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RECRUTEMENT
POSTE INGENIEUR IR2 – IMAGERIE du VEGETAL - BIC
UFR Sciences Biologiques UB1
http://www.u-bordeaux1.fr/
Affectation précise : Plateforme Imagerie du Végétal du BIC
(Responsable : P. Moreau), INRA Villenave d’ornon.
[email protected], Tel 05 57 57 16 81
Structures de rattachement du Pôle :
BIC (Bordeaux Imaging Center, Directeur : D. Choquet)
http://www.bic.u-bordeaux2.fr
Centre de Génomique Fonctionelle de Bordeaux
Directeur : D. Rolin, http://www.pgfb.u-bordeaux2.fr
Structure de rattachement du poste :
UMR 619 (Biologie du fruit, INRA Villenave d’ornon)
Directeur : D. Rolin, http://www.bordeaux.inra.fr/umr619
PRESENTATION de la Plateforme IMAGERIE du VEGETAL du BIC
La plateforme Imagerie du Végétal est une composante du Bordeaux Imaging Center (BIC,
http://www.bic.u-bordeaux2.fr/) qui est le Pôle Imagerie du Centre de Génomique Fonctionnelle de
Bordeaux. Les deux autres composantes du BIC sont la plateforme d’Imagerie Photonique et la plateforme
d’Imagerie Electronique. L’Imagerie du Végétal du BIC est une plateforme technologique de microscopie
plus particulièrement dédiée à l’imagerie des tissus végétaux, de l’échelle macroscopique à l’échelle de la
microscopie électronique. Les activités de la plateforme comprennent la formation des utilisateurs aux
diverses approches cytologiques et la mise à disposition des équipements, la prise en charge de projets
depuis la préparation des échantillons jusqu’à l’analyse des images, et le développement de protocoles
adaptés aux besoins des chercheurs.
MISSIONS et ACTIVITES de l’INGENIEUR
1) Animation et pilotage des activités de la Plateforme « Imagerie du Végétal » :
- Analyse des demandes des utilisateurs, et conseils sur les méthodes les plus appropriées à leurs projets
scientifiques. Dans le cas de la prise en charge d’une prestation par la plateforme, l’ingénieur en établira le
devis estimatif.
- Contribution à l’organisation du planning avec l’ensemble du personnel.
-
Prise en charge de prestations de service (conception de protocoles, préparation d’échantillons,
acquisition d’images, interprétation des résultats, rédaction de rapports).
-
Suivi des évolutions technologiques des équipements et des méthodes de cytologie et d’imagerie
cellulaire.
- Contribution aux choix stratégiques en matière d’achat de matériels et aux demandes de financement.
- Participation à l’établissement des bilans d’activité, à la rédaction du rapport annuel d’activité et des
documents demandés par les instances d’évaluation.
2) Projets technologiques :
L’ingénieur conduira, et/ou participera à, des actions de développement technologique visant à adapter aux
tissus végétaux, en relation avec les projets des utilisateurs, les techniques émergentes aussi bien dans le
domaine de la microscopie photonique que de la microscopie électronique. Les développements
actuellement en cours portent principalement sur trois aspects : la microscopie confocale haute résolution
(STED, PALM…), la microscopie corrélative (mise au point de méthodes de préparation des échantillons et
d’observation permettant l’acquisition d’image en microscopie optique et électronique sur les mêmes
échantillons) et la visualisation 3D des structures cellulaires par tomographie électronique.
3) Communication et valorisation :
L’ingénieur contribuera à la visibilité de la Plateforme « Imagerie du Végétal » par sa participation à des
congrès ou conférences, et son implication dans des réseaux professionnels d’imagerie.
4) Formation :
L’ingénieur interviendra également dans la formation des étudiants, chercheurs ou ingénieurs, dans les
domaines de la cytologie et de la microscopie (formations individuelles, stages, ateliers, école
chercheurs,…).
COMPÉTENCES REQUISES ou SOUHAITEES:
-
Connaissances en biologie cellulaire végétale.
-
Expérience dans les techniques de préparation des échantillons biologiques pour la
microscopie.
-
Expérience souhaitée dans les méthodes de cryofixation-cryosubstitution.
-
Connaissances théoriques et expérience pratique en microscopie fond clair, fluorescence,
confocale, et/ou en microscopie électronique, sur tissus végétaux.
-
Capacité à travailler en équipe et à animer un groupe.
-
Qualités pédagogiques.
