Mesurer un objet sur une microphotographie

Mesurer un objet sur une microphotographie
ImageJ
Editer des photomicrographies avec échelle dans le cas d’un montage de microphotographie
sans logiciel dédié.
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Téléchargement du logiciel gratuit ImageJ
Télécharger le logiciel à l’adresse :http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html
Choisir la version ‘’platform independent’’nommée ‘’ij147.zip’’.
Décompresser le dossier téléchargé (Extraire tout) dans un dossier de destination.
Ouvrir le dossier ‘‘ImageJ’’ créé lors de la décompression.
Lancer l’application en double-cliquant sur le fichier ImageJ.exe.
Remarque : un raccourci de ce fichier peut être créé sur le bureau.
Installer la macro ‘’Scale Bar Tools for Microscope’’
http://image.bio.methods.free.fr/ImageJ/?Scale-Bar-Tools-for-Microscopes.html&lang=en
Dans « Table of contents », cliquer sur « Installation, p2 » puis sur « (here) ».
Le clic sur le lien ouvre un fichier texte.
Enregistrer ce fichier texte à l’aide de la commande Enregistrer le fichier sous du navigateur internet :
sélectionner le dossier de destination /ImageJ/Macros/Toolset (un sous-dossier du dossier ImageJ).
Fermer les fenêtres puis lancer l’application ImageJ.
Groupe Formation Action – Académies de Besançon, Nancy-Metz, Strasbourg 2011/2014
Développer les usages du numérique dans l’enseignement des biotechnologies au lycée
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Afficher la ‘’Scale Bar Tools for Microscopes’’ dans la barre de menu
Étendre la barre de menu puis sélectionner Scale Bar Tools for Microscopes
La barre de menu comporte maintenant les outils de mesure microscopique.
Importer des profils de microscope préétablis
Cliquer sur l’icône schématisant un microscope et des barres colorées.
Sélectionner Install a Demo Microscope Profiles Set dans la barre de menu déroulant.
Quelques profils microscope-capteur sont maintenant accessibles par l’icône microscope bleu.
Ils sont très spécifiques du microscope et du capteur et ne pourront sans doute pas s’appliquer au matériel
disponible. Ils sont toutefois nécessaires aux opérations suivantes.
Étalonnage d’un système de photographie non répertorié dans les profils préexistants
Remarque : l’incorporation d’une échelle ou la réalisation de mesures d’objets ne peut être réalisée que si la prise
de vue utilise toujours le même système d’acquisition. S’il s’agit d’un appareil à focale variable, veiller à utiliser
toujours la même valeur de zoom et ne jamais changer le format de l’image.
Étalon : un micromètre objet n’est pas indispensable, un hématimètre de Malassez (ou autre cellule de comptage
dont les caractéristiques sont connues) peut suffire.
Prendre en photo le quadrillage de l’hématimètre pour chaque objectif à calibrer.
Exemple : calibration d’un système microscope-APN à l’objectif x40 ; ouvrir la microphotographie correspondante
de l’hématimètre et les photos à travailler.
Avec le menu File >> Open sélectionner la photo sur laquelle sera fait l’étalonnage.
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Sélectionner l’outil trait : tracer un segment de droite
entre deux points éloignés d’une distance réelle connue.
En maintenant le clic gauche, relever la longueur du
segment en pixel, indiquée sous la barre de menu
(dans l’exemple : 464 pixels pour 50 µm).
Sélectionner Analyze >> Set scale.
Compléter les fenêtres de la boîte de dialogue.
Remarque : Cocher la case Global permet de valider l’échelle pour les
photos ouvertes avant cette configuration.
Mesurage de longueurs et incorporation d’échelle
Sélectionner l’outil trait : un segment dessiné donnera un résultat en µm indiqué sous la barre de menu.
La hauteur des cellules épithéliales ciliées de la trachée est d’environ 80 µm.
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Pour incorporer une échelle :
Sélectionner Analyse >> Tools >> Scale Bar.
Choisir les caractéristiques de l’échelle à incorporer à l’image.
La microphotographie comporte
maintenant une échelle et les mesures sont toujours réalisables.
L’image est éditable dans de nombreux formats.
Sa fermeture inclut l’étalonnage et permet d’autres mesures à sa réouverture.
Configuration d’un système : modification d’un profil existant
Faire le même travail que décrit plus haut pour l’étalonnage de chaque objectif.
Exemple de résultat :
1132 pour 200 µm au X100
456 pour 200 µm au X40
452 pour 800 µm au X10
Sélectionner l’outil édition de profils (entre les deux icônes de microscope) puis Edit & Modify a Microscope
Profile.
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Ouvrir un profil existant et modifier son nom et les étalonnages d’objectifs.
Tout devient alors plus facile : à l’ouverture d’une microphotographie prise sur ce matériel sélectionner le profil
par l’icône microscope bleu, et sélectionner l’objectif utilisé avec l’icône échelle comme ci-dessous : l’échelle
est directement incorporée et les mesures sont réalisables.
La préparation de l’étalonnage peut paraître longue. Mais une fois faite, toutes les observations
photographiées pourront être pourvues d’une échelle assez précise et les mesures d’objets sont
très simples.
ImageJ offre de très nombreuses autres possibilités d’analyse d’image dans le domaine des
biotechnologies. Voir aussi les fiches :
- Tracer un profil électrophorétique à partir d’une image et mesurer les distances de migration
des bandes
- Quantifier des fragments d’ADN séparés par électrophorèse.
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