner à la fois auprès des structures publiques telles que les
Centres de Santé de Base (CSB) et auprès des structures privées (les points d’approvisionnement).
Objectifs
Cette étude a pour but de :
- Estimer les coûts de l'intégration du diagnostic et du traitement de la pneumonie dans le programme
PCIMEC (prise en charge intégrée des maladies de l’enfant au niveu communautaire, i.e. par des
agents communautaires) et
- Evaluer le coût de la mise à l’échelle.
Méthodes
Deux districts de la région de SAVA sont concernés par ce projet : Andapa et Antalaha.
Pour vérifier l’hypothèse principale, le projet adopte les deux scénarii suivants pour chaque district :
- Scénario 1, pour le district d’Andapa, où l’ensemble des activités se résument à la formation de base
des AC au mois de février 2014, à la suite de laquelle, chaque site communautaire (2 AC) a été doté
en outils de gestion et en lot de démarrage composé d’un ARI-timer et de 2 boîtes d’Amoxicilline DT
de 250 mg. Chaque boîte contient 100 comprimés.
- Scénario 2, pour le district d’Antalaha, où l’on a administré le scénario 1 renforcé par d’autres activités
telles que le renforcement du système d’approvisionnement des médicaments (juillet 2014), puis la
supervision formative (Août 2014). Le recyclage était prévu au mois de décembre 2014. La
mobilisation communautaire était également planifiée en novembre 2014.
Une collecte de données permettant d’estimer les coûts engendrés (rapports, entretiens, documents
comptables) et leur analyse a été effectuée dans les deux scenarii. Le recueil de données démographiques,
sanitaires, épidémiques et socio-économiques des zones d’intervention a permis une évaluation de leur
efficacité. Le district de Sambava a été pris comme district témoin (zone de contrôle).
1
Statistiques Sanitaires Mondiales, OMS 2013.
57
En cours
Impact
Cette étude permettrait d’évaluer le coût de la mise à l’échelle de l’intégration du diagnostic et du
traitement de la pneumonie dans la prise en charge communautaire du paludisme.
Publications: à venir
Communication orale ou affichée
- 25 novembre 2014 auprès des responsables du MinSanP et des Partenaires Techniques et
Financiers.
58
IMI-CystiDiag
Diagnostic de la Cysticercose à Madagascar : Développement et validation de
tests de diagnostic sérologiques et moléculaires pour la cysticercose Humaine et
porcine
Correspondants :
Email :
Téléphone :
Inès VIGAN-WOMAS
+261 20 22 412 72
[email protected]
Anjanirina RAHANTAMALALA
[email protected]
- Ronan JAMBOU, Ex-unité immunologie,
- Frédérique RANDRIANIRINA, centre de biologie clinique,
[email protected]
- Prisca RAMANDANIRAINY, unité d’immunologie des maladies infectieuses,
[email protected]
- Alain Djacoba TEHINDRAZANARIVELO, Service de Neuro-psychiatrie,
Hôpital de Befelatanana, Madagascar
- Julien RAZAFIMAHEFA, Service de Neuro-psychiatrie, Hôpital de
Befelatanana, Madagascar
- Francesca BISIO, Hôpital d’Ambovombe, Madagascar
- Vincent PORPHYRE, CIRAD St Pierre, La Réunion
- FOFIFA- DRZV, Département de Recherches Zootechniques et Vétérinaires
Date de rédaction
28/01/2015
Lieux des travaux :
Madagascar
Date fin: 31/12/2017
Durée (mois) : 5 ans
Financements :
Budget total :
- Grant Dedonder Clayton, Projet Cysti-LAMP, Division International, IPP
Cysti-LAMP : 14 890 €
- Projet QualiREG – CIRAD La Réunion
QualiREG : 18 500 €
- Projet PARRUR – SCAC – Ambassade de France
PARRUR : 32 000 €
Mots clés : Taenia solium, cysticercose, neurocysticercose (NCC), LAMP, protéine recombinante,
réponses immunes, tests de diagnostic
L'homme est le seul hôte définitif connu du ver solitaire (Taenia solium) responsable de la téniasis
humaine. La cysticercose chez l'homme est due à l’ingestion des œufs de T. solium contenus dans les
excréments humains contaminant les mains et les aliments. A Madagascar, plus de 15% de la population est
touchée par cette maladie. La neurocysticercose (NCC) est la plus fréquente des parasitoses du système
nerveux central et constitue la forme la plus grave de cette pathologie. Elle est également la première cause
des crises épileptiques dans les pays tropicaux.
Beaucoup d’efforts ont été déployés à l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) ces quinze dernières
années pour développer et valider des outils de diagnostic pour la cysticercose et la NCC. L’ELISA et le
Western Blot (ou EITB) constituent les principales techniques de diagnostic sérologique. En accord avec
l’équipe de Tsang et al., du “Centers for Disease Control and Prevention”, CDC – Atlanta, l’EITB utilisant des
glycoprotéines totales purifiées sur résine de Concanavaline A est la technique sérologique de référence
utilisée à l’IPM. En effet, des études ont montré que, les réactivités immunes détectées par EITB contre les
glycoprotéines de cysticerques de T. solium ayant une masse moléculaire de 13-14 kilodaltons, sont
associées à une cysticercose active. En ce qui concerne la NCC, son diagnostic repose principalement sur
le scanner. Mais à Madagascar, le scanner n’est disponible que dans la capitale et reste d’un coût
inaccesible au plus grand nombre. Ainsi le traitement de la NCC est habituellement proposé sans aucune
confirmation de diagnostic.
Toutes les techniques actuellement disponibles pour le diagnostic de la cysticercose (ELISA, EITB, PCR)
nécessitent qu’elles soient réalisées en laboratoire car elles requièrent des équipements, des réactifs et des
consommables spécifiques.
Objectifs
Dans ce contexte, l’objectif de ce projet de recherche est de développer des outils de diagnostic
performants et utilisables au chevet des patients afin d’améliorer le diagnostic de la cysticercose et de la
NCC à Madagascar. Les objectifs plus spécifiques concernent :
1. la mise au point et la validation d’une technique simple de diagnostic moléculaire par amplification
isothermale de l’ADN (LAMP ou “Loop-mediated isothermal amplification”) pour la détection de la
NCC à partir du LCR
2. le développement et la validation d’un test de diagnostic sérologique plus sensible et plus spécifique
en utilisant des protéines recombinantes de cysticerques produites chez la bactérie E. coli. Ces tests
pourraient être utilisés à la fois pour le diagnostic de la cysticercose Humaine et porcine
3. la validation de ces tests dans des centres de santé de base et au niveau des élevages de porcs
59
4. l’étude de la prévalence réelle de la téniasis/cysticercose à Madagascar afin de guider la mise en
place de stratégies de lutte et de traitements efficaces.
Méthodes
Après une formation sur la technique LAMP au sein du laboratoire des maladies parasitaires (NIH –
Bethesda) et un transfert de cette technique à l’IPM, une mise au point de la LAMP en ciblant le gène de la
Cytochrome C oxidase cox1 a été réalisée. Cette technique permet une amplification spécifique du gène
cox1 des cysticerques de T. solium sans extraction d’ADN du Liquide Céphalo-Rachidien (LCR) des
patients.
Quatre protéines du liquide de cysticerques de T. solium qui jouent un rôle majeur dans le diagnostic de
la cysticercose Humaine et porcine (GP50, GP24, GP13/14 et GP8) devraient être produites sous forme de
protéines recombinantes solubles. Ces protéines permettraient d’analyser plus finement la présence
d’anticorps anti-T. solium dans le sérum ou le LCR de sujets vivants en zone d’endémie. Elles seraient aussi
utilisées pour la mise au point de tests de diagnostic pour la cysticercose porcine.
Ces tests seront validés à partir d’une biothèque de LCR et de sérums provenant du centre de bilogie
clinique de l’IPM, du service de neurologie des l’hôpital de Befelatanana et de l’hôpital d’Ambovombe. En
collaboration avec le FOFIFA, une sérothèque de porc atteints ou non de cysticercose sera constituée. Pour
finir, ces nouveaux outils seront directement implémenté sur le terrain lors d’études pilotes.
La technique LAMP-Cox1 a été mise au point. En utilisant directement les LCR préalablement chauffés
sans extraction d’ADN, les tests de spécificité et de sensibilité montrent que la LAMP-Cox1 (1) permet de
confirmer les résultats obtenus avec les techniques de référence (EITB, ELISA) et (2) est aussi sensible que
la PCR. Des mises au point sont en cours afin de définir la meilleure méthode de révélation à utiliser.
Les productions de protéines recombinantes solubles sont en cours et la constitution des biothèques
porcine et humaine (LCR et sérums) a débuté.
A part le volet recherche, le financement de ce projet doit permettre de réaliser des supports de
sensibilisation (dépliants, carnet de sensibilisation, formation villageoise, spots et reportage télévisés).
Impact
Après validation, ces nouvelles méthodes de diagnostic devraient permettre d’améliorer le diagnostic et
la prise en charge des patients atteints de cysticercose/neurocysticercose, et ce, en l’absence de scanner
cérébral. Ces tests de diagnostic permettraient également de contrôler la cysticercose à Madagascar par
une approche combinée humaine et vétérinaire pour interrompre le cycle de la maladie et seraient utiles
pour évaluer l’efficacité des mesures de luttes anti-téniasis déployées au niveau des zones d’endémies.
 Productions scientifiques : Néant
 Communications orales ou affichées :
- Anjanirina Rahantamalala. Taeniasis and cysticercosis in Madagascar : New challenge “Point of
care” diagnostic tests. WHO Informal Consultation on assembling a framework for control of Taenia
solium and Neurocysticercosis. WHO Headquarters, 17 to 18 July 2014, Geneva.
- Rahantamalala A., Mahanty S. et al., Molecular diagnostic of Neurocysticercosis by detection of
Taenia solium Cox 1 gene in CSF using Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): initial
results. 10th International Meeting on Microbial Epidemiological Markers (IMMEM 10), October 2014
Paris.
60
IMI-LeptoDiag
Diagnostic de la leptospirose Humaine et animale à Madagascar
Correspondants :
Inès VIGAN-WOMAS
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Niry RABENINDRINA, unité d’immunologie des maladies infectieuses,
[email protected]
- Benoit GARIN, Ex-unité bactériologie expérimentale,
- Pascale BOURHY, CNR Leptospirose, IP Paris, [email protected]
- Alain MICHAULT, CHU sud - La Réunion
- Murielle VRAY, unité d’épidémiologie des maladies émergentes, IP Paris
- Sandra TELFER Université Abadeen, Welcome Trust, [email protected]
Date fin: 31/12/2016
Financements :
- VALOEXPRESS, IPP
- Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016)
- Ambassade de Suisse
- Division Internationale, ACIP-Leptospirose, IP Paris
- Institut Régional de Coopération-Développement (IRCOD)
Date de rédaction
28/01/2015
Lieux des travaux :
IP Madagascar
IP Paris
CHU de la Réunion
Budget total :
ValoExpress : 32 000 €
Wellcome Trust : 5000 €
ACIP-Lepto : 21 800 €
IRCOD : 20 000 €
Mots clés : Leptospirose, tests de diagnostic Immuno-Chromatographique (ICT)
La leptospirose est une zoonose bactérienne due à des bactéries pathogènes du genre Leptospira et
de l'espèce Leptospira interrogans. La prévalence mondiale de la Leptospirose est estimée à 1,7 millions de
cas/an avec un taux de mortalité pouvant atteindre 20% (OMS, 2012). Le réservoir animal est très diversifié,
et outre les rongeurs (rats, souris) et les insectivores, il comprend aussi des animaux domestiques et
d’élevage. Tous ces animaux disséminent des leptospires par voie urinaire et les bactéries peuvent survivre
longtemps en eau douce (rivières et les lacs). Les rats, excrétant de fortes concentrations de leptospires
dans leurs urines pendant des mois après leur infection initiale, sont considérés comme le principal réservoir
(Evangelista et Coburn, 2010). Les zones humides sont des zones à risque de contamination et la
transmission humaine est le plus souvent indirecte par l’eau ou la boue contaminée par des urines
d’animaux infectés. Chez l’Homme, les symptômes de la leptospirose sont peu spécifiques en début de
maladie et rendent le diagnostic clinique différentiel difficile car ils sont proches d’autres pathologies telles
que la dengue, le paludisme, la fièvre Q ou la grippe. De nombreuses formes cliniques, allant du syndrome
grippal à l’atteinte multiviscérale avec syndrome hémorragique sont décrites. Chez le bétail, les signes
cliniques le plus souvent rencontrés sont liés à des troubles de la reproduction (mort-nés, infertilité et les
avortements). Chez l’homme, la leptospirose est ainsi fréquemment une maladie professionnelle, affectant
principalement les fermiers, les travailleurs des abattoirs, les éboueurs, les animaliers, les vétérinaires, les
collecteurs de rongeurs et les égoutiers (Hartskeel et al, 2011). A Madagascar où les zébus participent au
travail dans la rizière, leur rôle comme réservoir pourrait être majeur.
Le test de référence pour le diagnostic de la leptospirose est le MAT (Micro-Agglutination Test). C’est
un test très spécifique nécessitant de faire réagir le sérum des patients sur un panel de leptospires
maintenues en culture. Il n’est réalisé que dans très peu de laboratoires dont le Centre National de
Référence de la Leptospirose (CNRL) à l’Institut Pasteur à Paris. Le CNRL, a développé un nouvel antigène
(Leptospira fainei serovar Hurstbridge) ayant une large communauté antigénique avec les différents
sérogroupes de leptospires. Cet antigène est utilisé en routine depuis plusieurs années dans un test ELISA
IgM (sensibilité de 94%, spécificité de 99%).
Objectifs
Les objectifs de ce projet sont :
- de développer un test de diagnostic de type immuno-chromatographique (ICT, bandelettes réactives)
pour la détection des IgM anti-Leptospires chez l’homme en utilisant l’antigène (Leptospira fainei
serovar Hurstbridge),
- d’adapté ces tests sérologiques (ELISA et ICT) à la détection d’IgG chez l’homme mais aussi chez
61
l’animal pour permettre la réalisation d’études séro-épidémiologiques en zone de transmission,
- de mener, à Madagascar, des enquêtes de séroprévalence dans des populations à risques telles que
les éboueurs et les éleveurs de zébus
Méthodes
La première partie de ce projet consiste à mettre en place dans l’Unité d’immunologie des maladies
infectieuses, d’une part la production de l’antigène Leptospira fainei serovar Hurstbridge et d’autre part, la
fabrication de tests de diagnostic immuno-chromatographique. Cette mise en place sera réalisée via un
cycle de formation et de transfert de technologie entre le CNRL et l’Unité. L’antigène Leptospira sera
également utilisé pour analyser les réponses immunes humorales (IgM et IgG) par ELISA.
La production de l’antigène Leptospira fainei serovar Hurstbridge a été mise en place au laboratoire. Le
processus de production et la qualité de l’antigène sont en cours de validation par le CNRL. Parallèlement,
en utilisant l’antigène produit par le CNRL, une série de 2500 bandelettes permettant de détecter les IgM
anti-Leptospires chez l’homme a été réalisée. Les tests de stabilité, sensibilité et spécificité sont en cours à
la fois au CNRL et à l’IP Madagascar. Les résultats préliminaires montrent que ces tests sont très stables
après conservation à 4°C ou à 40°C pendant 3 à 6 mois. Les bandelettes ont été envoyées à l’IP Paris, au
CHU sud de la Réunion et à Mayotte et sont actuellement en cours de validation. Les ELISA permettant de
détecter à la fois les IgM et les IgG ont été mis au point, et les sérums d’individus à risque pour la
Leptospirose (éboueurs et éleveurs) sont en cours d’analyse (Projet ACIP-Leptospirose, IRCOD et
Wellcome Trust).
Impact
Ce travail vise à proposer des tests de diagnostic simples et fiables (ELISA et ICT) pour le sérodiagnostic de la Leptospirose afin de mieux connaître la prévalence de cette maladie, et d’améliorer la prise
en charge des patients.
Publication & Communication orale ou affichée : néant
62
IMI-PaluSéro
Le Paludisme à Madagascar : mesure de l’impact des mesures de lutte
antipaludique et des changements épidémiologiques sur la transmission et le
réservoir
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Date de rédaction
Inès VIGAN-WOMAS
+261 20 22 412 72
28/01/2015
[email protected]
Lieux des travaux :
IP Madagascar
- Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme,
IP Dakar
IP Paris
[email protected]
IP Côte d’Ivoire
IRD Bénin
IP Cameroun
- Elisabeth RAVAOARISOA, unité paludisme, [email protected]
CERMES Niger
- Emma RAKOTOMALALA, unité d’immunologie des maladies infectieuses,
[email protected]
- Aina HARIMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Tsikiniaina RASOLOHARIMANANA, unité d’immunologie des maladies
infectieuses, [email protected]
- Odile PUIJALON, unité immunologie moléculaire des parasites, Institut
Pasteur à Paris (IPP).
- Ronald PERRAUT et Aïssatou TOURE-BALDE, unité immunologie,
Institut Pasteur de Dakar (IPD).
- André OFFIANAN, unité paludisme, Institut Pasteur de Côte d'Ivoire (IPCI).
- Consortium PALEVALUT, Institut de Recherche pour le Développement
au Bénin (IRD), Institut Pierre Richet de Bouaké (IPCI), Centre Pasteur du
Cameroun (CPC), Centre de Recherche Médicale et Sanitaire du Niger
(CERMES)
-Laura Steinhardt, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta
Date début : 10/10/2012
Date fin: 31/12/2017
Financements :
Budget total :
- Division International, IPP, projet “ACIP-Multiplex”
ACIP : 51 800 €
- Fonds Mondial “Initiative 5% Sida, Tuberculose, Paludisme”
MEDALI : 100 000 €
France Expertise International (FEI), projets MEDALI et PALEVALUT.
PALEVALUT : 25 000 €
- PMI/USAID/CDC, projet “School-Based Survey”.
USAID/CDC : 280 000 €
Mots clés : Paludisme, transmission, réponses immunes humorales, multiplex, bio-marqueurs
sérologiques, efficacité des mesures de lutte
Au cours des dix dernières années, l’accroissement des moyens alloués à la lutte contre le paludisme a
entrainé une diminution notable de la mortalité et de la morbidité palustre dans de nombreux pays (World
Malaria Report, 2011-2014, Murray et al., 2012). Toutefois, après plusieurs années successives de baisse,
on assiste depuis 2010 à une recrudescence du paludisme dans plusieurs pays (World Malaria Report,
2010-2014), indiquant que les mesures de lutte actuelles ont atteints leurs limites. A Madagascar, les trois
dernières années ont été marquées par une recrudescence des cas de paludisme à Plasmodium falciparum
et à Plasmodium vivax touchant toutes les classes d’âges.
Ces épidémies soulignent une fois de plus la fragilité des acquis de la lutte antipaludique qui y avait été
menée intensivement depuis 2010. Comment les mesures de luttes et les changements épidémiologiques
qui en découlent influent sur la morbidité/mortalité palustre, sur le portage parasitaire et la transmission ?
Quelle est l’efficacité réelle des différentes mesures de lutte (distributions de moustiquaires imprégnées,
pulvérisations intra-domiciliaires d’insecticides à effet rémanent, utilisation de tests de diagnostic rapide et
de combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine ? Quels sont facteurs interférant avec l’efficacité des
interventions ? Ce sont autant de questions qu'il faut explorer afin de guider efficacement la mise en œuvre
des stratégies nationales de lutte contre le paludisme.
Objectifs
Les différents projets de recherche associés à ce programme ont pour objectifs de développer les
outils/techniques nécessaires et d'apporter les connaissances permettant de i) comprendre comment la
baisse de la transmission influence les réponses immunes des populations exposées et le risque de
contracter des formes graves du paludisme [projet ACIP-Multiplex] ii) d’assurer un meilleur suivi de l’impact
des programmes de lutte antipaludique en termes de nombre de cas (infections, maladies et décès) évités
dans les différents contextes épidémiologiques [projet MEDALI, PALEVALUT et SBS] et iii) de guider la
63
formulation de nouvelles stratégies d’intervention. Ce programme de recherche multicentrique est mené en
étroite collaboration avec les unités paludisme, épidémiologie et immunologie de l’IPM, mais aussi avec les
partenaires locaux (Ministère de la Santé et PNLP) et internationaux (IRD, Institut Pasteur à Paris, Réseau
International des instituts Pasteur, Centers for Disease Control and Prevention”, CDC – Atlanta).
Méthodes
Développer un jeu de bio-marqueurs (antigènes, cytokines) permettant de suivre l'évolution des
réponses immunes anti-plasmodium.
Il s’agit de mettre en place à l’IPM et dans les différents instituts de recherche associés un essai
standardisé permettant d’analyser, de façon qualitative et quantitative, les réponses humorales contre un
panel d'antigènes parasitaires en utilisant la dernière génération de système de multiplexage le MAGPIX
(Luminex Corp.). Pour ce faire, un panel “à façon” comprenant des antigènes pré-erythrocytaires et
érythrocytaires de P. falciparum (candidats vaccins inclus dans des essais vaccinaux en cours tels que la
CSP, MSP1, AMA1 et LSA3), des antigènes impliquées dans la cytoadhérence parasitaire (adhésines
PfEMP1) et des antigènes salivaires d'Anopheles a été mis en place. Selon les sites d’étude, des antigènes
de P. vivax, P. malariae et P. ovale seront inclus. Les antigènes testés sont produits sous forme de protéines
recombinantes solubles ou de peptides synthétiques. Après une première phase de mise au point des
conditions de dosage des anticorps spécifiques et la constitution des standards pour l'étalonnage des
dosages, un multiplex multi-antigène et multi-stade parasitaire a été mis au point. Ce multiplex sera validé
par des études pilotes réalisées dans chacun des Instituts participants pour explorer les profils
immunologiques avant et après la mise en place des mesures de lutte antipaludiques, étude englobant les
phases de baisse et de recrudescence en accès palustres.
Les travaux menés conjointement à l’Institut Pasteur à Paris, l’IPM et l’Institut Pasteur de Dakar ont
permis de développer et de mettre en place la technique multiplex-MagPix incluant un panel de 15 antigènes
de P. falciparum, P. vivax et P. malariae et un antigène salivaire d'anophèles. A Madagascar, les profils
immunologiques contre ce panel d’antigènes ont été analysés sur plus de 11000 échantillons collectés sur
l’ensemble du territoire et représentatifs des différents faciès du paludisme à Madagascar (projet MEDALI),
sur 4000 prélèvements provenant de deux zones d’endémicité différente (Ankazobe et Brickaville, projet
PALEVALUT) et sur 12500 échantillons collectés dans 7 districts des Hautes Terres Centrale et de Marges
dans le cadre du projet School-based Malaria Survey. De plus, les suivis longitudinaux seroépidémiologiques menés dans le village de Saharevo et chez les enfants de la plaine d’Antananarivo (Projet
ACIP) devraient permettre d’analyser l’impact des mesures de lutte anti-paludiques sur la transmission. Au
Sénégal, les profils immunologiques avant et après la mise en place de moustiquaires et des traitements à
base d’Artémisinine (ACT) dans les villages de Dielmo et Ndiop sont en cours d’acquisition. L’ensemble des
résultats obtenus sont en cours d’analyse. Ces analyses devraient permettre de définir un jeu de biomarqueurs antigéniques permettant de suivre l’évolution des réponses immunes anti-plasmodium et
d’évaluer l’efficacités des mesures de luttes déployées.
Impact
Les outils/techniques disponibles devraient permettre d’assurer un meilleur suivi de l’impact des
programmes de lutte anti-paludique.
- Perraut R, Richard V, Varela ML, Trape JF, Guillotte M, Tall A, Toure A, Sokhna C, Vigan-Womas I,
Mercereau-Puijalon O. Comparative analysis of IgG responses to Plasmodium falciparum MSP1p19
and PF13-DBL1α1 using ELISA and a magnetic bead-based duplex assay (MAGPIX®-Luminex) in a
Senegalese meso-endemic community. Malar J. 2014 Oct 17;13:410. doi: 10.1186/1475-2875-13-410.
PMID: 25326042.
- Thomas Kesteman, Lili M. Varela, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, Shirley Longacre,
Chris Drakeley, Milijaona Randrianarivelojosia, Odile Mercereau-Puijalon, Ronald Perraut, Christophe
Rogier, Inès Vigan-Womas. Malaria humoral response profiling using a multistage, multispecies
antigen array in a Luminex-magnetic-bead-based multiplex assay. Congrès du Réseau International
des Institut Pasteur (RIIP), Paris, 10-13 Septembre 2014. Conférencier invité.
- Inès Vigan-Womas, Thomas Kesteman, Micheline Guillotte-Blisnick, Elisabeth Ravaorisoa, Tsikiniaina
Rasoloharimanana, Emma Rakotomalala, Aina Harimanana, Shirley Longacre, Chris Drakeley, Odile
Mercereau-Puijalon, Patrice Piola, Milijaona Randrianarivelojosia, Laura Steinhardt, Christophe Rogier.
Malaria humoral response profiling using a multistage, multispecies antigen in a multiplex-bead-based
assay: target the parasite reservoir in Madagascar. Journées du Département Infection et
Epidémiologie, Institut Pasteur – 12-13 Novembre 2012, Paris. Conférencier invité.
64
IMI-PaluVivax
Le Paludisme à Plasmodium vivax à Madagascar : Caractérisation des nouvelles
voies d’invasion de globules rouges/réticulocytes Duffy-négatif
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Inès VIGAN-WOMAS
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme,
[email protected]
[email protected]
- Emma RAKOTOMALALA, unité d’immunologie des maladies infectieuses,
[email protected]
- Tsikiniaina RASOLOHARIMANANA, [email protected]
- Chetan CHITNIS, Unité de Biologie de Plasmodium et Vaccins, Institut
- Didier MENARD, Unité d'Epidémiologie Moléculaire du Paludisme, Institut
Pasteur du Cambodge (IPC).
- Odile PUIJALON, unité immunologie moléculaire des parasites, Institut
- Olivat RAKOTO, Laboratoire d’Hématologie, Hôpital Joseph
RAVOAHANGY ANDRIANAVALONA (HJRA), Madagascar
- Romuald RANDRIAMAHAVONJY, Maternité de l’Hôpital Militaire
d’Antananarivo (HOMI), Madagascar
- Hery RAKOTOVAO ANDRIAMPANALINARIVO, Maternité de l’Hôpital
Général de BEFELATANANA, Madagascar
Date de rédaction
28/01/2015
Lieux des travaux :
IP Madagascar
IP Paris
IP Cambodge
Date début : 01/10/2014
Date fin: 31/12/2017
Financements :
Budget total :
- Projet Interne, IPM, projet “IPalvivaxDuffy”
IPalvivaxDuffy : 7500 €
- Programme Transversal de Recherche Pasteurien (PTR 490), IPP
PTR : 32 460 €
Mots clés : Paludisme, Plasmodium vivax, adhésines parasitaires, récepteurs globulaires,
réticulocytes, antigène Duffy, réponses immunes.
Le paludisme reste l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans les régions tropicales
et intertropicales du monde. Bien que Plasmodium falciparum soit responsable de la grande majorité des
cas et des décès dus au paludisme, P. vivax, l'espèce la plus répandue géographiquement, est responsable
d'un grand nombre de cas et est de plus en plus reconnue comme une cause de paludisme grave et de
mortalité. L’Organisation mondiale de la santé (OMS), estime que 2,9 milliards de personnes vivent dans
des zones à risque pour P. vivax (principalement en Asie et en Amérique latine) avec chaque année 130 à
435 millions de cas de paludisme à P. vivax (Gething et al., 2012; Rapport OMS 2013). P. vivax est la
seconde cause de paludisme à Madagascar (Rapport MIS 2013). Cependant, la prévalence actuelle de cette
infection dans l’île reste encore mal connue, avec peu ou pas de données sur la morbidité et la mortalité
palustre attribuable à P. vivax.
Contrairement à P. falciparum qui infecte les globules rouges durant son cycle érythrocytaire, P. vivax
parasite préférentiellement les réticulocytes. Les premières études sur l’invasion de P. vivax suggéraient que
l’étape clé de l’invasion de P. vivax est médiée par l’interaction spécifique de la Duffy Binding Protein
(PvDBP), une adhésine de surface du mérozoïte, avec la glycoprotéine du groupe sanguin Duffy-DARC
(Miller et al., 1976; Chitnis et al., 2008; Batchelor et al., 2011). De ce fait, les individus n’exprimant pas
l’antigène Duffy étaient supposés naturellement résistants à l’infection à P. vivax (Miller et al, 1976). Ces
observations expliquaient l’apparente absence de P. vivax dans la région sub-saharienne de l’Afrique où
90% des individus sont Duffy négatifs. Toutefois, les données récentes de la littérature acquises au Kenya,
au Brésil, à Madagascar, en Mauritanie et au Cameroun montrent que P. vivax est capable de s'affranchir
des barrières génétiques de l'hôte et d'infecter des globules rouges/réticulocytes n’exprimant pas l’antigène
Duffy (Ryan et al., 2006; Cavasini et al., 2007; Ménard et al., 2010; Wurtz et al., 2011; Fru-Cho et al., 2014).
Cette capacité d’adaptation insoupçonnée de P. vivax permettrait à ce parasite de coloniser de nouvelles
niches érythrocytaires, d’avoir accès à un réservoir parasitaire plus important que celui qui était anticipé et
par conséquent fait peser le risque d’une transmission de P.vivax dans les populations Africaines et
Malagasy jusque-là supposées être naturellement protégées car Duffy-négatives.
65
Objectifs
A Madagascar, les équipes de l’IPM ont démontré la présence d’infections à P. vivax chez les individus
Duffy-négatif suggérant la possibilité d’un autre mécanisme alternatif d’invasion des réticulocytes (Ménard et
al., 2010). Cependant, le mécanisme utilisé par P. vivax, indépendamment de la protéine Duffy/DARC, n’est
pas encore élucidé.
Dans ce contexte du paludisme à P. vivax dans le monde et plus particulièrement à Madagascar,
l’objectif principal de ce projet est de décrypter les bases moléculaires, immunologiques et fonctionnelles
des interactions adhésines parasitaires–récepteurs globulaires mis en jeu au cours des infections à P. vivax
chez des individus n’exprimant pas son récepteur traditionnel, l’antigène Duffy.
Méthodes
Des études transversales seront réalisées dans différentes zones endémiques à P. vivax à Madagascar
afin :
- d’évaluer la prévalence actuelle des infections à P. vivax (TDR, PCR, sérologie-multiplex), de
déterminer les foyers de transmission de P. vivax et de détecter les infections à P. vivax chez des
individus n‘exprimant pas l’antigène Duffy,
- de déterminer les couples adhésines parasitaires–récepteurs globulaires mis en jeu au cours des
infections à P. vivax chez des individus Duffy-négatif.
La mise en place de cette étude est en cours.
Impact
A terme, ce programme de recherche permettra :
1. De mieux connaître la prévalence des infections à P. vivax sur l’ensemble de l’île et le rôle du
groupe sanguin Duffy dans cette infection dans les zones à risque,
2. De déchiffrer les bases moléculaires, immunologiques et fonctionnelles de cette adaptation de P.
vivax à une invasion de globules rouges/réticulocytes n’exprimant pas l’antigène Duffy afin de cibler
les nouveaux couples adhésines/récepteurs identifiés dans de nouvelles stratégies thérapeutiques
et/ou vaccinales.
Publication & Communication orale ou affichée : néant -
66
IMMI
Facteurs associés aux formes sévères de la grippe à Antananarivo
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Aina HARIMANANA
+ 261 20 22 412 72
[email protected]
- Elisoa RATSIMA, centre de biologie clinique, [email protected]
Date de rédaction
30/01/2014
Lieux des
travaux :
Madagascar
Cameroun
Cambodge
Sénégal
- Zo Zafitsara ANDRIANIRINA, Service Pédiatrie, CENHOSOA
- Miary JOSEE, Service des Maladies Respiratoires, CENHOSOA
- Nirina Lalao RAMIARISOA, Dispensaire Manjakaray
- Benoit GARIN, Institut Pasteur à Paris
Date début : 1/11/ 2010
Date fin :poursuite des inclusions en 2014
Durée (mois) : 20
Financements :
- Réseau International des Instituts Pasteur
Budget total :
- Institut de Microbiologie et des Maladies infectieuses
92 575€
- Convention : DI/MJ/AS/N°422/10 du 3 Nov 2010
Mots clés : Virus grippaux, Infections respiratoires sévères, Co-infections
Les facteurs associés aux formes sévères de grippes sont méconnus dans les pays à faible et moyen
revenu. A Madagascar, les infections respiratoires aigües font partie des trois premières causes de mortalité
et de morbidité chez les enfants de moins de 5 ans et constituent un véritable problème de santé publique.
Peu d’informations sur les infections respiratoires aigües sont disponibles en milieu hospitalier. Les tableaux
cliniques seuls ne permettent pas de différencier les différentes étiologies. En l’absence de capacités
diagnostiques de laboratoire. L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) dispose d’un laboratoire de virologie et
de plateformes de microbiologie. Si aujourd’hui, des informations sont disponibles pour les syndromes
pseudo-grippaux ou la grippe bénigne, l’absence de données concernant les formes graves d’infections par
les virus grippaux, les étiologies diverses des infections respiratoires aigües sévères et la part des coinfections ne permettent pas de proposer une politique de santé publique de prise en charge des cas
hospitalisés.
Objectifs
Identifier les facteurs épidémiologiques, cliniques, bactériologiques, virologiques et immunologiques de
la gravité de la grippe dans les pays en développement et plus particulièrement le rôle des co-infections
dans l’évolution des infections par les virus grippaux.
Méthodes
Il s’agit d’une étude cas-témoins prospective multi-centrique. Les sites de recrutements sont : Centre
Hospitalier de Soavinandriana (CENHOSOA), le Dispensaire de Manjakaray, le CSMI Tsaralalàna, le
Dispensaire Mère-Enfant Tsaralalàna, CSB2 Ampasanimalo et CSB2 Antanimena. Tout patient avec un
diagnostic positif de grippe sur les prélèvements nasopharyngés par RT-PCR est susceptible d’être inclus
dans l’étude. Les cas sont les personnes présentant une forme sévère de syndrome grippal ou d’infection
respiratoire aigüe sévère. Les témoins sont les personnes ayant une forme bénigne de syndrome grippal ou
d’infection respiratoire aigüe (i.e. forme non sévère).
Pour les années 2012, 2013 et 2014 respectivement, 83 (31 cas vs 52 témoins), 139 (28 vs 111) et 50
(17 vs 33) patients ont été recrutés. Le sex ratio était de 1,1. La moyenne d’âge était de 19 ans. A l’inclusion,
la répartition des grippes était la suivante : 204 cas de grippe A (dont 59 cas et 145 témoins), 40 cas de
grippe B (dont 10 cas et 30 témoins) et 28 cas de co-infection grippe A et grippe B (dont 7 cas et 21
témoins).
Quarante patients présentaient une co-infection virale.
Une analyse préliminaire montre que la notion d’allergie et la tuberculose étaient des facteurs associés
aux formes sévères de grippe.
Impact
-Avec le feed-back des résultats, les patients et leurs médecins avaient accès à un examen biologique
qui est un avantage dans la conduite à tenir au cas par cas.
-Les résultats de cette étude pourraient intéresser également tous les cliniciens sur le profil
épidémiologique des cas de grippe à Madagascar. Cette étude apportera des informations importantes pour
les attitudes et conduite à tenir devant un cas de grippe à Madagascar.
-Une étude plus poussée sur la co-infection tuberculose – grippe sera conduite
67
LAMPIK
Test de diagnostic rapide (LAMP) pour la détection des R aux antibiotiques
Correspondants :
Email :
Téléphone :
Date de rédaction
+ 261 20 22 590 19
22/01/2015
- Benoit GARIN
[email protected]
[email protected]
- Jean Marc COLLARD
Lieux des travaux :
- Odile RIVOARILALA, bactériologie expérimentale, [email protected]
Antananarivo
Pour la LAMP cysticercose :
Mahajanga
- Ines VIGAN, unité immunologie des maladies infectieuses, [email protected]
- Anjanirina RAHANTAMALALA, unité immunologie des maladies infectieuses,
[email protected]
- Mamy RANDRIA, Laboratoire de biologie moléculaire, CHU Befelatanana
- J HOLIANJAVONY, Hôpital de district, Antsirabe
- M RAZAFIMAHEFA, Laboratoire de biologie clinique, Hôpital d’Androva,
Mahajanga
- TB NUTMAN, Clinical Parasitology Unit, JIAID, Bethesda, USA
Date fin : 31/10/2015
Durée (mois) : 36
Financements :
Budget total :
Grant Dedonder Clayton 2012
36 000 €
Mots clés : POC, loop mediated isothermal amplification, résistance bactérienne aux antibiotiques
Contexte malagasy
Une étude dans des sites hospitaliers et de soins communautaires a montré la présence de plasmides
porteurs de gènes de résistances aux β-lactamines chez les entérobactéries avec une prédominance de bla
TEM1 , de bla SHV12 et de bla CTX-M15 (Rakotonirina HC et al. BMC Microbiol. 2013 Apr 17;13:85.). Une étude sur
les méningites infantiles à Antananarivo a été menée il y a 10 ans. Streptococcus pneumoniae était la
bactérie le plus souvent retrouvée (45%), mais toutefois les souches (n=54) restaient sensibles à la
pénicilline.
Les laboratoires hospitaliers n’ont pas les moyens de réaliser des analyses bactériologiques et a fortiori
des antibiogrammes. Les patients reçoivent des traitements antibiotiques en présomptif sans savoir s’ils sont
adaptés à la sensibilité des germes par absence de prélèvements biologiques. Cette absence d’analyses de
bactériologie est également un frein à l’obtention de données épidémiologiques précises sur les résistances
aux antibiotiques à Madagascar.
Dans les pays en voie de développement (PVD), pour décentraliser les diagnostics et les rendre plus
accessible à la population avec un délai court de rendu de résultats, il est nécessaire de mettre à la
disposition des laboratoires périphériques des tests diagnostiques de proximité, bon marché. Des
techniques innovantes basées sur l’amplification isothermique de l’ADN ont été développées pour le
diagnostic de virus, bactéries et parasites. Parmi elle, la LAMP (Loop mediated isothermal Amplification) a
démontré des propriétés compatibles avec nos objectifs de diagnostics de proximité : a) pas de nécessité de
thermocycleur b) pas de nécessité d’extraction sophistiquée de l’ADN c) sensibilité et spécificité élevées d)
cycle court d’amplification de 60 mn e) résultats lisibles directement à l’œil nu f) coût réduit.
La LAMP semble donc être un bon candidat pour être transférée dans les laboratoires des hôpitaux de
district de manière à renforcer les réseaux de surveillance nationaux et les collaborations.
L’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) souhaite développer cette technique, en collaboration avec des
partenaires industriels dans plusieurs directions, mais en priorité pour la détection des résistances
bactériennes aux antibiotiques et d’un pathogène fréquent dans les infections urinaires (Escherichia coli).
Objectifs
Mettre à la disposition des PVD des tests diagnostiques basés sur la biologie moléculaire (technique
LAMP), simple d’utilisation, peu onéreux, dédiés à l’identification de bactéries pathogènes et de gènes de
résistance aux antibiotiques.
Méthodes
La LAMP a déjà été utilisée dans l’identification de certaines bactéries (S. pneumoniae, Staphylococcus
aureus, Mycobacterium tuberculosis) et de certains gènes de résistances (NDM-1, IMP-1, VIM-2) après
culture conventionnelle de ces bactéries. Notre projet est ciblé dans un premier temps sur la détection d’une
bactérie responsable (Escherichia coli) d’une forte proportion des infections dans les urines avec détection
des gènes bla TEM et bla CTX-M et dans un deuxième temps sur la détection de S. pneumoniae dans les
liquides céphalo-rachidiens (LCR) avec détection du gène pbp2b (résistance à la pénicilline).
68
Dans un premier temps cette technique sera validée sur des ADN extraits de colonies en culture de
souches de référence en comparaison avec une méthode de référence par PCR. La spécificité sera ensuite
déterminée sur un panel de souches.
Dans un second temps, cette technique sera adaptée pour qu’elle soit utilisable directement sur les
prélèvements (liquides stériles comme l’urine et le LCR).
Enfin, dans un troisième temps elle sera testée et validée sur le terrain. Actuellement, le plus probable
serait d’inclure les patients du service des Maladies Infectieuses de l’Hôpital Universitaire Befelatànana et de
réaliser les diagnostics à la bactériologie expérimentale de l’IPM puis dans le laboratoire de l’hôpital.
Des amorces génériques pour les gènes bla des groupes CTX-M1, CTX-M2, CTX-M8, CTX-M9, CTX-M25 (selon R.
Bonnet, 2004), TEM et SHV et pour E. coli ont été développées pour les amplifications par PCR conventionnelle
(technique de référence) et pour la technologie LAMP. Les tests de sensibilité des techniques LAMP et PCR
ont montré que l’amplification par la technologie LAMP sur les gènes bla des groupes CTX-M1, CTX-M2, CTX-M8,
CTX-M9 est 100 à 1000 fois plus sensible (1 à 0,1pg/µL) que celle par PCR (0,1ng/µl). Les tests de spécificité
par la technologie LAMP appliquée à 40 souches du laboratoire préalablement typées et présentant 42
gènes de résistances différents (comme tem, oxa, pse, per, ges, vim, dha, cmy, fox, cit, ebc, veb) ont montré
que les amplifications avec les amorces LAMP ciblant les groupes CTX-M1, CTX-M8, CTX-M9 étaient spécifiques à
100%. En revanche, les amplifications avec les amorces LAMP ciblant le groupe CTX-M2 étaient spécifiques à
90% (réactivité croisée avec les gènes veb, tem-3 et shv-2a). Le HNB (Hydroxynaphtol blue) qui a été utilisé
afin de pouvoir visualiser la positivité des résultats pose un problème de discrimination entre réactions
positives et négatives à l’œil nu. Un autre colorant « Propydium iodide (PI) » est en cours d’évaluation. Les
analyses de spécificité et de sensibilité sur le groupe CTX-M25 et SHV et avec la bactérie E. coli seront réalisées
en 2015, à la fois sur des ADN mais aussi sur des prélèvements cliniques.
Impact
Si cette technique s’avère transférable dans les laboratoires de PVD et plus pérenne que les techniques
de bactériologie, elle permettra non seulement une meilleure prise en charge des patients (rapide et
adaptée), mais aussi l’insertion de ces laboratoires dans des réseaux de surveillance des résistances aux
antibiotiques, nationaux et internationaux. Ce dernier aspect est fondamental pour que l’on puisse obtenir
des données sur la surveillance des bactéries pathogènes et la situation de la résistance aux antibiotiques
dans ce type de pays.
Publications : néant.
- Rivoarilala O, Garin B. Detection of CTX-M resistance genes by LAMP test. Scientific Symposium of
the Institut Pasteur International Network, Paris, September 10-13, 2014. September 10-13, 2014
69
Mada-Xpert
Optimisation du diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie
négative et des tuberculoses extra pulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph
Raseta de Befelatanana d’Antananarivo, Madagascar.
Correspondant :
Voahangy RASOLOFO
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Voahangy RASOLOFO, unité mycobactéries
- Niaina RAKOTOSAMIMANANA, unité mycobactéries, [email protected]
- Andrianantenaina RAKOTOSON, Centre National de Référence des
Mycobactéries, [email protected]
- Dr Rivo RAKOTOARIVELO, Investigateur Principal, Service des Maladies
Infectieuses, Hôpital Universitaire Joseph Raseta Befelatanana (HUJRB)
- Pr Mamy RANDRIA (Responsable scientifique à Madagascar), Service des
Maladies Infectieuses, HUJRB
Coordonnateurs et responsables scientifiques en Suisse et en France:
- Dr Alexandra CALMY, Unité VIH/Sida, Département de Médecine Interne
des spécialités, Hôpital Cantonal Universitaire de Genève, 1205 Genève,
Suisse
- Pr Fabrice BONNET, Service de Médecine interne et Maladies infectieuses,
Hôpital Saint André au CHU de Bordeaux, France
Date de rédaction
20/01/2015
Lieux des travaux :
Antananarivo,
Madagascar
Budget total :
11 000 € pour IPM
Date début : Avril 2013 Date fin : Sept 2014 Durée (mois) : 18
Financements :
Hôpital Cantonal Universitaire de Genève et CHU de Bordeaux
Mots clés : TB extrapulmonaire, TB pulmonaire à microscopie négative, diagnostic, GeneXpert
La tuberculose (TB) est endémique à Madagascar avec une incidence de toutes les formes confondues
estimée à 261/100 000 habitants, ce qui constitue une des plus fortes incidences mondiales dans un
contexte de faible exposition au VIH (environ 1% à l’échelle du pays) (1). Les cas de TB pulmonaire à
microscopie négative (TPM-) et de TB extra pulmonaires (TEP) représentent environ 34% des cas de
tuberculose ; Chez les patients dont la co-infection VIH et tuberculose est reconnue, 60% ont une forme de
tuberculose de type TPM- ou TEP.
Le diagnosic bactériologique de la TB par la culture est long, ne permettant pas une prise en charge
optimale des patients. De nouveaux outils de diagnostic précoce et facile à utiliser comme le test
GeneXpert® et le test TB-LoopampTM , constituent une réelle opportunité pour l’amélioration de la prise en
charge des TPM- et desTEP. Cependant, l’évaluation et la validation de cet outil de diagnostic s’avèrent
nécessaires avant son utilisation en routine à l’hôpital.
Objectifs
Améliorer le diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative (TPM–) et des
tuberculoses extra-pulmonaires (TEP) à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta Befelatanana (HUJRB),
Objectifs spécifiques :
- Evaluer la faisabilité de l’utilisation de GeneXpert à l’HUJRB, Antananarivo, Madagascar.
- Evaluer la performance des tests GeneXpert et TB-LoopampTM pour le diagnostic des TPM-, les TEP
avec la culture sur milieu de Löwenstein-Jensen comme méthode de référence et le diagnostic clinique de la
tuberculose.
Méthodes
L’étude a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé.
Recrutement des patients
- 400 patients hospitalisés dans le service de maladies infectieuses, de pneumologie et de neurologie au
sein de l’HUJRB, suspects de TPM- ou de TEP selon des critères prédéfinis.
- Durée de l’inclusion : 12 mois
70
Examens biologiques
- Microscopie ; culture, tests GeneXpert et TB-Loopamp des liquides biologiques et crachats à l’IPM ;
- Examens biochimiques-cytobactériologiques classiques des liquides biologiques au laboratoire de HUJRB ;
- Examen anatomopathologique des pièces biopsiques au laboratoire d’anatomo-pathologique de l’Hôpital
Joseph Ravoahangy Andrianavalona.
Résultats (état d’avancement)
- D’octobre 2013 à décembre 2014, 409 prélèvements ont été analysés dont 203 d’origine pulmonaire et 206
d’origine extrapulmonaire.
- Sur 373 échantillons dont les résultats de la culture sont disponibles, 115 (30,8%) étaient positifs dont 73
d’origine pulmonaire et 42 d’origine extrapulmonaire.
- Détection de M. tuberculosis (MTB) par le test GeneXpert :
Cas testés
MTB détecté
MTB non détecté
