ce que nous vous rendons

CE QUE NOUS VOUS RENDONS ET COMMENT …
LES SEQUENCES SONT AUTOMATIQUEMENT ENVOYEES
SUR UNE BASE DE DONNEES DANS LE DOSSIER DE VOTRE
EQUIPE OU UNITE
LA BASE VOUS ADRESSE ALORS UN MAIL POUR VOUS
PREVENIR DE L’ARRIVEE DE NOUVELLES SEQUENCES
DANS VOTRE DOSSIER .
VOUS ALLEZ POUVOIR TELECHARGER VOS SEQUENCES
SUR VOTRE POSTE VIA UNE INTERFACE WEB
http://sequence-base.cochin.inserm.fr
COMMENT TELECHARGEZ VOS SEQUENCES
LE PROTOCOLE DE TELE CHARGEMENT EST DIFFERENT
SELON QUE VOTRE POSTE SOIT
• UN MAC
•
UN PC
POUR ANALYSER VOS SEQUENCES TELECHARGEES, AIDEZ
VOUS DE LA PARTIE INTERPRETATION DES RESULTATS
DE LA PAGE WEB
TELECHARGEMENT DES SEQUENCES SUR MAC
POUR VISUALISER VOS SEQUENCES SUR VOTRE MAC,
VOUS AVEZ BESOIN :
- DE MAC OS 9 .0 OU PLUS ( MAC OS X A CONTROLER )
- D’INTERNET EXPLORER VERSION 5
- DU DECOMPACTEUR STUFFIT LITE VERSION 6.5.1 (OS9)
- D’UN EDITEUR DE CHROMATOGRAMME : EDITVIEW,
SEQED …
- D’UN CONVERTISSEUR DE FICHIER PC VERS MAC
SI IL VOUS MANQUE DES LOGICIELS, REFEREZ VOUS A LA
PARTIE TELECHARGEMENT MAC DE LA PAGE WEB
APRES AVOIR EQUIPE VOTRE MAC DES DIFFERENTS
LOGICIELS CI DESSUS ,VOUS POUVEZ ACCEDER A LA BASE
ET TELECHARGER VOS SEQUENCES EN SUIVANT LES
INSTRUCTIONS CI DESSOUS .
1e étape : vous devez vous connecter via Internet Explorer à la base de données.
http://sequence-base.cochin.inserm.fr
L’interface WEB de la base de données apparaît :
Tapez votre USERNAME (correspondant a votre nom d’équipe ou d’unité
tout en minuscule et votre PASSWORD (celui-ci vous est transmis par votre
chef d’équipe, tout en minuscule), puis cliquez sur LOGIN
Vous avez maintenant accès au dossier séquence de votre équipe, contenant
toutes les séquences réalisées pour les membres de votre équipe depuis
quelques mois (depuis avril 2002). Il va être nécessaire de cibler votre
recherche.
Différents types de requêtes possibles vont vous aider à cibler votre choix :
SEQUENCE NAME : correspond au nom que vous avez donné a votre
séquence.
DATE : vous pouvez cibler dans le temps votre recherche en précisant entre
quelles dates vous recherchez vos séquences. Attention au format d’écriture
de la date.
Vous pouvez sélectionner dans les menus déroulant 4 façons possibles
d’intégrer le nom de cette séquence dans votre recherche .
Vos initiales (prénom puis nom en majuscules : Louis Dupont : LD) sont
maintenant intégrées dans le nom de la séquence pour faciliter votre
recherche. En les tapant dans le champ SEQUENCE NAME, en ciblant les
dates de réalisation de vos séquences dans le champ DATE, cliquez sur
EXECUTE. Vous n’aurez alors accès qu’à vos propres séquences faites au
cours de ces 2 dates.
Attention : les séquences stockées dans la base et datant de plus De deux
mois ne contiennent pas vos initiales. Leur recherche est plus compliquée et
leur conversion peut être difficile (lié a la taille du nom du fichier séquence) .
Contactez nous (0140516565) si vous désirez retrouver et ré analyser ces
séquences.
Remarque : le caractère % dans le champ SEQUENCE NAME permet
d’avoir accès à toutes les séquences. Vous pouvez alors jouer sur les dates
pour cibler plus votre recherche.
