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Demande de renouvellement
GDR –BioChiMar 3269 du C.N.R.S.
Période : 2013-2014
Institut CNRS de rattachement
INC (principal) et INEE (secondaire)
Sections d’évaluation du Comité National : 16 et 29
1
Introduction :
Le GdR BioChiMar (Biodiversité et Chimiodiversité Marines, http://biochimar.icsn.cnrsgif.fr/) termine son premier exercice 2009-2012 en décembre 2012. Durant ce quadriennat,
BioChiMar s’est avéré extrêmement utile pour la stimulation de collaborations multiples,
concrétisées par le montage de projets collaboratifs financés, la communication des
recherches françaises dans des congrès internationaux, l’organisation d’écoles thématiques et
de divers ateliers prospectifs et de formation ponctuelle.
L’interaction du GdR BioChiMar (INC) et le GdRI-récifs coralliens (INEE) est assurée par des
équipes affiliées aux deux GdR. Le GdR-BioChiMar a également permis de tisser des liens
avec la communauté du GdR Ecologie Chimique (INEE) orientée sur les écosystèmes
terrestres. La participation de BioChiMar à la prospective écologie chimique de l’INEE et à
l’organisation récente de l’école thématique ETEC 2012-Fréjus, ont abouti à la réflexion sur la
fusion des deux communautés terrestres et marines. Il en est ressorti également la
publication d’un livret de Prospective « Ecologie chimique » publié par l’INEE, et un
ouvrage de vulgarisation qui paraitra en octobre 2012 aux éditions du Cherche Midi.
Ce projet de fusion se justifie par des approches identiques (révolution –omique,
bioinformatique, introduction de la microbiologie fonctionnelle), des méthodes de travail et
des techniques de mesure utilisant les mêmes plates-formes dont l’instrumentation et des
compétences techniques répondent aux attentes des deux communautés.
La réflexion concrète sur l’interdisciplinarité associant des équipes de chimie de produits
naturels et l’écologie chimique dans les domaines marin et terrestre est en cours. C’est dans
ce contexte ou nous travaillons sur un rapprochement des GdR que nous souhaitons une
prolongation de BioChiMar de deux années seulement (comme indiqué dans le document
SOR de la DAJ) ou un an (si dérogation acceptée). Nous souhaitons évoluer à court terme
vers une structure intégrative à définir (GdR élargi), associant l’ensemble des équipes qui
s’intéressent à la chimie des produits naturels (et à leur utilisation raisonnée et durable), et à
l’écologie chimique (GdR-BioChiMar-INC, GdRI-Récifs Coralliens-INEE et GdR-Ecologie
chimique-INEE). Concrètement, nous souhaitons utiliser cette nouvelle structure pour à la
fois maintenir un bon niveau de communication entre la chimie et la biologie pour le
montage de projets inter-équipes, rendre possible l’accès aux plateformes d’analyse et
d’expérimentation, faciliter aux chimistes des produits naturels l’accès à la biodiversité de la
ressource naturelle et enfin mutualiser les missions de terrain à l’échelle nationale.
Cette initiative insufflera le dynamisme indispensable à l’exploration de la diversité
biologique et moléculaire des écosystèmes terrestres et marins des départements et
territoires d’outre-mer, défi incontournable des décennies à venir. Plus généralement, elle
sera très profitable au rayonnement de notre production scientifique au niveau international.
Le nouveau GdR que nous souhaitons construire donnera une importance particulière à
l’interface entre la chimie des produits naturels et l’écologie chimique.
2
Adresse du groupement : Institut de Chimie des Substances naturelles (ICSN) du CNRS (UPR 2301), Délégation régionale : DR4 (IdF-­‐Sud) 1, avenue de la Terrasse à Gif-­‐sur-­‐Yvette (91198). Le site internet du GdR est : http://biochimar.icsn.cnrs-­‐gif.fr Animation du GdR-­‐BioChiMar: AL-­‐MOURABIT Ali (directeur) PEREZ Thierry (co-­‐directeur) LA BARRE Stéphane (chargé de mission) Coordonnées du directeur du GdR-­‐BioChiMar : Dr. Ali AL-­‐MOURABIT ICSN du CNRS (UPR 2301), Délégation régionale : DR4 (IdF-­‐Sud) 1, avenue de la Terrasse à Gif-­‐sur-­‐
Yvette (91198). Tel : 01 69 82 45 85 [email protected]­‐gif.fr Liste et coordonnées des membres actuels du bureau de BioChiMar : Olivier THOMAS Erwan POUPON Thierry PEREZ Claude PAYRI Zouher AMZIL Cécile DEBITUS (responsable pôle 1 : Structure, Biomécanistique, Synthèse et Biosynthèse) Tel : +33 (0)4 92 07 61 34 Fax :+33 (0)4 92 07 65 99 [email protected] (co-­‐responsable pôle 1 : Structure, Biomécanistique, Synthèse et Biosynthèse)
Tel : +33 (0)1 46 83 55 86 erwan.poupon@u-­‐psud.fr (responsable pôle 2 : Milieu Naturel et Biodiversité) Tel : +33 (0)4 91 04 16 29 [email protected] (co-­‐responsable pôle 2 : Milieu Naturel et Biodiversité) Tel : +687 26 43 26 [email protected] (responsable pôle 3 : Ecologie chimique et Toxinologie) Tel : +33 (0)2 40 37 40 69 [email protected] (co-­‐responsable pôle 3 : Ecologie chimique et Toxinologie) Tel : +689 50 62 00 [email protected] 3
M-­‐Lise BOURGUET (responsable pôle 4 : Microorganismes et interactions procaryotes -­‐ eucaryotes) Tel : +33 (0)1 40 79 56 06 [email protected] Y-­‐François POUCHUS (co-­‐responsable pôle 4 : Microorganismes et interactions procaryotes -­‐ eucaryotes) Tel : +33 (0)2 40 41 28 70 et Tel : +33 (0)2 51 12 56 84 yves-­‐francois.pouchus@univ-­‐nantes.fr Laurent MEIJER (responsable pôle 5 : Valorisation & Relations avec l’Industrie) Tel : +33 (0)1 98 29 23 39 meijer@sb-­‐roscoff.fr Eric DESLANDES (co-­‐responsable pôle 5 : Valorisation & Relations avec l’Industrie) Tel : +33 (0)2 40 41 28 70 et Tel : +33 (0)2 51 12 56 84 eric.deslandes@univ-­‐brest.fr Stéphane LA BARRE (responsable pôle 6 : Formation et Communication) Tel : +33 (0)2 98 29 23 61 labarre@sb-­‐roscoff.fr
Nathalie BOURGOUGNON (co-­‐responsable pôle 6 : Formation et Communication) Tel : +33 (0)2 97 01 71 55 nathalie.bourgougnon@univ-­‐ubs.fr Date et signature du demandeur Al-­‐Mourabit
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Intitulé du GdR :
Biodiversité et Chimiodiversité Marines (BioChiMar)
Groupement de Recherches n°3269 du CNRS
Le GdR BioChiMar (Biodiversité et Chimiodiversité Marines) est une communauté nationale
d’équipes de recherche de biologistes et de chimistes travaillant sur les écosystèmes marins,
en particulier ceux associés aux points chauds de la biodiversité planétaire, et sur les
molécules d’intérêt des organismes qui les peuplent.