Ininterprétable
Total
Positive
99
16
0
115
Culture sur milieu de Löwenstein-Jensen
Négative
En cours
Contaminée
17
5
2
237
30
1
1
1
0
255
36
3
- L’inclusion des patients est prévu jusqu’en mars 2015.
- L’analyse des résultats sera effectuée dès que les résultats des cultures seront complets.
Impact
- Performances du Genexpert et TB-Loopamp dans le diagnostic de la TPM- et la TEP à Madagascar
connues et justifiant le déploiement de ces méthodes.
- Renforcement des capacités de diagnostic des TPM- et des TEP.
- Rakotoarivelo R, Rasolofo V, Randria M, Rakotosamimanana N, Andrianasolo R, Razafimahefa S,
Rakotoson J, Rakotovao L, Raberahona M, Ambrosioni J, Bonnet F, Calmy A. Optimisation du
diagnostic des tuberculoses pulmonaires à microscopie négative et des tuberculoses
extrapulmonaires à l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana : Etude MadaXpert.
Congrès de la Faculté de Médecine d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30
septembre – 2 octobre 2014, Centre de Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.
71
MADIHO
Maladies diarrhéiques hospitalisées– Etude cas-témoins
Correspondant :
Rindra V RANDREMANANA
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Heritiana RANDRIARILALA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Arthur RANDRIAMANANTENA, unité d’épidémiologie, [email protected]
[email protected]
- Benoit GARIN, bactériologie expérimentale,[email protected]
- Jean-Michel HERAUD, unité virologie,[email protected]
- Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY, unité virologie,[email protected]
- Todisoa ANDRIATAHINA, Service de pédiatrie, CHD2 Moramanga
- Lovaniaina RAVELOMANANA, Hôpital Mère-Enfant d’Ambohimiandra,
Antananarivo
Date début : 28/11/2011
Date fin inclusion : 15/02/2014
Durée (mois) : 24
Date de rédaction
30/01/2015
Lieux des travaux :
Antananarivo,
Madagascar
Budget total :
100 000 €
Financements :
Fondation Total
Mots clés : Diarrhées hospitalisées, étiologies, développement staturo-pondéral, Madagascar
Les maladies infectieuses sont responsables de 25% des décès dans le monde. Parmi elles, les
maladies diarrhéiques tuent 1 enfant sur 10 pendant les cinq premières années de la vie. La fréquence des
diarrhées infectieuses en zone tropicale oblige à proposer une stratégie cohérente en matière de conduite
thérapeutique. En l’absence d’examens complémentaires, le traitement ne peut être que probabiliste, décidé
à partir de données cliniques. Les algorithmes classiques utilisés conduisent à une surestimation des
diarrhées possiblement bactériennes (les diarrhées virales prolongées chez l’enfant malnutri pouvant être
glairo-sanglantes) et à l’utilisation d’antibiotiques non actifs par méconnaissance des résistances. A
Madagascar, comme dans les autres pays en développement (PED), les diarrhées infantiles constituent un
des principaux problèmes de santé publique, sa prévalence est estimée à 8% et la tranche d’âge la plus
touchée se trouve entre 6 à 23 mois, de l’ordre de 17% à 18%. Dans le cadre de la dynamique lancée par le
groupe diarrhées infantiles graves dans les PED (Institut Pasteur à Paris), l’Institut Pasteur de Madagascar
(IPM) propose de développer une étude sur les diarrhées infantiles nécessitant une hospitalisation en ciblant
les enfants de moins de 5 ans.
Objectifs
- identifier les pathogènes impliqués dans les diarrhées hospitalisées
- identifier les facteurs de risque de diarrhées hospitalisées et leur impact sur le développement staturopondéral des enfants.
Méthodes
Il s’agit d’une étude cas-témoins menée de novembre 2011 jusqu’en février 2014, les cas ont été les
enfants diarrhéiques moins de 5 ans hospitalisés au niveau de l’unité de pédiatrie de Moramanga et
d’Ambohimiandra, les témoins ont été les enfants non diarrhéiques, même âge, même sexe et résidant dans
le même Fokontany que le cas. Des collectes d’informations socio-démographiques, cliniques, sur le mode
d’alimentation et l’état vaccinal ont été effectuées à l’aide d’un questionnaire administré chez les cas et les
témoins. Des examens microbiologiques des selles ont été réalisés pour recherche de parasites, bactéries et
virus. Des suivis à domicile du statut nutritionnel et des états morbides des enfants inclus dans l’étude ont
été menés 1, 2 et 6 mois après leur inclusion par le médecin d’étude.
Pendant toute la durée de l’étude, il y a eu 210 enfants diarrhéiques qui répondaient aux critères
d’inclusion et qui ont été invités à participer à l’étude. Parmi eux, 199 enfants (94,7%) ont été inclus dans
l’analyse. En même temps, 199 témoins ont été enrôlés. Le centre de Moramanga a inclus 105 enfants
diarrhéiques et autant de témoins ; à Antananarivo nous avons inclus 94 enfants diarrhéiques et 94 témoins.
L'âge médian des enfants était de 13 mois (Intervalle Interquartile: 9,2-19,5 mois), 44,7% étaient âgés de
moins de 12 mois et 64,3% étaient de sexe masculin. Au moment de leur enrôlement, 35,9% des enfants
avaient une malnutrition chronique, 22,8% étaient malnutris aigus. Deux enfants sur cinq (41%) étaient
porteurs dans les selles d'au moins d’un microorganisme (50,2% des cas et 31,3% des témoins). Les virus
étaient les microorganismes les plus fréquemment isolés avec une fréquence de 40% (150/376); la
72
prévalence bactérienne globale était de 5,3% (6,1 % chez les cas et 4,5% chez les témoins), celle des
parasites était de 1,2% (tous chez les témoins). Nos résultats ont montré que parmi les étiologies virales, les
rotavirus étaient les plus fréquemment rencontrés à 35,6% (47,9% des cas et 23,4% des témoins), et la
moitié des enfants (52,2%) excréteurs de rotavirus étaient âgés de moins de 12 mois. Les bactéries isolées
ont été constituées principalement par des Escherichia coli à 3%. Nous avons trouvé une association
statistiquement significative entre la survenue de diarrhées graves et le portage de rotavirus, le risque de
diarrhées nécessitant une hospitalisation était multiplié par 12,6 chez les enfants porteurs de rotavirus par
rapport aux non porteurs (IC 95%: 4,5-35). Environ 83,7% des génotypes circulant de rotavirus ont été
constitués par G1[P8] à 40,2%, G2[P4] à 34,8% et G3[P8] à 8,7%.
Environ 84,6% (11/13) des E. coli étaient résistants à l’amoxicilline et 76,9% (10/13) au TriméthroprimeSulfamides. Toutes les shigelles étaient résistantes au Triméthroprime-Sulfamide et 80% étaient résistantes
à l’amoxicilline. Pour les Campylobacter, 33,3% étaient résistants à l’amoxicilline et à l'érythromycine. Toutes
ème
les bactéries étaient sensibles aux céphalosporines de 3
génération et aux fluoroquinolones.
Une association statistiquement significative entre la survenue de diarrhée grave et de malnutrition
aigüe (p=4.10-13) a été mise en évidence, la diminution du ratio poids/taille étant significativement associée
au risque de diarrhée grave (OR ajusté: 0,5; IC 95%: 0,4-0,6).
Le taux de létalité pour les diarrhées graves a été de 2,5% (5/199). Tous les enfants décédés étaient
des cas hospitalisés, en bas âge (moins de 24 mois) et malnutris.
Nous avons calculé la différence entre les indicateurs de la malnutrition des enfants à leur enrôlement
et au cours des suivis à 1 et à 2 mois. Nous avons comparé cette différence par une analyse de régression
linéaire ajustée par l'indicateur concerné au moment de l'inclusion et la durée du suivi. Nous avons trouvé
que le gain du ratio poids/taille à 1 mois et à 2 mois de suivi, était significativement supérieur chez les cas de
diarrhées graves que chez les témoins (p<0,001)
L’association entre la présence de rotavirus et la survenue des diarrhées graves a suggéré que 44%
des diarrhées graves étaient attribuables à ce virus. Nos résultats ont supposé que la prévention vaccinale
des infections à rotavirus pourrait avoir un impact important sur la survenue de diarrhées graves. Le vaccin
monovalent (G1[P8]) contre le rotavirus a été introduit à Madagascar en 2014. Bien que ce vaccin est
supposé engendrer une protection croisée contre d’autres génotypes de rotavirus, il semble important de
vérifier son efficacité par un renforcement de la surveillance post-introduction. Les enfants malnutris aigus
étaient plus à risque de diarrhées graves, sans que le lien de causalité ait pu être plus étayé en raison du
schéma d’étude cas-témoins. Les enfants hospitalisés pour diarrhées graves ont eu un gain du ratio
poids/taille très significatif bien après leur hospitalisation. Le traitement de la diarrhée grave dans le contexte
de la présente étude apparait donc comme un facteur d’amélioration de l’état nutritionnel. Des efforts
devraient être orientés vers l'amélioration du statut nutritionnel des enfants (intervention nutritionnelle,
amélioration de l’algorithme de prise en charge des enfants malnutris diarrhéiques..) car cela pourrait avoir
un impact sur l'efficacité de la vaccination contre le rotavirus et peut-être sur la survenue des diarrhées
graves. La réalisation de cette étude s’est confrontée à des difficultés liées à un faible nombre d’inclusion
due à une incidence des diarrhées graves inférieure à celle qui était attendue. Nous n'avons pu inclure que
le tiers de l'effectif prévu malgré des mesures mises en place pour améliorer le recrutement. Les diarrhées
graves ne semblent pas être fréquentes dans nos sites d'étude contrairement à ce qu'on voit dans d'autres
PED (incidence annuelle de 20% chez les enfants de moins de 2 ans). Une plus faible exposition aux agents
pathogènes (par le contrôle des eaux de boisson par exemple à Antananarivo) et/ou une efficacité plus
importante qu’attendu des programmes de prévention ou de prise en charge des diarrhées pourrait expliquer
cette différence.
Publications : en cours de préparation.
Communications orales ou affichées :
Richard V.Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar. VIèmeCongrès International
d’épidémiologie- ADELF-EPITER, 10-12 septembre 2014,Nice,France.
Richard V.Maladies diarrhéiqueshospitalisées à Madagascar.Congrès de la Faculté de Médecine
d’Antananarivo « Recherche, Santé et Développement », 30 septembre-1-2- octobre 2014,
73
MALNUT
Etude sur la malnutrition et infections à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Rindra V
+ 261 20 22 412 72
30/01/2015
[email protected]
RANDREMANANA
Lieux des travaux :
Moramanga,
- Ines WIGAN-WOMAS, unité d’immunologie des maladies infectieuses,
Morondava,
Madagascar
[email protected]
Durée (mois) :24
Financements :
Budget total :
USAID- 3442/IPM/DAF/Hn/2013 du 31/10/2013
127 526,4 €
Mots clés : Malnutrition chronique, malnutrition aigüe, infections, Madagascar
La malnutrition infantile constitue un problème de santé d’envergure mondiale avec un impact sur la
mortalité et morbidité infantile ainsi qu’au développement de la fonction cognitive et intellectuelle. Sur les 7,6
millions de décès annuel chez les enfants de moins de 5 ans, environ 35% sont dus à des facteurs liés à la
nutrition et 4,4% des décès ont été attribués à une émaciation sévère. Dans les pays en développement
(PED), un enfant sur trois est atteint de problème de malnutrition; plus de 90% des enfants avec un retard de
croissance proviennent du continent africain et asiatique. L’insuffisance de l’apport alimentaire a été souvent
et longtemps évoquée comme étant la base des problèmes nutritionnels. Ce n’est qu’après les recherches
et études menées vers les années 1960 que les interactions entre statut nutritionnel, infections et immunité
ont commencé à être élucidées. Une relation bi-directionnelle existe entre la malnutrition et l’infection : la
malnutrition augmente la sensibilité à une infection (par une diminution de l’immunité, une altération des
muqueuses intestinales…), à son tour, l’infection contribue à l’apparition d’une malnutrition (par une
malabsorption intestinale, perte d’appétit, détournement des micronutriments pour la réponse immunitaire,
modification du microbiote intestinal…). De plus, il a été démontré que les états physiologiques liés aux
infections même infra-clinique pourraient avoir un impact sur le métabolisme et le statut nutritionnel des
enfants. L’entéropathie environnementale, assez fréquente dans les PED et pouvant être due à l’ingestion
chronique de germes entériques pathogènes suite aux mauvaises conditions d’hygiène et d’assainissement
rentrerait dans ce cadre. A Madagascar, la moitié des enfants de moins de 5 ans accusent un retard de
croissance : 24% sous la forme modérée et 26% sous la forme sévère. La malnutrition aigüe sévère
demeure à Madagascar une des principales causes de mortalité infantile. Les estimations indiquent que près
de 45 000 décès d’enfants âgés de moins de 5 ans (soit 13,6% du nombre total des décès) sont directement
liés à une malnutrition aigüe sévère dont 500 000 cas sont signalés annuellement. Comme dans tous les
PED, le poids des maladies infectieuses reste important à Madagascar. Selon l’OMS, les 2 maladies
infectieuses les plus fréquentes à Madagascar, à savoir les maladies diarrhéiques et les infections
respiratoires, sont responsables respectivement de 38 Année de vie corrigée du facteur d’invalidité (AVCI)
/1000 capita et de 21 AVCI/1000 capita.
Objectifs
- identifier les déterminants de la malnutrition chez les enfants de moins de 5 ans dans 2 districts de
Madagascar
- évaluer l'association entre les infections intestinales d'origine parasitaire et la malnutrition
Méthodes
L’étude a été menée au niveau du site de surveillance démographique et de l’état de santé (SSDS) de la
population de Moramanga et dans le district de Morondava. Elle a été faite en 2 étapes : une phase de
dépistage de malnutrition chez les enfants de moins de 5 ans suivie d’une étude cas-témoins chez les
enfants de 6 à 59 mois.
Le dépistage des enfants malnutris dans les 2 zones d'étude a été réalisé par des mesures
anthropométriques de tous les enfants de moins de 5 ans dont les parents étaient consentants. Ces
mesures incluaient la prise du poids, de la taille et du périmètre brachial. Toutes les mesures ont été faites
en double et la moyenne des 2 valeurs a été considérée comme valeur finale. Par la suite, un tirage au sort
des enfants préalablement dépistés a été effectué pour choisir les enfants à inclure dans l’étude castémoins. Les cas ont été les enfants qui avaient une malnutrition chronique ou aigüe et les témoins ceux qui
étaient normonutris. La définition du statut nutritionnel des enfants a reposé sur les indices poids/taille pour
la malnutrition aigüe et taille/ âge pour la malnutrition chronique. Ces indices ont été exprimés en écart-type
(ET) ou z-scores en fonction de la médiane des valeurs de références internationales, et les scores ont été
ensuite catégorisés selon les définitions de malnutrition chronique ou aigue. Des données sur les
caractéristiques des ménages, de la mère ou de la personne en charge de l'enfant (âge, niveau d’éducation,
statut nutritionnel) et de l’enfant (pratiques alimentaires, de soins, symptômes présentés..) ont été
74
collectées directement sur tablette. Au total, pour l’étude cas-témoins il a été prévu d'inclure 1620 enfants
dans les 2 districts : 810 enfants malnutris chroniques et autant d’enfants normonutris. Pour des raisons
logistiques et vu que la faible prévalence de la malnutrition aigüe, tous les enfants malnutris aigus vu au
dépistage ont été invités à participer à l’étude cas-témoins. Un échantillon de selles fraiches a été demandé
à chaque enfant afin de rechercher des parasites intestinaux tels que Entamoeba sp, Giardia intestinalis, et
les parasites opportunistes (microsporidies, cryptosporidies…).
Résultats
L’enquête sur le terrain a démarré en janvier 2014 dans 30 Fokontany pour Moramanga et 13
Fokontany dans la commune de Bemanonga, Morondava. Dans les 2 districts, 86% des enfants de moins de
5 ans ont participé aux mesures anthropométriques. Parmi eux, 99% (7359/7436) et 96,2% (1971/2048) ont
eu des mesures valides respectivement à Moramanga et à Morondava; ils ont été inclus dans l’analyse des
données et l’étude cas-témoins. La prévalence de la malnutrition chronique a été de 52,8% (IC 95%:51,754,0) à Moramanga et 40% (IC 95%: 37,8-42,1) à Morondava. A Moramanga, nos résultats ont montré que
3% (IC 95%:2,6-3,4) des enfants de moins de 5 ans étaient malnutris aigus et à Morondava, cette proportion
a été de 4,2% (IC 95%: 3,3-5,1). Nous avons trouvé une association statistiquement significative entre la
-12
-16
prévalence de la malnutrition chronique et le groupe d’âge (p=10 à Morondava et p=2.10 à Moramanga,
test Khi²).La proportion de la malnutrition chronique augmentait à partir de l’âge de 6 mois, la prévalence la
plus élevée a été retrouvée chez les enfants de 12 à 23 mois: 49,7% à Morondava et 61,2% à Moramanga.
Concernant la distribution spatiale, la prévalence de la malnutrition chronique (p=2.10-12, test Khi²) et aigue
(p=5.10-3, test Khi²) différait entre les Fokontany à Moramanga. La malnutrition chronique prédominait dans
les Fokontany situés en milieu rural. Pour Morondava, seule la prévalence de la malnutrition chronique
variait entre les Fokontany (p=0,01, testKhi²); elle semblait être plus fréquente dans les parties nord et sud
de la zone d’étude.
Pour l’étude cas-témoins, nous avons inclus 1827 enfants de 6 à 59 mois: 894 à Moramanga et 933 à
Morondava. Dans le SSDS de Moramanga, 431 enfants malnutris chroniques, 430 enfants non malnutris et
33 enfants malnutris aigus ont été enrôlés. Pour le district de Morondava, nous avons inclus 420 enfants
avec une malnutrition chronique, 481 sans problème de malnutrition et 32 malnutris aigus.
L’analyse biologique des échantillons de selles collectées en vue de la recherche des parasites est en cours
(coloration et lecture) ainsi que le nettoyage de la base de données. Les prochaines étapes sont les
analyses statistiques des données avec élaboration au préalable d’indices composites des pratiques
alimentaires, estimation de la couverture des besoins nutritionnels des enfants et élaboration d’un score de
niveau socio-économique des ménages, en vue de la détermination des facteurs qui peuvent influencer la
survenue de la malnutrition infantile.
Impact
Cette étude permettra d’identifier les facteurs qui peuvent influencer l’apparition de la malnutrition. La
connaissance de ces facteurs pourrait aider les décideurs dans le choix des interventions prioritaires à
mettre en place pour améliorer le statut nutritionnel des enfants malagasy. Elle conduira également à
l’élaboration de recommandations thérapeutiques en cas de malnutrition et infections.
75
MALPRED
Mathematical models on surveillance data to detect epidemic thresholds & GIS
technology to visualize trends in malaria incidence
Correspondant
Email :
Téléphone :
Florian Girond
+261 20 22 412 72
21/01/2015
[email protected]
Lieux des travaux :
- Patrice PIOLA, unité épidémiologie,[email protected]
- Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité épidémiologie,[email protected]
- Laurence RANDRIANASOLO, unité épidémiologie, [email protected]
- Bienvenue RAHOILIJAONA, unité épidémiologie, [email protected]
- Reziky MANGAHASIMBOLA, unité épidémiologie,[email protected]
Co-investigateurs hors IPM :
- Télesphore BROU (IRD)
- Vincent HERBRETEAU (IRD)
Date début : 18/09/2012
Date fin : 18/10/2015
Durée (mois) : 36
Financements :
CDC - USAID
Mots clés : Paludisme, Epidémie, Prédiction, Cartographie, Web
Budget total :
12 400 €
Une collaboration entre l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) et le Ministère de la Santé Publique
(MSanP) a permis la mise en place d’un réseau de surveillance sentinelle des fièvres. Ce réseau, créé en
2007 (suite aux épidémies concomitantes de dengue et de chikungunya en janvier 2006), permet de suivre
les tendances de certaines maladies à potentiel épidémique, dont le paludisme. Il s’appuie aujourd’hui sur
34 formations sanitaires et centres de santé de base, répartis dans les 22 régions de Madagascar.
L’anticipation du risque épidémique devient un enjeu qui se doit d’être conforté par un outil capable
de fournir aux décideurs des informations accessibles, fiables et dynamiques pour une aide à la décision
opérationnelle (action) et stratégique.
Objectifs
Ce projet vise à développer un système d’information géographique (SIG) prédictif (prévisionnel),
dynamique et opérationnel du risque d’épidémies de paludisme à Madagascar à partir des données issues
du réseau de sites sentinelles.
Méthodes
L’utilisation de modèles statistiques permet de modéliser des séries temporelles et de définir une valeur
attendue au-dessus de laquelle pourrait être définie une alerte.
La mise en place d’un tel système fait face à plusieurs défis scientifiques et techniques :
- Prérequis suggérés par l’OMS non disponibles pour l’utilisation d’algorithmes (5 ans de données
rétrospectives et identification/exclusion des années épidémiques).
- Prise en compte du biais spatial, populationnel et peut-être temporel imposé par les données des sites
sentinelles, qui ne représentent qu’une fraction des cas survenus en population.
- Prise en compte des sites à faible nombre de cas.
- Prise en compte, dans les modèles prédictifs de variables environnementales et des stratégies de
lutte contre le paludisme (pulvérisation d’insecticide - CAID et moustiquaires - MIILD).
Un système de surveillance opérationnel accessible via un navigateur web a été développé. Cet outil
permet d’appliquer différents algorithmes de détection de seuil épidémique en temps réel sur les séries
chronologiques de données sentinelles. Cet outil à la fois simple et intuitif permet aux utilisateurs de tester,
comparer, modifier les paramètres des différents algorithmes proposés. Les résultats sont présentés
instantanément de façon graphique mais aussi cartographique. Les utilisateurs peuvent y superposer
différentes variables telles que les températures, les précipitations et l’indice de végétation normalisé
(NDVI), mais également des interventions de lutte contre le paludisme (MIILD, CAID) afin de générer des
hypothèses dans une approche écologique.
76
L’utilisation d’une approche utilisant les percentiles a permis de contourner les contraintes liées à
l’utilisation de méthodes de détection dites standards de l’OMS (Moyenne + 2sd, Cumulative Sum) car cette
méthode à l’avantage d’être peu sensible aux valeurs extrêmes.
Ce système de surveillance opérationnel basé sur le Web a déjà démontré sa capacité à détecter des
situations dites « anormales » dans le sud-est (Farafangana) et d'alerter l’ensemble des partenaires de la
lutte contre le paludisme.
Impact
Ce projet vise à apporter aux acteurs de la lutte contre le paludisme, des outils et des méthodes leur
permettant de détecter et d’anticiper le risque de survenue d’une épidémie de paludisme.
Publications : en préparation.
- Congrès de la Faculté de Médecine, 01 Octobre 2014. Centre de conférence international
d’Antananarivo, Madagascar.
- Congrès de la Fédération hospitalière de France de l’Océan Indien, Transitions épidémiologiques et
sanitaires, 12 et 13 Novembre 2014. Ile de la Réunion
- IPM- Centre ValBio Joint Health Workshop, 6 Juin 2014. Antananarivo, Madagascar.
Communications affichées :
- Scientific Symposium of the Institut Pasteur International Network, 10 au 13 Septembre 2014.
Utilisation des nouvelles technologies de communication pour le développement d’un système d’alerte
précoce de paludisme.
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Mhealth
Mobile Health
Correspondant
Florian Girond
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Stephan RANDRIANASOLO, unité épidémiologie, [email protected]
- Reziky MANGAHASIMBOLA, unité épidémiologie, [email protected]
Date fin : 5/05/2016
23/01/2015
Lieux des travaux :
Durée (mois) : 12
Financements :
CDC - USAID
Mots clés : Surveillance, mHealth
Budget total :
12 400 €
Définie comme « l’utilisation des communications mobiles émergentes en santé publique » et inventée
par le Pr Robert Istepanian1, l’expression “Mobile Health“ (mHealth ou m-health) s’emploie pour décrire les
pratiques de la médecine qui utilisent les technologies de communication mobile : téléphones mobiles,
tablettes numériques et PDA (personal digital assistant), etc.
Dans le cadre de la surveillance sentinelle des fièvres, l’utilisation de technologies mobiles (GSM)
permet une remontée en temps réel des données cliniques du réseau sentinelle des fièvres.
Ces données sont quotidiennement rapportées par short message service (SMS) et automatiquement
stockées sur une base de données PostgreSQL hébergée sur un serveur dédié à l'Institut Pasteur de
Madagascar (IPM).
Alors que les technologies de communication mobile existent depuis une vingtaine d’années, c’est
l’apparition des Smartphones qui, depuis une décennie, a contribué à asseoir ce nouveau concept dans le
domaine plus vaste de la e-health ou e-santé.
Objectif
L’objectif de ce projet vise à améliorer l’ensemble de la chaine de transmission/traitement (envoi,
réception, rétro-information) de données en temps réel par l’utilisation de nouvelles technologies de
l’information et de communication, notamment par l’utilisation de Smartphones Android.
Méthodes
Le fonctionnement de Smartphone sous système Android, permet le développement d’applications
dédiées. Elles sont entièrement réalisées en interne par un technicien développeur sous Android.
- Des masques de saisie (en langue malagasy) ont été développés afin de permettre une diminution
des erreurs de saisie (par rapport à l’envoi classique d’une chaine de caractères entrée
manuellement) et de faciliter l’ajout/modification/suppression de variables. Ces données sont
automatiquement retranscrites sous format SMS et envoyées/enregistrées sur une base de données
PostgreSQL sur le serveur de l’IPM.
- Des algorithmes de détection de seuils épidémiques et la création d’indicateurs ont été développés à
partir du logiciel R Server connecté en temps réel à la base de données sentinelle PostgreSQL.
- Le résultat des traitements sont renvoyés par SMS à chaque site sentinelle. Une application
Smartphone dédiée a été développée pour recevoir automatiquement les SMS dans une base de
données portable (MySQL lite) et générer à partir de ces variables un rétro-information hebdomadaire
spécifique à chaque site sentinelle (textes, graphiques et cartographies).
- Les Smartphones dotés de cartes mémoires permettent de stocker une série de vidéos didacticiels en
malagasy sur des thématiques spécifiques de santé publique.
Les masques de saisie et l’application Android permettant de générer des rapports automatiques à
partir de la réception de SMS ont été créés et installés sur les Smartphones. L’intégralité des indicateurs et
les algorithmes de détection de seuils ont d’ores et déjà été programmés sous R Server. Une phase test afin
de s’assurer de la stabilité et de la performance du système est en cours.
1
R. Istepanian, Laxminarayan,Swamy, Pattichis, S. Constantinos, eds. (2005). M-Health: Emerging Mobile Health Systems. Springer. ISBN 9780387265582.
78
PALEVALUT
Evaluation opérationnelle de la lutte intégrée contre le paludisme. Madagascar,
Bénin, Côte d’Ivoire, Cameroun, Niger
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Christophe ROGIER
+261 20 22 412 72
3/04/2015
[email protected]
- Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité paludisme, [email protected]
Durée (mois) : 19
Date de début: Mai 2013
Date fin : Mai 2016
Financements:
FEI – 5% Fonds Mondial
Mots clés : Paludisme, lutte, efficacité. Déterminants, procédures
Lieux des travaux :
Madagascar, Bénin,
Côte d’Ivoire,
Cameroun et Niger
Budget total :
1,5 M€
Le Fonds Mondial et les programmes bilatéraux comme la President Malaria Initiative (USA) ont
massivement financé la lutte contre le paludisme. Il est de plus en plus demandé aux états de contribuer par
eux-même à cet effort de lutte. Dans un contaxte de rationalisation de l’utilisation des moyens dédiés à la
lutte contre le paludisme, il devient primordial de pouvoir évaluer l’impact, l’efficacité en condition réelle
(effectiveness) et le ratio coût/efficacité des mesures de lutte adoptées, ainsi que d’identifier les facteurs qui
conditionnent cette efficacité, qu’ils soient économiques, sociaux, organisationnels, comportementaux,
biologiques, entomologiques ou autres.
Objectifs
Concernant les stratégies de lutte contre le paludisme financées par le Fonds Mondial, FM (lutte antivectorielle, diagnostic et traitement des cas cliniques de paludisme par des combinaisons thérapeutiques à
base d’artémisinine (CTA), traitement préventif intermittent (TPI) et éducation pour la santé (IEC), l’objectif
général est de mettre au point, valider et publier, pour les pays d’Afrique subsaharienne et de l’Océan Indien
une méthodologie pluridisciplinaire intégrée :
•
d’évaluation post-déploiement de l’efficacité en conditions réelles (effectiveness) et de l’efficience
des stratégies utilisable dans tous les contextes, et
•
d’identification des facteurs interférant avec le déploiement et l’efficacité de ces stratégies, qu’ils
soient de natures psychologique, sociale, culturelle, organisationnelle ou économique.
Le but est de mesurer l’impact des interventions du FM, d’identifier et mesurer les facteurs interférant avec
l’efficacité de ces interventions, de capitaliser les résultats obtenus, et de disséminer et/ou transposer ces
résultats. Il s’agit de définir une « boite à outils » d’évaluation de la lutte intégrée contre le paludisme, à
géométrie variable et déployée selon les besoins de l’évaluation et des pays concernés. Les éléments de
cette « boite à outils » pourront être utilisés ensemble ou séparément, à l’échelle d’un pays, d’une région ou
d’un district. Ils seront présentés dans un guide rassemblant les procédures et modes opératoires les plus
adaptés qui auront été mis au point par des experts et validés dans des pays différant par leurs contextes
épidémiologiques, entomologiques, sanitaires, économiques et socio-culturels.
Le présent projet et l’utilisation de ce guide permettront d’améliorer l’efficience et la qualité des interventions
et des services par un renforcement des stratégies nationales et de leur adaptation aux besoins et aux
contextes socio-culturels.
Les objectifs généraux secondaires qui seront également atteints dans le cadre de ce projet sont une
fédération et un renforcement de l’expertise française et francophone en paludologie et un panorama de
l’efficacité post-déploiement des mesures de lutte financées jusqu’à présent par le FM et une identification
des facteurs interférant avec cette efficacité dans 5 pays d’endémie palustre.
Activités (5 paquets d’activité ou WP)
1) Sélection des méthodes et élaboration des éléments de la « boite à outils » (WP1).
Parmi les méthodes connues, sélection des méthodes pertinentes par rapport aux objectifs, les moins
coûteuses, les plus reproductibles, et pouvant être standardisées (i.e. utilisables par d’autres experts que
leurs concepteurs) en tirant parti de l’expérience des experts appartenant au consortium et de la littérature :
ateliers méthodologiques.
2) Mise au point, évaluation et comparaison des méthodes (WP2).
Afin de pouvoir faire reposer le choix des méthodes identifiées par le WP1 sur des évidences, les méthodes
sélectionnées seront mises au point (élaboration de protocoles et procédures standardisés) et mises en
œuvre simultanément puis comparées, dans deux pays (Bénin et Madagascar), sur des terrains connus et
où les équipes du consortium sont les plus expérimentées dans ce domaine.
79
2.1) Mise au point et évaluation des méthodes reproductibles et standardisées d’évaluation postdéploiement de l’efficacité en conditions réelles (effectiveness) et de l’efficience des mesures de lutte
antipaludique.
2.2) Mise au point et évaluation des méthodes reproductibles et standardisées d’identification et de mesure
de l’importance des facteurs culturels, sociaux, logistiques, économiques et biologiques (e.g. résistances)
interférant avec l’accès, l’utilisation ou l’efficacité des mesures de lutte antipaludique.
3) Transfert et validation des méthodes sélectionnées et mises au point au WP2 (WP3).
Tirant parti des enseignements du WP2, un premier guide décrivant les méthodes retenues dans la «boite à
outils» sera rédigé et appliqué dans des pays différents par de nouvelles équipes « pays » (Côte d’Ivoire,
Niger, Cameroun), avec l’aide ou les conseils d’experts des deux premières équipes (du Bénin et de
Madagascar).
4) Finalisation et diffusion de la « boite à outils » (WP4) sous la forme d’un guide méthodologique
comprenant les procédures, les protocoles et les modes opératoires relatifs aux méthodes sélectionnées,
évaluées et validées.
5) Coordination et transferts d’expérience (WP5). Un comité de pilotage réunira par téléconférence les
responsables de la conduite des travaux de chaque pays ainsi que les représentants des PNLP une fois par
semestre au moins. Le suivi et monitoring des activités reposera sur un système d’information ad hoc avec
compte rendu mensuel.
Equipes participantes :
Madagascar
Institut Pasteur de Madagascar (coordinateur pays & coordinateur général), Centre Population
Développement (IRD, Université Paris Descartes, INED), Université Catholique de Madagascar, PNLP
Bénin
IRD- MIVEGEC : Unité Mixte de Recherche « Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique,
Evolution et Contrôle » (IRD 224-CNRS 5290-Universités de Montpellier 1 & 2) (coordinateur pays), Faculté
des Sciences de la Santé - Université d’Abomey-Calavi, IRD-UMR 216, Centre de Recherche
Entomologique de Cotonou, PNLP
Cameroun
Centre pasteur du Cameroun (coordinateur pays), IRD- Unité Mixte de Recherche « Maladies Infectieuses et
Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle », UMR7300 Espace
Côte d’Ivoire
Institut Pierre Richet (Min. Santé, coordinateur pays), Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, Centre d’Entomologie
Médical et Vétérinaire - Université de Bouaké, Centre de Recherche pour le Développement - Université de
Bouaké, PNLP
Niger
Centre de Recherches Médicales et Sanitaires (coordinateur pays), PNLP
Publications & Communications orales et affichées : néant
80
Palu-ASAQ
Evaluation de l’efficacité thérapeutique de la combinaison Artésunate +
Amodiaquine dans le traitement du paludisme non compliqué à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Milijaona
+261 20 22 412 72
23/01/2015
[email protected]
RANDRIANARIVELOJOSIA
Lieux des travaux :
Madagascar
- Jemima RAVELONARIVO, unité paludisme, [email protected]
- Léonora RAVOLANJARASOA, unité paludisme, [email protected]
- Aina HARIMANANA, unité épidémiologie, [email protected]
- Vaomalala RAHARIMANGA, unité épidémiologie, [email protected]
- Voahangy ANDRIANARANJAKA, unité paludisme,
[email protected]
Date de début: Mars 2014
Date fin : Septembre 2015
Financements:
USAID Grant No. AID-687-G-13-00003
Mots clés : Paludisme, traitement, efficacité.
Durée (mois) : 19
Budget total :
200 000$
La résistance de Plasmodium sp aux antipaludiques demeure une menace majeure aux stratégies de
lutte antipaludique. Face à l’émergence de P. falciparum résistants à l’artémisinine et dérivés en Asie du
sud-est, il est crucial de surveiller l’efficacité thérapeutique des combinaisons thérapeutiques à base
d’artémisinine (ACT) à Madagascar selon une méthodologie rigoureuse ; et de typer les marqueurs
génétiques de la résistance à l’artemisinine. Les données relatives à l’évaluation de l’efficacité thérapeutique
des antipaludiques sont un des éléments nécessaires à la révision de la politique de traitement
antipaludique.
Objectifs
L'objectif principal de cette étude est de documenter la réponse de Plasmodium sp au traitement par
ASAQ recommandé pour le traitement du paludisme non compliqué à Madagascar depuis 2006, puis
d’évaluer la réponse au traitement en termes d’efficacité parasitologique et clinique à J14, J28 et J42 sur la
population tout âge confondus ; de tolérance clinique ; de temps de clairance parasitaire et thermique ; et
d’évolution de la gamétocytémie.
Matériel & méthodes
Il s’agit d’une étude transversale, multicentrique (Mananjary, Farafangana, Kianjavato, Vohitromby). La
durée de suivi (pour chaque patient) était de 42 jours. Les participants inclus dans l’étude ont reçu le
traitement de 1ère ligne recommandé par le Ministère de la Santé Publique, à savoir la combinaison
artésunate + amodiaquine (ASAQ) pendant 3 jours (J0-J2). Le médicament à tester était l’artésunateamodiaquine comprimé du laboratoire IPCA.
Il a été prévu d’inclure 50 patients par site d’étude. Le recrutement des patients a été effectué lors du
dépistage passif du paludisme parmi les patients suspects du paludisme vus dans le centre de santé de
base. Par respect à la politique de lutte contre le paludisme en vigueur à Madagascar, le diagnostic
biologique du paludisme a été fait en utilisant le test de diagnostic rapide par bandelette réactive (RDT). La
microscopie a été par la suite effectuée pour les RDT positifs.
L’examen microscopique des frottis sanguins a été réalisé sur place. Pour le contrôle de qualité, 10%
des frottis sanguins ont été réexaminés à l’unité de recherche sur le paludisme de l’Institut Pasteur de
Madagascar (IPM). Des échantillons de sang sur buvard ont été collectés pour la confirmation et la détection
des marqueurs génétique de la résistance de P. falciparum notamment à l’amodiaquine et à l’artémisinine
selon des procédures communément utilisées à l’IPM.
La parasitémie du patient a été mesurée toutes les 6 heures le premier jour (J0), puis toutes les 12
heures le deuxième jour (J1), et enfin tous les jours à partir de J2. L’hémoglobinémie a été mesurée à J0,
J7, J28 et J42. Le patient a été hospitalisé pendant les 3 premiers jours de suivi, c’est-à-dire, à J0, J1 et J2
pour pouvoir réaliser les prélèvements sanguins pour la confection de frottis mince et goutte épaisse.
La présence d’événement indésirable a été recherchée par l’investigateur à chaque visite. En cas
d’événement indésirable grave, l’investigateur devait référer le patient à l’équipe médicale sur place dans le
centre de santé et particulièrement au médecin dirigeant le centre de santé. L’investigateur a pris toutes les
mesures appropriées pour assurer la sécurité des patients, notamment il devait suivre l’évolution de tout
événement indésirable (clinique, biologique ou autre…) jusqu’au retour à la normale ou jusqu’à consolidation
de l’état du patient.
81
Au total, 1553 patients ont été vus en consultation de juin à octobre 2014 dans les 4 sites d’étude. 244
ont été enrôlés. La moyenne d’âge des patients était de 8,8 ans avec 27,9% de moins de 5 ans (68/244),
60,2% de 5 à 14 ans (147/244) et 11,9% de plus de 15 ans (29/244). 61,1% (149/244) des patients avaient
une température supérieure ou égale à 37,5°C et la parasitémie moyenne était de 36361 parasites/µL de
sang à l’enrôlement.
Parmi les 244 enrôlés, 222 (91%) ont terminé le suivi de 42 jours. Durant cette étude, aucun échec
thérapeutique précoce n’a été constaté ; En revanche, un cas d’échec clinique tardif a été constaté à
Farafangana à J35 soit 0,5% par rapport au total des patients qui ont terminé le suivi de 42 jours, 6 (2,7%)
cas d’échec parasitologique tardif dont 1 à J35 et 1 à J42 à Farafangana et 4 à J42 à Vohitromby. Le taux de
réponse clinique et parasitologique adéquate sur cette étude était donc de 96,8% sans correction par PCR.
Impact
Les données relatives à l’évaluation de l’efficacité thérapeutique des antipaludiques sont un des
éléments nécessaires à la révision de la politique de traitement antipaludique. Le typage des marqueurs
génétiques de la résistance à l’artémisinine permettra de détecter précocement les parasites potentiellement
résistants à l’artémisinine et ses dérivés et aux ACT.
Publications & Communications orales et affichées : néant
82
Palu-Diagnostic Apport du diagnostic biologique dans le contexte de l’élimination du paludisme à
Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Milijaona
+261 20 22 412 72
23/01/2015
[email protected]
RANDRIANARIVELOJOSIA
Lieux des travaux :
Madagascar
- Sébastien BOYER, unité d’entomologie médicale, [email protected]
Date début : Janvier 2014
Date fin : Décembre 2014
Durée (mois) : 12
Financements :
USAID Grant No. AID-687-G-13-00003
Mots clés : Paludisme, diagnostic, microscopie, TDR, contrôle de qualité
Budget total :
12 000$
Dans le contexte de l’élimination du paludisme, diagnostiquer avant de traiter est l’idéal dans l’intérêt
individuel des malades. Aussi, dans l’intérêt de l’ensemble de la communauté, le recours au diagnostic
parasitologique est crucial pour le dépistage actif de l’infection plasmodiale en cas de recrudescence de la
maladie ou afin de générer des indicateurs utiles et utilisables pour asseoir les stratégies de lutte contre le
paludisme. Ainsi, l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est impliqué activement dans le contrôle de qualité
des tests de diagnostic rapide du paludisme (TDR) et dans la surveillance épidémiologique du paludisme au
sens large du terme.
Objectifs
Mettre à jour les indicateurs parasitologiques afin de guider les décideurs dans la réorientation des
interventions de lutte contre le paludisme aux niveaux local et national; et promouvoir sur la base de
l’évidence l’utilisation des TDR à Madagascar
Méthodes
Le contrôle de qualité de l’utilisation et des résultats des TDR est effectué dans les sites sentinelles
de surveillance de fièvres par les superviseurs du ministère de la santé publique et de l’IPM. Les résultats
obtenus sur site avec des lots de TDR stockés dans les structures de santé sont comparés à ceux des lots
de TDR conservés dans de bonnes conditions à l'IPM. Lors de chaque mission, les frottis sanguins (goutte
épaisse et frottis mince) sont confectionnés ; et des échantillons de sang sont collectés sur papier buvard.
La microscopie et la PCR en temps réel sont effectuées à l’IPM. La performance des TDR est évaluée par
comparaison à la microscopie et la RT-PCR.
L’IPM s’implique aussi dans l’investigation et la riposte lors des épidémies du paludisme. Notre équipe
assure ainsi le dépistage actif de l’infection plasmodiale. Aussi, dans un esprit de veille, nous avons
effectué un dépistage actif du paludisme à Mangasoavina (District d’Ankazobe et commune de
Talatan’Angavo)
Contrôle de qualité de l’utilisation et des résultats des TDR : le contrôle de qualité des TDR per se
a été effectué à l’IPM à la réception des lots de TDR avant de les envoyer dans les centres sentinelles. Le
contrôle de qualité sur site a été effectué dans 16 des 34 sites sentinelles pendant la saison de pluie avec la
participation de 443 patients vus en consultation pour fièvre et dans 7 sites sentinelles sur 34 pendant la
saison sèche sur 214 patients. Pendant la saison pluvieuse, la prévalence de l’infection palustre était de
19% par TDR (88/460) contre 10% (22/214) pendant la saison sèche. Le personnel de santé dans les sites
sentinelles a respecté les procédures pour la réalisation des TDR, fruit des séances répétées de formation
sur le TDR pour les responsables des centres sentinelles lors des missions de supervision. Les résultats des
TDR stockés et utilisés dans les sites sentinelles et ceux des TDR conservés dans des bonnes conditions à
l’IPM ont été concordants. La concordance entre TDR et la microscopie était bonne avec un coefficient de
Youden de 0,99 pendant la saison sèche et 0,91 pendant la saison pluvieuse. Le personnel de santé dans
les centres sentinelles de surveillance de fièvre et ceux qui sont en contact avec ces derniers admettaient
progressivement l’intérêt des TDR dans la lutte contre le paludisme à Madagascar.
Le dépistage actif de l’infection plasmodiale
En mars 2014, suite à un rapport suspectant une augmentation de cas de paludisme, une mission a été
effectuée à Mangasoavina (Ankazobe). 516 villageois (moyenne d’âge : 23,4± 20,7 ans) ont été examinés.
Le TDR (CareStartTM ) détectant pan-LDH et pfHRP2 a été utilisé pour dépister l’infection palustre. Sur les 47
83
patients avec TDR positifs (19,7%), 37 ont affirmé ne pas avoir effectué un déplacement hors du district
(Ankazobe) au moins au cours des trois derniers mois précédant l’enquête. La proportion d’individus infectés
qui déclarait dormir sous moustiquaire était de 89% (42/47) contre 11% (5/47) parmi ceux qui n’ont pas
dormi sous moustiquaire. L’utilisation des pièges lumineux CDC ont permis de recenser Anopheles funestus,
An. gambiae sl, An. Mascarensis. Ces données récentes confirment l’observation de l’année dernière
comme une « reconquête du paludisme » sur les hautes terres centrales (HTC).
Impact
Les données actuelles confirment la fiabilité des TDR CareStartTM . Dans le cadre de l’élimination du
paludisme, la facilité d’utilisation et la fiabilité des ces tests s’avèrent très importantes et permettent une
riposte rapide en cas de recrudescence et/ou d’épidémie. Malgré les années d'efforts et de programme
d'intervention contre le paludisme, la transmission du paludisme persiste à Madagascar.
84
PAUSENS
Projet d’Appui aux Secteurs Essentiels de l’Education Nutrition et Santé
Correspondant :
Fabienne RASOAMANAMIHAJA
Téléphone :
+261 20 22 412 72
Date de rédaction
30/01/2015
Responsable scientifique de l’IPM :
- Christophe ROGIER, Directeur, [email protected]
- Milijaona RANDRIANARIVELOJOSIA, unité Paludisme, [email protected]
- Vololomboahangy RAVAOALIMALALA, unité Helminthiases, [email protected]
- Patrice Piola, unité épidémiologie, [email protected]
Lieux des travaux :
Date début : 28/09/2014
Email :
[email protected]
Date fin : 19/01/15
Durée (mois) : 5
Régions projet
PAUSENS
Financement :
Budget total:
Banque Africaine de Développement
157.977€
Mots clés : Filariose - Schistosomiase - Géo helminthiases - prévalence Amoron’i Mania - Matsiatra
Ambony - Androy-Vatovavy Fitovinany - Atsimo Atsinanana
Dans la cadre du projet PAUSENS financé par la Banque mondiale, le programme de lutte contre les
maladies tropicales négligées (MTN) du Ministère de la santé publique (MSANP) mène des activités de poly