La fenêtre suivante apparaît :
Vous visualisez le nom de votre séquence suivi de .ab1, le nom du projet lié a
cette séquence (actuellement c’est le nom de votre équipe), le champ
DOWNLOAD sélectionné pour toutes les séquences et un champs SEARCH
permettant de réaliser en direct :
- un Blast Nucléotides de votre séquence sur le site NCBI (en cliquant sur
Nucleotides)
- un blast Protéines de votre séquence sur le site NCBI (en cliquant sur
Translations).
Le format OUTPUT (menu déroulant) sélectionné est le format ABI (fichier
source permettant de visualiser les chromatogrammes).
2e étape : Vous choisissez les séquences à télécharger en format ZIP et
cliquez sur DOWNLOAD.
Un fichier ZIP (compressé) est alors crée.
Cliquez sur ZIP file. Le message suivant apparaît :
Le fichier compressé est téléchargé automatiquement sur votre bureau.
Attention : un message d’alerte de Norton Antivirus apparaît pendant la
décompression du fichier. Cliquez sur YES.
StuffIt version 6.5.1 permet la décompression du fichier instantanément. A
côté du fichier décompressé (ici ab4khxn7vuw….), Vous trouvez vos fichiers
de séquence dans un dossier contenant les fichiers de séquence décompressés
(taille environ 190 Ko) mais en format PC (icône de fichier contenant des
traits).
3e étape : Vous devez convertir les fichiers PC en fichiers Mac. Vous devez
avoir installé au préalable, un convertisseur (téléchargé à partir du site WEB
d’Applied Biosystems) et suivre le protocole décrit.
Brièvement :
- Vous placez dans un dossier « à convertir » toutes les séquences en format
PC que vous souhaitez convertir. Placez ce dossier sur un volume disque,
évitez de le placer sur le bureau.
- Activer le programme WIN TO MAC et sélectionner le dossier « à
convertir ». Ne pas l’ouvrir. Cliquer sur CHOISIR. Le programme va
tourner quelques secondes et disparaître, la conversion est faite. Si vous
ouvrez le dossier « à convertir », les icônes PC ont laissé place à des
icônes MAC (icône de fichier sans inscription à l’intérieur).
La taille du nom du fichier sur MAC est limitée à 31 caractères en tout. Cela
nécessite pour l’utilisateur de raccourcir le nom de la séquence (nom de la
matrice + nom du primer) à 14 caractères maximums. Si le nombre de
caractères est supérieur à 31, il ne vous sera pas possible de convertir et de
travailler avec vos fichiers. Appelez nous (0140516565)
4e étape : Il suffit d’ouvrir EditView Mac et vous pourrez visualiser le
chromatogramme de cette séquence en ouvrant les fichiers convertis. Si vous
ne parvenez pas à les visualiser pas via EditView, cliquer directement sur
l’icône convertie et sélectionnez le programme EditView.
Vous voulez extraire les fichiers texte de vos séquences
Si vous souhaitez télécharger les fichiers texte de vos séquences (après vous
être assuré au préalable de la bonne qualité de la séquence par le
chromatogramme), vous devez sélectionner dans la base le champ OUTPUT
FORMAT, le fichier TEXT (original).
Vous suivez la même procédure de chargement d’un fichier compressé dans
un dossier situé sur le volume utilisateur en cliquant sur DOWNLOAD.
Après décompression par Stufflt, vous verrez apparaître sur le bureau, un
dossier contenant les fichiers texte des séquences sélectionnées que vous
pourrez ouvrir directement par n’importe quel éditeur de texte.
TELECHARGEMENT DES SEQUENCES SUR PC
POURVISUALISER VOS SEQUENCES SUR VOTRE PC, VOUS
AVEZ BESOIN :
- D’INTERNET EXPLORER VERSION 5
- DU DECOMPACTEUR WINZIP
- D’UN EDITEUR DE CHROMATOGRAMME : EDITVIEW
PC, CHROMAS , BIOEDIT
SI IL VOUS MANQUE DES LOGICIELS, REFEREZ VOUS A LA
PARTIE TELECHARGEMENT PC DE LA PAGE WEB
APRES AVOIR EQUIPE VOTRE MAC DES DIFFERENTS
LOGICIELS CI DESSUS ,VOUS POUVEZ ACCEDER A LA BASE
ET TELECHARGER VOS SEQUENCES EN SUIVANT LES
INSTRUCTIONS CI DESSOUS .
