Services en génomique

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Services en génomique
Services en génomique
Séquençage Génotypage Bioinformatique R&D
Catalogue
Sommaire
Séquençage
Séquençage Sanger _____________________________________ 6
Identification de micro-organismes _______________________ 8
Séquençage de génomes ________________________________ 10
Séquençage de transcriptomes ___________________________12
ChIP-Seq _______________________________________________13
Métagénomique et amplicons ____________________________14
Séquençage d’exomes __________________________________16
Génotypage
Génotypage de SNPs _____________________________________19
Banques GenoSat et génotypage de microsatellites_________20
Typage de micro-organismes par MLST/MLSA/MLVA_________22
Typage des mycobactéries par MIRU-VNTR_________________23
Bioinformatique
Données de génomique _________________________________25
Données de transcriptomique
Données ChIP-Seq
Données de métagénomique _____________________________26
Données exome
Formations ______________________________________________27
Prestations complémentaires ____________________28
Programmes de R&D ______________________________29
GENOSCREEN, 10 ans d’innovation en génomique
Créée en 2001, Genoscreen développe et réalise un large panel de solutions
appliquées à tous types de génomes.
Implantée sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille, elle s’est organisée dès
sa création autour de deux pôles : la prestation de service en génomique et la
recherche propre, menée en partenariat avec des unités de recherche
académiques.
Genoscreen développe et réalise des prestations analytiques en génomique
sur tout type de génomes (humain, animal, végétal, microbien), en réponse
aux besoins des équipes de recherche en sciences de la vie:
Santé
humaine
Environnement et Agriculture et Biotechnologies et
biodiversité
agro-alimentaire pharmacologie
www.genoscreen.com
3
GENOSCREEN, 10 ans d’in
Avec plus de 10 ans d’existence,
Genoscreen est présent
aux côtés des chercheurs
en sciences de la vie et
contribue aux travaux
de la communauté
scientifique internationale.
Genoscreen met au point
des solutions de génomique
optimisées et sur mesure
en réponse aux besoins
des laboratoires en
biologie moléculaire.
Genoscreen accorde la plus grande valeur
à l’ingénierie de montage des projets
et aux échanges scientifiques.
4
nnovation en génomique
Un spécialiste proche de vos attentes
Genoscreen a développé un savoir-faire unique dans des
domaines
variés
tels
que
l’identification
et
la
traçabilité de vos échantillons, la recherche de
marqueurs
génétiques
et
la
sélection
des
individus.
Grâce à une plateforme technologique de
dernière
génération
et
à
une
équipe
expérimentée, Genoscreen vous accompagne
pour le développement et la réalisation de
vos projets de génomique.
Un partenaire engagé à vos côtés
Partenaire du projet FP7 Health Patho-NgenTrace, coordinateur du consortium MEDIALZ pour
la recherche contre la maladie d’Alzheimer, et
lauréat Equipex du projet Ligan PM avec le PRES
Université Nord de France, Genoscreen se mobilise à travers
des programmes de recherche engagés qui lui permettent
d’élargir son expertise.
5
Séquençage
Séquençage Sanger
Lecture garantie de 850 à 1000 pb
One shot Sequencing
Réalisation en 24/48h à réception des échantillons
Pour vos échantillons en plaques complètes ou incomplètes
A réception, quantification et contrôle qualité sur 10% de vos échantillons
Réalisé sur séquenceurs capillaires ABI 3730XL®
- Téléchargement et envoi des formulaires sur www.genoscreen.com
- Envoi clair des résultats (fichier .txt et .abi + fichier score qualité)
- Proximité de service: hotline dédiée
- Facturation mensuelle
6
Optimized Sequencing
Réalisation en 24/48h à réception des échantillons
Pour vos échantillons en tubes, plaques complètes et incomplètes
A réception, quantification et contrôle qualité sur chacun de vos échantillons
Optimisation des résultats de séquençage par un expert Genoscreen: analyse de chaque
nucléotide de la séquence brute
GENO BOX
Nous apportons un soin tout particulier au traitement de vos
échantillons. Cela passe aussi par leur acheminement.
En complément des solutions d'envoi gratuit de vos échantillons de séquençage Sanger,
la GENO BOX vous permettra de nous envoyer vos tubes de séquençage Sanger
en toute sécurité.
Contact : [email protected]
7
Identification de micro-organism
Des réponses rapides et assurées pour l’identification moléculaire des bactérie
Accès laboratoire de sécurité P3
Identification classique
Identification de micro-organismes à l’espèce en 72H
- Séquençage complet de l’ADNr 16S ou autre gène constitutif sur matériel IQ/OQ sous contrôle
qualité
- Utilisation des bases de données internationales
- Identification à l’espèce : identité > 99% sur l’ADNr 16S (Comité Stackebrandt et al, 2002).