chimiothérapie préventive (traitement de masse en médicament, TMM) contre la filariose lymphatique
(population âgée de 2 ans et plus), ainsi que contre les schistosomiases et les géo helminthiases (population
d’âge scolaire, 5-15 ans) dans 24 districts de 5 régions où ces maladies sont co-endémiques. Afin de
rationaliser l’utilisation des ressources et d’apprécier à la fin du projet l’impact de la stratégie adoptée, il est
nécessaire d’évaluer la prévalence et l’importance des maladies concernées dans les populations
bénéficiant des interventions. Il serait aussi utile de mieux apprécier leurs facteurs de risque et leur
distribution dans la population générale (tous âges confondus).
Objectifs
- Les objectifs principaux de notre étude sont d’estimer dans 24 districts de 5 régions de Madagascar
(Amoron’i Mania, Matsiatra Ambony, Androy, Vatovavy Fitovinany, Atsimo Atsinanana) concernés par le
programme PAUSENS :
o
la prévalence de la filariose lymphatique au niveau de sites sentinelles et de sites de contrôle
préalablement choisis selon les recommandations de l’OMS et
o
la prévalence des schistosomiases et des géo helminthiases au niveau de ces districts.
- Objectifs secondaires :
o
Créer une base de données fiable qui servira de base d’informations à une étude à grande
échelle.
o
Estimer l’intensité de l’infection par les filaires lymphatiques, les schistosomes et les géo
helminthes, dans les mêmes sites d’étude.
o
Identifier les facteurs de risque de ces trois infections et évaluer l’importance des infections par
schistosomes et géo helminthes chez les individus plus âgés que ceux de la population cible du
projet PAUSENS.
Méthodologie de l’étude
- L'étude s’est déroulée dans 24 districts de 5 régions de Madagascar : Amoron’i Mania, Matsiatra
Ambony, Androy, Vatovavy Fitovinany et Atsimo Atsinanana.
- Les ménages et les personnes concernées par les recherches de filaires, de schistosomes et de
géohelminthes ont fait l’objet d’une collecte de données par questionnaire. Seules les personnes (ou leur
tuteur) ayant donné leur accord après information ont participé à l’étude.
- Les filarioses lymphatiques ont été recherchées la nuit (22h-2h), par gouttes épaisses examinées en
microscopie, chez 300 personnes âgées de 2 ans et plus, tirées au sort par cheminement aléatoire dans 33
sites (dits « sentinelles » ou « de contrôle ») choisis selon les critères de l’OMS.
- Dans chaque district, Schistosoma haematobium a été recherché par examen microscopique
d’urines (après filtration), et S. mansoni et les géohelminthes ont été recherchés par examen microscopique
de selles (après concentration). Les urines et selles ont été collectées chez 300 enfants âgés de 5 à 15 ans
et chez 60 individus âgés de plus de 15 ans tirés au sort par cheminement aléatoire au sein de 20 fokontany
tirés au sort avec une probabilité proportionnelle à leur taille.
85
Conclusion des résultats provisoires
 Infection par les Bilharzioses et les géo helminthes
L’infection causée par le Schistosoma haematobium avait une prévalence de 0,7% à 69,9% avec :
- 1/24 district classé méso endémique (Bekily)
- 23/24 districts classés hypo endémiques (les 23 autres districts)
L’infection causée par le Schistosoma mansoni avait une prévalence de 0,7% à 69,9% avec
- 2/24 districts classés hyper endémique (Befotaka, Ikalamavony)
- 14/24 districts classés méso endémiques (Ambalavao, Ambatofinandrahana, Ambohimahasoa,
Ambositra, Bekily, Fianarantsoa I, Fianarantsoa II, Ifanadiana, Ikongo, Manandriana, Mananjary,
Midongy Atsimo, Nosy Varika, Vondrozo)
- 8/24 districts classés hypo endémiques (Ambovombe, Beloha,Fandriana, Farafangana, Manakara,
Tsihombe,Vangaindrano, Vohipeno)
L’infections causée par l’Ascaris avait une prévalence de 0,3% à 75,9% avec :
- 13/24 districts classés hyper endémiques (Befotaka, Farafangana, Fianarantsoa I, Fianarantsoa II,
Ifanadiana, Ikongo, Manakara, Mananjary, Midongy Atsimo, Nosy Varika, Vangaindrano, Vohipeno,
Vondrozo)
- 11/24 districts classés hypo endémiques (Ambalavao, Ambatofinandrahana, Ambohimahasoa,
Ambositra, Ambovombe Androy, Bekily, Beloha, Fandriana, Ikalamavony, Manandriana, Tsihombe)
L’infection causée par l’Ankylostome avait une prévalence allant de 0,0% à 34% avec tous (24/24) les
districts hypo endémiques.
L’infection causée par le Trichocephale avait une prévalence allant de 0,3% à 94,0% avec :
- 11/24 districts classés hyper endémiques (Farafangana, Fianarantsoa I, Ifanadiana, Ikongo,
Manakara, Mananjary, Midongy Atsimo, Nosy Varika, Vangaindrano,Vohipeno,Vondrozo)
- 13/24 districts classés hypo endémiques (Ambalavao, Ambatofinandrahana, Ambohimahasoa,
Ambositra, Ambovombe Androy, Befotaka, Bekily, Beloha, Fandriana, Fianarantsoa II, Ikalamavony,
Manandriana,Tsihombe)
L’infection causée par le Hymenolepis avait une prévalence allant de 0,0% à 4,7%. Tous les 24 districts
étaient classés hypo endémiques.
L’infection causée par le Taenia avait une prévalence allant de 0,0% à 3,0%, tous les 24 districts étaient
classés hypo endémiques
La prévalence de l’infection causée par l’Oxyure dans les 24 districts était de 0,0% à 2,3%; tous les
districts étant classés hypo endémiques.
 Infection par la filariose lymphatique
Sur les 24 districts (33 sites sentinelles de base et sites de contrôle ponctuel) investigués, les résultats
des 19 districts sont disponibles ; les 5 districts restants sont en cours d’analyse.
- On retrouve des microfilaremies dans 8 des 19 districts, avec une prévalence variant de 0,2 à 1,2 %.
- Parmi ces 8 districts, deux avaient une prévalence ≥ 1% : Nosy Varika et Vondrozo.
Selon la recommandation de l’OMS(2008), la conduite thérapeutique de masse doit être fonction de la
classification (taux de prévalence) de l’infection dans chaque district.
Impact
Ces données serviront de mise à jour pour le programme de lutte contre les maladies tropicales
négligées (MTN) du Ministère de la santé, et devraient permettre de rationnaliser le traitement de masse
dans ces 5 régions d’intervention du projet PAUSENS.
Publications & Communication orale ou affichée : néant
86
Peste-ASM-MJG Suivi épidémiologique de la population du vallon Metzinger et ses abords à
Mahajanga
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Minoarisoa RAJERISON
+261 20 22 412 72
[email protected]
Responsable scientifique :
- Rogier Christophe, Directeur, [email protected]
- Ronan JAMBOU, ex-unité immunologie,
- Ines VIGAN, unité immunologie des maladies infectieuses, [email protected]
- Sébastien BOYER, unité entomologie médicale,[email protected]
- Alexandra BASTARAUD, laboratoire d’hygiène des aliments et
de l’environnement (LHAE), [email protected]
- Pascal HANDSCHUMACHER, IRD UMR 912 SESSTIM,
[email protected]
- Jean-Marc DUPLANTIER, CBGP, UMR 22, IRD, [email protected]
- Michael RAKOTONDRASOLO, IRCOD Mahajanga, [email protected]
Date début : Janv 2013
Date fin : Janv 2017
Durée (mois) : 48
Date de rédaction
30/01/2015
Lieux des travaux :
Vallon Meztinger,
Mahajanga,
Madagascar
Budget total :
58 980€
Financements : IRCOD
Mots clés : Peste, leptospirose, parasitose, assainissement, Madagascar
La mise en place d’infrastructures d’assainissement dans les quartiers défavorisés de Mahajanga
répond à des enjeux forts dans une ville caractérisée à la fois par une fréquence élevée de maladies eaudépendantes et par la circulation de maladies épidémiques liées à l’hygiène comme la peste et le choléra.
Chez les consultants de l’hôpital de Mahajanga, dépassant donc le seul cadre de la ville, les protozoaires
(47,7 %) et nématodes (23,4 %) étaient particulièrement fréquents. La sérologie amibienne était positive
chez 31,2 % des patients et les examens microscopiques étaient positifs dans 12,5 % des cas (Buchy P.,
2003). L’actualité est à la crainte d’épidémies de diarrhées et de zoonoses liées à la pullulation des rats, en
raison d’importantes lacunes et lenteurs dans le ramassage des ordures. La paralysie du service de
ramassage des ordures à Mahajanga en 1990 a été à l’origine de la prolifération de rongeurs qui a fait le lit
de la peste un an après.
La question de l’assainissement tant du point de vue de l’accès à l’eau potable, que de l’évacuation des
eaux usées et plus généralement de l’évacuation des déchets constitue un enjeu fort de santé publique. Par
sa dimension multiforme, la mise en place d’infrastructures d’assainissement peut alors générer un bénéfice
en terme de santé publique dans de multiples dimensions : modification de la fréquence et de la distribution
des affections digestives bactériennes et parasitaires, des diarrhées et de la malnutrition infantiles,
modification des dynamiques de populations de rongeurs réservoirs d’anthropozoonoses comme la peste.
Objectifs
Evaluer l’impact sanitaire de l’amélioration de l’accès durable à l’assainissement de base (latrines,
collecte d’ordures, information-éducation-communication dans le domaine de l’hygiène et de la santé), en
particulier sur (i) l’incidence des diarrhées, (ii) la prévalence des infections parasitaires intestinales
opportunistes, (iii) la séroprévalence de la leptospirose (iv) les densités de rats et de puces et ainsi que les
autres indicateurs de risque d’apparition de la peste et (v) la qualité de l’eau.
Méthodes
Population d’étude
L’étude a ciblé les ménages et leurs membres, habitant le vallon Metzinger et ses abords, bénéficiaires
ou non d’assainissement durable par ENDA/IRCOD, ainsi que ceux des zones voisines ne bénéficiant pas
de ces interventions.
Schéma d’étude
Le schéma d’étude visait à vérifier si les personnes et ménages ayant bénéficié des interventions
étaient moins à risque des maladies et infections investiguées, en faisant l’hypothèse que les effets des
caractéristiques socio-démographiques, environnementales, comportementales et sanitaires, potentiels
facteurs de confusion de l’évaluation de l’impact des interventions, seraient contrôlés au niveau de l’analyse
statistique.
87
En début et en fin d’étude, des ménages exposés aux interventions d’ENDA et des ménages nonexposés aux interventions d’ENDA ont été tirés au sort à partir des bases de sondage établis par ENDA et la
communauté. Une enquête a été réalisée auprès des membres de ces ménages.
Des captures de rats et des collectes de puces ont été organisées dans les mêmes ménages.
Les taux d’incidence des diarrhées, de prévalence des infections parasitaires opportunistes, de
séroprévalence de la leptospirose, et les densités de rats et de puces ainsi que les autres indicateurs de
risque d’apparition de la peste, devraient être comparés entre ménages avec et sans interventions, en tenant
compte, en analyse multivariée, des facteurs de confusion potentiels.
Résultats
Pour le volet parasitose, l’inclusion avant le début des installations a été effectuée en mai 2014. En
effet, 790 participants répartis dans 261 ménages issus de 14 fokontany ont été enquêtés et prélevés (selles
et sang). Les analyses sont en cours et devraient permettre d’évaluer l’incidence des diarrhées, la
prévalence des infections parasitaires intestinales opportunistes et la séroprévalence de la leptospirose.
Impact
Cette étude épidémiologique permettra de cibler l’action de façon plus efficace et cohérente, de mesurer
les incidences sur la santé des populations et de tirer des recommandations pour la lutte contre les maladies
liées à l’hygiène et l’assainissement. La mise en évidence de l’impact sanitaire de ces interventions
permettrait d’améliorer le plaidoyer pour leur pérennisation et de justifier l’approche communautaire dans
d’autres sites comparables.
88
Peste-ATB®
Surveillance de la sensibilité deYersinia pestis aux antibiotiques et
caractérisation de la nouvelle souche résistante à la streptomycine
Correspondant :
Email :
Téléphone :
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Faniry RAKOTOARIMANANA, unite peste, [email protected]
- Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unite peste, [email protected]
- Samuel ANDRIANALIMANANA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected]
- David WAGNER, Northern Arizona University,[email protected]
- Pr Adolphe RANDRIANTSOA (encadreur pédagogique), Faculté des Sciences,
Département de Pharmacologie
Date début : Novembre 2013
Date fin : Avril 2015
Durée (mois) : 17
Financements : IPM
Date de rédaction
20/02/2015
Lieux des travaux :
Madagascar
Budget total
Mots clés : Peste, Yersinia pestis, résistance aux antibiotiques, Madagascar
La résistance aux antimicrobiens survient dans toutes les parties du monde et concerne une gamme
croissante d’agents pathogènes. Les conséquences sont graves pour la santé humaine, d’autant qu’il y a
peu de produits de remplacement en perspective. Une des préoccupations majeures du programme national
de lutte contre la peste (PNLP) à Madagascar est la surveillance de la sensibilité des souches de Yersinia
pestis aux antibiotiques classiquement utilisables dans le traitement de cette maladie. Le PNLP
recommande la chimioprophylaxie des sujets contacts par des sulfamides et le traitement des malades par
la streptomycine relayée par des sulfamides. L’émergence d’une souche résistante à la streptomycine et
d’une souche multirésistante aux antibiotiques dans le sud des hautes terres en 1995 et la re-émergence
d’une autre souche résistante à la streptomycine en 2013 constituent une menace pour la santé publique et
impose une grande vigilance et un renforcement de la surveillance. Notons qu’actuellement, aucun autre
schéma de traitement n’est proposé par le PNLP. Cette étude fait l’objet d’un sujet de mémoire de Mlle
Faniry Rakotoarimanana et entre dans le cadre de la surveillance de routine du Laboratoire central de la
peste (LCP).
Objectifs
- Surveiller l’efficacité des antibiotiques recommandés par le PNLP
- Caractériser l’origine et le mécanisme de la résistance à la streptomycine de la nouvelle souche de Y.
pestis 56/13 et comprendre les mécanismes moléculaires de la résistance chez les deux souches de Y.
pestis résistantes (multirésistante MDR 17/95 et résistante à la streptomycine)
- Comparer les effets de la ciprofloxacine avec celle de la streptomycine sur Y. pestis in vitro et in vivo.
Méthodes
Test in vitro et in vivo
- Test de sensibilité aux antibiotiques de la souche d’intérêt par méthode de diffusion du disque
d’antibiotiques
- Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) de la streptomycine (SM) et de la
ciprofloxacine (Cip) vis-à-vis des souches de Y. pestis sensibles et résistantes testées : E-test et
microdilution en milieu liquide
- Comparaison des effets de SM et Cip in vivo sur modèle souris après infection expérimentale par voie
parentérale de Y.pestis : i) au niveau de la température, ii) au niveau de la bactériémie : prélèvement
sanguin au niveau de la veine caudale et mise en culture sur CIN quotidiennement pendant toute la durée
du traitement, iii) au niveau du taux de survie des animaux infectés. Ces tests sont effectués en traitement
précoce et en traitement tardif.
Mécanisme génétique de la résistance
- Test de transfert de plasmide par conjugaison
- Recherche des gènes de résistance par PCR
- Extraction et séquençage de l’ADN plasmidique de la souche 56/13 en vue d’étude comparative avec
celui de la souche multi-résistante (MDR) 17/95
Sur les 168 isolats de Y. pestis (167 humains et 1 rat) testés en 2014, aucun phénomène de résistance
n’a été détecté vis-à-vis des 6 antibiotiques testés (Streptomycine (SM), Gentamycine G, Tétracycline (Tet),
Sulfaméthoxazole-trimetoprime (Sul), Chloramphénicol (C), Ampicilline (Amp)). De 1926 à 2014, sur les
89
5728 isolats en collection, 3 seulement ont été identifiées résistantes à la Sm, antibiotique recommandé par
le PLNP pour le traitement de la peste.
Pour l’étude sur la souche résistante 56/13, les antibiogrammes ont confirmé que cette souche était
résistante à la SM avec un diamètre de la zone d’inhibition quasiment nul. La détermination de CMI a révélé
un très haut niveau de résistance à SM de la souche 56/13 (CMI > 3200µg/ml).
Pour l’étude in vivo de ces deux antibiotiques, la Cip en traitement précoce a éliminé les bactéries du
sang à partir du quatrième jour de traitement. Le sang et la rate ont été complètement stérilisés à la fin du
traitement chez toutes les souris ayant survécu. La température s’est stabilisée au bout de deux jours de
traitement. Des effets similaires ont été obtenus avec les souris traitées par l’antibiotique de référence SM.
Comme pour la SM, le temps d’initiation du traitement et l’optimisation des effets antibactériens sont
étroitement liées : le taux de survie était nettement plus élevé pour les traitements précoces, 83 et 92%
respectivement pour Cip et SM ; qu’en traitement tardif, respectivement 58 et 50%.
traitement précoce
traitement tardif
% de survie
% de survie
120
120
100
100
80
80
SM
60
40
CIP
60
40
20
20
Eau
physiologique
0
0
2
4
0
0
6
jours post
infection
innoculation
1
2
3
4
5
6
jours post infection
début traitementt
traitement
innoculation
début traitement
Figure 1 : Courbes de survie des souris (N=60) infectées avec Y.pestis sensible aux
antibiotiques, traitement précoce/tardif avec SM et Cip
Le gène responsable de cette résistance à la SM est porté par un plasmide transférable. Le
séquençage du génome des souches 56/13 et 17/95 est en cours pour déterminer le ou les gènes de
résistance. L’analyse du mécanisme impliqué dans la résistance est à entreprendre.
Impact
Les données génétiques vont permettre de vérifier si il existe un lien entre la souche de Y.pestis
résistante isolée en 2013 et la souche MDR isolée en 1995.
Ces résultats montrant l’efficacité de la ciprofloxacine pour le traitement de la peste pourront
suggérer au PNLP l’établissement d’un profil de traitement alternatif à la streptomycine et pourront aussi
intéresser les cliniciens en cas d’échec ou d’inaccessibilité de cet antibiotique.
90
Peste-FAS
Peste asymptomatique et rôle du système immunitaire de l’hôte
Correspondant :
Email :
Téléphone :
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Samuel ANDRIANALIMANANA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected]
- Ronan JAMBOU, unité immunologie,
- Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unité peste,[email protected]
- Maherisoa RATSITORAHINA, unité épidémiologie, [email protected]
- Elisabeth Carniel, Unité des Yersinia, IP Paris, [email protected]
- Alzira Maria Paiva de Almeida, SRP Fiocruz, Brésil,
[email protected]
- Manuel Jesús Céspedes Zambrano, INS Pérou, [email protected]
Date début : novembre 2012
Date fin : octobre 2015
Durée (mois) : 36
Financements :
ACIP-A21//2012
Mots clés : Peste, asymptomatique, réponse, immune, Madagascar
Date de rédaction
30/01//2015
Lieux des travaux :
Madagascar
(foyers HauteTerre)
Budget :
32.000 €
La peste est connue comme une maladie extrêmement grave avec un taux de mortalité élevé chez les
humains. Plusieurs évidences passées et récentes suggèrent que les formes asymptomatiques de la peste
peuvent exister, mais ces formes possibles sont rares, inconnues ou ignorées. Madagascar déclare chaque
année des cas de peste humaine grâce à son système de surveillance fonctionnel et efficace ainsi qu’à son
infrastructure en place. Madagascar est probablement le meilleur endroit au monde pour déterminer
l’existence et la fréquence de ces formes sub-cliniques. Etant donné que les résultats peuvent varier en
fonction du contexte épidémiologique, étendre l’étude aux foyers pesteux du Brésil (un foyer de peste qui
apparaît actuellement silencieux) et du Pérou (situation intermédiaire entre Madagascar et le Brésil) pourrait
accroître l’intérêt des résultats de cette étude. Le projet a nécessité la collecte de sang humain pour
confirmer l'exposition à Yersinia pestis, et étudier la réponse immune humorale et cellulaire contre Y. pestis
chez les humains. Cette dernière composante de la réponse immunitaire a été jusqu'à présent peu étudiée
chez l'homme.
Objectifs
- Chercher l’existence de formes asymptomatiques de peste.
- Caractériser la réponse immunitaire cellulaire des individus asymptomatiques exposés à la peste.
Méthodes
La recherche de la forme asymptomatique de la peste a commencé par l’identification d’individus qui
n’ont jamais eu d’antécédent d’infection pesteuse, mais produisent de l’anticorps contre la peste.
Cette approche peut avoir au moins deux biais: i) la présence d'anticorps spécifiques de Y. pestis peut
être due à une infection ancienne déjà oubliée, ii) les réactions croisées possibles avec les antigènes nonpestis pourraient produire une sérologie faussement positive. Trois approches ont été adoptées pour éviter
ces biais:
- Collecte de paires de sérum sur chaque participant tiré au sort: un avant la saison de haute
transmisison de la peste et un autre après la saison. La recherche d’anticorps IgG anti-F1 a été
effectuée. Une séroconversion au cours de cette période, sans signe clinique de peste évoque une
infection asymptomatique.
- Développement d’autres techniques de confirmation (ELISA et Western blot): pour éliminer les faux
positifs en raison des réactions croisées entre l’antigène F1 et les antigènes non-pestis, d’autres
antigènes spécifique à Y. pestis ont été utilisés (IP Paris).
- Evaluation de la réactivité du système immunitaire contreY. pestis par l’étude de la réponse cellulaire
des personnes qui ont présenté une séroconversion.
Le projet a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé.
Au total, 534 paires (T1 et T2) de plasma et de cellules (en deux exemplaires chacune) ont été
collectées et conservées. Les plasmas recueillis ont été testés en ELISA IgG anti-F1 après chaque période
et avec le même lot d’antigène (tableau 1). La sérologie des participants présentant une séroconversion
(négatifs-positifs et positifs-négatifs) a été refaite en un seul lot pour avoir une homogénéité technique entre
91
les deux périodes. Ensuite, une inhibition de l’IgG anti-F1 avec le même antigène a été effectuée avant un
deuxième ELISA pour confirmer la spécificité de la réaction vis-à-vis de l’antigène F1. Les positifs avec ce
dernier test ont été considérés comme confirmés. Une confirmation avec d’autre antigène spécifique de Y.
pestis sera effectuée à Paris.
Tableau 1: Récapitulation de l’ELISA IgG anti-F1 sur les pairs de plasmas (avant et après saison pesteuse)
T1
T2 (après saison: juillet 2014)
(Av saison oct
2013)
Abs
Négatifs
Positifs
Total
Négatifs
14
146
505
665
Positifs
3
3
12
18
Total recruté
149
508
26
683
Abs : absent lors de la période T2
Au total 14 participants ont présenté une séroconversion négatif-positif. L’analyse des facteurs
d’exposition à la peste nous indique que 2 cas ayant été en contact avec un malade pesteux ont reçu le
traitement chimioprophylactique et ont donc été éliminés des formes asymptomatiques (formes
« décapitées » d’infection). Etant donné que la forme asymptomatique de peste est inhabituelle, ce nombre
important mérite une confirmation bien fondée d’où l’intérêt d’utiliser d’autres cibles. Néanmoins, la
spécificité de ses réponses anticorps anti-F1 a été prouvée par test d’inhibition avec l’antigène F1.
La caractérisation de la réponse cellulaire chez les cas présentant une séroconversion est en cours.
Impact
Ce projet devrait permettre d'améliorer notre compréhension de la circulation de la peste et de la
réponse à médiation cellulaire de l’hôte humain après cette infection. Si les cas asymptomatiques sont
confirmés, cela donnerait une occasion sans précédent de préciser les conditions qui feraient qu’un contact
infectieux se transformerait en maladie ou en immunisation silencieuse. Cette information pourrait avoir
d'importantes conséquences pratiques, car il peut conduire à des changements dans le système de
surveillance de la peste.
92
Peste-RR
Etude de la réponse immunitaire lors d’une infection pesteuse : interaction hôte
animal et Yersinia pestis
Correspondant:
Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Ronan JAMBOU, unité immunologie,
- Jean-Yves COPPEE / Guillaume SOUBIGOU, PF2 Institut Pasteur
Date début : Janvier 2012
Date fin : Décembre 2013
Durée (mois) : 24
Financements :
Projet interne (IPM)
Mots clés : Peste, résistance, expression gène, Rattus rattus, Madagascar
Date de rédaction
27/01/2015
Lieux des travaux :
IPM, Betafo
Miandrivazo et
Toamasina
Budget total :
7 500€
Malgré les connaissances détaillées de la façon dont Yersinia pestis tue ses hôtes, nous ne savons
toujours pas comment cet agent pathogène très virulent pourrait persister à des niveaux faibles dans les
populations naturelles de petits mammifères pendant plusieurs années, pour réapparaître de façon
sporadique et provoquer des épizooties de grande ampleur. Par ailleurs, le rat noir est la seule espèce
susceptible de jouer le rôle de réservoir de la peste sur les hautes terres centrales (HTC) malagasy, mais
très peu d’études ont été menées chez la population de rat noir, Rattus rattus. Cette étude a été menée afin
de décrire les mécanismes de défense immunitaire du rat noir, notamment la sensibilité génétique et
l’acquisition de l’immunité afin d’apporter les informations nécessaires quant au rôle de R. rattus dans le
maintien du cycle de la maladie.
Objectifs
Cette étude vise à caractériser les réponses développées chez le rat noir après infections
expérimentales par Y. pestis. Elle concerne plus particulièrement : i) la sensibilité génétique par
comparaison de la réponse innée inflammatoire chez R. rattus issus de zone non endémique et endémique
de peste, ii) l’acquisition de l’immunité par évaluation du rôle protecteur de la réponse humorale des rats de
terrain et des F1-F2 issus de ces rats iii) les gènes impliqués dans la modulation de la réponse
immunologique par une étude transcriptomique des ARNm des leucocytes après inoculation expérimentale.
Méthodes
- Echantillonnage des rats sur le terrain dans les différentes régions de Madagascar et établissement de
F1 et F2
- Analyse du transcriptome des leucocytes des rats après inoculation des bactéries (rats de Toamasina
et Betafo)
- Confirmation par Q-PCR des gènes d’intérêt analysés en transcriptome
- Détection de cytokines extracellulaires sur Magpix Luminex par utilisation d’un kit Novex Rat Cytokine
Magnetic 10-Plex Panel for simultaneous quantitative determination of GM-CSF, IFN-γ, IL-1α, IL-1β,
IL-2, IL-4, IL-6, IL-10, IL-12 (p40/p70) and TNF-α.
Une analyse préliminaire du transcriptome des PBMC à J5 post-infection a montré une activation
différentielle des voies de l’inflammation et de l’apoptose selon l’origine géographique du rat qui pourrait être
liée à la résistance. L’amplification des gènes d’intérêt (Bcl-2, caspase 3, caspase 8, Tumor necrosis factor
(Tnf), Promyelocytic leukemia (Pml), Heme oxygenase 1 (Hmox1), ubiquitine, CXCL10)par Q-PCR a montré
qu’ils étaient fortement exprimés chez les rats provenant de Toamasina comparés à ceux provenant de
Betafo. Cette forte expression chez les rats sensibles confirmerait l’activation de la voie des TNF et de
l’apoptose. L’expression élevée du gène Heme oxygenase1 pourrait aussi être liée à l’hypoxie des cellules.
Les cytokines produites ont été mesurées dans les plasmas obtenus à J5 après infection des rats F1
provenant de Betafo et de Toamasina. Chez les rats de Betafo (zone endémique), IFN-gamma, IL-12 et IL-2
étaient exprimés de façon significative alors que IL-1 alpha et IL-1 beta l’étaient chez les rats originaires de
Toamasina (zone non endémique).
Ces résultats obtenus sur un très faible échantillon nécessitent d’être vérifiés.
Impact Ces résultats suggèrent des mécanismes de résistance du rat noir à la peste et une sélection des
rats résistants à la bactérie en zone d’endémie pesteuse.
93
PorHumINF
Evaluation du risque d’infection par les virus grippaux dans une population
exposée aux porcs
Correspondant :
Jean-Michel HERAUD
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Norosoa RAZANAJATOVO, unité de virologie, [email protected]
- Lalaina NOMENJANAHARY, unité de virologie, [email protected]
- Judicaëlle IRINANTENAINA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Vincent RICHARD, Institut Pasteur de Dakar
- Emmanuel NAKOUNE, Institut Pasteur de Bangui
Date fin : 28/02/2015
Financements :
Institut Pasteur (ACIP : A-23-2012)
Date de rédaction
12/01/2015
Lieux des travaux :
Imerintsiatosika
Durée (mois) : 24
Budget total :
16 600 €
Mots clés : Grippe, Homme, Porc, Transmission
La transmission de maladies de l’animal à l’homme est un sujet majeur de santé publique avec le risque
d’émergence de nouveaux agents pathogènes pour l’homme. Les virus grippaux sont un bon exemple de
transmission d’un virus zoonotique, et le porc est connu pour être à l’origine de réassortiments de nouveaux
virus grippaux. Il apparaît donc important de développer des activités de surveillance et de recherche dans
des fermes d’élevage de porcs pour identifier précocement l’émergence de nouveaux virus grippaux.
Objectifs
L’objectif principal de ce travail était de contribuer à une meilleure connaissance de l’histoire naturelle
des virus grippaux et de leur transmission entre le porc et l’homme (transmission potentiellement bilatérale).
Méthodes
Il s’agit d’une étude prospective multicentrique de 2 ans en milieu professionnel ciblant la filière
d’élevage des porcs à laquelle sont adossées 2 études cas/témoins à l’inclusion et en fin d’étude afin de
mesurer les niveaux de prévalence de l’infection par un virus grippal. Le suivi a été réalisé au niveau de la
commune rurale d’Imerintsiatosika (30km à l’Ouest d’Antananarivo). Des informations sociodémographiques
ont été récoltées auprès des professionnels travaillant dans la filière d’élevage des porcs et un suivi
biologique a été effectué.
Pour Madagascar, depuis le début du projet, 88 professionnels et témoins, et 205 porcs issus de
différentes fermes d’élevage ont été inclus. Aucun cas d’infection par un virus grippal n’a été détecté que ce
soit chez l’homme ou chez l’animal. La mise en évidence d’anticorps totaux dirigés contre le virus grippal de
type A avait montré une prévalence de 15,2% (31/204) chez les porcs et de 98,9% (87/88) chez l’homme
(cas et témoins confondus). Afin d’augmenter les chances de détecter un virus grippal chez le porc, un suivi
hebdomadaire durant la saison grippale avec prélèvement nasopharyngé aléatoire des animaux inclus a été
réalisé. Aucun virus grippal n’a pu être mis en évidence.
Conclusion
Le suivi des fermes d’élevage de porcs en vue d’évaluer la transmission des virus grippaux entre
l’homme et le porc est toujours en cours, et les résultats sérologiques préliminaires indiquent que la quasitotalité des personnes testées a déjà été en contact avec des virus grippaux de type A, ainsi qu’environ 15%
des porcs. Les analyses statistiques seront réalisées à la fin de l’étude pour évaluer le risque de
transmission.
Impact
Outre le projet de recherche sur la transmission inter-espèce des virus grippaux, cette étude nous
permet de valider des outils de surveillance animale dans des fermes d’élevage à Madagascar, qui pourront
s’appliquer à d’autres maladies, que ce soit zoonoses ou maladies purement animales ayant un impact
économique.
Publications & Communications orales ou affichées: néant
94
PRIZM
Zoonoses des rongeurs : facteurs environnementaux et socio-économique
associés aux risques (étude à l’échelle du paysage)
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Date de rédaction
Sandra TELFER
+261 20 22 412 72
29/01/2015
[email protected]
Lieux des travaux :
MORAMANGA
- Inès VIGAN, unité immunologie des maladies infectieuses, [email protected]
- SteveGOODMAN, Vahatra, Madagascar
- RasoloheryANDRIAMBOLANTSOA, Conservation International
- MatthewBAYLIS, University of Liverpool, UK
Date début : aout 2011
Date fin : aout 2016
Durée (mois) : 60
Financement : Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016)
Mots clés : Zoonoses, rongeurs, environnement, risque, Madagascar
Budget total :
227 941€
+110 000€
La plupart des maladies émergentes dans le monde sont celles véhiculées par les animaux dont les
animaux sauvages constituent les réservoirs importants. L’accroissement en effectif de ces derniers forme
une menace pour la prolifération des maladies zoonotiques. Les rongeurs se trouvent au premier rang de
ces réservoirs. Leur caractère commensal avec une large distribution facilite le transfert des maladies entre
eux et autres espèces sauvages, le bétail et les humains.
Les maladies zoonotiques sont plus menaçantes dans les pays en voie de développement, où
beaucoup de cas ne sont pas déclarés. La vulnérabilité à ces maladies est influencée par des facteurs
environnementaux et socio-économiques dont les changements climatiques et l’exploitation des nouveaux
terrains qui peuvent changer les risques d’infection. Les relations entre les différents facteurs socioenvironnementaux et le risque de maladie zoonotique sont encore mal connues, en particulier à des échelles
locales. Ces échelles sont capitales à la compréhension et à l’atténuation des risques car le processus
fondamental de la transmission (à la fois au sein des populations d'hôtes réservoirs et entre réservoirs et les
humains) se produit à cette échelle.
Le projet permettra d'examiner comment les facteurs socio-environnementaux contribuent au risque de
zoonoses des rongeurs à Madagascar. Les données archivées et historiques des incidences de la peste
humaine à Madagascar, les nouvelles données sur les rongeurs et les infections de l'homme dans divers
paysage, et les échantillons de rongeurs seront analysés. Le projet traitera 4 pathogènes véhiculés par les
rongeurs dont Yersinia pestis responsable de la peste, Leptospira sp responsables de leptospiroses,
Hantavirus et Ricketsia typhi responsable du typhus murin.
Objectifs
- Déterminer comment le climat, l'habitat et le paysage affectent la dynamique hôte-pathogène dans les
populations de rongeurs en tenant compte de toute une gamme de pathogènes à différentes voies de
transmission.
- Evaluer l'importance relative des facteurs environnementaux et socio-économiques pour le risque
d'exposition humaine à ces pathogènes et vérifier si les relations entre ces facteurs et les pathogènes
varient.
- Développer des modèles spatiaux pour identifier les populations à haut risque.
Méthodes
Enquête à l’échelle du paysage
Pour cette étude, des captures de rongeurs et leurs prélèvements ont été effectués dans 4 communes
du district de Moramanga. Trois types de localités ont fait l’objet d’échantillonnage: forêt, localités proches
de la forêt et localités éloignées de la forêt. Pour chaque site, 10 lignes de 12 pièges grillagés et 3 lignes de
11 pièges « pitfalls » ont été déposées. Un suivi longitudinal, incluant saison sèche et humide, a été effectué
en 2014. Une enquête et des prélèvements chez l’Homme commenceront en 2015.
95
Analyse des échantillons biologiques
Le portage de Y. pestis a été recherché sur des échantillons de rate de micromammifères (par TDR,
bactériologie et sérologie). Les échantillons de rein ont été utilisés pour la recherche de Leptospira sp
(bactériologie et PCR). Le portage de Hantavirus a été cherché par PCR par pool de 3 échantillons, puis par
individu sur les pools positifs.
Résultats
En 2014, trois communes (Andasibe, Ambohibary et Ampasipotsy Gard) dans le district de Moramanga
ont fait l’objet d’échantillonnages. Quatorze sites situés en forêt et/ou village ont été visités. Au total, 2378
micromammifères appartenant à 13 espèces ont été capturés : 3 espèces introduites (Rattus rattus (RR),
Rattus norvegicus (RN) et Mus musculus (MM)), 3 espèces endémiques (Eliurus sp.(EL), Nesomys sp (NE).
et Brachyuromys sp.(BR)), 5 espèces de Tenrecidae (Setifer setosus (SS), Tenrec ecaudatus
(TE),Hemicentetes semispinosus (HM), Oryzorictes hova (OR) et Microgale sp. (MI)) et 2 Soricidae (Suncus
murinus (SM) et Suncus etruscus (SE)). La proportion d’individus par espèce est illustrée dans la figure 1. Le
taux de portage global de puces était de 0,4.
Sur 280 prélèvements de reins mis en culture pour la recherche de leptospirose, 36 (12,8%) ont
présenté des aspects de culture suspecte, mais une seule souche de leptospire a été isolée et confirmée.
Cinquante (soit 17,8%) ont présenté des résultats positifs par Q-PCR ciblant le gène Lip32.
Pour la recherche de Y. pestis, 2205 échantillons de rates ont été testés en TDR de détection
d’antigène F1, 83 (3,7 %) étaient positifs. Une souche de Y. pestis avait été isolée sur ces 83 échantillons
positifs en TDR. La recherche d’anticorps anti-F1 a été effectuée sur 1980 sérums de petits mammifères. La
prévalence globale en anticorps IgG anti-F1 était de 4,1%. Trente échantillons de rate par site ont été tirés
au sort pour la recherche de Hantavirus, 10 pools par sites ont été constitués. Sur 74 pools testés, 60% ont
été identifiés positifs par PCR, l’analyse par individu est en cours.
Des analyses d’autres endoparasites et l’identification des ectoparasites, vont être effectuées.
Figure 1 : Proportion d’espèces capturéesen 2014
Impact
Ce projet nous a permis de réaliser une surveillance régulière de la peste murine dans le district de
Moramanga. Il apportera principalement une meilleure compréhension des rôles des facteurs socioenvironnementaux dans le risque de transmission de maladies zoonotiques transmises par les rongeurs à
Madagascar.
96
RIFT-Antsohihy
Compréhension des mécanismes de transmission de la Fièvre de la Vallée du
Rift dans un site pilote de Madagascar
Correspondants :
- Soa Fy ANDRIAMANDIMBY
- Marie-Marie OLIVE
Email :
[email protected]
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Sébastien BOYER, unité entomologie médicale, [email protected]
- Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité épidémiologie, [email protected]
Date de rédaction
18/01/2015
Lieux des travaux :
Antsohihy
- Cécile VIGNOLLES, Centre National d'Etudes Spatiales (CNES), France
- Véronique CHEVALIER, CIRAD, UR AGIRs, France
- Jean-Pierre LACAUX, Laboratoire d’Aérologie, CNRS/ Université Paul Sabatier, France
Début : 1/09/2014
Fin : 31/12/2016
Durée (mois) : 27
Financement :
CNES ; Projet Internet IPM ; Grant Dedonder Clayton
Budget total :
44 000€
Mots clés : Fièvre de la Vallée du Rift, vecteurs, Mécanismes de transmission, télédétection,
Madagascar
La Fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une arbovirose zoonotique affectant principalement les
ruminants domestiques et provoquant des épizooties sévères (avortement, augmentation de la mortalité
chez les jeunes ruminants). L’homme peut être infecté par piqûre de moustiques ou par contact direct avec
des produits issus d’animaux infectés (avortons, sécrétions). Les vecteurs du virus de la FVR (VFVR) sont
nombreux (EFSA, 2005). A Madagascar, le VFVR a provoqué des épidémies et épizooties en 1990-1991,
puis en 2008-2009.
Malgré les nombreuses études menées depuis la dernière épizootie à Madagascar, les conditions et
facteurs d’émergence, de persistance et de dissémination virale dans les différents écosystèmes, demeurent
inconnus.
Le projet ZORA/FAO-RVF s'attache à comprendre et expliquer l'épidémiologie de la FVR à l'échelle
nationale de Madagascar. Cependant, des travaux spécifiques à chacun des écosystèmes sont nécessaires
pour comprendre les mécanismes de transmission du VFVR à l'échelle locale et proposer des méthodes de
lutte appropriées à chacune des zones de Madagascar.
L’écosystème identifié au départ était situé au Sud-Ouest de Madagascar car des séroconversions
avaient été observées en 2010-2011. Le VFVR semblait s’être installé dans un environnement composé de
mares temporaires, permanentes où l’élevage de ruminants était conséquent. Cependant l’analyse réalisée
dans le cadre du projet ZORA/FAO-RVF a montré une situation relative à la FVR, peu claire dans cette
région (pas d’évolution de la séroprévalence en fonction de l’âge) et que l’environnement sec du Sud-Ouest
était défavorable à la transmission du VFVR chez l’humain et les bovins.
Objectifs
Cette étude a pour objectif la compréhension des mécanismes mis en jeu dans le cycle de
transmission, l’estimation des paramètres de transmission et les risques d’émergence de la FVR dans un
site pilote de Madagascar :
- une étude de terrain et l’analyse des données récoltées permettront l’identification des facteurs clés
(entomologiques, virologiques, épidémiologiques) impliqués dans le cycle de transmission du VFVR;
- une étude de télédétection permettra d’identifier les changements de l’environnement (évolution des
mares, changement de la végétation) et les changements climatiques au niveau local (pluviométrie,
température) associés à l’émergence du VFVR
Méthodes
L’année 2014 a été consacrée à la réévaluation du choix du site où les travaux seront mis en place.
Ainsi, afin de s’assurer que nous travaillerons dans une zone où la FVR est endémique chez les
ruminants et ainsi décrire et identifier les composantes entomologiques et environnementales associées à
cette circulation endémique nous avons réévalué la situation relative à la FVR dans les différents
écosystèmes de Madagascar.
Des enquêtes et prélèvements ont été réalisés d’avril à juin 2014, dans 5 districts appartenant à des
écosystèmes différents de Madagascar:
- Antsohihy (AHH ; écosystème sub-humide du moyen ouest);
- Tsiroanomandidy (TDD ; écosystème humide des hauts-plateaux);
97
- Morombe (MRB ; écosystème semi-aride du sud-ouest);
- Tulear (TOL ; écosystème semi-aride du sud-ouest) ;
- Farafangana (FAR ; écosystème humide du sud-est).
Afin de déterminer si la transmission du VFVR se faisait toujours chez les ruminants depuis les
épizooties de 2009 (et donc si la circulation est enzootique) nous avons ciblé les animaux nés après 2009.
Ainsi, dans chacun des sites nous avons échantillonné 30 animaux des classes d'âge de [0-1an]; ]1-2ans];
]2-3ans]; ]3-4ans]; ]4- 5 ans]. Nous avons également échantillonné 100 animaux de la classe d'âge de plus
de 5 ans. Dues à des problèmes de réactifs, seule une partie des sérums a pu être analysée, nous avons
donc ciblé les prélèvements venant d’animaux d’âges inférieurs à 4 ans. Au total, 635 des 1309
prélèvements obtenus ont été analysés.
Les résultats préliminaires montrent des individus de moins de
2 ans séropositifs (donc probablement infectés entre 2012 et 2014)
dans les sites d’AHH, TDD, TOL et FAR (Tableau). Cependant,
nous observons une augmentation de la séroprévalence (SP) avec
l’âge statistiquement significative seulement dans les sites d’AHH et
TDD (p<0.05 pour les deux sites).
Le site d’Antsohihy semble le plus adéquat pour mettre en
place une étude à l’échelle locale : (1) nous observons des
individus de moins de 2 ans séropositifs ; (2) nous observons une
augmentation statistiquement significative de la SP avec l’âge
(p<0.05) ; (3) le site semble favorable aux vecteurs (zone humide,
points d’eau temporaires et permanents, rizières ; figure 2) ;(4) le
district est une zone de rassemblement de zébu (marché) et donc
potentiellement à risque diffusion de FVR.
L’étude qui sera mise en place contribuera à une meilleure
compréhension des facteurs favorisant le maintien et la circulation
du VFVR dans la région d’Antsohihy. La circulation du virus étant
dépendante de facteurs socio-économique (systèmes d’élevage,
commerce de ruminants), environnementaux et climatiques (dont
dépendent la dynamique des vecteurs), nous aurons donc une
approche pluridisciplinaire prenant en compte ces facteurs. Ainsi,
des enquêtes épidémiologiques (suivi sérologiques de bovins et de
petits ruminants, des pratiques d’élevage), un suivi entomologique
dynamique (captures de moustiques tous les mois en saison des
pluies et tous les 3 mois en saison sèche) et un suivi de
l’environnement (suivi des mares et de la végétation par
télédétection, validations de terrain) seront mis en place en 2015
pour une durée d’un an.
ANSTOHIHY
[0 - 1]
TRANCHE
]1 - 2]
AGE
]2 - 3]
(année)
]3 - 4]
FARAFANGANA
[0 - 1]
TRANCHE
]1 - 2]
AGE
]2 - 3]
(année)
]3 - 4]
MOROMBE
[0 - 1]
TRANCHE
]1 - 2]
AGE
]2 - 3]
(année)
]3 - 4]
TSIROANOMANDIDY
[0 - 1]
TRANCHE
]1 - 2]
AGE
]2 - 3]
(année)
]3 - 4]
TULEAR 2
[0 - 1]
TRANCHE
]1 - 2]
AGE
]2 - 3]
(année)
]3 - 4]
TOTAL GENERAL
Positif Total SP
12 123 9,8
1 31 3,2
2 31 6,5
3 30 10,0
6 31 19,4
10 133 7,5
2 40 5,0
1 32 3,1
5 30 16,7
2 31 6,5
4 124 3,2
31 0,0
31 0,0
1 31 3,2
3 31 9,7
14 128 10,9
33 0,0
3 29 10,3
4 31 12,9
7 35 20,0
17 127 13,4
3 31 9,7
3 33 9,1
8 32 25,0
3 31 9,7
57 635 9,0
Impact
Cette étude en cours s'attache à comprendre et expliquer l'épidémiologie de la FVR à l'échelle nationale
de Madagascar afin d’en améliorer éventuellement le contrôle.
98
SENTFI
Réseau de surveillance sentinelle des maladies à potentiels épidémiques à
Madagascar
Correspondants :
Email :
Téléphone :
- Patrice PIOLA
+261 20 22 412 72
15/01/2015
[email protected]
- Laurence RANDRIANASOLO [email protected]
Lieux des travaux :
- Toky RAMAROKOTO, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Judith HEDGE, CDC Resident Advisor in Madagascar
- Programme national de lutte contre le paludisme
- Direction des Urgences et de la Lutte contre les Maladies Négligées
- Service de Surveillance Epidémiologique
Date début : 10/04/2007
Date fin: Activité continue
Financements :
- President’s Malaria Initiative (PMI) via RTI International - Subcontract
number : 18-330-0210502
- CoAgreement CDC- 1 U01 GH000077-01
- CoAgreement CDC 5U01 GH000077-02
- USAID n°AID-687-G-13-00003
Mots clés : Surveillance, SMS, fièvre, Madagascar
Budget 2014-2015 :
261 081€
L’épidémie de Dengue et de Chickungunya, dans les régions nord et Est de Madagascar en 2006,
témoignait de la faiblesse du système de surveillance à Madagascar et incitait le Ministère de la santé
publique à le renforcer pour répondre aux exigences du nouveau règlement sanitaire international de 2005.
Par ailleurs, l’actualité internationale sur le risque de pandémie de grippe aviaire justifiait l’association de la
surveillance sentinelle des maladies à potentiels épidémiques au niveau des centres de santé de base
