TP 8 Virus d`Immuno

Travaux Pratiques
Juillet 2011
TP 8
Virus d’Immuno-Déficience
Humain
On va explorer le génome HIV.
• Aller à NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf
• Faire une copie de la séquence du génome “hiv_sequence.txt” à partir de
www.cs.sjsu.edu/faculty/khuri/AVL
• Coller la séquence dans la fenêtre ORF à NCBI.
• Taper sur le bouton “OrfFind”.
Sur le résultat de la page de NCBI,
• changer la sensibilité de 100 à 300 et cliquer sur “Redraw”.
1) Combien de phases ouvertes de lectures (ORFs) sont trouvés par “ORF
finder” ayant une sensibilité de 300? ____ .
2) Noter dans la table suivante le début et la fin des points de chaque phase
ouverte de lecture (ORF).
Cadre
Position de départ
Position d’arrivée
Longuer
3) À noter qu’en cliquant sur les barres représentant les phases ouvertes de
lectures (ORFs) individuel, on obtient la séquence et sa traduction.
•
•
•
Cliquer sur la phase ouverte de lecture (ORF) la plus longue. Garder
“blastp” sous “Program” dans la nouvelle page.
Choisir “swissprot” sous “Databases”. Cliquer sur “BLAST”.
Accepter toutes les valeurs données par défaut dans la nouvelle page et
cliquer sur “View report ”.
•
Examiner le résultat et identifier le nom du gène.
•
Marquer chaque phase ouverte de lecture (ORF) adéquat dans le
diagramme avec le nom du gène trouvé. En d’autres termes, écrire le
nom du gène ORF sur le diagramme suivant.
@2011 Sami Khuri
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Travaux Pratiques
Juillet 2011
4) Répéter le processus décrit dans 3) avec tous les ORFs (gènes) qui sont sur
le brin positif.
5) De quel organisme provient le “hiv_sequence.txt” ?
6) Consulter la seconde page de l’exercice.
La source se trouve à l’adresse:
http://hiv-web.lanl.gov/content/immunology/pdf/2000/intro/GenomeMaps.pdf
Le diagramme a 3 génomes.
En se basant sur les résultats obtenus, avec quel génome travaille-t-on (HIV-1,
HIV-2, SIV) ? ________
7) Dans les parties 1) à 4) certains ORFs ont des gènes codés. Sont-ils tous
dans « Genome Maps » ? ________
8) Quels sont les gènes manquants ? En d’autres termes, quels sont les gènes
qui sont dans « Genome Maps » et qui ne sont pas dans le diagramme que vous
avez complété en 3) et 4) ? Nommer 2 ou 3 grand gènes que vous avez
manqués.
9) Expliquer comment trouver les gènes (ORFs) manquants.
10) Nommer deux gènes sur le brin positif qui ont chevauché.
@2011 Sami Khuri
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