- Identification au genre : identité comprise entre 97 % et 99 % sur l’ADNr16S.
Identification bactérienne Pharma QC
Identification rapide et validée de bactéries au genre ou à l’espèce en 72H
- Séquençage de l’ADNr 16S sur matériel IQ/OQ sous contrôle qualité
- Méthode alternative validée : § 5.1.6 de la Pharmacopée Européenne
- Utilisation d’une base de données certifiée (Microseq®, Applied Biosystems®)
Caractérisation de bactéries connues ou inconnues
En 4 étapes:
1 - Détermination des caractères culturaux, morphologiques et biochimiques
2 - Tests phénotypiques
3 - Caractérisation taxonomique
4 - Séquençage du génome complet
8
mes par séquençage
es, levures, moisissures, champignons...
Extraction du matériel génétique
Amplification PCR du gène cible
Séquençage
Interprétation en % d’identité
Et aussi: recherche des sources de contamination
En cas de contaminations récurrentes par une même espèce, Genoscreen propose le typage
moléculaire par des méthodes de référence pour vérifier s’il s’agit ou non de la même souche.
Contact : [email protected]
9
Séquençage de génomes complets
Séquençage de novo et reséquençage de tous génomes
GSFLX + ® - Roche®
HiSeq 2000® - Illumina®
Reads XL de 600 bp
360 Mb / run
Reads de 50 ou 100 bp
30 Gb / canal
Contrôles qualité des librairies
10
Séquençage de novo
Pour déterminer la séquence d’un organisme dont le génome n’est pas encore connu, différentes
approches sont possibles en fonction de l’objectif du projet, de la taille et des caractéristiques
génomiques de l’organisme, et de la couverture de séquençage nécessaire.
Nous proposons des approches GSFLX + ® de Roche® ou HiSeq 2000® d’Illumina®, avec des
librairies Paired End (Roche®) et Mate Pair (Illumina®).
Il est également possible de combiner les deux technologies, et d’envisager un finishing par
séquençage Sanger sur ABI 3730xl® de Life technologies®.
Reséquençage
Si un ou plusieurs génomes de référence sont disponibles, la comparaison de génomes permettra
de mettre en évidence les SNP, InDels, transposons...
Les approches HiSeq 2000® d’Illumina® permettent ici de multiplexer vso échantillons afin de
garantir une couverture de séquençage suffisante.
Expertise et réseau technologique
Genoscreen vous accompagne pour le montage scientifique et technique de votre projet, et
vous aide à déterminer la technologie la plus appropriée pour atteindre vos objectifs.
Genoscreen dispose également d’accès privilégiés à d’autres technologies de séquençage de
génomes complets, n’hésitez pas à solliciter notre équipe pour en savoir plus.
Contact : [email protected]
11
Séquençage de transcriptomes
(ARN total, smRNA et cDNA)
Transcriptomique
Le séquençage haut débit du transcriptome permet, par analyse de transcrits entiers sur des
génomes procaryotes et eucaryotes, de détecter quantitativement les messagers présents, les
éventuels nouveaux messagers, ainsi que les ARN non-codants et les SNP, ceci sans disposer
d’information préalable sur les séquences.
Nous proposons des approches GSFLX + ® de Roche® ou HiSeq 2000® d’Illumina®.
Option: purification des ARN totaux en ARN messagers et reverse transcription pour séquençage
de cDNA
Egalement disponible: séquençage de smRNA
De taille < 200 pb (miRNA, ARN de transferts...), l’identification de ces structures par séquençage
permet d’ identifier et de comprendre comment ils sont régulés en fonction de différentes
conditions expérimentales.
De novo
Reséquençage
ou
HiSeq 2000® - Illumina®
GSFLX + ® - Roche®
Reads XL de 600 bp
360 Mb / run
25 µg d’ARN total
Reads de 50 ou 100 bp
30 Gb / canal
5-10 ug ARN total
12
ChipSeq
ChipSeq
Le séquençage ChipSeq a pour objectif d’isoler sur un génome les régions, souvent promotrices,
qui interviennent dans la régulation des gènes. Elles contiennent des séquences consensus sur
lesquelles un facteur de transcription vient favoriser ou inhiber l’expression d’un gène.
Savoir où se trouvent ces sites consensus et à quels gènes ils sont associés donne l’information du
lieu d’action du facteur de transcription dans le génome.