(CSB) à celle des hôpitaux. Il s’agissait d’un réseau de surveillance sentinelle complémentaire aux systèmes
de surveillance de routine du ministère de la santé.
Objectifs
Disposer d’un système sentinelle d’alerte précoce permettant de déclencher une riposte rapide, qui
permettrait aussi de disposer des données régulières en temps quasi-réel, de mesurer la part du paludisme
et de la grippe dans l’étiologie des syndromes fébriles et de mettre en évidence l’agent causal en circulation.
Méthodes
Le réseau de surveillance sentinelle disposait de trois niveaux : un réseau hospitalier, un réseau de
CSB et un réseau des agents communautaires (AC). Au niveau CSB, la déclaration était journalière par
short message system (SMS) sur le nombre de consultants, de fièvres, de paludisme confirmé par test de
diagnostic rapide du paludisme (TDR), de syndrome dengue-like (SDL ou suspicion d’arboviroses), de
syndromes grippaux et de diarrhées. Au niveau hospitalier, il s’appuyait sur une déclaration hebdomadaire
par SMS du nombre d’admissions, de fièvres, de paludisme confirmé, de syndrome de détresse respiratoire
aigüe (SDRA), de cas suspect de grippe aviaire, des fièvres hémorragiques et des hépatites graves. Au
niveau des AC, la surveillance intéressait toutes les classes d’âge et la déclaration était journalière par SMS
sur le nombre de consultants, de fièvres, de paludisme confirmé par TDR, de malades transférés au CSB et
de cas de décès. Ces données étaient saisies dès réception dans une base de données et étaient analysées
en temps quasi-réel pour la recherche de modifications de tendances. Une situation anormale était définie
comme une augmentation d’indicateur ou par la mise en évidence de circulation d’un agent pathogène. Ce
système était couplé à une surveillance biologique des arboviroses et de la grippe permettant l’isolement et
la caractérisation des virus. Il servait d’appui pour la collecte de souches plasmodiales en vue de la
surveillance de la chimiorésistance des plasmodies aux antipaludiques.
Les analyses de données concernaient la période d’octobre 2013 à septembre 2014. La surveillance
sentinelle reposait sur 18 centres hospitaliers et 34 CSB répartis sur toutes les zones bioclimatiques de
Madagascar. Un réseau de 73 AC a été mis en place en 2013 pour la surveillance du paludisme et de la
mortalité dans des zones rurales isolées de 3 districts pilotes : Farafangana, Moramanga et Ankazobe.
Au niveau du réseau de CSB, les syndromes fébriles représentaient 13,4% (35.141/261.528) des
consultants. La part du paludisme, de la suspicion d’arboviroses, des syndromes grippaux et des syndromes
diarrhéiques représentaient respectivement 16,3% - 1,1% - 29,0% et 7,3 % des fièvres (les résultats du
99
premier semestre 2014 sont disponible sur le site http://www.pasteur.mg/IMG/pdf/EpiVeille06_2014.pdf. Le
taux d’utilisation du test de diagnostic rapide du paludisme était de 96,7% des fièvres.
Au 4ème trimestre de l’année 2014, la situation du paludisme à Farafangana et Mananjary était
inquiétante. Il y avait eu une augmentation de la prévalence du paludisme parmi les consultants (nombre de
cas sur nombre de consultants) de près de 70% par rapport au 4ème trimestre 2013 : 6,6% vs 15,5% à
Farafangana et 2,8% vs 9,5% à Mananjary.
Dans des zones rurales isolées gérées par le réseau des AC, la part du paludisme était de 88%
(14.133/15.790) des consultants, le nombre de malades référés au CSB était de 3.467 et le taux de mortalité
lié au paludisme était de 7,3% (14/193). Ce réseau AC avait permis d’objectiver des alertes pour le
paludisme et la peste.
Au niveau des centres hospitaliers sentinelles, les syndromes fébriles représentaient 25,5%
(10.235/40.080) des admissions à l’hôpital. Le paludisme, le SDRA et les fièvres hémorragiques
constituaient respectivement 20,8% - 8,3% et 0,3% de ces admissions. Aucun cas suspect de grippe aviaire
n’a été déclaré au cours de cette période.
Au cours de l’année 2014, le centre hospitalier de Soavinandriana d’Antananarivo n’a pas envoyé de
données de surveillance épidémiologique et ce malgré les relances effectuées. Le centre hospitalier de
référence régional d’Antananarivo-Atsimondrano à Itaosy était identifié en décembre pour le remplacer.
Depuis juillet 2014, une amélioration de la méthode de collecte des données a été entreprise au niveau
des centres hospitaliers sentinelles : organisation de réunion annuelle, des formations des 929 agents de
santé impliqués à la surveillance, dotations en équipement informatique des centres et élaboration d’une
page web pour la collecte des données en ligne. Les rétro-informations en ligne seront en place courant
2015. Le centre hospitalier de référence du district de Moramanga était inclus dans ce système de
surveillance, amenant ainsi le réseau à 18 centres hospitaliers sentinelles en fin 2014.
Impact
Ce réseau sentinelle de surveillance a permis d’objectiver des phénomènes épidémiologiques
anormaux pouvant menacer la santé des populations. Treize situations anormales ont été détectées : 2 pour
les arboviroses, 5 pour le paludisme, 6 pour la fièvre et 3 pour les décès. Les examens biologiques ont
montré la circulation de virus de la Dengue, virus de Chickungunya et des virus grippaux (saisonniers et
A/H1N1pdm). La plupart de ces situations anormales ont été contrôlées au niveau local par le district
sanitaire (12/13).
Publications
- Rajatonirina S, Rakotomanana F, Randrianasolo L, Razanajatovo NH, Andriamandimby SF,
Ravolomanana L, Randrianarivo-Solofoniaina AE, Reynes JM, Piola P, Finlay-Vickers A, Heraud JM,
Richard V. Early-warning health and process indicators for sentinel surveillance in Madagascar 20072011. OJPHI. 2014 ; 6(3):e197. * ISSN 1947-2579 * http://ojphi.org *
Communication orale ou affichée : néant
En juin 2014, l’utilisation du financement USAID a été autorisée pour les activités en collaboration
directe avec le Ministère de la Santé Publique.
En août 2014, une pétition de l’équipe du Ministère de la Santé Publique mécontante de l’organisation
de travail avec l’IPM a entrainé un retard de mise en œuvre des activités planifiés pour l’amélioration de la
surveillance au niveau hospitalier.
Aux deuxième et troisième trimestres 2014, des perturbations du réseau interne de l’IPM dus aux
installations électriques et réparations du réseau TELMA ont eu des impacts sur la réception des données
des sites et les résultats du réseau.
100
SLIDE-DNA
Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de Mycobacterium
tuberculosis à partir d’échantillons conservés sur différents supports.
Correspondant :
Dr Voahangy RASOLOFO
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Marie Sylvianne RABODOARIVELO, unité des mycobactéries,
[email protected]
- Dr Anandi MARTIN, Laboratoire de microbiologie, Université de Gand, Belgique
(LM-UGent), [email protected], (coordonnateur du projet multicentrique)
- Dr Juan Carlos PALOMINO, Dr Peter VANDAMME, Université de Gand, Belgique
- Dr Nora Morcillo, Dr Belen Imperiale, Hospital Dr. Cetrángolo, Buenos Aires,
Argentine
- Dr Sarman Singh, All India Institute of Medical Sciences, Department of Laboratory
Medicine, Delhi, Inde
- Dr Lucilaine Ferrazoli, Angela Brandao, Instituto Adolfo Lutz, Núcleo de
Tuberculose e Micobacteriosis, Sao Paulo, Brésil.
Date fin : 30/05/2015
Durée (mois) : 36
Financements : Fondation Damien
Mots clés : M. tuberculosis, multirésistance, Genotype MTBDRplus, FTA card,
GenoCard, lames
Date de rédaction
20/01/2015
Lieux des travaux :
Antananarivo,
Madagascar.
Gand, Belgique.
Budget :
17 370 €
La tuberculose (TB) reste un problème sanitaire mondial. Les efforts de lutte contre cette maladie
reposent sur le diagnostic des cas, suivi d’un traitement adéquat. L’émergence de souches M. tuberculosis
multirésistantes (MDR) aux deux antituberculeux majeurs, l’isoniazide (INH) et la rifampicine (RIF), constitue
une menace pour le contrôle de la TB. Dans les pays en voie de développement, le diagnostic de la
tuberculose repose sur l’examen microscopique du crachat qui est simple, rapide et économique.
Cependant, en raison de l’absence de tests rapides, adéquats et d’équipements spécifiques, le traitement de
la TB est souvent commencé sans les résultats de la culture et des tests de sensibilité aux médicaments
(DTS). La méthode bactériologique standard pour la détection des résistances, basée sur la culture de
bacilles isolés à partir de crachats, requiert des délais de quelques semaines, ce qui rend difficiles le
diagnostic et la surveillance des résistances, en particulier dans les pays en développement. Il existe
actuellement des tests moléculaires pour la détection des TB-MDR, réalisés directement sur les crachats, et
permettant de s’affranchir de la culture. Toutefois, pour des enquêtes de résistance à l’échelle d’un pays, se
pose le problème de collecte et de transport des échantillons biologiques potentiellement infectieux.
Objectifs
Les objectifs de cette étude sont d’évaluer :
- différents supports pour la conservation et le transport de crachats,
- le test Genotype MTBDRplus (HAIN, LifeScience) pour la détection rapide de la résistance à la
rifampicine (RIF) et à l’isoniazide (INH), réalisé à partir de l’ADN extrait des crachats conservés sur
différents supports.
Ainsi, il s’agit plus spécifiquement d’étudier la faisabilité de l’extraction d’ADN à partir de lames de frottis
d’expectorations colorés, d’échantillons de crachats déposés sur deux cartes en papier filtre
commercialisées (FTA [Whatman] et le GenoCard [Hain]) ainsi qu’à partir de crachats conservés dans de
l’éthanol absolu, pour la détection ultérieure de la résistance à la RIF et INH par le kit Genotype MTBDRplus.
Méthodes
1) Etude de la viabilité de M. tuberculosis dans les crachats conservés sur les différents supports.
2) Evaluation de la méthode en 3 étapes :
1. Evaluation du test à partir de 15 suspensions de souches et 15 crachats négatifs infectés
artificiellement (« spiked ») par les mêmes 15 souches M. tuberculosis, déposés sur les différents
supports. 10 de ces 15 échantillons étaient MDR et 5 étaient sensibles selon l’antibiogramme
(ATB).
2. Evaluation du test Genotype MTBDRplus réalisé à partir d’ADN extrait de 50 crachats infectés
artificiellement avec 50 souches M. tuberculosis (25 MDR et 25 sensibles) déposées sur les
différents supports.
3. Etude prospective chez environ 700 patients tuberculeux à microscopie positive recrutés dans les
centres de diagnostic de la tuberculose à Antananarivo, Buenos Aires, New Delhi et Sao Paulo.
101
Les références standards pour l’évaluation étaient les tests de sensibilité à RIF et à INH par la méthode
indirecte des proportions, ainsi que le séquençage. La sensibilité, la spécificité, les valeurs prédictives
positives et négatives seront estimées.
1) la standardisation de la méthode d’extraction d’ADN à partir de ces différents systèmes de stockage
de crachats ainsi que la standardisation de la méthode d’amplification d’ADN pour la détection de la
résistance à la RPM et INH a été faite lors d’un stage à l’Université de Gand Belgique, avec 6 souches M.
tuberculosis (3 MDR et 3 sensibles) et 4 souches de mycobactéries non tuberculeuses.
2) Les premiers tests de viabilité ont montré que :
 Sur les lames de microscopie colorées, aucune bactérie n’est vivante.
 Sur les cartes FTA et Genocard, les bactéries doivent être inactivées avec l’éthanol 90°.
 Dans les crachats, les bactéries peuvent être inactivées avec de l’éthanol.
3) La méthode d’extraction d’ADN est faisable à partir des 4 systèmes de stockage étudiés. Les
premiers résultats ont montré que le profil de sensibilité à RIF et INH est bien détecté par le test Genotype
MTBDRplus, et concorde avec celui de l’ATB.
ère
ème
4) En 2014, les 1 et 2
étapes d’évaluation de la méthode ont été réalisées :
ère
- 1 étape : les mêmes résultats ont été obtenus à partir des 15 suspensions de souches et 15
crachats « spiked ». De plus, Les mêmes profils de souches ont été identifiés sur les 4 systèmes
de stockage par le test MTBDRplus. Par rapport à l’ATB, la sensibilité est de 90% et 80%
respectivement pour RIF et INH tandis que la spécificité était de 100% pour les 2 antibiotiques.
ème
- 2
étape : L’évaluation des 50 crachats « spiked » sur les 4 systèmes a montré que la sensibilité
et la spécificité du test pour la détection de la résistance à la RIF et l’INH variaient de 80% à 100%
selon le support utilisé.
RIF
Support
Sensibilité
%
[IC, 95%]
Lame
INH
Specificité
%
[IC, 95%]
VPP
(%)
VPN
(%)
Sensibilité %
[IC, 95%]
Specificité
%
[IC, 95%]
VPP
(%)
VPN
(%)
84 [0,70;0,98]
100
86,2
86,2
80 [0,57;1]
92 [0,82;1]
90,9
82,1
FTA card
84 [0,70;0,98]
100
100
86,2
84 [0,70;0,98]
92 [0,82;1]
90,3
85,2
GenoCard
80 [0,57;1]
100
100
83,3
80 [0,57;1]
92 [0,82;1]
90,9
82,1
Ethanol
84 [0,70;0,98]
96 [0,91;1]
95,4
81,5
80 [0,57;1]
88 [0,77;0,99]
86,4
81,5
-
Aucune différence significative n’a été trouvée entre les 4 systèmes.
Le séquençage des 50 souches est en cours.
5) L’étude prospective a obtenu l’accord du comité d’éthique et sera réalisée en 2015.
Impact
Mise à disposition des programmes nationaux de lutte contre la TB d’une nouvelle méthode rapide de
détection de la résistance aux antibiotiques et solution du problème posé par les limites de transport et de
stockage des échantillons potentiellement infectieux.
- Rasolofo V, Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Martin A. Molecular
detection of multidrug resistance in M. tuberculosis from slides and filter paper cards. World's
Tuberculosis Day International Conference. 21 March 2014, Ghent University, Gent, Belgium.
- Rabodoarivelo MS, Cnockaert M, Palomino JC, Vandamme P, Rasolofo V, Martin A. Molecular
countries. 35th Annual Congress of European Society of Mycobacteriology (ESM). 29 June-2 July 2014,
Vienna, Austria.
102
SSDS
Système de suivi démographique et sanitaire à Moramanga (Madagascar)
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Rila RATOVOSON
+ 261 20 22 412 72
21/01/2015
[email protected]
Lieux des travaux :
District de
- Rindra RANDREMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]
Moramanga
- Gilles PISON, INED France, [email protected]
- Maryse GAIMARD, Université de Bourgogne, [email protected]
Date fin :
Durée (mois) :
Financement :
USAID
Mots clés : Madagascar, suivi, démographie, santé
Budget total :
60 361 €
Les systèmes de suivi démographiques et de santé (SSDS) demeurent un outil nécessaire dans les
contextes où les systèmes de recensement sont imparfaits. Ces observatoires de population ont montré leur
importance et leur fiabilité dans les pays en développement, où la charge de morbidité et de mortalité est
élevée. Dans ces pays, comme à Madagascar, il n’existe pratiquement pas d’enregistrement de naissances
ni de décès, il existe d’importants problèmes d’accessibilité aux soins (inaccessibilité géographique,
ressources financières limitées, faiblesse du système d’information…). A cette méconnaissance s’ajoute le
manque d’informations sur l’état de santé des populations. Les données pouvant être recueillies dans le
cadre d’un SSDS, ne se limitent pas seulement aux données démographiques, d’autres informations sur les
facteurs de risque de maladies peuvent y être collectées. Moramanga a été désigné comme un site d’étude
pour le développement de recherches cliniques. Quatre communes sont concernées par le SSDS à
Moramanga : la commune urbaine, et 3 communes rurales (Ampasimpotsy, Ambohibary et Andasibe). Pour
des raisons pratiques et financières, la commune d’Andasibe n’a pas encore été recensée. Afin d’avoir la
situation démographique de la population au même point de départ (1/01/2014), en plus du recensement
des fokontany non fait en 2013, une mise à jour de la population recensée avant 2014 a été réalisé.
Objectifs
Le but principal du SSDS de Moramanga est de créer une plateforme démographique qui contribue aux
différentes études et évaluations en santé pour l’Institut Pasteur de Madagascar. Les différents objectifs
sont : 1) fournir des informations longitudinales précises et fiables sur la population des villages observés
pour le calcul des taux d’incidence, de morbidité, ou de mortalité dans cette population ; 2) obtenir une base
de sondage pour les études sur la population; 3) participer à l’amélioration des connaissances sur les
habitudes des populations et sur leur état de santé ; 4) connaitre la mobilité de la population en lien avec les
agents pathogènes.
Méthodes
La collecte de données sur la population se fait en deux phases, le recensement initial et le suivi. Le
SSDS a débuté en 2010, mais pour diverses raisons, il y a eu des périodes d’interruptions. En 2012, il a
redémarré avec une nouvelle méthode pour la collecte des données. Les agents enquêteurs saisissent en
temps réel sur ordinateur les informations recueillies, les superviseurs compilent les données et le contrôleur
les envoie quotidiennement aux responsables au niveau central. L’équipe d’étude de terrain était composée
de 30 enquêteurs, 5 superviseurs et 1 contrôleur.
Le recensement initial : outre les données habituelles recueillies durant le recensement initial (la
composition des ménages, des notions socio-démographiques et culturelles, les conditions socioéconomiques, les conditions d’hygiène et les habitudes alimentaires…), des données sur les facteurs de
risque du paludisme ont été obtenues. Lorsqu’il est enregistré, chaque ménage ainsi que chaque individu se
voient assigner un identifiant unique. L’identifiant assigné est permanent, c’est-à-dire, que l’individu garde le
même numéro même s’il change de ménage au sein du SSDS. Une procédure de nettoyage informatisée a
été mise en place et lancée de façon régulière afin de détecter les valeurs aberrantes et les données
manquantes, en plus d’une contre-enquête de 5% des ménages recensés par fokontany.
La majorité des fokontany a été recensé en 2013, quelques fokontany restants ont été recensés en
début d’année 2014.
Le suivi démographique : La collecte longitudinale de données se poursuit sous la forme de visites
périodiques des ménages enregistrés. L’objectif est de noter tous les changements ou événements
démographiques qui ont eu lieu depuis la visite précédente. Il peut s’agir de naissances ou d’autres issues
de grossesses, de décès ou de migrations ayant eu lieu entre la dernière visite et la visite en cours. La mise
à jour effectuée en 2014 était une version simplifiée du suivi démographique pour avoir les situations de la
103
er
population au 1 janvier 2014. En même temps, les empreintes digitales ont été enregistrées (sans image
stockée) pour tout individu recensé et retrouvé à domicile lors de ces passages. Cette mise à jour des
données, le recueil des empreintes digitales et le recensement des nouveaux ménages et des nouveaux
arrivants ont été réalisés de février à avril 2014 ; de mai 2014 à octobre 2014, tous les décès notifiés dans
les 12 mois avant le recensement et ceux survenus pendant la période de mise à jour ont été soumis à un
questionnaire d’autopsie verbale afin d’identifier les causes probables de décès.
Résultats & discussions
De son démarrage en 2012 jusqu’en 2014, les résultats obtenus de chaque fokontany sont
dans le tableau 1.
Tableau 1. Caractéristiques de la population dans le SSDS à Moramanga en 2014.
Caractérisitiques des
Commune urbaine
Ambohibary Ampasimpotsy
communes recensées
de Moramanga
Fokontany
13
12
5
Recensement initial
Ménages recensés
9 518
5 661
1 750
Taille médiane des ménages [min4 [1-17]
4 [1-20]
4 [1-20]
max]
Individus recensés
37 071
24 513
7 855
- % des [0-5[ans
12,61
14,98
14,16
- % des [5-15[ans
24,69
29,18
30,78
- % des [15-65[ans
60,49
53,60
52,86
- % des ≥ 65 ans
2,21
2,24
2,20
Rapport de masculinité
0,97
1,01
1,00
% des femmes de 15-49 ans
26,90
23,01
22,41
Suivi ou mise à jour 2014
Ménages vus
7 327
3 537
1 491
Individus vus
- Nouveaux arrivants
1 311
883
422
-
Résidants
Ayant déménagé hors de
la zone
Empreintes digitales recueillies
29 779
15 705
6 970
3491
1774
910
7 894
7 692
2 397
résumés
Total
30
16 929
69 439
12 355
2 616
52 454
6175
17 983
Les décès recensés depuis son démarrage en 2012 jusqu’en avril 2014 étaient au nombre de 543. Les
ménages où ont été notifiés les 529 décès (97,4%) ont été revisités pour l’autopsie verbale. Plus de 30%
(175/529) des réponses à ces autopsies verbales ont été lues par des médecins pour établir le(s)
diagnostic(s) probable, 58% (315/529) sont en cours de lecture et 7,4% (40/529) des décès n’ont pas fait
l’objet d’une autopsie verbale à cause de refus du ménage ou de déménagement hors de la zone. Parmi les
175 dossiers lus par les médecins, 50 dossiers étaient des décès d’enfants de moins de 5 ans. Les résultats
préliminaires ont montré que chez les enfants de moins de 5 ans, les 3 premières causes de décès étaient la
malnutrition sévère (16%, 8/50), l’infection bactérienne néonatale (12%, 6/50) et la mortinatalité (10%, 5/50).
Chez les sujets âgés de 5 ans et plus, 35,2% (44/125) des décès étaient attribuables aux maladies de
l’appareil circulatoire (maladies hypertensives, cérébrovasculaires, cardiopathies…), 12% (15/125) aux
maladies infectieuses et parasitaires, et 9,6% (12/125) aux troubles gastro-intestinaux.
Impact
Le SSDS de la population à Moramanga a permis de fournir des données précises du fait de son
exhaustivité. En plus du recensement, la documentation des causes de décès contribuera à long terme à
améliorer la politique de santé publique non seulement pour le district de Moramanga mais aussi pour tout
Madagascar.
104
TB-Clin-Divers
Réponse immune de l’hote associée aux facteurs bactériens de predisposition à
la dissémination de mycobactérium tuberculosis et à la diversite de la forme
clinique de la tuberculose
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Niaina
+261 20 22 412 72
[email protected]
RAKOTOSAMIMANANA
- Voahangy RASOLOFO, unité des mycobactéries, [email protected]
- Paulo RANAIVOMANANA, unité des mycobactéries, [email protected]
- Ludovic TAILLEUX, unité génétique mycobactérienne (UGM), Institut Pasteur à
Paris
- Brigitte GICQUEL, UGM, Institut Pasteur à Paris
Date début : 15/10/2012
Date fin : 15/10/2014
Durée (mois) : 24
Date de rédaction
26/01/2015
Lieux des
travaux :
Antananarivo
Budget total :
15 457,90€
Financements :
Grant Dedonder Clayton, Division International Institut Pasteur
Mots clés : M. tuberculosis, tuberculose clinique, macrophages infectés, diversité, facteurs
bactériens
La tuberculose (TB) atteint généralement les poumons. Mais au cours de l’infection, Mycobacterium
tuberculosis (Mtb) peut disséminer dans l’organisme et atteindre d’autres organes conduisant ainsi à une TB
extrapulmonaire (EPTB). Le diagnostic de l’EPTB repose principalement sur des critères cliniques et
paracliniques car le diagnostic bactériologique est difficile. Les délais entre le diagnostic et le début du
traitement sont associés à une forte mortalité. L’EPTB est observée chez environ 20% des sujets
immunocompétents et 50% des sujets immunodéprimés. Elle est la première cause de mortalité chez les
sujets infectés par le VIH. Son développement semble être associé à certains déficits immunitaires. Dans
une étude sur des macrophages infectés par Mtb et des observations de patients atteints de TB, une
corrélation entre la production des facteurs de l’angiogenèse et la vascularisation avec la dissémination des
bactéries dans d'autres organes a été observée. Il a également été observé que la réponse du système
immunitaire de l'hôte humain varie selon le génotype des souches de Mtb et pourrait influencer la
présentation clinique de la TB. Une meilleure compréhension des facteurs bactériens sur la réponse
immunitaire de l’hôte en relation avec les formes cliniques de Mtb pourrait permettre de comprendre les
mécanismes de l’EPTB et de mettre au point des outils de diagnostic pour la prise en charge rapide des
patients tuberculeux.
Objectifs
L’objectif de cette étude est de rechercher des facteurs génétiques bactériens associés aux EPTB. Ces
facteurs seront déduits des variations de la réponse immunitaire et de la réponse angiogénique de
macrophages de l’hôte infectés par des bactéries issues de diverses formes cliniques de TB.
Méthodes
- Sélection de souches cliniques Mtb de même spoligotype, isolées de patients présentant diverses
formes cliniques d’EPTB, dont les données épidémiologiques sont disponibles ; et de souches pulmonaires
appariées sur l’âge et le sexe des patients.
- Infection in vitro par les souches sélectionnées de lignées cellulaires THP1 et de cellules isolées de
donneurs sains, différenciées en macrophages.
- Mesure des réponses produites par les macrophages infectés selon les souches de Mtb et les formes
cliniques : dosage de cytokines associées aux EPTB (IFN-ɣ, TNF-α, IL-6, IL-10,…), mesure de facteurs
angiogéniques (VEGF) par CFU, ELISA et PCR en temps réel.
- Recherche des facteurs bactériens par séquençage de génomes de Mtb avec des réponses
macrophagiques différentes selon les formes cliniques.
Dix souches cliniques EPTB provenant de différents sites cliniques et 10 souches PTB appariées
présentant les mêmes spoligotypes EAI_MDG (ST109) ont été sélectionnées pour l’étude et préparées pour
les infections cellulaires in vitro.
La détermination du temps d’internalisation des bactéries par le comptage de CFU après infection des
macrophages différenciées de cellules souches THP1 par des souches EPTB et pulmonaires (n=3 souches
chacune) est en cours. Une première estimation de la variabilité des réponses IFN- ɣ, TNF-α, IL-6, IL-10 et
105
VEGF a été réalisée par ELISA à partir des surnageant des cellules infectées après différents temps jusqu’à
48h. Cette première estimation montre une uniformité de la sécrétion des cytokines et suggère d’ajuster les
temps d’infection in vitro avec des délais allant jusqu’à 96h voire 5 jours. Une fois les temps d’infection bien
ciblés, toutes les souches seront utilisées pour les infections.
Les données des infections in vitro sur les macrophages différenciées à partir de lignées cellulaires
THP1 permettront non seulement d’avoir une estimation de la réponse cytokine indépendamment de la
variabilité génétique de l’hôte mais aussi d’optimiser les expériences d’infection in vitro de cellules provenant
de sang de donneurs.
L’accord du comité d’éthique à Madagascar pour le recrutement de donneurs sains a été obtenu en
août 2014.
Impact
La mise en évidence des facteurs bactériens associés aux formes cliniques de la TB permettra
d’améliorer la compréhension des mécanismes de dissémination du pathogène, l’identification de cibles
thérapeutiques et la lutte contre la propagation de la maladie.
106
TB-Genom
Analyse de séquences de génomes de souches cliniques M. tuberculosis
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Niaina RAKOTOSAMIMANANA
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Natacha T. Randria, unité des mycobactéries
Date de rédaction
04/02/2015
Lieux des
travaux :
Antananarivo
- Brigitte GICQUEL, unité génétique mycobactérienne, Institut Pasteur à Paris
Date début : 01/01/2014
Financements : IPM
Date fin : 01/01/2016
Durée (mois) : 24
Budget total :
Mots clés : M. tuberculosis, diversité, génomes, in silico, transferts horizontaux
L’émergence de souches M. tuberculosis (Mtb) multirésistantes aux antibiotiques ainsi que l’association
aux infections par le VIH aggravent l’ampleur de la tuberculose dans le monde. Les stratégies de lutte contre
la tuberculose mettent en place des programmes de recherche pour améliorer le diagnostic de la maladie,
trouver de nouveaux antituberculeux et de nouveaux vaccins. La diversité génétique des souches Mtb est
associée à une évolution des bactéries avec leur hôte et une adaptation aux aléas de leur environnement.
Les nouvelles technologies de séquençage en haut débit de génomes permettent aujourd’hui une étude plus
approfondie de cette diversité génomique de la bactérie et de son influence sur la biologie et les phénotypes
bactériens en particulier. Ces nouvelles technologies devraient être considérées dans les stratégies de lutte.
Ce projet se propose d’étudier les séquences génomiques au niveau de régions transmises par transferts
horizontaux (Horizontally transfered regions, HGT) afin d’y étudier les facteurs évolutifs de souches cliniques
Mtb.
Objectifs
Etudier le polymorphisme des régions potentiellement acquises par HGT et leur évolution dans des
génomes de souches cliniques Mtb à Madagascar :
1) Etude de la distribution des SNPs dans les génomes de souches et des phénotypes associés
2) Etude de l’évolution des souches à partir de la pression de sélection sur différentes régions des
génomes, déduite du ratio dN/dS.
Méthodes
1) Séquençage par Next Generation Sequencing du génome de neuf souches cliniques Mtb pour
lesquelles les informations cliniques et épidémiologiques sont connues ainsi que les génotypes
obtenus par spoligotyping, MIRU – VNTR et SNP-tagging.
2) Etude in silico de la plasticité des génomes des souches Mtb séquencés :
- Mapping des NGS avec MAQ, génération/filtrage des SNPs avec Mapviewer et Ingap avec comme
référence la souche H37Rv
- Utilisation d’outils statistiques avec un système d’équation d’estimation généralisée pour l’étude de
la répartition des SNPs sur chacun des génomes et dans les régions HGT avec STATA.
- Utilisation de KaKs_Calculator pour le calcul du dN/dS ratio dans chaque génome et dans les
régions HGT.
3) Etude in silico de génomes Mtb disponibles dans les bases de données biologiques en ligne :
- Obtention de génomes en ligne sur GenBank avec BioPython
- Calcul du ratio dN/dS avec le logiciel gKaKs
a. Calcul des ratios dN/dS par génome avec permutation du génome de référence
b. Calcul des ratios dN/dS par régions d’intérêt des génomes.
Ce projet fait suite à une étude précédente ayant montré un polymorphisme dans les régions HGT de
180 souches cliniques HGT de Madagascar (projet TB-HITS).
L’assemblage et la comparaison des génomes de 9 souches cliniques obtenus par NGS avec la souche
H37Rv ont montré que le nombre de SNP dans les régions HGT polymorphes était significativement plus
élevé que dans les régions non polymorphes, en particulier dans les groupes génétiques de souches
«moderne 1» et «moderne 2". En outre, l'accumulation de SNPs dans les régions HGT polymorphes semble
être associée à une sélection négative purificatrice. En effet, les régions HGT polymorphes ont en moyenne
une valeur de la différence Ks-Ka diminuée de -0,0003874 (IC95% : -0,0006380, -0,0001368 ; p=0,002).
Aucune différence significative de la valeur moyenne du Ks-Ka n’a été observée entre les groupes des neuf
souches.
107
Globalement, dans les régions non polymorphes la valeur moyenne de Ks-Ka est de 0,000357 (IC95% :
0,000180, 0,000533, p<0.01). Dans les régions polymorphes, cette valeur de Ks-Ka est de -0,000033
(IC95% : -0,000111, 0,000045, NS). Cette tendance devrait être vérifiée dans les génomes en ligne de
Genbank pour renforcer la puissance statistique, avec des permutations des souches de références
associées à la phylogénie des souches Mtb afin d’éviter le biais des classifications phylogénétiques des
souches.
Des formations avancées en bio-informatique et en analyses génomiques à partir de génomes en lignes
ont été suivies pour mener ces études qui sont aujourd’hui en cours.
Mémoires
- Natacha Tiavina Randria. Polymorphisme des régions acquises par HGT chez les souches cliniques
de M. tuberculosis à Madagascar : Analyse bio-informatique de séquences de génomes de M.
tuberculosis obtenues par NGS. Rapport de stage 2ème année du cycle Ingénieur à l’Institut
Supérieur de BioSciences de Paris, France (soutenu en Septembre 2014).
- Anja Ratsiferana. Etudes de profils génétiques de souches cliniques Mycobacterium tuberculosis à
Madagascar. Rapport de stage (24 mars-7 mai 2014) de Master 1 - Microbiologie, biologie végétale
et biotechnologies de l’Université d 'Aix-Marseille - Faculté des Sciences de Luminy.
108
TB-KIDS
Evaluation des nouvelles méthodes de diagnostic de la tuberculose
intrathoracique de l’enfant dans trois villes d’Afrique subsaharienne : Abidjan
(Côte d’Ivoire), Yaoundé (Cameroun) et Antananarivo (Madagascar)
Correspondant :
Voahangy RASOLOFO
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Dr Rindra Randremanana, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Dr Patrice Piola, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Dr Aina Harimanana, Cellule de Réalisation de Projet, unité
d’épidémiologie, [email protected]
- Dr Andrianantenaina RAKOTOSON, Centre National de Référence des
- Dr Kathleen Victoir, coordinateur Institut Pasteur-Division International
- Pr Brigitte Gicquel, unité de génétique mycobactérienne, Institut Pasteur à
Paris (coordinateur scientifique)
- Dr Sara Eyangoh, Dr Mathurin Tejiokem (CPC)
- Pr Raymond Kouassi N’Guessan (IPCI)
- Pr Annick Lalaina Robinson, Centre Hospitalo-Universitaire Mère enfant
de Tsaralàlana (CHUMET), Antananarivo
- Dr Mbola Rakotomahefa, Pr Honoré Raobijaona, Service de Pédiatrie de
l’Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana (HUJRB),
Antananarivo
- Programme National de Lutte contre la Tuberculose (PNLT), Ministère
de la Santé Publique, Madagascar
ate début : Janv 2014
Date fin : Déc 2016 Durée (mois) : 36 mois
Financements : Fondation TOTAL
Mots clés : Tuberculose pédiatrique, diagnostic, algorithme, GeneXpert
Date de rédaction
02/01/2014
Lieux des travaux :
IPM, Antananarivo,
Madagascar
Budget total :
€522.480 (dont
€194.753 pour IPM)
La tuberculose (TB) est une des principales maladies responsable de décès tant chez les adultes que
chez les enfants dans le monde. Les enfants peuvent généralement être contaminés par le bacille
tuberculeux quand ils sont exposés à un patient tuberculeux pulmonaire à microscopie positive. Les enfants
de moins de 5 ans ont un risque plus élevé de développer la maladie même chez les sujets
immunocompétents à cause de leur système immunitaire moins développé, mais plus encore chez les sujets
immunodéprimés et/ou infectés par le VIH.
L’évaluation du fardeau que représente la TB chez l’enfant est difficile à établir pour de nombreuses
raisons : la difficulté du diagnostic définitif, la présence fréquente d’une TB extrapulmonaire alors que la
priorité en santé publique est le dépistage des patients à frottis positifs, et les liens insuffisants entre les
pédiatres et les programmes nationaux contre la TB. L’incidence des cas de TB diagnostiqués chez l'enfant
est variable selon les pays, dépendant de la prévalence de la maladie, de la structure par âge de la
population mais aussi des outils de diagnostic disponibles.
Les nouvelles technologies de diagnostic telles que GeneXpert et les méthodes alternatives de recueil
d’échantillons bactériologiques sont des alternatives intéressantes à la culture de M. tuberculosis qui est
longue et fastidieuse et aux aspirations gastriques, examens invasifs et nécessitant le plus souvent une
hospitalisation.
Objectifs
L’objectif est d’identifier des algorithmes optimaux pour le diagnostic de la TB intrathoracique chez
l’enfant en fonction de différents environnements et différents niveaux de ressources de prise en charge.
Plus spécifiquement, il s’agit de :
1. Evaluer le nouvel outil diagnostique Xpert MTB/RIF et les méthodes alternatives de prélèvement
bactériologiques (string test, aspiration nasopharyngée, selles) pour le diagnostic de la TB intrathoracique
pédiatrique.
2. Identifier les déterminants des faux positifs et des faux négatifs pour chaque outil diagnostic.
3. Evaluer la performance du score pédiatrique utilisé par les pédiatres au niveau ou applicable.
Méthodes
Il s’agit d’une étude prospective menée dans les hôpitaux pédiatriques des capitales des trois pays
impliqués. Après une évaluation initiale clinique, les cliniciens poseront un diagnostic en utilisant les
109
algorithmes nationaux pour la TB (diagnostic du clinicien). Les enfants identifiés avec une TB intrathoracique
seront traités selon les recommandations nationales.
Environ 1500 enfants cliniquement suspects de TB intrathoracique devront être dépistés pour obtenir
420 enfants tuberculeux sur les 3 pays pendant la durée de l’étude qui est de 3 ans.
Au cours de ce dépistage, un examen clinique complet et des examens biologiques seront faits. Des
échantillons cliniques seront recueillis par les méthodes conventionnelles (crachat, tubage gastrique) et par
des méthodes alternatives (string test, aspiration nasopharyngée, selles). Les analyses bactériologiques
pour le diagnostic de la TB seront effectuées par la microscopie, la culture et le test Xpert MTB/RIF.
Chaque enfant ayant répondu aux critères d’inclusion sera classé en tuberculose confirmée, probable,
possible, improbable ou non tuberculeux.
La performance des nouveaux outils diagnostiques et des méthodes alternatives de prélèvement
bactériologique sera évaluée en décrivant leur sensibilité et spécificité respectives.
L’élaboration d’algorithmes se fera en tenant compte du coût de chaque test, de leur sensibilité et de
leur spécificité respectives, et des capacités des laboratoires disponibles.
Etat d’avancement
La réunion de lancement du projet a eu lieu à l’Institut Pasteur de Madagascar les 18 et 19 novembre
2014 avec la participation des représentants des Instituts Pasteur à Paris, Côte d’Ivoire, Madagascar, du
Centre Pasteur du Cameroun, des représentants des hôpitaux à Antananarivo. Une visite des services
pédiatriques de l’ Hôpital Universitaire Joseph Raseta de Befelatanana et du Centre Hospitalo-Universitaire
Mère enfant de Tsaralàlana a été faite.
Après une formation des personnels des hôpitaux à Antananarivo et à Abidjan au string test et à l’aspiration
nasopharyngé par des formateurs du Cameroun, le recrutement des patients débutera au cours du premier
trimestre 2015.
Impact
- Développement d’algorithmes optimaux pour le diagnostic de la TB chez l’enfant.
- Renforcement des capacités de diagnostic de la TB chez les enfants et mise en place des méthodes
de diagnostic rapides dans les différents pays impliqués.
110
TB-LAMP
Evaluation de la performance du kit LoopampT M MTBC pour la détection rapide
du Complexe Mycobacterium tuberculosis. Protocole d’étude à Madagascar
Correspondant :
Voahangy RASOLOFO
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Niaina RAKOTOSAMIMANANA, unité des mycobactéries, [email protected]
- Responsables du Programme National de Lutte contre la Tuberculose
(PNLT), Ministère de la Santé Publique
- Mamy RAJERISON, Centre National de Référence des Mycobactéries
- Julio RAKOTONIRINA, Etablissement Universitaire de Soins et de Santé
Publique d’Analakely (EUSSPA), Antananarivo
- Autres IP du RIIP partenaires du Projet : IPC, CPC, IPG, IPCI, NIHE
Date début : Sept 2013
Financements : FIND
Date fin : Août 2014
Date de rédaction
2/01/2014
Lieux des travaux :
IPM,
Antananarivo,
Madagascar
Durée (mois) : 12
Mots clés : M. tuberculosis, Loop amplification, diagnostic
Budget total :
15 000 € pour IPM
La tuberculose (TB) est un problème de santé publique dans le monde et principalement dans les pays
en voie de développement. De nouvelles techniques de diagnostic moléculaire telles que le test
GeneXpert® MTB/RIF et « Loop-mediated isothermal amplification » (LAMP) ont été mises en place depuis
quelques années. En 2012, le groupe d’experts de l’OMS a recommandé, après une première étude menée
par FIND ("Foundation for Innovative New Diagnostics"), l’utilisation de la LAMP, en substitution de la
culture, là où elle ne peut être pratiquée.
FIND a mis en place une étude multicentrique impliquant plusieurs pays dont 6 instituts du Réseau
International des Instituts Pasteur (Cambodge, Cameroun, Côte d’Ivoire, Guadeloupe, Madagascar,
Vietnam) pour l’évaluation du nouveau kit commercial LoopampTM MTBC sur des échantillons de crachats
provenant de cas suspects de TB, pour la détection de l’infection tuberculeuse.
Objectifs
L’objectif est d’évaluer les performances du kit LoopampTM MTBC avec des échantillons pulmonaires
pour le diagnostic de la TB, par rapport à la microscopie, la culture et le test GeneXpert.
Méthodes
Il s’agit d’une étude prospective. A Madagascar, elle sera réalisée pour une durée de 6 mois sur 500
échantillons d’expectoration provenant de patients suspects de TB de dispensaire antituberculeux de
Tananarive (DAT) de l’établissement universitaire de soins et de santé publique d’Analakely.
La microscopie, sous le contrôle du centre national de référence des mycobactéries (CNRM), et le test
LoopampTM MTBC (qui sera contrôlé par le laboratoire de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM)) seront
effectués au laboratoire du DAT.
La culture sur milieu solide de Löweinstein-Jensen (LJ), l’identification de M. tuberculosis et le test
GeneXpert seront réalisés au laboratoire des mycobactéries de l’IPM.
Les résultats seront analysés afin de déterminer la sensibilité et la spécificité du test LoopampTM MTBC
en prenant comme références la culture sur milieu de LJ et le test GeneXpert.
L’étude a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé.
La formation au test TB-LAMP a été donnée à l’IPM et au DAT par la société EIKEN du 16 au 20
septembre 2013.
Du 19 novembre 2013 au 25 avril 2014, 547 patients ont été inclus.
111
Résultats du test LoopampTM MTBC par rapport à la microscopie et à la culture :
Microscopie
Positive
Négative
Non faite
Total
Culture positive
Test LoopampTM MTBC
Culture négative
Test LoopampTM MTBC
Positif
Négatif
Indéterminé
Positif
Négatif
128
37
0
165
4
17
0
21
0
1
0
1
3
9
1
13
1
346
0
347
Total
136
410
1
547
Les analyses des résultats sont en cours.
Impact
Les données de l’étude multicentrique permettront de justifier ou non l’utilisation du test TB-LAMP dans
les zones qui n’ont pas accès à la culture.
112
TB-LaTAS
Tuberculose latente à Tunis (Tunisie), Antananarivo (Madagascar) et Saint-Louis
(Sénégal). Etude pilote.
Date de rédaction
Correspondant :
Téléphone :
Email : [email protected]
02/01/2014
Voahangy RASOLOFO
+261 20 22 412 72
Lieux des travaux :
- Paulo RANAIVOMANANA, unité des mycobactéries, [email protected]
Antananarivo,
Madagascar
- Rindra RANDREMANANA, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Nathalie MIELCAREK (coordonnateur du projet), Institut Pasteur de Lille (IPL),
France
- Camille LOCHT (responsable scientifique), IPL
- Ridha BARBOUCHE (responsable scientifique), Institut Pasteur de Tunis (IPT),
Tunisie
- Gilles RIVEAU et coll., Espoir Pour La Santé (EPLS), Saint-Louis, Sénégal
- Chaouki BENABDESSALEM, Institut Pasteur de Tunis (IPT), Tunisie
- Françoise MASCART, Université Libre de Bruxelles
- Julio RAKOTONIRINA et coll., Etablissement Universitaire de Soins et de Santé
Publique d’Analakely (EUSSPA), Antananarivo, Madagascar
Date début : Sept 2013
Date fin : Août 2015 Durée (mois) : 24
Financements : ACIP (DI)
Mots clés : Tuberculose latente, antigène HBHA, IFN-ɣ, IGRA
Budget total :
€62 000 dont
€24 300 pour IPM
La tuberculose (TB) est une maladie infectieuse causée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis.
Elle se propage par voie d’aérosols. Seules 5 à 10% des personnes infectées développent une forme active
de la maladie. Dans plus de 90 % des cas, la multiplication de M. tuberculosis est contrôlée par le sujet
infecté. Le sujet n'est pas malade mais il maintient une infection dite « latente ».
L’antigène HBHA (« Heparin bindin haemagglutinin ») est une protéine méthylée de 28kDa exprimée à la
surface de la plupart des mycobactéries. L’HBHA, un des nouveaux candidats vaccins, stimule l’immunité à
médiation cellulaire humaine avec, toutefois, des différences selon que le sujet infecté souffre ou non de TB
active. Ainsi, les lymphocytes T des sujets latents (infectés mais non-malades), suite à la stimulation in-vitro
avec la HBHA produisent de l’IFN-ɣ. En comparaison, les cellules mononuclées (PBMC) de personnes ayant
une TB active secrètent de faibles quantités d’IFN-ɣ. Ces résultats ont permis la mise au point d’un test de
détection de TB latente appelé HBHA-IGRA (« HBHA-Interferon gamma release assay »).
Objectifs
L’objectif de ce projet est d’obtenir des premières données sur la prévalence de TB latente chez les
populations malagasy, tunisienne et sénégalaise. Pour cela, nous mesurerons la réponse à médiation
cellulaire induite par la HBHA. Nous utiliserons le test HBHA-IGRA développé et standardisé par l’Institut
Pasteur de Lille (équipe du Dr Camille Locht) en collaboration avec l’Université libre de Bruxelles (équipe du
Professeur Françoise Mascart).
Méthodes
La réponse à médiation cellulaire induite par la HBHA sera étudiée et comparée à celle induite par
ESAT-6 dans 3 populations africaines bien distinctes géographiquement (Madagascar, Tunisie et Sénégal)
et également en terme d’endémicité.
3 groupes de sujets seront inclus :
a) sujets ayant une TB active (arguments cliniques et bactériologiques)
b) sujets sains ayant été en contact avec des personnes avec une TB active (Intradermo-réaction (IDR)
positif, pas de signe clinique)
c) sujets contrôles sains présentant un test tuberculinique négatif.
Le test HBHA-IGRA sera effectué sur sang total.
Les données des 3 pays seront groupées et soumises à une analyse multicentrique. L’analyse des
résultats sera réalisée avec l’aide de l’équipe du Pr. Françoise Mascart (ULB, Belgique) qui a mis en place la
plupart des études cliniques utilisant le test HBHA-IGRA.
Etat d’avancement
La réunion de lancement du projet a eu lieu à l’IPL en novembre 2013.
113
Le projet a obtenu l’autorisation du CoCR en mai 2014 et du comité d’éthique à Madagascar en
novembre 2014.
L’inclusion des patients et la réalisation des analyses commenceront au cours du premier trimestre
2015.
Impact
Cette étude pilote nous permettra de déterminer si les résultats obtenus en Europe avec le test HBHAIGRA sont transposables aux différentes régions africaines partenaires de ce projet. Par ailleurs, les
données acquises permettront non seulement de donner une première estimation du taux de TB latente
dans les sites impliqués dans ce projet mais également de connaître le niveau basal de la réponse cellulaire