-
Connaissance de l’anglais technique et scientifique du domaine (écrit et oral)
ENVIRONNEMENT :
Compétences et Equipements de la Plateforme d’Imagerie du Végétal
La plateforme Imagerie du Végétal du BIC dispose d’un large panel d’outils pour l’observation et
l’analyse morphométrique des tissus et cellules :
Pour la préparation des échantillons, la plateforme possède une unité de congélation ultra-rapide
(EM-PACT Leica), un Automate de Cryosubstitution (AFS Leica), un ultra-microtome et trois microtomes.
Pour l’acquisition des images, la plateforme possède une loupe stéréoscopique et trois microscopes
à épifluorescence dont un confocal, et 1 microscope électronique à transmission.
Pour le traitement des images, la plateforme possède 1 station d’analyse d’images équipée des
logiciels ImageProPlus (morphométrie), Autoquant (déconvolution) et Amira (reconstruciton 3D).
Environnement scientifique
La plateforme met ses outils et compétences à la disposition des chercheurs bordelais de l’IFR 103
(Institut Fédératif de Recherche : Biologie Végétale Intégrative) et de l’ISVV (Institut des Sciences de la
Vigne et du Vin). Au total 10 laboratoires sont concernés, soit une communauté de près de 400 personnes
dont 200 chercheurs. Parmi celles-ci la plateforme a des relations privilégiées avec 3 UMRs : l’UMR 619
Biologie du Fruit, l’UMR 1090 Génomique Diversité Pouvoir Pathogène et l’UMR 5200 Biogénèse
Membranaire, qui mettent à disposition du personnel.
La plateforme travaille également sur des projets émanant d’autres laboratoires, nationaux ou
étrangers.
Environnement technologique
La plateforme est associée, au sein du Bordeaux Imaging Center (BIC) à deux autres
composantes localisées sur le campus de l’Université Bordeaux 2 : la plateforme d’Imagerie Photonique et
la plateforme de Microscopie Electronique. Ces deux plateformes ont des interactions privilégiées avec
l’Institut des Neurosciences. La plateforme d’Imagerie Photonique a une forte activité de développement
technologique dans le domaine de la microscopie confocale à haute résolution (STED, PALM…). La
plateforme de Microscopie Electronique développe des approches de microscopie corrélative et de
tomographie. L’ingénieur recruté sur la plateforme d’Imagerie du Végétal travaillera en relation avec les
deux autres plateformes pour développer des approches adaptées aux tissus végétaux.
Moyens humains
L’équipe de la plateforme Imagerie du Végétal se compose actuellement de 5 personnes travaillant
à temps partiel ou complet, soit au total 2,5 ETP (Equivalent Temps Plein). Voir l’organigramme ci-après.
Mode de fonctionnement
Pour les diverses approches de microscopie optique et d’analyse d’image, la plateforme Imagerie du
Végétal assure la formation des chercheurs, ingénieurs et étudiants pour leur permettre de mener à bien
leurs projets de façon autonome (plus d’une centaine de personnes ont été formées depuis 2006). Pour les
projets faisant appel à la microscopie électronique, la plateforme Imagerie du Végétal prend généralement
en charge l’ensemble de la prestation (une dizaine à une quinzaine de projets par an). Il peut également
assurer des formations dans le cadre de thèses ou de post-doctorats et participer ainsi à la diffusion des
compétences en cytologie ultrastructurale.
http://www.bic.u-bordeaux2.fr
Directeur Daniel CHOQUET
IMAGERIE PHOTONIQUE
Responsable
Daniel CHOQUET, DR CNRS
Christel POUJOL, IE CNRS
Philippe LEGROS, IE CNRS
Laure MALICIEUX, AI (CDD)
Sébastien MARAIS, IE CNRS
Florian LEVET, IR INSERM 50%
IMAGERIE
ELECTRONIQUE
Responsable
Marc LANDRY, Pr UBdx2
Etienne GONTIER, IR UBdx2
Isabelle SVAHN, Tech. UBdx2
Sabrina LACOMME, Tech.
UBdx2
Mélina PETREL, IE (CDD)
Florian LEVET, IR INSERM 50%
IMAGERIE DU VEGETAL
Responsable
Patrick MOREAU, DR CNRS
Catherine CHENICLET, CR
CNRS
Poste Ingénieur de recherche
UBdx1
Brigitte BATAILLER, IE INRA
Martine PEYPELUT, AI INRA
Valérie ROUYERE tech Ubdx1