Présentation PowerPoint

UE SECC12
Intitulé : Méthodologie en écologie
Responsable : Katherine Costil
Résumé : Présentation et mise en pratique de méthodes de collecte et de mesure de
données environnementales et biologiques (anatomiques, physiologiques et
comportementales) ; traitement des données avec intégration aux niveaux supérieurs du
vivant (écosystèmes)
Objectifs, contenu et organisation (45h TP / 5h TD) :
Les travaux dirigés ont pour objectif de présenter certains éléments
de TP ou d’aider à l’interprétation statistique des données acquises.
Pour la partie pratique, l’UE s’organise en 3 thématiques
complémentaires ayant trait
à des organismes végétaux
(microalgues, plantes herbacées ou ligneuses) ou animaux
(mollusques, poissons) :
- 1) Adaptation comportementale et environnement : application à
l’aquaculture (12h)
- 2) Réponses physiologiques des organismes aquatiques aux
facteurs naturels et anthropiques (19h)
- 3) Etude et gestion des écosystèmes terrestres : approches
pratiques (19h)
Paramètres étudiés et techniques utilisées :
1) Conditionnement alimentaire (procédure de conditionnement
pavlovien) ; mise en situation de stress ; mesure et analyse de
variables comportementales (vidéo-tracking, tests de
personnalité …) ; mesures physiologiques du stress (dosages
d’hormones du stress).
2) Mise en conditionnement d’organismes aquatiques (expositions
à des facteurs abiotiques et/ou des contaminants) ; dissections,
biométries et observations anatomiques et histologiques ;
cultures et comptages cellulaires, tests de viabilité ; mesures de
l’état physiologique des micro-algues et de la filtration des
bivalves ; dosages biochimiques et mesures d’activités
enzymatiques.
3) Détermination et échantillonnage d’espèces végétales ;
analyses biométriques et physiologiques (chlorophylles,
échanges
gazeux)
;
cartographie
d’habitats
par
photointerprétation et analyse d’une base de données de
relevés phytosociologiques ; plan de gestion d’un site basé sur
l’état des lieux et les données « faune, flore, habitats ».
N
UE AQUA11
Intitulé : Méthodologie en physiologie et en écophysiologie marines
Responsable : Joël Henry
Résumé :
Structure, fonction et localisation d’une famille de neuropeptides et de leurs
transcrits chez la moule Mytilus edulis.
Influence des paramètres abiotiques sur la production d’une toxine, l’acide domoïque,
par la diatomée Pseudo-nitzschia
Mots clés : peptidomique , PCR, immunocytochimie, tests biologiques in vitro, culture
d’algue, spectrométrie de masse..
Objectifs, contenu et organisation (48h TP / 2h TD) :
Cette UE vise à permettre aux étudiants de master d’appréhender
les techniques analytiques utilisées chez les organismes marins.
Une première étude sera réalisée sur une famille de neuropeptides
exprimés chez la moule Mytilus edulis, par une approche
peptidomique mise en œuvre sous la direction d’une équipe
d’enseignants-chercheurs spécialistes du domaine avec l’appui de la
plateforme PROTEOGEN de la SF ICORE 4206.
Une deuxième étude approche écophysiologique et analytique sera
par ailleurs mise en œuvre sur un modèle algal : la diatomée
Pseudo-nitzschia responsable de la libération périodique d’acide
domoïque dans les écosystèmes côtiers, composé neurotoxique
pour les vertébrés et concentré par les mollusques bivalves
filtreurs. Les facteurs d’induction de la sécrétion feront l’objet
d’une étude visant à corréler les conditions de culture et la
production d’acide domoïque. La détection et le dosage de ce
dernier seront réalisés par LC-ESI-MS sur la plateforme PROTEOGEN
de la SF ICORE 4206.
Techniques utilisées :
Extraction peptidique
Spectrométrie de masse MALDI-TOF/TOF et LC-ESI-MS
Analyse in silico de données transcriptomiques brutes et extraction
de données peptidomiques
Extraction d’ARN
Rétrotranscription
PCR
Immunohistologie
Culture de microalgues