1-
La mission du Groupement est :
-
de viser des objectifs d’animation, de modernisation et de structuration des
collaborations de la communauté scientifique dont les préoccupations thématiques
concernent les processus moléculaires du milieu marin et l'utilisation raisonnée et durable de
ses ressources ;
de réunir des équipes de chimistes et de biologistes du milieu marin (structuralistes,
chimistes organiciens, biochimistes, pharmacologues, génomistes, écologues marins,
taxonomistes et microbiologistes) autour de projets transdisciplinaires ambitieux (i) pour
répondre aux défis technologiques et environnementaux du 21ème siècle, avec des réunions
de spécialistes et des ateliers de travail pour monter des programmes sur financements
nationaux et européens(ii) pour créer des bases de données générales ou spécialisées ;
d’associer : (i) les différents organismes nationaux (instituts et universités), (ii) les
pôles régionaux et outre-mer concernés par le marin, avec des partenariats étrangers ou
industriels ponctuels (projets européens, valorisation… etc.) ;
de favoriser la formation des jeunes chercheurs (i) par des stages d’initiation à des
techniques spécifiques par des labos d’accueil (ii) par des écoles thématiques alliant cours,
conférences et tables rondes organisées par le CNRS (iii) la possibilité de présenter leurs
travaux aux assemblées générales annuelles où ils peuvent établir des contacts de mobilité
ultérieure (iv) de les aider financièrement à présenter leurs travaux oralement à des
conférences et congrès internationaux ;
de fournir une assistance ponctuelle à des projets communautaires : campagnes de
récolte en mer, mobilité d’intervenants à des réunions de travail, organisation de formations
ponctuelles …etc ;
de promouvoir la diffusion (i) de la connaissance par des sessions annuelles de
présentations de travaux, des publications en commun : journaux internationaux à comité de
lecture, congrès et autres réunions scientifiques, ouvrages spécialisés ou didactiques, (ii) de
l’information par le site internet dédié et par des annonces à la communauté ;
d’interagir avec les autres groupements sur les points d’intérêt partagés, par le biais
d’actions en commun, d’invitations de conférenciers, et avec des personnalités de la science
par le biais d’interviews (site internet).
5
2-
Projets 2013-2014
Le GdR BioChiMar a été décliné en pôles thématiques de sorte à créer ponctuellement des
groupes de discussion, des ateliers de montage de projets et de suivi de programmes en
cours, et des actions de formation.
POLE 1 - Structure, Biomécanistique, Synthèse et Biosynthèse
POLE 2 - Milieu Naturel et Biodiversité
POLE 3 - Ecologie Chimique et Toxinologie
POLE 4 - Microorganismes et Interactions Procaryotes-Eucaryotes
POLE 5 - Valorisation et Relations avec l’Industrie
POLE 6 - Formation et Communication
Pour la période de renouvellement, les projets d’animation proposés sont similaires à ceux
du document fondateur de 2009 (document réactualisé joint à ce document). Des ateliers
thématiques seront organisés pour faire émerger de nouveaux programmes de recherche et
pour élaborer le document fondateur du futur regroupement des communautés marines
(GdR BioChiMar et Récifs Coralliens) et terrestres (GdR Ecologie Chimique) Un
renforcement en équipes de la chimie structurale des produits naturels, la synthèse
organique et de la biologie synthétique sera néanmoins nécessaire. Ce renforcement sera
recherché également à travers l’organisation d’un atelier thématique sur la recherche de
produits naturels en France.
Toutes nos réflexions pour faire évoluer la structuration de notre communauté scientifique
seront donc menées en commun avec la communauté de l’écologie chimique terrestre et les
autorités de tutelles (INC et INEE).
Tutelle Unité ou institut Equipe Responsable pour le GdR et autres membres E-­‐mail de contact Unités rattachées ou associant le CNRS CNRS UPR 2301 (ICSN) Institut de Chimie des Substances Produits naturels d’origine marine, extraction, synthèse, biosynthèse et chimie médicinale Ali AL-­‐
MOURABIT Ludmilla ERMOLENKO [email protected]­‐
gif.fr 6
Gif-­‐sur-­‐
Yvette naturelles Thanh-­‐binh N’GUYEN Céline MORIOU Micro-organismes :
métabolites secondaires
microbiens, culture,
extraction, identification,
voies de biosynthèse,
biocatalyse CNRS UMR 7263 Substances naturelles et
biodiversité
Substances naturelles –
Plantes : extraction,
synthèse et chimie
médicinale
Jamal OUAZZANI Sylvie CORTIAL Claudine SERVY Philippe LOPES Guillaume ARCILE Didier STIEN Véronique Eparvier Françoise Guéritte Vincent Dumontet Marc Litaudon Fanny Roussi [email protected]­‐
gif.fr [email protected]
[email protected]
Thierry PEREZ Cath. FERNANDEZ Jean VACELET Pierre CHEVALDONNE Virginie BALDY E. ORMENO-­‐
LAFUENTE Stéphane GREFF Alex. EREKOWSKY MCAM Sylvie Equipe 1 : Molécules de REBUFFAT défense et de communication Alyssa CARRE-­‐
dans les écosystèmes MLOUKA microbiens (MDCEM) Marie-­‐Lise BOURGUET Arlette LONGEON Cléa BAUVAIS Samuel DUPONT Molécules de Communication Bastien NAY et Adaptation des Micro-­‐
Soizic PRADO Organismes Didier BUISSON Equipe 2 : Chimie des Séverine associations fongiques AMAND Institut Mécanismes de l’évolution de Méditerranéen la biodiversité, Diversité et de Biodiversité fonctionnement des et d’Ecologie molécules aux écosystèmes, marine et Ecologie chimique marine et continentale continentale (IMBE) CNRS UMR 7245 Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris CNRS UMR 7245 Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris [email protected] [email protected] [email protected] [email protected] Marine VALLET 7
CNRS UMR 6226 Institut des Sciences Chimiques de Rennes CNRS UMA 2172 Institut Pasteur CNRS FR 2424 Station Biologique de Roscoff CNRS UMR 7139 Station Biologique de Roscoff Produits Naturels, Synthèse et Joël BOUSTIE Chimie Médicinale Sophie TOMASI Françoise LOHEZIC David DELMAIL Marylène CHOLLET Pasteur Collection of Muriel Cyanobacteria GUGGER Equipe : Exploration fonctionnelle des modèles marins émergents Végétaux Marins et Biomolécules Equipe : Stress abiotique et génomique fonctionnelle chez les algues joel.boustie@univ-­‐
rennes1.fr sophie.tomasi@univ-­‐
rennes1.fr [email protected] Xavier BAILLY bailly@sb-­‐roscoff.fr Catherine BOYEN Thierry TONON Jonas COLLEN boyen@sb-­‐roscoff.fr Simon DITTAMI (post-­‐doc) CNRS UMR 7139 Station Biologique de Roscoff Végétaux Marins et Biomolécules Morphogénèse des Macroalgues Bénédicte CHARRIER CNRS UMR 7139 Station Biologique de Roscoff Végétaux Marins et Biomolécules Défense des algues CNRS UMR 7139 Station Biologique de Roscoff Végétaux Marins et Biomolécules Glycobiologie marine Philippe POTIN Catherine LEBLANC Ludovic DELAGE Gaëlle CORREC Emeline CREIS (thèse) Jean-­‐Baptiste FOURNIER (thèse) Mirjam CZJZEK Tristan BARBEYRON Gurvan MICHEL CNRS UMR 7139 Station Biologique de Roscoff Végétaux Marins et Biomolécules Réseau BioChiMar Stéphane LA BARRE labarre@sb-­‐roscoff.fr CNRS UMR 8076 Université Paris -­‐ Sud BioCIS Equipe chimie des substances naturelles francoise.dumas@u-­‐psud.fr CNRS UMR 8076 Université Paris -­‐