1ère étape : vous devez vous connecter via Internet Explorer a la base
de données :
tapez : http://sequence-base.cochin.inserm.fr
Tapez votre USERNAME correspondant à votre nom d’équipe et votre
PASSWORD (celui ci est connu de votre chef d’équipe et transmis par lui
uniquement), puis cliquez sur LOGIN.
Remarque : tout les caractères sont en minuscule.
•
Vous avez maintenant accès au dossier séquence de votre équipe, contenant
toutes les séquences réalisées pour les membres de votre équipe depuis quelques
mois. Il est nécessaire de cibler votre recherche :
Différents types de requêtes possibles vont vous aider à cibler votre choix :
SEQUENCE NAME : correspond au nom que vous avez donné à votre
séquence. Vous pouvez sélectionner dans le menu déroulant 4 façons possibles
d’intégrer le nom de cette séquence dans votre recherche.
PROJECT NAME : correspond à votre nom d’équipe
DATE : vous pouvez cibler dans le temps votre recherche en précisant entre
quelles dates vous recherchez vos séquences. Attention au format d’écriture de
la date.
Remarque : si vous voulez voir l’intégralité du dossier de votre équipe, vous
devez taper % dans le champ SEQUENCE NAME et cliquer sur EXECUTE..
La fenêtre suivante apparaît :
Vous visualisez le nom de votre séquence suivi de .ab1, le nom du projet lié a
cette séquence (actuellement, c’est le nom de l’équipe), le champ DOWNLOAD
sélectionné pour toutes les séquences et un champ SEARCH permettant de
réaliser en direct un Blast de votre séquence sur le site NCBI. Le format
OUTPUT sélectionné est le format ABI (permettant de visualiser les
chromatogrammes).
2ème étape : Vous désélectionnez les séquences dont vous ne voulez pas et
cliquez sur DOWNLOAD.
Les séquences sélectionnées sont prêtes à être télécharger en format ZIP
(compressé).
Cliquez sur ZIP file. Le message suivant apparaît :
Vous demandez à enregistrer ce fichier compressé sur votre disque : tapez OK et
sélectionnez un dossier de réception de ce fichier ZIP (par exemple un dossier
séquence sur le volume utilisateur)
Cliquez sur ENREGISTRER : le fichier est transféré sur votre disque
Si vous ouvrez votre dossier sequence, vous visualisez ce fichier compressé :
Ouvrez WINZIP ou tout autre programme de décompression de fichiers ZIP en
cliquant 2 fois sur l’icône du fichier compressé (pour les utilisateurs du site
Cochin, WINZIP doit être déjà installé sur votre PC. Si tel n’est pas le cas,
contactez votre correspondant informatique).
Vous visualiserez les fichiers a décompresser. Cliquez sur EXTRAIRE
Sélectionnez le dossier de réception des fichiers décompressés (ici dans le même
dossier sequence) et cliquez sur EXTRAIRE. La décompression est immédiate.
Ouvrez le dossier de réception des séquences :
En regardant les propriétés d’un des fichiers, on remarque que la taille du fichier
est redevenue normale (environ 190 Ko)et que ces fichiers peuvent s’ouvrir avec
un éditeur de chromatogramme comme EditView
Il vous suffit d’ouvrir EditView PC, Chromas ou BIOEDIT et vous pourrez
visualiser le chromatogramme de cette séquence.
Vous voulez extraire les fichiers texte de vos séquences
Si vous désirez télécharger les fichiers texte de vos séquences, vous devez
sélectionner dans le champ OUTPUT FORMAT, le format TEXT(original)
Vous suivez la même procédure de chargement d’un fichier compressé dans un
dossier situé sur le volume utilisateur en cliquant sur DOWNLOAD. Après
décompression par WINZIP ou autre décompresseur de fichier ZIP, vous verrez
apparaître dans le dossier sélectionné, les fichiers texte correspondant aux
séquences sélectionnées. Ces fichiers sont ouvrables avec n’importe quel éditeur
de texte.