Formation Continue CNRS Ile de France Sud, Gif-sur

PICIN
Plateforme d’Imagerie Cellulaire
de l’IFR de Neurosciences
FORMATION
Vidéo-microscopie et microscopie confocale :
des bases à la pratique :
du tissu à la molécule unique
Du Lundi 30 Juin au Vendredi 4 Juillet 2008
A Bordeaux
Avec le concours de l’Université de Bordeaux II, Plate-forme Génomique Fonctionnelle,
de l'IFR8 des Neurosciences de Bordeaux,
du laboratoire Physiologie Cellulaire de la Synapse UMR 5091,
Du Bureau Régional de la Formation Permanente du CNRS, DR 15, Talence
Du Bureau Régional de la Formation Permanente de l’INSERM, Bordeaux
Du Bureau Régional de la Formation Permanente de l’INRA, Villenave d’Ornon
Du bureau de la Formation Permanente de l’Université de Bordeaux 1
Vidéo-microscopie et microscopie confocale :
Des bases à la pratique : du tissu à la molécule unique
Dates : du Lundi 30 Juin au Vendredi 4 Juillet 2008
5 jours complets pour 20 personnes en cours théoriques et travaux pratiques (Cours+TP)
Lieu : Bordeaux
Plate-forme d’Imagerie Cellulaire de l’Institut de Neurosciences
Institut François Magendie, 146 rue Léo-Saignat, Université de Bordeaux II
Public concerné
Chercheurs, Ingénieurs, Techniciens, Doctorants des instituts publics et des sociétés privées
Pré-requis :
Au moins plusieurs heures d'expérience sur un microscope confocal ou sur un vidéo-microscope
(si nécessaire, prendre rendez-vous déjà auprès de la PICIN pour une pré-formation à l’utilisation de ces outils)
Objectifs
- Acquérir les bases théoriques en vidéo-microscopie et microscopie confocale (Cours)
- S’informer des nouvelles applications et développements en microscopie confocale , en
microscopie multi-photons et détection de molécules uniques (Cours)
- S’initier ou approfondir l'utilisation pratique d'un vidéomicroscope et d’un microscope
confocal (TP)
Programme
Cours théoriques :
1) Fluorescence : définitions, aspects théoriques et pratiques : les différentes sondes
fluorescentes, les protéines auto-fluorescentes
2) Rappels de microscopie conventionnelle, microscopie de transmission, microscopie à épifluorescence, vidéo-microscopie et système d’acquisition caméra CCD
3) La microscopie confocale (physique de l'instrument, principe des lasers et sécurité,
acquisition, numérisation, échantillonnage, multiples marquages…)
4) La microscopie multi-photons et ses applications
5) Les traitements et analyse d’image, déconvolution, morphométrie, colocalisation..
6) Préparation des échantillons biologiques fixés pour la microscopie
7) Nouvelles applications et développements en microscopie : FRET, FRAP, FLIM…
8) Techniques de molécules uniques et tracking
9) Séminaires d'application
Travaux Pratiques :
Un cycle de 20 heures de TP permettra de renforcer le lien entre théorie et application, de
reconnaître les éléments mis en œuvre en microscopie ; d’acquérir, de traiter et d’analyser des
images
INSCRIPTIONS : (date limite 22 mai 2008)
•
Pour les personnels (chercheurs, ingénieurs
et techniciens, étudiants …) CNRS, INSERM,
INRA et Universités, prise en charge par
votre organisme : 500 € (HT°)
•
Pour les personnels (chercheurs, ingénieurs
et techniciens, étudiants …) des
établissements privés : 1000 € (HT°)
Inscription auprès de vos responsables formation respectifs