Sud BioCIS Laboratoire de pharmacognosie Françoise DUMAS Mohammad KOUSARA Li CHEN Erwan POUPON Alexandre MACIUK CNRS UMR 5805 Université de Bordeaux 1 Micheline GRIGNON-­‐DUBOIS m.grignon-­‐[email protected]­‐
bordeaux.fr CNRS Institut de Jordi MOLGO [email protected]­‐gif.fr Environnements et Paleoenvironnements Océaniques et
Continentaux
Labo de Neurobiologie charrier@ sb-­‐roscoff.fr potin@sb-­‐roscoff.fr leblanc@sb-­‐roscoff.fr czjzek@ sb-­‐roscoff.fr Erwan.poupon@u-­‐psud.fr 8
UPR 3294 CNRS UMR 7144 Neurobiologie Alfred FESSARD et Développement Transferts ioniques et Pharmacologie du système neuromusculaire Evelyne BENOIT Sabine DE LA PORTE Romulo ARAOZ Frédérique VIARD Thierry COMTET Station Biologique de Roscoff Adaptation et Diversité dans le Milieu Marin Equipe DIVCO CNRS UMR 7272 Université de Nice-­‐Sophia Antipolis Institut de Chimie de Nice CNRS UMR 7272 Université de Nice-­‐Sophia Antipolis CNRS UMR 6539 LEMAR Philippe AMADE [email protected] Mohamed MEHIRI [email protected] Equipe Molécules Nathalie LEGRAVE Bioactives Souhir HAMROUNI Interactions biotiques et Eric DESLANDES Eric.deslandes@univ-­‐brest.fr variabilité Valerie STIGER valerie.stiger@univ-­‐brest.fr environnementale Fabienne GUERARD fabienne.guerard@univ-­‐
(INTERBIOL) Vianney PICHEREAU brest.fr Nathalie POUPART vianney.pichereau@univ-­‐
Erwan AR GALL brest.fr Hélène HEGARET nathalie.poupart@univ-­‐
Edouard KRAFFE brest.fr Aude LEYNAERT eragall@univ-­‐brest.fr Luis TITO de helene.egaret@univ-­‐brest.fr MORAIS CNRS UMR 7621 Observatoire Océanologique de Banyuls CNRS UMR 5244 Université de Perpignan CNRS UMR 7223 ENSCP Chimie-­‐
ParisTech CNRS UMR 7201 Institut Parisien de Chimie Moléculaire Métabolique Marine Environnementale Olivier THOMAS viard@sb-­‐roscoff.fr [email protected] Institut de Chimie de Nice edouard.kraffe@univ-­‐brest.fr aude.leynaert@univ-­‐brest.fr Luis.Tito-­‐de-­‐[email protected] Philippe LEBARON LOMIC philippe.lebaron@obs-­‐
Biodiversité et banyuls.fr Marcelino SUZUKI Biotechnologies Marines marcelino.suzuki@obs-­‐
banyuls.fr Guillaume MITTA Ecologie et Evolution mitta@univ-­‐perp.fr Jérémie V
idal-­‐Dupiol
des Interactions jeremie.vidal-­‐dupiol@univ-­‐
perp.fr Olivier PLOUX Laboratoire Charles olivier-­‐ploux@chimie-­‐
Friedel paristech.fr Annick MEJEAN Stéphane MANN Chimie Organique de Louis [email protected] Synthèse [email protected] FENSTERBANK** Virginie MANSUY Muriel AMATORE J-­‐Phil GODDARD Cyril OLLIVIER 9
CNRS UMR 8640 Ecole National Supérieure de Paris Chimie Biophysique IRD Tahiti UR 227 IRD Nouméa, NC UMR 241 IRD Tahiti IFREMER Ecosystèmes insulaires océaniens, équipe Essentia (biotoxines) Département ODE (Océanographie et Dynamique des Ecosystèmes) Laboratoire Phycotoxines / Unité Littoral ManRos Therapeutics UMR EIO Institut Louis Mallardé Tahiti EA 4215 Université de Perpignan via Domitia EA 2160 Université de Nantes [email protected] Unités non CNRS UMR 241 Ludovic JULLIEN** Christophe TRIBET Isabelle AUJARD J-­‐Bernard BAUDIN Arnaud GAUTIER Zoher GUEROUI Thomas LE SAUX Emma MARIE Drazen ZANCHI Sylvie MAURIN Ecosystèmes insulaires océaniens, équipe EIMS Equipe produits naturels COREUS (Nouvelle Calédonie) Laboratoire de Perharidy Ecosystèmes insulaires océaniens, équipe Essentia (biotoxines) LCBE Equipe Biomolécules Marine d’intérêt Biologique Mer Molécules Santé Equipe Lipides Marins et Protection Cécile DEBITUS Sylvain PETEK Claude PAYRI Cécile FAUVELOT Mehdi ADJEROUD Laurent VIGLIOLA Véronique GUILLEMARD Dominique LAURENT Zouher AMZIL Philipp Hess Véronique Séchet Florence Mondeguer Fabienne Hervé Damien Réveillon Zita Zindong Laurent MEIJER [email protected] [email protected] [email protected] [email protected] [email protected] [email protected] [email protected] meijer@manros-­‐
therapeutics.com Mireille CHINAIN [email protected] Bernard BANAIGS Isabelle BONNARD Nataly BONTEMPS banaigs@univ-­‐perp.fr Gilles BARNATHAN Gaëtane WIELGOZ Aurélie COUZINET gilles.barnathan@univ-­‐
nantes.fr aurelie.couzinet-­‐
10
Cardiovasculaire J-­‐M KORNPROBST EA 2160 EA 2160 EA 4323 Université de Nantes Mer Molécules Santé Génie enzymatique, protéines, pigments et photoprotection Université du MAPIEM Sud Toulon-­‐Var Matériaux polymères Interfaces Environnement Marin Université de Nice EA 2405 INSERM Université de Bretagne-­‐Sud (Vannes) Joël FLEURENCE Justine DUMAY Michèle MORANCAIS joel.fleurence@univ-­‐
nantes.fr Yves BLACHE blache@univ-­‐tln.fr [email protected] [email protected] nathalie.bourgougnon@univ-­‐
ubs.fr Gérald CULIOLI ECOMERS Laboratoire des Ecosystèmes marins et Réponses au Stress Patrice FRANCOUR LNCM Bernard PIPY Macrophages, Médiateurs de l’inflammation et Interactions Cellulaires Agnes COSTE Nathalie BOURGOUGNON ARVAM Membre du réseau ARISTOCYA Jean-­‐Pascal QUOD (La Réunion) Jean TURQUET Malayen ZUBIA Université de la Réunion LCSNSA Bertrand ILLIEN Université de Bretagne-­‐Sud (Lorient) OK Université de Bretagne Occidentale (Brest) EA 2212 Olivier GROVEL Nicolas RUIZ Karina PETIT Catherine ROULLIER LBCM Molécules à activités biologiques extraites des invertébrés et algues invasives LBCM équipe Interactions procaryotes-­‐
spongiaires Service Commun de Résonnace Magnétique Nucléaire EA 3884 Y-­‐F POUCHUS Université de Nantes EA 4228 EA 3884 Mer Molécules Santé Equipe Pharmacochimie et Toxinologie mossion@univ-­‐nantes.fr jean-­‐
michel.kornprobst@univ-­‐
nantes.fr yves-­‐francois.pouchus@univ-­‐
nantes.fr olivier.grovel@univ-­‐nantes.fr nicolas.ruiz@univ-­‐nantes.fr karina.petit@univ-­‐nantes.fr Gaël LE PENNEC Pierre SAULEAU Stéphane CERANTOLA Nelly KERVAREC Gaëlle SIMON Maurice AKNIN gael.le-­‐pennec@univ-­‐ubs.fr Stephane.Cerantola@univ-­‐
brest.fr nelly.kervarec@univ-­‐brest.fr gaelle.simon@univ-­‐brest.fr [email protected] billien@univ-­‐reunion.fr 11
Anne BIALECKI-­‐
GAUVIN anne.bialecki@univ-­‐
reunion.fr **Suite à une présentation invitée du GDR BioChiMar par Stéphane LA BARRE, chargé de mission,
aux Journées Chimie et Mer organisées à l’UPMC les 3 et 4 mai 2012, ayant pour but déclaré « la
mise en place d’échanges et de collaborations entre chimistes et enseignants-chercheurs ou chercheurs
des stations marines de l’UPMC », plusieurs responsables d’équipes présents ont manifesté leur intérêt
pour faire partie du GDR à l’occasion de son renouvellement souhaité dans un contexte de recentrage
sur la chimie: - Louis Fensterbank et Virginie Mansuy dans la synthèse chimique la synthèse de plusieurs
composés marins. Collaborateurs du Professeur Max Malacria, directeur de l’ICSN de Gif-sur-Yvette,
- Ludovic Jullien dans une démarche résolument prospective et novatrice dans la conception de
nouveaux outils biomimétiques à échelle micro ou nanométrique, par exemple utilisant les réactions
photoinduites, ou la production de pharmacophores de haut intérêt par des assortiments de consortia
bactériens encapsulés, ou sur l’utilisation des phénomènes d’interface polymères-milieu réactionnel.
