Protocole de recherche - Département de médecine générale

PROTOCOLE DE RECHERCHE
Etude des souches commensales de Escherichia coli : Projet Coliville
N° Inserm
C08-36
VERSION N° 2 DU 13/03/2009
CONFIDENTIEL
Responsable :
Inserm – Département de la Recherche Clinique et Thérapeutique (DRCT)
101, rue de Tolbiac, 75654 Paris Cedex 13
Contact :
Béatrice Barraud, Chef de projet Inserm
[email protected]
Tél: 01 44 23 67 29
Fax: 01 44 23 67 10
Médecin coordonnateur principal :
Pr. Alain Eddi
Responsable scientifique :
Dr. Françoise Jauréguy
Fonction : PU
Fonction : MCU-PH
Adresse : Département de Médecine Générale,
Faculté de Médecine, site Bichat, Université Paris
Diderot-Paris 7
16 rue Henri Huchard
75890 Cedex 18
Tel : 01 46 27 42 92
Email : [email protected]
Adresse : Service de Bactériologie-Virologie ;
Hygiène, Hôpital Avicenne, UFR SMBH, Paris 13
et INSERM U722, Paris 7
125 rue de Stalingrad
93009 Bobigny
Tel : 01 48 95 56 69
Fax : 48 95 59 11
Email : [email protected]
Lieu de réalisation de l’étude
Etude multicentrique : Ile de France
Protocole
1/1
SOMMAIRE
1
JUSTIFICATION DE L’ETUDE – PREREQUIS ..............................................................................3
2
PROTECTION DES PERSONNES..................................................................................................4
2.1
2.2
2.3
3
Dispositions éthiques et réglementaires ...................................................................................4
Assurance et financement ........................................................................................................5
Modalités de recueil du consentement des personnes .............................................................5
OBJECTIFS .....................................................................................................................................5
3.1
3.2
4
Objectifs principaux...................................................................................................................5
Objectifs secondaires................................................................................................................5
PLAN EXPERIMENTAL ..................................................................................................................6
4.1
4.2
4.3
5
Type d’essai ..............................................................................................................................6
Catégorie de recherche ............................................................................................................6
Exposé du plan expérimental....................................................................................................6
SELECTION DES PERSONNES.....................................................................................................6
5.1
5.2
6
Population étudiée ....................................................................................................................6
Recrutement .............................................................................................................................6
REALISATION PRATIQUE DU PROTOCOLE ...............................................................................7
6.1
Description détaillée des actes pratiqués sur les personnes (description de chacune des
visites) :................................................................................................................................................7
6.2
Description de l’organisation logistique générale de l’essai......................................................7
6.3
Calendrier de l’étude .................................................................................................................8
7
COLLECTION D’ECHANTILLONS BIOLOGIQUES D’ORIGINE HUMAINE .................................8
8
RECUEIL ET TRAITEMENT DES DONNEES ................................................................................8
9
ANALYSE STATISTIQUE DES DONNEES ....................................................................................9
10
COMMUNICATION ....................................................................................................................10
11
CONFIDENTIALITE ...................................................................................................................11
12
ASSURANCE QUALITE ............................................................................................................11
13
ANNEXES ..................................................................................................................................12
1.
2.
3.
4.
Protocole
Formulaire d’information et de consentement.........................................................................12
Fiche de recueil des données .................................................................................................12
Feuille de renseignements accompagnant le prélèvement.....................................................12
Liste des médecins intervenant dans le cadre de la recherche ..............................................12
2/2
1
JUSTIFICATION DE L’ETUDE – PREREQUIS
E. coli, commensal du tube digestif est considéré comme le principal réservoir de souches
pathogènes responsables de bactériémies, soit par translocation intestinale, soit par invasion de
l'appareil urinaire.
Les souches de E. coli, espèce de structure clonale, se répartissent en 4 principaux groupes
phylogénétiques : A, B1, B2 et D (Selander et al. 1986; Herzer et al. 1990; Clermont, Bonacorsi,
and Bingen 2000). Il a été clairement démontré que les souches pathogènes de E.coli
responsables d’infections extra-intestinales dont les bactériémies appartiennent le plus
fréquemment aux groupes phylogénétiques B2 et D et présentent de nombreux facteurs de
virulence (Johnson and Stell 2000; Russo and Johnson 2000; Johnson et al. 2002). Les rapports
entre phylogénie et souches commensales sont en revanche moins clairs. Les premières études
ont montré chez les souches commensales une prédominance de souches des groupes
phylogénétiques A et B1 (Picard et al. 1999; Duriez et al. 2001) mais des travaux récents
documentent une forte proportion de souches B2 parmi les isolats commensaux provenant de
populations de pays industrialisés (Foxman et al. 2000; Zhang, Foxman, and Marrs 2002;
Escobar-Paramo et al. 2004; Moreno et al. 2009). De plus, les souches qui persistent plusieurs
mois ou années dans l'intestin (souches résidentes) appartiennent principalement au groupe B2
et présentent également des facteurs de virulence (Nowrouzian, Wold, and Adlerberth 2005).