- Université de Bordeaux II
Personnel IATOS
Emmanuelle Cousteret-Redois
Tel. 05 57 57 15 58 Fax : 05 57 57 15 65
- CNRS
Marie-Noëlle Besson
Tel : 05 57 35 58 29 Fax : 05 57 35 58 01
[email protected]
[email protected]
- INSERM
Marie-Anne Cadoret
Tel. 05 57 57 36 39 Fax : 05 57 57 36 26
Personnel enseignant
Sylvie Cuzacq-Lebleu
Tel. 05 57 57 14 49 Fax : 05 57 57 12 66
[email protected]
[email protected]
- INRA CR DE BORDEAUX
Sonia Baillet
Tel. 05 57 12 26 66 Fax : 05 57 12 26 74
- Université de Bordeaux I
Annick Jousset
Tel. 05 40 00 83 52 Fax : 05 40 00 24 44
[email protected]
[email protected]
[email protected]
[email protected]
Renseignements
COORDINATEURS SCIENTIFIQUES
COORDINATEUR ADMINISTRATIF :
Daniel Choquet, Philippe Legros et Christel Poujol
Marie-Anne Cadoret
Plate-forme d’Imagerie Cellulaire de l’Institut des Neurosciences
Responsable formation, INSERM, ADR Bordeaux,
Tel : 05 57 57 37 65 ou 36 01 Fax 05 57 57 40 82
Tel : 05 57 57 36 39 Fax 05 57 57 36 26
http://www.picin.u-bordeaux2.fr/
Site RH – Action de formation
Ad de Bordeaux – Formation permanente
Institut François Magendie, 146, rue Léo-Saignat, Université de Bordeaux II
33077 Bordeaux Cedex
Carnet des intervenants
Marie George Côme,
Roper Scientific SAS, Princeton Instruments Z.I. Petite Montagne Sud 4 rue de l'Oisans CE 1702 91017 Evry Cedex France
Tel : 01 60 86 03 65
Fax : 01 60 86 07 09
[email protected]
http://www.photomet.com/
http://www.universal-imaging.com/
Fabrice Cordelières
Institut Curie - Section de recherche/ CNRS UMR 146, Plateforme d'Imagerie Cellulaire et Tissulaire, Bâtiment 112 Centre universitaire, 91405 Orsay Cedex
Tél. : 01 69 86 31 30
Fax. : 01 69 86 17 03
[email protected]
Daniel Choquet,
Laboratoire Physiologie Cellulaire de la Synapse, UMR CNRS 5591,
Institut François Magendie, Université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077 Bordeaux cedex.
Tél : 05 57 57 40 90
Fax : 05 57 57 40 82
[email protected]
Laurent Groc,
Laboratoire Physiologie Cellulaire de la Synapse, UMR CNRS 5591,
Institut François Magendie, Université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077 Bordeaux cedex.
Tél : 05 57 57 40 99
Fax : 05 57 57 40 82
[email protected]
Laurent Héliot,
Plate Forme de Biophotonique Cellulaire et Tissulaire, Lille Equipe Biophotonique Cellulaire Fonctionnelle
Institut de Recherche Interdisciplinaire Bât: Institut de Biologie de Lille, 1 rue de Professeur Calmette, BP 447 59021 Lille cedex
Tél. 03 20 87 10 28
Fax : 03 20 87 10 19
[email protected]
www.iri.cnrs.fr/bcf
Philippe Legros,
Plate-forme d’Imagerie Cellulaire de l’Institut des Neurosciences, Université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077 Bordeaux cedex
Tél : 05 57 57 36 01
Fax : 05 57 57 40 82
[email protected]
http://www.picin.u-bordeaux2.fr/
Florian Levet,
Plate-forme d’Imagerie Cellulaire de l’Institut des Neurosciences, Université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077 Bordeaux cedex
Tél : 05 57 57 40 83
Fax : 05 57 57 40 82
[email protected]
http://www.picin.u-bordeaux2.fr/
David Perrais,
Laboratoire Physiologie Cellulaire de la Synapse, UMR CNRS 5591,
Institut François Magendie, Université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077 Bordeaux cedex.