•
Par ailleurs, une demande spontanée de rapprochement du GDR ChemBioScreen De Laurence
Lafanechère (INSB) et du GDR BioChiMar (INC-INEE) a été formulée le 28 septembre 2012 par
Stéphane Bach, responsable de l’unité de criblage de l’USR3151 de Sandrine Ruchaud à Roscoff
(ex-équipe Laurent Meijer). La demande d’adhésion au GDR BioChiMar est à l’étude.
ChemBioScreen travaille déjà en collaboration avec Véronique Guillemard du groupe COREUS
de Nouméa, et est en relation avec la plateforme BioDiMar d’Eric Deslandes, tous deux membres
du GDR BioChiMar.
Nom du demandeur : Al-Mourabit Ali
FICHE FINANCIERE
MOYENS DEMANDES AU CNRS POUR LA DUREE DU GROUPEMENT (2 ANS) SOUTIEN DE
INC : 15 000€/ans
TOTAL : 30 000€
Ces crédits de base sont demandés pour assurer à BioChiMar un fonctionnement similaire à
celui de l’exercice précédent (2009-2012).
2013 PREVISIONNEL INTITULE RESSOURCES DEPENSES 12
Dotation Assemblée Générale (prévisionnelle) Ecole Thématique + Ateliers de travail Bourses Missions (associées AG et écoles thématiques) Divers Fin d'exercice TOTAL 2014 PREVISIONNEL INTITULE Dotation Assemblée Générale (prévisionnelle) Ecole Thématique + Ateliers de travail Bourses Missions (associées AG et écoles thématiques) Divers Fin d'exercice TOTAL 15 000 15000 5000 5000 3000 2000 15000 RESSOURCES DEPENSES 15 000 5000 5000 3000 2000 15000 15000 Un projet d’école thématique a déjà été déposé à l’INEE pour juin 2013 (porteur T. Pérez).
Cette école thématique proposera un enseignement essentiellement « pratique » et par des
spécialistes, de la systématique des spongiaires, un groupe majeur en chimie des produits
naturels marins et en écologie chimique marine. Les participants seront en prise directe avec
l’environnement marin, car l’école sera localisée à La Martinique, connue pour être un
hotspot de biodiversité des éponges Cette école s’inscrit parfaitement dans les objectifs du
CNRS en matière de transfert de connaissances susceptibles de répondre à des
problématiques de conservation des écosystèmes marins. Elle associera des acteurs de la
gestion de l’environnement marin à la Martinique. Les objectif seront (i) de former des
scientifiques et des acteurs de la gestion de l’environnement marin aux fondements de la
taxonomie des éponges, (ii) d’améliorer la connaissance sur la biodiversité des éponges des
Caraïbes, (iii) d’ébaucher une base de données, (iv) de faire émerger des projets de recherche
pan-caribéens.
13
2009-­‐2012 Bilan du précédent exercice ASSEMBLEES GENERALES ANNUELLES –
LES CONFERENCES
Les assemblées générales qui consistent en des colloques nationaux ont constitué une action
importante du GdR-BioChiMar. Outre les échanges scientifiques et les écoles de formation organisées
à cette occasion, ces rencontres ont engendré d’innombrables discussions et prise de contacts qui se
sont concrétisées pour certaines d’entre elles par des montages de projets qui ont été fructueux.
Une partie importante des assemblées générales annuelles est consacrée à des présentations
scientifiques par les étudiants en fin de thèse, des post-doctorants, et des chercheurs permanents.
En 2009, les 23 interventions courtes ont consisté en la présentation d’équipes scientifiques ou de
programmes par leurs responsables ou délégués, permettant ainsi aux partenaires de se présenter.
En 2010, les 20 conférences courtes ont été faites par des doctorants et des permanents et une
conférence plénière invitée.
En 2011, 18 présentations par des doctorants et des permanents et des conférences invitées.
Les compte-rendus sont disponibles en téléchargement sur le site du GdR à l’adresse suivante:
http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr/spip.php?article29
LES ATELIERS DE TRAVAIL
Des sessions de discussion ont été ouvertes sur des sujets proposés par les responsables de pôles afin
de structurer des collaborations, de permettre la mobilité d’étudiants entre équipes, de prévoir le
montage de dossiers de financements etc.
En 2009 (AG1 à l’ICSN de Gif-sur-Yvette), la formations du bureau et la constitution de pôles avec
leurs responsables et suppléants, la création d’un site internet dédié
En 2010 (AG2 à l’Université de Nantes), quatre ateliers se sont constitués deux sessions en parallèle) :
-Synthèse biomimétique, métabolomique et biosynthèse de molécules marines,
-Microorganismes et interactions procaryotes-eucaryotes marins,
-Diversité génomique et écologie chimique
-Métabolites secondaires et tests biologiques
Le compte-rendu est téléchargeable, http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr/
En 2011 (AG3 au MNHN à Paris) : les ateliers de l’AG 2011 ont été marqués par son association
avec les journées de prospectives de l’INEE. Des échanges avec quelques responsables du GdR
Ecologie Chimique de l’INEE afin de définir les points communs dans l’hypothèse d’une éventuelle
fédération des deux GdR en une structure unique à définir en tant qu’entité morale. Des journées de
prospectives avaient été organisées à cet effet par l’INEE, institut de tutelle du GdR Ecologie
Chimique.
Dans ce contexte, une session complète a été consacrée à la présentation générale du GdR Ecologie
Chimique et la Société Internationale d’Ecologie Chimique. Le montage de l’école thématique
ETEC-2012 organisé à Fréjus en Juin 2012 a également été initié à cette occasion.
14
LES ATELIERS DE MONTAGES DE PROJETS –
Nouméa 2010
Un premier atelier de montage de projets, décidé au cours de l’assemblée générale annuelle précédente
(téléchargeable sur http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr/spip.php?rubrique16) a été constitué en novembre
2010 à Nouméa, Nouvelle Calédonie, pour répondre à des questions d’ordre environnemental. Il faut
noter que cet atelier a été soutenu financièrement par l’IRD.
Plusieurs sessions ont été organisées, autour de présentations de problématiques suivies de discussions
du groupe de travail et justifiant des demandes de financements de projets nationaux ou
internationaux :
Bactéries métallicoles (Claude Grison)
Outils d’évaluation de l’état de santé des écosystèmes et de prévision de l’évolution de leur
biodiversité (Stéphane La Barre)
Chimiodiversité : indicateurs écologiques et valorisation (Thierry Pérez et Olivier Thomas)
Relations chimiques interspécifiques (Sylvain Petek et Cécile Debitus)
Espèces invasives : l’algue rouge Asparagopsis taxiformis (Frédérique Viard et Claude Payri).
Le rapport détaillé de cet atelier est téléchargeable sur :
http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr/spip.php?rubrique16
Les projets suivants ont été financés suite à l’atelier de Nouméa organisé par le GdR:
1. ANR ERANET-NetBiome POMARE - Polynesian, Martinique’s, Reunion’s marine benthic
invertebrates: interactions and chemodiversity evaluation for a sustainable use (Ali Al-Mourabit et
Cécile Debitus) – (site internet : http://www.pomare.org/ ) et associant sept partenaires.