Les rapports entre commensalisme, virulence et phylogénie susceptibles d’expliquer le
passage de l’état commensal à l’état pathogène doivent donc être précisés. Il s’agit d’un
problème important en santé publique, E coli constituant un modèle de pathogène opportuniste
et l’une des bactéries les plus fréquemment impliquées dans les infections humaines.
L’hypothèse d’une identité ou d’une différence entre les 2 types de souches n’est pas
actuellement résolue. Il faut donc comparer les souches commensales et les souches
pathogènes et examiner les principaux facteurs susceptibles d’influencer la structure génétique
des souches commensales : l’âge, le sexe, l’origine ethnique, l’alimentation, le climat (EscobarParamo et al. 2004; Gordon, Stern, and Collignon 2005; Escobar-Paramo et al. 2006) ; mais
également rechercher des facteurs moins classiques et liés à la précarité des conditions de vie :
l’hygiène, l’exposition à des toxiques (sels de métaux lourds), la prise inappropriée
d’antibiotiques.
En 2005, dans l’Unité INSERM U722, nous avons collecté lors d’une étude précédente
dénommée Colibafi (www.colibafi.net), dont l’INSERM était promoteur, 1171 souches
responsables de bactériémies. Nous nous proposons de comparer ces souches à des souches
commensales appariées sur plusieurs critères épidémiologiques qui seront collectés dans la
présente étude. L’étude Colibafi a pour but de comprendre la physiopathologie des bactériémies
à E. coli en étudiant conjointement les caractères de l’hôte et de la bactérie, et d’en tirer des
facteurs prédictifs des bactériémies graves qui pourraient déboucher sur des mesures
préventives et thérapeutiques. Un recueil de données cliniques (terrain de l’hôte, le caractère
nosocomial ou communautaire de l’infection, la gravité et l’évolution de l’infection) et de souches
de E.coli, isolées chez des patients présentant au moins une hémoculture positive à E. coli, a été
réalisé de façon prospective sur une durée de 1 an (2005). Elle a permit d’obtenir 1171 souches.
Cette étude s’est déroulée en France dans 15 CHU.
Nous souhaitons réaliser une étude cas-témoin pour comparer les souches bactériémiques
isolées chez les patients d’Ile de France dans le cadre du projet Colibafi (les cas) à des souches
commensales provenant de patients vus en consultation de médecine générale en Ile de France
(les témoins). Le projet Coliville a pour but de recueillir des souches de E. coli chez ce
groupe témoin. Les souches commensales seront appariées aux souches bactériémiques sur
l’âge et le sexe.
Dans le groupe cas, les 360 patients issus de l’étude Colibafi et domiciliés dans la région Ile de
France, sont représentatifs de l'ensemble des patients de l’étude Colibafi en terme de données
démographiques, de porte d'entrée de la bactériémie (urinaire, digestif, autres), d’origine
communautaire ou nosocomiale de l’infection et de gravité du sepsis.
Protocole
3/3
Références bibliographiques
Clermont, O., S. Bonacorsi, and E. Bingen. 2000. Rapid and simple determination of the Escherichia
coli phylogenetic group. Appl Environ Microbiol 66:4555-4558.
Duriez, P., O. Clermont, S. Bonacorsi, E. Bingen, A. Chaventre, J. Elion, B. Picard, and E. Denamur.
2001. Commensal Escherichia coli isolates are phylogenetically distributed among
geographically distinct human populations. Microbiology 147:1671-1676.
Escobar-Paramo, P., K. Grenet, A. Le Menac'h, L. Rode, E. Salgado, C. Amorin, S. Gouriou, B.
Picard, M. C. Rahimy, A. Andremont, E. Denamur, and R. Ruimy. 2004. Large-scale
population structure of human commensal Escherichia coli isolates. Appl Environ Microbiol
70:5698-5700.