à l’HBHA, donnée indispensable au suivi de l’efficacité de la vaccination par l’HBHA lors de futurs essais
cliniques.
114
TB-SLIDE
Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques mycobacterium
tuberculosis à Antananarivo. Etude pilote
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Voahangy RASOLOFO
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Noël H. RATOVONIRINA, unité des mycobactéries, [email protected]
-Niaina RAKOTOSAMIMANANA, unité des mycobactéries, [email protected]
- Solohery Lalaina RAZAFIMAHATRATRA, unité mycobactéries,
[email protected]
- Christophe SOLA, Guislaine REFREGIER, Institut de Génétique et
Microbiologie UMR8621, Université Paris-Sud, Orsay, France
Date de rédaction
27/01/2015
Lieux des travaux :
Antananarivo,
Madagascar,
France
Date fin : 31/08/2014
Durée (mois) : 24
Financements : Bourse du Gouvernement Français ; Financement Projet
interne IPM
Mots clés : M. tuberculosis, lames bacilloscopie, génotypage, SIG, clusters
La tuberculose (TB) est un problème majeur de santé publique dans le monde, il est aggravé par
l’apparition de souches multirésistantes (MDR) et de souches extrarésistantes (XDR : MDR et résistantes à
une quinolone et, à au moins, à un antituberculeux de 2nde ligne injectable), ainsi que la co-infection par le
VIH/SIDA.
Une grande variété de souches M. tuberculosis à Madagascar, appartenant à différents groupes
génétiques a été décrite. Le génotypage est en général réalisé à partir de l’ADN extrait de souches en
culture. Or, la culture de M. tuberculosis, de même que le diagnostic des résistances, réalisés à partir des
crachats, sont longs et fastidieux. De plus, pour la surveillance des résistances et pour les études
d’épidémiologie moléculaire, ces crachats (matériels biologiques infectieux et difficiles à conserver) doivent
être transportés des centres de santé vers l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) où sont effectués les tests,
ce qui pose des problèmes de conservation et de sécurité. La possibilité de réaliser les tests moléculaires à
partir de frottis sur lames utilisées pour le diagnostic microscopique (matériel non infectieux) de la TB peut
être une alternative et offre la perspective de réaliser d’une part, la détection des résistances et d’autre part,
le génotypage des souches pour les patients TB des centres éloignés d’Antananarivo, permettant ainsi des
études épidémiologiques ou de résistance à grande échelle.
Par ailleurs, le Système d’Information Géographique (SIG) permet la localisation et la cartographie des
foyers d’agrégation spatio-temporelle de maladies. Des études menées par l’unité d’épidémiologie ont
montré la présence de clusters spatiaux de cas de TB à Antananarivo suggérant une transmission plus ou
moins importante des bacilles. Un regroupement spatial a été observé dans 3 des 6 arrondissements de la
ville (192 quartiers) en 2004 ; puis une diminution de la taille du regroupement et un déplacement du site de
regroupement vers les quartiers du sud ont été observés en 2005.
Objectifs
L’objectif principal de ce projet est de déterminer s’il existe une association entre les clusters spatiaux
des cas de tuberculose et les clusters génotypiques des souches de M. tuberculosis à Antananarivo.
Plus spécifiquement il s’agit :
 de démontrer la faisabilité des techniques de typage moléculaire (spoligotyping) à partir des lames
de diagnostic microscopique positives, récoltées dans les centres de diagnostic de la ville
d’Antananarivo
 d’étudier la diversité génétique des souches circulant à Antananarivo et de rechercher les clusters
génotypiques de souches ;
 de rechercher s’il existe une superposition des clusters spatiaux des cas de tuberculose et des
clusters de souches cliniques de M. tuberculosis.
Méthodes
Le projet a obtenu l’autorisation du comité d’éthique auprès du Ministère de la Santé le 4 Juillet 2013.
Il s’agit d’une étude prospective recrutant environ 500 cas de TB pulmonaire à microscopie positive
(TPM+) dans les 20 centres de diagnostic de la tuberculose (CDT) de la ville d’Antananarivo pendant
environ 8 mois. Après information des patients et obtention de leur consentement, une fiche d’information a
été remplie. Les lames utilisées pour le diagnostic bacilloscopique et les crachats ont été envoyés à l’IPM
pour les analyses.
115
L’ADN, extrait à partir des lames, a été utilisé pour le génotypage par spoligotyping et pour le test Hain
MTBDRplus®. L’analyse des profils génétiques (spoligotypes) a été faite avec le logiciel Excel. Un cluster
génotypique est défini comme un groupe de souches présentant le même spoligotype.
Les souches M. tuberculosis ont été isolées et identifiées après mise en culture des crachats sur milieu
de Löwenstein-Jensen (LJ), et les tests de sensibilité à l’Isoniazide et à la rifampicine réalisés par la
méthode des proportions. Les souches isolées ont été typées par spoligotyping sur la plateforme Luminex®,
et les spoligotypes obtenus comparés à ceux obtenus à partir des ADN extraits des lames.
Les patients ont été localisés par « Fokontany » selon les informations sur les fiches d’enquêtes et
l’étude des clusters spatiaux de cas de tuberculose sera faite avec le logiciel SatScan® et QuantumGis®.
L’association entre les clusters de cas de tuberculose et les clusters de souches circulant à
Antananarivo sera enfin étudiée pour la détermination des zones de transmission de la tuberculose (étude
d’épidémio-surveillance).
Par ailleurs, la sensibilité et la spécificité des méthodes moléculaires à partir de lames seront évaluées
par rapport aux méthodes de référence à partir de la culture.
er
- Du 1 août 2013 au 7 mai 2014, 517 patients TPM+ ont été inclus.
- Sur 333 échantillons pour lesquels les spoligotypes ont été obtenus avec l’ADN extrait de lames et
l’ADN extrait de colonies sur milieu LJ, 160 (48%) ont des profils concordants.
- Les familles de spoligotype majoritaire sont les familles T (44,4%) et « East African Indian » (13,1%).
- L’étude d’association entre les clusters spatiaux de cas de tuberculose et cluster génotypique est en
cours.
Impact
Possibilité de réaliser des études épidémiologiques et de surveillance des cas de tuberculose à grande
échelle avec les lames faites pour le diagnostic microscopique.
Rakotoson A, Rakotomanana F, Rasolofo V. Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques
Mycobacterium tuberculosis à Antananarivo: étude pilote. Congrès de la Faculté de Médecine
d’Antananarivo "Recherche, Santé et Développement". 30 septembre - 2 octobre 2014, Centre de
Conférence International d'Ivato, Antananarivo, Madagascar.
Rakotoson A, Rakotomanana F, Rasolofo V. Spatial distribution of Mycobacterium tuberculosis clinical
strain genotypes in Antananarivo: a pilot study. Scientific Symposium of the Institut Pasteur
International Network. 10-13 September 2014, Institut Pasteur, Paris, France
116
Viro-ZORA
Zoonoses, rongeurs et arboviroses à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Marie-Marie OLIVE
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Soa Fy ANDRIAMANDIMBY, unité de virologie, [email protected]
- Fanjasoa RAKOTOMANANA, unité d'épidémiologie, [email protected]
- Sedera ANDRIMASINORO, unité d’épidémiologie,[email protected]
Date début: 2011
Date fin : 2016
Durée (mois) : 24
Financement :
Wellcome Trust (Fellowship 2011-2016); University of Florida; CDC (CoAg
Grippe)
Mots clés : Zoonoses, arboviroses, rongeurs, Madagascar
Date de rédaction
25/01/2015
Lieux des travaux :
28 sites sentinelles de
surveillance des
fièvres
Budget total :
50 000 €
De nombreuses maladies émergentes ou réémergentes ont une origine zoonotique et constituent une
préoccupation de santé publique (Influenza aviaires, Fièvre de la Vallée du Rift, Peste, Leptospirose,
Encéphalite japonaise, hantavirus…). Les arbovirus ont une origine zoonotique et certains d’entre eux ont la
capacité d’infecter l’homme. En dehors de la peste, dont des épidémies sont déclarées régulièrement, les
autres pathogènes zoonotiques associés aux petits mammifères terrestres sont peu connus à Madagascar.
Des données actualisées sur la circulation des arboviroses et des zoonoses dans les différentes régions de
Madagascar font donc défaut. Dans cette optique, le projet ZORA impliquant les unités de virologie, de la
peste et d’épidémiologie a été initié. Ce projet vise à déterminer l’importance de la circulation des
arboviroses, de la peste, de la leptospirose dans la population de l’île, et des hantavirus chez les rongeurs
vivant en milieu péri-domestiques. Des prélèvements et enquêtes chez l’homme ainsi que des captures et
prélèvements de rongeurs ont été effectués autour de 28 des 31 sites de surveillance sentinelle des fièvres
à Madagascar.
Objectifs
Comprendre l’épidémiologie de certains agents pathogènes tels que des arbovirus, les virus de la
grippe, les hantavirus, Yersinia pestis et les leptospires dans la population de Madagascar
Méthodes
Zones d’étude
Les recrutements ont été réalisés dans les districts de 28 sites sentinelles de surveillance des fièvres
(voir fiche Surveillance sentinelle des fièvres). Deux sites ont été sélectionnés aléatoirement dans chacune
des zones : un site en milieu urbain et un site en milieu rural. Dans chacun des sites urbains et ruraux 30
personnes ont été recrutées (tirage au sort des ménages) pour participer volontairement à l’étude.
Ethique
Cette étude a reçu une autorisation du comité d’éthique national (Autorisation n° 066 - MSANP/CE du
26 juillet 2011).
Capture et prélèvements de rongeurs
Ces données sont présentées dans la fiche programme ZORA-PRIZM.
Fièvre de la Vallée du Rift : voir Fiche FVR-ZORA
Hantavirus : voir Fiche Hanta-MADOI
Peste et Leptospirose : voir Fiche ZORA-PRIZM
Pour les autres arboviroses (Dengue, Chikungunya et WestNile) et la Grippe, les analyses sont en
cours.
Impact
Une cartographie de la répartition des différents pathogènes recherchés chez l'homme et les petits
mammifères terrestres, dans les différents écosystèmes de Madagascar pourra être réalisée. Ceci
permettra, entre autre, de cibler les prochaines études de surveillances et de recherches sur ces
pathogènes. Enfin, une étude sur les facteurs de risques associés à l’infection par ces pathogènes chez
l'homme sera menée.
117
Activités de diagnostic, de santé
publique et de service
CBC
Centre de biologie clinique (hors anatomopathologie) ............................ 119
LACP
Laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques (suite CBC) ......... 121
LHAE
Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement...................... 125
CIV
Centre international de vaccination......................................................... 127
CTAR
Centre de traitement anti-rabique ........................................................... 129
DISP
Dispensaire ............................................................................................ 131
LC Bilharziose
Laboratoire central de la bilharziose ....................................................... 132
CNRM
Centre national de référence des mycobactéries .................................... 134
CCOMS Peste
Centre collaborateur OMS pour la lutte et les recherches sur la peste.... 136
LC Peste
Laboratoire central de la peste : surveillance de la peste humaine ......... 138
SurvArbo
Surveillance des arboviroses à Madagascar........................................... 140
SurvGIR
Surveillance de la grippe et des infections respiratoires à
Madagascar............................................................................................ 142
SurvPolio PFA
Surveillance des paralysies flasques aigües et de la poliomyélite à
Madagascar............................................................................................ 144
SurvRage
Surveillance de la rage à Madagascar.................................................... 146
SurvRo
Surveillance de la rougeole à Madagascar ............................................. 148
SQ-AQ
Service qualité : assurance qualité ......................................................... 150
SQ-MET
Service qualité : métrologie..................................................................... 152
SQ-HSE
Service qualité : biosécurité .................................................................... 154
118
CBC
Centre de biologie clinique (hors anatomopathologie)
Correspondant :
Frédérique RANDRIANIRINA
Email :
[email protected]
Téléphone :
+262 20 22 412 72
Date de rédaction
29/01/2015
Chef de Service :
- Dr Frédérique RANDRIANIRINA, Médecin Biologiste, [email protected]
Adjoints :
- Dr Elisoa RATSIMA, Médecin Biologiste, [email protected]
- Dr Lovasoa RAMPARANY, Médecin Biologiste, [email protected]
Mots clés : Laboratoire d’Analyses de Biologie Médicale (LABM)
Le Centre de Biologie Clinique (CBC) est un Laboratoire d’Analyses Biomédicales polyvalent qui met
ses compétences et ses capacités techniques au service du public en lui offrant le plus large éventail
possible d’analyses médicales réalisées dans les meilleures conditions de fiabilité, de rapidité et de coût.
En 2014 le laboratoire a traité en moyenne 380 patients et/ou prélèvements par jour soit 102 629
dossiers et 21 578 196 B. Il est ouvert au public sans interruption de 7h00 à 17h00, du lundi au vendredi, et
de 9h00 à 13h00 les samedis. Le centre de prélèvement est ouvert de 7h30 à 16h00 du lundi au vendredi et
de 7h30 à 15h30 les samedis.
Il travaille en collaboration avec le laboratoire CERBA pour les analyses spécialisées.
Avec le Laboratoire d’Hygiène des Aliments et de l’Environnement, Il est Centre national de référence
des salmonelles, shigelles et du choléra.
Le plateau technique comprend 5 secteurs :
- Hématologie
- Bactériologie
- Immuno-sérologie
- Biochimie
- Anatomo-cytopathologie (cf. fiche LACP)
Les panels d’analyses sont présentés dans le catalogue du laboratoire qui est en ligne
(http://www.pasteur.mg). Un manuel de prélèvement avec toutes les recommandations relatives à l’étape
pré-analytique des analyses est aussi disponible en ligne et au laboratoire.
L’activité du CBC est sous démarche qualité en vue de l’accréditation à la norme NF EN ISO 15189.
Faits marquants de l’année : ouverture d’un nouveau centre de prélèvement en ville et ouverture les
samedis matin sur les deux sites.
nombre de B
1800000
1600000
1400000
1200000
1000000
800000
600000
400000
200000
0
119
déc.-14
nov.-14
oct.-14
sept.-14
août-14
juil.-14
juin-14
mai-14
avr.-14
mars-14
févr.-14
janv.-14
nombre de B
Nombre de dossiers
9000
8000
7000
6000
5000
4000
3000
2000
1000
0
Dem.
Tableau d’activité synthétique annuelle
Secteur
Biochimie
Immuno-sérologie
Hématologie
Microbiologie
Tableaux de résultats annuels
Demandes
Nombres de B
61 191
36 356
43 651
21 123
6 144 044
7 381 105
2 684 616
3 726 236
Le laboratoire participe aux activités de recherche de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) ainsi que
du Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP). Le laboratoire travaille surtout en collaboration avec les
autres unités de recherche de l’IPM. En 2014, les activités de recherche du laboratoire portaient sur :
- Etude du rôle de Mycoplasma pneumoniae dans l’asthme aigüe et la pneumonie aigüe de l’enfant à
Madagascar.
- Le projet ChARLI ou Children’s Antibiotic Resistant infections in Low Income countries: fiche
ChARLI
- Projet IMMI ou « Facteurs associés à la gravité des infections par le virus de la grippe, souche
A/H1N1pdm 2009 incluse, dans les pays en voie de développement » fiche IMMI
- Prévalence du diabète et de ses facteurs associés, et état des lieux de la prise en charge des patients
diabétiques, au sein de l’observatoire de population à Moramanga, Madagascar.
- Enquête nationale sur l’Iode et le Sel à Madagascar (ENISM2014)
Mise en perspective
Le CBC, dont les activités sont surtout diagnostiques, répond aux différentes missions pasteuriennes.
Le laboratoire sert d’observatoire biologique et en particulier microbiologique. Il est un support précieux à
plusieurs programmes de recherche et à la formation d’internes en biologie médicale (stage d’internat
validant obligatoire de 6 mois), de techniciens de laboratoire venant d’instituts de formation publics ou
privés.
Publications
-Rindra Vatosoa Randremanana*, Frédérique Randrianirina, Philippe Sabatier, Hanitra Clara
Rakotonirina,Arthur Randriamanantena, Iony Manitra Razanajatovo, Rila Ratovoson, and Vincent
Richard. Campylobacter infection in a cohort of ruralchildren in Moramanga, Madagascar. BMC Infect
Dis. 2014;14:372.
- Frédérique Randrianirina, Elisoa Ratsima Hariniana, Lova Ramparany, Rindra Randremanana,
Hanitra Clara Rakotonirina, Tahiry Andriamanantena, Fanjasoa Rakotomanana, Soatiana Rajatonirina,
Vincent Richard and Antoine Talarmin. Antimicrobial resistance of bacterial enteropathogens isolated
from stools in Madagascar. BMC Infect Dis. 2014;14:104.
Communications orales: néant
120
LACP
Laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques (suite CBC)
Correspondant :
Clairette RAHARISOLO
VOLOLONANTENAINA
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
Date de rédaction
4/02/2014
Responsable de l’activité :
Clairette RAHARISOLO VOLOLONANTENAINA, responsable technique du LACP du CBC,
[email protected]
Collaborateur :
Narindra RAKOTONANAHARY, responsable de la cytologie, [email protected]
Mots clés : Laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques, examens anatomopathologiques,
frottis cervicaux utérins, cancers du sein, immunohistochimie
Contexte et Justification
Le laboratoire d’anatomie et de cytologie pathologiques (LACP) est un secteur du Centre de Biologie
Clinique (CBC) de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Comme tous les autres secteurs du service, ses
activités sont à 99% des activités de diagnostic. Il travaille en collaboration avec les autres laboratoires
d’anatomie et de cytologie pathologiques d’Antananarivo et des laboratoires de l’Ile de France.
Ce qui marque l’année 2014 est l’augmentation des activités et la finalisation du projet interne sur la
détection et le génotypage des papillomavirus humains lies aux cancers du col de l’utérus en collaboration
avec l’unité de virologie de l’IPM.
Activités de diagnostic
Globalement en 2014, Il y a eu 6383 demandes d’examen (5410 en 2013 ; Figure 1) provenant de 6018
patients. Le nombre de B est égal à 677 410 (500 740 en 2013 ; Tableau I et II). L’augmentation est de 18%
en nombre de demandes et de 35% en nombre de B par rapport à l’année 2013.
Figure1 : Evolution des activités depuis 2006 à 2014
121
Tableau I : Examens effectués en 2013 et 2014
2013
n
2014
B
n
B
Frottis cervicaux utérins
3567
214 020
3944
236 640
Examens anatomopathologiques
Cytoponctions/cytologies diverses
Immunohistochimie
1472
336
37
210 430
33 520
42 770
1839
474
126
248 700
48 630
143 320
Total
5 412
500 740
6 383
677 290
1) Examens anatomopathologiques
Du 1er janvier au 31 décembre 2014, 1782 demandes d’examens enregistrés comportant 1839 types de
prélèvements (tableau II) ont été enregistrés.
Tableau II : Distribution des types de prélèvements anatomiques
Type de prélèvements anatomiques
Biopsies uniques, multiples, étagées ou biopsie exérèse
Pièces opératoires simples, pièces d’exérèse, cônisation,.…
Pièces opératoires complexes
Total
n
909
688
242
1839
%
49,4
37,4
13,2
Parmi les 1839 types de prélèvements, 38 étaient des blocs communiqués par d’autres laboratoires
d’anatomopathologie d’Antananarivo pour examen immunohistochimique. Ils représentaient 30,1% des
études immunohistochimiques réalisés dans le laboratoire.
Résultats anatomopathologiques
Sur les 1782 dossiers enregistrés, une pathologie tumorale a été observée dans 766 dossiers soit 43%
de tous les diagnostics, tout âge et sexe confondus. Il a été observé 457 cas de cancer qui représentaient
59,7% des pathologies tumorales et 25,6% de l’ensemble des diagnostics (tableau III). Ces cancers sont
distribués en tumeurs primitives (421 cas) et en tumeurs secondaires (36 cas). Au total, 71% des cancers
primitifs (300 cas) ont été diagnostiqués chez la femme à un âge moyen de 51 ans et 29% chez l’homme
(121 cas) à un âge moyen de 55 ans.
Le sein (130 cas) était la première localisation des cancers observés, avec ensuite le col utérin (52 cas)
suivi des ganglions (lymphomes non hodgkinien/Maladie de Hodgkin) et le segment colorectal
(respectivement 41 cas et 40 cas) (tableau IV).
Tableau III : Diagnostics anatomopathologiques du 01/01/2014 au 31/12/2014
Diagnostics
n
Pathologie inflammatoire
Tumeurs malignes
Tumeurs bénignes
Lésions dystrophiques
Tissus normaux
Pathologie de la grossesse
Lésions précancéreuses du col
Dysgénésie et anomalie chromosomique
Prélèvement non concluant
517
457
309
266
156
10
17
7
43
Total
1782
122
%
29%
26%
17%
15%
9%
1%
1%
0%
2%
Tableau IV : Localisations des cancers diagnostiqués du 01/01/2014 au 31/12/2014
Localisation
n
Sein
Col utérin
Tumeur ganglionnaire primitive
Segment colorectal
Peau
Médiastin
Poumon, plèvre
Estomac
Poumon, plèvre, bronche
Prostate
Thyroïde
Vessie, rein
Autres localisations
Tumeurs secondaires
130
52
41
40
20
15
12
12
12
11
11
9
58
34
Total
457
%
28,4
11,4
9,0
8,7
4,4
3,3
2,6
2,6
2,6
2,4
2,4
2,0
12,7
7,4
Etude immunohistochimique
Depuis l’instauration de cette technique, les demandes provenant des médecins et d’autres laboratoires
d’anatomopathologie ne cessent d’augmenter. En comparant avec l’année 2013, le nombre de demandes
d’immunohistochimie a triplé (126 vs 37). La moitié concerne des cancers du sein (63 cas) pour étude des
récepteurs hormonaux et du statut Her2-Neu. Onze cas de cancer du sein invasif « triple zéro » ont été
observés.
2) Frottis cervicaux utérins (FCU)
Le nombre de FCU a augmenté de 11% par rapport à l’année précédente (3944 vs 3567 en 2013).
Ils représentent 35% des activités (tableau I). Cette activité est assurée par le Docteur Narindra
Rakotonanahary. La classification de Bethesda 2001 est utilisée pour les comptes rendus (tableau V).
Tableau V : Résultats des FCU
CATEGORIE
DIAGNOSTIC
n
%
NILM Negative for
Frottis normaux
2038
51,7
intraepithelial lesion
Frottis inflammatoires
1523
38,6
or malignancy
Dystrophie cellulaire
220
5,6
Atypie malpighienne
ASC-US atypical squamous cells of undetermined significance
18
0,5
ASC-H atypical squamous cells cannot exclude HSIL
11
0,3
LSIL low-grade squamous intraepithelial lesion
21
0,5
HSIL high-grade squamous intraepithelial lesion
20
0,5
CENK carcinome épidermoïde non kératinisant
10
0,3
8
0,2
Sans Autres Indications
21
0,5
En faveur d'une néoplasie
15
0,4
0
-
38
1,0
1
-
CEK carcinome épidermoïde kératinisant
Atypie glandulaires
Adénocarcinome
Présence de cellules
endométriales
Inclassable
TOTAL
3944
123
Cytologies diverses :
Par rapport à l’année 2013, le nombre de demandes de cytologies diverses a augmenté de 46,7% (474 vs
323 en 2013 ; Tableau VI).
Tableau VI : cytologies diverses
REPARTITION
NOMBRE
%
LBA et liquide d'aspiration bronchique
118
24,9
Liquide pleural
108
22,8
LCR
72
15,2
Liquide d'ascite
54
11,4
Cytoponction mammaire et autres
52
11,0
Crachat
34
7,2
Autres liquides
36
7,6
TOTAL
474
Perspectives sur l’impact de l’activité
En 2014, les activités du LACP ont été en nette augmentation par rapport à l’année précédente. La
pratique de l’immunohistochimie a beaucoup contribué à cet essor. Tous les types d’examens sont
cependant concernés, qu’ils soient anatomopathologiques ou cytologiques. Nous estimons une
augmentation de 20% de nos activités en 2015.
Tests d’assurance qualité :
En 2014, six des dix tests d’assurance qualité organisés par l’AFAQAP (Association française
d’assurance qualité en anatomie et cytologie pathologiques) auxquels le laboratoire était inscrit ont été mis
en ligne et réalisés.
Publications:
- Bodo Linz, Clairette Romaine Raharisolo Vololonantenaina, Abdoulaye Seck, Jean-François Carod,
Daouda Dia, Nenoît Garin, Rado Manitrala Ramanampamonjy, Jean-Michel Thiberge, Josette
Raymond, Sébastien Breurec. Population Genetic Structure and Isolation by Distance of
Helicobacter pylori in Senegal and Madagascar. PLoS One. 2014;9(1):e87355
- Nomeharisoa Rodrigue Emile Hasiniatsy, Clairette Raharisolo Vololonantenaina, Hary
Fanambinantsoa Rabarikoto, Narindra Razafimanjato, Hasina Dina Ranoharison, Joelson
Lovaniaina Rakotoson, Luc Hervé Samison, Florine Rafaramino. First results of hormone receptors’
status in Malagasy women with invasive breast cancer. Pan Afr Med J. 2014;17:153.
Communications orales ou affichées : néant.
124
LHAE
Laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Alexandra BASTARAUD
+261 20 22 412 72
[email protected]
Responsables de l’activité :
- Alexandra BASTARAUD-CELESTIN, chef de service, [email protected]
- Noro RAVAONINDRINA, adjoint au chef de service, [email protected]
Date de rédaction
05/01/2015
Mots clés :
Sécurité alimentaire, environnement, contrôle sanitaire des eaux, pathogènes entériques
Le laboratoire d’hygiène des aliments et de l’environnement (LHAE) est un service de diagnostics en
microbiologie et en chimie des eaux et des aliments. Reconnu laboratoire de référence par le Ministère de la
Pêche et le Ministère de l’Elevage, il analyse les critères d’hygiène et de sécurité sur les produits
halieutiques et sur l’eau des établissements agréés (convention ASH, Autorité Sanitaire Halieutique). Il est le
seul laboratoire pour le contrôle sanitaire des eaux. Plateforme technique vouée au diagnostic des bactéries
pathogènes majeures transmises par l’eau ou les aliments, il développe désormais des formations
techniques en microbiologie et en qualité à l’endroit des laboratoires d’autocontrôle malagasy.
Le volume d’activités du laboratoire a été en augmentation de 11% par rapport à 2013. La progression
observée est essentiellement due au développement des analyses d’eau. Le LHAE a aussi intensifié son
effort d’investissement en équipant son unité de chimie pour l’évaluation de la pollution organique des eaux
(Azote de Kjeldahl, Demande chimique et biochimique en oxygène…).
Le 1er semestre 2014 a été consacré à la mise en place et à la validation de ces méthodes physicochimiques, grâce au concours du Réseau International des Instituts Pasteur et de la Fondation Pierre
Ledoux. Elles permettent désormais de caractériser le niveau de pollution des eaux superficielles.
En mai 2014, la participation au IXème salon de la Foire Internationale de Madagascar a permis au
laboratoire de mieux se faire connaitre du grand public, mais aussi d’échanger avec de potentiels
partenaires commerciaux.
En juin 2014, le LHAE a demandé et a obtenu 2 extensions de son accréditation COFRAC en LABGTA
23 (portée disponible sur www.cofrac.fr). Ceci lui permet, notamment avec la technologie IDEXX, d’apporter
en 24 heures une réponse sur la conformité bactériologique des eaux de consommation.
En juillet 2014, le Laboratoire d’Epidémio-Surveillance de la santé des crevettes (LES) a intégré le
LHAE et devient une plate-forme dédiée à l’épidémio-surveillance vétérinaire.
D’août à décembre 2014, le laboratoire a évalué la qualité des eaux de puits réhabilités ou construits
avec JSI/Mahefa (programme de santé financé par l’Agence des Etats-Unis pour le développement
international, USAID) en renforçant ses capacités de mesures sur site et en délocalisant la technologie
IDEXX dans les zones les plus enclavées de Madagascar. (315 puits)
En décembre 2014, a été pris en charge le dosage de l’iode urinaire, soit 1 700 échantillons, suite à
l’enquête financée par le programme de lutte contre les troubles dus à la carence de l’iode, UNICEF.
Tableaux d’activité synthétique annuelle
Le LHAE a analysé 10617 échantillons
et mesuré 38156 paramètres en 2014. Le
niveau d’activité reste soutenu et en terme
de nombre d’échantillons pris en charge,
2014 est la meilleure année depuis 6 ans.
La part des analyses réalisées sous
convention ASH (produits de la mer)
représente désormais 35% de l’activité. (2%)
125
CNR Salmonella, Vibrio, Shigella
Dans le cadre de ses missions de CNR, le laboratoire a sérotypé 102 souches du genre Salmonella
dont 10 provenaient d’isolats cliniques.
Les 10 principaux sérovars de Salmonella au CNR Salmonella, Vibrio, Shigella depuis 2007
2007
(N=21)
2008
(N=108)
2009
(N=46)
2010
(N=11)
2011
(N=31)
Enteritidis (4)
Enteritidis (11)
Typhi (4)
Typhimurium (1)
Typhimurium
(10)
Senftenberg (4)
2012
(N=30)
2013
(N=48)
2014
(N=102)
Typhimurium
(14)
Enteritidis (7)
Enteritidis (11)
Enteritidis (8)
Essen (5)
Hayindogo (2)
Muenchen
(7)
Essen (7)
1
Enteritidis (13)
Enteritidis (51)
2
Muenster (2)
3
Braendrup (1)
Typhimurium
(13)
Saintpaul (10)
Enteritidis
(10)
Hvittingfos
(4)
Give (4)
4
Othmarshen
(1)
Typhi (1)
Newport (7)
Anatum (3)
Newport (1)
Typhi (3)
Park roal (2)
Typhimurium
(4)
Saintpaul (2)
Bardo (5)
Bukavu (2)
OMS,HMC,y ;1,5
(1)
Stratford (1)
Fareham (1)
Dublin (2)
Virginia (1)
Anatum (1)
Holcomb (1)
Tananarive (5)
Muenster (2
Arizonae (2)
Salamae (2)
Aqua (2)
Hadar (2)
Typhi (2)
Sandiego (2)
Glostrup (2)
Hayindogo
(2)
Hilingdon (1)
Saintpaul (1)
Oyonnax (1)
Holcomb (1)
Anatum (2)
Hayindogo (2)
Muenster (2)
Newport (2)
Budapest (2)
5
6
7
8
9
10
Budapest (7)
Paratyphi A
(5)
Virginia (5)
Anatum (5)
Saintpaul (3)
Bardo (3)
Typhi (2)
Le nombre d’isolats a doublé, le laboratoire ayant réalisé la surveillance ponctuelle des viandes de
boucherie, tout circuit de distribution confondue. Le sérotype Enteritidis reste prédominant, isolats cliniques
compris.
Les isolats alimentaires sont en majorité des Salmonella non typhiques. Toutefois des S. enterica.
Paratyphi A (5) et Paratyphi B (1) ont été respectivement isolés de la viande de boucherie et de cressons.
Un isolat alimentaire de S. enterica Bahrenfeld a démontré un phénotype de résistance aux quinolones
(acide nalidixique, ciprofloxacine et norfloxacine).
Hormis les salmonelles, le LHAE a isolé 48 E. coli O157 :H7 (Vidas technologie et confirmation par
biologie moléculaire) essentiellement sur des produits carnés. Des phénotypes de résistance aux
antibiotiques sont observés, notamment à la colistine.
Mise en perspective
Etant le seul laboratoire accrédité COFRAC sur le territoire, le LHAE reste indispensable au
management de la sécurité sanitaire des produits d’exportation. Pour promouvoir la sécurité sanitaire des
aliments à Madagascar, il collabore au programme européen EDES–COLEACP (programme d’aide aux
pays ACP), et met en place des méthodes de détection de pathogènes émergents. Ce renforcement de
capacité permet de faire un état des lieux rapide et fiable sur les pathogènes circulant dans certaines filières
comme la filière bovine. Le laboratoire continue à recevoir les professionnels de l’agro-alimentaire et œuvre
au renforcement des capacités analytiques du pays.
126
CIV
Centre international de vaccination
Correspondant :
Ravoniaina RAMIANDRASOA
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
Date de rédaction
04/02/2015
- Ravoniaina RAMIANDRASOA, service médical, [email protected]
- Caroline ANDRIANJAFY, [email protected]
Mots clés : Vaccins, vaccinations internationales
Le Centre International de Vaccination (CIV) est un centre de consultation en matière de vaccination. Il
assure les vaccinations recommandées à Madagascar ou exigées pour les voyages internationaux. Il assure
aussi la réalisation d’intradermoréaction (IDR) à la tuberculine. Il est enfin fournisseur de produits utilisés en
allergologie à Madagascar.
L’activité a augmenté de 34% malgré des ruptures de plusieurs vaccins chez les fournisseurs. La
réalisation d’IDR à la tuberculine n’a été possible que 10 mois au cours de l’année 2014 à cause de
l’indisponibilité du produit.
Tableaux d’activité synthétique annuelle 2014
Tableau I : Nombre de vaccins administrés au CIV (hors vaccin amaril)
Nature du vaccin
Avaxim
Avaxim pédiatrique
Meningo A+C
Pneumo 23
ROR
Verorab
Infanrix Hexa
Tetavax
Typhim Vi
Dultavax
Vaxigrip
Pentaxim
Euvax B pédiatrique
Euvax B adulte
Varilrix
Nom générique du vaccin
Anti hépatite A
Anti hépatite A
Anti méningococcique A et C
Anti pneumococcique
Anti rougeoleux
Ourlien
Rubéoleuse
Anti rabique (préventif)
Anti diphtérique
Tétanique
Coquelucheuse
Poliomyélitique
Haemophilus Influenzae B
Hépatite B
Anti tétanique
Anti typhique
Anti diphtérique
Tétanique
Poliomyélitique
Anti grippal
Anti diphtérique
Tétanique
Coquelucheuse
Poliomyélitique
Haemophilus Influenzae B
Anti hépatite B
Anti hépatite B
Anti varicelle
Total
127
Nombre
vaccinations
%
531
590
1821
792
1839
3,18
3,53
10,91
4 ,75
11,02
199
283
1,19
1,70
163
1718
1035
0,98
10,29
6,20
3210
1056
19,23
6,33
1430
2012
12
8,57
12,05
0,07
16691
100
Tableaux de résultats annuels 2014
Tableau II : Vaccinations internationales
Nature du vaccin
Nom générique
du vaccin
2014
Stamaril
Anti fièvre jaune
2099
Tableau III : Test IDR à la tuberculine
Nature du produit
Nom générique
du produit
2014
Tuberculine
474
Tubersol
Mise en perspective
Le CIV envisage de développer une activité de vaccino-vigilance.
128
CTAR
Centre de traitement anti-rabique
Correspondant :
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
Date de rédaction
04/02/2015
- William RAKOTOMALALA, service médical, [email protected]
- Fara Marie Annie RANDRIANARIVONY, service médical, [email protected]
Mots clés : Rage, vaccination anti rabique
Suivant la convention de 1961, entre l’état malagasy et l’Institut Pasteur à Paris, le centre de traitement
antirabique de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) traite les personnes exposées à la rage et
approvisionne en vaccin anti-rabique, à ses frais, tous les centres de traitement antirabique de Madagascar.
- Ouverture effective des 4 nouveaux centres de traitement anti-rabique à Marolambo, Soanierana
Ivongo, Bekily et Manja. Ces sites ont été choisis après modélisation des délais de déplacement de toutes
les communes du pays vers les CTAR existants et potentiels, et des densités de population par commune
afin de maximiser l’impact de ces ouvertures de CTAR sur l’accessibilité physique de la vaccination. ;
- Célébration de la journée mondiale de la rage à Soavina Ambanitsena le 28 septembre ;
- Accord du comité d’éthique pour le protocole d’étude épidémiologique et socio-anthropologique des
facteurs de risque de survenue de la rage humaine à Madagascar ;
- Saisie des fiches de traitement des patients des CTAR du pays pour les années 2011-2012 et 2013.
Tableau I : Répartition des patients selon le type de traitement et l'application de sérothérapie
au début de la prise en charge (IPM)
Vaccin sur Culture
cellulaire
Protocole
Protocole
Thaïlandais
OMS
Patients
non traités
Total patients
reçus
Avec sérothérapie
Sans sérothérapie
2 098
3 918
9
21
0
106
1 811
3 692
Total
6 016
30
106
6 152
Tableau II : Répartition des caractéristiques des principales espèces animales selon les
caractéristiques décrites lors de la consultation initiale
Caractéristique de l’animal
Nombre
Pourcentage
Errant ou disparu
1 896
30,8
Domestique (propriétaire connu)
3 497
56,8
759
12,4
6 152
100
Domestique abattu ou mort de "maladie"
Total
Tableau III : Nombre de vaccins fournis aux centres de traitement anti-rabique de Madagascar
Centres de traitement antirabique
IPM
Autres CTAR
Total
2014
18 728
24 350
43 078
129
Mise en perspective
Mise en place d’une nouvelle base de données pour les patients du CTAR.
Communications affichées :
- Ravoniaina RAMIANDRASOA : « Fantaro ny haromotana »,Imerintsiatosika, Antananarivo
Centres de Traitement Anti-rabique (CTAR)
En vert les nouveaux centres
130
DISP
Dispensaire
Correspondant :
Email :
Téléphone :
+261 20 22 412 72
[email protected]
- William RAKOTOMALALA, service médical, [email protected]
- Fara Marie Annie RANDRIANARIVONY, service médical, [email protected]
Date de rédaction
4/02/2015
Mots clés : Dispensaire, médecine du personnel, médecine de travail
Le dispensaire de l’Institut Pasteur de Madagascar est ouvert gratuitement à son personnel et ses
ayants droits. Il propose un système de soins à tiers payant pour les prescriptions. Il sert aussi de support à
la médecine du travail.
Pour améliorer le diagnostic des affections respiratoires, et pour évaluer l’impact de la grippe sur la santé du
personnel de l’IPM ainsi que la pertinence éventuelle de sa vaccination, un prélèvement systématique de
tout le personnel présentant un syndrome grippal pour isolement du virus grippal a été effectué pendant
l’année 2014 : 104 prélèvements ont été réalisés.
Tableau I : Nombre de différentes consultations et visites
Type de consultation
Consultations générales
Visite systématique
Visite d’embauche
Visite de reprise
Consultations pour accident à l’exposition au sang
Consultations pour accident de travail
Nombre de patients
5015
208
64
9
0
5
Tableau II : Suites des différentes consultations
Suites des différentes consultations
Arrêt de travail
Repos médical
Assistance maternelle
Bilans biologiques
Examens spécialisés
Consultations spécialisées
Soins spécialisés
Prophylaxie
Hospitalisations
Nombre de cas
439
400
56
756
191
564
234
249
45
Tableau III : Nombre et pourcentage des consultants suivant les motifs de consultations
Motifs de
consultations
Respiratoires
Cardiologie
ORL
Gastro-entérologie
Gynéco-obstétrique
Chirurgie
Stomatologie
Ophtalmologie
MST
Maladies métaboliques
Dermatologie
Rhumatologie
Traumatologie
Allergologie
Nb
patients
903
640
490
344
318
40
263
203
32
272
231
216
117
113
%
18,00
12,76
9,77
6,86
6,34
0,80
5,24
4,05
0,64
5,42
4,60
4,31
2,33
2,25
Motifs de
consultations
Parasitoses
Neurologie
Maladies infectieuses
Néphrologie
Suivi d’une pathologie
Fièvre
Endocrinologie
Urologie
Cancérologie
Planning familial
Hématologie
Appareil locomoteur
Autres
Total
Nb
patients
157
73
63
31
38
79
38
28
49
11
10
1
255
5015
%
3,13
1,46
1,26
0,62
0,76
1,58
0,76
0,56
0,98
0,22
0,20
0,02
5,08
100
Mise en perspective
Les locaux du dispensaire seront remis à neufs et agrandis afin d’améliorer l’accueil du personnel et de
leurs ayant-droits.
131
LC Bilharziose
Correspondant :
Vololomboahangy
RAVAOALIMALALA
Laboratoire central de la bilharziose
Email :
Téléphone :
+261 20 22 412 72
[email protected]
Date de rédaction
24/01/2014
Lieux de travaux
- Vololomboahangy RAVAOALIMALALA, chef d’unité helminthiases,
[email protected]
- Fabienne RASOAMANAMIHAJA, laboratoire central bilharziose,
[email protected]
- Pascaline RAVONIARIMBININA, laboratoire central bilharziose,
[email protected]
Mots clés : Bilharziose, géo helminthiases
Le laboratoire central bilharziose, laboratoire du Ministère de la Santé Publique rattaché au Service de
Lutte contre les Maladies Epidémiques et Négligées (SLMEN) de la Direction des Urgences et de Lutte
contre les Maladies Transmissibles (DULMT), sous la responsabilité technique de l’Institut Pasteur de
Madagascar, assure la surveillance épidémiologique de cette maladie.
Depuis 2008, le laboratoire assure le suivi et l’évaluation de la distribution de masse de médicaments
(DMM) contre la schistosomiase et les géo helminthiases (i.e. helminthes transmissibles par le sol), dans le
cadre de la lutte contre les Maladies Tropicales Négligées (MTN).
Fait marquant de l’année
Un projet de mise à jour de la prévalence de la filariose lymphatique, des schistosomiases et des géo
helminthiases des 5 régions du Sud de Madagascar, « PAUSENS » dans le cadre de Traitement de Masse
en Médicament contre les Maladies Tropicales Négligées, financé par la Banque Mondiale a été mené cette
année.
1- Enquêtes épidémiologiques.
- Une évaluation rapide de la situation de la schistosomiase (intestinale et uro-génitale) et des géo
helminthiases a été menée à Antsiranana I et II, région DIANA au mois de Février 2014,
- Une évaluation rapide de la situation de la schistosomiase ((intestinale et uro-génitale) et des géo
helminthiases a été mené dans le district de Mahabo en collaboration avec le SCI (Schistosomiase
control initiative).
2- Enquêtes malacologiques à la recherche des bullins (hôte intermédiaire de la Bilharziose urinaire)
dans le lac et les marécages à proximité des villages
Une mission conjointe avec celle du service d’entomologie dans le district de Miandrivazo a été réalisée
au mois de mai 2014. Ceci a permis de relancer au laboratoire l’élevage de Bulinus obtusispira, hôte
intermédiaire de Schistosoma haematobium.
3- Autres activités
- Formation des stagiaires en Médecine (4è année).
- Installation de 7 équipes de terrain sur 8 du projet PAUSENS au mois d’octobre 2014.
- Accueil et formation de Docteur Nicolas LEBON, en stage d’observation (stage CAPA) au mois
d’octobre 2014.
- Supervision de la campagne de Traitement de Masse en Médicament (TMM), dans le district de
Marovoay, Antsohihy et de Maevatanana (en matière de lutte contre les MTN en collaboration avec le
SCI) au mois de novembre 2014.
- Activités de formation des formateurs à Ambovombe (région d’Androy) au mois de décembre 2014,
pour la préparation de la 2è campagne de TMM/PAUSENS, projet concernant les 5 régions du Sud de
Madagascar tel que Haute Matsiatra, Amoron’i Mania, Vatovavy Fitovinany, Atsimo Atsinanana, et
Androy en matière de lutte contre les maladies négligées.
Un total de 965 personnes (élèves et instituteurs) ont accepté de participer aux enquêtes
épidémiologiques effectuées en milieu scolaire. Les résultats présentés ci-dessous sont uniquement ceux
des élèves âgés de 6 à 16 ans.
132
Schistosomiase
District ou
commune
Nb écoles ou
Fokontany visités
(nb personnes)
Antsiranana I
Antsiranana II
3 (183)
13 (782)
Prévalence Schistosomiase
intestinale à S. mansoni
(minima – maxima)
0,5% (0 – 1,6%)
0.1%
Prévalence Schistosomiase
uro-génitale à S. Haematobium
(minima – maxima)
40.4% (11,5 – 95,7%)
23.7% (1,7-83,9%) >50% dans 1 école
Et ≥10% et<50% dans 6 écoles
L’intensité moyenne des infections (moyenne arithmétique) à S. mansoni chez les positifs était très forte
(1200 opg) pour le district d’Antsiranana I, tandis que celle-ci était assez basse, de l’ordre de 24 œufs par
gramme de selles (opg) pour Antsiranana II.
L’intensité moyenne des infections à S. haematobium pour Antsiranana I était de 430 œufs pour 10 mL
d’urines, et de 91 pour 10mL pour celle d’Antsiranana II (tous > 50 œufs pour 10 mL d’urine).
Géohelminthiases
District ou
commune
Prévalence
Trichocephalose
(minima – maxima)
Effectifs
enquêtés
Prévalence Ascaridiase
(minima – maxima)
Prévalence Ankylostomiase
(minima – maxima)
Antsiranana I
183
2.2% (0 – 6,7%)
<20% dans toutes les écoles
13.1% (1,8 – 23,3%)
>20% dans 1 école
2,7% (0-8,3%)
<20% dans toutes les écoles
Antsiranana II
759
5.4%(0 – 25,4%)
>20% dans 1 école
6% (0 – 18,6%)
Pas d’école>20%
9,6% (0 – 28,3%)
>20% dans 2 écoles
Les intensités des infections moyennes à Ascaris lumbricoïdes étaient de 3822 opg pour Antsiranana I,
et de 4744 opg pour Antsiranana II.
Les intensités des infections moyennes au Trichuris trichura étaient de 685 opg pour Antsiranana I, et
de 600 opg pour Antsiranana II.
Les intensités des infections moyennes à l’Ankylostoma étaient de 120 opg pour Antsiranana I et de
179 opg pour Antsiranana II.
Les autres helminthes retrouvés étaient les Oxyures chez 6 personnes et l’Hymenolepis chez 4
personnes.
Mise en perspective
Les résultats obtenus permettent au programme de lutte contre les MTN de planifier, de prioriser, ainsi
que de rationnaliser la TMM qui en est la politique nationale contre ces MTN.
Ils leur permettent aussi d’étayer leurs activités de plaidoyer.
Les communautés exposées à un risque élevé de schistosomiase et celles exposées à un risque faible
ou élevé aux géo helminthiases sont ciblées pour la distribution de masse de médicaments contre ces
helminthiases organisée par le Ministère de la Santé Publique. Celles exposées à un risque faible de
schistosomiase et les cas positifs en téniasis vont bénéficier des traitements ciblé.
Les résultats permettent aussi de faire le « suivi et évaluation » de l’activité de TMM.
133
CNRM
Centre national de référence des mycobactéries
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Voahangy RASOLOFO
+261 20 22 412 72
22/12/2013
[email protected]
- Andrianantenaina RAKOTOSON, unité des mycobactéries
Mots clés : Tuberculose, diagnostic, microscopie, culture, résistance, tests moléculaires
Le centre national de référence des mycobactéries (CNRM) comprend le Service de laboratoire des
mycobactéries du ministère de la santé (SLM) à l’institut d’hygiène sociale (IHS) et le laboratoire des
mycobactéries de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM).
Le Laboratoire des mycobactéries de l’IPM effectue le diagnostic de la tuberculose (TB) pour le centre
de biologie clinique (CBC) de l'IPM, le programme national de lutte contre la tuberculose (PNLT, Ministère
de la Santé), les activités de surveillance de la résistance pour le PNLT et les activités de recherche. Tous
les échantillons sont analysés par microscopie à fluorescence après coloration à l’auramine. La culture est
demandée pour les cas de tuberculose de diagnostic difficile (tuberculose pulmonaire à microscopie
négative, tuberculose de l’enfant, tuberculose extrapulmonaire), des enquêtes et des projets de recherche.
Le test GeneXpert MTB/RIF (Cepheid) est réalisé pour la détection de la résistance à la rifampicine (RIF)
chez les cas déjà traités (échec, rechute ou reprise de traitement), pour lesquels les tests de sensibilité
(tests génotypiques HAIN et méthode des proportions sur milieu de Löwenstein-Jensen [LJ]) sont également
effectués. Par ailleurs, ces derniers ont essentiellement un intérêt dans la surveillance épidémiologique de la
résistance aux antituberculeux et de manière plus spécifique de la multirésistance (MDR) à au moins
l’isoniazide (INH) et la RIF, ainsi que pour les enquêtes dans le cadre d’une convention entre l’IPM et le
PNLT.
Faits marquants de l’année 2014 :
- La culture en milieu liquide MGIT a été mise en place dans le cadre du programme TB-MR.
- Les résultats obtenus pour le test GeneXpert et le test MTBDRplus (HAIN) ont permis au PNLT de
modifier sa stratégie de dépistage des tuberculoses multirésistantes (TB-MR).
- Le test moléculaire LoopampTM MTBC (voir fiche TB-LAMP) a fait l’objet d’une étude d’évaluation.

