Cancéropôle PACA» recrute 3 bioanalystes à Nice

Le «Cancéropôle PACA» recrute 3 bioanalystes à Nice (06) et
Marseille (13)
Lieu de travail : Région Provence-Alpes-Côte d’Azur. Les postes seront ouverts au recrutement sur Marseille
(x1) et Nice (x2).
Durée: 12 mois. Début dès que possible.
Salaire: suivant expérience, basé sur les grilles indiciaires des organismes de tutelle (CNRS, Inserm)
Depuis 2013, le Cancéropôle PACA (www.canceropole-paca.com) finance des postes de bioanalystes afin de
développer des projets de recherche à fort impact dans le domaine de la cancérologie et accompagner le
transfert de ces expertises vers la clinique.
Les nouveaux candidats recrutés rejoindront le réseau « BioInfo PACA », mis en place dans la région et
regroupant déjà les plateformes de bioinformatique de l’IPMC (https://www.ipmc.cnrs.fr/), du CRCM
(http://crcm.marseille.inserm.fr/) et du CIML (http://www.ciml.univ-mrs.fr/).
Descriptif des postes:
CIML (Marseille) :
1 poste « BioInfo Single Cell »: Analyse de données de génomique et transcriptomique Single Cell
(plateforme qPCR Biomark, Fluidigm C1 et séquençage RNAseq sur plateformes Illumina/Life
Technologies)
IRCAN (Nice):
1 poste « Bioanalyse et Médecine de précision »: le candidat partagera son activité en deux parties:
50% bioanalyse de données de génomique et transcriptomique des projets de recherche des équipes du
cancéropôle (microarray, DNAseq, RNAseq, CHIP-seq) et 50% analyse de données de génomique
clinique issues des tests réalisés au sein de la Plateforme Hospitalière de Génétique Moléculaire des
Cancers de la région PACA-Est au CHU de Nice.
C3M (Nice) :
1 poste « Bioanalyse et Métabolomique » : la personne recrutée devra mettre en place sur le site
l’infrastructure dédiée à deux activités : 50% bioanalyse de données de génomique et transcriptomique
(microarray, DNAseq, RNAseq) et 50% analyse de données en métabolomique (données acquises en
RMN, GC- et LC-MS).
Les candidats recrutés dépendront administrativement des laboratoires / centre de recherche suivants, qui leur
fourniront les moyens nécessaires pour effectuer l’analyse bioinformatique de leurs programmes en cancérologie:
•
CIML (http://www.ciml.univ-mrs.fr/), Marseille
•
IRCAN (http://ircan.org), Nice
•
C3M (http://www.unice.fr/c3m/), Nice
Missions - Activités
1. Conseils méthodologiques, assistance pour l'analyse des données. Mise en place de plans d’expériences.
2. Collaboration avec des chercheurs biologistes pour la préparation d’articles scientifiques et des
demandes de subvention. Participation à la rédaction des sections spécialisées des articles.
3. Veille technologique du domaine, développement et entretien des workflows d’analyse, mise en place
des procédures standardisées de traitement des données, développement de nouveaux pipelines, outils
statistiques ou de visualisation nécessaires à l’analyse et à l’intégration des données
4. Mise en place d’interfaces accessibles aux collaborateurs pour le transfert, le stockage, le contrôle
qualité et l'analyse des données
5. Participation active au réseau « BioInfo PACA » coordonné par le Cancéropôle PACA.
6. Respect des normes Qualité et des réglementations en vigueur.
7. Support technique et formation aux outils développés.
8. Installation et gestion d’un serveur dédié (uniquement pour le poste ouvert au C3M)
Compétences
•
Expérience réussie en bioinformatique, appliquée à la génomique, la transcriptomique, ou la
métabolomique.
•
Capacités organisationnelles, aptitude à la présentation synthétique et didactique des résultats
scientifiques,
•
•
•
•
•
•
Maîtrise de l'anglais scientifique à l’oral et à l’écrit.
Connaissance opérationnelle des techniques de programmation :
o R/Bioconductor, Python, Perl.
o Une connaissance de C++, Java (J2EE) ou de langages pour le développement Web (PHP,
Django) serait un plus.
o Connaissance en administration système sous Unix/Linux, Shell
o Connaissance en systèmes de gestion de base de données (type MySQL ou PostGreSQL)
o Maîtrise des logiciels requis pour l’analyse de données en génomique (STAR, bowtie2, picard,
samtools, Kallisto, DEseq, EdgeR…)
Connaissance d’outils d'analyse d'expression et de réseaux (GSEA, IPA, GeneXplain, GeneSpring,
ArrayTrack, MeV, Expression Console, Transcriptome Analysis Console Software, Cytoscape, Metexplore,
etc).
Pour le volet « single-cell » : maîtrise des méthodes d’analyse de données multidimensionnelles
(ACP, tSNE, etc.), capacité d’optimisation des pipelines existants
Pour le volet « métabolomique » : maîtrise des méthodes de traitement et d’analyse des données
de RMN et/ou GC/LC-MS, depuis la donnée brute jusqu'à l’identification et l’analyse des réseaux
métaboliques. Des connaissances en biologie des systèmes pour l’intégration dans des réseaux de gènes
serait un plus.
Pour le volet « médecine de précision » : maîtrise des outils classiques de NGS pour la recherche
de variants (BWA, GATK, Annotator, Picard tools et équivalents) et des pipelines pour leurs applications,
utilisant par exemple Galaxy.
Diplôme et profil recherché
•
Le candidat devra être au moins titulaire d'un BAC+5 en informatique ou mathématiques appliquées,
avec de fortes compétences en biologie et statistiques. Les titulaires d'un doctorat sont vivement
encouragés à postuler.
•
Autonome et rigoureux, avec un sens de l'organisation qui permet de mener un projet ambitieux
impliquant des personnes localisées sur plusieurs sites.
•
Excellentes qualités relationnelles, d'écoute et de communication (à l'oral comme à l'écrit).
•
Goût pour le travail d'équipe et le partage des connaissances.
•
Esprit d'initiative, curiosité, créativité technique.
Les candidatures (lettre de motivation + CV, incluant une liste d’au moins 2 personnes de
référence) doivent être envoyées avant le 11 janvier 2016, par mail à l’adresse [email protected]
Merci dans le titre de l'e-mail le profil(s) de poste(s) pour lequel vous souhaitez postuler.