Fragmentation
Mise en présence du facteur de transcription
Mise en présence d’anticorps et récupération du complexe
Déshybridation et récupération des fragments d’ADN
Amplification, librairie et séquençage
ou
HiSeq 2000® - Illumina®
GSFLX + ® - Roche®
Alignement des reads
Contact : [email protected]
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Métagénomique et séquençage d
Métagénomique ciblée et séquençage ciblé à partir de tout type de matrice
Identification de procaryotes et eucaryotes à partir de tout type d’échantillon:
flore microbienne humaine ou animale (tissus, fécès, sputum, contenu stomachal, BAL...)
sols, boues, humus et sédiments
eaux, milieux lacustres et marins
aliments...
14
d’amplicons
Métagénomique
La métagénomique vous est proposée pour étudier la diversité des génomes de l'ensemble de
la flore de micro-organismes (y compris les bactéries non cultivables) ou des organismes présents
dans votre échantillon.
Nous pouvons cibler les bactéries, mais également les eucaryotes, les champignons, les levures...
Il est possible d'étudier plusieurs organismes sur un même projet, et d’avoir jusqu’à 24 cibles par
région GS-FLX.
Nous proposons une approche de séquençage nouvelle génération basée sur la technologie GSFLX 454 de Roche®, qui produit de longs fragments permettant une identification plus
performante des organismes. Nous pouvons aussi procéder à l'extraction du matériel génétique.
L'expertise de Genoscreen en bioinformatique sur l'analyse de données de métagénomique et la
construction d'arbres phylogénétiques vous donnera une image claire de la diversité génétique
de la communauté microbienne que vous étudiez.
Séquençage d’amplicons
Genoscreen répond également à vos besoins de séquençage ciblé, et vous propose un
multiplexage jusqu’à 24 tags par région de lame.
GSFLX + ® - Roche®
Reads XL de 600 bp
900 000 reads / run
Contact : [email protected]
15
Séquençage d’exomes
Capture ciblée SureSelect®
Séquençage d’exomes
Le séquençage d’exomes (humains, souris), en se focalisant sur les régions codantes du génome,
permet d’identifier les variations fonctionnelles liées à une maladie.
Egalement disponible : séquençage de génomes humains complets
HiSeq 2000® - Illumina®
16
17
Génotypage
18
Génotypage de SNP
Genoscreen propose une large gamme de technologies de génotypage: amplification allèle
spécifique, spectrométrie de masse, billes VeraCode, contactez-nous pour évaluer la chimie la plus
adaptée à votre nombre d'échantillons et de SNP à analyser.
A partir de 0,18 € HT le point*
* Tarif hors setup par point pour le génotypage de 20 SNP sur une population de 1500 individus.
Un point correspond au génotypage d'un SNP sur un échantillon. Pour tous vos montages,
n'hésitez pas à nous contacter pour bénéficier d'autres tarifs attractifs.
Contact : [email protected]
19
Banques Geno Sat® et génotypag
Votre banque de microsatel
8 000 séquences brutes
2 000 séquen
présentant
microsa
Une méthode standardisée
Basée sur le séquençage haut débit, la technique* a été validée sur 160 banques différentes
séquencées chez Genoscreen.
Une efficience record
A partir d’1 µg d’ADN génomique, cette technologie permet d’obtenir un minimum de 8 000
séquences dans un délai record d’un mois et demi.
Une offre modulable
En fonction de vos objectifs, Genoscreen vous apporte une solution simple et attractive: Geno
Sat pour la production de la banque, Geno Sat Pack qui comprend également la validation des
marqueurs polymorphes, et Geno Sat Pack Plus qui intégre le génotypage à partir des
marqueurs identifiés.
*Procédé GENOSCREEN – INRA – Montpellier SUPAGRO– Université de Provence.
Par Genome Sequencer FLX® - Roche Diagnostics
20
ge de microsatellites
llites à haut débit clés en main
nces validées
des motifs
atellites
100 couples de primers
validés encadrant des
motifs microsatellites *
* Valeurs représentant l’engagement de résultat Genoscreen
Geno Sat : Création de la banque
Contrôle qualité et quantification
de l’ADN génomique reçu
Enrichissement de l’échantillon
en motifs microsatellites multi-sondes
Séquençage d’ADN à très haut débit
Tri et analyse bioinformatique
des données brutes
Obtention des séquences comportant
des motifs microsatellites et
des primers associés
Geno Sat Pack
Geno Sat + Validation biologique des couples de primers et
identification des marqueurs microsatellites polymorphes sur un
échantillonnage représentatif de la variabilité génétique intraspécifique.