Le kick-off meeting a eu lieu en décembre 2011 à Gif-sur-Yvette
2. ANR ERANET-Netbiome SEAPROLIF - Diversity and functioning of coastal marine biomes under
siege: implications of SEAweed PROLIFerations across three oceans (Claude Payri, Frédérique
Viard et Thierry Pérez) - (site internet : http://seaprolif.ird.nc/) et associant huit partenaires.
Le kick-off meeting a eu lieu début juillet 2012 à Marseille
3. ANR Ecotech – opportunité (E)4 -­‐ La valorisation chimique et le recyclage vert des déchets miniers : une opportunité Environnementale, Ecologique, Ethique et Economique (Claude Grison) – cf site internet : http://www.agence-­‐nationale-­‐recherche.fr/programmes-­‐de-­‐
recherche/environnement-­‐et-­‐ressources-­‐biologiques/ecotechnologies-­‐ecoservices/fiche-­‐projet ecotech/?tx_lwmsuivibilan_pi2[CODE]=ANR-­‐11-­‐ECOT-­‐0011 associant quatre partenaires. Pour les deux premiers projets, la base de donnée Cantharella developpée par Sylvain Petek de l’IRD et financée par l’IRD permet l’archivage de données de nature très variées sur les substances naturelles marines et terrestres. Une accréditation par l’IRD a été donnée récemment à Sylvain Petek , membre de BioChimar, pour développer cet outil d’utilité incontestée et déjà largement utilisé par les partenaires chimistes du GdR. Projet en préparation suite à l’atelier de Nouméa organisé par le GdR: Projet INDICORAIL – Vers un outil de diagnostic et de l’état de santé des récifs coralliens et de
prévision de leur biodiversité face aux changements globaux – (Stéphane La Barre) – en préparation
avec un partenaire universitaire (Obs Oceanol. Banyuls) et deux associations (ATC et Corail Vivant)
en vue d’une demande de projet ANR qui sera présentée en décembre 2012.
LES ATELIERS DE MONTAGES DE PROJETS – Papeete 2011
15
Suite au succès de l’atelier de Nouméa, un deuxième atelier de montage de projets a été programmé
pour octobre 2011 à Papeete, Tahiti, pour répondre à des problématiques de valorisation et de
thérapeutique. Organisé par Laurent Meijer et Cécile Debitus et suivi par Stéphane La Barre, ce projet
destiné à réunir des spécialistes métropolitains et étrangers avec des partenaires économiques locaux a
été gelé faute de financement suffisant.
Ce projet sera remis à l’ordre du jour pour 2013-2014, mais son montage devra bénéficier de soutiens
locaux (PME, Territoire) ou privés (sociétés pharmaceutiques) – alternativement cette manifestation
pourrait être organisée en Métropole selon les moyens financiers disponibles, mais dans un cadre
nécessairement plus restreint.
LES ACTIONS DE FORMATION – quatre initiations courtes (1 à 4) et une école thématique (5)
Des modules de formation destinés à initier des étudiants et des personnels permanents intéressés à
une technique ou à une approche analytique particulière ont été adossés aux réunions annuelles du
GdR (Assemblées Générales), ou les ont suivi :
1. 2009 – Introduction à l’écologie chimique dans les écosystèmes marins – Université de
Perpignan via Domitia, 6-9 juin 2009 (Nataly Bontemps et Bernard Banaigs)
Le programme est téléchargeable depuis : http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr/spip.php?article16
2. 2009 - Analyse statistique automatisée et non-biaisée des profils chimiques utilisant la
spectrométrie de masse – novembre 2009 - Université de la Méditerranée - Marseille (T. Pérez et J.
Ivanisevic). Les signatures métaboliques permettent de différencier des chimiotypes /ecochimiotypes
chez les spongiaires de Méditerranée. En particulier : la variabilité intra vs. interspécifique
(application en écologie), la corrélation de la distribution de marqueurs chimiques avec classification
taxonomique habituelle (niveau genres, familles), la recherche de molécules d’intérêt (intérêt pour les
chimistes). Programme téléchargeable sur : http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr/spip.php?rubrique13
3. 2010 – RMN pour chimistes et biologistes, détermination structurale appliquée aux petites
molécules – ISOMER Nantes AG2, 8 et 9 juin 2010 par Marie-Thérèse -Martin
La formation de RMN 1D et 2-D pour chimistes et pour biologistes (à l’usage des étudiants et des
personnels permanents) de Marie-Thérèse MARTIN a connu un vrai succès au vu des retours des
participants. Adaptée pour le GdR, la formation de 11 heures sur les deux jours (8 et 9 juin 2010) a été
articulée sur des travaux pratiques d’interprétation de spectres existants (proton et carbone treize), et
sur un cours sur la RMN de l’azote quinze.
4. 2011 – la bioinformatique, initiation théorie et pratique - 28 et 29 juin 2011 - Muséum National
d’Histoire Naturelle de Paris AG3, (par L. Ponger, T. Tonon, T. Barbeyron etc.)
Cours 1 – Thierry TONON : La génomique fonctionnelle des organismes marins
Cours 2 – Tristan BARBEYRON – La bioinformatique appliquée à l’annotation génomique
Atelier – Pratique avec jeux de bases de données sur postes individuels (Ponger, Tandeau de Marsac)
5. 2012 : ETEC-2012 Ecole thématique Ecologie chimique – 1 semaine (24-30 juin 2012, Villa
Clythia, Fréjus (Var)
L’école thématique « L'Ecologie et la Chimie : un lien indissociable dans les interactions du monde
vivant par le biais des substances naturelles a été organisée conjointement par le GdR BioChiMar et
le GdR Ecologie Chimique (clos en octobre 2011), avec les tutelles INC (porteur : Ali Al-Mourabit) et
INEE (porteur : Anne-Geneviève Bagnères) du 24 au 30 juin 2012. Le programme et la liste des
participants à cette école peuvent être consulté sur le site internet de BioChiMar
(http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr) et sur le site crée pour cette occasion : http://res-ec.cefe.cnrs.fr/
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Le succès rencontré (qualité des interventions et des tables rondes par des spécialistes français et
européens, organisation) présage d’une deuxième édition en 2014.
Le bilan de l’école thématique (ETEC 2012) est sur le site Internet de de BioChiMar :
http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr/
LES AIDES FINANCIERES (1) – Bourses de soutien aux participations actives à des congrès
scientifique :
Le GdR BioChiMar propose annuellement des aides plafonnées (700 euros) à des étudiants en fin de
thèse et désireux de présenter oralement (choix prioritaire) leurs travaux à un congrès scientifique à
l’étranger. Les dossiers sont évalués à l’aide de critères prédéfinis et consultable sur le site du GdR.