Prélèvements reçus
Organisme demandeur
CBC (IPM)
Recherche
PNLT :
CNRM
TB-MR
Total

Pourcentage
41,3%
15,8%
1003
590
3 707
27,1%
15,9%
Microscopie
Type d’échantillons
Pulmonaire
Extrapulmonaire
Total

Nombre
1 530
584
Négative
2 310
330
2 640
Positive (%)
969 (29,6)
12 (3,5)
981 (27,1)
Non faite
55
31
86
Total
3 334
373
3 707
Culture sur milieu de Löwenstein-Jensen
Type
Négative
Positive
En
Prélèvement
d’échantillons
(%)*
cours
contaminé
Pulmonaire
1118
941 (45,7)
78
7
Extrapulmonaire
205
47 (18,7)
58
1
Total
1323
988 (42,8)
136
8
* Pourcentage calculé par rapport aux résultats disponibles
134
Total
2 144
311
2 455

Identification (par test SD MPT64 et, si confirmation nécessaire, par les tests biochimiques et/ou par
GenoType Mycobacterium CM/AS [HAIN])
Type d’échantillon
Pulmonaire
Extrapulmonaire
Total
Complexe
M. tuberculosis
880
45
925
Mycobactérie
atypique
6
0
6
En attente
Total
55
2
57
941
47
988