Geno Sat Pack Plus
Geno Sat Pack + Génotypage sur une large population
d’individus à partir des marqueurs validés.
21
Typage de micro-organismes
MLST, MLSA, MLVA...
Typage de micro-organismes (bactéries, champignons, levures...)
Centres et laboratoires de référence, organismes de surveillance et de contrôle, cliniciens,
épidémiologistes, industriels, Genoscreen vous propose le typage intra-espèce de vos
micro-organismes à partir d'ADN extrait, de lysats ou de souches isolées sur gélose.
La méthode MLST s'applique à un grand nombre de bactéries, ainsi qu'à certains champignons
et certaines levures. La méthode MLSA est utilisée quand les gènes de ménage ne présentent pas
suffisamment de polymorphisme. Nous utilisons ici à la fois les gènes de ménage et les gènes de
virulence. La méthode MLVA s'intéresse elle aux Variable Number of Tandem Repeats (VNTR),et
utilise l'analyse de fragments. Le nombre de régions répétées et les amorces sont différents
selon l'espèce.
La méthode standardisée n'existe pas pour votre micro-organisme? Vous avez un projet
particulier? Nous pouvons vous proposer la mise au point du procédé de typage de vos souches
et sa réalisation, à partir:
- d'un schéma existant adapté
- de conditions publiées disponibles
- d'un génome de référence
- suite au séquençage complet du génome d'intérêt
Quelques schémas disponibles:
MLVA/MLST Escherichia coli
MLVA Francisella tularensis
MLST Bacillus du groupe cereus
MLST Staphylococcus hominis et pneumoniae
MLST Acinetobacter baumanii...
Et aussi: SPA Typing
Pour une analyse poussée de vos souches de
Staphylococcus aureus, nous vous proposons le
typage par séquençage du gène codant pour la
protéine A, à partir d'ADN extrait ou de souches
isolées sur gélose.
22
Typage MIRU-VNTR
Mycobactéries
MIRU-VNTR : Multilocus Variable Number Tandem Repeat
Kit de typage MIRU-VNTR (M. tuberculosis complex)
Nos kits de typage MIRU-VNTR pour Mycobacterium tuberculosis représentent un package
original et complet pour faciliter l'implémentation et l'usage optimisé du typage MIRU-VNTR sur
séquenceurs Applied Biosystems®, directement en laboratoire hospitalier ou de recherche.
Kit de calibrationdu séquenceur (24 loci, Ref: 785-60VQuad):
Conditions de run optimisées, échelles alléliques des 24 marqueurs, modules bioinformatiques
Genemapper et échantillons de validation
Kit de typage (24 loci,100 tests, Ref: 790-60VQuad):
Mix PCR optimisés, contrôlés qualité et prêts à l'emploi (6 quadruplexes) et témoin positif pour
l'analyse des 24 marqueurs standardisés.
Des formations sur site sont proposées pour la mise en place et l'utilisation des kits ainsi que
pour l'analyse des données. Elles sont éligibles au titre de la formation professionnelle.
Service de typage MIRU-VNTR (M. tuberculosis, M. bovis)
Nous pouvons travailler sur votre combinaison de loci ou vous en suggérer une. Vous obtiendrez
pour chaque échantillon le MIRU-code associé. Nous travaillons à partir de cultures inactivées, lysats ou d’ADN extrait.
Genoscreen a obtenu 100% de reproducibilité intra et inter laboratoire lors du dernier contrôle
qualité ECDC réalisé par le RIVM (De Beer et al. JCM 2011)
Pour compléter vos analyses, nous proposons des analyses LSP, pncA, rpob, katG, inhA, atpE,
spoligotypage...
23
Bioinformatique
Nos spécialistes traitent directement
toutes vos données brutes :
Sanger, 454, GAIIx, HiSeq, Solid, IonTorrent...