Quatorze bourses ont été distribuées sur une durée de trois ans :
2009
Johan GARDERES, EA 3884 – LBCM – Université de Bretagne-Sud – Lorient
(encadrant : Gaël Le Pennec)
Titre : Inter-kingdom molecular dialogue in a symbiosis eukaryote/prokaryote model between the
demosponge Suberites domuncula and bacteria (poster)
Conférence: 6th European Conference on Marine natural Products (ECMNP), Porto, Portugal, 19-24
juillet 2009
Clarisse LEJEUNE, UPR 2301 – Chimie Marine – ICSN – Gif-sur-YUvette
(encadrant : Ali Al-Mourabit)
Titre : Pyrrole-2-Aminoimidazoles Alkaloids from Axinella cf polypoides Sponge (poster)
Conférence : 6th European Conference on Marine natural Products (ECMNP), Porto, Portugal, 19-24
juillet 2009
Charline ABED, LCMBA/ CNRS UMR 6001) – Université de Nice –Sophia Antipolis
(encadrants: Pérez, Bitar, Mehiri, Thomas)
Titre : Chemotaxonomy as valuable approach to study sponges of the family Irciniidae (oral)
Conference: 6th European Conference on Marine natural Products (ECMNP), Porto, Portugal, 19-24
juillet 2009
Erik Luis REGALADO, LCMBA/ CNRS UMR 6001) – Université de Nice –Sophia Antipolis
(encadrants: Abilio Laguna , Olivier Thomas)
Titre: Phytochemical and pharmacological study of the bioactive seagrass (poster)
Conference: 6th European Conference on Marine natural Products (ECMNP), Porto, Portugal, 19-24
juillet 2009
Elodie QUEVRAIN, MCAM (FRE 3206) – MNHN de Paris
(encadrant : Marie-Lise Bourguet-Kondracki)
Titre : Chemical mediators of bacterial interactions within the marine sponge Leuconia nivea (oral)
Conference: Colloque Biotechnologies Marines, Concarneau, Sept. 1-3, 2009
Klervi LE LANN, LEBHAM EA 3877, European Institute for Marines Sciences
(encadrant : Valérie Stiger-Pouvreau)
Titre : Spatio-temporal phenologies of temperate Sargassaceae: coexistence of invasive and native
species
17
Conference: 9th IPC Tokyo, Japon, Aug 2-4 2009
Yannick VIANNO, MAPIEM, EA 4323, Université de Toulon-Var)
(encadrant : Yves Blache)
Titre : Algal diterpenoids as antifouling substances against a marine bacterial biofilm (oral)
Conference: 6th European Conference on Marine natural Products (ECMNP), Porto, Portugal, 19-24
juillet 2009
2010
Amina BENDAOUD, MAPIEM, EA 4323, Université de Toulon-Var)
(encadrant : Yves Blache)
Titre : Photosynthetic symbionts of a mediterranean sponge : characterisation and implication in the
prevention of fouling
Conférence: VIII World Sponge Conference, du 20 au 24 septembre 2010 à Gérone (Espagne)
Gregory GENTA-JOUVE, LCMBA/ CNRS UMR 6001) – Université de Nice –Sophia Antipolis
(encadrants: Al-Mourabit, Thomas)
Titre : Biosynthetic study of the PIAs key member oroidin
Conférence: VIII World Sponge Conference, du 20 au 24 septembre 2010 à Gérone
(Espagne)
Julijana IVANISEVIC, DIMAR UMR 6540 – Université de la Méditerranée, Marseille
(encadrants : Thierry Pérez et Olivier Thomas)
Titre : Metabolic fingerprinting as an indicator of biodiversity: towards understanding
inter-specific relationships among Homoscleromorpha sponges
Conférence: 26th ISCE annual meeting, Tours, July 31 – Aug 4, 2010
Fanny LEROY, DIV&CO Roscoff
(encadrants: T. Comtet, F. Viard)
Titre : Seasonal variations in Crepîdula fornicata (Gastropoda) maternal provisioning : fatty acid
content of broods and larvae
Conférence: Colloque international PhysioMar10, Québec, Canada, Oct 31- Nov 4, 2010
Julie MUNOZ, UPR 2301 – Chimie Marine – ICSN – Gif-sur-YUvette
(encadrant : Ali Al-Mourabit)
Titre : Marine donnazoles A and B from Axinella sp. : on the biosynthetic precursors of massadine
and palau’amine
Conference: Manapro Phuket Thailand, Oct 17-22, 2010
Marieke VANSTEELANDT , EA 2160 MMSD Mer Molécules santé – Université de Nantes
(encadrant : Y-F Pouchus)
Titre: Investigation of mycotoxins produced by marine-derived fungal strains of Penicillium sp.
Conference: 32nd mycotoxin workshop Copenhague du 14 au 16 juin 2010.
Feresteh FAROKHI , EA 2160 MMSD Mer Molécules santé – Université de Nantes
(encadrant : Gilles Barnathan)
Titre: Antiproliferative glycosphingolipids from a sea star and two tropical marine sponges
Conference : 9th ISSFAL Conference, Maastricht, Pays Bas, May 2ç- June 2 2010
2011
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Camille JEGOU, LEBHAM EA 3877, European Institute for Marines Sciences
(encadrant : Valérie Stiger-Pouvreau)
Titre : Distribution and ecological parameters of Cystoseira species living in the tide pools from
Brittany
Conférence: 5th European Phycological Congress, Rhodes Island, Greece, Sept 4-9, 2011
Melha KENDEL, , EA 2160 MMSD Mer Molécules santé – Université de Nantes
(encadrant : Gilles Barnathan)
Titre: Lipid, fatty acid and sterool compositions of the invasive red edible seaweed Grateloupia
turuturu
Conférence: Congrès Méditerranéen sur les Produits Naturels (MCNP 2011), 8-10 oct 2011, Blida,
Algeria
Nicolas PENEZ, MAPIEM, EA 4323, Université de Toulon-Var)
(encadrant : Yves Blache)
Titre: Chemical ecology of the Mediterranean red gorgonian Paramuricea clavata: study of the
variations in its chemical production
Conférence: 7th European Conference on Marine Natural products, Aug 14-18, Strömstad, Suède.
LES AIDES FINANCIERES – (2) Aides ponctuelles
Le comité de direction a proposé de consacrer une partie du budget à l’aide aux missions de terrain
prioritaires et de campagnes d’échantillonnage qui concernent des projets collaboratifs existant ou
émergents.
2010 : une demande de participation du GdR (2500 euros) sur une mission par l’IRD aux Iles
Tuamotu (coordonatrice Cécile DEBITUS) a été favorablement retenue par les membres du CD, étant
entendu que la campagne était ouverte à des collaborations avec des équipes-membres du GdR.