ère
Résistance aux antituberculeux de 1
Résistance
Inconnu
Sensibles
3
Résistant s à INH seul
0
Résistants à RIF seul
0
1
MDR
1
Total
4
1
Multirésistance à au moins INH et RIF

ligne INH et RIF par la méthode des proportions sur LJ
Reprise
6
0
0
0
6
Total
48
3
3
4
58
Nouveau cas
0
0
0
Echec
1
0
1
Détection de M. tuberculosis (MTB) avec le test moléculaire GeneXpert MTB/RIF
Cas testés
MTB détecté
MTB non détecté
Ininterprétable
Total

Rechute
19
0
0
2
21
Résistance aux antituberculeux de 2nde ligne (ofloxacine, kanamycine, amikacine, capréomycine)
Cas testés
Sensibles
Résistants
Total

Cas
Echec
2
0
0
1
3
Nouveau cas
18
3
3
0
24
Microscopie positive
Culture
Positive
Négative
433
50
12
5
1
0
446
55
Microscopie négative
Culture
Positive
Négative
110
56
28
549
0
8
138
613
Dépistage des patients avec souches résistantes à la RIF avec le test GeneXpert MTB/RIF
Test GeneXpert
Résistance à RIF par test MTBDRplus (HAIN)
Détectée
Non détectée
Indéterminée
Résistance à RIF
16
détectée
Résistance à RIF non
10
détectée
Indéterminée
1
Test non fait
7
Total
27
1
Méthode indirecte des proportions critiques
1
Test de résistance à RIF sur milieu LJ
Résistant
Sensible
Non fait
10
1
2
0
33
389
9
1
30
617
10
4
7
2
18
50
3
41
251
11
21
135
660
CCOMS Peste
Centre collaborateur OMS pour la lutte et les recherches sur la peste
Correspondant :
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
Date de rédaction
27/01/2015
Directeur du Centre :
- Christophe ROGIER, direction, [email protected]
- Jean Michel RAZAFIMAHATRATRA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected]
- Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unité peste, [email protected]
L’unité peste de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) a été désignée quatre fois centre collaborateur
OMS (CCOMS) pour la lutte et les recherches sur la peste. Le premier mandat de 4 ans de CCOMS a été
accordé en mai 1998, le deuxième en avril 2004 et le troisième en juillet 2009. Pour ces 3 premiers mandats,
le centre collaborateur (CC) a assuré la mise en œuvre des activités répondants aux mêmes termes de
références. Lors de la désignation pour le quatrième mandat de juin 2014 à juin 2018, une proposition de
termes de références a été reçue du responsable au siège de l’OMS à Genève. En conséquence, les
activités y afférentes ont été établies par le CC. L’Officier Régional de l’OMS a approuvé les activités
proposées et la décision de désignation après étude de dossier par une commission a été rendue officielle
au mois de juillet 2014.
Termes de références (TDR) pour le mandat du CCOMS de juin 2014 à juin 2018
1. Fournir à l’OMS une expertise technique pour l’identification des souches et leur susceptibilité aux
antibiotiques, ainsi que pour la surveillance épidémiologique, l’investigation et le contrôle des épidémies ;
2. Participer aux formations organisées par l’OMS relatives aux techniques de laboratoire et aux
mesures de contrôle de la peste ;
3. Sur demande de l’OMS et dans la mesure des moyens du CC, fournir des tests de diagnostic rapide
aux pays touchés par une épidémie ;
4. Contribuer à l’élaboration ou actualisation des guides pour le diagnostic biologique de la peste.
Faits marquant de l’année
L’année 2014 a été marquée par le début du quatrième mandat avec la mise en place des activités
proposé dans le plan de travail.
La surveillance épidémiologique de la peste à Madagascar semble être fonctionnelle, mais des
problèmes organisationnels et de gouvernance ressentis de la base jusqu’au niveau central du système de
santé se sont exprimés par des difficultés dans le contrôle d’épidémies. Deux réunions-ateliers en présence
d’un expert de l’OMS ont dû être organisées par le CCOMS pour tenter d’améliorer la situation. Elles entrent
dans le cadre du TDR 1 (fournir à l’OMS une expertise technique pour la surveillance épidémiologique et le
contrôle des épidémies).
Atelier d’élaboration de plan de contingence pour la prise en charge de pestes pulmonaires en
zone urbaine (13-14 février 2014) : Les larges épidémies de peste pulmonaire vers la fin de l’année 2013
ont montré qu’elles pouvaient rapidement s’étendre loin des foyers reculés initiaux. En effet, le risque de voir
émerger une épidémie de peste pulmonaire en milieu urbain est actuellement élevé. Etant donné l’état
actuel de préparation et de coordination des acteurs, les conséquences de ce type d’épidémie pourraient se
compter rapidement en dizaines ou centaines de cas et de morts. De plus, la présence d’épidémie de peste
en zone urbaine peut avoir des conséquences sociales (panique, comportements irrationnels, agressions à
l’endroit des acteurs de santé, des autorités ou des boucs émissaires…), économiques (tourisme,
commerce…) et internationales, d’où l’importance de l’élaboration d’un plan de contingence en milieu
urbain. Avec l’appui de l’OMS, l’organisation et le financement de l’IPM et l’appuis des autres partenaires, le
gouvernement de Madagascar a développé un plan de réponse d’urgence pour mieux faire face à la
recrudescence actuelle de la peste et surtout à sa forme pulmonaire. Ce plan de contingence, couvrant une
période d’une année, illustre la coordination et l’opérationnalisation de la prise en charge des cas, de
l’investigation et riposte, de la surveillance et prévention selon trois scénarii possibles. Les informations
contenues dans ce plan nécessitent des mises à jour annuelles sur la base des leçons apprises des saisons
précédentes.
Evaluation des risques d’épidémie de peste pulmonaire dans la capitale et de diffusion de la
peste vers d’autres pays à partir du foyer côtier à Mahajanga (4 au 9 décembre 2014) : Les évènements
récents laissent augurer que les deux grandes villes Antananarivo et Mahajanga sont sous la menace
136
d’épidémies de peste. Un cas de peste pulmonaire décédé a été rapporté à Ankasina (un bidonville avec
une densité de population élevée à Antananarivo). Par ailleurs, la circulation de Yersinia pestis a été
identifiée chez les rongeurs dans le quartier de Marolaka épicentre des précédentes épidémies de peste
dans la ville portuaire de Mahajanga. Le défi pour ces zones est rendu compliqué par la densité de la
population et par la présence de portes d’entrée concernés par le RSI (règlement sanitaire internationa ;
Aéroport international et grand port). Une mission mixte OMS-IPM-MinSan a été menée dans ces zones
pour évaluer les risques de peste et le fonctionnement du système de santé (alerte, isolement, mesure de
contrôle, …..). Elle consistait à des entretiens avec les responsables impliqués dans la prise en charge et la
riposte, à des réunions avec les autorités sanitaires, à des visites des sites sensibles et à des formations.
Il a été constaté que les risques étaient bien présents, les personnels de santé n’étaient pas préparés, la
population n’était pas sensibilisée et les structures n’étaient pas adaptées. Des recommandations formulées
dans ce sens ont été adressés aux responsables du Ministère de la santé, des ONG et des représentants
d’autres entités ministérielles constituant l’équipe pluridisciplinaire impliquée dans la lutte contre la peste.
Pour répondre au TDR 3, le CCOMS a produit 2600 tests de diagnostic rapide de la peste en 2014 avec
le support de l’OMS (SPHQ2014-APW-251 pour 1000 tests) et de l’IPM. Trente et un districts à Madagascar
ont bénéficié d’une dotation de 1581 tests de diagnostic rapide de la peste et 1573 kits de prélèvement.
Le CCOMS a participé à l’élaboration d’un questionnaire auto administré pour une première évaluation
des capacités des laboratoires nationaux en Asie du sud-est dans le cadre d’un projet de renforcement des
capacités de diagnostic des pathogènes dangereux (EDPLN) dont la peste fait partie (juillet 2014).
Le CCOMS est aussi un laboratoire de référence pour le contrôle qualité externe des laboratoires en
Afrique dans le cadre du programme « WHO proficiency testing scheme” et le “national heath laboratory
service” en Afrique du Sud. Six échantillons ont été référés au CCOMS en 2014.
137
LC Peste
Laboratoire central de la peste : surveillance de la peste humaine
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Date de rédaction
+261 20 22 412 72
19/01/2015
[email protected]
Responsables de l’activité
- Jean-Michel RAZAFIMAHATRATRA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected]
- Maherisoa RATSITORAHINA, unité épidémiologie, [email protected]
- Voahangy ANDRIANAIVOARIMANANA, unité peste, [email protected]
- Mamy RATSIMBA, LCP/SLMEN/MSanP, [email protected]
Mots clés : Peste, humaine, Madagascar
La peste est endémique à Madagascar et reste encore un problème de santé publique préoccupant
depuis son introduction sur les hautes terres en 1921. La surveillance de cette maladie transmissible, partie
du programme national de lutte contre la peste (PNLP), est assurée par le laboratoire central de la peste
(LCP) sous la supervision technique de l’unité peste de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) et s’inscrit
plus largement dans la surveillance internationale prescrite par le Règlement Sanitaire International (RSI).
Tous les cas suspects de peste observés dans les centres sanitaires périphériques doivent être prélevés et
envoyés au LCP pour confirmation. Toutes les informations de la fiche de déclaration de cas de peste
humaine sont saisies dans une base de données informatisée (Logiciel ACCESS) permettant de faire
l’analyse de la situation épidémiologique de cette maladie à Madagascar.
Les évènements du mois de décembre 2013 n’avaient pas été pris en compte dans le rapport d’activités
de l’année 2013.
Comparé à l’année 2013 à la même période (1 janvier au 31 décembre), l’année 2014 a été marquée à
Madagascar par une baisse du nombre de cas déclarés de peste (481 vs 685 en 2013), avec une diminution
importante de la proportion de forme pulmonaire (12.13% vs 27.3% en 2013). En revanche, le taux de
létalité a augmenté (23,9 % vs 17,2% en 2013), suggérant une dégradation de la prise en charge des cas.
Le nombre de cas confirmés de peste est resté sensiblement le même (168 vs 197 en 2013). Par ailleurs,
les objectifs du programme national (édition 2012) d’un taux de létalité due à la peste maintenu inférieur à
14% et une absence de peste pulmonaire, sont loin d’être atteints. La situation des 10 dernières années est
illustrée dans la figure 1.
Taux de létalité
Cas déclarés
800
30
700
25
600
20
500
400
15
300
10
200
5
100
0
0
2005
2006
2007
Confirmés
2008
2009
Probables
2010
2011
Suspects
2012
2013
2014
Taux de létalité
Figure1 : Situation de la peste humaine à Madagascar de 2005 à 2014
Investigation d’épidémies
Devant des situations particulières ou inhabituelles, bouffée épidémique, recrudescence, mortalité
importante, peste pulmonaire, nouveau foyer…, des investigations ont été menées en fonction des moyens
er
disponibles. Du 1 décembre 2013 au 31 décembre 2014, cinq districts ont fait l’objet d’investigations
épidémiologiques
et/ou
rodento-entomologiques :
Mandritsara,
Soanierana
Ivongo,
Ikongo,
Tsiroanomandidy et Antananarivo Renivohitra. Les objectifs des investigations étaient :
- d’identifier la source de l’infection,
- d’identifier l’ensemble des cas dus à l’épisode épidémique,
- de caractériser les risques liés aux rongeurs,
138
- de tester la sensibilité des puces aux insecticides,
- d’évaluer l’efficacité du PNL contre la peste, et
- d’émettre des recommandations aux autorités concernées.
Mandritsara (8 au 20/12/2013) : une alerte parvenue au LCP le 3/12/2013 rapportait 20 malades suspects
de peste pulmonaire et 17 cas décédés. Des symptômes tels que des douleurs thoraciques, vomissement
sanguinolant et mort subite ont été décrits. Le cas index était un tradipraticien de 70 ans du Fokontany (Fkt)
de Beranimbo – Commune rurale (CR) Ampatakamaroreny ayant contaminé une partie de la population. Il a
été fait état de 7 décès et 22 malades suspects. La maladie s’est ensuite propagée dans 2 villages d’un Fkt
de la commune voisine d’Antanambaon’Amberina avec 10 décès et 3 cas suspects. La méconnaissance de
la maladie (coutume et superstition), l’enclavement ainsi que le retard de prise en charge ont contribué à la
propagation de cette épidémie avec un bilan de 20 décès (19 suspects et 1 probable) et 25 cas vivants. Un
cas probable vivant de Beranimbo s’est enfui à Tsararapaka-Anteny (Soanierana Ivongo) et a été l’origine
d’une épidémie de peste dans cette zone préalablement indemne.
Soanierana Ivongo (21 au 28/12/2013) : cette zone ne fait pas partie des foyers historiques de peste.
L’alerte reçue rapporte une épidémie de peste pulmonaire secondaire au foyer actif de Mandritsara (Fkt
Beranimbo). La source de l’épidémie était une femme très fatiguée et malade (douleur thoracique, fièvre)
venant du district de Mandritsara, elle s’est fait masser par une tradipraticienne avant de décéder. Cette
dernière a succombé à son tour, ainsi que la plupart des membres de sa famille et d’autres personnes à
Ambodirafia. Au total, 10 décès et 20 cas vivants ont été recensés à Ambahinkarabo, Ambodirafia,
Ambodivoanio, Antsirangavo, Sahafary et Tanambao I.
Ikongo (13 au 23/12/2013) : une alerte de peste pulmonaire a été reçue en décembre 2013, plus de dix ans
après la dernière épidémie enregistrée dans cette zone (1998 à 2000). L’origine de la maladie est suspectée
se situer dans la forêt. Un garçon a rendu visite à ses parents dans un corridor forestier (zone d’endémie
pesteuse) où il est tombé malade avant de revenir à Antarafanananaka. Il est décédé 3 jours après son
arrivée. C’était la source des décès successifs. Les enquêtes menées dans différents hameaux du Fkt de
Mamolifoly rapportaient 13 cas de décès et 28 cas vivants dont la majorité est de forme pulmonaire (81%).
Des rats morts ont été retrouvés dans la forêt.
Tsinjoarivo-Tsiroanomandidy (6 au 14/10/2014) : au mois d’aout 2014, 3 cas suspects de peste
bubonique dont un décédé ont été signalés dans la CR de Tsinjoarivo-SSD Tsiroanomandidy. Il s’en est
suivi une épidémie de peste bubonique qui s’est étendue sur plusieurs Fkt au sein des 2 CR voisines
(Tsinjoarivo et Ambatolampy). La recherche active des cas a montré 11 cas (8 vivants et 3 décès du 1er
septembre au 12 octobre 2014) avec un taux de létalité globale de 27% dans la CR d’Ambatolampy et 19
cas (8 vivants et 11 décès) avec un taux de létalité globale de 58% dans la CR de Tsinjoarivo. Des captures
de puces libres et de rongeurs ont également été effectuées dans 5 Fkt (Antanimbaribe, Fonoraty,
Bemananasy, Soamahatamana et Miarikofeno). La circulation active de Y. pestis dans les Fkt de
Bemananasy et Soamahatamana a été démontrée.
Ankasina-Antananarivo (17 au 21/11/2014) : un cas de décès dû à la peste pulmonaire secondaire a été
notifié le 14 novembre 2014 par la direction régionale de la santé (DRS) d’Analamanga. Il s’agissait d’une
jeune femme de 21 ans qui résidait dans le quartier d’Ankasina, district d’Antananarivo Renivohitra. Son
décès est survenu 5 heures après son admission au centre hospitalo-universitaire de Befelatànana pour
l’altération de son état général après passage dans plusieurs structures sanitaires de la ville. Ce cas a été
confirmé biologiquement sur prélèvement post-mortem. Ses contacts ont reçus des chimio prophylaxies. Des
investigations autour de ce décès de peste ont été menées par l’IPM ainsi qu’une sensibilisation des
habitants sur la peste.
Impacts & Perspectives
Les crises socio-politico-économiques ont eu beaucoup d’impact sur la survenue et la gestion de ces
épidémies de peste. Il faut reconnaître une large défaillance du système de surveillance de la peste, de la
périphérie avec souvent uen incapacité à diagnostiquer les premiers cas, jusqu’au niveau central pour
assurer l’approvisionnement en intrants , et soutenir ou mobiliser les services pour le contrôle des
épidémies. Les informations et/ou retro informations sont retenues au niveau central. Les autorités sanitaires
n’arrivent plus à détecter une réémergence à temps et à gérer l’épidémie de peste bubonique pour prévenir
le décès et l’évolution vers la forme pulmonaire très contagieuse. Ces responsables ont perdu leur crédibilité
vis-à-vis de la population. L’intervention des guérisseurs traditionnels ne fait qu’aggraver la situation. Une
évaluation des composantes du programme national serait d’une importance capitale pour permettre de
retrouver une stratégie de sensibilisation, de surveillance, de lutte et de riposte efficace.
139
SurvArbo
Correspondant :
Surveillance des arboviroses à Madagascar
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Laurence RANDRIANASOLO, unité d’épidémiologie, [email protected]
- Ministère de la Santé Publique, Madagascar
Date fin : 31/12/2014
Durée (mois) : 12
Financements :
Mots clés : Chikungunya, Dengue, Arbovirus, Fièvre de la Vallée de Rift,
Surveillance
Date de rédaction
12/01/2015
Lieux des travaux :
Madagascar
Toamasina,
Mahajanga,
Antsiranana,
Taolagnaro
Budget total :
7 500 €
Contexte & justification :
Depuis 2007, le laboratoire national de référence (LNR) des arboviroses, en collaboration avec l’unité
d’épidémiologie et les services de la direction des urgences et de la lutte contre les maladies négligées
(DULMN) et le service de surveillance épidémiologique (SSEP) a participé au fonctionnement du réseau
sentinelle de surveillance des fièvres. Cette surveillance porte non seulement sur les arboviroses (syndrome
dengue-like), mais aussi d’autres causes de fièvres dont le paludisme et la grippe. Ce projet permet un suivi
en temps réel de l’évolution des causes de fièvres dans 33 sites sentinelles. Au sein de ce réseau, 4 sites,
Toamasina, Mahajanga, Antsiranana et Taolagnaro sont aussi des sites sentinelles biologiques qui envoient
hebdomadairement au LNR des prélèvements de patients suspects d’arboviroses.
Objectifs :
La surveillance biologique est complémentaire de la surveillance clinique des arboviroses. Elle permet
d’une part de confirmer une infection par un arbovirus chez les cas suspects au cours d’une augmentation
d’incidence saisonnière ou épidémique, de disposer d'un système d'alerte précoce de situation épidémique,
d'attester la réalité d'une épidémie et d'en confirmer l'origine afin d'assurer une riposte rapide et adaptée.
Elle permet d’autre part, pendant la période inter-épidémique, de confirmer ou non la circulation d’arbovirus
(passage à l’endémicité).
Méthodes :
Chaque semaine, les 4 sites sentinelles biologiques prélèvent au maximum 5 patients présentant les
critères cliniques d’une arbovirose qui sont alors acheminés au LNR. Les résultats sont transmis en retour
au centre sentinelle, à l’unité d’épidémiologie de l’IPM, à la DULMN, à la DVSSE ainsi qu’aux responsables
de la surveillance clinique pour diffusion.
Résultats et discussion :
En 2014, le LNR a reçu 230 prélèvements dont 146 envoyés par les 4 sites sentinelles biologiques
(Tableau). Cela reste encore très en dessous (4 fois moins) du nombre maximum attendu (1040). Le nombre
des échantillons reçus via les sites sentinelles biologiques reste en dessous du nombre moyen de
prélèvements reçus durant les années précédentes (moyenne= 240).La répartition des prélèvements par
sites est très hétérogène puisque 31% et 23% proviennent respectivement du site sentinelle d’Antsiranana
et de Toamasina. Le site sentinelle de Taolagnaro reste inactif en surveillance biologique. Le problème de
transport d’échantillon reste la principale raison de cette inactivité.
Au niveau régional, en mars 2014, le LNR a reçus 8 prélèvements en provenance de l’Union des
Comores. Deux (2) des échantillons reçus des îles des Comores étaient positifs en DENV-sérotype 2.
Une circulation du virus DENV-2 a été mise en évidence en janvier/février 2014 à Vohipeno (3 fois) et à
Toamasina (1 fois). Des preuves sérologiques d’infection par le virus de la Dengue ont été mises en
évidence à Mahajanga en janvier 2014 et à Toamasina en juillet 2014. Des preuves sérologiques d’infection
par le virus West-Nile et par le virus Wesselsbron ont été détectées à Antsiranana respectivement en mai et
en décembre.
Conclusion :
La surveillance des arboviroses à Madagascar est fonctionnelle. Le nombre moyen d’échantillons
attendus fixé à 5 par semaine n’a pas été atteint. Le nombre d’échantillon a varié entre 0 et 9 selon les
périodes. Il peut refléter la situation réelle en termes de circulation d’arbovirus responsables d’une
manifestation fébrile. Malgré la baisse du nombre de prélèvements reçus par rapport aux années
précédentes, la surveillance a permis de détecter une circulation sporadique du virus de la Dengue à
140
Toamasina et à Vohipeno (hors site sentinelle) et reste un moyen incontournable pour les prises de décision
en cas de circulation virale potentiellement épidémique.
Tableau : Nombre des sérums reçus au LNR et nombre de virus isolés, janvier au 31 décembre 2014.
Prélèvements
précoces
Prélèvements
tardifs
Virus détectés
(Sérologies positives)1
Statut indéterminé
(%)
Toamasina
37
18
1 DENV-2 (1 DEN)
19 (51,3)
Antsiranana
53
20
0 (1 DEN, 1 WESS)
31 (58,5)
Mahajanga
13
5
0
8 (61,5)
Taolagnaro
0
0
0
0
Ambositra
2
0
0
2 (100)
Ambato Boeny
1
0
0
1 (100)
Mananjary
5
0
0
5 (100)
Moramanga
14
0
0
14 (100)
Nosy Be
4
2
0
2 (50,0)
Tsiroanomandidy
1
0
0
1 (100)
Comores
8
0
2 DENV-2 (1 DEN)
5 (62,5)
Autres
47
0
3 DENV-2(1 DEN)
43 (91,4)
Total Patients
185
45
6 DENV-2 (3 DEN)
131 (70,8)
Hors sites
sentinelles
Sites sentinelles
cliniques
Sites
sentinelles
biologiques
Transmetteurs
1
DENV = Infection aigüe par le Virus de la dengue (présence d'ARN viral avec ou sans présence d'IgM dirigée contre
DENV). DEN = Infection récente probable par DENV (présence d’IgM dirigée contre DENV sans présence d’ARN viral)
Impact :
Les données de la surveillance des Arboviroses à Madagascar permettent de mieux comprendre leur
importance et de mettre en place une riposte adaptée en cas de mise en évidence d’une circulation
d’arbovirus.
141
SurvGIR
Surveillance de la grippe et des infections respiratoires à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Jean-Michel HERAUD
+261 20 22 412 72
[email protected]
- Norosoa RAZANAJATOVO, unité de virologie, [email protected]
Date de rédaction
08/01/2015
Lieux des travaux :
Madagascar
- Ministère de la Santé Publique, Antananarivo, Madagascar
Date fin : 31/08/2018
Financements :
CDC Atlanta, US. CoAg n°U51/IP000812
Durée (mois) : 60
Budget total :
1 642 755.00$
Mots clés : Grippe, ILI, Surveillance Virologique
Depuis 1978, le laboratoire de la grippe de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est reconnu par
l’organisation mondiale de la santé (OMS) et le ministère de la santé publique de Madagascar, comme
centre national de référence pour la grippe (CNRG). En 2009, l’IPM a signé un accord de collaboration avec
le CDC d’Atlanta, renouvelé en 2013. Ce nouveau projet intitulé «Maintien du réseau de surveillance de la
grippe saisonnière et pandémique à Madagascar» soutient les capacités de surveillance et de diagnostic
des infections respiratoires dues à la grippe mais aussi aux autres virus respiratoires à Madagascar.
Objectifs
Le projet a pour but d’améliorer la surveillance de la grippe saisonnière et pandémique afin d’informer
régulièrement le réseau mondial de surveillance de la grippe sur les souches circulant à Madagascar. Il
permet aussi de détecter rapidement toute nouvelle souche grippale pouvant être responsable d’épidémies
importantes.
Méthodes
A ce jour, le système de surveillance sentinelle de la grippe se compose de 34 sites impliqués dans la
surveillance des infections pseudo-grippales (ILI) et de 17 hôpitaux assurant la surveillance des infections
respiratoires aigües sévères hospitalisées (SARI). Douze sites envoient chaque semaine au CNRG jusqu’à
5 prélèvements respiratoires (gorge, nasal ou nasopharyngé) pour être analysés.
En 2014 (du 1er janvier au 31 décembre), le CNRG a reçu 1 405 prélèvements de patients présentant
un syndrome pseudo-grippal dont 99,4% (soit 1 397 prélèvements) traités (taux de non-conformités =
0,6%) ; il est cependant important de noter que davantage de non-conformités ont été enregistrées (2,7%),
mais que la grande majorité de ces prélèvements ont quand même été traités. L’essentiel (78,7%) des
prélèvements reçus au CNRG provient du réseau sentinelle biologique de surveillance des fièvres. Sur
l’ensemble de Madagascar, le pourcentage de positivité pour la grippe est de 43,5%, mais varie selon les
sites.
En 2014, à l’échelle du territoire malagasy, l’activité grippale se caractérisait par une forte circulation en
tout début d’année, avec une prédominance du virus A/H3 (quelques cas sporadiques de virus
A/H1N1pdm09 ont été détectés au niveau des sites situés dans le nord et dans la partie Nord-Ouest du
pays) (Figure). Une deuxième vague épidémique a été observée avec un pic de détection durant le mois
d’octobre, avec une co-circulation des virus A/H3 et B sur l’ensemble du territoire. Pour les virus de type B,
seule la lignée Yamagata a été mise en évidence.
Conclusion
La surveillance de la grippe à Madagascar, reposant désormais sur 34 sites sentinelles, permet de
suivre la situation virologique et épidémiologique de la grippe. Les données accumulées depuis plusieurs
années permettent d’envisager des analyses plus fines, notamment concernant la saisonnalité de la grippe à
Antananarivo par exemple, ou encore sur le poids de cette infection à Madagascar (disease burden).
Impact
Ces données recueillies tout au long de l’année permettent de suivre les tendances au niveau de la
circulation des virus grippaux à Madagascar. En outre, cette surveillance entre dans le cadre du « Global
Influenza Program » mis en place par l’OMS ayant pour but la caractérisation antigénique et moléculaire des
souches circulant dans le monde pour mettre au point chaque année la meilleure composition vaccinale.
142
Figure : Résultats hebdomadaires de la surveillance biologique des syndromes pseudo-grippaux à
Madagascar en 2014 (résultats pour tout Madagascar)
- Guillebaud J. Improving surveillance to support influenza vaccine virus selection: contribution of
Madagascar. 3rd WHO Informal consultation on improving influenza vaccine selection, WHO
Headquarters, Geneva, Switzerland, 1-3 Avril.
143
SurvPolio PFASurveillance des paralysies flasques aigües et de la poliomyélite à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY [email protected] +261 20 22 412 72
Co-investigateur IPM
Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected]
Service de vaccination, Antananarivo, Madagascar
Date début : Depuis 1997
Date fin : Activité continue
Durée: 12
Financements :
Organisation Mondiale de la Santé (renouvellement annuel)
Date de rédaction
14/01/2015
Lieux des travaux :
Tous les districts
de Madagascar
Budget total :
12 541$
Mots clés : Surveillance, poliovirus, PFA
Contexte & justifications
La surveillance des paralysies flasques aigües (PFA) et de la poliomyélite entre dans le cadre des
objectifs de l’organisation mondiale de la santé (OMS) pour l’éradication de la poliomyélite. Ainsi, le
laboratoire pour la poliomyélite de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est un centre de référence OMS
inter-pays qui assure le diagnostic d’infection par les poliovirus, des cas de PFA détectés sur l’île Maurice,
aux Seychelles, dans l’Union des Comores et à Madagascar.
Objectifs (au niveau du laboratoire)
- maintenir les techniques de diagnostic et d’isolement selon les standards de l’OMS,
- assurer un rendu rapide des résultats,
- caractériser génétiquement d’éventuels poliovirus qui seraient isolés,
- participer aux contrôles annuels de qualité (isolements des poliovirus sur cellules et détection virale
par la PCR en temps réel).
Résultats synthétiques annuels
En 2014, le laboratoire a analysé 861 échantillons de selles issus de 448 cas de PFA en provenance de
Madagascar (442 cas) et de Maurice (6 cas) (tableau I). Les Seychelles et l’Union des Comores n’ont pas
notifié de cas pendant l’année 2014. Pour Madagascar, 35 cas n’ont pas eu de 2ème prélèvement dont 31
prélèvements des enfants en contact avec le cas en provenance d’Analalava (VDPV1).
Aucune selle de l'île Maurice n’a été trouvée positive en isolement. En revanche, à Madagascar, 88
entérovirus non polio (ENPV) ont été isolés dans 88 selles des 53 cas (dont 1 contact d’Analalava), 2 non
entérovirus (2 selles / 2 cas différents), 4 poliovirus (PV) vaccinaux de type 1 (Sabin 1) à partir de 4 selles (2
cas d’Antsirabe et 2 contacts), 4 Sabin 2 (1 cas de Fianarantsoa et 1 cas de Mitsinjo), 1 Sabin 3 (1 cas
d’Antsirabe) et 5 VDPV1 (1 cas et 3 contacts d’Analalava).
En termes de performance de la surveillance, nous observons une baisse régulière depuis 2009 du
pourcentage d’échantillons reçus au laboratoire dans les 3 jours suivant le prélèvement, ainsi qu’une
diminution du nombre de prélèvements arrivant dans de bonnes conditions (tableau II). Ceci peut s’expliquer
dans certains cas par les difficultés d’acheminement des prélèvements vers le laboratoire. Suite à des
améliorations techniques, le taux d’isolement d’ENPV a pu atteindre 10% (le seuil attendu). Il est à noter que
105 districts sanitaires à Madagascar (93,7%) sur les 112 ont signalé au moins un cas. Sept districts sont
restés silencieux.
Tableau I : Répartition des cas de PFA et des souches isolées par pays en 2014
Cas
Selles
Cas et selles positifs
(isolement sur cellules
RD et L20B)
Types
(différenciation
intratypique)
0
0
0
0
442
849
64 cas / 103 selles
Maurice
6
12
0
2 NEV, 4 Sabin 1, 5 VDPV1,
4 Sabin 2 et 1 Sabin 3
0
Seychelles
0
0
0
0
Pays
Union des
Comores
Madagascar
144
Tableau II : Performance de la surveillance des PFA à Madagascar (2011-2014)
Critères
Nombre de cas de PFA
Nombre d’échantillons analysés
Echantillons adéquats
Réception au laboratoire dans un délai  3 jours
Echantillons reçus en bonnes conditions†
Rendu des résultats dans un délai  14 jours
Entérovirus non polio isolés
Poliovirus isolés
Envoi des souches de poliovirus  7 jours vers le
laboratoire régional
Résultat "Proficiency test" isolement
Performance attendue
176
352
≥ 80%
≥ 90%
≥ 90%
≥ 80%
≥ 10%
-
2011
291
580
95%
58%
80%
88%
9%
3*
2012
329
625
92%
54%
76%
89%
10%
6**
2013
402
800
89%
53%
80%
87%
10%
1***
2014
442
849
87%
55%
88%
92%
10%
14‡
≥ 90%
NA
NA
NA
3
≥ 90%
100%
100%
NA
†
Température ≤ + 8°C et absence de fuite de conteneur
* Deux PV1 vaccinaux des districts de Betafo et de Manakara ; et un PV3 vaccinal provenant du district de
Beroroha.
**Six PV3 vaccinaux : 1 d’Antananarivo Renivohitra et 1 d’Antananarivo Avaradrano (Antananarivo), 2 de
Fianarantsoa I et 2 d’Ampanihy.
*** Un PV1 vaccinal de district de Tsihombe.
‡
Quatre PV2 vaccinaux (2 de Fianarantsoa, 2 de Mitsinjo) ; 5 VDPV1 d’Analalava ; 4 PV1 vaccinaux (2
d’Analalava, 2 d’Antsirabe) et 1 PV3 vaccinal d’Antsirabe
Conclusion
La surveillance des PFA à Madagascar est fonctionnelle. Des améliorations doivent cependant être
apportées concernant l’acheminement des prélèvements au laboratoire pour atteindre les objectifs de
performance définis par l’OMS. Une circulation des poliovirus vaccinaux mutés de type 1 a été constatée à
Madagascar. Pour vérifier l’efficacité de l’élimination de la poliomyélite, il faudrait compléter la surveillance
par la recherche des poliovirus dans l’environnement, notamment dans les eaux usées.
- Joffret M-L, Sadeuh-Mba S, Shaw J, Razafindratsimandresy R, Muslin C, Heraud JM, Rousset D,
Njouom R, Burns CC, Delpeyroux F. Genetic interaction between poliovaccine strains and other
enteroviruses of species C in Madagascar, Cameroon and neighboring countries. Translational and
Regulatory Science of Polio Vaccines and Antivirals, Bethesda, MD, USA, 22-23 September.
- Razafindratsimandresy R, Rabemanantsoa S, Andriamamonjy S, Joffret M-L, Heraud JM, Delpeyroux
F. Détection de virus dérivés du poliovirus vaccinal dans la région Sud-Ouest de Madagascar. Congrès
Scientifiques de la Faculté de Médecine. Antananarivo, Madagascar. 30 Septembre - 02 Octobre.
145
SurvRage
Correspondant :
Surveillance de la rage à Madagascar
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
- Ministère de la Santé Publique, Madagascar
- Direction des Services Vétérinaires, Madagascar
Date début : 01/01/2014
Date fin : 31/12/2014
Durée (mois) : 12
Financements :
Mots clés : Rage, Diagnostic
Date de rédaction
14/01/2015
Lieux des travaux :
Madagascar
Budget total :
7 500 €
La rage est endémique à Madagascar et est essentiellement de type canin. La surveillance biologique
de la rage à Madagascar est passive et supportée financièrement par l'Institut Pasteur de Madagascar (IPM)
et le Ministère de la Santé Publique. Elle consiste en le diagnostic du virus de la rage dans les échantillons
reçus au laboratoire de référence (LNR) pour la rage. Le diagnostic de la rage est pris en charge totalement
par l’IPM et ce service est assuré à titre gratuit pour la population malagasy.
En 2014, le LNR a reçu 88 prélèvements, en baisse de 18% par rapport à l’année 2013 (en baisse
aussi par rapport aux 5 dernières années). Trois échantillons n’ont pas pu être analysés à cause de leur état
à la réception.
Les échantillons de chiens représentent 76% des prélèvements reçus (Tableau). Quatre cas de rage
humaine sur les six suspects ont pu être confirmés. Ces cas humains confirmés proviennent de la région
Atsinanana (Toamasina) (1 cas), du district Arivonimamo (1 cas), du district d’Anjozorobe (1 cas) et du
district de Morondava (1 cas).
Malgré le nombre peu élevé des échantillons en provenance des districts éloignés d’Antananarivo, le
pourcentage de positivité des échantillons envoyés est très élevé (entre 50 à 100% des échantillons reçus).
La plupart des échantillons reçus zones lointaines proviennent de bovins pour lesquels l’impact économique
de l’infection par la rage est important. Le propriétaire prend en charge le cout de l’envoi de l’échantillon à
l’IPM.
L’inexistence du système de surveillance systématique, la méconnaissance des agents sur le terrain
des procédures à suivre pour l’envoi des échantillons suspects, ainsi que la difficulté rencontrée lors des
envois d’échantillons nécessitent la mise en place d’un système plus performant et une collaboration plus
étroite avec les structures publiques et ministérielles.
Les conditions de conservation des échantillons lors de l’envoi sont de première importance la
possibilité d’obtenir des résultats des tests de laboratoire en dépendent significativement.
Conclusion
Les données de laboratoire ne permettent pas d’avoir une vue d’ensemble sur le territoire car 82% des
prélèvements proviennent de la province d’Antananarivo (Analamanga, Vakinankaratra, Itasy et Bongolava).
Un groupe de travail rage composé de biologistes, d’épidémiologistes, de cliniciens et des agents des
ministères de la santé humaine et animale, a été réuni à l’IPM afin de tenter d’améliorer la surveillance et la
lutte contre la rage.
Impact
Le diagnostic de la rage au laboratoire a un impact direct sur la prise en charge des patients mordus
(durée de la vaccination). Il permet aussi d’estimer l’importance du problème posé par la rage à Madagascar
et a permis de confirmer les cas de rage humaine.
146
Tableau : Nombre de cas de rage confirmés au LNR, selon les espèces animales et le district de
provenance des échantillons
District
Antananarivo Renivohitra
Antananarivo
Atsimondrano
Antananarivo Avaradrano
Ambatolampy
Ambohidratrimo
Andramasina
Anjozorobe
Ankazobe
Antsirabe I
Antsirabe II
Arivonimamo
Betafo
Faratsiho
Fenoarivo Be
Manjakandriana
Ambositra
Mahajanga
Antsalova
Maevatanana
Toamasina I
Ambatondrazaka
Andilamena
Moramanga
Sainte Marie
Morondava
Espèce
Reçu
Bovin
Chat
Chien
Humain
Chat
Chien
Bovin
Chat
Chien
Chien
Chien
Rat
Chien
Chien
Humain
Chien
Bovin
Bovin
Bovin
Chien
Humain
Chien
Bovin
Chien
Chien
Bovin
1
3
18
1
1
9
2
2
7
1
5
1
1
2
1
5
1
1
2
4
1
3
1
1
1
1
Rage
confirmée
1
0
8
0
0
6
2
1
2
0
3
0
1
1
1
2
1
1
2
3
1
3
1
1
1
1
Bovin
Chien
Chien
Bovin
Chien
Humain
Chien
Chien
Chat
Humain
Chien
Humain
1
1
1
1
1
1
1
1
3
1
3
1
92
1
1
1
1
1
1
1
0
0
0
3
1
54
Total
147
Positif (%)
100
0
44
0
0
67
100
50
29
0
60
0
100
50
100
40
100
100
100
75
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
100
100
58.7
SurvRo
Surveillance de la rougeole à Madagascar
Correspondant :
Email :
Téléphone :
Richter RAZAFINDRATSIMANDRESY [email protected] +261 20 22 412 72
Co-investigateur IPM
Jean-Michel HERAUD, unité de virologie, [email protected]
Service de vaccination, Antananarivo, Madagascar
Date début : Depuis 2004
Date fin : Activité continue
Financements :
Organisation Mondiale de la Santé (renouvellement annuel)
Durée: 12
Date de rédaction
14/01/2015
Lieux des travaux :
Tous les districts
de Madagascar
Budget total :
6 651$
Mots clés : Surveillance, rougeole
Contexte & Justification
La surveillance nationale des cas suspects de rougeole à Madagascar a démarré après les campagnes
de vaccination de masse organisées en septembre et octobre 2004. Dans le cadre de cette surveillance, le
laboratoire national de référence (LNR) Rougeole de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est chargé du
diagnostic sérologique de la rougeole et de la rubéole (recherche d’IgM par la technique ELISA) chez les
patients suspects prélevés dans les centres de santé.
Objectifs
- maintenir un diagnostic sérologique selon les standards de l'OMS,
- assurer un rendu des résultats rapide (≤ 7 jours),
- vérifier la concordance des résultats de diagnostic de rougeole et rubéole entre le laboratoire national
et le laboratoire régional (contrôle qualité),
- isoler et caractériser génétiquement tous les virus de la rougeole reçus au laboratoire.
En 2014, le laboratoire a reçu 645 échantillons de sérum. Le taux des prélèvements reçus à une
température comprise entre 0 et +8°C (bonne condition) dans le laboratoire était de 87,0%. Il est encore en
dessous de celui qui est exigé (> 90%). Ainsi, les objectifs de performances relatives à la réception des
échantillons dans les 3 jours qui suivent la collecte des prélèvements (59,8%) et le taux d’adéquation des
échantillons (51,9%) (Prélèvements de sérums entre le 4ème et 28ème jour post-éruption) sont encore très en
dessous des objectifs attendus (> 90%).
Sur le plan épidémiologique, l’âge médian des patients suspects était de 9,2 ans (0 à 55 ans) avec une
sex-ratio (M:F) de 0,9. Deux cent quarante-neuf des 645 patients (38,6%) avaient des antécédents de
vaccination contre la rougeole. Trois cent quatre prélèvements (47,1%) ont été collectés dans les 3 jours qui
suivent l'éruption et 335 (51,9%) dans les 4 à 28 jours et 6 prélèvements (0,9%) ont été collectés au-delà de
28 jours.
Dix-neuf districts des 112 districts sanitaires n’ont pas rapporté le moindre cas. L'absence de cas
rapporté ne signifie pas l'absence de circulation du virus de la rougeole.
La recherche d'IgM anti-rougeole a été :
- positive pour 3 prélèvements en provenance de Fandriana, Antsiranana II, et Antananarivo renivohitra
- négative pour 636 échantillons. Pour ces échantillons, la recherche d’IgM anti-rubéole a été positive
pour 123, négative pour 473 et douteuse pour 40. Ces 40 échantillons ayant un résultat « douteux » pour la
rubéole ont été testés une seconde fois (sur le même prélèvement) et le résultat a été confirmé (douteux).
- douteuse pour 6 échantillons. La recherche des IgM anti-rubéole avait un résultat positif pour 1 et
négatif pour les 5 autres. Ces échantillons ont été prélevés entre le 4ème et 28ème jour post-éruption cutanée.
La distribution mensuelle des cas suspects et des cas probables de rougeole montre une saisonnalité
avec un pic annuel se situant entre les mois d’octobre et novembre correspondant à l’intersaison et le début
de la saison des pluies (Figure).
Dans le cadre du contrôle qualité, 3 envois d’échantillons ont été organisés vers le laboratoire régional
de référence à Johannesburg en Afrique du Sud (National institute for communicable diseases – serology
laboratory). Les résultats étaient concordants dans 95% des cas pour la recherche d’IgM anti-rougeole. Le
résultat des tests de performance sur les sérologies rougeole et rubéole de l’année 2014 ne sont pas encore
publiés.
148
Figure : Répartition mensuelle des cas suspects de rougeole déclarés et confirmés infectés par le
virus de la rougeole ou par le virus de la rubéole à Madagascar (janvier 2012 – décembre 2014)
120
100
80
60
40
20
0
J F M A M J J A S O N D J F M A M J J A S O N D J F M A M J J A S O N D
2012
2013
2014
Nombre total de sérums testés
Nombre d'échantillons positifs IgM rubéole
: 2 cas pos. rougeole de 2012 (Antananarivo et Sambava)
: 6 cas pos. rougeole de 2013 (Midongy atsimo, Marolambo, Benenitra, Antseranana,
Amparafaravola et Antananarivo atsimondrano)
Conclusion
La surveillance de la rougeole à Madagascar est fonctionnelle. Cependant comme pour la surveillance
des PFA, des améliorations doivent être apportées concernant l’acheminement des prélèvements au
laboratoire pour atteindre les objectifs de performance définis par l’OMS. En 2014, aucun virus de la
rougeole n’a été détecté au LNR. Aussi, l’objectif d’isoler et de caractériser génétiquement de virus de la
rougeole circulant à Madagascar sera difficile à atteindre du fait du faible nombre de cas positif (20 cas
positifs depuis 2005).
149
SQ-AQ
Service qualité : assurance qualité
Correspondant :
Tiana RASOLONAVALONA
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
Date de rédaction
Janvier 2015
Tiana RASOLONAVALONA, service qualité, [email protected]
Mots clés : Qualité, système de management de la qualité, assurance qualité
Chargé de déployer la politique qualité de la direction de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM), le
service qualité vise à soumettre l’ensemble des activités de l’IPM à une démarche qualité pour garantir le
maintien de prestations de qualité effectuées dans les règles de l'art médical et scientifique. Le service
qualité a pour mission d’accompagner les différentes unités dans la mise en place d’un système de
management de la qualité (SMQ) et d’apporter son soutien aux laboratoires accrédités d’une part, d’évaluer
périodiquement la conformité des activités des différents services par rapport aux exigences normatives,
réglementaires ou contractuelles d’autre part.
L’année 2014 a été marquée par la mise en œuvre d’un important programme de formation du
personnel de l’IPM. Cette formation a concerné en particulier les bonnes pratiques de laboratoire (BPL) dont
la nécessité avait été objectivée par un audit commandé par la direction. Au total, 131 personnes issues de
12 unités et services différents ont été formées. Les formations étaient destinées aux personnels des
laboratoires de recherche (formation aux BPL), du LHAE (formation à la Norme NF EN ISO/CEI 17025
V2005) et du CBC (formation à la Norme NF EN ISO 15189 V2012). Des agents de sécurité du service des
moyens généraux ont bénéficié d’une formation à l’utilisation du système de télésurveillance centralisée de
la température des enceintes thermostatiques (ThermoClient V5). L’ensemble de l’équipe du service qualité
ont également profité de ce programme de formation.
Activités d’accompagnement et de soutien aux services
Outre la participation régulière au comité de pilotage et aux revues de direction des laboratoires (CBC
et LHAE), les activités d’accompagnement et de soutien aux services étaient axées sur la formation du
personnel. Du 21/01 au 15/12/2014, 22 sessions représentant 68 jours et près de 210 heures de formations
ont été organisées. Le tableau ci-dessous représente le nombre de participants par unité et par thème.
Unités/Services
Bactériologie expérimentale
CBC
Entomologie médicale
Helminthiase
Immunologie
LHAE/LES
Moyens généraux
Mycobactéries
Paludisme
Peste
Qualité
Virologie
Total
BPL
Nombre de participants par thème
Norme NF EN
Norme NF EN
ISO 15189:2012
ISO/CEI 17025:2005
ThermoClient
V5
3
40
7
3
1
4
14
6
1
3
14
56
17
1
13
2
1
1
42
18
15
Total
3
40
7
3
1
22
13
14
6
1
7
14
131
Activités d’évaluation et d’audits internes
Le programme annuel des audits internes est programmé par chaque service/unité en début d’année.
Le choix du champ d’audit appartient à chaque service. Les audits internes sont ensuite réalisés après une
confirmation émanant du demandeur, confirmation matérialisée par une demande formelle du responsable
du service à auditer.
150
En 2014, 7 audits sur 15 programmés par les services ont été réalisés. La non réalisation des audits est
dûe soit à l’indisponibilité des services à auditer ou des auditeurs internes, soit au manque d’auditeur
technique habilité (l’expert technique prévu assister l’auditeur interne n’étant pas disponible aux périodes
prévues). L’IPM dispose de 2 auditeurs internes habilités.
Les résultats des audits sont confidentiels et appartiennent aux commanditaires. Seul le bilan des
audits réalisés est reporté dans les tableaux suivants.
Tableau I : bilan des évaluations et audits internes
Services
Prévus
Réalisés
CBC
5
1
LHAE
4
4
IMMUNOLOGIE
2
1
PESTE
2
1
QUALITE
1
0
VIROLOGIE
1
0
Total général
15
7
Tableau II : activités auditées par service demandeur
Services
Période
Activités auditées
LHAE
Février
CBC
Mars
Gestion du matériel
IMMUNOLOGIE
Mars
Audit vertical projet leptospirose
PESTE
Mars
Audit technique Bactériologie
LHAE
Mai
Essai de traçabilité des paramètres demandés en extension
LHAE
Juin
Management
LHAE
Décembre
Audit vertical LAB GTA 23
Audit vertical LAB GTA 59
Mise en perspective
1. Finalisation de la mise en place du SMQ du service selon la norme NF EN ISO/CEI 17025 dans le
cadre du projet d’accréditation des activités de métrologie (voir Fiche SQ-MET).
2. Renforcement de la formation au SMQ et à la métrologie de l’équipe du service qualité.
3. Renforcement de l’équipe d’auditeurs internes de l’IPM, notamment en auditeurs techniques pour
étendre les activités à auditer et alléger le volume de travail des 2 auditeurs habilités.
4. La poursuite du programme de formation de l’ensemble du personnel de l’IPM aux BPL et aux normes
essentielles pour maintenir le niveau de qualité des prestations fournies par tous les laboratoires et
unités de recherche.
151
SQ-MET
Service qualité : métrologie
Correspondant :
Email :
Téléphone :
+261 20 22 412 72
[email protected]
Tiana RASOLONAVALONA, service qualité, [email protected]
Date de rédaction
Janvier 2015
Mots clés : Qualité, Métrologie, température, masse, balance, volume
La métrologie est une activité essentielle sur laquelle repose la crédibilité des résultats d’analyses
réalisées par les laboratoires. Les unités et services identifient leurs grandeurs et les appareils de mesure
critiques afin de maîtriser les conditions d’analyse et de conservation. Le service qualité s’assure de la
fiabilité, de la justesse, de la reproductibilité et de la fonctionnalité de ces appareils de mesure en assurant
leur raccordement au Système International (SI) de mesure. Les appareils de mesure critiques sont
étalonnés et/ou vérifiés avant la première mise en service, périodiquement à intervalle régulier et après une
maintenance curative. Les résultats d’étalonnage fournissent les caractéristiques métrologiques permettant
d’apporter les corrections aux mesurages réalisés. La vérification, quant à elle, permet d’établir la conformité
d’un appareil de mesure par rapport aux exigences ou spécifications métrologiques définies par l’utilisateur
et se rapportant aux analyses concernées et aux produits sensibles conservés (vaccins, réactifs, matériels
biologiques).
Comme prévu en 2013, l’extension de la télésurveillance centralisée des enceintes thermostatiques et
climatiques critiques des unités et services a été réalisée en mai 2014. Le nombre de capteurs (température
et CO2) installés sur les équipements a plus que doublé (de 63 à 133). Ce système de télésurveillance des
paramètres critiques répond aux besoins et objectifs de l’IPM : maitriser les conditions d’analyse et de
conservation, évaluer et optimiser les équipements, anticiper les défaillances et répondre aux exigences
normatives et réglementaires. De plus, ce système permet d’avoir la traçabilité et l’historique des paramètres
surveillés, de visualiser et d’exploiter les mesures et surtout d’être alerté en temps réel en cas de
dépassement de consigne, de coupure d’électricité ou de réseau informatique.
Le Service Qualité réalise, au sein de son laboratoire de métrologie, des opérations de vérification et
d’étalonnage dans la limite de ses capacités. Ces opérations sont réalisées à la demande des
unités/services utilisateurs. En fonction des besoins et exigences des utilisateurs, des appareils de mesure
peuvent être envoyés dans un laboratoire accrédité Cofrac.
Tableau I : Nombre d’appareils de mesure vérifiés et étalonnés
Vérifiés(1)
Type appareils de mesure
Bain thermostaté
Balance de précision
Etalonnés(2)
Total
8
8
15
15
Chambre froide positive
1
1
Combiné réfrigérateur/congélateur
2
2
Etuve
45
45
Micropipette (IVAP)
47
47
4
4
Réfrigérateur
Chaîne de mesure de la
température
Masse
Total
122
35
35
2
2
37
159
Note : (1) la vérification permet d’établir la conformité d’un appareil de mesure par rapport aux exigences ou
spécifications métrologiques définies par l’utilisateur et se rapportant aux analyses concernées. (2) les résultats
d’étalonnage fournissent les caractéristiques métrologiques permettant d’apporter les corrections aux mesurages
réalisés.
152
Tableau II : résultats des vérifications par rapports aux spécifications demandées par les utilisateurs
Type d’appareils de mesure
Bain thermostaté
Balance de précision
Chambre froide positive
Combiné réfrigérateur/congélateur
Etuve
Micropipettes (IVAP)
Réfrigérateur
Total général
Résultats 2014
Total
Conforme(1)
Non conforme(2)
8
8
15
15
1
1
2
2
42
3
45
34
13
47
4
4
106
16
122
Note : (1) la confirmation métrologique est un ensemble d’opérations nécessaires pour assurer qu’un équipement de
mesure répond aux exigences correspondant à l’utilisation prévue (NF EN ISO 10012). (2) En cas de nonconformité, les utilisateurs évaluent les conséquences, les risques induits, l’impact et l’étendue de la non-conformité
et mettent en place des actions correctives adéquates.
Mise en perspective
Le service qualité assure des activités supports, dont la métrologie, pour l’ensemble des laboratoires à
l’IPM. Au même titre que les laboratoires notamment accrédités, le service qualité doit prouver ses
compétences aux organismes accréditeurs. Pour cela, le service qualité a inscrit dans ses priorités pour
2015,
1. La préparation de l’accréditation Cofrac du laboratoire de métrologie selon la Norme NF EN ISO/CEI
17025. Cette accréditation figure dans la politique qualité de la direction de l’IPM depuis mars 2014.
L’atteinte de cet objectif (prévu en 2016) requiert la mise à disposition de moyens et ressources
adéquats d’une part, le renforcement des compétences et la disponibilité de l’ensemble de l’équipe du
service qualité d’autre part.
2. La formation et l'habilitation des techniciens des laboratoires accrédités ou engagés dans un processus
d’accréditation Cofrac aux opérations de vérification et d’étalonnage. Cette disposition, fortement
recommandée par le Cofrac, permettra aux laboratoires concernés de prouver la maîtrise des
grandeurs critiques influant sur la qualité des résultats d’analyse.
153
SQ-HSE
Service qualité : biosécurité
Correspondant :
Email :
[email protected]
Téléphone :
+261 20 22 412 72
Date de rédaction
Janvier 2015
- Tiana RASOLONAVALONA, chargée de prévention, [email protected]
- Philippe LASNIER, directeur administratif et financier, [email protected]
Mots clés : Biosécurité, hygiène, sécurité, environnement
Assurer la sécurité des personnes et des biens et préserver l’environnement constituent un souci
permanent de la direction de l’Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Le service qualité (SQ), à travers ses
actions au sein du comité consultatif d’hygiène et de sécurité (CCHS), est chargé de veiller au respect de la
politique hygiène, sécurité et environnement de l’IPM, de sensibiliser et d’assurer la formation du personnel
à la biosécurité et au respect de l’environnement. L’objectif principal étant de prévenir les risques encourus
liés aux différentes activités de l’IPM.
1. Vérifications et contrôles des installations et équipements à risque :
Les vérifications et les contrôles réglementaires sont réalisés par des sociétés ou organismes agréés.
Installations et équipements
Fréquence
Nb
Nb contrôles
prévus
Réalisés
Réseau Incendie Armé (RIA)
Annuelle
14
14
14
Extincteurs
Annuelle
110
110
110
Poste de Sécurité Microbiologie (PSM) et hottes diverses
18 mois
55
0(a)
7(b)
Autoclaves
18 mois
12
0(a)
0
Réseau de distribution de gaz
Annuelle
2
2
2
Détecteur et alarme incendie
Annuelle
1
1
1
Laboratoire de sécurité biologique de niveau 3 (NSB3)
Annuelle
1
1
1
Total
195
128
135
Note : (a) les contrôles périodiques sont prévus en 2015, (b) 7 contrôles ponctuels réalisés suite à une anomalie.
Tout équipement non conforme est identifié comme tel pour éviter leur utilisation éventuelle. Tous travaux de
maintenance sont suivis d’un contrôle de conformité avant réutilisation.
2. Suivi de la restauration collective
Cantine :
Les prélèvements et analyses microbiologiques sont périodiquement réalisés par le LHAE et les
visites d’hygiène par les membres du CCHS de l’IPM.
Contrôles
Fréquence Nb contrôles prévus Réalisés
Plats cuisinés
Mensuelle
12
8
Hygiène des surfaces et matériels (3 points) Trimestrielle
12
9
Hygiène des mains (3 personnes)
Semestrielle
6
6
Visite d’hygiène
Mensuelle
12
09
Total
42
26
Cafétéria :
Les prélèvements, les analyses microbiologiques et les visites d’hygiène sont périodiquement
réalisées par le LHAE. Le CCHS réalise également des visites inopinées le cas échéant.
Contrôles
Produits alimentaires sensibles (3 produits)
Hygiène des surfaces et matériels (3 points)
Visite d’hygiène
Fréquence
Trimestrielle
Trimestrielle
Trimestrielle
Trimestrielle
Total
Nb contrôles prévus
12
12
12
5
36
154
Réalisés
25(a)
(a)
27
37(a)
5
89
3. Visite d’hygiène des unités et services
Les membres du CCHS réalisent des visites mensuelles des unités et services. En 2014, 07 visites
ont été réalisées. Ces visites permettent de vérifier le respect des consignes et d’identifier les
risques éventuels. En cas de non-conformité, des actions correctives sont mises en place par le
service concerné avec l’appui du CCHS.
4. Qualité de l’eau
L’eau d’adduction et l’eau de source sur le campus de l’IPM sont régulièrement contrôlées. En 2014,
12 échantillons d’eau d’adduction 9 échantillons d’eau de sources ont été analysées.
5. Gestion des déchets d’activités de soins :
Les déchets d’activités de soins à risque infectieux (DASRI) et les déchets de laboratoire assimilés
aux ordures ménagères (DAOM) sont traités pour la majeure partie (90%) par une entreprise
spécialisée et agréée. En 2014, près de 12 500 kg de déchets d’activités de soin (DAS) ont été
produits par l’ensemble des laboratoires et services. La quantité de DASRI a légèrement diminué
(11 529 Kg en 2013 et 10 495 Kg en 2014) et la quantité de DAOM a en revanche augmenté (2 244
kg en 2013 contre en 2004 Kg 2014). L’objectif pour améliorer la qualité du tri à la source n’est pas
toujours atteint malgré l’augmentation de la production de DAOM. En effet, la quantité de DAOM
devrait être entre 60 à 70% de la production totale. L’élimination des déchets chimiques toxiques
ainsi que des polluants (solvants, insecticides, etc.) s’avère problématique pour l’IPM. L’analyse et la
mise en place des moyens et méthodes d’élimination reste d’actualité.
6. Médecine de prévention : bilan des accidents de travail en général et des AES en particulier (voir
rapport Service Médical – médecine du personnel)
Cantine du personnel
Contrôles
Plats cuisinés
Total
Nb contrôles
Résultats
8
8/8 conformes
9
9/9 conformes
6
6/6 conformes
26
Cafétéria
Contrôles
Produits alimentaires sensibles (3 produits)
Total
Nb contrôles
25
27
37
Résultats
6/25 conformes
12/27 conformes
20/21 conformes
89
Eaux
Contrôles
Nb contrôles
Résultats
Eau d’adduction
12
11/12 conformes
Eau de source
9
8/9 conformes
Total
89
Note : les produits non conformes sont de nouveau contrôlés. Ils sont retirés de la liste des produits servis.
Lorsque l’eau est non conforme aux critères bactériologiques de potabilité, l’ensemble du personnel en est
informé.
Mise en perspective
1. L’évacuation et traitement des déchets chimiques solides tritiés soit par les autorités compétentes,
soit par l’IPM s’avère de plus en plus urgent.
2. La mise en place d’une filière de traitement des déchets chimiques toxiques et des polluants est
nécessaire pour renforcer la prévention du personnel et la préservation de l’environnement.
3. L’augmentation de la capacité de l’incinérateur de l’IPM doit être évaluée pour assurer le traitement
efficace, sans risque et de manière pérenne des DAS en cas de problème avec le seul prestataire
externe agréé. A noter que les DASRI piquants, les pièces anatomiques ainsi que les DAS récoltés
sur le terrain sont déjà traités à l’IPM.
155
Formation scientifique : Etudiants,
stagiaires & scientifiques accueillis
Thèses de sciences................................................................................................................. 157
Thèses d'exercice (médecine, pharmacie, vétérinaire) ............................................................ 158
Master 2, Master pro, DEA & équivalent.................................................................................. 159
Internat qualifiant..................................................................................................................... 160
Formation professionnelle payante.......................................................................................... 160
Autres stages .......................................................................................................................... 161
156
Thèses de sciences