Escobar-Paramo, P., A. Le Menac'h, T. Le Gall, C. Amorin, S. Gouriou, B. Picard, D. Skurnik, and E.
Denamur. 2006. Identification of forces shaping the commensal Escherichia coli genetic
structure by comparing animal and human isolates. Environ Microbiol 8:1975-1984.
Foxman, B., R. Barlow, H. D'Arcy, B. Gillespie, and J. D. Sobel. 2000. Urinary tract infection:
self-reported incidence and associated costs. Ann Epidemiol 10:509-515.
Gordon, D. M., S. E. Stern, and P. J. Collignon. 2005. Influence of the age and sex of human hosts on
the distribution of Escherichia coli ECOR groups and virulence traits. Microbiology 151:15-23.
Herzer, P. J., S. Inouye, M. Inouye, and T. S. Whittam. 1990. Phylogenetic distribution of
branched RNA-linked multicopy single-stranded DNA among natural isolates of Escherichia
coli. J Bacteriol 172:6175-6181.
Johnson, J. R., M. A. Kuskowski, T. T. O'Bryan, and J. N. Maslow. 2002. Epidemiological correlates of
virulence genotype and phylogenetic background among Escherichia coli blood isolates from
adults with diverse-source bacteremia. J Infect Dis 185:1439-1447.
Johnson, J. R., and A. L. Stell. 2000. Extended virulence genotypes of Escherichia coli strains from
patients with urosepsis in relation to phylogeny and host compromise. J Infect Dis 181:261272.
Moreno, E., J. R. Johnson, T. Perez, G. Prats, M. A. Kuskowski, and A. Andreu. 2009. Structure and
urovirulence characteristics of the fecal Escherichia coli population among healthy women.
Microbes Infect 11:274-280.
Nowrouzian, F. L., A. E. Wold, and I. Adlerberth. 2005. Escherichia coli strains belonging to
phylogenetic group B2 have superior capacity to persist in the intestinal microflora of infants. J
Infect Dis 191:1078-1083.
Picard, B., J. S. Garcia, S. Gouriou, P. Duriez, N. Brahimi, E. Bingen, J. Elion, and E. Denamur. 1999.
The link between phylogeny and virulence in Escherichia coli extraintestinal infection. Infect
Immun 67:546-553.
Russo, T. A., and J. R. Johnson. 2000. Proposal for a new inclusive designation for extraintestinal
pathogenic isolates of Escherichia coli: ExPEC. J Infect Dis 181:1753-1754.
Selander, R. K., D. A. Caugant, H. Ochman, J. M. Musser, M. N. Gilmour, and T. S. Whittam. 1986.
Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and
systematics. Appl Environ Microbiol 51:873-884.
Zhang, L., B. Foxman, and C. Marrs. 2002. Both urinary and rectal Escherichia coli isolates are
dominated by strains of phylogenetic group B2. J Clin Microbiol 40:3951-3955.
2
2.1
PROTECTION DES PERSONNES
Dispositions éthiques et réglementaires
La recherche sera menée dans le respect de la réglementation française en vigueur,
notamment des lois de Bioéthique, de la loi Informatique, Fichiers et Libertés et du présent
protocole.
Le médecin coordonnateur s’engage à mener la recherche conformément à ces dispositions
éthiques et réglementaires. Il reconnaît que les résultats de la recherche sont la propriété de
l’Inserm.
Protocole
4/4
2.2
Assurance et financement
Le financement de la recherche est assuré conjointement par le Département de Médecine
générale de l’Université Paris Diderot-Paris 7 (prélèvements des patients, courriers), le service
de Bactériologie Virologie de l’Hôpital Avicenne (isolement, identification des souches
bactériennes), l’Unité INSERM U722 INSERM (caractérisations moléculaires des souches
bactériennes) .
Une assurance dans le cadre de cette recherche n’est pas nécessaire en regard de
l’encadrement réglementaire de celle-ci.
2.3
Modalités de recueil du consentement des personnes
Le consentement éclairé écrit de toutes les personnes qui se prêtent à la recherche doit être
obtenu par le médecin participant à la recherche, inscrit à l’ordre des médecins, avant tout acte
pratiqué dans le cadre du protocole de la recherche et quel que soit cet acte.
L’information sera donnée oralement et par écrit dans la première partie du formulaire
d’information et de consentement (voir en annexe). Le formulaire sera paraphé en bas de
chaque page afin que la personne se prêtant à la recherche atteste qu’elle a bien reçu cette
information. L’information sera rédigée dans un langage clair, parfaitement compréhensible
pour la personne. Elle doit contenir l’ensemble des éléments dont doit être informée la
personne, conformément à la réglementation en rigueur.
