Michael LEGUEBE Post-doctorant en modélisation et calcul

Michael LEGUEBE
Prinzenstraße, 3
37073 GÖTTINGEN
ALLEMAGNE
Tél. : +33 (0)6 07 98 94 00,
Tél. : +49(0) 151 18566487
e-mail : [email protected]
www2.mps.mpg.de/homes/leguebe
31 ans
Post-doctorant en modélisation
et calcul scientifique
Poste actuel
Contrat post-doctoral de deux ans au Max Planck Insitute for Solar System Research, Göttingen, depuis le 17 novembre 2014 :
résolution de problèmes directs pour l’héliosismologie, utilisant des méthodes éléments finis.
Thèse : Modélisation de l’électroperméabilisation à l’échelle cellulaire.
Soutenue le 22 septembre 2014. Encadrée par Thierry Colin et Clair Poignard (Institut de Mathématiques de Bordeaux, INRIA).
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Construction de modèles de perméabilisation en collaboration avec les biophysiciens.
Analyse mathématique des EDP utilisées.
Écriture de méthodes numériques de résolution et d’un code 3D parallèle (C++) adaptés.
Validation du modèle par confrontation des résultats aux expériences biologiques.
Publications
Parus :
• Cell scale modeling of electropermeabilization by periodic pulses.
M.Leguèbe, Mathematical and Biological Engineering, 2015.
• Non-Linear Steady-State Electrical Current Modeling for the Electropermeabilization of Biological Tissue.
M. Breton, F. Buret, L. Krähenbühl, M.Leguèbe, L.M. Mir, R. Perrussel, C. Poignard, R. Scorretti, and D. Voyer, IEEE
Transactions on Magnetics, 2015.
• A second-order cartesian method for the simulation of electropermeabilization cell models
M.Leguèbe, C. Poignard and L.Weynans. Journal of Computational Physics, 2015.
• Cell membranes permeabilisation by 12 ns electric pulses : not a purely dielectric but a charge dependant phenomenon.
A. Silve, I. Leray, M.Leguèbe , C. Poignard, L.M. Mir. Bioelectrochemistry, 2015.
• Conducting and permeable states of cell membrane submitted to high voltage pulses. Mathematical and numerical studies
validated by the experiments.
M.Leguèbe, A. Silve, L.M. Mir and C. Poignard. Journal of Theoretical Biology, 2014.
• "Classical" Electropermeabilization Modeling at the Cell Scale.
O. Kavian, M.Leguèbe, C. Poignard and L. Weynans, Journal of Mathematical Biology, 2014.
• Hybrid Molecular Mechanics/Coarse-Grained Simulations for Structural Prediction of G-Coupled Receptor/Ligand Complexes.
M.Leguèbe, C. Nguyen, L. Capece, Z. Huong, A. Giorgetti and P. Carloni, PloS One, 2012.
Accepté :
• Computational helioseismology in the frequency domain : acoustic waves in axisymmetric solar models with flows.
L. Gizon, H. Barucq, M. Duruflé, C.S. Hanson, M.Leguèbe, A.C. Birch, J. Chabassier, D. Fournier, T. Hohage, E. Papini.
Astronomy & Astrophysics, 2016.
En cours de révision :
• Mathematical model for transport of DNA plasmids from the external medium up to the nucleus by electroporation
M.Leguèbe, M.G. Notarangelo, M. Twarogowska, R. Natalini and C. Poignard.
Conférences
• Electropermeabilization modeling at cell scale. Poster présenté au CANUM 2014, Carry-le-Rouet, France.
• Modeling both conducting and permeable states of cell membrane submitted to high voltage pulses. Présentation à la BioEM
2013 Conference, Thessalonique, Grèce.
• Cell scale electropermeabilization modeling. Poster présenté à la Gordon Research Conference Bioelectrochemistry 2012,
Lucca, Italie.
Compétences
Informatique
C, C++ , Fortran 90, Python, MPI. Utilisation de clusters de calcul (torque,condor)
Matlab, gromacs
LATEX, Gimp, Inkscape, Adobe Photoshop, Autocad.
Langues
Anglais, lu et parlé.
Allemand, débutant.
Expérience
sep 2012 - jan 2014
Monitorats à l’université de Bordeaux : cours/TD de de remise à niveau L1 en mathématiques et TD
d’analyse niveau L2.
fev 2011 - jul 2011
Formation en dynamique moléculaire et bio-informatique encadrée par Paolo Carloni à la German Research School of Simulation, Jülich, Allemagne. Construction et implémentation (C) de modèles hybrides
in silico pour le comportement des protéines GPCRs (récepteurs olfactifs par exemple).
jun 2010 - sep 2010
Stage : Construction et implémentation (C++) d’un modèle de champ électrique non-linéaire dans les
tissus biologiques pour l’électrochimiothérapie.
jan 2008 - jun 2008
Tutorat en mathématiques pour les élèves de Bordeaux 1.
Formation
2008 - 2011
Diplôme ENSEIRB-MATMECA Filière MATMECA, mention TB.
– Résolution de systèmes linéaires, approximation, éléments finis, etc.
– Mécanique des fluides, simulations d’écoulements d’ordre élevé.
– Analyse numérique pour l’électromagnétisme.
Projets :
– Simulations d’écoulements visqueux incompressibles par méthode Boltzmann sur réseau. (Fortran 90).
– Implémentation en Fortran 90 d’un solveur d’EDO linéaires du premier ordre, par méthode à pas variable.
2010 - 2011
Master Ingénierie Mathématique, Modélisation, Calcul et Environnement, Université de Bordeaux.
2005 - 2008
Licence de mathématiques, mention ingénierie mathématique, mention TB, avec félicitations, Université
de Bordeaux.
Projet : Hystérésis en ferromagnétique, discrétisation de l’Équation Différentielle Ordinaire de Landau-Lifschitz.
2002 - 2005
1ere et 2e années de formation en architecture.