o Andriamanantena
Tahiry
Sylviane,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Etude des environnements génétiques des gènes de résistance de
bactéries de Gram négatives.
o Andrianoelina Herilalaina Volasoa ,
[UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Dynamique et transmission des bactéries multi-résistantes aux
antibiotiques (BMR) en néonatologie l'hôpital CENHOSOA à Antananarivo.
o Rivolala Lalaina Odile, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Tests de
diagnostiques rapides de détection des résistances bactériennes aux antibiotiques
dans les Pays en Voie de Développement.
Unité de la peste
o Rakotonanahary Jean Luc Rado, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Etude épidémiologique des rickettsioses à Madagascar.
Unité de virologie
o Marie Marie Olive, [UNIVERSITE DE MONTPELLIER & CIRAD (France)].
Mécanismes de transmission du virus de la Fièvre de la Vallée du Rift à
Madagascar.
o Raharinantoanina
Sandratana
Vonjilalao
Johnson,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)].
Génotypage
des
entérovirus
non
poliomyélitiques isolés dans des selles des cas de PFA à Madagascar.
o Raharinosy Vololoniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Ecologie et évolution génétique des Hantavirus à Madagascar.
Unité d'entomologie
o Miarinjara Adelaide , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Détermination des espèces de puces vectrices à Madagascar: implications de
nouvelles méthodes moléculaires pour la détermination des espèces et l'histoire
des populations.
o Randriamaherijaona
Sanjiarizaha
,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Adaptation des vecteurs de paludisme aux différentes méthodes de
lutte mise en place à Madagascar: résistance - distribution.
o Thiery Nirina Jean Jose Nepomichene, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Biologie de Anopheles coustani et Anopheles squamosus/cydippis
et leurs implications dans la transmission de Plasmodium, du virus de la Fièvre de
la Vallée du Rift et du virus West Nile.
o Andrianasolo Andry Herisoa , [UNIVERSITE DE BOURGOGNE (France)].
Déterminants épidémiologique et socio-anthropologique du poids, de la prise en
charge et de la prévention du paludisme et des infections respiratoires basses
(tuberculose, grippe, pneumocoques) à Madagascar.
o Chiarella Mattern, [UNIVERSITE DE LOUVAIN (Belgique)]. Perspectives
anthropologiques sur l’accès aux soins à Madagascar : la peste, la tuberculose et le
paludisme. De la prévention à la prise en charge.
o Ihantamalala Hanitriniaina Felana Angella , [UNIVERSITE DE LA REUNION
(France)]. Modélisation des zones variables à la propagation de la grippe et du
paludisme par rapport à la mobilité de la population à Madagascar.
o Raharijaona Hanta Marie Emma, [UNIVERSITE DE BOURGOGNE (France)].
Déterminants de l'accès aux luttes préventives et thérapeutiques face au
paludisme, à la peste et à l'exposition à la rage.
o Florian Girond, [UNIVERSITE DE LA REUNION (France)]. Système d’information
géographique prédictif et dynamique du risque d’épidémie de paludisme à
Madagascar.
157



o Rabodoarivelo Marie Sylvianne , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Détection moléculaire de la résistance aux anti-tuberculeux de M. Tuberculosis à
partir de lames colorées, d'échantillons conservés papier filtre.
o Ranaivomanana Paulo, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude de
la réponse immune chez les enfants vaccinés par le BCG à Madagascar.
o Rasoahanitralisoa Lucia Rondroarivelo, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Polymorphisme des gènes acquis par transfert horizontal chez les
souches cliniques de Mycobacterium tuberculosis et recherche de nouvelles cibles
médicamenteuses.
o Ratovonirina Noel Harijaona, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Etude épidémiologique et moléculaire des souches Mycobacterium tuberculosis
circulant à Antananarivo Madagascar.
Unité d'immunologie
o Chakir Ismael, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude de la
réponse anticorps des sujets faisant un primo-accès palustre et ses applications
pour le développement d'un test de détection des séroconversions.
o Ramandanirainy Prisca Annick, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Exploration de la réponse immunitaire cellulaire au cours de la cysticercose
humaine.
o Tahina Vonimbola Louison, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
L'Etude sérologique de la cysticercose avec des protéines recombinantes
Unité du paludisme
o Andrianaranjaka Voahangy, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Impact de la pression médicamenteuse liée à la politique de traitement
antipaludique sur la population de plasmodium falciparum à Madagascar.
o Thomas Kesteman, [UNIVERSITE AIX-MARSEILLE (France)]. Evaluation du poids
du paludisme dans une situation de transition épidémiologique, à Madagascar, et
de l’efficacité en conditions réelles (effectiveness) des mesures de lutte déployées
dans le cadre du programme national de lutte.
Thèses d'exercice (médecine, pharmacie, vétérinaire)





LES
o Andrianaivo Holy, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Identification
moléculaire des amibes libres (Naegleria) isolées de sources thermales de
Madagascar.
o Randriamalala Rivohaja Michael, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Etude de faisabilité sur l'apparition, la disparition, la persistance et la dissémination
de bactéries résistantes aux antibiotiques en milieu communautaire.
o Andrianantenaina Ionimalala, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Observance thérapeutique des patients hypertendus dans la région de Moramanga.
o Guillaume Roux, [UNIVERSITE JOSEPH FOURIER DE GRENOBLE (France)].
Mise en place d'un système de culture cellulaire des crysporidies pour la détection
de viabilité des parasites.
Tahina Vonimbola Louison, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude
sérologique de la cysticercose avec des protéines recombinantes.
158

Unité du paludisme
o Emasignavy Henrielle, [UNIVERSITE DE MAHAJANGA (Madagascar)]. Evaluation
de l'efficacité thérapeutique de l'association sulfadoxine-pyrimethamine et de l'act
contenant piperaquine à Maevatanana.
Master 2, Master pro, DEA & équivalent






o Rafetrarivony
Lala
Fanomezantsoa,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Etude de la dynamique de transmission des résistances
bactériennes aux antibiotiques dans un milieu communautaire.
Unité de la peste
o Asinely Estherine, [UNIVERSITE DE TULEAR (Madagascar)]. Mise au point des
techniques d'identification des Haemoparasites des micromammifères de
Madagascar et détermination du taux de portage.
o Rakotoarimanana Faniry, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Caractérisation des nouvelles souches de Yersinia pestis résistantes aux
antibiotiques.
o Lantoniaina Iharisoa Alice, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude
de la réponse immune cellulaire contre la peste: mise au point des techniques.
Unité de virologie
o Tiana Rakotoarisoa Ny Aina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Génotypage des souches de virus de la peste porcine africaine récemment isolées
à Madagascar.
o Rabarison Joelinotahina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Epidémiologie des hépatites à Antananarivo et Mahajanga
o Razafindramparany
Mino
Harimbola,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Séroprévalence des hépatites B et C et génotypage des virus
circulant à Madagascar
o Rakotoarinoro Mihajamanana, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Détection de la circulation d'orthopoxvirus chez les petits mammifères de
Madagascar
o Miarinjara Adelaide, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Mise en
place d'outils moléculaires pour l'identification des puces selvatiques en vue
d'étudier leur implication dans le cycle pesteux.
o Rajonhson Dora Murielle, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Evaluation de l'épandage d'insecticide versus l'utilisation de boîtes de Kartman sur
les puces libres et les puces des ronguers dans le cadre d'une lutte contre les
vecteurs de la peste
o Rakotoarison
Hobiniaina
Anthonio,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Système d'information géographique et analyse multicère pour
l'identification des zones prioritaires à la campagne d'aspersion d'insecticide contre
le paludisme
o Rasoloarijaona
Randza
Vololona,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Les pratiques alimentaires des enfants de 6 à 59 mois à
Moramanga, consommation et couverture des besoins nutritionnels.
o Rabodoarivelo Marie Sylvianne, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Génotypage de mutations caractéristiques des grandes lignées de M. Tuberculosis :
étude de la diversité génétique des souches.
159


o Rakotonanahary Ranto Tiana, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Mise en place du diagnostic moléculaire de Mycobacterium ulcerans par la méthode
de PCR.
o Andrianivomikotroka Rina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Evaluation de test moléculaire de détection de la multirésistance de Mycobactérium
Tuberculosis à partir d'ADN extrait de crachats conservés sur des supports en
papier filtre
o Razafimahatratra
Solohery
Lalaina,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Distribution spatiale des génotypes des souches cliniques de
Mycobactérium tuberculosis à Antananarivo
o Fomenjanahary Verosoa , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Etude
de la leptospirose bovine à Moramanga.
o Rabeniary Rasoamanjara Madeleine , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Etude de la séroprévalence de la cysticercose porcine en élevage et
en abattoir dans la zone d'Antananarivo.
Unité du paludisme
o Andriamahefa Heritiana Fanomezantsoa, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Détection de Trypanosoma sp chez les batraciens.
Internat qualifiant




CBC
o Andriamandimbisoa Tojoniaina Herinjaka, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Stage d'observation (2 mois).
o Ramavoson Tsiriniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Stage
d'observation (2 mois).
o Tsatoromila Fenosoa Anita Mireille , [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Bactériologie (2 mois).
o Razanadrakoto
Ianja
Iorenantsoa,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Bactériologie (2 mois).
o Batavisoaniatsy Elodie Emile, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Immunologie - Allergologie (1 mois).
o Dorasse Rabenaivo, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Evaluation
de la performance des indicateurs de la malnutrition aigüe sévère à Moramanga (6
mois)
o Rasolofozafy Hanitriniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Gestion de projet (6 mois).
o Rakotonidrina Francine Isabelle, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Stage d'observation (2 mois).
o Razafinarivo Anjaratiana Hasina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)].
Stage d'observation (2 mois).
Formation professionnelle payante

LHAE
o Ramahandrisoa Fernand Christian, [PECHEXPORT (Madagascar)]. Analyse de
produits de la mer (5 jours).
o Razanadrakoto Herinirina Alain Odon, [BRASSERIE STAR (Madagascar)].
Microbiologie, lecture de boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).
160
o Andriambahiny Faly, [BRASSERIE STAR (Madagascar)]. Microbiologie, lecture de
boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).
o Randrianasolo Faliarimanana, [BRASSERIE STAR (Madagascar)]. Microbiologie,
lecture de boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).
o Raharivony Michel,[BRASSERIE STAR (Madagascar)]. Microbiologie, lecture de
boîte et calcul, expression des résultats (5 jours).
o Ahamed Soifa, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de laboratoire et
assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance qualité (1
mois)
o Ali M'ssa Nidali, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de laboratoire
et assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance qualité (1
mois)
o Sahnoune Mohamed Abdou, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de
laboratoire et assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance
qualité (1 mois)
o Mohamed Adam Ismael, [ONCQ-CPH (Comores)]. Formation en Techniques de
laboratoire et assurance qualité, Audit Bonne pratiques de laboratoire / Assurance
qualité (1 mois)
Autres stages


Direction administrative et financière
o Raharison Onja Toavina, [UNIVERSITE D'ANTANANARIVO (Madagascar)].
Optimisation de la gestion des contrats de service IPM (3 mois)
o Andrianjohary
Prisily,
[INSTITUT
SUPERIEUR
POLYTECHNIQUE
DE
MADAGASCAR (Madagascar)]. Service Inormatique (6 mois)
o Razafimandranto Herizo Christian, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE
MADAGASCAR (Madagascar)]. Service Informatique. (6 mois)
o Andrianjafy
Voahiranahanitriniony,
[UNIVERSITE
DE
TECHNOLOGIE
D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Stage pratique en entreprise (1 mois)
o Razafindrabe Durbin Orlando, Stage d'observation (1 mois).
CBC
o Farida, [UNIVERSITE DE TOLIARA (Madagascar)]. Stage d'observation
o Rakotomamonjy Yonnie Ando Noelle,[UNIVERSITE DE TOLIARA (Madagascar)].
Stage d'observation
o Ranaivoarimanana Njivaniaina, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)].
Stage d'observation (6 mois)
o Rakotovelomiarison Tahiry Todisoa, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE
DE MADAGASCAR (Madagascar)]. Guide de bonne exécution en analyses
biomédicales (3 mois).
o Raneliarison Kirijavola, (Madagascar). Stage d'observation (4 mois).
o Raveloson Amour Sarah, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)]. Etude
in-vitro des activités anti-bactériennes d'extraits bruts de fruit NONI (Morinda
citrifolia) (1 mois)
o Raveloson Mialitiana, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO (Madagascar)]. Stage
d'observation (3 mois)
o Rakotovao Claudia, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO(Madagascar)]. Stage
d'observation (3 mois)
o Randrianarisoa
Joela
Tovoitokiana,
[UNIVERSITE
D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Gestion des DASRI dans un laboratoire d’analyse médicale :
Expériences du Centre de Biologie Clinique de l’Institut Pasteur de Madagascar (2
mois)
o Randriamitandrina Andoniaina Annah, [UNIVERSITE D’ANTANANARIVO
(Madagascar)]. Stage d'observation (6 mois)
o Ratsimiebo Maholy Pricille, Stage d'observation (2 mois)
161



o Razanatseheno Mihajasoa Stella, Stage d'observation (1 mois)
LHAE
o Rabialahy Nico Valery, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE
MADAGASCAR (I.S.P.M) (Madagascar)]. Analyse des produits alimentaires et leurs
hygiènes (1 mois).
o Rambohitrarivo Berthod, (Madagascar). Stage d'observation (1 mois).
o Rakotosamimanana Henintsoa. Marketing et communication extérieure pour un
laboratoire de diagnostic et prestataire de service (6 mois).
o Solofondrazaintsoarinirina
Rojompitiavana,
[INSTITUT
SUPERIEUR
POLYTECHNIQUE DE MADAGASCAR (Madagascar)]. Suivi microbiologique de la
viande de boucherie de l'abattoir au point de vente (1 mois).
o Randriambolaina Jonathan, [UNIVERSITE DE LA REUNION (France)]. Mise en
place de la détection des Entérobactéries et vibrio entéropathogènes dans l'eau (1
mois).
o Ranaivojaona M. Sendrahasina. L'Etude d'impact environnemental de la
contamination fécale en milieu défavorisé (2 mois).
o Andrianarisoa A. Alain Berthin. Concentration et extraction d'ADN de pathogènes
entériques sur la ressource en eau ( mois).
o Ravelomanantsoa Koloina Fiona. Liens entre niveau de contamination fécale et
agents pathogènes (1 mois).
o Randriamalala Tsanta Fifaliana. Liens entre niveau de contamination fécale et
agents pathogènes (1 mois).
o Rakotoarimanana Fanomezantsoa A. (3 semaines)
o Ravelojaona Bakoly Harisoa, [ECOLE PETERPAN (Madagascar)]. Prévalence des
enthéropathogènes dans les viandes (1 mois).
o Ratsimbazafy Andrisoa Tanjona. Contrôle Qualité physico-chimique eaux propres et
eaux résiduaires (2 mois).
o Kinsou Hasdheka A.Y. Techniques de biologie moléculaire et détection des
entéropathogènes dans l'eau (6 mois).
o Ratovoarisoa Liantsoa Gina. Stage ouvrier en analyses microbiologiques des
aliments (1 mois)
o Raharimihaja Miarintsoa Fanomezana Rado. Microbiologie et Chimie de l'eau (2
mois)
o Raoelijaona Alain Patrick. Microbiologie et Chimie de l'eau (2 mois)
o Andrianoelisoa Verohasimanga. La filière malgache du lait : Conservation des
propriétés nutritionnelles (2 mois)
o Andriamandroso Haja-Tiana. La filière malgache du lait : détection des fraudes (2
mois)
o Razafindrabenja Lantomalala Elsa. Evaluation du pouvoir antimicrobien d'extraits de
plante (1 mois)
o Rajosefa Nivo Andrianina. Evaluation du pouvoir antimicrobien d'extraits de plante
(1 mois)
o Ratsimba Salohy Haingolalaina. Stage de préparation d'une thèse (2 mois)
Unité de virologie
o Benoit Mandin. La technique en biologie moléculaire et immunologie (7 mois)
o Ramamonjiharisoa Miora Bruna. Diagnostics des infections virales (1 mois).
o Rabemananjara Aina. Stage d'observation (1 mois).
o Andrianinarivomanana Tsarasoa Malala. Stage de découverte sur l'hépatite à
Madagascar (3 mois)
o Ahitantsoa Andre Theodule, [UNIVERSITE DE MAHAJANGA (Madagascar)]. Stage
d'imprégnation (1 mois)
o Saidou Ahamada M'madi. Stage d'observation (1 mois).
o Rajohnson Dora Murielle. Stage d'observation (2 mois)
162
o Rakotomanga Malala Nirina. Etude des tiques des micromammifères terrestres de
la Réserve Spéciale d'Ambohitantely (2 mois).
o Randrenjarison Andriniaina Herman Rico. Etude des tiques des micromammifères
terrestres de la Réserve Spéciale d'Ambohitantely (1 mois).
o Rasolonjatovo Julien Jose. Stage d'observation (5 mois).
o Fanomezantsoa Hajarivao. Stage d'observation (6 mois).




o Randrianiaina Samoelina Joro. Etude de la prévalence et des déterminants des
expositions à la rage dans la ville d'Antananarivo (4 mois).
o Randriamiarana Rado. La surveillance sentinelle, les investigations d'épidémies et
les aspects de laboratoire (3 mois).
o Rakotomanana Razafintsalama Holifidy. [LYCEE FRANCAIS DE TANANARIVE
(Madagascar)]. Découverte du travail de laboratoire et de recherche (1 semaine).
o Ramahery Haingonanahary. Stage d'observation (2 semaines).
Unité des helminthiases
o Rakotoniaina Hasina Josue, [UNIVERSITE GOTTINGEN ET DEUTSCHES
PRIMATENEZENTRUM (Allemagne)]. Identification des parasites chez les
Cheirogaleus medius (10 jours).
o Ratsiferana Anja. Etude de profils génétiques des souches Mycobacterium
tuberculosis à Madagascar (2 mois)
o Minorivomandimby Rojo Navalona , [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE
DE MADAGASCAR (Madagascar)]. Mise au point d’une PCR pour la séquençage
pour la détermination des espèces microsporidies (5 mois).
o Rasolofomboahangy Valisoa , [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE
MADAGASCAR (Madagascar)]. Mise au point d’une PCR en temps réel dans les
prélèvements des selles pour la détection d’Entomaeba (2 mois).
o Sagui Uranya Felicite, [INSTITUT SUPERIEUR POLYTECHNIQUE DE
MADAGASCAR (I.S.P.M) (Madagascar)]. Clonage et expression de protéines
plasmodiales (6 mois).
163
Publications du personnel de
l’Institut Pasteur de Madagascar
en 2014
1. Bessaud M, Razafindratsimandresy R, Nougairede A, Joffret ML, Deshpande JM, DubotPeres A, Heraud JM, de Lamballerie X, Delpeyroux F, Bailly JL. Molecular comparison and
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Impact Factor: 3.534
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Impact Factor: 5.84
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Maiga-Ascofare O, Mumba D, Tindana P, Tshefu-Kitoto A, Randrianarivelojosia M, William
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Rakotoson JL, Samison LH, Rafaramino F. First results of hormone receptors' status in
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Impact Factor: ?
8. Kamau E, Campino S, Amenga-Etego L, Drury E, Ishengoma D, Johnson K, Mumba D,
Kekre M, Yavo W, Mead D, Bouyou-Akotet M, Apinjoh T, Golassa L, Randrianarivelojosia
M, Andagalu B, Maiga-Ascofare O, Amambua-Ngwa A, Tindana P, Ghansah A, MacInnis B,
Kwiatkowski D, Djimde AA. K13-Propeller Polymorphisms in Plasmodium falciparum
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