Le consentement de participation de la personne à la recherche est recueilli par écrit sur la
seconde partie du formulaire d’information et de consentement. Cette seconde partie doit être
rédigée dans un langage clair, parfaitement compréhensible pour la personne qui se prête à la
recherche. Elle doit contenir l’ensemble des éléments auxquels la personne consent. Le
consentement est donné par apposition de la signature et inscription, de la main de la personne
qui se prête à la recherche, du prénom, du nom et de la date de consentement.
Par ailleurs, le médecin qui recueille le consentement date et signe le formulaire à
l’emplacement qui lui est réservé et s’assure 1) que le formulaire est conforme et qu’aucune
mention ou date n’est manquante 2) qu’un exemplaire original de ce document est remis au
patient. Il conserve un second exemplaire original dans un lieu sécurisé et dont l’accès est
contrôlé.
Le médecin devra s’assurer que la personne qui se prête à la recherche aura eu le temps de
prendre sa décision librement et aura pu lire et comprendre le formulaire d’information et de
consentement.
3
3.1
OBJECTIFS
Objectifs principaux
L'objectif de ce projet est d'identifier, par une approche originale combinant la génomique
comparative et la génétique des populations, des différences caractérisant les souches
commensales de E coli et les souches invasives responsables de bactériémies.
3.2
Objectifs secondaires
Cette comparaison permettra d’affirmer ou d’infirmer l’hypothèse d’une différenciation des
souches virulentes par rapport aux souches commensales et (i) d'identifier les souches
invasives chez les patients à risque, conduisant ainsi à des stratégies prophylactiques et (ii) de
définir les déterminants bactériens conservés chez les souches bactériémiques, non retrouvés
chez les souches commensales, amenant à une éventuelle stratégie vaccinale.
Protocole
5/5
4
PLAN EXPERIMENTAL
4.1
Type d’essai
Etude épidémiologique cas-témoin.
4.2
Catégorie de recherche
Etude prospective de recueil de souches de Escherichia coli commensales du tube digestif
chez des patients témoins.
4.3
Exposé du plan expérimental
Cette étude prospective a pour but d’obtenir les souches commensales de E. coli isolées chez
des patients témoins vus en consultation de médecine générale en Ile de France.
Les souches pathogènes de E. coli ont été isolées au cours du projet Colibafi (www.colibafi.net)
chez 360 patients « cas » bactériémiques hospitalisés en Ile de France .
Les patients témoins seront appariés aux cas sur l’âge (plus ou moins 65 ans) et le sexe.
5
SELECTION DES PERSONNES
5.1
Population étudiée
Les 360 patients inclus dans le projet Coliville seront vus en consultation de médecine générale
par des praticiens rattachés au Département de Médecine Générale de l’UFR de Médecine de
l’Université Paris Diderot-Paris 7 (Pr. Michel Nougairède et Pr. Alain Eddi).
Les patients témoins de cette étude Coliville seront appariés aux 360 patients d’Ile de France
inclus dans l’étude Colibafi suivant la tranche d’âge (plus ou moins de 65 ans) et le sexe, soit 4
classes de patient.
5.2
Recrutement
−
−
−
Protocole
Description du mode de recrutement : lors des consultations auprès d’un médecin généraliste
Description des critères d’inclusion
o Patient âgé de plus de 18 ans
o Habitant l’Ile de France
o Pouvant être apparié à un cas (de l’étude Colibafi) en terme de tranche d’âge et de
sexe
Description des critères de non inclusion :
o Les personnes vulnérables telles que définies dans les dispositions relatives à la
Recherche Biomédicale et exposées dans le Code de la Santé Publique (les
personnes majeures faisant l’objet d’une mesure de protection légale ou hors d’état
d’exprimer leur consentement ; les mineurs ; les personnes privées de liberté par une
décision judiciaire ou administrative, les personnes admises dans un établissement
sanitaire ou social à d’autres fins que celle de la recherche ; les femmes enceintes,
les parturientes et les mères qui allaitent)
o Prise d’antibiotiques dans le mois précédent ou prescription lors de la consultation
o Hospitalisation dans les 3 derniers mois
o Personnes vivant en institutions, longs séjours
o Immunodépression connue (HIV, immunosuppresseurs, chimiothérapie, corticoïdes
au long cours quelque soit la dose > 2 semaines ).
