Galetto - Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires

Rôle de la structure secondaire de l’ARN génomique du VIH-1 en
la génération d’un "hot spot" de recombinaison en cellules
infectées
Román Galetto, Véronique Giacomoni, Michel Véron, et Matteo Negroni.
Unité de Régulation Enzymatique des Activités Cellulaires, CNRS-URA 2185.
Institut Pasteur. 25 rue du Dr. Roux, 75724 Paris cedex 15, France.
La recombinaison génétique chez les rétrovirus se produit principalement par transfert de brin
entre les deux copies d’ARN génomique pendant la transcription inverse. Nous avons étudié
les mécanismes responsables de ce processus en utilisant un système reconstitué in vitro avec
des protéines et ARNs purifiés; et avons déterminé l’existence d’un "hot spot" de
recombinaison dans la région constante C2 du gène de la protéine d’enveloppe gp120 du
VIH-1. La fréquence élevée de recombinaison observée dans cette région du génome est
corrélée avec la présence d’une structure en épingle à cheveux. Maintenant nous avons
développé un système pour étudier la recombinaison pendant l’infection de cellules en culture
avec des vecteurs VIH-1 pseudotypés avec l’enveloppe de VSV; ceci après un seul cycle
infectieux (système ex vivo). Dans ce système, la même région C2 se comporte aussi comme
un "hot spot" de recombinaison. La zone où le transfert de brin se produit le plus
fréquemment a été définie dans la partie supérieure de l’épingle à cheveux, avec une
fréquence de recombinaison jusqu’au dix fois plus élevée que celle des régions voisines. Ce
résultat démontre l’existence de différences importantes entre les fréquences de
recombinaison locales, et suggère que différentes parties du génome du VIH-1 puissent être
soumises à différents taux évolutifs. De plus, nous avons utilisé une série d’ARNs
génomiques qui différent en la stabilité prédite de l’épingle à cheveux. Nous observons ainsi
l’existence d’une fenêtre de stabilité optimale pour qu’une structure de ce type puisse générer
un "hot spot" de recombinaison in vivo.