24
Données de génomique
Séquençage de novo et reséquençage
Assemblage et annotation
- Assemblage de novo
- Création d’une banque de gènes
- Alignement sur un référent
- Annotation structurelle et fonctionnelle
- Comparaison d’échantillons
- Prédiction ou annotation manuelle par recherche de similarité et prédiction de structure
Données de transcriptomique
Séquençage de novo et reséquençage
ARN total, smRNA et cDNA
- Tri des ARN en fonction de leur nature
- Clustering
- Création d’une banque de séquences de références
- Recherche de l’ensemble des séquences spécifiques au transcriptome étudié
- Identification des transcrits par comparaison des clusters avec la banque de référence
- Etude de variations d’expression de plusieurs transcriptomes
25
Données CHiP-seq
Analyse de données CHip-Seq
- Création de la base de données de référence
- Mapping
- Identification des gènes
- Comparaison des échantillons régulés par un même facteur de transcription
Données de métagénomique
Métagénomique et amplicons
- Constitution de la banque de séquences de références spécifiques à vos cibles (16S, 28S, etc)
- Alignement des résultats de séquençage sur la banque de données
- Listing des organismes identifiés à 100 % de similarité avec les séquences obtenues
- Interprétation des alignements globaux : similarité, longueur de similarité, etc.
- Ajustement des paramètres d’interprétation
- Etablissement des listes d’organismes présents et des arbres taxonomiques
- Comparaisons entre échantillons
Données exome
Analyse de données de séquençage d’exome
- Assemblage et annotation des exons séquencés
- Listing des mutations identifiées entre les échantillons étudiés et le référent
- Identification des mutations « connues » par comparaison des résultats dans les bases de
données internationales
- Influence de la mutation sur la fonctionnalité de la protéine
- Analyse comparative des exons
26
Formations de bioinformatique
Objectif: Acquérir un niveau de maîtrise déterminant pour
analyser vous-même vos données biologiques
Formations personnalisées : apprenez
analyser vous-même vos données
à
Implémentation de moyens matériels et logiciels
pour l'analyse de vos données et assistance dans
l'utilisation des moyens mis en place.
Nos bioinformaticiens vous forment :
- dans votre laboratoire
- sur vos ordinateurs
- avec vos données
Critères : Formation de 1 à 3 personnes sur 1 à 5
jours. Tous ordinateurs et systèmes d’exploitation.
Formations de groupe : Sessions à la demande
Vous souhaitez vous regrouper pour une formation sur la thématique de votre choix?
Contactez nos bioinformaticiens au +33 (0)3 20 87 71 69 pour programmer votre session.
Critères : Formation de 4 à 12 personnes sur 1 à 5 jours à Lille, France.
Genoscreen est un organisme de
formation enregistré au n° 31 59 06657 59
(DRTEFP Lille, France). Toutes nos
formations éligibles au titre du DIF et de
la formation professionnelle.
27
Prestations
complémentairres
Autres prestations
Formations
- Formations théoriques : techniques de séquençage et génotypage
- Formations de bioinformatique (voir p.27)
- Formations implémentation du typage MIRU-VNTR (voir p.23)
Préparation d’échantillons
- Extraction de matériel génétique
- Design de primers
- Plating/picking
Prestations à façon
- PCR, qPCR et RT-PCR
- Détection de mutations
- Expression de gènes
Pour tout projet spécifique, contactez-nous à
[email protected]
Genoscreen est un organisme de formation enregistré au
n° 31 59 06657 59 (DRTEFP Lille, France). Toutes nos
formations éligibles au titre du DIF et de la formation
professionnelle.
28
Objectifs R&D
La démarche adoptée par Genoscreen a toujours été de
développer des travaux de recherche en partenariat avec des
unités de recherche académiques et industrielles.
- Génétique de la maladie d'Alzheimer (coordinateur du
consortium MEDIALZ)
- Outils moléculaires de traçage des micro-organismes (lauréat
FP7 Health: Patho-Ngen-Trace)
- Diversité génétique des espèces
- Outils d’analyse en bioinformatique
N’hésitez pas à nous contacter pour vos projets de
valorisation ou de partenariat recherche:
[email protected]
29
Programmes
de R&D
Le pôle Recherche et Développement de Genoscreen axe son
travail sur le développement d'outils d'analyse moléculaire à
visées médicales et/ou de recherche :
Notes
30
Notes
31
Contacts
Accueil - [email protected] - Tel. +33 (0)3 20 87 71 53
Relation client - [email protected] - Tel. +33 (0)3 20 87 77 09
Service technique et scientifique génomique - [email protected] - Tel. +33 (0)3 59 31 74 36
Service technique Sanger - [email protected] - Tel. +33 (0)3 59 31 72 08
Présence web
www.genoscreen.com
GENOSCREEN
Campus de l'Institut Pasteur de Lille, Bâtiment Guérin - 4e étage
1 rue du Pr Calmette
59000 Lille Cedex - France
Laboratoires ouverts du lundi au vendredi, de 9h00 à 17h00 (GMT +1)
Tél. +33 (0)3 20 87 71 53 / Fax +33 (0)3 20 87 72 64
www.genoscreen.com
[email protected]

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