Université Montpellier 2 - Master Sciences pour l`Environnement

Université Montpellier 2 - Master Sciences pour l’Environnement
Mention : Biologie des Plantes, des Microorganismes, Bioingéniéries, Bioprocédés
Spécialité : IMHE (Interactions Microorganismes, Hôtes, Environnements)
Renvoyer la proposition de sujet de stage à : [email protected] / [email protected] / [email protected]
Responsable des stages d’Initiation à la Recherche de M1 et de M2 :
Tatiana Vallaeys : [email protected] Tél : 04 67 14 40 11
Administration :
Patricia Quéméner : [email protected]
Sujet de stage préciser le niveau souhaité M1 et/ou M2 (le cas échéant indiquez vos
préférences:
Characterization of tender wheat root microbiota and plant-growth promoting microbes
(préférence M2)
Responsable (s) de stage :
Dr Cindy DASILVA (Post-doc)
Encadrant (si différent du Responsable de stage notamment dans le cas où le Responsable
n’est pas un Enseignant-Chercheur ou un Chercheur) :
- Dr Lionel MOULIN (CR1-IRD)
Autres personnes éventuellement impliqué dans la formation du stagiaire :
- Gilles Béna (DR2-IRD)
- Agnieszka Klonowska (CR2-IRD)
Tel et Email du Responsable de stage et de l’encadrant (si différent du Responsable de
stage) :
- Lionel Moulin : (+33) 4 67 59 37 63; [email protected]
- Dasilva Cindy : 07 82 50 91 77 ; [email protected]
Laboratoire d’Accueil et nom du Directeur :
UMR IPME (ex RPB), 911 Avenue du Campus Agropolis, Montpellier, France
Directeur: Michel Nicole/Valérie Verdier
Equipe d’Accueil :
Adaptation des Burkholderia aux Interactions avec les Plantes (ABIP, équipe créée à
IPME/RPB au 1er janvier 2015).
Dans quel contexte s’insère le sujet de stage (démarrage d’un projet, travail partiel d’un sujet
de thèse …….) :
Démarrage d’un projet Agropolis-Cariplo (MIC-CEREs) portant sur la caractérisation des
organismes phytobénéfiques du blé, dont une partie concerne l’isolement et la caractérisation
des propriétés phytobénéfiques des bactéries racinaires du blé.
Description du stage : donner un résumé (contexte, problématique, matériels et méthodes).
Context:
The plant model chosen for this project is wheat (Triticum aestivum L. subsp. aestivum), one
of the most important sources for food, animal feed, and industrial raw materials. Wheat
associated microbial diversity is considered important for maintaining for the sustain ability
of agriculture production systems. Epiphytic, endophytic and rhizospheric bacteria are
associated with wheat crops and have been shown to promote plant growth. Plant growth
promoting (PGP) bacteria are used as biological control agents for the suppression of soil
borne pathogens, or may be use as bioinoculants so that it fits into a long-term sustainable
agricultural system.
Objectives:
The principal aim of this project is to i) study the impact of soil origin and plant genotypes
on the diversity of wheat endophytic bacteria, to better understand what shapes the
endophytic communities of wheat, and ii) to isolate root-associated microbes and evaluate
their Plant Growth-Promoting (PGP) properties on tender wheat
Methods:
- Plant Experiments: In vitro culture of wheat, plant inoculation with bacteria
- Technical microbiology: culturable approach using specific media to isolate PGP bacteria,
various phenotypic tests to evaluate Plant growth promoting potential of bacteria
- Molecular biology: DNA/RNA extractions, quantification, PCR, electrophoresis, cloning,
gfp tagging of bacteria
- Bioinformatic: Sequence analysis, Phylogeny, statistics.
Desired profile:
The candidate will be student in master. He/She studied microbiology in plant-microbe
interactions or microbial ecology; and will have knowledge of bacteriology, molecular
biology, and analysis of diversity of microbe communities. This training requires a great
motivation for laboratory work. Bioinformatics skills will be appreciated.