Tél : 05 57 57 40 80
Fax : 05 57 57 40 82
[email protected]
Tristan Piolot,
Plate-forme de recherche « Imagerie des processus dynamiques en biologie cellulaire et biologie du développement » IFR 117,
Institut Jacques Monod, CNRS, Universités Paris 6 et 7, 4 Place Jussieu-Tour 43, 75251 Paris cedex 05
Tél : 01 44 27 57 84
Fax 01 44 27 79 51
[email protected]
http://www.ijm.jussieu.fr/
Christel Poujol,
Plate-forme d’Imagerie Cellulaire de l’Institut des Neurosciences, Université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077 Bordeaux cedex
Tél : 05 57 57 37 65
Fax 05 57 57 40 82
[email protected] http://www.picin.u-bordeaux2.fr/
Jean-Baptiste Sibarita,
"Compartimentation et Dynamique Cellulaires", Institut Curie, UMR 144, CNRS, 26 rue d'Ulm, 75248 Paris Cedex 05
Tél : 01 42 34 64 49
Fax 01 42 34 63 49
[email protected]
www.curie.fr/~sibarita/
Corentin Spriet,
BCF, Institut de recherche interdisciplinaire, Institut de Biologie de Lille, IFR 3 CNRS, 1 rue de Prof. Calmette, BP 447, 59021 Lille cedex
Tél : 03 20 87 11 84
Fax 03 20 87 10 19
[email protected]
Hervé Seznec,
Groupe Interface Physique Biologie, Centre d'Etudes Nucléaires de Bordeaux Gradignan
CNRS/IN2P3-UMR5797 Chemin du Solarium BP120 - 33175 Gradignan, France
Tél : 05 57 12 08 64 Fax : 05 57 12 08 01
[email protected]
Nathalie Senant-Dugot
IFR 66 Service de micrsocopie confocale, Bat 1 A 2ème étage Zone Nord, université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077
Bordeaux cedex.
Tel : 05 57 57 48 78
[email protected]
Olivier Thoumine,
Laboratoire Physiologie Cellulaire de la Synapse, UMR CNRS 5540,
Institut François Magendie, Université de Bordeaux II, 146, Rue Léo-Saignat, 33077 Bordeaux cedex.
Tél : 05 57 57 40 91
Fax : 05 57 57 40 82
[email protected]
Marc Tramier,
Complexes macromoléculaires en cellules vivantes,
Institut Jacques Monod, Tour 43, couloir 43-53, 4eme étage, 4 place Jussieu, 75251 Paris cedex 05
Tél : 01 44 27 82 93
Fax 01 44 27 79 51
[email protected]
Avec le concours de l'IFR8 "Neurosciences "
De l’Université de Bordeaux II, du bureau de formation du CNRS et de l’INSERM
Emploi du temps - Vidéo-microscopie et microscopie confocale : des bases à la pratique : du tissu à la molécule unique
MARDI 1er juillet
LUNDI 30 juin
9h00- Introduction9h30 Présentation
9h00- Traitement et
10h00 visualisation d'images
(JB Sibarita)
9h30- Microscopie I (C Spriet) 10h00
10h45
10h45
Pause café
Pause café
MERCREDI 2
JEUDI 3
9h00- Fluorescence (C Poujol) 9h00- Applications : FRET,
10h00
10h00 FLIM (C Poujol)
10h00 Système d’acquisition
(P Legros)
10h45
Pause café
VENDREDI 4
9h00- Molécules uniques et
10h00 tracking (D Choquet)
10h00 Microscopie multi10h00
photonique (M Tramier) 10h45
10h45
Pause café
Pause café
11h00 Microscopie Confocale I 11h00 Traitement et
(L Héliot)
visualisation d'images
12h00
12h00 (JB Sibarita) suite
11h00 Protéines fluorescentes 11h00
(F Cordelières)
12h00
12h00
11h00 FRAP et pinces optiques
(O Thoumine)
12h00
12h00 Microscopie confocale II 12h00 Etude de colocalisation
(L Héliot)
(F Cordelières)
13h00
13h00
12h00 Préparation des
échantillons (F
13h00 Cordelières)
12h00 TIRF et ses applications
(D Perrais)
13h00
Déjeuner
14h00
18h00
TP
Pause café
Déjeuner
14h00
18h00
TP
Pause café
18h15 Séminaire d’application 18h15 Séminaire d’application
18h45
18h45
Repas
12h00 Choix des systèmes (T
Piolot)
13h00
Déjeuner
14h00
18h00
TP
Pause café
Déjeuner
14h00
18h00
TP à la carte
Pause café
Déjeuner
14h00
18h00
TP à la carte
Pot de départ
(évaluation)
PARTIE THEORIQUE
1) Fluorescence : définitions, aspects théoriques et pratiques : les différentes sondes fluorescentes, les protéines auto-fluorescentes
Christel Poujol et Fabrice Cordelières
2) Rappels de microscopie conventionnelle, microscopie de transmission, microscopie à épi-fluorescence, vidéo-microscopie et système d’acquisition caméra CCD
Corentin Spriet , Laurent Héliot, Philippe Legros