o Pathologies gastro-intestinales chroniques (Recto-colite Hémorragique Chronique et
Maladie de Crohn)
6/6
o
o
6
Toute résection digestive sauf appendicectomie et résection de polypes
Antécédent(s) de septicémie bactérienne
REALISATION PRATIQUE DU PROTOCOLE
6.1
Description détaillée des actes pratiqués sur les personnes (description
de chacune des visites) :
Les patients seront des patients vus en consultation par un médecin généraliste faisant parti
du département de Médecine Générale de l’UFR de Médecine de l’Université Paris DiderotParis 7 (Pr. Michel Nougairède et Pr. Alain Eddi)
Après vérification de l’absence de critères de non inclusion, les patients seront informés de
l’étude et inclus en cas de consentement éclairé, daté et signé.
Un recueil très succinct des données des patients sur une fiche prévu à cet effet, sera réalisé
par le médecin généraliste.
Un kit de prélèvement avec milieu de transport, une notice de Bonnes Pratiques du
prélèvement et une enveloppe pré-affranchie sera remis au patient.
Pour chaque patient inclus, un seul prélèvement de selles fraîchement émises sera effectué
par le patient lui-même et recueilli par écouvillonnage des selles à l’aide du kit de prélèvement
proposé.
Les écouvillons seront envoyés par chaque patient au laboratoire de Bactériologie-Virologie,
Hygiène de l’Hôpital Avicenne à l’aide de l’enveloppe pré-affranchie à l’adresse de ce
laboratoire.
Le laboratoire de Bactériologie-Virologie, Hygiène de l’Hôpital Avicenne (Pr. Bertrand Picard,
Dr Françoise Jauréguy) effectuera dans un premier temps, l’isolement, l’identification et la
conservation des souches de E. coli et dans un second temps, une caractérisation
moléculaire de ces souches en collaboration avec l’Unité INSERM U722 de l’Université Paris
Diderot-Paris 7 (Pr. Erick Denamur).
−
−
−
−
−
−
−
6.2
Description de l’organisation logistique générale de l’essai
−
Après avoir informé les patients de l’étude lors de la consultation, ceux ci seront inclus par le
médecin généraliste participant à l’étude [rattaché au Département de Médecine Générale de
l’UFR de Médecine de l’Université Paris Diderot-Paris 7 (Pr. Michel Nougairède et Pr. Alain
Eddi)], après vérification de l’absence de critères de non inclusion et en cas de consentement
éclairé, daté et signé.
−
Après recueil du consentement éclairé, daté et signé, le médecin généraliste donnera au
patient son numéro d’anonymat, le kit de prélèvement de selles (sur lequel figure ce numéro
d’anonymat). Le médecin généraliste remplira également la fiche de recueil des données
concernant le patient et faxera cette fiche au Dr F. Jauréguy (Laboratoire BactériologieVirologie, Hygiène de l’Hôpital Avicenne), chargée de consigner les patients inclus en temps
réel. Le médecin conservera l’original de cette fiche de recueil des données.
−
A chaque prélèvement de selles, sera joint une feuille de renseignements comportant les
données suivantes : numéro d’anonymat du patient, année de naissance, sexe et la date du
prélèvement (exemplaire vierge en annexe). Le laboratoire de Bactériologie-Virologie,
Hygiène (responsable : Dr F. Jauréguy) sera chargé de consigner au fur et à mesure le
nombre de patient dans chaque classe (plus ou moins 65 ans, homme ou femme) ayant un
échantillon évaluable, afin de gérer en temps réel la fin des inclusions dans les classes. Dès
que tous les cas d’une classe auront été recrutés, une information sera alors transmise à tous
les médecins généralistes pour cesser l’inclusion de ce type de patient. L’isolement des
souches, leur identification, leur conservation seront effectués au laboratoire de BactériologieVirologie, Hygiène de l’hôpital Avicenne (Pr. Bertrand Picard, Dr. Françoise Jauréguy).
−
La caractérisation moléculaire (groupe phylogénétique, recherche de facteurs de virulence) de
ces souches sera effectuée dans l’unité INSERM U722 (Ecologie et évolution des
microorganismes, Pr. Erick Denamur, Faculté de Médecine Site X. Bichat, Université Paris
Protocole
7/7
Diderot-Paris 7) au sein de l’équipe de recherche épidémiologie des infections à E. coli (Pr.
Erick Denamur, Pr. Bertrand Picard, Dr. Françoise Jauréguy).