Toutes les informations résumées dans ce rapport peuvent être consultés sur le site du GdR
BioChiMar ( http://biochimar.icsn.cnrs-gif.fr)
PUBLICATIONS
POLE 1 Structure, Biomécanistique, Synthèse et Biosynthèse Aknin, M., Gros, E., Vacelet, J., Kashman, Y., Gauvin-­‐Bialecki, A. (2010) Sterols from the Madagascar sponge Fascaplysinopsis sp. Marine Drugs 8, 2961-­‐2975. Bishara A, Rudi, A, Aknin M, Neumann D, Ben-­‐Califa N, Kashman Y. Salarins D-­‐J (2010) Seven new nitrogenous macrolides from the Madagascar sponge Fascaplysinopsis sp., Tetrahedron 66 (24) 4339-­‐4345. S. Picon, E.-­‐T. Huu Dau, M.-­‐T. Martin, P. Retailleau, A. Zaparucha and A. Al-­‐Mourabit (2009) Biomimetically Inspired Short Access to the 2-­‐Aminoimidazole-­‐Fused Tetracyclic Core of (±)-­‐Dibromoagelaspongin, , Org. Lett., 2009, 11, 2523–2526 Genta-­‐Jouve, G., Cachet, N., Holderith, S., Oberhansli, F., Teyssie J-­‐L., Jeffree R., Al-­‐Mourabit, A., Thomas, O.*(2011). New insights into marine alkalopids metabolic pathways : revisiting oroidin biosynthesis. ChemBioChem. 12, 2298-­‐2301 Abed C., Legrave N., Dufies M., Robert G., Guérineau V., Vacelet J., Auberger P., Amade P., Mehiri M. (2011) A New Hydroxylated Nonaprenylhydroquinone from the Mediterranean Marine Sponge Sarcotragus spinosulus. Marine Drugs ,9, 12 1 0-­‐ 12 1 9. Martin, M. J.; Fernandez, R. ; Francesch, A. ; Amade, P.; Matos-­‐Pinta, S. S.; Reyes, F.; Cuevas, C. (2010). Plumisclerin A, a new diterpene with a new skeleton from the soft coral Plumigorgia terminoscler. Org. Lett.,12,9 1 2-­‐9 1 4. 19
M. Gabant, I. Schmitz-­‐Afonso, J.-­‐F. Gallard, J.-­‐L. Menou, D. Laurent, C. Debitus, A. Al-­‐Mourabit (2009) Sulfated Steroids : Ptilosteroids A-­‐C and Ptilosaponosides A-­‐ B from the Solomon Islands Marine Sponge Ptilocaulis spiculifer, J. Nat. Prod., 2009, 72, 760–763 J. Appenzeller, S. Tilvi, M.-­‐T. Martin, J.-­‐F. Gallard, H. El-­‐bitar, E.-­‐T. Huu Dau, C. Debitus, D. Laurent, C. Moriou, A. Al-­‐Mourabit (2009) Benzosceptrins A and B, with a Unique Benzocyclobutane Skeleton and Nagelamide S and T from the Pacific Sponges, , Org. Lett., 2009, 11, 4874-­‐4877 M. Gabant, M.-­‐T. Martin, C. Moriou, L. Ermolenko, V. Guérineau, P. Retailleau, O. Thoison, N. Boury-­‐Esnault, T. Pérez, and A. Al-­‐Mourabit (2009) Axiphenylalaninium and Axityrosinium, Modified Amino Acids from the Mediterranean Marine Sponge Axinella polypoides, , J. Nat. Prod., 2009, 72, 1875–1878 S. Picon, A. Zaparucha, A. Al-­‐Mourabit, (2009). N-­‐Pyridinium Imidates as New Sources of 2-­‐Aminoimidazole and Imidazoline Derivatives, Tetrahedron Letters, 2009, 50, 6826-­‐6829 S. Tilvi, C. Moriou, M.-­‐T. Martin, J.-­‐F. Gallard, J. Sorres, K. Patel, S. Petek, C. Debitus, L. Ermolenko and A. Al-­‐Mourabit (2010) Agelastatin E, Agelastatin F, and Benzosceptrin C from the Marine Sponge Agelas dendromorpha, , J. Nat. Prod., 2010, 73, 720-­‐723 K. Patel, R. Laville, M.-­‐T. Martin, S. Tilvi, C. Moriou, J.-­‐F. Gallard, L. Ermolenko, C. Debitus, A. Al-­‐Mourabit (2010). Unprecedented Stylissazoles A-­‐C from Stylissa carteri Sponge: another dimension for Marine Pyrrole-­‐2-­‐aminoimidazole Metabolites Diversity, , Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 4775–4779. P. Sauleau, P. Retailleau, S. Nogues, I. Carletti, L. Marcourt, R. Raux, A. Al-­‐Mourabit, C. Debitus (2011) Dihydrohymenialdisines, new pyrrole-­‐2-­‐aminoimidazole alkaloids from Cymbastela cantharella sponge., Tetrahedon Letters, 2011, 52, 2676. G. Genta-­‐Jouve, N. Francezon, A. Puissant, P. Auberger, J. Vacelet, T. Pérez, A. Fontana, A. Al-­‐Mourabit and O. Thomas (2011) Structure elucidation of the new citharoxazole from the Mediterranean deep-­‐sea sponge Latrunculia (Biannulata) citharistae,
Magn. Reson. Chem., 2011, 49, 533-­‐536 H. Tian, L. Ermolenko, M. Gabant, C. Vergne, C. Moriou, P. Retailleau and A. Al-­‐Mourabit (2011) Pyrrole-­‐assisted and easy oxidation of cyclic α-­‐amino acid derived diketopiperazines under mild conditions , Advanced Synthesis and Catalysis, 2011, 353, 1525–1533. J. Sorres, M-­‐T. Martin, S. Petek, H. Levaique, T. Cresteil, S. Ramos, O. Thoison, C. Debitus, A. Al-­‐Mourabit (2012). Pipestelides A–C: Cyclodepsipeptides from the Pacific Marine Sponge Pipestela candelabra, J. Nat. Prod, 2012, 24, 759–763 Thanh Binh Nguyen, Jonathan Sorres, Minh Quan Tran, Ludmila Ermolenko, and Ali Al-­‐Mourabit (2012) Boric Acid: A Highly Efficient Catalyst for Transamidation of Carboxamides with Amines, Org. Lett., 2012, 14, 3202–3205 Thanh Binh Nguyen, Ludmila Ermolenko, and Ali Al-­‐Mourabit (2012). Efficient and Selective Multicomponent Oxidative Coupling of Two Different Aliphatic Primary Amines into Thioamides by Elemental Sulfur, , Org. Lett., 2012, 14, 4274–4277 Thanh Binh Nguyen, Ludmila Ermolenko, and Ali Al-­‐Mourabit (2012) N-­‐Chlorosuccinimide/Sodium Hydroxide-­‐Mediated Synthesis of Benzimidazoles from Amidines under Mild Conditions, , Heterocycles, 2012, DOI: 10.3987/COM-­‐12-­‐S(N)53 A. Al-­‐Mourabit, M. A. Zancanella, S. Tilvi, and. Romo (2012). Biosynthesis, Asymmetric Synthesis, and Pharmacology Including Cellular Targets of the Pyrrole-­‐2-­‐Aminoimidazole Marine Alkaloids, Nat. Prod. Rep., 2011, 28, 1229-­‐1260 (Revue spécialisée) J. Appenzeller et A. Al-­‐Mourabit, Editor with B. Nay of Wiley-­‐VCH « Biomimetic Organic Chemistry » 2011 [ISBN 978-­‐3-­‐527-­‐32580-­‐1]. chapitre d’ouvrage : Biomimetic synthesis of marine pyrrole-­‐2-­‐aminoimidazole and guanidinium alkaloids, A. Al Mourabit (2011) . Quand les Chimistes Imitent la Nature, , Pour la Science, 2011, 73, 80-­‐84 POLE 2 Milieu Naturel et Biodiversité Ivanisevic, J., Thomas, O., Pedel, L., Penez,N. Ereskovsky, A.V., Culioloi, G., Perez, T. (2011) Biochemical trade-­‐offs: evidence for ecologically linked secondary metabolism of the sponge Oscarella balibaloi. PLOS One 6(11)doi:10.1371/journal.pone.0028059.g00 La Barre S. Coral reef biodiversity in the face of climatic changes. Chapter 4 in: Biodiversity Loss in a Changing Planet, vol. 4 of Biodiversity series, Intech (ISBN 979-­‐953-­‐307-­‐252-­‐3), 77-­‐112, http://www.intechopen.com/subject/biological-­‐sciences/biodiversity (open access, nov 2011). La Barre S. (2011) Marine biodiversity and chemodiversity: a tale of many different stories, with a dicey outcome. J. Sci. 20
