TP - DSIMB

M1 SPGF 32BC4722 Structure
Université Paris Diderot - Paris 7
Exercices d'introduction à Unix (1)
1) Première connexion
1. connectez vous à une session Unix en indiquant votre identifiant (login) et votre
mot de passe (Password).
2. changer votre mot de passe avec la commande yppasswd (attention, n’utilisez pas un
mot de passe trivial !). Vous garderez ce mot de passe jusqu'à la fin des TP.
3. charger un environnement graphique (X-Windows) avec la commande startx
4. ouvrir ensuite 3 fenêtres shell ; fermer ces fenêtres de 3 manière différentes
5. ouvrir un shell ; afficher la date ; fermer le shell
6. quitter la session X-Windows
2) Syntaxe générale d’Unix / Commandes de bases
1. afficher le calendrier du mois
2. afficher la page d’aide de la commande cal
3. afficher le calendrier de l’année
4. afficher le génome d'E. Coli contenu dans le fichier :
/usr/local/data/U00096.gbk (descendre dans le fichier puis remonter)
5. Taper la commande ls, puis la commande ls –l ; quelle est la différence ?
3) Gestion et manipulations de fichiers
a) références absolues et relatives
1. ouvrir un shell
2. localiser son emplacement dans l’arborescence
3. afficher le contenu du répertoire courant en fichiers et sous-répertoires
4. se déplacer dans /etc par référence absolue
5. constater que l’on est bien dans le bon répertoire
6. afficher son contenu en fichiers et sous-répertoires
7. revenir dans votre répertoire utilisateur
8. retourner dans /etc par référence relative
b) manipulation de fichiers et de répertoires
1. revenir dans votre répertoire utilisateur et ouvrir nedit
2. écrire un texte et l’enregistrer sous le nom de fichier toto
3. créer un répertoire test et en constater la création
4. se déplacer dans test puis constater le déplacement
5. copier le fichier toto dans le répertoire test et constater la copie
6. renommer ce fichier toto en titi et vérifier que cela a fonctionné
7. remonter dans le répertoire père et détruire le fichier toto
8. déplacer le fichier titi du répertoire test dans le répertoire courant
9. afficher le contenu du fichier titi
10. détruire le fichier titi
11. détruire le répertoire test
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Exercices d’Introduction à Unix (2)
c) manipulation de fichiers et de répertoires (2)
1. créer
l’arborescence
suivante
(maitreN
utilisateur) :
représente
votre
répertoire
2. comment pourriez-vous vérifier que vous avez bien créé tous les répertoires en une
seule ligne de commande ?
3. placez-vous dans le répertoire ~/tmp
4. créer un nouveau répertoire test puis s’y déplacer
5. créer un fichier toto avec nedit et le sauver dans test
6. en restant dans le répertoire test, copier le fichier toto en tant que toto2 dans le
répertoire père
7. remonter dans le répertoire père
8. détruire le répertoire test (avec la commande rmdir) ; existe-t-il un autre moyen ?
9. remonter dans votre répertoire utilisateur
10. détruire le fichier toto2 précédemment créé
d) manipulation des droits des fichiers (1) : droit en lecture
NB : pour ces exercices, associez-vous avec un autre binôme et progressez ensemble
1. placez-vous dans le répertoire ~/unix/seance2
2. ouvrir nedit, et taper une liste de courses (une par ligne) ; enregistrez le fichier dans
le répertoire courant sous le nom courses.txt
3. affichez les droits associés à ce fichier ; est-ce qu’un autre binôme peut avoir accès à
ce fichier ? qu’en est-il des utilisateurs autres que ceux du groupe m1spgf ?
4. affichez la liste de course de l’autre binôme
5. restreindre les droits de lecture du fichier course.txt à vous seul (i.e. seul votre
utilisateur a le droit de lire le contenu du fichier), puis constater le changement
6. essayez de regarder à nouveau le contenu du fichier de l’autre binôme ; que se passe-til ? Pourquoi ?
e) manipulation des droits des fichiers (2) : droit en écriture
1. ouvrir nedit, taper un texte et enregistrez le fichier sous le nom unwritable.txt
2. copiez le fichier unwritable.txt en writable.txt
3. listez les droits de ces deux fichiers. Quels sont vos droits en écriture ?
4. ôtez les droits en écriture pour tout le monde (y-compris vous-même) du fichier
unwritable.txt
5. tentez de modifier le contenu de ce fichier avec nedit ; que se passe-t-il ? Pourquoi ?
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6. détruire les deux fichiers unwritable.txt et writable.txt. Y a-t-il une
différence entre les deux opérations ?
f) manipulation des droits des fichiers (3) : droit en exécution
1. ouvrir nedit et taper le texte ci-dessous (vous pouvez éventuellement changer le
message entre guillemets par celui de votre choix ; veillez également à bien respecter
les espaces), puis l’enregistrer sous le nom salut.sh :
#!/bin/bash
echo "Hi there"
2. ce script en langage bash va simplement afficher le message contenu entre les
guillemets ; tentez d’exécuter le script avec la commande suivante : ./salut.sh ;
que se passe-t-il ? Comment l’exécuter ? A quoi servent les 2 caractères (./)
précédant le nom du script ?