L’analyse statistique sera réalisée au sein de l’Unité INSERM U738 (Pr. France Mentré, UFR
de Médecine, Site Bichat, Université Paris Diderot-Paris 7) .
−
6.3
Calendrier de l’étude
−
−
−
7
8
Durée de la participation du sujet : 1 jour
Durée totale des inclusions : 6 mois
Durée totale de la recherche : 3 ans
COLLECTION D’ECHANTILLONS BIOLOGIQUES D’ORIGINE HUMAINE
−
Les échantillons analysés seront des prélèvements de selles fraîchement émises recueillies
par les patients et prélevées à l’aide d’un écouvillon qui sera ensuite plongé dans un milieu de
transport. Chaque écouvillon sera étiqueté avec le numéro d’anonymat du patient participant à
la recherche (numéro du centre suivi du numéro d’ordre d’inclusion par centre) .
−
A chaque prélèvement de selles, sera joint une feuille de renseignements comportant les
données suivantes : numéro d’anonymat du patient, année de naissance, sexe et la date du
prélèvement (exemplaire vierge en annexe).
−
L’ écouvillon sera envoyé par chaque patient au laboratoire de Bactériologie-Virologie,
Hygiène de l’Hôpital Avicenne à l’aide de l’enveloppe pré affranchie à l’adresse de ce
laboratoire. L’ écouvillon et l’enveloppe pré-affranchie porteront le numéro d’anonymat du
patient. L’ enveloppe pré affranchie et le kit de prélèvement dédié à la collection des selles
seront fournis à chaque médecin généraliste investigateur avant le début de l’étude. Une
notice de Bonnes Pratiques du prélèvement accompagnera également ce kit.
−
Au laboratoire, après mise en culture des selles, une colonie sera étudiée par patient
(identification, antibiogramme). Toutes les colonies seront conservées à –80 °C en cryotube
dans les deux sites suivants : le Laboratoire de Bactériologie-Virologie, Hygiène de l’Hôpital
Avicenne et l’unité INSERM U722 (Ecologie et évolution des microorganismes, Pr. Erick
Denamur, Faculté de Médecine Site X. Bichat, Université Paris Diderot-Paris 7) (duplication
des souches étudiées).
−
La caractérisation moléculaire (groupe phylogénétique, recherche de facteurs de virulence) de
ces souches préalablement identifiées dans le laboratoire de Bactériologie-Virologie, Hygiène
de l’Hôpital Avicenne, sera effectuée dans l’unité INSERM U722 (Ecologie et évolution des
microorganismes, Pr. Erick Denamur, Faculté de Médecine Site X. Bichat, Université Paris
Diderot-Paris 7) au sein de l’équipe de recherche épidémiologie des infections à E. coli (Pr.
Erick Denamur, Pr. Bertrand Picard, Dr. Françoise Jauréguy).
RECUEIL ET TRAITEMENT DES DONNEES
−
Chaque centre investigateur disposera d’un classeur investigateur comprenant :
o L’identification du centre (nom, adresse et cachet du médecin, le numéro de centre
correspondant)
o Les coordonnées des principaux correspondants de l’étude Coliville
o La conduite à tenir le jour de l’inclusion
o Une fiche de correspondance entre l’identité du patient et son numéro d’anonymat
(numéro du centre suivi du numéro d’ordre d’inclusion par centre)
o Une pochette pour le recueil des consentements signés
−
Pour chaque patient, les données cliniques à J0 seront recueillies sur une fiche de recueil
des données (exemplaire vierge en annexe) . Cette fiche comprend :
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o
o
o
o
9
Le numéro d’anonymat du patient
La date de l’inclusion
La vérification des critères de sélection du patient (critères de non inclusion et critères
d’inclusion)
L’année de naissance et le sexe du patient
−
Description du circuit des données avant la saisie informatique
Chaque médecin participant à l’étude conservera la fiche originale de recueil des données
pour chaque patient qu’il remettra à la fin de l’étude au médecin coordonnateur . A chaque
inclusion, le médecin devra aussi faxer (ou envoyer par courrier) cette fiche au Dr F. Jauréguy
(fax : 01 48 95 59 11).
−
Les données démographiques et la date du prélèvement feront ensuite l’objet d’une saisie au
laboratoire de Bactériologie-Virologie-Hygiène de l’Hôpital Avicenne, sous la responsabilité du
Dr F. Jauréguy, sur des tableaux de type Excel. Ne seront saisies que les données
correspondant aux patients éligibles en fonction des critères de non inclusion et d’inclusion.
