Exam 2006-07-2

Nom et Prénom ......................................................
Module ASB. Examen de rattrapage Mars 2007. Durée 2h.
Documents pas autorisés
Téléphones portables éteints et rangés dans vos sacs
Exercice 1 (2 points)
Expliquer le processus de construction des matrices de substitution à partir de données réelles.
Indiquer les hypothèses de construction et les problématiques associées.
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Exercise 2. (4 points)
Décrire les étapes principales de l’algorithme d’alignement multiple CLUSTALW.
2
Exercise 3. (4 points)
Donner la définition de motif, de profile et de consensus, ainsi que un exemple de fonction de
score pour l’evaluation de la distance entre motifs.
3
Exercise 4. (3 points)
Donner un algorithme Branch-and-Bound pour la détection d’un motif inconnu dans n séquences.
4
Exercise 5 (4 points)
Décrire l’algorithme de Nussinov pour la prédiction de structures secondaires d’ARN.
5
Exercise 5 (3 points)
Expliquer comment la composante aléatoire est utilisée dans les algorithmes de recherche de
motifs dans les séquences.
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