4) Outils Unix courants
a) les éditeurs
1. taper un petit texte dans nedit.
2. sélectionner ce texte et à l’aide du copier-coller dans le menu édition, créer un autre
fichier contenant 2 fois le texte sélectionné
3. renouveler l’opération dans emacs (ou xemacs)
b) le ftp
1. Avec la commande ftp (ou directement dans firefox), connectez vous sur le site ftp
de la PDB (ftp.rcsb.org) et récupérer le fichier pdb1mse.ent.Z dans le répertoire :
pub/pdb/data/structures/divided/pdb/ms/
2. décompresser le fichier (commande gunzip)
3. regarder le contenu du fichier avec cat ; avez-vous eu le temps d’en lire le contenu ?
Quelle autre commande plus pratique pouvez-vous utiliser ?
4. regarder la structure avec rasmol
5) Fichiers et flux
a) redirection de l’entrée et de la sortie standard
1. créer un fichier toto contenant la liste des fichiers du répertoire /etc
2. vérifier le contenu de toto
3. ajouter le contenu en fichiers de /usr/bin à la fin du fichier toto
4. taper cat ; taper une ligne de texte ; que s’est-il passé ? (taper Ctrl-D pour quitter
cat)
5. taper la même ligne de texte dans un fichier essai
6. afficher cette ligne en utilisant cat sur le fichier essai et le symbole de redirection
‘<’
b) les pipes
1. ouvrir nedit
2. taper une liste de 5 courses (une par ligne) et enregistrer le fichier sous le nom
courses.txt
3. trier les courses par ordre alphabétique à l’aide de la commande sort et du pipe
4. calculer le nombre de mots dans cette liste de course
5. copier la liste de courses de votre voisin à la fin de votre propre fichier
6. vérifier à l’aide d’un filtre (commande grep) si on trouve du beurre dans cette
nouvelle liste
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c) les filtres
1. reprendre le fichier pdb1mse.ent
2. afficher seulement la ligne contenant les auteurs (cette ligne commence par le mot-clé
AUTHOR)
3. afficher seulement les lignes des coordonnées x, y, z de tous les atomes (cette ligne
commence par le mot-clé ATOM)
4. en vous aidant de la commande précédente, afficher seulement les lignes contenant les
coordonnées des carbones alpha (ces lignes contiennent le nom d’atome CA)
5. en vous aidant des 2 commandes précédentes, créer un fichier calpha.txt
contenant les lignes correspondant aux carbones alpha
6. à partir du fichier calpha.txt , compter le nombre d'acides aminés présents dans la
protéine
7. à partir de calpha.txt , compter le nombre d'alanine
8. à partir de calpha.txt , compter le nombre de résidus aromatiques (phénylalanine,
tryptophane et tyrosine) en une seule commande
9. à partir de pdb1mse.ent et de la commande awk afficher les colonnes contenant
les coordonnées cartésiennes (x, y et z)
10. [hacker] à partir de pdb1mse.ent et de la commandes awk, calculer et afficher les
coordonnées du centre géométrique de la protéine.
d) les filtres (2)
1. Ouvrir le fichier genbank contenant le génome d’E. Coli avec nedit et le parcourir
avec attention (/usr/local/data/U00096.gbk).
2. Lancer la commande : grep gene /usr/local/data/U00096.gbk ; que
constatez-vous ? Compter le nombre de gènes d’E. Coli avec grep et wc. Compter
également le nombre de gènes complémentaires.
3. Combien de déshydrogénases la bactérie E.Coli contient-elle ?
4. [hacker] Avec l’option –n de grep, repérer à quelle ligne se trouve le mot ORIGIN
dans le fichier genbank. Ouvrir le fichier dans nedit et rechercher le mot ORIGIN ;
où se trouve la séquence d’ADN ? Avec une option de tail, afficher les lignes qui
contiennent la séquence. Renvoyer ces lignes vers un fichier seq_Ecoli.txt.
6) Archivage et compression.
Après tous ces exercices, il est temps de sauvegarder votre travail !
1. placer vous dans votre « home directory »
2. créer une archive unix.tar avec la commande : tar -cvf archive.tar *
3. constater la création de l’archive
4. vérifier le contenu de l’archive avec la commande : tar -tvf archive.tar
5. vérifier la taille de l’archive
6. compresser l’archive avec gzip
7. vérifier à nouveau la taille de l’archive
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7) Visualisation moléculaire.
1. visualiser avec les logiciels rasmol, pymol et vmd la protéine du fichier
pdb1mse.ent
2. pour chacun d'entre eux, représenter la protéine en mode cartoon (affichage de la
structure secondaire)
3. sélectionner les tyrosines et les colorer en vert
4. sélectionner les carbones alpha et les colorer en rouge
5. sélectionner deux atomes au choix et faire afficher leur distance
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