−
Le Dr F. Jauréguy sera aussi responsable de la surveillance du nombre d’inclus par classe de
patient (plus ou moins 65 ans, homme ou femme), afin de cesser les inclusions de chaque
classe au fur et à mesure.
−
Les données seront conservées dans un ordinateur du laboratoire, cet ordinateur est sur le
réseau sécurisé de l’hôpital Avicenne, hôpital de l’APHP. A ces données, se rajouteront les
données de l’antibiogramme .
−
Une sauvegarde hebdomadaire sur une clé dédiée à l’étude ainsi que la conservation des
documents « papier » sera également réalisé au sein du laboratoire. L’ensemble de ces
données sera conservé dans une armoire fermée à clé.
−
De même les procédures, les coordonnées des médecins participant à la recherche et les
comptes rendu des réunions de pilotage et de suivi de l’étude seront conservées dans une
pièce et meuble fermés à clé. L’accès sera réglementé et restreint à une liste de participants
établie par le responsable scientifique.
−
Ces données sur fichier, seront ensuite transférées et sauvegardées sur un ordinateur de
sauvegarde de l’Unité INSERM U722. A ces données démographiques, s’ajouteront les
données concernant les résultats de la caractérisation moléculaire des souches réalisée dans
l’Unité INSERM U722 (groupe phylogénétique, facteurs de virulence).
−
Enfin toutes ces données seront transférées sur un serveur de sauvegarde de l’Unité U738,
unité où seront analysées statistiquement toutes les données.
ANALYSE STATISTIQUE DES DONNEES
−
L’analyse statistique sera réalisée au sein de l’Unité INSERM U738 (UFR de Médecine, Site
Bichat, Université Paris Diderot-Paris 7) sous la responsabilité du Professeur France Mentré.
Les analyses seront effectuées à l’aide du logiciel SAS et le seuil des tests sera de 5%.
−
Les données de l’étude Colibafi (les cas) sont déjà disponibles et sauvegardées dans l’unité
INSERM U738. Les données de l’étude Coliville seront fournies à l’unité U738 par le Dr
Françoise Jauréguy, responsable scientifique de l’étude après l’obtention de l’ensemble des
résultats bactériologiques. .
−
Il s’agit de comparer différentes caractéristiques des souches commensales de E. coli, isolées
chez les patients témoins de l’étude, à celles obtenues sur les souches virulentes
responsables de bactériémies et isolées dans le sang des patients cas inclus dans l’étude
Colibafi.
Protocole
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−
Les souches commensales et virulentes seront appariées selon l’âge (plus ou moins 65 ans)
et le sexe des patients. L’ensemble des couples cas-témoin pour lesquels la caractéristique
étudiée des deux souches seront disponibles, seront analysé pour chaque caractéristique.
Comme il s’agit d’une étude exploratoire pour mettre en évidence des différences potentielles
entre souches commensale et virulentes, il n’y aura pas d’ajustement du seuil de signification
pour test multiple.
−
Justification du nombre de sujets
La première analyse comparera le pourcentage de souche du groupe phylogénétique B2 entre
les flores des patients de Coliville et de Colibafi et ce en ajustant sur le sexe et l’âge (en deux
classes).
Dans Duriez et al (2001), la proportion de B2 retrouvé dans des flores commensales est de
11%. Dans Moreno et al (2009) la proportion retrouvée est de 23 %, à noter que cette étude a
été conduite chez des femmes.
Dans le protocole Colibafi, chez les 360 patients d’ile de France la proportion retrouvée de B2
est de 53% soit une différence de 30% avec l’hypothèse donnant le moins de différence et
correspondant au dernier résultat publié.
Il n’est pas possible de calculer la puissance du test apparié que nous allons réaliser. On peut
toutefois calculer la puissance des tests de comparaison de proportions de B2 dans chaque
classe. La répartition des nombres de patients dans chacune des classes est : 20% d’homme
de moins de 65 ans, 21% d’homme de plus de 65 ans, 24% de femme de moins de 65 ans,
35% de femme de plus de 65 ans. Le plus petit groupe est celui des hommes de moins de 65
ans avec 72 hommes.
Avec un test bilatéral chez 72 hommes de moins de 65 ans dans Coliville et 72 dans Colibafi
et avec un risque de première espèce de 5%, la puissance de détecter une différence de 30%
est de 96% (calcul réalisé avec le logiciel Nquery Advisor).
Nous avons donc une très bonne puissance pour conclure sur ce test et donc a priori sur le
test global par régression logistique conditionnelle ainsi que pour la comparaison de la
répartition en 4 classes du groupe phylogénétique.