Hal. Aquat., 2:28-­‐34. POLE 3 Ecologie chimique et Toxinologie Ivanisevic J., Thomas O.P., Lejeusne C., Chevaldonne P., Perez T. (2011). Metabolic fingerprinting as an indicator of biodiversity: towards understanding inter-­‐specific relationships among Homoscleromorpha sponges. Metabolomics 7: 289–304 Taris, N. Comtet, T. Stolba R., LasbleizR., Pechenik, J.A. & Viard, F. (2010). Experimental induction of larval metamorphosis by a naturally-­‐produced halogenated compound (dibromomethane) in the invasive mollusk Crepidula fornicate (L.) J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 393 (1-­‐2): 71-­‐77. Taris, N., Comtet, T. & Viard, F. (2009) Inhibitory function of nitric oxide on the onset of metamorphosis in competent larvae of Crepidula fornicate – a transcriptional perpective. Marine Genomics , 2 (3-­‐4): 161-­‐167 Leblanc C., Michel G., Potin P. et Kloareg B. (2011). La chimie, entre le vert et le bleu. Pour la Science, dossier n°73, 46-­‐51. Potin P. (2011). Communiquer avec la chimie. Pour la Science, dossier n°73, 86-­‐91. La Barre, S.; Potin, P.; Leblanc, C. & Delage, L. (2010). The halogenated metabolism of brown algae (Phaeophyta) – its biological importance and its environmental significance. Marine Drugs. 2010; 8(4), 988-­‐1010, ISSN: 1660-­‐3397 Penez, N, Culioli, G., Perez, T., Briand, J-­‐F., Thomas, O., & Blache, Y.(2011). Antifouling properties of simple indole and purine alkaloids from the mediterranean gorgonian Paramuricea clavata. J. Nat. Prod. 74 (10), 2304-­‐2308 Briand, J-­‐F, et al. (2012). Pioneer marine biofilms and antifouling paints immersed in two contrasted French Mediterranean coast sites. Biofouling 28 (5), 453-­‐463. Pawlowiez, R., Darius, HT., Cruchet, P., Rossi, F., Caillaud, A., Laurent, D., & Chinain, M* (2012). Health risk associated with the seafood consumption in the Australes archipelago (French Polynesia) as assessed by the neuroblastoma cell assay (Neuro-­‐2a CBA) Food additives and contaminants (under revision). Vandersea MW, Kibler SR, Holland WC, Tester PA, Schultz TF, Faust MA, Holmes MJ, Chinain M. & Litaker R.W. Development of semi-­‐
quantitative PCR assays for the detection and enumeration of Gambierdiscus species (Gonyaulacales, Dinophyceae). J. Phycol. 48 (4): 902-­‐915. Amzil Z., Sibat M, Chomerat N, Grossel H, Marco-­‐Miralles F, Lemée R, Nezan E, Séchet V., Ovatoxin-­‐a and palytoxin accumulation in seafoof in relation with Ostreopsis cf. ovate blooms on the French Mediterranean coast. Marine Drugs, 10, 477-­‐496 Jauffrais T, Herrenknecht C, Séchet V, Sibat M, Tillmann U, Krock B, Kilcoyne J, Miles C.O., Mac Carron P, Amzil Z and Hess P. Quantitative analysis of azaspiracids in Azadinium spinosu. Anal Bioanal. Chem. 403, 833-­‐846. POLE 4 Microorganismes et Interactions procaryotes-­‐eucaryotes Salaün, S., N. Kervarec, P. Potin, D. Haras, M. Piotto, and S. La Barre*, 2010. Whole-­‐cell spectroscopy is a convenient tool to assist molecular identification of cultivatable marine bacteria and to investigate their adaptive metabolism. Talanta. 80: 1758-­‐1770. Salaün S, La Barre, S., Dos Santos-­‐ Goncalvez M., Potin P, Haras D. & Bazire A*. (2012). Influence of exudates of the kelp Laminaria digitata on biofilm formation of associated and exogenous bacterial epiphytes. Microbial ecology 64 : 359-­‐369 POLE 5 Valorisation et relation avec l’Industrie FAROKHI F., WIELGOSZ-­‐COLLIN G., ROBIC A., DEBITUS C., MALLETER M., ROUSSAKIS C., KORNPROBST J.M., BARNATHAN G., Antiproliferative activity against non-­‐small cell lung cancer of two O-­‐alkyl-­‐diglycosylglycerols from the marine sponges Myrmekioderma dendyi and Trikentrion laeve, Eur. J. Med. Chem., 2012, 49:40 ERPENBECK D., HOOPER J.N.A., BONNARD I., SUTCLIFFE P., CHANDRA MAYURI, PERIO PIERRE, WOLFF C., BANAIGS B., WÖRHEIDE G., DEBITUS C., PETEK S., Evolution, radiation and chemotaxonomy of Lamellodysidea, a demosponge genus with anti-­‐plasmodial metabolites, Mar. Biol. 2012, 159:1119-­‐1127 Tanniou, A., Leon, ES, Vandangeon L, Ibanez E, Mendiola JA, Cerantola S, Kervarec N, La Barre S, Stiger-­‐Pouvreau V. Innovative and environment-­‐friendly processes to extract phenolic compounds from brown macroalgae using Sargassum muticum as model. Talanta (accepté avec revisions mineures) 21
POLE 6 Formation et Communication Formation Ouvrage de référence : « Outstanding Marine Molecules », environ 550 pages comprenant env. 100 figures en couleur et 100 figures en noir-­‐et-­‐blanc (contrat Wiley VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, Allemagne). Stéphane La Barre et Jean-­‐Michel Kornprobst, éditeurs. A l’usage des biologistes marins, chimistes des substances naturelles, pharmacologues marins, cosmétologues, nutritionnistes, étudiants en pharmacie et en Master de Biochimie. Sortie prévue courant 2013. « Kit Lycée » (Fondation Maud Fontenoy et CNRS) – participation au montage de fiches thématiques du dossier pédagogique : Stéphane La Barre sur la Biodiversité et les changements climatiques. Préparation d’une journée de rencontre à la Station Biologique de Roscoff pour le lancement de cette opération, avec les scolaires. Communication Rédacteurs/interviewers : La Barre, S., Merry Youle et Sylvie Rebuffat Interviews de personnalité scientifiques (John Coll, chimiste, Forest Rohwer, microbiologiste et écologue marin, in memoriam d’André Ménez biochimiste toxicologue, Claude Grison chimiste, Adrianna Ianora planctologue et chimiste (en cours) et Pierre Joliot-­‐Curie, académicien et biochimiste (en cours) MISSIONS
Tuamotu (coordinatrice et chef de mission : Cécile Debitus) Les moyens : 41 jours de N/O Alis sur zone, 12 membres d’équipage, 6 scientifiques, 2300 miles parcourus, 209 mises à l’eau de plongeurs. Budget total 450k€, participation GDR 2k€ Les résultats bruts : 76 stations sur 18 iles et atolls explorées et décrites, inventaire géoréférencé de 103 espèces de spongiaires, dont 57 sont uniques, une dizaine abondantes et de large répartition, 360kg d’éponges congelées pour la chimie. Le produit de cette campagne va être étudié dans le cadre de différents projets, avec des partenaires locaux, régionaux et européens : des années de recherche en vue sur ces organismes. Dans un premier temps bien sûr l’identification des ces animaux : cette collection va être la première à être étudiée par séquençage en première intention. La systématique «classique » suivra pour identifier et décrire les espèces inconnues, en relation avec le Queensland Museum à Brisbane (Australie) et le Museum de Leiden (Pays Bas). Nous aborderons ensuite les analyses chimiques et biochimiques sur cette collection, sur des projets menés avec des équipes du Groupement de recherche Biochimar (Biochimie et chimie marines), en particulier dans le cadre du projet ANR-­‐Netbiome Pomare 2012-­‐2015 auquel participent 4 équipes du GdR. Bilan Financier 2009-­‐2012 : 2009 INTITULE Dotation Assemblée Générale Ecole Thématique (Perpignan) Bourses Missions (associées AG et écoles thématiques) Divers TOTAL INTITULE Dotation Report N-­‐1 Assemblée Générale Ecole Thématique Atelier Nouméa Bourses RESSOURCES 9000 9000 2010 DEPENSES 3190,94 3130,8 700 1300 8321,74 BILAN SE 678,26 RESSOURCES DEPENSES 15000 3937,28 166,1 4344,12 3967,3 22
Missions (associées AG et écoles thématiques) Divers TOTAL 2011 INTITULE Dotation Assemblée Générale + école thématique Lancement Projet POMARE Bourses Missions (associées AG et écoles thématiques) Divers TOTAL 2224,29 105,77 14744,86 15000 RESSOURCES DEPENSES 15000 5258,05 2563,13 2120,14 1496,17 2488,39 15000 13925,88 2012 PREVISIONNEL INTITULE Dotation Assemblée Générale (prévisionnelle) Ecole Thématique (ETEC 2012) Bourses Missions (associées AG et écoles thématiques) Divers Fin d'exercice TOTAL RESSOURCES DEPENSES 17000 7000 5000 2000 3000 17000 17000 255,14 1074,12 23