3) La microscopie confocale (physique de l'instrument, principe des lasers et sécurité, acquisition, numérisation, échantillonnage, multiples marquages…) Corentin Spriet
4) La microscopie multi-photons et ses applications Marc Tramier
5) Les traitements et analyse d’image, déconvolution, morphométrie, colocalistion.. Jean-Baptiste Sibarita et Fabrice Cordelières
6) Préparation des échantillons biologiques vivants ou fixés pour la microscopie et les différents milieux de montage Fabrice Cordelières
7) Choix des systèmes, microscopie multifocale..: Tristan Piolot
8) FRET, FLIM…Christel Poujol
9) Techniques de molécules uniques et tracking Daniel Choquet
10) Technique de FRAP et de pinces optiques Olivier Thoumine
11) Microscopie TIRF David Perrais
Séminaires d’application
Conséquences moléculaires des expositions de faibles doses de radiations ionisantes sur le vivant. Ou l’intérêt d’étudier des modèles cellulaires transgéniques en
microscopie confocale Hervé Seznec
TRAVAUX PRATIQUES
Pour 20 personnes, il y a un cycle de 6 Travaux Pratiques (les séances TP 1-2, 3, 4, 5, 6) de 2h pour les 6 groupes (violet, bleu, vert, jaune, orange, rouge) de 3-4 personnes
puis un cycle de 4 Travaux Pratiques (les séances TP 7, 8 ,9 et 10) de 2h pour 4 groupes (violet, bleu, vert, jaune) de 5 personnes
TP 1 et TP 2 : restauration, amélioration et analyse de l'image
2 groupes de 3-4 personnes avec deux instructeurs, sur les ordinateurs salle informatique, RDC, Institut François Magendie
Fabrice Cordelières et Florian Levet
TP 3 : Microscopie à épi-fluorescence et transmission : reconnaître les éléments mis en oeuvre : alignement Koehler du microscope et mode phase, filtres, trajets optiques,
acquisition de PSF en vue de la déconvolution
1 groupe de 3-4 personnes, PICIN (RDC), Institut François Magendie
Christel Poujol
TP 4 : Vidéo-microscopie : acquisition multi-paramétrique, en profondeur, sur cellules vivantes, camera CCD
1 groupe de 3-4 personnes, PICIN (RDC), Institut François Magendie
Marie-George Côme
TP 5 : Microscopie confocale I : trajet optique, acquisition d’images de fluorescence, transmission DIC, réflectance, reconstruction 3D
1 groupe de 3-4 personnes, sur microscope confocal droit, PICIN (RDC), Institut François Magendie
Philippe Legros
TP 6 : Microscopie confocale II: acquisition multi-paramétrique, acquisition simultanée /séquentielle, acquisition spectrale, colocalisation
1 groupe de 3-4 personnes, sur microscope confocal inversé, PICIN (2ème étage), Institut François Magendie
Corentin Spriet
TP 7 à la carte: Microscopie confocale multi-photonique et FLIM : trajet optique, visite d’une cavité laser, acquisition en profondeur en multi-photon, essai de deux laser
différents, mesure de durée de vie de fluorescence
1 groupe de 5 personnes, sur microscope confocal inversé, PICIN (2ème étage), Institut François Magendie
Philippe Legros
TP 8 à la carte: FRET par microscopie confocale : technique spectrale, photoblanchiment de l’accepteur, technique par émission
1 groupe de 5 personnes, sur microscope confocal droit, PICIN (RDC), Institut François Magendie
Christel Poujol
TP 9 à la carte: Molécule ou particule unique/ FRAP : montage, acquisition d’image en dynamique/ photoblanchiment et cinétique de retour de fluorescence (deux fois 1
heure)
1 groupe de 5 personnes, laboratoire de physiologie cellulaire de la synapse (2ème étage) Institut François Magendie/ PICIN (RDC), Institut François Magendie
Laurent Groc/ Olivier Thoumine
TP 10 à la carte: TIRF : montage, caractérisation du champ évanescent, acquisition d’images
1 groupe de 5 personnes, laboratoire de physiologie cellulaire de la synapse (2ème étage) Institut François Magendie
David Perrais
TP 11 à la carte: Mise en pratique sur un microscope confocal
1 groupe de 5 personnes, Service de microscopie confocale de l’IFR66, Bât 1A, 2ème étage, zone nord, Université de Bordeaux 2
Nathalie Senant-Dugot
FIN