−
Les caractéristiques biologiques étudiées seront donc :
o Le groupe phylogénétique de la bactérie (variable en 2 classes:
B2 oui/non puis en 4 classes : A, B1, B2 et D)
o La présence (oui/non) des différents facteurs de virulence et le score global de
virulence (variable continue)
o La résistance (oui/non) aux différents antibiotiques et le score global de résistance
(variable continue)
−
Dans un premier temps, pour chaque caractéristique, la comparaison entre souches
commensales et souches virulentes sera réalisée par une régression logistique conditionnelle
prenant en compte l’ajustement sur l’âge et le sexe. L’OR et son intervalle de confiance à
95% sera rapporté. Une analyse multivariée ascendante sera ensuite effectuée à partir des
caractéristiques pour lesquelles la p-value était < 0.2 lors de la première analyse, afin de
déterminer les variables indépendantes associées à la virulence.
−
Les résultats attendus sont d'identifier des différences caractérisant les souches
commensales de E. coli et les souches invasives responsables de bactériémies. Cette
comparaison permettra : i) d'identifier les souches invasives chez les patients à risque,
conduisant ainsi à des stratégies prophylactiques et (ii) de définir les déterminants bactériens
conservés chez les souches bactériémiques, non retrouvés chez les souches commensales,
amenant à une éventuelle stratégie vaccinale.
10 COMMUNICATION
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Protocole
Modalités relatives à la publication des résultats
10/10
Les résultats seront publiés dans des revues internationales à comités de lecture référencées
dans Medline après avis du conseil scientifique de l’essai (Pr. Alain Eddi, Pr. Erick Denamur,
Pr. Bertrand Picard, Pr. France Mentré, Dr. Françoise Jauréguy, R. Boureima).
−
Modalités relatives à la rédaction du rapport final
Un rapport final reprenant la description du déroulement de l’étude et ses résultats sera rédigé
par les équipes participant à l’étude.
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Modalités d’information des personnes ayant participé à l’essai sur les résultats globaux de la
recherche
Le rapport final rédigé par les équipes participantes sera mis à la disposition des patients
inclus dans l’essai à la fin de l’étude. Ceux-ci seront informés de cette disposition lors de la
signature de leur document de consentement.
11 CONFIDENTIALITE
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L’identité des patients ne sera connue que du seul médecin traitant participant à la recherche
qui les aura inclus et qui sera tenu par les règles déontologiques professionnelles à protéger
leur anonymat. Il attribuera le numéro d’anonymat (numéro de centre suivi du numéro
d’inclusion par centre) et sera seul à conserver la fiche de correspondance avec l’identification
du patient sur une feuille du classeur investigateur prévu à cet effet. Une copie de cette feuille
sera transmise au médecin coordonnateur en fin d’étude et conservé sous enveloppe
cachetée.
Dans les suites de l’étude, chaque patient sera identifié par son numéro d’anonymat. A
chaque prélèvement de selles, sera joint une feuille de renseignements comportant les
données suivantes : numéro d’anonymat du patient, année de naissance du patient, sexe et
date du prélèvement .
L’accès aux données cliniques et sources sera direct en cas de monitorage, audits
commandés par le promoteur, inspections menées par les autorités administratives
compétentes.
12 ASSURANCE QUALITE
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Protocole
Représentant/Responsable qualité : Dr F.Jauréguy
Les documents types mis à la disposition des médecins participant à l’étude, des différentes
équipes et des patients, figurant en annexe ont été établis avec l’approbation des participants
à l’étude et diffusés à ceux-ci.
L’ensemble des procédures est décrit dans le protocole qui constitue le manuel des
procédures et qui est diffusé à l’ensemble des participants.
Les référentiels décrivant les procédures seront à disposition des participants de l’étude. Ces
procédures mises en œuvre par les laboratoires seront conformes au Guide de Bonnes
Exécutions des Analyses (GBEA).
Le conseil scientifique, également en charge de l’Assurance Qualité sera chargé du suivi
qualité de l’étude.
Les équipes et en particulier les médecins participant à l’étude seront informées des modalités
du déroulement de l’étude en début et en fin d’essai.
11/11
13 ANNEXES
1.
2.
3.
4.
Protocole
Formulaire d’information et de consentement
Fiche de recueil des données
Feuille de renseignements accompagnant le prélèvement
Liste des médecins intervenant dans le cadre de la recherche
12/12